Universidad de Concepcin

ACTIVIDAD 1:
LECTURA DIRIGIDA SOBRE ESTRUCTURA
DE PROTEINAS

Curso: Biofsica Molecular. Actividades grupales_2016

Depto. Bioqumica y Biologa Molecular
Nombre: Mara Jos Estay Bustamente
Carrera: Bioqumica

1- Rasgos comunes en las protenas que les hacen posible ejecutar

funciones diversas?
Uno de los principales rasgos comunes de las protenas es la estructura comn
que tienen los aminocidos, cada aminocidos presenta los mismo componentes,
que son:
- un grupo amino
- un grupo carboxilo
- un carbono central (carbono alfa)
- una cadena lateral.
La cadena lateral o grupo R es lo que hace que haya aminocidos diferentes, y adems
dependiendo de los grupos funcionales que posea y sus caractersticas fisicoqumicas
ellos cumplen diversas funciones, como por ejemplo:
[] Aminocidos con grupos polares neutros: Estos aminocidos tienen grupos
polares que son ionizables, como grupos hidroxilos que permiten formas puentes de
hidrgeno con los tomos de la cadena principal, y grupos que contienen azufre, que
pueden formar puentes desulfuro (enlace -S-S-), lo que hace posible que las protenas
que los contiene cumpla la funcin de formar partes en los sitios de unin de metales e
interpretar un rol cataltico en sitios activos de enzimas.
[] Aminocidos con grupos cidos: Al tener grupos carboxilos en la cadena lateral,
estn cargadas negativamente a pH fisiolgico, lo que hace posible que interacciones
favorablemente con molculas de solventes y formen interacciones electroestticas con
aminocidos cargados positivamente. Estos aminocidos cumplen la funcin de formar
parte de protenas globulares e interaccionar con los solventes y desempear roles
catalticos en el sitio activo de las enzimas y formar parte de sitios de unin de iones
metlicos.
[] Aminocidos con grupos bsicos:
Aminocidos con grupos con pka bajo se encuentran neutras a ph fisiolgico por lo que
pueden presentarse muy frecuentemente en el sitio activo de enzimas ya que puede
actuar muy eficientemente como catalizador acido-base. Tambin puede actuar como
ligando de iones metlicos en varias familias de protenas.
Aminocidos con carcter bsico ms fuertes se presentas cargados positivamente a
ph fisiolgico y pueden formar interacciones electroestticas con grupos cargados
negativamente de otras aminocidos y tambin juegan un importante rol en las
protenas que unen aniones interaccionando electrostaticamente con los ligandos.
[] Aminocidos con grupos alifticos y aromticos: Tienen una naturaleza
hidrofbicos y son no polares.
Otro rasgo comn entre las protenas es lo aminocidos es que forma enlace
peptdicos, que es un enlace amida producto de la condensacin del grupo amino
de un aminocido con el grupo carboxilo de otro aminocido liberando una
molcula de agua.
Ests cadenas polipeptdicas cumplen importantes funciones bilgicas.

2- La capacidad de estabilizacin de una alfa hlice frente a una hebra

extendida. La estabilidad de una hoja beta paralela frente a una
antiparalela

 La capacidad de estabilizacin de una alfa hlice frente a una hebra

extendida:
La alfa hlice o a-hlice es una de las estructuras secundarias regular, consiste en un
plegamiento en espiral hacia la derecha. La estructura de la alfa hlice se repite cada
5,4 A y tiene 3,6 aminocidos por vuelta.
La alfa hlice son ms estables que la hebra extendida porque los planos de los
enlaces polipeptdicos estn semi paralelos con el eje de la hlice y los dipolos dentro
de la hlice estn alineados, es decir los grupos C=O apunten a la misma direccin y
los grupos N-H hacia la otra, haciendo posible que los grupos C=O y N-H de las
cadenas laterales formen enlaces puentes de hidrgeno con un enlace peptdico 4
residuos por delante, dndole as un ordenamiento estable.
La estabilidad de una hoja beta paralela frente a una antiparalela
La hoja beta o hebra-B es una conformacin que forma un estructura en zigzag en una
conformacin ms extendida que la a-hlice. La estructura de las hebras-B es torcida,
est torsin es a la izquierda y resulta de la rotacin relativa de cada residuo de la
hebra en 30 grados en sentido horario.
Las hojas-b que corren en una direccin son hebras paralelas, mientras que en las
hebras anti-paralelas estas corren en direcciones opuestas. En las hojas mixtas algunas
hebras estn paralelas y otras anti-paralelas.
Las hojas antiparalelas son ms estables que las hojas paralelas, ya que pueden
soportar mayores distorsiones (torsiones y nudos) que las paralelas (que son menos
torcidas), esto es gracias a la geometra de los puentes de hidrogeno.

