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GENETIQUE DES PROCARYOTES

Cours proposs par Dr SAIDI


Niveau L3

Programme National

- Structure, organisation et rplication du matriel gntique


bactrien :
- chromosome
- plasmides
- bactriophages
II- Mutations et Rparation de lADN
III- Recombinaison gntique et lments gntiques mobiles
- Recombinaison homologue,
- Recombinaison site spcifique,
- Elments gntiques mobiles et applications
IV- Echanges gntiques entre bactries. Cartographie, analyse et
constructions gntiques
- Conjugaison
- Transformation,
- Gntique des bactriophages et transduction
- Restriction et modification contrles par lhte

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V- Expression et rgulation de linformation gntique chez les bactries et bactriophages


V.1. La transcription chez les procaryotes : Dfinition, lARN polymrase, les promoteurs bactriens,
droulement de la transcription.
V.2. La traduction chez les procaryotes : Initiation, longation, terminaison
V-3. Rgulation de lexpression gntique
V.3.1. Au niveau transcriptionnel
- Notion de force du promoteur
- La reconnaissance du promoteur (rle des facteurs sigma dans la rgulation)
- Disponibilit du promoteur (modle de variation de phase chez les bactries)
Rgulation par les facteurs de transcription : rgulation positive et ngative
Modes daction des diffrentes classes de rpresseurs et dactivateurs
Rgulation ngative inductible : opron lactose
Rgulation ngative rpressible : opron tryptophane
Rgulation positive par lactivateur CAP/AMPc, cas de lopron lactose
Rgulation positive et ngative : opron arabinose
- Rgulation par lattnuation : opron tryptophane
- Rgulation par antiterminaison de la transcription : bactriophage lambda
V.3.2. Au niveau traductionnel
- Initiation de la traduction, attnuation de la traduction, terminaison de la traduction
Mode dvaluation :
Contrle continu et Examen semestriel

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Chapitre I
Structure, organisation et rplication du matriel
gntique bactrien

Chromosome
Plasmide
bactriophage

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Le chromosome bactrien
L appareil nuclaire des bactries (protistes procaryotes,) est constitu
d'acide dsoxyribonuclique (ADN) ( support de l'information gntique)
Le chromosome est une double hlice d'ADN circulaire- pelotonne,
surenroule dans le cytoplasme (action des topoisomrases, au nombre de
4 chez les bactries).
Dpli, le chromosome bactrien a prs de 1 mm de long (1000 fois la
longueur de la bactrie) et 3 5 nanomtres de large.
La rplication est selon le schma de Watson et Crick, chaque chane
assure la rplication de la chane complmentaire selon un mode semiconservatif.
L'analyse chimique du chromosome : 80 % d'ADN, 10 % dARN (rle de
structuration) et 10 % de protines ( ADN polymrases topoisomrases,
ADN gyrases, ARN polymrases)
Les constituants de l'appareil nuclaire sont la cible d'action de plusieurs
antibiotiques : les quinolones inhibent les topoisomrases et les
rifamycines inhibent les ARN polymrases, tandis que les nitromidazoles
entranent la fragmentation de l'ADN chez les anarobies stricts.

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Structure de lADN Bactrien


Structure primaire de
lADN
Structure primaire de lADN
rsulte de la condensation de
nuclotides
monophosphates, par des
liaisons phosphodisters
entre le carbone 3 dun
premier nuclotide et le
rsidu phosphoryl port par
le carbone5 du nuclotide
suivant
La structure est forme de 2
chanes de polynuclotides
orientes dans le sens 5 3,
antiparallles.

