Propositions de Mesures Pour La Loue

MINISTREDELENVIRONNEMENT,DELNERGIEETDELAMER
Propositions de mesures pour le

territoire dexcellence
environnementale de la Loue et des
rivires comtoises
Rapport final n 010053-01

tabli par
ric Vindimian
juin 2016
Lauteur atteste quaucun des lments de son activit passe ou prsente na affect son impartialit dans la rdaction de ce rapport
Rapport n 010053-01
Propositions de mesures pour le territoire dexcellence environnementale de la

Loue et des rivires comtoises
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Sommaire
Rsum.....................................................................................................................2
Liste des recommandations..............................................................................................4
Avant-propos............................................................................................................6
Introduction..............................................................................................................7
1. Un territoire d'excellence, dfinition et opportunits.......................................9
1.1. Comment qualifier un territoire d'excellence...............................................................9
1.1.1. Un processus ncessairement concert................................................................10
1.1.2. Une ncessaire distinction des acteurs vertueux...................................................11
1.1.3. La qualit de la protection de l'environnement.......................................................13
1.2. Les opportunits pour renforcer la gouvernance de leau sur le territoire.................13
1.2.1. Quel primtre pour le territoire ?..........................................................................13
1.2.2. Le projet de cration dun Epage............................................................................15
1.2.3. Profiter des rformes territoriales pour structurer la matrise douvrage sur le territoire karstique...................................................................................................................17
1.2.4. Faire voluer la confrence Loue et rivires comtoises..........................................18
2. Un plan daction qui consolide et tend ce qui existe....................................20

2.1. Prserver les eaux des substances indsirables......................................................21
2.1.1. Diminuer la pollution organique..............................................................................21
2.1.1.1.Mesures concernant lassainissement........................................................21
2.1.1.2.Mesures concernant llevage....................................................................24
2.1.2. Rduire la pollution toxique....................................................................................27
2.1.2.1.Vers un territoire zro pesticides ..........................................................27
2.1.2.2.Rduire les rejets des filires industrielles.................................................29
2.2. Prserver le fonctionnement des cosystmes aquatiques......................................31
2.2.1. Assurer le fonctionnement cologique des milieux.................................................31
2.2.1.1.Agir sur lhabitat aquatique.........................................................................31
2.2.1.2.Restaurer la continuit cologique.............................................................33
3. faire adhrer lexcellence environnementale...............................................34

3.1. Informer et duquer sur lexcellence environnementale...........................................34
3.2. Exercer une police efficace.......................................................................................35
3.3. Grer les usages rcratifs......................................................................................36
3.4. Connatre et comprendre..........................................................................................37
3.4.1. Un programme de recherches en appui.................................................................37
3.4.2. Une surveillance renforce.....................................................................................39
3.4.2.1.Surveiller le milieu......................................................................................39
3.4.2.2.Surveiller les impacts.................................................................................40
Conclusions............................................................................................................42
Annexes..................................................................................................................43
1. Lettre de mission................................................................................................44
2. Liste des acronymes..........................................................................................48
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Rsum
Les acteurs des bassins versants de la Loue et des rivires comtoises
sont convaincus de l'intrt d'une stratgie qui parie sur l' excellence en vironnementale . Voici venu le tem ps de sa mise en uvre. Cela passe
avant tout par un travail de mise en place d'un label d' excellence envi ronnementale, dclin dans chacun des secteurs d'activit. Ce travail
difficile devrait dboucher sur des cahiers des char ges qui distinguent
ceux qui mett ent en uvre de bonnes pr atiques qui diminuent leur em preinte environnementale.
Pour coordonner les engagem ents, il est propos de m ettre pr of it des
apports de la loi de modernisation de laction publique ter ritoriale et
daffirmation des m tropoles et de la loi sur la nouvelle or ganisation de
la Rpublique pour mutualiser et prof essionnaliser les actions, ce qui se
traduira rapidement par la cration d'un tablissement public damna gem ent et de gestion des eaux, voire de plusieurs. Le pr ojet s'adossera
sur une structuration eff iciente des tablissement s publics de coopr a tion inter -com munale du territ oire karstique perm ettant de mett re en
uvre la Gestion des milieux aquatiques et de la prvention des inonda tion. La vision stratgique et le par tage de l'information ont vocation
rester au sein de la conf rence dpartement ale qui prendra la suit e de
la confrence Loue et rivires comt oises.
Plusieurs mesures sont proposes dans le rapport, sans caractre d'ex hautivit, elles sont classes en trois catgories :
prserver les eaux des substances indsir ables ;
prserver le f onctionnement des cosystmes aquatiques ;
faire adhr er lexcellence environnement ale.
Les mesures en cours de mise en uvre dans le cadre du Sage et du
contrat de territoir e seront poursuivies et amplif ies, certaines mesures
nouvelles seront lances. Une srie d'ent re elles concerne les systm es
d'assainissement au sens lar ge dont le diagnostic, la struct ure et le
f onctionnement seront optimiss sur tout leur par cours, y compris
l'pandage. On s'attachera la perf or mance aussi bien des systmes
collectifs et individuels que des instrument s de gestion des effluents in dustriels et agricoles en lien avec les filires prof essionnelles.
Des encouragem ents f orts, tr avers le label d'excellence environne mentale seront adr esss aux lus et aux acteur s conomiques pour pro poser des procdur es de gestion et de production qui respectent la bio diversit et diminuent , voire suppriment, tout rejet de polluants et sub stances toxiques. Cela concerne not amm ent les pesticides en lien avec
le program me Ecophyto2 et les produit s chimiques utiliss dans les fi lires industrielles ou en f orest erie.
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Les cours d'eau, tant en sur f ace que sous terre, constituent une par t im portante et emblmatique du patrimoine du territoire. Tous les acteurs
sont invits mettr e en place les m canismes qui prservent et ent re tiennent la struct ure des rivires et des ber ges et restaurent la continui t cologique et les habitat s aquatiques.
Des actions sont prvues galement pour faire compr endre et faire sa voir quels sont les enjeux de l'excellence environnem entale pour le terri toire. La complexit des cycles de l'eau, le petit cycle et le gr and cycle,
doit tre explique tous si on souhaite une implication gnr alise
dans la prservation de leur fonctionnement. Les acteurs des loisir s
aquatiques seront sensibiliss et mis cont ribution pour f aire de leur
activit un emblm e de l'excellence environnementale. La police de l'en vironnement continuera tr e stricte et ser a accompagne d' actions
d'inf orm ation.
La surveillance des cosystmes et des pressions qu'ils subissent doit
tre renforce et, surtout, les donnes doivent pouvoir tre publique ment accessibles sous une form e structure et cartographie, le ple
karst rcem ment cr sera un acteur majeur de la production et la diffu sion de connaissance. Il recueillera et publiera les donnes sous la
form e d'un observatoire auquel les pr oduct eurs de donnes seront en courags vivement contribuer. Il animera un program me de recherches
qui sera supervis par un conseil scientif ique indpendant.
En conclusion j'ai conscience que le dfi relever est important , il im plique l'eff or t de chacun pour une restauration progr essive des cosys tmes avec un haut niveau d' exigence. Il f audra tre la f ois ambitieux,
pro- actif et patient, sous le regard des gnrations f ut ures. J'espre
que ces propositions, qui ne sont pas limitatives, seront mises en uvre
et am plifies par les acteur s du territ oire.
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Propositions de mesures pour le territoire dexcellence environnementale de

la Loue et des rivires comtoises
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Liste des recommandations

Recommandation 1 : Crer et mettre en uvre un label d'excellence environnementale sectoris refltant les efforts des acteurs pour l'excellence environnementale. Lancer une tude de faisabilit dfinissant les conditions oprationnelles de mise en place dun tel label (moyens ncessaires, primtre, matrise douvrage). Pour action : acteurs conomiques du territoire (tourisme,
pche, industrie, filires agroalimentaires de qualit)..............................................................p.13
Recommandation 2 : Se donner un dlai exigeant pour la cration dun Epage sur le bassin
Haut-Doubs Haute-Loue capable de monter en charge rapidement pour mettre en uvre
concrtement et de manire exemplaire lexcellence environnementale.................................p.17
Recommandation 3 : Adosser le projet de territoire dexcellence environnementale une structuration efficiente (Gemapi/Loi Notr) des EPCI du territoire karstique, tout en ouvrant largement
les travaux de la confrence aux bassins versants voisins......................................................p.18
Recommandation 4 : Maintenir lesprit de concertation et de partage dune ambition commune
dexcellence environnementale au sein de la confrence Loue et rivires comtoises devenu
confrence dpartementale et accompagner son fonctionnement par un site internet rgulirement aliment. Pour action prfecture et Dpartement............................................................p.19
Recommandation 5 : Prescrire pour tous les systmes dpuration un diagnostic du systme
dassainissement conforme larrt du 21 juillet 2015 (incluant donc ltat structurel et fonctionnel du systme et dbouchant sur un programme dactions hierarchises et chiffres). Pour action : Police de leau (DDT). Gnraliser les oprations collectives assainissement dans le
contexte de la prise de comptence eau et assainissement par les EPCI. Pour action : Conseil
dpartemental et EPCI. Se saisir de lopportunit de la loi Notr pour engager des tudes de
structuration et dtat des lieux du patrimoine assainissement pour construire des services eau
et assainissement capables de porter lexcellence environnementale. Pour action : EPCI......p.23
Recommandation 6 : Accrotre les objectifs du volet 3 de laction I,1 du contrat de territoire et les
tendre lensemble du territoire pour atteindre une couverture 100 % par les Spanc et un
nombre significatif de travaux de diagnostic et de mise aux normes. Pour action Dpartement et
EPCI........................................................................................................................................ p.23
Recommandation 7 : tendre toutes les fromageries les mesures C.3.1, C.3.2 et C.4.3 du
Sage ainsi que la fiche 2 du contrat de territoire et coupler cette opration avec la mise en place
d'une dclinaison dpartementales des exigences du Sdage concernant les rejets des fromageries en milieu vulnrable. Pour action : Misen et DDSCPP......................................................p.24
Recommandation 8 : Poursuivre le bilan des mesures qui concernent le stockage des effluents
dlevage, y compris un retour dexprience sur lutilisation du guide des bonnes pratiques pour
la gestion des effluents en milieu karstique, vrifier leur efficacit pour lpandage dans des
conditions favorables lassimilation des nutriments par les vgtaux et en tirer les consquences pratiques avec la profession. Pour action : chambre interdpartementale dagriculture
25-90....................................................................................................................................... p.25
Recommandation 9 : Poursuivre et acclrer la mise en place doprations pilotes pour multiplier les initiatives collectives au niveau de la filire afin damliorer la gestion des effluents
dlevage. Pour action : Fruitires et FDCL.............................................................................p.25
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Recommandation 10 : Coordonner la connaissance des capacits dpandage de boues de

