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ISA CI

Cours de Microbiologie
Fondamentale

Pr. A. Boularbah
Laboratoire Aliment, Environnement et Sant
Dpartement de Biologie
FSTG

Taxonomie Bactrienne

La taxonomie (on dit aussi


taxinomie) est la science qui en
Biologie tudie la classification des
tres vivants

Taxonomie Bactrienne
Science de la classification des tres vivants
Taxinomie

Identification

Classification

Nomenclature

Classerselon quel critres


Morphologiques ?

Biochimiques ?

Micro-organismes
Mtaboliques ?

Physiologiques ?

Molculaires ?

Ecologiques ?

Pathogniques ?

Trs variables selon le but et lvolution des techniques

Taxonomie
Classification phntique :
Caractres phnotypiques
(morphologiques,
physiologiques, mtaboliques,
cologiques)
Pas de notion dvolution

Taxonomie Bactrienne
Les bactries peuvent ainsi tre classes et donc identifies en
fonction :
- de leur morphologie microscopique (bactrie de type coque,
bacille, vibrion ; isole, par deux, en chanettes...)
- de leur morphologie macroscopique (taille, forme, couleur... des
colonies sur milieux de culture gloss)
- de leur mobilit (mobilit ou immobilit une temprature
donne)
- de la prsence de spores
- du rsultat de la coloration de Gram (coloration de Gram positive
ou ngative)

Taxonomie Bactrienne
- de la temprature de croissance (4
(4 C, 20
20 C, 30
30 C, 37
37 C...)
- du type respiratoire (arobie, anarobie strict, aro
aro--anarobie
facultatif, microarophile..)
- des besoins nutritionnels (ncessit de substances particulire
pour le dveloppement)
- de la capacit utiliser certaines sources de carbone ou dazote
- Une donne importante pour la classification bactrienne est le
pourcentage en nuclotides G et C (% G + C) de chaque
gnome. Ainsi, deux espces bactriennes proches auront des
pourcentage en G et C voisins.
voisins.

Taxonomie Bactrienne
En bactriologie mdicale, les bactries sont
classifies en fonction du type de pathologie
occasionn :
Ainsi on parlera de pathotypes ou pathovars.
pathovars.
Sensibilit bactrienne aux antibiotiques, on parlera
d'antibiotypes
d'
antibiotypes
L'tude des caractristiques antigniques : srotypes
ou srovars
L'tude de la sensibilit certains bactriophage
(virus spcifiques des bactries) : lysotypes ou
lysovars

Classification des tres vivants


Rgne

Bacteria

Embranchement

Firmicutes

Classe

Mollicutes

Ordre

Mycoplasmatales

Famille

Mycoplasmataceae

Genre

Mycoplasma

Espce

Mycoplasma mycoides

Ordonnancement hirarchique par taxon

La notion despce
Unit taxinomique de base
Dfinition diffrente selon les organismes :
Macro-organismes: base sur la
reproduction sexue. Espces diffrentes si
pas de descendance ou descendance infertile
Micro-organismes: base sur des critres de
ressemblance car reproduction sexue rare.

La notion despce en
microbiologie
Moins clairement dfinie que pour les
organismes suprieurs

Rfrence de nomenclature: Bergeys


Manual of Systematic Bacteriology

Au del de lespce
Espce
Sous-espce
Type
Souche
Clone

Mycoplasma mycoides
Mycoplasma mycoides subsp.
mycoides
Mycoplasma mycoides subsp.
mycoides Small Colony
PG1
PG1/5P

Biovars (diffrences biochimiques ou physiologiques)


Morphovars (diffrences morphologiques)
Serovars (proprits antigniques diffrentes)

Nomenclature
Binomiale Carl von Linn (1707-1778)
Chaque espce est caractrise par deux noms:
genre et espce
En latin
Scrit en italique
Correspondance avec une caractristique de
lorganisme ou en mmoire dun scientifique

Noms scientifiques

Staphylococcus aureus
Dcrit arrangement et couleur
(Grec staphule = grappe de raisin;; Aurei = or)

Escherichia coli
En lhonneur de son dcouvreur, Theodor
Escherich, et description de son habitat
(intestins et colon)

Taxinomie
Classification phntique:
Caractres phnotypiques (morphologiques,
physiologiques, mtaboliques, cologiques)
Pas de notion dvolution

Classification phylogntique:
Caractres gnotypiques (squence ARNr
16S)
Notion dvolution

