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FACULTAD DE CIENCIAS
DEPARTAMENTO DE BIOLOGA MOLECULAR
Tutora:
Prof. Magdalena Ugarte
Directora de tesis:
Directora de tesis:
AGRADECIMIENTOS
desayuno,cadacomida,cadaespacioymolculadeoxgenocompartidoportantos
momentosvividos.GraciasPatriporsertancercana,porescucharsiempreyporser
tan divertida. Gracias Ana Jorge por compartir conmigo la soledad de la maana,
graciasporcadacafmatutinoyporcadaconciertolatino,graciasporsaberdiscutir
conmigo.
AAbelporquefuecortoperointenso,porcadarisacompartida,cadaensayo
deHRMyporseguirencontactoconmigo.
A Maja por compartir aficiones, por intentar entenderme y en especial, por
presentarmeaAlek.
A las secres, Ana, Juli, Eva e Isa, por su gran eficacia y estar siempre
dispuestasaayudar,porsusimpataysusbromas.
A los bioinfomticos, a Julio por tantos momentos buenos y por los bailes
compartidos.AtiGonzalo,aliasMonzolo,portucompaacampestre,graciaspor
ayudarmesiempre,porescucharmeyanimarme,porlosmalosentendidos.
GraciasAitorpor tucompaaenlasmaanas,portuconfianza,porsermi
amigo.
Gracias a Paz Briones y a su grupo, a Esther, por tratarme tan bien en
Barcelona,porelApoCIII.
Quiero agradecer especialmente a mi grupo de amigos su apoyo y por
animarme a no tirar nunca la toalla. A la familia Castrillo, especialmente a M
CarmenyJavi,porsermisegundafamilia,porayudarnossiempre.Amisamigasde
siempre,LoreySusi,queaunquenosveamosmenossquepuedocontarconellas
encualquiermomento.Amireducidoyespecialgruposalsero,InesyAlbertopor
sumpetuyjovialidad,Alekporsuintentofallidodemejorarmisidiomas,aInesilla
porestarsiempredispuesta.GraciasKaveh,porsertanbuenprofesor,porsaberque
puedocontarcontigosiempre,porcadamartesdereunin,portuscarcajadas,portu
carcterpeculiar,porserunamigoespecial.
Y a mi familia, a quien no le puedo agradecer lo suficiente todo lo que han
hecho por mi siempre. Gracias a mi hermana y a Jorge, por estar tan cerca, por
nuestrasexcursiones,nuestrastimbas,pornuestrosbuenosmomentoscompartidos,
por compartir los malos tambin. A mi Javito, por conocerme y entenderme mejor
quenadie,graciasporcuidarmetanto,portuapoyoincondicional,portuternuray
paciencia,graciasasuspadresAntoniayManoloporhacerlecomoes.Amispadres,
porelamorquemehandadosiempre,porsuapoyodurantetodosmisestudios,por
sus buenos y fuertemente marcados valores. A ti mam por tu fortaleza, por hacer
queno merindiera nunca,porseruna madreejemplar.A ti papporqueaunque
ya no puedas darte cuenta estaras orgulloso de m, gracias por ser un padre tan
especial,porestarsiempredebuenhumor,porsersiempremiejemploaseguir,por
sertancomprensivoybondadoso,porcadabroma,cadajuego,cadaacampada,por
ensearme a pescar, por compartir siempre tu tiempo con nosotras y en especial
conmigo,porsertupreferida,graciasporsertuhija,porsercomoT.
Endefinitiva,MUCHASGRACIASATODOS.
A mis padres,
Angel y Marta
SUMMARY
The serum proteomic analysis by 2DE technology of two CDG Ia patients has
revealed the differential expression of proteins involved in the immune response,
inflammation, coagulation mechanism and tissue protection against oxidative stress,
indicatingthatthistechniquemightbeusefulforthediagnosisofthesedefectsandforthe
identificationofnewtherapeutictargets.
The functional analysis of PMM2 missense mutations in a prokaryotic expression
systemhasdemonstratedthatallarediseasecausingandtheresultsofPMM2activityhave
allowedtheclassificationofthesemutationsinnullmutations,intermediatemutationsand
mutations with high residual activity. Most of the patients are functional hemyzygous of a
null mutation anda mutation with intermediate residual activity usually associated with a
moderate form of the disease or with a mutation with higher residual activity, usually
associatedwithamilderclinicalphenotype.Inadditiontheproteinstabilityassaysallowed
theidentificationofatleastfivechanges(V44A,D65Y,F157S,P184TyF207S)withdecreased
amount of immunoreactive PMM 2 protein and decreased half life compared to wild type
openinguptherapeuticoptionsbypharmacologicalchaperonesinseveralpatients.
The function analysis by minigenes of three nucleotide changes, IVS79T>G and
IVS31G>C identified in the PMM2 gene and IVS715479C>T previously described, suggest
thatallarediseasecausingmutations.TheIVS31G>Cmutationcausesskippingofexons3
and4infibroblastcelllineandintheminigeneexpressionsystem.TheIVS79T>Gmutation
wasfoundtoberesponsiblefortheactivationofacrypticintronicsplicesiteinfibroblastcell
lineandinahybridminigenewhencotransfectedwithcertainSRproteins.Thedeepintronic
change IVS715479C>T was found to be responsible for the activation of a pseudoexon
sequence in intron 7. The use of morpholino oligonucleotides allowed the production of
correctlysplicedmRNAthatwas efficiently translated into functional and immunoreactive
PMM2protein.Theresultssuggestanovelmutationspecificapproachforthetreatmentof
thisgeneticdiseaseforwhichnoeffectivetreatmentisyetavailable,andopenuptherapeutic
possibilitiesforseveralgeneticdisordersinwhichdeepintronicchangesareidentified.
Abreviaturas
ABREVIATURAS
ADP:
AMO:
Adenosinadifosfato
Oligonucletido antisentido tipo morfolino (Antisense Morpholino
Oligonucleotide)
Asn:
Asparagina
1AT:
1antitripsina
ApoCIII:
ApolipoprotenaCIII
APS:
Persulfatoamnico
ATP:
Adenosinatrifosfato
BPS:
Secuenciaderamificacin(branchpointsequence)
BSA:
Albminadesuerobovino
CDG:
DefectosCongnitosdeGlicosilacin
cDNA:
DNAcomplementario
CDT:
Transferrinadeficienteencarbohidratos(carbohydratedeficienttransferrin)
CMP:
Citosinamonofosfato
Cp:
Puntodecorte(crossingpoint)
2DE:
Electroforesisbidimensional
DMSO:
Dimetilsulfxido
DNA:
cidodesoxirribonucleico
dNTP:
Desoxinucletidotrifosfato
DTT:
1,4ditioLtreitol
DolPP:
Dolicolpirofosfato
EDTA:
cidoetilenglicoltetraactico
EJC:
Complejodeuninaexonexon(exonjunctioncomplex)
EPOC:
Enfermedadpulmonarobstructivacrnica
ESE:
Secuenciaexnicaactivadoradesplicing(exonicsplicingenhancer)
FBS:
Suerofetalbovino
Gal:
Galactosa
GDP:
Guanidinadifosfato
GlcNAc:
Nacetilglusamina
gDNA:
DNAgenmico
GST:
Glutationsulfidrilotransferasa
HEPES:
cidoN2hibrixietilpiperazinaN2etanosulfnico
3Hmanosa:
Manosatritiada
hnRNPs:
Ribonucleoprotenasheterogneasnucleares
IEF:
Isoelectroenfoque
IgG:
InmunoglobulinaG
IPG:
GradientedepHinmobilizado
IPTG:
Isopropil1tioDgalactopiransido
IVS:
Intrn(interveningsequence)
Kb:
Kilobase
LB:
MedioLuriaBroth
LLO:
Oligosacridoestndar(lipidlinkedoligossacharide)
Man:
Manosa
MEM:
MediomnimoesencialdeEagle
Abreviaturas
mRNA:
NeuAC:
NMD:
OligodT:
OST:
Pb:
PBS:
PDB:
ProtenaSR:
PI:
Pm:
PMI:
PMM:
PTC:
qRTPCR:
RE:
RNA:
RQ:
rRNA18S:
RTPCR:
SDS:
SDSPAGE:
Ser:
Sia:
SNP:
snRNPs:
SURF:
TCEP:
Tf:
Thr:
Tris:
V1/2:
WT:
RNAmensajero
Nacetilneuramnico
SistemadevigilanciademRNA(nonsensemediateddecay)
Oligodedeoxitimidinas
Oligosacariltransferasa
Pardebases
Tampnfosfatosalino
Bancodedatosdeprotenas(ProteinDataBank)
Protenareguladoradesplicing(serinearginineprotein)
Puntoisoelctrico
Pesomolecular
Fosfomanoisomerasa
Fosfomanomutasa
Codondeparadaprematuro(prematureterminalcodon)
Retrotranscripcinyreaccinencadenadelapolimerasacuantitativa
RetculoEndoplmico
cidoribonucleico
Cuantificacinrelativa(relativequantity)
RNAribosmico18S
Retrotranscripcinyreaccinencadenadelapolimerasa
Dodecilsulfatosdico
ElectroforesisengelesdepoliacrilamidaenpresenciadeSDS
Serina
cidosilico
Polimorfismodeniconucletido(singlenucleotidepolymorphism)
Ribonucleoprotenaspequeasnucleares
Complejodesupervigilancia
Tris2carboxietilfosfina
Transferrina
Treonina
Tris(hidroximetil)aminometano
Vidamedia
Salvajeonormal(wildtype)
NDICE
ndice
1. INTRODUCCIN....2
1.1. DefectosCongnitosdeGlicosilacin(CDG)...2
1.1.1.
Caracterizacinbioqumica.7
1.1.2.
BasesmolecularesdelosCDGIa...........................................................................9
1.2. Anlisisfuncionaldelasvariantesallicas.Nuevasaproximacionesteraputicasy
relacingenotipofenotipo.......................................................................10
1.2.1
Mutacionesdecambiodeaminocido.11
1.2.2
MutacionesqueafectanalcorrectoprocesamientodelmRNA...11
1.2.3
Relacingenotipofenotipo...15
2. OBJETIVOS.18
3. MATERIALYMTODOS.20
3.1. Materiales....20
3.1.1.
Reactivosyaparatos.......20
3.1.2.
Materialbiolgico.......21
3.1.2.1
Muestrasbiolgicas..21
3.1.2.2
Cepasbacterianas......22
3.1.2.3
Vectoresplasmdicos.........22
3.2. Mtodos.......................22
3.2.1.
Isoelectroenfoquedeglicoprotenassricas........................................................22
3.2.2.
MedidasenzimticasPMM2yPMI...................................................................23
3.2.3.
Cuantificacindeprotenas..........24
3.2.4.
Aislamientodecidosnucleicos...........24
3.2.5.
TcnicasdeamplificacindeDNA..24
3.2.5.1.
AmplificacindecDNA...........24
3.2.5.2.
AmplificacindeDNAgenmico..25
3.2.6.
PurificacindefragmentosdeDNA...27
3.2.7.
SecuenciacindeDNA......27
3.2.8.
Electroforesisbidimensional(2DE)deprotenassricas....28
ndice
3.2.9.
Mutagnesisdirigida.....28
3.2.10. ExpresindemutacionesmissenseenE.coli.......29
3.2.11. Electroforesis, transferencia e inmunodeteccin de la PMM 2 (Western
blot)...30
3.2.12. Estudiosdeestabilidaddeprotenasinvitro..31
3.2.13. Anlisis cuantitativo de la expresin del gen PMM2 mediante qRT
PCR.......31
3.2.14. ClonajeenelvectorpSPL3.Minigenes32
3.2.15. Transfeccindeclulasprimariasyestablecidas...........................33
3.2.16. Soporteinformtico....34
4. RESULTADOS.....36
4.1. Diagnstico bioqumico y enzimtico de los Defectos Congnitos de
Glicosilacin...36
4.1.1.
Isoelectroenfoque(IEF)deTransferrina(Tf).....................................................36
4.1.2.
Isoelectroenfoquede1Antitripsina...................................................................38
4.1.3.
IsoelectroenfoquedeApoliprotenaCIII.....39
4.1.4.
MedidadelasactividadesPMM2yPMI...39
4.2. Caracterizacinmoleculardelospacientes......41
4.2.1.
4.2.2.
EstudiogenticodelospacientesconDefectoCongnitodeGlicosilacinIb:
anlisisdelgenMPI.......46
4.2.3.
4.3. AnlisisdelproteomasricodepacientesCDGIa....50
ndice
4.4. CaracterizacindelaslneasdefibroblastosdepacientesCDGIa....54
4.4.1
NivelesdeexpresindelaprotenaPMM2........54
4.4.2
4.5 AnlisisfuncionaldelasvariantesallicasidentificadasenelgenPMM256
4.5.1
Anlisisfuncionaldemutacionesmissense...57
4.5.2
Anlisisfuncionaldemutacionesdesplicing...61
4.6 Estudiodeterapiasespecficasdemutacionesdesplicing....65
4.6.1
4.6.2
5. DISCUSIN.....70
5.1
5.2
AnlisisfuncionaldelasvariantesallicasidentificadasenelgenPMM2.75
5.3
6. CONCLUSIONES..85
7. BIBLIOGRAFA..88
8. PUBLICACIONES....103
1.INTRODUCCIN
Introduccin
1.1DEFECTOSCONGNITOSDEGLICOSILACIN.
Introduccin
Ib
Ii
Ia
Ij
Ik
If
Ie
IIb
In Id
IIf
IL
Ig
IL
Ic
Ih
IIc
IIa
IId
IIe,IIg,IIh
Figura1.RutadeNglicosilacinylocalizacindelosdistintosCDGsqueafectanaestaruta. Seindican
rojo los Defectos Congnitos de Glicosilacin que afectan a la etapa de sntesis del LLO o a la
en color
transferencia
de ste a la protena y en azul aquellos que afectan al procesamiento del glicano unido a la
protena.Losnombresdecadaenzimafiguranenlatabla1.
Jaekenycolaboradoresen1984hicieronlaprimeradescripcinclnicadeundefecto
enestemetabolismo(Jaekenetal.1984).Desdeentoncessehandescrito22defectosdistintos
enlarutadelaNglicosilacindeprotenas(FreezeandAebi2005)(Fig.1)(Tabla1),quese
agrupanendosgrandesgrupos.
CDGI:defectosqueafectanalaetapadesntesisytransferenciadeloligosacrido
estndaroLLOalaprotena.
CDGII:defectosqueafectanalprocesamientodelglicanounidoalaprotena.
Introduccin
ElCDGIaes,hastaelmomento,eldefectoenlaNglicosilacinmsfrecuenteyest
causado por la deficiencia del enzima fosfomanomutasa 2 (PMM 2, EC 5.4.2.8), enzima
citoslica que cataliza la conversin de manosa6P a manosa1P, sintetizndose a
continuacineldonadordemanosaGDPmanosa,esencialparalasntesisdelLLO.Existen2
isoformas de la fosfomanomutasa en humanos con distinta expresin especfica de tejido,
PMM 1 y PMM 2, pero tan slo mutaciones en el gen PMM2, localizado en el cromosoma
16p13,sonresponsablesdelosCDGIa(Cromphoutetal.2006;Matthijsetal.2000).
El fenotipo clnico de los CDG Ia se caracteriza por afectacin multiorgnica con
hipotona, retraso en el desarrollo, estrabismo, mamilas invertidas y acumulacin anmala
degrasa.Enpacientesmayoreslasintomatologaincluyeretinitispigmentosa,convulsiones,
atrofia cerebelar y malabsorcin. Aproximadamente el 20% de los pacientes mueren en el
primeraodevida,siendolasinfeccioneslacausamsfrecuente(Aronicaetal.2005;Blank
etal.2006;Dinopoulosetal.2007).
Existen algunos defectos que afectan a ambas rutas de glicosilacin, son los
denominados Defectos Congnitos Combinados de la N y Oglicosilacin, aqu estaran
incluidoslosCDGIIc,IIe,IIgyIIh.LosCDGIIcpresentanunaalteracineneltransportador
defucosa(Lubkeetal.2001;Sturlaetal.2005).LosCDGIIe,IIgyIIhtienenafectacinenla
subunidad Cog7, Cog1 y Cog 8 (Foulquier et al. 2006; Kranz et al. 2007; Wu et al. 2004),
respectivamente,delcomplejoCog,complejooligomricodeGolgi.
Introduccin
Tabla1.ResumendelosdistintossubtiposdelosDefectosCongnitosdeGlicosilacin,enzima,genimplicadoencadadefectoysintomatologa
clnicaasoaciada.
CDG
ENZIMA/PROTENA
GEN
EntrezGene*
MIM**
CROMOSOMA
Ia
Fosfomanomutasa II
PMM2
5373
601785
16p13.3-p13.2
Ib
Fosfomanosa isomerasa
MPI
4351
154550
15q22-qter
Ic
Id
Glucosiltransferasa I
Manosiltransferasa VI
ALG6
ALG3
29929
10195
604566
608750
1p22.3
3q27
Ie
Dol-P-Man sintasa I
DPM1
8813
603503
20q13.13
If
Dolicol-P-manosa
utilizacin defecto1/Lec35
MPDU1
9526
604041
17p13.1-p12
Ig
Manosiltransferasa VIII
ALG12
79087
607144
22q13.33
Ih
Glucosiltransferasa II
ALG8
79053
608103
11pter-p15.5
Ii
Manosiltransferasa II
ALG2
85365
607905
9q22
Ij
GlcNAtransferasa I
DPAGT1
2875
191350
11q23.3
Ik
Manosiltransferasa I
ALG1
56052
605907
16p13.3
IL
Im
ALG9
DK1
79796
22845
606941
610768
11q23
9q34.11
RFT1
91869
612015
3p21.1
IIa
Manosiltransferasa VII
Dolicol quinasa
DolPP-GlcNA2Man5
flipasa
GlcNAtransferasa II
MGAT2
4247
212066
14q21
IIb
Glucosidasa I
GLS1
2744
606056
2p13-p12
SLC35C1/FUCT1
55343
266265
11p11.2
IId
Transportador GDPfucosa
Galactosiltransferasa
B4GALT1
2683
607091
9p13
IIe
Cog7
COG7
91949
608779
16p
IIf
Transportador CMPNeuAC
SLC35A1
10559
605634
IIg
Cog1
COG1
9382
606973
17
IIh
Cog8
COG8
84342
606979
16
In
IIc
SINTOMATOLOGA CLNICA
Retraso mental, hipotona, esotropa, lipodistrofia, hipoplasia cerebelar,
convulsiones
Fibrosis heptica, enteropata con perdida proteica, coagulopata,
hipoglucemia
Retraso mental, hipotona, epilepsia
Retraso mental severo, atrofia del nervio ptico
Retraso mental severo, epilepsia, hipotona, rasgos dismrficos,
coagulopata
Pequea estatura, ictiosis, retraso mental, retinopata
Hipotona, retraso mental, rasgos dismrficos, microcefalia,
infecciones frecuentes
Hepatomegalia, coagulopata, enteropata con prdida proteica, fallo
renal
Hepatomegalia, coagulopata, retraso mental, hipomielinizacin,
convulsiones no tratables
Retraso mental severo, hipotona, convulsiones, microcefalia
Retraso mental severo, hipotona, microcefalia, convulsiones no
tratables, coagulopata, sndrome nefrtico
Microcefalia severa, hepatomegalia, hipotona, convulsiones
Microcefalia, ictiosis, nistagmus, hipotona
Retraso en el desarrollo, hipotona, hepatomegalia, coagulopata,
convulsiones
Retraso mental, rasgos dismrficos, convulsiones
Dismorfia, hipotona, convulsiones, hepatomegalia, fibrosis heptica,
normal Tf
Infecciones recurrentes, neutrofilia, retraso mental, microcefalia,
hipotona, normal Tf
Hipotona, miopata, hemorragias espontneas
Dismorfia, hipotona, convulsiones no tratables, hepatomegalia,
ictericia, infecciones recurrentes, fallo cardaco
Trombocitopenia, glicoprotenas plaquetarias anormales, no sntomas
neurolgicos, normal Tf
Macrocefalia, rasgos dismrficos, hipotona, hipertrofia ventricular,
hepatoesplenomegalia, atrofia cerebelar
Retraso mental, hipotona, pseuso-ptosis, atrofia cerebelar
*16Hhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=gene**17Hhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=OMIM
Introduccin
Existentambindefectosdeglicosilacinsecundariosaotrasenfermedadesgenticas.
Lagalactosemiaclsicacausadaporladeficienciadelenzimagalactosa1Puridiltransferasa
dalugaraNglicanostruncadosdeficientesengalactosa.Sepostulaquelaacumulacinde
galactosa1PinhibealagalactosiltransferasadelaNglicosilacinoquelasntesisdeUDP
galactosaseveafectada(Charlwoodetal.1998;Stibleretal.1997).
OtrodefectosecundariodelarutadeNglicosilacineslaintoleranciahereditariaala
fructosa, causada por la deficiencia del enzima fructosa1P aldolasa. Se debe a que el
metabolito acumulado en este defecto, la fructosa1P, es un potente inhibidor de la
fosfomanoisomerasa(AdamowiczandPronicka1996;Jaekenetal.1996).
Introduccin
1.1.1CaracterizacinBioqumica
ParaladeteccindelospacientesconCDG,serealizaenprimerlugarelanlisisdela
transferrina srica mediante isoelectroenfoque (IEF). La transferrina es una glicoprotena
plasmticatransportadoradehierroquesesintetizaenhgado.Estformadaporunanica
cadena polipeptdica de 698 aminocidos con 2 sitios de unin a glicanos, cada uno de los
cualestienealfinaldesuestructura4posiblesunionesacidosilico(Fig.2.)
