EL ORIGEN DE

LAS CELULAS
TONI GABALDON

CONCEPTOS BASICOS
Q

La genmica comparada permite

reconstruir la evolucin de la
vida celular en nuestro planeta.

Estudios recientes han reconstruido el proteoma del ltimo

ancestro comn de todos los organismos (LUCA), que vivi hace
unos 3500 millones de aos.

Este organismo ya posea una

alta complejidad, en muchos
aspectos equiparable a la de organismos unicelulares actuales.

Persisten dudas acerca de

algunas caractersticas de LUCA,
como la composicin qumica de
sus membranas o su genoma.

48

a diversidad de la vida celular en nuestro planeta se divide en tres grandes

dominios: bacterias, arqueas y eucariotas. Cada uno de estos grupos de organismos tiene rasgos estructurales y bioqumicos
propios que los denen sin ambigedades.
Por ejemplo, las clulas eucariotas son las
nicas que poseen un ncleo celular donde
se almacena el material gentico, mientras
que las arqueas poseen membranas con una
composicin qumica muy particular.
A pesar de tales diferencias, los tres tipos
de organismos comparten una serie de caractersticas unicadoras que sugieren un origen
comn para todos ellos. Dicha hiptesis se
conrm con las primeras comparaciones de
secuencias de cidos nucleicos de organismos
de los tres dominios (vase la gura 2): su
parecido no podra explicarse sin admitir
que derivaron de una secuencia ancestral
comn para todas ellas.

LUCA
Al organismo ancestral del que derivaron
los tres grupos se le conoce con el nombre
de LUCA (de las siglas en ingls de ltimo
ancestro comn universal). Hay un gran
inters por saber cules pudieron ser sus
caractersticas. Conocerlas nos permitira inferir el ambiente en el que pudo vivir y, por
tanto, ayudara a formular hiptesis sobre

dnde y cmo vivieron las primeras clulas

hace unos 3500 millones de aos.
Semejante tarea es harto difcil. En primer lugar, existe la posibilidad de que muchas de las piezas del rompecabezas que intentamos reconstruir se hayan perdido para
siempre, y algunas de las que quedan quiz
hayan cambiado tanto que nos sea imposible reconocerlas. Una manera de aproximarse al problema consiste en comparar la
diversidad celular actual para reconstruir
un arquetipo de LUCA. Observando qu
elementos son comunes a los tres grupos,
podemos hacernos una idea sobre qu caractersticas exhiba LUCA.
En la actualidad disponemos de un tipo
de datos muy valioso para aproximarnos a
la reconstruccin de LUCA: los genomas.
El genoma de un organismo, su repertorio
completo de genes, nos informa sobre qu
protenas pueden estar presentes en la clula
(su proteoma). Como las protenas son las
responsables del metabolismo del organismo,
de su estructura y de su interaccin con el
ambiente, el anlisis de la composicin de un

1. COMO FUE EL ULTIMO ANCESTRO COMUN

de nuestras actuales clulas eucariotas
(una, aqu representada) y de los otros tipos
de organismos celulares?
INVESTIGACION Y CIENCIA, noviembre, 2009

iStockphoto/HENRIK JONSSON

Todos los organismos celulares de nuestro planeta

derivan de un antepasado comn. El anlisis
de genomas completos de cientos de especies
actuales nos permite reconstruir cmo pudo ser

INVESTIGACION Y CIENCIA, noviembre, 2009

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Espiroquetas

Arqueas

Cianobacterias
Planctomyces

Mohos
mucilaEntamoeba ginosos Animales
Hongos

Bacterias verdes
lamentosas

Grampositivas
Proteobacterias

Eucariotas

Methanosarcina
Methanobacterium
Halolas
Methanococcus
T. celer
Thermoproteus
Pyrodicticum

