Bioqumica de las Macromolculas

Evolucin de estructura y funcin

proteica
Romina Hidalgo

proto prefijo del gr. prtos, que significa primero.

proteico, ca adj. Que cambia con frecuencia de forma, por
alusin a Proteo; dios marino que habiendo recibido de su
padre Neptuno el don de la profeca, para librarse de los que
lo acosaban con sus preguntas cambiaba de forma cuando
quera.

Evolucin de estructura y funcin proteica

Introduccin:
Todos los organismos vivos son similares a nivel molecular, 20 aminocidos ismero L y los
mismos nucletidos con la D-ribosa. Esto est de acuerdo con la teora de que todos poseen un
ancestro comn que haba adquirido esas caractersticas. Se asume que la diversidad a niveles
mas altos de organizacin es el resultado de la evolucin divergente, y los procesos bioqumicos
ms bsicos han sido conservados, porque una alteracin hubiera sido letal.
La comparacin de las secuencias de ADN y de protenas es la manera mas aceptada para la
reconstruccin de los procesos de evolucin. Esto es porque la informacin contenida en esas
secuencias es muy amplia.
Una cadena de slo 1000 nucletidos (como para codificar una protena promedio) puede
existir como cualquiera de 41000 (10600) secuencias diferentes.
Las variaciones evolutivas de una protena, aportan mucha informacin sobre la protena en
s misma. La evolucin divergente hacia distintas especies resulta en variaciones de la misma
protena, con esencialmente la misma funcin biolgica pero diferente secuencia. Las diferencias
y similitudes en la secuencia reflejan la estrictez necesaria para estructura y funcin para esa
protena.
Las relaciones evolutivas nos dan indicios del rol biolgico de protenas no caracterizadas.
Protenas que son muy similares en estructura y secuencia pueden llevar a cabo funciones
distintas, y protenas con estructuras distintas pueden tener funciones idnticas. Se sabe que la
funcin y la estructura tridimensional estn ntimamente relacionadas.
Entender la evolucin de la funcin puede aportar datos para el diseo de protenas con
funciones nuevas.
Mutaciones y estructura proteica
Las consecuencias de las mutaciones sobre la estructura, depende de la ubicacin de los
nucletidos afectados en el gen, incluso puede ser inocua. Las mutaciones pueden cortar el
polipptido, o reemplazar un aminocido por otro. La importancia de este cambio tendr relacin
con la similitud qumica de los aminocidos, y ser mucho mayor si afecta a modificaciones post
traduccionales, como el clivaje proteoltico. Inserciones y deleciones, afectan el marco de lectura,
y este tipo de mutaciones produce una cadena peptdica irreconocible. Mutaciones en regiones no
codificantes puede alterar la cantidad de protena sintetizada, e incluso el splicing, afectando
dramticamente a la protena.
Luego de la existencia de material gentico funcional, su complejidad habra aumentado mas
fcilmente debido a la duplicacin de genes existentes que por generacin de nuevo material
gentico. Con dos copias de cada gen disponibles, una copia puede proveer la funcin original
necesaria, y la otra acumular las mutaciones que alteran esa funcin. Si esta copia alterada
eventualmente sirve para una nueva funcin, probablemente quede retenida en el genoma y
pasado a las siguientes generaciones.
Los genes que ocupan el mismo locus en diferentes especies, y las protenas producto de
esos genes, se llaman ortlogos, mientras que genes de diferentes loci, pero relacionados por
duplicacin de genes son designados parlogos. La filogenia de las especies puede reconstruirse
solo comparando los genes ortlogos. las diferencias entre genes parlogos de diferentes
especies no est relacionada con el tiempo desde la divergencia, sino con el tiempo desde la
duplicacin de los genes.

Bioqumica de las Macromolculas

Definiciones
Trmino
Homlogo
Anlogo
Ortlogos
Parlogos
Residuos funcionales

Definicin
Surgieron de una protena ancestral en comn, y su relacin
evolutiva es evidente por similitudes en la secuencia, la estructura y/o
en la funcin
Son similares de alguna forma, pero no hay evidencias de ancestro
comn. Anlogos estructurales comparten el mismo plegamiento, y
anlogos funcionales la misma funcin.
Son genes equivalentes en diferentes especies que surgieron de un
ancestro comn por especiacin.
Surgieron por duplicacin de genes dentro de un genoma, y tienen
funciones diferentes, pero generalmente relacionadas.
Incluyen residuos de unin, en contacto con sustrato y cofactor, y
residuos catalticos que intervienen en el mecanismo enzimtico.

