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DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE

DIRECT DUNE INFECTION


Les prlvements, principales bactries en
cause, interprtation.

Maryse ARCHAMBAUD
Danielle CLAVE

DCEM 1
Laboratoire de Bactriologie-Hygine
Facult de Mdecine Toulouse-Rangueil

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008


1

- Sommaire -

EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES URINES = ECBU ............................................................................................................ 3


EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES SELLES = COPROCULTURE ........................................................................................ 6
EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES PRELEVEMENTS DE GORGE ...................................................................................... 10
EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES PRELEVEMENTS DE SECRETIONS BRONCHIQUES ........................................ 13
EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES PRELEVEMENTS GENITAUX CHEZ LA FEMME.................................................. 17

EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES PRELEVEMENTS GENITAUX CHEZ LHOMME.................................................... 22

EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES PRELEVEMENTS DE SUPPURATIONS CUTANEES,


PLAIES SURINFECTEES .................................................................................................................................................................. 25
EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES FOYERS DINFECTIONS FERMEES ....................................................................... 28
EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DU LIQUIDE CEPHALO-RACHIDIEN (LCR) .................................................................. 30

EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DU SANG = HEMOCULTURE ............................................................................................... 32


MODE OPERATOIRE DES HEMOCULTURES AU CHU ............................................................................................................ 36
FEUILLE DE MARQUE POUR LES DEMANDES DANALYSE BACTERIOLOGIQUE AU CHU ...................................... 37

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008


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EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES URINES = ECBU


ECBU = Examen Cytobactriologique des Urines
Examen explorant essentiellement les cystites simples ou leurs complications les pylonphrites,
prostatites.

CIRCONSTANCES DE PRELEVEMENT
-

Lurine est un liquide biologique normalement strile. Toute prsence confirme de germes dans
lurine intravsicale est pathologique.
Lurtre peut contenir des germes commensaux qui peuvent tre emmen par le flot urinaire.
Infection spontane ou aprs manuvres instrumentales (iatrogne, infection urinaire arrive au
premier rang des infections nosocomiales).
Attention les urines sont un bon milieu de culture, prolifration facile des bactries.

Signes cliniques vocateurs :


o Dysurie, pollakiurie : infection basse
o Douleurs lombaires, fivre : infection haute
Signes moins vocateurs :
Fivre chez femme enceinte, immunodprim, diabtique, enfant, personne ge.
Complications :
- Une cystite peut voluer vers une pylonphrite avec passage de bactries dans le sang et
entrainer un tat septicmique.
- Chez lhomme toute infection urinaire doit faire rechercher une atteinte de la prostate.

PRELEVEMENT
Conditions de prlvement :
Il existe une possibilit de retrouver une flore bactrienne commensale de lurtre si le prlvement
est mal fait. Un traitement semi quantitatif de celui-ci permet dviter cet cueil.
Adulte : Lavage des mains puis nettoyage soigneux du mat urinaire et chez la femme des rgions
gnitales externes, dsinfection locale douce et enfin recueil du milieu du jet des urines du matin de
prfrence, ou ayant sjourn au moins 4 heures dans la vessie.
Sond demeure : aprs clampage de la sonde, la ponctionner aprs dsinfection lalcool iod.
Nourrisson : poche collectrice, vrifier aprs 30 mn.
Test de screening : utilisation de bandelette ractive chimique
Ds lmission des urines
Dtection de la prsence de polynuclaires (normaux ou altrs).
Dtection de nitrites (prsence dune entrobactrie)
Bien respecter les temps de lecture (amlioration par lecture automatique par des
petits automates qui en plus assurent un enregistrement papier).
Bonne valeur prdictive ngative (98%) si polynuclaires - et nitrites -.
Echantillon

Conteneur

Transport

Poudrier strile
+ lame immerge

2 heures
temprature
ambiante

Monovette avec
conservateur

24 heures
temprature
ambiante

Urines

Conservation

Commentaires

24 heures 4C

La
qualit
du
prlvement
est
essentielle ; le recueil et le transport
doivent tre effectus selon des rgles
prcises pour viter la contamination et
la multiplication bactrienne

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CONDUITE DE LEXAMEN
Aspect Macroscopique : limpide ou trouble, couleur (hmatique ?), prsence de sdiment ?
Cytologie
Leucocytes : prsence de plus de 104/ml de leucocytes ou plus de 10/mm3 (attention lexpression du
rsultat). Noter lventuelle altration des cellules.
Autres cellules : toujours regarder la prsence ou labsence de
- cellules rnales
- cylindres (hyalins, hmatiques, leucocytaires, granuleux)
- cellules pithliales (ex cellules vaginales)
- cristaux : urate, phosphate ammoniacomagnsien, oxalate de calcium,...
Examen direct
o tat Frais : noter la prsence de bactries et leur ventuelle mobilit. Il est difficile de
sengager plus sur un rsultat uniquement sur cet examen.
o Gram : examen possible mais rarement fait en pratique courante. Sensibilit augmente aprs
cytocentrifugation.
Automates effectuant la cytologie et la numration des bactries par cytomtrie de flux + ou
associ de la fluorescence. Ils permettent de cibler en moins dune demi-heure les urines positives.
Seuls les chantillons dtects positifs sont secondairement ensemencs.
Mise en culture
Sur des milieux normaux usuels ou chromognes (ont lavantage de faire une identification directe des
bactries le plus souvent impliques dans les infections urinaires).
Ensemencer une quantit fixe pour dnombrer les bactries (UFC /ml).
Incuber 24 heures.
Identifier la ou les (les infections urinaires 2 germes sont rares mais existent) bactries isoles.
Faire un antibiogramme en testant des antibiotiques qui ont une bonne limination urinaire.

RESULTATS INTERPRETATION
Seuils de significativit
Leucocyturie

> 10 /mm3ou > 104/ml

Hmaturie

> 10 /mm3ou > 104/ml

Bactriurie

103 UFC/ml

Pour cystite aigue

E.coli et S. saprophyticus

105 UFC/ml

Pour cystite aigue

Autres germes

104 UFC/ml

Pour pylonphrite, prostatite

104 UFC/ml

Pour infection nosocomiale

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ETIOLOGIE DES INFECTIONS URINAIRES (IU)


IU communautaires

Escherichia coli (80%)


Proteus mirabilis
Klebsiella Enterobacter Serratia
Staphylococcus saprophyticus
Staphylococcus aureus
Enterococcus faecalis
Bactries rares

IU nosocomiales *

Escherichia coli (50%)


Pseudomonas aeruginosa
Enterobacteriaceae
Enterococcus faecalis
Staphylococcus aureus
Acinetobacter spp
Levures

Oligella urethralis
Aerococcus urinae
Corynebacterium urealyticum
Lactobacillus spp
* surtout chez les sujets porteurs de sonde urinaire demeure ou aprs cathtrisme.
Les espces pathognes diffrent suivant les terrains.
Penser chez la femme jeune Staphylococcus saprophyticus qui peut reprsenter dans cette
population jusqu 15% des cystites aigus.

DEMANDES SPECIFIQUES
Mycobacterium tuberculosis
Leptospira spp
Chlamydia spp

Antignes urinaires (lgionellose, pneumocoque)

CONCLUSIONS
Examen apparemment facile raliser en pratique mais difficile en fait car linterprtation des
rsultats nest pas toujours aise.
Il est important davoir les renseignements cliniques prcis.

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EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES SELLES = COPROCULTURE


Lobjectif de cette analyse consiste rechercher le(s) micro-organisme(s) pathogne responsable de la
diarrhe (entroinvasif ou entrotoxique) ou rechercher un dsquilibre de flore. Il faut isoler ce
pathogne au sein dune flore fcale complexe.

CIRCONSTANCES de demande

Diarrhe aige.
Le portage dune bactrie entropathogne est orient par la clinique.

