Biologie moléculaire - Chapitre 1

STRUCTURE ET DIVERSITE DES ACIDES NUCLEIQUES
Découverte de la structure de l’ADN en 53 par un microbiologiste Watson
et F. kriks un chimiste, grâce a diffraction des RX.
1955 : découverte de l’insuline.
Grace aux bactériologistes: essor de la bio mol.
Application moderne : génomique : génome est supporté par un mol
unique: l’ADN. Séquençage permet de connaitre les message génétique.
Bio mol : grâce a la découverte de l’ADN (acide désoxyribonucléique.)n car
découverte dans noyau des cellules. Substance découverte par un
biologiste suisse, quand faisait étude sur cellule du cul. Il a découvert la
nucléine capable de se fixer sur des éléments.
Microbiologie 1920, la génétique a commencé par les microbes, cela a
permit une découverte fondamentale l’ADN support de l’info génétique
1940 -70 pour découvrir tout le fonctionnement de l’appareil génétique,
plus tard le projet génome humain et s’est fini en 2004.
1) La diversité de fonction des acides nucléiques
Micher a découvert 1858 : acides nucléiques.
Acide nucléique = macromolécules, on les mesure en KDa, et en
fonction de leur taille, pas par leur poids. On interprète la taille par le
nombre de monomères, c.à.d. le nombre de nucléotides.
Diversité fonctionnel : grâce à la microbiologie en 29 griffite qui travaillait
sur les pneumocoques, coque qui permet de résister au milieu extérieur,
inflammation pneumonie mortelle ? 8’ bactérie petite tache de bougie,
pneumocoques normaux sauvage vont entrainé mort de la cellules par
pneumonies, ceux-ci vont être appelé cellule S (Smouth), mais les mutant
R (rough) n’entraine pas la mort, car dépourvu du gène cap S qui entraine
la formation de la capsule, coque normal, va donner des bactéries non
pathogènes, on aura des colonie rugueuse. Si on mélange R et S (tué,
détruite par la chaleur), il a obtenu transformation des bactéries R en S.
phénotype mutant donne phénotype normal. Quelque chose transmit de S
vers R.
Quand on soumet le mélange de bactérie S et R avec des protéases, le
principes de transformation observé, en traitant avec les glycolase,
principe de différenciation conservé. Par contre si on traité mélange par
DNase : la transformation n’était plus possible, donc on en a conclut que
l’ADN était le support de l’info génétique
Le phénotype gouverné par le génotype.
ADN support de l’info génétique mais pas chez toutes les espèces,
chez d’autres c’est ARN.
Pour faire fonctionner ADN entre 53 et 70, le mécanisme de transmission
de l’info génétique est découvert. ADN recopié a l’identique lors de la
mitose = réplication de l’ADN, une cellule mère donne 2 cellules filles à
l’identique, stock d’ADN doublé.
