Biologie moléculaire - Chapitre 1

STRUCTURE ET DIVERSITE DES ACIDES NUCLEIQUES
Découverte de la structure de l’ADN en 53 par un microbiologiste Watson
et F. kriks un chimiste, grâce a diffraction des RX.
1955 : découverte de l’insuline.
Grace aux bactériologistes: essor de la bio mol.
Application moderne : génomique : génome est supporté par un mol
unique: l’ADN. Séquençage permet de connaitre les message génétique.
Bio mol : grâce a la découverte de l’ADN (acide désoxyribonucléique.)n car
découverte dans noyau des cellules. Substance découverte par un
biologiste suisse, quand faisait étude sur cellule du cul. Il a découvert la
nucléine capable de se fixer sur des éléments.
Microbiologie 1920, la génétique a commencé par les microbes, cela a
permit une découverte fondamentale l’ADN support de l’info génétique
1940 -70 pour découvrir tout le fonctionnement de l’appareil génétique,
plus tard le projet génome humain et s’est fini en 2004.
1) La diversité de fonction des acides nucléiques
Micher a découvert 1858 : acides nucléiques.
Acide nucléique = macromolécules, on les mesure en KDa, et en
fonction de leur taille, pas par leur poids. On interprète la taille par le
nombre de monomères, c.à.d. le nombre de nucléotides.
Diversité fonctionnel : grâce à la microbiologie en 29 griffite qui travaillait
sur les pneumocoques, coque qui permet de résister au milieu extérieur,
inflammation pneumonie mortelle ? 8’ bactérie petite tache de bougie,
pneumocoques normaux sauvage vont entrainé mort de la cellules par
pneumonies, ceux-ci vont être appelé cellule S (Smouth), mais les mutant
R (rough) n’entraine pas la mort, car dépourvu du gène cap S qui entraine
la formation de la capsule, coque normal, va donner des bactéries non
pathogènes, on aura des colonie rugueuse. Si on mélange R et S (tué,
détruite par la chaleur), il a obtenu transformation des bactéries R en S.
phénotype mutant donne phénotype normal. Quelque chose transmit de S
vers R.
Quand on soumet le mélange de bactérie S et R avec des protéases, le
principes de transformation observé, en traitant avec les glycolase,
principe de différenciation conservé. Par contre si on traité mélange par
DNase : la transformation n’était plus possible, donc on en a conclut que
l’ADN était le support de l’info génétique
Le phénotype gouverné par le génotype.
ADN support de l’info génétique mais pas chez toutes les espèces,
chez d’autres c’est ARN.
Pour faire fonctionner ADN entre 53 et 70, le mécanisme de transmission
de l’info génétique est découvert. ADN recopié a l’identique lors de la
mitose = réplication de l’ADN, une cellule mère donne 2 cellules filles à
l’identique, stock d’ADN doublé.