Step et deffluents agricoles lchelle du territoire en tenant compte des caractristiques des
sols.......................................................................................................................................... p.26
Recommandation 11 : Construire avec le CIGC un label dexcellence environnementale qui
tienne compte des mesures de prservation des eaux et de la biodiversit............................p.27
Recommandation 12 : Mettre en place sans attendre les actions qui visent la suppression de
lusage des pesticides en zone non agricole pour les collectivits et les particuliers conformment au plan Ecophyto2 et mettre en place un label d'excellence environnementale ddi. Pour
action : toutes collectivits territoriales....................................................................................p.27
Recommandation 13 : tablir un bilan complet des rsultats des actions du plan Ecophyto en
termes d'impact sur les rivires comtoises et proposer un projet ambitieux de dclinaison sur le
territoire du plan Ecophyto2. Intgrer aux critres du label d'excellence environnementale
concernant le comt des exigences en matire de limitation d'usage des pesticides en s'appuyant sur la rflexion des professionnels de lAOC Comt et sur des critres fermes de limita tion de lusage des pesticides. Pour action DRAAF, GIGC......................................................p.29
Recommandation 14 : Rendre compte du bilan du recensement des pollutions industrielles et
gnraliser un programme ambitieux de rduction de ces pollutions toxiques dans la ligne du
programme Limitox en cours sur le val de Morteau.................................................................p.30
Recommandation 15 : tablir le bilan des mesures C.5.1 et C.5.2 du Sage concernant le traitement du bois et mettre en place un label d'excellence environnementale spcifique. Pour action : DRAAF et filire forestire.............................................................................................. p.31
Recommandation 16 : Conditionner lobtention du label dexcellence la mise en place effective
doprations de prservation et dentretien des berges (plantation, prvention du pitinement,
etc) et mettre profit les plans pluriannuels de gestion pour acclrer le processus..............p.33
Recommandation 17 : Communiquer largement sur le bilan des oprations de reconstitution de
la continuit cologique et poursuivre les actions. Pour action syndicats mixtes et Epage......p.33
Recommandation 18 : Organiser la diffusion des informations sur les deux cycles de leau et sur
lexcellence environnementale lchelle de tous les habitants du territoire. Pour actions Dpartement, EPTB.......................................................................................................................... p.35
Recommandation 19 : Poursuivre les actions de surveillance du territoire en exerant une police
de lenvironnement adapte et en utilisant galement les autres leviers disponibles des politiques publiques. Pour action DDT et Epage...........................................................................p.36
Recommandation 20 : Prendre une mesure globale de promotion de loisirs aquatiques respectueux de lenvironnement et sappuyer sur les personnes concernes pour promouvoir lexcellence environnementale........................................................................................................... p.37
Recommandation 21 : Mettre en place ds dbut 2017 un conseil scientifique et animer les re cherches sur les rivires karstiques du bassin jurassien. Pour action Ple karst....................p.39
Recommandation 22 : Acclrer la monte en charge de lobservatoire du ple karst de lEPTB
afin de lui donner rapidement un rle intgrateur de lensemble des donnes pertinentes et rendues publiques pour la connaissance des hydrosystmes, notamment : recensement et cartographie des zones humides petite chelle ; mesures de connaissance de ltat des milieux
aquatiques prvues par le Sage ; inventaire des ouvrages transversaux ; donnes dautosurveillance des rejets deaux pluviales des collectivits ; quantits de pesticides utiliss en zone
agricole et non-agricole. Pour action EPTB et ple karst.........................................................p.41
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Avant-propos
La prsente version de ce rapport a t rdige avec lappui de la DDT, des services du Dpartement et de lagence de lEau RMC. Il sagit dun document de
travail destin aux membres de la confrence Loue et rivires comtoises. Ce
rapport prfigure le rapport final de la mission qui ma t confie par le viceprsident du Conseil gnral de lenvironnement et du dveloppement durable
la demande de la ministre (cf. Lettre de mission page 44). Il fait suite un premier rapport qui portait sur le diagnostic des causes des perturbations de la
Loue et des rivires comtoises. La prsente version, est soumise aux acteurs du
territoire, runis au sein de la confrence Loue et rivires comtoises afin de recueillir les observations quils souhaitent apporter. La version dfinitive sera rdige ensuite afin de tenir compte de ces observations. Il me restera rendre
compte la ministre de ma mission dont il me restera, sincrement, le souvenir
d'un territoire attachant et motiv pour l'excellence environnementale.
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Introduction
Lavis que javais produit au premier trimestre 2016 f aisait suit e ma
prise de connaissance du dysf onctionnement des milieux aquatiques du
territoire com tois. Ces milieux, au pr emier rang desquels la rivire Loue,
prsentent un intrt patrimonial et cologique majeur. Cet avis avait
fait lobjet dune lectur e critique de toutes les parties prenantes de la
confrence Loue et rivir es comt oises au cours de lanne 2015 dont
javais tenu compt e.
Au-del de la confir mation de la complexit du f onctionnellement des ri vires comtoises et de la multif actorialit des causes, je soulignais lim portance de prendre en compte toutes les sources de pertur bation. Je
proposais de dvelopper un projet de territoir e dexcellence environne mentale qui associerait tout es les parties prenant es. Jinsistais gale ment sur la gouver nance des questions de connaissance et de sur veillance. Sur ce dernier plan il semble ncessair e de mett re en place
un systme de surveillance prof essionnalis, cest dire un systme p renne, sappuyant sur des mthodes normalises, sous assur ance quali t et accessible via une inter f ace graphique per mettant de visualiser di verses couches de donnes.
Lors dune srie de rencontr es au mois de mars 2016 jai pu constater
ladhsion gnrale de tous les acteurs la notion dexcellence environ nementale. Les professionnels actif s sur le territoire, les associations et
les lus manif est ent un att achement trs f ort la qualit de leur envi ronnement et le considr ent com me un atout y compris sur le plan co nomique. Tous semblent prt s amplifier les nom breuses actions dj
engages afin de rduire le plus possible toutes les pressions sur les
milieux aquatiques.
Nous sommes maintenant au pied du mur, les actions concrtes de tous
doivent prendre le relais des paroles et des phrases. Des plans daction
sont en cours : le plan damnagement et de gestion dur able qui fait
partie du schma dam nagement et de gestion des eaux sur le territ oire
Haut- Doubs haute- Loue constitue une bonne base de dpart, le cont rat
de territ oire en dcline la plupar t des mesures. Nous pouvons nous ap puyer sur ces documents pour aller de lavant.
Il nous f aut galement df inir la notion dexcellence environnementale.
Je nvoque pas ici la question thorique, certes intressant e, mais
lappropriation par les acteurs de cette vision. Chaque gr oupe dact eurs
doit engager trs vite une rflexion, en lien avec les membres de la
confrence et les pouvoirs publics pour aboutir la mise en place de
son cahier des char ge de lexcellence environnementale. Cest sur ces
fondement s que les m esures pourront tre mises jour et approf ondies
et sur tout que le label dexcellence environnementale pourr a tr e dcer n aux acteurs les plus vertueux.
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Les mesures proposes ensuite tiennent compte des lments dispo nibles lors du diagnostic. Elles se situent le plus souvent dans la conti nuit des mesures existantes elles devront tre prcises et aff ines
car ce rappor t fournit des pistes mais ne constitue pas en lui mme un
plan dactions. D'ailleurs ces mesur es ne constituent en rien une list e
exhaustive, je fais conf iance la cr ativit des acteurs du territoire
pour les amplif ier, les am liorer et en inventer d'autres, mon rle de ca talyseur visant avant tout donner envie .
Enf in, il conviendra de f aire adhr er tout le territoir e la notion dexcel lence environnementale. Il est ncessaire pour cela de mesurer la situa tion des milieux et surtout de faire savoir cette situation en prsentant
les donnes de f aon accessible sans per dre la prcision et le dtail. Il
f audra galement pour suivre les actions dacquisition de connaissances.
La situation t ant complexe, des tudes et recherches seront trs utiles
pour poursuivre le pr ogrs de connaissances et cibler de mieux en
mieux les actions de tous.
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1. Un territoire d'excellence, dfinition et opportunits
1.1. Comment qualifier un territoire d'excellence

Les questions de prservation de lenvironnement sont omniprsentes
dans le f lux dinformation qui rythme notre quotidien. Beaucoup
concer nent la plante en gnral, com me le problme du changement
climatique. Agir est cependant trs com plexe une telle chelle globale
o la comptition, au moins sur le plan conomique, lemporte lar ge ment sur la coopration. Aux chelles intermdiaires les contradictions
entre int rts conomiques et prservation de la nature et de la sant
humaine sont galement nombreuses. Il suff it de constater les diff icults
de la lutte contre les excs de pesticides ou contre les missions de gaz
et par ticules toxiques par les vhicules pour sen convaincre. Au niveau
des territoires, face notam ment aux dgradations locales de lenvironne ment, nous pouvons esprer avoir des cls dactions. Le problme nest
pas pour autant simple et facile rsoudre mais il prsente quelques
caract ristiques qui permettent desprer.
Les responsables des politiques publiques sont de plus en plus
conscients de cet te capacit des territoir es se mobiliser pour amlio rer la qualit de leur environnement. Citons quelques exemples : un des
leviers de la transition ner gtique consist e encour ager les initiatives
avec le dispositif : Territ oires nergie positive pour la croissance
verte , lanc le septembre 2014 par la ministre Sgolne Royal ; la
stratgie nationale pour la biodiversit appelle ladhsion suivie dun
engagement de tous les acteur s, notamment au niveau local ; de nom breuses collectivits locales ont mis en place des projets de territoir e
ambitieux le plus souvent cibls sur une problm atique environnemen tale spcifique 1 .
Un des cueils de laction environnementale lchelle dun territoire
est la diff icult de mobiliser les act eurs dans un contexte o les pres sions sont nombr euses venant de multiples sources, o beaucoup de
dcisions sont prises en dehors du territoire et o les changements glo baux semblent impossibles, ou trs difficiles, arrter. Les sentiments
vont de la rsignation envers la tragdie des com muns : La pression
que jexerce est ngligeable, cela ne changera rien si je fais des ef forts ! la stigmatisation existentialiste : Ce sont les autres qui sont
responsables des nuisances environnementales ! .
Un ter ritoire dexcellence environnementale pourr ait se dfinir en oppo sition aux difficults mentionnes ci-dessus. Il avance contre pied des
politiques de com munication verte qui isolent une question environne 1
Citons par exemple les engagements de nombreux Dpartements et municipalits pour labandon de
lusage des pesticides pour lentretien des espaces verts
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mentale pour mett re en avant , dans le meilleur des cas, quelques ac tions positives ponctuelles. Il sagit ici denvisager dexplorer tout ce
quil est souhaitable de m ettre en uvre pour tendr e vers une pression
humaine minim ale sur lenvironnement et une restauration maximale du
bon f onctionnement des cosystm es et du bien t re des habitants.
Au sein dun tel territoire chacun est amen sinter roger, non pas sur
les pollutions et nuisances quil subit, mais repenser sa propre em preinte environnem entale af in de la rduire. Il ne sagit pas non plus
dat tendr e davoir la certitude de connatre la causalit de chacune des
pressions pour les rduire, mais au contr aire de limit er toutes les pr es sions de faon volontarist e, quel que soit leur impact rel. Ainsi, au lieu
de poser la question des impacts dans les ter mes classiques : Est- ce
significatif ? la question devient : Puis- je encor e les rduir e ? .
Lexcellence environnementale ne doit en aucun cas tre conue ind pendam ment de toute considration conomique. Elle appelle une in tgration au sein de lconomie classique de tout ce qui concerne les
bnf ices et les cots dun environnement dgr ad. Ce dernier point est
trs import ant, la dgradation de lenvironnement a un cot collectif
considrable, diff icile chiffr er. Lexcellence environnement ale doit ga lem ent prendre en compte la dur e com me lm ent f ondam ental. Cela
per met danticiper sur le cot des impact s long terme, mais aussi
dim aginer la trajectoire qui conduit les acteur s modifier, souvent trs
signif icativement, leurs pratiques, tout en assurant la viabilit de toute
la priode transitoire. cet gard lexcellence peut t re galem ent
considre comme un objectif ultime atteindre, un futur souhait
du territ oire, objectif vers lequel on tend progressivement, condition
que la trajectoire soit crdible et contrle. Cela im plique que la dfini tion des objectif s att eindre, des critres pour mesur er les rsultats,
secteur par secteur et de lintensit des efforts consentir pour arriver
aux objectifs dexcellence, ne peuvent tr e labor s que par les acteurs
du territ oire, de pr f r ence collectivement.
La mobilisation de f inancement s publics pourra tre dter minante, dans
la mesur e o elle tient compte de ce qui prcde et interroge en perm a nence son effet de levier sur le changem ent. Cependant elle ne peut re prsenter le levier principal car cela consisterait retomber dans les
cueils pr sent s ci- dessus. Au contr aire, il s' agit de valoriser des ef f or ts individuels et collectif s rels, consentis du f ait d' un pari : celui que
les ret ombes conomiques positives sur un territoir e l'em portent sur
les cots ds lors qu'on raisonne long terme.
1.1.1. Un processus ncessairement concert

Par mi les mille et une manir es de concevoir un projet de ter ritoire d'ex cellence environnementale, la meilleure est celle qui convient aux ac teurs du territoire. On imagine m al un projet aussi am bitieux ne pas re Rapport N 010053-01
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poser sur une concert ation approf ondie de toutes les parties prenantes.
Un appui scientifique semble galement indispensable, condition quil
soit mobilis pour rpondr e aux besoins de connaissances exprim s par
les act eurs du territoir e. La mise en place datelier s de prospective, lart
de const ruire un f utur souhait, pourra galem ent aider chacun com prendr e vers o le collectif souhaite se diriger et construir e le chemin
pour y arriver.
La conf rence Loue et rivires comtoises constitue le lieu de concerta tion majeur du projet . Elle regr oupe l't at, les collectivits territoriales
et les diff r ents acteurs impliqus divers titres dans la prvention des
atteint es lenvironnement. Tous les acteurs y participent et peuvent
faire savoir com ment ils sengagent pour lexcellence environnementale.
Des groupes de tr avail thm atiques sur lagr iculture et lassainissement
aliment ent de f aon plus dtaille la rf lexion collective. Il est donc pri mordial de maintenir ce lieu de concertation, d'y participer activement et
d'y discuter des gr ands sujets, pralablement toute dcision de nature
stratgique.
Bien que cette conf rence soit pilote par le prsident du conseil dpar temental et le prf et, elle est bien plus quune ent reprise de concerta tion et de communication pour les pouvoirs publics. Son intrt principal
est de souder la com munaut qui compose le territoir e. Cest un lieu o
chacun peut exprimer ses attentes ou ses critiques et faire connatre
ses eff orts pour lexcellence environnementale. Cest galement un
moyen de faire savoir les rsultats des investigations scientifiques et de
la surveillance de lenvironnem ent, afin que chacun puisse disposer
dune vision objective de la situation et de la dynamique luvre. Ce
rle doit tr e maint enu et renf orc. Il impor te de runir cette conf r ence
et ses groupes de travail thmatiques rgulirement et que tous les ac teurs du territoir es y soient reprsents. Cest une condition ncessaire
pour mobiliser aut our du projet de ter ritoire dexcellence environnemen tale.
D'autres instances de concertation divers niveaux ont des rles impor tants, c'est le cas notamment de la CLE pour la mise en uvre des ac tions prvues au Sage haut- Doubs haute- Loue. Il est donc indispensable
de maint enir des liens forts entre ces diverses instances, cet gard la
confrence dpart ementale doit se concent rer sur les sujets strat giques afin de laisser aux instances qui traitent des sujets plus dtaills
toutes les mar ges de manuvre sans lesquelles la per te de l'envie
d'agir risque de se produire.
1.1.2. Une ncessaire distinction des acteurs vertueux