ARNr 16s
Avance technique : biologie molculaire permet de comparer des
organismes qui ne se ressemblent pas du tout
Un Ribosome comprends deux sous-units de tailles diffrentes,
constitues d'ARNr associs des protines ribosomales.
La taille relative, mesure par le coefficient de sdimentation (s)
La plus grosse sous-unit (50S chez les procaryotes, 60S chez les
eucaryotes) est constitue de 2 chanes ARN (5S + 23S / 5S + 28S ).
La plus petite sous-unit (30s/40S) contient une chane d'ARN
(16S / 18S)

Phylognie molculaire
Choix de lARNr de la petite sous unit
du ribosome (16S) :
Prsent dans tous les organismes cellulaires
Suffisamment variable pour voir des diffrences
Evolution lente
Rsultats souvent compatibles avec les
classifications phntiques
mais pas toujours !

Phylognie molculaire
-

Actuellement, la connaissance de la squence


nuclique de certaines molcules comme les ARNs
ribosomiques par exemple, permet de dresser des
schmas dit philogntiques tablissant la distance
gntique qu'il existe entre les espces.

Plus la squence nuclique sera proche, plus les


espces tudies seront voisines. A l'inverse, si la
squence nuclique est moins homologue, on
pourra considrer que les espces en questions
sont plus loignes

Arbre Phylognique universel

Les Archaea forment un phylum part

Arbre Phylognique universel

Avantages et limites de la
classification phylogntique
Avantages
Base sur une information objective ,
indpendante des facteurs extrieurs
Reflte lvolution

Inconvnients
Ne reflte que rarement certains caractres
phntiques (cologie, pathognicit,
morphologie)

Les grands groupes


dorganismes
Bacteria
Archaea
Eucarya

Bacteria

Les tudes des ARNr 16S suggrent


lexistence de 17 groupes principaux de
Bacteria

Bacteria

Eubactries : Ecologie
Les eubactries occupent la plupart des milieux,
Elles constituent certainement en nombre de cellules, et peut-tre en
masse, la plus grande partie du vivant.
Elles remplissent des fonctions fondamentales dans l'cosystme
terrestre :
le cycle de l'azote ou du soufre, ...
Elles jouent aussi un rle prpondrant dans le recyclage des dchets
organiques (Chane doxydation de la matire organique).

Bactries inhabituelles
Les bactries bourgeonnantes, prosthque, et
pdoncules :
Les principaux genres : Hyphomicrobium et Caulobacter
Ce groupe comprend des microorganismes avec
diffrentes forme dexcroissances cytoplasmiques :
tiges, hyphes, ou appendices
Le prosthque est un appendice de la bactrie,
Il peut tre reproducteur (comme pour le genre
Hyphomicrobium)) ou non (comme pour le genre
Hyphomicrobium
Caulobacter))
Caulobacter

Bactries inhabituelles
Exemple 1 : Le genre Hyphomicrobium
Caractristiques :
-Division par Bourgeonnement
-Arobie
-Pousse sur mthanol, formate, actate,
-Mthylotrophe facultatif (utilise le mthane et le
mthanol comme source de carbone et
dnergie)

Bactries inhabituelles
Cycle de dveloppement dHyphomicrobium
dHyphomicrobium :
Ce genre est constitu de cellules bourgeonnantes, arobies
chimiohtrotrophes et souvent fixes sur des supports solides
dans les milieux marins et terrestres,
Au dbut du cycle reproductif, la cellule mature forme un hyphe
ou prosthque dun diamtre de 0,2 0,3 m qui sallonge sur
plusieurs m,
Lacide nuclique se divise et une copie se dplace dans
lhyphe,
Le bourgeon est finalement libre sous forme de cellule
dessaimage ovode. Celle ci se dplace grce aux flagelles
puis se fixe et commence bourgeonner.

Bactries inhabituelles
Exemple 2 : Caulobacter :
Caractristiques :
-Division transverse binaire,
-Arobie, parfois anarobie (respiration au
Nitrate (NO-3)

Bactries inhabituelles
Cycle de dveloppement de Caulobacter :
Au dbut cycle, la cellule sallonge et forme un
flagelle polaire unique du cot oppos la
prosthque,
Une scission binaire asymtrique se produit et donne
la cellule dessaimage flagelle et la cellule parentale
avec prosthque,
le cycle se termine par une dsintgration du flagelle
et formation dun prosthque du cot flagell.

