Analyse Microbiologique Des Biocontaminations

Analyse microbiologique des biocontaminations
I-Dfinition , origine et consquences des biocontaminations

1. Dfinition
Biocontamination : les matires premires, les instruments, les aliments sont rarement striles, ils
peuvent tre contamins par des micro-organismes, on parle alors de biocontamination.
2. Origine des MO responsables des biocontaminations
Les micro-organismes peuvent avoir deux origines :
a. Une origine exogne : les MO proviennent de lenvironnement ou dun contact direct avec un
animal ou un tre humain.
-
Lair : latmosphre nest pas un milieu trs favorable la prolifration des micro-organismes car il ne
contient pas de nutriments, mais les micro-organismes sont vhiculs par les poussires ou les
microgouttelettes en suspension qui peuvent donc tre source de contamination
Leau de source et des rivires : contient naturellement des bactries et des algues qui forment le
phytoplancton et des protozoaires qui constituent le zooplancton. Cette flore a un rle dans lautopuration de la matire organique prsente dans leau et dans lalimentation des poissons. Elle renferme
des espces provenant du sol, des vgtaux et des animaux. Mais on peut galement y trouver des
entrobactries provenant des rejets gouts, et entre autre des bactries pathognes, telles Salmonella
responsables de toxi-infections.
Rq Leau potable du robinet quand elle a t traite pour dtruire les micro-organismes.
Le sol : contient des champignons, des bactries, des algues, des protozoaires et des virus. Elle permet
la dcomposition de la matire organique morte (animaux, vgtaux). On parle de flore tellurique
Les MO provenant dun contact direct entre la flore commensale dun individu et le produit contamin:
Le corps hnerge diffrentes flore cutane, flore respiratoire, digestive, vaginale qui ces flores sont
constitus de bactries de champignons microscopiques et de levures, elles comprennent des espces
rsidente et transitoire Diaporama et Document
b. Une origine endogne : les MO proviennent de ce qui est biocontamin.
Exemple 1 si on considre un aliment : la viande de boucherie peut tre contamine par des microorganismes appartenant la flore intestinale de lanimal
Exemple 2 si on considre un patient malade qui a ingr un aliment quil a prpar : les flores
intestinales et cutanes qu patient ont contamin les aliments lorsque les prcautions dhygine ne sont
pas respectes et on provoqu la pathologie.
3. Consquence des biocontaminations

La biocontamination peut tre responsable
- dune altration de laspect, de lodeur voir du got dun produit. (les MO responsables sont
nomms flores daltration)
- et/ou dune pathologie soit en contaminant directement lhomme, soit en contaminant un produit
qui devient alors impropre la consommation et risque dentrainer des pathologies chez le
consommateur.
Nous nous intresserons surtout aux MO responsables de pathologies
Documents de travail Lyce Senghor Evreux - http://biotech.spip.ac-rouen.fr
II-Caractristiques des MO responsables de pathologies
(Mme si on est dans un cours sur les biocontaminations on abordera cette partie sous un angle
plus gnral)
II-1 Le pouvoir pathogne des MO et chane de transmission
Les micro-organismes peuvent exercer leur pouvoir pathogne selon deux grands processus :
-le pouvoir invasif : le micro-organisme envahit lhte, pntre dans les tissus, sy multiplie et
provoque des troubles,
-le pouvoir toxique : le micro-organisme produit une toxine qui une fois en contact avec lhte,
provoque des troubles.
On distingue 3 types de pathologies :
-
Lintoxination : uniquement due lentre de toxine dans lhte (le germe nest plus
prsent)
La toxi-enfection due lentre de la toxine et du micro-organisme producteur
Linfection uniquement due lentre du micro-organisme dans lhte

Intoxination
Toxi-infection
Infection
Recours au pouvoir invasif
+++
Recours au pouvoir toxique
+++
Entre de la toxine
seule dans lhte
Entre de la toxine
et du microorganisme
producteur
Entre du microorganisme seul
Salmonella Thyphi
Mycobacerium
tuberculosis
Mode de contamination
(le germe nest plus
prsent)
Exemples
Clostridium
Botulinum
Pour quil y ait pathologie il faut quil y ait une chaine de transmission (voir document
construire avec les lves)
Document : La transmission dune pathologie bactrienne
Agent infectieux
(bactries, champignons microscopiques, parasites, levures)
Rservoir
eau, sol, matire organique,
organismes vivants(flores)
Transmission endogne
Transmission exogne
(par le produit ou ltre vivant

considr)
(par lenvironnement ou
dautres tres vivants)
Transmission
et
Entre de lagent infectieux (favorise par laltration de la flore normale du
patient, la prsence de corps trangers, dune blessures)
Directe : par simple contact
Indirecte : par du matriel ou un

produit contamin
Pouvoir pathogne
Par une toxine produite par

lagent infectieux
Par la multiplication de
lagent infectieux
Symptmes de linfection
II-2 Notions de MO pathognes stricts et opportunistes
-les MO pathognes stricts provoquent systmatiquement lapparition dune pathologie,

