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Biologie moléculaire - Chapitre 1

STRUCTURE ET DIVERSITE DES ACIDES NUCLEIQUES
Découverte de la structure de l’ADN en 53 par un microbiologiste Watson
et F. kriks un chimiste, grâce a diffraction des RX.
1955 : découverte de l’insuline.
Grace aux bactériologistes: essor de la bio mol.
Application moderne : génomique : génome est supporté par un mol
unique: l’ADN. Séquençage permet de connaitre les message génétique.
Bio mol : grâce a la découverte de l’ADN (acide désoxyribonucléique.)n car
découverte dans noyau des cellules. Substance découverte par un
biologiste suisse, quand faisait étude sur cellule du cul. Il a découvert la
nucléine capable de se fixer sur des éléments.
Microbiologie 1920, la génétique a commencé par les microbes, cela a
permit une découverte fondamentale l’ADN support de l’info génétique
1940 -70 pour découvrir tout le fonctionnement de l’appareil génétique,
plus tard le projet génome humain et s’est fini en 2004.
1) La diversité de fonction des acides nucléiques
Micher a découvert 1858 : acides nucléiques.
Acide nucléique = macromolécules, on les mesure en KDa, et en
fonction de leur taille, pas par leur poids. On interprète la taille par le
nombre de monomères, c.à.d. le nombre de nucléotides.
Diversité fonctionnel : grâce à la microbiologie en 29 griffite qui travaillait
sur les pneumocoques, coque qui permet de résister au milieu extérieur,
inflammation pneumonie mortelle ? 8’ bactérie petite tache de bougie,
pneumocoques normaux sauvage vont entrainé mort de la cellules par
pneumonies, ceux-ci vont être appelé cellule S (Smouth), mais les mutant
R (rough) n’entraine pas la mort, car dépourvu du gène cap S qui entraine
la formation de la capsule, coque normal, va donner des bactéries non
pathogènes, on aura des colonie rugueuse. Si on mélange R et S (tué,
détruite par la chaleur), il a obtenu transformation des bactéries R en S.
phénotype mutant donne phénotype normal. Quelque chose transmit de S
vers R.
Quand on soumet le mélange de bactérie S et R avec des protéases, le
principes de transformation observé, en traitant avec les glycolase,
principe de différenciation conservé. Par contre si on traité mélange par
DNase : la transformation n’était plus possible, donc on en a conclut que
l’ADN était le support de l’info génétique
Le phénotype gouverné par le génotype.
ADN support de l’info génétique mais pas chez toutes les espèces,
chez d’autres c’est ARN.
Pour faire fonctionner ADN entre 53 et 70, le mécanisme de transmission
de l’info génétique est découvert. ADN recopié a l’identique lors de la
mitose = réplication de l’ADN, une cellule mère donne 2 cellules filles à
l’identique, stock d’ADN doublé.
