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Introduction

Pendant longtemps, lADN (le support de lhrdit) et les protines (les acteurs de la machinerie
cellulaire) ont t considrs comme les plus importantes molcules de la cellule, lARN tant
cantonn un rle de messager intermdiaire entre lADN et les protines. Des travaux rcents
dmontrent limportance des ARN dans la rgulation de lexpression gnique.
Des modifications rapides de lexpression gnique sont parfois ncessaires pour changer la
programmation cellulaire en rponse des stimuli endognes ou des stress environnementaux, la
rgulation de lexpression gnique reposant sur des facteurs capables de rguler positivement ou
ngativement la transcription de lADN en ARN messager (ARNm) par lactivation dune fonction du
gne ou par linhiber.
Ces dernires annes, deux nouvelles classes de petits ARN non codants (ARNnc) de 21
25nuclotides ont t caractrises chez les mtazoaires et chez les plantes: les ARN interfrents
(ARNsi, small interfering RNA) double brin et les microARN simple brin. Ces deux types dARNnc
pourraient interagir avec leurs ARNm cibles selon deux modes diffrents pour provoquer leur
dgradation, ou linhibition de leur traduction.
La dgradation spcifique des ARNm est le fait de complexes ribo-nucloprotiques appels RISC
(pour RNA-Induced Silencing Complex). Ces complexes contiennent des ARN cellulaires de petites
tailles (21nuclotides). Les petits ARN oprant comme des rpresseurs de lexpression gnique, les
rgulations mettant en jeu des petits ARN sont communment recenses sous le terme ARN
interfrence (ARNi). Ces petits ARN ne codent pas des protines, mais exercent des rles rgulateurs
spcifiques, do le terme de ribo-rgulateurs.

- les siRNA (short interfering RNAs) reprsentent des petites molcules dARN double brin de 21-22
nuclotides gnres partir dun long double brin dARN.
- les miRNA (microRNA) reprsentent une classe dARN simple brin de 19-25 nuclotides, cods par
le gnome de la plupart des organismes multicellulaires. Certains sont conservs point de vue

volutif et sont rguls pendant le dveloppement. Ils participent la rgulation des certains gnes
pendant la synthse protique.

Historique et dcouverte
En 1998, les quipes dAndrew Fire et de Craig Mello ont dcrit le phnomne de linterfrence par
lARN chez C. elegans(un nematode), lobservation tait que lintroduction dARN double-brin qui
portent une squence identique celle dun ARNm (dun gne endogne ou dun transgne) est
capable dinduire une diminution considrable de la quantit du transcrit cibl.

Le microARN lin-4:une particularit des nmatodes


Le premier microARN a t identifi en 1993, chez le nmatode C. elegans, par une quipe qui
tentait de dcrypter les mcanismes molculaires rgissant le dveloppement de cet organisme
modle. Le cycle de dveloppement de ce petit ver comporte six stades successifs: lembryogense,
quatre stades larvaires (L1 L4) et le stade adulte. Chez le mutant lin-4, qui ritre en permanence
la phase larvaire L1, le phnotype sauvage peut tre restaur par un ADN de 693 paires de bases
dpourvu de phase ouverte de lecture. Ce fragment dADN comporte un gne codant pour un petit
ARN de 22 nuclotides qui, lui seul, est capable de restaurer le phnotype sauvage en se fixant, par
hybridation molculaire, sur plusieurs sites de la rgion 3 non codante (3UTR) des ARNm codant
pour les protines LIN-14 et LIN-28. Cette fixation provoque un arrt de la synthse de ces protines.
La protine LIN-14 est un rpresseur de la transition du stade larvaire L1 vers le stade L2. Chez le
nmatode, la fin du stade L1, le gne lin-4 est transcrit par une ARN polymrase de type II ou III en
un pri-microARN denviron 125 nuclotides qui est cliv par la protine Drosha pour librer un
prcurseur de 61 nuclotides qui forme une structure double brin en tige-boucle avec quelques
msappariements dans la rgion de la tige. Ce prcurseur est ensuite activement export dans le
cytoplasme o il est dcoup par une protine Dicer pour engendrer un microARN mature de 22
nuclotides. La fixation du microARN lin-4 sur la rgion 3UTR du messager codant pour la protine
LIN-14 inhibe la synthse de cette protine, ce qui permet la transition du stade larvaire L1 vers le
stade L2.
De plus les tudes gntiques avaient permis de prciser le rle du microARN lin-4 en observant
que ctait un rgulateur ngatif de lexpression au niveau post-transcriptionnel qui agissait via des
cibles partiellement complmentaires prsentes dans la rgion 3 non traduite de certains ARNm.