L’ADN qui reste dans le noyau va entrainer des petites copies de l’info
génétique qui vont s’appeler des ARNm, mol de taille + petite qui vont

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mais pas la plus longue de toutes les espèces. L’ADN principal de nos cellules : l’ADN nucléaire : mol très longue. Ribose et furane ont 5 atomes de carbones.Biologie moléculaire . La quantité d’ADN de nos cellules pas grand-chose 5 picogramme une cellule. avantage 1/8 . 10^12g d’ADN dans cellules.+ un sucre . L’ester formé va se faire au dépend du C5. et O mobile donc mol acide. (60’s). 3 milliard de nucléotides. pK = 3 ou 4 donc acide. (68) on découvre la traduction. ARNm : fonction de ces molécules (messager) ARNr : permet fonctionnement des ribosomes ARNt : ribosome de transfert apport de protéine sur ribosomes ARNmi : microARN qui permettent de réguler la traduction Joue rôle dans transmission de l’info génétique du noyau vers le cytoplasme pour exprimer le fonctionnement. ADN = macromolécule. ce qui fait que la molécule a une L d’1m de long environ. Base + sucre = nucléoside Nucléoside + liaison ester Pate = nucléotide. ceci avec 3 H+.+ de l’acide Phosphorique. ADN riche en charge -. Important le carbone 1 (ribose) que va se faire la liaison covalente avec la base. ARNm permet le codage en synthèse de protéine. donc ADN + stable que l’ARN.Chapitre 1 sortir du noyau = transcription. c’est un tri acide. Atome de phosphore essaye d’équilibrer ses électrons périphériques. C‘est une molécule acide car très riche en acide phosphorique. Assemblage d’unité de base qui sont des Nt. Dans ADN. acide faible utilisé sous forme ester phosphate dans de nombreux composant de la cellule. l’un des composant principaux du coca : H3PO4. d’autres espèces ont plus long. ce sera une liaison N-osidique. cela permet d’entrer des charges négatives. O chargé légèrement négativement. cette ficelle d’ADN va être recroquevillée pour rentrer dans une petite sphère qui fait 6 microns de diam. qui est un maillot à 3 pièces qui a 3 constituant de base différent : . 2) La structure de l’ADN Monomère de base qui est un nucléotide. Dans l’ADN le ribose va devenir désoxyribose en éliminant l’oxygène en C2. ARN plus sensible chimiquement a des hydrolyses que l’ADN. élimination d’une mol d’H20. Fonction alcool réagit avec la fonction acide de l’acide phosphorique. Le sucre est le désoxyribose dans le cas de l’ADN. Avant les cellules n‘utilisaient que l’ARN. son pK est moins acide que les acides fort.une base : purique ou pyrimidique .

) La cytosine © : 2.4 dioxo 5 methyl pyrimidine. contenu en Energie libre élevé.4 dioxo pyrimidine formation de double liaison O. Doubles liaisons au niveau de P instable. c’est par le N1 que se fait la liaison au sucre. l’uracile plus fragile aux mutations que la thymine. pareil pour le u… UMP. 2 types de nucléotides : L’adénine (A) : découvert dans le ganglion 6NH2 purine Guanine (G): 2 amino 6 oxy purine.Purine : noyau pyrimidine + cycle à 5 sommets. Composition en base connu des les 50’s mais pour la structure + difficile car pour connaitre assemblage des molécules de base. c’est par l’intermédiaire du N9 que va se faire la liaison osidique. AMP = acide adénylique. Nt permet d’autres fonctoin cellulaires a l’état isolé : Nucléotide qui contient de l’adénine. au 4 on a un NH2 donc fonction amine. a partir de ce noyau. liaison covalente très solide. (dioxo. de nombreux constituants vont se fixer Il existe 3 types de base pyrimidique : L’uracile (U) 2.Biologie moléculaire . 3 milliard de lettres chez l’homme. L’uracile + le sucre = uridine le Nt = UMP Cytosine + sucre = cytidine le Nt = CMP Thymine + sucre = thymidine le Nt = dTMP Adénine + sucre = Adénosine le Nt = AMP Guanine + sucre = Guanosine le Nt = GMP Nucléotides vont se former par l’accrochage donc de la fonction ester en 5‘. (=5méthyl uracile) U et C sont les 2 que l’on trouve dans l’ARN. et l’E de l’acide phosphorique est basse donc libération d’E. il est plus fragile.Chapitre 1 évolutif. la seule technique 1/8 . la fonctoin acide de l’H3PO4 va s’accrocher et on aura des charges -. La thymine (T) : la 2. .. Elimination d’une molécule d’eau. Dans l’ADN on trouve la C et T. comme ARN a propriété d’autocatalyse. (adénosine monophosphate) si on rajoute Pate ADP ATP. ADN sous forme de succession de lettres. donc la nature a inventé un dérivé de l’uracile qui est la thymine.Pyrimidine : (6 sommets. au fur et a mesure de l’évolution. pour qu’E libre diminue. accrochage par un azote (N). Les bases : vont s’accrocher au niveau du C1 du ribose. oxy. élimination d’une molécule d’eau. 2 bases pour créer 2 nucléotides différents dans l’ADN et l’ARN. Quand on forme un nucléoside (2 pièces : sucre + base). 4 amino. Quand on libère de l’acide phosphorique on recrée stabilité complète de la molécule. C A T G. . il faut qu’elle s’hydrolyse. On les retrouve dans tous les acides nucléique ADN et ARN. ADN a un désoxyribose moins fragile que le ribose de l’ARN. et dans ARN T remplacé par U. on peut l’appeler l’AMP.