Elongacin proteica por duplicacin intragnica

Parte o toda la secuencia de aminocidos es duplicada si se mantiene el marco de lectura. Las
porciones duplicadas pueden acumular cambios por mutaciones y divergir. Se observa este
fenmeno en protenas con dos mitades de secuencia muy similares, y en la estructura
tridimensional, dos dominios gemelos (como el caso de las ferredoxinas, albmina, fibringeno y
colgeno).
Fusin de genes
Dado que existen un nmero limitado de plegamientos, y una cantidad inmensurable de
actividades requeridas para la vida, la construccin modular ha sido un importante mecanismo
para originar funciones nuevas.
La fusin de genes ocurre mas frecuentemente en eucariotas que en procariotas,
probablemente porque las dos regiones codificantes de ADN tienen que estar unidas
exactamente con el mismo marco de lectura si ocurre en intrones. Dos regiones codificantes
pueden ser eficientemente fusionadas por recombinacin gentica con un intrn entre ellas que
puede excisionarse fcilmente. La existencia de intrones en el genoma pareciera facilitar la
fusin, duplicacin y rearreglo de segmentos de genes. Hay evidencias que indican que las
protenas mosaico surgieron a partir del shuffling de intrones y exones.
La fusin de genes no est restringida a los eucariotas, y tambin ocurre en procariotas,
donde como no hay intrones, la fusin debe ser precisa. Por ejemplo, en la biosntesis del
triptofano se requieren cinco reacciones que son catalizadas por cinco actividades enzimticas
diferentes, las cuales en alguna bacterias ocurren en cinco enzimas diferentes, codificadas por
diferentes genes. En otras bacterias, como Escherichia coli, dos pares de estos genes estn
fusionados para producir dos polipptidos bifuncionales. En cada polipptido bifuncional, las dos
actividades enzimticas estn dirigidas por regiones separadas de la cadena polipeptdica, que
son homlogas a las correspondientes protenas de otras bacterias.
El mtodo mix and match probablemente sea la ruta ms rpida para nuevas funciones
genticas. La fusin de genes puede generar funciones totalmente nuevas, como en las que el
sitio activo se ubica entre dos o ms sitios distintos. La fusin gentica no necesariamente
modifica la funcin proteica, y la multiplicidad de dominios puede ser reflejo de la organizacin
del genoma.
El algunos sistemas de protenas, sin embargo, la existencia de dos o ms centros catalticos
dentro de una sola cadena es beneficioso ya que facilita la canalizacin de los intermediarios o
sustratos en pasos sucesivos en el metabolismo.

Evolucin de estructura y funcin proteica

Reclutamiento de genes
Se refiere a la adquisicin de nuevas funciones por un gen existente. Segn el reclutamiento,
genes multifuncionales son sujeto de dos o ms presiones de seleccin, resultando en
limitaciones en la adaptacin.
Estas presiones pueden llevar a uno de tres cambios:
mutaciones locales para aumentar una funcin sin comprometer la otra.
separacin de la funcin (por duplicacin y especializacin).
reversin del reclutamiento.
Protein Data Bank (PDB)
Como la estructura est mucho ms conservada que la secuencia, estos datos facilitan la
identificacin de relaciones evolutivas que estn ocultas a nivel de la secuencia. estos estudios
sostienen que el mnimo nmero de familias proteicas es finito con un mnimo estimado en 1000
diferentes plegamientos.
Hay dos puntos de vista para clasificar estructura:
filogentico
con un rbol filogentico, relacionando las distintas familias de acuerdo a su
relacin evolutiva. tericamente hay un nico resultado correcto.
fenotpico descripcin de la estructura (clase, arquitectura y tipo de plegamiento). Esta
descripcin no es absoluta, pero muy til.
Dominios
Las protenas mas grandes tienen dominios
reconocibles,
pensados
como
unidades
evolutivas, unidades estructurales compactas.
hay evidencia de que se pueden plegar
independientemente. pueden formar protenas
multimodulares e incluso, un dominio insertarse
en otro.
Todos los esquemas de clasificacin de
protenas apuntan a dividirlas segn los
dominios, pero la informacin estructural es
muy incompleta (a la mayora de las protenas
no se les ha determinado la estructura).
Clasificacin de dominios proteicos
CATH: Los dominios son asignados por herencia (para protenas con secuencia muy similar a otra
que ya est en la base de datos) o por consenso (si en tres algoritmos diferentes se deduce la
misma estructura) o manualmente (si los algoritmos no aportan la misma respuesta).
SCOP: Las asignaciones son hechas manualmente y las protenas pertenecen a un dominio slo
si uno de los dominios existe independiente en la base de datos.(La sern proteinasa es 2 barriles
en CATH y un solo dominio en SCOP).
DALI y VAST: Son totalmente automatizados. Las protenas se consideran de la misma familia de
homlogas si cumplen una de estas condiciones:

evidencia de similitud de secuencia significativa.

