Premio Nobel de Qumica 2013

Llevando el experimento al ciberespacio

Las reacciones qumicas ocurren a la velocidad del rayo; los electrones saltan entre tomos, ocultos a las
miradas indiscretas de los cientficos. Los premiados con el Nobel de Qumica 2013 han hecho posible mostrar las misteriosos caminos de la qumica usando los ordenadores. El conocimiento detallado de los procesos qumicos ha hecho posible la optimizacin de catalizadores, medicamentos y clulas solares.
Qumicos de todo el mundo idean y realizan experimentos en sus ordenadores a diario. Con la ayuda de los
mtodos que Martin Karplus, Michael Levitt y Arieh Warshel comenzaron a desarrollar en la dcada de
1970, pueden examinar cada pequeo paso de los complejos procesos qumicos, invisibles para el ojo.
Para que usted, lector, pueda tener una idea de cmo la humanidad puede beneficiarse de esto, comenzamos con un ejemplo. Pngase la bata de laboratorio, porque tenemos un reto para usted: disear una fotosntesis artificial. La reaccin qumica que tiene lugar en las hojas verdes llena la atmsfera de oxgeno y
es un prerrequisito para la vida en la tierra. Pero tambin es interesante desde una perspectiva medioambiental. Si usted puede imitar la fotosntesis, podr crear clulas solares ms eficientes. Cuando se dividen
las molculas de agua se crea oxigeno, pero tambin hidrgeno que podra utilizarse para alimentar nuestros vehculos. As que hay suficiente razn para comprometerse en este proyecto. Si tiene xito, podra
usted contribuir a resolver el problema del efecto invernadero.

Hoy da los qumicos experimentan tanto con sus ordenadores como en el laboratorio. Los resultados tericos obtenidos con el ordenador son despus confirmados con experimentos reales que aportan nuevos datos sobre cmo funciona
el mundo de los tomos. Teora y prctica se enriquecen mutuamente.

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Una imagen vale ms que mil palabras, pero no lo es todo

Como primer paso es probable que usted busque en internet y encuentre una imagen tridimensional de las
protenas que regulan la fotosntesis. Tales imgenes son libremente accesibles en las grandes bases de
datos. En su ordenador puede girar y rotar la imagen como desee. Descubrir que las gigantescas molculas de protena estn formadas por decenas de miles de tomos. En algn lugar, en el centro, hay una pequea regin llamada centro de reaccin. Es ah donde se dividen las molculas de agua. Sin embargo,
slo unos pocos tomos estn involucrados directamente en la reaccin. Entre otras cosas podr ver cuatro
iones manganeso, un ion calcio y varios tomos de oxgeno. La imagen muestra claramente las posiciones
de los tomos y los iones, pero no dice nada sobre qu hacen estos iones y tomos. Justamente lo que
necesitamos saber. De alguna manera los electrones deben ser extrados del agua y aparecer protones.
De qu manera ocurre eso?
Los detalles de este proceso son prcticamente imposibles de determinar utilizando los mtodos tradicionales de la qumica. Muchas cosas pasan en una fraccin de un milisegundo, un rango de tiempo que descarta la mayora de los experimentos en tubo de ensayo. A partir de la imagen que tienes en tu ordenador tambin es difcil de adivinar el proceso de la reaccin, porque fue tomada cuando las protenas se encontraban
en estado de reposo. Cuando la luz del sol golpea las hojas verdes, las protenas absorben energa alterndose su estructura atmica. Para comprender la reaccin qumica necesitaramos saber qu aspecto tiene
ese estado rico en energa.
Aqu es donde es necesaria la ayuda de los programas informticos que la Fundacin Nobel ha considerado merecedores del Premio Nobel de Qumica 2013.
Teora y prctica, un exitoso intercambio

Usando este tipo de software se pueden calcular vas posibles para la reaccin. Esto se denomina simulacin o modelado. De esta manera se puede tener una idea del papel que tomos especficos juegan en las
diferentes etapas de la reaccin qumica. Y cuando se tiene una va posible de reaccin es ms fcil llevar a
cabo experimentos reales para confirmar si la simulacin informtica es correcta o no. Estos experimentos,
a su vez, pueden dar nuevas pistas para mejorar las simulaciones; teora y prctica se enriquecen mutuamente. Una consecuencia es que los qumicos pasan ahora tanto tiempo frente a sus ordenadores como
entre los tubos de ensayo.
Pero... qu tienen de especial los programas informticos premiados con el Premio Nobel de Qumica?

