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Agent Infectieux Cours n10

Jeudi 31Janvier
Pr Marie-Hlne NICOLAS-CHANOINE
Ronotypeuse : Aude DE VALS
Ronolectrice : Amina DEBBAH

Cours n10

Gntique Bactrienne : les changes


gntiques, volution, plasticit des gnomes
bactriens

Dsol si les diapos ne sont pas trs visibles. La prof a eu la bonne ide de mettre un fond
bleu sur la plus part

Sommaire
Introduction
I/ Evolution et Biodiversit
1- Caractristiques des Mutations
2- Consquences des Mutations

II/ Evolution via lAcquisition Transversale dInformation Gntique


1- La Transformation
2- La Transduction
3- La Conjugaison

III/ Elments Contribuant la Plasticit Bactrienne


1- Les Squences dInsertion et Les Transposons
2- Les Intgrons

Conclusion

Introduction
Rappel : les bactries sont des cellules procaryotes, ce qui veut dire quelles nont pas de
noyau.
Par rapport aux cellules eucaryotes qui sont les cellules qui donnent les tissus, elles nont
pas de membrane nuclaire, quun seul chromosome (certaines bactries en possdent 2
mais cest extrmement rare), et elles ne se divisent pas par mitose mais par scissiparit
(expliqu plus tard). Elles nont pas de systme respiratoire telles que les mitochondries car
la respiration se fait via les membranes cytoplasmiques et la synthse des protines se fait
uniquement grce aux ribosomes.

Ces caractristiques de la cellule procaryote va avoir une influence sur la plasticit des
bactries.
Les bactries existent depuis des milliards dannes et ont un anctre commun avec
lhomme car quand on compare leurs gnomes on observe quil y a des gnes conservs.
Les bactries ont une capacit dadaptation lenvironnement puisquil existe des bactries
vivant dans des milieux froids comme les eaux des glaciers ou au contraire dans les eaux
chaudes. Elles ont en particulier une capacit dadaptation au monde animal, qui inclue
lhomme.
Chez lhomme il y a 1014 bactries ce qui reprsente 10 fois plus que les cellules composant
nos tissus ! Il y a donc plus de bactries dans notre organisme que de cellules qui nous
constituent.

La division des bactries se fait par scissiparit (diffrent dune reproduction sexuelle) : une
bactrie va donner en 2 autres, qui vont elles mmes en donner 2 autres etc. Il sagit dune
division exponentielle. Les bactries qui nous intressent dans le monde mdical se divisent
toutes les 20 minutes en moyenne (entre 17min jusqu 33heures, 22h par exemple pour les
mycobactries). La rplication qui a alors lieu quand la bactrie se copie peut tre source
derreurs et donc des mutations qui sont la base de lvolution et de la biodiversit chez les
bactries.

I/ Evolution et Biodiversit
Quand lADN bactrien se rplique, il est transcrit en ARN messager qui est lui mme traduit
en protine.
Il y a dans ces protines formes, 1 acide amin erron pour 10 000 acides amins corrects,
donc un taux derreurs de lordre de 10-5.
La bactrie est pourvue denzymes qui vont dgrader les protines inintressantes mais
cest sur cette base l quil va y avoir ensuite possibilit dvolution chez les bactries. En
effet, dans les protines errones au dpart, il y en a qui vont servir faire des mutants qui
vont pouvoir sadapter lenvironnement.
Les erreurs peuvent galement se faire au moment de la rplication de lADN, mais en moins
grand nombre avec un taux derreurs de 10-10.

1- Caractristiques des Mutations

Rares pour maintenir la conservation de lespce, mais quantifiables : le taux de


mutation se dfinit comme la probabilit pour une bactrie de muter (pour un caractre
dfini) pendant lunit de temps de gnration cest dire pendant la rplication. Elles se
produisent des taux variables : des souches hypermutatrices ont t rcemment
mises en vidence (lerreur de lADN ne se fera pas a 10-10 mais 10-7 et il y aura donc
1000 fois plus derreurs. Ces erreurs pourront tre considres comme favorables aux
bactries parce qu partir de l il va pouvoir y avoir dans lenvironnement une slection
de mutants). La dgnrescence du code gntique est donc la base fondamentale de
ladaptabilit et de la biodiversit des bactries.