FLORE

DIGESTIVE

Les selles sont composes de rsidus alimentaires et de bactries vivantes et surtout mortes. Les
bactries reprsentent 2/3 du poids sec des selles. Dans 1g de matires fcales il y a 5 x 1011
bactries viables.
La coproculture habituellement pratique ne comporte pas
- dtude quantitative de la flore
- dtude de la flore anarobie.
La composition de cette flore est bien connue : essentiellement constitue de bactries anarobies
11
12
strictes (10 - 10
bactries/ml). Les Entrobactries avec prdominance dEscherichia coli ne
reprsentent que 5 10% de cette flore. Cest la flore rsidante . De plus il y a une flore de
transit provenant de lalimentation et de la flore des autres parties du corps.
La composition de cette flore se modifie en fonction de lge et de lalimentation : le nouveau-n a le
mconium strile puis sa flore varie selon quil est nourri au sein ou au biberon.
La prsence de Staphylococcus aureus est frquente ltat normal mais en petite quantit.

PHYSIOPATHOLOGIE

DES TROUBLES DIGESTIFS

I-Bactries entropathognes = pathognes spcifiques normalement absentes.


a) bactries invasives : syndrome dysentriforme.
Aprs adhsion et envahissement de lpithlium intestinal par la bactrie il peut y avoir
- multiplication au sein des entrocytes et ulcrations de la muqueuse (ilo-colique) entrainant des
ncroses. Il y aura donc une mauvaise rabsorption de leau et des lectrolytes : les selles seront
glaireuses, muco-sanglantes. La sous-muqueuse ragira par une inflammation : prsence de
polynuclaires dans les selles.
Cest le cas des Shigella, E. coli entro-invasifs ( Shigella-like ), Yersinia et Campylobacter.
- simple traverse des entrocytes et *soit colonisation des ganglions (Salmonella responsables des
fivres typho-paratyphodiques)
*soit se multiplier dans la sous-muqueuse (Salmonella
responsables des gastro-entrites).
b) bactries entrotoxiques : syndrome cholriforme.
La toxine peut tre ingre avec un aliment (Staphylococcus aureus, Clostridium botulinum) ou le plus
souvent scrte sur place au niveau de lintestin grle.
Les souches bactriennes adhrent la muqueuse, se multiplient sans pntrer dans les cellules et
laborent des toxines qui provoquent sur les entrocytes des altrations fonctionnelles rversibles et
transitoires, sans modifications morphologiques, et dont le rsultat est la sortie deau et dlectrolytes
dans la lumire du tube digestif.
Les selles sont abondantes, frquentes, aqueuses sans polynuclaires ni mucus.
Cest le cas de Vibrio cholerae, V. parahaemolyticus, des E. coli entrotoxinognes (ETEC), Aeromonas.
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II-Dysmicrobisme ou dsquilibre de flore :


Cest le cas aprs certains traitements antibiotiques. Il y a prolifration anormale de bactries
rsistantes prsentes de faon habituelle mais en petite quantit (rupture de lquilibre
microcologique) : Staphylococcus aureus, Pseudomonas, Clostridium difficile.
Les signes sont soit une diarrhe simple, soit une colite droite hmorragique (aprs amoxicilline
souvent), soit une colite pseudo-membraneuse (C. difficile).

BACTERIES A RECHERCHER

Dans tous les cas

Demande spcifique/tableau clinique


particulier
Clostridium difficile toxinognes
Vibrio spp.
Escherichia coli producteur de vrotoxine
Bactries multi rsistantes (BMR)

Salmonella spp.
Shigella spp.
Campylobacter spp.
Yersinia spp.
Aeromonas spp.

PRELEVEMENT

Echantillon

Conteneur

Transport

Conservation

Commentaires

Selles

Poudrier
strile

1 heure
temprature
ambiante

24 heures
4C

Si hospitalisation 3 jours la
coproculture standard na pas
dutilit* ; seule une recherche
de Clostridium difficile doit
tre effectue

Ecouvillonnage
rectal

Ecouvillon

2 heures
temprature
ambiante

24 heures
temprature
ambiante ou
4C

Non recommand sauf parfois


en pdiatrie
Non recommand pour dtecter
la prsence de C. difficile.

* sauf pour les patients 65 ans et/ou prsentant des pathologies associes neutropniques, infects
avec le VIH, hospitaliss pour gastroentrite ou manifestations non diarrhiques des infections
entriques
Biopsie : rectales ou coliques sous endoscopie : sont analyser comme des matires fcales.
jamais pour Clostridium difficile.

RESULTATS

EXAMEN MACROSCOPIQUE
Laspect macroscopique de la selle est important pour orienter sur la physiopathologie de la diarrhe .
Si selle solide : rechercher du sang, du pus, des glaires.
Si selle liquide, laspect fcal avec des glaires sanglantes oriente vers un syndrome dysentriforme
alors que laspect incolore ou eau de riz voque un syndrome cholriforme.
EXAMEN MICROSCOPIQUE
Prsence de polynuclaires si les bactries sont invasives mais inconstant parfois.
Absence de polynuclaires : si les bactries sont entrotoxiques.

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MISE EN CULTURE : importance des renseignements cliniques (ge, notion de voyage rcent,
antibiothrapie en cours, toxi-infection alimentaire possible...). Il est indispensable de prciser si lon
doit rechercher un Vibrion cholrique ou un Clostridium difficile, car ceci fait appel des techniques
particulires.
Lisolement sera suivi de lidentification et ventuellement, dun typage srologique (Salmonella,
Shigella,...) et dun antibiogramme (impratif pour Salmonella, Shigella, E. coli, Vibrio cholerae). Si le
biologiste se doit de le raliser devant toutes bactries pathognes isoles de coproculture, cest le
clinicien qui seul jugera ensuite de lintrt dune antibiothrapie.
Dans certains cas une bactriologie quantitative avec numration des diffrentes espces
microbiennes peut tre demande.
TEMPS DE REPONSE DUNE COPROCULTURE :
- en moins de 2h : entrotoxine de C.difficile
- il faut au moins 48h dincubation pour donner un premier rsultat de la culture.
AU TOTAL : interprtation
1 - Culture de routine la recherche dune bactrie pathogne spcifique :
* adulte ou enfant de plus de 2 ans :
Voir tableau plus haut.
* enfant de moins de 2 ans :
- rajouter la recherche des E.coli entropathognes (EPEC) : srums agglutinants (4
mlanges) ou recherches gnotypiques (PCR de la toxine).
- penser que les tiologies virales sont trs frquentes dans cette tranche dge.
* chez le nouveau-n : dans le mconium on recherchera des bactries responsables
dinfections nonatales : Listeria monocytogenes, E.coli K1, Streptococcus agalactiae.
2 - Notion de voyage rcent en pays tropical et syndrome cholriforme :
- Vibrio cholerae
- Escherichia coli entrotoxiques ETEC (laboratoires spcialiss) :
= Turista ou diarrhe des voyageurs (35M de cas/an). Le cot annuel de ces
infections est lev. La recherche de la toxine nest pas facile et ne se fait pas en routine.
- Aeromonas spp : diarrhe srosanglante
- Plesiomonas shigellodes se rencontre principalement en zone tropicale.
3 - Malade sous traitement antibiotique : dysmicrobisme ou infection nosocomiale.
- C. difficile : importance de la recherche de la toxine.
La technique de rfrence est la mise en vidence de la cytotoxine (Tox B) dans les
filtrats de selles sur des cultures cellulaires.
Des mthodes rapides immunoenzymatiques sont actuellement la disposition des
laboratoires avec des dlais de rponse infrieurs 2h. Ils utilisent des AC monoclonaux
anti-toxine A + B. Ils sont trs spcifiques et trs sensibles.
- S. aureus sil est en trs grande quantit.
- P.aeruginosa
4 - Syndrome hmolytique et urmique (SHU) : EHEC (E. coli entrohmorrhagiques)
surtout O157 H7.
C'est une recherche difficile car il est souvent en faible quantit. Il est infectant faibles doses. Il
est frquent en Amrique du Nord. On le rencontre en France bas bruit sans que lon puisse dire les
modes de transmission. Il est trouv dans la viande bovine, le lait non pasteuris, le cidre et le jus de
pomme.
Autres srotypes possibles.