Ces liaisons H. 1 nucléotide sous forme d’ester Pate qui se forme au dépend de la fonction OH en 5’Pate.Biologie moléculaire . Les 2 chaines se réunissent pour former une échelle. cet appariement des 2 chaines se fait de tête bèches. le message génétique s’écrit de l’extrémité 5’ a l’extrémité 3’. il faut immobiliser la molécule. La liaison des bases se fait par des liaisons H. et il y en a dans les bases. le pas de l’hélice est de 3.H vont stabiliser la double hélice. Plateau des bases perpendiculaires à l’axe de hélice. avec des dimensions selon son axe.34 nm. Quand on arrive à cette déshydration. Le diamètre de l’hélice varie : type B diamètre de 2 nm. un seul atome de phosphore va donner 2 fonctions acides pour former un di ester. La molécule d’ADN est une mol linéaire constituée de l’assemblage successif. Montant de l’échelle sont les liaisons sucre-Pate. se stabiliser sur les liaisons chimiques. Dans l’ADN.Chapitre 1 possible est la diffraction au RX. Les barreaux de l’échelle sont caractérisés par les bases. la mol va s’accrocher. On a une chaine poly nucléotidique. 5’ phosphodiester. On distingue un 1/8 . donc une base va être un donneur d’H. Si on fait bouillir l’ADN on va séparer les 2 chaines. La double hélice va être tordue selon son axe longitudinal. qui s’accroche par liaisons phospho di ester. qui sont des liaisons faibles qu’on appelle des liaisons H. de liaison ester Pate. 1ere étape difficile pour photographie. distribuées à partir d’une seule molécule d’acide phosphorique. Extrémité 3’OH. L. Acide phosphorique va former liaison par d’une de ces fonction acide en 3’. liaison d’E faible. élimination d’une molécule d’H20 entre la fonction hydroxyle et une des fonction acide de l’acide phosphorique. ADN a structure de double hélice. et cette mol va donner un spectre de diffraction. et A sera toujours apparié avec une T (2 liaisons H) et la C avec G (3 liaison H). et l’autre de 3’ vers 5’. il y a 2 chaines poly nucléotidiques qui vont s’appariées l’une de l’autre. c’est la distance longitudinal correspondant a 1 tour d’hélice. donc ce sont des liaisons 3’. Elle est dissymétrique par rapport à son axe. L’extrémité 5’ de la liaison est antiparallèle à l’autre chaine.. permet de ranger 10 paire de base.5 chez l’homme. H va être attiré par le coté électronégatif de l’atome accepteur de l’atome d’O. Dimensions : Un brin de 5’ vers 3’. Base quasiment perpendiculaire à l’axe de l’hélice. Entre 2 base 0. ADN = polymère qui résulte de l’association de 2 polymères. ou 10 nucléotides. Rapport AT / CG = 1. On calcule la L de l’ADN selon son nombre de nucléotides.4 nm. 1 avec le 3’ et une fonction ester avec une fonction acide de l’acide phosphorique. et donc il faut la déshydration pour obtenir un cristal de mol. 2 chaines polymériques ensemble 1 chaine = association covalente d’un grand nombre de nucléotides entre eux. il faut connaître le principe : les liaisons H va avoir un donneur d’H comme NH.