-les MO pathognes opportunistes qui provoqueront une pathologie lorsque lhte sera affaibli
(immunodpression, surinfection de plaies ou de brulures). Certains micro-organismes de la
flore commensale normale peuvent devenir pathogne dans un autre hte voire sur le mme hte.
Consignes
Exercice A laide des documents 1 et 2 extraits du journal officiel et du code du travail, rpondre
aux questions suivantes
1- Le Rapport n 131 (2007-2008) dpos le 12/12/2007au snat de MM. Pierre LAFFITTE et
Claude SAUNIER, sur la biodiversit prcise : On avait identifi 2 500 espces de
bactries en 1980 ; on en a identifi 7 300 aujourd'hui. Mais on value le nombre d'espces
de bactries dans une fourchette comprise entre 600 000 et 6 milliards
2- A laide du document 2 : A quelle catgorie de MO correspondent les micro-organismes
pathognes opportunistes
3- Citer les MO pathognes stricts et indiquer si cela est possible le nom des pathologies quils
provoquent. Reprer ceux qui sont susceptibles de se rencontrer dans le cadre dune
biocontamination.
Rponse
Rq Il existe peu despce bactriennes pathognes par rapport au nombre despces bactriennes
(identifi aujourdhui ou estim) sur terre !!
A lheure actuelle, les pathognes opportunistes correspondent aux pathognes de classe 2 lists
dans le tableau de larrt du 18 juillet 1994 et modifi et aux autres bactries de classe 1 non
listes dans ce tableau.
MO pathogne strict
MO
Pathologie
biocontamination
Bacillus anthracis
Maladie du charbon(cutane,
rarement digestive et arienne)
Brucella abortus, B. canis, B. melitensis 1, B.

suis
Brucellose (contamination
contact avec lh ou aliments :
produits laitiers)
Cont au labo
Burkholderia mallei et pseudo mallei

(Pseudomonas mallei)
Morve , abces, ulcrations
Chlamydia psittaci (souches non aviaries)

intracellulaire
Chlamydiose (symptomes trs

varis : MST, mre lenft)
Coxiella burnetti
pneumonie
+/-
Parasite obligatoire
E.coli, souches cytotoxiques (O157 :H7 et O 103)

- 1) E.coli entropathogne (E.C.E.P.)
Ils sont responsables de gastro-entrites infantiles.
Ils appartiennent des srotypes srologiques particuliers (O111, H2,..)
Ils secrtent une toxine voisine de la toxine des shigelles (shigella like)
Actuellement, ils ont pratiquement disparu des pays industrialiss
- 2) E.coli entrotoxinogne (E.C.E.T.)
Ils sont responsables de diarrhes infantiles dans les pays chauds hygine dficiente et de la diarrhe des voyageurs
(turista). Leur pouvoir pathogne est li la production de 2 toxines : une toxine thermolabile (proche de celle du vibrion
cholrique) une toxine thermorsistante
Francisella tularensis (Type A)
Infection intestinale et extra

intestinales
+ (mdicale et
alimentaire)
- 3) E.coli entro-invasif (E.C.E.I.)

Rares dans nos pays, ils sont proches des shigelles. Ils envahissent les cellules pithliales
du gros intestin et peuvent crer des ulcrations. Ils secrtent une toxine (shigella like)
- 4) E.coli entrohmorragique (E.C.E.H.)
Ils appartiennent prfrentiellement au srotype O157 H7.
Ils produisent une diarrhe hmorragique pouvant se compliquer dun
syndrome hmolytique et urmique. Non invasifs, ils produisent de
puissantes cytotoxines. Le syndrome hmolytique et urmique se
caractrise par lapparition brutale dune thrombopnie, dune hmolyse,
dune insuffisance rnale aigu avec anurie. Il survient plutt chez lenfant
et la femme enceinte ou en post-partum
Tularmieulcre, ganglion
Rares
(contact directe avec livre ou

voie digestive(eau),
piqure :tique,taon)
Mycobacterium africanum
Tuberculose (arosols)
-/+
Mycobacterium bovis
Tuberculose (arosols, lait)
Mycobacterium leprae
lpre
Mycobacterium microti
tuberculose
Mycobacterium tuberculosis
Mycobacterium ulcerans
Ulcrations cutanes (eau des

piscines)
Rickettsia akari (Bact intracellulaire)
Rickettsiose(morsure de la mite et de la souris domestiques)

Rq cont adagents de
labo mdicale
Rickettsia canada
Typhus (morsure de pou ?

puce ? tique ?)
Salmonella typhi
Salmonellose
Shigella dysenteriae
Shigellose
Yersinia pestis
Peste (transmise par les puces)
La pathologie est le rsultat de laction dun MO sur son hte. Elle est conditionne par la quantit
de MO, les proprits du micro-organisme mais galement par les mcanismes de dfense de
lhte.
Certains de ces MO pathognes opportunistes ou stricts sont lorigine de biocontaminations
III- Analyses microbiologiques mises en uvre pour tudier les biocontaminations