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5 - Intoxication alimentaire
- TIAC (le cot de ces maladies transmises par les aliments est trs lev. Cest un
problme de sant publique).
. dincubation courte non fbrile ( 1 4h)

S.aureus
Bacillus cereus

. dincubation longue (12 72h)

Salmonella spp
Y.enterocolitica (lait et porc)
C. perfringens

- Botulisme ( part car on ne recherche pas la bactrie dans la coproculture).


Prlever du srum pour rechercher la prsence de toxine.
- Penser aux recherches dans les aliments, dans les vomissements,...
- Dtection de la colonisation par des bactries multi-rsistantes aux antibiotiques
surtout en milieu hospitalier.
- Entrocoques rsistants la vancomycine
- Entrobactries productrices de lactamase spectre tendu BLSE.
- Staphylococcus aureus multi-rsistant (SAMR).
- Portage lors dune pidmie documente de la bactrie pathogne dans lentourage dun
patient ou parmi le personnel soignant.
Recherche oriente.
Se pratique sur des selles mme solides.
- Portage chez le personnel de restauration. Les selles sont solides le plus souvent.
- Salmonella spp
- Staphylococcus aureus : si isolement, il faudrait faire la recherche dentrotoxine car les
souches non productrices ne donnent pas de TIAC.
- Patients infects par le VIH
Coproculture de routine : frquence de Campylobacter ssp.

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EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES PRELEVEMENTS DE GORGE

CIRCONSTANCES
Angines aigus
- angines rythmateuses et rythmatopultaces : infection Streptococcus pyogenes ou
Streptocoques hmolytiques
du groupe C ou G) ou infection virale. Si la souche de
Streptococcus pyogenes est productrice de toxines rythrognes, une scarlatine peut se
dclarer. En labsence de traitement les complications poststreptococciques (RAA, GNA) peuvent
survenir.
- angine pseudomembraneuse (les amygdales sont recouvertes de pellicules blanc nacre ou
gristres, fermes, adhrentes, paisses) : infection Corynebacterium diphtheriae ou
monocuclose infectieuse : prlvement obligatoire surtout si on ne connat pas lantcdent
vaccinal contre la diphtrie.
- angine vsiculeuse (vsicules visibles ou ulcrations minimes) : pharyngite herptique, associe
une gingivostomatite.
- angine ulcroncrotique (lsion unilatrale, avec perte de substance fond noirtre saignotant) :
Angine de Vincent, association de 2 bactries anarobies Fusobacterium necrophorum et Borrelia
ou Chancre syphilitique.
Recherche de porteurs de bactries potentialit pathogne, ou de bactries responsables
dinfections en milieu hospitalier (Staphylococcus aureus Mticilline rsistant), ou de toxi-infections
alimentaires chez le personnel des cuisines (Staphylococcus aureus producteur dentrotoxine,
Streptococcus pyogenes)
Bilan dune IST
Phlegmon de lamygdale : la collection est ferme, prlvement au cours dune ponction vacuatrice,
prlvement de gorge sans intrt
Epiglottite aigue : proscrire car dangereux (agent tiologique Haemophilus influenzae b)

PRELEVEMENTS
La mise en culture dun prlvement pharyng dans le cadre des angines rythmateuses est peu
ralis, en raison de la mise sur le march dun Test de diagnostic rapide (TDR) par raction
immunoenzymatique = Doctor Test pour le diagnostic de Streptococcus pyogenes.
Par contre cette culture est indique pour les personnes allergiques aux -lactamines pour tester la
sensibilit aux macrolides de S. pyogenes.

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Site

Conteneur

Transport

Recherches

Amygdales ou paroi postrieure


pharynx

Ecouvillon

2 heures
temprature
ambiante

Bactries des angines aigues ou


bactries de portage

Abaisse langue pour viter la


contamination salivaire

Avec ou sans
milieu de
transport

Emission du son AAA


Ecouvillon de coton ou dalginate :
Dans le cadre dune angine
fausses membrane : couvillon
la priphrie des membranes.

RESULTATS
EXAMEN DIRECT
Coloration de Gram : Aspect de la flore bactrienne
Site
gorge

Rsultat

Diagnostic

Gram association
fusospirillaire

Angine de Vincent : diagnostic par


examen direct et pas par culture

CULTURE DES MICRO-ORGANISMES ISOLES


Germes de la flore pharynge
Streptocoques hmolytiques ou non hmolytiques
Neisseria commensales
Corynebactries commensales
Staphylococcus coagulase ngative

Stomatococcus mucilaginosus

Anarobies de la Flore de Veillon

Staphylococcus aureus

+ des bactries en transit : Entrobactries, Pseudomonas en petite quantit

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Germes potentialit pathogne

Type dinfections

Streptococcus pyogenes (groupe A)

Streptocoques hmolytiques du groupe C ou G


Angine de Vincent

Angine ulcroncrotique
possibilit dun rash cutan

Corynebacterium diphtheriae avec recherche de la

Exceptionnelle en France. Maladie


dclaration obligatoire
Dpistage
des
porteurs
dans
lentourage

Arcanobacterium haemolyticum

production de la toxine

Neisseria gonorrhoeae
Candida (Champignon)

Germes de portage

Staphylococcus aureus : recherche des porteurs de SAMR (souches rsistantes la mthicilline)


Neisseria meningitidis : ne pas rechercher dans lentourage dun patient atteint dune mningite

CONCLUSION

Rarement ralis mais de grande importance dans le cadre des angines fausses membranes

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EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES PRELEVEMENTS DE SECRETIONS BRONCHIQUES

CIRCONSTANCES
Atteinte des voies respiratoires
Bronchite aigue ou chronique
Broncho-pneumopathie chronique obstructive BPCO

Atteinte du parenchyme pulmonaire


-

Pneumopathies communautaires, extrahospitalires : pneumonie franche lobaire aigue


Pneumopathies atypiques
Mucoviscidose
Pneumopathies nosocomiales sous ventilation artificielle
Abcs pulmonaire

PRELEVEMENTS
Type
Expectoration.
prleve le matin jeun, aprs toilette buccale
et mise dans pot strile l'issue d'une toux
profonde pour recueillir un crachat, ou aprs
effort induit par kinsithrapie
mthode non agressive mais contamination
oropharynge

Conteneur

Transport

Flacon strile

2 heures
temprature
ambiante

Prlvements distaux, guids ou non par fibroscopie pneumopathies nosocomiales


Aspiration endotrachale
si intubation ou trachotomie (soins intensifs)

Flacon strile

Fibro-aspiration
scrtions d'un territoire bronchique
lors dune fibroscopie

Flacon strile

Lavage broncho-alvolaire (LBA) : 100 200ml


instill dans le chenal du fibroscope
puis raspir
miniLBA : 20 ml
Brossage distal bronchique protg

Flacon strile

2 heures
temprature
ambiante

Extrmit de la
brosse dans 1 ml de
solution saline strile

Aspiration distale protge par cathter

Flacon strile

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RESULTATS
EXAMEN DIRECT
Coloration de Gram :
Examen cytologique : numration des polynuclaires par champ microscopique (objectif x10 et oculaire
x10)
Aspect de la flore bactrienne : noter bactrie prdominante, ou bactrie ramifie (aspect de
Nocardia)
type
Expectoration

