Maryse ARCHAMBAUD
Danielle CLAVE
DCEM 1
Laboratoire de Bactriologie-Hygine
Facult de Mdecine Toulouse-Rangueil
- Sommaire -
CIRCONSTANCES DE PRELEVEMENT
-
Lurine est un liquide biologique normalement strile. Toute prsence confirme de germes dans
lurine intravsicale est pathologique.
Lurtre peut contenir des germes commensaux qui peuvent tre emmen par le flot urinaire.
Infection spontane ou aprs manuvres instrumentales (iatrogne, infection urinaire arrive au
premier rang des infections nosocomiales).
Attention les urines sont un bon milieu de culture, prolifration facile des bactries.
PRELEVEMENT
Conditions de prlvement :
Il existe une possibilit de retrouver une flore bactrienne commensale de lurtre si le prlvement
est mal fait. Un traitement semi quantitatif de celui-ci permet dviter cet cueil.
Adulte : Lavage des mains puis nettoyage soigneux du mat urinaire et chez la femme des rgions
gnitales externes, dsinfection locale douce et enfin recueil du milieu du jet des urines du matin de
prfrence, ou ayant sjourn au moins 4 heures dans la vessie.
Sond demeure : aprs clampage de la sonde, la ponctionner aprs dsinfection lalcool iod.
Nourrisson : poche collectrice, vrifier aprs 30 mn.
Test de screening : utilisation de bandelette ractive chimique
Ds lmission des urines
Dtection de la prsence de polynuclaires (normaux ou altrs).
Dtection de nitrites (prsence dune entrobactrie)
Bien respecter les temps de lecture (amlioration par lecture automatique par des
petits automates qui en plus assurent un enregistrement papier).
Bonne valeur prdictive ngative (98%) si polynuclaires - et nitrites -.
Echantillon
Conteneur
Transport
Poudrier strile
+ lame immerge
2 heures
temprature
ambiante
Monovette avec
conservateur
24 heures
temprature
ambiante
Urines
Conservation
Commentaires
24 heures 4C
La
qualit
du
prlvement
est
essentielle ; le recueil et le transport
doivent tre effectus selon des rgles
prcises pour viter la contamination et
la multiplication bactrienne
CONDUITE DE LEXAMEN
Aspect Macroscopique : limpide ou trouble, couleur (hmatique ?), prsence de sdiment ?
Cytologie
Leucocytes : prsence de plus de 104/ml de leucocytes ou plus de 10/mm3 (attention lexpression du
rsultat). Noter lventuelle altration des cellules.
Autres cellules : toujours regarder la prsence ou labsence de
- cellules rnales
- cylindres (hyalins, hmatiques, leucocytaires, granuleux)
- cellules pithliales (ex cellules vaginales)
- cristaux : urate, phosphate ammoniacomagnsien, oxalate de calcium,...
Examen direct
o tat Frais : noter la prsence de bactries et leur ventuelle mobilit. Il est difficile de
sengager plus sur un rsultat uniquement sur cet examen.
o Gram : examen possible mais rarement fait en pratique courante. Sensibilit augmente aprs
cytocentrifugation.
Automates effectuant la cytologie et la numration des bactries par cytomtrie de flux + ou
associ de la fluorescence. Ils permettent de cibler en moins dune demi-heure les urines positives.
Seuls les chantillons dtects positifs sont secondairement ensemencs.
Mise en culture
Sur des milieux normaux usuels ou chromognes (ont lavantage de faire une identification directe des
bactries le plus souvent impliques dans les infections urinaires).
Ensemencer une quantit fixe pour dnombrer les bactries (UFC /ml).
Incuber 24 heures.
Identifier la ou les (les infections urinaires 2 germes sont rares mais existent) bactries isoles.
Faire un antibiogramme en testant des antibiotiques qui ont une bonne limination urinaire.
RESULTATS INTERPRETATION
Seuils de significativit
Leucocyturie
Hmaturie
Bactriurie
103 UFC/ml
E.coli et S. saprophyticus
105 UFC/ml
Autres germes
104 UFC/ml
104 UFC/ml
IU nosocomiales *
Oligella urethralis
Aerococcus urinae
Corynebacterium urealyticum
Lactobacillus spp
* surtout chez les sujets porteurs de sonde urinaire demeure ou aprs cathtrisme.
Les espces pathognes diffrent suivant les terrains.
Penser chez la femme jeune Staphylococcus saprophyticus qui peut reprsenter dans cette
population jusqu 15% des cystites aigus.
DEMANDES SPECIFIQUES
Mycobacterium tuberculosis
Leptospira spp
Chlamydia spp
CONCLUSIONS
Examen apparemment facile raliser en pratique mais difficile en fait car linterprtation des
rsultats nest pas toujours aise.