Plantas
Ciliados
Flagelados
Tricomonas

Bacteroides
Cytophaga

Microsporidios

Thermotoga
Diplomonads

Aquifex

LUCA

proteoma sirve para inferir muchas cosas sobre

las caractersticas de un organismo, tales como
su siologa, estilo de vida, etctera. As, el
problema de reconstruir LUCA se puede plantear como el de reconstruir su proteoma.
Hay ya una gran cantidad de genomas secuenciados, de ms de mil especies distintas.
Podemos considerar esa ingente cantidad de
datos una muestra del contenido gentico
de los descendientes actuales de LUCA. La
reconstruccin del proteoma de LUCA a
partir de estos datos requiere distinguir qu
componentes de los genomas actuales son ancestrales, es decir, descienden directamente del
genoma de LUCA. Para ello se comparan las
secuencias de todos los genomas, se agrupan
los genes en familias (grupos de genes con
origen comn) y se establece la distribucin
de todas esas familias a lo largo de las diferentes especies (la distribucin logentica).
Despus, se analiza la distribucin logentica
de cada familia de protenas y se evala la
posibilidad de que fueran componentes del
proteoma ancestral.
Alrededor de 50 familias de protenas se
encuentran codicadas en todos los genomas
secuenciados y un centenar adicional est en
ms de un 95 por ciento de los genomas,
faltando nicamente en algunos genomas de
reducido tamao pertenecientes a organismos
parsitos o simbiontes. Dada su universalidad,
la explicacin ms verosmil es que estas familias desciendan directamente de las presentes
en el proteoma ancestral de LUCA. Para las
50

2. EL ARBOL DE LA VIDA segn

la reconstruccin clsica basada
en la comparacin de molculas
de ARN ribosmico. Algunas
de las posiciones logenticas
aqu indicadas se han modicado en la actualidad (as, la posicin basal de los microspordios,
ahora considerados entre
los hongos); la posicin relativa
de arqueas, eucariotas y bacterias sigue siendo objeto
de debate hoy da.

Proteomas ancestrales
En la prctica, para resolver si una determinada familia de protenas con una distribucin
logentica propia es ancestral se utilizan modelos probabilsticos. Estos modelos tienen en
cuenta las relaciones evolutivas de las especies
y la posibilidad de que un gen se haya perdido
en un genoma o que se haya incorporado a l
en un tiempo ms reciente. Para explicar las
distribuciones logenticas actuales, se opta
por los supuestos evolutivos ms parsimoniosos, es decir, los que impliquen un menor
nmero de eventos evolutivos, siendo stos,
adems, los que se considere que fueron ms
probables. Si el supuesto ms parsimonioso
es el que implica una presencia de la familia
en LUCA, entonces a esa familia se la considerar ancestral.
Un mecanismo evolutivo que complica sobremanera estos modelos es la transferencia
horizontal de genes, un proceso comn en
bacterias, por el cual el material gentico puede
pasar de un organismo a otro. Unos pocos
eventos de transferencia horizontal pueden
crear distribuciones logenticas muy complejas, en las que una familia gnica est presente
en pocas especies aunque muy dispares. No
es trivial distinguir estos casos de aquellos
en los que un gen ancestral se ha perdido en
numerosos linajes, algo que puede tambin
ocurrir con cierta frecuencia.
Los modelos de reconstruccin de proteomas ancestrales comparan la probabilidad
de ambas situaciones, empleando para ello
parmetros inferidos a partir de nuestros conocimientos sobre los mecanismos evolutivos
de los genomas actuales.
Otra dicultad a la que se enfrenta la reconstruccin de proteomas ancestrales estriba
en que nuestro conocimiento de las relaciones
evolutivas entre los diferentes grupos de especies, el llamado rbol de la vida, es incompleto. Distintas hiptesis sobre la topologa
de este rbol de especies pueden alterar el
conjunto de protenas que consideraramos
ancestrales, especialmente en algunas familias
que estn presentes en slo dos de los tres
dominios. En particular, como se analiza ms
adelante, la posicin de la raz del rbol de
la vida repercute sobre algunos aspectos de la
reconstruccin de LUCA.
INVESTIGACION Y CIENCIA, noviembre, 2009

IMAGEN MODIFICADA DE WIKIPEDIA

Bacterias

dems familias, cuya distribucin es menos

homognea, la respuesta es ms compleja. Dar
por sentado que todas las que se encuentran
en alguna especie actual estaban presentes en
LUCA es poco realista, ya que nos llevara a
suponer un organismo ancestral con un genoma mucho mayor que el de la inmensa mayora
de las especies unicelulares actuales.