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La structure secondaire
Une Hlice forme de deux chaines hybrides deux
deux. Caractristiques
1/ antiparallles : lextrmit 5 dune chaine est du ct
de lextrmit 3 de lautre chaine.
2/ complmentaires : les nuclotides dune chane sont
complmentaires aux nuclotides de la 2me chaine.
Les rgles de complmentarit universelles : en face la
base A on trouve la base T, en face la base C on trouve la
base G. rapports A/T, C/G constants. Cette
complmentarit est due la conjonction de deux
phnomnes :
Des contraintes sriques : la complmentarit purinepyrimidine fait que chaque paire de base ayant la mme
dimension, la structure dADN est trs rgulire.
La cration de liaisons dhydrognes: entre les bases
complmentaires., 2 liaisons entre A-T et de 3 entre C-G.
Ce nombre influe sur la stabilit de lappariement.
Pour rompre lappariement A-T, il faut une nergie de 21kj,
et 63kj pour rompre C-G.
3/ Chaines hlicodales : lADN senroule autour dun axe
central imaginaire en formant une double hlice droite
(ADN A, ADNB) . Le pas de lhlice est de 34 (10pb), la
distance entre deux bases voisine est de 3.4 et le
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diamtre de 20.

La Rplication
Dfinition: La rplication est un mcanisme de
synthse de lacide dsoxyribonuclique
(reproduction exact du gnome)
mode semi-conservatif: lADN contient un brin
drive de la molcule mre (matrice) et un brin
nosynthtis (exprience de Meselson et Stahl,
1958)
sens de la synthse: 5 vers 3.
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La rplication du chromosome bactrien


Le chromonme possde une
origine de rplication (oriC); ce
niveau se fait la sparation des
deux brins:
Formation de fourches de
rplication (2 fourches qui
progressent dans les deux sens
opposs/ bidirectionnelle).
Les deux fourches fusionnent.
La rplication sachve au point
(terC).
Remarque : le chromonme
est un rplicon.
Un rplicon est toute molcule
dADN avec une origine de
rplication.
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Elments impliqus dans la


rplication
1- ADN matrice,
2- dsoxyribonuclotides (dATP, dGTP,dCTP, dTTP) ,
3- ions Mg2+
4-Topoisomrases (DnaA): limine les contraintes de surenroulement
cres par lhlicase (DnaB).
5 - Hlicase (DnaB) additionn de DnaC: spare les brins dADN
6- SSB (Single Strand Binding) : protines qui stabilise lADN
monocatnaire
7- ADN polymrase III : polymrise les dsoxyribonuclotides dans le
sens 5 3 (compos de sous units 2 2 4 et )
8- Primase (DnaG) : synthtise les amorces dARN ncessaire la
polymrase
9- ADN ligase : attache les fragments dOkazaki sur le brin retard.

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Elments du
mcanisme
de rplication
chez E.coli

1- Initiation de la
rplication

1)formation de la fourche de rplication :


au niveau dune origine de rplication (ori
C).
a) oriC: compos de trois rgions riche en
A-T (TTATCCACA) et de 4boites DnaA. De 10
12 molcule de protines DnaA se lient
aux boites DnaA et forme le complexe.
Le droulement se fait dans les deux sens
par ce complexe DnaA (topoisomrases)
(b)Le complexe dissocie la rgion riche en
A-T et ouvre la double hlice.
2) Sparation des deux brins : par laction
dune enzyme (hlicase/ DnaB), maintenus
spars par des protines, SSB (single
strand binding)
c) Une fois ouvert, DnaC se lie au DnaB
(hlicase) pour dmler encore ce
domaine.
d) Finalement DnaG primase initie
(commence) la synthse par polymrisation
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dun brin dARN.