Sia
Sia
Sia
Gal
GlcNAc
Gal
GlcNAc
Man
Gal
GlcNAc
Man
Man
GlcNAc
GlcNAc
Asn
Sia
Gal
GlcNAc
Sia
Gal
GlcNAc
Sia
Sia
Gal
GlcNAc
Man
Gal
GlcNAc
Man
Man
GlcNAc
GlcNAc
Asn
Sia
Gal
GlcNAc
ElIsoelectroenfoque(IEF)esunmtodoelectroforticoquepermitelaseparacinde
estas isoformas segn su punto isoelctrico en un gel con gradiente de pH y mediante la
aplicacindeunacargaelctrica.EstemtodopermiteidentificarpacientesconCDGI,que
muestran un patrn tipo 1, caracterizado por la disminucin de la tetrasialotransferrina,
isoformapredominanteenindividuossanos,msaumentodelasformasdiyasialiladasde
la transferrina; y pacientes con CDG II, que muestran un patrn tipo 2, con aumentos
variables de cualquiera de las formas hipoglicosiladas de la protena (tri, di, mono y
asialotransferrina).
Introduccin
Aunqueelanlisisdelatransferrinapuededetectarunaalteracindelaglicosilacin,
no indica cual es el defecto primario. En ltima instancia el diagnstico de certeza lo
proporcionaelanlisisenzimticoy/omoleculardelosgenesquesesospecharesponsables
del defecto. De hecho, el ensamblaje de Nglicanos es un proceso muy conservado en
levaduras(Saccharomycescerevisae)yclulaseucariotas,loquehasidodegranutilidadpara
la identificacin de la mayora de los genes causantes de los CDG I (tabla 1). Las cepas de
levaduracondefectosdeglicosilacinindividualesomltiplesquetienenunefectoaveces
letal sobre la sntesis de las glicoprotenas son un sistema de complementacin ideal para
analizarelefectodemutacionespatolgicasenlosgeneshumanosortlogos.
Tambinlastcnicasprotemicaspuedenserunaherramientatilparaeldiagnstico
de pacientes con CDG. Desde que se describi por primera vez, en 1975, la electroforesis
bidimensional (2DE) por OFarrll and Klose (Ong and Pandey 2001), esta tcnica ha sido
utilizada en diversas aplicaciones. Con la 2DE las protenas se resuelven en la primera
dimensin en funcin de su punto isoelctrico en un gradiente de pH y en la segunda
dimensin segn el peso molecular. El anlisis protemico combina la 2DE con la
espectrometra de masas, tcnica que permite la identificacin de protenas a partir de la
digestin de spots obtenidos del gel 2D (Peng and Gygi 2001). La importancia de su
aplicacin reside en que puede resolver una mezcla de protenas compleja, pudiendo
identificar de forma rpida protenas desconocidas y sus formas modificadas post
traduccionalmente(OngandPandey2001).EstatcnicaaplicadaalosCDGpodraayudara
laidentificacindeldefectoenzimticomediantelabsquedademarcadoresespecficosde
cadadefecto,aconocerlagravedaddeldefectoyquealteracionesfisiolgicaspresentacada
paciente segn la expresin diferencial de las protenas y a conocer si existe diferencias
especficasdetejido(Butleretal.2003;Sturialeetal.2008).
Introduccin
1.1.2 BasesMolecularesdelosCDGIa
LospacientesCDGIasongeneralmentecompuestosheterocigotosdedosmutaciones
missenseenlosquealmenosunadelasprotenasmutadasconservaciertaactividadresidual,
pues lo contrario parece ser incompatible con la vida. Estudios con ratones knockout para
PMM2parecenindicarlaimportanciadeestaprotenaeneldesarrolloembrionario(Thielet
al. 2006), pues la ausencia de actividad es letal en los primeros das de vida intrauterina.
Ademsestosestudiosmuestranlainexistenciadeotraprotena,comopodraserlaPMM1,
cuyaactividadcompenseladeficienciadeactividadPMM2.Estudiosconratonesdeficientes
en PMM 1 revelan que la inactividad de esta enzima no parece ser esencial para un
desarrolloconfenotiponormal(Cromphoutetal.2006),loqueapoyaralahiptesisdeque
esletalsloladeficienciaenlaactividadPMM2.
Introduccin
CORE
CAP
Ensolucin,laPMM2estenformadehomodmerointeraccionandoexclusivamente
por los dominios cap, presentando una conformacin abierta debido a las fuerza de
repulsinentreelcapyelcore.Launindelsutrato(manosa1P)provocaladesaparicinde
esascargasyporlotanto,laconformacincerradadelaprotena,hacindolafuncionalmente
activa(Silvaggietal.2006).
Laposibilidaddeestablecernuevasaproximacionesteraputicasapartirdelgenotipo
delpaciente, eselmotor que impulsa loscada vez ms numerosos anlisis funcionales de
mutaciones en las enfermedades genticas. Estos anlisis funcionales proporcionan
informacinmuyrelevantesobreelefectoquecadamutacinproduce,nosloenreferenciaa
sugravedadsinotambinentrminosdesumecanismodeaccin.Ademssonimportantes
debido a la existencia de cambios nucleotdicos que aunque hayan sido clasificados
previamentecomopolimorfismospordetectarseenlapoblacinnormal,puedentenercierto
efectofuncional.SonlosdenominadosSNPsfuncionales(MangoniandJackson2002).
10
Introduccin
1.2.1Mutacionesdecambiodeaminocido
Existendiferentessistemasdeexpresindemutacionesmissense,todosellosbasados
en la expresin de los correspondientes cDNAs clonados en vectores adecuados.
Frecuentemente, para la expresin y caracterizacin de las protenas mutantes se han
empleado sistemas procariotas, fundamentalmente Eschericchia coli, y eucariotas, tanto
clulasdemamferosencultivocomosistemaslibresdeclulas.Estosestudioshanrevelado
que son dos los mecanismos ms frecuentes a travs de los cuales las mutaciones missense
ejercen sus efectos patognicos sobre la protena: los defectos en la estabilidad (mutaciones
estructurales) (Bross et al. 1999; Pey et al.2003) oen las propiedades catalticas (mutaciones
funcionales), aunque existen mutaciones que ejercen un efecto mixto estructural y funcional
(Cohen and Kelly 2003; Gregersen et al. 2000; Pey et al. 2003). Una vez confirmada la
patogenicidaddelcambio,losanlisisfuncionalestambinnospermitenidentificarelefecto
producidoporlamutacinyestablecerposiblesdianasteraputicas,comoenelcasodelas
mutaciones missense que afectan al plegamiento y/o estructura de la protena cuyo efecto
puede ser modulado mediante el uso de chaperonas farmacolgicas (Chaudhuri and Paul
2006;MuchowskiandWacker2005;Peyetal.2008)
1.2.2MutacionesqueafectanalcorrectoprocesamientodelmRNA
11
Introduccin
ribonucleoprotenas heterogneas nucleares (hnRNPs). Los enhancers exnicos de splicing
(ESEs) son sitios de unin de factores proteicos ricos en serina y arginina, conocidos como
protenasSR,atravsdeloscualesrealizansufuncinactivadora(PozzoliandSironi2005).
LasprotenasSRestnimplicadasenelreconocimientodelossitios5y3desplicingyenla
comunicacinentreambos,enelreclutamientoyconstitucindelspliceosomafuncionalyen
el reconocimiento de enhancers. Asimismo, pueden ejercer su accin positiva en el
reconocimiento de un exon a travs de su unin al RNA mensajero, al impedir que
reguladores negativos se unan a un silenciador prximo (competicin e impedimento
estrico)(PozzoliandSironi2005).
5 Sitio Donador
de Splicing
Sitio de
ramificacin
3 Sitio Aceptor
Tracto
polipirimidnico de Splicing
Figura4.Representacinesquemticadelosdistintosfactoresimplicadosenelprocesodemaduracin
del mRNA y las distintas zonas de reconocimiento de los mismos. Figura adaptada de (Cartegni et al.
2002).
SF2/ASF
SC35
SRp40
SRp55
Figura5.MotivosdeuninparalasprotenasSRSF2/ASF,SC35,SRp40ySRp55.Laalturadecadaletraindica
lafrecuenciadecadanucletidoenesaposicin.Encadaposicin,losnucletidossemuestrandearribaaabajo
en orden decreciente de frecuencia. Las letras en color naranja indican frecuencias por encima del fondo.
http://exon.cshl.edu/ESE/
12
Introduccin
Enlosltimosaossehadescubiertounmayornmerodemutacionesqueafectana
secuenciasreguladorasdesplicingcomoenlafibrosisqustica,distrofiamiotnica,esclerosis
mltiple y otras (Pozzoli and Sironi 2005), incluso se han definido ciertas mutaciones
puntualesqueafectanasecuenciasreguladorasdesplicingyenconcretoaESEs(exonicsplicing
enhancers), y que fueron incorrectamente clasificadas como mutaciones de cambio de
aminocido,mutacionesnonsenseoinclusopolimorfismossilenciososdebidoalaausenciade
anlisis a nivel de cDNA (RTPCR) y a la utilizacin de sistemas de expresin inadecuados
(Nielsenetal.2007).
ParavalidarelefectoqueejercenlasmutacionessobreelprocesamientodelmRNAse
hace necesario utilizar otras aproximaciones experimentales que impliquen la expresin de
regionesdiscretasdelDNAgenmico,comosonlossistemascelularesmodelodesplicingque
utilizan vectores apropiadosparagenerarlos llamadosminigenes(Cooper 2005;Pagani and
Baralle2004;Rinconetal.2007).Losminigenespuedenserutilizadoscomoherramientapara
distintos estudios como son la determinacin del grado de reconocimiento de los sitios de
splicing,laidentificacindeelementosexnicosointrnicosqueactivanoreprimenalsplicing,
la identificacin de variante allicas que tienen un efecto en la eficiencia del splicing y la
identificacindeelementosrequeridosparalaregulacinporfactoresespecficos.
Lamayoradelasmutacionesdesplicingproducenuncambioenelmarcodelectura
dando lugar a una secuencia madura de mRNA con un codn prematuro de terminacin
(PTC) lejano al sitio original. A priori, todas ellas son clasificadas como mutaciones nulas
(actividad indetectable), ya que generalmente dan lugar a la disminucin de los
correspondientes mRNAs evitndose la produccin de protenas truncadas potencialmente
txicas (Maquat 2004) . Este mecanismo celular de degradacin de mRNAs anmalos
conocido como NMD (Nonsensemediated decay) (Fig. 6) elimina los transcritos que
produciranprotenasconunapotencialdominancianegativa(Holbrooketal.2004)yseha
conservadoatravsdelaevolucinnosloporquedegradatranscritosaberrantesgenerados
13
Introduccin
deformarutinariaenlaexpresingnicasinoporque,adems,esutilizadoparaconseguir
nivelesapropiadosdedichaexpresin.
Figura6.EsquemadelmecanismodeactuacindelsistemaNMD.SeindicaunPTClocalizadoantesde5055nt
corriente
arriba de una unin exonexon, que provocara la activacin del sistema NMD y otro localizado
posteriormentequesetraduciranormalmente.Laeliminacindelosintronesporelsplicingdacomoresultadoel
posicionamiento a 2025 nt corriente arriba de la unin exonexon del complejo ECJ. SURF: complejo de
supervigilancia que se forma cuando se detiene el ribosoma al encontrar un PTC. Cuando SURFinteraccionacon
EJCsedisparaelsistemaNMD.Figuraadaptadade(KuzmiakandMaquat2006).
ElNMDenmamferosgeneralmentedegradamRNAsqueterminanlatraduccin50
55 nucletidos corriente arriba de una unin exonexon generada por splicing. A 2024
nucletidos corriente arriba de esta unin se une un complejo proteico, EJC (exon junction
complex) el cual est formado por 12 protenas donde estn incluidos algunos factores del
sistema NMD. Cuando el ribosoma comienza la traduccin y encuentra un PTC (codon de
paradaprematuro)sedetiene.EstopermitelaformacindelcomplejoSURF,elcualcuando
colisiona con el EJC provoca la activacin del sistema NMD y con ello, la degradacin del
mRNA.Sehavistoquemutacionesnonsenseenelltimoexondelgencodificanteparala
globinahumananosufrenNMDporquenohayuninexonexonposterior(Thein2004).El
sistema NMD no es 100% eficiente, sino que aproximademante un 525% de mRNA que
contienePTCescapaaestesistemadevigilanciayestraducidoaunaprotenatruncadaque
generalmenteesinestablesiendodegradada(KuzmiakandMaquat2006).Sinembargo,enla
actualidad se han observado transcritos portadores de PTC que no son degradados y
generan protenas truncadas con posible actividad (Kerr et al. 2001). En base a esto se han
creadonuevasterapiasbasadasenlainhibicindelsistemaNMDqueconsiguenrecuperarel
fenotiponormalinvitroenenfermedadescomolaenfermedaddeUllrich(Usuki2006;Usuki
etal.2004).
14
Introduccin
Elconocimientodelasconsecuenciasquecadamutacinproduceentrminosdesu
mecanismo de accin a nivel de DNA y mRNA ha abierto nuevas y prometedoras vas
teraputicasgenticasenestasalteracionesdelsplicing.Lamodulacindelsplicingpermitira
modificar el porcentaje de transcritos incorrectamente procesados y por lo tanto, alterar la
expresinfenotpicadelamutacin.Estosepodrallevaracabomediante:
1.2.3Relacingenotipofenotipo
Con el conocimiento del espectro mutacional de los genes implicados y teniendo en
cuentalainformacinobtenidaenlosdiferentesestudiosdeexpresindelasmutacionesylos
datos clnicos/bioqumicos de los pacientes, se ha intentado correlacionar el fenotipo con el
genotipo en numerosas enfermedades genticas. De esta manera, se intentara predecir el
pronstico de la enfermedad y adecuar una terapia de forma ms individualizada y, en
algunoscasos,dirigidaalmecanismomolecularresponsabledelapatognesisdecadavariante
allica.
15
Introduccin
sencillo algoritmo en el cual dos mutaciones severas (con actividad residual nula in vitro) se
asocianalasformasmsgravesdelaenfermedad,mientrasquelapresenciadeunamutacin
levequeretieneactividadresidualyunasevera(hemicigotofuncional),seasociaafenotipos
ms leves. Las discrepancias en la relacin genotipofenotipo encontradas se han descrito
fundamentalmentecuandoseproduce unamenorcantidad deprotena inmunorreactiva por
ser defectos que afectan al plegamiento de la protena, con mayor tendencia a la
agregacin/degradacin y por lo tanto, menor actividad cuando son expresadas in vitro
(Waters et al. 1998). Las enfermedades donde se han descrito este tipo de mutaciones son
denominadas enfermedades conformacionales. As, estas discrepancias podran ser
explicadas por las posibles diferencias interindividuales en la eficacia del sistema de
degradacin/plegamiento de protenas (protein quality control) que mantiene diferentes
nivelesdeactividadresidual(Desviatetal.1999;Gregersenetal.2001a;Gregersenetal.2004).
16
2.OBJETIVOS
Objetivos
Elobjetivoprincipaldeestetrabajohasidoelestudiodelasbasesmolecularesdelos
Defectos Congnitos de Glicosilacin para encontrar nuevas herramientas diagnsticas y
poder investigar en nuevas dianas y aproximaciones teraputicas basadas en el genotipo.
Paraello,sehanseguidolossiguientesobjetivosconcretos:
2. EstudiosdelproteomasricodepacientesconCDGIa.
4. Anlisisfuncionaldelasmutacionesmissenseensistemasdeexpresinprocariota.
EfectodelasmutacionessobrelaactividadyestabilidaddelaprotenaPMM2.
18
3.MATERIALESYMTODOS
Material y mtodos
3.1MATERIALES
3.1.1Reactivosyaparatos
ParalamedidadelasactividadesenzimticasPMM2yPMIsehanutilizadoenzimas
auxiliares proporcionadas por las casas comerciales Sigma y Roche, NADP de Roche y los
sustratos,Dmanosa6PyDmanosa1PdeSigma.Paralalecturadelaabsorbanciaa340
nmsehautilizadounlectordeplacasMicroplateReader680XRdeBiorad.
Enelcultivocelularseemplearonlossiguientesreactivos:mediomnimoesencialde
Eagle (MEM), glutamina de la firma comercial GibcoBRL y suero fetal bovino (FBS) de
SIGMA.LosantibiticosfueronsuministradosporAntibiticosS.A.Latripsinaylosmedios
de comprobacin se obtuvieron de Difco Laboratorios. Invitrogen, GibcoBRL y Gene Tools
suministraronlosreactivosparalastransfeccionesdeclulasprimariasyestablecidas.
LosreactivosyenzimasempleadosenlasreaccionesdePCR,RTPCRymutagnesis
dirigida fueron obtenidos de las firmas comerciales Invitrogen, Roche y Stratagene y se
realizaronenuntermocicladorVeritydeAppliedBiosystem.
20
Material y mtodos
Invitrogen, Life Technologies y Rzpd proporcionaron los vectores necesarios para
llevaracabolosclonajes.
LasenzimasderestriccinfueronproporcionadasporRocheDiagnosticsyPromega.
LosreactivosyaparatosempleadosenlasreaccionesRTPCRtiemporeal(qRTPCR)
fueronobtenidosdelasfirmascomercialesAppliedBiosystem.
Los reactivos utilizados para Western Blot son de las casas comerciales Amersham
Pharmacia Biotech, Millipore y Roche. Los anticuerpos utilizados fueron anticuerpo
policlonal comercial antiPMM2 (Abnova) y anticuerpo secundario anti IgG de ratn
conjugadoaperoxidasa(SantaCruz).ElWesternblotsellevoacaboenunMiniproteande
Biorad y se densitmetr en un densitmetro BioRad GS710 Calibrated Imaging
Densitometer.
3.1.2 Materialbiolgico
3.1.2.1Muestrasbiolgicas
Seseleccionaronlossuerosdepacientesquepresentaronun%CDT>3parael
anlisisporisoelectroenfoquedelatransferrina, 1antitripsinayapolipoprotenaCIII.Para
losestudiosdeprotemicaseutilizaronsuerosde2pacientesCDGIayde3controles.
Paraelanlisisenzimticoy/ogenticoseutilizaronfibroblastosobtenidosdebiopsia
de piel de 24 pacientes y 17 controles cultivados en botellas de 75 25 cm2 o en placas
estandarizadas de 6 pocillos (P6) a 37C en una atmsfera de humedad relativa del 95% y
CO25%.SeutilizcomomediodecultivoMEMsuplementadoal10%consuerofetalbovino
(FBS),glutamina2mM,100U/mLdepenicilinay100g/mLdeestreptomicina.Serealizaron
controles de contaminacin de reactivos, medios de cultivo y cultivos celulares de forma
sistemtica durante todo el estudio. Las clulas fueron recogidas con una solucin de
tripsinaEDTAysedimentadasmediantecentrifugacin.
LalneacelulardehepatomahumanoHep3Butilizadaenesteestudiofuecedidapor
elDr.S.R.deCrdoba.
Los fibroblastos de piel de la lnea celular 25232 utilizada en este estudio fueron
cedidosporelDr.G.MatthijsdelCentrodeGenticaHumana,Leuven(Blgica).
21
Material y mtodos
remitilasmuestras.Todalainvestigacinllevadaacaboconestematerialestautorizado
porelComitdeticadelaInvestigacindelaUniversidadAutnomadeMadrid,respeta
los principios fundamentales de la declaracin de Helsinki, del Convenio del consejo de
EuroparelativoalosderechoshumanosylabiomedicinaydeladeclaracinUniversaldela
UNESCOsobreelgenomaHumanoylosderechoshumanos.
3.1.2.2Cepasbacterianas
Las estirpes de E.coli utilizadas en este estudio han sido XL1Blue de Stratagene y
BL21(DE3)pLysSdePromega.
3.1.2.3 Vectoresplasmdicos
pSPL3deLifeTechnologies
pDEST15deRzpd
Losplsmidosportadoresdelasecuenciacodificanteparalosdistintosfactoresde
splicingyprotenasSRfueroncedidosporDr.B.Andresen,Dr.A.KraineryDr.J.
Valcarcel.
TOPOTACloningPCR2.1TopoVectordeInvitrogen.
3.2MTODOS
3.2.1 Isoelectroenfoque(IEF)deglicoprotenassricas
22
Material y mtodos
ambientetransfirindoselasprotenasaunfiltrodenitrocelulosadurante1530minutos.A
continuacinseincubtodalanochea4Cconanticuerposdeconejoantitransferrinaoanti
1antitripsina humana, segn el caso, diluidos 1/250 en una solucin de NaCl 0.9%
conteniendoun0.2%delechedesnatada.ComoanticuerposecundarioseutilizantiIgGde
conejomarcadoconfosfatasaalcalina(Sigma)diluido1/2500enlamismasolucindeNaCl
0.9%con0.2%delechedescremadaysedejincubando1horaatemperaturaambiente.El
reveladoserealizconNBT/BCIP(Roche)diluido1/10enunasolucinal5%deTrisHCl1
MpH=9.7.
Para la identificacin de variantes o subtipos de transferrina se llev a cabo un
tratamiento con neuraminidasa; a 20 l de suero se aadi neuraminidasa 10 U/ml
simultneamentealasaturacinconcitratofrrico10mMysedejincubara37C24horas.
