1.

RUTAS METABOLICAS
En bioqumica, una ruta metablica o va metablica es una sucesin
de reacciones qumicas que conducen de un sustrato inicial a uno o
varios productos finales, a travs de una serie de metabolitos
intermediarios.1 Por ejemplo, en la ruta metablica que incluye la secuencia de
reacciones:

A es el sustrato inicial, E es el producto final, y B, C, D son los metabolitos

intermediarios de la ruta metablica.
Las
diferentes
reacciones
de
todas
las
rutas
metablicas
estn catalizadas por enzimas y ocurren en el interior de las clulas. Muchas
de estas rutas son muy complejas e involucran una modificacin paso a paso
de la sustancia inicial para darle la forma del producto con la estructura qumica
deseada.
Todas las rutas metablicas estn interconectadas y muchas no tienen sentido
aisladamente; no obstante, dada la enorme complejidad del metabolismo, su
subdivisin en series relativamente cortas de reacciones facilita mucho su
comprensin. Muchas rutas metablicas se entrecruzan y existen
algunos metabolitos que son importantes encrucijadas metablicas, como
el acetil coenzima-A.

2. Tipos de rutas metablicas

1. Rutas catablicas
El catabolismo es el conjunto de procesos metablicos que liberan energa.
Esos procesos incluyen degradacin y oxidacin de molculas de alimento as
como reacciones que retienen la energa del Sol. El propsito de esas
reacciones catablicas es proveer energa, poder reductor y componentes
requeridos por reacciones anablicas. La naturaleza de esas reacciones
catablicas difiere de organismo en organismo. Sin embargo, esas distintas
formas de catabolismo dependen de reacciones de reduccin-oxidacin que
involucran transferencia de electrones de molculas donantes (como
las molculas
orgnicas, agua, amonaco, sulfuro
de
hidrgeno e iones ferrosos) a aceptores de esos electrones como el oxgeno,
el nitrato o el sulfato.

En los animales esas reacciones conllevan la degradacin de molculas

orgnicas complejas a otras ms simples, como dixido de carbono y agua. En
organismosfotosintticos como
las plantas y
las cianobacterias esas
transferencias de electrones no liberan energa sino que se usan como un
medio para almacenar energa solar.
El conjunto de reacciones catablicas ms comn en los animales puede ser
separado en tres etapas distintas. En la primera, molculas orgnicas grandes
como las protenas, los polisacridos o los lpidos son digeridas en
componentes ms pequeos fuera de las clulas. Luego, esas molculas
pequeas son llevadas a las clulas y convertidas en molculas de tamao aun
menor, por lo general acetilos que se unen en forma covalente a la coenzima
A para formar la acetil-coenzima A, que libera energa. Por ltimo, en la
molcula de acetil CoA el grupo acetil es oxidado a agua y dixido de carbono
con liberacin de energa que se retiene al reducir la coenzima nicotinamida
adenina dinucletido(NAD+) en NADH.

2. Digestin
Dado que las macromolculas como el almidn, la celulosa o las protenas no
pueden ser captadas en forma automtica por las clulas deben ser
degradadas en unidades ms simples antes de ser usadas en el metabolismo
celular. Entre las numerosas enzimas que digieren esos polmeros figuran
la peptidasa que digiere protenas en aminocidos, las glicosil hidrolasas que
digieren polisacridos en disacridos y monosacridos y las lipasas que
digieren los triglicridos en cidos grasos y glicerol.

3. Energa de los compuestos orgnicos

El catabolismo de los carbohidratos es la degradacin de los hidratos de
carbono en unidades menores. Los carbohidratos son captados por la clula
despus de ser digeridos en monosacridos. 45 Una vez en el interior celular
la ruta de degradacin es lagluclisis, en la que los azcares como la glucosa y
la fructosa son transformados en piruvato y se generan algunas molculas
de ATP.46 El piruvato o cido pirvico es un intermediario en varias rutas
metablicas pero en su mayor parte es convertido enacetil CoA y cedido
al ciclo de Krebs. Aunque en el ciclo se genera ms ATP, el producto ms
importante es el NADH, sintetizado a partir del NAD+ por la oxidacin de la
acetil-CoA. La oxidacin libera dixido de carbono como producto de desecho.
Una ruta alternativa para la degradacin de la glucosa es la ruta pentosa-

fosfato, que reduce la coenzima NADPH y produce azcares decinco

carbonos como la ribosa, el azcar que forma parte de los cidos nucleicos.
Las grasas son catalizadas por la hidrlisis a cidos grasos y glicerol. El glicerol
entra en la gluclisis y los cidos grasos son degradados por beta
oxidacin para liberar acetil CoA, que luego se cede al ya nombrado ciclo de
Krebs. Debido a sus altas proporciones de grupo metileno, los cidos grasos
liberan ms energa en su oxidacin que los carbohidratos, puesto que las
estructuras de carbohidratos como la glucosa contienen ms oxgeno en su
interior.