Rsultat

Diagnostic

Gram Permet de contrler la qualit du


prlvement par les critres de Murray et
Washington
quantit abondante de cellules pithliales :
>25/champ et une absence de
polynuclaires <10/champ

contamination salivaire
bonne expectoration

<10 cellules pithliales/champ et>25


polynuclaires/champ.
Permet de suspecter une bactrie
prdominante

confirmer par la culture

Aspiration endotrachale
Fibro-aspiration
Lavage bronchoalvolaire (LBA) :
miniLBA
aprs cytocentrifugation
Brossage distal
bronchique protg
Aspiration distale
protge par cathter

Gram
Evaluer la quantit de polynuclaires
confirmer par la culture

Permet de suspecter une bactrie


prdominante
Pour certains auteurs la prsence de
bactries intrapolynuclaires (5% de PN
avec des bactries) dans le lavage broncho
alvolaire est un lment de diagnostic
entre infection et colonisation

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CULTURE DES MICRO-ORGANISMES ISOLES


Germes de la flore pharynge
Streptocoques hmolytiques ou non hmolytiques
Neisseria commensales
Corynebactries commensales
Staphylococcus coagulase ngative

Stomatococcus mucilaginosus

Anarobies de la Flore de Veillon

Staphylococcus aureus

+ des bactries en transit : Entrobactries, Pseudomonas en petite quantit

Germes potentialit pathogne

Seuil numration

Infection communautaire

Streptococcus pneumoniae
Haemophilus influenzae
Branhamella catarrhalis

Expectoration : >=107 bactries /ml

Germes potentialit pathogne

Seuil numration

Infection nosocomiale

Staphylococus aureus

Toutes les Entrobactries

Pseudomonas aeruginosa
Acinetobacter baumannii

Autres bactries opportunistes

La difficult est de distinguer la


colonisation de linfection : interprter
avec les donnes cliniques, radiologiques et
biologiques
Fibroaspiration : >=106 bactries /ml
LBA : >=104 bactries /ml
Brosse : >=103 bactries /brosse

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Germes considrs toujours comme


pathognes

Recherche complmentaire

Pas de seuil de numration

Legionella pneumophila et autres


espces de Legionella
Communautaire ou nosocomiale
Dclaration obligatoire

-Antignes urinaires par une mthode ELISA,


unitaire, rapide (15 minutes) pour L.pneumophila
srogroupe 1.
-Srologie (2 srums 6 semaines dintervalle)
sroconversions ou titres levs (taux
significatif : 1/ 256)

Nocardia spp : la coloration de

Gram, prsence de btonnets ramifis

Rhodococcus equi : chez les


immunodprims, particulirement SIDA
Bactries anarobies : dans les
abcs pulmonaires

Pasteurella multocida : dilatations


des bronches

Germes dans la mucoviscidose

Staphylococcus aureus
Haemophilus influenzae
Pseudomonas aeruginosa avec des

souches mucoides

Seuil numration
Expectoration :
102 /ml pour P. aeruginosa, B. cepacia
105 /ml pour les autres bactries

Burkholderia cepacia

autres bactries non fermentants,


Entrobactries

CONCLUSION

Pour le diagnostic de certaines bactries intracellulaires, responsables de pneumopathies dites


atypiques et qui ne poussent pas sur les milieux de culture standard, le diagnostic repose sur la
srologie : Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia psittaci, Chlamydia pneumoniae, ou sur des techniques de
biologie molculaire (PCR) partir des scrtions bronchiques.
Un bon nombre de pneumopathie sont encore non documentes : il est important de raliser des
hmocultures dans le cadre des atteintes du parenchyme pulmonaire.
Le diagnostic de la tuberculose na pas t abord dans ce chapitre.
Il nest pas toujours simple de faire la diffrence entre colonisation et infection dans le cadre des
pneumopathies nosocomiales.

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EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES PRELEVEMENTS GENITAUX CHEZ LA FEMME


CIRCONSTANCES
Mycose : Candida albicans
Vulvovaginite Trichomonas vaginalis (IST)
Vaginoses bactriennes : prolifration polybactrienne, diminution Lactobacilles
Vaginites bactriennes : prolifration dune espce bactrienne fillette et femme mnopause
Endocervicites Neisseria gonorrhoeae et Chlamydia trachomatis (IST)
Infections utroannexielles (endomtrite, salpingite, pelvipritonite)
Portage vaginal : BVHRI bactries vaginales haut risque infectieux pour le nouveau-n
Recommandation de lANAES : dpistage systmatique de Streptococcus agalactiae
35-37 semaines de grossesse
Renseignements cliniques obligatoires pour la conduite de lexamen cyto-bactriologique et pour
son interprtation.

PRELEVEMENTS
Site

Conteneur

Transport

Vulve

couvillon

2 heures
temprature
ambiante

Levures,

2 heures
temprature
ambiante

BVHRI pendant grossesse

Vaginal

couvillon

auto prlvement

Recherches
Staphylocoques, Streptocoques

Vaginose bactrienne

C. trachomatis
(par PCR)

Vaginal
Sous spculum

2
couvillons

2 heures
temprature
ambiante

et N. gonorrhoeae

1 couvillon : examen direct


1 couvillon : culture
- Levures
-Trichomonas vaginalis
- Vaginose bactrienne
- Vaginite bactrienne
- BVHRI pendant grossesse

Endocol

2 couvillons

Aprs dsinfection de
lexocol

Avec milieu
de transport

2 heures
temprature
ambiante

Par Culture
1 couvillon coton : N. gonorrhoeae
1 couvillon dacron : C. trachomatis

Urtre

1 autre couvillon : Mycoplasmes


Par PCR

N. gonorrhoeae et C. trachomatis
Sous coelioscopie

Flacon

2 heures
temprature
M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008
17

Prlvements tubopritonaux

strile

ambiante

Premier jet des urines

Flacon
strile

2 heures
temprature
ambiante

Strilet

Flacon
strile

2 heures
temprature
ambiante

Orifice glande de
Bartholin

Ecouvillon

2 heures
temprature
ambiante

Ulcration gnitale

Ecouvillon

2 heures
temprature
ambiante

Grattage
avec
vaccinostyle

C. Trachomatis par PCR

Ecouvillon : Levures, Streptocoques


Grattage :
Syphilis :Trepomema pallidum
Autres :

Haemophilus ducreyi
C. Trachomatis : LGV
Donovanose
Herpes : HSV-1 et HSV-2

RESULTATS
EXAMEN DIRECT
Etat Frais : polynuclaires PN et cellules pithliales CE
Aspect inflammatoire : trs nombreux PN, rares CE
Aspect non inflammatoire : nombreuses CE, mme si nombreux PN
Coloration de Gram : Prsence de levures et Aspect de la flore bactrienne (Score de Nugent qui
permet de faire le diagnostic de vaginose avec disparition des Lactobacilles, prolifration de plusieurs
espces bactriennes)
Immunofluorescence : recherche dantigne C. trachomatis
Fond noir : Treponema pallidum morphologie hlicodale et mouvement de rotation caractristique sur
srosit frachement prleve
Site
Vulve

Rsultat

Diagnostic

Etat frais

Mycose

Levures
Vaginal
Auto prlvement
et
Sous spculum

Etat frais
Inflammatoire
Trichomonas vaginalis

Infection Trichomonas

Non inflammatoire
Mycose

Levures
Gram
Score de Nugent : 7-10

Permet de poser le diagnostic de


vaginose bactrienne
M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008

18

Flore monomorphe et
aspect inflammatoire

Vaginite bactrienne petite fille et


femme mnopause

Endocol
Strilet

Etat frais et Gram

Prlvements tubopritonaux

Diagnostic repose sur la culture ou


la PCR

Peu informatif

Orifice glande de
Bartholin
Premier jet des urines
Endocol

Immunofluorescence

C. trachomatis

Urtre
Ulcration gnitale

Syphilis :Trepomema pallidum

Fond noir

CULTURE DES MICRO-ORGANISMES ISOLES


Germes de la flore vaginale
Flore dominante Groupe I
Lactobacillus spp. : plusieurs espces
Flore de voisinage digestive et cutane - Groupe II
Anarobies : plusieurs espces
Streptocoques du groupe B (S.agalactiae)
Entrocoques
Corynebacterium spp.
Staphylocoques coagulase ngative