evidencia de similitud de estructura significativa.

evidencia de similitud funcional, ubicacin y configuracin del sitio activo.

Bioqumica de las Macromolculas

Relaciones Estructura/ Funcin enzimtica

Clase y funcin
En cuanto al contenido de estructura
secundaria (el amplio nivel de estructura),
se ha encontrado dominancia de / en
enzimas en comparacin con no enzimas.
esto refleja la importancia de dominios de
unin a nucletidos en la funcin celular, y
puede sugerir mltiples eventos de
duplicacin para el uso metablico. La
clase donde predomina no es abundante
en enzimas, y esto se puede deber a la
inhabilidad de los grupos polares dentro
de la hlice a estar involucrados en unin
o catlisis, ya que sus puentes de
hidrgeno estn satisfechos (en los bordes
de las hojas los grupos para formar
puentes de hidrgeno estn accesibles).
El primer nmero EC define el tipo de
enzima (oxidorreductasa, transferasa, etc.). No se encontr una relacin clara entre este nmero
y la clase. Sin embargo, para varios ligandos comunes (hemo, DNA, carbohidratos, nucletidos)
se encontr una notable tendencia ciertas clases de protenas definidas por requerimientos
estereoqumicos para unin de ligando. La actividad enzimtica dependera del arreglo especfico
de unos pocos residuos en el sitio activo.
Plegamiento y funcin
Hay evidencias para creer que existe un
nmero limitado de plegamientos en la
naturaleza, probablemente debido a las
limitaciones fisicoqumicos del plegamiento
proteico. Consecuentemente, familias de
enzimas
diferentes
evolutivamente
con
funciones no relacionadas pueden compartir
una estructura comn, y la similitud
estructural no necesariamente implica una
relacin evolutiva. La mayora de los
plegamientos tienen una familia homloga
relacionada,
y
puede
ser
considerado
esencialmente
como
un
plegamiento
funcional.
Los plegamientos ms comunes son:
Rossman; /; del tipo inmunoglobulina;
barril / (TIM); y el no-bundle represor de DNA. El barril TIM ejemplifica la versatilidad
funcional de algunas estructuras, asociado a por lo menos seis funciones catalticas. Esta
versatilidad se debe probablemente a que los residuos del sitio activo se localizan
invariablemente en el extremo carboxilo de las hebras o en los loops siguientes, por lo que el
sitio activo puede estar en uno de los ocho motivos /.

Evolucin de estructura y funcin proteica

Familias homlogas y funcin

La funcin describe el
rol de una protena como
un todo, y no siempre es
posible identificar cada
subfuncin
con
cada
dominio constituyente. En
algunas enzimas el sitio
activo se puede asignar a
un
dominio
inequvocamente, pero en
otras,
varios
dominios
cumplen el rol de la
actividad cataltica.
La aplicacin de un
plegamiento en diversas
funciones celulares debe
haber
simplificado
los
procesos
metablicos
durante la evolucin.
Como es de esperarse,
familias en las que la
funcin enzimtica no est
conservada, su estructura
tiene
una
diversidad
mucho mayor.

Anlogos funcionales
En el otro extremo, es comn encontrar enzimas con la misma actividad con estructura
diferente. Probablemente estos anlogos funcionales hayan surgido de la duplicacin de sitios
activos existentes que asumen nuevos roles catalticos debido a pequeas modificaciones. Esta
hiptesis se refuerza cuando se encuentra una enzima en un nmero reducido de especies, y la
familia de donde proviene ampliamente distribuida.
La identificacin de anlogos enzimticos provee mucha informacin sobre la evolucin de
rutas metablicas, y la diversidad bioqumica de los grandes genomas, que contiene mayor
riqueza en parlogos y anlogos. Notablemente, ninguna de las enzimas involucradas en la
replicacin del DNA tiene un ortlogo comn en Archaea, Bacteria y Eukarya, por lo que se cree
que el ancestro comn a los tres dominios ms antiguo puede no haber tenido genoma de DNA.
Los anlogos funcionales son ejemplos de la convergencia funcional y tambin del mecanismo
de convergencia, tipificado por las sern-proteasas. Su actividad cataltica est dada de la
orientacin espacial de unos pocos aminocidos, y no es raro que esta misma conformacin del
sitio activo se encuentre en diferentes contextos estructurales. Incluso se cree que las
combinaciones catalticas sean un nmero limitado que se repite durante la evolucin.

