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La coproculture

Pr. A. PHILIPPON
Facult de Mdecine Ren Descartes Paris - France

Le plus souvent pour une diarrhe


- Emission de selles liquides ou molles (non moules)
glaireuses ou hmorragiques.
- Peut tre aigu ou chronique, fbrile ou non.
- Tous les pisodes diarrhiques ne sont pas infectieux.
- Toutes les diarrhes ne sont pas bactriennes.
- Parasites, virus et accessoirement levures y jouent un rle
- Nombreuses autres causes : antibiothrapie, rgime,
psychologique.......................

DIARRHEES AIGUES BACTERIENNES

Estimations des infections


aigues
dorigine alimentaire
INVS - AFSSA
Mai 2004

Total:
Lthalit:

Bactries

Virus

58000- 91600
201 - 690

509500
32

S. aureus
B. cereus
C. perfringens
C. botulinum
L. monocytogenes

3247- 10482
219-701
2790-8790
22
307

Parasites
168500
73-75

Campylobacter spp.
E.coli STEC
Salmonella non Typhi
Salmonella Typhi
Shigella spp.
Yersinia spp.
Vibrio spp.
Brucella spp.

15900 - 21652
307
32208 - 42304
67
1591 - 2329
728 - 2121
14
57 - 265

Diarrhe aigue isole


TURISTA

Epidmie de vomissements,
diarrhes, signes gnraux......

Diarrhe aigue
3 selles molles liquides/24h
< 14 j
consultation +
Rseau sentinelles
Ile de France Oct. 2004

Toxi Infection Alimentaire Collective (TIAC)


Dfinition

survenue dau moins 2 cas


de symptomatologie (en gnral digestive)
dont on peut rapporter la cause une mme origine
alimentaire

Rle de lalimentation
passif: simple vecteur de lagent pathogne
actif: sige de la multiplication production de toxine
Faire une dclaration, donc investigations

Clinique
Incubation variable selon lagent
Clinique selon le mcanisme

action cyto-toxique
diarrhe aqueuse
action entro-toxinogne
syndrome cholriforme
action invasive
syndrome dysentrique
TIAC symptomatologie non digestive (mningite, septicmie)

volution spontanment favorable en gnral


Parfois graves (typhode,botulisme)
Risque de dshydratation (jeune enfant, vieillard)

Physio-pathognie
1 - Contamination:
Absorption d'eau ou
aliments contamins par
malades (homme, animal) ou
porteur sain......

Physio-pathognie
- Dans l'intestin: ces bactries se fixent sur l'pithlium
(adhsion aux entrocytes) puis destin variable..............

Modles ETEC et EPEC

Physio-pathognie
autre modle : EHEC

Toxines shigashiga-like (stxA


stxA, stxB
stxB) +++

Diarrhe hmorragique

Physio-pathognie

Afflux leucocytaire

dysenterie bacillaire: selles afcales, glaires

Physio-pathognie

diarrhe au dbut
signes gnraux +++
(endotoxine)

Escherichia coli : Modles entrovirulents


Symptomatologie

Pathovar (E.coli)

Facteurs de pathognicit

Diarrh
Diarrhe du voyageur

ent
entrotoxinog
rotoxinogne (ETEC)

Facteurs d
dadh
adhsion CFA, CS

Diarrh
Diarrhe infantile

ent
entropathog
ropathogne (EPEC))
(EPEC))

Syndrome dysent
dysentrique

ent
entroinvasif (EIEC)

Facteurs d
dadh
adhsion (pEAF
(pEAF)),
Ent
Entrotoxines (LTI et LTII, STI et STII)
Attachement-effacement (eaeA
(eaeA))
Pouvoir invasif (p INV)

Colite h
hmorragique
(SHU)

ent
morragique (EHEC) Attachement-effacement (eaeA
entro-h
ro-h
(eaeA))
Toxines shigashiga-like

Diarrh
Diarrhe persistante

ent
gatif (EAgEC
entro-agr
ro-agr
(EAgEC))

Facteurs d
dadh
adhsion AAFI (aggA
(aggA,, bfpA)
Ent
Entrotoxines EAST1 (astA
(astA))

Diarrh
Diarrhe aqueuse

adh
adhsion diffuse (DAEC)

Facteurs d
dadh
adhsion (AIDAI,Afa
(AIDAI,Afa))

DIAGNOSTICS

1/ CLINIQUE
2/ BACTERIOLOGIQUE
- coproculture
- hmoculture
- aliment
- Recherche de toxine

3/ SEROLOGIQUE

SA

CB

STM

ST

SA, S.aureus CB, C.botulinum

STM, S. typhimurium

ST, S. typhi

DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE
La coproculture standard:
Frquence de positivit faible de lordre de
0,5 14 % si selle pathologique

Ecouvillonnage rectal
(nourrisson, petit enfant)

< 1%

COMMEMORATIFS
En France, il est possible d'identifier plusieurs contextes pidmiocliniques.
Le biologiste doit obtenir du prescripteur, les quelques
renseignements cliniques pertinents (survenue rapide ou non) et
le minimum indispensable la mise en oeuvre au moindre cot
de la technique la plus approprie.
Actuellement, trop de demandes d'analyses pour diarrhes
bactriennes ? s'avrent insuffisamment documentes et font de
la coproculture, le moins efficient des examens de bactriologie.
La finalit de la coproculture consiste tenter d'isoler au sein d'une
flore complexe un nombre limit d'espces rputes pathognes.

