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Biologie molculaire - Chapitre 1

STRUCTURE ET DIVERSITE DES ACIDES NUCLEIQUES


Dcouverte de la structure de lADN en 53 par un microbiologiste Watson
et F. kriks un chimiste, grce a diffraction des RX.
1955 : dcouverte de linsuline.
Grace aux bactriologistes: essor de la bio mol.
Application moderne : gnomique : gnome est support par un mol
unique: lADN. Squenage permet de connaitre les message gntique.
Bio mol : grce a la dcouverte de lADN (acide dsoxyribonuclique.)n car
dcouverte dans noyau des cellules. Substance dcouverte par un
biologiste suisse, quand faisait tude sur cellule du cul. Il a dcouvert la
nucline capable de se fixer sur des lments.
Microbiologie 1920, la gntique a commenc par les microbes, cela a
permit une dcouverte fondamentale lADN support de linfo gntique
1940 -70 pour dcouvrir tout le fonctionnement de lappareil gntique,
plus tard le projet gnome humain et sest fini en 2004.
1) La diversit de fonction des acides nucliques
Micher a dcouvert 1858 : acides nucliques.
Acide nuclique = macromolcules, on les mesure en KDa, et en
fonction de leur taille, pas par leur poids. On interprte la taille par le
nombre de monomres, c..d. le nombre de nuclotides.
Diversit fonctionnel : grce la microbiologie en 29 griffite qui travaillait
sur les pneumocoques, coque qui permet de rsister au milieu extrieur,
inflammation pneumonie mortelle ? 8 bactrie petite tache de bougie,
pneumocoques normaux sauvage vont entrain mort de la cellules par
pneumonies, ceux-ci vont tre appel cellule S (Smouth), mais les mutant
R (rough) nentraine pas la mort, car dpourvu du gne cap S qui entraine
la formation de la capsule, coque normal, va donner des bactries non
pathognes, on aura des colonie rugueuse. Si on mlange R et S (tu,
dtruite par la chaleur), il a obtenu transformation des bactries R en S.
phnotype mutant donne phnotype normal. Quelque chose transmit de S
vers R.
Quand on soumet le mlange de bactrie S et R avec des protases, le
principes de transformation observ, en traitant avec les glycolase,
principe de diffrenciation conserv. Par contre si on trait mlange par
DNase : la transformation ntait plus possible, donc on en a conclut que
lADN tait le support de linfo gntique
Le phnotype gouvern par le gnotype.
ADN support de linfo gntique mais pas chez toutes les espces,
chez dautres cest ARN.
Pour faire fonctionner ADN entre 53 et 70, le mcanisme de transmission
de linfo gntique est dcouvert. ADN recopi a lidentique lors de la
mitose = rplication de lADN, une cellule mre donne 2 cellules filles
lidentique, stock dADN doubl.
LADN qui reste dans le noyau va entrainer des petites copies de linfo
gntique qui vont sappeler des ARNm, mol de taille + petite qui vont

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sortir du noyau = transcription. (60s). (68) on dcouvre la traduction,


ARNm permet le codage en synthse de protine.
ARNm : fonction de ces molcules (messager)
ARNr : permet fonctionnement des ribosomes
ARNt : ribosome de transfert apport de protine sur ribosomes
ARNmi : microARN qui permettent de rguler la traduction
Joue rle dans transmission de linfo gntique du noyau vers le
cytoplasme pour exprimer le fonctionnement.
ADN = macromolcule. LADN principal de nos cellules : lADN
nuclaire : mol trs longue, mais pas la plus longue de toutes les
espces, dautres espces ont plus long. 3 milliard de nuclotides, ce
qui fait que la molcule a une L d1m de long environ, cette ficelle dADN
va tre recroqueville pour rentrer dans une petite sphre qui fait 6
microns de diam.
La quantit dADN de nos cellules pas grand-chose 5 picogramme une
cellule, 10^12g dADN dans cellules.
Assemblage dunit de base qui sont des Nt.
Cest une molcule acide car trs riche en acide phosphorique, lun
des composant principaux du coca : H3PO4, acide faible utilis sous
forme ester phosphate dans de nombreux composant de la cellule. Atome
de phosphore essaye dquilibrer ses lectrons priphriques, et O mobile
donc mol acide, O charg lgrement ngativement, ceci avec 3 H+. cest
un tri acide, son pK est moins acide que les acides fort, pK = 3 ou 4 donc
acide.
Dans ADN, cela permet dentrer des charges ngatives. ADN riche en
charge -.
2) La structure de lADN
Monomre de base qui est un nuclotide, qui est un maillot 3 pices qui
a 3 constituant de base diffrent :
- une base : purique ou pyrimidique
- + un sucre
- + de lacide Phosphorique.
Base + sucre = nucloside
Nucloside + liaison ester Pate = nuclotide.
Le sucre est le dsoxyribose dans le cas de lADN.
Ribose et furane ont 5 atomes de carbones. Important le carbone 1
(ribose) que va se faire la liaison covalente avec la base, ce sera
une liaison N-osidique.
Lester form va se faire au dpend du C5, limination dune mol
dH20. Fonction alcool ragit avec la fonction acide de lacide
phosphorique.
Dans lADN le ribose va devenir dsoxyribose en liminant
loxygne en C2.
Avant les cellules nutilisaient que lARN, ARN plus sensible chimiquement
a des hydrolyses que lADN, donc ADN + stable que lARN, avantage

