Delimitacin del pensamiento y la especie del rbol: directrices para la

taxonoma y terminologa filogentica

Resumen
Por tradicin, los rboles filogenticos se presentan de tal manera que taxones de
especies pobres se colocan en el lado izquierdo y su hermana ms diversa taxa a
la derecha (generalmente con los seres humanos en la extrema derecha). Esto a
menudo conduce al rbol de la lectura como una "escalera de progreso" de la
izquierda (supuestamente primitivo, basal o incluso ancestral) a derecha
(supuestamente avanzados, derivados, descendiente). Aunque biolgicamente y
lgicamente incorrecto y lament a menudo, la literatura evolutiva est repleta de
lenguaje perpeta este error filogentico. Asimismo, la divisin de uno en dos o
ms especies basadas en versiones diferentes del concepto de especie
filogentica ha encontrado recientemente un nmero creciente de adherentes,
dando por resultado, los ojos de muchos, en una banalizacin de la categora de
especie ("inflacin taxonmica"). Esta editorial brevemente resume estos
problemas filogenticos y taxonmicos y proporciona directrices para los autores
que presenten sus estudios a la biologa de mamferos con el fin de evitar errores
en discusiones filogenticas y hacer justicia a la naturaleza fundamental de la
especie en biologa.

Introduccin
Esta editorial est dirigido a autores presentar sus documentos para la biologa
mamfera. Recibimos un gran nmero de manuscritos relativos a las relaciones
filogenticas entre mamferos especies y/o la divisin y la descripcin de las
(nuevas) especies de mamferos. La mayora de estos trabajos son buenos
estudios, informes metodolgicamente anlisis y resultados y aprovechando las
conclusiones de ellos. Hay, sin embargo, incluso en buenos estudios, a menudo
muy determinadas deficiencias, errores o inconsistencias. Con respecto a
filogentica, que generalmente son el resultado de una interpretacin errnea de
los rboles como "escalas de progreso" que, posteriormente, filogenticamente
trminos inapropiados ("superior", "inferior", "basal" y "ancestral" grupos). En el
campo de la taxonoma y especies divisin/descripcin, las cosas estn ms
complicadas y menos sencillo, pero utilizando la monofilia/parafila del gen rboles
o simple proponrnoslo como especies criterios conducirn inevitablemente a la
inflacin (Isaac et al. 2004). Este tipo de taxonoma proliferacin no es
recomendable aqu y, al menos, los autores debern designar explcitamente los
criterios de status de la especie (es decir, el concepto de especie aprobada)
.Bothtopics son demasiado complejas para ser tratadas en detalle en una editorial

como este, y a continuacin slo algunos puntos generales y directrices. Ninguno

de los puntos aqu mencionados son novedosos (de rbol interpretacin, vea
Baumet cols. 2005; Omland et al. 2008; Incluso hay una muy similar editorial con
este, publicado por las mismas razones: Krell y Cranston 2004; para la especie, la
lista de las publicaciones no es infinita, vase Heller et al., 2013, 2014; Zachos et
al. 2013A, Zachos 2015, en prensa; para un punto de vista opuesto, ver Groves
2013; Cotterill et al. 2014). Sin embargo, los mismos temas y surgen
malentendidos una y otra vez y se perpetan en un nmero considerable de
documentos, por lo que se hace y el refuerzo de las directrices que figuran a
continuacin es an necesaria. Autores presentar filogentica y taxonmica
documentos para la biologa mamfera debe seguir siempre que sea posible.

Los rboles filogenticos y cmo no leer uno

Los rboles filogenticos representan las relaciones evolutivas entre especies. En
los cladogramas, la nica informacin transmitida es la topologa, es decir, la
sucesin de bifurcaciones acontecimientos con el resultado de un patrn de
relaciones. Otros tipos de rboles filogenticos tambin contienen informacin
sobre evolucin tasas (representado por rama longitudes, filogramas) o tiempo
absoluto (cronogramas). En cualquier caso, nunca hace una diferencia que los
taxones se dibuja en la parte derecha del rbol y que en la izquierda (y lo mismo
para la parte superior e inferior en horizontal rboles). Las relaciones (es decir, el
carcter reciente de antepasados comunes) son representados slo por la
sucesin de dividir los acontecimientos y, por lo tanto, en vertical rbol, slo el eje
y (tiempo) contiene informacin. El eje de las x no contiene informacin
direccional, es decir, si un grupo es ms basal o ancestral a otro! (En el plano
horizontal, que es al revs, pero slo me discutir vertical rboles como se muestra
en la Fig. 1). Los rboles filogenticos compuesto de ramificacin linajes, cada
nodo (a menos que se trate de un polytomy) da lugar a dos hermanas taxa.
Hermana taxones son, por definicin, de la misma edad, y ninguno de ellos puede
ser ms basales de o incluso ancestrales a los dems. Cual de los dos es
representado en el derecho y que en el lado izquierdo es irrelevante y slo es
cuestin de convencin o, tal vez, ms precisamente, de la tradicin. Este ltimo
tiene esa especie de linajes (o quienes fueron falsamente considerados ms
"primitivos") son por lo general se muestra en el lado izquierdo, la riqueza de
especies hermana taxa a la derecha ( "ladderize derecho" los rboles). Esto invita
a una idea muy extendida, es decir para leer o interpretar los rboles de "izquierda
a derecha" y a la conclusin de que hay un elemento de progreso de izquierda a
derecha cuando no hay los llamados "primitivo linaje falacia", Omland et al. 2008).
Todas las ramas pueden ser rotados en los nodos sin tener que cambiar la
topologa o cualquier otro contenido de la informacin del rbol. En consecuencia,