3- El efecto de la presencia de un residuo de prolina al ser introducido

en la secuencia de una hlice (al comienzo, en el medio y al final).
- Normalmente la planaridad del enlace peptdico es de 180 en casi todos los enlaces
peptdicos de la cadena principal. Al introducir un residuo de prolina en la hlice hace
posible que la planaridad sea solo de 10 para un enlace peptdico cis.
- Los residuos de Prolina inducen una distorsin de alrededor de 20 en la direccin del
eje de la hlice, debido al impedimento estrico originado por su cadena lateral cclica,
lo cual tambin bloquea el tomo de N de la cadena principal y qumicamente previene
su participacin en la formacin de un puente hidrgeno.
- La presencia de residuos de prolina en la hlice causa la ruptura de dos puentes
hidrgenos ya que el grupo NH del residuo siguiente tampoco puede participar en la
formacin de puente hidrgeno.

4- Empaquetamiento de las hlices E y B de mioglobina de esperma de

ballena.
El empaquetamiento de hlice E y B de la mioglobina de esperma de ballena, es un tipo
de empaquetamiento hlice hlice (que es cuando las hlices se empaquetan unas con
otras como una sucesin de hendiduras y montculos), que ocurre de tal forma que los
montculos de la hlices E y B se cruzan entre ellos gracias a un hueco formado por un
par de residuos de glicina, resultando que las hlices E y B estn separadas por alguna
interaxiales poco comunes.

5- El efecto que modificaciones postransduccionales en una protena, tales

como : i)fosforilacin, ii)glicosilacin, iii)acetilaciones, iv) miristoilaciones.
Una modificacin postraduccional de una protena es un cambio qumico ocurrido en
sta despus de su sntesis por los ribosomas. Es uno de los pasos finales de la
sntesis de protenas y, por lo tanto, de la expresin gnica. Muchas protenas no
podran ejercer sus funciones si no sufren estos cambios.
Son muchos los tipos de modificaciones que se pueden encontrar:
fosforilacin: Es la adiccin de grupos fosfato a la protena. Est modificacin
afecta a grupos OH de Ser, Thr y Tyr, ocasionando un incremento notable de
carga negativa en la protena. Es reversible y muy frecuente. La fosforilacin la
realizan las protena-cinasas transfiriendo el grupo del ATP.
glicosilacin: Es la adiccin de glcidos (oligosacridos o glucanos) a la
protena. Se glucosilan protenas que se van a secretar o son de membrana. La
funcin de estos oligosacridos aadidos es:
- favorecer o estabilizar la conformacin final de la protena extracelular o de membrana
- aumentar la vida media de la protena incrementando su estabilidad y su resistencia a
la digestin por las proteasas.
- aumentar la solubilidad en un medio acuoso
- aportar las estructuras que van a reconocer algunos receptores (por ejemplo, los
antgenos)
acetilacin: Se trata de una modificacin covalente pos introduccin de un grupo
acetilo en el amino de un aminocido. Lo ms frecuente es la acetilacin de la
Met del extremo amino (lo que hace que la protena no se pueda secuenciar),
pero tambin puede ocurrir sobre las Lys de las histonas para cambiar su
afinidad por el DNA.
miristoilacin: Es una modificacin irreversible de las protenas por lipidacin
que consisten en la adicin de co-traduccional de un grupo miristoilo en un
residuo de glicina (fig. 5) de la regin amino terminal. La miristoilacin permite
interacciones protena-protena dbiles y protena-lpidos y desempea un papel
esencial en la determinacin del destino de las protenas de membrana, las
interacciones protena-protena e intervienen en varias vas de transduccin de
seales..

6- El efecto de una reduccin de los puentes S-S sobre una protena como
Insulina.
Un enlace disulfuro, puente disulfuro o enlace S-S (enlace azufre-azufre) es un enlace
covalente fuerte entre grupos tiol (-SH) de dos cistenas. Este enlace es muy importante
en la estructura, plegamiento y funcin de las protenas. Al reducir o romper los puentes
disulfuro de una protena implica la desnaturalizacin de las estructura terciaria de la
protena. La reduccin de los puentes disulfuro de la insula, es necesaria para su
degradacin en el hgado.,

7- Interacciones entre oligmeros con estructura cuaternaria.