III-1 Analyses quantitatives (dnombrement)
1-FMAT (flore msophile arobie totale)
Rend compte de la quantit globale de micro-organismes prsents
-sur un aliment en gnral si > 105 UFC/g daliment
prsume un risque pour le consommateur. Ltude
se fait dn en surface dune glose PCA (plat count agar) incub 30C / 3 j
-Dans leau potable traite en sortie de station de potabilisation si >10 on prsume un risque pour le
consommateur. (dn en surface en PCA, 37C , 3j)
-En milieu pharmaceutique. On dtermine la charge microbienne des matires premires et labsence de
flore totale msophile dans un grand volume de prparation strile. (svt denbt par filtration sur
membrane)
Peut tre associ une recherche de la FPAT pour une recherche de la flore psychrophile. ( incubation
20C)
2-Dnombrement des tmoins de contamination fcale

a-Rappel sur la flore fcale et notion de tmoin de contamination fcale
La flore fcale (provenant du colon) :
Flore dominante (fixe lintestin) : 99% - 109 /g
-bactries anarobies strictes:
- sporuls :Clostridium, Peptococcus
- non sporuls : Bifidobacterium, Lactobacillus
-bactries AAF : E.coli (et autres coliformes), Enterococcus faecalis (ex-Streptocoques groupe D)
Flore de transit (ne se fixe jamais dans lintestin) : 1% - 103 /g
Elle est variable dun individu lautre. Levures, moisissures, Bacillus, Entrobactries diverses
Si on retrouve cette flore fcale dans produit= contamination fcale, traduisant une
mauvaise qualit sanitaire et une mauvaise hygine lors des tapes de transport et de
transformation du produit.
Cependant, on ne ralise pas des recherches de tous ces germes. La flore de transit est inadapte (car de
transit !) et parmi la flore dominante, on utilise seulement certains marqueurs : E.coli et autres coliformes,
Enterococcus faecalis et Clostridium. Pouquoi ces germes ? Car se sont de bons tmoins de contamination
fcale.
b- Qualits dun tmoin de contamination fcale :
-spcifique de lintestin
pour rendre compte de lorigine fcale dune contamination
-en forte quantit dans lintestin
pour pouvoir les dtecter facilement (bonne sensibilit)
-rsistant dans le milieu extrieur
pour persister longtemps dans laliment contamin et donc prouver la
contamination
-simple et rapide mettre en vidence
pratique (et conomique) au laboratoire
Cf Document : Comparaison des principaux marqueurs

Ces marqueurs ne sont pas parfaits, mais on pourra, en fonction de la nature de laliment tester,
utiliser prfrentiellement un marqueur plutt quun autre :
-conserves
Clostridium
-surgels
Enterococcus faecalis et Clostridium, etc
En fonction du marqueur mis en vidence, on pourra conclure sur lantriorit ( viellesse ) et lorigine
fcale de la contamination :
-Si MEE de coliformes
suspicion de contamination fcale
-Si MEE de coliformes thermotolrants
contamination fcale avre
-Si en plus mise en vidence dE.coli
contamination fcale rcente
-Si dans une eau le rapport coliformes fcaux/streptocoques fcaux <1-contamination fcale plutt animale.
3- Dnombrement de micro-organismes pathognes opportunistes (dont la quantit doit

tre importante pour entrainer une pathologie chez un hte)
Staphylococcus aurus, (coque Gram +, cat +)
produit une entrotoxine uniquement lorsquil se multiplie activement c'est--dire lorsque sa vitesse de
muliplication est maximale ( pendant une phase dite de croissance exponentielle).
Ainsi la prsence dun grand nombre de staphylococcus aureus dans un aliment laisse supposer quil ya eu
multiplication bactrienne dans laliment et que laliment contient peut-tre une toxine.
4- Dnombrement de micro-organismes pour tudier la strilisation des bio-produits
Bacillus starothermophilus (agro-alimentaire)
Si on retrouve ces germes en trop grande concentration dans un bioproduit cela indiquera que le produit a
t mal strilis et quil reste encore peut-tre des biocontaminations
5- Autres analyses microbiologiques quantitatives tudiant la biocontamination

responsable daltration des aliments
dans le vin Dnombrement de bactries lactiques rendant le vin acide (piqure du vin)
dans le gruyre Dnombrement de spores de Clostridium butyricum provoquant lclatement du fromage
dans la viande dnombrement de Pseudomonas aruginosa responsable daltration.
Remarque un industrie agro-alimentaire,
FMAT, FPsycrophileAT : pour apprcier la qualit sanitaire et de la qualit marchande
Tmoins de contamination fcale : pour apprcier la qualit sanitaire de laliment
Dnombrement de Staphylococcus aurus : pour apprcier la qualit sanitaire
Dnombrement de Bacillus thermorsistant : pour apprcier lefficacit dun procd de strilisation
Flore daltration : pour apprcier la qualit marchande
III-2-Les analyses microbiologiques qualitatives mise en uvre lors de biocontaminations
Elles permettent de mee des micro-organismes pathognes stricts ou opportunistes provoquant des
maladies graves (mme si peu de MO pntre dans un organisme hte) chez toutes les personnes
ou chez certaines personnes (enfant, personnes ages, femmes enceinte.).
Cette mise en vidence aboutit toujours une identification du germe.
Ces analyses peuvent permettre galement de mee une toxine (ex toxine botulinique)
III-2-1 Recherche de MO pathogne

exercice
La recherche de MO pathogne opportunistes potentiellement dangereux seffectue en plusieurs tapes
(voir application en TP) : (certaines de ces tapes se retrouvent systmatiquement dautres non)
Revivification et Enrichissement en bouillon slectif
le but est de fournir des conditions optimales de croissance (revivification) et de permettre
lenrichissement cest dire la croissance des micro-organismes recherchs en favorisant leur
dveloppement et en empchant le dveloppement dautres micro-organismes dans un bouillon contenant
des agents slectifs
L Isolement sur milieu slectif permettant la mise en vidence dun caractre cultural
intressant
Le but est dobtenir des colonies spares les unes des autres sur un milieu de culture slectif solide. Ce
milieu met en gnral en vidence un caractre biochimique intressant et caractristique du germe
recherch. Il aboutit la DISCRIMINATION DES COLONIES SUSPECTES
LIsolement sur milieu non slectif permet lobtention dune culture pure
Le but est dobtenir une culture de chacune des colonie isole ltape prcdente afin de procder
lidentification
( Cette tape permettra densemencer la galerie didentification miniaturise sans apporter dagent slectif
ou dindicateur color)
L Identification
Une galerie miniaturise permet de mettre en vidence tel ou tel caractre pour lidentification.
Test complmentaire
des tests complmentaires peuvent tre raliss pour classer le clone bactrien isol dans un groupe
donne (groupage) ou un type donn (typage) de lespce identifie. (voir TP)
III-2-2 Recherche de la toxine botulinique

