Biologie moléculaire - Chapitre 1

STRUCTURE ET DIVERSITE DES ACIDES NUCLEIQUES
Découverte de la structure de l’ADN en 53 par un microbiologiste Watson
et F. kriks un chimiste, grâce a diffraction des RX.
1955 : découverte de l’insuline.
Grace aux bactériologistes: essor de la bio mol.
Application moderne : génomique : génome est supporté par un mol
unique: l’ADN. Séquençage permet de connaitre les message génétique.
Bio mol : grâce a la découverte de l’ADN (acide désoxyribonucléique.)n car
découverte dans noyau des cellules. Substance découverte par un
biologiste suisse, quand faisait étude sur cellule du cul. Il a découvert la
nucléine capable de se fixer sur des éléments.
Microbiologie 1920, la génétique a commencé par les microbes, cela a
permit une découverte fondamentale l’ADN support de l’info génétique
1940 -70 pour découvrir tout le fonctionnement de l’appareil génétique,
plus tard le projet génome humain et s’est fini en 2004.
1) La diversité de fonction des acides nucléiques
Micher a découvert 1858 : acides nucléiques.
Acide nucléique = macromolécules, on les mesure en KDa, et en
fonction de leur taille, pas par leur poids. On interprète la taille par le
nombre de monomères, c.à.d. le nombre de nucléotides.
Diversité fonctionnel : grâce à la microbiologie en 29 griffite qui travaillait
sur les pneumocoques, coque qui permet de résister au milieu extérieur,
inflammation pneumonie mortelle ? 8’ bactérie petite tache de bougie,
pneumocoques normaux sauvage vont entrainé mort de la cellules par
pneumonies, ceux-ci vont être appelé cellule S (Smouth), mais les mutant
R (rough) n’entraine pas la mort, car dépourvu du gène cap S qui entraine
la formation de la capsule, coque normal, va donner des bactéries non
pathogènes, on aura des colonie rugueuse. Si on mélange R et S (tué,
détruite par la chaleur), il a obtenu transformation des bactéries R en S.
phénotype mutant donne phénotype normal. Quelque chose transmit de S
vers R.
Quand on soumet le mélange de bactérie S et R avec des protéases, le
principes de transformation observé, en traitant avec les glycolase,
principe de différenciation conservé. Par contre si on traité mélange par
DNase : la transformation n’était plus possible, donc on en a conclut que
l’ADN était le support de l’info génétique
Le phénotype gouverné par le génotype.
ADN support de l’info génétique mais pas chez toutes les espèces,
chez d’autres c’est ARN.
Pour faire fonctionner ADN entre 53 et 70, le mécanisme de transmission
de l’info génétique est découvert. ADN recopié a l’identique lors de la
mitose = réplication de l’ADN, une cellule mère donne 2 cellules filles à
l’identique, stock d’ADN doublé.