Le microARN let-7:
La dcouverte dun nouveau mcanisme de rgulation du dveloppement En 2000, un nouveau
microARN, let-7, a t identifi chez C. elegans; il contrle la transition entre le stade larvaire L4 et le
stade adulte. Cette dcouverte a permis de gnraliser le mode daction de lin-4. En effet, le gne
let-7 code pour un ARN de 21 nuclotides qui inhibe laccumulation des protines LIN-41 et LIN-42 en
se fixant sur la rgion 3UTR des ARNm correspondants. Des squences homologues du gne let-7
ont t identifies chez toutes les espces dinvertbrs et de vertbrs symtrie bilatrale
examines. De plus, quelle que soit lespce considre, lexpression de let-7 est contrle au cours
du dveloppement. Cette conservation de squence et de mode de rgulation au sein despces trs
loignes suppose une forte pression de slection sur ce gne. Lidentification de gnes homologues

de let-7 est lorigine dune recherche systmatique de microARN chez les mtazoaires et chez les
plantes.

Les mecanismes daction de siARN et miARN


Les siARN sont issus dARN double-brin longs ou des longues tige-boucles sur des transcrits. Les
siARN endognes partagent les caractristiques des siARN artificiellement synthtiss et peuvent
induire la dgradation par coupure de transcrits ayant des squences cibles parfaitement
complmentaires. Les miARN sont gnrs partir dARN prcurseurs comportant une tige-boucle
gnralement imparfaite et, chez les animaux, ils interagissent le plus souvent avec leur ARNm cibles
via des squences partiellement complmentaires. Les miARN sont capables de rprimer lexpression
de leurs cibles au niveau protique sans altrer systmatiquement labondance de lARNm. La
maturation des siARN et miARN est dpendante de la protine Dicer et leurs activits biologiques
sont tablies via les protines de la famille Argonaute.
La longueur de ces petits ARN rgulateurs varie entre une vingtaine et une trentaine de nuclotides.
Ils ne codent pour aucune protine ou du moins vu leur taille ne comprennent gnralement ni codon
dinitiation, ni codon stop. Ils sont issus de la maturation dARN prcurseurs plus longs et cette
maturation a lieu dans le noyau et dans le cytoplasme.
Les petits ARN rgulateurs sont actifs sous forme simple brin puisquils permettent la reconnaissance
dARN cellulaires par lappariement, cette association avec un ARN cible permet, travers les
protines associes au petit ARN, de modifier le devenir de ce transcrit. La principale activit
biologique associe est une diminution de lexpression lorsque la cible est un ARNm. Les extrmits
de ces petits ARN portent des modifications qui peuvent influer sur leur stabilit et sont compatibles
avec leur interaction avec les facteurs qui les prennent en charge. A cause de la longueur et de la
possibilit dinteragir avec des cibles partiellement complmentaires, un petit ARN donn peut avoir
plusieurs cibles et ainsi ajuster lexpression dun trs grand nombre de gnes.

siARN
Le nom siARN signifie small interfering RNA , ce sont des petits ARN double-brin denviron 21
nuclotides, impliqus dans linterfrence par lARN. Les siARN matures consistent en deux brins
parfaitement complmentaires sur environ 19 nuclotides avec 2 nuclotides libres sur chacune des
extrmits 3. Le nuclotide situ lextrmit 5 doit tre phosphoryl pour permettre son
interaction avec les protines Ago (les protines dune sous-famille de la famille Argonaute), les seuls
facteurs qui interagissent directement avec les siARN et miARN.

Figure 1, siARN et interfrent par lARN.


A) Reprsentation de la structure dun siARN mature. Les 2 brins
dun siARN sont parfaitement complmentaires. Le nuclotide
situ lextrmit 5 de chaque brin est phosphoryl, les 2
derniers nuclotides de lextrmit 3 de chaque brin sont
protubrants. B) Schma de linterfrence par lARN (Tolia &
Joshua-Tor 2007). Les prcurseurs de siARN dorigine endogne
ou exogne comprenant une longue rgion double-brin sont pris
en charge par Dicer dans le cytoplasme. Les siARN matures sont
ensuite chargs dans la protine Ago trancheuse , puis le brin
passager est limin. Le complexe effecteur siRISC form autour
de la protines Ago2 contenant un brin guide de siARN induit la
coupure de lARNm cible dune manire squence spcifique. Le
complexe siRISC est recyclable.

Les siARN matures sont gnrs partir des ARN double-brin longs dorigine endogne ou exogne.
En association avec une protine Ago trancheuse (slicer en anglais, qui possde lactivit
endonuclolytique et peut couper un ARN simple-brin), un siARN est capable dinhiber lexpression
dun gne cible ds lors quil porte une squence parfaitement complmentaire avec le brin guide de
siARN dans son ARNm, les ARN double-brin longs sont coups par Dicer, une RNase III, en siARN
double-brin denviron 21 nuclotides. Ces siARN double-brin sont incorpors dans la protine Ago
trancheuse, une slection du brin en fonction de la stabilit dappariement des nuclotides aux
extrmits 5 a lieu au moment de lincorporation, le brin dont lextrmit 5 est moins stable est
retenu prfrentiellement comme le brin guide, lautre brin sera limin aprs une coupure induite
par la protine Ago, Un tel complexe comprenant un brin guide de petit ARN, une protine Ago et les
facteurs quelle recrute est appel RISC (RNA Induced Silencing Complex). Le brin guide du siARN
permet le recrutement du complexe siRISC sur les molcules dARNm cibles, capable de couper
lARNm situ en face du brin guide par son activit endonuclolytique et libre le produit dcoup.
Les ARNm ainsi dcoups vont tre dgrads par les exonuclases 5 et 3. Dans ce cycle, le
complexe siRISC peut-tre recycl sous une forme intacte et ainsi avoir une activit catalytique, ce