-Clostridium botulinum : cas particulier, on ne recherche pas le germe, mais seulement la toxine dans les
aliments. ( par des ractions mettant en jeu des ractions antigne-anticorps)
III-3 Interprtation des rsultats danalyses microbiologiques de biocontaminations
1- Gnralits
Les rsultats exprimentaux sont compars des rsultats attendus qui peuvent tre
-
Des rsultats fixs par les autorits
Ces rsultats sont fixs par des rglementations europennes ou franaises qui sont bases sur des normes
(rgles communes approuves par un grand nombre dintresss).
En microbiologie en industrie agro-alimentaire dans le paquet hygine (europen 2007)
En pharmaceutique dans la pharmacope (europenne ou franaise 2012)
En cosmtique dans le cadre du rglement europen relatif aux produits cosmtiques (2009)
Des rsultats fixs par les entreprises pour le suivi, le contrle et la prvention des
biocontaminations
2- Exemple dexploitation de rsultats en industrie agroalimentaire
Les professionnels de lagro-alimentaire doivent respecter les exigences du Paquet Hygine et raliser
des contrles rglementaires sur les produits alimentaires. La rglementation leur impose :
-les analyses raliser et la mthode danalyse de rfrence
-le nombre dchantillons tester (=n)
-les rsultats maximaux ne pas dpasser pour librer les lots
Pour la microbiologie, cest le rglement 2073 du Paquet Hygine qui dfinit les critres.
Il existe deux modes danalyses des rsultats :
2.1-Le plan a 2 classes
Rsultat < Norme < Rsultat
Aliment satisfaisant
Aliment non satisfaisant
Pour un plan 2 classes, la norme peut dfinir :
-une limite maximale inconditionnelle (analyse quantitative : dnombrement de Staphylococcus aureus)
-une absence totale (analyse qualitative : recherche de micro-organismes))
2.2-Le plan 3 classes
Le produit peut dans ce cas tre considr :
m
M =10 m
-satisfaisant,-acceptable-non satisfaisant-corrompu
1000m
Satisfaisant
Acceptable
Non satisfaisant
Corrompu
Dans un plan 3 classes il existe un critre supplmentaire. Le critre c qui dfinit le nombre
maximaux de rsultats pouvant tre compris entre m et M.
Exercice :
Dans un plan 3 classes, pour les ptisseries industrielles, les normes indiquent pour le critre coliformes :
n=5, m=10 UFC/g, c=2.
Indiquer la signification du n.
Indiquer si le critre coliforme est un critre de scurit, dhygine de procd ?
Indiquer pour chaque ptisserie si elle est conforme la norme ou pas. Justifier.
Rsultats exprim en UFC de coliformes/g daliment
Saint honor
chantillon 1 : 40 UFC/g , chantillon 2 : 32 UFC/g, chantillon 3 : 56 UFC/g , chantillon 4 : 95 UFC/g,
chantillon 5= 28 UFC/g.
Tarte aux pommes :
chantillon 1 : 5 UFC/g , chantillon 2 : 12 UFC/g , chantillon 3 : 10 UFC/g , chantillon 4 : 2 UFC/g,
chantillon 5 : 5 UFC/g .
Eclair au chocolat
Correction
m= 5
Satisfaisant
M= 50
Acceptable
5000
Non satisfaisant
Corrompu
Saint honor : 0 satisfaisant, entre 5 et 50 : 5 produits acceptables, le nombre daliment acceptable est plus
grand que le critre c de 2.
Tarte aux pommes : entre 5 et 50 : 1 : 3 satisfaisants, 2 acceptable= au critre c donc conforme la norme
Eclair au chocolat :
2 satisfaisant, 2 acceptable, 1 non satisfaisant : non conforme.
Document 1 -La flore bactrienne commensale
Chez un homme sain, les tissus internes (cerveau, sang, liquide cphalo-rachidien, muscles) sont
normalement dpourvus de micro-organismes. Inversement, les tissus de surface (peau et
muqueuses) sont toujours en contact avec les micro-organismes de lenvironnement et sont
rapidement coloniss par certaines espces microbiennes. On appelle microflore normale le
mlange de micro-organismes que lon trouve rgulirement dans un site anatomique donn.
Cette micro flore tablie une relation de commensalisme avec les diffrentes rgions du corps.
Commensalisme : (du latin cum-, avec et mensa, table , compagnon de table ) est
une relation de co-existence de 2 organismes o seul un des partenaires tire profit de lassociation.
Le partenaire jouant le rle dhte fournit des nutriments lautre membre sans lui causer de
dsagrment.
Les micro-organismes commensaux peuvent faire partie soit dune flore rsidente (permanente)
soit dune flore transitoire. Les micro-organismes rsidants se dveloppent normalement sur lhte.
Les micro-organismes prsents temporairement sont appels transitoires : ces micro-organismes
ne se fixent pas fermement ; ils sont incapables de se multiplier sur lhte et meurent en quelques
heures.
Les principales flores commensales de lhomme :