L’ADN qui reste dans le noyau va entrainer des petites copies de l’info
génétique qui vont s’appeler des ARNm, mol de taille + petite qui vont

1/8

Base + sucre = nucléoside Nucléoside + liaison ester Pate = nucléotide.Chapitre 1 sortir du noyau = transcription. ceci avec 3 H+. ARNm : fonction de ces molécules (messager) ARNr : permet fonctionnement des ribosomes ARNt : ribosome de transfert apport de protéine sur ribosomes ARNmi : microARN qui permettent de réguler la traduction Joue rôle dans transmission de l’info génétique du noyau vers le cytoplasme pour exprimer le fonctionnement.une base : purique ou pyrimidique . cela permet d’entrer des charges négatives. Fonction alcool réagit avec la fonction acide de l’acide phosphorique. donc ADN + stable que l’ARN. Avant les cellules n‘utilisaient que l’ARN. c’est un tri acide. avantage 1/8 . ADN = macromolécule. Important le carbone 1 (ribose) que va se faire la liaison covalente avec la base. 3 milliard de nucléotides.+ de l’acide Phosphorique. (68) on découvre la traduction. ARNm permet le codage en synthèse de protéine. O chargé légèrement négativement. mais pas la plus longue de toutes les espèces. élimination d’une mol d’H20. (60’s). l’un des composant principaux du coca : H3PO4. Dans l’ADN le ribose va devenir désoxyribose en éliminant l’oxygène en C2. ARN plus sensible chimiquement a des hydrolyses que l’ADN. C‘est une molécule acide car très riche en acide phosphorique. L’ester formé va se faire au dépend du C5. d’autres espèces ont plus long. et O mobile donc mol acide. pK = 3 ou 4 donc acide. son pK est moins acide que les acides fort. Ribose et furane ont 5 atomes de carbones. ADN riche en charge -. ce sera une liaison N-osidique. 2) La structure de l’ADN Monomère de base qui est un nucléotide. Dans ADN. Atome de phosphore essaye d’équilibrer ses électrons périphériques. 10^12g d’ADN dans cellules. ce qui fait que la molécule a une L d’1m de long environ. qui est un maillot à 3 pièces qui a 3 constituant de base différent : .+ un sucre .Biologie moléculaire . acide faible utilisé sous forme ester phosphate dans de nombreux composant de la cellule. cette ficelle d’ADN va être recroquevillée pour rentrer dans une petite sphère qui fait 6 microns de diam. L’ADN principal de nos cellules : l’ADN nucléaire : mol très longue. Assemblage d’unité de base qui sont des Nt. La quantité d’ADN de nos cellules pas grand-chose 5 picogramme une cellule. Le sucre est le désoxyribose dans le cas de l’ADN.

. de nombreux constituants vont se fixer Il existe 3 types de base pyrimidique : L’uracile (U) 2. La thymine (T) : la 2. au 4 on a un NH2 donc fonction amine. Doubles liaisons au niveau de P instable.Chapitre 1 évolutif. Elimination d’une molécule d’eau. Quand on libère de l’acide phosphorique on recrée stabilité complète de la molécule. il faut qu’elle s’hydrolyse. contenu en Energie libre élevé. pour qu’E libre diminue. 2 bases pour créer 2 nucléotides différents dans l’ADN et l’ARN. au fur et a mesure de l’évolution. 2 types de nucléotides : L’adénine (A) : découvert dans le ganglion 6NH2 purine Guanine (G): 2 amino 6 oxy purine. la seule technique 1/8 . C A T G. Dans l’ADN on trouve la C et T. c’est par l’intermédiaire du N9 que va se faire la liaison osidique. comme ARN a propriété d’autocatalyse. a partir de ce noyau. On les retrouve dans tous les acides nucléique ADN et ARN. il est plus fragile. (adénosine monophosphate) si on rajoute Pate ADP ATP. on peut l’appeler l’AMP. 4 amino. l’uracile plus fragile aux mutations que la thymine. accrochage par un azote (N). élimination d’une molécule d’eau. Composition en base connu des les 50’s mais pour la structure + difficile car pour connaitre assemblage des molécules de base. (=5méthyl uracile) U et C sont les 2 que l’on trouve dans l’ARN. c’est par le N1 que se fait la liaison au sucre. 3 milliard de lettres chez l’homme. (dioxo. et dans ARN T remplacé par U. pareil pour le u… UMP. Nt permet d’autres fonctoin cellulaires a l’état isolé : Nucléotide qui contient de l’adénine. ADN sous forme de succession de lettres.Purine : noyau pyrimidine + cycle à 5 sommets.) La cytosine © : 2. .. Les bases : vont s’accrocher au niveau du C1 du ribose. Quand on forme un nucléoside (2 pièces : sucre + base).Biologie moléculaire . AMP = acide adénylique.4 dioxo pyrimidine formation de double liaison O.Pyrimidine : (6 sommets. oxy.4 dioxo 5 methyl pyrimidine. et l’E de l’acide phosphorique est basse donc libération d’E. la fonctoin acide de l’H3PO4 va s’accrocher et on aura des charges -. L’uracile + le sucre = uridine le Nt = UMP Cytosine + sucre = cytidine le Nt = CMP Thymine + sucre = thymidine le Nt = dTMP Adénine + sucre = Adénosine le Nt = AMP Guanine + sucre = Guanosine le Nt = GMP Nucléotides vont se former par l’accrochage donc de la fonction ester en 5‘. donc la nature a inventé un dérivé de l’uracile qui est la thymine. ADN a un désoxyribose moins fragile que le ribose de l’ARN. liaison covalente très solide.