L’ADN qui reste dans le noyau va entrainer des petites copies de l’info
génétique qui vont s’appeler des ARNm, mol de taille + petite qui vont

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(68) on découvre la traduction. Important le carbone 1 (ribose) que va se faire la liaison covalente avec la base. Ribose et furane ont 5 atomes de carbones. O chargé légèrement négativement. avantage 1/8 . pK = 3 ou 4 donc acide. Avant les cellules n‘utilisaient que l’ARN. ceci avec 3 H+. L’ADN principal de nos cellules : l’ADN nucléaire : mol très longue. l’un des composant principaux du coca : H3PO4. ADN riche en charge -. ARN plus sensible chimiquement a des hydrolyses que l’ADN. 10^12g d’ADN dans cellules. ARNm : fonction de ces molécules (messager) ARNr : permet fonctionnement des ribosomes ARNt : ribosome de transfert apport de protéine sur ribosomes ARNmi : microARN qui permettent de réguler la traduction Joue rôle dans transmission de l’info génétique du noyau vers le cytoplasme pour exprimer le fonctionnement. et O mobile donc mol acide. donc ADN + stable que l’ARN. Dans ADN. Dans l’ADN le ribose va devenir désoxyribose en éliminant l’oxygène en C2. Fonction alcool réagit avec la fonction acide de l’acide phosphorique.+ un sucre . 3 milliard de nucléotides. élimination d’une mol d’H20. C‘est une molécule acide car très riche en acide phosphorique. acide faible utilisé sous forme ester phosphate dans de nombreux composant de la cellule.une base : purique ou pyrimidique . son pK est moins acide que les acides fort.Chapitre 1 sortir du noyau = transcription. ADN = macromolécule. ce sera une liaison N-osidique. Atome de phosphore essaye d’équilibrer ses électrons périphériques. cela permet d’entrer des charges négatives. Base + sucre = nucléoside Nucléoside + liaison ester Pate = nucléotide. c’est un tri acide. ARNm permet le codage en synthèse de protéine. d’autres espèces ont plus long. Le sucre est le désoxyribose dans le cas de l’ADN. mais pas la plus longue de toutes les espèces. cette ficelle d’ADN va être recroquevillée pour rentrer dans une petite sphère qui fait 6 microns de diam. L’ester formé va se faire au dépend du C5. (60’s). Assemblage d’unité de base qui sont des Nt. qui est un maillot à 3 pièces qui a 3 constituant de base différent : .Biologie moléculaire .+ de l’acide Phosphorique. ce qui fait que la molécule a une L d’1m de long environ. La quantité d’ADN de nos cellules pas grand-chose 5 picogramme une cellule. 2) La structure de l’ADN Monomère de base qui est un nucléotide.

comme ARN a propriété d’autocatalyse. L’uracile + le sucre = uridine le Nt = UMP Cytosine + sucre = cytidine le Nt = CMP Thymine + sucre = thymidine le Nt = dTMP Adénine + sucre = Adénosine le Nt = AMP Guanine + sucre = Guanosine le Nt = GMP Nucléotides vont se former par l’accrochage donc de la fonction ester en 5‘. c’est par l’intermédiaire du N9 que va se faire la liaison osidique. il est plus fragile. . et l’E de l’acide phosphorique est basse donc libération d’E. élimination d’une molécule d’eau. Elimination d’une molécule d’eau. Dans l’ADN on trouve la C et T. Nt permet d’autres fonctoin cellulaires a l’état isolé : Nucléotide qui contient de l’adénine. ADN a un désoxyribose moins fragile que le ribose de l’ARN. La thymine (T) : la 2. liaison covalente très solide. Quand on libère de l’acide phosphorique on recrée stabilité complète de la molécule. On les retrouve dans tous les acides nucléique ADN et ARN. au 4 on a un NH2 donc fonction amine. Doubles liaisons au niveau de P instable. . on peut l’appeler l’AMP. donc la nature a inventé un dérivé de l’uracile qui est la thymine. C A T G.) La cytosine © : 2. accrochage par un azote (N). c’est par le N1 que se fait la liaison au sucre. 2 bases pour créer 2 nucléotides différents dans l’ADN et l’ARN. 3 milliard de lettres chez l’homme. ADN sous forme de succession de lettres. au fur et a mesure de l’évolution. a partir de ce noyau. pareil pour le u… UMP. AMP = acide adénylique.Pyrimidine : (6 sommets. et dans ARN T remplacé par U. Composition en base connu des les 50’s mais pour la structure + difficile car pour connaitre assemblage des molécules de base. Quand on forme un nucléoside (2 pièces : sucre + base).4 dioxo 5 methyl pyrimidine. 4 amino. (dioxo. contenu en Energie libre élevé. (adénosine monophosphate) si on rajoute Pate ADP ATP. la seule technique 1/8 . Les bases : vont s’accrocher au niveau du C1 du ribose.Chapitre 1 évolutif.4 dioxo pyrimidine formation de double liaison O. oxy.Purine : noyau pyrimidine + cycle à 5 sommets. pour qu’E libre diminue. l’uracile plus fragile aux mutations que la thymine. (=5méthyl uracile) U et C sont les 2 que l’on trouve dans l’ARN. 2 types de nucléotides : L’adénine (A) : découvert dans le ganglion 6NH2 purine Guanine (G): 2 amino 6 oxy purine.Biologie moléculaire .. la fonctoin acide de l’H3PO4 va s’accrocher et on aura des charges -. il faut qu’elle s’hydrolyse. de nombreux constituants vont se fixer Il existe 3 types de base pyrimidique : L’uracile (U) 2.