2- Elongation

Aprs linitiation, sur un fragment (matrice) de la fourche, llongation est continue (brin prcose), sur lautre matrice,
llongation est discontinue (fragments dOkazaki). Lavance de la rplication illustre est de droite vers la gauche. Sur
le brin continu la synthse se fait par DNA Pol III, lie DnaQ qui fourni la fonction editing. Le domaine C-terminal de
DnaQ se lie la DNApol III et le domaine N-terminal contient lactivit exonuclasique ( editing function). Le brin
retard est synthtis en fragments dADN (Okazaki) qui sont lis ensemble par la ligase aprs avoir enlev le brin
dARN par la DNA Poly I.
Correction des paires de bases dpareilles: editing function
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3-terminaison
La terminaison de la
rplication se fait quand les
deux fourches de rplication
fusionne au point oppos
OriC, le site (ter C)sous
laction de la DNA de
terminaison de la rplication
(Dnat).
La sparation des deux
molcules filles dADN se fait
grce laction de la DNA
gyrase (topoisomrase II)
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Mcanismes daction des


topoisomrases
a)

Les topoisomrases
catalysent la conversion
interne des molcules dADN
circulaires. Les molcules
dADN peuvent tre
relches ou superenroules,
noues ou dnoues,
catnaire ou non, par laction
des topoisomrases.
b) b) Deux types de
topoisomrases classes en
fonction du nombre de
coupure faite sur lADN.
Topo I : une cassure sur une des
deux molcules.
Topo II : cassures faites sur les
deux molcules.
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ADN polymrase I et fragment de


Klenow
Lenzyme est compos :
Dun petit domaine central avec une activit
exonuclasique oriente de 3'->5' qui constitue
l'activit de correction d'preuves (dition). C'est
grce cette activit que l'enzyme effectue une
rplication fidle, avec un taux d'erreurs
extrmement faible.
Le gros domaine C-terminal possde l'activit de
polymrisation, oriente de 5'->3'.
Une protolyse mnage par la subtilisine permet
de dtacher trs spcifiquement le petit domaine
N-terminal.
Les deux autres domaines restent lis et constituent
le "fragment de Klenow" dpourvu d'activit exo 5'>3' (les nombres rouges indiquent les positions des
acides amins).
Le fragment de Klenow est trs largement utilis au
laboratoire dans les expriences de rplication in
vitro.
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Plasmides naturels
Les plasmides:
lments gntiques
extrachromosomiques
capables dune
rplication autonome
(le terme plasmide est donn par
Lederberg, 1952).

A ct du chromosome, la
bactrie peut contenir des
plasmides de petite taille (0,5
5 % du chromosome
bactrien ou 5 4000 fois plus
petit que le chromosome).

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* Le plasmide peut sintgrer dans un chromosome


bactrien (pisome).
dtect lorsque les gnes qu'ils transportent
confrent la bactrie de nouvelles proprits.
Les plus connus de ces plasmides sont:
- Le facteur sexuel ou facteur F
Le facteur sexuel ou facteur F assure le transfert de
fragments de chromosome bactrien par
conjugaison.
- Les plasmides de rsistance aux antibiotiques (ou
facteurs R)
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Classification des plasmides


1. Proprits de transfert
a) Plasmides conjugatifs
- permettent la conjugaison.
- gnralement grands (65Md)
- la rplication est de type strict : sa
rplication est synchronise avec celle du
chromosome
- En petit nombre (1-3 copies/ cellule)
- Plasmides : R1, R6, EntP 307
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b) Plasmides non-conjugatifs
ne peuvent pas mdier la conjugaison.
gnralement petits (4 6 Md)
ils leur manquent un ou plusieurs gnes
ncessaires pour le transfert dADN.
- Un plasmide non-conjugatif peut tre transfr
par conjugaison si la cellule porte aussi un
plasmide conjugatif.
- Le contrle de la rplication est de type relch
(en labsence de protine cellulaire)
Exemple de Plasmides conjugatifs: ColE1,
RSF1030, cloDF13
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2-Effets phnotypiques
a) Plasmide de fertilit (Facteur F)
b) Plasmides bactriocinogniques [
gnes de bactriocines ou colicines]
c) Plasmides de rsistance (facteurs
R) gnes de rsistance aux
antibiotiques, confrent aux
bactries la rsistance divers
antibiotiques (RSF1030).
Les gnes peuvent tre organiss
dans le plasmide au sein de
transposons (Tn)
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RTF (Facteur de Rsistance


Transfert)- porte les gnes de
transfert.