Los oligomeros son protenas de estructura cuaternaria que contienen multiples
cadenas de polipeptidos.

8- Las interacciones protena protena y el rol del solvente.

Con interacciones protena-protena se refiere a la asociacin de protenas y son
importantes en muchos procesos biolgicos. Las protenas pueden interactuar durante
mucho tiempo para formar parte de un complejo protenico; o pueden transportar a otra
protena, o pueden interactuar brevemente con otra protena para modificarla.
- El rol del solvente es lograr que la protena presente una capa de solvatacin formada
por el agua de hidratacin, que es el agua retenida por las cargas elctricas de la
superficie de las protenas. Esto ocurre en disolucin acuosa cuando los residuos
hidrofbicos de las protenas se acumulan en el interior de la estructura, mientras que
en la superficie aparecen diversos grupos con carga elctrica, en funcin del pH del
medio..
Cualquier factor que modifique la interaccin de la protena con el disolvente disminuir
su estabilidad en disolucin y provocar la precipitacin.

La estructura de las protenas esta estabilizada por diferentes tipos de enlaces, como
enlaces covalentes (enlace peptdico, enlace por puentes disulfuro), enlaces por
puentes de hidrgeno (interacciones dipolo-dipolo), interacciones hidrofbicas, enlaces
salinos (interacciones electrostticas) o las fuerzas de los contactos de Van der Waals.
Todos estos tipos de enlaces juegan un importante papel en la estabilizacin de la
estructura tridimensional de las protenas.
La fuerza de atraccin de los diferentes enlaces que intervienen en la estabilizacin de
las protenas se expresa en kcal/mol, y corresponde a la energa liberada al formar el
enlace, o la energa que debe suministrarse para romper el enlace que es:
Tipo de enlace
Fuerza (kcal/mol)
Covalente
-50 a 100
Inico o salino
-1 a 80
Puentes de Hidrgeno
-3 a 6
Van der Waals
-0,5 a 1
Hidrofbico
-0,5 a 3
Un ejemplo de un pptido de 12 aminocidos pertenecientes a la estructura de la
quimotripsina (desde la glicina193 a la asparragina204), servir para ilustrar los
diferente tipos de enlaces que se dan para estabilizar la estructura de las protenas. La
quimotripsina est formada por cuatro cadenas polipeptdicas (A, B, C, D). X
El esqueleto polipeptdico se representa en color azul, mientras que las cadenas
laterales de los aminocidos se representan con los colores tpicos C , H, N, O, P, S X
Enlaces por puente disulfuro
Este tipo de enlaces se establece al oxidarse dos cistenas para formar una cistina,
unin de los dos azufres. Este tipo de uniones se conocen con el nombre de puentes
disulfuro. -CH2-S-S-CH2-.
Por ejemplo el puente disulfuro entre la Cys201 y la Cys136. X
Enlaces salinos
Los aminocidos bsicos y cidos de las protenas presentan a pHs fisiolgicos carga.
Al poderse encontrar en el esqueleto polipeptdico aminocidos cidos (Glu y Asp) que
presentan carga negativa; y aminocidos bsicos (His, Lys, Arg) que presentan carga
positiva; hay distintas regiones de las protenas con carga opuesta que se atraen por
fuerzas electrostticas, interacciones que se conoce con el nombre de enlace salino.
Los aminocidos que presentan carga en su cadena lateral se suelen localizar ms en
la parte exterior de la protena, que en el interior de la misma, en esta localizacin se
encuentran mayoritariamente los aminocidos hidrofbicos.

Aunque es raro encontrar aminocidos cargados en el interior de la protena, si estn,