Localisation
Flore de base ou
rsidante
Flore cutane
Peau et muqueuses
Staphylocoques blancs
Microcoques
Corynebactries
Streptocoques
Flore respiratoire
Nez
Staphylocoques blancs
Bouche et gorge
Streptocoques
Corynebactries
Nom de la flore
Flore digestive
Intestin
Flore vaginale
Organes gnitaux
Clostridium perfringens
Escherichia coli
Coliformes
Enterocoques
Bacillus
Lactobacillus
Streptocoques
Flore transitoire
Staphylocoques dors
Entrobactries (rgion
anale, mains)
Pseudomonas aeruginosa
Staphylocoques dors (35
75% de porteurs)
Staphylocoques dors
Entrobactries
Pneumocoques
Staphylocoques dors
Entrobactries
Clostridium perfringens
Exercice sur le pouvoir pathogne des micro-organismes

1- Pour chaque cas dcrit dans les documents indiquer : le rservoir, le mode de
transmission de la bactrie, la voie dentre dans lorganisme et le pouvoir
pathogne du micro-organisme impliqu et les symptmes.
2- Complter le tableau ci-dessous laide des documents.
Intoxination
Toxi-infection
Infection
Recours au pouvoir invasif

(+++, + ou -)
Recours au pouvoir toxique
(+++, + ou -)
Support essentiel du pouvoir

pathogne
Pathognicit de la
toxine seule dans
lhte
(le germe nest plus
prsent)
Pathognicit de la
toxine et du microorganisme
producteur dans
lhte
Pathognicit du
micro-organisme
seul dans lhte
Exemples
Cas 1 : Etude de cas de tuberculose

Document a 23.05.2012 Maisons-Alfort : deux nouveaux cas de tuberculose au lyce.
C'est grave la tuberculose? sourcille
ce jeune homme. A la sortie du lyce
Eugne-Delacroix de Maisons-Alfort, les
deux cas de tuberculose dtects en
avril sont loin d'occuper toutes les
conversations. Mais du ct de
certaines familles, l'inquitude est
cependant palpable. .. Au total, quatre
lycens et un enseignant ont ainsi t
atteints. A l'poque, seules les
personnes qui avaient t en contact
direct avec les malades ont t
dtectes se souvient Thierry Lerch,
prsident du conseil local de la FCPE.
C'est important de savoir, afin de le
prciser son mdecin si l'on tombe
malade et qu'il puisse chercher dans ce
domaine, au cas o Il faut savoir que
la tuberculose est une pathologie
dangereuse, mais avec une observance
et un suivi, c'est une maladie bien prise
en charge. Ce dpistage doit tre
organis dbut juin. Le Parisien.
Document b La tuberculose. Biologie et physiopathologie humaine, Nathan TST2S
Les bacilles de Koch se

multiplient activement dans
les macrophages des alvoles
pulmonaires et
entranent leur destruction. Ceci
est l'origine d'une zone de
ncrose au centre du
tubercule
Cas b : Etude de cas de samonellose

Document c : Salmonellose dans du Saint Nectaire : 48 personnes intoxiques
(5 septembre 2012, Le Parisien.)
Quarante-huit personnes ont t atteintes de salmonellose aprs avoir consomm du Saint-Nectaire fermier
produit par l'auvergnat Fereyrol et distribu par la socit Dischamp, a annonc cette dernire mercredi au
journal rgional La Montagne. C'est l'Agence rgionale de sant (ARS) qui a inform l'entreprise de la
dcouverte de la bactrie dans l'un des lots de Saint-Nectaire fermier commercialiss. Ce lot n D21950033,
vendu la coupe reprsente 3.500 fromages, soit cinq tonnes retires des bacs.
Le producteur Fereyrol et la socit Dischamp, qui en assure la distribution, ont du coup annonc,
mercredi soir, le rappel de ces fromages commercialiss entre le 10 aot et le 5 septembre.
Les magasins dans lesquels les produits ont t mis en vente ont, depuis, mis en place des affichettes
pour informer les consommateurs. Les toxi-infections alimentaires causes par les salmonelles se
traduisent par des troubles gastro-intestinaux souvent accompagns de fivre dans les 48 heures
suivant la consommation des produits contamins.
Ces symptmes peuvent tre aggravs chez les jeunes enfants, les sujets immunodprims et les
personnes ges. Ceux qui auraient consomm ces fromages et qui prsenteraient ce type de
symptmes sont invites consulter sans dlai leur mdecin.
Les cas de salmonellose sont en baisse dans l'Union europenne, avait indiqu l'Autorit europenne
de scurit des aliments (EFSA) dans son dernier rapport en mars: en 2010, ils sont passs 99.020
cas contre 108.618 l'anne prcdente
Document d : La salmonellose
Les salmonelloses Salmonella typhi et Salmonella paratyphi sont regroupes sous le nom de fivres
typhodes . Les germes sont ingrs, se multiplient dans lintestin, traversent la barrire intestinale et
gagnent les ganglions lymphatiques msentriques quils colonisent et, de l, passent dans le sang. A ce
niveau, ils laborent une toxine irritant le systme nerveux. Tout ceci se matrialise par un tat de
septicmie, des vomissements, des diarrhes, des atteintes du tractus digestif (perforation, hmorragies)
et un tat de prostration particulier, le typhos .
Cas c : Etude de cas de botulisme
Botulisme : une autre marque de tapenade