Il semble clair, l'aune des rencontres que j' ai pu avoir sur le territoire,
que, pour la plupart des acteurs, leur participation au projet de territ oire
d'excellence environnem entale procde d'une adhsion. Cett e adhsion
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se f onde essentiellement sur lintrt collectif ou sur un att achement

cult urel, sans intention de retour immdiat sur investissement . Il faut
cependant admettr e par pragmatisme que la per spective d'un retour en
ter me d'im age ou de position de mar ch peut conforter cet engagement.
Il apparat donc ncessaire de distinguer les act eurs les plus vertueux
au nom de l'excellence environnementale.
Je propose de crer un label qui signale de f aon positive la contribu tion au territoire d'excellence environnementale. Le nom de ce label de vra tre choisi par les act eurs du territoir e. Ce nom devra montrer qu' il
s'agit d'un label ddi la prot ection des cosystmes aquatiques kars tiques, ce qui permettra d'autr es acteurs, dans d'autres domaines
comme la qualit de l'air et la sant, la protection des sols, l'ner gie, le
clim at, la biodiversit de pr endre galem ent des initiatives similaires
sans confusion des genres. Il devrait galem ent, afin d'tre efficace,
tr e dclin par secteur conomique 2 , par exemple : levage, production
f romagre, entreprises, tourism e, filire bois, collectivit Il n'est videmment pas possible de lister tous les secteurs qui ser ont concer ns,
d'une par t car cela dpendr a de la volont et de la clrit des acteur s
dans chaque domaine, d'autre part parce que le niveau dagrgation de
ce qui constit ue un sect eur n'est pas prdf ini. Par exemple f aut-il un
secteur indust riel ou plusieurs sous- secteurs correspondant des types
d'industrie diff rents ?
Afin qu'il soit cr dible le label devra tre accessible tout en t ant exi geant. Les deux cueils sont aux bor nes du possible : soit le label est
trop souple et alors tout le m onde l' obtiendra sans faire les eff orts n cessaires pour la restauration des cosystm es aquatiques, soit il est
tellement contraignant qu'il dissuade les acteur s de l'obtenir. L'idal se rait de constr uire le label de f aon dynamique et volutive avec une
clause de rvision qui tient com pte des efforts consentis 3 . Ainsi chacun
par tirait d'un niveau qui corr espond quelques premiers efforts puis
s'engager ait, af in de maintenir son inscription, diminuer son empreinte
environnementale.
La dfinition des critres qui perm ettent d'obtenir le label devra faire
une large par t au travail collectif des acteur s de chaque sect eur. Nan moins il conviendra de crer des groupes de tr avail mixtes avec des re prsentants des diffrentes sensibilits de la conf r ence. Par ailleurs la
dcision de dlivrer ou de renouveler un label devrait tre conf ie, ou
pour le moins s'appuyer, sur une expertise indpendante, seul moyen de
crdibiliser le label. Des or ganismes de cer tif ication spcialiss
exist ent, ils pourraient tre mobiliss. aux fr ais des candidats la label lisation. Alternativem ent, une struct ure interne ad hoc lgre pourrait
2
La question se posera forcment de secteurs conomiques qui souhaiteront regrouper sous un mlme
label des efforts concernant plusieurs enjeux environnementaux bien au-del de la qualit des cosystmes aquatiques. Il ne faudra videmment pas s'opposer ces initiatives mais s'impliquer dans leur
composante concernant les rivires karstiques.
Cela pourrait ressembler la certification qualit, avec une logique damlioration continue o lon
value la ralisation des objectifs plutt que des critres absolus.
Rapport N 010053-01

galement tre mise en place et sappuyer sur un panel dexperts ext rieur au ter ritoire.
Un eff or t de com munication devra accom pagner cette opration, a mini ma les acteurs devraient disposer de kit s de com munication leur per mettant de se prvaloir aupr s du public, ou de leurs clients, de ce que
le label leur a t dcer n.
Recomm andat ion 1 : Crer et met tre en uvre un label d'excel lence envir onnementale sect oris refltant les effor ts des act eurs
pour l'excellence envir onnementale. Lancer une tude de faisabili t dfinissant les conditions oprationnell es de mise en place dun
tel label (m oyens ncessair es, prim tre, ma trise douvrage). Pour
act ion : acteurs conomiques du ter ritoi re (t ourisme, pche, indus tri e, fi lires agr oali mentaires de qualit).
1.1.3. La qualit de la protection de l'environnement

Les groupes mixtes char gs de df inir les critres dexcellence pourr ont
s'appuyer notam ment sur les recom mandations du prsent rapport ce
qui n'exclut pas d'autres considrations. Lidal serait de crer des
gr oupes de travail entre le secteur concern et quelques membres de la
confrence. Leur composition devrait garantir que ces critr es sont t a blis de f aon ralist e, grce aux reprsentants du secteur concern, et
sont galement correctem ent dimensionns par rapport aux enjeux envi ronnementaux, gr ce aux reprsentant s de la conf rence. En tout tat
de cause le respect de la rglem entation ne pour ra en aucun cas cont ri buer l'obtention du label, sauf constit uer une note liminatoire.
Le fonctionnement de ces groupes pourra tre source de tensions, il
faut avoir cela en mmoire pour le prvenir. Chacun des mem bres devra
avoir conscience que les logiques daff rontement dbouchent rarement
sur des rsultats satisf aisants et quen revanche un dialogue f ranc et
pondr peut acclrer les progr s. Ce risque tant voqu, je voudrais
exprimer que mes contacts sur le ter ritoire me rendent plutt optimiste
quant la capacit des acteurs const ruire ensemble un projet consen suel la f ois exigeant et raliste.
1.2. Les opportunits pour renforcer la gouvernance de leau sur le

territoire
1.2.1. Quel primtre pour le territoire ?
La question du primtr e ne peut tr e vacue quand on ambitionne de
constr uire un ter ritoire dexcellence environnementale, cest mme une
Rapport N 010053-01

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des plus impor tantes, mais aussi une des plus redoutables. La notion de
ter ritoire possde un grand nombr e de dfinitions. Je propose dutiliser
la dfinition du texte de cadr age du programme Eau et territoires du minist re de lenvironnement, du CNRS et dIr stea : Espace appropri de
manire matrielle ou symbolique par un groupe social . On not era
donc que je mcarte trs signif icativement de la dfinition du La rousse : tendue de pays qui ressortit une autorit, une juridiction
quelconque. Lide est que le territ oire dexcellence environnement ale
est un projet appropri et const ruit par des acteurs et non pas la cons quence dun acte daut orit en application de lois et rglements. De mon
point de vue cela le rend plus ambitieux, du f ait notamment que lappli cation de la rglem entation reste obligat oire, excellence ou pas. Enfin,
cela nest videmment pas cont radict oire avec la question dune autori t, quelle soit en char ge de conduire des politiques publiques qui
peuvent passer par la mobilisation des acteurs ou quelle soit lm ana tion dune puissance publique char ge de faire respecter la rglem enta tion.
Reste que tr ois niveaux, au moins, se superposent pour df inir le pri mtre du ter ritoire qui nous occupe. Le premier niveau est gogr a phique, ou plutt hydrom orphologique 4 . Leau est une substance circu lant e, elle scoule la sur f ace et sous terre et cir cule aussi dans lat mosphr e sous f or me gazeuse ou liquide. Il convient donc de penser le
ter ritoire en fonction du sujet que lon traite qui est la restaur ation du
f onctionnement cologique des cosystmes aquatiques du milieu kars tique de la Loue et des rivires com toises. Le deuxime niveau est
cult urel. Lhist oire a f or g la mentalit des habitants de cett e rgion, ils
par tagent un hrit age pat rimonial collectif qui comport e aussi bien des
traces de lactivit humaine quune nature plus ou moins pr otge. Le
troisime primt re est administr atif, il est par fois artificiel mm e si
bien souvent des f rontir es naturelles ont t utilises pour df inir les
limit es de com munes et de dpartement s. Il est import ant car il est celui
de laction politique et de la dmocratie mais, seul, il manque de per ti nence pour la prservation du fonctionnement des cosyst mes.
Laction publique sest dabord f ocalise sur la Loue : cest la rivire o
ont t observes et rapportes les premires mortalit s signif icatives,
et il sagit dune rivir e de haute rputation. Cest aussi le premier bas sin versant du ter ritoire s'tr e dot dun Sage, dun contr at de rivire,
puis dun contr at de territoire. L pisode de mortalits des salmonids
observ sur dautres rivires, comme le Dessoubre, et dans une moindre
mesure le Cusancin, en 2014 conf orte lide que la problmatique de la
qualit des rivires est plus globalem ent associer la nature kars tique des ter rains quelles drainent. On comprend aism ent la vulnr abi lit de tels cosystmes aquatiques en imaginant la com munication,
par f ois trs direct e, quil peut y avoir ent re les plateaux et les activits
4
Un cours deau est faonn par linteraction de son coulement et de la gographie des terrains traverss. Sa forme, son dbit, les vitesses des coulements, la structure du fond du lit et des berges
font partie de lhydromorphologie, notion trs importante pour comprendre son cologie.
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humaines qui sy sont implant es, et, lexutoire, les rivires jaillissant
des rsur gences de fonds de valles. Lobjectif nest pas ici de dcrire
prcisment les mcanismes hydrogologiques en jeu, qui sont bien
souvent spcifiques chaque rseau souterr ain et ingalement connus,
mais dat tirer latt ention sur un territoire que lon pourr ait croir e peu
concer n par la qualit de ses rivires, vu la faible densit du rseau
hydrogr aphique de sur f ace. Bien au contraire, il f aut rappeler lexist ence
de rseaux souter rains trs structurs, et aff ir mer le lien troit qui
existe sur les territoires kar stiques entre un bassin versant, son f onds
gologique et un cours deau.
Illustration 1.1: Carte du dpartement du Doubs (en vert le territoire

karstique propos)
La gologie kar stique est prsente globalement dans tout le dparte ment. Je propose cependant den identif ier un sous secteur assez hom o gne en paysage et reliefs, ainsi quen pression anthr opique. Il sagit de
lensem ble des plat eaux calcaires du sud de la moyenne valle du
Doubs, jusquaux reliefs de la fr ontire suisse (cf secteur en vert sur la
carte 1.1 , dlimitation par bassins versants)
1.2.2. Le projet de cration dun Epage

Mme si jai tendance penser que la volont des acteur s lem porte sur
la rglementation pour faire voluer un systme, il ne f aut pas ngliger
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lintrt des rf or mes import antes de lorganisation territoriale de notre

pays. Cet intr t peut t re amplif i par laction des act eurs du territoir e
ds lors quils dcident collectivement de se saisir des oppor tunits
pour construir e intelligem ment leur avenir. cet gard, la possibilit de
crer un tablissem ent public damnagem ent et de gestion des Eaux
(Epage) apparat comme une occasion ne pas laisser passer pour re str uctur er les actions en jouant sur les possibilits de mutualisation et
de professionnalisation que la loi apporte.
La loi 2015-991 du 7 aot 2015 5 portant nouvelle or ganisation territo riale de la Rpublique (loi Notr) prvoit le transf ert aux t ablissement s
publics de coopration intercom munale des com ptences en matire
deau et dinvestissem ent. Cette disposition pourr ait permet tre une
meilleure efficacit de la dpense publique en mutualisant les eff ort s,
not amm ent en ter mes de recrutement de personnel qualifi, jusqualors
difficilement accessible pour les petites communes.
Lor s de sa sance du 28 janvier 2016 la Com mission locale de leau
(CLE) Haut- Doubs et Loue a dcid lunanimit de lancer une tude
de faisabilit de la constit ution dun Epage. Ce type dtablissement est
prvu par la loi n2014-58 du 27 janvier 2014 de modernisation de lac tion publique territoriale et daffirmation des m tropoles (dite loi Map tam). Cett e loi modifie le code de lenvironnement af in de transf r er aux
communes la responsabilit de la gestion des milieux aquatiques et de
la prvention des inondation (Gemapi) . Elle prvoit que les com munes
ou leurs gr oupements peuvent transf r er ou dlguer ces comptences
un Epage. La loi Notr transf r e cet te responsabilit des comm unes
aux com munauts de communes.
La cration dun Epage sur les bassins versants du Haut- Doubs et de la
Loue est prvue par la disposition 4- 08 du Sdage Rhne-Mditerrane
2016-2020. Ltude de faisabilit, laquelle participent les deux syndi cat s mixtes de la Loue (SML) et des milieux aquatiques du haut- Doubs
(SMMAHD) doit t re remise au dbut de l' anne 2017.
Cet te cr ation est potentiellem ent un atout pour lexcellence environne mentale, un tablissement plus important pour ra m utualiser des moyens,
intgrer plus facilement les connaissances et retours dexprience et
impliquer les portions du territ oire qui ne sont pas encor e prises en
compte par les deux syndicats mixtes concerns.
Si cett e cration de lEpage est une excellente opport unit elle doit se
f aire vite, il im porte en eff et que les ner gies soient m obilises pour
laction plutt que par la cration de la st ructure. La mise en place ra pide dans le consensus des act eurs serait un signe supplment aire de
la motivation du territoir e pour lexcellence environnement ale. Le vote
unanime de la CLE et le compt e-rendu des dbats de la sance du 28
janvier 2016 sont cet gard trs encourageants.
5
https ://www. legifrance. gouv. fr/eli/loi/2015/8/7/RDFX1412429L/jo/texte
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LEpage pour rait tre le lieu dexprimentation de lexcellence environ nementale afin den tirer rapidem ent les enseignement s pour une gn ralisation tout le territoire, voire dautres questions environnemen tales.
Illustration 1.2: Primtre dun ventuel futur Epage dont ltude de faisabilit a t lance le 28
janvier 2016. (Source CLE Haut-Doubs Loue)
Le projet dEpage a dfini son primtre qui regroupe le prim tre