Il est important davoir les renseignements cliniques prcis.
CIRCONSTANCES de demande
Diarrhe aige.
Le portage dune bactrie entropathogne est orient par la clinique.
FLORE
DIGESTIVE
Les selles sont composes de rsidus alimentaires et de bactries vivantes et surtout mortes. Les
bactries reprsentent 2/3 du poids sec des selles. Dans 1g de matires fcales il y a 5 x 1011
bactries viables.
La coproculture habituellement pratique ne comporte pas
- dtude quantitative de la flore
- dtude de la flore anarobie.
La composition de cette flore est bien connue : essentiellement constitue de bactries anarobies
11
12
strictes (10 - 10
bactries/ml). Les Entrobactries avec prdominance dEscherichia coli ne
reprsentent que 5 10% de cette flore. Cest la flore rsidante . De plus il y a une flore de
transit provenant de lalimentation et de la flore des autres parties du corps.
La composition de cette flore se modifie en fonction de lge et de lalimentation : le nouveau-n a le
mconium strile puis sa flore varie selon quil est nourri au sein ou au biberon.
La prsence de Staphylococcus aureus est frquente ltat normal mais en petite quantit.
PHYSIOPATHOLOGIE
BACTERIES A RECHERCHER
Salmonella spp.
Shigella spp.
Campylobacter spp.
Yersinia spp.
Aeromonas spp.
PRELEVEMENT
Echantillon
Conteneur
Transport
Conservation
Commentaires
Selles
Poudrier
strile
1 heure
temprature
ambiante
24 heures
4C
Si hospitalisation 3 jours la
coproculture standard na pas
dutilit* ; seule une recherche
de Clostridium difficile doit
tre effectue
Ecouvillonnage
rectal
Ecouvillon
2 heures
temprature
ambiante
24 heures
temprature
ambiante ou
4C
* sauf pour les patients 65 ans et/ou prsentant des pathologies associes neutropniques, infects
avec le VIH, hospitaliss pour gastroentrite ou manifestations non diarrhiques des infections
entriques
Biopsie : rectales ou coliques sous endoscopie : sont analyser comme des matires fcales.
jamais pour Clostridium difficile.
RESULTATS
EXAMEN MACROSCOPIQUE
Laspect macroscopique de la selle est important pour orienter sur la physiopathologie de la diarrhe .
Si selle solide : rechercher du sang, du pus, des glaires.
Si selle liquide, laspect fcal avec des glaires sanglantes oriente vers un syndrome dysentriforme
alors que laspect incolore ou eau de riz voque un syndrome cholriforme.
EXAMEN MICROSCOPIQUE
Prsence de polynuclaires si les bactries sont invasives mais inconstant parfois.
Absence de polynuclaires : si les bactries sont entrotoxiques.
MISE EN CULTURE : importance des renseignements cliniques (ge, notion de voyage rcent,
antibiothrapie en cours, toxi-infection alimentaire possible...). Il est indispensable de prciser si lon
doit rechercher un Vibrion cholrique ou un Clostridium difficile, car ceci fait appel des techniques
particulires.
Lisolement sera suivi de lidentification et ventuellement, dun typage srologique (Salmonella,
Shigella,...) et dun antibiogramme (impratif pour Salmonella, Shigella, E. coli, Vibrio cholerae). Si le
biologiste se doit de le raliser devant toutes bactries pathognes isoles de coproculture, cest le
clinicien qui seul jugera ensuite de lintrt dune antibiothrapie.
Dans certains cas une bactriologie quantitative avec numration des diffrentes espces
microbiennes peut tre demande.
TEMPS DE REPONSE DUNE COPROCULTURE :
- en moins de 2h : entrotoxine de C.difficile
- il faut au moins 48h dincubation pour donner un premier rsultat de la culture.
AU TOTAL : interprtation
1 - Culture de routine la recherche dune bactrie pathogne spcifique :
* adulte ou enfant de plus de 2 ans :
Voir tableau plus haut.
* enfant de moins de 2 ans :
- rajouter la recherche des E.coli entropathognes (EPEC) : srums agglutinants (4
mlanges) ou recherches gnotypiques (PCR de la toxine).
- penser que les tiologies virales sont trs frquentes dans cette tranche dge.
* chez le nouveau-n : dans le mconium on recherchera des bactries responsables
dinfections nonatales : Listeria monocytogenes, E.coli K1, Streptococcus agalactiae.
2 - Notion de voyage rcent en pays tropical et syndrome cholriforme :
- Vibrio cholerae
- Escherichia coli entrotoxiques ETEC (laboratoires spcialiss) :
= Turista ou diarrhe des voyageurs (35M de cas/an). Le cot annuel de ces
infections est lev. La recherche de la toxine nest pas facile et ne se fait pas en routine.