A pesar de las dicultades, los distintos

modelos utilizados suelen coincidir en clasicar
unas 500 o 600 familias de protenas como
ancestrales, es decir, descendientes directas del
proteoma de LUCA. Este nmero se considera
un lmite inferior al verdadero tamao del
proteoma, codicado por el genoma ancestral
de LUCA, que deba de contener unos pocos
miles de genes, como la mayora de los organismos unicelulares actuales. A pesar de que
el rompecabezas est incompleto, el anlisis
de sus piezas permite contrastar diferentes hiptesis sobre el origen y evolucin de la vida
celular en nuestro planeta.

TONI GABALDON

Presencias
Entre las protenas presentes en la reconstruccin del proteoma ancestral se cuenta el
repertorio, casi completo, de la maquinaria
de transcripcin y traduccin, los procesos
mediante los cuales los genes se copian a mensajeros de ARN y stos a su vez se traducen en
protenas. As se deduce que la evolucin del
cdigo gentico y la complejidad del mecanismo de traduccin precedieron a LUCA.
En el proceso de traduccin de mensajeros
de ARN en protenas, muy renado, intervienen grandes estructuras formadas por ARN
y decenas de protenas diferentes organizadas
en una conformacin tridimensional especca. Adems, para asegurar que el mensajero
de ARN se decodica de manera adecuada,
se necesitan molculas adaptadoras (ARN de
transferencia), especcas para cada uno de
los 20 aminocidos que forman parte de las
protenas.
Todo indica que este sistema estaba ya
presente en LUCA y que el mecanismo de
funcionamiento debi de ser similar al de las
clulas modernas. Llama la atencin tan alto
grado de complejidad en un organismo ancestral. Sin embargo, conviene recordar que
LUCA corresponde al paso previo a la diversicacin de los tres dominios celulares y no al
momento concreto de aparicin de la primera
clula, si es que LUCA era ya una clula tal y
como las conocemos actualmente (volver ms
adelante sobre esto). As, a LUCA le debieron
preceder muchas fases de evolucin celular o
precelular anteriores, supuestamente de menor
complejidad.
En cuanto a las capacidades metablicas
de LUCA, hay tambin algunas rutas que se
pueden reconstruir casi por completo a partir
de las protenas presentes en el proteoma ancestral reconstruido. Entre ellas, la gliclisis.
Esta ruta metablica, compuesta por diez
pasos catalizados por enzimas, se halla presente, con mnimas diferencias, en la inmensa
mayora de los organismos secuenciados. GraINVESTIGACION Y CIENCIA, noviembre, 2009

cias a ella, LUCA podra catabolizar glucosa,

es decir, obtener de ella energa en forma de
ATP (adenosn trifosfato) al descomponerla
en molculas ms simples, de piruvato, con
las que sintetizara numerosas molculas. Otra
ruta del metabolismo primario que parece
haber estado presente es el ciclo del cido
ctrico (ciclo de Krebs), en el que el piruvato
podra haber continuado su transformacin
para entrar en las rutas de sntesis de otros
compuestos.
La presencia en el proteoma ancestral de
la mayora de las rutas de sntesis de aminocidos y nucletidos sugiere que LUCA
poda fabricar los componentes esenciales que
forman las protenas y los cidos nucleicos.
De ello se inere que LUCA no habitaba un
medio rico en estos constituyentes. Se trataba,
pues, de un medio menos complejo que la
supuesta sopa primordial, rica en nutrientes,
aminocidos y nucletidos en donde se piensa
que se pudo originar la vida, segn algunas
hiptesis.