Sage ainsi que laval du bassin versant de la Loue jusqu
confluence avec le Doubs. Cet ajout de laval du bassin de la Loue
cohrent avec les enjeux lis leau, il est galement guid par la
gique de regroupem ent des EPCI provoque par la loi Notr .
du
sa
est
lo -
Recomm andat ion 2 : Se donner un dlai exigeant pour la cr ation

dun Epage sur le bassi n Haut- Doubs Haute- Loue capable de mon ter en charge rapidement pour mett re en uvre concrtement et de
manire exemplai re l excel lence envi ronnement ale.
1.2.3. Profiter des rformes territoriales pour structurer la matrise douvrage sur le territoire karstique.
Aujour dhui plusieurs primtr es se superposent pour la coordination
des actions en faveur des cosystmes aquatiques des rivires com toises.
Le primtr e du Sage Haut -Doubs Haute- Loue compor te
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le bassin versant du Doubs depuis sa source jusquau lac de

Moron ;
le bassin versant du Drugeon, affluent du Doubs ;
le bassin versant de la Loue jusqu sa confluence avec la Fu rieuse sur la com mune de Renne- sur- Loue :
le bassin versant de la Furieuse dans le dpart ement du Jura.
Ce prim tre ne va pas jusqu intgrer les bassins du Dessoubre, du
Cusancin du Doubs f ranco- suisse. Ces bassins versants rencontrent des
problmes proches de ceux de la Loue. Il sagit galem ent de ter ritoires
de grand intrt environnem ental compor tant des sites du rseau Natura
2000 et un sit e class. Le syndicat mixte du Dessoubr e par ticipe dj
la confrence loue et rivires comtoises.
La cration dun (ou vent uellem ent de plusieurs) Epage est une oppor tunit saisir pour disposer dune m atrise douvrage comptente dont
les prim tres, tout en restant cohrents sur le plan hydrologique,
doivent chercher couvrir au m aximum le territoire karstique ( 1,2,1)
pour une plus grande efficacit des politiques publiques en regroupant
des syndicats mixtes et des EPCI. Nanmoins, le limite de ce ter ritoire
ne devra pas tre tanche et il conviendr a, au sein de la conf r ence
Loue et rivires comtoises, dassocier le plus possible les territoires voi sins afin de partager les bonnes pratiques et de progr esser ensemble
vers lexcellence environnementale.
La ror ganisation des comptences des EPCI en matire dassainisse ment est galement une tape cl pour atteindre la taille critique suff i sante et indispensable la mise en place de services techniques locaux
gar ants du bon suivi des quipements.
Le volet assainissement est en effet un volet im portant pour la recon qute de la qualit des milieux aquatiques. En tm oignent dune part la
dclinaison locale dpartem entale du Sdage traitant des niveaux de re jet s des stations de traitement des eaux uses collectives crite par la
DDT et approuve par la Mission int erservices de leau et de la nature
(Misen) du Doubs ; et, dautre part, les nouvelles dispositions nationales
prvues par lar rt de Juillet 2015.
Recom mandation 3 : Adosser le projet de terri toire dexcellence
environnem ental e une structuration efficiente (Gem api/Loi Notr)
des EPCI du terr itoir e kar stique, tout en ouvr ant largement les tra vaux de la confrence aux bassi ns versant s voi sins.
1.2.4. Faire voluer la confrence Loue et rivires comtoises

Le conseil dpartem ental et lt at souhaitent f aire voluer la conf rence
Loue et rivires com toises vers Une instance qui traite des sujets
por te dpart ementale et qui soit Source de rflexions et
Rapport N 010053-01

dchanges sur les nouveaux enjeux et actions innovantes dvelopper

sur les territoires . Cette volution est cohrent e avec la mise en place
dune gestion des milieux aquatiques et de prvention des inondations
(Gem api) au sein dun Epage dot de m oyens dinvestigation et daction
plus important que ceux des structures initiales. Il convient cependant
de bien maintenir lint rt de cette conf rence en matire de concerta tion que jai voqu au 1.1.1 page 10.
La confrence dpart ementale, devenue un or gane de concer tation et
de rf lexion strat gique, devra tre le vritable lieu de partage des am bitions pour lexcellence environnement ale. Chacun de ses membr es de vra la fois com prendre quil ne sagit pas du lieu o les dtails sont
traits mais bien dune instance qui per met lensemble des acteurs de
participer au processus de dcision. Il conviendra de satt acher la
runir rgulirem ent, au moins une fois par an, et de construir e des
ordre du jour motivants, permet tant une inf or mation complte et rser vant du tem ps pour les dbats. Un accompagnement de la confrence
par un site internet rgulir ement mis jour est probablement une cl
de la russit e de cette action car le partage de linfor mation ne pourr a
se rduire une srie de prsent ations annuelles.
Recomm andat ion 4 : Maintenir lesprit de concertation et de par tage dune ambiti on commune d excel lence envi ronnement ale au
sei n de la confrence Loue et rivires comtoi ses devenu conf rence dpar tementale et accom pagner son fonctionnement par un
sit e internet rgulirement aliment. Pour act ion prf ectur e et D par tement.
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2. Un plan daction qui consolide et tend ce qui existe

Passer dune srie de mesures dites sans regr et une prise en
compte gnralise de tous les impact s possibles nimplique pas un
bouleversement de tout ce qui existe. Fair e table rase du pass serait
probablement trs dmotivant pour tous ceux qui se sont engags de puis plusieurs annes dans la restaur ation des cosyst mes aquatiques.
Aussi les propositions qui suivent partent systm atiquement de lexis tant pour lam plif ier avec in fine un nombre de mesur es nouvelles assez
rduit.
Le document de planif ication le plus complet en ter mes de mesures de
restauration des rivires des bassins du haut-Doubs et de la haute-Loue
est le Schma dam nagement et de gestion des eaux (Sage). Le Sage
a t approuv par arrt inter-prf ect oral numr o 2013127- 0009 des
prf ets du Doubs et du Jura le 7 mai 2013. Il comport e un rglement qui
sim pose aux acteurs pour ce qui concerne les domaines mentionns
larticle R. 212- 47 du code de lenvironnement et un plan damnage ment et de gestion dur able (PAGD) qui comporte 82 mesures rparties
selon six axes thmatiques.
Le deuxime document impor tant en termes de mesur es est le contrat
de territ oire. Ce contrat dcline le Sage et pr end en compte les conclu sions des exper ts sur le diagnostic de la Loue et des rivires comtoises
sous form e de mesures concrtes assorties dobjectifs. Il a t adopt
le 11 dcembr e 2014 par la commission locale de leau (CLE) et porte
sur la priode 2015- 2017. Il a fait lobjet dun premier bilan dt ape en
oct obre 2015 ce qui est trs prcieux pour m esurer lavancement des
engagement s des acteurs. Le contrat de territoire comporte sept axes
qui regr oupent 20 actions.
La ncessit d't endre les actions l'ensemble des rivires kar stiques
du dpar tement du Doubs est galement valable pour les actions du
contrat de territoir e.
Les recom mandations de ce docum ent sont faites sans rfrence directe
et systmatique aux mesures du Sage Haut- Doubs Haute-Loue et son
contrat de territoir e 6 . Il appartiendra lanimation du SAGE de met tre
en cohrence ces recommandations avec ce qui existe dj. Ce parti
pris permet de saff ranchir du cadre exist ant et dans la mesur e du pos sible proposer des actions nouvelles ou au moins amplif ies. Par
ailleurs le territ oire sur lequel sappliquent ces recommandations tant
celui des rivires karstiques, ces recommandations sont valables au- del du primtr e du Sage Haut -Doubs Haute-Loue. Les mesures du pr sent docum ent ont donc vocation tre galement mises en uvre
cet te chelle lar gie sans pour autant bouleverser le Sage au sein de
son territoire de compt ence.
6
Nanmoins dans le texte celles-ci sont rgulirement cites.
Rapport N 010053-01

Le prsent document pr opose, une srie de recom mandations din flexions af in de planif ier les m esures du projet de territ oire dexcellence
environnementale. Il est struct ur en trois chapitr es : Prserver les eaux
des substances indsirables ; Prserver le f onctionnement des cosys tmes aquatiques et f aire adhrer lexcellence environnem entale .
2.1. Prserver les eaux des substances indsirables

Les rivires comtoises restent pollues par des subst ances chimiques
diverses. Il convient de poursuivre les actions engages dans le cadr e
du Sage et du contrat de territ oire en les renforant sur cert ains points.
Le Sage reconnat la vulnrabilit spcif ique et la valeur patrimoniale
des rivires comtoises en adoptant un niveau de qualit plus lev que
ce qui per met datteindre le trs bon tat cologique 7 . Les concentra tions de nitr ates respecter sont infrieur es 2 m g/l et lIBGN 8 doit d passer la note 19/20.
2.1.1. Diminuer la pollution organique

La pollution or ganique pr ovient en gr ande partie des rejets dorigine do mestique et agr icole et se traduit par la prsence dans les eaux dazote,
de phosphore et de matires oxydables, mesures par la demande chi mique en oxygne (DCO) et la demande biochimique en oxygne cinq
jours (DBO 5). Il sagit dun des domaines o le plus deff ort s ont t
consentis. Il rest e que les eaux prsentent encor e des signes deutro phisation, ce qui milite pour une intensif ication de laction cont re toutes
les f or mes de pollution or ganique.
Laxe du contr at de territoire concern par ce type de pollution est le
plus dvelopp : il comporte sept fiches et un financement public de
plus de 14 M. Les actions prvues se rpartissent en trois catgories :
amlior er le traitement des eaux uses ; am liorer la collecte des eaux
uses ; mieux gr er le stockage et lpandage des eff luents dlevage.
2.1.1.1. Mesures concernant lassainissement

2.1.1. 1.1. Tr aitement des eaux uses
En matire de trait ement des eaux uses, le constat du vieillissement
des stations dpuration et des rseaux est pos et pris en char ge par le
contrat de territ oire tant pour les stations dpur ations des eff luents do 7
8
La notion de bon tat cologique et de trs bon tat provient de la directive cadre sur leau (DCE)
Indice biotique gnral normalis. Cet indice bas sur le comptage des invertbrs benthique fournit
une note entre 0 et 20.
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mestiques que pour le traitement des eff luents des industries agr oali mentaires, notam ment les f r omageries. Depuis 2010 40 M ont t in vestis par les acteur s du territ oire pour la mise en conformit des sta tions dpuration.
De mm e des actions sont pr vues sur les dispositifs dassainissement
non collectifs. Il sagit essentiellement de sassurer de la prise en
compte par les communes et com munauts de communes de leur s obli gat ions vis--vis du cont rle des installations dassainissement non col lectif et de la mise en place des services publics dassainissement non
collectif (Spanc). La loi Notr four nit l'opportunit de mutualiser une
par tie des f onctions des Spanc et devrait aboutir une professionnali sation de la gestion de l'assainissement non collectif .
Le gr oupe assainissement de la conf rence Loue et rivir es comtoises a
mis en vidence la question du fonctionnement des stations dpuration
(St ep). Pour certaines Step, des donnes quantitatives objectives sur
ces dysf onctionnement s existent, rassembls par la police de leau
(DDT et Onem a) dans le cadre des contrles et de linstruction.
Quelques observations simples ralises par des bnvoles in situ et le
f ait que le cot de f onctionnement, notam ment en matir e de personnel,
soit lev pour les budget s comm unaux permet tent daccrdit er lide
quil conviendr ait dapprofondir cett e question et de proposer rapide ment des solutions.
Une premir e rponse a t apporte par les services de ltat. En eff et
la police de leau (la DDT pour le compt e du Prfet) dans son rle dins truction a propos une dclinaison dpar tementale des exigences du
Sdage relatives aux rejets de lassainissement collectif. Cet te dclinai son a t valide par la Misen. Elle dfinit des rgles spcifiques justi f ies par les particularits dpartementales. En consquence elle t ablit
des niveaux de rejets adapts aux contraint es du milieu karstique en al lant si ncessaire au-del des exigences de la rglem entation nationale
et de la rglementation locale du Sage Haut -Doubs Haute-Loue. Dans le
mme temps les exigences nationales se sont accrues au travers de la
prise de larrt de prescriptions gnr ales du 21 juillet 2015 relatif aux
systmes d'assainissem ent collectif et aux installations d'assainisse ment non collectif,
Le Conseil dpartem ental, sout enu financirem ent par lAgence de
lEau, se mont re galem ent volontair e pour am liorer le f onctionnem ent
des systmes dpur ation qui la station dpuration, mais galement les
rseaux et les dversoirs dorage. Le projet dopration collective port
par le syndicat mixte du bassin versant du Dessoubre en est une illus tration.
Lexigence dexcellence environnementale doit conduire ce que les
dysf onctionnements deviennent exceptionnels sur lensemble des bas sins versants concer ns. Il importe que les habitants du ter ritoire com Rapport N 010053-01

prennent pour quoi le cot de f onctionnement et dinvestissement soit

certainement accru puisquil devra, en toute logique, tre rpercut sur
le prix de leau. Lopportunit de la loi Notr et du transf ert des comp tences eau et assainissement aux EPCI doit tre loccasion pour toutes
les collectivits concernes de se saisir avec vigueur du sujet.
Recomm andat ion 5 : Prescrir e pour tous les syst mes dpurati on
un diagnost ic du syst me d assai nissement confor me larr t du
21 jui llet 2015 (incl uant donc ltat structurel et foncti onnel du
systme et dbouchant sur un programme dacti ons hier archi ses
et chiff res). Pour act ion : Poli ce de leau (DDT). Gnraliser les
oprations collectives assai nissement dans le cont exte de la prise
de comptence eau et assainissement par les EPCI. Pour action :
Conseil dpar temental et EPCI. Se saisir de lopportunit de la loi
Not r pour engager des tudes de structurat ion et dtat des li eux
du pat rimoine assainissement pour construire des services eau et
assainissement capables de porter lexcell ence envir onnementale.
Pour act ion : EPCI.
En matire dassainissement non collectif le gr oupe de travail assainis sement a soulign la gr ande diff icult pour les maires de faire respecter
la rglementation. Les maires des petites comm unes souhaitent tre ai ds dans le recensement des installations non conformes aux normes.
Ce type de proccupation est dj prsent dans le cont rat de ter ritoire,
le Sage exige galement une augm entation de la f rquence des
contrles, la priode devant tre de cinq ans alors que la loi impose dix
ans. Le volet 3 de laction I,1 du contrat de territ oire prvoit de couvrir
le territoire avec 50 % de Spanc. Il import e donc de poursuivre laction
en lamplif iant et en lassociant troit ement avec une action de com mu nication vis--vis des propritaires af in quils comprennent bien en quoi
les eff or ts qui leur s sont demands, en plus de leur caract re obliga toire, pr sent ent un intrt f or t pour la sauvegar de et la restauration
des milieux aquatiques du territoir e.
Recomm andat ion 6 : Accrotr e les objectifs du volet 3 de laction
I,1 du contrat de terri toire et les tendre lensembl e du terri toire
pour att eindr e une couvertur e 100 % par les Spanc et un nombre
significatif de tr avaux de diagnostic et de mise aux normes. Pour
act ion Dpart ement et EPCI .
2.1.1. 1.2. Tr aitement des rejets des fr om ageries

