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BIOCHIMIE ET MICROBIOLOGIE
A. GNRALITS.
Une bactrie est le plus petit organisme qui a toute la machinerie pour la
croissance et lauto-rplication. Elle a une morphologie plus simple que les cellules
des organismes suprieurs.
2. Mthodologie.
Colorations : Dabord scher puis fixer la chaleur (on coagule la M.O).
On conserve la morphologie.
Coloration au Bleu avec colorant basique (violet de cristal, bleu
de mthylne) morphologie gnrale
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II. Inclusions.
Matriaux de rserve de polysaccharides, lipides, poly phosphates et souffre.
Osmotiquement inertes et insolubles dans leau. Les inclusions de polysaccharides
sont le glycogne et le granulose. On a des gouttelettes de lipides et des granules de
polyhydroxybutyrate. On a du S chez les bactries oxydant H2S. Les bactries
magntotactiques ont des grains de fer. Les granules mtachromatiques contiennent
les polyphosphates.
1. Vsicules gazeuses.
Ce sont des organes de flottaison. Elles sont rigides et faites dune
couche protique surface hyrophobe dans la vsicule et hydrophile vers le
cytoplasme. Elles sont disposes paralllement.
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lyse, soit sous forme droule, soit sous forme super enroule. 2 protines,
HU et 1, joueraient le rle des histones. Le DNA se replie de faon former
100 domaines enrouls spars. Ces protines empchent les domaines de se
relcher. Chaque domaine est topographiquement indpendant (traitement
la DNAse on ouvre un domaine sans ouvrir les autres on peut le
rpliquer. accs ais aux gnes pour la RNA polymrase.
3. Membrane cytoplasmique.
Modle de la mosaique fluide : protines + phospholipides. 8 15%
du poids cellulaire sec. Sige de nombreuses activits enzymatiques. Elle
contient des substances polycycliques (hopanes : polyterpnoides) pour le
maintien de la rigidit. Un protoplaste est une bactrie sans paroi. Pas de
strols (3 cycle 6 + 1 5). Il ny a pas de liaison chimique entre les
phospholipides.
I. Msosomes.
Ce sont des structures membranaires intracytoplasmiques tubulaires ou
vsiculaires. Toujours en connexion avec la membrane cytoplasmique, prs du
septum rle dans la division site dattachement du chromosome.
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D. PEPTIDOGLYCANE.
I. Structure du peptidoglycane
Les bactries, qu'elles soient Gram+ ou Gram-, possdent, en plus de
leur systme membranaire, une paroi rigide principalement constitue du
peptidoglycane, qui leur assure une certaine rsistance mcanique. Cette paroi leur
confre leur forme et leur permet de ne pas clater sous l'effet de leur propre
pression osmotique. Le peptidoglycane est un polymre compos de longues
chanes linaires d'units disaccharidiques (N-actyl-D-glucosamine et acide Nactyl muramique) couples par des liaisons de type (1-4). Les chanes glucidiques
sont relies entre elles par des ponts peptidiques.
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liaisons 1-4.
Les deux dernires enzymes sont appeles PBP (Penicylin Binding Protein).
III. Formes L :
Beaucoup de bactries se transforment en structures sphriques sans parois.
Ce sont les formes L. Elles peuvent aussi revenir de manire rversible une forme
cellulaire normale pourvue de paroi. Dautres sont stables et ne se reversent pas et
rsistent par modification de la composition des membranes. Elles sont diffrentes
des mycoplasmes.
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1. La lipoprotine.
Cest lespce protique la plus abondante (750000/cellule,
MM=7500). Son extrmit N-terminale a la squence Cys-Ser-Ser. La
portion lipidique se fixe sur la cystine (-CH2-SH). Elle est synthtise dans
le cytoplasme. Ainsi, on a :
-Ser-Ser-Cys-CH2-S-CH2-CH(O-Acide gras)-CH2(O-Acide gras).
A lextrmit C-terminal, on a la squence Tyr-Arg-Lys. Cest sur la
lysine quest fix le peptidoglycane. Par clivage avec une enzyme on peut
sparer la lipoprotine du peptidoglycane (la lysine reste sur le
peptidoglycane) protine dpourvue de lysine C-terminale. Cette lysine
reste fixe au ttrapeptide au 3ime AA.
66 % des lipoprotines sont ltat libre fonction = connexion
entre la membrane externe et le peptidoglycane stabilisation cellulaire des
Gram -.
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2. Protines majeures.
Jusqu 100000 copies par cellule. Leur rle serait de former des
pores pour assurer lentre de substances hydrophiles. Pore = association
trimre de protines dites porines. Il y a trois ouvertures la face externe et
une seule la face interne. Les porines sont des rcepteurs des
bactriophages et bactriocines. Les porines sont aussi appeles protines
matrice car elles forment avec le peptidoglycane une structure en rseau.
La protine majeure Omp A se lie de manire covalente au
peptidoglycane (comme lipoprotine). Elle joue un rle dans le phnomne
de conjugaison.