El autor
Toni Gabaldn dirige el grupo de
genmica comparada del Centro
de Regulacin Genmica y es profesor asociado de la Universidad
Pompeu Fabra, en Barcelona.
Sus investigaciones van dirigidas
a entender cmo se originan
y evolucionan los sistemas
biolgicos complejos rutas
metablicas, estructuras celulares
o genomas completos y el
uso de dicha informacin para
predecir la funcin de genes
o protenas que no se han caracterizado experimentalmente.

Ausencias
Tan importante como saber qu protenas
estuvieron presentes en LUCA, es conocer
las grandes ausencias. Entre las familias de
protenas de cuya distribucin actual es difcil inferir una descendencia directa desde
LUCA se encuentran algunas que consideraramos esenciales en las clulas modernas.
Por ejemplo, llama poderosamente la atencin la aparente ausencia de rutas de sntesis
de lpidos (componentes de las membranas
celulares) y de la maquinaria necesaria para
copiar el ADN, lo que ha planteado numerosas incgnitas.

Mensajeros de ARN

3. VISION ESQUEMATICA de una

posible reconstruccin de LUCA.

Ribosomas y maquinaria
de sntesis de protenas

Genoma

Glucosa

Protenas

Maquinaria
de transcripcin
Aminocidos
Gliclisis
Ciclo del cido
ctrico

Membrana
lipdica

Metabolismo
secundario
ATP

Nuclesidos
y nucletidos
Transportadores
de membrana

51

Bibliografa
complementaria
A MINIMAL ESTIMATE FOR THE
GENE CONTENT OF THE LAST
UNIVERSAL COMMON ANCESTOR EXOBIOLOGY FROM
A TERRESTRIAL PERSPECTIVE.

C. A. Ozounis, V. Kunin,
N. Darzentas y L. Goldovsky
en Research in Microbiology,
vol. 157, pgs. 57-68; 2006.
UNIVERSAL PROTEIN FAMILIES
AND THE FUNCTIONAL CONTENT
OF THE LAST UNIVERSAL ANCESTOR. N. Kyrpides, R. Overbeek

y C. A. Ozounis en Journal of
Molecular Evolution, vol. 49,
pgs. 413-423; 1999.
GENE CONTENT OF LUCA, THE
LAST COMMON UNIVERSAL
ANCESTOR. Arcady Musheigan

en Frontiers in Bioscience,
pgs. 4657-4666; 2008.
RECONSTRUCTION OF ANCESTRAL
PROTEOMES. Toni Gabaldn

y Martijn A. Huynen en Ancestral sequence reconstruction,

dirigido por David Liberles.
Oxford University Press, 2008.