Posteriormente,sediluylamuestra1/100conaguadestilada.Estetratamientoproporciona
latransferrinaenestadoasialilado,esdecir,libredegrupossilicos.
Para el anlisis mediante IEF de la Apo CIII se utilizaron sueros de pacientes que
presentaron patrn tipo 2 de la transferrina y se aplic directamente 4 l de la muestra de
suerosinningntratamientoprevio.
3.2.2 MedidadelasactividadesPMM2yPMI
ElmtodoespectrofotomtricoutilizadoestbasadoenlamedidadeNADPHa340
nmproducidoporlareduccindelNADPporlaactividaddelaglucosa6Pdeshidrogenasa
(deKoningetal.1998;VanSchaftingenandJaeken1995).
23
Material y mtodos
Lamedidadelasactividadesserealizdurante45minutosa37Cyenagitacin,en
unamezclaquecontieneHEPES50mMpH7.1,MgCl25mMyNADP0.6mMdeSigma.Para
laactividadPMM2ademsseaadifosfoglucoisomerasa10g/mldeRocheyglucosa6P
deshidrogenasa1.4U/m,fosfomanoisomerasa3.5g/ml,glucosa1,6diP100Mymanosa1
P 0.4 mM de Sigma. En el caso de la actividad PMI se aadi glucosa6P deshidrogenasa
0.28 U/ml, fosfoglucoisomerasa 10 g/ml citadas anteriormente y manosa6P 0.5 mM de
Sigma. Se para la reaccin con tampn NaHCO3 / Na2CO3 0.5 M pH 10.7. La lectura de la
actividadsehizomedianteMicroplateReader680XRdeBioRada340nm.
AmbasactividadesseexpresaenmU/mgdeprotena,siendounamUlosnmolesde
NADPHobtenidoporminuto.
3.2.3 Cuantificacindeprotenas
3.2.4 Aislamientodecidosnucleicos
ParalaextraccinypurificacindeDNAplasmdicoseempleelsistemacomercial
de extraccin de DNA plasmdico WizardPlus SV Minipreps DNA Purification system de
Promega.
3.2.5 TcnicasdeamplificacindeDNA
3.2.5.1 AmplificacindecDNA
ElprocesodeRTPCRsellevacaboapartirde1gdeRNAtotalextradoapartir
de fibroblastos de piel o hepatoma. Los reactivos empleados en la retrotranscripcin y
posterior amplificacin fueron suministrados por Invitrogen (SuperScriptIII FirstStrand
24
Material y mtodos
Synthesis System for RTPCR), utilizando oligodT y siguiendo las instrucciones de la casa
comercial.
Tabla2.OligonucletidosdiseadosparalaamplificacindeloscDNAsdelosdistintosgenesestudiados.
FRAGMENTO
NOMBRE
SECUENCIA
TAMAO RTGEN
Tm(C)
cDNA
OLIGO
5 3
PCR (pb)
PMM2
PMM2
MPI
MPI
ALG6.1
ALG6
ALG6.2
DPM1.1
DPM1
DPM1.2
DPGAT1.1
DPGAT1
DPGAT1.2
PMM2-F
PMM2-R
MPI-F-1S
MPI-R
ALG6-A
ALG6-R(E8)
ALG6-F(E7)
ALG6-R
DPM1-F
DPM1-R2
DPM1-F2
DPM1-R-9AS
DPGAT1-F
DGPAT1-1R
DPGAT1-2F
DPGAT1-R
GTTCCTCGTGCCAACGTGTC
GGAAGTCCAGACGGCACATG
CTGCCGGGAAAGGCATACGT
GGTGAGGTTGGCTGGAATTTA
ATGCGCTTCCTGGGACCC
CCCTTTCCTTTGAGGCCTTTT
ATGCATCTTGCTGTATCCAGG
TCCTGTGGTTCCATGGTTCTC
TTTCTAATTGAACCACGCATT
GAGACAATATCAAAATTACCC
CTACATCATTATTATGGATGC
ATGCATGAAATTTACCTTACC
GCTCAAGTCAGAGTTGCTG
GAGCAATCCCAAAGTGGTG
GAGTTGGAAGGTGATTGTCG
GTCTCCATTGAGAGCATGTG
61.4
61.4
61.4
57.9
61.0
57.9
59.8
59.8
52.0
52.0
52.0
52.0
56.7
56.7
57.3
57.3
937
1377
945
1103
578
571
870
1059
Oligonucletidos diseados utilizando las secuencias NM_000303.1 para el gen PMM2, NM_002435.1para el gen MPI,
NM_013339.2 para el gen ALG6, NM_003859.1 para el gen DPM1 y NM_001382 para el gen DPGAT1, depositadas en las
bases de datos pblicas.
Paraelestudiodelperfiltranscripcionaldelospacientesportadoresdelamutacin
IVS79T>G se dise, adems, un oligonucletido especfico (PMM2E8) cuya secuencia es
5ATGGTCATTGCCACCCTGGAA3quehibridaconelfinaldelintrn7yelprincipiodel
exon8delgenPMM2.ParalaRTPCRseutilizesteprimerjuntoconeloligoPMM2F.
Tabla3.Oligonucletidossintticosempleadosenlasecuenciacindeconstruccionesplasmdicas.
VECTOR
PSPL3
NOMBRE
OLIGO
SD6
SA2
SECUENCIA
5 3
TCTGAGTCACCTGGACAACC
ATCTCAGTGGTATTTGTGAGC
Tm(C)
54.0
52.0
3.2.5.2 AmplificacindeDNAgenmico
Losexonesdecadagenjuntoconsussecuenciasintrnicasflanqueantes,incluyendo
las secuencias aceptoras y donadoras se amplificaron mediante el diseo de primers
especficosysellevoacaboenuntermocicladorVeritideAppliedBiosystem.
25
Material y mtodos
Tabla4.OligonucletidosdiseadosparalaamplificacindelosdistintosexonesdelgenPMM2
GEN
EXON
1
2
3
4
PMM2
5
6
7
8
NOMBRE
OLIGO
PMM2-1S
PMM2-1AS
PMM2-2S
PMM2-2AS
PMM2-3S
PMM2-3AS
PMM2-4S
PMM2-4AS
PMM2-5S
PMM2-5AS
PMM2-6S
PMM2-6AS
PMM2-7S
PMM2-7AS
PMM2-8S
PMM2-8AS
SECUENCIA
5 3
GTTCCTCGTGCCAACGTGTC
AGCCCCAACTGGGAACAGCA
GGTCTCCTGATTATTGTGTGG
TAGGGCAGCCTATGATACTTG
TTCCTAGAGGCATTCATTGTG
GTTTTGATTCTTTGCATTCTAAG
CTGGGTTTGCTATGAAGCTG
CCATGTGACACTACGCTATG
AGGCTGTTTATCTATGTTGCC
CACCAGGCCATATCTTATTT
GCCAGTAGTTAAAACTGTGCT
CCACAACAAACTCTGGGAAAT
TCAGTGACATATCATTAGCCC
CCCCATCAAGCGCAAATGC
TCCAGGGTCACATCAGCAAT
GAGCACGTGTGGGAGGAC
Tm(C)
61.4
61.4
57.9
57.9
55.9
53.5
57.3
57.3
55.9
53.2
55.9
55.9
55.9
58.8
57.3
57.3
TAMAO
PCR (pb)
178
251
205
219
235
206
235
260
OligonucletidosdiseadosapartirdelasecuenciaENST00000268261,depositadaenlasbasesdedatospblicas.
Tabla5.OligonucletidosdiseadosparalaamplificacindelosdistintosexonesdelgenMPI
GEN
EXON
1
2
3
4
MPI
5
6
7
8
NOMBRE
OLIGO
MPI-F-1S
MPI-1AS
MPI-2S
MPI-2AS
MPI-3S
MPI 3AS
MPI-4S
MPI-4AS
MPI-5S
MPI-5AS
MPI-6S
MPI-6AS
MPI-7S
MPI-7AS
MPI-8S
MPI-8AS
SECUENCIA
5 3
CTGCCGGGAAAGGCATACGT
ACGCGCTCCACGAACACACT
TGAGGAGTGGAGTGGCAGCT
TTTCTCCTGACCTGCGGGTAA
TGGCAGGTTTCTTCCCCCTT
ATAAGCCCTTCTGTACCCTGA
TAATGGCTGTACCCTCACCAT
TATCCCTGGCCCAGTACGCA
CTTACCATTCCTGATATGGGC
AGAGCATTGCACCCAACCAG
AGCACTGAGTATCCCCCTAAG
AGTGGGGCTACATGCTGAAAT
GGCATACTTCATCAGCTTAGC
GATTTTCATGGCACACGAAGG
ATGAGAGCAGAGTCTGAGCT
TTTAGGAACAGGTACCCCAAA
Tm(C)
61.4
61.4
61.4
59.8
59.4
57.9
57.9
61.4
57.9
59.4
59.8
59.8
57.9
57.9
57.3
55.9
TAMAO
PCR (pb)
108
218
296
236
264
253
297
322
OligonucletidosdiseadosapartirdelasecuenciaENST00000352410,depositadaenlasbasesdedatospblicas.
Tabla6.Oligonucletidosdiseadosparalaamplificacindelexon9delgenDPM1
GEN
EXON
DPM1
NOMBRE
OLIGO
DPM1-9S
DPM1-R-9AS
SECUENCIA
5 3
ATCCTATTTCTGTTGTGTTGG
ATGCATGAAATTTACCTTACC
Tm(C)
TAMAO
PCR (pb)
54.0
52.0
327
26
Material y mtodos
Tabla7.Oligonucletidosdiseadosparalaamplificacindelosexones6y8delgenDPGAT1
GEN
EXON
6
DPGAT1
8
NOMBRE
OLIGO
DPGAT1-6S
DPGAT1-6AS
DPGAT1-8S
DPGAT1-8AS
SECUENCIA
5 3
GGCCCCAGGAATAGATGAAT
CCCTTTGCACAGCAAATGTA
CAGATCCAAGGGGAACTTGA
AGAAAGGGAGACACGGAGGT
Tm(C)
57.3
55.3
57.3
59.4
TAMAO
PCR (pb)
450
291
3.2.6PurificacindefragmentosdeDNA
LapurificacindefragmentosdeDNAinferioresa1Kb,obtenidostrasamplificacin
por PCR o resultantes de digestin enzimtica, se realiz con los productos SpinClean PCR
Purification Kit de MBiotech, siguiendo instrucciones de los proveedores. En el caso de
fragmentos de mayor tamao, la purificacin se llev a cabo empleando QIAEX II Gel
Extractionkit(Qiagen).
3.2.7SecuenciacindeDNA
EnlasreaccionesdesecuenciacindeproductosamplificadosporPCRseemplearon
300 ng de DNA y para la secuenciacin de construcciones plasmdicas se emple una
cantidadde300500ngdeDNA.
27
Material y mtodos
3.2.8Electroforesisbidimensional(2DE)deprotenassricas
Sediluyeronlossuerosdepacientesdirectamenteenunbufferdelsisquecontiene
urea8.4M,tiourea2.4M,CHAPS5%yTCEPHCl2mM.Paraincrementarlaresolucine
intensificarlasprotenasdebajaexpresin,lossuerosfueronpreviamentetratadosconunkit
queeliminalaalbminaylasinmunoglobulinasIgG(deAmershansBiosciences)yelpellet
obtenidofueresuspendidoigualmenteenelbufferdelsis.
EntodosloscasossemidilaconcentracindeprotenaporBradfordysecarg90
100 g de protena total. La primera dimensin se llev a cabo como fue descrita por
(Richardetal.2006).LaseparacindeprotenasserealizconunatiraIPGde18cmyrango
depH31047deGEHealthcareenunaunidaddeelectroforesisEttanIPGphorIsoelectric
focusingdeGEHealthcare,ajustndosealasrecomendacionesdelacasacomercial.
LaseparacindelasegundadimensinserealizengelesdeSDSpoliacrilamidaal
10%,corriendocadagela6mAdurante15horasa4Cyposteriortincinconplata.
3.2.9Mutagnesisdirigida
Las variantes allicas D65Y, V44A, L32R, F207S, F157S, D209G, R141H, T237M,
P184T,T118S,P113L,R123QR238H,C241SyE197AdelgenPMM2fueronintroducidasen
elvectordeexpresinprocariotapDEST15deRzpdqueportalasecuenciadelcDNAPMM2.
LamutagnesisdirigidamedianteelprocesodePCRserealizconelkitQuikChange
SiteDirectedMutagenesisdeStratageneutilizandolosprimersespecficosqueseindicanenla
tabla8.
Todoslosclonesmutantesfueroncomprobadosyseleccionadoscomoportadoresde
la mutacin correspondiente mediante secuenciacin cclica directa del DNA plasmdico
resultante.
28
Material y mtodos
Tabla8.Oligonucletidossintticosempleadosenlamutagnesisdirigida.
MUT.
SECUENCIA
5 3
SECUENCIA
3 5
cDNA PMM2
D65Y
GTGGTTGAAAAATACTATTATGTGTTTCCAG
CTGGAAACACATAATAGTATTTTTCAACCAC
178-208
L32R
GAAATGGATGACTTCCGCCAAAAATTGAGG
CCTCAATTTTTGGCGGAAGTCATCCATTTC
79-108
R141H
CCAAGAAGAACACATTGAGTTCTACGAAC
GTTCGTAGAACTCAATGTGTTCTTCTTGG
411-439
T237M
GCCTGAGGACATGCGCAGGATCTG
CAGATCCTGCGCATGTCCTCAGGC
699-722
P113L
CGAAAATTAAACTCCTGAAGAAGAGGGG
CCCCTCTTCTTCAGGAGTTTAATTTTCG
322-350
D209G
TTATTTCTTTGGAGGCAAAACTATGCCAG
CTGGCATAGTTTTGCCTCCAAAGAAATAA
612-640
F207S
CCATTTATTTCTCTGGAGACAAAACTATGC
GCATAGTTTTGTCTCCAGAGAAATAAATGG
608-637
F157S
GACAAAAGTCTGTAGCAGATCTACGGAAAG
CTTTCCGTAGATCTGCTACAGACTTTTGTG
461-590
P184T
CTTTGATGTCTTTACTGATGGATGGGAC
GTCCCATCCATCAGTAAAGACATCAAAG
537-564
V44A
CAAAATCGGAGTGGCAGGCGGATCG
CGATCCGCCTGCCACTCCGATTTTG
117-141
T118S
GAAGAGGGGTAGTTTCATTGAATTCCG
CGGAATTCAATGAAACTACCCCTCTTC
342-368
R123Q
CATTGAATTCCAAAATGGGATGTTAAACG
CGTTTAACATCCCATTTTGGAATTCAATG
357-385
R238H
GAGGACACGCACAGGATCTGTGAAC
GTTCACAGATCCTGTGCGTGTCCTC
703-726
C241S
CGCAGGATCTCTGAACTGCTGTTCTC
GAGAACAGCAGTTCAGAGATCCTGCG
712-737
E197A
CGACATGTGGCAAATGACGGTTATAAG
CTTATAACCGTCATTTGCCACATGTCG
580-606
NM_000303.1
Labasequeintroducelamutacinenlareaccindemutagnesisdirigidasemuestraenrojo.
SemuestralalocalizacindecadaoligonucletidoenlasecuenciadelcDNAPMM2(Ensembl,cdigodeacceso
NM_000303.1),siendoelnucletido+1laadenosinadelATGiniciadordelatraduccin.
3.2.10ExpresindemutacionesmissenseenE.coli
SetransformaronlasclulasXL1BluedeStratageneconelvectorconteniendoelgen
PMM2 salvaje y con las mutaciones en estudio incorporadas. La seleccin de los clones
positivosserealizporresistenciaaampicilinayseconfirmporsecuenciacin.
29
Material y mtodos
Figura7.EsquemadelvectorpDEST15.
Decadaclonsepreparunprecultivode18h,apartirdelcualsecrecia2637C
un cultivo hasta una densidad ptica de 0.61 a 600 nm, al cual se le aadi IPTG 1 mM
dejandoactuaralmenos5horas.Secentrifug5minutosa5000rpmyelpelletobtenidose
resuspendien1mldeunmedioquecontieneHEPES20mMconKCl25mM,DTT1mMe
inhibidordeproteasaComplete,Mini,EDTAFreedeRoche.Laroturacelularsellevacabo
por sonicacin durante 5 segundos 3 veces con descansos de otros 5 segundos y para la
eliminacin de las estructuras celulares se centrifug 5 minutos a 13000 rpm. Con el
sobrenadanteserealizladeterminacinenzimtica.
LamedidadelaactividadPMM2sellevoacaboa37Ccon500ngdeprotenatotal,
medida por Bradford (Bradford 1976), en una mezcla que contiene HEPES 50 mM pH 7.1,
MgCl2 10 mM y NADP 1.2 mM. Adems se aadi glucosa6P deshidrogenasa 2.8 U/ml,
fosfoglucoisomerasa 20 g/ml, fosfomanoisomerasa 8 g/ml, glucosa 1,6 diP 200 M y
manosa1P0.8mM.Separalareaccinalos30minutoscontampnNaHCO3/Na2CO30.5
M pH 10.7.La lectura de la actividad se hizo a340 nmenunMicroplateReader 680XRde
BioRad.
Para el anlisis de protena PMM 2 mediante Western Blot, los pellets obtenidos de
fibroblastosdepieldepacientesCDGIa,hepatomaodebacteriasseresuspendieronenuna
solucinHEPES20mMconKCl25mM,DTT1mMyPefabloc0,2mMysesometieronatres
ciclos sucesivosde congelacin/descongelacin en N2 lquido y posterior centrifugacin. La
30
Material y mtodos
determinacindelaconcentracindeprotenassellevacabomediantecuantificacinporel
mtododeBradford(Bradford1976)empleandoelreactivoBioRadProteinAssay(BioRad).
Lamismacantidaddeextractoproteico(10genelcasodedefibroblastosdepacientesyde
la protena expresada en hepatoma, 150 g en el caso de fibroblastos transfectados con
AMOsy1genelcasodelaprotenaexpresadaenbacterias.)fuesometidaaelectroforesis
engeldepoliacrilamidaal10%.LaelectroforesissellevoacaboenelaparatoMiniProtean
(BioRad),empleandounasolucinTris25mM,250mMglicina,0,1%(p/v)SDS.
3.2.12Estudiosdeestabilidaddeprotenasinvitro.
31
Material y mtodos
Para la qRTPCR del mRNA del gen PMM2 se utilizaron sondas Universal Probe
(S48) de Roche y oligonucletidos especficos 5GGACTTTGAGAAAGTGCAGGA3 y
5AAGCCATTTTCTGGAAACACAT3 diseadas usando el probeFinder Software
(Universal Probe Library) de Roche Applied Science. La retrotranscripcin se llev a cabo
con el Archive kit de Applied Biosystems utilizando 1g de RNA total y siguiendo las
recomendacionesdelproveedor.ParalaPCRseutilizlaTaqMan2XUniversalPCRMaster
MixNoAmpereseONG(AppliedBiosystems).
LaamplificacinyanlisisserealizenunaparatoABIPRISM7900HTutilizandoel
programa qBase suministrado por la casa con el mismo nombre. La eficiencia de la
amplificacinfueestandarizadamediantelaretrotranscripcinyposterioramplificacinen
paralelodelmRNAdelgenconstitutivorRNA18s.
Parallevaracabolacuantificacin,unavezobtenidoslosdatosdecrossingpoint(Cp)
o cycle threshold (Ct) de la PCR a tiempo real tanto para el gen de inters como para los
constitutivossellevacaboeltratamientomatemticoparaobtenerfinalmenteelparmetro
(RQ) relative quantity que nos permite calcular y comparar la cantidad de mRNA en los
distintosextractoscelulares,siendocalculadosegnlasiguientefrmula:
RQ=2Ct;Ct=(CtdeunamuestraCtlamuestradereferencia)
Ct=(CtdelgendeestudioCtdelgenconstitutivo[rRNA18s])
3.2.14ClonajeenelvectorpSPL3.Minigenes.
SAg
EcoRI
SDg
Exon
EcoRI
SDv
pSPL3
ori
SAv
6031 bp
Ampr
Figura8.EsquemadelvectorpSPL3.SDv:Sitiodonadordesplicingdelvector.SAv:Sitioaceptordesplicingdel
vector. Ampr: Gen de resistencia a ampicilina. SDg: Sitio donador de splicing del exon introducido. SAg: Sitio
aceptordesplicingdelexonintroducido.
32
Material y mtodos
Para evaluar el mecanismo de splicing de las mutaciones IVS31G>C e IVS7
15479C>T, los fragmentos gnicos correspondientes a los exones 3 y 4 o el pseudoexon,
respectivamente, del gen PMM2 junto con sus regiones intrnicas adyacentes, se
amplificaronporPCRapartirdeDNAgenmicodecontrolesydelospacientesportadores
de los cambios nucleotdicos a estudiar. Los fragmentos resultantes de la amplificacin
fueron clonados en el vector TOPO TA Cloning PCR 2.1Topo Vector (Invitrogen), siguiendo
las instrucciones del proveedor. El fragmento introducido en cada caso fue escindido del
vectorconelenzimaderestriccinEcoRIyclonadoenelvectorplasmdicopSPL3digerido
previamenteconelmismoenzimaydesfosforiladoparaevitarlarecircularizacin.