Base quasiment perpendiculaire à l’axe de l’hélice. Extrémité 3’OH. la mol va s’accrocher.34 nm. avec des dimensions selon son axe. Le diamètre de l’hélice varie : type B diamètre de 2 nm. se stabiliser sur les liaisons chimiques. Montant de l’échelle sont les liaisons sucre-Pate. et donc il faut la déshydration pour obtenir un cristal de mol. Plateau des bases perpendiculaires à l’axe de hélice. qui s’accroche par liaisons phospho di ester. liaison d’E faible. donc ce sont des liaisons 3’. un seul atome de phosphore va donner 2 fonctions acides pour former un di ester.Chapitre 1 possible est la diffraction au RX. donc une base va être un donneur d’H. et cette mol va donner un spectre de diffraction. distribuées à partir d’une seule molécule d’acide phosphorique. ADN a structure de double hélice. L’extrémité 5’ de la liaison est antiparallèle à l’autre chaine. Ces liaisons H. Entre 2 base 0. Les 2 chaines se réunissent pour former une échelle. ou 10 nucléotides. L. il faut connaître le principe : les liaisons H va avoir un donneur d’H comme NH. le message génétique s’écrit de l’extrémité 5’ a l’extrémité 3’. Dimensions : Un brin de 5’ vers 3’. cet appariement des 2 chaines se fait de tête bèches. La double hélice va être tordue selon son axe longitudinal. On a une chaine poly nucléotidique. permet de ranger 10 paire de base. élimination d’une molécule d’H20 entre la fonction hydroxyle et une des fonction acide de l’acide phosphorique.H vont stabiliser la double hélice.. de liaison ester Pate. Dans l’ADN. Quand on arrive à cette déshydration. Les barreaux de l’échelle sont caractérisés par les bases. le pas de l’hélice est de 3. 1 avec le 3’ et une fonction ester avec une fonction acide de l’acide phosphorique.4 nm. il faut immobiliser la molécule. Elle est dissymétrique par rapport à son axe. On distingue un 1/8 . Rapport AT / CG = 1. c’est la distance longitudinal correspondant a 1 tour d’hélice. ADN = polymère qui résulte de l’association de 2 polymères. il y a 2 chaines poly nucléotidiques qui vont s’appariées l’une de l’autre. qui sont des liaisons faibles qu’on appelle des liaisons H.5 chez l’homme. Si on fait bouillir l’ADN on va séparer les 2 chaines. Acide phosphorique va former liaison par d’une de ces fonction acide en 3’. 5’ phosphodiester. La liaison des bases se fait par des liaisons H. et il y en a dans les bases. et l’autre de 3’ vers 5’. On calcule la L de l’ADN selon son nombre de nucléotides. et A sera toujours apparié avec une T (2 liaisons H) et la C avec G (3 liaison H). La molécule d’ADN est une mol linéaire constituée de l’assemblage successif.Biologie moléculaire . H va être attiré par le coté électronégatif de l’atome accepteur de l’atome d’O. 1ere étape difficile pour photographie. 2 chaines polymériques ensemble 1 chaine = association covalente d’un grand nombre de nucléotides entre eux. 1 nucléotide sous forme d’ester Pate qui se forme au dépend de la fonction OH en 5’Pate.