Gardnerella vaginalis
Mobiluncus spp.
Mycoplasma hominis, genitalium
Ureaplasma urealyticum
Entrobactries : Escherichia coli,
Candida spp

Flore oropharynge - Groupe III


Streptocoques
Haemophilus spp
Flore de lenvironnement
Pseudomonas spp
Acinetobacter spp

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008


19

Selon les bactries recherches, les milieux de culture sont spcifiques pour N. gonorrhoeae, pour les
Mycoplasmes. Pour C. trachomatis, la culture se ralise sur des cultures cellulaires.
Germes considrs toujours comme pathognes

Type dinfections
ITS

Neisseria gonorrhoeae
Chlamydia trachomatis

Endocervicite
Complications :
Endomtrite, Salpingite, Pelvipritonite
Infection vaginale

Trichomonas vaginalis
Germes potentialit pathogne

Type dinfections

Flore de voisinage digestive et cutane -Groupe II


Anarobies : plusieurs espces
Streptocoques du groupe B (S.agalactiae)
Entrocoques
Corynebacterium spp.
Staphylocoques coagulase ngative

Endomtrite :
Circonstances cliniques risque
Port dun strilet, investigation
endoutrine postpartum, postabortum

Gardnerella vaginalis
Mobiluncus spp.
Mycoplasma hominis, genitalium
Ureaplasma urealyticum
Entrobactries : Escherichia coli,
Candida

Salpingite

Flore oropharynge -Groupe III


Streptocoques

Haemophilus

Germes de portage

Type dinfections

BHVRI

Streptococcus agalactiae ++++


Escherichia coli
Staphylococcus aureus
Streptococcus pneumoniae
Streptococcus pyogenes
Haemophilus spp

Infections maternofoetales et
nonatales
Situation risque : rupture prmature
de la poche des eaux, menace
daccouchement prmatur

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008


20

CONCLUSION

Les prlvements gnitaux chez la femme sont divers


Deux sont couramment effectus
- le prlvement vaginal qui permet de poser le diagnostic de mycose, vaginose bactrienne et de
rechercher les bactries risque dinfection materno-foetale et nonatale.
- le prlvement de lendocol qui permet de diagnostiquer deux bactries fragiles N. gonorrhoeae
et C. trachomatis.
Les techniques par biologie molculaire permettent aujourdhui d'effectuer le diagnostic de ces
deux espces fragiles pour la culture.
Lauto prlvement vaginal peut tre prescrit pour la recherche de N. gonorrhoeae et C.
trachomatis par PCR.

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008


21

EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES PRELEVEMENTS GENITAUX CHEZ LHOMME

CIRCONSTANCES
Urtrite avec coulement ou sans coulement
Infection profonde : prostatite, pididymite
Ulcration gnitale
Renseignements cliniques obligatoires pour la conduite de lexamen cyto-bactriologique et pour son
interprtation.

PRELEVEMENTS
Le matin avant toute toilette
Site

Conteneur

Transport

Prlvement urtral

Ecouvillons

2 heures
temprature
ambiante

Si coulement
recueil dune goutte

Avec milieu
de transport

Recherches
1 couvillon : examen direct
1 couvillon : culture standard
Par Culture
1 couvillon coton : N. gonorrhoeae

Si pas dcoulement :

1 couvillon alginate : C. trachomatis

Ecouvillon 1cm dans lurtre


2 Ecouvillons alginate 2 3cm
dans urtre

1 autre couvillon : Mycoplasmes


Par PCR

N. gonorrhoeae et C. trachomatis

Premier jet des urines

Flacon
strile

2 heures
temprature
ambiante

C. Trachomatis et N. gonorrhoeae

Scrtions prostatiques

Flacon
strile

2 heures
temprature
ambiante

Prostatite aigue ou chronique

Grattage
avec
vaccinostyle

2 heures
temprature
ambiante

Grattage :

Aprs massage prostatique


Recueil des urines
Ulcration gnitale
Ponction ganglion

Ralise au
laboratoire

par PCR

Syphilis :Trepomema pallidum


Autres :
mou

Haemophilus ducreyi : chancre


C.Trachomatis :LGV

Ponction
dans flacon
strile

lymphogranulomatose vnrienne
Donovanose
(Herpes : HSV-1 et HSV-2)

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008


22

RESULTATS
EXAMEN DIRECT
Etat Frais : polynuclaires PN
Aspect inflammatoire : trs nombreux PN,
Coloration de Gram : si cocci gram- en diplocoque : suspicion de Neisseria gonorrhoeae
Immunofluorescence : C. trachomatis (corps lmentaire), et Treponema pallidum
Fond noir : Treponema pallidum morphologie hlicodale et mouvement de rotation caractristique sur
srosit frachement prleve
Site
Prlvement endo urtral

Rsultat

Diagnostic

Etat frais

Trichomonas vaginalis

Si coulement
recueil dune goutte
Si pas dcoulement :
Ecouvillon 1cm dans lurtre

Infection Trichomonas

Gram
Cocci diplo Gram- intra
polynuclaires ou extra :

Infection Neisseria gonorrhoeae


fortement suspecte

Immunofluorescence

C. trachomatis

Fond noir

Syphilis : Treponema pallidum

2 Ecouvillons alginate 2
3cm dans urtre

Ulcration gnitale

Immunofluorescence
Ponction ganglion

May Grnwald Giemsa

Haemophilus ducreyi et Klebsiella


granulomatis
(agent
de
la
donovanose)

CULTURE MICRO-ORGANISMES ISOLES


Selon les bactries recherches, les milieux de culture sont spcifiques pour N. gonorrhoeae, pour les
Mycoplasmes. Pour C. trachomatis, la culture se ralise sur des cultures cellulaires.
Germes de la flore cutane
Flore peu abondante
Staphylocoques coagulase ngative
Entrocoques
Corynebacterium spp.

Germes considrs toujours comme pathognes

Type dinfections
ITS

Neisseria gonorrhoeae

Urtrite gonococcique : coulement


dans 90% des cas
Urtrite non gonococcique : souvent
symptomatique
Complications :
Epididymite
Infection

Chlamydia trachomatis

Trichomonas vaginalis

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008


23

Germes potentialit pathogne

Type dinfections

Mycoplasmes

U. urealyticum
M.hominis
M. genitalium (par PCR, pas de quantitatif)

Seuil 104 /ml urtre,


103 /ml premier jet urine:
Urtrite Ureaplasma urealyticum
M. genitalium : urtrite rcidivante
chez homosexuel
M. hominis : ?

Autres bactries
En culture pure et abondante
Entrobactries

Infection urtrale possible ces


bactries
Prostatite

S. pneumoniae
Haemophilus influenzae
P. aeruginosa
.

CONCLUSION

Les prlvements gnitaux chez lhomme :


Deux prlvements chez lhomme sont couramment effectus
- le prlvement urtral
- le prlvement du premier jet des urines pour la recherche de N. gonorrhoeae et C.

trachomatis.

Les techniques par biologie molculaire permettent aujourdhui d'effectuer le diagnostic de deux
espces fragiles N. gonorrhoeae et C. trachomatis pour la culture.
Ne pas oublier de raliser les srologies Syphilis, et Chlamydia trachomatis dans le cadre des
infections hautes ou de la lymphogranulomatose vnrienne en augmentation dans la population
homosexuelle masculine.
La conduite au laboratoire de ce type de prlvement ne peut tre ralise sans les
renseignements cliniques.