Dterminant R- porte les


gnes de rsistance. Les gnes
de rsistance sont souvent des
parties de transposons.

Exemples
Les staphylocoques portent un gne qui code
pour la production d'une pnicillinase qui inactive
la pnicilline G et les pnicillines du groupe A
(ampicilline) ce qui rend la bactrie rsistante
ces pnicillines (idem chez E.coli, gonocoque,...).

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Rplication des plasmides


La synthse dADN plasmidique
se fait partir de lorigine de
rplication est soit:
-a) unidirectionnelle (a): Pt181
synthtise un brin dADN dans
une direction partir de
lorigine, puis son brin
complmentaire.
b)Bidirectionnelle (b) R1 initie
la synthse dun brin et juste
aprs le second brin.
pT181: Staphylococcus aureus
R1: Salmonella paratyphi

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Structure de lADN au niveau de lorigine de rplication des plasmides


Deux exemples de
structure dADN au
niveau de lorigine
(ori):
a) Origine contiennant
une rgion riche en
A-T et des sites de
liaison de protine
dinitiation ou RNA.
b) P1 code une
protine initiatrice
RepA qui se conjugue
avec DnaA au niveau
de lADN pour ouvrir
la rgion A-T et
commenc la
rplication
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Plasmide RSF1010
code toutes les
protines
initiatrices
(RepA, RepB et
RepC) et
nutilise pas les
protines de
lhte pour
commencer sa
rplication.
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Plasmide ColE1

utilise une
molcule
dARN pour
ouvrir et
initier la
synthse
dADN.
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Stratgies de rpartition du nombre de


copies de plasmide

a) la Rpartition
ingale dun nombre
lev de copies au
hasard dans les
cellules filles sera
rsolu par la
rplication
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Stratgies de rpartition du nombre de


copies de plasmide
b)Certains plasmides
nombre de copies lev
contiennent un
mcanisme pour rsoudre
les dimres de plasmide
en monomres qui seront
rpartit indpendamment

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Stratgies de rpartition du nombre de copies de


plasmide

c) systme de rpartition utilis pour les plasmides nombre de


copies faible
d) Chez P1 la rgion par code pour deux protines Par A et Par B.
Le complexe ParA-ParB se lie en position cis, au niveau dun site
appel site S ceci va dirig toutes les molcules du plasmide au
milieu de la cellules jusqu ce que les cellules filles soient bien
distinctes, ainsi les copies
seront rpartit quitablement
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Plasmides incompatibles
Deux plasmides
sont dits
incompatibles sils
portent la mme
origine de
rplication et dans
ce cas la cellule fille
finira par nen
gard quun des
deux.
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LES BACTERIOPHAGES
Un phage est une particule qui infecte une
bactrie.
Le phage est compose essentiellement dun
matriel gntique (ADN ou ARN) protg par
une enveloppe appel capside constitue de
protines.

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Le phage lambda
Le phage lambda
() est un phage qui
infecte Ecoli
La tte du phage
renferme lADN
viral.
La queue renferme
des protines. Elle
permet la fixation
du phage sur la
cellule-hte
bactrienne
(protine J).
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LADN du phage est un DNA double brin, linaire,


de longueur 48.5kb. Plusieurs dizaine de gnes.
Extrmit simple brin de 12 nuclotides,
complmentaires. Extrmits cohsives (bout
collant).
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Les cycles du phage


Le phage se multiplie selon deux modes:
- multiplication lytique
- multiplication lysognique.

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La multiplication lytique
1- Infection : liaison du phage E.coli par la protine J, qui se lie une
porine la membrane dE.coli.
2- Adsorption et pntration : injection de lADN phagique par diffusion
passive travers la membrane. LADN virale se circularise
immdiatement par complmentarit des extrmits cohsives
(squences cohsives) formant un site cos. Une ligase bactrienne scelle
les brins.