52

La falta de una maquinaria para el mantenimiento

t
y copia del ADN ha llevado a
conjeturar
c
que el genoma de LUCA consistiese
en
e ARN. Sin embargo, la presencia en el proteoma
ancestral de varias enzimas implicadas
t
en
e la biosntesis de desoxirribonucletidos
que
q son componentes especcos del ADN
sugiere
que esta molcula estuvo presente en
s
LUCA.
L
Para reconciliar ambos hechos se ha propuesto
la existencia de una replicacin similar
p
a la de los retrovirus (virus de ARN), que
utilizan
un intermediario de ADN para la
u
replicacin
de su genoma. Sin embargo, podra
r
ocurrir que las protenas necesarias para la replicacin de un genoma de ADN no estn en
la reconstruccin mnima del proteoma ancestral, simplemente porque no somos capaces de
reconstruir de manera apropiada la evolucin
de las familias correspondientes. Despus de
todo, estamos trabajando con una estimacin
de mnimos.
El problema de la composicin de la membrana celular de LUCA es quiz ms difcil
de resolver. En los organismos actuales, la
composicin de las membranas celulares de
las arqueas es radicalmente diferente de la que
tienen las membranas de las clulas eucariotas
y bacterianas. Mientras que las membranas
celulares de las arqueas se hallan compuestas
por isoprenoides (un tipo de lpido), las de
bacterias y eucariotas vienen constituidas por
cidos grasos (otro tipo de lpido). Aunque en
bacterias y eucariotas existen tambin isoprenoides, nunca forman parte de la membrana
celular y se sintetizan a travs de rutas distintas
de las seguidas por las arqueas.
Qu tipo de membrana celular posea
LUCA? La respuesta a esta pregunta depende
de dnde enraicemos el rbol de la vida, algo
muy controvertido. La visin clsica y ms
extendida del rbol de la vida (vase la gura 2) agrupa a eucariotas y arqueas y les supone
un ancestro. En esta reconstruccin, la raz
se halla situada entre las bacterias y la rama
comn de arqueas y eucariotas. Este escenario
sugiere que LUCA tuvo membranas de tipo
bacteriano/eucariota y que las arqueas debieron
de sufrir un cambio en la composicin de sus
membranas. Situar la raz en las arqueas tal
y como sugieren otros autores, por el contrario, implicara una membrana ancestral con
isoprenoides, que se sustituy ms tarde en
eucariotas y bacterias.
Como se ve, asumir que LUCA posea
una membrana lipdica, sea de isoprenoides
o de cidos grasos, implica que, en alguna
de las ramas del rbol de la vida, ocurri un
cambio radical en su composicin qumica.
Para eludir ese paso, algunos investigadores

han propuesto la posibilidad de que LUCA

no poseyera membranas lipdicas, sino que
estuviese connada en microcompartimentos
inorgnicos. Tal circunstancia posibilitara que
dos invenciones independientes de membranas
de distinta composicin qumica provocaran
sendos escapes a una vida celular tal y como
la conocemos. Sin embargo, este modelo no
carece de problemas, ya que no explicara la
presencia de algunas bombas y transportadores de membrana en la reconstruccin del
proteoma ancestral.
Finalmente, llama la atencin la ausencia
de protenas implicadas en la divisin celular
y la regulacin del ciclo celular, y de factores
que regulen la expresin de los genes (factores de transcripcin). A tenor de estos datos,
LUCA era ms simple que las clulas actuales en cuanto a su capacidad de respuesta al
medio, lo que podra implicar un ambiente
estable y homogneo. La ausencia de protenas
implicadas en la divisin celular no es incompatible con la existencia de una membrana,
ya que las primeras clulas pudieron haberse
dividido espontneamente por crecimiento y
rotura.

Verosimilitud e incertidumbre
En resumen, la reconstruccin del proteoma
ancestral de LUCA nos proporciona una visin
parcial de lo que pudo ser aquel organismo.
Hemos de observar estos datos como quien
examina el yacimiento arqueolgico de un
poblado de la antigedad e intenta adivinar
cmo vivieron sus habitantes a partir de los
objetos que encuentra.
La reconstruccin ms verosmil de LUCA
sugiere un organismo dotado de un sistema
de procesamiento de la informacin gentica
ya muy complejo, un metabolismo central
casi completo y la capacidad de sintetizar
por s mismo numerosos compuestos. Por el
contrario, la capacidad de regulacin de este
organismo ancestral parece muy reducida y
sugiere un origen ms reciente de los complejos mecanismos de sealizacin intracelular,
gracias a los cuales las clulas actuales estn
preparadas para responder ante los cambios
del ambiente.
Como se puede observar quedan todava
muchas lagunas. Incertidumbres por resolver,
como la presencia o no de un genoma de
ADN o de membranas celulares, dependen
de una mayor resolucin en nuestro conocimiento del rbol de la vida. Quiz la disponibilidad de nuevas secuencias genmicas de
organismos muy diversos nos permitir en
un futuro aumentar la resolucin de nuestro
conocimiento sobre LUCA y sobre cmo se
originaron los tres grandes dominios.
INVESTIGACION Y CIENCIA, noviembre, 2009