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008


24

EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES PRELEVEMENTS DE


SUPPURATIONS CUTANEES, PLAIES SURINFECTEES

CIRCONSTANCES :
Une grande diversit despres bactriennes peut tre isole partir de ces prlvements et souvent
il sagit dinfections mixtes associant des germes arobies et anarobies.
Dermatoses bactriennes
Furoncle Anthrax Imptigo- Panaris
Erysiple- Cellulite
Les principales bactries responsables :

S. aureus, S. pyogenes

Bien souvent pas de prlvement


Attention aux souches S. aureus LPV + (toxine leucocidine de Panton-Valentine) : lsions ncrotiques
graves
Acn (Propionibacterium acnes)
Si tissu ncros : Clostridium perfringens

Infection aprs effraction accidentelle

Piqres
Piqre aiguille
Abcs au point de piqre, Toxicomanes,
Bactries transitaires de la flore commensale : S. pyogenes ou autres Streptocoques -hmolytiques,
S. aureus, .
Piqre insecte
peut se surinfecter avec bactries prsentes sur la peau
Piqre Tique : transmission de Borrelia (maladie de Lyme)
atteinte cutane Erythme migrant
diagnostic par PCR sur biopsie tissulaire
Surinfection brlure
Dans un premier temps la lsion est strile
Puis la zone brle va se coloniser avec bactries :
le diagnostic dinfection sera clinique et biologique
les prlvements : biopsie ou empreintes au niveau de la brlure
avec valuation semi-quantitative des bactries par gramme de tissu ou cm2 de peau
Les bactries retrouves : S. aureus, Pseudomonas aeruginosa, Entrobactries, Bacillus cereus,
Importance de la surveillance : sepsis et cause de mortalit importante
Traumatisme avec plaie ouverte :
ne pas oublier Clostridium tetani pour la prvention (par contre rarement retrouve)
Accident de la voie publique, agricole, domestique
Importance de savoir le lieu de la contamination pour la recherche des bactries de lenvironnement.
Pas de prlvement avant le nettoyage de la plaie. Antibioprophylaxie. Prlvement si surinfection.
Terre : Bacillus (cereus), Entrobactries, Pseudomonas, Clostridium, Actinomyces..
Eau : Aeromonas,Vibrio (halophiles eaux de mer), Entrobactries, Pseudomonas,..
Attention aux formes fulminantes pour Aeromonas et Bacillus cereus : pouvoir ncrotique important
Mycobacterium marinum : eaux daquarium, piscine. Formation dun granulome.

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008


25

Morsure, Griffades, Lchage plaie, par animal


Infections trs frquentes
Les bactries proviennent de la flore pharynge de lanimal : grande diversit des espces (habitat des
petits bacilles gram- de culture difficile)
Abcs hyperalgique trs prcoce pour Pasteurellose.
Infections polymicrobiennes
Morsure de chien
Pasteurella multocida (20 30 %)
Staphylococcus aureus (20 30 %)
Streptocoques et hmolytiques
Staphylococcus intermedius ()
Capnocytophaga canimorsus ()
Bergeyella,
Neisseria animales
Morsure, griffade de chat
Pasteurella multocida ( 50 %)
Bartonella henselae (maladie des griffes du chat : diagnostic par srologie)
Morsure dhomme
Au cours de rixe, rugby
Complication distance : abcs cerveau, arthrite .
Bactries de la flore pharynge de lhomme :
- Anarobies (55 %)
Bacilles Gram : Prevotella pigments et non pigments

Porphyromonas
Fusobacterium nucleatum, necrophorum
Coques Gram + : Peptostreptococcus

- Streptocoques oraux
- Staphylococcus aureus
- Eikenella corrodens (25 %)
- Haemophilus influenzae ()

Infections chroniques

Escarre : utilit des prlvements ?


malade en choc septique
recherche de BMR
Ulcre pied diabtique : problmatique frquente
Aucun moyen formel permettant de diffrencier une colonisation dune infection!!!
Pas de prlvement sans nettoyage srieux avec du srum physiologique de la lsion.
Privilgier les prlvements profonds : aspiration laiguille, biopsies osseuses
Linterprtation doit tenir compte:
- des conditions de recueil du prlvement
- des conditions et du dlai de transport du prlvement au laboratoire
- du nombre de prlvements o le mme germe est isol (germes commensaux)
Les bactries retrouves : souvent plusieurs
Plaie rcente : S.aureus, Streptocoques, Corynebactries (attention C. ulcerans toxinogne)
Plaie >1 mois : + Entrobactries, Entrocoques, P. aeruginosa,
Antibiothrapie antrieure : Bactries multirsistantes SAMR, P.aeruginosa, Acinetobacter

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008


26

PRELEVEMENTS
Ralisation

Conteneur

Aprs nettoyage de la plaie

Ecouvillon

Par couvillonnage

Avec ou sans milieu de


transport

Transport
2 heures
temprature
ambiante

Flacon strile

Aspiration liquide
Biopsie

RESULTATS
EXAMEN DIRECT
Coloration de Gram : Aspect de la flore bactrienne et noter bactrie prdominante
CULTURE DES MICRO-ORGANISMES ISOLES

Germes de la flore cutane


Flore rsidente:

3 genres prdominants : Staphylococcus (coagulase -) Corynebacterium


(lipophiles et non lipophiles) et Propionibacterium (acnes, avidum)
- autres espces : Streptococcus pyogenes, Staphylococcus aureus (portage nasal,
prine), autres Streptocoques,
- spcificit selon les territoires cutans : face, cuir chevelu, aisselles, main, tronc,
prine, pied.
- diffrence entre zones humides et sches : quantit et espces
3

6-7

- 10 bact/cm2 de peau (10

aine, aisselles)

Flore en transit :

- implantation transitoire partir :


- du milieu extrieur : Pseudomonas, Acinetobacter,
- du tube digestif : Entrobactries, Entrocoques,
- importance dans le portage et la transmission des bactries responsables
dinfections nosocomiales : SAMR fosses nasales et cutan (prine)

CONCLUSION

Etant donn la diversit des localisations et des bactries potentialit pathogne il est important
daccompagner le prlvement des renseignements cliniques notamment la circonstance du prlvement.

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008


27

EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES FOYERS DINFECTIONS FERMEES

TYPES

DE SUPPURATIONS

Les localisations sont nombreuses et linfection se fait :


- soit par contigut, partir dune flore commensale
- soit aprs un traumatisme ou des manuvres chirurgicales
- soit par une mtastase septique
Il sagit :
* dinfections profondes : abcs sous-cutans (cou,...), abcs viscraux (cerveau, poumon, os,
articulation), phlegmons, adnites.
* dinfections des sreuses : plvre, pritoine, articulation, pricarde.
Nous ne parlerons pas ici du LCR.

ETIOLOGIE
Une grande diversit despres bactriennes peut tre isole partir de ces prlvements et souvent il
sagit dinfections mixtes associant des germes arobies et anarobies.
On distingue les suppurations proches dune flore commensale (flore bucco-dentaire pour les abcs du
cou, flore intestinale pour les pritonites..., flore vaginale pour les pyosalpinx et les pritonites
pelviennes) qui seront souvent plurimicrobiennes de celles loignes des flores commensales (os et
articulation, abcs du cerveau, abcs du poumon, abcs du foie) qui seront souvent monomicrobiennes.

PRELEVEMENT
Echantillon

Conteneur

Transport

Conservation

Commentaires

Liquide daspiration
laiguille fine au
niveau de la lsion
(ventuellement
aprs irrigation avec
du srum
physiologique
strile)

Poudrier ou
tube strile

15 minutes
temprature
ambiante

24 heures
temprature
ambiante

Examen
peu
sensible
(culture informative dans
peu de cas). Attention si
Streptococcus pyogenes.