- Aeromonas spp : diarrhe srosanglante
- Plesiomonas shigellodes se rencontre principalement en zone tropicale.
3 - Malade sous traitement antibiotique : dysmicrobisme ou infection nosocomiale.
- C. difficile : importance de la recherche de la toxine.
La technique de rfrence est la mise en vidence de la cytotoxine (Tox B) dans les
filtrats de selles sur des cultures cellulaires.
Des mthodes rapides immunoenzymatiques sont actuellement la disposition des
laboratoires avec des dlais de rponse infrieurs 2h. Ils utilisent des AC monoclonaux
anti-toxine A + B. Ils sont trs spcifiques et trs sensibles.
- S. aureus sil est en trs grande quantit.
- P.aeruginosa
4 - Syndrome hmolytique et urmique (SHU) : EHEC (E. coli entrohmorrhagiques)
surtout O157 H7.
C'est une recherche difficile car il est souvent en faible quantit. Il est infectant faibles doses. Il
est frquent en Amrique du Nord. On le rencontre en France bas bruit sans que lon puisse dire les
modes de transmission. Il est trouv dans la viande bovine, le lait non pasteuris, le cidre et le jus de
pomme.
Autres srotypes possibles.
5 - Intoxication alimentaire
- TIAC (le cot de ces maladies transmises par les aliments est trs lev. Cest un
problme de sant publique).
. dincubation courte non fbrile ( 1 4h)
S.aureus
Bacillus cereus
Salmonella spp
Y.enterocolitica (lait et porc)
C. perfringens
CIRCONSTANCES
Angines aigus
- angines rythmateuses et rythmatopultaces : infection Streptococcus pyogenes ou
Streptocoques hmolytiques
du groupe C ou G) ou infection virale. Si la souche de
Streptococcus pyogenes est productrice de toxines rythrognes, une scarlatine peut se
dclarer. En labsence de traitement les complications poststreptococciques (RAA, GNA) peuvent
survenir.
- angine pseudomembraneuse (les amygdales sont recouvertes de pellicules blanc nacre ou
gristres, fermes, adhrentes, paisses) : infection Corynebacterium diphtheriae ou
monocuclose infectieuse : prlvement obligatoire surtout si on ne connat pas lantcdent
vaccinal contre la diphtrie.
- angine vsiculeuse (vsicules visibles ou ulcrations minimes) : pharyngite herptique, associe
une gingivostomatite.
- angine ulcroncrotique (lsion unilatrale, avec perte de substance fond noirtre saignotant) :
Angine de Vincent, association de 2 bactries anarobies Fusobacterium necrophorum et Borrelia
ou Chancre syphilitique.
Recherche de porteurs de bactries potentialit pathogne, ou de bactries responsables
dinfections en milieu hospitalier (Staphylococcus aureus Mticilline rsistant), ou de toxi-infections
alimentaires chez le personnel des cuisines (Staphylococcus aureus producteur dentrotoxine,
Streptococcus pyogenes)
Bilan dune IST
Phlegmon de lamygdale : la collection est ferme, prlvement au cours dune ponction vacuatrice,
prlvement de gorge sans intrt
Epiglottite aigue : proscrire car dangereux (agent tiologique Haemophilus influenzae b)
PRELEVEMENTS
La mise en culture dun prlvement pharyng dans le cadre des angines rythmateuses est peu
ralis, en raison de la mise sur le march dun Test de diagnostic rapide (TDR) par raction
immunoenzymatique = Doctor Test pour le diagnostic de Streptococcus pyogenes.
Par contre cette culture est indique pour les personnes allergiques aux -lactamines pour tester la
sensibilit aux macrolides de S. pyogenes.
Site
Conteneur
Transport
Recherches
Ecouvillon
2 heures
temprature
ambiante
Avec ou sans
milieu de
transport
RESULTATS
EXAMEN DIRECT
Coloration de Gram : Aspect de la flore bactrienne
Site
gorge
Rsultat
Diagnostic
Gram association
fusospirillaire
Stomatococcus mucilaginosus
Staphylococcus aureus
Type dinfections
Angine ulcroncrotique
possibilit dun rash cutan
Arcanobacterium haemolyticum
production de la toxine
Neisseria gonorrhoeae
Candida (Champignon)
Germes de portage
CONCLUSION
Rarement ralis mais de grande importance dans le cadre des angines fausses membranes
CIRCONSTANCES
Atteinte des voies respiratoires
Bronchite aigue ou chronique
Broncho-pneumopathie chronique obstructive BPCO
PRELEVEMENTS
Type
Expectoration.