) 3 milliards de paires de bases.5 nm. région chromosomique) diamètre 1. Message génétique de la 2e chaine respecte les règles d’appariement. On peut imaginer qu’il y a des zones appariées en hélices mais le reste de la structure est globalement pas apparié. base inclinée par rapport à l’axe de l’hélice. Masse moléculaire s’exprime en dalton : nombre de molécule par mol : masse d’une mol (6. Milliers de fois plus gros qu’un atome d’H. il est de l’ordre de 1. l’épithélium intestinal surtout et les cellules souches précurseurs des GR et GB de notre sang. on peut avoir structure tige tige boucle.Biologie moléculaire . Pas de structure en double hélice.Chapitre 1 grand sillon et un petit sillon. très important aux fonctions du ribosome 80% (120Nt a 4700Nt) 15% pour les ARNt (100aine de Nt) rôle d’adaptateur pour amener les AA sur les ribosomes. (muguet 78Gbases) On a 2 génomes. diam de 2. rôle de transcription et traduction. Structure non régulière. ils se détruisent très vite. quand on dose l’Adénine on aura autant de thymine. 1/8 . Nt environ 350Da. Adn court et trapu. mais par contre les 2 messages génétiques sont différents. pareil pour la guanine et cytosine. elle est plus étiré. sans le savoir on renouvelle 1kg de la masse corporelle. Les ARN peuvent former des appareils de structure 2ndaire.6 nm. donc 2m car génome maternel et paternel. Les messages sont donc complémentaires. cela fait un mètre (0. Les ARNm qui transmettent l’info génétique à la production de protéine. par contre le rapport A+T/ C+G.5. les tissus les plus sujets a un renouvellement est la peau. 3) Structure des ARN Pas de structure régulière en double hélice.8nm et le pas de l’hélice est de 4. La proportion.. On en trouve de type A court et trapu (pas de l’hélice 2.34nm x 3 milliard. et le nombre de paire de base est de 12. Structure plus fragile.5nm et le nombre de paire de base par tour est de 11. Sont les ARNmi (20 a 30Nt).023) quand on l’applique a l’hydrogène = 1 gramme. Chaque jour. ADN se mesure en Nt. ou en forme d’épine à cheveux. Et structure de type Z étiré et mince (site de recombinaison génétique à chromosome. il y a donc plus de A et T. ARNsn ARNnc : non codant: dont les plus imp. ARN les plus abondant de la cellule sont ceux des ribosomes. Inclinaison des paires des bases environ 90° (6° d’écart) Longueur de l’ADN humain 3 milliard de Nt. 2 sillon selon la façon dont la double hélice se tord sur son axe. 4) Métabolisme des acides nucléiques : C’est l’ensemble des modifications chimiques qui permettent de créer des acides nucléiques et de les détruire. dépend de taille des gènes de 1000 a 10 000Nt. Mensurations d’une molécule d’ADN retenir la structure de type A.

