Evolutionary change of amino acid sequences

Before the investigation of rapid methods of DNA sequencing in 1977 (Maxam and Gilbert 1977;
Sanger et al. 1977), most studies of moleculer evolution were conducted by using amino acid
sequence data. Although amino acid sequencing was time consuming and error prone. Some
important principles of moleculer evolution, such as evolution by gene duplication (Ingram 1963;
Ohno 1970) and the moleculer clock (Zuck ezkandl and Pauling 1962; Margoliash (1963), were
discovered by the study of amino acid sequence data. At the present time, DNA sequencing is
much simpler than amino acid sequencing, and amino acid sequences are usually deduced from
nucleotide sequences by using the genetic code. However, amino acid sequences are still useful
for evolutionary studies; they are more conserved than DNA sequences and this provide useful
information on long-term evolution of genes or species. They are also almost indispendable for
aligning DNA sequences of protein-coding genes. Futhermore, the mathematical model of
evolution changes of amino acid sequences is much simpler than that of DNA sequences. For
these reasons, we first consider the evolutionary change of amino acid sequences.
The primary purpose of this chapter is to present statistical methods for measuring the
evolutionary distance between two amino acid sequences. Evolutionary distances are
fundamental for the study of protein evolution and are useful for constructing phylogenetic trees
and estimation of divergence times. In the case of amino acid sequence data, the distance is
usually measured by the number of amino acid substitutions, but there are several different
measures, depending on the assumptions made.
TRANSLATE
perubahan evolusioner dari sekuens asam amino
Sebelum penyelidikan metode cepat sekuensing DNA pada tahun 1977 (Maxam dan Gilbert
1977;. Sanger et al 1977), kebanyakan studi evolusi molekuler dilakukan dengan menggunakan
asam amino urutan data. Meskipun asam amino sequencing adalah memakan waktu dan rawan
kesalahan. Beberapa prinsip penting dari evolusi molekuler, seperti evolusi oleh duplikasi gen
(Ingram 1963; Ohno 1970) dan jam molekuler (Zuckerkandl dan Pauling 1962; Margoliash
(1963), ditemukan oleh studi dari urutan asam amino Data Pada saat ini. , DNA sequencing jauh
lebih sederhana daripada sekuensing asam amino, dan urutan asam amino biasanya disimpulkan
dari urutan nukleotida dengan menggunakan kode genetik Namun, sekuens asam amino masih
berguna untuk studi evolusi;. mereka lebih lestari dari urutan DNA dan ini memberikan manfaat
informasi tentang evolusi jangka panjang dari gen atau spesies. Mereka juga hampir sangat
diperlukan untuk menyelaraskan urutan DNA dari gen penyandi protein. Selanjutnya, model
matematika perubahan evolusi sekuens asam amino lebih sederhana dibandingkan dengan
urutan DNA. untuk alasan ini , kita pertama mempertimbangkan perubahan evolusioner dari
urutan asam amino.
Tujuan utama dari bab ini adalah untuk menyajikan metode statistik untuk mengukur jarak
evolusi antara dua sekuens asam amino. jarak evolusi merupakan dasar untuk studi evolusi
protein dan berguna untuk membangun pohon filogenetik dan estimasi kali divergence. Dalam
kasus asam amino urutan data, jarak biasanya diukur dengan jumlah substitusi asam amino,
tetapi ada beberapa langkah yang berbeda, tergantung pada asumsi yang dibuat.