APLIKASI ASAM NUKLEAT

CHARLIE O. P. HUTAJULU (1306482003)

I.

Pendahuluan
Friedrich Miescher (1844-1895) adalah orang yang mengawali pengetahuan mengenai
kimia dan inti sel. Pada tahun 1868, dilaboratorium Hoppe-Syler di Tubingen, beliau memilih sel
yang terdapat pada nanah bekas pembalut luka, kemudian sel-sel tersebut dilarutkan dalam
asam encer dan dengan cara ini diperoleh inti sel yang masih terikat pada sejumlah protein.
Dengan menambahkan enzim pemecah protein ia dapat memperoleh inti sel saja dan dengan
cara ekstraksi terhadap inti sel diperoleh suatu zat yang larut dalam basa tetapi tidak larut
dalam asam. kemudian zat ini dinamakan nuclein sekarang dikenal dengan nama
nucleoprotein. Selanjutnya dibuktikan bahwa asam nukleat merupakan salah satu senyawa
pembentuk sel dan jaringan normal.

II.

Isi
Asam nukleat merupakan polimer besar dengan ukuran yang bervariasi antara 25.000 /
1.000.000 s/d 1 milyar. Asam nukleat baik DNA maupun RNA tersusun dari monomer nukleotida
. Nukleotida tersusun dari gugus fosfat, basa nitrogen dan gula pentosa. Basa nitrogen berasal
dari kolompok purin dan pirimidin. Purin utama asam nukleat adalah adenin dangua nin,
sedangkan pirimidinnya adalah sitosin, timin danuras il.
Beberapa fungsi penting asam nukleat adalah menyimpan, menstransmisi, dan
mentranslasi informasi genetik; metabolisme antara(intermediary metabolism) dan reaksi-reaksi
informasi energi; koenzim pembawa energi; koenzim pemindah asam asetat, zat gula, senyawa
amino dan biomolekul lainnya; koenzim reaksi oksidasi reduksi. Asam nukleat dalam sel ada
dua jenis yaitu DNA (deoxyribonucleic acid ) atau asam deoksiribonukleat dan RNA (ribonucleic
acid )a ta u asam ribonukleat. Baik DNA maupun RNA berupa anion dan pada umumnya terikat
oleh protein dan bersifat basa. Misalnya DNA dalam inti sel terikat pada histon. Senyawa
gabungan antara protein dan asam nukleat disebutnucleoprotein. Molekul asam nukleat
merupakan polimer seperti protein tetapi unit penyusunnya adalahnuk leotida . ATP adalah
salah satu contoh nukleotida asam nukleat bebas yang berperan sebagai pembawa energi.
Berikut ini akan dibahas aplikasi dari asam nukleat pada berbagai bidang.
A. Hukum
1. Forensik dan DNA fingerprint
Ilmuwan forensik dapat menggunakan DNA yang terletak dalam darah, sperma,
kulit, liur atau rambut yang tersisa di tempat kejadian kejahatan untuk mengidentifikasi
kemungkinan tersangka, sebuah proses yang disebut sidikjari(fingerprinting) DNA atau
pemrofilan DNA (DNA profiling). Dalam pemrofilan DNA panjang relatif dari bagian DNA
yang berulang seperti short tandem repeats dan minisatelit, dibandingkan. Pemrofilan
DNA dikembangkan pada 1984 oleh genetikawan Inggris Alec Jeffreys dari Universitas
Leicester, dan pertama kali digunakan untuk mendakwa Colin Pitchfork pada 1988 dalam
kasus pembunuhan Enderby di Leicestershire, Inggris.
DNA fingerprint yang merupakan gambaran pola potongan DNA dari setiap individu.
Karena setiap individu mempunyai DNA fingerprint yang berbeda maka dalam kasus
forensik, informasi ini bisa digunakan sebagai bukti kuat kejahatan di pengadilan.
DNA yang biasa digunakan dalam tes adalah DNA mitokondria dan DNA inti sel. DNA
yang paling akurat untuk tes adalah DNA inti sel karena inti sel tidak bisa berubah
sedangkan DNA dalam mitokondria dapat berubah karena berasal dari garis keturunan
ibu, yang dapat berubah seiring dengan perkawinan keturunannya. Dalam kasus-kasus