4. Fosforilacin oxidativa
En la fosforilacin oxidativa los electrones liberados de molculas de alimento
en rutas como el ciclo de Krebs son transferidos con oxgeno y la energa es
liberada para sintetizar adenosn trifosfato. Esto se da en las
clulas eucariotas por una serie de protenas en las membranas de
la mitocondria llamadas cadena de transporte de electrones. Esas protenas,
que en las clulas procariotas se encuentran en la membrana interna,50 utilizan
la energa liberada de la oxidacin del electrn que lleva la
coenzima NADH para bombear protones a lo largo de la membrana.
Los protones bombeados fuera de la mitocondria crean una diferencia de
concentracin a lo largo de la membrana, lo que genera un gradiente
electroqumico. Esa fuerza determina que vuelvan a la mitocondria a travs de
una subunidad de la ATP-sintasa. El flujo de protones hace que gire la
subunidad menor, como resultado de lo cual el sitio activo fosforila el adenosn
difosfato (ADP) y lo convierte en ATP.

5. Energa de los compuestos inorgnicos

Los procariotas poseen un tipo de metabolismo en el cual la energa se obtiene
a
partir
de
un compuesto
inorgnico.
Esos
organismos
53
utilizan hidrgeno, compuestos
delazufre reducidos
(como
el sulfuro,
el sulfuro de hidrgeno y el tiosulfato), xidos ferrosos o amonaco como
fuentes de poder reductor y obtienen energa de la oxidacin de esos
compuestos con oxgeno o nitrito como aceptores de electrones. Esos
procesos microbiticos son importantes en ciclos biogeoqumicos como
la nitrificacin y ladesnitrificacin, esenciales para la fertilidad del suelo.

6. Energa de la luz

La
energa
solar
es
captada
por plantas, cianobacterias, bacterias
prpuras, bacterias verdes del azufre y algunos protistas. Este proceso est
ligado a la conversin del dixido de carbono en compuestos orgnicos como
parte de la fotosntesis.
En principio la captura de energa solar es un proceso similar a la fosforilacin
oxidativa dado que almacena energa en gradientes de concentracin de
protones, lo que da lugar a la sntesis de ATP. Los electrones necesarios para
llevar a cabo ese transporte de protones provienen de una serie de protenas
denominadas centro de reaccin fotosinttica. Esas estructuras se clasifican en
dos segn su pigmento: las bacterias tienen un solo grupo mientras que en las
plantas y las cianobacterias pueden ser dos.
En las plantas el fotosistema II usa energa solar para obtener
los electrones del agua y libera oxgeno como producto de desecho. Los
electrones luego fluyen hacia el complejo del citocromo b6f, que usa su energa
para bombear protones a lo largo de la membrana tilacoidea del cloroplasto. Esos protones
se mueven a travs de la

ATP-sintasa

mediante el mecanismo explicado anteriormente. A

continuacin los electrones fluyen por el fotosistema I y pueden ser utilizados para

reducir la coenzima NADP+, que ser utilizada en el ciclo de Calvin o reciclada

para la futura generacin de ATP

3. Anabolismo

El anabolismo es el conjunto de procesos metablicos constructivos en los que

la
energa
liberada
por
el
catabolismo
se
utiliza
para
sintetizar molculas complejas. En general las molculas complejas que dan
lugar a estructuras celulares son construidas a partir de precursores simples. El
anabolismo comprende tres etapas: en primer lugar la produccin de
precursores como aminocidos, monosacridos, isoprenoides y nucletidos, en

segundo trmino su activacin en reactivos mediante el empleo de energa

delATP y, por ltimo, el montaje de esos precursores en molculas ms
complejas como protenas, polisacridos, lpidos y cidos nucleicos.
Los organismos difieren en cuanto a la cantidad de molculas que pueden
sintetizar por s mismos en sus clulas. Los organismos auttrofos, como las
plantas, pueden construir molculas orgnicas complejas y protenas por s
mismos a partir de molculas simples como dixido de carbono y agua.
Los organismos hetertrofos, en cambio, requieren una fuente de sustancias
ms complejas, como monosacridos y aminocidos, para producir esas
molculas complejas. Segn su fuente de energa los organismos pueden ser
clasificados en fotoauttrofos y fotohetertrofos, que obtienen la energa del
Sol, o quimiohetertrofos y quimioauttrofos, que obtienen la energa mediante
reacciones oxidativas.

