Académique Documents
Professionnel Documents
Culture Documents
El DNA y la replicacin
La transmisin de la informacin gentica
Nucletidos
Estructuras primaria, secundaria y terciaria del DNA
Desnaturalizacin e hibridacin
Superenrollamientos
Helicasas y topoisomerasas
Empaquetamiento y organizacin del DNA
Nucleosomas e histonas
Caractersticas de la replicacin del DNA
El replicn
Iniciacin de la replicacin
DNA polimerasas
Los replisomas de procariotas y eucariotas
Terminacin
Telmeros y telomerasa
La replicacin y
Ribosomas del
la transcripcin
Ncleo
r. e. rugoso
La traduccin ocurre en el
Nucleolo transcurren en el
Replicacin
citoplasma, en ribosomas
asociados o no al retculo
endoplsmico rugoso
ncleo
Transcripcin
Traduccin
Citoplasma
Membrana plasmtica
U
U
Hebra
codificante
U
U
Traduccin
Hebra
molde
bsica
(RNA)
cido
neutro
(DNA)
Adems de formar parte de los cidos nucleicos, los nucletidos pueden ser
transportadores de energa qumica (ATP, GTP), sealizadores intracelulares
(AMPc, GMPc), o componentes de coenzimas (NAD+, CoA, FAD, etc).
T
G
C
A
Extremo
5
Extremo
3
Cadenas antiparalelas:
ambas son 5-3 en
sentidos opuestos
Reglas de
Chargaff:
A=T
G=C
A + G = T + C = 50 %
pur = pir = 50%
A/T = T/A =1
G/C=C/G =1
A+G/T+C=1
pur / pir = 1
Disposicin
autorreplicativa:
surco
menor
surco
mayor
A: dsRNA, RNA/DNA
La estructura ms
normal in vivo, y la
descrita por Watson y
Crick, es la forma B
B: dsDNA in vivo
Z: pur-pir, in vitro
DNA-A
DNA-B
DNA-Z
Dimetro de la hlice
2,55 nm
2,37 nm
1,84 nm
11
10,4
12
33,6
34,6
-30
Rotacin por pb
Rotacin de la hlice
dextrgira dextrgira
levgira
parcial
ssDNA
parcial
50% dsDNA y
50% ssDNA
total
dsDNA
Tm = 70 + 41 (G+C) / n - 675 / n
Identificacin o marcado de
cidos nucleicos mediante
una sonda de hibridacin
ssDNA o RNA
Secuencias palindrmicas
o repeticiones inversas
Horquilla
Hlice
Superhlice
Esta propiedad es de
carcter topolgico, y
tiene lugar sin ruptura de
enlaces covalentes.
Cuando se rompe una
cadena, las superhlices
se deshacen.
Superhlice
negativa
DNA relajado
Superhlice
positiva
DNA ms relajado
ctodo (-)
nodo (+)
helicasas
Helicasas
Son enzimas que catalizan la rotura de los puentes de hidrgeno de la
doble hlice del DNA con gasto de ATP, produciendo una desnaturalizacin
natural, local y procesiva, y generando DNA de cadena sencilla.
Otras trabajan con hbridos DNA-RNA o con RNA de doble cadena.
Requieren ATP para su unin al DNA y lo hidrolizan durante su accin.
Son hexamricas y circulares, lo que les da alta procesividad: se cierran
sobre una hebra, se deslizan y deshacen el dsDNA.
Algunas van en sentido 53 y otras en 35.
Funcionan en replicacin, transcripcin y reparacin del DNA, y en general
en todas las funciones del DNA y el RNA.
En los procesos de replicacin estn fsicamente asociadas a las primasas.
Helicasas replicativas:
DnaB en E. coli
Mcm2-7 en eucariotas
Topoisomerasas
En su actividad interconvierten topoismeros para solventar problemas topolgicos.
As, desenrollan, desanudan o desencadenan DNA eliminando superenrollamientos,
pero tambin pueden compactar el DNA aadiendo vueltas de superhlice.
Para su accin tienen actividades enzimticas nucleasa y trans-esterificadora,
que realizan acciones de corte y reempalme en una o las dos hebras del DNA.
Pueden relajar superhlices (-) y (+) e introducir superhlices (-) y (+): cada tipo de
topoisomerasa hace una o ms de esas opciones.
Las Topo I cortan el DNA en una
de las cadenas, relajando el DNA al
quitar una vuelta de superhlice.
Las Topo II gastan ATP para cortar
el DNA en las dos cadenas,
aadiendo o quitando dos vueltas de
superhlice o separando molculas
de DNA entrelazadas.
Cada una tiene sustratos y
acciones caractersticas en la
replicacin, transcripcin, reparacin,
organizacin de la cromatina, mitosis
o recombinacin.