Selon qu’il s’agit de pyrimidine ou purine utilise 2 types d’enzymes. une cellule mère va donner 2 cellules filles. APRM adénine phospho ribosyl transférase et GPRT. a partir de mol qui sont des AA ou du gaz carbonique apporter sous forme de carbonate dans les cellules. on fait partir le groupement pyro pate qui libère de l’E et on ajoute la base au niveau du 1’ donneur de ribose. Le plus difficile ce sont les bases. on utilise les phospho rybosyl transférase. . Plusieurs réaction successives :synthèses a partir de mol très simple de ces noyaux soit pyrimidine et purines : Biosynthèse de novo des pyrimidines: cellules pour fabriquer noyau pyrimidine a besoin d’atomes C et N. pour les pyrimidines. il faudra fabriquer avec un rythme plus important. 2) carbanyl se condense avec AA (aspartate) pour donner 1er cycle pyrimidique qui va être une pyrimidine pas utiliser dans les acides nucléique : acide orotique: 2. Imp est de voir que d’emblée pièce rapproché grâce a phosphorylase qui vont ajouté sucre phosphorylé sur la base. par contre on peut récupérer des bases dans les voies de récupération. Si cellule a pas assez de ce recyclage des bases. nos cellules font des économies car pour synthétiser un nucléotide. On utilise le Phospho rybosyl pyro Pate (PRPP) : ajoute le ribose et l’acide phosphorique obtention d’AMP et GMP. ATP sert de donneur de groupement Pate pour obtenir un Nt a partir d’un nucléoside. bases peuvent être tiré de l’alimentation comme reprendre de l’ADN dans la viande par ex qui va coupé l’ADN grâce a des nucléases. le plus d’énergie est pour synthétiser la base. 1) Dans première réactions : condense carbonate CO2 avec la glutamine (donneur d’azote) pour former du carbanyl Pate en présence d’ATP.Voie de récup : sans le savoir on renouvelle 100 a 200g de l’épithélium intestinal. Tout le long on consomme de l’E. - Voie de NOVO : synthèse endogène nécessite plus d’E.4 di oxo 6 carboxy pyrimidique = Orotate 1/8 . donc doit créer une autre mol d’ADN.Chapitre 1 La mitose. N. PRPP : activé : on a PR 1’ pyro Pate: quand on libère 2 mol d’acide phosphorique. en fait le principe est de fabriquer une base par ex d’un noyau pyrimidine apporté O. H3PO4 est dispo par l’alimentation. Pour les purines: au lieu d’utiliser le sucre et la base d’emblée. On transforme le glucose en ribose. a partir de l’alimentation. on récupère le nucléoside et on accroche l’acide phosphorique.) 2 pate réunis par groupement phospho anhydride. entre 5 et 7 mol d’ATP dans cette synthèse. complexe et différente selon qu’il faut synthétiser des pyrimidines et des uridines. on utilise que la base. (pyro car quand libère 2 H3PO4 génère du feu. il va falloir donc une voie de NOVO synthèse a neuf des bases. il y a des nucléosides kinase. etc. La voie de récupération consomme moins d’énergie environ 5 à 6 moins d’énergie que la voie de NOVO.Biologie moléculaire . pour former le noyau. notre propre ADN va être en morceau et on va récupérer cet ADN pour recréer de l’ADN neuf.

et vitamine B9 = pholique. 2) Succession d’étape qui vont incorporer soit atope d’N ou C pour former hétérocylcique purique. Réaction imp. qui enlève un a un les acide nucléiques. 4) OMP subit décarboxylation pour donner l’UMP (perte de gaz carbonique) 5) 2 autre modification chimique de l’UMP pour produire de la CMP et de la TMP (formé a partir du dUMP par une réaction de méthylation. 5 mol d’ATP consommé pour cette synthèse Biosynthèse de novo des purines : On a davantage de pièce détaché par noyau plus complexe car constitué de 9 atomes constitutif. l’acide aspartique. Principe : Ex AMP. Régulation des activités des enzymes : Les produits finaux vont inhiber le 1er enzyme. utilisation de plusieurs mol d’ATP. Voie DE NOVO utile lors d’un emballement cellulaire comme après un coup de soleil ou infection intestinale. clive liaisons phospho diester a l’intérieur du nucléotide. les Nt pyrimidiques vont être dégradé en pièces détachés.Biologie moléculaire . Mol qui contribue a apporter atome : glycine. Différentes enzymes vont dégrader les acides nucléiques par des nucléases.Chapitre 1 3) incorporation de la combinaison du sucre et ribose PRPP pour former l’OMP. la synthèse de novo des pyrimidines. . vont cliver les liaisons phospho diester. Base qui donne inosine appellation du nucléoside qui résulte d’une base l’hypoxantine (6 oxo purine) accroché a une base. La dégradation des nucléotides : le catabolisme et leur fonctionnement. Et tout cela consomme de l’ATP. CO2. glutaminotransferase 8’ On consomme environ 5 a 7 ATP pour créer ces Nt. dans le cas des purines le 1/8 . le donneur est un donneur de méthylène qui est greffé et en s’ajoutant a l’atome d’H va former un groupement CH3. l’organisme ne peut plus s’approvisionner des pièces détachées dans l’alimentation donc active la voie de synthèse De novo. 1) régule la biosynthèse : incorporation d’emblée du PRPP (ribose activé par acide phosphorique) qui en présence de glutamine va donner de la phosphorybosylamine. Car elle utilise une vitamine sous forme de dérivé qui est l’acide pholique B9 : favorise renouvellement des cellules. en molécules simples dégradés par la cellule. qui vont inhiber le 1er enzyme qui commande la biosynthèse.les éxonuclases (exo = extérieur) il existe des 5’ exo nucléases. 3) Au bout de ces différentes étapes on abouti a un Nt qui est l’IMP : inosine mono phosphate. les produits finaux sont les Nt. On transforme O en fonction amine : AMP et toujours a partir de l’IMP on forme du GMP. Il existe 2 catégories de nucléases : . si on inhibe le 1er on fait faire des économies a la cellule. ou des 3’ exo nucléases.les endonucléases.