kriminal, penggunaan kedua tes DNA diatas, bergantung pada barang bukti apa yang
ditemukan di Tempat Kejadian Perkara (TKP). Seperti jika ditemukan puntung rokok,
maka yang diperiksa adalah DNA inti sel yang terdapat dalam epitel bibir karena ketika
rokok dihisap dalam mulut, epitel dalam bibir ada yang tertinggal di puntung rokok. Epitel
ini masih menggandung unsur DNA yang dapat dilacak.
Untuk kasus pemerkosaan diperiksa spermanya tetapi yang lebih utama adalah
kepala spermatozoanya yang terdapat DNA inti sel didalamnya. Sedangkan jika di TKP
ditemukan satu helai rambut maka sampel ini dapat diperiksa asal ada akarnya. Namun
untuk DNA mitokondria tidak harus ada akar, cukup potongan rambut karena diketahui
bahwa pada ujung rambut terdapat DNA mitokondria sedangkan akar rambut terdapat
DNA inti sel. Bagian-bagian tubuh lainnya yang dapat diperiksa selain epitel bibir, sperma
dan rambut adalah darah, daging, tulang dan kuku.
Banyak yurisdiksi membutuhkan terdakwa dari kejahatan tertentu untuk
menyediakan sebuah contoh DNA untuk dimasukkan ke dalam database komputer. Hal ini
telah membantu investigator menyelesaikan kasus lama di mana pelanggar tidak
diketahui dan hanya contoh DNA yang diperoleh dari tempat kejadian.

2. Narkotika
Jakarta - Rambut dalam kasus terorisme selalu dijadikan uji pembanding untuk
mengetahui kecocokan DNA antara keluarga dan pelaku teror. Tidak hanya untuk uji DNA,
rambut ternyata dapat digunakan sebagai uji kandungan narkotika dalam tubuh
seseorang.
Beberapa kelebihan dari analisis rambut bila dibandingkan dengan tes urin, di antaranya
narkoba dan metabolisme Narkoba tetap akan berada dalam rambut secara abadi dan
mengikuti pertumbuhan rambut yang berlangsung sekitar 1 inchi per 60 hari.
Deteksi kandungan narkotika dengan media rambut sangat efektif bila dibandingkan
dengan uji lainnya, seperti kandungan kemih (urine) yang dapat berkurang dan
menghilang dalam waktu singkat antara 48-72 jam karena pengeluaran secara berkala.
Selain itu, secara operasional pengambilan dan penyimpanan contoh rambut juga jauh
lebih sederhana dan tidak menjijikan seperti dalam pengumpulan urine.
Meski memiliki beberapa keunggulan, pengujian kandungan narkotika dengan
menggunakan rambut sepenuhnya tidak dapat menggantikan uji urine. "Hanya menjadi
pendukung untuk menguatkan bukti bila seseorang tersebut menyimpan kandungan
narkotika.
BNN sendiri saat ini memiliki 10 unit kendaraan yang digunakan untuk uji narkotika di
lapangan. Kendaraan tersebut dilengkapai dilengkapi teknologi GC MS (Gas
Chromatography Mass Spectrometer) yang mampu untuk mendeteksi kandungan
Narkoba
dengan
menggunakan
media
rambut.
Selain untuk tes Narkoba dengan rambut, alat-alat yang ada dalam kendaraan ini juga
bisa digunakan untuk tes dengan menggunakan urine.

3. Questioned Document Examination

Questioned Document Examination(QDE) adalah istilah untuk disiplin ilmu forensik
yang berkaitan dengan dokumen yang berpotensi disengketakan di pengadilan. Tujuan
utama dari ini adalah untuk memberikan bukti tentang dokumen yang mencurigakan atau
dipertanyakan menggunakan berbagai proses dan metode ilmiah. Bukti mungkin
termasuk perubahan, rantai kepemilikan, kerusakan dokumen, pemalsuan, asal,