los tres rboles en la Fig. 1 En realidad son exactamente el mismo rbol, aunque
est claro que estamos ms acostumbrados a ver una versin de B o C.
Interpretar los rboles, las escaleras de progreso tambin introduce otro error
idiomtico: taxones no parten del rbol. Esto implicara un tronco, es decir, una
direccin principal del rbol (como en el famoso rbol de la vida de Ernst Haeckel).
Como un tronco, sin embargo, no existe; todas las posibles trayectorias de la raz
del rbol, a cualquiera de sus consejos son equivalentes. Slo hay sucursales en
grupos hermanos), sin bifurcaciones. En las palabras de Omland et al (2008, pg.
863): "indicando que es el linaje de "rama" se necesita una referencia fija que
define dnde evolucin es partida" - una clara longoutdated vista de la evolucin
como una determinada "ortognesis") como consecuencia de ello, no terminal
taxn en un rbol filogentico (cladograma, filograma, cronograma) puede ser
basales (basal a lo que de todos modos? Es tan "lejos" de su ancestro como su
grupo hermano). Basal especies existen, pero no en las puntas de los rboles, son
de orden interno ancestral o tallo especie (ver crculos 1 y 2 en la Fig. 1). La
primera escisin en la Fig. 1 Es en realidad ms basal (anterior) a split 2, pero
aparte de este contexto especfico no hay uso de la expresin basal cuando se
describe un rbol. Tampoco pueden los taxones como todo un ser primitivo,
plesiom, avanzada, progresiva o apomorphic; estos trminos se aplican a los
personajes y sus diferentes estados, especies y otros taxa son siempre una
amalgama de plesiomorphies y apomorf s. Los ornitorrincos, considerado a
veces como el archetypically primitivos mamferos (despus de todo, se pone sus
huevos) es en realidad muy derivado respecto a una serie de caracteres (el
proyecto de ley con su electroreception y veneno espuela, por citar solo los dos
ms evidentes) (vase Omland et al. 2008 Para una bsqueda en la web de el
ornitorrinco como primitivo). Con la posible excepcin de supervivencia de
especies (un tema tan polmico en filogenia), no existiendo taxn puede ser
ancestral a otro. Como Omland et al. (2008) sealan acertadamente, las filogenias
de existentes (tal vez mejor: terminal) de las especies "mostrar "evolutivo primo"
las relaciones y no debe implicar una especie es ms primitivo, mientras que el
otro es ms avanzada" (p. 856; Ilustrar esto con un rbol genealgico de la familia
Kennedy). An as, la evolutiva y filogentica literatura rebosa de estos
biolgicamente incorrectos expresiones. Omland et al. (2008), dar ejemplos de los
cuales especies de mamferos que se encuentran para ser llamados primitivos
(inesperadamente, la zarigeya, los monotremas australianos, musaraas y
tenrecs ocupa el primer lugar). Esta cita del Ingls Wikipedia sitio de mamferos
(https://en.wikipedia.org/ wiki/mamfero, a las que se accede en 4 2015 Octubre,
cursiva aadida): "Las relaciones entre estos tres linajes es polmico, y tres se
han propuesto distintas hiptesis con respecto a qu grupo es basal con respecto
a otros placentals. Estas hiptesis son Atlantogenata (basal Boreoeutheria),
Epitheria basal (Xenarthra), y E

