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UNIDAD 5: PROTEÍNAS 

CARRERA DE MEDICINA

SEMESTRE AGOSTO – DICIEMBRE DEL 2011

DEFINICIÓN DE AMINOÁCIDO

 Los aminoácidos son
ácidos carboxílicos,
 con uno o más
grupos amino unidos
covalentemente.

Amino acid structure
Amino
group

Carboxylic
acid group

Different side-chain (R group)
Different chemical and physical properties

FUNCIONES GENERALES DE UN AMINOÁCIDO:
Forman parte de la estructura de
las proteínas.
Algunos son precursores de moléculas
reguladoras de determinados procesos
Fisiológicos, por ejemplo:
Neurotransmisores.
Hormonas.
Pueden ser usados como fuente de energía.

(Aminoácidos ácidos)  4. (Grupo R hidrófobo). Aminoácidos con grupo R polar.CLASIFICACIÓN DE LOS AMINOÁCIDOS  1.Aminoácidos con grupo R no polar. (Grupo R hidrofílico). Aminoácidos con grupo R cargado positivamente.  3. Aminoácidos con grupo R cargado negativamente.  2. Different side-chain (R group) Different chemical and physical properties . (Aminoácidos básicos). sin carga.

COO COO + H3N COO- - + + H3N H3N C H C H CH H3C CH3 CH3 ALANINA C H CH CH3 CH2 CH3 VALINA ISOLEUCINA + H2N CH H2C COO- COO- COO+ H3N CH2 C H CH2 CH2 CH2 S PROLINA CH3 METIONINA + H3N C H CH2 C CH NH C C CH HC C CH H TRIPTOFANO - COO + H3N COO- C H CH2 + H3N C H CH2 CH H3C CH3 FENILALANINA LEUCINA .Estructura de los aminoácidos que tienen grupo R hidrófobo.

Estructura de los aminoácidos que tienen grupo R polar sin carga. COO+ H 3N COO+ H C H 3N C COO+ H H CH2 GLICINA OH H 3N C H CH2 + H3N C H CISTEINA COO+ H3N C H CH2 C CH2 ASPARAGINA TIROSINA SH CH2 O H CH2 COO- NH2 OH C OH TREONINA COOH3N H 3N CH3 SERINA + + H C HC COO- C O NH2 GLUTAMINA .

Estructura de los aminoácidos que tienen grupo R con carga negativa. COO+ H3 N C H CH2 COOACIDO ASPARTICO COO+ H3 N C H CH2 CH2 COOACIDO GLUTAMICO .

Estructura de los aminoácidos que tienen grupo R con carga positiva. COO- COO+ H3N + C H H3N C H + CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 NH NH3+ COO- C H 3N H CH2 C NH CH NH2 + NH2 LISINA C ARGININA HC NH+ HISTIDINA .

CURVA DE TITULACIÓN DE UN AMINOÁCIDO (GLICINA) .

.

CURVA DE TITULACIÓN DE UN AMINOÁCIDO .

.

22 + -0.Titration Curves of Amino Acids with Ionizing Side Chain -2 -1 -1.5 pI =3. 125: Lehninger Principles of Biochemistry .5 pI =7.0 +0.0 +0. p.59 + 0.5 0.5 +2 Figure 5-12.5 +1 +1.5 -0.