mise sous surveillance Le Monde.fr | 07.09.2011 09h31
Document e :
La tapenade artisanale est suspecte d'avoir provoqu des cas de botulisme chez huit personnes. | D.R.
Selon une information du Parisien, la marque de

tapenade Terre de Mistral est sous surveillance, aprs
que huit personnes ont t hospitalises, certaines
dans un tat grave, aprs avoir consomm de la
tapenade de marque Les Dlices de Marie-Claire,
suspecte d'avoir t contamine par de la toxine
botulique.
"Un contrle effectu par la Direction dpartementale de la protection des populations a permis
d'tablir que cet tablissement [La Ruche, d'o est issue la tapenade Les Dlices de Marie-Claire]
fabriquait galement des produits en conserve sous la marque Terre de Mistral", a indiqu mardi
la prfecture du Vaucluse, selon Le Parisien. Les personnes ayant achet ces tapenades sont
invites, par prcaution, ne pas les consommer.
Le botulisme est une maladie rare mais pas exceptionnelle en France, puisqu'on en recense une
vingtaine de cas dans le pays chaque anne, et n'est pas contagieuse, souligne la Direction
gnrale de la concurrence, de la consommation et de la rpression des fraudes (DGCCRF).
Cette maladie trs dangereuse rsulte gnralement d'un dfaut de strilisation des conserves,
de fabrication professionnelle ou familiale.
NI INSPECTION NI CONTRLE
Selon la DGCCRF, l'enqute a permis d'identifier l'aliment commun l'origine de deux cas
groups de botulisme, l'un dans le Vaucluse, l'autre dans la Somme : une conserve de tapenade
d'olives vertes aux amandes produite par l'tablissement La Ruche, de Cavaillon (Vaucluse).
L'entreprise ne s'tait pas dclare auprs des services vtrinaires, a indiqu mardi la prfecture.
Le couple d'artisans qui gre l'tablissement, gs d'une soixantaine d'annes, a agi ainsi "par
ignorance", a expliqu Martine Clavel, secrtaire gnrale de la prfecture du Vaucluse lors d'une
confrence de presse. Du fait de cette absence de dclaration, leur atelier de production, install
en 2000, n'avait jamais fait l'objet d'inspections. Eux-mmes n'effectuaient pas de contrle et ils
n'avaient pas non plus sollicit d'organisme technique.
Document f : Le botulisme site web, institut Pasteur, aout 2009

Le botulisme est une affection neurologique grave provoque par une toxine trs puissante
produite par la bactrie Clostridium botulinum. Celle-ci se dveloppe notamment dans les
aliments mal conservs, et la maladie rsulte en gnral d'une intoxication alimentaire. Elle
se manifeste d'abord par des troubles visuels, puis une scheresse de la bouche et une
difficult de dglutition, puis par une fatigue pouvant voluer vers une paralysie atteignant
progressivement tous les muscles du corps. Si le botulisme est rare, sa mortalit reste
leve quand le traitement n'est pas immdiat. Le vaccin aujourd'hui disponible prsente
des effets secondaires. Il est rserv uniquement aux personnes exposes au risque.
Epidmiologie
Lagent pathogne impliqu dans le botulisme est une bactrie appele Clostridium botulinum. Cest la toxine
extrmement puissante quelle synthtise qui est responsable de la maladie. Sur les sept types de botulisme connus
aujourdhui, quatre les types A, B, E et plus rarement F affectent lhomme.
La majorit des cas de botulisme correspondent des intoxications alimentaires, par ingestion de la toxine produite
par C. botulinum dans des aliments conservs nayant pas subi de processus pouss de strilisation : salaisons,
charcuteries ou encore conserves dorigines familiale ou artisanale. Lincidence du botulisme la plus leve signale
ces dernires annes concerne le Caucase (Armnie, Azerbadjan et Gorgie), o de telles pratiques culinaires sont
courantes. Plus rarement, la maladie peut se transmettre par les plaies, ou, chez le nourrisson (botulisme infantile),
par ingestion de spores ou de la bactrie qui, la faveur de la protection intestinale peu robuste par la flore digestive
chez le nouveau-n, peuvent coloniser lintestin, produire et librer la toxine. Il nexiste en revanche aucune contagion
interhumaine.
En France, le botulisme est rare : lincidence moyenne sest stabilise depuis 1980 autour de 20 30 foyers par an,
impliquant le plus souvent chacun un trois malades. Il sagit dans la majorit des foyers, de botulisme alimentaire li
la consommation de conserves familiales, mais aussi de produits artisanaux ou de la grande distribution. Les
formes de botulisme infantile ou par blessure sont plus rares. La survenue de cas svres ces dernires annes,
notamment en 2008, rappelle la ncessit de surveiller cette maladie. Les structures nationales de surveillance de la
maladie, comme le Centre national de rfrence des Bactries anarobies et du botulisme, ou lInstitut de veille
sanitaire, soulignent la ncessit dune surveillance attentive et renforce du botulisme, pour mieux comprendre
lpidmiologie et lvolution de la maladie, et adapter, au besoin, les mesures de prvention et de contrle .
La maladie
Le botulisme se dclare aprs une incubation de quelques heures quelques jours, en fonction du mode de
contamination. En gnral, les personnes ayant partag les mmes aliments manifestent des symptmes identiques,
mais avec une svrit variable. Ceux-ci dbutent par une atteinte oculaire (dfaut daccommodation, vision floue),
une scheresse de la bouche accompagne dun dfaut de dglutition voire dlocution, puis dune parsie une
paralysie des muscles. Dans les formes avances, ils voluent vers une paralysie descendante des membres et des
muscles respiratoires. Cest cette insuffisance respiratoire qui entrane le dcs. Le botulisme infantile, lui, provoque
chez le nouveau-n une anorexie, une altration des cris et une perte du contrle de la tte, une constipation, puis
une paralysie et une insuffisance respiratoire dans les formes graves.
Le botulisme est mortel dans 5 10% des cas selon le type de toxine en cause, les toxinotypes A et E tant lorigine
des formes les plus graves.
Traitement et prvention
Le traitement du botulisme est essentiellement symptomatique et requiert, dans les formes svres, des soins
respiratoires intensifs avec ventilation assiste. La srothrapie est indique dans les formes svres, mais elle nest
efficace que si elle est administre prcocement, dans les 24 premires heures aprs lapparition des symptmes. La
grande majorit des malades pris en charge sans dlai gurissent sans squelles, mais la dure du traitement et de
la convalescence peut tre longue.
Les antibiotiques nont aucune action sur la toxine botulique, et ne sont donc pas prescrits chez ladulte. Ils sont en
revanche ncessaires dans le cas du botulisme infantile, pour dtruire la bactrie loge dans le tractus digestif du
nourrisson.
Il existe de plus un vaccin antibotulique, mais il est rserv aux personnes exposes, travaillant en laboratoire par
exemple, et il peut gnrer des effets secondaires importants.
Les mesures de prvention reposent sur le respect des rgles dhygine relatives la prparation et la conservation
des denres alimentaires, afin de prvenir le dveloppement de C. botulinum, et la production de toxine.
Document : La transmission dune pathologie bactrienne