Bactries inhabituelles
les bactries engaines :
Exemple : Leptothrix, Crenothrix, sphaerotilus
Ces bactries possdent une gaine (structure tubulaire creuse)
qui entourent une chanes de cellules,
Les gaines servent protger les cellules des prdateurs et
aident les bactries se fixer sur des supports solides et capter
les nutriments des eaux de courant lent,
Ce sont des cellules Gram ngatives qui deviennent flagelle
quand elle schappent du filament et forment une nouvelle
chane lorsquelle se fixe un objet solide (plantes submerges ,
rochets, ),
Elle oxydent Fe et le Mn en Oxyde de fer et de Mn

Bactries inhabituelles
Les bactries Trichomes :
Lordre des Beggiatoales renferme des
bactries qui forment des trichomes (filament
de cellules bactriennes qui sont en contact
troit les unes aux autres) et se dplace par
glissement,
Les genres les plus tudis sont :
Beggiatoa
Leucothrix

Bactries inhabituelles
Les bactries fructifiantes

Exemple : Les myxobactries


Fructification = structures portant des spores produites de faon
sexue ou asexue prsents chez les myctes et certaines
bactries).
Les myxobactries sont des bactries chimiohtrotrophes du sol
arobie et gram ngatif qui se caractrisent par une mobilit par
glissement et un cycle de dveloppement plus complexe avec
production de fructifications et la formation de myxospores
dormantes,
La plus part des myxobactries sont des microprdateurs car elles
scrtent dans le milieu des enzymes qui lysent les bactries et les
levures. Les produits de digestion sont utiliss par les
myxobactries comme nutriment.
En conditions dfavorables en aliments, les myxobactries
sagrgent et se diffrencient en fructification qui peuvent atteindre
50 500 m. Certaines cellules se transforment en myxospores
dormantes incluses dans des structures appeles sporangioles ou
sporanges..
sporanges

Bactries inhabituelles :
Myxobactries

Cycle biologique et structure de fructification

Archaea

Archaea
3 groupes :
Euryarches
(Mthanognes et les halophiles extrmes)

Crnarches
(Les thermophiles)
Korarchaeota
(Pas de microorganisme isol juste lADN a t
isol)

Les Arches : Ecologie


Les archobactries se dveloppent de prfrence dans
des niches extrmes, o les conditions de vie sont trs
difficiles ou impossibles pour la plupart des autres
organismes,
Les Arches mthanognes vivent dans le rumen des
ruminants,
Elles produisent du mthane partir du CO2 et de lH2
Certaines archobactries prolifrent dans des sels 30
% = HALOBACTERIE, elles sont photosynthtiques.

Nutrition bactrienne
1-Besoin en lments nutritifs
1.11.1- Elments majeurs
1.2
1.2-- Elments mineurs
1.3
1.3-- Besoins spcifiques

2- Facteurs de lenvironnement affectant la croissance et la


survie des microorganismes
2.12.1- Oxygne
2. 1.1. Comportement des microorganismes visvis--vis de O2
2.1.2. Rgulation de la rponse aux effets de superoxyde et de H2O2

2.2
2.2-- pH
2.3
2.3-- Temprature
2.3
2.3-- Pression osmotique

Nutrition bactrienne
Tous les organismes vivants ont besoin des nutriments
(Source de carbone, azote, soufre, phosphore, ) et de
lnergie pour leur croissance et leur survie
La capacit dune bactrie utiliser un nutriment
dtermin comme source dun lment dpend de :
- lexistence dun systme enzymatique adquat de
dgradation ;
- lexistence de processus dentre du nutriment
(systme de transport).

Besoin en lments nutritifs

Facteurs de lEnvironnement :
comportement visvis--vis de O2

1 : Les bactries arobies strictes ne se dveloppent qu'en prsence d'air. Leur source principale
d'nergie est la respiration. L'oxygne molculaire est lultime accepteur d'lectron.
2 : Les bactries microarophiles se dveloppent mieux ou exclusivement lorsque la pression partielle
d'oxygne est infrieure celle de l'air.
3 : Les bactries aro-anarobies facultatives se dveloppent avec ou sans air.
4 : Les bactries anarobies strictes ne se dveloppent qu'en absence totale ou presque d'oxygne
qui est le plus souvent toxique. La totalit de l'nergie est produite par fermentation.

