Parte de la genmica dedicada a la identificacin de todas las molculas de ARN transcritas y de todas las

protenas codificadas por el genoma.

Cuando an no estaba puesta a punto la secuenciacin, se crea que la mayora del ADN era funcional y muy
poco era ADN basura. Cuando se secuenciaron los genomas se vio que haba muy pocos genes (2200023000) y todo lo dems era ADN basura. Ahora se sabe que mucho ADN basura se transcribe. Aunque en
algunos casos no se conoce la funcin concreta, en otros llevan a cabo funciones importantes.
No era lgico que un organismo complejo tuviera tan pocos genes. Por tanto, estos genes deben estar
finamente controlados por otros elementos que son estos ARN procedentes del "ADN basura".
Actualmente se hacen anlisis de genmica funcional para intentar averiguar cmo funcionan estos
transcritos.
No todo el ARN pasa a protenas (ribosmico, de transferencia) ni todo el ADN pasa a ARN. Pero el ADN que
no se transcribe tambin puede ser funcional: centrmeros, telmeros, orgenes de replicacin Tienen
funcin estructural o de seal.
Tcnicas para llevar a trmino el anlisis genmico funcional
1. Caracterizacin de genes a partir de la secuencia
Existen bases de datos con secuencias de ADN y protenas.

2. Inactivacin gnica
Ratones knockout: Podemos conocer la secuencia, saber que es un gen y desconocer su funcin. Mediante
organismos knockout se inactiva el gen y se observa el resultado para saber la funcin. El gen se mete en un
vector con marcadores de seleccin mediante recombinacin no homloga (se cambia un alelo normal por
uno no funcional) y se observa el resultado. Mirar imagen!
ARN interferente: conociendo la secuencia se puede bloquear la expresin de un gen. Se usa ms actualmente.

3. Prediccin de marcos abiertos de lectura

Existen software a los que les introduces una secuencia y te devuelven posibles marcos de lectura. Se va
viendo en qu punto hay un codn de iniciacin y se van asignando codones lgicos que codifican
aminocidos y un codn de terminacin. Esta secuencia se enva a la base de datos para ver si es una protena
y si no se marca como posible protena.
El gen puede estar interrumpido por intrones. Estos tienen un sitio donador y un sitio aceptor. Si buscamos
este tipo de secuencia, podemos eliminar los intrones del anlisis.
En definitiva, esta tcnica delimita zonas del genoma que pueden contener genes. Se trata de una tcnica
predictiva.

4. Estudios de expresin gnica

Comprobacin de la expresin de genes a nivel masivo para poner de manifiesto los posibles cambios de
expresin de determinados genes. Hasta hace poco se haca mediante microarrays o biochips, que sirven para
hacer anlisis de expresin diferencial entre muestras controles y muestras problema. Se van a detectar

determinados genes que no se va a saber dnde estn ni cmo intervienen en otros procesos pero se van a
dar diferencias entre un control y otra determinada situacin.
Existen microarrays hechos de especies modelo. Si no se pueden comprar, tiene que hacerlo uno mismo, lo
cual lleva tiempo y cuesta dinero. Normalmente se realiza un consorcio entre grupos de investigacin y se
pide una financiacin.
Se toma ARN mensajero de los mximos sitios posibles de la especie y se pasa a cDNA. Existen genes que
para que sean funcionales necesitan mucho ARNm, pero hay otros que slo con una pequea transcripcin
es suficiente para su funcin, por lo que hay pocos mensajeros de esos genes. Por este motivo hay que
normalizar, de modo que tomando los transcritos de nivel basal, nos quitamos de en medio todas las
sobreexpresiones.
Se secuencia el cDNA. EST o Secuencias Expresadas Diana. Se secuencian los (300-400) primeros nt del
cDNA, se sintetiza un oligo complementario y se aade a una placa con pocillos. Al final la placa queda llena
de oligos monocatenarios complementarios a los cDNA. Los microarrays que se comercializan vienen con los
oligos ordenados segn su procedencia.
Ya slo queda hibridar (la sonda son los oligos de la placa). Ejemplo para el cncer: se usan como control
ARNm de clulas normales y luego se toman ARNm de clula tumoral del mismo tejido. A esos ARN se les
aade un fluorocromo de distinto color. En aquellos pocillos donde haya un gen que se exprese en ambos
tipos celulares, se vern los dos colores. Si slo se expresa en clulas tumorales, se ver rojo. Si slo en
clulas normales, se ver verde. Nos interesa saber aquellos genes que se activan en las clulas cancergenas
y se inactivan en las normales y aquellos que se inactivan en las cancergenas y se activan en las normales.
A partir de cualquier pocillo se puede saber la secuencia del oligo y comenzar el anlisis.
Actualmente los microarrays estn en desuso porque la secuenciacin es muy barata. Actualmente se coge
el ARNm por ejemplo, de un hgado sano y de otro enfermo. Se pasa a cDNA y se secuencia todo (secRNA,
secuenciacin masiva de ARN). Con un software se empiezan a comparar secuencias. Todas las secuencias
que sean homlogas entre s y se expresen al mismo nivel se excluyen, ya que slo nos interesan aquellas
que slo se expresan en sanos y aquellas que slo se expresan en enfermos o aquellas que se expresan en
ambos pero tienen expresin diferencial.
Estudios de expresin gnica
Utilidad:
Estudio de expresin de genes asociados a una enfermedad
Determinar los genes implicados en el desarrollo (no diferenciado frente a diferenciado o las diferentes
fases de diferenciacin)
Medir los efectos de estmulos externos: medicamentos, luz, alimentacin, sueo, etc
Comparar clulas u organismos mutantes frente al tipo comn
Homologa entre organismos

Genes ortlogos: genes muy similares (homlogos) entre especies diferentes porque tienen un origen
comn. Ese gen estuvo en un antepasado comn a esas especies.
Genes parlogos: genes homlogos encontrados en un mismo organismo originado por duplicacin de
un gen ancestral.
o Si hay dos genes en un organismo que hagan la misma funcin, puede silenciarse uno de ellos,
de modo que ir degenerando con la evolucin. En otros casos, la duplicacin puede mantenerse
si el hecho de que haya el doble de producto es beneficioso para el organismo. Tambin puede
pasar que uno de ellos cambie su funcin.