Les mesures du Sage C.1. 2, C.4.1 et C.4.3 prvoient la mise en com pa tibilit des fr omageries en f onction de leur statut rglem entair e : Inst allation classe pour la protection de lenvironnem ent (ICPE) ou seule ment soumise au rglement sanitaire dpartement al (RSD), lequel est
fonction du volum e de leur activit. Cett e mesure est relaye par lac Rapport N 010053-01

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tion I.2 du contrat de territoire qui prvoit notam ment le renouvellement

du systme de traitem ent dune fr om agerie qui prsente des dysfonc tionnements et la mise jour, dans le cas de raccordem ent au rseau
collectif, des autorisations de dversement de huit dentre elles. Le bi lan du m ois doctobr e 2015 constate labsence dinf or mation sur cett e
action. Il convient donc de f ournir les donnes et de prendre les me sur es qui sim posent dans le cas o les rsultats seraient dcevants par
rapport aux objectif s. Les f r omageries soumises simple dclaration
f ont lobjet de la mesur e C.4.3 qui prvoit une surveillance de la conf or mit des boues.
Recom mandation 7 : tendre toutes les fromageries les mesures C.3.1,
C.3.2 et C.4.3 du Sage ainsi que la fiche 2 du contrat de territoire et coupler
cette opration avec la mise en place d'une dclinaison dpartementales des
exigences du Sdage concernant les rejets des fromageries en milieu vulnrable. Pour action : Misen et DDSCPP.
2.1.1.2. Mesures concernant llevage

Laction I, 3 du contr at de territoire prvoit laugm ent ation des capacit s
de stockage des eff luents dlevage pour les rendr e conf or me aux ob jectif s du Sage (4 6 mois de stockage) et la mise en place de plans
dpandage au sein des exploitations agricoles. Les cibles sont dat teindre 100 % diverses chances au plus tard en 2019. Par ailleurs
un arr t por tant modification du rglement sanit aire dpartem ental
(RSD) a t sign le 11 avril 2014. Le RSD prcise que toute exploita tion agricole dlevage exist ante procdant des pandages deffluent s
or ganiques devra disposer dici 2020 de capacits de stockage suffi santes pour pouvoir pandre dans de bonne conditions, cest dire di mensionnes, pour les eff luents liquides, pour une dure allant de 4 6
mois selon la mme cart e indique dans le rglement du SAG E.
Ces objectif s sem blent raisonnablement ambitieux, il serait nanmoins
utile de disposer sans tar der dun bilan mi-par cours af in de sassurer
du bon avancement du pr ojet et de met tre en place dventuelles me sur es correct rices.
En collaboration avec la chambre inter dpar tementale dagricultur e le
service agricole de la DDT25 a lanc une enqute auprs des exploita tions concer nes par le stockage des eff luents. Cett e enqute a pour
premier objectif de dter miner le nombre dexploitants rpondant dores
et dj aux capacits de stockage dem andes par le RSD dici 2020 et
en par allle de dt erminer le nombre dexploitations qui devront aug menter leur capacit de stockage. Un deuxime objectif vise dt ermi ner le nombre dexploitations qui disposent dun plan dpandage indivi duel et de mieux connatre les pr atiques des exploitations en matire d
analyses des effluent s dlevage ainsi que des analyses de sols. Il
Rapport N 010053-01

convient enf in de rf lchir des pistes dactions af in damliorer et va loriser ces pratiques par une f er tilisation raisonne.
Recomm andat ion 8 : Poursuivre
le
bilan
des
mesures
qui
concernent le stockage des effluent s dlevage, y compris un re tour dexprience sur lut ilisation du guide des bonnes pr atiques
pour la gesti on des effluents en m ilieu karstique, vr ifier leur effi cacit pour lpandage dans des conditions favor ables l assi mi lat ion des nutrim ents par les vgtaux et en ti rer les cons quences pratiques avec la pr ofession. Pour act ion : chambre inter dpartementale d agricultur e 25- 90.
Deux opr ations pilotes ont vu le jour dans le dpartement du Doubs,

cest- -dire que deux fr uitires com t ont sign un accord avec
lagence de leau et la chambre dagriculture. Ces oprations pilotes
consist ent mobiliser les adhrent s aut our dun projet com mun visant
lamlior ation ou la prservation de la qualit de leau. En parallle, les
adhrents de ces deux f ruitires se sont constitus en groupem ent din trt conomique et environnemental (GIEE). Lobjectif de ces diff rentes labellisations consiste met tre en avant la motivation des exploi tants autour dun projet commun. L'action bnficie daides publiques
dans le cadr e de travaux de moder nisation de leur exploitation. Ces ini tiatives encore relativement limites lchelle du territoire sont de trs
bons exemples de dmarches ligibles lexcellence environnement ale.
Recomm andat ion 9 : Poursuivre et acclrer la mise en pl ace
doprat ions pilot es pour m ultiplier les initiatives coll ectives au
niveau de la filire af in d aml iorer la gestion des effluents dle vage. Pour act ion : Fruiti res et FDCL 9 .
Un suivi des plans dpandage collective et individuel devrait tr e mis

en place. Les stations dpur ation (Step) ou les fr omageries disposent
dun plan dpandage qui compte les sur faces potentiellement pan dables et disponibles lpandage des boues dexploitations candi dates. Or il savre que ces exploitations disposent souvent ellesmmes dun plan dpandage individuel 1 0 .
Chacun enregistre ses pratiques, les St ep enregistrent les pandages
de boues quelles effectuent sur une parcelle mais elles nintgr ent pas
dans ces enregistrem ents ce que lexploitant a rellement pandu au to tal en engr ais organique et minral.
Le dveloppement dun outil commun lenregistrement des pratiques
de f er tilisation pour lexploitant et la Step sem ble pertinent et appropri
une matrise de la f er tilisation de parcelles et cult ures.
9
10
Fdration dpartementale des coopratives fruitires

Il ny a pas doutil qui permette de recouper entre les deux afin den vrifier la cohrence.
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Cet outil pourr ait se prsenter sous f or me de systme dinformation

gographique (SIG) avec les donnes existantes sur chaque terrain ren seignant ainsi la nature du sol prcis dans le plan dpandage et les
prescriptions de chaque plan dpandage li chaque par celle. Il ser ait
mis en uvre et suivi par la chambre dagr iculture et diffus aux diff rents partenaires.
De plus il ser ait galement intressant denvisager que les exploitant s
candidats lpandage de boues bnficient dun appui technique ou
dune form ation la f er tilisation raisonne. Ces form ations permet traient galement de les sensibiliser sur lintrt de raliser des ana lyses de sols pour justem ent estimer les capacits dabsor ption des
sols.
Recom mandation 10 : Coordonner la connaissance des capacit s
dpandage de boues de Step et deffluents agricol es lchelle du
territ oire en tenant compte des car actr istiques des sols.
Cet outil de suivi des plans dpandage devrait per mett re une vrif ica tion en continu des capacits dabsorption des sols et ainsi didentif ier
quand ces capacits sont susceptibles d'tre dpasses pour ainsi
adapter les pr atiques dexploit ation. Ce suivi pourr ait tre ralis en lien
avec le Comit interprofessionnel de gestion du Com t (CIGC) .
La mise en uvre dun label dexcellence environnement ale devrait re poser sur trois piliers majeurs : la qualit du produit ; la prservation
des sols en tant que milieu vivant et des terres agricoles ; le maintien
de la biodiversit aquatique, terrest re et paysagre.
Le CIGC a ralis une t ude sur lim pact des pratiques dlevage, et no tamment dune cult ure extensive et dun paysage en mosaque f ine avec
des arbr es et des haies, sur la biodiversit au niveau de la coopr ative
de Vernier f ont aine.
Cet te exprimentation mise en uvre par le CIGC sur cette cooprative
aur ait vocation tr e dploye sur dautres sect eurs af in de sensibiliser
les exploitants et un lar ge public sur limpact des pratiques dlevage
sur la biodiversit . Cela per mett rait galement de mett re en avant la n cessit de conserver les lments topogr aphiques. En effet, la conser vation de ces lm ents du paysage est inscrit e dans la Politique agr i cole com mune (Pac). Cependant il serait intressant que cett e protec tion soit renforce. Le CIGC devrait tr e sollicit af in qu' il inscrive dans
son cahier des char ges le maintien des haies et ripisylves et la pr otec tion de la biodiversit aquatique et terrestre.
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Recomm andat ion 11 : Constr uire avec le CIGC un label dexcel lence envir onnementale qui tienne compte des mesur es de prser vat ion des eaux et de la biodiver sit.
2.1.2. Rduire la pollution toxique

2.1.2.1. Vers un territoire zro pesticides
2.1.2. 1.1. Rduction des usages de pesticides en zone non agricole
La mesure C.3.1 du Sage consiste mett re en uvre les dispositions
du plan Ecophyto. Le nouveau plan intgr e de nouvelles dispositions de
la loi relative la transition ner gtique pour la croissance verte qui a
avanc la dat e dinter diction dutilisation des produits phytophar maceu tiques pour les collectivits et les particuliers respectivement en 2017 et
2019.
La f iche 14 du contrat de territ oire qui concerne les plans de dsher bage com munaux sinscrit dans la dmarche zro phyt o du dparte ment du Doubs. Des audits des pratiques de dsherbage sont proposs
ainsi que la dfinition des objectif s dentretien et un classement des
zones dsherber. Lobjectif du cont rat de ter ritoire est de lancer la d marche sur 25 comm unes sur les 130 potentiellement concernes. Cet te
action complt e la mesur e C.3.1 du Sage et devrait per mettr e daccl rer la mise en uvre de la loi transition ner gtique.
Une deuxime consquence de cet te action pourrait tre une rvision
par les com munes des principes de gestion des espaces verts dans une
logique de renforcement de la biodiversit ordinair e. Le label d'excel lence environnementale qu'il f audrait mett re en place pour les collectivi ts devrait tenir compte la f ois de la suppression effective de l'usage
ds pesticides et des mesures alternatives de gestion des espaces verts
favorisant la biodiversit ordinaire. Le label pour rait galement tre
conu de manire encourager l'exprimentation et le par tage des
bonnes pratiques.
Recomm andat ion 12 : Mettr e en place sans attendre les actions qui
visent la suppression de lusage des pesticides en zone non agr i col e pour les coll ectivits et les par ticul iers conformment au pl an
Ecophyto2 et mett re en place un label d'excel lence environnem en tal e ddi. Pour action : tout es collect ivits ter ritor iales.
Rapport N 010053-01

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2.1.2.1. 2. Rduction de lusage des pesticides par lagriculture
Renforcement du plan Ecophyto