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volutif.
Les bases : vont saccrocher au niveau du C1 du ribose, limination
dune molcule deau, accrochage par un azote (N), liaison
covalente trs solide.
2 bases pour crer 2 nuclotides diffrents dans lADN et lARN.
- Pyrimidine : (6 sommets, cest par le N1 que se fait la liaison au
sucre, a partir de ce noyau, de nombreux constituants vont se fixer
Il existe 3 types de base pyrimidique :
Luracile (U) 2,4 dioxo pyrimidine formation de double liaison O. (dioxo.)
La cytosine : 2, oxy, 4 amino, au 4 on a un NH2 donc fonction
amine.
La thymine (T) : la 2,4 dioxo 5 methyl pyrimidine. (=5mthyl uracile)
U et C sont les 2 que lon trouve dans lARN,
Dans lADN on trouve la C et T. au fur et a mesure de lvolution,
comme ARN a proprit dautocatalyse, il est plus fragile, luracile plus
fragile aux mutations que la thymine, donc la nature a invent un
driv de luracile qui est la thymine. ADN a un dsoxyribose moins
fragile que le ribose de lARN.
- Purine : noyau pyrimidine + cycle 5 sommets, cest par
lintermdiaire du N9 que va se faire la liaison osidique.
2 types de nuclotides :
Ladnine (A) : dcouvert dans le ganglion 6NH2 purine
Guanine (G): 2 amino 6 oxy purine.
On les retrouve dans tous les acides nuclique ADN et ARN, ADN sous
forme de succession de lettres; C A T G, et dans ARN T remplac par U. 3
milliard de lettres chez lhomme.
Quand on forme un nucloside (2 pices : sucre + base),
Luracile + le sucre = uridine
le Nt = UMP
Cytosine + sucre = cytidine
le Nt = CMP
Thymine + sucre = thymidine
le Nt = dTMP
Adnine + sucre = Adnosine
le Nt = AMP
Guanine + sucre = Guanosine
le Nt = GMP
Nuclotides vont se former par laccrochage donc de la fonction
ester en 5. Elimination dune molcule deau, la fonctoin acide de
lH3PO4 va saccrocher et on aura des charges -. Nt permet dautres
fonctoin cellulaires a ltat isol : Nuclotide qui contient de ladnine, on
peut lappeler lAMP. (adnosine monophosphate) si on rajoute Pate ADP
ATP.. pareil pour le u UMP.
Doubles liaisons au niveau de P instable, contenu en Energie libre lev,
pour quE libre diminue, il faut quelle shydrolyse. Quand on libre de
lacide phosphorique on recre stabilit complte de la molcule, et lE de
lacide phosphorique est basse donc libration dE.
AMP = acide adnylique.
Composition en base connu des les 50s mais pour la structure + difficile
car pour connaitre assemblage des molcules de base, la seule technique

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possible est la diffraction au RX, 1ere tape difficile pour photographie, il