Matriel purulent
aspir la seringue

Poudrier
strile

2 heures
temprature
ambiante

24 heures
temprature
ambiante

Tissu
solide

Biopsie

Poudrier
strile

15 minutes
temprature
ambiante

24 heures
temprature
ambiante

Pour
viter
le
desschement, les petits
morceaux doivent tre
humidifis avec quelques
gouttes
de
srum
physiologique strile.

Moelle
osseuse

Matriel aspir la
seringue

flacon
dhmoculture
ou poudrier
strile

2 heures
temprature
ambiante

24 heures
temprature
ambiante

La myloculture peut tre


utile pour le diagnostic des
infections mycobactriennes
ou fongiques dissmines, mais
elle est pratiquement dnue
dintrt pour le diagnostic
des infections bactriennes
courantes

Cellulite

Abcs
ferm
ou
sreuse

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008


28

PRELEVEMENT DES CAVITES SEREUSES


Echantillon

Liquide
- pleural
- pricardique
- pritonal
- amniotique
- articulaire
- bile

Conteneur

Transport

Conservation

Commentaires

Poudrier strile

15 minutes
temprature
ambiante

24 heures
tuve 35-37C

Flacon
dhmoculture

2 heures
temprature
ambiante

24 heures
tuve 35-37c

Les
bactries
anarobies
dintrt clinique sont capables,
pour la plupart, de prsenter
une survie courte dans un
rcipient contenant de lair.
Mettre suffisamment de liquide.
Le transport au laboratoire doit
se faire le plus rapidement
possible
Linoculation au lit du malade
dans un flacon dhmoculture
est intressante surtout pour
les
liquides
de
dialyse
pritonale (grand volume et,
souvent, densit faible de
germes)
et
les
liquides
articulaires. Il nest pas possible
de raliser lexamen direct
(dilution du prlvement).

DEMANDES

SPECIFIQUES

Mycobactries
Brucella spp
Legionella spp
Bartonella spp
Francisella tularensis
Mycoplasma spp (pricardite, arthrite)
Helicobacter pylori (biopsie gastro-duodnale)
Nocardia spp
Chlamydia spp (pricardite, liquide pritonal)
Borrelia spp (arthrite)

RESULTATS

EXAMEN MICROSCOPIQUE
Un examen minutieux est ralis sur un tat frais et aprs coloration au bleu et au gram.
MISE EN CULTURE
Elle est ralise sur milieux gloss riches et bouillon enrichissant de faon couvrir toutes les
bactries.
Lisolement sera suivi de lidentification et dun antibiogramme.
DELAI DE REPONSE
Variable, au minimum 72h avec antibiogramme.
Peut aller jusqu 2 mois (Mycobactries, Maladie des Griffes du chat)
INTERPRETATION
Si monomicrobien : pas de grands problmes dinterprtation.
Si polymicrobien : il sagit par exemple de pritonites et des pleursies dans lesquelles interviennent
souvent les germes de la flore anarobie de Veillon.
M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008
29

EXAMEN BACTERIOLOGIQUE
DU LIQUIDE CEPHALO-RACHIDIEN (LCR)
Celui-ci est pratiqu devant toute suspicion de mningite.

DEFINITION

DUNE

MENINGITE

BACTERIENNE : encore appele mningite

purulente , celle-ci est une raction mninge polynuclaires abondants dorigine bactrienne
lexclusion du BK et des spirochtes : leptospires, Borrelia et trponme de la syphilis.

ETIOLOGIE DES MENINGITES BACTERIENNES


Mningites communautaires primitives *
Nouveau-n
Nourrisson
et
enfant <5 ans

Mningites secondaires **

Streptococcus agalactiae

Entrobactries (surtout Escherichia coli K1)

Listeria monocytogenes
Neisseria meningitidis
Streptococcus pneumoniae
Haemophilus influenzae (rarement depuis la
commercialisation du vaccin)

Staphylococcus aureus
Staphylococcus spp
Streptococcus pneumoniae
Streptococcus spp
Enterobacteriaceae
Pseudomonas spp. et apparents

Anarobies
Adulte
Neisseria meningitidis
et
Streptococcus pneumoniae
enfant > 5 ans
Listeria monocytogenes
* Bactries tropisme mninge
** Soit a)lsion proche des mninges
- traumatisme crnien (ex. Pneumocoque)
- suppuration ORL (idem)
- malformation du SN central et de ses enveloppes ayant ncessit une valve de
drivation (Staphylocoque coagulase-)
- intervention neurochirurgicale ou neuroradiologique (injection septique ou point
dappel)
Soit b) foyers infectieux distance : mningite mtastatique
Soit c) altration de ltat gnral avec dficit immunitaire (cancer, hmopathie - cirrhoses transplant - ...) ex : Listeria.

PRELEVEMENT
Echantillon
Liquide cphalo-rachidien

Conteneur

Transport

Conservation

Commentaires

Tube strile

15 minutes
temperature
ambiante

2 heures
temprature
ambiante

Le transport au
laboratoire doit tre
fait le plus rapidement
possible
Ne jamais rfrigrer le
prlvement

DEMANDES SPECIFIQUES
Mycobacterium tuberculosis
Leptospira spp
Borrelia spp

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008


30

CONDUITE

DE LEXAMEN

EXAMEN MACROSCOPIQUE
- LCR clair (eau de roche) avec faible quantit de polynuclaires.
- LCR hmorragique par piqre vasculaire ou hmorragie mninge; dans ce cas il peut devenir
xanthochromique lorsque lhmorragie mninge est ancienne.
- LCR trouble d lhyperleucocytose et en fonction de son intensit, tous les degrs existent depuis
une lgre opalescence jusquau pus en passant par laspect eau de riz .
EXAMEN BIOCHIMIQUE
- protinorachie augmente
- glycorachie souvent abaisse voire indosable.
- chlorurachie le plus souvent normale.
EXAMEN MICROSCOPIQUE
* Cytologie quantitative : cest le dnombrement laide dun hmatimtre des lments cellulaires du
LCR ; le LCR normal contient moins de 2 lments/mm3. Le nombre des lments augmente au cours des
mningites purulentes .
* Cytologie qualitative
Celle-ci sera ralise si le nombre dlments est suprieur 10/mm3. Une coloration hmatologique est
pratique sur un culot de centrifugation du LCR. La nature des lments est analyse : polynuclaires,
lymphocytes, monocytes et leur pourcentage relatif (formule).
Une polynuclose oriente vers une mningite purulente bactrienne.
* Bactriologie
Un examen minutieux est ralis sur un tat frais et un culot de centrifugation color au bleu et au
gram.
MISE EN CULTURE :
Elle est ralise sur milieux gloss riches et bouillon enrichissant de faon couvrir toutes les
bactries rencontres dans les mningites purulentes.
Lisolement sera suivi de lidentification et dun antibiogramme.

RESULTATS

1) Prsence de PN et dune bactrie : pas de problme, la bactrie est responsable de la mningite


2) PN rares, la limite de la normale et bactrie :
si bactrie tropisme mning, mningite purulente au dbut ou avec sidration cellulaire
dvolution suraigu (cas du purpura fulminans Mningocoque) ;
si bactries telles que S. aureus ou Bacilles gram -, confrontation avec la clinique.
si bactries telles que Staphylocoque coagulase - ou Corynebacterium : souillure cutane
probable (sauf si valve de drivation).
3) PN prsents et pas de bactrie
1/ Mningite dcapite par antibiothrapie ou mauvaises conditions de transport
2/ Mningite virale au dbut (parfois prsence de PN)
3/ Processus expansif intra crnien : infectieux (abcs du cerveau) ou non infectieux
(tumeur, hmatome)
4/ Certaines leucoses
5/ Certaines maladies inflammatoires (Lupus)
6/ Intervention neuro-chirurgicale ou neuro-radiologique (dans les heures qui suivent)
7/ Hmorragie mninge
8/ Endocardite.