keaslian , atau pertanyaan lain yang muncul ketika dokumen ditantang dalam
pengadilan.Documents fitur menonjol dalam segala macam urusan bisnis dan pribadi.
Hampir semua jenis dokumen dapat menjadi sengketa dalam penyelidikan atau litigasi.
Sebagai contoh, sebuah dokumen mempertanyakan mungkin selembar tulisan tangan
bantalan kertas atau teks mekanis diproduksi seperti catatan tebusan, cek palsu atau
kontrak bisnis. Atau mungkin beberapa materi biasanya tidak dianggap sebagai
'dokumen'. FDEs mendefinisikan kata "dokumen" dalam arti yang sangat luas sebagai
bahan bantalan tanda, tanda-tanda atau simbol dimaksudkan untuk menyampaikan pesan
atau makna kepada seseorang. Ini meliputi dokumen kertas tradisional tetapi juga
mencakup hal-hal seperti grafiti di dinding, tayangan cap pada produk daging, atau tanda
rahasia yang tersembunyi dalam sebuah surat tertulis, antara lain things. Kasus yang
pernah terjadi seperti, The Yellowcake Forgery (2003) dan The Anthrax Attack mailings
on the US Senate(2001).
B. Kesehatan

1. DNA rekombinan
Teknologi DNA rekombinan juga digunakan untuk membuat vaksin. Pada aplikasi
ini, secara garis besar beberapa mikroorganisme digunakan untuk menghambat
kemampuan mikroorganisme patogen (penyebab penyakit). Mikrobia menjadi suatu bibit
penyakit dalam tubuh apabila mikrobia tersebut menghasilkan senyawa toksik bagi tubuh
manusia. Selain itu, bagian-bagian tubuh mikrobia seperti flagel dan membran sel juga
dapat menimbulkan penyakit. Hal ini karena bagian-bagian tersebut kemungkinan terdiri
dari protein asing bagi tubuh. Senyawa dan protein asing ini disebut antigen.
Gen yang mengkode senyawa penyebab penyakit (antigen) diisolasi dari mikrobia
yang bersangkutan. Kemudian gen ini disisipkan pada plasmid mikrobia yang sama, tetapi
telah dilemahkan (tidak berbahaya). Mikrobia ini menjadi tidak berbahaya karena
telah dihilangkan bagian yang menimbulkan penyakit, misal lapisan lendirnya. Mikrobia
yang telah disisipi gen ini akan membentuk antigen murni. Bila antigen ini
disuntikkan pada manusia, sistem kekebalan manusia akan membuat senyawa khas yang
disebut antibodi.
Munculnya antibodi ini akan mempertahankan tubuh dari pengaruh senyawa asing
(antigen) yang masuk dalam tubuh. Pelajari Gambar 6 berikut agar Anda lebih memahami
pembuatan vaksin transgenik.

Langkah-langkah DNA rekombinan pada produksi insulin.

Indonesia juga memanfaatkan bioteknologi untuk membuat vaksin flu burung. Barubaru ini para ahli dari Fakultas Kedokteran Hewan IPB bekerja sama dengan Shigeta

Pharmaceutical, sebuah perusahaan farmasi dari Jepang telah berhasil menemukan

vaksin untuk penyakit yang meresahkan masyarakat ini. Vaksin ini diberi nama Bird
CLOSE 5.1. Vaksin ini diperoleh melalui rekayasa genetika dari virus penyebab flu burung
H5N1 yang dikawinkan dengan virus influenza Puerto Rico yang dapat tumbuh dengan
pesat. Virus yang dijadikan sampel dalam pembuatan vaksin ini yaitu virus H5N1 yang
ditemukan di daerah Legok, Tangerang, Banten. Zat-zat berbahaya dari virus ini
dihilangkan kemudian virus ini dikembangbiakkan dengan cepat. Virus yang sudah tidak
berbahaya inilah yang digunakan sebagai vaksin.
2. Toxikologi
Bidang toxicogenomics telah berkembang pesat sejak penerapan chip DNA untuk
toksikologi diusulkan pada akhir 1990-an. Publikasi telah berevolusi dari mengevaluasi
potensi teknologi untuk menggambarkan penggunaan praktis profil ekspresi gen dalam
toksikologi.
Seorang peneliti bernama Waring ( 2001) menganalisis dampak hati dari zat kimia
baru yang menghambat ekspresi protein adhesi selular . Mereka memperlakukan tikus
selama 3 hari dan kemudian dilakukan analisis microarray pada RNA dari hati dari hewan
yang dirawat . Perbandingan profil ekspresi gen dengan database profil hepatotoxins
diketahui menunjukkan bahwa toksisitas hati dari bahan kimia baru dimediasi oleh
reseptor nuklir aril hidrokarbon . Seorang peneliti bernama Hamadeh ( 2002)
menganalisis pola ekspresi gen pada jaringan hati diambil dari tikus terkena bahan kimia
yang berbeda . Analisis mereka menunjukkan kesamaan dalam profil ekspresi gen antara
hewan yang dirawat dengan bahan kimia yang berbeda milik kelas yang sama senyawa
( proliferators Peroksisom ) . Sebaliknya , hewan diperlakukan dengan kelas yang
berbeda dari senyawa ( induser enzim ) menunjukkan profil ekspresi gen yang sangat
khas .