Identification des contextes


* Adulte ou enfant > 2 ans et contexte par dfaut
la coproculture standard comprend la recherche de qq bactries :
Salmonella, Shigella, Campylobacter, voire Yersinia enterocolitica.
* Enfant < 2 ans
la coproculture standard comprend la recherche supplmentaire de E. coli
entropathognes mais tiologie virale +++ (Rotavirus Adenovirus).
* Contextes pidmio-cliniques particuliers

1. notion de voyage rcent en "pays tropical"


2. malade sous traitement antibiotique
3. toxi-infection alimentaire collective (TIAC)
4. patients infects par le VIH (SIDA notamment)
5. syndrome hmolytique et urmique (SHU)
6. intoxination alimentaire
7. syndrome cholriforme
8. dtection de colonisation par des bactries multirsistantes (BMR)
9. dtection de portage chez le personnel de restauration

Donc orienter judicieusement les recherches en


fonction des renseignements suivants
- ge
- Signes cliniques : fivre, douleurs, vomissements.....
- Origine gographique - voyage rcent
- Antibiothrapie
- Cas de diarrhe dans l'entourage.............

COMITE DE BONNE PRESCRIPTION

Examen liminer
Examen recommand de ne pas prescrire
Examen non recommand (examen inutile)
Coproculture si :
- selles moules
- diarrhe chronique
- contrle aprs traitement dune diarrhe bactrienne
ou dune toxi-infection Clostridium difficile

COMITE DE BONNE PRESCRIPTION

Examen recommander car apporte un diagnostic pertinent


*Coproculture standard sur selles prenant la forme du r
rcipient dans lequel elles se
trouvent
*Recherche de toxine de Clostridium difficile,
difficile, recommand
recommande si hospitalisation > 3 jour
*Recherche de polynucl
polynuclaires : si suspicion de diarrh
diarrhe due des bact
bactries invasives
(Shigella,
Shigella, E. coli ent
entroh
rohmorragique)
morragique)

Remarques complmentaires
En cas dhospitalisation > 5 jours, il peut tre pertinent dans certains services de ne pas
rechercher les bactries classiquement responsables de diarrhe communautaire
(Salmonella, Shigella, Yersinia, Campylobacter) sauf pidmie de diarrhes ou de toxiinfection alimentaire collective (TIAC).

La coproculture standard:
* Recueil: rapide dans un rcipient propre (pot vis strile)
* Ecouvillon : nourrisson, petit enfant.
* Biopsies de muqueuses rectales ou coliques (= selles)
* Quantit: 10-20 g ou couvillon
* Transport : rapide (< 2 h)
* Conservation: une nuit + 4 C (viter dessication
sauf selles diarrhiques, hmorragiques ou prescription
spcifique du service)
* Examen macroscopique : aspect pteux, liquide, hmorragique.......

Examen microscopique
Etat Frais et Coloration de Gram (selles au 1/10)
- Leucocytes ++ (invasif)
- Hmaties
- Flore quilibre ou non
- Parasites
- V.cholerae ++

ED: Morphologies caractristiques (Coloration Gram)

S.aureus

Salmonella
E.coli

Vibrio
Campylobacter
B.cereus

Candida

Intrt limit

recherche aiguille
dans une botte de foin

Coproculture standard
Recherche systmatique des germes suivants

milieux slectifs:

S. aureus (Chapman =A)


Escherichia coli, Salmonella-Shigella,
Shigella Yersinia (Drigalski, SS =B, C)

arobiose

37C - 48 h

FLORE DIGESTIVE

Flore digestive
10 g selles
=
3 g bactries

Ducluzeau et Raibaud

Coproculture standard (2)


Enrichissement: Muller-Kauffmann
Rsultat final au moins 72 h

1er JOUR

ss

Chapman

2me JOUR
S.aureus
ID
ABgramme

3me JOUR

STOP
colonies

Deuxime jour
- Reprer les colonies H2S+ ou - (milieu SS) ou lactose- (milieu Drigalski).
- Ensemencer au moins 3 tubes hmolyse par type de colonies contenant
0,2 ml de milieu ure-indole.

- Incuber 3 heures 37C puis examiner les tubes :


* les tubes Urase + sur colonies H2S- sont remis l'tuve, 18 heures
* les tubes Urase + sur colonies H2S+ seront jets (Proteus)
* les tubes Urase - (Salmonella-Shigella ?) :
ensemencer une galerie API 10E et un milieu de Kliger-Hajna.

Nouvelle coproculture
1

1er JOUR

ED +
2
2me JOUR
3

STOP

3me JOUR
colonies

La recherche de certains germes responsables


d'infections digestives peut tre grandement facilite
par l'ensemencement sur de milieux chromognes tels
les milieux Hektoen, XLD, Chromagar Salmonella,
ASAP......
Hektoen : milieu slectif par la prsence de sels
biliaires (effet compens pour les Shigella par un taux
lev de peptone), permet ltude de trois sucres
(lactose, saccharose et salicine) et celle du H2S
(avec centre noir)

Drigalski

Hektoen

XLD pour Xylose Lysine Doxycholate (XLD)


propos par Taylor (1965) est un bon milieu slectif, en
particulier, pour l'isolement des Shigella. Ses colonies
sont rouges comme pour les Salmonella qui, en outre,
produisent du H2S, rvl par la couleur noire au centre
de la colonie (image du milieu, E. coli gauche).

Recherche par enrichissement


de Salmonella

Drigalski

ASAP

24 h 37C

Le milieu SS est dconseill par lAfssaps et lOMS pour


lisolement de Shigella.

milieu chromogne ASAP.

Chromagar Salmonella (Rambach) )(1990) ou


encore ASAP (AES Salmonella Agar Plate permet la
dtection plus aise de certaines entrobactries
telle Salmonella (colonies rouges)
rouges par rapport
d'autres coliformes (colonies bleues).