Les mesures prvues par le plan Ecophyto concernent la mise en place
du rseau de ferm es Dephy dont le but est de mettre en commun les ef f or ts de limit ation de lusage des pesticides par les agr iculteurs volon tair es, dimpliquer les exploitations des lyces agricoles pour dmontrer
lintrt des pr atiques alt ernatives, dassur er la diff usion de ces tech niques alter natives par les chambres dagriculture et daider la conver sion des ferm es lagricultur e biologique. Les mesures C.3. 1 et C.3.5
du Sage sappuient intgralement sur le plan rgional Ecophyto 1 1 avec
des actions pr vues schelonnant ent re 2010 et 2014.
Le bilan dress par la direction rgionale de l' agriculture et de la fort
illust re l'importance des moyens mis en uvre pour f aciliter le change ment de pratiques. Ce domaine est trs complexe car il n'existe pas de
solution universelle alternative l'utilisation massive de produits phyto sanitaires ; les pratiques sont adapter au cas par cas et impliquent
une mobilisation des agriculteur s mais aussi tous les acteurs suscep tibles de les f ormer et de les guider.
En Franche- Comt 33 exploitations sont maint enant intgr es au rseau
de ferm es Dephy 1 2 , au sein de ces exploitations on a pu constat er de f a on objective une premire diminution des usages de pesticides. L'in dice de fr quence de traitement (IFT) a ainsi baiss de 10 % au sein de
ce rseau, sept systmes de cultur es sont devenus trs conomes avec
un IFT de 1,93. De nombreuses actions de f or mation et d'inf or mation
des agriculteurs ont t mises en place.
Il manque encore un bilan global des eff ets rels du plan sur l'utilisation
des pesticides et surtout sur les im pacts en termes de rduction des re jet s dans les milieux aquatiques. Il conviendra de gnraliser les pra tiques les plus per f orm antes en termes de rduction d'usage des pesti cides et de m ettre en place de nouvelles actions en lien avec Ecophyto2
lanc le 26 oct obre 2015 par le ministre de lagr iculture. Il est d'ailleurs
prvu la mise en place dune nouvelle version du plan en rgion Bour gogne- France-Comt en 2016.
Intgration dune limitation de lusage des pesticides dans le cahier des charges de
lAOC Comt
La mesure C. 3.6 du Sage recom mande aux repr sent ants des profes sionnels de la filire [d]engager une rflexion pour intgr er certains vo 11
12
Ce plan est pilot par la direction rgionale de lAgriculture, de lAlimentation et de la Fort (DRAAF)
de Franche-Comt.
Rseau de fermes mis en place par le plan Ecophyto, ces fermes permettent d'exprimenter des solu tions de rduction de l'utilisation des pesticides.
Rapport N 010053-01

lets du cahier des char ges de lagriculture biologique au sein des ca hiers de charges des principaux fromages AOC, notam ment concernant
la limitation de lusage des pesticides. Il est donc suggr ces re prsentants de rendre com pte de ces rflexions et de proposer une int gr ation eff ective. Lors de la troisime confrence Loue et rivires com toises de dcembre 2014 les repr sent ants de la filire com t ont pr sent une comm unication o ils explicitent com ment leur cahier des
char ges prend en compte les questions environnement ales. Il f aut se f liciter de voir que les pratiques dpandage, le maintien le plus long temps possible des vaches au pturage et la limitation du char gement
font partie des contr aintes dun cahier des char ges qui se veut respec tueux de lenvironnement. En revanche, force est de constater que la
question du dveloppem ent de lagr iculture biologique au sein de la fi lire tait encore absente de la rf lexion cette poque.
Recomm andat ion 13 : tabli r un bilan compl et des rsultat s des
act ions du pl an Ecophyt o en term es d'impact sur les rivi res com toi ses et proposer un projet ambiti eux de dclinai son sur le terri toi re du plan Ecophyto2. Int grer aux critres du label d'excel lence
environnementale concernant le com t des exi gences en mati re
de li mitat ion d'usage des pesticides en s'appuyant sur la rflexi on
des professionnels de lAOC Com t et sur des critr es ferm es de
li mitat ion de lusage des pesticides. Pour act ion DRAAF, GIG C.
2.1.2.2. Rduire les rejets des filires industrielles
2.1.2. 2.1. Rduire les rejets de micropolluants des industries et de lar tisanat
La mesure C.4.1 du Sage progr am me la mise en place de conventions
de dversem ent deaux uses pour les entreprises. Ces conventions
permettent de prserver les rseaux dassainissement des dverse ments de toxiques qui dune part nuiraient au f onctionnement biologique
des stations dpuration, dautre part pollueraient le milieu aquatique.
La mesure C.7.1 du Sage, complte par les actions V.2.1 et V.2.2 du
contrat de territ oire concer ne les entr eprises du territ oire. Il sagit de re censer les substances chimiques utilises et les conditions de leur utili sation notam ment en termes de rejets possibles dans lenvironnem ent.
Des mesures sont proposes et peuvent tr e subventionnes afin
dquiper les entr eprises et exploitations en dispositif s de prvention
des rejets dans lenvironnement.
Aujour dhui 1 500 entreprises sur les 9 000 du territoire ont reu une
enqute postale. Un chantillon reprsentatif de 142 dentre elles ont
particip une enqut e approfondie. On peut aujour dhui aff irm er que
les pratiques sont bien connues et que les pistes dam lioration sont
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identif ies. Il convient donc de mett re en uvre les mesures qui per mettront chacun des acteurs de limiter le plus possible des rejets des
substances toxiques dans lenvironnem ent. Les syndicat s mixtes, donc
le futur Epage, sont motivs pour lancer des actions collectives aupr s
des acteurs et pourront bnf icier dans ce cadre collectif de f inance ments de lagence de leau.
Ces mesures ont produit des rsultats qui perm ettent denvisager main tenant une amplification des dispositions visant limiter la pollution par
les subst ances toxiques issues des industries. Cela concerne not am ment le recueil in situ des effluents toxiques et leur trait ement au sein
des sites des ent reprises. L'opr ation collective Limitox en cour s au
sein des entreprises du val de Morteau pour rait tre prise pour exemple
et gnralise.
Recom mandation 14 : Rendre compt e du bilan du recensement des
pollut ions industriel les et gnrali ser un program me ambit ieux de
rduct ion de ces poll utions toxiques dans la ligne du programme
Limit ox en cour s sur le val de Mor teau.
2.1.2.2. 2. Diminution des impacts des traitements du bois

Les mesures C.5.1 et C.5.2 visent mettr e en uvre de bonnes pra tiques de traitement des bois, assorties dun label environnemental sp cifique. Il est galement pr vu de cont rler la mise en application de
lobligation de contrle de la qualit des eaux souterraines et super fi cielles au droit des ICPE ralisant des trait ements par trempage. Aucun
bilan de cette action ne sem ble pour linstant disponible il est donc im por tant de l'tablir. Il serait galement conf orm e aux objectif s d'excel lence environnementale qu'un label soit mis en place qui distingue clai rement les pr atiques les plus vertueuses qui sem blent souhaites par la
f ilire bois-f or t.
En revanche la fiche V.2.2 du cont rat de ter ritoire concernant le traite ment du bois na pas abouti. La CLE a donn un avis sur le sujet qui
montre que cette question est diff icile : Emploi des pesticides en fo rt : un groupe de travail rgional, anim par lAgence de lEau, merge,
lEPTB en fait partie et fera le lien avec la CLE ; les difficults denca drer cette pr atique sont rappeles. Il conviendrait de rendr e compt e
des travaux de ce gr oupe de travail. Des reprsentants de la filire bois
ont cependant raffirm, lors dune runion la Draaf , que leur objectif
tait de ne jamais traiter le bois en f or t. Plusieurs inst ruments com me
les contrats dapprovisionnement ou la gestion stricte des priodes
dabattage permet tent desprer atteindre cet objectif. Lobt ention dun
label territorial, en plus des labels internationaux attachs cet te f i lire, intresse galement les professionnels. Il conviendra donc de
mettre en uvre ces rsolutions positives et de les inscrire dans le
contrat de territoir e et dans la prochaine rvision du Sage.
Rapport N 010053-01

Recomm andat ion 15 : tabli r le bilan des mesures C.5.1 et C.5. 2 du

Sage concernant le trai tement du bois et mettr e en place un label
d'excell ence envir onnementale spcifi que. Pour action : DRAAF et
fil ire forestire.
2.2. Prserver le fonctionnement des cosystmes aquatiques

Si la lutte contre les pollutions, not amm ent par les effluents dlevage et
les rejets de systmes dassainissement est une ncessit bien connue
du grand public, la notion dhydrom orphologie et son importance pour la
qualit cologique des milieux aquatiques rest e encore assez obscure.
Pendant des annes les amnageurs ont modifi profondm ent des
cours deau et assch les zones humides, tout cela dans le but de pro tger les populations des risques lis la proximit de leau 1 3 . Aujour dhui, les connaissances sur le gr and cycle de leau et lcologie des mi lieux aquatiques montr ent que lhomm e doit se montr er plus modeste
dans son souhait de matriser la nature.
lvidence, mobiliser les habitants du ter ritoire pour lexcellence co logique com mence par le partage de la connaissance sur les milieux
aquatiques et la manire de les grer avec une ambition de respect du
patrim oine nat urel et de prservation de leur f onctionnem ent colo gique. Ainsi, les actions prvues sur ce volet ne se conoivent- elles
quaccompagnes de campagnes de com munication et dinf orm ation du
public au sein du territoire.
2.2.1. Assurer le fonctionnement cologique des milieu x

2.2.1.1. Agir sur lhabitat aquatique
2.2.1. 1.1. Connaissance et restauration hydrom orphologique des cours

deau
Les mesures A.3. 1 et A.3.3 du Sage visent le recensement et la restau ration des linaires de cours deau prsentant des dgr adations mor phologiques ainsi que la revgtalisation des ber ges. Ces mesures sont
relayes par laction II.2 du contrat de territoir e. Les oprations concer nes consist ent rest aurer cert aines portions identifies de rivires ;
tablir des ripisylves 1 4 sur 3 5 km du linaire de la Loue et mettre en
dfens les ber ges de ruisseaux abritant des crevisses pattes
13
14
Dans un contexte o l'assainissement tait le plus souvent inexistant ou trs sommaire.

La ripisylve est constitue du corridor arbor le long du cours deau. Cet espace joue un rle important
pour le pigeage du ruissellement, lapport de carbone au cours deau, lombrage du cours deau, lhabitat et la circulation de la faune
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blanches sur 30 km . Les matres douvrage sont les syndicats mixtes

(SML et SMMAHD) . Le volet mise en dfens est construit par tir dun
diagnostic prtabli et semble bien dimensionn. La rest auration des
cours deau est une opr ation lourde qui ne peut t re mise en place
quau cas par cas lorsque le diagnostic confirme sa ncessit .
En revanche les objectifs du volet ripisylve napparaissent pas assez
am bitieux avec un linaire de seulement 5 km . La plant ation de ripisylve
est cert es onreuse avec 20 50 par mtr e, on sait cependant que les
bnf ices sont importants en ter mes de protection des milieux aqua tiques et de biodiver sit terrestre et aquatique. Dans le cadr e dun pro jet de territoire dexcellence les propritaires riverains devraient tr e
mobiliss pour participer cett e action qui contribue la qualit de leur
paysage autant qu celui de tout le territoire.
Il existe des outils de gestion pour la rest auration et lentr etien des
cours deau et leurs abor ds : les plans pluriannuels de gestion. Port s
par les EPCI comptents, ces outils, souvent financs par lAgence de
lEau, peuvent faire lobjet dune dclaration dintrt gnr al (DI G) pour
per mett re la ralisation de travaux cohr ents tout au long du linaire,
dans le respect de la dynamique nat urelle de la rivire et des enjeux
identif is. A par tir, dun tat des lieux initial, les travaux ( gnr alement
prvus sur 5 ans) peuvent prvoir une phase de restauration et des
phases dent retien, en prenant en com pte lvolution mor phodynamique
(lobjectif nest pas par exemple de restaurer et consolider toutes les
ber ges) . Le contenu des travaux peut viser lent retien des ber ges (dont
le pitinement bovin), la plantation et la gestion de la ripisylve (y com pris abat tage), la gestion des em bcles et des plantes invasives, etc. Il
peut galement t re plus cibl sur la seule ripisylve par exem ple. Malgr
la DIG , le succs dune telle opration passe par limplication et la
concertation avec les proprit aires riverains (si les travaux lour ds sont
raliss par lEPCI, lintervention des pr oprit aires est souhait e ensuite
pour lent retien cour ant) et leur adhsion doit permettre dviter tout e
destruction ensuite volontaire ou involontaire, de plantations nouvelles
par exem ple.
La participation du propritaire riverain lentretien dun cour s deau
non dom anial est par ailleurs t roitement associe la dt ention de son
droit de pche. Une tude de faisabilit pralable est donc recomman de pour sensibiliser et pr parer la mise en place dun tel outil, en dfi nir son primtre, ses objectif s principaux et les acteurs associs.
Il f aut noter galem ent la mesure A.3. 2 qui est une simple recomm anda tion de limiter lentretien des cours deau.
La mesure C. 2.5 implique une collaboration ent re les com munes et les
agr iculteurs de manire viter la dgradation des ber ges des cours
deau par les bovins. Cette mesure nest assortie daucun objectif et
daucun moyen ! Il est sim plement mentionn des actions ont eu lieu au
Rapport N 010053-01

sein de la commune de Frasne et du val du Drugeon. Selon les services

en char ge de sa mise en uvre , les rsultats obtenus et gar d lin vestissement public, not amm ent en ressources hum aines sont dce vants.
Recomm andat ion 16 : Condit ionner lobt ention du label dexcel lence la mise en place effective doprations de prser vation et
dentret ien des berges (pl antat ion, pr vent ion du pitinement, etc)
et mett re profi t les plans pluriannuels de gestion pour acclrer
le processus.
2.2.1.2. Restaurer la continuit cologique