3. Terapi gen
Bila dikonsumsi dengan dimakan atau diminum , kombinasi RNA / DNA digunakan
untuk meningkatkan memori dan ketajaman mental, untuk mengobati atau mencegah
penyakit Alzheimer , untuk mengobati depresi , meningkatkan energi , mengencangkan
kulit , meningkatkan gairah seks , dan untuk melawan efek penuaan .
Jika digunakan secara enteral , RNA digunakan dalam formulasi nutrisi yang
mencakup omega - 3 asam lemak dan arginin untuk mengurangi waktu yang dibutuhkan
untuk pemulihan setelah operasi , untuk meningkatkan respon kekebalan tubuh, dan
untuk meningkatkan hasil dari pasien luka bakar dan pasien perawatan intensif .
Jika disuntikan, RNA digunakan untuk mengobati eksim , psoriasis , gatal-gatal ,
dan herpes zoster .
Pemulihan bedah . Melengkapi diet pasien menjalani operasi besar dengan enteral
atau lisan RNA , L - arginin , dan asam eicosapentaenoic mungkin meningkatkan
pemulihan . Kombinasi ini diberikan dalam periode perioperatif muncul untuk
meningkatkan respon kekebalan tubuh , mengurangi infeksi perioperatif , meningkatkan
penyembuhan luka , dan mempersingkat waktu pemulihan ( 5531 , 5532 , 5533 , 7819 ) .
Meskipun sebagian besar organisme dapat mensintesis nukleotida ( 5900 ) , nukleotida
makanan (berasal dari DNA dan RNA ) tampaknya menjadi penting dalam kondisi
pertumbuhan yang cepat seperti pengembangan usus , reseksi hati atau cedera dan juga
selama tantangan terhadap sistem kekebalan tubuh . Ketika nukleotida preformed
dikonsumsi , mereka terdegradasi ke pangkalan-pangkalan gratis di usus sebelum
penyerapan . Bukti eksperimental menunjukkan mereka dimasukkan ke dalam hati
pirimidin nukleotida renang ( 5900 ) dan bahwa mereka mempengaruhi isi RNA hati . Isi
RNA hati , pada gilirannya , mempengaruhi waktu pemulihan dari cedera hati . Dalam
protein - kekurangan hewan , nukleotida makanan muncul untuk manfaat saluran usus .

