INFORME TAREA

BIOQ220
PABLO SALDIVIA FLNDEZ

HERRAMIENTAS BIOINFORMTICAS PARA EL

ESTUDIO DE PROTENAS

INTRODUCCIN
La protena que escog es la TOPOISOMERASE I/DNA COMPLEX
(TOP1) de Homo sapiens, la cual tiene por funcin liberar del
superenrrollamiento y de la tensin torsional al DNA,
producida durante la replicacin del mismo, introduciendo un
corte en una hebra simple va transesterificacin en un sitio
especfico en la molcula de DNA dplex. El enlace
fosfodister a cortar es atacado por un residuo Tyr en el
sitio cataltico de la enzima, resultando en la formacin de
un intermediario DNA-(3'-fosfotirosil)-enzima y la expulsin
de una hebra DNA 5'-OH.La hebra simple de DNA liberada pasa
alrededor de la hebra sin romper removiendo de esta forma el
superenrrollamiento. Finalmente, en el paso de religacin, el
DNA 5'-OH ataca al intermediario covalente para expulsar del
sitio activo a la Tyr, restituyendo el esqueleto fosfodister
de la hebra de DNA.
Los cdigos o nmero de acceso en las bases de datos NCBI,
Uniprot & PDB de esta protena son los siguientes:
NCBI: NP_003277.1
PDB: 1A36
UNIPROT: P11387
Esta protena pertenece a la familia de las TOPOISOMERASAS-IB,
mientras que su ancestro en comn es la protena DNA
topoisomerasa 1 de Dictyostelium discoideum (TOP1_DICDI). Los
dominios que posee TOP1 segn la base de datos Pfam figuran en
la TABLA 1, mientras que los dominios conservados determinados
segn la base de datos CDD (Conserved Domain Data Base) se
encuentran indicados en la TABLA 2:
TABLA1
FUENTE

Pfam
Pfam
Pfam

DOMINIO

SECUENCIA
(aminocidos)
INICIO
FIN

Topoisom_I_N
Topoisom_I
Topo_C_assoc

215
432
695

429
665
765

TABLA2
LISTA DE DOMINIOS RECONOCIDOS
NOMBRE

ACCESO

DESCRIPCIN

INTERVALO
(SECUENCIA)

Topoisomer_IB_N_htopoI_l
ike

cd03488

216-430
Topoisomer_IB_N_htopoI_like : N-terminal DNA binding fragment found in eukaryotic DNA ...

Topo_IB_C

cd00659
pfam14370

438-638
DNA topoisomerase IB, C-terminal catalytic domain; Topoisomerase I promotes the relaxation
of ...

Topo_C_assoc

Hanta_nucleocap super
family

cl02985

TOPEUc

smart00435

694-765
C-terminal topoisomerase domain; This domain is found at the C-terminal of topoisomerase and ...
Hantavirus nucleocapsid protein;

643-708

360-737
DNA Topoisomerase I (eukaryota); DNA Topoisomerase I (eukaryota), DNA topoisomerase V, Vaccina ...

Tambin la protena se visualiz utilizando la herramienta

pdbsum perteneciente a la EBI cual nos proporciona informacin
sobre la estructura 3D de la estructura de una protena
perteneciente al Protein Data Bank (PDB). Aspectos como
referencias de la protena en la literatura cientfica, la
secuencia del cDNA/mRNA y los motivos (motif) que puede
adoptar la secuencia aminoacdica, nos entrega pdbsum.
Al analizar TOP1 utilizando la herramienta
informa que esta protena interacciona con
descritas en la literatura, a continuacin
grfico de interacciones proporcionado por

Intact, esta
63 protenas
se adjunta el
esta herramienta:

Por otro lado al analizar TOP1 utilizando KEGG, no se encontr

alguna ruta metablica asociada a esta protena. Sin embargo,
se encuentra registrada una va metablica donde acta un
homlogo de esta protena, la DNA polimerasa III o TOP3, la
cual se adjunta a continuacin:

La base de datos Pfam nos entrega el perfil HMM para TOP1:

Finalmente, la mayora de la informacin para esta protena se

obtuvo buscando en bases de datos como Pfam, Interpro (ambas
del EBI) y CDD (de la NCBI). Sin embargo, las tres nos
entregan distintos parmetros sobre una protena de interes,
lo cual se resume en la TABLA 3:
TABLA 3
INFORMACIN

Pfam

Interpro

CDD

ESTRUCTURA

SI

NO

NO

FAMILIAS

SI

SI

NO

DOMINIOS

SI

SI

SI

BASES DE DATOS CONSULTADAS:

NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
CDD http://www.ncbi.nlm.nih.gov/cdd
PDB http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
EBI http://www.ebi.ac.uk/
UNIPROT http://www.uniprot.org/
INTERPRO http://www.ebi.ac.uk/interpro/
PFAM http://pfam.xfam.org/
PDBSUM https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgibin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=index.html
INTACT http://www.ebi.ac.uk/intact/
KEGG http://www.genome.jp/kegg/