67 3.9 7.98 6.02 2.8 4.69 10.82 2.9 2.8 1.3 4.25 2.39 10.6 4.3 2.2 Positively Charged Lysine Lys K Histidine His H Arginine Arg R 146 155 174 2.18 1.5 5.5 5.3 -0.21 2.8 -0.9 3.60 9.77 3.9 1.74 7.41 5.2 1.8 5.8 -1.59 10.5 -3.9 3.96 9.36 2.2 -4.88 2.1 Negatively Charged Aspartate Asp D Glutamate Glu E 133 147 1.3 5.3 Aromatic Phenylalanine Tyrosine Tryptophan Phe F Tyr Y Trp W 165 181 204 1.2 6.5 -3.97 6.1 5.2 7.60 9.60 9.01 6.8 5.83 2.4 1.95 9.5 6.66 5.11 9.34 1.6 9.07 5.5 1.4 Polar.38 9.53 6.22 -3.18 5.76 -3.13 9.89 2.65 4.80 9.48 5.48 9.9 -3.17 9.96 2.65 -0. uncharged Serine Threonine Cysteine Asparagine Glutamine Ser Thr Cys Asn Gln S T C N Q 105 119 121 132 146 2.28 9.Properties of Amino Acids Found in Proteins Amino Acid M pK (-COOH) pK (-NH3) pK (R-group) pI Hydropathy Index Occurrence in proteins (%) Nonpolar.04 10.2 3. aliphatic Glycine Alanine Proline Valine Leucine Isoleucine Methionine Gly Ala Pro Val Leu Ile Met G A P V L I M 75 89 115 117 131 131 149 2.07 5.87 5.9 4.3 6.5 -3.28 8.34 2.36 2.15 9.19 9.21 5.74 -0.13 8.48 5.68 9.17 9.68 5.62 10.99 2.02 5.97 5.17 8.62 9.32 2.00 12.20 2.11 1.7 2.3 .

Peptide bond Covalent bond Connects amino acids in protein .

.

GLUTAMICO C CH2 HO H C C N O CH3 H H C C N O CH2 NH2 C H LISINA TRIPTOFANO H H C C N O CH2 CH2 CH2 COOH CH2 H C C O CH2 C NH2 H C NH CH2 NH2 CH HC 3H2O H C C C CH HC C H CH CH . H HO H C C O CH3 NH2 + HO ALANINA C C O CH2 H NH2 + HO C C O CH2 CH2 CH2 COOH CH2 H + NH2 HO C C O CH2 C NH2 H C NH AC.Formación de un tetrapéptido.

. de tal forma que en una cadena polipeptídica únicamente quedan un carboxilo terminal en un extremo y en el otro un amino terminal. 1. Además.Al formar un péptido se usa el  carboxilo de un aminoácido. los grupos R pueden tener carboxilos y aminos adicionales. que reacciona con el  .amino de otro.

FORMACIÓN DE UN PUENTE DISULFURO COO+ H3N C COO+ H H3N + CH2 CH2 SH SH H2 COO- COO+ H3N C C H + H3N C CH2 CH2 S S H H .

.

.

NÚMERO DE PÉPTIDOS QUE SE PUEDEN FORMAR CON CUATRO AMINOÁCIDOS NH2– ALA – GLUT – LIS – TRPT – COOH LIS – ALA – GLUT .TRPT LIS – ALA – TRPT – GLUT LIS – GLUT – ALA – TRPT LIS – GLUT – TRPT – ALA LIS – TRPT – ALA – GLUT LIS – TRPT – GLUT – ALA TRPT – ALA – GLUT – LIS TRPT – ALA – LIS – GLUT TRPT – GLUT – ALA – LIS TRPT – GLUT – LIS – ALA TRPT – LIS – ALA – GLUT TRPT – LIS – GLUT – ALA ALA – GLUT – LIS – TRPT ALA – GLUT – TRPT – LIS ALA – LIS – GLUT – TRPT ALA – LIS – TRPT – GLUT ALA – TRPT – GLUT – LIS ALA – TRPT – LIS – GLUT GLUT – ALA – LIS – TRPT GLUT – ALA – TRPT – LIS GLUT – LIS – ALA – TRPT GLUT – LIS – TRPT – ALA GLUT – TRPT – ALA – LIS GLUT – TRPT – LIS – ALA 4! .

CLASIFICACIÓN DE LAS PROTEÍNAS PROTEÍNAS FIBROSAS PROTEÍNAS GLOBULARES .

CLASIFICACIÓN DE LAS PROTEÍNAS

Proteínas conjugadas.
Proteínas simples.

A la parte no aminoacídica de una
proteína conjugada, se le conoce
con el nombre de grupo prostético.