L’ADN qui reste dans le noyau va entrainer des petites copies de l’info
génétique qui vont s’appeler des ARNm, mol de taille + petite qui vont

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Important le carbone 1 (ribose) que va se faire la liaison covalente avec la base. ADN = macromolécule. Assemblage d’unité de base qui sont des Nt. (68) on découvre la traduction. ce sera une liaison N-osidique. 2) La structure de l’ADN Monomère de base qui est un nucléotide. ADN riche en charge -. Atome de phosphore essaye d’équilibrer ses électrons périphériques. ceci avec 3 H+. l’un des composant principaux du coca : H3PO4. pK = 3 ou 4 donc acide. donc ADN + stable que l’ARN. L’ester formé va se faire au dépend du C5. 10^12g d’ADN dans cellules. Dans l’ADN le ribose va devenir désoxyribose en éliminant l’oxygène en C2. ARNm permet le codage en synthèse de protéine. Base + sucre = nucléoside Nucléoside + liaison ester Pate = nucléotide. ARNm : fonction de ces molécules (messager) ARNr : permet fonctionnement des ribosomes ARNt : ribosome de transfert apport de protéine sur ribosomes ARNmi : microARN qui permettent de réguler la traduction Joue rôle dans transmission de l’info génétique du noyau vers le cytoplasme pour exprimer le fonctionnement. 3 milliard de nucléotides. cela permet d’entrer des charges négatives. Avant les cellules n‘utilisaient que l’ARN.Chapitre 1 sortir du noyau = transcription.Biologie moléculaire . cette ficelle d’ADN va être recroquevillée pour rentrer dans une petite sphère qui fait 6 microns de diam. mais pas la plus longue de toutes les espèces. Ribose et furane ont 5 atomes de carbones. son pK est moins acide que les acides fort. La quantité d’ADN de nos cellules pas grand-chose 5 picogramme une cellule. ce qui fait que la molécule a une L d’1m de long environ. avantage 1/8 . ARN plus sensible chimiquement a des hydrolyses que l’ADN.+ un sucre . O chargé légèrement négativement. Le sucre est le désoxyribose dans le cas de l’ADN.+ de l’acide Phosphorique. Dans ADN. et O mobile donc mol acide. (60’s). L’ADN principal de nos cellules : l’ADN nucléaire : mol très longue. c’est un tri acide. C‘est une molécule acide car très riche en acide phosphorique. qui est un maillot à 3 pièces qui a 3 constituant de base différent : .une base : purique ou pyrimidique . d’autres espèces ont plus long. Fonction alcool réagit avec la fonction acide de l’acide phosphorique. élimination d’une mol d’H20. acide faible utilisé sous forme ester phosphate dans de nombreux composant de la cellule.

Biologie moléculaire . (dioxo. On les retrouve dans tous les acides nucléique ADN et ARN. (=5méthyl uracile) U et C sont les 2 que l’on trouve dans l’ARN. c’est par l’intermédiaire du N9 que va se faire la liaison osidique. Elimination d’une molécule d’eau.Chapitre 1 évolutif.Purine : noyau pyrimidine + cycle à 5 sommets. Quand on forme un nucléoside (2 pièces : sucre + base). AMP = acide adénylique. Nt permet d’autres fonctoin cellulaires a l’état isolé : Nucléotide qui contient de l’adénine. c’est par le N1 que se fait la liaison au sucre. La thymine (T) : la 2. liaison covalente très solide. Composition en base connu des les 50’s mais pour la structure + difficile car pour connaitre assemblage des molécules de base. comme ARN a propriété d’autocatalyse. ADN a un désoxyribose moins fragile que le ribose de l’ARN. au 4 on a un NH2 donc fonction amine. . de nombreux constituants vont se fixer Il existe 3 types de base pyrimidique : L’uracile (U) 2. pour qu’E libre diminue.) La cytosine © : 2. 2 bases pour créer 2 nucléotides différents dans l’ADN et l’ARN. il faut qu’elle s’hydrolyse. il est plus fragile.4 dioxo pyrimidine formation de double liaison O. au fur et a mesure de l’évolution. l’uracile plus fragile aux mutations que la thymine. on peut l’appeler l’AMP. C A T G. . (adénosine monophosphate) si on rajoute Pate ADP ATP. élimination d’une molécule d’eau.4 dioxo 5 methyl pyrimidine. Quand on libère de l’acide phosphorique on recrée stabilité complète de la molécule. la seule technique 1/8 . Dans l’ADN on trouve la C et T. contenu en Energie libre élevé. 2 types de nucléotides : L’adénine (A) : découvert dans le ganglion 6NH2 purine Guanine (G): 2 amino 6 oxy purine. 3 milliard de lettres chez l’homme. et l’E de l’acide phosphorique est basse donc libération d’E. pareil pour le u… UMP.. L’uracile + le sucre = uridine le Nt = UMP Cytosine + sucre = cytidine le Nt = CMP Thymine + sucre = thymidine le Nt = dTMP Adénine + sucre = Adénosine le Nt = AMP Guanine + sucre = Guanosine le Nt = GMP Nucléotides vont se former par l’accrochage donc de la fonction ester en 5‘. et dans ARN T remplacé par U. Les bases : vont s’accrocher au niveau du C1 du ribose. oxy. donc la nature a inventé un dérivé de l’uracile qui est la thymine. a partir de ce noyau. la fonctoin acide de l’H3PO4 va s’accrocher et on aura des charges -. 4 amino. Doubles liaisons au niveau de P instable. ADN sous forme de succession de lettres. accrochage par un azote (N).Pyrimidine : (6 sommets.