Chapitre 1 possible est la diffraction au RX.Biologie moléculaire . Si on fait bouillir l’ADN on va séparer les 2 chaines. Acide phosphorique va former liaison par d’une de ces fonction acide en 3’. Dimensions : Un brin de 5’ vers 3’. On distingue un 1/8 . H va être attiré par le coté électronégatif de l’atome accepteur de l’atome d’O. 1ere étape difficile pour photographie. la mol va s’accrocher. qui sont des liaisons faibles qu’on appelle des liaisons H. Elle est dissymétrique par rapport à son axe. donc une base va être un donneur d’H. il faut connaître le principe : les liaisons H va avoir un donneur d’H comme NH. L’extrémité 5’ de la liaison est antiparallèle à l’autre chaine. 2 chaines polymériques ensemble 1 chaine = association covalente d’un grand nombre de nucléotides entre eux. cet appariement des 2 chaines se fait de tête bèches. un seul atome de phosphore va donner 2 fonctions acides pour former un di ester. il faut immobiliser la molécule. On calcule la L de l’ADN selon son nombre de nucléotides. Le diamètre de l’hélice varie : type B diamètre de 2 nm. On a une chaine poly nucléotidique.34 nm. élimination d’une molécule d’H20 entre la fonction hydroxyle et une des fonction acide de l’acide phosphorique. et il y en a dans les bases. Ces liaisons H. 1 avec le 3’ et une fonction ester avec une fonction acide de l’acide phosphorique. avec des dimensions selon son axe. donc ce sont des liaisons 3’. Base quasiment perpendiculaire à l’axe de l’hélice. ADN a structure de double hélice. ADN = polymère qui résulte de l’association de 2 polymères. et l’autre de 3’ vers 5’. qui s’accroche par liaisons phospho di ester. Les barreaux de l’échelle sont caractérisés par les bases. Montant de l’échelle sont les liaisons sucre-Pate. il y a 2 chaines poly nucléotidiques qui vont s’appariées l’une de l’autre. Rapport AT / CG = 1. ou 10 nucléotides. distribuées à partir d’une seule molécule d’acide phosphorique. 5’ phosphodiester. le pas de l’hélice est de 3. La liaison des bases se fait par des liaisons H. permet de ranger 10 paire de base. et donc il faut la déshydration pour obtenir un cristal de mol. liaison d’E faible. Dans l’ADN. et A sera toujours apparié avec une T (2 liaisons H) et la C avec G (3 liaison H). Les 2 chaines se réunissent pour former une échelle. 1 nucléotide sous forme d’ester Pate qui se forme au dépend de la fonction OH en 5’Pate. Plateau des bases perpendiculaires à l’axe de hélice. Entre 2 base 0. le message génétique s’écrit de l’extrémité 5’ a l’extrémité 3’. se stabiliser sur les liaisons chimiques.. de liaison ester Pate. Extrémité 3’OH. et cette mol va donner un spectre de diffraction. La molécule d’ADN est une mol linéaire constituée de l’assemblage successif. La double hélice va être tordue selon son axe longitudinal. c’est la distance longitudinal correspondant a 1 tour d’hélice.H vont stabiliser la double hélice. L.4 nm. Quand on arrive à cette déshydration.5 chez l’homme.