GRUPO PROSTÉTICO

PROTEÍNA CONJUGADA

PROTEÍNA SIMPLE

CLASIFICACIÓN DE LAS PROTEÍNAS
1. Proteínas fibrosas
1.1 Proteínas del cito esqueleto.
1.2 Proteínas de la matriz extracelular.
2. Proteínas globulares.
2.1 Proteínas plasmáticas.
2.1.1 Factores de coagulación.
2.1.2 Proteínas de fase aguda.
2.2 Hemoproteínas.
2.3 Proteínas de adhesión celular.
2.4 Proteínas de transporte transmembranal.
2.4.1 Canales iónicos.
2.4.2 Proteinas de sinporte/antiporte.
2.5 Hormonas y factores de crecimiento.
2.6 Receptores.
2.6.1 Receptores transmembranales.
2.6.2 Receptores intracelulares.
2.7 Proteínas que se unen al ADN.
2.7.1 Proteínas de regulación de la transcripción.
2.8 Proteínas del sistema inmune.
2.9 Proteínas de almacenamiento y transporte de nutrientes.
2.10 Proteínas chaperonas.
2.11 Enzimas.
2.12 Complejos constituidos por componentes múltiples, incluyendo proteínas.
Según la base de datos SCOP: Structural classification of proteins.

Los reactantes (o proteínas) de fase aguda son productos
sintetizados principalmente en el hígado cuyas
concentraciones séricas varían significativamente por
efecto de las citocinas generadas en la inflamación.
Pueden ser positivos o negativos si su concentración
plasmática aumenta o disminuye al menos un 25% durante
los estados inflamatorios.
Las proteínas positivas de fase aguda incluyen la proteína
C reactiva (PCR), la ceruloplasmina, las fracciones del
complemento, el fibrinógeno, la ferritina, la alfa1antitripsina, la haptoglobina, la hepcidina y el amiloide A
sérico, entre otros. Por el contrario, las proteínas que
disminuyen en la inflamación (negativas) incluyen la
albúmina, la transferrina, la transtiretina y algunas
fracciones del complemento (especialmente el C3 que
disminuye en lasglomerulonefritis postestreptocócica y
lúpica).
http://adolfoneda.com/inflamacion-y-reactantes-de-fase-aguda/

Una proteína es diferente de otra por el número de aminoácidos que contiene y la secuencia en la que éstos se encuentran. .ESTRUCTURA PRIMARIA DE LAS PROTEÍNAS Ya se ha visto ampliamente el concepto de que las proteínas están hechas de secuencias específicas de 20 aminoácidos. dicho en otras palabras: todas las moléculas de una determinada proteína son idénticas en cuanto al número de aminoácidos que las forman y por lo que respecta a la secuencia que tienen éstos en la estructuración de la cadena polipeptídica. Cuando se habla de la secuencia que tienen los aminoácidos que componen una proteína nos referimos a la estructura primaria de la misma.

Primary Structure .

500 550 Hexoquinasa de levaduras 96. PESO MOLECULAR NUMERO DE RESIDUOS Insulina de bovino 5.890 153 Quimotripsina de páncreas de bovino 22.000 8300 PROTEINA Deshidrogenasa glutámica de bovino .733 51 Ribonucleasa de bovino 12.000 800  .900 1250 1.600 241 Hemoglobina de humano 64.000.Número de aminoácidos existentes en algunas proteínas y el peso molecular de las mismas.930 129 Mioglobina de corazón de caballo 16.globulina de caballo 149.640 124 Lisozima de la clara de huevo 13.500 574 Albúmina sérica de humano 68.

AMINOACIDO Citocromo c Quimotripsinogeno ALANINA ARGININA ASPARAGINA ASPARTICO CISTEINA GLICINA GLUTAMICO GLICINA HISTIDINA ISOLEUCINA LEUCINA LISINA METIONINA FENILALANINA PROLINA SERINA TREONINA TRIPTOFANO TIROSINA VALINA TOTAL 6 2 5 3 2 2 8 13 3 8 6 18 3 3 4 2 7 1 5 3 104 22 4 15 8 10 10 5 23 2 10 19 14 2 6 9 28 23 8 4 23 245 .En esta tabla se encuentra la cantidad que tienen de cada uno de los 20 aminoácidos dos proteínas diferentes.