Facteurs de lEnvironnement :
comportement visvis--vis de O2
O2 sert daccepteur dlectron et sera rduit totalement en eau qui
ne prsente aucun danger pour les cellules.
cellules. Cependant, des
rductions partielles donnent lieu lion superoxyde, radical
hydroxyle et au peroxyde dhydrogne qui sont fortement ractives
Le Superoxyde introduit des peroxydations dans les lipides, inactive
les quinones respiratoires et provoque des modifications dans les
protines. Ils entranent aussi des lsions au niveau de lADN. Il se
comporte donc comme un agent mutagne
Lion superoxyde est aussi un radical, il ragit comme oxydant (en
gagnant un e- pour donner le peroxyde) ou comme rducteur (en
cdant un e- pour donner O2).
La dure de vie de lion superoxyde en solution est trs rduite car il
se transforme rapidement en peroxyde

Facteurs de lEnvironnement :
comportement visvis--vis de O2
Catalase et suprooxyde dismutase : deux enzymes cls utilises par
les microorganismes pour liminer lion superoxyde et le peroxyde
dhydrogne
La superoxyde dismutase est prsente chez les microorganismes
arobies et arotolrants qui les protgent des composs issus des
rductions partielles de O2. Elle est absente chez les anarobies. Cest
pour cette raison, elle ne supporte pas loxygne
La plus part des microorganismes arobies produisent la catalase

2O2 + 2H+ -----------


H2O2 + O2 : Suprooxyde dismutase
H2O2 -------------
O2 + 2H2O : Catalase

Facteurs de lEnvironnement :
comportement visvis--vis de O2
- E. coli produit deux SOD cytoplasmique : Mn
Mn--SOD (SodA) et FeFe-SOD
(SodB) qui protgent lADN et les protines des oxydations. Chaque
enzyme et un dimre contenant un lment mtallique par soussousunit
- Ces deux protines ont une grande homologie structurale entre
elles tel point que le fer peut tre remplac par du Mn et vice
versa
- Les mutants dficients dans la production de ces enzymes prsentent
une faible croissance, des enzymes inactives et des lsions au
niveau de lADN
- La protine priplasmique Cu/Zn
Cu/Zn--SOD (SodC) protgent les
constituants priplasmique et membranaires des ions superoxydes
exognes

Facteurs de lEnvironnement :
comportement visvis--vis de O2
En rponse au stress oxydatif, les
bactries synthtisent plusieurs enzymes
: catalase, superoxydase et dautres
protines qui interviennent dans la
rparation de lADN et llimination des
composs produits lors du stress oxydatif
(lipides oxyds et les hydroperoxydes).

Facteurs de lEnvironnement :
Croissance en fonction de pH

A : Acidophile,
B: Neutrophile,
C: Alcalophile

Facteurs de lEnvironnement :
Gamme de pH pour la croissance des
microorganismes
Organismes

Limite infrieure pH optimum Limite suprieur

Bactrie

2-5

6,5 - 7,5

8 - 11

Levure

2-3

4,5 - 5,5

7-8

Moisissures

1-2

4,5 - 5,5

7-8

Facteurs de lEnvironnement :
Comportement visvis--vis de pH
- les microorganismes se dveloppent sur une large
gamme de pH
- Cependant, la plus part des enzymes ne fonctionnent que
dans des gamme de pH trs troit (proche de la
neutralit)
- En effet les microorganismes sadaptent une large
gamme de pH tout en maintenant le pH interne proche
dune valeur optimale (pH proche de la neutralit).

Facteurs de lEnvironnement :
Comportement visvis--vis de pH
Les microorgnismes maintiennent un pH interne
proche de la neutralit par diverses manires :
- Limpermabilit de la membrane plasmique aux
protons,
- LATPase participe aussi au rejet des protons
lextrieur de la cellule pour maintenir un pH interne
adquat,
- les pompes Na+/H+ et K+/H+ jouent un rle trs
important pour ragir leffet de pH.

Facteurs de lEnvironnement :
Comportement visvis--vis de pH
- Chez les bactries alcalophiles, on trouve gnralement
une pompes Na+/H+ fonctionnelle
- Bacillus alcalophilus peut se dvelopper un pH
suprieur 10, mais son pH interne est maintenu 8,6
grce lantiporteur Na+/H+

Facteurs de lEnvironnement :
Croissance en fonction de la temprature

Facteurs de lEnvironnement :
Gamme de temprature pour la croissance
des microorganismes

Facteurs de lEnvironnement :
Rponse au choc thermique
- Elle se caractrise par l'augmentation de la synthse d'un groupe de
polypeptides (sous l'effet d'une lvation brutale de temprature)
appels protines de choc thermique ou HSPs ( Heat Shock
Proteins)
-La cellule l'tat normal, contient des protines homologues des
HSP appeles HSCs : Elles assurent des rles de chaperons
molculaires.
- Dans la cellule normale, les HSCs permettent :
- le repliement tridimensionnel correct des polypeptides
nouvellement synthtiss ,
- leur passage travers les membranes pour leur localisation
subcellulaire finale,
- l'assemblage de soussous-units,
- la rgulation de leur activit et
- leur dgradation.