prleve le matin jeun, aprs toilette buccale
et mise dans pot strile l'issue d'une toux
profonde pour recueillir un crachat, ou aprs
effort induit par kinsithrapie
mthode non agressive mais contamination
oropharynge
Conteneur
Transport
Flacon strile
2 heures
temprature
ambiante
Flacon strile
Fibro-aspiration
scrtions d'un territoire bronchique
lors dune fibroscopie
Flacon strile
Flacon strile
2 heures
temprature
ambiante
Extrmit de la
brosse dans 1 ml de
solution saline strile
Flacon strile
RESULTATS
EXAMEN DIRECT
Coloration de Gram :
Examen cytologique : numration des polynuclaires par champ microscopique (objectif x10 et oculaire
x10)
Aspect de la flore bactrienne : noter bactrie prdominante, ou bactrie ramifie (aspect de
Nocardia)
type
Expectoration
Rsultat
Diagnostic
contamination salivaire
bonne expectoration
Aspiration endotrachale
Fibro-aspiration
Lavage bronchoalvolaire (LBA) :
miniLBA
aprs cytocentrifugation
Brossage distal
bronchique protg
Aspiration distale
protge par cathter
Gram
Evaluer la quantit de polynuclaires
confirmer par la culture
Stomatococcus mucilaginosus
Staphylococcus aureus
Seuil numration
Infection communautaire
Streptococcus pneumoniae
Haemophilus influenzae
Branhamella catarrhalis
Seuil numration
Infection nosocomiale
Staphylococus aureus
Pseudomonas aeruginosa
Acinetobacter baumannii
Recherche complmentaire
Staphylococcus aureus
Haemophilus influenzae
Pseudomonas aeruginosa avec des
souches mucoides
Seuil numration
Expectoration :
102 /ml pour P. aeruginosa, B. cepacia
105 /ml pour les autres bactries
Burkholderia cepacia
CONCLUSION
PRELEVEMENTS
Site
Conteneur
Transport
Vulve
couvillon
2 heures
temprature
ambiante
Levures,
2 heures
temprature
ambiante
Vaginal
couvillon
auto prlvement
Recherches
Staphylocoques, Streptocoques
Vaginose bactrienne
C. trachomatis
(par PCR)
Vaginal
Sous spculum
2
couvillons
2 heures
temprature
ambiante
et N. gonorrhoeae
Endocol
2 couvillons
Aprs dsinfection de
lexocol
Avec milieu
de transport
2 heures
temprature
ambiante
Par Culture
1 couvillon coton : N. gonorrhoeae
1 couvillon dacron : C. trachomatis
Urtre
N. gonorrhoeae et C. trachomatis
Sous coelioscopie
Flacon
2 heures
temprature
M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008
17
Prlvements tubopritonaux
strile
ambiante
Flacon
strile
2 heures
temprature
ambiante
Strilet
Flacon
strile
2 heures
temprature
ambiante
Orifice glande de
Bartholin
Ecouvillon
2 heures
temprature
ambiante
Ulcration gnitale
Ecouvillon
2 heures
temprature
ambiante
Grattage
avec
vaccinostyle
Haemophilus ducreyi
C. Trachomatis : LGV
Donovanose
Herpes : HSV-1 et HSV-2
RESULTATS
EXAMEN DIRECT
Etat Frais : polynuclaires PN et cellules pithliales CE
Aspect inflammatoire : trs nombreux PN, rares CE
Aspect non inflammatoire : nombreuses CE, mme si nombreux PN
Coloration de Gram : Prsence de levures et Aspect de la flore bactrienne (Score de Nugent qui
permet de faire le diagnostic de vaginose avec disparition des Lactobacilles, prolifration de plusieurs
espces bactriennes)
Immunofluorescence : recherche dantigne C. trachomatis
Fond noir : Treponema pallidum morphologie hlicodale et mouvement de rotation caractristique sur
srosit frachement prleve
Site
Vulve
Rsultat
Diagnostic
Etat frais
Mycose
Levures
Vaginal
Auto prlvement
et
Sous spculum
Etat frais
Inflammatoire
Trichomonas vaginalis
Infection Trichomonas
Non inflammatoire
Mycose
Levures
Gram
Score de Nugent : 7-10
18
Flore monomorphe et
aspect inflammatoire
Endocol
Strilet
Prlvements tubopritonaux
Peu informatif
Orifice glande de
Bartholin
Premier jet des urines
Endocol
Immunofluorescence
C. trachomatis
Urtre
Ulcration gnitale
Fond noir
Gardnerella vaginalis
Mobiluncus spp.