.La fuerza que mantiene a la estructura primaria es el enlace peptídico.

las moléculas de una misma proteína tienen una sola conformación (conformación nativa). .ESTRUCTURA SECUNDARIA DE LAS PROTEINAS Como resultado de todas las observaciones que se han realizado es posible afirmar que. en su estado nativo. cuando por un cambio físico químico se pierde la conformación nativa la proteína pierde su función. Aún más.

La estructura en el espacio que adoptan éste tipo de proteínas se conoce con el nombre de .queratinas.queratinas pertenecen muchas proteínas bastante conocidas: pelo. plumas. Son compuestos que son sintetizados por las células de la epidermis.hélice) Al grupo de las . cuernos de bovino.hélice y básicamente es una estructura helicoidal. garras etc.Estructura de las . uñas.6. escamas.6 residuos de aminoácido por vuelta por lo que también se le ha llamado hélice 3. (. . La hélice tiene 3.

ESTRUCTURA DE UNA -QUERATINA ¿Qué son y para que sirven los puentes de H? .

Alpha-Helix •Residues per Right handed turn: 3.4 Angstroms •amino hydrogen H-bonds with carbonyl oxygen located 4 AA’s away forms 13 atom loop .6 helix •Rise per residue: 1.6 x 1.5A = 5.5 Angstroms •Rise per turn (pitch): 3.

Alpha-Helix •Side chain groups point outwards from the helix •AA’s with bulky side chains less common in alpha-helix •Glycine and proline destabilizes alphahelix .

 C || O H | N H | C N || OH | C HN || | O N C || H O | N C || O -Helix C H || | O N H | N H | N C || O H C | || N C O || O Every amide hydrogen and carbonyl oxygen is involved in a hydrogen bond. .

hair.Hair. long. beautiful hair… skin too .

¿Por qué las . pero está ampliamente confirmado que ellos codifican exclusivamente para la estructura primaria de una proteína. Mas bien la respuesta correcta se orienta a afirmar que: la conformación de una proteína es finalmente el resultado de la abundancia de determinados aminoácidos y la poca cantidad de otros y que la cadena polipeptídica se ordena en el espacio en la forma en que representa el mínimo estado de energía posible.queratinas adoptan la conformación de una hélice y no otra? Se podría pensar que la conformación se encuentra almacenada en los genes. .

desestabilizan o destruyen el hélice.Aminoácidos que permiten.HELICE ESTABLE DESESTABILIZAN LA HELICE ROMPEN LA .HELICE Alanina Serina Prolina Leucina Isoleucina Hidroxiprolina Fenilalanina Treonina Tirosina Acido glutámico Triptofano Acido aspártico Cisteina Lisina Metionina Arginina Histidina Glicina Asparagina Glutamina Valina . PERMITEN .

una uña o un cuerno. Mientras mayor número de puentes disulfuro existan (mas cisteína en la cadena polipeptídica). Este aminoácido tiene un sulfidrilo (-SH) en el grupo R y como se ha visto en el capítulo anterior. en realidad son una gran cantidad de polipéptidos unidos entre sí mediante puentes disulfuro intercadena.Otra característica de las . dos de estos grupos pueden reaccionar entre sí para formar un puente disulfuro (-S-S-). . Un cabello. la estructura formada es mas rígida.hélices es su abundancia en residuos de cisteína. Tal característica permite que dos cadenas polipeptídicas queden unidas entre sí mediante la formación de puentes disulfuro intercadena.