Combinando lo mejor de ambos mundos

Anteriormente, cuando los cientficos queran simular las molculas en sus ordenadores, tenan software a
su disposicin basado en la fsica newtoniana o en la fsica cuntica. Ambos tenan sus ventajas e inconvenientes. Los programas clsicos son capaces de calcular y procesar grandes molculas. Solo muestran las
molculas en estado de reposo, pero dan a los qumicos una buena representacin de cmo estn situados
los tomos en ellas. Sin embargo, no se pueden usar estos programas para simular reacciones qumicas.
Durante la reaccin, las molculas absorben energa, pasando a un estado excitado. La fsica clsica simplemente no entiende esos estados, y eso es una severa limitacin.
Cuando los cientficos quieren simular reacciones qumicas, deben recurrir a la fsica cuntica, una teora
donde los electrones pueden ser partculas y ondas simultneamente, y donde el famoso gato de Schrdinger, escondido en su caja, puede estar a la vez vivo y muerto.
Lo bueno de la fsica cuntica es su neutralidad y el modelo no incluir ideas preconcebidas de los cientficos. Por lo tanto, tales simulaciones son ms realistas. La desventaja es que estos clculos requieren una
enorme capacidad de computacin. El ordenador tiene que procesar cada electrn individual y cada ncleo
atmico de la molcula. Esto puede ser comparado con el nmero de pxeles en una imagen digital. Muchos
pxeles darn una alta resolucin, pero tambin requieren ms recursos informticos. Asimismo, clculos
cunticos producen descripciones detalladas de los procesos qumicos, pero requieren ordenadores potentes. Esto signific que en la dcada de1970 los cientficos slo podan realizar clculos de pequeas mol-

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culas. En sus modelos se vean obligados a ignorar las interacciones con el ambiente circundante, aunque
las reacciones qumicas en la vida real ocurren a menudo en disolucin. Si los cientficos hubieran incluido
en sus clculos el disolvente, tendran que haber esperado dcadas para obtener los resultados.
As que la qumica clsica y la cuntica tenan sus fundamentos en dos mundos distintos y en algunos aspectos, rivales. Pero los laureados con el Premio Nobel de Qumica 2013 han abierto una puerta entre estos
dos mundos. En sus modelos informticos Newton y su manzana colaboran con Schrdinger y su gato.

Newton y el gato de Schrdinger. Antes la qumica cuntica y la clsica pertenecan a

mundo rivales. Los laureados con el Premio Nobel de Qumica han abierto una puerta
entre los dos mundos logrando una exitosa colaboracin.

