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en tres grupos (16, 17): Bucles-on-a-andamio de modelos (15, 18, 19), modelos
jerrquicos de espiral cada vez ms gruesa o fibras en bucle (20, 21), y la red
de modelos, que describen los cromosomas mitticos como geles altamente
reticulados (22, 23), as como modelos que combinan estas caractersticas
diferentes (24).
Aqu aplicamos 5C (25) y Hi-C (7) para el estudio de la organizacin espacial de
los humanos cromosomas durante el ciclo celular, revelando dos estados de
plegado alternativos. El uso de polmeros simulaciones, se evalan los modelos
existentes y nuevas de organizacin de los cromosomas en metafase y
proponer que la organizacin metafase puede surgir a travs de un proceso de
dos etapas: lineal la compactacin por los bucles de cromatina consecutivos, el
potencial generado por los complejos de SMC, seguido de compresin axial.
Resultados
Los cambios en la organizacin de los cromosomas durante el ciclo
celular
Para nuestros estudios iniciales se utilizaron clulas HeLa S3 porque las
poblaciones grandes y homogneas de estas clulas en diversas etapas del
ciclo celular se pueden obtener con relativa facilidad y de manera eficiente
(Figura S1). El cariotipo HeLa S3 es complejo, pero estable. Nos centramos en
los anlisis intracromosmica datos de seis cromosomas que parecen
normales, a juzgar por SKY / M-FISH y Hi-C (Figuras S2, S3). Adems, nuestros
anlisis utilizan ICE (26), que corrige los sesgos en la cobertura de
secuenciacin que puedan surgir debido a alteraciones nmero de copias.
Utilizamos la tecnologa 5C para estudiar la organizacin del cromosoma
pequeas y poco reordenado Chr. 21 en diferentes puntos de tiempo durante
todo el ciclo celular (Figura 1). Hemos interrogado a largo plazo interacciones
utilizando un conjunto de cebadores 5C, que cubren la longitud del cromosoma
21 con una separacin promedio de 25 kb (Mtodos). Estudiamos G1 temprana
y clulas mediados de G1, clulas en fase S temprana de timidina-detenido y
arrestado prometaphase-nocodazole ("mitosis") culturas (Figuras 1, S1, S4,
Mtodos). Nos encontramos con que nocodazole tratamiento hasta 12 horas
conduce a algunas acortamiento gradual de cromosomas mitticos pero Hi-C
analiza para 3, 7 y 12 rendimiento horas de incubacin resultados en general
muy similares (Figura S5). brazos de cromtidas hermanas son separada y ya
no entrelazados en las clulas-nocodazole detenido (Figura 1A).
Los patrones de interaccin para G1 temprana, a mediados G1 y la fase S estn
altamente correlacionados con cada s y con el patrn obtenido con las clulas
no sincronizadas (Spearman r> 0,67, P << 10-10, Figura 1A, Mtodos). Por
estas fases del ciclo celular, la interaccin mapas de visualizacin patrones a
cuadros similares de enriquecimiento regional o agotamiento de las
Para el estudio de modelos con bucles que emanan de un andamio (17, 18),
que induce la formacin de bucles consecutivos, atrados por sus bases a un
andamio central, e impusieron ordenacin lineal y geometra cilndrica (Figura
4C, Pelcula M2). Para formar bucles consecutivos elegimos al azar subconjunto
de posiciones genmicas como bases de bucle; a continuacin, cada base de
bucle fue conectado por armnica bonos para inmediatamente anterior y las
bases de bucles subsiguientes a lo largo del cromosoma (Mtodos). Este
proceso forma una serie de bucles que no se solapan consecutivos con una