3.2.15Transfeccindelneascelularesprimariasyestablecidas
Paraverelefectoproducidoporlosoligonucletidosantisentido(AMOs)enelperfil
transcripcional,expresinyactividaddelaprotenaPMM2,6x105fibroblastosdepieldel
pacienteconCDGIafueroncultivadosenbotellasde25cm2paralaRTPCRylamedidade
actividad,y18x105fibroblastosenbotellasdede75cm2paraelWesternblot.Seaadieron
losAMOs24horasdespusdelasiembraaunaconcentracinfinalde10M20M.Para
la transfeccin se utiliz EndoPorter (Gene Tools) a una concentracin final de 68 M. El
tiempo de cultivo tras la adicin del EndoPorter y los AMOs fue de 4872 horas.
Posteriormente,serecogieronlasclulasyseguardelprecipitadocelulara70C(hastasu
utilizacin).
Tabla9.OligonucletidostipomorfolinosdiseadosparalamodulacindelsplicingenelgenPMM2.
Oligo
Secuencia53
Gendiana
AMOA
AMOB
TAGCTGCAAAGCAAGTGAAGCGGAC
ATCACAAACACAACCTACCTCAGGC
PMM2ENST00000268261
33
Material y mtodos
Enlosexperimentosparaverelefectodelasobreexpresindefactoresdesplicingse
cotransfectHep3Bconelminigenadecuadoyhasta4gdevectoresportadoresdedistintos
factoresdesplicing:SRp40,SRp55,SC35,SF2/ASF,U2AF35yU2AF65utilizando8ldeJetpei
(LipofectinReagent,Invitrogen).
Las clulas fueron recogidas a las 4872 horas de la transfeccin por tripsinizacin,
lavadasconPBSycongeladasa70Chastasuutilizacin.
3.2.16Soporteinformtico
Las secuencias tanto de los cDNAs como de los DNAs genmicos de los genes
PMM2,MPI,ALG6,DPM1yDPGAT1fueronobtenidasmediantebsquedainformticaen
labasededatospblicaEnsembl(http://www.ensembl.org/index.html).
Eltratamientodeimgenesdigitalesydensitometradelasmismasserealizmediante
los programas Kodak Digital Science 1D 2.0.3. (Kodak Scientific Image Systems) y Quantity
One4.3.1(BioRad).
ElprocesamientoyanlisisdesecuenciasdeDNAsellevacaboconlosprogramas
Chromas 1.45 (Griffith University, Australia) y Prophet 5.0 (BNN Systems and
Technologies).
LasestimacionesestadsticassellevaronacaboconlapruebaPruebaTrealizadaen
MicrosoftOfficeExcel2003.
34
4.RESULTADOS
Resultados
4.1.1 Isoelectroenfoque(IEF)deTransferrina(Tf)
CuandoserealizelanlisisdelatransferrinamedianteIEFenindividuoscontrolse
observ un patrn tpico caracterizado por predominio de la isoforma tetrasialilada de la
protena(Fig.9,carrilCyD)mientrasquelos45suerosseleccionadospresentabanpatrones
anmalos:32conunpatrntipo1caracterizadoporaumentodelasformasdiyasialiladas
de la transferrina(Fig.9,carril A) y13 con distintos patronestipo 2, caracterizadosporun
aumentovariabledecualquieradelasisoformashipoglicosiladasdelaprotena(Fig.9,carril
B).
A
5
4
3
2
1
0
D
Figura9.Isoelectroenfoquedetransferrinasrica.
Alaizquierdadelafiguraseindicaelnmerodecidossilicosque
tieneunidacadaisoformadelatransferrina.Apatrntipo1tpico
deCDGI.Bpatrntipo2tpicodepacientesCDGII.CyDpatrones
deindividuoscontrol.
Tipificadas las muestras en patrones tipo 1 y 2, faltaba descartar que esos patrones
anmalos fueran debidos a que los pacientes presentaran una variante aminoacdica o
subtipodelaTfdebidoaunaalteracindelaglicosilacindeformasecundaria.
ParadescartarunavarianteallicadelaTf,serealizeltratamientodelasmuestras
conneuraminidasaysevolvieronaanalizarporIEF.Comolaneuraminidasaproporcionala
transferrina libre degrupossilicos, dejandotodala protenaen estado asialilado, aquellas
muestras que presentaron dos bandas presentaran, en principio, un polimorfismo
aminoacdicoparalamisma(Fig.10).
36
Resultados
A B C D E F
Figura10.Isoelectroenfoquedetransferrinasricatras
el tratamiento con neuraminidasa. A la izquierda de la
figurasesealalabandaquecorrespondealaformaasialilada
delaprotena.A,B,CyDsonmuestrasconlavarianteallica
mscomndelaTf.SinembargoEyFpresentanademsotra
varianteallicaosubtipodelaTf,indicadaconunaflecha.
De los 32 pacientes que presentaron patrn tipo 1 slo uno present una variante
allicadelatransferrina,sinembargodelos13pacientesconpatrntipo2,7presentaronun
polimorfismodelaprotena.
Tabla10.Clasificacindepacientesmedianteelanlisisdetransferrinaporisoelectroenfoque.
PATRN
Tipo 1
Tipo 2
CLASIFICACIN
N de Pacientes
CDG I
POLIMORFISMO AMINOACDICO
GALACTOSEMIA
INTOLERANCIA A LA FRUCTOSA
CDG II
POLIMORFISMO AMINOACDICO
28
1
2
1
6
7
Fig.11.IsoelectroenfoquedelatransferrinasricadeunpacienteCDG
A B C D
glicosilacindelasdiferentesisoformasdelatransferrina.A:control.B:
paciente al diagnstico (6 m) con un %CDT en suero de 42%,
4
desnutricin, hepatomegalia (5cm) y anemia microctica. C: paciente (7
paciente6mesesdespusdesubirladosisdemanosaa200mg/kgx4,el
0
%CDT baj al 6%, curva de peso ascendente y estudio de coagulacin
normal.
Los resultados nos muestran que con la administracin oral de manosa no slo
mejoralasintomatologaclnicadelpacientesinotambinlosparmetrosbioqumicos,pues
ademsdeunabajadaenel%CDTpodemosvercomoelpatrndeglicosilacindelaTfse
normaliza.
37
Resultados
4.1.2 IEFde1antitripsina(1AT)
Con el objetivo de analizar de forma complementaria otra glicoprotena srica de
origenheptico,seanalizla1ATsricade30individuoscontrol(Fig.12),de17pacientes
conpatrontipo1enlatransferrinaclasificadoscomoCDGI,de6pacientesconpatrntipo2
enlatransferrinaclasificadoscomoCDGII(Fig.13)ylos8individuosquepresentabanun
polimorfismoaminoacdicoparalatransferrina(Fig.14).
Elresultadoobtenidoenlossueroscontrolmuestraunpatrndeglicosilacindela
1ATmscomplejoqueeldelaTf,conlaaparicindehasta7isoformassialiladas(Fig.12).
9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30
isoformas.
EntodoslossuerosdelospacientescatalogadoscomoCDGIobservamoslaaparicin
deunaovariasbandascorrespondientesaisoformashipoglicosiladasquenoestnpresentes
enloscontroles.Sinembargo,sloen3delos6suerosdepacientescatalogadoscomoCDG
IIseobservaunadelasisoformashipoglicosiladascaracterstica(Fig.13).
CDG I
CDG II
Figura13.Isoelectroenfoquede1antitripsinadepacientesconunposibleCDGclasificadospreviamentecon
elIEFdelatransferrina.Enlafiguraseindicanconflechaslasbandasdehipoglicosilacinpresentesenlos
pacientesyquenoestnpresentesenloscontroles(C).
Por ultimo, se analizaron los sueros de los 8 individuos que presentan alguna
varianteaminoacdicadelaTf,quecomoeraesperabletodospresentaronunpatrnnormal
para la 1AT (Fig. 14), excepto uno que present una banda de hipoglicosilacin (Fig. 14,
carrilE).Esteresultadopermitisospecharque elpacientepodratenerunCDGyadems
presentarunavarianteallicadelatransferrina.
38
Resultados
A B C D E
Figura14.Isoelectroenfoquede1antitripsinadepacientes
quepresentandistintasvariantesallicasdelatransferrina.
Acontrol.BD,FIpacientesquepresentanpatrnnormal.E
paciente que presenta banda de hipoglicosilacin (indicada
conunaflecha).
F G H I
4.1.3 IEFdeApolipoportenaCIII(ApoCIII)
A
2
1
0
G
Figura 15. Isoelectroenfoque de Apo CIII. A
control.BGpacientesclasificadosconCDGIIa
partir del IEF de la Tf. A la izquierda de la
figura se indica el nmero de grupos silicos
unidosalaprotena.
4.1.4 DeterminacindelasactividadesPMM2yPMI
39
Resultados
fosfomanomutasa 2 (PMM 2) y CDG Ib causado por un defecto en la protena
fosfomanoisomerasa(PMI).
Seanalizaronlasactividadesenzimticasde20delos28pacientescatalogadoscomo
CDG I, del resto de los pacientes no se dispona de fibroblastos de piel en el laboratorio.
Ademsseincluyeronenelestudiofibroblastosde17individuoscontrol.Lasfiguras16y17
muestranlosresultadosobtenidos.
VALORES PMM
20,0
18,0
16,0
PMM (mU/mg)
14,0
12,0
10,0
9.3 + 3.9
8.6 + 4.6
8,0
6,0
***
4,0
1.6 + 0.7
2,0
0,0
VALORES PMI
35,0
30,0
PMM (mU/mg)
25,0
20,0
16.2 + 5.6
15,0
14,7 + 6.3
10,0
***
5,0
3.8 + 1.6
0,0
EnloscontrolesseobtuvounvalormediodeactividadPMM2de9.35+3.9mU/mg
deprotenaydeactividadPMI16.2+5.6mU/mgdeprotenayunratioPMI/PMM2de1.9+
0.5.
40
Resultados
Tabla11.MedidadelasactividadesPMM2yPMIdepacientesCDGI.
PACIENTE
ACTIVIDAD PMM 2
(mU/mg)
PMI
(mU/mg)
PMI / PMM 2
17568
2.8
10.3
3.7
18440
2.0
9.2
4.6
18818
2.0
13.7
6.9
19042
2.2
20.3
9.2
20484
0.9
7.4
8.6
20682
1.5
15.1
10.1
22692
0.7
14.7
21.0
22988
1.3
19.2
14.7
19484
6.2
2.6
0.42
25058
8.5
4.9
0.57
C (n=17)
9.3 + 3.9
16.2 + 5.6
1.9 + 0.5
DIAGNSTICO
CDG Ia
CDG Ib
C corresponde a los media de controles. Las actividades se expresan en mU/mg protena, siendo una mU los
nmolesdeNADPHproducidosporminuto.
4.2 CARACTERIZACINMOLECULARDELOSPACIENTESCON
CDG.
Los distintos cambios allicos en el gen PMM2 fueron detectados por secuenciacin
cclicadirectadelcDNAy/oenlosexonescorrespondientesdelgen.Inicialmenteelestudio
molecular se llev a cabo a nivel de mRNA mediante retrotranscripcin y posterior
amplificacin por PCR a partir de RNA total y con oligonucletidos diseados para que
hibridenenlaszonas5UTRy3UTR.Unavezfuerondetectadosloscambiosnucleotdicos
41
Resultados
en el cDNA, el anlisis molecular del gen PMM2 a nivel del DNA genmico permiti
identificar y confirmar la presencia de dichos cambios en los exones correspondientes, as
como determinar el carcter homocigoto o heterocigoto del paciente para cada mutacin.
Paraello,seanalizaronlosexonesylassecuenciasadyacentes,loquenospermitidetectar
el100%delasdistintasvariantesallicaspresentesennuestrospacientes.
Elespectromutacionalencontrado(Fig.18)incluye13cambiospuntualesdeprobable
cambioaminoacdicotodosellosdescritospreviamente(L32R,V44A,D65Y,P113L,R123Q,
R141H,F157S,R162W,F183S,E197A,T237MyT226S(Matthijsetal.2000)yF207Sdescrita
comoF206S(http://www.euroglycanet.org/)).Losnuevoscambiosnucleotdicosencontrados
incluyen 3 mutaciones de probable cambio aminoacdico (D209G, P184T y T118S) y 2 que
afectaran al correcto procesamiento del mRNA (IVS79T>G y IVS31G>C). Se realiz la
bsqueda en 100 alelos normales de los cambios nucleotdicos P184T y T118S por
encontrarseencis,deE197ApuesyasesospechabaqueeraunSNPs,ydeIVS79T>Gpor
su localizacin en el tracto polipirimidnico.La patogenicidad de los 5 cambios nuevos
identificadossecomprob,posteriormente,medianteestudiosfuncionales(seccin4.5).
GEN PMM2
(16p13.2)
NM_000303.1
F157S F183S
R162W P184T
T118S
E197A
L32R
P113L
V44A
F207S
R123Q
D209G
R141H
D65Y
IVS3nt-1 G>C
Mutaciones nuevas
T226S
T237M
IVS7nt-9 T>G
Figura18.RepresentacinesquemticadelaestructuragenmicadelgenPMM2
.Lafiguramuestratodaslas
ENST00000268261
disponible en las bases de datos pblicas. Las mutaciones nuevas identificadas en este
estudiosedenotanenrojo.
42
Resultados
Tabla12.Resumendedatosclnicos,bioqumicosygenticosdelos14pacientesconCDGIa
Sexo
Consanguinidad
Edad al diagnstico
Edad actual
(Dic 2008)
Retraso psicomotor
Ataxia
hipotona
Estrabismo
Epilepsia
Microcefalia
Retinitis pigment.
Hiporeflexia
Otros
17568
187591
18440
18818
19042
20484
20682
mujer
no
10a
varn
no
3a3m
varn
no
3a 11m
varn
no
4a 5m
mujer
mujer
14m
mujer
no
10.5m
17a
8a
9a
10a
7a
5a
5a
Leve
IQ71
+
-
Leve-Moderado
IQ75
+
+
+
-
Leve
IQ70
-
Moderado-severo
leve
Moderado
Leve-moderado
+
+
+
+
+
+
+
+
Temblor
temblor
+
+
+
+
+
+
Escoliosis
Infecciones
anorexia
leucocitosis
Anomalas cerebrales
Hipoplasia
cerebelosa y de
vermis
Dismorfias
Mamilas invertidas
Lipodistrofia
Retraso crecimiento
Hepatopata
+ (dcha)
-
Gran cisterna
magna
Hipoplasia
cerebelosa
-
Anomalas cardiacas
Factores coagulacin
Actividad PMM 2
(mU/mg protena)
protena C
protena C
2.8 (31%)*
p.R141H (0%) B
p.R162W (19%)A
Genotipo
10m
+
+
-
Hipoplasia
cerebelosa
Hipoplasia
cerebelosa
Hipoplasia
cerebelosa
Hipoplasia
cerebelosa
GPT
transaminasas
transaminasas
Leve derrame
pericrdico
Antitrombina III
+
+
transaminasas
Normal
+
+
+
transaminasas
Derrame
pericrdico
coagulopata
ND
2.0(22%)*
2.0 (22%)*
2..2 (24%)*
0.9 (9.8%)*
1.5 (16%)*
p.R141H (0%) B
p.R162W (19%)A
p.T237M (48%) B
p.T237M (48%) B
p.D65Y (20%) B
p.R141H (0%) B
p.L32R (51%) B
IVS3-1G>C (0%)
p.T237M (48%) B
IVS7-9T>G (0%)
p.D209G (0%) B
p.P113L (43%) B
1. Hermano del paciente 17568. - Ausente. + Presente. ND. No determinado PMM 2: Fosfomano mutasa 2. * Actividad PMM 2, medida en fibroblastos de piel, respecto a los valores control: 9.3 3.9 (4.5-15.4)
mU/mg protena. A actividad PMM 2 descrita en la literatura (Pirard et al. 1999). B actividad PMM 2 expresada in vitro en el apartado 4.5.1
Resultados
Cont.tabla12.Resumendedatosclnicos,bioqumicosygenticosdelos14pacientesconCDGIa
Sexo
Consanguinidad
Edad al dx
Edad actual
(Dic 2008)
Retraso psicomotor
Ataxia
hipotona
Estrabismo
Epilepsia
Microcefalia
Retinitis pigment.
Hiporeflexia
22692
22988
22514
22764
24086
24728
26032
mujer
no
6.5m
varn
no
5a
mujer
mujer
mujer
mujer
10m
12m
12a
mujer
no
7m
20m/ 5a
3a
7a
4a
4a
15a
2a
6a
Moderado-severo
+
+
+
Leve-moderado
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Leve-moderado
Severo
+
+
+
-
+
+
+
Otros
Infecciones
Anomalas cerebrales
Hipoplasia
cerebelosa
Dismorfias
Mamilas invertidas
Lipodistrofia
Retraso crecimiento
Hepatopata
Anomalas cardiacas
Factores coagulacin
Actividad PMM 2
(mU/mg protena)
Genotipo
+
+
+
+
transaminasas
Temblor
polineuropata
Hipoplasia
cerebelosa
y de vermis
+
Trastorno
Oculo
motricidad
Atrofia cerebral
y cerebelosa
Polineuropatia
Sordera
Nistagmus
Atrofia cerebral
+
-
Anemia microctica
Atrofia
cerebelosa
+
+
+
+
+
transaminasas
Normal
Normal
0.13 (6.2%)**
0.8 (39%)**
GPT GOT
Antitrombina III
protena C
Hiper
coagulabilidad
0.7 (7.7%)*
1.3 (14%)*
p.D65Y (20%) B
IVS7-9T>G (0%)
Normal
0.73(35%)**
p.R141H (0%) B p.V44A (16%)B p.F157S (1%) B p.R123Q (0%) B p.T118S+p.P184T (0%) B
p.F183S
p.T237M (48%) B p.F207S (0%) B p.R162W (19%) B
p.P113L (43%) B
0.4 (19%)**
p.R141H (0%) B
p.T226S (23%)C
Ausente. + Presente. ND. No determinado PMM 2: Fosfomano mutasa 2. * Actividad PMM 2, medida en fibroblastos de piel, respecto a los valores control: 9.3 3.9 (4.5-15.4) mU/mg protena. ** Actividad
PMM 2, medida en fibroblastos de piel, respecto a los valores control: 2.07 mU/mg protena (Dra. Chabs). C actividad PMM 2 decrita en la literatura (Vuillaumier-Barrot et al. 2000). B actividad PMM 2
expresada in vitro en el apartado 4.5.1
Resultados
Tabla13.MutacionesidentificadasenlospacientesCDGIayfrecuenciaallica.
EFECTO EN LA
N ALELOS
MUTACIONES*
PROTENA
(frecuencia allica)
c.95TA>GC
L32R
1 (4%)
c.131T>C
V44A
1 (4%)
c.193G>T
D65Y
2 (8%)
c.338C>T
P113L
2 (8%)
[c.353C>G / c.550C>A]
[T118S / P184T]
1 (4%)
c.368G>A
R123Q
1 (4%)
c.422G>A
R141H
4 (15%)
c.470T>C
F157S
1 (4%)
c.484C>T
R162W
2 (8%)
c.548T>C
F183S
1 (4%)
c.620T>C
F207S
1 (4%)
c.626A>G
D209G
1 (4%)
c.677C>G
T226S
1 (4%)
c.710C>T
T237M
4 (15%)
c.640-9T>G (IVS7-9T>G)
p.P213_G214ins22
2 (8%)
c-256-1G>C (IVS3-1G>C)
p.V60Gfs11X
1 (4%)
*Nomenclatura segn nmero de acceso de GenBank: NM_000303 siguiendo las
recomendacionesdeHumanGenomeVariationSociety(http://www.hgvs.org/mutnomen).
SellevacaboelanlisisapartirdeRNAyDNAgenmicoextradosdefibroblastos
depielcultivadosdelasdoslneascelulares,20484y22692.Conelanlisismutacionalenel
cDNAdelgenPMM2seidentificarondosmutacionesmissense,T237Menlalnea20484yla
D65Yenlalnea22692,enamboscasosenhomocigosis(Fig.19A),sinembargoenelDNA
genmico se encontr que dichas mutaciones estaban en heterocigosis. Tras el anlisis de
todoslosexonesysecuenciasintrnicasadyacentesseidentificenambospacientesadems
unamutacin,tambinenheterocigosis,enlaposicion9delintrn7(Fig.19B).
A)
A
B)
B
-9
D65Y
1
T237M
EX3
D65Y
EX8
RT-PCR
IVS7-9T>G
-9
EX8
T237M
EX8
IVS7-9T>G
Figura19.PatrndeRTPCRysecuenciasdelgDNAdedospacientesCDGIa.A)Carril Atranscritoquese
obtiene en controles. Carril B transcrito obtenido en el paciente 22692 portador de la mutacin D65Y en
homocigosis.CarrilCtranscritoobtenidoenelpaciente20484portadordelamutacinT237Menhomocigosis.
B)Secuenciasdelosexonesportadoresdelasmutaciones(indicadasconflechas).
SellevacaboelanlisisapartirdeRNAyDNAgenmicoextradosdefibroblastos
depielcultivadosdelalneacelular19042.CuandoserealizlaRTPCRconelRNAtotaldel
pacienteseencontrlaaparicindedostranscritos,unocontenaunamutacinporcambio
de aminocido (L32R), ya descrita previamente en la literatura (VuillaumierBarrot et al.