La qumica cuntica y la fsica clsica colaboran

El primer paso hacia esta colaboracin fue dado a principios de la dcada de 1970 en el laboratorio de Martin Karplus de la Universidad de Harvard, en Cambridge, Estados Unidos. Karplus perteneca, claramente, al
mundo cuntico. Su grupo de investigacin desarroll programas que simulaban reacciones qumicas con la
ayuda de la fsica cuntica. Tambin ha desarrollado la "ecuacin de Karplus", que se utiliza en la resonancia magntica nuclear (RMN), un mtodo bien conocido por los qumicos, que se basa en propiedades
cunticas de las molculas. Tras terminar sus estudios de doctorado, Arieh Warshel lleg al laboratorio de
Karplus en 1970. Haba realizado su doctorado en el Weizmann Institute of Science, en Rehovot, Israel. El
Instituto tena un ordenador potente, el Golem, nombre de una criatura en el folclore judo. Con la ayuda de
Golem, Arieh Warshel y Michael Levitt haban desarrollado un programa innovador basado en las teoras
clsicas. El programa permita modelar todas clase de molculas, incluso grandes molculas biolgicas.
Cuando Arieh Warshel se uni a Martin Karplus en Harvard, trajo su programa informtico clsico con l.
Utilizndolo como punto de partida, Karplus y l empezaron a desarrollar un nuevo tipo de programa que
realiza diferentes tipos de clculos segn los diferentes electrones. En la mayora de las molculas cada
electrn orbita alrededor de un ncleo atmico. Pero en algunas molculas, ciertos electrones pueden moverse libremente entre varios ncleos atmicos. Tales "electrones libres" pueden encontrarse, por ejemplo,
en el retinal, una molcula situada en la retina del ojo. Karplus tena, desde haca mucho tiempo, un gran
inters en saber cmo, en el retinal, las propiedades cunticas de la molcula afectan a su funcin biolgica; cuando la luz llega a la retina, los electrones libres del retinal absorben energa alterando la forma de la
molcula. Esta es el primer paso para poder ver.
Eventualmente Karplus y Warshel lograron modelizar el retinal. Empezaron con molculas similares de una
estructura ms simple. Desarrollaron un programa informtico basado en la fsica cuntica para realizar
clculos con electrones libres y que, por otro lado, aplica teoras clsicas, ms simples, para los dems
electrones y los ncleos atmicos. En 1972, publicaron sus resultados. Esta fue la primera vez que alguien
haba logrado una colaboracin qumicamente relevante entre la fsica clsica y la fsica cuntica. El programa era innovador pero tena una limitacin. Slo se poda aplicar a molculas con simetra especular.

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Un programa universal para el clculo de la qumica de la vida

Despus de dos aos en Harvard, Arieh Warshel se reuni con Michael Levitt. Levitt ya haba terminado su
formacin doctoral en la Universidad de Cambridge, Reino Unido, en aquel tiempo lder en el mundo en el
estudio de molculas biolgicas como DNA, RNA y protenas. El haba usado su programa informtico
clsico con el fin de obtener una mejor comprensin del aspecto de las molculas biolgicas. La limitacin,
sin embargo, segua ah: slo era posible examinar las molculas en un estado de reposo.
Levitt y Warshel apuntaron alto. Queran desarrollar un programa que pudiera ser utilizado para estudiar las
enzimas, las protenas que regulan y facilitan las reacciones qumicas en los organismos vivos. Ya siendo
un joven estudiante, Warshel haba sentido curiosidad sobre la funcin de las enzimas. Es la cooperacin
entre las enzimas lo que hace posible la vida. Controlan prcticamente toda la qumica en el cuerpo. Si usted quiere entender la vida, debe entender las enzimas.
Para poder simular reacciones enzimticas, Levitt y Warshel deberan lograr que la fsica clsica y la cuntica colaboraran ms estrechamente. Les llevara varios aos superar todos los obstculos. Empezaron sus
exploraciones en el Instituto Weizmann, en Rehovot, pero cuando Levitt unos aos ms tarde termin su
formacin postdoctoral, regres a Cambridge, donde estuvo acompaado por Warshel. En 1976 alcanzaron
su meta y publicaron el primer modelo computerizado de una reaccin enzimtica. Su programa fue revolucionario porque poda ser utilizado con cualquier tipo de molcula. El tamao ya no era un problema para
simular las reacciones qumicas.
Centrndose en el corazn de la accin

Cuando los qumicos modelizan actualmente procesos qumicos, aplican la energa donde es necesario.
Realizan complicados clculos cunticos con los electrones y ncleos atmicos que intervienen en el proceso. De esa manera, consiguen la mejor resolucin donde es importante. Las otras partes de las molculas
se modelan usando ecuaciones clsicas.
Para no perder capacidad de computacin, Michael Levitt y Arieh Warshel han disminuido la carga de clculo an ms. El ordenador no tiene que dar cuenta de cada tomo en las partes menos interesantes de la
molcula. Han demostrado que es posible juntar varios tomos durante los clculos.
En los clculos modernos los cientficos aaden una tercer nivel de simulacin. Dicho de una manera simplificada el ordenador puede agrupar tomos y molculas en una sola masa homognea, para zonas alejadas
de los procesos qumicos. En lenguaje cientfico esto se denomina medio dielctrico.