Spontanes puisque lies une mauvaise rplique de lADN. Ainsi, les bactries
mutantes prexistent dans la population bactrienne lagent slecteur.
Exemple des antibiotiques : de la mme faon quun choc thermique va provoquer un
stress chez la bactrie, les antibiotiques crent des stress. Cela va entraner lactivation
de gnes normalement silencieux qui va aboutir la synthse de protines qui vont
dtruire et modifier lADN pour essayer de le rparer. Il va donc y avoir une activation de
la rplication chez les bactries en situation de stress, ce qui va favoriser la survenue
derreurs et donc de mutations .
Lantibiotique cre donc un stress, qui va agir sur la modification de lADN et donc
favoriser lapparition de mutants.

Discontinues dans le sens o la mutation survient ou ne survient pas, en suivant la loi


du tout ou rien. On peut cependant observer des mutations successives, notamment
chez les souches hypermutatrices.
Exemple de Mycobacterium Tuberculosis : pathogne strict, trs difficile traiter car il
sagit de bactries trs impermables. Le premier antibiotique qui a t utilis dans
lhistoire du traitement de la tuberculose a t la streptomycine.

On a dtect chez des gens en cours de traitement des slections de souches


devenues rsistantes la streptomycine. En regardant le taux de mutations, on a vu
quil tait de 10-6 (donc beaucoup plus lev quen temps normal o il est de 10-10). Ceci
tait li la prsence de souches hypermutatrices.
Ainsi, quand on va mettre en contact la population bactrienne o prexiste un mutant
rsistant la streptomycine avec la streptomycine, cela va tuer toutes les bactries
sensibles tandis que le mutant rsistant va lui pouvoir se multiplier (rplication et donc
mutations ++). Au sein de cette population rsistante la streptomycine, il va de la
mme faon se dvelopper dautres mutants rsistant la ryfampicine (puisquil y a de
la rplication provoque par le stress antibiotique), et dont le taux de mutations est de
10-8. Mais la probabilit quil y ait dans une population bactrienne une souche
rsistante aux 2 antibiotiques est de 10-6 + 10-8 = 10-14, cest dire quil faudrait 1014
bactries/mL dans le foyer infect pour quil y ait un mutant, ce qui nest pas possible
(maximum 108/1010 bactries par mL). Ainsi a t propos pour la tuberculose, au
regard de la prsence dhypermutateurs la streptomycine et la ryfampicine, des
bithrapies. Cela vite de slectionner des mutants.
Cependant on a aujourdhui des souches de M. Tuberculosis rsistantes aux 4 majeurs
antibiotiques utilises pour cette maladie. Ceci est du au fait que les gens nont pas pris
correctement leur traitement et cest pourquoi on peut avoir des personnes qui vont
dvelopper une primo-infection avec une souche multi-rsistante.

Stables : le caractre acquis par mutation est transmissible la descendance. Il peut se


maintenir mme en labsence de lagent slecteur pendant un certain temps, si la

mutation confre un avantage la bactrie. Il existe cependant des mutations reverse


qui disparaissent au cours du temps si elles ne sont pas utiles la survie de la bactrie.
Les souches sauvages reprennent le dessus (au bout dun certain temps) en labsence
de lagent slecteur (contradictoire mais cela cote de lnergie la cellule de fabriquer
des protines mutantes).

2- Consquences des Mutations


Il peut y avoir des mutations dans des gnes codant qui ne vont rien entraner, cest ce
quon appelle les mutations silencieuses. Un nuclotide est remplac par un autre mais
cela ne va pas changer la squence dacides amins (rappel : plusieurs codons codent pour
un mme aa). Cela va donner de la variabilit gntique mais pas phnotypique.
Une mutation peut entraner un dcalage dans le cadre de lecture avec apparition dun
codon stop par exemple, ou cause dune dltion (disparition dun bout de gne) : le
produit form est non fonctionnel et donc dtruit.
Enfin, il y a des mutations qui conservent le cadre lecture mais qui fabriquent des aa
nouveaux, ce qui donne lieu une nouvelle protine pouvant favoriser ou non la survie de la
bactrie. Cest ce qui permet la biodiversit.

II/ Evolution via lAcquisition Transversale dInformation Gntique


Il existe dautre moyens pour la bactrie dacqurir de linformation gntique.

