CINVESTAV 01 Bioinf

Introduccin a la Bioinformtica
Dr. Eduardo A. R ODRGUEZ T ELLO

C INVESTAV-Tamaulipas
16 de mayo del 2013
Dr. Eduardo R ODRGUEZ T. (C INVESTAV)
16 de mayo del 2013
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Bioinformtica
Introduccin
Qu es bioinformtica?
Un poco de historia
Datos biolgicos
Objetivos
mbito
Aplicaciones prcticas
reas de investigacin
Limitantes
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Bioinformtica
Introduccin
Bioinformtica
Introduccin
Un poco de historia
Datos biolgicos
Objetivos
mbito
Limitantes
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Bioinformtica
Introduccin
Introduccin
Las herramientas cuantitativas son indispensables en la biologa

moderna
Actualmente la mayora de la investigacin biolgica implica la
aplicacin de algn tipo de matemticas, estadstica, o de
herramientas computacionales
Esto con el fin de ayudar a sintetizar los datos registrados e
integrar diversos tipos de informacin en el proceso de responder
a una pregunta biolgica
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Bioinformtica
Introduccin
Introduccin
Por ejemplo, la enumeracin y la estadstica son necesarias para
evaluar los experimentos cotidianos de laboratorio, como contar
colonias de bacterias
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Bioinformtica
Introduccin
Introduccin
Un ejemplo clsico en la historia de la gentica es el de Gregor
Mendel (Austria, 1866) y Thomas Morgan (USA, 1910)
Quienes al contar variaciones genticas de plantas y moscas de
la fruta, fueron capaces de descubrir los principios de la herencia
gentica
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Bioinformtica
Introduccin
Introduccin
Un uso ms elaborado de instrumentos cuantitativos puede
implicar el empleo de clculo diferencial, por ejemplo para
establecer un modelo cintico de la catlisis enzimtica
O el uso de un gran nmero de ecuaciones diferenciales parciales

no lineales para modelar el flujo sanguneo cardaco
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Bioinformtica
Introduccin
Introduccin
Evidente las herramientas matemticas y computacionales hoy en

da se han convertido en parte integral de la investigacin
biolgica
Sin embargo, ninguno de los ejemplos mencionados del uso de
herramientas cuantitativas en biologa pueden ser considerados
como parte de la bioinformtica
A continuacin describiremos a detalle qu es la bioinformtica
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Bioinformtica
Bioinformtica
Introduccin
Un poco de historia
Datos biolgicos
Objetivos
mbito
Limitantes
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Bioinformtica
La bioinformtica es un rea de investigacin interdisciplinaria:
matemtica aplicada, estadstica, ciencias computacionales,
inteligencia artificial, qumica y bioqumica
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Bioinformtica
Estudia el desarrollo de mtodos computacionales y tcnicas
estadsticas para resolver problemas prcticos y tericos
derivados del almacenamiento, extraccin, manipulacin y
distribucin de informacin relacionada con datos biolgicos
(principalmente de macromolculas)
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Bioinformtica
Un poco de historia
Bioinformtica
Introduccin
Un poco de historia
Datos biolgicos
Objetivos
mbito
Limitantes
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Bioinformtica
Un poco de historia
Un poco de historia
El desarrollo de la bioinformtica es el resultado de los avances

tanto en biologa molecular como en ciencias computacionales a
lo largo de los ltimos 30-40 aos
Haremos un resumen de los eventos que han tenido mayor
impacto en el desarrollo de la bioinformtica
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Bioinformtica
Un poco de historia
Un poco de historia
Tiene su origen en los aos 1950s cuando se logr comprender
la estructura tridimensional del ADN, la molcula responsable de
transmitir la herencia gentica
Mayo de 1952, Rosalind Franklin obtiene la famosa fotografa 51,
una imagen del ADN obtenida mediante difraccin de rayos X
Abril de 1953, James D. Watson y Francis Crick reportan la
estructura tridimensional del ADN (modelo de doble hlice)
http://en.wikipedia.org/wiki/Rosalind_Franklin
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Bioinformtica
Un poco de historia
Un poco de historia
Probablemente el primer proyecto Bioinformtica fue llevado a
cabo por Margaret Dayhoff en 1965, quien desarroll la primera
BD de secuencias de protenas
Imgenes tomadas de Wikipedia

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Bioinformtica
Un poco de historia
Un poco de historia
Al inicio de los aos 1970, el Laboratorio Nacional de Brookhaven
(USA) estableci el Banco de Datos de Protenas para almacenar
estructuras de protenas en 3D (12 al inicio, 90,611 al da de hoy)
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Bioinformtica
Un poco de historia
Un poco de historia
El primer algoritmo para alineamiento de secuencias fue
desarrollado por Needleman y Wunsch en 1970
Este fue un paso fundamental en el desarrollo del campo de la
bioinformtica, que abri el camino para las comparaciones de
secuencias y bsquedas en BD de rutina realizadas por los
bilogos modernos
El primer algoritmo para prediccin de estructuras de protenas
fue desarrollado por Chou y Fasman en 1974
Los aos 1980 vieron el establecimiento del GenBank y el
desarrollo de rpidos algoritmos para bsquedas en BD como
FASTA de William Pearson y BLAST de Stephen Altschul et al.
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Bioinformtica
Un poco de historia
Un poco de historia
El inicio del proyecto del genoma humano a finales de los aos