.

que mantienen unidos a varias cadenas entre sí sobre un mismo plano.hélice por lo que tienen que adoptar una conformación diferente. es decir. . de una cadena polipeptídica a otra. Como ejemplo de éstas proteínas se tiene a la fibroína de la seda. En este caso se establecen puentes de hidrógeno intercadena. pareciendo una hoja de papel plegada.ESTRUCTURA DE HOJAS PLEGADAS Las cadenas polipeptídicas que forman estas proteínas tienen muy poca cisteína y son ricas en aminoácidos que desestabilizan al .

Beta-Sheets  Beta-sheets formed from multiple side-byside beta-strands.  Can be in parallel or anti-parallel configuration  Anti-parallel betasheets more stable .

to 15 beta-strands/beta-sheet  Each strand made of ~ 6 amino acids .Beta-Sheets  Side chains point alternately above and below the plane of the beta-sheet  2.

.-Sheet: The polypeptide chain is held in place by hydrogen bonds between pairs of peptide units along neighboring backbone segments.

Al no haber cisteína tampoco se pueden establecer puentes disulfuro que unan cadenas entre sí mediante este mecanismo. Por ello las cadenas polipeptídicas no pueden adoptar la conformación de las .ESTRUCTURA DEL COLÁGENO Las fibras de colágeno son muy pobres en cisteína y muy ricas en prolina y en el aminoácido raro conocido con el nombre de hidroxiprolina. .3 son los que destruyen la hélice.o .queratinas. que como se aprecia en la tabla 5.

ESTRUCTURA DEL COLÁGENO Las cadenas polipeptídicas del colágeno están mucho más extendidas que en los dos grupos estudiados anteriormente: se unen tres cadenas. mediante puentes de hidrógeno intercadena. . para formar una hélice de triple trenzado.

ESTRUCTURA DEL COLÁGENO .

ESTRUCTURA DEL COLÁGENO .

ESTRUCTURA DEL COLÁGENO .

.

. la conformación es un producto del tipo de aminoácidos que la componen y del medio en el que se encuentra.Los genes codifican únicamente para la estructura primaria de una proteína.

comparado con la fibra original.ESTRUCTURA TERCIARIA Una proteína fibrosa únicamente tiene estructura primaria y secundaria. además. pero las globulares. . tienen estructura terciaria. la cual se produce plegando una estructura secundaria hasta obtener un arreglo muy compacto y pequeño.

los anticuerpos. ya que en este grupo se encuentran las enzimas. Por lo general estas proteínas son solubles en agua o se encuentran asociadas a las membranas. las globulares tienen una acción más directa en el funcionamiento de los sistemas vivientes. . que desempeñan un papel pasivo y esquelético. Para ser funcionales estas proteínas también requieren tener una conformación nativa.A diferencia de las proteínas fibrosas. algunas hormonas acarreadoras etc.

ESTRUCTURA PRIMARIA DE LA MIOGLOBINA VAL LEU SER GLU GLY GLU TRP GLN LEU VAL LEU HIS VAL TRP ALA LYS VAL GLU ALA ASP VAL ALA GLY HIS GLY GLN ASP ILE LEU ILE ARG LEU PHE LYS SER HIS PRO GLU THR LEU GLU LYS PHE ASP ARG PHE LYS HIS LEU LYS THR GLU ALA GLU MET LYS ALA SER GLU ASP LEU LYS LYS HIS GLY VAL THR VAL LEU THR ALA LEU GLY ALA ILE LEU LYS LYS LYS GLY HIS HIS GLU ALA GLU LEU LYS PRO LEU ALA GLN SER HIS ALA THR LYS HIS LYS ILE PRO ILE LYS TYR LEU GLU PHE ILE SER GLU ALA ILE ILE HIS VAL LEU HIS SER ARG HIS PRO GLY ASP PHE GLY ALA ASP ALA GLN GLY ALA MET ASN LYS ALA LEU GLU LEU PHE ARG LYS ASP ILE ALA ALA LYS TYR LYS GLU LEU GLY TYR GLN GLY .

MODELO DE LA ESTRUCTURA TERCIARIA DE LA MIOGLOBINA .