Hasta dnde nos llevar las simulaciones, lo sabremos en el futuro

Hoy, cuando los cientficos modelan procesos moleculares, aplican el poder de los ordenadores donde se necesita. En el corazn del sistema se realizan clculos cunticos. Ms
lejos del centro de atencin los clculos estn basados en la fsica clsica, y en las zonas
ms alejadas, los tomos y las molculas son tratados como una masa homognea. Estas
simplificaciones permiten realizar clculos con sistemas qumicos muy grandes.

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El hecho de que los cientficos hoy da puedan utilizar ordenadores para llevar a cabo experimentos, nos ha
llevado a un mejor conocimiento de cmo transcurren los procesos qumicos. La importancia de los mtodos
que han desarrollado Martin Karplus, Michael Levitt y Arieh Warshel estriba en que son universales.
Pueden ser utilizados para el estudio de toda clase de compuestos qumicos; desde las molculas de la vida
hasta los procesos qumicos industriales. Los cientficos pueden optimizar las clulas solares, los catalizadores en los vehculos a motor o los medicamentos, por poner unos pocos ejemplos.
El progreso, sin embargo, no se detendr aqu. En una de sus publicaciones, Michael Levitt escribe sobre
uno de sus sueos: simular un organismo vivo a nivel molecular. Es una idea tentadora. Los modelos informticos que han sido desarrollados por los laureados con el Premio Nobel de Qumica 2013 son herramientas poderosas. Hasta dnde exactamente podrn avanzar nuestro conocimiento, solo el futuro lo dir.

LINKS AND FURTHER READING

Additional information on this years Prizes, including a scientific background article in English, may be found
at the website of the Royal Swedish Academy of Sciences, http://kva.se, and at http://nobelprize.org. They
also include web-TV versions of the press conferences at which the awards were announced. Information on
exhibitions and activities related to the Nobel Prizes and the Prize in Economic Sciences may be found at
www.nobelmuseum.se.

Articles
Levitt, M. (2001) The birth of computational structural biology, Nature structural biology 8:392393.
Karplus, M. (2006) Spinach on the Ceiling: A Theoretical Chemists Return to Biology,
Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 35: 147.
Johnson, P. (2012) Warshel Fted by Royal Society of Chemistry,
http://128.125.126.117/news/stories/1298/ warshel-fted-by-royal-society-of-chemistry/

THE LAUREATES
MARTIN KARPLUS

MICHAEL LEVITT

ARIEH WARSHEL

U.S. and Austrian citizen. Born 1930

in Vienna, Austria. Ph.D. 1953 from
California Institute of Technology, CA,
USA. Professeur Conventionn, Universit de Strasbourg, France and
Theodore William Richards Professor
of Chemistry, Emeritus, Harvard University, Cambridge, MA, USA

U.S., British and Israeli citizen. Born

1947 in Pretoria, South Africa. Ph.D.
1971 from University of Cambridge,
UK. Robert W. and Vivian K. Cahill
Professor in Cancer Research, Stanford University School of Medicine,
Stanford, CA, USA.
http://med.stanford.edu/profiles/Micha
el_ Levitt

U.S. and Israeli citizen. Born 1940 in

Kibbutz Sde-Nahum, Israel. Ph.D.
1969 from Weizmann Institute of Science, Rehovot, Israel. Distinguished
Professor, University of Southern
California, Los Angeles, CA, USA.
http://chem.usc.edu/faculty/Warshel.
html

http://chemistry.harvard.edu/people/m
artin-karplus
http://www-isis.u-strasbg.fr/biop/start