Mycoplasma hominis, genitalium
Ureaplasma urealyticum
Entrobactries : Escherichia coli,
Candida spp
Selon les bactries recherches, les milieux de culture sont spcifiques pour N. gonorrhoeae, pour les
Mycoplasmes. Pour C. trachomatis, la culture se ralise sur des cultures cellulaires.
Germes considrs toujours comme pathognes
Type dinfections
ITS
Neisseria gonorrhoeae
Chlamydia trachomatis
Endocervicite
Complications :
Endomtrite, Salpingite, Pelvipritonite
Infection vaginale
Trichomonas vaginalis
Germes potentialit pathogne
Type dinfections
Endomtrite :
Circonstances cliniques risque
Port dun strilet, investigation
endoutrine postpartum, postabortum
Gardnerella vaginalis
Mobiluncus spp.
Mycoplasma hominis, genitalium
Ureaplasma urealyticum
Entrobactries : Escherichia coli,
Candida
Salpingite
Haemophilus
Germes de portage
Type dinfections
BHVRI
Infections maternofoetales et
nonatales
Situation risque : rupture prmature
de la poche des eaux, menace
daccouchement prmatur
CONCLUSION
CIRCONSTANCES
Urtrite avec coulement ou sans coulement
Infection profonde : prostatite, pididymite
Ulcration gnitale
Renseignements cliniques obligatoires pour la conduite de lexamen cyto-bactriologique et pour son
interprtation.
PRELEVEMENTS
Le matin avant toute toilette
Site
Conteneur
Transport
Prlvement urtral
Ecouvillons
2 heures
temprature
ambiante
Si coulement
recueil dune goutte
Avec milieu
de transport
Recherches
1 couvillon : examen direct
1 couvillon : culture standard
Par Culture
1 couvillon coton : N. gonorrhoeae
Si pas dcoulement :
N. gonorrhoeae et C. trachomatis
Flacon
strile
2 heures
temprature
ambiante
C. Trachomatis et N. gonorrhoeae
Scrtions prostatiques
Flacon
strile
2 heures
temprature
ambiante
Grattage
avec
vaccinostyle
2 heures
temprature
ambiante
Grattage :
Ralise au
laboratoire
par PCR
Ponction
dans flacon
strile
lymphogranulomatose vnrienne
Donovanose
(Herpes : HSV-1 et HSV-2)
RESULTATS
EXAMEN DIRECT
Etat Frais : polynuclaires PN
Aspect inflammatoire : trs nombreux PN,
Coloration de Gram : si cocci gram- en diplocoque : suspicion de Neisseria gonorrhoeae
Immunofluorescence : C. trachomatis (corps lmentaire), et Treponema pallidum
Fond noir : Treponema pallidum morphologie hlicodale et mouvement de rotation caractristique sur
srosit frachement prleve
Site
Prlvement endo urtral
Rsultat
Diagnostic
Etat frais
Trichomonas vaginalis
Si coulement
recueil dune goutte
Si pas dcoulement :
Ecouvillon 1cm dans lurtre
Infection Trichomonas
Gram
Cocci diplo Gram- intra
polynuclaires ou extra :
Immunofluorescence
C. trachomatis
Fond noir
2 Ecouvillons alginate 2
3cm dans urtre
Ulcration gnitale
Immunofluorescence
Ponction ganglion
Type dinfections
ITS
Neisseria gonorrhoeae
Chlamydia trachomatis
Trichomonas vaginalis
Type dinfections
Mycoplasmes
U. urealyticum
M.hominis
M. genitalium (par PCR, pas de quantitatif)
Autres bactries
En culture pure et abondante
Entrobactries
S. pneumoniae
Haemophilus influenzae
P. aeruginosa
.
CONCLUSION
trachomatis.
Les techniques par biologie molculaire permettent aujourdhui d'effectuer le diagnostic de deux
espces fragiles N. gonorrhoeae et C. trachomatis pour la culture.
Ne pas oublier de raliser les srologies Syphilis, et Chlamydia trachomatis dans le cadre des
infections hautes ou de la lymphogranulomatose vnrienne en augmentation dans la population
homosexuelle masculine.
La conduite au laboratoire de ce type de prlvement ne peut tre ralise sans les
renseignements cliniques.
CIRCONSTANCES :
Une grande diversit despres bactriennes peut tre isole partir de ces prlvements et souvent
il sagit dinfections mixtes associant des germes arobies et anarobies.