. elle est plus étiré.023) quand on l’applique a l’hydrogène = 1 gramme. On peut imaginer qu’il y a des zones appariées en hélices mais le reste de la structure est globalement pas apparié.5. 3) Structure des ARN Pas de structure régulière en double hélice. mais par contre les 2 messages génétiques sont différents.6 nm.Biologie moléculaire . On en trouve de type A court et trapu (pas de l’hélice 2. Les ARNm qui transmettent l’info génétique à la production de protéine. Structure plus fragile. ADN se mesure en Nt. par contre le rapport A+T/ C+G. Milliers de fois plus gros qu’un atome d’H. dépend de taille des gènes de 1000 a 10 000Nt. et le nombre de paire de base est de 12. Mensurations d’une molécule d’ADN retenir la structure de type A. Inclinaison des paires des bases environ 90° (6° d’écart) Longueur de l’ADN humain 3 milliard de Nt. 1/8 . cela fait un mètre (0. quand on dose l’Adénine on aura autant de thymine. on peut avoir structure tige tige boucle. l’épithélium intestinal surtout et les cellules souches précurseurs des GR et GB de notre sang. La proportion.) 3 milliards de paires de bases. (muguet 78Gbases) On a 2 génomes. il est de l’ordre de 1. Pas de structure en double hélice. région chromosomique) diamètre 1.5nm et le nombre de paire de base par tour est de 11. il y a donc plus de A et T. 4) Métabolisme des acides nucléiques : C’est l’ensemble des modifications chimiques qui permettent de créer des acides nucléiques et de les détruire. ARN les plus abondant de la cellule sont ceux des ribosomes. pareil pour la guanine et cytosine. Nt environ 350Da. Les ARN peuvent former des appareils de structure 2ndaire. très important aux fonctions du ribosome 80% (120Nt a 4700Nt) 15% pour les ARNt (100aine de Nt) rôle d’adaptateur pour amener les AA sur les ribosomes. les tissus les plus sujets a un renouvellement est la peau. Sont les ARNmi (20 a 30Nt). ou en forme d’épine à cheveux. Message génétique de la 2e chaine respecte les règles d’appariement. sans le savoir on renouvelle 1kg de la masse corporelle. diam de 2.8nm et le pas de l’hélice est de 4. rôle de transcription et traduction. Les messages sont donc complémentaires. Masse moléculaire s’exprime en dalton : nombre de molécule par mol : masse d’une mol (6. 2 sillon selon la façon dont la double hélice se tord sur son axe. Structure non régulière. donc 2m car génome maternel et paternel. ils se détruisent très vite. Et structure de type Z étiré et mince (site de recombinaison génétique à chromosome.34nm x 3 milliard.5 nm. base inclinée par rapport à l’axe de l’hélice.Chapitre 1 grand sillon et un petit sillon. Chaque jour. ARNsn ARNnc : non codant: dont les plus imp. Adn court et trapu.