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3- La multiplication du
phage expression des
gnes codants divers
protines pour la
rplication de lADN
phagique, pour la
synthse des protines
de la tte et la queue.
Formation dun
concatmre.

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4-Empaquetage dune
molcule dADN dans la
tte puis assemblage
tte et queue.
5-Libration des phages :
lyse bactrienne par
action de deux protines
du phage (endolysine et
holine), 200 phages sont
produits par bactrie.
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La multiplication lysognique

LADN viral sintgre lADN bactrien par recombinaison


spcifique de site et sera rpliqu en mme temps que
lui.
Les gnes qui codent les protines de la tte et de la
queue ainsi que les gnes du cycle lytique sont rprims
par un rpresseur cod par le gne viral Ci.
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Le bactriophage M13
Infecte E.coli
Le matriel gntique du phage:
- un simple brin de DNA circulaire,
- de longueur 6.4kb appel brin +.
- Il comprend 10 gnes et 2petites
rgions intergniques .
- Le DNA est recouvert de
protines donnant un phage en
forme de batonnt filamenteux
.

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La transfection
La transfection des bactries par M13 et
lexpression du phage dpendent de la
prsence dun chromosome surnumraire
bactrien (pisome F): la prsence de cet
pisome permet le cycle normal du phage :
synthse dun brin dADN complmentaire,
rplication et en fin de cycle synthse
spcifique dun seul des deux brins de lADN
(brin +) qui sera pourvu dune membrane et
scrt hors de la cellule.
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Le cycle lytique du phage M13


divis en trois tapes :
1- Entre dans lhte: Le phage M13 entre dans la bactrie
via le pilus F cod par un plasmide F (facteur de fertilit).
2- Multiplication: une fois dans le cytoplasme le brin+ est
rpliqu en une forme double brin dite RF (replicative
form). Aprs 100 200 RF la synthse de DNA devient
asymtrique. Seul le brin+ est produit.
3- Expulsion : travers la membrane cytoplasmique (sans
produire de plage mais de petite dpression dans la couche
de milieu solide) les phages M13 sont expulss revtu de
protines. Comme M13 nest pas enferm dans une tte
(comme ), il ny a pas de stricte limite la longueur de
DNA expuls.
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Cycle lytique du phage M13


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Cycle lysognique
Lorsque lpisome ne contient pas les gnes
permettant le cycle lytique (pisome F), lADN
du phage sincorpore sous la forme dun ADN
double brin capable dexprimer les gnes quil
contient

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rsum
Les procaryotes (bactries) possdent un matriel nuclaire
appel le chromonme et des lments gntiques
extrachrachromosomiques que sont les plasmides. Les
bactries sont infectes par des bactriophages qui sont
des particules virales constitues dADN ou dARN protgs
par une enveloppe, la capside. Le chromonme, le
plasmide et le bactriophage, peuvent changer des
fragments dADN par des mcanismes de transfert
attribuant la bactrie de nouveaux phnotypes
contribuant la diversit chez les procaryotes. Les
plasmides et les phages sont modifis par les chercheurs
(gni gntique) et servent de vecteurs de transfert de
matriel gntique.

Gntique des procaryotes 2015-2016

UNIVERSITE DES SCIENCES ET DE LA TECHNOLOGIE MB. FACULTE SNV. DEPARTEMENT GMA

GENETIQUE DES PROCARYOTES


3me anne licence
SAIDI-OUAHRANI Nadjia
2015-2016

Matriel gntique- mutation rparation- transfert-rgulation

USTO (MB). FSNV. Dpartement GMA. L3. Matire : Gntique des procaryotes. 2015-2016

Exercice 1 : Que reprsente la figure ci-dessous ? Donner un maximum dinformation.