45
Resultados
2000), y el otro presentaba la delecin o skipping del exon 3 y exon 4 (Fig. 20, A). Con el
estudio mutacional enDNA genmico se confirm la mutacin missense y se identific un
segundo cambio nucleotdico nuevo en la posicin 1 del intrn 3 del gen PMM2, que
posiblemente afectara al correcto procesamiento del mRNA, IVS31G>C (Fig. 20, B). No se
encontrningunamutacinenelintrn2queexplicaraelskippingdelexon3.
A)
B)
C 19042
EXON 2
L32R
L32R
EXON 4
IVS3-1G>C
2 3 4 5 6 7 8
1
ex4
5 6 7
1
2
8
RTPCR
Figura20.PatrndelaRTPCRysecuenciasdelgDNAdelpaciente19042.A)transcritosqueseobtienen
en el control
(C) y en el paciente 19042. A la derecha se representa los transcritos obtenidos y la mutacin
L32R encontrado
en uno de ellos. B) Secuencias de los exones y secuencias adyacentes portadores de las
mutacionesL32RyIVS31G>C(indicadasconunaflecha).
SellevacaboelestudiogenticoenfibroblastosdepieldelospacientesconCDGIb
caracterizadosmedianteladeterminacindelaactividadPMI.
Los distintos cambios allicos en el gen MPI fueron detectados por secuenciacin
cclica directa del correspondiente cDNA y/o gDNA, segn el procedimiento del apartado
anterior.Seidentificaron3variantesallicasyadescritas,2decambiodeaminocido,R219Q
yM51T,yunainsercindeunabase,c.166167insC(Schollenetal.2000a)(Fig.21,Tabla15).
166fs ( c.166-167insC)
R56-G57insC
R219Q (c.656G>A)
Figura21.RepresentacinesquemticadelaestructuragenmicadelgenPMI.Lafiguramuestralasvariantes
allicasidentificadasenlospacientesysulocalizacinenlosdiferentesexones.Larepresentacindelaestructura
delgenserealizenbasealainformacindelasecuenciagenmicaENST00000352410disponibleenlasbasesde
datospblicas.
46
Resultados
mutacin, una posible insercin de una citosina en el exon 3. La caracterizacin de la
insercin 166167 ins C se realiz mediante la amplificacin por clonaje del exon 3 lo que
permitiestudiarlosalelosporseparado(Fig.22)
B)
A)
Separacin
allica por
clonaje
Exon 3
Figura22.Anlisisdelamutacin166167insCmediante
separacinallicadelexon3delpaciente19484.
A)Secuenciadelexon3amplificadoysecuenciado.B)Secuenciasdeunclonportadordeunacitosinaextra
(indicadaconunaflecharoja)ydeunclonconlasecuencianormal.
Lainsercindeunacitosinaenlaposicin166167delexon3provocalaaparicinde
uncodonstopprematuroqueposiblementeconducealadegradacindedichotranscritopor
elsistemadevigilanciadelaclula(NMD),loqueexplicaquelamutacinR219Qaparezca
enhomocigosisenelcDNA.
MedianteelestudioenDNAdelospadresdecadapacienteseconfirmlapresencia
de ambas mutaciones en posicin trans y en el caso del paciente homocigoto se descart
unadelecinquecomprendieradichamutacin.
La secuenciacin del cDNA del gen ALG6 no permiti identificar ningn cambio
causantedeenfermedadenningunodenuestrospacientesenestudio.
Por el contrario, mediante la secuenciacin del cDNA y DNA genmico del gen
DPM1 se identific en homocigosis una mutacin por cambio de aminocido, S248P
(c.742T>C), ya descrita en la literatura (GarciaSilva et al. 2004) en 2 de nuestros pacientes
(Tabla14),siendodiagnosgticadoscomoCDGIe.
47
Resultados
Sexo
Consanguinidad
Edad al diagnstico
Edad actual
(Dic 2008)
Retraso crecimiento
Retraso psicomotor
Varn
No
7m
Mujer
no
Mujer
si
11a
Mujer
no
2m
Varon
no
15d
5a
17m
16a
2a
Exitus 1.5m
+
severo
PCI, convulsiones,
sordera bilateral
+
Displasia cortical,
Paquigiria.
polimicrogiria
Nistagmo
+
+
+
+
Hiporeflexia, alteracin
coclear bilateral
+ con hipocinesia
Atrofia cerebral
Atrofia ptica
Atrofia papilar
+
-
Alteraciones neurolgicas
Hipotona
Anomalas cerebrales
Alteraciones oculares
Diarrea, atrofia
vellositaria yeyunal
Altaraciones gastrointestinales
Hepatopata
hepatomegalia
Dismorfias
Otros
Factores coagulacin
Alteraciones bioqumicas
Mutaciones identificadas
Ausente.+Presente.
Antitrombina III,
protenas C y S, factor
XI
Transaminasas,
Hipoalbuminemia
R219Q / R56-G57insC
Microcefalia, paladar
gtico, malposicin
dental
Infecciones, luxacin de
caderas
M51T/ M51T
Sordera bilateral
Lipodistrofia general
displejia facial, telecantus
campodactilia,
Deformidades
esquelticas
Hipoalbuminemia
S248P / S248P
S248P / S248P
R301C / L385R
Resultados
PorsecuenciacindelcDNAyDNAgenmicodelgenDPGAT1enelpaciente22701
seidentificaron2mutacionesmissenseidentificadasnuevasenesteestudio,R301C(c.901C>T)
yL385R(c.1054T>G),siendo,porlotanto,diagnosticadocomoCDGIj(Tabla14).
R301C
Canis
Equus
H.sapiens
Bos
Gallus
Xenopus
Danio
PRHRIPRLNTKTGKLEMSYSKFKTKSLSFLGNFILKVAASLQLVTVHQSENEDGAFTECN
PRHRIPRLNTKTGKLEMSYSKFKTKSLSFLGTFILKVAESLQLVTVRQSENEDGAFTECN
PRHRIPRLNIKTGKLEMSYSKFKTKSLSFLGTFILKVAESLQLVTVHQSETEDGEFTECN
PRHRMPRLNTKTGKLEMSYSKFKTKSLSFLGTFILKVAENLGLLTVRHSEDEDGAFTECN
PRHRLPRLNPTTGKLEMSYSKFKTKSLSTLGTYILKVVKILHIVDVRSGMDEDGEYSECN
PRHRLPRLDPTNGKLGMSYSKFKSKELSKLGDLIIKVGEVLYVLDVKRAQGEDGQYVEVN
PRHRLPRLQSDTGKLGMSYSKFKQKDLGKLGQLILKVAEKLWVLDVRRGQEGDDEFIECN
****:***: .*** ******* *.*. ** *:**
* :: *: .
*. : * *
359
359
359
359
360
359
357
L385R
Canis
Equus
H.sapiens
Bos
Gallus
Xenopus
Danio
NMTLLNLLLKVLGPMHERNLTLLLLLLQILGSAVTFSIRYQLVRLFYDV
NMTLINLLLKVFGPMHERNLTLFLLLLQILGSAVTFSIRYQLVRLFYDV
NMTLINLLLKVLGPIHERNLTLLLLLLQILGSAITFSIRYQLVRLFYDV
NMTLINLLLKVFGPMHERNLTLLLLLLQVVGSAVTFSIRYQLVRLFYDV
NMTLINFVIKLIGPIHERNLTLLLLLIQVLGSMIAFSIRYQLVRLFYDV
NMTLINFVLKLTGPMHERNLTVLLLFIQVLGSCAAFLVRYQLVRLFYDV
NMTLINLVLKILGPTHERTLTAIMLLMQVLGSAVAFGIRYHLVRLFYDV
****:*:::*: ** ***.** ::*::*::** :* :**:********
408
408
408
408
409
408
406
Figura 23. Fragmento del alineamiento mltiple de diferentes protenas ortlogas a la protena N
acetilglucosaminiltransferasa I humana realizado con el programa informtico ClustalW2 de EBI
http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html.LosresiduosafectadosporlasdosvariantesallicasDPGAT1
seencuentransealadosconunaflecha.(*)=Residuosidnticos(:)=sustitucionesconservadas(.)=sustituciones
semiconservadas
Secontinaelestudioenlos7pacientesconCDGIx,delosquetodavasedesconoce
eldefectogentico.
Podemosresumirlosanlisisbioqumicos,enzimticosygenticosutilizadosparael
disgnsticodelosDefectosCongnitosdeGlicosilacinenelsiguientealgoritmo(Fig.24)
49
Resultados
PATRN1
IEFDETRANSFERRINA
PATRN2
IEFDEAPOCIII
MEDIDADELASACTIVIDADES
ENZIMTICASPMM2/PMI
ALTERADO
NORMAL
PMM2
PMI
PMM2YPMI
DEFICIENTE
DEFICIENTE
ANLISIS
NORMALES
(CDGIb)
GENTICODE
(CDGIa)
(CDGIx)
ESTUDIODEL
GENESCOG
RESTODEGENES
RESPONSABLESDE
ANLISIS
ANLISIS
ANLISIS
CDGII
GENTICODELOS
GENTICODE
GENTICODE
GENESALG6,DPM1
PMM2
MPI
YDPGAT1.
Figura 24. Algoritmo diagnstico. El esquema resume los pasos utilizados en el diagnstico de pacientes
conDefectosCongnitosdeGlicosilacin.
4.3ANLISISDELPROTEOMASRICODEPACIENTESCDGIa
A
B
Figura25. Anlisis protemico de un suero control (A) y suero del paciente 20484 (B). El nmero indica la
protenapicada,tripsinizadayanalizadaporMALDITOF,ycuyaidentificacinseencuentraenlaTabla15.Se
analizaron 100 g de protena total utilizando una tira IPG de 18 cm y pH=310 no lineal en la primera
dimensinygel2Dal10%paralasegundadimensin.Posteriormente,losgelesfueronteidosconplata.
50
Resultados
Tabla15.Protenasidentificadasensuerodelpaciente20484ydeuncontrolpor2DE/MS
N
spot a
N
accesob
Nombre de la protena
Mr / pIc
N masas
buscadas
N masas
correspondidas
% de
cobertura de la
secuencia
MASCOT
score
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
gi|62897069
gi|62897069
gi|62897069
gi|37747855
gi|78101272
gi|1942629
gi|1942629
gi|224224
gi|224224
gi|1942629
gi|1942629
gi|1942629
gi|177827
gi|177831
gi|455970
gi|455970
gi|224053
gi|1620909
gi|1620909
gi|23307793
gi|60810141
gi|224053
gi|224053
gi|224053
gi|224053
gi|1942629
gi|179161
gi|386789
gi|78101268
gi|62113341
Transferrina
Transferrina
Transferrina
Transferrina
Cadena D, Componente C3c complemento
1-Antitripsina
1-Antitripsina
1-Antitripsina
1-Antitripsina
1-Antitripsina
1-Antitripsina
1-Antitripsina
1-Antitripsina
1-Antitripsina
Vitamina D-unido a protena
Vitamina D-unido a protena
2-Macroglobulina
Ceruloplasmina
Ceruloplasmina
Albumina
Albumina
2-Macroglobulina
2-Macroglobulina
2-Macroglobulina
2-Macroglobulina
1-Antitripsina
Antitrombina III
Precursor de Hemopexina
Cadena B, Componente C3 del Complemento
Albumin
77049 / 6.61
77049 / 6.61
77049 / 6.61
77049 / 6.97
71190 / 6.82
44250 / 5.37
44250 / 5.37
46731 / 5.35
46731 / 5.35
44250 / 5.37
44250 / 5.37
44250 / 5.37
46645 / 5.42
46645 / 5.43
52950 / 5.34
52950 / 5.34
160805 / 5.95
115471 / 5.43
115471 / 5.43
69401 / 6.13
69484 / 5.92
160805 / 5.95
160805 / 5.95
160805 / 5.95
160805 / 5.95
44280 / 5.37
52618 / 6.32
51545 / 6.57
112940 / 5.55
69087 / 5.85
49
31
40
35
24
23
22
25
13
21
19
13
18
18
14
12
15
12
17
8
10
23
23
13
18
11
19
12
26
15
38
40
30
22
18
9
15
14
8
14
12
7
7
7
11
10
10
10
12
6
7
19
18
11
11
7
13
8
22
8
51
35
42
33
32
20
27
24
18
36
28
14
17
16
25
27
9
9
9
12
14
14
16
9
9
23
27
20
24
13
460
242
307
216
208
87
153
123
89
183
161
89
75
74
137
176
108
112
120
72
82
106
148
154
89
94
140
108
207
79
Nmerodelspotcorrespondientedelafigura25.bNmerodeaccesoalNCBI.cValoresdelpesomolecularypIcalculadosconSWISSPROTdatabase.
Resultados
Tabla16.Protenasidentificadasensuerodelpaciente22692ydeuncontrolpor2DE/MS
N
spot a
N
accesob
Nombre de la protena
Mr / pIc
N masas
buscadas
N masas
correspondidas
% de
cobertura de
la secuencia
MASCOT
score
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
gi|178775
gi|178775
gi|178775
gi|178775
gi|223170
gi|223170
gi|182439
gi|223170
gi|223170
gi|182439
gi|223170
gi|1942629
gi|1942629
gi|82408097
gi|22219267
gi|223170
gi|223170
gi|223002
gi|223002
gi|223002
gi|6990
gi|6990
gi|2347133
gi|2347133
gi|1620909
gi|224053
gi|182424
gi|182424
gi|182424
gi|182424
Proapolipoproteina
Proapolipoproteina
Proapolipoproteina
Proapolipoproteina
-Fibrinogeno
-Fibrinogeno
-Fibrinogeno
-Fibrinogeno
-Fibrinogeno
-Fibrinogeno
-Fibrinogeno
1-Antitripsina
1-Antitripsina
Antitrombin III
Cadena A, actin+vit. D
-Fibrinogeno
-Fibrinogeno
-Fibrina
-Fibrina
-Fibrina
1-B-glicoproteina
1-B-glicoproteina
factor B del Complemento
factor B del Complemento
Ceruloplasmina
2-Macroglobulina
-Fibrinogeno
-Fibrinogeno
-Fibrinogeno
-Fibrinogeno
28078 / 5.27
28078 / 5.27
28078 / 5.27
28078 / 5.27
46281 / 5.54
46281 / 5.54
49481 / 5.61
46281 / 5.54
46281 / 5.54
50481 / 5.61
46281 / 5.54
44250 / 5.37
44250 / 5.37
49029 / 5.95
51216 / 5.17
46281 / 5.54
46281 / 5.54
50762 / 7.95
50762 / 7.95
50762 / 7.95
51940 / 5.65
51940 / 5.65
85504 / 6.55
85504 / 6.55
115471 / 5.43
160805 / 5.95
69809 / 8.26
69809 / 8.26
69809 / 8.26
69809 / 8.26
33
13
23
18
29
35
28
28
25
23
27
27
28
17
20
19
19
33
25
29
15
14
10
22
23
15
21
28
26
25
20
11
18
13
18
19
15
14
18
16
16
16
16
14
9
13
13
23
18
18
7
8
5
14
17
10
12
14
14
13
56
34
58
37
49
53
48
39
60
56
50
38
36
34
23
44
44
54
50
51
17
19
8
20
17
9
21
25
24
22
235
158
257
174
219
218
181
164
256
226
205
205
184
177
100
181
181
276
233
205
101
123
69
142
177
120
129
138
144
132
Nmerodelspotcorrespondientedelafigura25.bNmerodeaccesoalNCBI.cValoresdelpesomolecularypIcalculadosconSWISSPROTdatabase.
Resultados
Cont.tabla16.Protenasidentificadasensuerodelpaciente22692ydeuncontrolpor2DE/MS
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
gi|182424
gi|182424
gi|182424
gi|182424
gi|182424
gi|62897069
gi|15021381
gi|15021381
gi|37747855
gi|47124562
gi|47124562
gi|47124562
gi|47124562
gi|47124562
gi|47124562
47
gi|55669576
48
gi|34785163
49
50
51
52
53
54
55
56
gi|109731812
gi|78101268
gi|80478039
gi|4096840
gi|40737343
gi|78101268
gi|4389275
gi|230284
-Fibrinogeno
-Fibrinogeno
-Fibrinogeno
-Fibrinogeno
-Fibrinogeno
Transferrina
Transferrina
Transferrina
Transferrina
Haptoglobina
Haptoglobina
Haptoglobina
Haptoglobina
Haptoglobina
Haptoglobina
Cadena B, A Dimero covalente of
Transtiretina
Componente 1, s subcomponente del
Complemento
Componente 5 Complemento
Cadena B, Componente C3 Complemento
Afamina
Inhibidor de Inter--tripsina
Componente C4B3 del Complemento
Cadena B, Componente C3 Complemento
Albumina
Retinol unido a protena
69809 / 8.26
69809 / 8.26
69809 / 8.26
69809 / 8.26
69809 / 8.26
77079 / 6.68
77049 / 6.81
77049 / 6.81
77079 / 6.97
31381 / 8.48
31381 / 8.48
31381 / 8.48
31381 / 8.48
31381 / 8.48
31381 / 8.48
28
28
24
16
19
42
40
28
22
10
15
11
11
15
15
15
15
15
9
11
29
28
19
12
6
6
6
6
6
11
25
26
26
16
19
41
42
27
17
15
17
17
17
18
31
150
150
164
98
117
330
320
212
119
85
74
83
83
72
120
12843 / 5.33
13
80
130
76684 / 4.86
20
12
19
127
188319 / 6.11
112940 / 5.55
69069 / 5.64
103372 / 6.64
47454 / 5.37
112940 / 5.55
66035 / 5.69
20958 / 5.27
24
22
15
26
22
17
24
11
13
16
12
15
8
16
13
7
8
19
18
14
19
17
21
34
76
162
149
103
78
183
139
91
Nmerodelspotcorrespondientedelafigura26.bNmerodeaccesoalNCBI.cValoresdelpesomolecularypIcalculadosconSWISSPROTdatabase.
Resultados
Posteriormente, se realiz el anlisis del paciente 22692. Para mejorar la resolucin
delanlisis,lossuerostantodelpacientecomodelcontrolfuerontratadospreviamentecon
un kit para eliminar la albumina y la IgG. Los resultados obtenidos nos muestran una
disminucin en la expresin de 5 protenas sricas: antitrombina III, dos componentes del
complemento: cadena B del C3c y C4B3, afamina y retinol. Adems aparece expresin de
distintas isoformas adicionales con hipoglicosilacin en distintas protenas, siendo ms
evidenteenprotenasinvolucradasenlarespuestainmune(fibringeno,haptoglobina,2
macroglobulinayC3delcomplemento),enlosmecanismodecoagulacin(antitrombinaIII
y fibringeno) y de protenas encargadas de la proteccin contra el estrs oxidativo de
tejidos(haptoglobina,2macroglobulina)(Fig.26,Tabla16).
Figura26.Anlisisprotemicodeunsuerocontrol(A)ysuerodelpaciente22692(B).Elnmeroindicala
protenapicada,tripsinizadayanalizadaporMALDITOF,ycuyaidentificacinseencuentraenlaTabla16.
Se analizaron 90 g de protena total utilizando una tira IPG de 18 cm y pH=310 no lineal en la primera
dimensinygel2Dal10%paralasegundadimensin.Posteriormente,losgelessetieronconplata.
4.4.1 NivelesdeexpresindelaprotenaPMM2
54
Resultados
eliminacindelasestructurascelularesyserealizWesternblotcargando150gdeprotenas
totales(Fig.27).
C17568188181904220484
39%7%35%12%
***
***
**
C 20682 226922298818440
74%0%19%47%
**
***
**
***
Figura27.NivelesdeexpresindelaprotenaPMM2enfibroblastoscontrolesydepacientesCDGIa.Abajo
se indica el porcentaje de protena inmunorreactiva en cada caso respecto al control cuantificada mediante
densitometralser.***y**indicanelgradodesignificacinestadsticaconp<0.001yp<0.01,respectivamente,
obtenidaanalizandolosresultadosde3ensayosdiferentes.
Segn estos resultados, todas las lneas celulares excepto la 20682, presentan
disminucinsignificativadelosnivelesdeexpresindelaprotenaPMM2,quepodraser
debido o bien a una disminucin en los niveles de expresin del gen PMM2 (inestabilidad
del mRNA) o porque estas mutaciones causen inestabilidad en la protena. Para ello, se
procediaanalizarlaestabilidaddelmRNAmedianteqRTPCR.
4.4.2 NivelesdeexpresindelgenPMM2.
Seestudielefectoquetenanlasdistintasmutacionesdetectadassobrelosnivelesde
expresin del gen PMM2. Para ello, se analiz el mRNA extrado de fibroblastos de piel
cultivados de 8 pacientes con CDG Ia, siempre comparndolo con el mRNA extrado de
fibroblastoscontrol.
1,40
1,20
RQ
1,00
0,80
0,60
0,40
0,20
le
s
co
nt
ro
22
69
2
22
98
8
20
68
2
20
48
4
18
84
0
19
04
2
17
56
8
18
81
8
0,00
Figura 28. Cuantificacin de los niveles de mRNA del gen PMM2 mediante qRTPCR. En el eje X se
representalaslneascelularesanalizadasyenelejeYserepresentaelRQdecadalneacelular,siendoRQ=
2CT.CTescalculadocomoladiferenciaentreelCTdelamuestrayelCTdelcontrolinterno,siendoen
este caso del gen de rRNA18S. CT es la variacin existente dentro de la misma lnea en 3 experimentos
distintos..*indicaelgradodesignificacinestadsticaconp<0.05.