le message génétique s’écrit de l’extrémité 5’ a l’extrémité 3’. élimination d’une molécule d’H20 entre la fonction hydroxyle et une des fonction acide de l’acide phosphorique. On a une chaine poly nucléotidique.5 chez l’homme. il y a 2 chaines poly nucléotidiques qui vont s’appariées l’une de l’autre. La liaison des bases se fait par des liaisons H. Rapport AT / CG = 1. On distingue un 1/8 . Montant de l’échelle sont les liaisons sucre-Pate.. Le diamètre de l’hélice varie : type B diamètre de 2 nm. ADN a structure de double hélice. L. permet de ranger 10 paire de base. Les barreaux de l’échelle sont caractérisés par les bases. ADN = polymère qui résulte de l’association de 2 polymères. liaison d’E faible. Extrémité 3’OH. 5’ phosphodiester. Si on fait bouillir l’ADN on va séparer les 2 chaines.Biologie moléculaire . c’est la distance longitudinal correspondant a 1 tour d’hélice.34 nm. 2 chaines polymériques ensemble 1 chaine = association covalente d’un grand nombre de nucléotides entre eux. la mol va s’accrocher. Ces liaisons H. 1 avec le 3’ et une fonction ester avec une fonction acide de l’acide phosphorique. et A sera toujours apparié avec une T (2 liaisons H) et la C avec G (3 liaison H).4 nm. donc ce sont des liaisons 3’.H vont stabiliser la double hélice. qui s’accroche par liaisons phospho di ester. 1 nucléotide sous forme d’ester Pate qui se forme au dépend de la fonction OH en 5’Pate. donc une base va être un donneur d’H. ou 10 nucléotides. qui sont des liaisons faibles qu’on appelle des liaisons H. cet appariement des 2 chaines se fait de tête bèches. se stabiliser sur les liaisons chimiques. Dans l’ADN. il faut immobiliser la molécule. un seul atome de phosphore va donner 2 fonctions acides pour former un di ester. de liaison ester Pate. Plateau des bases perpendiculaires à l’axe de hélice. Les 2 chaines se réunissent pour former une échelle. On calcule la L de l’ADN selon son nombre de nucléotides. il faut connaître le principe : les liaisons H va avoir un donneur d’H comme NH. et l’autre de 3’ vers 5’. Acide phosphorique va former liaison par d’une de ces fonction acide en 3’. et cette mol va donner un spectre de diffraction. Entre 2 base 0. distribuées à partir d’une seule molécule d’acide phosphorique. Base quasiment perpendiculaire à l’axe de l’hélice. L’extrémité 5’ de la liaison est antiparallèle à l’autre chaine.Chapitre 1 possible est la diffraction au RX. et donc il faut la déshydration pour obtenir un cristal de mol. La molécule d’ADN est une mol linéaire constituée de l’assemblage successif. La double hélice va être tordue selon son axe longitudinal. Elle est dissymétrique par rapport à son axe. le pas de l’hélice est de 3. et il y en a dans les bases. Dimensions : Un brin de 5’ vers 3’. Quand on arrive à cette déshydration. 1ere étape difficile pour photographie. H va être attiré par le coté électronégatif de l’atome accepteur de l’atome d’O. avec des dimensions selon son axe.