6 . L’acide urique va être un produit de catabolisme et devra être dégradé dans l’urine. capable de dissocier. donc baisse de synthèse des Nt purique dans la cellule. pathologique. 1) AMP on a une nucléotidase qui va donné la libération de l’adénosine (adénine + sucre) et du phosphate inorganique. crise de la goutte douloureuse.8 tri oxopurine). Acide urique solide. se caractérise par une goutte chez un nouveau né. Limitation de l’acide urique : médicament :Allopurinol. on libère le sucre : le ribose 1Pate et une base qui sera l’hypoxantine (6oxo purine) 4) puis l’hypoxantine subit l’action d’une xantine oxydase. Les oiseaux éliminent par l’acide urique et non par l’urée. Le syndrome de Lesh nyahan (30’). on risque d’avoir un excès d’acide urique.6 di oxy purine. Parallèlement au hypercholestérolémie. elle précipite sous forme de cristaux. donc on a une inflammation = goutte (excès alimentaire) Taux moyen de l’acide urique est de 25 mg/L. urée soluble. elle ne peut pas être cliver en ses atomes constitutifs. emballement de la synthèse. 2) puis on a une désaminase qui va transformer adénine en 6oxo va donné l’inosine. capable de porte une capacité négative. Maladie génétique lié au mode récessif lié a l’X. coliques. peuvent être dégradées en ses différents constituants. et donc un excès d’acide urique (colique d’acide urique dans les urines). qui vont se bloquer des les uretères. avec ses atomes d’O mais aussi grâce a ses doubles liaisons qui va donner un caractère acide à ses doubles liaison = acide urique. Mutation de l’HGPRT. 3) puis une nucléosine phosphorylase. précipitation d’acide urique dans le liquide articulaire. peut monter jusqu'à 40 selon la masse musculaire. (comme le cholestérol). donc la cellule va comprendre qu’elle a besoin d’en synthétiser. si on n’élimine pas assez d’acide urique. Les bases pyrimidiques. 1/8 . il va donc générer un peu plus d’acide urique. Acide urique peu soluble dans l’eau. Mais si on en a trop.Biologie moléculaire . va inhiber la xanthine purinase (avant dernier étape). on a des cristaux.Chapitre 1 noyau purine est la 2e mol organique chez l’homme qui ne peut pas être dégrader (diviser en morceau…). et d’être en équilibre très léger avec le H+. 5) enfin on obtiendra l’acide urique (2. surcharge = dépôt. donc le noyau purine doit être éliminer. comportement auto destructeur. dépôt de cholestérol sur la paroi des artère (artère peut se boucher). plusieurs formes d’expression souvent retard mental ou troubles du comportement. on aura donc une Xanthine 2. Cette mol est un peu plus soluble. Avantage de l’acide urique = piégeur de radicaux oxydant : elle est donc anti oxydante. Les oiseaux ne consomme pas d’eau car n’en élimine pas.

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