juegan un papel importante ya que la distancia y fuerza de este tipo de enlace se
aproxima a los valores del enlace covalente (2,8 ).
En el modelo propuesto como ejemplo, el grupo cido de la cadena lateral del Asp194
interacciona con el grupo amino terminal de la cadena B, corresponiente a una Ile16. X
Los grupos cargados normalmente se encuentran en la superficie de la protena, y
determinan el correcto plegamiento de la protena al poder interaccionar con el agua de
solvatacin. Las molculas de agua interaccionan con las cargas de las cadenas
laterales (o grupo amino y carboxilo terminal). Son ejemplos de este tipo de interaccin
las Lys202 y Lys203 con las molculas de agua de solvatacin. X
Plegamientos ricos en puentes disulfuros, protenas pequeas
A continuacin se muestran unos pocos ejemplos de la familia de dominios ricos en
puentes disulfuros. Algunas protenas pequeas necesitan mantener su estructura
tridimensional muy estable, pero no poseen el numero de elemento de estructura
secundaria necesario para tal estabilizacin, para ello incorporan puentes disulfuros,
enlaces covalentes entre residuos de csteina conformacionalmente cercanos, que
acerca y estabiliza zonas distantes de la protena. Los miembros de esta familia
contienen un gran nmero de puentes hidrogeno que estabilizan su plegamiento, la
estabilizacin de los elementos de estructura secundaria y de la protena misma
depende del alto nmero de puentes disulfuros.
Por otra parte, los puentes de hidrgeno tambin estn implicados en el mantenimiento
de la estructura de las protenas. Estos puentes de hidrgenos se pueden romper
fcilmente por tratamiento con calor. Del mismo modo al caso anterior, la modificacin
de la estructura de la protena por rotura de los puentes de hidrgeno puede modificar
la actividad del enzima
PRECIPITACIN SELECTIVA DE LAS PROTENAS
El agua es el disolvente biolgico por excelencia. En disolucin acuosa, los residuos
hidrofbicos de las protenas se acumulan en el interior de la estructura, mientras que
en la superficie aparecen diversos grupos con carga elctrica, en funcin del pH del
medio (Figura de la izquierda). En torno a los grupos cargados, los dipolos del agua se
orientan conforme a la carga elctrica de cada grupo, de tal manera que la protena
presenta una capa de solvatacin formada por el agua de hidratacin, que es el agua
retenida por las cargas elctricas de la superficie de las protenas (En color rojo en la
Figura superior derecha). Los AA polares sin carga tambin se disponen en la
superficie, donde interaccionan con el agua mediante puentes de hidrgeno (Figura
superior izquierda).
Cualquier factor que modifique la interaccin de la protena con el disolvente disminuir
su estabilidad en disolucin y provocar la precipitacin. As, la desaparicin total o
parcial de la envoltura acuosa, la neutralizacin de las cargas elctricas de tipo
repulsivo o la ruptura de los puentes de hidrgeno facilitar la agregacin intermolecular
y provocar la precipitacin. La precipitacin suele ser consecuencia del fenmeno
llamado desnaturalizacin.

Se llama desnaturalizacin de las protenas a la prdida de las estructuras de orden

superior (secundaria, terciaria y cuaternaria), quedando la cadena polipeptdica
reducida a un polmero estadstico sin ninguna estructura tridimensional fija (Figura
inferior).
Estado nativo
Estado desnaturalizada
Cuando la protena no ha sufrido ningn cambio en su interaccin con el disolvente, se
dice que presenta una estructura nativa. Cualquier alteracin de la estructura nativa que
modifique su interaccin con el disolvente y que provoque su precipitacin dar lugar a
una estructura desnaturalizada. En una protena cualquiera, la estructura nativa y la
desnaturalizada tan slo tienen en comn la estructura primaria, es decir, la secuencia
de AA que la componen. Los dems niveles de organizacin estructural desaparecen en
la estructura desnaturalizada.
La desnaturalizacin provoca diversos efectos en la protena:
cambios en las propiedades hidrodinmicas de la protena: aumenta la viscosidad y
disminuye el coeficiente de difusin
una drstica disminucin de su solubilidad, ya que los residuos hidrofbicos del interior
aparecen en la superficie
prdida de las propiedades biolgicas
Una protena desnaturalizada cuenta nicamente con su estructura primaria. Por este
motivo, en muchos casos, la desnaturalizacin es reversible. El proceso mediante el
cual la protena desnaturalizada recupera su estructura nativa se llama renaturalizacin.
estructura primaria la que contiene la informacin necesaria y suficiente para adoptar
niveles superiores de estructuracin. Esta propiedad es de gran utilidad durante los
procesos de aislamiento y purificacin de protenas, ya que no todas la protenas
reaccionan de igual forma ante un cambio en el medio donde se encuentra disuelta. En
algunos casos, la desnaturalizacin conduce a la prdida total de la solubilidad, con lo
que la protena precipita. La formacin de agregados fuertemente hidrofbicos impide
su renaturalizacin, y hacen que el proceso sea irreversible.
Los agentes que provocan la desnaturalizacin de una protena se llaman agentes
desnaturalizantes. Se distinguen agentes fsicos (calor) y qumicos (detergentes,
disolventes orgnicos, pH, fuerza inica). Como en algunos casos el fenmeno de la
desnaturalizacin es reversible, es posible precipitar protenas de manera selectiva
mediante cambios en:
(1) la polaridad del disolvente
(2) la fuerza inica
(3) el pH
(4) la temperatura

