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INTRODUCCIN
La bioinformtica es un rea de investigacin que aprovecha
herramientas informticas para trabajar con informacin biolgica
como secuencias de ADN. Con la ayuda de computadoras y bases de
datos, se puede extraer mucha informacin a partir de una secuencia
de ADN: determinar si dicha secuencia codifica una protena o es una
secuencia regulatoria, si contiene sitios de corte por enzimas de
restriccin, si incluye una regin con SNPs, qu tanta identidad tiene
con secuencias similares de ADN, etc.
En el siguiente ejercicio vamos a usar herramientas
bioinformticas y bases de datos del Centro Nacional de Informacin
en Biotecnologa de los EU (NCBI, por sus siglas en ingls). Con ayuda
de este centro, vamos a encontrar la secuencia completa del gen
TAS2R38 a partir de las secuencias de los oligonucletidos que
empleamos para amplificar una regin del mismo.
Los oligonucletidos que usamos son:
Forward: 5CCTTCGTTTTCTTGGTGAATTTTTGGGATGTAGTGAAGAGGCGG-3
Reverse: 5'-AGGTTGGCTTGGTTTGCAATCATC-3'
Uso de BLAST
Una de las herramientas ms tiles que podemos encontrar en la
pgina del NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) es BLAST (siglas en
ingls de Herramienta Bsica de Bsqueda de Alineamientos Locales).
BLAST busca regiones con similaridad local entre secuencias de
nucletidos o protenas, comparndolas con bases de datos. Adems
nos indica qu tan significativas son las coincidencias que encuentra
entre nuestra secuencia y las que se le parecen en bases de datos.
Por lo tanto, esta herramienta puede usarse para inferir relaciones
funcionales y evolutivas entre secuencias, as como para identificar a
miembros de familias de genes.
1. Entrar a la pgina del NCBI
2. Hacer click en el vnculo llamado "BLAST"
3. Hacer click en la herramienta " nucleotide blast"
4. Escribir las secuencias de ambos oligonucletidos en la ventana de
bsqueda. Evitar usar cualquier carcter que no corresponda a
nucletidos. Puedes escribir ambas secuencias seguidas, o separadas
por un espacio.
PROBLEMA: Investiga qu es el formato FASTA de secuencias. Para
qu tipo de informacin biolgica podemos usar este formato?
5. No hace falta modificar ninguna otra opcin. Hacer click en el botn
"BLAST" para que se lleve a cabo la bsqueda usando el algoritmo