Dermatoses bactriennes
Furoncle Anthrax Imptigo- Panaris
Erysiple- Cellulite
Les principales bactries responsables :
S. aureus, S. pyogenes
Piqres
Piqre aiguille
Abcs au point de piqre, Toxicomanes,
Bactries transitaires de la flore commensale : S. pyogenes ou autres Streptocoques -hmolytiques,
S. aureus, .
Piqre insecte
peut se surinfecter avec bactries prsentes sur la peau
Piqre Tique : transmission de Borrelia (maladie de Lyme)
atteinte cutane Erythme migrant
diagnostic par PCR sur biopsie tissulaire
Surinfection brlure
Dans un premier temps la lsion est strile
Puis la zone brle va se coloniser avec bactries :
le diagnostic dinfection sera clinique et biologique
les prlvements : biopsie ou empreintes au niveau de la brlure
avec valuation semi-quantitative des bactries par gramme de tissu ou cm2 de peau
Les bactries retrouves : S. aureus, Pseudomonas aeruginosa, Entrobactries, Bacillus cereus,
Importance de la surveillance : sepsis et cause de mortalit importante
Traumatisme avec plaie ouverte :
ne pas oublier Clostridium tetani pour la prvention (par contre rarement retrouve)
Accident de la voie publique, agricole, domestique
Importance de savoir le lieu de la contamination pour la recherche des bactries de lenvironnement.
Pas de prlvement avant le nettoyage de la plaie. Antibioprophylaxie. Prlvement si surinfection.
Terre : Bacillus (cereus), Entrobactries, Pseudomonas, Clostridium, Actinomyces..
Eau : Aeromonas,Vibrio (halophiles eaux de mer), Entrobactries, Pseudomonas,..
Attention aux formes fulminantes pour Aeromonas et Bacillus cereus : pouvoir ncrotique important
Mycobacterium marinum : eaux daquarium, piscine. Formation dun granulome.
Porphyromonas
Fusobacterium nucleatum, necrophorum
Coques Gram + : Peptostreptococcus
- Streptocoques oraux
- Staphylococcus aureus
- Eikenella corrodens (25 %)
- Haemophilus influenzae ()
Infections chroniques
PRELEVEMENTS
Ralisation
Conteneur
Ecouvillon
Par couvillonnage
Transport
2 heures
temprature
ambiante
Flacon strile
Aspiration liquide
Biopsie
RESULTATS
EXAMEN DIRECT
Coloration de Gram : Aspect de la flore bactrienne et noter bactrie prdominante
CULTURE DES MICRO-ORGANISMES ISOLES
6-7
aine, aisselles)
Flore en transit :
CONCLUSION
Etant donn la diversit des localisations et des bactries potentialit pathogne il est important
daccompagner le prlvement des renseignements cliniques notamment la circonstance du prlvement.
TYPES
DE SUPPURATIONS
ETIOLOGIE
Une grande diversit despres bactriennes peut tre isole partir de ces prlvements et souvent il
sagit dinfections mixtes associant des germes arobies et anarobies.
On distingue les suppurations proches dune flore commensale (flore bucco-dentaire pour les abcs du
cou, flore intestinale pour les pritonites..., flore vaginale pour les pyosalpinx et les pritonites
pelviennes) qui seront souvent plurimicrobiennes de celles loignes des flores commensales (os et
articulation, abcs du cerveau, abcs du poumon, abcs du foie) qui seront souvent monomicrobiennes.
PRELEVEMENT
Echantillon
Conteneur
Transport
Conservation
Commentaires
Liquide daspiration
laiguille fine au
niveau de la lsion
(ventuellement
aprs irrigation avec
du srum
physiologique
strile)
Poudrier ou
tube strile
15 minutes
temprature
ambiante
24 heures
temprature
ambiante
Examen
peu
sensible
(culture informative dans
peu de cas). Attention si
Streptococcus pyogenes.
Matriel purulent
aspir la seringue
Poudrier
strile
2 heures
temprature
ambiante
24 heures
temprature
ambiante
Tissu
solide
Biopsie
Poudrier
strile
15 minutes
temprature
ambiante
24 heures
temprature
ambiante
Pour
viter
le
desschement, les petits
morceaux doivent tre
humidifis avec quelques
gouttes
de
srum
physiologique strile.
Moelle
osseuse
Matriel aspir la
seringue
flacon
dhmoculture
ou poudrier
strile
2 heures
temprature
ambiante
24 heures
temprature
ambiante
Cellulite
Abcs
ferm
ou
sreuse
Liquide
- pleural
- pricardique
- pritonal
- amniotique
- articulaire
- bile
Conteneur
Transport
Conservation
Commentaires
Poudrier strile
15 minutes
temprature
ambiante
24 heures
tuve 35-37C
Flacon
dhmoculture
2 heures
temprature
ambiante
24 heures
tuve 35-37c
Les
bactries
anarobies
dintrt clinique sont capables,
pour la plupart, de prsenter
une survie courte dans un
rcipient contenant de lair.
Mettre suffisamment de liquide.