1. Fijacin del carbono

La fotosntesis es la sntesis de glucosa a partir de energa solar, dixido de

carbono (CO2) y agua (H2O), con oxgeno como producto de desecho. Ese
proceso utiliza el ATP y el NADPH producido por los centros de reaccin
fotosintticos para convertir el CO2 en 3-fosfoglicerato, que puede ser
convertido en glucosa. Esa reaccin de fijacin del CO2 es llevada a cabo por la
enzima RuBisCO (ribulosa 1, 5 bifosfato carboxilasa-oxigenasa) como parte
del ciclo de Calvin.63 Se dan tres tipos de fotosntesis en las plantas: fijacin del
carbono C3, fijacin del carbono C4 yfotosntesis CAM (siglas de la expresin
inglesa Crassulacean acidic metabolism). Esos tipos difieren en la va que
sigue el CO2 en el ciclo de Calvin, con plantas C3 que fijan el CO2 directamente
mientras que las fotosntesis C4 y CAMincorporan el CO2 primero en otros
compuestos como adaptaciones para soportar la luz solar intensa y las
condiciones secas.
En las procariotas fotosintticas los mecanismos de la fijacin son ms
diversos. El CO2 puede ser fijado por el ciclo de Calvin y tambin por el ciclo de
Krebs inverso65 o la carboxilacin de la acetil-CoA.66 67 Los quimioauttrofos
tambin pueden fijar el CO2 mediante el ciclo de Calvin pero utilizan la energa
de compuestos inorgnicos para llevar a cabo la reaccin.

2. Carbohidratos
En el anabolismo de los carbohidratos se pueden sintetizar cidos orgnicos
simples desde monosacridos como la glucosa y luego polisacridos como
el almidn. La generacin de glucosa a partir de compuestos como el piruvato,
el cido lctico, el glicerol y los aminocidos se denomina gluconeognesis. La
gluconeognesis transforma piruvato en glucosa-6-fosfato a travs de una serie
de intermediarios, muchos de los cuales son compartidos con la gluclisis. Sin
embargo, esa ruta no es simplemente la inversa de la gluclisis puesto que
varias etapas son catalizadas por enzimas no glucolticas, un hecho importante
a la hora de evitar que ambas rutas estn activas a la vez y den lugar a un ciclo
ftil.

3. cidos grasos, isoprenoides y esteroides

Los cidos grasos se sintetizan a partir de la polimerizacin y la reduccin de

unidades de acetil-CoA y sus cadenas acilo se extienden a travs de un ciclo
de reacciones que agregan el grupo acetilo, lo reducen a alcohol,
lodeshidratan a un grupo alqueno y luego lo vuelven a reducir a un
grupo alcano. Las enzimas de la sntesis de cidos grasos se dividen en dos
grupos: en los animales y los hongos las reacciones de la sntesis son llevadas
a cabo por una sola protena multifuncional de tipo I 77 mientras que en
los plstidos de las plantas y en las bacterias son las enzimas de tipo II por
separado las que llevan a cabo cada etapa de la ruta.
Los terpenos y los isoprenoides son clases de lpidos que incluyen
carotenoides y forman la familia ms amplia de productos naturales de las
plantas.80 Esos compuestos son sintetizados por la unin y modificacin de
unidades deisopreno donadas por los precursores reactivos pirofosfato de
isopentenilo y pirofosfato de dimetilalilo.81 Los precursores pueden ser
sintetizados de diversos modos. Por ejemplo, en los animales y las arqueas se
sintetizan a partir de acetil-CoA, en una ruta metablica conocida como va del
mevalonato82 mientras que en las plantas y las bacterias la sntesis se realiza a
partir de piruvato y gliceraldehdo 3-fosfato como sustratos, en una va
conocida como va del metileritritol fosfato. Una reaccin que usa esos
donadores isoprnicos activados es la biosntesis de esteroides. En ese caso,
las unidades de isoprenoides forman uniones covalentes para
generar escualeno, que se pliega para formar una serie de anillos que dan
lugar a una molcula denominada lanosterol. Luego el lanosterol puede ser
transformado en esteroides como el colesterol.

1. Protenas
Los organismos difieren en su capacidad para sintetizar los veinte aminocidos
conocidos. Las bacterias y las plantas pueden sintetizar los veinte pero los
mamferos solo pueden sintetizar los diez aminocidos no esenciales. 18Por
ende, los aminocidos esenciales deben ser obtenidos del alimento. Todos los
aminocidos son sintetizados por intermediarios en la gluclisis y el ciclo de
Krebs. El nitrgeno es obtenido por el cido glutmico y la glutamina. La
sntesis de aminocidos depende de la formacin apropiada del cido alfa-ceto,
que luego es transaminado para formar un aminocido.
Los aminocidos se sintetizan en protenas al ser unidos en una cadena
por enlaces peptdicos. Cada protena posee una secuencia nica e irrepetible
de aminocidos, la que se conoce como su estructura primaria. Los
aminocidos pueden formar una gran variedad de protenas segn la secuencia
presente en la protena. Las protenas estn constituidas por aminocidos que
han sido activados por la adicin de un ARNt a travs de un
enlace ster.86 Entonces, el aminoacil-ARNt es un sustrato para el ribosoma,
que va aadiendo los residuos de aminocidos a la cadena proteica sobre la
base de la secuencia de informacin que va leyendo el ribosoma en una
molcula de ARN mensajero.