Mereka juga dapat mengembalikan fungsi kekebalan tubuh , sementara memulihkan

keseimbangan nitrogen ( protein ) tidak ( 5543 ) . Dengan tidak adanya nukleotida , yang
normal pematangan T - limfosit diblokir ( 5543 ) . Model penyakit A Crohn pada tikus
menunjukkan RNA memiliki efek yang sangat signifikan pada ulserasi usus penyembuhan
( 5900 ) . Melengkapi diet enteral dengan arginin , RNA , dan asam lemak omega - 3
dapat mengurangi konsentrasi dari tumor necrosis factor alpha , dan interleukin - 6 dan
mempercepat pemulihan konsentrasi interleukin - 1 beta dan interleukin - 2 reseptor alpha
4. Patologi
Teknologi pencitraan biomedis baru dapat meningkatkan kemampuan patolog ' untuk
memeriksa sampel jaringan melalui mikroskop fluoresensi. Para ilmuwan di Universitas
Harvard Wyss Institut Teknik Terinspirasi biologis telah mengembangkan DNA baru , teknik
barcode . Pendekatan mikroskop fluoresensi memiliki implikasi signifikan bagi masyarakat
pencitraan .
Selain pencitraan , bagaimanapun , patolog akan dapat menggunakan teknologi ini
sama ketika mengevaluasi spesimen jaringan. Metode baru dapat memungkinkan
pencitraan simultan dari berbagai jenis molekul dalam satu sel , menurut Peng Yin , Ph.D. ,
Associate Professor Sistem Biologi di Harvard Medical School dan Core Fakultas Anggota
di Wyss Institute . Para pengembang berharap metode untuk menyediakan peneliti dengan
lebih kaya , pandangan yang lebih akurat dari perilaku sel daripada yang mungkin
menggunakan teknik saat ini .
Patolog Bisa Mengadopsi DNA barcode untuk In Vitro Diagnostik dan berharap
metode baru ini akan menyediakan alat-alat molekul yang sangat dibutuhkan untuk
menggunakan mikroskop fluoresensi untuk mempelajari masalah biologis yang kompleks.
Menggunakan DNA Origami Membuat Fluorescent Linear Barcode DNA
Barcode DNA baru direkayasa memanfaatkan kemampuan alami DNA untuk merakit diri .
Dasar dari teknologi baru adalah proses yang disebut origami DNA . Hal ini memungkinkan
para ilmuwan untuk mengatur titik-titik berwarna , atau fluorophores , menjadi pola
geometris , atau barcode DNA linear fluorescent .

Researchers at Harvards Wyss Institute recently engineered a new DNA barcode.

Sampel DNA berlabel muncul sebagai barcode multi-warna di bawah sinar neon pada
panjang gelombang tertentu. Patolog dan laboratorium klinis profesional akan mengenali
potensi teknologi ini dalam pemeriksaan spesimen jaringan. (Foto kredit:. Rick Groleau,
Harvard University)

Probe pencitraan ini menerjemahkan informasi sel terlihat biologis, seperti protein
atau molekul RNA, menjadi sinyal terdeteksi, mencatat ringkasan penelitian Yin di situs
Wyss. Sinyal ini membantu para peneliti lebih memahami peran perilaku sel dalam onset
dan perkembangan penyakit.
C. Rekayasa Genetik
Proses DNA rekombinan pada tumbuhan menggunakan vektor Agrobacterium
tumefaciens yang mempunyai plasmid Ti (Tumor inducing). Langkah pertama, plasmid Ti
diisolasi, kemudian disisipi dengan gen asing (transplantasi gen). Setelah itu, plasmid
dimasukkan ke dalam A. tumefaciens. Ketika digabung dengan sel-sel tumbuhan, A.
tumefaciens membiakkan plasmid.
Setelah berbiak, A. tumefaciens yang telah mengalami rekombinasi (melalui proses
DNA rekombinan) kembali menginfeksi kromosom tumbuhan. Kini tumbuhan tersebut
telah mengandung gen asing yang dicangkokkan pada A. tumefaciens. Sel-sel yang
dihasilkan dari proses DNA rekombinan tersebut ditumbuhkan dengan metode kultur jaringan
sehingga menghasilkan tunas. Setelah tumbuh, tanaman tersebut dapat ditanam pada lahan
pertanian. Rangkaian proses tersebut dapat Anda simak pada Gambar 2 berikut.

Gambar Rekayasa genetika pada tumbuhan Agrobacterium tumefaciens

dengan menggunakan plasmid Ti
Aplikasi (penerapan) DNA rekombinan dengan vektor mikrobia telah menghasilkan
hewan maupun tumbuhan transgenik. Hewan maupun tumbuhan yang dihasilkan melalui
proses ini mempunyai karakteristik yang tidak ditemukan di alam. Beberapa contoh aplikasi
bioteknologi dalam bidang pertanian dan peternakan sebagai berikut.

No.

Produk
Bioteknologi

Keterangan

Bunga antilayu

Etilen merupakan hormon tumbuhan yang

menyebabkan bunga menjadi layu. Para peneliti mengganti
gen yang sensitif terhadap etilen pada mahkota bunga
dengan gen yang kurang sensitif sehingga kelayuan bunga
dapat ditunda. Contohnya anyelir transgenik yang mampu
bertahan tetap segar selama 3 minggu.