Message génétique de la 2e chaine respecte les règles d’appariement. ils se détruisent très vite. rôle de transcription et traduction.8nm et le pas de l’hélice est de 4.. Structure non régulière. 3) Structure des ARN Pas de structure régulière en double hélice. On en trouve de type A court et trapu (pas de l’hélice 2. et le nombre de paire de base est de 12. ou en forme d’épine à cheveux. il y a donc plus de A et T.34nm x 3 milliard.) 3 milliards de paires de bases. on peut avoir structure tige tige boucle. 4) Métabolisme des acides nucléiques : C’est l’ensemble des modifications chimiques qui permettent de créer des acides nucléiques et de les détruire. mais par contre les 2 messages génétiques sont différents. les tissus les plus sujets a un renouvellement est la peau. région chromosomique) diamètre 1. sans le savoir on renouvelle 1kg de la masse corporelle. par contre le rapport A+T/ C+G. Milliers de fois plus gros qu’un atome d’H. Adn court et trapu. Chaque jour. ARN les plus abondant de la cellule sont ceux des ribosomes. elle est plus étiré. cela fait un mètre (0.023) quand on l’applique a l’hydrogène = 1 gramme. La proportion. base inclinée par rapport à l’axe de l’hélice. On peut imaginer qu’il y a des zones appariées en hélices mais le reste de la structure est globalement pas apparié. 1/8 . Les messages sont donc complémentaires. 2 sillon selon la façon dont la double hélice se tord sur son axe. (muguet 78Gbases) On a 2 génomes. Sont les ARNmi (20 a 30Nt). Masse moléculaire s’exprime en dalton : nombre de molécule par mol : masse d’une mol (6.Chapitre 1 grand sillon et un petit sillon. dépend de taille des gènes de 1000 a 10 000Nt. Les ARNm qui transmettent l’info génétique à la production de protéine. quand on dose l’Adénine on aura autant de thymine. il est de l’ordre de 1. Pas de structure en double hélice. Et structure de type Z étiré et mince (site de recombinaison génétique à chromosome. Inclinaison des paires des bases environ 90° (6° d’écart) Longueur de l’ADN humain 3 milliard de Nt. Les ARN peuvent former des appareils de structure 2ndaire. donc 2m car génome maternel et paternel. Mensurations d’une molécule d’ADN retenir la structure de type A.6 nm. Nt environ 350Da. l’épithélium intestinal surtout et les cellules souches précurseurs des GR et GB de notre sang.Biologie moléculaire . ADN se mesure en Nt.5nm et le nombre de paire de base par tour est de 11. Structure plus fragile. ARNsn ARNnc : non codant: dont les plus imp.5 nm. pareil pour la guanine et cytosine. très important aux fonctions du ribosome 80% (120Nt a 4700Nt) 15% pour les ARNt (100aine de Nt) rôle d’adaptateur pour amener les AA sur les ribosomes.5. diam de 2.

