Vous êtes sur la page 1sur 10

Universidad Central de Venezuela

Facultad de Medicina
Escuela Luis Razetti
Ctedra de Bioqumica

TEMA 2
ESTRUCTURA Y FUNCIN DE LAS
PROTENAS
Mdulo I: Estructura y Funcin de los
aminocidos

Noviembre, 2009

2
Objetivos generales del Tema 2

Describir la estructura de las protenas y sus aminocidos constituyentes

Explicar con ejemplos la relacin que existe entre la estructura de las protenas y

la funcin biolgica que desempean.

Explicar las propiedades cido-base de los aminocidos y las protenas.

Describir los mtodos de separacin de protenas.

Estructura y propiedades de los aminocidos


Objetivos
1) Reconocer la frmula
general de los aminocidos
2) Describir las caractersticas
de los tipos de cadena
lateral de los aminocidos
3) Clasificar los aminocidos
segn las caractersticas de
su cadena lateral
4) Describir las propiedades
cido-base de los
aminocidos.
5) Definir punto isoelctrico (pI)
de los aminocidos.
6) Representar la curva de
titulacin de los aminocidos

7) Interpretar la curva de
titulacin de los aminocidos
8) Representar las formas
inicas de los aminocidos a
diferentes pH
9) Calcular la carga neta de los
aminocidos a diferentes pH
y el punto isoelctrico

Contenidos
Carbono alfa, grupo amino, grupo carboxilo y
cadena lateral (R)
Cadenas alifticas, aromticas, cidas y
bsicas
Polaridad, carga elctrica, grupos aromticos,
propiedades cido-base
Ionizacin de los grupos alfa amino, alfa
carboxilo y cadenas laterales
Carga del aminocido
Representacin de pH versus equivalentes de
base aadidos a soluciones de aminocidos
monoamino-monocarboxlico, aminocidos
diamino-monocarboxlico y aminocidos
monoamino-dicarboxlico.
Identificacin de pKs y pI
Ionizacin de los grupos alfa amino, alfa
carboxilo y cadenas laterales a la
concentracin de H+
Suma algebraica de cargas de los grupos alfa
amino, alfa carboxilo y cadenas laterales

Actividad de Aprendizaje
Asiste a las clases tericas del tema.
Consulta alguno de los siguientes libros:
Champe, P., Harvey, R. y Ferrier, D. (2005) Bioqumica. 3ra ed. Mxico:
Editorial Mc Graw Hill.
Devlin, Thomas. (2004). Bioqumica. Libro de texto con aplicaciones clnicas.
4ta ed. Editorial Revert S.A.
Mathews-Van Holde-Ahern. (2003). Bioqumica. 3ra ed. Editorial Addison
Wesley.
McKee, T. y McKee, J.R (2009) Bioqumica. 4ta ed. Madrid: Editorial Mc Graw
Hill.
Murray, R.; Bender, D.; Botham, K.; Kennelly, P. Rodwell, V. y Weil, P. (2010)
HARPER, Bioqumica ilustrada. 28o ed. Mxico: McGraw Hill.
Nelson, D. y Cox, M. (2005). Lehninger. Principios de Bioqumica. 4ta ed.
Editorial Omega.
Smith, C.; Marks, A. y Lieberman, M. (2006). Bioqumica bsica de Marks. Un
enfoque clnico. 2da ed. McGraw Hill-Interamericana.
Voet, D.; Voet, J. y Pratt, C. (2007). Fundamentos de Bioqumica. La vida a
nivel molecular. 2da ed. Editorial Mdica Panamericana.
Puedes utilizar cualquier libro de Bioqumica ya que ste tema se encuentra en
todos ellos.

Actividad de Prctica

Realiza la prctica del mdulo I: Titulacin de Aminocidos.

Realiza los siguientes ejercicios de prctica.

4
1. Partiendo de la frmula general de los aminocidos:
1.1 Identifica los grupos ionizables
Trata cada uno por separado: R-NH3+y R-COOH. En este caso R es todo el resto
del aminocido.
1.1 Escribe la reaccin de ionizacin del R-NH3+:
R-NH3+

1.2 Cul es la base conjugada y la forma cida sin disociar?


1.3 Qu sucede si aumenta la concentracin de H+?
1.4 Qu sucede si disminuye la concentracin de H +?
1.5 Escriba la reaccin de ionizacin del R-COOH
R-COOH

1.6 . Cul es la base conjugada y la forma cida sin disociar?.