Buah tahan
kebusukan

Etileh juga merangsang pematangan buah. Aktivitas

gen penghasil etilen dapat dihambat melalui rekayasa
genetika sehingga buah tetap segar dalam waktu yang cukup
lama. Contohnya tomat Flavr Savr.

Ikan salmon
raksasa

Ikan salmon disisipi gen yang dapat menghasilkan

hormon pertumbuhan yang aktif pada fase pertumbuhan
embrio. Ikan salmon transgenik ini mempunyai berat 11 kali
lipat dibanding ikan salmon biasa dan siklus hidupnya lebih
pendek.

Sapi perah dengan

hormon
manusia

Gen laktoferin yang memproduksi HLF

(Human Lactoferrin) disisipkan pada sapi perah melalui
rekayasa genetika. Sapi tersebut akan memproduksi susu
yang mengandung laktoferin. Contohnya sapi Herman.

Hormon Bovin
Somatotro-

Gen somatotropin sapi ditransplantasikan

pin (BST)

pada plasmid Eschericia coli sehingga menghasilkan

BST. BST yang ditambahkan pada makanan ternak dapat
meningkatkan produksi daging dan susu ternak.

Kain alami
sintesis

Kain dari serat alami mempunyai tekstur halus tetapi

mudah putus. Adapun kain dari serat sintetis (poliester) tidak
mudah putus tetapi terasa panas. Kini telah dikembangkan
gen pada bakteri yang mengkode enzim yang dapat
mensintesis poliester.

D. Coding Encoding
Bioinformatika (bahasa Inggris: bioinformatics) adalah (ilmu yang mempelajari)
penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis.
Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika
untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens
DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang
ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence
alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur
sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

Penerapan utama bioinformatika

1. Basis data sekuens biologis

Sesuai dengan jenis informasi biologis yang disimpannya, basis data sekuens
biologis dapat berupa basis data primer untuk menyimpan sekuens primer asam nukleat
maupun protein, basis data sekunder untuk menyimpan motif sekuens protein, dan basis
data struktur untuk menyimpan data struktur protein maupun asam nukleat.
Basis data utama untuk sekuens asam nukleat saat ini adalah GenBank (Amerika
Serikat), EMBL (Eropa), dan DDBJ(Inggris) (DNA Data Bank of Japan, Jepang). Ketiga
basis data tersebut bekerja sama dan bertukar data secara harian untuk menjaga
keluasan cakupan masing-masing basis data. Sumber utama data sekuens asam nukleat
adalah submisi langsung dari periset individual, proyek sekuensing genom, dan
pendaftaran paten. Selain berisi sekuens asam nukleat, entri dalam basis data sekuens
asam nukleat umumnya mengandung informasi tentang jenis asam nukleat (DNA atau
RNA), nama organisme sumber asam nukleat tersebut, dan pustaka yang berkaitan
dengan sekuens asam nukleat tersebut.
Sementara itu, contoh beberapa basis data penting yang menyimpan sekuens
primer protein adalah PIR (Protein Information Resource, Amerika Serikat), Swiss-Prot
(Eropa), dan TrEMBL (Eropa). Ketiga basis data tersebut telah digabungkan dalam
UniProt (yang didanai terutama oleh Amerika Serikat). Entri dalam UniProt mengandung
informasi tentang sekuens protein, nama organisme sumber protein, pustaka yang
berkaitan, dan komentar yang umumnya berisi penjelasan mengenai fungsi protein
tersebut.
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan perkakas bioinformatika
yang berkaitan erat dengan penggunaan basis data sekuens biologis. Penelusuran
BLAST (BLAST search) pada basis data sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari
sekuens asam nukleat maupun protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang
dimilikinya. Hal ini berguna misalnya untuk menemukan gen sejenis pada beberapa
organisme atau untuk memeriksa keabsahan hasil sekuensing maupun untuk memeriksa
fungsi gen hasil sekuensing. Algoritma yang mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran
sekuens.
PDB (Protein Data Bank, Bank Data Protein) adalah basis data tunggal yang
menyimpan model struktural tiga dimensi protein dan asam nukleat hasil penentuan
eksperimental (dengan kristalografi sinar-X, spektroskopi NMR dan mikroskopi elektron).
PDB menyimpan data struktur sebagai koordinat tiga dimensi yang menggambarkan
posisi atom-atom dalam protein ataupun asam nukleat.

