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Bioqumica de Macromolculas
Bioqumica de Macromolculas
estudios recientes determinaron la relacin del dominio cataltico de la adenil ciclasa con el
dominio palm de la DNA polimerasa I (dos estructuras superponibles pero con escasa
similitud de secuencia). En ambas hay varias caractersticas conservadas ausentes en protenas
con el mismo motivo estructural. Ambas protenas catalizan reacciones distintas pero anlogas,
divergencia funcional tpica de protenas relacionadas distantemente. (2)
La frecuencia con la cual los residuos cambian en distintas posiciones es desigual. Es
mayor en la superficie y en los loops que conectan estructuras secundarias que en las posiciones
ms internas en el empaquetamiento. Este comportamiento de seleccin natural refleja severas
restricciones de variacin.
Si bien las protenas que han divergido an retienen la arquitectura y topologa de su
plegamiento ancestral, el plegamiento puede cambiar durante la evolucin. Pueden existir
distintos topoismeros en los cules los elementos de estructura secundaria son los mismos pero
alguno de los loops conectores estn arreglados de manera diferente. Como la contribucin a la
energa libre del estado plegado es pequea, la estabilidad de los topoismeros puede ser similar.
La conversin de uno a otro requiere de un unfolding parcial lo que establece una barrera
termodinmica y cintica a la topoisomerizacin espontnea. Estos ismeros de plegado nativo
son entonces trampas cinticas o estados metaestables en el proceso de plegamiento.(2)
Las globinas son una familia de protenas para las cuales muchas secuencias estn
disponibles, han surgido muy tempranamente en la evolucin y estn presentes en una variedad
de organismos, desde bacterias hasta el hombre. Dentro de las hemoglobinas (Hb), la de peces ha
divergido ms que la de los animales de respiracin area. Por superposicin de las estructuras
de Hb humana y de raya se ha visto que la estructura cuaternaria es altamente conservada entre
los vertebrados pero existen numerosas diferencias en los aa implicados en el sitio de captura de
O2.(1,3)
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Muchas veces dos protenas pueden presentar una estructura homloga sin haber tenido
un ancestro comn. Esto es, pueden llegar a solucionar un mecanismo particular con una
estructura similar por evolucin convergente. La estructura ClpP (componente proteoltico de la
proteasa Clp) es un ejemplo de este tipo de evolucin. En su estructura cuaternaria comparte la
arquitectura de barril similar a otras proteasas ATP-dependientes. En el sitio activo se encuentra
la trada cataltica presente en la quimotripsina y otras tres superfamilias de serin proteasas. A
pesar de estas similitudes el plegamiento de la subunidad de ClpP no muestra relacin con
ninguna proteasa de estructura conocida.(2)
Varias son las estructuras que se han analizado y el nmero aumenta a diario. Y con este
aumento surgen tambin nuevos mtodos de estudio para optimizar los ya existentes.
Los modelos probabilsticos que se arman para los estudios de evolucin por apilamiento
de secuencia se basan en la construccin de matrices de reemplazo para establecer las
comparaciones. Se asume que todos los sitios en una protena evolucionan independientemente
unos de otros y con la misma probabilidad. Pero esto es una limitacin en el estudio por lo que se
estn incorporando variaciones de sitios de residuos preferidos e incluso definiendo categoras
entre los sitios acordes con atributos fisicoqumicos (aa perifricos, hidrofobicidad, etc).(4,5)
Otros mtodos apuntan a investigar el uso de comparacin de la estructura secundaria
para discriminar entre protenas relacionadas y no relacionadas. Estos pueden proveer
informacin para la deteccin de protenas relacionadas tridimensionalmente con escasa
similitud de secuencia (entre 10%-30%).(6)
Y mientras intentamos aproximar y descubrir la forma en que la naturaleza sabiamente ha
actuado nos sorprendemos a cada paso. Muchos son los interrogantes que se plantean y que
quedan por responder para tratar de establecer las relaciones entre secuencia y estructura y entre
estructura y funcin. A partir de este entendimiento se anhela poder llegar a hacer predicciones a
partir de slo la secuencia de una protena desconocida, pero esta ya es otra historia...
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Referencias
1. Kyte, JacK. Structure in Protein Chemistry. Garland Publishing, New York &
London, 1995, 243-274.
2. Murzin, Alexey G. How far divergent evolution goes in proteins. Current Opinion
in Structural Biology 1998, 8: 380-387.
3. Yukie Naoi, Khoon Tee Chong, Kazuhiko Yoshimatsu, Gentaro Miyazaki, Jeremy R.
H. Tame, Sam-Yong Park, Shin-ichi Adachi y Hideki Morimoto. The functional
similarity and structural diversity of human and cartilaginous fish hemoglobins.
J. Mol. Biol 2001, 307, 259-270.
4. Thorne, Jeffrey L. Models of protein sequence evolution and their applications.
Current Opinion in Genetics & Development 2000, 10:602-605.
5. Chang, Belinda S.W. y Donoghue, Michael J. Recreating ancestral proteins. Tree
2000, 15: 109-114.
6. Geourjon, Combet, Blanchet y Delage Gilbert. Identification of related proteins
with werak sequence identity using secondary structure information. Protein
Science 2001, 10: 788-797.
7. Branden, Carl, Tooze, John. Introdution to Protein Structure. Garland Publishing,
USA 1991, 48, 238.