hiptesis son Atlantogenata (Boreoeutheria basal), Epitheria (Xenarthra basal) y

Exafroplacentalia (basal Afrotheria)." La entrada entera "Basales (filogenia)"
(https://en.wikipedia.org/ wiki Basal (filogenia), consultado el 05 de octubre de
2015) es an ms revelador, traicionando a graves errores de la teora
filogentica. La informacin slo direccional de rboles es el eje del tiempo y a lo
largo de varias trayectorias de estado de carcter de plesiomorphic a apomorphic
(si estos Estados se representan grficamente en el rbol), pero estos ltimos
formarn diferentes lneas en zigzag en el rbol debido a la evolucin del mosaico,
en lugar de una sola lnea recta. La razn de que la "falacia del primitivo linaje" y la
lectura rboles como escaleras de progreso es tan extendido es sin duda una
reliquia de un concepto una vez popular entre filsofos naturales, la scala naturae
o gran cadena del ser (Lovejoy 1936), la idea de que todo lo que existe se
puede organizar en un esquema jerrquico de menor (objetos inanimados) a
travs de todas las clases de seres vivos a ms alta (Dios). Ni que decir, los seres
humanos fila ms alta entre los seres vivos terrestres. Lenguaje que hace
referencia (probablemente a menudo inconscientemente) a este concepto
(trminos como superior e inferior, basal, primitiva, etc.) impregna la literatura
evolutiva (vase ms arriba y Rigato y Minelli 2013). Mientras que por supuesto es
creciente complejidad en muchos linajes (apenas como hay complejidad
decreciente), el progreso es una ilusin de la mente humana! Ms de 150 aos
despus del origen de las especies es, por fin, tiempo para abandonar estas
nociones pre-evolutivas y purgar nuestro lenguaje cientfico de cualquier
terminologa los perpetuando.
Divisin de especies y la descripcin de nuevas especies
Delimitacin de las especies, en particular la divisin de uno en dos o ms
especies y el (con frecuencia) subyace la idea de proponrnoslo versin dela
Filogentico concepto de especie(haber sido puesto), ha sido recientemente un
tema tan debatido en los mamferos taxonoma (vanse las referencias
anteriormente; Zachos en prensa presenta una sntesis y un amplio debate).
Aparte de argumentos tericos, conservacin corolarios (caracterizado por el ttulo
de "las especies y la aparente" de un relleno naturaleza con motivo del
tricentenario de Lineo y Marris 2007) tambin han sido ampliamente discutidas en
el seno y, por supuesto, con conclusiones diferentes (p. ej. Agapow et al. 2004;
Frankham et al. 2012; Gippoliti y Olivares 2012; Zachos et al. 2013B). La situacin
con delimitacin de las especies es mucho ms compleja que la interpretacin de
los rboles filogenticos, principalmente debido a que la lectura los rboles, las
escaleras del progreso est equivocado, mientras que las especies delimitacin es
mucho ms de una zona gris. Porque los 27 o as conceptos de especies se basan
en caractersticas biolgicas (como interfecundidad, monofilia, compatibilidad

gentica y aislamiento, nichos ecolgicos y muchos ms), ninguno de ellos puede

estar mal en una forma lgica (Zachos en prensa). Es ms bien una cuestin de si
stos son apropiados, viables y coherentes, que por supuesto deja mucho ms
espacio de opinin subjetiva y de la interpretacin. En ltima instancia, todas las
especies conceptos denotan poblacin linajes a cierto nivel o en el rbol de la
vida, que es la razn por la que la evolucin concepto de especie o definiciones
relacionadas a menudo se considera como la principal especie concepto, mientras
que todos los otros de los llamados conceptos de especies son bastante especie
secundaria criterios de identificacin. No voy a entrar en ms detalles, sino que se
refiere al lector a la literatura citada y sus referencias. En este contexto,
introduciendo normas precisas sobre cundo permitir a las especies y/o la
descripcin de una nueva especie sera editorial censura. Las pautas que se
indican a continuacin en la medida en que se refieren a taxonoma debe por lo
tanto ser consideradas como recomendaciones, pero graves, como las especies
dividir ser objeto de un examen atento por los dos rbitros y editores.

Directrices prcticas para filogenticas y taxonmicas papeles en biologa

mamfera
No presente los rboles filogenticos como "escalas de progreso". En particular,
se abstendrn de utilizar trminos como "superior" y "bajar" al referirse a los taxa.
Evite lenguaje que trata los rboles filogenticos como de "tronco" - los rboles
son sucesiones de ramificacin, y en cada uno de esos caso dos equivalente
hermana linajes. No hay ninguna direccin, ni tampoco es ninguna de las dos
hermanas linajes ms basal o ms avanzados, primitivas o progresivo, etc. que el
otro! En otras palabras: no hay sucursales, pero no las bifurcaciones "off" de un
supuesto tronco de un rbol filogentico.
No tratar cualquier terminal taxn como ancestral a otro.
Los trminos plesiom y apomorphic, as como expresiones relacionadas
(primitivas, derivadas, advanced, etc. ) slo son aplicables a los personajes y
caracteres los estados, no a los taxa. Taxa siempre combinar plesiom y
apomorphic rasgos (excepto para madre hipotticas especies que, por definicin,
la falta exclusiva apomorf s).
Para describir y/o fraccionamiento especies hacen referencia explcita a la
concepto de especie se basa su decisin y explicar (en funcin de los datos) por
qu se tiene en cuenta el nivel de distincin suficiente para reconocimiento
taxonmico a nivel de especie.

 Las especies son tan importantes y fundamentales que no deben ser

introducidas por descuido. Descripcin de la especie y la divisin basada en
superficial los datos como, por ejemplo, la sencilla las diferencias morfom ricas
(incluyendo los que son estadsticamente significativos), valores arbitrarios de
distancia gentica o las relaciones filogenticas de limitada molecular datasets (de
un solo locus anlisis, particularmente adnmt) se recomienda su uso. Todos estos
pueden servir para apoyar conclusiones derivadas de ms apropiado los datasets,
pero no son suficientes por s solos.
En el caso de poblaciones aloptricas, divergencia (por ej., distancia gentica)
similar a la que knownfromsympatric especie hermana es no solo un argumento
para separar las especies como se supone errneamente idnticos procesos
evolutivos en simpatra y alopatria (vase, por ejemplo, Zachos en prensa y
referencias).