Exercice 2 : Que peut reprsenter ce schma, condition de le complter ?

Dr SAIDI

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Exercice 3 :
J. Cairns (1963) a prouv que lADN dE.coli est circulaire (ferm) et que le mode de rplication est semi
conservatif en utilisant la thymidine tritie.
R Rodriguez a utilis la mthode de Cairns et observa que la rplication est bidirectionnelle. Les bactries
sont places pendant un temps variable dans un milieu contenant de la thymidine tritie faible niveau de
radioactivit puis fort niveau de radioactivit.
Daprs vos connaissances, actuelles schmatiser les chromosomes observs par les deux chercheurs.

Exercice 4 :Exprience de Meselson et Stahl (1958)


Des bactries E.coli sont cultives dans un milieu de culture contenant lisotope lourd de
lazote (N15). Aprs un grand nombre de division tout lADN de ces cellules est marqu par
lisotope lourd. Les bactries sont ensuite transfres dans un milieu normal N14. Des
chantillons bactriens sont prlevs toutes les demi-heures. LADN des bactries est extrait
des cellules et dissout dans une solution de chlorure de csium (CsCl) puis introduit dans une
centrifugeuse. Lorsque le CsCl est centrifug trs haute vitesse (50000 rpm) pendant
plusieurs heures, les ions csium et chlorure migrent vers le font du tube sous leffet de la
force centrifuge. Un gradient dions stablit avec une concentration plus leve dans le fond.
Les molcules dADN sont galement pousses vers le fond mais les repoussent vers le haut
en raison de leur densit de flottaison. Le trajet de lADN sarrte lendroit du gradient ou la
force centrifuge compense exactement la densit de flottaison qui dpend elle-mme de sa
densit. Lisotope lourd augmente la densit de lADN. LADN normal peut tre donc
distingu aisment de lADN marqu N15 grce aux positions quils occupent dans le gradient
de chlorure de csium. Les rsultats exprimentaux sont schmatiss dans la figure suivante.

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Analyser et interprter les


rsultats, que pouvez-vous
dduire ?
G : Gnration

EXERCICE 5: complter la lgende du schma suivant et que reprsente-il ?

Dr SAIDI

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Exercice 6
La figure ci-dessous reprsente un mcanisme ayant lieu in vivo ou in vitro. De quel
mcanisme sagit-il ? Complter la lgende en citant les lments indispensables intervenant
dans ce mcanisme.

Exercice 7
Certaines souches bactriennes ont dvelopp une rsistance un antibiotique (gentamycine).
Quel est le mcanisme classiquement voqu pour expliquer cette rsistance ? Un tel
mcanisme est-il envisageable dans le cas ou la rsistance est trs rapidement acquise dune
part et dautre part elle saccompagne de rsistance trois autres types dagent antibactriens
(le chloramphnicol, lampicilline et la sulfamide) ?

Exercice 8
Analyser les proprits de certains plasmides rsums dans le tableau suivant. Que pouvezvous dduire ?

Dr SAIDI

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plasmide

Taille

Intervient dans

Nombre de

(mgadaltons)

la conjugaison

copies de

ou non

plasmides

Phnotypes

/cellule
R1

65

1-3

Rsistance de
multiples drogues

R6

65

1-3

Rsistance de
multiples drogues

Ent P 307

65

1-3

Production
dentrotoxines

Col E 1

4.2

10-15

Production de colicine
E1

RSF 1030

5.6

20-40

Rsistance
lampicilline

Clo DF 13

10

Production de
cloacine

Exercice 9 : Dans quel tat topologique est chaque plasmide schmatis ci dessous ? a quelle
bande, sur le gel dagarose, correspondre chaque tat ?

Dr SAIDI

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Exercice 10 : donner la lgende de la figure suivante montrant une reprsentation schmatique


des deux cycles possibles de dans E.coli.

Dr SAIDI

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