) 2 pate réunis par groupement phospho anhydride. Plusieurs réaction successives :synthèses a partir de mol très simple de ces noyaux soit pyrimidine et purines : Biosynthèse de novo des pyrimidines: cellules pour fabriquer noyau pyrimidine a besoin d’atomes C et N. une cellule mère va donner 2 cellules filles.Chapitre 1 La mitose. notre propre ADN va être en morceau et on va récupérer cet ADN pour recréer de l’ADN neuf. on utilise les phospho rybosyl transférase. Selon qu’il s’agit de pyrimidine ou purine utilise 2 types d’enzymes. . par contre on peut récupérer des bases dans les voies de récupération. H3PO4 est dispo par l’alimentation. le plus d’énergie est pour synthétiser la base. entre 5 et 7 mol d’ATP dans cette synthèse. donc doit créer une autre mol d’ADN. 1) Dans première réactions : condense carbonate CO2 avec la glutamine (donneur d’azote) pour former du carbanyl Pate en présence d’ATP. On utilise le Phospho rybosyl pyro Pate (PRPP) : ajoute le ribose et l’acide phosphorique obtention d’AMP et GMP. etc. pour former le noyau. a partir de mol qui sont des AA ou du gaz carbonique apporter sous forme de carbonate dans les cellules. Tout le long on consomme de l’E. On transforme le glucose en ribose. Si cellule a pas assez de ce recyclage des bases. complexe et différente selon qu’il faut synthétiser des pyrimidines et des uridines. Le plus difficile ce sont les bases. il faudra fabriquer avec un rythme plus important. il va falloir donc une voie de NOVO synthèse a neuf des bases. N.Biologie moléculaire . Pour les purines: au lieu d’utiliser le sucre et la base d’emblée. pour les pyrimidines. bases peuvent être tiré de l’alimentation comme reprendre de l’ADN dans la viande par ex qui va coupé l’ADN grâce a des nucléases.Voie de récup : sans le savoir on renouvelle 100 a 200g de l’épithélium intestinal. Imp est de voir que d’emblée pièce rapproché grâce a phosphorylase qui vont ajouté sucre phosphorylé sur la base.4 di oxo 6 carboxy pyrimidique = Orotate 1/8 . on utilise que la base. (pyro car quand libère 2 H3PO4 génère du feu. PRPP : activé : on a PR 1’ pyro Pate: quand on libère 2 mol d’acide phosphorique. La voie de récupération consomme moins d’énergie environ 5 à 6 moins d’énergie que la voie de NOVO. a partir de l’alimentation. on fait partir le groupement pyro pate qui libère de l’E et on ajoute la base au niveau du 1’ donneur de ribose. nos cellules font des économies car pour synthétiser un nucléotide. 2) carbanyl se condense avec AA (aspartate) pour donner 1er cycle pyrimidique qui va être une pyrimidine pas utiliser dans les acides nucléique : acide orotique: 2. ATP sert de donneur de groupement Pate pour obtenir un Nt a partir d’un nucléoside. on récupère le nucléoside et on accroche l’acide phosphorique. APRM adénine phospho ribosyl transférase et GPRT. en fait le principe est de fabriquer une base par ex d’un noyau pyrimidine apporté O. il y a des nucléosides kinase. - Voie de NOVO : synthèse endogène nécessite plus d’E.

Réaction imp. utilisation de plusieurs mol d’ATP. Et tout cela consomme de l’ATP.Biologie moléculaire . si on inhibe le 1er on fait faire des économies a la cellule. Régulation des activités des enzymes : Les produits finaux vont inhiber le 1er enzyme. Car elle utilise une vitamine sous forme de dérivé qui est l’acide pholique B9 : favorise renouvellement des cellules. Voie DE NOVO utile lors d’un emballement cellulaire comme après un coup de soleil ou infection intestinale. On transforme O en fonction amine : AMP et toujours a partir de l’IMP on forme du GMP. ou des 3’ exo nucléases. La dégradation des nucléotides : le catabolisme et leur fonctionnement. qui vont inhiber le 1er enzyme qui commande la biosynthèse. Mol qui contribue a apporter atome : glycine. CO2. clive liaisons phospho diester a l’intérieur du nucléotide. glutaminotransferase 8’ On consomme environ 5 a 7 ATP pour créer ces Nt. . l’acide aspartique. Différentes enzymes vont dégrader les acides nucléiques par des nucléases. en molécules simples dégradés par la cellule. les Nt pyrimidiques vont être dégradé en pièces détachés. Principe : Ex AMP. les produits finaux sont les Nt. 5 mol d’ATP consommé pour cette synthèse Biosynthèse de novo des purines : On a davantage de pièce détaché par noyau plus complexe car constitué de 9 atomes constitutif. Base qui donne inosine appellation du nucléoside qui résulte d’une base l’hypoxantine (6 oxo purine) accroché a une base. le donneur est un donneur de méthylène qui est greffé et en s’ajoutant a l’atome d’H va former un groupement CH3. 1) régule la biosynthèse : incorporation d’emblée du PRPP (ribose activé par acide phosphorique) qui en présence de glutamine va donner de la phosphorybosylamine.les éxonuclases (exo = extérieur) il existe des 5’ exo nucléases. 4) OMP subit décarboxylation pour donner l’UMP (perte de gaz carbonique) 5) 2 autre modification chimique de l’UMP pour produire de la CMP et de la TMP (formé a partir du dUMP par une réaction de méthylation. Il existe 2 catégories de nucléases : . 2) Succession d’étape qui vont incorporer soit atope d’N ou C pour former hétérocylcique purique.les endonucléases.Chapitre 1 3) incorporation de la combinaison du sucre et ribose PRPP pour former l’OMP. dans le cas des purines le 1/8 . vont cliver les liaisons phospho diester. qui enlève un a un les acide nucléiques. 3) Au bout de ces différentes étapes on abouti a un Nt qui est l’IMP : inosine mono phosphate. et vitamine B9 = pholique. l’organisme ne peut plus s’approvisionner des pièces détachées dans l’alimentation donc active la voie de synthèse De novo. la synthèse de novo des pyrimidines.