1980 propici un rpido desarrollo de la bioinformtica
Por su parte el uso masivo de Internet en los aos 1990 hicieron
posible el acceso inmediato, intercambio y diseminacin de datos
biolgicos
En trminos generales la bioinformtica gan prominencia como
una disciplina debido al avance en los estudios sobre el genoma
que produjeron grandes cantidades de datos biolgicos
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Bioinformtica
Un poco de historia
Un poco de historia
La explosin de informacin sobre secuencias genmicas
generaron una demanda de herramientas computacionales
eficientes para manejar y analizar los datos
El desarrollo de estas herramientas dependi del conocimiento
generado en disciplinas tan diversas como las matemticas, la
estadstica, las ciencias computacionales, las tecnologas de la
informacin y la biologa molecular
La mezcla de estas disciplinas cre un campo orientado a la
informacin en la biologa, el cual es conocido como
bioinformtica
A continuacin describiremos a detalle qu es la bioinformtica
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Datos biolgicos
Bioinformtica
Introduccin
Un poco de historia
Datos biolgicos
Objetivos
mbito
Limitantes
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Bioinformtica
Datos biolgicos
Datos biolgicos
Protenas
Secuencias de aminocidos cada uno representado por una de 20
posibles letras: A, R, N, D, ...
Ejemplo: Insulina
MHHHHHHAAGIPMNNPAIKRIGNHITKSPEDKREYRGLE
LANGIKVLLISDPTTDKSSAALDVHIG...
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Bioinformtica
Datos biolgicos
Datos biolgicos
Genomas
Secuencias de ADN formadas por las letras A, T, C, G
Cada letra representa la base nitrogenada de un nucletido de la
secuencia (Adenina, Timina, Citosina, Guanina)
Ejemplo: Bacteria E. Coli
GATTCGAACTCGGCCCACGACTTAGAAGTTCTAGAA
CGACATTTTAAGTCAACAACTTACCGCGCCATCTCT...
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Bioinformtica
Datos biolgicos
Datos biolgicos
Las secuencias de las protenas contienen en promedio entre 100

y 5000 aminocidos
Las secuencias de ADN son mucho ms grandes que las de
protenas
Por ejemplo, el ADN de la bacteria E. Coli tiene 4.7 millones de
bases y el del humano 3.3 billones de bases
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Bioinformtica
Datos biolgicos
Datos biolgicos
Una gran cantidad de informacin, cada da aumenta ms
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Bioinformtica
Objetivos
Bioinformtica
Introduccin
Un poco de historia
Datos biolgicos
Objetivos
mbito
Limitantes
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Bioinformtica
Objetivos
Objetivos
El objetivo principal de la bioinformtica es lograr entender mejor

las clulas y la manera en que funcionan a nivel molecular
Esto es realizado mediante el anlisis de secuencias moleculares
en bruto y datos estructurales
De esta manera la investigacin en bioinformtica puede generar
nuevas ideas y ofrecer una perspectiva global de las funciones
clulares
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Bioinformtica
mbito
Bioinformtica
Introduccin
Un poco de historia
Datos biolgicos
Objetivos
mbito
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Bioinformtica
mbito
mbito
La bioinformtica consta de dos subcampos:

El desarrollo de herramientas computacionales y BD
La aplicacin de estas herramientas y BD en la generacin de
conocimiento biolgico para comprender mejor los sistemas vivos
Estos dos subcampos son complementarios entre s
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mbito
mbito
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Bioinformtica
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Datos biolgicos
Objetivos
mbito
Limitantes
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Bioinformtica
La bioinformtica se ha convertido en algo esencial para la
investigacin en genmica y biologa molecular
Adems tambin est teniendo un gran impacto en muchas reas
de la biotecnologa y de las ciencias biomdicas
Algunas aplicaciones
Diseo de frmacos basados en conocimiento
Anlisis forenses de ADN
Biotecnologa agrcola
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Bioinformtica
Bioinformtica
Introduccin
Un poco de historia
Datos biolgicos
Objetivos
mbito
Limitantes
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Bioinformtica
Algunas de las principales reas de investigacin en

bioinformtica incluyen:
Alineamiento de secuencias
Prediccin de genes
Prediccin de la estructura de protenas
Prediccin de la expresin gnica
Interacciones protena-protena
Modelado de la evolucin
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Bioinformtica
Introduccin
Un poco de historia
Datos biolgicos
Objetivos
mbito
Limitantes
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Bioinformtica
Limitantes
Limitantes
Hemos visto el gran potencial de la bioinformtica, pero es

tambin importante reconocer sus limitaciones para evitar
sobreestimar esta disciplina
La bioinformtica y la biologa experimental son actividades
independientes, pero complementarias
La bioinformtica depende de la ciencia experimental para
producir datos primarios para el anlisis.
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Bioinformtica
Limitantes
Limitantes
A a su vez la bioinformtica, proporciona la interpretacin de los

datos experimentales e importantes pistas para seguir la
investigacin experimental
Las predicciones hechas en bioinformtica no son pruebas
formales de cualquier concepto
No sustituyen a los mtodos tradicionales de investigacin
experimental que prueban en realidad las hiptesis
Adems, la calidad de las predicciones de bioinformtica depende
de la calidad de los datos y la sofisticacin de los algoritmos
utilizados
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http://www.tamps.cinvestav.mx/~ertello
ertello@tamps.cinvestav.mx
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Las herramientas cuantitativas son indispensables en la biologa

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O el uso de un gran nmero de ecuaciones diferenciales parciales

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Evidente las herramientas matemticas y computacionales hoy en

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El desarrollo de la bioinformtica es el resultado de los avances

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Las secuencias de las protenas contienen en promedio entre 100

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La bioinformtica consta de dos subcampos:

Estos dos subcampos son complementarios entre s