MODELO DE LA ESTRUCTURA TERCIARIA DE LA MIOGLOBINA .

Puentes disulfuro intracadena. . Interacciones de tipo sal.¿Qué fuerzas mantienen la estructura terciaria de una proteína?. Puentes de hidrógeno intracadena.

¿Qué fuerzas mantienen la estructura terciaria de una proteína? .

Sulfide Crosslink Hydrophobic interaction -S-S- -COO.H3N+- Salt bridge Hydrogen bonding .

Non-covalent forces drive the folding pathway and maintain the final 3D structure. Hydrogen bonds. and van der Waal attractions . ionic bonds.

.The side chains drive the folding.

. While low energy.Hydrogen bonding is the most important. … lots of ‘em.

que se pueden encontrar tanto en el interior como en el exterior de las proteínas globulares. Acido aspártico Fenilalanina Prolina Acido glutámico Leucina Treonina Asparagina Isoleucina Serina Glutamina Metionina Cisteina Lisina Valina Alanina Arginina Triptofano Glicina Histidina Tirosina . Aminoácidos de polaridad intermedia. que se encuentran principalmente en el exterior de las proteínas globulares.Aminoácidos altamente hidrófilos. Aminoácidos altamente hidrófobos. que se encuentran principalmente en el interior de las proteínas globulares.

con un peso molecular de 4.600.000. El complejo de la deshidrogenasa pirúvica posee 72 cadenas.Algunas proteínas están formadas por la asociación de dos o más cadenas polipeptídicas: la hemoglobina de los mamíferos tiene cuatro sub-unidades y un peso molecular de 64. .500. La estructura cuaternaria se refiere a las proteínas que tienen en su estructura mas de una cadena polipeptídica.

MODELO DE LA ESTRUCTURA DE LA HEMOGLOBINA .

MODELO DE LA ESTRUCTURA DE LA HEMOGLOBINA .

.

heterotetramer .Take for example: hemoglobin. four oxygen carrier.

4 Basic Levels of Protein Structure .

Si ésta se pierde.La funcionalidad de una proteína depende de su conformación en el estado nativo. ¿Qué es la desnaturalización de una proteína. para pasar a un arreglo al azar (se desnaturaliza). . se pierde la actividad.

DESNATURALIZACIÓN DE UNA PROTEÍNA Cuando se cambian algunos factores del medio ambiente. . tales como pH. este fenómeno recibe el nombre de desnaturalización. temperatura o la concentración de algunos compuestos en solución. la conformación nativa de una proteína se pierde y pasa a un arreglo en el espacio al azar.

. Determining how the order of a.Each protein has a unique 3D structure determined by the order of the amino acids. Take home lesson: Proteins seek structures that have minimal free energy. Denaturation/renaturation studies have been informative. drives folding and determines the shape of a protein is the holy grail of protein chemistry.a.

Renaturation results in regaining structure and function Can all denatured proteins be renatured? .

1 2 3 .Los cambios de pH hacia el rango alcalino o ácido pueden provocar la desnaturalización de una proteína.

ENFERMEDES PRODUCIDAS POR PROTEINAS ANORMALES ARBOLES GENEALOGICOS MOLECULARES .

.Sickle Cell Anemia Sequestering hydrophobic residues in the protein core protects proteins from hydrophobic agglutination.

 helix loop .Structural Motifs Often the individual elements of secondary structure (helix or sheet) combine into stable functional units supersecondary structure or motifs  Some examples  motif  helix .loop . sheet  motif  sheet .loop .loop . helix  motif  sheet . sheet. .

. For exp.  motif or helix-turn-helix often exists in transcription factors as DNA binding domain.  motif . motif  motif These structure motifs are often associated with specific biological functions.

. which are connected by a flexible piece of peptide like beads on a string. Each of these “beads” is called a domain which is often a functional unit of a protein.Domains Some polypeptide chains may fold into two or more compact globular regions.

.

DERIVADOS DE LOS AMINOÁCIDOS: NEUROTRANSMISORES .