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Recin comenzada la dcada de 1990 y vuelta parcialmente la democracia, el Consejo de Todas las
Tierras llev a cabo varias tomas ilegales simblicas de tierras ancestrales mapuche en manos de
privados.[cita requerida] La respuesta del gobierno fue el requerimiento de aplicacin de la Ley de
Seguridad Interior del Estado, dictada durante la guerra fra por el presidente Gabriel Gonzlez Videla,
lo que termin con 141 mapuche condenados y con sus derechos polticos suspendidos.
En 1993 se aprob la Ley de Desarrollo Indgena 19.253. Sin embargo, la nueva institucionalidad que
consagraba oper con la cooperacin de los principales referentes mapuche hasta que en 1997
sobrevino una nueva crisis. La empresa ENDESA Espaa comenz la construccin de una segunda
central hidroelctrica en la zona del Alto Bo Bo (con el nombre de Ralco). Algunos[quin?] de los
mapuche-pehuenche que habitaban la zona se negaron a abandonar sus tierras, amparados en la nueva
legislacin que exiga la autorizacin de la Corporacin Nacional de Desarrollo Indgena (CONADI)
para poder permutar tierras indgenas. Ante la negativa de este organismo gubernamental a aprobar
dicha permuta, por ser atentatoria contra los derechos de los pehuenches,[cita requerida] el Presidente
Eduardo Frei destituy al director de la CONADI y a la autoridad ambiental que tambin se opona el
megaproyecto. De esta manera, se inundaron miles de hectreas de tierras y sitios sagrados[cita requerida]
para el pueblo mapuche-pehuenche de una manera totalmente autoritaria.
Al mismo tiempo, en los valles centrales comenzaba la explotacin de las plantaciones forestales
sembradas a mediados del gobierno militar, en predios que haban sido recuperados por los mapuche
durante el gobierno de Allende, pero que posteriormente pasaron a manos de grupos econmicos.[quin?]
Tanto los intereses de las grandes empresas madereras que explotan plantaciones forestales en
territorio mapuche, como el temor de los agricultores que explotan predios considerados como
usurpados por las comunidades mapuche, y el aumento de la violencia hacia fines de los aos 1990 en
la zona, motivaron al Senado a expresar en un informe su preocupacin por la grave amenaza a la
seguridad jurdica en la zona del conflicto (S 680-12). Sin embargo dicho informe ha sido[quin?]
Durante el gobierno de Ricardo Lagos la respuesta estatal al conflicto mapuche, adquiri dos
principales vas. Por un lado a travs de la aplicacin de la ley contra las acciones ilegales y violentas
de los activistas mapuche, cuyo momento ms critico ocurri en 2002, durante una ocupacin ilegal de
tierras en el Fundo Santa Alicia en la comuna de Ercilla, Provincia de Malleco, el joven comunero
Alex Lemun Saavedra perdi la vida por la accin de Carabineros de Chile, quienes hicieron uso de
escopetas antimotines cargada con balines de plomo. Por otro lado, mediante una operacin de
inteligencia llamada "Operacin Paciencia" dirigida desde la Sub Secretara del Interior presidida por
Jorge Correa Sutil se sindic a la Coordinadora de Comunidades en Conflicto Arauco-Malleco, como
una organizacin de carcter terrorista y fue perseguida como tal, encarcelndose a sus dirigentes.
Ejemplos paradigmticos de estos juicios fueron el llamado "Caso Loncos" -donde los Lonkos Pascual
Pichun y Aniceto Norin fueron condenados a 5 aos y 1 da de prisin por "amenaza de incendio
terrorista" y el "Caso Puluco-Pidenco" -donde cuatro comuneros fueron condenados a 10 aos y un da
de prisin por "incendio terrorista".
Estos juicios han sido denunciados por la Organizacin de Naciones Unidas, a travs de su Relator
Especial para Pueblos Indgenas Rodolfo Stavenhagen, y por organizaciones como Amnista
Internacional, que los denuncian como juicios que presentan una legalidad cuestionable. Los hechos
fueron denunciados a la Comisin Interamericana de Derechos Humanos, por infraccin al debido
proceso, entre otras razones, consagrado en la Convencin Interamericana de Derechos Humanos. Este
rgano decret la admisibilidad de la denuncia.70
Por su parte, en marzo de 2007, el Comit de Derechos Humanos, rgano encargado de la
supervigilancia del Pacto Internacional de Derechos Civiles y Polticos de 1966, en sus observaciones
al informe de Chile, tambin denunci las prcticas criminalizadoras contra el movimiento social
mapuche. En este sentido, inst al Estado chileno a modificar la Ley N 18.314 (conocida como ley
antiterrorista). Adems, en relacin a los artculos 1 y 27 del Pacto, el Comit lament la informacin
de que las "tierras antiguas" continan en peligro debido a la expansin forestal y megaproyectos de
infraestructura y energa, expresando que el Estado chileno deba realizar todos los esfuerzos posibles
para que sus negociaciones con las comunidades indgenas lleven efectivamente a encontrar una
solucin que respete los derechos sobre las tierras de estas comunidades de conformidad con los
artculos 1, prrafo 2, y 27 del Pacto, debiendo agilizar los trmites con el fin de que queden
reconocidas tales tierras ancestrales, debidamente demarcadas. Tambin exhort al Estado chileno a
efectuar consultas con las comunidades indgenas antes de conceder licencias para la explotacin
econmica de las tierras objeto de controversia y garantizar que en ningn caso la explotacin de que
se trate atente contra los derechos reconocidos en el Pacto.71 El 2004 el Comit de Derechos
Econmicos, Sociales y Culturales ya haba formulado observaciones en el mismo sentido.72
En marzo de 2006, 4 de los 9 presos mapuche condenados por ley antiterrorista iniciaron una huelga
de hambre indefinida, que alcanz ms de 62 das sin lograr que el gobierno de Michelle Bachelet
acceda a revisar el polmico juicio llevado a cabo bajo el gobierno de su antecesor.[cita requerida]
En 2007 muchos grupos mapuche[quin?] no han renunciado a sus demandas territoriales y muchas de
sus organizaciones[quin?] exigen autonoma para sus territorios, devolucin de sus tierras y ms
oportunidades de representacin poltica.[cita requerida] En octubre de 2007 ao se[quin?] inici una nueva
huelga de hambre; que finaliz sin que el gobierno chileno haya dispuesto la mesa de negociacin
demandada por los huelguistas.
En el ao 2008, ejerciendo el cargo de Jefe de Estado Michelle Bachelet Jeria, Matas Catrileo (n. 11
de septiembre de 1985 - 3 de enero de 2008), estudiante de agronoma, chileno de origen mapuche,
muere el 3 de enero de 2008, cuando una subametralladora Uzi perfor por la espalda el pulmn.
Matas Catrileo se encontraba participando de una ocupacin ilegal de un fundo de propiedad privada
que las comunidades mapuche reclamaban como territorio ancestral, razn por la cual, la fuerza
pblica fue llamada a actuar.
Tras los hechos el carabinero sindicado como el autor del asesinato fue encarcelado mientras se
realizaron las investigaciones pertinentes.73 Se[quin?] han elevado crticas74 en contra del fiscal militar,
Jos Pinto Aparicio, que investiga la causa por ser el mismo que indag acerca del asesinato de Alex
Lemn el ao 2002, que permanece impune, pues la causa fue sobreseda por la Corte Marcial en
2004.75