55
Resultados
Finalizado el anlisis, el resultado obtenido fue que casi todas las lneas celulares
presentaban niveles cercanos a la normalidad (RQ= 0.691.2), lo que indica que las
mutacionesdetectadasnoparecenafectaralaestabilidaddelmRNA.Slolaslneas20484y
22692 (portadoras de la mutacin IVS79T>G) parecen presentar una pequea disminucin
significativa (p<0.05), RQ=0.640.47 y RQ=0.50.31 respectivamente, en los niveles de
expresin del gen PMM2 (Fig. 28, Tabla 17). Sin embargo, la lnea 19042 portadora de la
mutacinIVS31G>C,causantedelskippingdelosexones3y4quedalugarauncambioen
elmarcodelectura,nopresentdisminucinsignificativaenlaexpresindelgenPMM2.
Tabla 17. Niveles de expresin de la protena PMM 2 y niveles de mRNA del gen PMM2 en las lneas de
fibrobastosdepacientesCDGIa
% ACTIVIDAD
% PROTENA
% EXPRESIN
PACIENTE
GENOTIPO
PMM 2
INMUNORREACTIVA*
GEN PMM2*
20682
p.D209G / p. P113L
16
74
131
17568
p.R141H / p.R162W
30
39
74
18818
p.R141H / p.D65Y
22
63
22988
p.R141H / p.T237M
14
19
97
18440
p.T237M / p.T237M
22
47
73
20484
IVS7-9T>G / p.T237M
10
12
56
22692
IVS7-9T<G / p.D65Y
41
19042
IVS3-1G>C / p.L32R
24
35
70
56
Resultados
4.5.1Anlisisfuncionaldemutacionesmissense.
Seescogieronparaelestudiolassiguientesvariantesallicas:D209G,P184T,T118S
son variantes nuevas identificadas en este estudio; P113L, F207S, F157S, V44A y T237M
(Matthijsetal.2000)porque,aunquesetratademutacionesyadescritasenlaliteratura,nose
han realizado estudios de expresin que analicen su efecto , R123Q y R141H por estar
descritasconactividad<10%onula(controlnegativo)(Kjaergaardetal.1999;LeBizecetal.
2005;Pirardetal.1999;VuillaumierBarrotetal.2000;Westphaletal.2001);E197A(LeBizec
et al. 2005) para confirmar que es SNP y por ltimo, D65Y y L32R (Pirard et al. 1999;
VuillaumierBarrot et al. 2000; Westphal et al. 2001) que aunque estn descritas en la
literatura comparten genotipo con las mutaciones de splicing nuevas identificadas en este
estudioyerainteresanteconocersilamutacinD65Yafectabaalplegamientodelaprotena,
ya que los fibroblastos portadores de dicha mutacin (22692 y 18818) presentaron niveles
inferioresdel6%deprotenaPMM2conrespectoalcontrol.
Homo
Canis
Eqqus
Bos
Gallus
Xenopus
Danio
Saccharomyces
L32R
V44A
----MAAPG-----PALCLFDVDGTLTAPRQKITKEMDDFLQKLRQKIKIGVVGGSDFEK
----MAASG-----SALCLFDVDGTLTAPRQKITEEMDGFLQNLRQRIKIGVVGGSDFEK
----MAAPG-----PALCLFDVDGTLTPPRQKITKEMDDFLQKLRQKIKIGVVGGSDFEK
---VMAAPG-----PALCLFDVDGTLTAPRQKITKDMDCFLQKLRQKIKIGVVGGSDFEK
LPAAMAPPER----AVLCLFDVDGTLTAPRQKITAEMAEFLQRLRQKVKVGVVGGSDFEK
----MAQCD------VLCLFDVDGTLTAARQKVTKDMAEFLEELRKRVKVGVVGGSDFEK
--MSGSTVDS----TTLCLFDVDGTLTAARQKATADMHEFLSKLKQRVKVGVVGGSDLDK
--MSIAEFAYKEKPETLVLFDVDGTLTPARLTVSEEVRKTLAKLRNKCCIGFVGGSDLSK
:
.* *********..* . : ::
* .*::: :*.*****:.*
51
51
51
52
56
50
54
58
D65Y
Homo
Canis
Eqqus
Bos
Gallus
Xenopus
Danio
Saccharomyces
VQEQLGNDVVEKYDYVFPENGLVAYKDGKLLCRQNIQSHLGEALIQDLINYCLSYIAKIK
VQEQLGNDVVKKYDYVFPENGLVAYKDGKLLCKQNIQGHLGEALIQDLINYCLSYIAKIK
VQEQLGNDVVEKYDYVFPENGLVAYKDGKLVCKQSIQGHLGEALIQDLINYCLSYISKIK
VQEQLGDDVIKKYDYVFPENGLVAYRDGKLLCKQNIQGHLGEALIQDLINYCLSYIAKIK
IKEQLGDDVVEKFDYVFPENGLVAYKDGKFFSKQNIQSHLGEDVLQDLINYCLSYIAKIK
IKEQLGDDVVEKFDYVFAENGLVAYKDGKFLCKQSIHAHLGEDLLQDIINYCLSYIAKLK
IKEQLGDDVIDRVDYVFAENGLVAYRFGKLHSVQNIQAYLGEDILQEFINFCLNYLSKIK
QLEQLGPNVLDEFDYSFSENGLTAYRLGKELASQSFINWLGEEKYNKLAVFILRYLSEID
**** :*:.. ** *.****.**: ** . *.:
***
:.: : * *::::.
P113L T118S R123Q
Homo
Canis
Eqqus
Bos
Gallus
Xenopus
Danio
Saccharomyces
R141H
111
111
111
112
116
110
114
118
F157S
LPKKRGTFIEFRNGMLNVSPIGRSCSQEERIEFYELDKKENIRQKFVADLRKEFAGKGLT
LPKKRGTFIEFRNGMLNVSPIGRSCSQEERIEFHELDKKENIRQKFVADLRKEFAGKGVT
LPKKRGTFIEFRNGMLNVSPIGRSCSQEERIEFHELDKKENIRQKFVADLQKEFAGKGLT
LPKKRGTFIEFRNGMLNVSPIGRSCSQEERIEFYELDQKENIRQKFVEDLRKEFAGKGLT
LPKKRGTFIEFRNGMLNVSPIGRSCSQEERIEFYELDKKEHIREKFVADLRREFAGKGLT
LPKKRGTFVEFRNGMLNVSPIGRNCTQEERIEFYELDKKEQFRDKFVAELQREFSGRGLT
LPKKRGTFIEFRNGMLNVSPIGRSCSQQERIEFFELDKKEKIRETFVSVLKEEFAGKGLA
LPKRRGTFLEFRNGMINVSPIGRNASTEERNEFERYDKEHQIRAKFVEALKKEFPDYGLT
***:****:******:*******..: :** ** . *::.::* .** *:.**.. *::
171
171
171
172
176
170
174
178
57
Resultados
P184T
Homo
Canis
Eqqus
Bos
Gallus
Xenopus
Danio
Saccharomyces
E197A
F207S D209G
FSIGGQISFDVFPDGWDKRYCLRHVENDGYKTIYFFGDKTMPGGNDHEIFTDPRTMGYSV
FSIGGQISIDVFPDGWDKRYCLRHVENDGYKTIYFFGDKTMPGGNDHEIFTDPRTVGYTV
FSIGGQISFDVFPEGWDKRYCLQHVEKDGYKTIYFFGDKTMPGGNDHEIFTDPRTVGYTV
FSIGGQISFDVFPDGWDKRYCLGHVEKDGYKTIYFFGDKTMPGGNDHEIFTDPRTVGYTV
FSIGGQISFDVFPDGWDKRYCLGIIAEDGYKTIYFFGDKTMPGGNDYEIFTDSRTEGHSV
FSIGGQISFDVFPTGWDKTFCLGILENEGFSKIYFFGDKTMPGGNDYEIYTDSRTIGHSV
FSIGGQISFDVFPEGWDKRYCLGIVEKDSYQHIHFFGDKTMPGGNDYEIFVDPRTIGHEV
FSIGGQISFDVFPAGWDKTYCLQHVEKDGFKEIHFFGDKTMVGGNDYEIFVDERTIGHSV
********:**** **** :** : ::.:. *:******* ****:**:.* ** *:
231
231
231
232
236
230
234
238
T237M
Homo
Canis
Eqqus
Bos
Gallus
Xenopus
Danio
Saccharomyces
TAPEDTRRICELLFSTAPEDTRRICEELFSTAPEDTRRICEELF-AAPEDTRRICEELFCTSPQDTRRICEELFFTSPGETRTICTELFFQ
KSPEDTQRICRELFFS
QSPDDTVKILTELFNL
:* :* *
**
246
246
245
247
251
246
250
254
Figura29.AlineamientomltipledediferentesprotenasortlogasalaprotenaPMM2humanarealizadocon
el programa informtico ClustalW2 de EBI http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html. Los residuos
afectados por las distintas variantes allicas PMM2 se encuentran sealados con una flecha. (*)= Residuos
idnticos(:)=sustitucionesconservadas(.)=sustitucionessemiconservadas
Posteriormente,serealizaronexperimentosdeexpresininvitrodelaprotenaPMM
2enunsistemaprocariota(E.coli)utilizandoelvectorpDEST15quecontieneensuinteriorel
cDNAdelgenPMM2enfasedelecturaconlaprotenaGST.Mediantemutagnesisdirigida
seobtuvieronclonesquecontienenelgenconlasvariantesallicasenestudioincorporadas.
Previamentealamedidaenzimticaseoptimizelsistema,determinndosequesemediran
500ngdeprotenatotalylasconcentracionesadecuadasdelosreactivosinvolucradosenel
ensayo.Elresultadoobtenidoencadacasosemuestraenlafigura30.
D2
09
G
R1
41
H
R1
23
Q
F2
07
S
P1
84
T
F1
57
S
V4
4A
D6
5Y
P1
13
L
T2
37
M
L3
2R
T1
18
S
E1
97
A
W
T
14000
12000
10000
**
8000
*** ***
***
6000
4000
** ***
2000
*** *** *** *** *** ***
0
Figura 30. Actividades especficas de las enzimas PMM 2 recombinantes salvaje (wt) y mutantes. La
actividad
se expresa en mU/mg de protena, siendo una mU los nmoles de NADPH producidos por
minuto.
***, ** y * indican el grado de significacin estadstica con p<0.001, p <0.01 y p<0.05
respectivamente.
Segn estos resultados, se encontr que el cambio allico E197A presentaba una
actividad PMM 2 cercana a la normalidad (91%), las mutaciones T118S, L32R, T237M y
P113Lpresentabanunaactividadintermediaconunintervalode5444%respectoalvalorde
laprotenasalvaje,lasmutacionesD65YyV44ApresentabanactividadPMM2baja(2116%)
58
Resultados
yporultimo,lasmutacionesF157S,P184T,F207S,R123Q,R141HyD209G,tenanactividad
residualnula(10%).
T237M
T118S
P113L
R141H
L32R
V44A
E197A
R123Q
**
**
P184T
95%
***
D209G
F157S
WT
***
D65Y
0% 95%
F207S
Figura 31. Estudio de la estabilidad a 37C de las protenas PMM 2 salvaje (wt) y mutantes analizado
estadsticaconp<0.001yp<0.01respectivamente,obtenidosmedianteelanlisisdelosresultadosobtenidos
de2ensayos.
Tabla18.EfectodelasmutacionessobrelaactividadPMM2yprotenainmunorreactiva.
MUTACION
WT
T118S
L32R
T237M
P113L
R123Q
R141H
D209G
V44A
P184T
D65Y
F157S
F207S
% ACTIVIDAD
RESIDUAL
100
54
51
48
43
0
0
0
16
1
20
1
0
% PROTENA
INMUNORREACTIVA
100
113
89
103
90
108
95
95
67
45
21
0
0
WT indica
la protena salvaje. En azul se indican aquellas mutaciones que parecen afectar a la funcin
cataltica de la PMM 2 y en rojo aquellas que podran estar afectando al plegamiento y/o estructura de la
protena.
59
Resultados
Se realiz una aproximacin experimental mediante la expresin de las protenas
nomalymutantesa26C,paraintentarconseguirunamejoraenlaeficaciadeplegamiento
delaprotena,ysuvisualizacinmediante Western blot. Se estudiaron aquellas mutaciones
que podan estar afectando al plegamiento de la protena (V44A, P184T, D65Y, F157S y
F207S). Se obtuvo un aumento del 4570% de protena inmunorreactiva en las mutaciones
F207S,F157SyP184T(Fig.32).
75%
D65Y
F207S
27%
120
V44A
70%
P184T
WT
91%
F157S
54%
100
80
37C
60
26C
40
20
0
wt
V44A
B)
120
100
% p ro ten a in m u n o reactiva
V1/2 WT = 8.6 h
A)
y = 100e-0,0807x
R2 = 0,9768
80
F157S
60
y = 100e-0,3399x
R2 = 0,9888
40
20
WT
y = 95,941e-0,3274x
R2 = 0,9964
F207S
0
0
10
tiempo (horas)
Figura33.AnlisisdelaestabilidaddelasprotenasPMM 2normalymutantestrassuexpresininvitro
enunsistemaprocariota.A)AnlisismedianteSDSPAGEyposteriorautorradiografadelaestabilidadde
lasprotenassalvaje(WT)ymutantesF157SyF207S.Arribaseindicalavidamedia(V1/2)calculadaencada
caso.B)Representacingrficadelosperfilesdedegracindecadaprotena,conelfindecalculareltiempo
devidamedia,obtenidosapartirdelacuantificacindelosnivelesdeprotenainmunorreactivamediante
densitometralser.
60
Resultados
Los resultados muestran que las protenas mutantes F157S y F207S muestran una
vida media menor que la salvaje revelando una degradacin ms rpida por parte de la
maquinara proteoltica del sistema. Como ha sido descrito previamente, tiempos de vida
mediadisminuidosenprotenaspodranserindicativosdedefectosdeplegamiento(Gamez
etal.2000).
4.5.2 Anlisisfuncionaldelasmutacionesdesplicing.
Enlaposicin9delltimointrndelgenPMM2seencontrlatransversinc.640
9T>G (IVS79T>G), cambio que podra afectar al correcto procesamiento del mRNA por
encontrarse en el tracto polipirimidnico del ltimo intrn del gen. Se analiz el perfil
transcripcionalenfibroblastosdepieldelospacientes(20484y22692)diseandounprimer
especfico(PMM2B)quehibridaraconelfinaldelintrn7yelprincipiodelexon8yqueno
modificara el cambio nucleotdico en la posicin 9, con el propsito de rescatar algn
posibletranscritoproductodeunprocesodemaduracindelmRNAalterado(Fig.34).
T
Exon 7
ag
gt
TAA
ttcgtgGctttccag GGTGGCAATGACCATGAGAT
Exon 8
PMM2B
Elresultadoobtenido,medianteRTPCR,fuequeenambospacientesserescatabaun
transcritoqueestausenteenindividuoscontrol,loqueindicabaquenoerapartedelfondo
desplicing(Fig.35).Estetranscritocontenaunainsercinde66pbdebidaalaactivacinde
unsitiocrpticodesplicingenlaposicin67delintrn7delgenPMM2yportabaelcambio
T>G en la posicin9 del intrn 7, demostrndose, as, quees productode la transcripcin
del alelo mutante. A nivel de protena, esta activacin provocara una insercin de 22
aminocidos.
A)
B)
E7
E8
--Anlisis RT-PCR
SecuenciacinRTPCR
Figura35.AnlisisdelperfiltranscripcionaldelaslneascelularesportadorasdelcambioT>Genlaposicin9
delintrn7delgenPMM2(20484y22692).A)Carriles1,3y5correspondenalosproductosobtenidosconlos
primers PMM2F y PMM2R de la lnea 20484, 22692 e individuo control, respectivamente. Carriles 2, 4 y 6
sealadosconcrculosrojos,correspondenalosproductosobtenidosapartirdelRNAdelaslneas20484,22692e
individuo control con el primer PMM2E8, respectivamente. Se observ ausencia de amplificacin a partir del
mRNAcontrol.B)SecuenciadelostranscritosobtenidosenpacientesmediantelosprimersPMM2FyPMM2E8.
61
Resultados
Serealizunaestimacininslicodeloquepodraestarocurriendoenelprocesoyse
observqueelaceptordesplicingsalvajeprcticamentenopierdeefectividadbajando,elscore
deun0.98aun0.92enelmutante,mientrasqueelaceptorcrpticodesplicingpresentaun
scoredel81(Fig.36).
Exon 7 0.97
Exon 8
0.92
0.81
GGT....TAA
Exon 7
Exon 8
...CCA
Ins 66 bp
GGT....TAA
Figura 36. Representacin esquemtica del posible efecto producido por la mutacin IVS79T>G. Se
indican los exones en cajas, as como algunos codones y los aminocidos que codifican. El cambio
nucleotdicoapareceenunrecuadro(mutantenormal).Elefectoenlasecuenciacodificantesemuestraen
la parte
inferior de la figura. En rojo se indica la probabilidad de splicing de cada sitio donador y aceptor
estimadainformticamente(18Hhttp://www.fruitfly.org/seq_tools/other.html).
B)
IVS79G
IVS79T
Paracomprobarquelatransversinc.6409T>G(IVS79T>G)localizadaeneltracto
polipirimidnico del ltimo intrn del gen PMM2 no es un SNP, si no que es la causa del
procesamientoaberrantedelmRNA,yporlotanto,escausantedeenfermedad,serealizel
estudiomedianteminigenes.DebidoaqueelexonenestudioeselltimodelgenPMM2,se
requiri realizar una construccin del exon 8 unido a otro exon del mismo gen que nos
aportaraeldonador5desplicing(Abuhatziraetal.2005).Estaconstruccinseintrodujoenel
vectorpSPL3ysetransfectaronclulashumanasHep3B.
Conlacaracterizacindelamutacinmedianteminigenesseobservqueelcambio
IVS79T>G provoca una alteracin total del procesamiento del mRNA, pues no aparece
ningun transcrito resultado del alelo mutante con la inclusin del exon hbrido 8/2. Sin
embargo,esteresultadonoseajustaaloencontradoenlospacientespuesnoseactivaelsitio
crpticoyporlotanto,noseinsertanlas66pb(Fig.37).
T
SA2
A) SD6
G
V
AG Ex8 Ex2 GT
V
Ex8-EX2
Figura 37. Anlisis funcional de la mutacin IVS79T>G por minigenes. A) Esquema de la construccin
introducidaenelvectorpSPL3.B)LafiguramuestraelpatrndeRTPCRylasecuenciadelosfragmentos
obtenidosresultadodelosminigenesnormalymutante.ParalaRTPCRseutilizaronprimersespecficosdel
vector(SD6ySA2).V=secuenciaexnicadelvector.
62
Resultados
Enelintrn3delgenPMM2seidentificlamutacinc.2561G>C(IVS31G>C),que
consisteenlainversin G>Cenlaposicin1,nucletidoinvariabledentrodelasecuencia
consensodelsitio3aceptordesplicing.Elanlisisdelperfiltranscripcionaldelalneacelular
delpacienteaniveldeRNAmensajero,muestraelskippingdellosexones3y4provocando
un cambio en la fase de lectura de la traduccin, que da lugar a una posible protena
truncadadebidoalaaparicindeuncodonstopprematuro(Fig.38).
Cuandoserealizunestudioinsilicodeloquepodraestarocurriendoenelproceso,
se observ que debido a la mutacin el aceptor de splicing salvaje del intrn 3 pierde
efectividadbajandoelscoredeun65%aun0%enelmutante,yqueelaceptordesplicingdel
intrn2tieneunscoredeun18%loquepodraexplicarelskippingdelosexones3y4(Fig.
38).
0 g
0.96
0.83
0.94 Exon 5
Exon 4
Exon 3
..............
..GAT G gt .......... .... ag TGG....CAG gt
ac AAT....GAG gt.... ag G GGT..
D59
G117 T
Exon 2 Exon 5
Cambio del marco de
.GAT G GG GTA..
lectura
D59
G117
Exon 2 0.86
0.18
codifican.Elcambionucleotdicoapareceenunrecuadro.Elposibleefectoenlasecuenciacodificantesemuestra
inferior de la figura. En rojo se indica la probabilidad de splicing de cada sitio donador y aceptor
en la parte
estimadainformticamente(19Hhttp://www.fruitfly.org/seq_tools/other.html).
63
Resultados
A)
SD6
AG
SA2
AC
GT
IVS31C
IVS31G
B)
Ex3-EX4
EX4
EX3
Figura39.AnlisisfuncionaldelamutacinIVS31G>Cporminigenes.A)Esquemadelfragmentode
gDNA
introducida en el vector pSPL3. B) La figura muestra el patrn de RTPCR y la secuencia de los
fragmentosobtenidosresultadodelosminigenesnormalymutante.ParalaRTPCRseutilizaronprimers
especficosdelvector(SD6ySA2).V=secuenciaexnicadelvector.
C
SCORE
0.88
Exon 7 gt
ag CTACT
0.94
GCCTGA gTaggttgtgtttgtgatg
a Exon 8
AMOB
IVS7nt-15479C>T (c.640-15479C>T; r.639_640ins123 ; g.34411C>T)
Figura40. Representacin esquemtica de la mutacion IVS715479C>T que afecta al procesamiento del
mRNA.SeindicanlosexonesypseudoexnenrecuadrosylaposicindelAMOButilizadoparabloquearel
splicing.Loscambiosnucleotdicosaparecenenunrecuadro.Enrojoseindicalaprobabilidaddesplicingde
cadasitiodonadoryaceptorestimadainformticamente(20Hhttp://www.fruitfly.org/seq_tools/other.html).