Surveillance de lefficacit du traitement


Strilisation du LCR - normalisation des constantes chimiques et cytologiques.

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008


31

EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DU SANG = HEMOCULTURE


Culture du sang circulant qui est normalement strile pour pouvoir diagnostiquer une
bactrimie et identifier lagent infectieux responsable.
Bactrimie :
* transitoire : dcharge brve de bactries dans le sang sans manifestations cliniques et
spontanment rsolutive (physiologique).
* continue : endocardite, brucellose, fivre typhode.
* intermittentes : dcharges rptes la suite dinfections diverses.

Septicmie = bactrimie prolonge + tat infectieux qui peut aller du sepsis simple ltat de choc

septique.

CIRCONSTANCES CLINIQUES
- fivre : surtout aprs acte chirurgical ou instrumental, perfusion depuis quelques jours, dficit
immunitaire, toxicomane, tat gnral altr, valvulopathie.
- chocs inexpliqus, CIVD
- souffrance nonatale...
- infections localises svres (mningite, endocardite, pneumonie, pylonphrite, abcs intraabdominal...)
- aggravation de l'tat gnral chez un immuno-dprim.

PRELEVEMENT

Faible quantit des bactries dans le sang (1 bact/mL, trop peu pour examen direct) donc besoin de
prlever une quantit de sang importante (10 mL)
Par ponction veineuse : chez ladulte au pli du coude, chez le nouveau n et le nourrisson par une veine
picrnienne ou jugulaire ou ombilicale.
Echantillon
Sang

Conteneur
2 Flacons
dhmocultures :
flacon arobie
et flacon
anarobie*

Transport
2 heures
temprature
ambiante

Conservation
24 heures
temprature
ambiante
Ne jamais
rfrigrer

Commentaires
Importance dune antisepsie
correcte de la peau au
moment du prlvement
pour
viter
les
contaminations

* des flacons pdiatriques sont commercialiss pour certains automates dhmoculture, contenant
un volume rduit de milieu de culture pour maintenir le ratio sang : bouillon nutritif entre 1 :5 et 1 :10
lorsque seulement de petits volumes de sang peuvent tre prlevs.
Quand prlever :
- le plus tt possible dans l'volution de la maladie,
- avant tout traitement antibiotique (ou avant ladministration de la prochaine dose dantibiotique)
- pendant l'accs fbrile s'il existe, sinon systmatiquement toutes les 3-4 heures.
- rpter les prlvements, mais au maximum six hmocultures (arobie + anarobie) en deux jours
: 3x2 30-60 min dintervalle le 1er jour et si cest (-) au bout de 24h, 3x2 30-60 min dintervalle le
2e jour.

DUREE DINCUBATION DES FLACONS DHEMOCULTURE


M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008
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Hmoculture standard

Dure
dincubation
(jours)
5

Endocardite infectieuse

14-30

Brucellose

10-21

Commentaires

Pour les systmes manuels : 7 jours avec 2


lectures/jour les premires 48 heures et 1
lecture/jour aprs.
Une dure dincubation de 4 semaines est
recommande par le Rmic avec ralisation
de subcultures en cas de ngativit des
hmocultures aprs 48 heures et ventuellement
aprs 7 jours dincubation ; cette dmarche est
lourde et, jusqu prsent, il ny a pas dtude
dmontrant son utilit en cas dutilisation dun
systme automatis.
Pour les systmes manuels, une incubation de 21
jours semble indique mme si la plupart des
cultures deviennent positives durant la premire
semaine ; il est prfrable dutiliser un milieu
diphasique pour viter les subcultures. Pour les
systmes automatiss, il a t dmontr que
95% des cultures se sont positives en 7 jours ;
la prudence fait que la plupart des auteurs
recommande une incubation de 21 jours avec
ventuellement la ralisation de subcultures.

CULTURE

Toute bactrie dtecte doit tre identifie. Un antibiogramme est ralis.

RESULTATS
BACTERIES
PATHOGENES
SPECIFIQUES

BACTERIES
POTENTIELLEMENT
CONTAMINANTES

Brucella spp
Salmonella Typhi ou Salmonella spp
Listeria monocytogenes
Neisseria meningitidis
Streptococcus pneumoniae
Streptococcus pyogenes
Haemophilus spp
Groupe HACEK
Pasteurella spp
Campylobacter spp.

Une seule hmoculture


positive suffit.

Bactries de la flore cutane


pouvant parfois tre
responsable du sepsis.
Renouveler les prlvements.

Staphylocoques coagulase ngative


Corynbactries

Propionibacterium acnes
Bacillus spp
Micrococcus spp

Streptocoques viridans

ETIOLOGIE LES PLUS FREQUENTES DES BACTERIEMIES


Plusieurs hmocultures sont positives avec la mme bactrie et la clinique est vocatrice. Il faut
rechercher le point de dpart.
M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008
33

Staphylococcus aureus
Escherichia coli

Staphylocoques coagulase ngative

Klebsiella pneumoniae
Enterococcus spp
Pseudomonas aeruginosa
Streptococcus pneumoniae

Streptocoques viridans

Candida albicans

BACTERIES DES ENDOCARDITES

Streptococcus spp ( viridans surtout)


Staphylococcus epidermidis et aureus
Enterococcus spp
Groupe HACEK rarement.
BACTERIES DES INFECTIONS LIEES AUX DISPOSITIFS INTRAVASCULAIRES
Cathter intravasculaire, chambre implantable, pace maker.

Staphylococcus epidermidis

Autres staphylocoques coagulase ngative

Staphylococcus aureus
Enterobacteriaceae
Pseudomonas aeruginosa
Acinetobacter spp
Candida spp
Enterococcus spp
Corynebacterium spp

MOYEN DE DIRE QUE LE MATERIEL EST INFECTE


Chez les patients recevant des chimiothrapies lourdes.
Comparaison des dlais positivit de 2 hmocultures raliss en parallle et au mme moment :
hmoculture partir du cathter ou du dispositif implantable
hmoculture par ponction veineuse.

Une prcocit du temps de pousse dau moins 120 minutes en faveur de lhmoculture sur dispositif par
rapport lhmoculture priphrique signe un dispositif infect qui pourrait tre lorigine de la
septicmie. Le retrait du dispositif est fortement recommand si ltat gnral du patient le permet.
HEMOCULTURE POLYMICROBIENNE
Chez les patients immunodprims.
Dans les infections cutanes : brlures, escarres, etc.
Aprs chirurgie abdominale avec effraction.
Patient au stade dagonie : par rupture des barrires. Pas de signification clinique.
HEMOCULTURE NEGATIVE
Absence de bactries dans le sang.
Sepsis du une autre tiologie (virale, tuberculeuse, rickettsies, chlamydia.)
Causes d'chec :
prlvement pas au bon moment ou trop tardivement au cours de la maladie.
traitement antibiotique avant le prlvement.
M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008
34

quantit trop faible de sang ensemenc


milieux de culture non adapts la bactrie en cause ou microorganisme de culture impossible.
temps d'observation insuffisant.
infection localise sans bactrimie.

DEMANDES SPECIFIQUES

Mycobactries
Legionella spp
Leptospira spp
Bartonella spp
Brucella spp

Francisella tularensis

CONCLUSIONS

Examen est trs demand en bactriologie.


Dans certaines circonstances cest le seul moyen didentifier lagent causal : ne pas oublier de le
demander.
devant certaines pneumopathies (Streptococcus pneumoniae)
devant un tableau de fivre chez la femme enceinte (Listeria monocytogenes)
dans les endocardites.
Il faut savoir rpter ce prlvement dans le temps pour tout patient prsentant une fivre prolonge
surtout en prsence de matriel tranger (valve, prothse..).

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008


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Systme actuel au CHU de Toulouse

M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008


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M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008


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