par contre on peut récupérer des bases dans les voies de récupération. Le plus difficile ce sont les bases. il va falloir donc une voie de NOVO synthèse a neuf des bases. il y a des nucléosides kinase. N. entre 5 et 7 mol d’ATP dans cette synthèse. on fait partir le groupement pyro pate qui libère de l’E et on ajoute la base au niveau du 1’ donneur de ribose. donc doit créer une autre mol d’ADN. PRPP : activé : on a PR 1’ pyro Pate: quand on libère 2 mol d’acide phosphorique. Pour les purines: au lieu d’utiliser le sucre et la base d’emblée. (pyro car quand libère 2 H3PO4 génère du feu. le plus d’énergie est pour synthétiser la base. Imp est de voir que d’emblée pièce rapproché grâce a phosphorylase qui vont ajouté sucre phosphorylé sur la base. Selon qu’il s’agit de pyrimidine ou purine utilise 2 types d’enzymes. Plusieurs réaction successives :synthèses a partir de mol très simple de ces noyaux soit pyrimidine et purines : Biosynthèse de novo des pyrimidines: cellules pour fabriquer noyau pyrimidine a besoin d’atomes C et N. Tout le long on consomme de l’E. une cellule mère va donner 2 cellules filles. pour les pyrimidines. a partir de l’alimentation. notre propre ADN va être en morceau et on va récupérer cet ADN pour recréer de l’ADN neuf.Biologie moléculaire . - Voie de NOVO : synthèse endogène nécessite plus d’E.Voie de récup : sans le savoir on renouvelle 100 a 200g de l’épithélium intestinal. 2) carbanyl se condense avec AA (aspartate) pour donner 1er cycle pyrimidique qui va être une pyrimidine pas utiliser dans les acides nucléique : acide orotique: 2. etc. On utilise le Phospho rybosyl pyro Pate (PRPP) : ajoute le ribose et l’acide phosphorique obtention d’AMP et GMP. 1) Dans première réactions : condense carbonate CO2 avec la glutamine (donneur d’azote) pour former du carbanyl Pate en présence d’ATP. ATP sert de donneur de groupement Pate pour obtenir un Nt a partir d’un nucléoside. bases peuvent être tiré de l’alimentation comme reprendre de l’ADN dans la viande par ex qui va coupé l’ADN grâce a des nucléases. H3PO4 est dispo par l’alimentation. Si cellule a pas assez de ce recyclage des bases. La voie de récupération consomme moins d’énergie environ 5 à 6 moins d’énergie que la voie de NOVO. nos cellules font des économies car pour synthétiser un nucléotide. APRM adénine phospho ribosyl transférase et GPRT. complexe et différente selon qu’il faut synthétiser des pyrimidines et des uridines. on utilise que la base. en fait le principe est de fabriquer une base par ex d’un noyau pyrimidine apporté O. a partir de mol qui sont des AA ou du gaz carbonique apporter sous forme de carbonate dans les cellules.4 di oxo 6 carboxy pyrimidique = Orotate 1/8 . on utilise les phospho rybosyl transférase. pour former le noyau.Chapitre 1 La mitose. . On transforme le glucose en ribose. il faudra fabriquer avec un rythme plus important. on récupère le nucléoside et on accroche l’acide phosphorique.) 2 pate réunis par groupement phospho anhydride.

1) régule la biosynthèse : incorporation d’emblée du PRPP (ribose activé par acide phosphorique) qui en présence de glutamine va donner de la phosphorybosylamine.Biologie moléculaire . Régulation des activités des enzymes : Les produits finaux vont inhiber le 1er enzyme. 2) Succession d’étape qui vont incorporer soit atope d’N ou C pour former hétérocylcique purique. Base qui donne inosine appellation du nucléoside qui résulte d’une base l’hypoxantine (6 oxo purine) accroché a une base. clive liaisons phospho diester a l’intérieur du nucléotide. l’acide aspartique. si on inhibe le 1er on fait faire des économies a la cellule. 3) Au bout de ces différentes étapes on abouti a un Nt qui est l’IMP : inosine mono phosphate. . Car elle utilise une vitamine sous forme de dérivé qui est l’acide pholique B9 : favorise renouvellement des cellules. la synthèse de novo des pyrimidines. dans le cas des purines le 1/8 . le donneur est un donneur de méthylène qui est greffé et en s’ajoutant a l’atome d’H va former un groupement CH3. La dégradation des nucléotides : le catabolisme et leur fonctionnement. Réaction imp. les produits finaux sont les Nt. CO2. Principe : Ex AMP. Et tout cela consomme de l’ATP. l’organisme ne peut plus s’approvisionner des pièces détachées dans l’alimentation donc active la voie de synthèse De novo. On transforme O en fonction amine : AMP et toujours a partir de l’IMP on forme du GMP. Il existe 2 catégories de nucléases : . Voie DE NOVO utile lors d’un emballement cellulaire comme après un coup de soleil ou infection intestinale. et vitamine B9 = pholique. 4) OMP subit décarboxylation pour donner l’UMP (perte de gaz carbonique) 5) 2 autre modification chimique de l’UMP pour produire de la CMP et de la TMP (formé a partir du dUMP par une réaction de méthylation. glutaminotransferase 8’ On consomme environ 5 a 7 ATP pour créer ces Nt. en molécules simples dégradés par la cellule. utilisation de plusieurs mol d’ATP. Mol qui contribue a apporter atome : glycine.les éxonuclases (exo = extérieur) il existe des 5’ exo nucléases.Chapitre 1 3) incorporation de la combinaison du sucre et ribose PRPP pour former l’OMP. vont cliver les liaisons phospho diester. Différentes enzymes vont dégrader les acides nucléiques par des nucléases. ou des 3’ exo nucléases. qui vont inhiber le 1er enzyme qui commande la biosynthèse. 5 mol d’ATP consommé pour cette synthèse Biosynthèse de novo des purines : On a davantage de pièce détaché par noyau plus complexe car constitué de 9 atomes constitutif. qui enlève un a un les acide nucléiques.les endonucléases. les Nt pyrimidiques vont être dégradé en pièces détachés.