faut immobiliser la molcule, et donc il faut la dshydration pour obtenir
un cristal de mol. Quand on arrive cette dshydration, la mol va
saccrocher, et cette mol va donner un spectre de diffraction.
ADN a structure de double hlice.
ADN = polymre qui rsulte de lassociation de 2 polymres, 2 chaines
polymriques ensemble
1 chaine = association covalente dun grand nombre de nuclotides
entre eux, qui saccroche par liaisons phospho di ester.
1 nuclotide sous forme dester Pate qui se forme au dpend de la fonction
OH en 5Pate.
Acide phosphorique va former liaison par dune de ces fonction acide en
3, limination dune molcule dH20 entre la fonction hydroxyle et une
des fonction acide de lacide phosphorique, un seul atome de phosphore
va donner 2 fonctions acides pour former un di ester.. 1 avec le 3 et une
fonction ester avec une fonction acide de lacide phosphorique.
Extrmit 3OH, le message gntique scrit de lextrmit 5 a
lextrmit 3, donc ce sont des liaisons 3, 5 phosphodiester,
distribues partir dune seule molcule dacide phosphorique.
La molcule dADN est une mol linaire constitue de lassemblage
successif, de liaison ester Pate. On a une chaine poly nuclotidique.
Dans lADN, il y a 2 chaines poly nuclotidiques qui vont sapparies lune
de lautre, se stabiliser sur les liaisons chimiques, qui sont des liaisons
faibles quon appelle des liaisons H, cet appariement des 2 chaines se
fait de tte bches. Lextrmit 5 de la liaison est antiparallle
lautre chaine.
Les 2 chaines se runissent pour former une chelle.
Les barreaux de lchelle sont caractriss par les bases. Montant de
lchelle sont les liaisons sucre-Pate.
La liaison des bases se fait par des liaisons H, et A sera toujours
appari avec une T (2 liaisons H) et la C avec G (3 liaison H).
Ces liaisons H, il faut connatre le principe : les liaisons H va avoir un
donneur dH comme NH, et il y en a dans les bases, donc une base va tre
un donneur dH, H va tre attir par le cot lectrongatif de latome
accepteur de latome dO. L.H vont stabiliser la double hlice, liaison dE
faible.
Rapport AT / CG = 1,5 chez lhomme.
Si on fait bouillir lADN on va sparer les 2 chaines.
La double hlice va tre tordue selon son axe longitudinal, avec des
dimensions selon son axe.
Base quasiment perpendiculaire laxe de lhlice.
Dimensions :
Un brin de 5 vers 3, et lautre de 3 vers 5.
Plateau des bases perpendiculaires laxe de hlice.
Le diamtre de lhlice varie : type B diamtre de 2 nm, le pas de
lhlice est de 3,4 nm, cest la distance longitudinal correspondant a 1
tour dhlice, permet de ranger 10 paire de base, ou 10 nuclotides.
Entre 2 base 0,34 nm. On calcule la L de lADN selon son nombre de
nuclotides. Elle est dissymtrique par rapport son axe. On distingue un

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grand sillon et un petit sillon. 2 sillon selon la faon dont la double hlice
se tord sur son axe.
Inclinaison des paires des bases environ 90 (6 dcart)
Longueur de lADN humain 3 milliard de Nt, cela fait un mtre (0,34nm x
3 milliard.) 3 milliards de paires de bases. (muguet 78Gbases)
On a 2 gnomes, donc 2m car gnome maternel et paternel..
Mensurations dune molcule dADN retenir la structure de type A.
On en trouve de type A court et trapu (pas de lhlice 2,5 nm, diam de
2,5nm et le nombre de paire de base par tour est de 11, base incline par
rapport laxe de lhlice, Adn court et trapu.
Et structure de type Z tir et mince (site de recombinaison gntique
chromosome, rgion chromosomique) diamtre 1,8nm et le pas de lhlice
est de 4,6 nm, elle est plus tir, et le nombre de paire de base est de 12.
Message gntique de la 2e chaine respecte les rgles dappariement. Les
messages sont donc complmentaires, mais par contre les 2 messages
gntiques sont diffrents. La proportion, quand on dose lAdnine on aura
autant de thymine, pareil pour la guanine et cytosine, par contre le
rapport A+T/ C+G, il est de lordre de 1,5, il y a donc plus de A et T.
Masse molculaire sexprime en dalton : nombre de molcule par mol :
masse dune mol (6,023) quand on lapplique a lhydrogne = 1 gramme.
Milliers de fois plus gros quun atome dH. ADN se mesure en Nt. Nt
environ 350Da.
3) Structure des ARN
Pas de structure rgulire en double hlice. Structure plus fragile.
ARN les plus abondant de la cellule sont ceux des ribosomes, trs
important aux fonctions du ribosome 80% (120Nt a 4700Nt)
15% pour les ARNt (100aine de Nt) rle dadaptateur pour amener les AA
sur les ribosomes.
Les ARNm qui transmettent linfo gntique la production de protine, ils
se dtruisent trs vite, dpend de taille des gnes de 1000 a 10 000Nt.
ARNsn
ARNnc : non codant: dont les plus imp. Sont les ARNmi (20 a 30Nt), rle de
transcription et traduction,
Pas de structure en double hlice, Les ARN peuvent former des appareils
de structure 2ndaire. On peut imaginer quil y a des zones apparies en
hlices mais le reste de la structure est globalement pas appari, on peut
avoir structure tige tige boucle, ou en forme dpine cheveux.
Structure non rgulire.
4) Mtabolisme des acides nucliques :
Cest lensemble des modifications chimiques qui permettent de
crer des acides nucliques et de les dtruire.
Chaque jour, sans le savoir on renouvelle 1kg de la masse corporelle, les
tissus les plus sujets a un renouvellement est la peau, lpithlium
intestinal surtout et les cellules souches prcurseurs des GR et GB de
notre sang.