2. Penyejajaran sekuens
Penyejajaran sekuens (sequence alignment) adalah proses penyusunan/pengaturan
dua atau lebih sekuens sehingga persamaan sekuens-sekuens tersebut tampak nyata.
Hasil dari proses tersebut juga disebut sebagai sequence alignment atau alignment saja.
Baris sekuens dalam suatu alignment diberi sisipan (umumnya dengan tanda "")
sedemikian rupa sehingga kolom-kolomnya memuat karakter yang identik atau sama di
antara sekuens-sekuens tersebut. Berikut adalah contoh alignment DNA dari dua sekuens
pendek DNA yang berbeda, "ccatcaac" dan "caatgggcaac" (tanda "|" menunjukkan
kecocokan atau match di antara kedua sekuens).
ccat- - -caac
|

| |

| | | |

caatgggcaac
Sequence alignment merupakan metode dasar dalam analisis sekuens. Metode ini
digunakan untuk mempelajari evolusi sekuens-sekuens dari leluhur yang sama (common
ancestor). Ketidakcocokan (mismatch) dalam alignment diasosiasikan dengan proses
mutasi, sedangkan kesenjangan (gap, tanda "") diasosiasikan dengan proses insersi

atau delesi. Sequence alignment memberikan hipotesis atas proses evolusi yang terjadi
dalam sekuens-sekuens tersebut. Misalnya, kedua sekuens dalam contoh alignment di
atas bisa jadi berevolusi dari sekuens yang sama "ccatgggcaac". Dalam kaitannya
dengan hal ini, alignment juga dapat menunjukkan posisi-posisi yang dipertahankan
(conserved) selama evolusi dalam sekuens-sekuens protein, yang menunjukkan bahwa
posisi-posisi tersebut bisa jadi penting bagi struktur atau fungsi protein tersebut.
Selain itu, sequence alignment juga digunakan untuk mencari sekuens yang mirip
atau sama dalam basis data sekuens. BLAST adalah salah satu metode alignment yang
sering digunakan dalam penelusuran basis data sekuens. BLAST menggunakan
algoritma heuristik dalam penyusunan alignment.
Beberapa metode alignment lain yang merupakan pendahulu BLAST adalah
metode "Needleman-Wunsch" dan "Smith-Waterman". Metode Needleman-Wunsch
digunakan untuk menyusun alignment global di antara dua atau lebih sekuens, yaitu
alignment atas keseluruhan panjang sekuens tersebut. Metode Smith-Waterman
menghasilkan alignment lokal, yaitu alignment atas bagian-bagian dalam sekuens. Kedua
metode tersebut menerapkan pemrograman dinamik (dynamic programming) dan hanya
efektif untuk alignment dua sekuens (pairwise alignment)
Clustal adalah program bioinformatika untuk alignment multipel (multiple alignment),
yaitu alignment beberapa sekuens sekaligus. Dua varian utama Clustal adalah ClustalW
dan ClustalX.
Metode lain yang dapat diterapkan untuk alignment sekuens adalah metode yang
berhubungan dengan Hidden Markov Model ("Model Markov Tersembunyi", HMM). HMM
merupakan model statistika yang mulanya digunakan dalam ilmu komputer untuk
mengenali pembicaraan manusia (speech recognition). Selain digunakan untuk alignment,
HMM juga digunakan dalam metode-metode analisis sekuens lainnya, seperti prediksi
daerah pengkode protein dalam genom dan prediksi struktur sekunder protein.