La Loue et les rivires des bassins versants comtois ont f ait lobjet,
dans le pass, de nom breux amnagements qui peuvent constituer des
obstacles la circulation des poissons. Les mesures A.4. 1 et A.4.2 du
Sage sont des mesur es de mise en compatibilit qui sappliquent aux
nouveaux ouvrages lors de linst ruction de la demande daut orisation au
titre de la loi sur leau. La mesure A.4.2 est spcif ique du Lison o elle
vise restaurer la population dApron.
La mesure A.4.4 du Sage sappuie sur laction II.3 du contrat de terri toire mise en uvre par les syndicats mixtes. Ceux-ci ont identif i les
obstacles les plus im portants qui ncessit ent des tr avaux. Cet te action
est relativem ent lourde et complexe. Elle implique galem ent de vaincre
plusieur s rticences, certains barr ages tant considrs comme patri moniaux.
Les oprations se pour suivront, le syndicat mixte de la Loue a dj
identifi quelques seuils qui constituent des obst acles la continuit
cologique. Il sera important de suivre les oprations en cours et den
faire le bilan sur les plans paysager et cologique, puis de communiquer
sur ces bilans.
Recomm andat ion 17 : Comm uniquer largement sur le bilan des
oprations de reconstit ution de la continuit cologi que et pour sui vre les actions. Pour act ion syndicats mixtes et Epage.
Rapport N 010053-01

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3. faire adhrer lexcellence environnementale
3.1. Informer et duquer sur lexcellence environnementale

Dans le cadre dun territoire dexcellence environnementale une action
pdagogique simpose : celle de f air e compr endre chacun des habi tants du territoire la complexit des deux cycles de leau. Chacun pense
nat urellement au petit cycle qui est celui des usages hum ains de leau,
mais celui- ci est dpendant du cycle naturel de leau (illustr ation 3.1 ).
Lexcellence environnementale consiste, pour les questions de res sources en eau, protger le grand cycle af in, entr e-aut res, de conti nuer bnficier du petit cycle.
Illustration 3.1 : illustration des deux cycles de leau

(Source : www.lesagencesdeleau.fr/wp-content/uploads/2012/.../3-Fiche-cycle-de-leau_web.pdf)
Quand ces notions, f inalement assez sim ples, sont intgr es il est plus
ais de pour chacun de prendre en compte lim portance des enjeux et
linfluence positive que chacun peut avoir sur la qualit des milieux.
Il import e de concevoir des outils trs pdagogiques et de m otiver de
nombreux relais pour diffuser linf or mation. Le gr oupe scientifique pour rait participer, aux cots de lEPTB, la cr ation de kits pdagogiques.
Les enseignants pourraient tre m obiliss, dans le cadr e par exemple
de projets pdagogiques sur lenvironnement et le dveloppement du rable. Des bnvoles, par exemple au sein des associations dont la vo cation est la diff usion de la cult ure scientif ique et technique, pourr aient
galement or ganiser des runions dans les villages pour prsenter les
notions import antes et dbatt re avec le public. Certaines actions de Rapport N 010053-01

vraient tre cibls vers les jeunes dans lobjectif de changer les com portements vis- -vis de lenvironnement sur le long terme.
Recomm andat ion 18 : Organiser la diffusion des infor mati ons sur
les deux cycl es de leau et sur lexcellence environnementale
lchell e de tous les habitants du ter ritoi re. Pour actions Dpar te ment, EPTB.
3.2. Exercer une police efficace

De nombreux acteurs du ter ritoire met tent en avant la diff icult de sanc tionner la minorit qui ne respect e pas les rglementations com me un
fr ein majeur lavance de leurs projets. Les dcisions de poursuite et
de se porter par tie civile sont galement des questions polmiques quil
convient daborder sans tabou. Lor squon rencontr e les acteurs sur le
terrain, cette question revient systmatiquement . Lincivilit de quelques
uns peut ruiner les efforts de toute une communaut.
La police de lenvironnement , et en particulier celle de leau, implique
diff rents services de ltat , offices, voire gendar merie, coordonns par
la DDT. La caract risation dune inf raction pnale ou le constat de man quem ent une rgle administrative est un tr avail de prcision qui va audel de la perception dune atteinte lenvironnement constate par un
tiers. Pour des raisons que chacun comprendra, une action en justice
implique lobjectivation de faits irrf utables comme le non respect fla gr ant dune rglementation ou bien une relation causale explicite ent re
les pratiques mises en cause et la dgradation de lenvironnement.
Paralllement lorganisation de contrles de police progr am ms, ou in opins, la DDT du Doubs a dj mis en place une procdure de remon te des signalem ents. Cett e procdur e doit per mettr e de mieux identif ier
et de vrifier les atteintes lenvironnem ent signales depuis le terr ain,
y compris par des particuliers, des collectivits ou des associations. Se lon les enjeux, et la qualification possible des f aits, une rponse gr a due est apporte avec le concours des services habilits intervenir.
Cette rponse peut aller de laccompagnement la rparation dun dom mage jusqu la rpr ession pnale. Larticulation des polices et les r ponses pnales souhaites par le par quet fait lobjet dune convention
dpart ementale quadripartite ent re le prfet, le par quet, L'office national
de la chasse et de la faune sauvage (ONCFS) et lOnema. Lobjectif glo balement vis est la rparation des dom mages rversibles et la pnali sation des cas les plus graves (dlits environnement aux et rcidives),
pour ne pas surchar ger les tribunaux.
La tolrance zro nimplique pas f or cment quune vision rpr essive, la quelle nest dailleur s pas toujours envisageable. Elle peut aussi sexpri Rapport N 010053-01

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mer au traver s dautres rglement ations en utilisant notam ment les

conditions datt ribution daides f inancires, ou en f ixant des mesures
compensatoires. En tout tat de cause, il est clair quune intervention la
plus systmatique possible est souhaite pour ne pas alimenter le senti ment dimpunit et conforter lengagem ent de ceux qui agissent pour un
ter ritoire dexcellence.
Beaucoup dacteur s rencontrs sur le terrain expriment des positions
trs critiques vis-- vis de la police et de la justice environnementale. Ils
sint errogent sur le petit nom bre de cas de dgradation avre de lenvi ronnement f aisant in fine lobjet de procdures devant les tribunaux et a
for tiori de condamnations. Ce ressenti peut aussi sexpliquer par la
baisse des moyens accords par ltat la police de lenvironnement.
Par ailleur s bien des dgr adations ne sont pas dlibr es mais pro cdent dincidents et de dysfonctionnements involontair es que la rpres sion seule ne permettra pas dviter. Pour lensemble des polices admi nist ratives et judiciair es, un plan de contrle spcifique rivir es kars tiques a t mis en place pour accrotre la pression de contr le sur
toutes les activits susceptibles de gnrer des rejets (directs ou par
lixiviation en temps de pluie) pouvant avoir un impact sur la qualit des
milieux aquatiques. Cela peut concer ner aussi bien des activits en
bor ds de rivires, que celles sur le plateau pr oximit de figur es kars tiques tels les dolines.
Il importe donc de bien expliciter le f onctionnement de la police de len vironnement, de montrer le rle des acteurs de la police, du systme p nal et des par ties civiles.
Il serait galement utile que des actions de mdiation, impliquant la
f ois les spcialistes des questions environnem entales du f utur Epage,
les lus concer ns et des acteurs du territoire puissent tre organises.
Le principe ser ait dinf or mer, de dialoguer et de convaincre avant de r primer. Les actions en justice seraient ainsi plus cibles et probable ment plus efficaces ds lors quelles interviennent en dernier recour s
f ace de la malveillance caract rise ou au ref us de la mdiation.
Recom mandation 19 : Poursuivre les act ions de surveil lance du
territ oire en exerant une poli ce de lenvironnement adapte et en
utilisant galement les autres levi ers disponibles des polit iques
publiques. Pour action DDT et Epage.
3.3. Grer les usages rcratifs

Les usages rcratif s des cours deau ou des milieux aquatiques en g nr al sont souvent considrs sous le seul angle des nuisances environ Rapport N 010053-01

nementales cres par la sur f rquent ation ou des pratiques non respec tueuses du milieu. Si lvidence il convient dencadrer ces pratiques
pour viter les impacts, il impor te galement de sappuyer sur les com munauts de pratiquants de ces usages particuliers des milieux pour dif fuser les bonnes pratiques et en f aire des relais de lexcellence environ nementale. Lhypothse de base est que les per sonnes qui f rquentent
les milieux nat urels pour leur loisir sont en gnral attachs ces mi lieux et peuvent par ticiper leur prservation 1 5 .
Aujour dhui la mesure du Sage F.2.1 Faciliter la pratique des activit s
de sport s deau vive dans de bonnes conditions rpond partiellement
cet objectif , il conviendrait de la complter par des mesures qui trait ent
lensem ble de la question des loisirs aquatiques de f aon plus lar ge,
voire exhaustive.
titre dexemple, aujourdhui, des outils infor matiques peuvent consid rablem ent aider les gestionnair es four nir des informations complexes
et jour sur ltat des milieux assor ties de recomm andations quant aux
usages 1 6 . Il serait utile de met tre au point des outils informatiques
conviviaux concernant la Loue et les rivires comtoises afin que les pra tiquants et les or ganisateurs dactivits rcratives disposent des inf or mations per tinent es pour planifier de sorties sans impact.
Recomm andat ion 20 : Prendr e une mesure global e de prom otion de
loi sirs aquat iques respectueux de lenvironnement et sappuyer
sur les personnes concernes pour promouvoir l excel lence envi ronnementale.
3.4. Connatre et comprendre

Ds la mise en place de la confr ence, les acteur s du territ oire ont tenu
f onder leurs actions sur des connaissances scientifiques solides. Un
comit scientif ique a t mis en place et plusieur s projets de recherche
ont t lancs. Les scientifiques ont galement insist pour que la sur veillance des milieux aquatiques soit renforce.
3.4.1. Un programme de recherches en appui

Observons que le Sage recomm ande de dvelopper deux actions de re cherche concernant les substances polluantes, une sur les hydrocar -
15
16
Lexemple des splologues et de leur apport la connaissance du systme karstique complexe des
rivires comtoises et leur protection est cet gard trs clairant.
Voir par exemple loutil Donia qui permet aux plaisanciers en mditerrane de connatre avec prcision ltat de colonisation des fonds par les posidonies sous leur bateau au moment de dcider de jeter lancre.
Rapport N 010053-01

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bur es ar omatiques polycyliques et une deuxime sur les substances pol luantes encore mal connues.
Au chapitre 3 de lavis que javais crit sur le diagnostic de la Loue et
des rivires comtoises javais propos, en phase avec le conseil scienti f ique du comit de bassin Rhne- Mditerr ane- Corse (RMC), de revoir
la gouver nance des actions de recherche.
Aujourdhui, lanimation des recherches est devenue possible avec le re crutement par le ple Karst dun animateur scientif ique, plac au sein
de lEPTB Sane-Doubs. Cela va perm ettre un suivi des projets et une
liaison avec les financeurs 1 7 et le conseil scientifique, ce qui tait une
des lacunes de la sit uation initiale.
Il est pr opos de constit uer un conseil scientif ique de douze m embr es
slectionns par le ple karst apr s appel candidat ures public et avis
du conseil scientif ique du comit de bassin RMC 1 8 . Ce conseil scienti f ique des rivires karstiques du bassin jurassien (CSRKBJ) adopter a
une dontologie per mett ant aux experts de sabstenir de tout avis sur
des projets qui les concernent, par exemple du f ait de lappar tenance
un mm e or ganisme ou une mm e universit.
Les missions du conseil scientifique seront les suivant es :
laboration dappels projets de recher che en lien avec les be soins exprim par la conf rence Loue et rivires comtoises ;
classement des projet s reus en rponse aux appels projet ;
valuation mi-par cours et a post eriori des travaux de recherche
dvelopps suite aux appels projet s ;
avis sur des questions scientif iques poses par la conf rence ou
bien par aut o-saisine.
Il sera galement demand au conseil scientifique dvaluer les rsul tat s des projets lancs antrieurement sa cration.
Le prsident du conseil scientifique sera invit rapporter sur les ac tions du conseil lors des runions de la conf rence.
Le rle de lanimateur scientifique du ple kar st sera le suivant :
assurer le secrt ariat du conseil scientif ique ;
piloter les programmes de recherche en assurant not amm ent le
suivi des projets ;
solliciter les financeurs potentiels pour lancer des appels pro jets ;
mettr e en place des actions de valorisation des rsultats des re cherches.
17
18
On notera que suite la loi Notre le Dpartement nest plus en mesure de financer des recherches.
Cette action implique une dcision du comit de bassin RMC de crer le CSRKBJ sous la forme propose.
Rapport N 010053-01

Recomm andat ion 21 : Mettr e en place ds dbut 2017 un conseil

sci entif ique et animer les recherches sur les rivir es karstiques du
bassin jurassien. Pour action Ple karst.
3.4.2. Une surveillance renforce

Le groupe scientif ique avait f or tement insist sur la ncessit de sap puyer sur une surveillance appr ofondie de la Loue et des rivires com toises. Il ne sagit pas f or cment de lancer de nouvelles actions de sur veillance m ais de rendre interoprables lensemble des donnes pro duites par les diffrent s act eurs (notamment la Dreal, lagence de lEau,
lOnem a et le Dpartement) et de les mett re disposition de tous.
LEPTB Sane- Doubs a mis en place, dans le cadre du ple karst, un
observatoire t endu lensemble du bassin versant qui a vocation
traiter de toutes les thmatiques lies leau et aux milieux aqua tiques. Ses objectifs sont les suivants :
centraliser et compiler les connaissances et donnes dans le do maine de leau et des milieux aquatiques sur lensemble du bassin
ver sant de la Sane,
ser vir dappui car tographique aux diffr ents Contr ats ports par
lEPTB (voire par les autres structures port euses),
por ter connaissance les donnes dont il dispose lchelle du
bassin versant .
Les premir es priorits de cet observatoire concer nent les zones hu mides et la restauration de la continuit cologique et de la morphologie
des rivires. Il appar at import ant que la monte en char ge soit rapide
af in de constituer un observatoire qui intgr e un ensemble vaste de
donnes aujourdhui disperses.
3.4.2.1. Surveiller le milieu