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G. LE MTABOLISME
Mtabolisme = catabolisme + anabolisme
Les besoins en nergie des tres vivants viennent de :
Travail mcanique
Transport actif de molcules
Synthse des macromolcules
Les tres vivants sont rpartis en deux classes :
Les CHIMIOTROPHES puisent leur nergie dans leur alimentation
Les PHOTOTROPHES puisent leur nergie partir de lnergie
lumineuse.
I. Notion de thermodynamique
Lnergie libre est un concept thermodynamique qui prend en compte les
deux premiers principes :
G = H - TS pour un systme subissant une transformation P et T
constants.
H = E + PV et, en biochimie V = 0 G = E - TS.
Une raction ne peut se produire spontanment que lorsque G est ngatif
(si nul, le systme est lquilibre). Cette variation dnergie libre est uniquement
fonction de lnergie libre des ractifs et des produits de la raction. Ainsi, le
mcanisme dune raction na aucun effet sur G. G ne fournit aucune indication
sur la vitesse de raction nergie libre dactivation Ea.
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-G/2.303 RT.
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hydrosolubles
sont des
H. L A GLYCOLYSE.
Elle transforme le glucose en pyruvate avec formation dATP.
Pour les arobies : Glycolyse Cycle acide citrique Chaine de transport des
lectrons on retire toute lnergie du glucose.
Pour les anarobies, il y a fermentation : le pyruvate est transform en lactate
ou thanol.
Fermentation commence et ralentit progressivement. Si on ajoute un Pi, elle
continue il est incorpor dans un sucre. La glycolyse est aussi appele Voie
dEmbden-Meyerodf . Pyruvate = CH3-CO-COO-.
I. Bilan de la glycolyse
Glucose + 2 Pi + 2 ADP + 2 NAD+
2 pyruvates + 2 ATP + 2 NADH + 2 H+ + 2 H20
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3-PHOSPHATE
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I. VUE
DENSEMBLE DU CYCLE DE
CYCLE DE LACIDE CITRIQUE.
KREBS
OU
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J. LES GLUCIDES.
Fonction aldhyde ou ctone + plusieurs groupements hydroxyle.
Ils reprsentent la plus grande partie de la matire organique sur la terre.
Ils servent au stockage de lnergie sous forme de polysaccharides que sont le
glycogne et lamidon. LATP, nergie libre, est un driv phosphoryl dun sucre.
Ribose et dsoxyribose sont des sucres dans DNA et RNA. On retrouve des
polysaccharides dans les parois des cellules bactriennes et vgtales. La cellulose
est le compos organique le plus abondant de la biosphre.
La formule gnrale dun monosaccharide est (CH2O)n.
Les aldoses ont CH2OH- ... -CHO. Le plus simple est le glyceraldhyde (3 C)
Les ctoses sont ainsi : CH2OH-CO-...-CH2OH (dihydroxyactone).
Ainsi, le D-glucose et le D-fructose sont semblable exept les C 1 et 2
(CHO CH2OH et HCOH CO).
Une molcule qui a n centres asymtriques et pas de plan de symtrie a 2 n
formes stroisomriques. Si on permute tous les C asymtriques nantiomre
sinon on obtient un diastroisomre. Des nantiomres sont des molcules qui
sont limage lune de lautre dans un miroir. Il y a donc 16 hexoses diffrents (8
pour la srie L et 8 pour la srie D). Le glucose et le mannose sont des pimres
car seule la configuration de C2 est diffrente.
Le D-Erythrulose est le seul ctose 4 C.
Il ny a que 4 D-ctose 6 atomes de C dont le D-fructose.
Les pentoses et les hexoses se cyclisent pour donner des noyaux furanose et
pyranose. En fait, un aldhyde peut ragir avec un alcool (C5) pour donner un
hmiactal noyau pyranose. Ces formes en cycles sont prdominantes en
solution.
On a une nouvelle asymtrie pour le nouveau C1 deux formes
anomres.
, D glycopyranose et , D glycopyranose.
Dans la reprsentation de HAWORTH, tout ce qui est au dessus est en
arrire. Le C1 est appel carbone anomtrique.
De mme, une ctone peut ragir avec un OH hmiactal. Le C2 ragit
avec le OH du C5 hmiactal intramolculaire appel furanose. Ainsi, pour le
fructose, le carbone anomtrique est le C2. Il faut savoir que le fructose peut aussi
prendre une forme pyranosique.
Dans la forme alpha-D-Fructofuranose, les deux CH2OH sont au-dessus. Le
C du CH2OH est en fait le C1 tandis que le C2 est celui qui porte ce CH2OH ainsi
quun OH. Les autres C, aprs le O, sont identiques ceux du glucose.
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II. Polysaccharides :
Amidon maltose glucose. Cest une liaison ,1-4. Fait damylose =
chanes de maltose (n = 100) + de lamylopectine = chanes damylose
avec liaison 1-6 de chanes de 20 glucoses. Ces ramifications se font
toutes les 30 units. Elles augmentent la solubilit. Forme de rserve chez
les vgtaux.
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