crise de la goutte douloureuse. capable de dissocier. 2) puis on a une désaminase qui va transformer adénine en 6oxo va donné l’inosine. pathologique. elle précipite sous forme de cristaux. se caractérise par une goutte chez un nouveau né. elle ne peut pas être cliver en ses atomes constitutifs. Avantage de l’acide urique = piégeur de radicaux oxydant : elle est donc anti oxydante.Biologie moléculaire . et d’être en équilibre très léger avec le H+. donc baisse de synthèse des Nt purique dans la cellule. L’acide urique va être un produit de catabolisme et devra être dégradé dans l’urine. Le syndrome de Lesh nyahan (30’). il va donc générer un peu plus d’acide urique. Parallèlement au hypercholestérolémie. Les oiseaux ne consomme pas d’eau car n’en élimine pas. donc le noyau purine doit être éliminer. Les bases pyrimidiques. et donc un excès d’acide urique (colique d’acide urique dans les urines). 1/8 . Cette mol est un peu plus soluble. Maladie génétique lié au mode récessif lié a l’X. qui vont se bloquer des les uretères.Chapitre 1 noyau purine est la 2e mol organique chez l’homme qui ne peut pas être dégrader (diviser en morceau…). donc on a une inflammation = goutte (excès alimentaire) Taux moyen de l’acide urique est de 25 mg/L.8 tri oxopurine). précipitation d’acide urique dans le liquide articulaire. emballement de la synthèse. on libère le sucre : le ribose 1Pate et une base qui sera l’hypoxantine (6oxo purine) 4) puis l’hypoxantine subit l’action d’une xantine oxydase. urée soluble. (comme le cholestérol). 6 . on a des cristaux. on aura donc une Xanthine 2. Mais si on en a trop. 5) enfin on obtiendra l’acide urique (2. Acide urique solide.6 di oxy purine. Les oiseaux éliminent par l’acide urique et non par l’urée. donc la cellule va comprendre qu’elle a besoin d’en synthétiser. on risque d’avoir un excès d’acide urique. 1) AMP on a une nucléotidase qui va donné la libération de l’adénosine (adénine + sucre) et du phosphate inorganique. peuvent être dégradées en ses différents constituants. capable de porte une capacité négative. surcharge = dépôt. si on n’élimine pas assez d’acide urique. comportement auto destructeur. coliques. peut monter jusqu'à 40 selon la masse musculaire. va inhiber la xanthine purinase (avant dernier étape). plusieurs formes d’expression souvent retard mental ou troubles du comportement. 3) puis une nucléosine phosphorylase. dépôt de cholestérol sur la paroi des artère (artère peut se boucher). Limitation de l’acide urique : médicament :Allopurinol. Acide urique peu soluble dans l’eau. Mutation de l’HGPRT. avec ses atomes d’O mais aussi grâce a ses doubles liaisons qui va donner un caractère acide à ses doubles liaison = acide urique.