Sellevacaboelanlisisfuncionaldelamutacinc.64015479C>Tmedianteelvector
pSPL3 conteniendo el pseudoexn y sus secuencias adyacentes (Fig. 41 A), con ello se
pretendacomprobarqueesecambionucleotdicoprovocabalainsercinde123pb,yenque
porcentajedetranscritoslohaca.
64
Resultados
AG
PSEUD.
SA2
GT
123pb
IVS7640C
B)
SD6
IVS7640T
A)
RTPCR
Figura 41. Anlisis funcional de la mutacin c.64015479C>T por minigenes. A) Esquema del fragmento de
gDNAintroducidoenelvectorpSPL3.B)LafiguramuestraelpatrndeRTPCRylasecuenciadelosfragmentos
obtenidos resultado de los minigenes normal y mutante. Para la RTPCR se utilizaron primers especficos del
vector(SD6ySA2).V=secuenciaexnicadelvector.
Seplantearon2alternativasquepudieranseraplicadasenlasmutacionesdesplicing:la
sobreexpresin de distintos factores de splicing con la intencin de modular el proceso de
maduracin del mRNA y recuperar transcritos correctamente procesados, en aquellas
mutaciones que tienen afectadas las secuencias consenso implicadas en este proceso, y la
aplicacindeoligonucletidosantisentidoconlaintencindebloquearaceptoresodonadores
desplicingimplicadosenlaexonizacindesecuenciasintrnicas.
65
Resultados
factores de splicing sobre las mutaciones IVS79T>G y IVS31G>C identificadas en el gen
PMM2queafectanalcorrectoprocesamientodelmRNA.
66pb
Ex8
SF2/ASF
SRp55
SRp40
SC35
IVS7-9G
IVS7-9T
U2AF65
IVS7-9G
IVS7-9T
66 pb E8-E2
Figura 42. Efecto de la sobreexpresin de factores de splicing sobre la mutacin IVS79T>G. La figura
muestraelpatrndeRTPCRresultantedelatransfeccinconlosminigenesportadoresdelalelonormaly
junto con factores de splicing. Para la RTPCR se utilizaron primers especficos del vector (SD6 y
mutante
SA2).V=secuenciaexnicadelvector.
U2AF65
U2AF35
IVS3-1C
IVS3-1G
Delmismomodo,comolamutacinIVS31G>Cpareceestarafectandotambinala
unin de los factores U2AF65 o U2AF35, se realiz un estudio cotransfectando clulas de
hepatomaHep3Bconelminigencorrespondienteydichosfactoresdesplicing.Elresultado
obtenido fue que con la sobreexpresin de U2AF65 se produjo la activacin del aceptor de
splicing dbil(score=0.18)del intron 2pero no se compens lamutacin, niserecuperel
splicingnormaldelintrn3(Fig.43).
EX3
Figura 43. Efecto de la sobreexpresin de factores de splicing sobre la mutacin IVS31G>C La figura
muestra el patrn de RTPCR resultante de la transfeccin con los minigenes portadores del alelo normal y
mutantejuntoconfactoresdesplicing.ParalaRTPCRseutilizaronprimersespecficosdelvector(SD6ySA2).
V=secuenciaexnicadelvector.
66
Resultados
4.6.2 Usodeterapiaantisentidotipomorfolino(AMOs)enmutaciones
causantesdeexonizacindesecuenciasintrnicas.
CuandoseanalizelefectoqueproducalatransfeccinconAMOs(AMOAyAMOB)
sobre clulas del paciente a distintas concentraciones, se obtuvo como resultado que a una
concentracin de 20 M se recuperaba totalmente el splicing normal, obtenindose la
amplificacin de un solo transcrito que contena la mutacin V231M en heterocigosis (Fig.
44).ConambosAMOsseobtuvoelmismoresultado,siguiendoelestudiosloconAMOB.
A) 0 10 20
M
Figura 44. Perfil transcripcional del paciente
CDG Ia obtenido tras la transfeccin con
AMOs. A) Se realiz el estudio a partir de
fibroblastos de piel del paciente sin tratar (0) y
tratados con AMO A o B a 10m y 20 M
durante24h.Paraelanlisissehautilizadoun
primer localizado entre el exon 6 y 7 y otro
localizado en la zona 5UTR. El transcrito
amplificado
se
ha
identificado
por
secuenciacincclicadirecta.B)Secuenciadela
banda inferior en la que aparece la mutacin
V237Menheterocigosis.
ex8
B)
0
9%
20
23%
PMM2
Figura45. Aumentodelaexpresindelaprotena
PMM 2 tras el tratamiento con AMO B detectado
medianteWesternblot.Serealizelestudioapartir
de clulas del paciente sin tratar (0) y tratadas con
AMO B 20 M durante 48 h. C = fibroblastos
control.
67
Resultados
m U /m g
Porltimo,unaumentoenlaexpresindelaprotenaPMM2sedebacorresponder,
tambin,conunaumentoenlaactividaddelamisma.Paraello,setransfectaronfibroblastos
delpacienteconoligonucletidosantisentido(AMOB)a20Mdurante48hysemidila
actividadPMM2segnelmtododeVanSchaftingenetal.,1995modificadoporDeKoning
etal,1998(Fig.46).
15,0
10,0
**
5,0
0,0
C
20
Coneltratamientoconmorfolinosconseguimosunaumentoaldobledelaactividad
PMM 2 y con ello, una actividad estadsticamente significativa cercana a los valores
normales.
68
5.DISCUSIN
Discusin
Durantelosltimos20aos,investigadoresclnicosybioqumicoshancolaboradoen
laidentificacindemsdeunaveintenadeenfermedadesgenticas,losDefectosCongnitos
de Glicosilacin (CDG), causadas por algn defecto en la ruta de la Nglicosilacin de
protenas. Este grupo de enfermedades presenta un amplio espectro de manifestaciones
clnicasqueabarcanmultitudderganosytejidos.Sehandescritoenlosindividuosafectos
alteraciones visuales, gastrointestinales, endocrinas, hepticas, del sistema inmunitario, del
proceso de coagulacin, alteraciones del sistema nervioso y malformaciones. La
heterogeneidad de estas manifestaciones clnicas hace difcil el diagnstico clnico, siendo
necesaria la puesta a punto de diversas tcnicas bioqumicas y genticas para llegar a un
diagnsticocertero.
Inicialmente,serealizunscreeningmediantelacuantificacindel%CDT(porcentaje
de transferrina deficiente en carbohidratos) en sueros de pacientes remitidos desde
hospitalesdelaComunidaddeMadridyotrascomunidadesautnomasparaelestudiode
enfermedades metablicas hereditarias, con el fin de seleccionar de forma rpida pacientes
candidatos a tener un CDG. Durante el desarrollo de este trabajo se ha puesto a punto un
conjuntodeanlisisbioqumicos,enzimticosymolecularesquehapermitidoeldiagnstico
de26pacientesconCDGIendistintossubgrupos14pacientesCDGIa,2CDGIb,2CDGIe,
1 CDG Ij y 7 pacientes CDG Ix en los que no se conoce an el defecto gentico. El
conocimiento del espectro mutacional de estas enfermedades genticas adems de un valor
diagnstico tiene un valor teraputico aadido, ya que existen terapias especficas de
mutacin.AdemssehainiciadoelestudiodelproteomasricodepacientesCDGIa,loque
podraserdeutilidadenlabsquedadenuevosmarcadoresbioqumicosparaeldiagnstico
ynuevasdianasteraputicas.
Enprimerlugar,seclasificaronlospacientesconelestudiodelgradodeglicosilacin
de ciertas glicoprotenas sricas como son la transferrina, 1antitripsina y apolipoprotena
CIIImedianteIEF.
Elanlisisdelatransferrinapermitiidentificar45posiblespacientesCDGconalgn
tipo de defecto de glicosilacin, bien secundario a otra enfermedad, bien causado por una
variantepolimrficade lapropiaprotenaobienunautnticoCDG.Latransferrinaparece
serelbiomarcadorporexcelenciadeestetipodedefectos,yaquelapresenciadeunpatrn
anmalo de sus isoformas sricas permite identificar a los pacientes y adems, segn la
tipologa del patrn alterado, clasificarlos en CDG I o II, es decir, en aquellos que
70
Discusin
posiblemente presenten un defecto en el ensamblaje y transferencia del LLO (tipo I) o en
aquellosquepuedenpresentareldefectoenlasposterioresmodificacionesdelglicanounido
alaprotena(tipoII)(Grunewaldetal.2002).Medianteeltratamientoconneuraminidasade
lossueros,yportanto,laeliminacindeloscidossilicos,pudimosdiscriminarsielpatrn
alterado de la Tf se deba a la existencia de una variante aminoacdica o subtipo de dicha
protena,loquepodraconfundireldiagnstico.
DebidoaquelasrutasdelaNylaOglicosilacindeprotenascompartenenzimasy
transportadoresen el aparato de Golgi,se han descrito pacientes que presentan un defecto
simultneoenambasrutas.Estospacientestienenundefectoenalgunadelassubunidades
del complejo conservado oligomrico de Golgi (COG), implicado en la regulacin,
compartimentalizacin,transporteyactividaddevariosenzimasdelaparatodeGolgi,oen
algunostransportadoresdeazcares,presentanundefectocombinadofcilmentedetectable
por el anlisis de la transferrina y de la Apo CIII, lipoprotena Oglicosilada tipo mucina
(Foulquier et al. 2006; Spaapen et al. 2005). Finalmente, el estudio mediante IEF de las
isoformasdelaapolipoprotenaCIIIsricadelos6pacientestipificadoscomoCDGtipoII
descartlaexistenciadeestetipodedefectos(Albahrietal.2006)entrenuestrospacientes.
71
Discusin
todos los pacientes CDG Ia presentaron una actividad PMM 2 en fibroblastos de piel
deficientedel8al31%respectoalvalorcontrolyunratioPMI/PMM2patolgicode2a10
vecesmayor,quenospermitirealizarundiagnsticoprecisodeldefecto.Elhechodeque
no hayamos identificado pacientes con actividades menores del 8% junto con que no se
hayan descrito pacientes homocigotos para mutaciones nulas (Pirard et al. 1999) parece
corroborar que es esencial para la vida mantener cierta actividad residual de glicosilacin.
Este hecho es apoyado por estudios realizados en ratones knockout para PMM2 donde se
demostrabaquelagestacinsedetenaalospocosdasdelafecundacin(Thieletal.2006).
Tambin se diagnosticaron 2 casos con CDG Ib que presentaban una actividad PMI
deficiente del 16 al 30% respecto a la media de controles. Estos pacientes presentaban una
sintomatologa clnica diferente a los pacientes CDG Ia, ya que no padecan sntomas
neurolgicossinosntomasgastrohepticos.EselnicotipodeCDGIquetienetratamiento
efectivoenlaactualidadyunavezconfirmadoeldefecto,seadministrmanosaoralmente
que ha resultado en la remisin de gran parte de la sintomatologa tpica y en una buena
evolucin psicomotora y mental. Esto confirma lo ya observado en otros casos de que la
aportacindemanosaaladietapromuevelavaalternativaatravsdelahexoquinasapara
lasntesisdemanosa6P,siendountratamientoeficazparaestetipodedefecto(Hendriksz
etal.2001;Niehuesetal.1998)
El anlisis molecular de los pacientes ha permitido confirmar el diagnstico en
individuossintomticospreviamenteidentificadosmedianteensayosenzimticos.Ademsha
permitido llevar a cabo el diagnstico prenatal gentico en familias con hijos afectados y el
diagnsticodeportadoresenindividuosasintomticosconantecedentesfamiliares.Duranteel
transcurso de este trabajo se ha realizado el diagnstico prenatal en 4 familias previamente
genotipadasyelestudiodeportadoresencasiuncentenardefamiliares.
En este estudio se ha llevado a cabo la caracterizacin molecular de los pacientes
previamenteclasificadosenCDGIayIb.Elanlisisgenticodelos14pacientesCDGIaha
permitido definir un espectro mutacional del gen PMM2 formado por un total de 18
variantes allicas: 13 descritas (L32R, D65Y, T237M, V44A, P113L, R123Q, R141H, F157S,
R162W,F183S,E197A,F207SyT226S),todasporcambiodeaminocido(Matthijsetal.2000),
y5nuevas,3presumiblementeporcambiodeaminocido(D209G,P184TyT118S)quenose
encontraronenlasbasesdedatosdeSNPsniencontroles,y2mutacionesintrnicas,IVS7
9T>GyIVS31G>CqueparecenafectaralprocesodemaduracindelmRNA.
Elprimerindiciodequeuncambioaminoacdicoescausantedeenfermedadesporque
ocurre en algn residuo conservado de la protena, es decir, en dominios esenciales para
conservar su estructura y/o funcin. Los estudios de conservacin a nivel de la secuencia de
aminocidosenprotenasortlogas,porlotanto,tambinsondeutilidadalahoradeanalizar
silasnuevasvariantesidentificadassoncausantesdeenfermedad,yaqueestoscambiossuelen
producirse en residuos que se encuentran altamente conservados entre las enzimas de las
distintas especies. En este trabajo se han analizado los cambios puntuales por cambio
aminoacdico identificadas en el gen PMM2. Este anlisis ha mostrado que, efectivamente
todasloscambios,conexcepcindeE197A,afectanaresiduosidnticosomuyconservados
entodaslassecuenciasaminoacdicasestudiadasdelasprotenasortlogasalineadas,incluso
entre especies muy alejadas evolutivamente, sugiriendo que estas posiciones pueden ser
72
Discusin
crticasparalafuncindelpptido.Estoesdebidoaunfenmenodeseleccinnaturalqueno
permitequecambiosenlasecuenciadeaminocidosquetenganunefectopatognicosobrela
protenaseanseleccionadosevolutivamente.Porelcontrario,E197Apareceestarafectandoa
unresiduonoconservadosugiriendoquepuedesertoleradoporlaseleccinnatural,yporlo
tanto, parecera tratarse de un SNP. Adems se haba encontrado en alelos de individuos
controles.ParalelamenteaestetrabajofuedescritocomoSNPmedianteestudiosdeexpresin
(LeBizecetal.2005).Conlosestudiosfuncionalesrealizadosposteriormente,seconfirmque
todas las variantes allicas identificadas en el gen PMM2 son causantes de enfermedad,
exceptoelcambioE197AqueseclasificcomoSNP.
ComosehavistoenotrosestudiosgenticosdepacientesconCDGIa,seobservauna
clara predominancia de las mutaciones missense (86%) aunque hay un aumento de las
mutaciones de splicing (14%), frente a lo encontrado en otras series europeas, donde las
mutaciones missense aparecen con una frecuencia del 98% y las mutaciones de splicing y
mutaciones por cambio de marco de lectura o frameshift de un 1%
(http://www.euroglycanet.org/home.html).
De todas las variantes allicas encontradas en el gen PMM2, las dos ms frecuentes
son la T237M y la R141H, ambas con una frecuencia del 15% en los alelos mutantes. Sin
embargo, se ha observado que las variantes allicas ms frecuentes en otras poblaciones
caucasianas son la R141H (35%) seguida de la mutacin F119L (13%)
(http://www.euroglycanet.org/home.html),cambioquenohemosencontradoentrenuestros
pacientes.LaT237Maparececonunafrecuenciadel2%enotrasseries.Estosdatos,juntocon
lospublicadosenelao2002porelgrupodeBriones(Brionesetal.2002),parecenindicar
que el espectro mutacional de pacientes espaoles es diferente al de otras poblaciones
europeas(http://www.euroglycanet.org/home.html).
Enlos2pacientestipificadoscomoCDGIbseidentificaron3variantesallicasenel
gen MPI ya reportadas en la literatura pero sin estudios de expresin que demuestren su
patogenicidad (Niehues et al. 1998; Schollen et al. 2000a). Se trata de 2 cambios de
aminocido,R219Qenelexon5yM51Tenelexon3,yunainsercindeunabaseenelexon
3(166167insC)queprovocacambiodelmarcodelecturaconlaaparicindeuncodonstop
prematuro (PTC) y por lo tanto, la degradacin de dicho transcrito por los sistemas de
vigilanciadelaclula(NMD)(LejeuneandMaquat2005;Wangetal.2002).
73
Discusin
originariosdelamismacomunidadautnomaenlaqueyahabauncasodocumentadoyel
genDPGAT1(Ij)porlaausenciadeespeciesanmalasdeLLOenfibroblastosdepieldeuno
deloscasos,estudiorealizadoporelDr.Jaeken(Leuven,Blgica),queorientabahaciaun
defectoenlospasosinicialesdelasntesisdeloligosacridoestndaroLLO.Los2pacientes
diagnosticados como CDG Ie por ser portadores de mutaciones en el gen DPM1, son
compuestos homocigotos de una nica mutacin, ya descrita (GarciaSilva et al. 2004) de
cambio de aminocido, serina por prolina en la posicin 248 (S248P) en el exon 9 del gen
DPM1. El aumento encontrado en su frecuencia allica, probablemente, se debe a que los
pacientespertenecenaunapoblacinconciertogradodeaislamientogentico,yaquetodos
sonoriginariosdelasIslasCanariasyaunquelosdatosdeconsanguinidadnoindicanque
sean pacientes relacionados, probablemente sea el mismo alelo. No parece existir relacin
genotipofenotipo, seguramente debido a que a la expresin clnica de la enfermedad
contribuyenotrosfactoresgenticosyambientales.Porotrolado,elpacientediagnosticado
comoCDGIj,conmutacionesenelgenDPGAT1,esuncompuestohererocigotoformadopor
2variantesallicasporcambioaminoacdico(R301CyL385R)identificadasporprimeravez
en este estudio. En la actualidad slo hay un caso descrito en la literatura por el grupo
americanodeFrezze(Wuetal.2003).Setratadecambiosnoconservativos,yaquesetratade
uncambiodeunaminocidobsicoporunopolarenlaposicin301yunoapolarporuno
bsico en la posicin 385. Adems, ambos cambios aminocidicos afectan a un residuo
idnticoomuyconservadoentodaslassecuenciasdelasprotenasortlogasalineadas,incluso
entre especies muy alejadas evolutivamente, sugiriendo que estas posiciones pueden ser
crticas para la funcin del pptido. En cualquier caso sern necesario estudios funcionales
paracomprobarqueestoscambiossoncausantesdeenfermedad.
Enlosltimosaoslastcnicasprotemicashanprotagonizadoungrannmerode
estudiosendiferentesenfermedadesgenticasdebidoaquepermitenelconocimientodelos
nivelesdeexpresindeprotenasyladeteccindiferencialdeprotenasconmodificaciones
posttraducionales. Por ello, adems de la caracterizacin bioqumica y molecular se ha
profundizado en el anlisis del proteoma srico de 2 pacientes CDG Ia que comparten un
alelomutanteconelobjetivodeintentarrelacionarfenotipocongenotipo.
74
Discusin
El fibringeno participa en la coagulacin, inflamacin y respuesta inmunitaria,
siendo especialmente importante en la formacin del trombo. La trombina es una protena
encargadadeladegradacindeltrombo.Altosnivelesdefibringenosehanvistoasociados
a enfermedades cardiovasculares. Se ha visto que anomalas en el proceso de coagulacin
debidas a una inadecuada glicosilacin de los factores de coagulacin o inhibidores de la
misma pueden provocar cuadros trombticos o hemorrgicos en este tipo de pacientes
(Fiumaraetal.1996;Stibler et al.1996;Young and Driscoll 1999). Elaumento deexpresin
delfibringenojuntoconladisminucinenla expresindelaantitrombinaIIIennuestros
pacientespodraestarindicndonosunaltoriesgodesufrireventostrombticos.Segnesto,
sepodrautilizarlaprotemicacomoherramientaparadistintasintervencionesteraputicas.
SehapropuestolaaspirinaenbajadosiscomoprofilaxisenpacientesCDGIaquepresentan
eventos trombticos (Arnoux et al. 2008). La diferencia en la expresin en protenas
involucradas en la inflamacin y en los procesos de coagulacin corrobora las alteraciones
encontradasenestosprocesosenestetipodedefecto.
Siatendemosalgenotipodeestospacientes,ambossoncompuestosheterocigotosde
unamutacinmissenseconlamutacinIVS79T>G,consideradanulasegnhemosvistoen
los estudios funcionales descritos en este trabajo. Podemos observar que el paciente 22692
portador de la mutacin D65Y, que in vitro presenta menor actividad residual (20%),
presentaunamayoralteracinenelpatrnprotemicoqueelpaciente20484portadordela
mutacinT237M,lacualretienemayoractividadresidualinvitro(48%).Segnesteestudio
parece haber una buena correlacin entre las alteraciones protemicas encontradas y la
clnicaquepresentanlospacientes,loquenospodrahacerconsideraralaprotemicacomo
herramienta para el diagnstico y profilaxis en estos defectos y para el estudio de nuevas
dianasteraputicas.
5.2
Para poder predecir la gravedad del fenotipo clnico y bioqumico en los pacientes
CDGIayademspoderinvestigarnuevasterapiaspotencialmenteaplicablesapartirdesu
genotipo,esnecesarioconocertantolagravedaddelefectocausadoporlasmutacionessobre
lafuncinproteicacomolosmecanismosatravsdeloscualesestasmutacionescausanla
prdidade dichafuncin.Desdelainformacincodificada enungenhastalatraduccina
una protena efectora existen varios procesos intermedios, que tambin estn sujetos a
regulacinysonsusceptiblesdecambios.Portanto,cualquiervarianteallicaasociadaauna
enfermedad gentica podr afectar no slo a nivel de protena efectora, sino tambin los
procesosdetranscripcinyprocesamientodelmensajero,ascomosuestabilidad.
