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TEMA5

cidos Nucleicos
1. NUCLEOTIDOS
1.1. Como precursores de los cidos nucleicos
1.2. Nucleotidos no nucleicos: Otras funciones

2. ESTRUCTURA DE LOS CIDOS NUCLEICOS


2.1 Estructura del DNA
2.2 Estructura del RNA
2.3 Propiedades de los cidos nucleicos

ESTRUCTURA
de los NUCLEOTIDOS

Base
prica o
pirimidnica

Fosfato
Pentosa

Bases nitrogenadas

Pirimidina

Purina

Bases Nitrogenadas
PURINAS

Purina

Adenina (A)

Guanina (G)

PIRIMIDINAS

Pirimidina

Citosina (C)

Uracilo (U)
(RNA)

Timina (T)
(DNA)

Propiedades de las Bases


Nitrogenadas
1.
2.
3.
4.
5.
6.

Carcter levemente bsico


Molculas aromticas planas
Espectro de absorcin con mximo a 260 nm
Hidrofbicas, escasa solubilidad en agua
Presentan formas tautomricas (excepto A)
Capacidad de formacin de puentes de hidrgeno
Tautomera ceto-enlica

OH

Lactama

N
Lactima

Lactima doble

Puentes de hidrgeno entre bases

Bases modificadas
Bases poco abundantes presentes en el DNA

Bases relativamente abundantes en el tRNA

Pentosas

En solucin, los azcares estn en la


forma ciclada (furanosa, o ).

RNA

RIBOSA (-D-Ribofuranosa)

Los anillos de ribofuranosa pueden existir en


cuatro conformaciones distintas

DNA

DESOXIRRIBOSA (-2-desoxi-D-ribofuranosa)

Nucleosidos
BASE NITROGENADA + AZUCAR

= NUCLEOSIDO

Enlace N-glicosdico
Se forma entre:
C 1 del azcar y
N 9 de la purina o
N 1 de la pirimidina

1. Incremento marcado en solubilidad con respecto a la de


la base debido a la pentosa.
2. Absorcin a 260 nm como las bases aisladas.

Nucleotidos
+

GRUPOS FOSFATO

NUCLEOSIDO

NUCLEOTIDO

Pueden ser
NUCLEOSIDOS
monofosfato
difosfato
trifosfato

Estructuras y nomenclatura
Adenosina 5- monofosfato,
de NUCLEOTIDOS

AMP
Desoxiadenosina 5-difosfato,
Adenosina 5-trifosfato,

dADP
ATP

Propiedades de los Nucleotidos


1. Carcter cido debido al/los grupo/s fosfato/s.
Casi siempre asociados al contrain Mg2+
2. Solubilidad incrementada respecto al nucleosido.
3. Mximo de absorbancia UV a 260 nm
4. Misma reactividad que bases y nuclesidos.

Polinucleotidos

Extremo 5

Base

Pentosa
Base

Enlace
FOSFODISTER

Pentosa

DIRECCIONALIDAD de la
Cadena 5
3

pApUpCpG

o pAUCG

Extremo 3

cidos nucleicos son polmeros de nucleotidos

Esqueleto repetitivo (azcar + fosfato)


Informacin en la secuencia de bases

DNA
Bases del DNA:
A, G, C y T
Bases del RNA:
A, G, C y U

cido
desoxirribonucleico

RNA
cido ribonucleico

OTRAS FUNCIONES DE LOS NUCLEOTIDOS


Adenosina-5-trifosfato

ATP

1- Actan como

TRANSPORTADORES DE
ENERGA QUMICA

2- Forman parte de muchos


COFACTORES ENZIMTICOS

Coenzima A

(CoA-SH)

Transportador
de grupos
Portador de grupos
acilo: acilo:
CH3-(CH2)n-CO-S-CoA

Coenzimas que participan en reacciones de xido-reduccin:


SH2 + NAD+

S + NADH + H+

Pi = NADPH

SH2 + FAD

S + FADH2

OTRAS FUNCIONES DE LOS NUCLEOTIDOS


3- Algunos son MOLCULAS REGULADORAS
AMP cclico

GMP cclico

Participan en mecanismos de sealizacin celular (segundos mensajeros de


la accin hormonal, seales extracelulares) y como moduladores alostricos

OTRAS FUNCIONES DE LOS NUCLEOTIDOS


4- Participan en diversas reacciones del metabolismo

UDP-glucosa

Activacin de metabolitos

CDP-colina

El DNA constituye el
material gentico
celular (Avery,
MacLeod y McCarty,
1944)

Estructura de los
cidos nucleicos
En los DNA celulares el contenido en
A = T y C = G (Reglas de Chargaff, 1948 )

Estructura del DNA


Doble hlice
Dos cadenas polinucleotdicas
antiparalelas
y complementarias
Esqueleto azcar-fosfato en el exterior
Bases apiladas en el interior
perpendiculares al eje

Estudios de difraccin
de Rayos X del DNA
(Franklin y Wilkins, 1952)

Apareamiento de bases:

CADENAS COMPLEMENTARIAS

Adenina

Timina

A-T, dos enlaces


de hidrgeno

Guanina

Citosina

C-G, tres enlaces


de hidrgeno

Apareamientos de Watson y Crick

Apilamiento de bases
Purinas y pirimidinas en el interior

Interacciones que estabilizan la doble hlice

Enlaces de hidrgeno entre pares de bases complementarios

Efecto hidrfobico, apilamiento de bases en el centro de la hlice


Fuerzas de Van der Waals, empaquetamiento de los anillos de las bases
Fuerzas electrostticas, apantallamiento de las cargas negativas de los fosfatos con:
Cationes divalentes (Mg2+)
Protenas bsicas ricas en Lys y Arg
Poliaminas

Surcos mayor y menor


Lado orientado hacia el
surco mayor

Lado orientado hacia el


surco mayor

Surco
mayor
Lado orientado hacia el
surco menor (AT)

Lado orientado hacia el


surco menor (GC)

Surco
menor

Reconocimiento especfico de
secuencia:
Estructura tridimensional de la TBP
(protena de unin a la caja TATA, factor
general de transcripcin) unida al DNA

El DNA presenta una FLEXIBILIDAD limitada


La variacin estructural del DNA refleja:
Conformaciones en la desoxirribosa
(C2y C3 exo o endo)
Rotacin en los enlaces del esqueleto
azcar-fosfato
Enlace N-glicosdico con la base
(corformaciones sin y anti)

sin-adenosina

anti-adenosina

anti-citidina

El DNA puede adoptar varias


formas tridimensionales
Forma B

Forma A

Forma Z

DNA B (o de Watson y Crick), en


condiciones fisiolgicas (humedad elevada)

DNA A, parcialmente deshidratado.


Semejante en dplex de RNA o DNA/RNA

DNA Z, hlice a izquierdas. Puede


aparecer en zonas con replicaciones GC

Algunas secuencias de DNA adoptan


estructuras no habituales

Palndromo

Secuencias
AUTOCOMPLEMENTARIAS

Repeticin especular

Tallo y bucle

Cruciforme

Apareamiento de bases no de tipo W&C

DNA Triplex (3 hebras)

DNA Tetraplex (4 hebras)

Estructura del RNA


Molcula de una sola cadena polinucleotdica
ms pequeas que DNA
Composicin qumica: ribosa
bases pirimidnicas: C y U

Se pliegan sobre s mismas formando


estructuras compactas
Diversas actividades (ej.: cataltica)
Varios tipos de RNA

Tipos de RNA
SNTESIS DE PROTENAS:
mRNA
rRNA
tRNA
srpRNA

CATALTICOS
snRNA
snoRNA
RNasa P
scaRNA
piRNA

REGULADORES
asRNA
miRNA
siRNA
lncNA
piRNA

Estructura secundaria del RNA


Hebra
simple

Protuberancia

Bucle
interno

Tallo y bucle

Ovillo aleatorio

Apilamiento helicoidal
dextrgiro

Doble hlice
en horquilla
(dextrgira
en la forma A)

Horquilla en regin
autocomplementaria

Apilamiento dextrgiro de
un RNA de cadena sencilla

Estructura tridimensional compleja


del RNA

Apareamientos
no convencionales
entre las bases
Bases modificadas

a) Secuencia nucletidos que


muestra pares de bases W-C
y estructuras tallo-bucle

b) Estructura tridimensional destacando una


interaccin de largo alcance entre tres bases

Propiedades de los cidos nucleicos


El DNA es una molcula extraordinariamente larga

Tamao del genoma:


pb, par de base
kb, kilo pb (103 pb)
Mb, mega pb (106 pb)

Eucariotas: n DNA lineales ds (double- stranded)


Procariotas: 1 DNA circular ds
Virus: DNA o RNA, ss/ds, lineal/circular

El DNA y el RNA de doble hlice pueden


desnaturalizarse (fusin) y renaturalizarse (hibridacin)
Producido por cambios:
Temperatura (T> 80 C)
pH extremos
Desnaturalizacin

Hibridacin

HIBRIDACIN

Separacin
de hebras

Asociacin de las hebras


por apareamiento de bases

Desnaturalizado
(ovillo aleatorio)

Los DNAs desnaturalizados de dos


especies pueden formar dplex hbridos

El DNA puede desnaturalizarse


y renaturalizarse
Cambios en :
Viscosidad de la solucin
Absorcin UV (260 nm)

Efecto HIPERCRMICO, aumento en la


absorcin de luz UV asociado a la fusin del DNA

La temperatura de fusin (Tm) aumenta


linealmente con el contenido en G + C

Interacciones DNA-protena

Interaccin inespecfica: nucleosoma

Interaccin especfica: Complejo DNA con


endonucleasa de restriccin

Superenrollamiento del DNA circular


Enrollamiento
Superenrollamiento

Relajado

El superenrollamiento negativo del DNA


circular tiene dos consecuencias:
- Compacta el DNA
- Facilita la separacin de las dos hebras

TOPOISMEROS

DNA plasmdicos relajados y superenrollados

Superenrollado

El DNA eucaritico est asociado a protenas especficas

Unidades repetidas cada 200 pb

NUCLEOSOMA:
octmero de HISTONAS (protenas bsicas)
DNA enrollado en superhlice levgira

Cinco tipos de histonas:


- 2 x (H2A, H2B, H3, H4) forman el ncleo del octmero
- H1, interacciona con el DNA (conector , delimita el nucleosoma
Modificaciones covalentes en las histonas regulan el funcionamiento
del DNA (acetilacin, metilacin, fosforilacin)

Empaquetamiento
del DNA en un
cromosoma