Biologie moléculaire . on peut avoir structure tige tige boucle. 4) Métabolisme des acides nucléiques : C’est l’ensemble des modifications chimiques qui permettent de créer des acides nucléiques et de les détruire. Chaque jour. ils se détruisent très vite. Et structure de type Z étiré et mince (site de recombinaison génétique à chromosome. l’épithélium intestinal surtout et les cellules souches précurseurs des GR et GB de notre sang. ADN se mesure en Nt. diam de 2. mais par contre les 2 messages génétiques sont différents. Adn court et trapu. Nt environ 350Da. les tissus les plus sujets a un renouvellement est la peau.5nm et le nombre de paire de base par tour est de 11.5.) 3 milliards de paires de bases. région chromosomique) diamètre 1. Mensurations d’une molécule d’ADN retenir la structure de type A. Les ARN peuvent former des appareils de structure 2ndaire. Structure non régulière. il est de l’ordre de 1. Message génétique de la 2e chaine respecte les règles d’appariement. elle est plus étiré.8nm et le pas de l’hélice est de 4.023) quand on l’applique a l’hydrogène = 1 gramme. Les ARNm qui transmettent l’info génétique à la production de protéine. Inclinaison des paires des bases environ 90° (6° d’écart) Longueur de l’ADN humain 3 milliard de Nt. ARNsn ARNnc : non codant: dont les plus imp. Structure plus fragile. sans le savoir on renouvelle 1kg de la masse corporelle.Chapitre 1 grand sillon et un petit sillon. Pas de structure en double hélice.. et le nombre de paire de base est de 12. La proportion. Milliers de fois plus gros qu’un atome d’H. donc 2m car génome maternel et paternel. rôle de transcription et traduction. (muguet 78Gbases) On a 2 génomes. 1/8 . très important aux fonctions du ribosome 80% (120Nt a 4700Nt) 15% pour les ARNt (100aine de Nt) rôle d’adaptateur pour amener les AA sur les ribosomes. On peut imaginer qu’il y a des zones appariées en hélices mais le reste de la structure est globalement pas apparié.34nm x 3 milliard. il y a donc plus de A et T. Sont les ARNmi (20 a 30Nt). cela fait un mètre (0. 2 sillon selon la façon dont la double hélice se tord sur son axe. On en trouve de type A court et trapu (pas de l’hélice 2.6 nm. Masse moléculaire s’exprime en dalton : nombre de molécule par mol : masse d’une mol (6. ou en forme d’épine à cheveux. quand on dose l’Adénine on aura autant de thymine. base inclinée par rapport à l’axe de l’hélice. ARN les plus abondant de la cellule sont ceux des ribosomes. dépend de taille des gènes de 1000 a 10 000Nt. par contre le rapport A+T/ C+G.5 nm. 3) Structure des ARN Pas de structure régulière en double hélice. Les messages sont donc complémentaires. pareil pour la guanine et cytosine.