Enelcasodemutacionesquecausanuncambiodeaminocidoenlasecuenciadela
protenaPMM2(querepresentanel86%delosalelosmutantesdetectados),losestudiosde
expresin in vitro son necesarios para caracterizar sistemticamente el efecto causado por
estas mutaciones sobre la estabilidad, funcin y regulacin de la protena, y adems para
75
Discusin
determinar si las variantes allicas nuevas son causantes de enfermedad. Para ello, en este
trabajohemosrealizadoestudiosinvivoapartirdefibroblastosdepieldepacientesCDGIa
enlosqueseanalizabalosnivelesdeexpresindelaprotenaPMM2medianteWesternblot
y los niveles de expresin del gen PMM2 mediante qRTPCR. Adems hemos realizado
estudios funcionales de las variantes allicas por cambio de aminocido mediante su
expresinenunsistemaprocariota.
Con los estudios de expresin in vitro a 37C de las mutaciones missense llevadas a
cabo en E.coli, se ha detectado una actividad deficiente de la protena PMM 2 en todas las
variantes allicas analizadas, incluidas las nuevas D209G, P184T y T118S identificadas en
estetrabajo,loqueconfirmaque soncausantesde enfermedad, exceptoE197A convalores
cercanosalaprotenasalvajeyqueporlotanto,hasidocatalogadacomounSNP(LeBizec
etal.2005).Elrestodelasmutacionespuedenserclasificadasengrupossegnsuactividad
residual: mutaciones de actividad intermedia (5444%) como T118S, L32R, T237M y P113L,
mutacionesdebajaactividadresidual(2116%)comoD65YyV44Ayporltimomutaciones
conactividadnula(<1%)comosonF157S,P184T,F207S,R123Q,R141HyD209G.Adems
estos estudios tambin nos ha permitido clasificar las mutaciones en aquellas que parecen
estarafectandoalafuncincatalticadelaprotenay5posiblesmutacionesquepodranestar
afectando al plegamiento y/o estructura de la PMM 2, D65Y, V44A, F207S, F157S y P184T,
pues se detectaba una disminucin en la cantidad de protena inmunorreactiva, como ya se
haba detectado en los estudios realizados en las lneas celulares de los pacientes. Podemos
observar que los niveles de protenas obtenidos en los estudios de expresin en el sistema
procariota son ligeramente ms elevados que los obtenidos en los estudios de estabilidad
llevada a cabo en fibroblastos de pacientes, dnde hay disminucin de protena
inmunorreactivaprcticamenteentodosloscasos.Probablemente,estehechoseadebidoaque
laprotenaGSTfusionadaalaPMM2,utilizadaenlosestudiosdeexpresin,estabilizaalas
protenas mutantes. Este hallazgo parece indicar que para confirmar que las mutaciones
catalogadas como catalticas son, finalmente, mutantes que no afectan al plegamiento de la
protena,seranecesariorealizarotrosestudios,comoperfilesdedegradacinquepermitenel
clculodevidamediaoestudiosdecoexpresinconchaperonas(Brossetal.1993;Brossetal.
1999;Peyetal.2003).
76
Discusin
resultadodeladegradacinaceleradadelasprotenasmutantesdebidoasuinestabilidad.Este
pareceserunmecanismocomnpatognicocaractersticodemuchasenfermedadesgenticas
(Gregersenetal.2001b;Mohsenetal.1998).Ademssehavistoenciertasenfermedadescomo
las deficiencias en acilCoA deshidrogenasas (Bross et al. 1995; Corydon et al. 1998) o la
fenilcetonuria (Gamez et al. 2000; Pey et al. 2003), que la estabilidad de pptidos mutantes
puedesermoduladainvitromediantecambiosenlatemperaturadecultivoyenlosnivelesde
chaperonas (Chaudhuri and Paul 2006). Para conocer si las mutaciones D65Y, V44A, F207S,
F157SyP184TpodranestarafectandoalplegamientooestructuradelaPMM2desarrollamos
unaaproximacinexperimentalcombinandoestudiosdeestabilidaddelasprotenasnomaly
mutantes mediante su expresin a 26 y 37C, con una metodologa que permite analizar el
recambio proteico mediante la determinacin de la vida media de la protena normal o
mutante. Expresando dichas protenas a 26C, es decir, favoreciendo el plegamiento,
detectamosunaumentoenlaexpresindelasprotenasportadorasdelasmutacionesF157S,
F207S y P184T, hacindolas candidatas a ser mutaciones que afectan al plegamiento o
estructura de la PMM 2. Los perfiles de degradacin a 37C confirmaron esta hiptesis al
observarseunadrsticadisminucinenlavidamediade2deestasprotenasmutantes.
LasmutacionesqueafectanalcorrectoprocesamientodelmRNAsehananalizadoen
unsistemacelularmedianteminigenes.Losresultadosdelensayodesplicinginvitrosugieren
quelos3cambios(IVS79T>G,IVS31G>CyIVS715479C>T)soncausantesdeenfermedad,lo
queapoyaqueningunodeellosfueraencontradoenlasbasesdedatosdeSNPs.Losperfiles
transcripcionalesdelaslneascelularesdeestospacientesfueronsimilaresalosobtenidosen
losminigenes.
La precisa descripcin del efecto que las mutaciones tienen sobre el mecanismo de
splicing,esimportantedebidoalaelevadafrecuenciadevariantesallicasidentificadasque
alteranesteproceso.Enestetrabajosehaanalizadoelposibleefectode3mutaciones,IVS7
9T>G, IVS31G>C y IVS715479C>T, identificadas en el gen PMM2 sobre el procesamiento
delmensajero.
77
Discusin
Enelanlisisdelperfiltranscripcionaldelosfibroblastosportadoresdelamutacin
IVS79T>G se observ que este cambio de nucletido en la posicin 9 del intrn 7 del gen
PMM2 provoca una alteracin en el mecanismo de maduracin del mRNA debido a la
activacindeunsitiocrpticodesplicingquedacomoresultadolainsercinde66bpentreel
exon7yelexon8.Estetranscritoaberrantepareceserdianadelossistemasdevigilanciade
la clula (NMD) ya que no aparece en los transcritos analizados. Se ha postulado que la
imposibilidad de analizar algunas de estas mutaciones a nivel de mRNA mediante RTPCR,
cuando se presentan en heterocigosis en el gDNA, es debida a que la disminucin de la
estabilidad y, por tanto, cantidad de los transcritos que las portan respecto al mRNA
procedentedelotroalelo,daralugaralaretrotranscripcinyamplificacinfavorecidadeeste
ltimo (Jacobson 1996; Maquat 1996). El estudio realizado sobre el efecto de las mutaciones
identificadas sobre los niveles de expresin del mRNA del gen PMM2 ha revelado que la
mutacinIVS79T>GparecetenerefectosobrelaestabilidaddelmRNA,pueslosfibroblastos
de piel de los pacientes que portan esta mutacin (20484 y 22692) tienen una bajada de
expresinentreel6040%,siendomsacusadaenelpacienteconsintomatologamssevera,
lo que apoyara la idea de que hay una degradacin por el sistema propio de la clula, el
sistemaNMD,apesardenopresentaruncodonstopprematuro(PTC)almenosa5055pb
antes de un sitio de unin exonexon formado tras el proceso de maduracin (splicing)
(Lejeune and Maquat 2005; Wang et al. 2002). Este hallazgo podra estar indicando que el
determinanteparaquesedisparelareaccindelsistemaNMDesmuchomscomplejoque
laregladelos5055ntcorrientearribadelauninexonexon.
Paraconfirmarqueestecambionucleotdicoescausantedeenfermedadseanalizin
vitro mediante minigenes cmo afectaba esta mutacin al proceso de splicing. Como se
tratabadelestudiodelltimoexon,elminigeneraunaconstruccinartificialdelexon8con
suzonaintrnicaadyacenteportadordel3aceptordesplicing,unidoalexon2consuzona
intrnicaadyacentequeleaportaraeldonador5desplicing(Abuhatziraetal.2005).Eneste
sistema no se pudo reproducir el splicing aberrante observado en fibroblastos de los
pacientes genotipados, pues aunque se demostraba que en ninguno de los transcritos se
realizabasplicingnormal,tampocoseobtuvierontranscritosportadoresdelainsercinde66
pb.Estehechopuedeserexplicadoobienporquelostranscritosportadoresdelainsercin
sean resultado del alelo mutante pero de forma minoritaria y que sea otro transcrito el
mayoritario y responsable de la degradacin por el sistema NMD o porque el sistema de
minigenes,aunqueesmsaproximadoalasituacininvivo,puedenoestarreproduciendoel
efecto de algunas mutaciones analizadas probablemente porque carecen de la secuencia
genmica adyacente, cuyo contexto es importante para la correcta definicin exonica, tal y
comosucedeenlaparaplegiaespsticahereditaria(Svensonetal.2001),ymssitenemosen
78
Discusin
cuenta que se trata de un exon construido artificialmente y que en el minigen no es el
ltimoexon.Probablemente,silamutacinestuvieralocalizadaenelsitio3desplicingdeun
exon interno el perfil transcripcional de los fibroblastos portadores de la mutacin
provocaraelskippingdelcorrespondienteexon,comoocurreenelminigen.
Enelanlisisdelperfiltranscripcionaldelosfibroblastosportadoresdelamutacin
IVS31G>Cseobservqueestecambiodenucletidoen laposicin1delintrn3delgen
PMM2dalugaraunaalteracinenelmecanismodemaduracindelmRNAprovocandola
desaparicin de la secuencia consenso del 3donador de splicing del intrn 3 y con ello, el
skippingdelosexones3y4.Estetranscritoaberrantenopareceserdianadelossistemasde
vigilanciadelaclula(NMD),apesardepresentaruncodonstopprematuro(PTC)amsde
55 nucletidos antes del sitio de unin exonexon formado tras el splicing (Lejeune and
Maquat 2005; Wang et al. 2002) pues es amplificado por RTPCR convencional y en los
estudiosdeestabilidaddelmRNAporqRTPCRnoseobservabajadadeexpresin.Adems
conelestudiodelasprobabilidadesdesplicing,estimadasinformticamente,queposeenel
donador y los aceptores de los distintos intrones, podemos postular que la eliminacin de
estos 2 exones podra ser debido a que se afecta la unin del fator U2AF65 en el intrn 3 y
ademspodrarealizarsedeformanaturalelskippingdelexon3,yaquelaprobabilidadde
splicingdelaceptordelintrn2estimadaesdel18%.
Enelanlisisdelperfiltranscripcionaldelosfibroblastosportadoresdelamutacin
IVS715479C>Tseobservqueestecambiodenucletidoenlaposicin15479delintrn7
del gen PMM2 provoca una alteracin en el mecanismo de maduracin del mRNA dando
lugarauninsercinenfasede123pbentrelosexones7y8(Schollenetal.2007).Comoera
esperable,alnogenerarunPTC,dichotranscritonoesdianadelsistemaNMD.Losestudios
in silico de las regiones 3y 5de este pseudoexn incorporado en el gen PMM2 predijeron
scores de splicing elevados, lo que explicaba que se produzca dicha insercin. Mediante el
estudio con minigenes se comprob que el efecto de dicho cambio nucleotdico es la
activacindeun5donadordesplicingyquedichasecuenciatieneloselementosnecesarios
paraserprocesadacomounexon,generandounsolotranscritoconlainsercinde123pb.El
hecho de que las regiones consenso de splicing sean tan abundantes en el interior de las
secuenciasintrnicasindicaquelosintronestienenlahabilidadpotencialdecodificarfalsos
exones, los que comnmente son llamados pseudoexones (Buratti et al. 2006). Se ha
propuesto la teora de que la insercin de pseudoexones represente un sustrato para la
evolucin de nuevos exones o incluso que estas secuencias participen en la regulacin del
79
Discusin
proceso de splicing. Por otro lado, se ha observado la relacin entre la inclusin de
pseudoexones en el mRNA maduro y diversas enfermedades genticas (Buratti et al. 2006;
Gurvichetal.2008;Rinconetal.2007).
DISEO
DE
Unodelosfinesdelanlisisfuncionaldelasvariantesallicasespoderclasificarlas
mutacionesencuantoasuseveridad,correlacionarloconelfenotipoclnicoybioqumicode
los pacientes y as, en baseal genotipo predecir el pronstico y evolucin de los pacientes.
Esta correlacin es difcil de establecer en pacientes con CDG Ia debido a la gran
heterogeneidad gentica de los mismos, y a que la mayor parte de ellos son compuestos
heterocigotos(92%).Engeneral,ennuestraseriedepacientesCDGIanosehaencontradouna
correlacingenotipofenotipoclara,yaunquetodospermanecenvivosenlaactualidad,debido
alrecientedesarrollodelossistemasdediagnsticoylaausenciadeuntratamientoeficazpara
estetipodedefectos,lamayoradeellospresentangravessecuelas.
80
Discusin
genticos (diferencias intertisulares e interindividuales en la expresin gnica de los genes
responsablesdelosfactoresdesplicing(NissimRafiniaetal.2004;NissimRafiniaandKerem
2005; Tazi et al. 2005), sistema NMD (Khajavi et al. 2006), control de calidad de protenas
(Bernieretal.2004)entreotros)comoepigenticosyambientales,queafectanalfenotipoyque
demuestran el carcter complejo tambin de los defectos monognicos (Scriver and Waters
1999).
Envariasenfermedadesgenticaselanlisisfuncionaldelasmutacionesharesultado
seresencialnosloparaeldiagnsticodeldefectosinotambinparadisearaproximaciones
teraputicas especficas. Se han utilizado frmacos inhibidores de histonas desacetilasas que
son capaces de aumentar la transcripcin de ciertos factores de splicing o protenas SR
regulandoelsplicingalternativo(Brichtaetal.2003;Gottlicher2004;Shietal.2008).Porltimo,
se estn creando como una potente alternativa al tratamiento convencional de defectos
genticosterapiasbasadasenelRNAcomodianateraputica.Estasnuevasterapiassebasan
endistintasestrategiasdereparacindelmRNAmediantemodificacindelsplicingconeluso
deoligonucletidosantisentidoomedianteelsilenciamientodealelosotranscritosespecficos
medianteRNAinterferente(Woodetal.2007).
Enestetrabajohemosutilizadodosaproximacionesteraputicascapacesdemodular
elsplicing:lasobreexpresindefactoresdesplicingyelusodeoligonucletidosantisentido.
Conlasobreexpresindefactoresdesplicing,msconcretamenteconelfactorU2AF65,seha
podidoactivarunsitio3desplicingdbil,sinembargonorecuperamoselsplicingnormalen
mutacionesqueafectanaltractopolipirimidnicoocuandodesaparecelasecuenciaconsenso
delsitio3,indicandoqueprobablementesoncambiosmecansticamentediferentes.
Traslacotransfeccinconvariosfactoresdesplicing(SRp40,SRp55,SC35ySF2/ASF),
hemosvistoquelasobreexpresindeSC35oSF2/ASFprovocaunamodulacindelsplicing
en los pacientes portadores de la mutacin IVS79T>G ya que se produce la activacin del
sitiocrpticopresenteenelintrn7.VariosestudiosindicanquelasprotenasSRjueganun
papelimportantealahoradeseleccionarelsitiodesplicing.SC35ySF2/ASF,considerados
activadoresdesplicing,parecequesonrequeridosenesteprocesoyseleccionanelsitiode
splicingenpremRNAsquecontienenmltiplessitios5o3(Fuetal.1992).Sehavistoque
la sobrexpresin de ciertos factores de splicing incrementan los niveles de mRNA
correctamenteprocesados(NissimRafiniaetal.2004),msconcretamente,lasobreexpresin
de los factores de splicing SC35 y SF2/ASF parecen tener un efecto activador de splicing
normal en mutaciones que se encuentran localizadas en el tracto polipirimidnico, pues
participan en el reclutamiento y estabilizacin de la unin del factor U2AF a esta regin
(ManleyandTacke1996).
81
Discusin
asociadosacncer(Shietal.2008).Segnestolaregulacindelsplicingtambinpodraestar
influyendo en los parmetros fenotpicos en los CDG Ia. La modulacin del perfil
transcripcional por factores proteicos o compuestos qumicos, podra constituir un nuevo
campoparalaaplicacindeposiblesterapias.
Las terapias basadas en el RNA, dentro de las cuales se encuentra la terapia con
AMOs presentan toda una serie de ventajas con respecto a las terapias convencionales de
reemplazamientognico.yaquenopresentanpeligrodeintegracinenelgenomahusped
ypermitenmodificarlaexpresingnicasinalterarlaregulacinnormaldelgenanivelde
gDNA (Wood et al. 2007). Una gran ventaja de estos oligonucletidos antisentido tipo
morfolinos es que tienen una gran estabilidad, son muy resistentes a nucleasas y a la
degradacin por RNAsaH cuando forman hbridos con el RNA. Si embargo, las mayores
dificultadesparalautilizacininvivodeestosAMOssonsuvehiculizacinparaquepuedan
llegaralostejidosdeintersyladeterminacindeladosisptimaquepermitaobtenerde
formasimultnealarecuperacindelostranscritosdeinterssinunatoxicidadelevada.Un
ejemplo de su utilizacin in vivo es la distrofia muscular de Duchene en la que los
oligonucletidos antisentido han sido utilizados en pacientes de forma intramuscular
restaurndoseparcialmenteladistrofina(AartsmaRusetal.2007;vanDeutekometal.2007).
ElefectoquelosAMOshanproducidoinvitroenlasclulasdelpacientenoshaceespecular
que este tipo de terapia pudiera ser una estrategia teraputica eficiente y prometedora en
estetipodedefectos.
82
Discusin
intrnicasadyacentesdecadaexon,estentreel9598%delosalelos.Elrestodevariantes
allicasnoidentificadas(25%)sepostulaquepodranencontrarseenregionespromotoras,
regionesdepoliadenilacinopodranproducirinsercionesdepseudoexonesquegeneraran
un mRNA aberrante. Las inserciones o deleciones que no provocan PTC seran detectadas
porRTPCRconvencionalperolasqueprovocancambioenlafasedelecturaygeneranPTC
seran diana del sistema NMD, siendo degradado el mRNA de manera acelerada y no
pudiendo ser detectado por los sistemas tradicionales de deteccin de mutacin. En estos
casos, con la utilizacin de compuestos (emetina o puromicina) que inhiben este sistema
NMD, se podran detectar transcritos aberrantes, algunos con pseudoexones, por lo que
potencialmente podra haber un mayor nmero de pacientes que los identificados
actualmentesusceptiblesdesertratadosconterapiaantisentido,tantoenstacomoenotras
enfermedadesgenticashumanas.
Lasestrategiasbasadasenlamodulacindelosprocesosdesplicingrepresentanenla
actualidad una opcin teraputica que podra ser aplicada en sta y otras enfermedades
genticas humanas. El siguiente reto es la investigacin de vehculos seguros y efectivos
basadosenlatecnologadelasnanopartculasquenospermitandirigirespecficamentelos
oligonucletidos a los tejidos diana, as como la generacin de modelos animales knockin
parasuensayoinvivo.
83
6.CONCLUSIONES
Conclusiones
3. ElespectromutacionaldenuestraseriedepacientesCDGIadifierealdescritoen
otras poblaciones europeas, siendo las mutaciones T237M (15%) y R141H (15%)
lasmsfrecuentementeencontradasyconunapresenciainusualmenteelevadade
mutacionesdesplicing.
4. ElanlisisfuncionaldelasvariantesidentificadasenelgenPMM2hademostrado
que todos los cambios nuevos identificados en este estudio son causantes de
enfermedad y que varias de ellas afectan al plegamiento de la protena
(enfermedad conformacional). Este hecho permitir, posiblemente, la futura
aplicacin de chaperonas farmacolgicas como tratamiento en numerosos
pacientes.
5. Con este estudio hemos identificado mutaciones severas con actividad residual
nula(D209G,P184T,R141H,R123Q,F207S,F157S,IVS31G>C,IVS79T>GyIVS7
15479T>C) y mutaciones que presentan cierta actividad residual (T118S, L32R,
T237M, P113L, D65Y yV44A). Todos los pacientes genotipados son hemicigotos
funcionalesdeunamutacinseverayunaqueretieneactividadresidual.
7. ElusodeoligonucletidosantisentidoenfibroblastosdeunpacienteconCDGIa
hademostradoquelainsercindetectadaensuperfiltranscripcionalescausante
de enfermedad, y que la terapia antisentido aplicada in vitro es efectiva para
mutacionesquegeneraninsercindepseudoexones.Estetipodeterapiapudiera
serunaopcinprometedoraenpacientesCDGIa,paraloscuales,hastalafecha,
nohaytratamientoefectivo.
85
Conclusiones
86
7.BIBLIOGRAFA
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8.PUBLICACIONES
Publicaciones
Partedeestetrabajoseencuentradescritoenlassiguientespublicaciones:
Martn Hernndez E, Vega Pajares AI, Prez Gonzlez B, Ecay Crespo MJ, Leal Prez F,
Manzanares LpezManzanares J, Ugarte Prez M, PrezCerd Silvestre C.
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*Autoresquecontribuyendeigualformaenestetrabajo
VegaAI,PrezCerdC,DesviatLR,MatthijsG,UgarteM,PrezB.Functionalanalysisof
three splicing mutations identified in the PMM2 gene: towards a new therapy for
CongenitalDisorderofGlycosylationtypeIa.HumanMutationEnprensa.
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