3. Prediksi struktur protein

Secara kimia/fisika, bentuk struktur protein diungkap dengan kristalografi sinar-X
ataupun spektroskopi NMR, namun kedua metode tersebut sangat memakan waktu dan
relatif mahal. Sementara itu, metode sekuensing protein relatif lebih mudah
mengungkapkan sekuens asam amino protein. Prediksi struktur protein berusaha
meramalkan struktur tiga dimensi protein berdasarkan sekuens asam aminonya (dengan
kata lain, meramalkan struktur tersier dan struktur sekunder berdasarkan struktur primer
protein). Secara umum, metode prediksi struktur protein yang ada saat ini dapat
dikategorikan ke dalam dua kelompok, yaitu metode pemodelan protein komparatif dan
metode pemodelan de novo.
Pemodelan protein komparatif (comparative protein modelling) meramalkan struktur
suatu protein berdasarkan struktur protein lain yang sudah diketahui. Salah satu
penerapan metode ini adalah pemodelan homologi (homology modelling), yaitu prediksi
struktur tersier protein berdasarkan kesamaan struktur primer protein. Pemodelan
homologi didasarkan pada teori bahwa dua protein yang homolog memiliki struktur yang
sangat mirip satu sama lain. Pada metode ini, struktur suatu protein (disebut protein
target) ditentukan berdasarkan struktur protein lain (protein templat) yang sudah diketahui
dan memiliki kemiripan sekuens dengan protein target tersebut. Selain itu, penerapan lain
pemodelan komparatif adalah protein threading yang didasarkan pada kemiripan struktur
tanpa kemiripan sekuens primer. Latar belakang protein threading adalah bahwa struktur
protein lebih dikonservasi daripada sekuens protein selama evolusi; daerah-daerah yang
penting bagi fungsi protein dipertahankan strukturnya. Pada pendekatan ini, struktur yang
paling kompatibel untuk suatu sekuens asam amino dipilih dari semua jenis struktur tiga
dimensi protein yang ada. Metode-metode yang tergolong dalam protein threading
berusaha menentukan tingkat kompatibilitas tersebut.

Dalam pendekatan de novo atau ab initio, struktur protein ditentukan dari sekuens
primernya tanpa membandingkan dengan struktur protein lain. Terdapat banyak
kemungkinan dalam pendekatan ini, misalnya dengan menirukan proses pelipatan
(folding) protein dari sekuens primernya menjadi struktur tersiernya (misalnya dengan
simulasi dinamika molekular), atau dengan optimisasi global fungsi energi protein.
Prosedur-prosedur ini cenderung membutuhkan proses komputasi yang intens, sehingga
saat ini hanya digunakan dalam menentukan struktur protein-protein kecil. Beberapa
usaha telah dilakukan untuk mengatasi kekurangan sumber daya komputasi tersebut,
misalnya dengan superkomputer (misalnya superkomputer Blue Gene [1] dari IBM) atau
komputasi terdistribusi (distributed computing, misalnya proyek Folding@home) maupun
komputasi grid.

Model protein hemaglutinin dari virus influensa

4. Analisis ekspresi gen

Ekspresi gen dapat ditentukan dengan mengukur kadar mRNA dengan berbagai
macam teknik (misalnya dengan microarray ataupun Serial Analysis of Gene Expression
["Analisis Serial Ekspresi Gen", SAGE]). Teknik-teknik tersebut umumnya diterapkan pada
analisis ekspresi gen skala besar yang mengukur ekspresi banyak gen (bahkan genom)
dan menghasilkan data skala besar. Metode-metode penggalian data (data mining)
diterapkan pada data tersebut untuk memperoleh pola-pola informatif. Sebagai contoh,
metode-metode komparasi digunakan untuk membandingkan ekspresi di antara gen-gen,
sementara metode-metode klastering (clustering) digunakan untuk mempartisi data
tersebut berdasarkan kesamaan ekspresi gen.

Analisis klastering ekspresi gen pada kanker payudara

III.

Daftar Pustaka

Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. (1999). Introduction to Bioinformatics. Harlow:

Pearson Education.
Krane, D.E., dan M.L. Raymer. (2003). Fundamental Concepts of Bioinformatics. San
Francisco: Benjamin Cummings.
Mount, D.W. (2001). Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor:
Cold Spring Harbor Laboratory Press.
Sembiring, L. (2009). Biologi : Kelas XII untuk SMA dan MA. Pusat Perbukuan,
Departemen Pendidikan Nasional, Jakarta, p. 282.
Sumirat. Tes Narkotika Melalui Rambut. Detik News, Kamis, 13/10/2011 07:25 WIB
JF, Waring; R, Ciurlionis; RA, Jolly; M, Heindel; RG, Ulrich. (2001, March 31). Fingerprint
DNA. Toxicol Lett.