1.7. Qu sucede a este grupo si aumenta la concentracin de H +?
1.8. Qu sucede a este grupo si disminuye la concentracin de H +?
1.9. Escribe la ecuacin de Henderson-Hsselbalch
Sustituye en la ecuacin de Henderson-Hsselbalch las formas de base conjugada
(aceptora de protones) y de cido sin disociar (donadora de protones) para cada
uno de los grupos ionizables.
Cada uno de estos grupos ionizables tiene un respectivo valor de pK en cada
aminocido.
Todos los grupos R-COOH en los aminocidos tienen valores semejantes entre s
(cercanos a 2) e igualmente ocurre con los grupos R-NH 3+ (cercanos a 9).
Recuerde que la ionizacin de un grupo comienza aproximadamente a un valor pH
cercano a 2 unidades de por debajo de su pK y alcanza un 100% de ionizacin
aproximadamente a 2 unidades de pH por encima de su pK.
1.10. Cul es el porcentaje de ionizacin del grupo R-NH 3+, a un pH igual a su pK?
1.11 Cul es el porcentaje de ionizacin del grupo R-COOH, a un pH igual a su
pK?

5
2. Ahora trabajemos con ambos grupos ionizables presentes en la misma molcula,
por ejemplo la glicina:
pK1= 2,35
pK2= 9,78

2.1 Escribe la estructura inica en la cual se encuentra la glicina en una solucin de


pH muy bajo.
La concentracin de H+ es muy alta. Ambos grupos estn "protonados". Fjate que
en este caso el grupo -NH3+ se encuentra con una carga positiva, que es su forma
"protonada", pero la forma "protonada" del grupo -COOH no tiene carga. Entonces
cada molcula de glicina tiene carga neta +1 y el conjunto de todas las que se
encuentren en una solucin a pH muy bajo, tiene la misma carga.
Si se comienza a agregar una base como NaOH, la cual es una base fuerte que se
disocia completamente segn la reaccin:
NaOH

Na+ + OH-

Los grupos OH- se comienzan a unir con los H+ y forman agua:


NaOH
Na+ + OH- + H+
HOH
El efecto neto que produce esto es una diminucin de la concentracin de H +, lo cual
provocar que el grupo -COOH comience a perder protones porque es un cido ms
fuerte (aunque de todas maneras dbil) que el grupo -NH 3+. Recuerda que el grupo
-COOH tiene un pK menor que el grupo -NH3+.
A medida que el pH aumenta, tambin aumenta la disociacin del grupo -COOH.
2.2. Representa las formas inicas del aminocido glicina a un pH igual al pK del
grupo carboxilo.
2.3 Cul es la carga neta que tendrn de las molculas de glicina?.
2.4 Si aumenta mas el pH, llega el momento en el cual todos los grupos carboxilos
estarn disociados (habrn perdido un protn cada uno). Dibuja la forma inica
molecular en la cual se encuentra la glicina a un pH 7, el cual es aproximadamente
intermedio entre los valores de pK de los grupos carboxilo y amino.
2.5 Cul es la carga neta que a este pH tendrn las molculas de glicina?.
2.6 Cuando el pH llegue a estar aproximadamente a 2 unidades por debajo del pK
del grupo amino, comienza su disociacin. Dibuje las formas inicas de la glicina a

6
un pH igual al pK del grupo amino. Recuerda que a este pH ya todo el grupo
carboxilo se encuentra disociado:
2.7 Cul es la carga neta que a este pH tendrn molculas de glicina?.
2.8 Dibuja la forma inica de la glicina a un pH 12:
2.9 Cul es la carga neta que a este pH tendrn las molculas de glicina?.
El punto isoelctrico es un valor de pH al cual el aminocido no tiene carga neta.
Este valor se puede calcular. Para el caso de la glicina, y de los otros aminocidos
que tienen un grupo amino y uno carboxlico, es igual a la semisuma de los pK de
ambos grupos.

Debes poder dibujar las formas moleculares a pH muy bajo, muy alto, igual a cada
uno de los pK y al punto isoelctrico del aminocido. Es fcil si comprende lo que
esta pasando.
3. Ahora consideremos un aminocido con un grupo disociable extra en la cadena
lateral o R. Por ejemplo uno que tenga un grupo carboxilo extra en la cadena
lateral, como el cido glutmico:
pK1= 2,19
pKR= 4,28
pK2= 9,66

El cual, para simplificar vamos a representar as, solo tomando en cuenta los grupos
disociables:

Al agregar base (OH) a la solucin, se ir disociando paulatinamente, comenzando


por el grupo que tiene el pK mas bajo. Es decir el cido ms fuerte (aunque todava
dbil), el que tiene menos afinidad por los protones que es la razn por la cual se
comienza a disociar primero.