La mesure A.1.1 du Sage a pour objectif de complt er la cartographie
des zones humides du territoire. On peut constat er sur le systm e din form ation gographique de lEPTB lavancement du projet ( Illustration
3.2 ). Nanmoins il ne parat pas encore possible de voir o sont situes
les zones humides une chelle plus large, celle des projets. O r la pr servation de ces zones dintrt cologique majeur serait beaucoup plus
eff icace si chaque matre douvrage de projet pouvait trs vite avoir
connaissance des zones humides prsent es sur le site concerns afin
danticiper sur les mesures dvitem ent et de rduction dimpact
prendr e en compte ds lavant projet somm aire.
Rapport N 010053-01

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Illustration 3.2 : Exemple de mise disposition de carte interactive des zones humides par
lEPTB Sane-Doubs (http ://carmen. carmencarto. fr/204/zones_humides_bvsd. map#)
Les mesures A.5.1, A.5.2 et A.5.3 du Sage renf or cent la connaissance

des milieux aquatiques en effectuant des investigations complmen tair es de celles habit uellem ent pratiques pour la mise en uvre de la di rective cadre sur leau en matire de qualit cologique des eaux, de
connaissance de lhydromor phologie. Les pr emier s rsultats ne sont pas
rendus publics.
Compte- tenu de lim portance de lazote, du phosphore et des sub stances chimiques toxiques dans le faisceau des causes probables de la
dgradation du f onctionnement des hydrosystmes il conviendrait dint grer cet observatoire de telles donnes afin den suivre de f aon pr cise lvolution dans le temps. Des efforts significatifs sont consentis, et
esprons le, le seront encore lavenir sur ces questions de rejets. Une
condition importante de mobilisation des acteurs passe par le f ait quils
puissent vrifier que leur s efforts ont un impact en ter mes damliora tion du milieu.
3.4.2.2. Surveiller les impacts

3.4.2.2. 1. Recensement des obst acles
La mesure A.4.3 du Sage a pour objectif de com plter linvent aire des
ouvrages installs en travers du lit du cours deau sur le Doubs, la Loue
et le Drugeon avec lambition de le terminer f in 2015. Il est donc temps
de faire connatre les rsultats de cet inventaire et dintgr er les rsul tat s lobservatoire de lEPTB.
Rapport N 010053-01

3.4.2. 2.2. Mtrologie de lazote et du phosphore

La mesure A.5.4 du Sage est complt e par laction VII.1 du contrat de
territoire qui f ait suit e aux recommandations du groupe scientifique. Ce
dernier a propos que des mesures en continu soient eff ectues en cinq
points du bassin versant de la Loue. Le bilan dtape doct obre 2015
prcise que les prleveurs automatiques sont en place et quun techni cien a t recrut par le syndicat mixte pour la maintenance du sys tme. Le dpart ement est matre douvrage de cette opration qui est
sous traite au Bureau de recher ches gologiques et minires (BRGM) .
Les document s recueillis ne permettent pas encor e de vrifier la mise
en uvre oprationnelle du systme de mesur e et laccessibilit des
donnes qui devrait, en tout e logique, tre cent ralis au niveau de
lEPTB. Il est prvu de rendre publiques les mesur es du rseau de m trologie sur la Loue et les rsultats des recherches du BRGM lies ce
rseau et de les intgr er lobservatoir e de lEPTB.
3.4.2. 2.3. Contamination des eaux pluviales

La mesure C.1.5 du Sage perm et de connatre le niveau de contamina tion des rejets deaux pluviales des collectivits, ces donnes daut osur veillance sont dues chaque anne au service de police de leau. Ces
donnes doivent maintenant tr e rendues publiques via lobservatoir e de
lEPTB.
3.4.2. 2.4. Surveillance des usages de pesticides

Les mesures C.3.4 et C.3. 7 du Sage exploitent les donnes de ventes
de pesticides pour tablir un tableau de bord des usages agr icoles et
non agricoles. Ces mesur es devaient tre mises en place ds lappro bation du Sage. Il importe donc den rendre com pte et de rendre pu bliques les donnes, go-rfrences et dbarrasses du secret statis tique. En toute logique ces donnes devraient tre intgres au sein de
lobservatoire de lEPTB.
Recomm andat ion 22 : Acclrer la monte en charge de lobser va toi re du ple karst de lEPTB afi n de lui donner rapi dement un rle
int grat eur de lensem ble des donnes pertinentes et rendues pu bli ques pour la connaissance des hydrosystmes, notamment : recensement et cart ographie des zones humides petit e chelle ;
mesures de connai ssance de ltat des mil ieux aquatiques prvues
par le Sage ; inventair e des ouvr ages transversaux ; donnes dau tosurvei llance des rejets d eaux pluvi ales des collectivit s ; quan tit s de pest icides uti liss en zone agricole et non- agricole. Pour
act ion EPTB et pl e kar st.
Rapport N 010053-01

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Conclusions
L'objectif de ce rapport est de transf or mer le concept d'excellence envi ronnementale en une srie d'actions concrt es. Il ne s'agit que de pro positions qui n'auront de ralit que quand les acteur s du territ oire les
aur ont intgres comm e tant les leurs. La volont f or te que j' ai sentie,
l'occasion de toutes mes rencontres dans le Doubs, me rend opti miste, mais les difficults sont relles. Chaque citoyen, chaque f ilir e va
devoir prendre ses responsabilits. Les pouvoirs publics, l'tat aussi
bien que les collectivits sont prts accompagner les acteurs, mais ils
ne se substitueront pas eux.
Le principal levier n'est pas financier, il s'agit d'un label d'excellence
environnementale que les diff r ents secteurs vont devoir df inir et f aire
vivre. Ils devront tre exigeants, avant tout avec eux mm es, car il ne
s'agit pas de se cont enter du respect de rglement ations, ni de mainte nir ou de restaur er un bon tat dont on sait qu' il n'est pas celui que
mritent les rivires du territoir e kar stique. L'excellence viendr a du jeu
collectif, de l'm ulation entr e les acteurs, des retours d'image qu' il est
per mis d'espr er et plus long term e des bnf ices conomiques qu'il
est lgitime d'at tendr e.
Le temps joue un rle important dans cett e dynamique. La restauration
des cosystm es est peut-tr e presque aussi longue que leur dgrada tion. Les rsultats probants ne sont pas pour dem ain, et pourtant il f aut
agir ds aujourd'hui. C'est un nor me df i qui s'ouvre au territ oire, un
df i que les acteurs d'aujourd'hui doivent prendre comm e un engage ment vis--vis des gnrations futures.
ri c Vindi mian
Ingnieur gnral des ponts, des eaux et
des forts
Avec lappui de la direction dpartemen tale des ter ritoires du Doubs, du Conseil
dpart emental du Doubs et de lAgence
de leau RMC
Rapport N 010053-01

Annexes
Annexes
Avis sur le diagnostic des causes des perturbations de la Loue et des rivires comtoises
43/47
1. Lettre de mission
Annexes
44/47
Annexes
45/47
Annexes
46/47
2. Liste des acronymes

AOC
Appellation dorigine contrle
BRGM
Bureau de recherches gologiques et minires
CIGC
Comit interprofessionnel de gestion du Comt
CLE
Commission locale de leau
CNRS
Centre national de la recherche scientifique
CSRKBJ
Conseil scientifique des rivires karstiques du bassin jurassien
DBO5
Demande biochimique en oxygne mesure au bout de cinq jours dincubation
DCE
Directive cadre sur leau
DCO
Demande chimique en oxygne
DDSCPP
Direction dpartementale de la cohsion sociale et de la protection des populations
DDT
Direction dpartementale des Territoires
DIG
Dclaration dintrt gnral
Draaf
Direction rgionale de lAgriculture, de lAlimentation et de la Fort
Dreal
Direction rgionale de lenvironnement, de lamnagement et du logement
Epage
tablissement public damnagement et de gestion des eaux
EPCI
tablissement public de coopration intercommunale
EPTB
tablissement public territorial de bassin
FDCL
Fdration dpartementale des coopratives fruitires
Gemapi
Gestion des milieux aquatiques et prvention des inondation
GIEE
Groupement Intrt conomique et Environnemental
IBGN
Indice biotique gnral normalis
ICPE
Installation classe pour la protection de lenvironnement
IFT
Indice de frquence de traitement
Iota
Procdure unique loi sur leau pour les installations, ouvrages, travaux et activits
Irstea
Institut de recherche en sciences et techniques de lenvironnement et de lagriculture
Maptam
Modernisation de laction publique territoriale et daffirmation des mtropoles
Misen
Mission interservices de l'eau et de la nature
Notr
Nouvelle organisation territoriale de la Rpublique
ONCFS
Office national de la chasse et de la faune sauvage
Onema
Office national de leau et des milieux aquatiques
Pac
Politique agricole commune
PAGD
Plan d'amnagement et de gestion durable du Sage
PGRE
Plan de gestion de la ressource en eau
RMC
Rhne-Mditerrane-Corse
RSD
Rglement sanitaire dpartemental
Sage
Schma damnagement et de gestion des eaux
Sate
Service dassistance technique dans le domaine de leau
Sdage
Schma directeur damnagement et de gestion des eaux
SIG
Systme dinformation gographique
SML
Syndicat mixte de la Loue
SMMAHD
Syndicat mixte des milieux aquatiques du Haut-Doubs
Spanc
Service public de lassainissement non collectif
Step
Station dpuration
ZNA
Zone non agricole
Annexes
47/47

Propositions de Mesures Pour La Loue

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Propositions de mesures pour le

Rapport final n 010053-01

Propositions de mesures pour le territoire dexcellence environnementale de la

2. Un plan daction qui consolide et tend ce qui existe....................................20

3. faire adhrer lexcellence environnementale...............................................34

Propositions de mesures pour le territoire dexcellence environnementale de la

Propositions de mesures pour le territoire dexcellence environnementale de la

Propositions de mesures pour le territoire dexcellence environnementale de

Liste des recommandations

Propositions de mesures pour le territoire dexcellence environnementale de la

Recommandation 10 : Coordonner la connaissance des capacits dpandage de boues de

Propositions de mesures pour le territoire dexcellence environnementale de

Propositions de mesures pour le territoire dexcellence environnementale de la

Propositions de mesures pour le territoire dexcellence environnementale de

Propositions de mesures pour le territoire dexcellence environnementale de la

1. Un territoire d'excellence, dfinition et opportunits

1.1. Comment qualifier un territoire d'excellence

Propositions de mesures pour le territoire dexcellence environnementale de

1.1.1. Un processus ncessairement concert

Propositions de mesures pour le territoire dexcellence environnementale de la Page 10/47

1.1.2. Une ncessaire distinction des acteurs vertueux

Propositions de mesures pour le territoire dexcellence environnementale de

se f onde essentiellement sur lintrt collectif ou sur un att achement

Propositions de mesures pour le territoire dexcellence environnementale de la Page 12/47

1.1.3. La qualit de la protection de l'environnement

1.2. Les opportunits pour renforcer la gouvernance de leau sur le

Propositions de mesures pour le territoire dexcellence environnementale de

Propositions de mesures pour le territoire dexcellence environnementale de la Page 14/47

Illustration 1.1: Carte du dpartement du Doubs (en vert le territoire

1.2.2. Le projet de cration dun Epage

Propositions de mesures pour le territoire dexcellence environnementale de

lintrt des rf or mes import antes de lorganisation territoriale de notre

https ://www. legifrance. gouv. fr/eli/loi/2015/8/7/RDFX1412429L/jo/texte

Propositions de mesures pour le territoire dexcellence environnementale de la Page 16/47

Le projet dEpage a dfini son primtre qui regroupe le prim tre

Recomm andat ion 2 : Se donner un dlai exigeant pour la cr ation

Propositions de mesures pour le territoire dexcellence environnementale de

le bassin versant du Doubs depuis sa source jusquau lac de

1.2.4. Faire voluer la confrence Loue et rivires comtoises

Propositions de mesures pour le territoire dexcellence environnementale de la Page 18/47

dchanges sur les nouveaux enjeux et actions innovantes dvelopper

Propositions de mesures pour le territoire dexcellence environnementale de

2. Un plan daction qui consolide et tend ce qui existe

Nanmoins dans le texte celles-ci sont rgulirement cites.

Propositions de mesures pour le territoire dexcellence environnementale de la Page 20/47

2.1. Prserver les eaux des substances indsirables

2.1.1. Diminuer la pollution organique

2.1.1.1. Mesures concernant lassainissement

Propositions de mesures pour le territoire dexcellence environnementale de

Propositions de mesures pour le territoire dexcellence environnementale de la Page 22/47

prennent pour quoi le cot de f onctionnement et dinvestissement soit

2.1.1. 1.2. Tr aitement des rejets des fr om ageries

Propositions de mesures pour le territoire dexcellence environnementale de

tion I.2 du contrat de territoire qui prvoit notam ment le renouvellement

2.1.1.2. Mesures concernant llevage

Propositions de mesures pour le territoire dexcellence environnementale de la Page 24/47

Deux opr ations pilotes ont vu le jour dans le dpartement du Doubs,

Un suivi des plans dpandage collective et individuel devrait tr e mis

Fdration dpartementale des coopratives fruitires

Propositions de mesures pour le territoire dexcellence environnementale de

Cet outil pourr ait se prsenter sous f or me de systme dinformation

Propositions de mesures pour le territoire dexcellence environnementale de la Page 26/47