1- La Transformation

Cest le transfert dun fragment dADN nu dune bactrie donatrice une bactrie rceptrice.
Pour que cela soit possible, un caractre de comptence est ncessaire. Des facteurs de
comptence prsents dans lenvironnement vont se fixer sur des rcepteurs de la membrane
de la bactrie comptente. Ceci va induire la production dautolysines (modifient la
membrane et la rendent permable) et de nuclases (permettent de couper le gnome pour
lintgration de lADN extrieur). Le fragment dADN extrieur va ainsi se fixer sur les
complexes autolysine-nuclase, rentrer dans la bactrie o il va tre dgrad en ADN simple
brin pour tre finalement intgr son gnome.
Cest un phnomne qui a t dcrit chez le Pneumocoque. En effet on a vu apparatre
autour des annes 85 des pneumocoques dits de sensibilit rduite la pnicilline. Chaque
antibiotique vise un lment biologique indispensable la vie bactrienne et pour la
pnicilline il sagit de Protines dites Liants la Pnicilline ou PLP, qui sont accroches
dans la membrane cytoplasmique et vont permettre la synthse du peptide 2 glycane.
Cest dans la gorge que lon va retrouver le pneumocoque, et cest galement le sige de
nombreux streptocoques comme par exemple streptococcus mitis.
Chez les souches de sensibilit rduite la pnicilline, on a ce quon appelle une structure
ou un gne mosaque. Quand on a fait la squence du gne codant pour la PLP chez les
pneumocoques rsistants, on a dcouvert quil y avait des fragments de squence provenant
de streptocoques. Le pneumocoque est en effet une bactrie comptente qui a laiss rentrer
de lADN provenant de streptocoque, ce qui a entran des recombinaisons entre les gnes
codant pour les PLP des pneumocoques et ceux des streptocoques. Cette protine
recombine reste fonctionnelle pour le pneumocoque mais nest pas reconnue par la
pnicilline, do lapparition de pneumocoques rsistants.
Anecdote : on sait fabriquer au laboratoire des cellules dites comptentes pour leur intgrer
de lADN : soit par traitement chimique au chlorure de calcium (on casse la membrane pour
la rendre permable) soit par des chocs lectriques (lectroporation).

2- La Transduction
Cest un transfert dinformation gntique qui est apport par un phage (=virus des
bactries). Ce virus a 2 possibilits : soit il fait un cycle lytique soit un cycle lysognique.
On a un attachement du phage la bactrie dans laquelle il va faire rentrer son gnome (qui
peut tre de lARN ou de lADN) qui va circuler dans la bactrie.
2 choses sont alors possibles :
-

soit ce gnome va sintgrer dans le chromosome de la bactrie et il sera rpliqu avec


lADN de la bactrie au moment de la rplication. Cest le cycle lysognique. Il peut
cependant se produire un vnement x qui va induire une excision de lADN phagique
qui stait recombin avec le chromosome de la bactrie ce qui conduit un cycle lytique
qui peut se faire demble.
lADN du phage va tre transcrit et permettre la synthse de protines pour la production
de nouveaux virus. Lorsque cet ADN est excis il peut emmener avec lui un bout de
gnome bactrien et donc, en rinfectant une autre bactrie, lui confrer des proprits
nouvelles.

Les phages virulents ont un cycle lytique car ils dtruisent les bactries, tandis que les
phages dits temprs ont un cycle qui comporte une phase lysogne puis une phase lytique.
La phase lysogne entrane des modifications importantes :
- elle induit un tat dimmunit : le fait que lADN phagique soit intgr dans le gnome
empche que dautres phages viennent infecter la bactrie.
- cela peut permettre lexpression de gnes si le virus a apport des lments dune autre
bactrie donnant des nouveauts phnotypiques.
Par exemple les salmonelles possdent des antignes bactriens apports par des phages.
Il peut aussi y avoir libration de toxines comme la toxine diphtrique, le botulisme,
lerythrogne streptococcique, les entrotoxines des staphylocoques
(La scarlatine est une angine provoque par un streptocoque o une toxine est produite due
une infection par un phage. Ainsi tous les streptocoques peuvent donner une angine, mais
seuls ceux qui auront intgr dans leur gnome le gne de cette toxine erythrogne
apporte par un phage pourront donner la scarlatine).

3- Conjugaison
Cest le transfert dinformation gntique via les plasmides.
Les plasmides sont des lments extra-chromosomiques qui sont capables de se rpliquer.
Ce sont des morceaux dADN bicatnaire, circulaire, prsents dans lenvironnement.

