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Un suelo de cultivo es aquel que se utiliza con la finalidad de produccin agrcola, de modo que
sus propiedades; como seccin orgnica, pH, concentracin de nitratos y sales; han sido modificadas por
la demanda del cultivo o por la adicin de fertilizantes. Por otra parte, el suelo forestal es aquel que no ha
sido utilizado con fines productivos por lo que conserva sus propiedades. Estas diferencias tan importantes
hacen de gran inters el conocimiento de la diversidad microbiana inherente a cada tipo de suelo, gracias
al medio particular que cada uno ofrece. La utilizacin de la diversidad microbiana como indicativo de la
capacidad de los suelos para responder ante condiciones de estrs, como es el caso de los incendios
forestales, resulta clave para conocer la capacidad de los ecosistemas perturbados para recuperarse y
sustentar as la actividad biolgica (Rodrguez, et al., 2007).
Los estudios actuales de ecologa microbiana de suelos basados en biologa molecular requieren
como primer paso la extraccin de AND, que se puede alcanzar mediante lisis mecnica, qumica,
enzimtica y trmica; seguida de un adecuado proceso de purificacin que permita retirar todos los
compuestos diferentes de cidos nucleicos (Diaz, et al., 2007).
El objetivo del presente trabajo fue extraer AND de suelos de cultivo y forestal de ___ utilizando
2 mtodos, lisis qumica y lisis enzimtica; seguido de la amplificacin del gen 16 S rRNA de las
muestras.
MATERIALES Y METODOS
1) Extraccin de ADN.
Las muestras de suelos fueron proporcionadas por el laboratorio de biologa molecular.
Lisis enzimtica.
En un tubo eppendorf, la muestra de suelo lavado fue adicionada con 80 ml de lisozima (concentracin de
10 mg/ml) y 1 ml de buffer para lisozima. Se incub a 27C por 1 hora y posteriormente se adicion 1 ml
de SDS al 10% y 0.5 g de arena estril (mtodo del cido sulfrico). La mezcla fue agitada en vrtex por
15 minutos, para posteriormente ser centrifugada a 4,000 rpm por 10 minutos. El sobrenadante fue
trasvasado a un tubo eppendorf de 1.5 ml.
Lisis qumica (mtodo modificado de Hoffman y Winston, 1957).
En un tubo eppendorf, la muestra de suelo lavado fue adicionada con 700 l de solucin de lisis de
Winston, posteriormente se agreg 1 volumen de arena estril y se agit en vrtex a velocidad mxima
por 15 minutos.
RESULTADOS Y DISCUSIN
1) Extraccin de ADN de suelos de cultivo y forestal.
Utilizando el mtodo qumico para lisis celular, se extrajeron 28.35 ng/l de ADN de suelo forestal (QF) y
6.93 ng/l de ADN de suelo de cultivo (QC). A partir del mtodo enzimtico se extrajeron 17.56 ng/l de
suelo de cultivo (EC), y 21.74 ng/l de suelo forestal (EF). Con los resultados obtenidos se puede observar
como el mtodo enzimtico permite mejor extraccin de suelo de cultivo, mientras que la mayor cantidad
extrada de suelo forestal se consigue mediante lisis por el mtodo qumico.
Mediante electroforesis en gel del agarosa se comprob la presencia de ADN en las muestras,
evidenciando la degradacin de ADN de QC (Figura 2).
2) Amplificacin del ADN obtenido.
Una vez obtenido el ADN, se amplific el gen 16s rRNA demostrando que la concentracin al finalizar la
amplificacin increment 381.73 EF, 434 ng/l EC 381.4ng/l QC 333.7 ng/l QF. Con esto se evidencia
que se consigui la amplificacin incrementando en promedio 17 veces su concentracin inicial, lo cual se
puede observar con claridad en la Figura 1. La electroforesis realizada en esta ocasin demuestra la
presencia del gen 16S rRNA utilizando como control una etiqueta proporcionada por el laboratorio donde
se realizaron las pruebas.
CONCLUSIONES
Se logr la extraccin de DNA de calidad de dos tipos de suelos -forestal y de cultivo-usando dos mtodos
de extraccin, siendo el suelo forestal utilizando el mtodo qumico quien presentara la mayor cantidad de
DNA. Despus de la amplificacin de DNA usando tcnica de PCR, se obtuvo la mayor concentracin de
DNA en la muestra de suelo de cultivo extrada mediante el mtodo enzimtico incrementando, en el caso
del suelo de cultivo 54 veces su concentracin. Se verifico la calidad del DNA extrado y amplificado
mediante PCR utilizando la tcnica 1D SDS- PAGE. Esta misma tcnica demostr que el material
obtenido de la extraccin y amplificacin por PCR es DNA de calidad adecuada.
REFERENCIAS
Diaz, I., Hamdan, A., Gutirrez, M. & Ramirez , H., 2007. Extraccin y purificacin de ADN de suelos
mexicanos contaminados con hidrocarburos. Puerto Vallarta: s.n.
Herlemann , D., Labrenz, M., Jrgens, K. & Bertilsson, S., 2011. Transitions in bacterial communities
along the 2000km salinity gradient of the Baltic Sea.. Journal of Mocrobial Ecology, pp. 1571-1579.
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TABLAS Y FIGURAS
450
400
350
300
250
200
150
100
50
0
QF
EF
QC
EC
Figura 1. Concentraciones (ng/L) de AND extrado (Azul) y gen 16s rRNA amplificado (naranja) de las diferentes
muestras.
Figura 3. Electroforesis en gel de agarosa para gen 16S rRNA amplificado en muestras de suelo.