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La mitose, une cellule mre va donner 2 cellules filles, donc doit crer une
autre mol dADN, nos cellules font des conomies car pour synthtiser un
nuclotide, le plus dnergie est pour synthtiser la base.
On transforme le glucose en ribose.
H3PO4 est dispo par lalimentation.
Le plus difficile ce sont les bases, par contre on peut rcuprer des bases
dans les voies de rcupration. Si cellule a pas assez de ce recyclage
des bases, il faudra fabriquer avec un rythme plus important, il va falloir
donc une voie de NOVO synthse a neuf des bases.
- Voie de rcup : sans le savoir on renouvelle 100 a 200g de
lpithlium intestinal, notre propre ADN va tre en morceau et on
va rcuprer cet ADN pour recrer de lADN neuf, bases peuvent
tre tir de lalimentation comme reprendre de lADN dans la viande
par ex qui va coup lADN grce a des nuclases. La voie de
rcupration consomme moins dnergie environ 5 6 moins
dnergie que la voie de NOVO.
Selon quil sagit de pyrimidine ou purine utilise 2 types denzymes,
pour les pyrimidines, il y a des nuclosides kinase, a partir de
lalimentation, on rcupre le nucloside et on accroche lacide
phosphorique. ATP sert de donneur de groupement Pate pour obtenir un
Nt a partir dun nucloside.
Pour les purines: au lieu dutiliser le sucre et la base demble, on
utilise que la base, on utilise les phospho rybosyl transfrase. On
utilise le Phospho rybosyl pyro Pate (PRPP) : ajoute le ribose et lacide
phosphorique obtention dAMP et GMP.
PRPP : activ : on a PR 1 pyro Pate: quand on libre 2 mol dacide
phosphorique, (pyro car quand libre 2 H3PO4 gnre du feu.) 2 pate
runis par groupement phospho anhydride. Imp est de voir que
demble pice rapproch grce a phosphorylase qui vont ajout sucre
phosphoryl sur la base, on fait partir le groupement pyro pate qui libre
de lE et on ajoute la base au niveau du 1 donneur de ribose.
APRM adnine phospho ribosyl transfrase et GPRT.
-

Voie de NOVO : synthse endogne ncessite plus dE. complexe et


diffrente selon quil faut synthtiser des pyrimidines et des
uridines, en fait le principe est de fabriquer une base par ex dun
noyau pyrimidine apport O, N, etc. pour former le noyau.
Plusieurs raction successives :synthses a partir de mol trs simple de
ces noyaux soit pyrimidine et purines :
Biosynthse de novo des pyrimidines: cellules pour fabriquer noyau
pyrimidine a besoin datomes C et N, a partir de mol qui sont des AA ou du
gaz carbonique apporter sous forme de carbonate dans les cellules.
1) Dans premire ractions : condense carbonate CO2 avec la
glutamine (donneur dazote) pour former du carbanyl Pate en
prsence dATP.
Tout le long on consomme de lE, entre 5 et 7 mol dATP dans cette
synthse.
2) carbanyl se condense avec AA (aspartate) pour donner 1er cycle
pyrimidique qui va tre une pyrimidine pas utiliser dans les acides
nuclique : acide orotique: 2,4 di oxo 6 carboxy pyrimidique = Orotate

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3) incorporation de la combinaison du sucre et ribose PRPP pour