(comme le cholestérol). on risque d’avoir un excès d’acide urique.8 tri oxopurine). on aura donc une Xanthine 2. qui vont se bloquer des les uretères. plusieurs formes d’expression souvent retard mental ou troubles du comportement. comportement auto destructeur.Chapitre 1 noyau purine est la 2e mol organique chez l’homme qui ne peut pas être dégrader (diviser en morceau…).6 di oxy purine. L’acide urique va être un produit de catabolisme et devra être dégradé dans l’urine. Maladie génétique lié au mode récessif lié a l’X.Biologie moléculaire . dépôt de cholestérol sur la paroi des artère (artère peut se boucher). on libère le sucre : le ribose 1Pate et une base qui sera l’hypoxantine (6oxo purine) 4) puis l’hypoxantine subit l’action d’une xantine oxydase. elle ne peut pas être cliver en ses atomes constitutifs. va inhiber la xanthine purinase (avant dernier étape). pathologique. Le syndrome de Lesh nyahan (30’). précipitation d’acide urique dans le liquide articulaire. Parallèlement au hypercholestérolémie. elle précipite sous forme de cristaux. Les oiseaux éliminent par l’acide urique et non par l’urée. il va donc générer un peu plus d’acide urique. Acide urique solide. Avantage de l’acide urique = piégeur de radicaux oxydant : elle est donc anti oxydante. emballement de la synthèse. et d’être en équilibre très léger avec le H+. Mais si on en a trop. Cette mol est un peu plus soluble. si on n’élimine pas assez d’acide urique. Mutation de l’HGPRT. et donc un excès d’acide urique (colique d’acide urique dans les urines). 1) AMP on a une nucléotidase qui va donné la libération de l’adénosine (adénine + sucre) et du phosphate inorganique. capable de dissocier. peut monter jusqu'à 40 selon la masse musculaire. coliques. on a des cristaux. avec ses atomes d’O mais aussi grâce a ses doubles liaisons qui va donner un caractère acide à ses doubles liaison = acide urique. donc le noyau purine doit être éliminer. 3) puis une nucléosine phosphorylase. Acide urique peu soluble dans l’eau. 5) enfin on obtiendra l’acide urique (2. peuvent être dégradées en ses différents constituants. surcharge = dépôt. donc baisse de synthèse des Nt purique dans la cellule. capable de porte une capacité négative. 6 . 1/8 . Les oiseaux ne consomme pas d’eau car n’en élimine pas. 2) puis on a une désaminase qui va transformer adénine en 6oxo va donné l’inosine. donc la cellule va comprendre qu’elle a besoin d’en synthétiser. donc on a une inflammation = goutte (excès alimentaire) Taux moyen de l’acide urique est de 25 mg/L. urée soluble. se caractérise par une goutte chez un nouveau né. crise de la goutte douloureuse. Limitation de l’acide urique : médicament :Allopurinol. Les bases pyrimidiques.

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