En 1959 lors dune pidmie au japon, on a dcouvert que le caractre multi-rsistant de


Shigella Dysenteriae tait du aux plasmides. En effet si on retirait le plasmide, la bactrie
perdait cette rsistance.
La prsence de plasmides (en extra-chromosomique donc) confre la bactrie des
caractres phnotypiques majeurs :
-

une rsistance aux antibiotiques (plus de 90% des rsistances aux antibiotiques sont
portes par des plasmides !)
une rsistance aux mtaux lourds (composs mercuriels, sels de plombs)
une production de toxines comme pour E. Coli entropathognes, entrotoxiques,
entroinvasifs ou encore Vibrio Cholerae (bactrie du cholra) dont les souches
pathognes sont celles qui portent un plasmide codant pour une entrotoxine.
Une acquisition de caractres mtaboliques comme lhmolysine, la fibrinolysine des
staphylocoques.

Certains plasmides sont dits conjugatifs, cest dire quils vont pouvoir passer dune
bactrie une autre par un systme de conjugaison. On va prendre lexemple du facteur F
(pour Fertilit) mais ils y a pleins dautres plasmides qui le font.
Le plasmide F est un plasmide un peu particulier car il est capable de sintgrer au
chromosome bactrien.

Lorsque le facteur F est intgr au chromosome bactrien, la bactrie devient Hfr (Haute
Frquence de Recombinaison). Chez Escherichia Coli par exemple, lintgration du facteur F
peut se faire diffrents endroits du chromosome.

Pour pouvoir tre conjugatif, ce plasmide doit :


- avoir des gnes pour sintgrer dans le chromosome,
- fabriquer des pili (pluriel de pilus : ce sont des appendices se situant la surface de
la paroi de nombreuses bactries (wikipdia)) qui sont indispensables la conjugaison
pour amarrer les cellules,
La bactrie qui a intgr le plasmide son chromosome (bactrie Hfr) va amarrer des
cellules bactriennes qui nont pas de plasmide et leur transfrer (grce au plasmide intgr
donc) un bout de chromosome de la bactrie initiale.
Note : la bactrie mle devient femelle quand elle intgre le plasmide son chromosome.

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Un brin dADN est donc transfr tandis que lautre va se rpliquer et on va retrouver une
bactrie Hfr qui aura reconstitu ses 2 brins.
Le brin qui est pass dans lautre bactrie va lui aussi se dupliquer et il y aura un moment
donn des recombinaisons homologues avec le chromosome de la bactrie rceptrice.
Cest donc un moyen pour la bactrie dacqurir dans son chromosome des fragments de
chromosome venant dune autre bactrie.
Tableau Rcapitulatif des 3 mcanismes que les bactries ont acqurir de faon
Transversale de linformation gntique (diapo 27)

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III/ Elments contribuant la plasticit bactrienne


Note : la prof a vraiment speed sur cette partie, surtout pour les intgrons, car elle tait en
retard du coup jai fait ce que jai pu mais dsol si ce nest pas trs clair :s
Ce sont les Squences dInsertion, les Transposons et les Intgrons.

1- Les Squences dInsertion et les Transposons


Une squence dinsertion est un gne qui sappelle transposase avec aux extrmits, des
squences rptes inverses de 12 14 paires de bases. Ces squences dinsertion vont
pouvoir sauter dans le gnome dun endroit un autre.
Il peut y avoir des gnes de rsistance aux antibiotiques qui se sont mis dans ces lments
dinsertion. Cest ce quon appelle les Transposons comme les Transposons Composites
(2 squences dinsertion qui entourent un gne de rsistance).
Une squence dinsertion ou un transposon sinsre nimporte o dans le gnome par
recombinaison homologue et peut donc sinsrer dans un gne. Cela peut entraner :
- un arrt de la transcription dun gne (comme une mutation) ou alors
favoriser lexpression de certains gnes en se mettant en amont de ceux-ci (par lapport
dun promoteur)

2- Les intgrons
Ce sont des structures gntiques spcialises dans lacquisition de gnes de rsistance.
Le gnie gntique des bactries cest la capacit des bactries mettre des cassettes avec
des intgrases dans des intgrons qui vont eux mme se mettre dans les transposons
lesquels vont se mettre dans les plasmides.
Quand on fait des squences de plasmides on est capable de voir linsertion par diffrents
mcanismes (les squences dinsertions, les transposons, les cassettes) dinformation
gntique dans le plasmide.

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Ces informations gntiques qui sont dans le plasmide vont pouvoir un moment donn
passer sur le chromosome, comme vu prcdemment.

Conclusion
Il y a un arsenal doutils gntiques chez les bactries pour assurer leur biodiversit qui est
le garant de leur survie.
La dgnrescence du code gntique est quelque chose de favorable aux bactries et les
outils sont efficaces puisque cela fait des milliards dannes que les bactries ont russi se
diversifier et persister, grce ces lments de plasticit gntique.

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