Agent infectieux
Correction
MO pathogne strict
MO
Pathologie
Bacillus anthracis
Maladie du charbon
Brucella abortus, B. canis, B.

melitensis 1, B. suis
Brucellose
Burkholderia mallei et pseudo

mallei
Morve , abces, ulcrations
biocontamination
+/-
Chlamydia psittaci (souches non Chlamydiose ( MST)

aviares)
Coxiella burnetti
Pneumonie
E.coli, souches cytotoxiques

(O157 :H7 et O 103)
Infection intestinale et extra intestinales
Francisella tularensis (Type A)
Tularmie :ulcre, ganglion
--/+
Mycobacterium africanum
-/+
Mycobacterium bovis
Tuberculose (arosols, lait)
Mycobacterium leprae
Lpre
Mycobacterium microti
Tuberculose
Mycobacterium tuberculosis
Mycobacterium ulcerans
Ulcrations cutanes (eau des piscines)
Rickettsia akari
Rickettsiose
Rickettsia canada
Typhus
Salmonella typhi
Salmonellose
Shigella dysenteriae
Shigellose
Yersinia pestis
Peste (transmise par les puces)
Document : les tmoins de contamination fcale

E.coli et coliformes
Enterococcus faecalis
Clostridium
Type
Bacilles Gram -
Coques Gram +
Bacilles Gram +
sporuls
Type respiratoire
AAF
AAF
Anarobies strictes
Concentration / g de
matires fcales
106
105
105
+++
+
Rsistance
E.coli : +/Coliformes totaux : +/Coliformes thermotolrants
(fcaux) : +
Spcificit
Clostridium est un
germe tellurique
E.coli : +
Survie -20C
+++
Simplicit de mise en
vidence
+++
+++
Remarque sur les spores :

Certaines bactries (Clostridium et Bacillus), dans des conditions dfavorables leur culture (manque de
nutriments) se transforment en petite unit ovale ou sphriques dune trs grande rsistance.
Lorsque ces spores sont mises dans des conditions favorables elles germinent et retournent alors leur
forme bactrienne
Sporulation
(Lorsque les conditions de croissance sont dfavorables)
Bactrie
Spore bactrienne
Germination
(Lorsque les conditions de croissance sont redeviennent favorables
Exercice : tude de la dmarche de recherche de microorganismes pathognes opportunistes pouvant

entrainer des pathologies graves chez certaines personnes.
- Lire les documents
- Indiquer pour chaque cas sil sagit de la recherche dune biocontamination ou sil sagit des consquences
de lutilisation dun produit biocontamin.
- Indiquer pour chaque cas les grandes tapes de la dmarche de recherche du micro-organisme dans un
produit polymicrobien.
Recherche de Salmonella dans les selles dun patient, suite sa consommation daliments
suspects
Selles du patient
Jour 1
Isolement sur deux milieux

slectifs
Jour 2
Reprage des colonies

suspectes
et ensemencement des colonies
suspectes sur une galerie
rapide et une glose ordinaire
Jour 3
Identification sur galerie API
Jour 4
Ensemencement dun bouillon

denrichissement slectif : le
bouillon Rappaport
Isolement sur deux milieux

slectifs
Reprage des colonies

suspectes
et ensemencement des colonies
suspectes sur une glose
ordinaire
Lecture et test de confirmation