3.1 Dibuja la forma inica en la cual se encuentra el cido glutmico a pH 1:


3.2 Dibuja las formas inicas a un pH igual al pK 1 y calcule la carga neta.
3.3 Dibuja las formas inicas a un pH igual al pK R y calcule la carga neta.
3.4 Dibuja las formas inicas a un pH igual al pK 2 y calcule la carga neta.
3.5 Identifique un intervalo de pH al cual el glutamato no tenga carga neta.
3.6 Los dos pK ms cercanos al punto en el cual el aminocido no tiene carga son
los que se tomarn en cuenta para calcular el pI. Calclelo.
4. Ahora consideremos un aminocido con un grupo amino extra en la cadena
lateral: la arginina
pK1= 2,17
pK2= 9,04
pKR= 12,48
El cual vamos a representar as, tomando en cuenta solo los grupos
disociables:
Al agregar una base (OH), se ir disociando paulatinamente,
comenzando por el grupo que tiene el pK mas bajo. Es decir el
cido ms fuerte (aunque todava dbil), el que tiene menos
afinidad por los protones que es la razn por la cual se comienza
a disociar primero.
4.1Dibuja la forma en la cual se encuentra la arginina a pH 1:
4.2 Dibuja las formas a pH igual al pK1 y calcula la carga neta.
4.3 Dibuja las formas a pH igual al pK2 y calcula la carga neta.
4.4 Dibuja las formas a pH igual al pKR y calcula la carga neta.
4.5 Identifique un intervalo de pH al cual la arginina no tenga carga neta.
4.6 Los dos pK ms cercanos al punto en el cual el aa no tiene carga son los que se
tomarn en cuenta para calcular el pI. Calclalo.
El clculo de la carga neta que tienen los aminocidos a un determinado pH,
permite predecir hacia cul de los polos migrar si son colocados en un campo
elctrico. Igualmente permite predecir si sern retenidos o no en una resina de
intercambio inico.

VALORES DE pK ALGUNOS AMINOCIDOS

8
Aminocido
Acido asprtico
Acido glutmico
Alanina
Arginina
Glicina
Histidina
Leucina
Lisina
Serina

pK1
COOH
2,09
2,19
2,34
2,17
2,34
1,87
2,36
2,17
2,21

pK2
-NH3+
9,82
9,67
9,69
9,04
9,6
9,17
9,60
9,04
9,15

pKR
3,86
4,25
12,48
6,0
12,48

5. Identifica las cadenas laterales de los aminocidos que pueden interactuar con el
agua (polares). Dibuja algunas de esas interacciones.
6. Identifica las cadenas laterales de los aminocidos que no pueden interactuar con
el agua (no polares).

7. Cul o cules de las siguientes formas inicas de la alanina no pueden existir?

8. En los siguientes dibujos hay 8 errores. Encuntrelos:

9. Dibuja la curva de titulacin aproximada de los aminocidos cido asprtico y


tirosina. Indique en la grfica los puntos isoelctricos.
10. Indica la carga neta (positiva, negativa o neutra) de los aminocidos glicina,
cido asprtico, lisina e histidina a: pH=1; pH=2,1; pH=4; pH=10.
11. Indica los valores de pI para los aminocidos Glicina, Alanina, Serina,
Treonina y Acido Glutmico a partir de sus valores de pKa.
12. Se tiene una mezcla de los aminocidos lisina e histidina:
a. Cmo podra separarlos mediante una cromatografa de intercambio
inico en una columna cargada con una resina intercambiadora de
cationes?

13. Mediante una electroforesis sobre papel se ha separado una mezcla de


serina, cido asprtico y lisina. Una de dichas separaciones se realiz a pH 1
y la otra a pH 12. A continuacin se muestran los resultados:
A qu pH se llevo a cabo
cada electroforesis?
Representa la forma inica
predominante
de
los
aminocidos presente en
cada electroforesis
Representa mediante un
esquema el resultado de la
electroforesis si sta se
hubiera realizado a pH 7.

10
14. El siguiente grfico muestra la curva de titulacin de un aminocido:
a) Representa las formas inicas
predominantes en los puntos
A, B, C y D.
b) Cul es el rango de pH en
que el aminocido presenta
carga
neta
negativa
y
capacidad buffer?
c) Cul es la forma inica
comn presente en los puntos
B y C?. Explique
d) Calcula su pI.

Investiga en lnea
Pgina donde se pueden ver las curvas de titulacin de todos los aminocidos:
http://cti.itc.virginia.edu/~cmg/Demo/markPka/markPkaApplet.html
Pgina en espaol con una excelente animacin de la ionizacin de los aminocidos:
http://av.bmbq.uma.es/av_biomo/Mat2c.html