2. Sntesis de nucletidos
Los nucletidos se sintetizan a partir de aminocidos, dixido de carbono
y cido frmico en rutas que requieren una cantidad mayor de energa
metablica.88 89 En consecuencia, casi todos los organismos poseen un sistema
eficiente para resguardar los nucletidos preformados. 88 90 Las purinas se
sintetizan como nuclesidos (bases unidas a ribosa). Tanto la adenina como
la guanina son sintetizadas a partir de un precursor nuclesido, la inosina
monofosfato,
que
se
sintetiza
a
partir
de
tomos
de
los
aminocidos glicina, glutamina y cido asprtico; lo mismo puede decirse
del HCOO, que es transferido desde la coenzima tetrahidrofolato.
Las pirimidinas, en cambio, se sintetizan a partir del cido ortico, que a su vez
es sintetizado a partir de la glutamina y el aspartato.

3. Biosntesis de metabolitos secundarios

La serie de procesos metablicos implicados en las funciones vitales de los

organismos se denomina metabolismo primario. Por otro lado, existe un
conjunto
de reacciones
bioqumicas que
conforman
el
denominado metabolismo secundario, el que se produce de forma paralela al
metabolismo primario. Los compuestos orgnicos producidos (metabolitos
secundarios) no desempean un papel directo en el crecimiento o la
reproduccin de los seres vivos sino que cumplen funciones complementarias
de las vitales entre las que figuran comunicacin intraespecfica e
interespecfica (como en el caso de los pigmentos aposemticos y
los aleloqumicos), proteccin contra condiciones de estrs ambiental
( como radiacin, congelacin, sequa y estrs salino) y ataque de
depredadores,
patgenos
o
parsitos
(como
en
el
caso
de fitotoxinas, antibiticos yfitoalexinas). Las principales rutas metablicas
secundarias son las rutas del mevalonato y 5-fosfono-1-desoxi-D-xilulosa,
la ruta del acetato-malonato, la ruta del cido shikmicoy las rutas secundarias
de aminocidos.

4. Xenobiticos y metabolismo reductor

Todos los organismos se encuentran expuestos de manera constante a
compuestos y elementos qumicos que no pueden utilizar como alimento y que
seran dainos si se acumularan en sus clulas porque no tendran una funcin
metablica.
Esos
compuestos
potencialmente
dainos
se
llaman xenobiticos.93 Los xenobiticos como las drogas sintticas, los venenos
naturales y los antibiticos son detoxificados por un conjunto de enzimas
xenobiticas-metabolizadoras que en los seres humanos incluyen las citocromo
oxidasas P450, las UDP-glucuroniltransferasas y las glutatin-S-transferasas.
Ese sistema de enzimas acta en tres etapas. En primer lugar, oxida los
xenobiticos (fase I) y luego conjuga grupos solubles al agua en la molcula
(fase II). El xenobitico modificado puede ser extrado de la clula por
exocitosis y, en organismos pluricelulares, puede ser ms metabolizado antes
de ser excretado (fase III). Enecologa esas reacciones son particularmente
importantes por la biodegradacin microbiana de agentes contaminantes y
la biorremediacin de tierras contaminadas. Muchas de esas reacciones
microbiticas son compartidas con organismos pluricelulares pero debido a su
mayor biodiversidad los microbios son capaces de tratar con un espectro de
xenobiticos ms amplio que el que pueden manejar los organismos
pluricelulares; los microbios pueden llegar a degradar incluso agentes
contaminantes como los compuestosorganoclorados.

Un problema relacionado con los organismos aerobios es el estrs

oxidativo.99 Sin embargo, una bacteria estresada podra ser ms efectiva para
la degradacin de esos contaminantes.100
Los procesos como la fosforilacin oxidativa y la formacin de enlaces
disulfuro durante el plegamiento de protenas producen especies reactivas del
oxgeno como el perxido de hidrgeno. Esos oxidantes lesivos son
neutralizados por metabolitos antioxidantes como el glutatin y por enzimas
como las catalasas y lasperoxidasas.
Un ejemplo de metabolismo xenobitico es la depuracin de los frmacos por
el hgado, como puede verse en el diagrama adjunto

AGRADECIMIENTO