CONCLUSION si les selles
contenaient une forte
concentration en salmonelles
le jour du prlvement
Identification sur galerie API
Lecture et test de confirmation
Jour 5
CONCLUSION si les selles

contenaient une faible
concentration en salmonelles
le jour du prlvement
Remarque :
Trs souvent, les salmonelles ne sont prsentes dans selles quen trs petites quantit. Et parfois, on ne
les retrouve pas lisolement direct des selles mme si des salmonelles sont prsentes dans les selles
Exercice :
La rpression des fraudes a effectu des analyses sur des produits commercialiss dans une ptisserie
industrielle.
Elle sest bas sur la rglementation qui est un plan 3 classes, les normes indiquent pour le critre
coliforme : n=5, m=10 UFC/g, c=2.
Saint honor
Tarte aux pommes :
Eclair au chocolat
Questions
1- Indiquer la signification du n.
2- Indiquer si le critre coliforme est un critre de scurit, ou dhygine de procd.
3- Indiquer pour chaque ptisserie si elle est conforme la norme ou pas. Justifier.
Exercice :
La rpression des fraudes a effectu des analyses sur des produits commercialiss dans une ptisserie
industrielle.
Elle sest bas sur la rglementation qui est un plan 3 classes, les normes indiquent pour le critre
coliforme : n=5, m=10 UFC/g, c=2.
Saint honor
Tarte aux pommes :
Eclair au chocolat
Questions
1- Indiquer la signification du n.
2- Indiquer si le critre coliforme est un critre de scurit, ou dhygine de procd.
3- Indiquer pour chaque ptisserie si elle est conforme la norme ou pas. Justifier.

Analyse Microbiologique Des Biocontaminations

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Analyse Microbiologique Des Biocontaminations

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Analyse microbiologique des biocontaminations

I-Dfinition , origine et consquences des biocontaminations

3. Consquence des biocontaminations

Documents de travail Lyce Senghor Evreux - http://biotech.spip.ac-rouen.fr

II-Caractristiques des MO responsables de pathologies

II-1 Le pouvoir pathogne des MO et chane de transmission

La toxi-enfection due lentre de la toxine et du micro-organisme producteur

Linfection uniquement due lentre du micro-organisme dans lhte

Recours au pouvoir invasif

Recours au pouvoir toxique

Entre du microorganisme seul

(par le produit ou ltre vivant

Indirecte : par du matriel ou un

Par une toxine produite par

Documents de travail Lyce Senghor Evreux - http://biotech.spip.ac-rouen.fr

II-2 Notions de MO pathognes stricts et opportunistes

-les MO pathognes stricts provoquent systmatiquement lapparition dune pathologie,

Brucella abortus, B. canis, B. melitensis 1, B.

Burkholderia mallei et pseudo mallei

Morve , abces, ulcrations

Chlamydia psittaci (souches non aviaries)

Chlamydiose (symptomes trs

Documents de travail Lyce Senghor Evreux - http://biotech.spip.ac-rouen.fr

E.coli, souches cytotoxiques (O157 :H7 et O 103)

Francisella tularensis (Type A)

Infection intestinale et extra

- 3) E.coli entro-invasif (E.C.E.I.)

(contact directe avec livre ou

Tuberculose (arosols, lait)

Ulcrations cutanes (eau des

Rickettsia akari (Bact intracellulaire)

Rickettsiose(morsure de la mite et de la souris domestiques)

Typhus (morsure de pou ?

Peste (transmise par les puces)

Certains de ces MO pathognes opportunistes ou stricts sont lorigine de biocontaminations

Documents de travail Lyce Senghor Evreux - http://biotech.spip.ac-rouen.fr

III- Analyses microbiologiques mises en uvre pour tudier les biocontaminations

2-Dnombrement des tmoins de contamination fcale

Documents de travail Lyce Senghor Evreux - http://biotech.spip.ac-rouen.fr

Cf Document : Comparaison des principaux marqueurs

3- Dnombrement de micro-organismes pathognes opportunistes (dont la quantit doit

5- Autres analyses microbiologiques quantitatives tudiant la biocontamination

III-2-Les analyses microbiologiques qualitatives mise en uvre lors de biocontaminations

Documents de travail Lyce Senghor Evreux - http://biotech.spip.ac-rouen.fr

III-2-1 Recherche de MO pathogne

III-2-2 Recherche de la toxine botulinique

Des rsultats fixs par les autorits

Documents de travail Lyce Senghor Evreux - http://biotech.spip.ac-rouen.fr

2- Exemple dexploitation de rsultats en industrie agroalimentaire

Documents de travail Lyce Senghor Evreux - http://biotech.spip.ac-rouen.fr

Documents de travail Lyce Senghor Evreux - http://biotech.spip.ac-rouen.fr

Document 1 -La flore bactrienne commensale

Les principales flores commensales de lhomme :

Documents de travail Lyce Senghor Evreux - http://biotech.spip.ac-rouen.fr

Exercice sur le pouvoir pathogne des micro-organismes

Recours au pouvoir invasif

Support essentiel du pouvoir

Cas 1 : Etude de cas de tuberculose

Documents de travail Lyce Senghor Evreux - http://biotech.spip.ac-rouen.fr

Document b La tuberculose. Biologie et physiopathologie humaine, Nathan TST2S

Les bacilles de Koch se

Cas b : Etude de cas de samonellose

Cas c : Etude de cas de botulisme

Botulisme : une autre marque de tapenade