Le transport au laboratoire doit
se faire le plus rapidement
possible
Linoculation au lit du malade
dans un flacon dhmoculture
est intressante surtout pour
les
liquides
de
dialyse
pritonale (grand volume et,
souvent, densit faible de
germes)
et
les
liquides
articulaires. Il nest pas possible
de raliser lexamen direct
(dilution du prlvement).
DEMANDES
SPECIFIQUES
Mycobactries
Brucella spp
Legionella spp
Bartonella spp
Francisella tularensis
Mycoplasma spp (pricardite, arthrite)
Helicobacter pylori (biopsie gastro-duodnale)
Nocardia spp
Chlamydia spp (pricardite, liquide pritonal)
Borrelia spp (arthrite)
RESULTATS
EXAMEN MICROSCOPIQUE
Un examen minutieux est ralis sur un tat frais et aprs coloration au bleu et au gram.
MISE EN CULTURE
Elle est ralise sur milieux gloss riches et bouillon enrichissant de faon couvrir toutes les
bactries.
Lisolement sera suivi de lidentification et dun antibiogramme.
DELAI DE REPONSE
Variable, au minimum 72h avec antibiogramme.
Peut aller jusqu 2 mois (Mycobactries, Maladie des Griffes du chat)
INTERPRETATION
Si monomicrobien : pas de grands problmes dinterprtation.
Si polymicrobien : il sagit par exemple de pritonites et des pleursies dans lesquelles interviennent
souvent les germes de la flore anarobie de Veillon.
M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008
29
EXAMEN BACTERIOLOGIQUE
DU LIQUIDE CEPHALO-RACHIDIEN (LCR)
Celui-ci est pratiqu devant toute suspicion de mningite.
DEFINITION
DUNE
MENINGITE
purulente , celle-ci est une raction mninge polynuclaires abondants dorigine bactrienne
lexclusion du BK et des spirochtes : leptospires, Borrelia et trponme de la syphilis.
Mningites secondaires **
Streptococcus agalactiae
Listeria monocytogenes
Neisseria meningitidis
Streptococcus pneumoniae
Haemophilus influenzae (rarement depuis la
commercialisation du vaccin)
Staphylococcus aureus
Staphylococcus spp
Streptococcus pneumoniae
Streptococcus spp
Enterobacteriaceae
Pseudomonas spp. et apparents
Anarobies
Adulte
Neisseria meningitidis
et
Streptococcus pneumoniae
enfant > 5 ans
Listeria monocytogenes
* Bactries tropisme mninge
** Soit a)lsion proche des mninges
- traumatisme crnien (ex. Pneumocoque)
- suppuration ORL (idem)
- malformation du SN central et de ses enveloppes ayant ncessit une valve de
drivation (Staphylocoque coagulase-)
- intervention neurochirurgicale ou neuroradiologique (injection septique ou point
dappel)
Soit b) foyers infectieux distance : mningite mtastatique
Soit c) altration de ltat gnral avec dficit immunitaire (cancer, hmopathie - cirrhoses transplant - ...) ex : Listeria.
PRELEVEMENT
Echantillon
Liquide cphalo-rachidien
Conteneur
Transport
Conservation
Commentaires
Tube strile
15 minutes
temperature
ambiante
2 heures
temprature
ambiante
Le transport au
laboratoire doit tre
fait le plus rapidement
possible
Ne jamais rfrigrer le
prlvement
DEMANDES SPECIFIQUES
Mycobacterium tuberculosis
Leptospira spp
Borrelia spp
CONDUITE
DE LEXAMEN
EXAMEN MACROSCOPIQUE
- LCR clair (eau de roche) avec faible quantit de polynuclaires.
- LCR hmorragique par piqre vasculaire ou hmorragie mninge; dans ce cas il peut devenir
xanthochromique lorsque lhmorragie mninge est ancienne.
- LCR trouble d lhyperleucocytose et en fonction de son intensit, tous les degrs existent depuis
une lgre opalescence jusquau pus en passant par laspect eau de riz .
EXAMEN BIOCHIMIQUE
- protinorachie augmente
- glycorachie souvent abaisse voire indosable.
- chlorurachie le plus souvent normale.
EXAMEN MICROSCOPIQUE
* Cytologie quantitative : cest le dnombrement laide dun hmatimtre des lments cellulaires du
LCR ; le LCR normal contient moins de 2 lments/mm3. Le nombre des lments augmente au cours des
mningites purulentes .
* Cytologie qualitative
Celle-ci sera ralise si le nombre dlments est suprieur 10/mm3. Une coloration hmatologique est
pratique sur un culot de centrifugation du LCR. La nature des lments est analyse : polynuclaires,
lymphocytes, monocytes et leur pourcentage relatif (formule).