Cuando la temperatura es elevada aumenta la energa cintica de las molculas con lo

que se desorganiza la envoltura acuosa de las protenas, y se desnaturalizan.
Asmismo, un aumento de la temperatura destruye las interacciones dbiles y
desorganiza la estructura de la protena, de forma que el interior hidrofbico
interacciona con el medio acuoso y se produce la agregacin y precipitacin de la
protena desnaturalizada
Mecanismo de desnaturalizacin proteica: Definicin: un proceso o secuencia de
procesos Nativo Desnaturalizado Nativo: Bajo ciertas condiciones de pH y temperatura
cada polipptido asume una conformacin especfica. Corresponde a: Una estructura
termodinmicamente estable y Un sistema organizado con mnima energa libre. La
conformacin nativa esta relacionada con la: Polaridad Hidrofobicidad Impedimento
estrico. Estado nativo es termodinmicamente ms estable Cambios en entorno: (pH,
fuerza inica, temperatura, composicin, disolvente, etc.) Provocan que la molcula
asuma nueva estructura (adaptabilidad conformacional). Cambios en estructura
cuaternaria, terciaria y secundaria sin afectar la estructura primaria. Dependiendo de
las condiciones las protenas asumen algunos estados desnaturalizados. Nativo
Desnaturalizado Consideraciones termodinmicas. El plegamiento de una protena
depende de muchos factores: Intrnsecos: estructura primaria, presencia de puentes
disulfuro, interacciones electrostticas, interacciones hidrofbicas. Extrnsecos:
polaridad del medio, fuerza inica, pH, temperatura, presencia de otros compuestos. La
estructura de una protena nunca es esttica, est sujeta a un equilibrio donde
intervienen estos factores. Proceso de desnaturalizacin de Protenas, Difcil conocer
por complejidad de interacciones de fuerzas que estn involucradas en la determinacin
de la estructura de la protena. Sin embargo, se han elaborado algunos modelos para
tratar de describir este proceso: Un modelo basado en esta idea es el modelo del
Estado de glbulo fundido (= molten globule state): Propone prdida casi inmediata de
la estructura cuaternaria y terciaria pero conservando la estructura secundaria, que se
pierde gradualmente en cada etapa metaestable.
DESNATURALIZACION DE PROTENAS Factores fsicos Temperatura: calor y fro
Presiones hidrostticas Factores qumicos cidos y lcalis (pH) Disolventes
orgnicos Detergentes Sales Calor VARIABLES: Temperatura, Velocidad y tiempo
de calentamiento. Todo alimento procesado pasa por alguna etapa de tratamiento
trmico. Aumenta energa cintica de toda la protena. Se debilitan interacciones
electrostticas ms dbiles (inicas), se pierde este importante soporte. Calor
Desestabilizacin de interacciones no covalentes: 1.Puentes de Hidrogeno en interior
de protena, interacciones electrostticas y Van der Waals (exotrmicas). Perdida de
estabilidad a altas temperaturas y viceversa. 2.Hidrofbicas: estables a altas
temperaturas 60 70C y poco estables a bajas temperaturas. (endotrmicas).
Perfiles de desnaturalizacin trmica: A.Cambio brusco al pasar temperatura crtica
(temperatura de desnaturalizacin o molting point) B.Cambio gradual de las
propiedades C.Prdida progresiva con cambios bruscos ocasionales [A] [B] [C] C C
C Posibles consecuencias de tratamiento trmico: Prdida estructura terciaria y/o
cuaternaria afecta actividad de enzimas. Prdida de solubilidad, provoca
floculacin de protena (agregacin y precipitacin) Caractersticas estructurales que
protegen a protena de desnaturalizacin trmica: Tamao: Protenas pequeas
ms resistentes que grandes Puentes disulfuro: Interacciones covalentes Poco
afectados por incremento de temperatura) confieren rigidez a la estructura de la
protena) Hidrofobicidad: Protenas con ms residuos hidrofbicos (Phe, Val, Ala,

Thr) ms estables a cambios de temperatura que otras ricas en aminocidos

polares o inicos. Fuerzas inicas son de muy corto alcance se debilitan al
aumentar temperatura. Contenido de agua: Agua interviene en desnaturalizacin una
vez iniciada: al perder estructura nativa, se producen grietas a travs de las cuales
el agua penetra al interior de protena. Protenas deshidratadas Mas resistentes a
desnaturalizacin trmica Tienen estructuras ms estticas Movilidad de
segmentos polipeptdicos mas restringidos