Ferramentas e tcnicas de genmica e protemica

O que voc faz

Por que voc faz isso

O que voc usa para

fazer isso

Recursos de genoma
on-line

Para encontrar informaes

sobre a localizao e a
funo de determinados
genes em um genoma

Ferramentas do NCBI,
do TIGR, EnsEMBL e
bancos de dados
especficos de
genoma

Basecalling

Para converter intensidades

de fluorescncia do
experimento de
sequnciamento em cdigo
de seqncia de quatro letras

Phred

Mapeamento e
montagem do genoma

Para organizar as
seqncias de fragmentos
curtos de DNA em um todo
coerente

Phrap, pacote Staden

Anotao do genoma

Para conectar as
informaes funcionais sobre
o genoma a localizaes de
seqncias especficas

MAGPIE

Comparao genmica

Para identificar os
componentes da estrutura do
genoma que diferenciam um
organismo do outro

PipMaker, MUMmer

Anlise da imagem do
microarray

Para identificar e quantificar

os pontos nos dados brutos
do microarray

CrazyQuant,
SpotFinder,
ArrayViewer

Anlise do agrupamento
de dados do microarray

Anlise 2D-page

Anlise protemica

Para identificar os genes que

aparecem expressos como
grupos ligados

Para analisar, visualizar e

quantificar as imagens 2Dpage

Melanie3, Melanie
Viewer

Para analisar os resultados Ferramentas ExPASy,

da espectrometria em massa
ProteinProspector,
e identificar as protenas
PROWL

Para pesquisar os caminhos

metablicos e descobrir as
Ferramentas de caminhos
relaes funcionais ; para
metablicos
reconstruir os caminhos
metablicos

Simulao metablica e
celular

Cluster, TreeView

Para modelar os processos

metablicos e celulares
baseados em propriedades
conhecidas e inferncia

PATH-DB, WIT,
KEGG

Gepasi, XPP, Virtual

Cell