Bioqumica de las Macromolculas

Mecanismos de la evolucin funcional

La secuencia gentica cambia, cambiando la estructura tridimensional, y por lo tanto la
funcin. Posibles caminos a nuevas funciones:
Nueva funcin proteica

nuevo gen nueva protena nueva funcin

moonlighting: el mismo producto gnico puede

tener distintas funciones en distintos ambientes, la
funcin es dependiente del pH, localizacin celular,
ligandos disponibles, etc.

mutaciones: mutaciones locales que llevan a una

actividad distinta, pero relacionada con la original.

oligomerizacin: nuevas funciones con oligmeros

idnticos, relacionados, o muy diferentes entre s.

duplicacin: nuevo producto gnico con nueva

funcin.

construccin modular (mix and match), nuevas

actividades al unirse dos genes.

Actividad cataltica y especificidad de sustrato
La actividad cataltica y la especificidad por el sustrato caracterizan las propiedades
funcionales de las enzimas. Sus determinantes estructurales pueden ser independientes, esto le
confiere una ventaja evolutiva a la enzima, ya que la actividad puede ser modificada sin
comprometer la especificidad por el sustrato, y viceversa. Las enzimas primitivas probablemente
tuvieron un amplio rango de actividades y/o especificidad por el sustrato, y se fueron
especializando al incorporar en la evolucin grupos funcionales adicionales.
Especificidad de sustrato
Est directamente determinada por la naturaleza de los residuos de unin, aprovechndose
las propiedades de los 20 aminocidos. Incluso la especificidad puede ser rediseada en
laboratorio por mutaciones puntuales.
Los loops superficiales generalmente contienen los determinantes estructurales para la
especificidad de sustrato, y esto facilita la rpida divergencia evolutiva y la adaptacin, ya que
puede variar la estructura del loop sin afectar el plegamiento global de la protena.
La naturaleza qumica de los residuos involucrados en la interaccin no es necesariamente el
nico determinante de la especificidad. se han encontrado que la mutacin de algunos residuos
lejanos le dan forma al sitio activo para la complementariedad del sustrato.
Mecanismo cataltico
Algunas familias enzimticas presentan gran divergencia en sus actividad cataltica, como
tambin en su especificidad por el sustrato. El estudio detallado de su estructura y sus
caractersticas bioqumicas revelaron que las diferentes actividades y sus reacciones asociadas
compartan cofactor, nuclefilo o mecanismo de reaccin. Con el descubrimiento de protenas
homlogas que catalizan un paso bioqumico comn en los contextos de diferentes reacciones
globales, se vi que los residuos esenciales para dicha actividad se conservan durante la

Evolucin de estructura y funcin proteica

evolucin, mientras que los grupos funcionales adicionales

intermediario de reaccin, como la especificidad por el sustrato.