Une polynuclose oriente vers une mningite purulente bactrienne.
* Bactriologie
Un examen minutieux est ralis sur un tat frais et un culot de centrifugation color au bleu et au
gram.
MISE EN CULTURE :
Elle est ralise sur milieux gloss riches et bouillon enrichissant de faon couvrir toutes les
bactries rencontres dans les mningites purulentes.
Lisolement sera suivi de lidentification et dun antibiogramme.
RESULTATS
Septicmie = bactrimie prolonge + tat infectieux qui peut aller du sepsis simple ltat de choc
septique.
CIRCONSTANCES CLINIQUES
- fivre : surtout aprs acte chirurgical ou instrumental, perfusion depuis quelques jours, dficit
immunitaire, toxicomane, tat gnral altr, valvulopathie.
- chocs inexpliqus, CIVD
- souffrance nonatale...
- infections localises svres (mningite, endocardite, pneumonie, pylonphrite, abcs intraabdominal...)
- aggravation de l'tat gnral chez un immuno-dprim.
PRELEVEMENT
Faible quantit des bactries dans le sang (1 bact/mL, trop peu pour examen direct) donc besoin de
prlever une quantit de sang importante (10 mL)
Par ponction veineuse : chez ladulte au pli du coude, chez le nouveau n et le nourrisson par une veine
picrnienne ou jugulaire ou ombilicale.
Echantillon
Sang
Conteneur
2 Flacons
dhmocultures :
flacon arobie
et flacon
anarobie*
Transport
2 heures
temprature
ambiante
Conservation
24 heures
temprature
ambiante
Ne jamais
rfrigrer
Commentaires
Importance dune antisepsie
correcte de la peau au
moment du prlvement
pour
viter
les
contaminations
* des flacons pdiatriques sont commercialiss pour certains automates dhmoculture, contenant
un volume rduit de milieu de culture pour maintenir le ratio sang : bouillon nutritif entre 1 :5 et 1 :10
lorsque seulement de petits volumes de sang peuvent tre prlevs.
Quand prlever :
- le plus tt possible dans l'volution de la maladie,
- avant tout traitement antibiotique (ou avant ladministration de la prochaine dose dantibiotique)
- pendant l'accs fbrile s'il existe, sinon systmatiquement toutes les 3-4 heures.
- rpter les prlvements, mais au maximum six hmocultures (arobie + anarobie) en deux jours
: 3x2 30-60 min dintervalle le 1er jour et si cest (-) au bout de 24h, 3x2 30-60 min dintervalle le
2e jour.
Hmoculture standard
Dure
dincubation
(jours)
5
Endocardite infectieuse
14-30
Brucellose
10-21
Commentaires
CULTURE
RESULTATS
BACTERIES
PATHOGENES
SPECIFIQUES
BACTERIES
POTENTIELLEMENT
CONTAMINANTES
Brucella spp
Salmonella Typhi ou Salmonella spp
Listeria monocytogenes
Neisseria meningitidis
Streptococcus pneumoniae
Streptococcus pyogenes
Haemophilus spp
Groupe HACEK
Pasteurella spp
Campylobacter spp.
Propionibacterium acnes
Bacillus spp
Micrococcus spp
Streptocoques viridans
Staphylococcus aureus
Escherichia coli
Klebsiella pneumoniae
Enterococcus spp
Pseudomonas aeruginosa
Streptococcus pneumoniae
Streptocoques viridans
Candida albicans
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus aureus
Enterobacteriaceae
Pseudomonas aeruginosa
Acinetobacter spp
Candida spp
Enterococcus spp
Corynebacterium spp
Une prcocit du temps de pousse dau moins 120 minutes en faveur de lhmoculture sur dispositif par
rapport lhmoculture priphrique signe un dispositif infect qui pourrait tre lorigine de la
septicmie. Le retrait du dispositif est fortement recommand si ltat gnral du patient le permet.
HEMOCULTURE POLYMICROBIENNE
Chez les patients immunodprims.
Dans les infections cutanes : brlures, escarres, etc.
Aprs chirurgie abdominale avec effraction.
Patient au stade dagonie : par rupture des barrires. Pas de signification clinique.
HEMOCULTURE NEGATIVE
Absence de bactries dans le sang.
Sepsis du une autre tiologie (virale, tuberculeuse, rickettsies, chlamydia.)
Causes d'chec :
prlvement pas au bon moment ou trop tardivement au cours de la maladie.
traitement antibiotique avant le prlvement.
M. Archambaud , D. Clave, DCEM 1, 2008
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DEMANDES SPECIFIQUES
Mycobactries
Legionella spp
Leptospira spp
Bartonella spp
Brucella spp
Francisella tularensis
CONCLUSIONS