complexe et différente selon qu’il faut synthétiser des pyrimidines et des uridines. en fait le principe est de fabriquer une base par ex d’un noyau pyrimidine apporté O. on utilise les phospho rybosyl transférase. a partir de mol qui sont des AA ou du gaz carbonique apporter sous forme de carbonate dans les cellules. H3PO4 est dispo par l’alimentation. Le plus difficile ce sont les bases. Si cellule a pas assez de ce recyclage des bases. entre 5 et 7 mol d’ATP dans cette synthèse. 1) Dans première réactions : condense carbonate CO2 avec la glutamine (donneur d’azote) pour former du carbanyl Pate en présence d’ATP. etc. donc doit créer une autre mol d’ADN. Plusieurs réaction successives :synthèses a partir de mol très simple de ces noyaux soit pyrimidine et purines : Biosynthèse de novo des pyrimidines: cellules pour fabriquer noyau pyrimidine a besoin d’atomes C et N. on utilise que la base. - Voie de NOVO : synthèse endogène nécessite plus d’E. APRM adénine phospho ribosyl transférase et GPRT. ATP sert de donneur de groupement Pate pour obtenir un Nt a partir d’un nucléoside. il y a des nucléosides kinase.) 2 pate réunis par groupement phospho anhydride.Chapitre 1 La mitose. il va falloir donc une voie de NOVO synthèse a neuf des bases. on récupère le nucléoside et on accroche l’acide phosphorique. 2) carbanyl se condense avec AA (aspartate) pour donner 1er cycle pyrimidique qui va être une pyrimidine pas utiliser dans les acides nucléique : acide orotique: 2.Voie de récup : sans le savoir on renouvelle 100 a 200g de l’épithélium intestinal. On transforme le glucose en ribose. PRPP : activé : on a PR 1’ pyro Pate: quand on libère 2 mol d’acide phosphorique. bases peuvent être tiré de l’alimentation comme reprendre de l’ADN dans la viande par ex qui va coupé l’ADN grâce a des nucléases. pour les pyrimidines. notre propre ADN va être en morceau et on va récupérer cet ADN pour recréer de l’ADN neuf. (pyro car quand libère 2 H3PO4 génère du feu. Tout le long on consomme de l’E. Selon qu’il s’agit de pyrimidine ou purine utilise 2 types d’enzymes. N. Pour les purines: au lieu d’utiliser le sucre et la base d’emblée. il faudra fabriquer avec un rythme plus important. nos cellules font des économies car pour synthétiser un nucléotide. . a partir de l’alimentation.Biologie moléculaire . Imp est de voir que d’emblée pièce rapproché grâce a phosphorylase qui vont ajouté sucre phosphorylé sur la base. on fait partir le groupement pyro pate qui libère de l’E et on ajoute la base au niveau du 1’ donneur de ribose. On utilise le Phospho rybosyl pyro Pate (PRPP) : ajoute le ribose et l’acide phosphorique obtention d’AMP et GMP. par contre on peut récupérer des bases dans les voies de récupération. pour former le noyau.4 di oxo 6 carboxy pyrimidique = Orotate 1/8 . le plus d’énergie est pour synthétiser la base. La voie de récupération consomme moins d’énergie environ 5 à 6 moins d’énergie que la voie de NOVO. une cellule mère va donner 2 cellules filles.

La dégradation des nucléotides : le catabolisme et leur fonctionnement. le donneur est un donneur de méthylène qui est greffé et en s’ajoutant a l’atome d’H va former un groupement CH3. l’organisme ne peut plus s’approvisionner des pièces détachées dans l’alimentation donc active la voie de synthèse De novo.Biologie moléculaire . Régulation des activités des enzymes : Les produits finaux vont inhiber le 1er enzyme.les éxonuclases (exo = extérieur) il existe des 5’ exo nucléases. 5 mol d’ATP consommé pour cette synthèse Biosynthèse de novo des purines : On a davantage de pièce détaché par noyau plus complexe car constitué de 9 atomes constitutif. Différentes enzymes vont dégrader les acides nucléiques par des nucléases.les endonucléases. l’acide aspartique. . Et tout cela consomme de l’ATP. Principe : Ex AMP. 1) régule la biosynthèse : incorporation d’emblée du PRPP (ribose activé par acide phosphorique) qui en présence de glutamine va donner de la phosphorybosylamine. Base qui donne inosine appellation du nucléoside qui résulte d’une base l’hypoxantine (6 oxo purine) accroché a une base. Réaction imp. Voie DE NOVO utile lors d’un emballement cellulaire comme après un coup de soleil ou infection intestinale. glutaminotransferase 8’ On consomme environ 5 a 7 ATP pour créer ces Nt. dans le cas des purines le 1/8 . Mol qui contribue a apporter atome : glycine. la synthèse de novo des pyrimidines. les Nt pyrimidiques vont être dégradé en pièces détachés. qui enlève un a un les acide nucléiques. 4) OMP subit décarboxylation pour donner l’UMP (perte de gaz carbonique) 5) 2 autre modification chimique de l’UMP pour produire de la CMP et de la TMP (formé a partir du dUMP par une réaction de méthylation. si on inhibe le 1er on fait faire des économies a la cellule. Il existe 2 catégories de nucléases : . les produits finaux sont les Nt. Car elle utilise une vitamine sous forme de dérivé qui est l’acide pholique B9 : favorise renouvellement des cellules. On transforme O en fonction amine : AMP et toujours a partir de l’IMP on forme du GMP.Chapitre 1 3) incorporation de la combinaison du sucre et ribose PRPP pour former l’OMP. utilisation de plusieurs mol d’ATP. qui vont inhiber le 1er enzyme qui commande la biosynthèse. clive liaisons phospho diester a l’intérieur du nucléotide. et vitamine B9 = pholique. 3) Au bout de ces différentes étapes on abouti a un Nt qui est l’IMP : inosine mono phosphate. 2) Succession d’étape qui vont incorporer soit atope d’N ou C pour former hétérocylcique purique. en molécules simples dégradés par la cellule. vont cliver les liaisons phospho diester. CO2. ou des 3’ exo nucléases.