determinan

el

destino

del

Evolucin de rutas metablicas

No se conoce cuntas protenas ancestrales diferentes hubo originalmente, pero puede que
haya sido una sola. Las homologas distantes se notan mas en la estructura tridimensional (muy
conservada) que en la estructura primaria. Indicadores de homologa entre protenas que
divergieron hace mucho tiempo, sugiere que la mayora de las protenas catalizan hoy las vas
metablicas pueden haber surgido de la duplicacin de unos pocos genes.
Hay una teora que dice que las enzimas de las rutas biosintticas surgieron en el orden
opuesto en el que estn en la ruta por un proceso de duplicacin de genes. La protena que hoy
es ltima en la ruta biosinttica tiene un sitio de unin para el sustrato presente en la sopa
original. si el gen para esta protena fuese duplicado, la protena del segundo gen podra
mantener el sitio de unin para el mismo sustrato y desarrollar la capacidad de producirlo como
un producto de otros componentes de la sopa primordial. Hay muchos casos donde enzimas de
distintas rutas metablicas con funcin cataltica similar pero afinidad por diferentes sustratos
presentan homologas. En este ltimo caso, la evolucin de las duplicadas alter la especificidad
por el sustrato, pero mantuvo el mecanismo cataltico.
Secuencias naturales separadas por grandes distancias
Enzimas
termoflicas
comparten slo 20-30% de su
secuencia aminoacdica con una
de ambientes ms fros. Para
saber cules aminocidos son
importantes en la adaptacin se
determinaran por sustitucin
de cada uno, lo cual, por las
combinaciones posibles, sera
imposible.
Otra dificultad es identificar
qu propiedades son debidas a
las presiones evolutivas, cmo
era
la
enzima
primitiva.
Adems algunos organismos estn sujetos a complejas combinaciones de presiones de seleccin.
No todas las diferencias entre las propiedades enzimticas son reflejo de la adaptacin, las
mutaciones neutrales son neutrales con respecto al fitness pero no necesariamente a todos los
comportamientos enzimticos.
Relevancia biolgica vs. fisicoqumica
Las enzimas son productos evolutivos y si bien estn
sujetos a las leyes fsicas y qumicas, el proceso
evolutivo tiene mayores limitaciones. la evolucin
selecciona
las
funciones
enzimticas
biolgicas
relevantes.

Bioqumica de las Macromolculas

Evolucin en laboratorio
Es una herramienta reciente para estudiar la funcin y adaptacin enzimtica, que nos
permite observar adaptacin bajo condiciones controladas.
Como se pueden definir las presiones evolutivas, se pueden explorar funciones no naturales,
y distinguir lo biolgicamente relevante de lo fsicamente posible.
pasos:
generar diversidad (mutagnesis al azar y/o recombinacin in vitro)
identificar variantes mejoradas
El gen que codifica
para la protena se altera
y se determina el efecto
sobre el organismo, por lo
que se estudia su funcin
in
vivo.
Alteraciones
genticas de la estructura
de la protena tiene la
ventaja
de
ser
extremadamente
especficas.
Cuando
la
protena
est
bien
caracterizada
genticamente, lo ideal es
hacer mutagnesis sitio
dirigida. Alternativamente,
cuando se conoce poco de
la protena o del gen, se
pueden
seleccionar
el
efecto fisiolgico deseado
luego de mutagnesis al
azar.
Otra alternativa es interrumpir el gen de inters con una secuencia de insercin.
Luego de haber generado distintas mutaciones del mismo gen, se eligen aquellas que alteran
la estructura y/o la funcin de la protena. No hay procedimientos generales para esta seleccin
porque el procedimiento a utilizar es necesariamente especfico para cada gen y protena y
tambin depende del organismo. Sin embargo, las mutaciones que alteran la funcin de la
protena normal usualmente son seleccionados inicialmente. Si la mutacin es letal para el
organismo, pero que acten slo bajo ciertas condiciones, como las mutaciones letal
condicional; las ms usadas son las que dan sensibilidad a temperatura. Luego de la primer
eleccin, los genes mutados que revierten el efecto de la primer mutacin pueden ser
seleccionados; unas pocas revierten la primer mutacin, pero otras son mutaciones en otros
lugares, y se puede aislar la protena.
Mutaciones que afectan una funcin en particular, se puede deber a una alteracin de
residuos especficos, o indirectamente, inhibiendo la sntesis de la protena o destruyendo su
estructura terciaria.
La naturaleza de las mutaciones que son seleccionadas por este procedimiento, como
tambin las que producen protenas suficientemente normales para evitar el proceso de
seleccin, es muy importante para estudiar la estructura y funcin proteica.

Evolucin de estructura y funcin proteica

Bibliografa:
Kinch LN, Grishin, NV. Evolution of protein structures and functions. Curr Opin Struct Biol
2002, 12:400-408.
Thornton JM, Orengo CA , Todd AE, Pearl FMG. Protein folds, functions and evolution. J Mol
Biol 1999, 293:333-342.
Todd AE, Orengo CA, Thornton JM. Evolution of protein function, from a structural
perpective. Curr Opin Chem Biol 1999, 3:548-556.
Wood TC, Pearson WR. Evolution of protein secuences and structures. J Mol Biol 1999,
291:977-995.
Arnold FH, Wintrode PL, Miyazaki K, Gershenson A. How enzymes adapt: lessons from
directed evolution. Trends Biochem Sciences 2001, 26:100-105.

10