Facteurs de lEnvironnement :
Rponse au choc thermique
- Des stress trs varis, ayant en commun de dnaturer les
protines (stress prototoxiques), sont capables
d'induire la rponse au choc thermique : exposition
l'thanol, aux analogues d'acides amins ou aux mtaux
lourds,
- L'induction des HSP par le stress prototoxique permet
la cellule de rparer les dommages protiques
provoqus suite au choc thermique par :
-

resolubilisation des agrgats,


renaturation des polypeptides ou,
si cela est impossible, engager les protines dnatures vers les
voies de dgradation.

Facteurs de lEnvironnement :
Autres rponses au choc thermique
- La composition en acides gras des phospholipides
membranaires des bactries varie en fonction de la
temprature de croissance.
- La proportion en acides gras insaturs (ceux qui ont une
double liaison) augmente quand la temprature baisse :
- Ceci pourrait confrer la membrane un degr de
fluidit plus au moins constant mme basse temprature

Temprature de croissance (C) pour


les bactries et archaebactries
Microorganisme

Minimale

Optimale

Maximale

Listeria monocytogenes
Vibrio marinus
Pseudomonas maltophilia
Thiobacillus novellus
Staphylococcus aureus
Escherichia coli
Clostridium kluyveri
Streptococcus pyogenes
Streptococcus pneumoniae
Bacillus flavothermus
Thermus aquaticus
Methanococcus jannaschii
Sulfolobus acidocaldarius

1
4
4
5
10
10
19
20
25
30
40
60
70

30-37
15
35
25-30
30-37
37
35
37
37
60
70-72
85
75-85

45
30
41
42
45
45
37
40
42
72
79
90
90

Pyrobacterium brockii

80

102-105

115

Facteurs de lEnvironnement :
Rponses la pression osmotique
La pression osmotique est la pression exerce par un
solut dissout dans leau
Les bactries vivent dans des milieux faible pression
osmotique par rapport la pression osmotique de leur
cytoplasme. Certains microorganismes supportent de forte
pression
- Le peptidoglycane (PDG) et les membranes externes
protgent la cellule contre les effets nfastes de cette
diffrence de pressions osmotiques, que lon dnomme
turgor pressure ou pression de turgescence
- Dans un milieu pas trop hypotonique, la cellule aura
tendance gonfler (plasmoptyse
(plasmoptyse)) ; dans un milieu
hypertonique, elle perd de leau et a tendance rtrcir
(plasmolyse)

Facteurs de lEnvironnement :
Rponses la pression osmotique
- A forte pression osmotique, on constate une inhibition de la
respiration cellulaire ainsi que la biosynthse des
macromolcules
- En gnral, les microorganismes rpondent une
augmentation de la pression osmotique en augmentant la
concentration intracellulaire dun nombre de solut appels
(soluts compatibles : soluts non nocifs)
-Les premires rponses chez les bactries se manifestent par
une augmentation de la teneur intracellulaire des ions K+
- E. coli possde au moins 3 systmes de transport de K+ (TrK,
Kdp et Kup):
-TrK et Kdp reprsentent les systmes de transport les
plus important de K+ en rponse au stress
hyeperosmotique

Facteurs de lEnvironnement :
Rponses la pression osmotique
- Des composs (acide glutamique, proline, alanine, glycineglycinebtane, saccharose, glucosylglycrol, .et dautres drivs
N-methyls des acides amins) sont galement accumuls
par les bactries en rponse une augmentation de la
pression osmotique
- Certaines molcules appeles agents osmoprotecteurs
(proline, glycineglycine-btane) sont capables de compenser leffet
dune haute osmolarit :
- Par exemple, Salmonella typhimirium croit trs lentement dans un
milieu minimal contenant 0,8 M de NaCl, mais le taux de
croissance est deux fois 4 fois plus lev si on ajoute ce
milieu 1M de proline ou glycineglycine-btane

Facteurs de lEnvironnement :
Rponses la pression osmotique
Chez Escherichia coli,
coli, la proportion en protines de membrane
externe porines OmpF et OmpC varie selon les conditions
dosmolarit du milieu
- Les pores dOmpF sont plus grands que ceux de OmpC
- OmpF est synthtise prfrentiellement faible pression
- OmpC sont synthtise prfrentiellement forte pression
- Par exemple, dans des conditions o le milieu extrieur
possde une forte pression osmotique (dans lintestin), la
proportion OmpF/OmpC est de 1/25.
- Dans des conditions de faible pression osmotique
extrieure (milieu extrieur normal), cette proportion est de
15/1