Mutation de l’HGPRT. si on n’élimine pas assez d’acide urique. coliques. et donc un excès d’acide urique (colique d’acide urique dans les urines). 6 . elle précipite sous forme de cristaux. se caractérise par une goutte chez un nouveau né. 1/8 . Maladie génétique lié au mode récessif lié a l’X.8 tri oxopurine). précipitation d’acide urique dans le liquide articulaire. on risque d’avoir un excès d’acide urique. peut monter jusqu'à 40 selon la masse musculaire. urée soluble. Cette mol est un peu plus soluble. Les bases pyrimidiques. donc on a une inflammation = goutte (excès alimentaire) Taux moyen de l’acide urique est de 25 mg/L. emballement de la synthèse. Limitation de l’acide urique : médicament :Allopurinol. Avantage de l’acide urique = piégeur de radicaux oxydant : elle est donc anti oxydante. il va donc générer un peu plus d’acide urique. Les oiseaux ne consomme pas d’eau car n’en élimine pas.Biologie moléculaire . comportement auto destructeur. 1) AMP on a une nucléotidase qui va donné la libération de l’adénosine (adénine + sucre) et du phosphate inorganique. Acide urique peu soluble dans l’eau. Acide urique solide. L’acide urique va être un produit de catabolisme et devra être dégradé dans l’urine. va inhiber la xanthine purinase (avant dernier étape). plusieurs formes d’expression souvent retard mental ou troubles du comportement. capable de dissocier. crise de la goutte douloureuse.6 di oxy purine. surcharge = dépôt. on libère le sucre : le ribose 1Pate et une base qui sera l’hypoxantine (6oxo purine) 4) puis l’hypoxantine subit l’action d’une xantine oxydase. donc la cellule va comprendre qu’elle a besoin d’en synthétiser. et d’être en équilibre très léger avec le H+. on a des cristaux. pathologique. (comme le cholestérol). avec ses atomes d’O mais aussi grâce a ses doubles liaisons qui va donner un caractère acide à ses doubles liaison = acide urique. Les oiseaux éliminent par l’acide urique et non par l’urée.Chapitre 1 noyau purine est la 2e mol organique chez l’homme qui ne peut pas être dégrader (diviser en morceau…). Mais si on en a trop. donc le noyau purine doit être éliminer. 5) enfin on obtiendra l’acide urique (2. 3) puis une nucléosine phosphorylase. 2) puis on a une désaminase qui va transformer adénine en 6oxo va donné l’inosine. on aura donc une Xanthine 2. Parallèlement au hypercholestérolémie. Le syndrome de Lesh nyahan (30’). donc baisse de synthèse des Nt purique dans la cellule. dépôt de cholestérol sur la paroi des artère (artère peut se boucher). capable de porte une capacité négative. qui vont se bloquer des les uretères. elle ne peut pas être cliver en ses atomes constitutifs. peuvent être dégradées en ses différents constituants.

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