En Procariotas, el nico
cromosoma o nucleoide,
casi siempre circular, est
empaquetado y organizado
gracias a las nucleoid
associated proteins o NAPs.
empaquetado 6 veces
Fibra de cromatina de 30 nm
con nucleosomas y H1, en
solenoide o zig-zag
empaquetado 40 veces
solenoide
Lazos de eucromatina en
interfase
empaquetado 103-104 veces
Seccin condensada
de un cromosoma
Cromosoma
metafsico entero
centrmero
zig-zag
histonas
nucleosoma
ncleo o core
histnico
DNA ncleo
o core
DNA
espaciador
DNA
Histona
P mol
Lys + Arg
Histonas core
H2A
14000
20 %
H2B
13900
22 %
H3
15400
23 %
H4
11400
24 %
H1
20800
32 %
Histona ligadora
Las histonas core forman sus dmeros y tetrmeros, e interaccionan con el DNA,
a travs de un dominio conservado llamado pliegue histnico
H2B
Pliegue histnico:
H2B
Tetrmero H3-H4
Octmero de histonas
Protenas
histnicas y
no histnicas
Fibra
de
croma5n
a
de
30
nm
Fibra de
30 nm
Nucleosoma
(11 nm)
Poro nuclear
Matriz
nuclear
Lazos
de
bra
de
croma5na
de
30
nm
DNA (2 nm)
Metafase
Fibras de la matriz nuclear
Interfase
Armazn
o scaffold
Matriz
o
scaold
S/MAR
Fases de la replicacin
- Iniciacin: reconocimiento del origen por el iniciador proteico y apertura
del DNA por las helicasas.
- Elongacin: sntesis del DNA por los replisomas o complejos de
replicacin en las horquillas de replicacin.
- Terminacin: procesos especiales en los finales de los replicones
circulares procariotas o de los lineales eucariotas.
5 -A-T-C-G-T-A-C- 3
3 -T-A-G-C-A-T-G- 5
Replicacin
5 -A-T-C-G-T-A-C- 3
3 -T-A-G-C-A-T-G- 5
5 -A-T-C-G-T-A-C- 3
3 -T-A-G-C-A-T-G- 5
origen
eucariotas
bidireccional
horquillas de
replicacin
origen
procariotas
oriC
DnaG:
primasa
SSB
girasa
(topoisomerasa)
replisoma
primosoma
SSB: protena de unin a ssDNA
cebador
de RNA
primasa
G0 = - 6 kJ/mol
Cebador
Si el apareamiento es correcto, el
grupo 3-OH hace un ataque
nuclefilo sobre el fosfato del
dNTP entrante y se forma el enlace
Molde
La energa para la reaccin
proviene del enlace fosfato del
dNTP. Tambin est favorecida
por la liberacin e hidrlisis del
PPi (G0 = - 31 kJ/mol)
Fidelidad de la replicacin
El proceso replicativo de E. coli comete un error por cada 108-1010 nt aadidos
(tasa de error 10-8-10-10). Como el genoma es de 4,6 x 106 pb, ello implica 1 error
por cada ~ 20 a 2000 replicaciones.
Esto mejora notablemente las tasas de error para las sntesis de RNA y
protenas, que son del orden de 10-4.
Es una tasa de error muy baja para deberse slo al apareamiento y geometra
de los pares de bases en el centro activo de la replicasa.
Tasas de error:
- polimerasa: 10-4-10-5
- exonucleasas editoras: 10-2-10-3
- sistemas de reparacin posreplicativos: 10-2-10-3
Actividad editora o correctora
Polaridad 53 en la replicacin
El DNA slo se sintetiza
en sentido 5-3
origen
Horquilla de
replicacin
Direccin de movimiento
de las horquillas
hebra
adelantada
53 global
hebra adelantada
fragmento de Okazaki
en crecimiento
cebador
de RNA
hebra
retrasada
35 global
f. de Okazaki previo
( 1000 nucletidos)
Dominios
Thumb (pulgar)
Palm (palma)
Fingers (dedos)
3 5 exonucleasa
hebra
cebadora
Hebra
adelantada
DNA
parental
DNA polimerasa
La flexibilidad del DNA permite que la hebra retrasada forme un lazo para que
la sntesis sea simultnea en ambas hebras, lo que restringe la exposicin de
DNA de cadena sencilla, ms vulnerable.
Los elementos que componen el replisoma (DNA pol, helicasa, primasa, etc)
estn funcionalmente conservados en todos los organismos.
Las funciones propias de cada uno estn coordinadas por numerosas
interacciones mutuas.
Hay 300-400 pinzas por clula, unas 20 veces ms que DNA pol III*
Pinza
PCNA
El DNA (2,4 nm) pasa a travs del agujero de las pinzas replicativas, que tiene
unos 3,5 nm y est cargado positivamente: hay unin topolgica, que implica
un anclaje mvil de la pinza al DNA.
horquilla
B
Ubicacin de los
terminadores Ter
Secuencias
atrapadoras
para la
horquilla B
Secuencias
atrapadoras
para la
horquilla A
Punto de
encuentro
permisiva
no permisiva
5
3
hebra
retrasada 5
Fr. de Okazaki
cebador
hebra
adelantada
3
5
hebra adelantada
telmeros
5
3
5
3
5
3
h. retrasada
Soluciones:
- circularizar el DNA
- usar una protena cebadora
- aadir repeticiones al extremo 3
telomerasa
pol -primasa
DNA pol