former lOMP.
4) OMP subit dcarboxylation pour donner lUMP (perte de gaz carbonique)
5) 2 autre modification chimique de lUMP pour produire de la CMP
et de la TMP (form a partir du dUMP par une raction de mthylation, le
donneur est un donneur de mthylne qui est greff et en sajoutant a
latome dH va former un groupement CH3. Raction imp. Car elle utilise
une vitamine sous forme de driv qui est lacide pholique B9 : favorise
renouvellement des cellules, la synthse de novo des pyrimidines. 5 mol
dATP consomm pour cette synthse
Biosynthse de novo des purines :
On a davantage de pice dtach par noyau plus complexe car constitu
de 9 atomes constitutif.
1) rgule la biosynthse : incorporation demble du PRPP (ribose
activ par acide phosphorique) qui en prsence de glutamine va donner
de la phosphorybosylamine.
2) Succession dtape qui vont incorporer soit atope dN ou C pour former
htrocylcique purique. Mol qui contribue a apporter atome : glycine,
lacide aspartique, CO2, et vitamine B9 = pholique. Et tout cela
consomme de lATP.
3) Au bout de ces diffrentes tapes on abouti a un Nt qui est lIMP :
inosine mono phosphate. Base qui donne inosine appellation du nucloside
qui rsulte dune base lhypoxantine (6 oxo purine) accroch a une
base. On transforme O en fonction amine : AMP et toujours a partir de
lIMP on forme du GMP. utilisation de plusieurs mol dATP.
Rgulation des activits des enzymes :
Les produits finaux vont inhiber le 1er enzyme, si on inhibe le 1er on
fait faire des conomies a la cellule, les produits finaux sont les Nt, qui
vont inhiber le 1er enzyme qui commande la biosynthse,
glutaminotransferase 8
On consomme environ 5 a 7 ATP pour crer ces Nt,
Voie DE NOVO utile lors dun emballement cellulaire comme aprs un coup
de soleil ou infection intestinale, lorganisme ne peut plus sapprovisionner
des pices dtaches dans lalimentation donc active la voie de synthse
De novo.
La dgradation des nuclotides : le catabolisme et leur fonctionnement.
Diffrentes enzymes vont dgrader les acides nucliques par des
nuclases. Il existe 2 catgories de nuclases :
- les xonuclases (exo = extrieur) il existe des 5 exo nuclases,
vont cliver les liaisons phospho diester, ou des 3 exo nuclases, qui
enlve un a un les acide nucliques.
- les endonuclases, clive liaisons phospho diester a lintrieur du
nuclotide.
Principe :
Ex AMP, les Nt pyrimidiques vont tre dgrad en pices dtachs, en
molcules simples dgrads par la cellule, dans le cas des purines le

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noyau purine est la 2e mol organique chez lhomme qui ne peut


pas tre dgrader (diviser en morceau), elle ne peut pas tre cliver en
ses atomes constitutifs, (comme le cholestrol), donc le noyau purine
doit tre liminer. Lacide urique va tre un produit de catabolisme et
devra tre dgrad dans lurine,
1) AMP on a une nuclotidase qui va donn la libration de ladnosine
(adnine + sucre) et du phosphate inorganique,
2) puis on a une dsaminase qui va transformer adnine en 6oxo va
donn linosine,
3) puis une nuclosine phosphorylase, on libre le sucre : le ribose
1Pate et une base qui sera lhypoxantine (6oxo purine)
4) puis lhypoxantine subit laction dune xantine oxydase, on aura donc
une Xanthine 2,6 di oxy purine.
5) enfin on obtiendra lacide urique (2, 6 ,8 tri oxopurine).
Cette mol est un peu plus soluble, avec ses atomes dO mais aussi grce a
ses doubles liaisons qui va donner un caractre acide ses doubles liaison
= acide urique, capable de dissocier, capable de porte une capacit
ngative, et dtre en quilibre trs lger avec le H+. Acide urique peu
soluble dans leau, si on nlimine pas assez dacide urique, on risque
davoir un excs dacide urique, qui vont se bloquer des les uretres, on a
des cristaux, coliques, crise de la goutte douloureuse, prcipitation dacide
urique dans le liquide articulaire, donc on a une inflammation = goutte
(excs alimentaire)
Taux moyen de lacide urique est de 25 mg/L. peut monter jusqu' 40
selon la masse musculaire, il va donc gnrer un peu plus dacide urique.
Avantage de lacide urique = pigeur de radicaux oxydant : elle est donc
anti oxydante. Mais si on en a trop, elle prcipite sous forme de cristaux.
Les oiseaux liminent par lacide urique et non par lure. Les oiseaux ne
consomme pas deau car nen limine pas. Acide urique solide, ure
soluble.
Limitation de lacide urique : mdicament :Allopurinol, va inhiber la
xanthine purinase (avant dernier tape).
Le syndrome de Lesh nyahan (30), pathologique, se caractrise par une
goutte chez un nouveau n, plusieurs formes dexpression souvent retard
mental ou troubles du comportement, comportement auto destructeur,
Maladie gntique li au mode rcessif li a lX. Mutation de lHGPRT, donc
baisse de synthse des Nt purique dans la cellule, donc la cellule va
comprendre quelle a besoin den synthtiser, emballement de la
synthse, et donc un excs dacide urique (colique dacide urique dans les
urines).
Les bases pyrimidiques, peuvent tre dgrades en ses diffrents
constituants.
Paralllement au hypercholestrolmie, dpt de cholestrol sur la paroi
des artre (artre peut se boucher), surcharge = dpt.

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