mcanisme catalytique assure une efficacit leve de la dgradation des ARNm et par l dinhibition
de lexpression du gne cible.
Dans une deuxime cas, on peut observer des modifications sur la chromatine au voisinage du site
de reconnaissance du siARN et la transcription du gne cible est alors altre, Ce phnomne est
connu par le nom TGS (Transcriptional Gene Silencing). Chez S. pombe o ce type de rgulation a t
tudie en grand dtail, elle met toujours en cause une protine Ago mais ncessite dautres
cofacteurs que ceux impliques dans les activits post-transcriptionnelles, le complexe RITS (RNA
Induced Transcriptional Silencing Complex).
Comme chez les plantes, on observe une autre catgorie de siARN, dune taille de 24 nuclotides.
Ces siARN sont impliqus dans un complexe appel RITS (RNA-Induced Transcriptional Silencing).
Comme le complexe RISC, le complexe RITS comporte une protine Argonaute. Toutefois, celle-ci
sassocie plusieurs protines nuclaires qui guident la modification de la chromatine. Ces siARN
agissent en cis, et sont essentiellement impliqus dans le contrle du mouvement des lments
transposables et le maintien des structures de lhtrochromatine.

microARN
Les miARN (microARN) sont une autre population de petits ARN rgulateurs qui est similaire celle
des siARN en terme de structure biochimique mais diffre par leur biogense et leur mode daction.
Globalement, un duplex miARN mature a une structure proche de celle dun siARN, avec une rgion
apparie dune vingtaine de nuclotides, des extrmit 5 phosphoryles et deux nuclotides libres
en 3 de chaque brin. Toutefois des msappariements sont presque toujours prsents au sein de la
structure double-brin.

Figure 2, miARN et rgulation


par les miARN. A) Reprsentation de la structure dun duplex miARN. Le nuclotide situ lextrmit 5 de
chaque brin est phosphoryl, les 2 derniers nuclotides de lextrmit 3 de chaque brin sont en surplomb.
Lhybridation entre les 2 brins dun miARN nest pas complte, des msappariement existent. B) Schma de la
rgulation par les miARN (Tolia & Joshua-Tor 2007). Dans le noyau, les pri-miARN (primary miRNA) sont des
transcrits de lARN polymrase II prsentant des structures en tige-boucle qui sont exciss par Drosha. Aprs

leur exportation dans le cytoplasme, ces pr- miARN (precursor miRNA) sont pris en charge par Dicer qui couple
la boucle tandis que la tige est incorpore dans une protine Ago en tant que miARN mature. Le brin passager
est limin par la dissociation. Chez les mammifres, les miARN peuvent inhiber la traduction de lARNm cible
ou altrer leur stabilit ; dans certains cas o le miARN est parfaitement complmentaire avec sa cible, il peut
induire une coupure endonuclolytique de sa cible

Malgr la similarit importante entre les siARN et les miARN, leur origine et leur mode daction sont
trs diffrents Les miARN sont gnrs partir des prcurseurs de miARN (pr-miARN) qui sont des
tige-boucles prsentes sur des transcrits cellulaires, les pr-miARN sont maturs en miARN par Dicer,
et peuvent ensuite tre incorpors dans une protine Ago. A cause des msappariements entre les
deux brins, llimination du brin passager ne peut seffectuer par la coupure mais par un mcanisme
de dissociation, les miARN ninduisent pas une coupure endonuclolytique de leurs cibles cause des
msappariements et leur effet rpressif sur lexpression du gne cible est assur par linhibition de la
traduction du transcrit cibl ou sa dstabilisation via la dadnylation. Mme si le silencing par les
miARN peut affecter la stabilit des transcrits du gne cible, ce mcanisme apparat comme indirect
et est considr comme moins efficace que celui de la coupure par siARN sur une cible parfaite.
Dans le cas des siARN, une seule cible dans lARNm est suffisante pour mettre en place une
rgulation forte, mais dans les cas des miARN, on observe souvent la prsence de plusieurs sites
pour le mme miARN, de plus, un ARNm peut contenir des sites pour plusieurs miARN diffrents.
Linterprtation la plus simple de cette multiplicit des sites est quelle permet ltablissement dun
silencing plus efficace travers un effet coopratif entre les complexes RISC recruts sur le mme
ARNm.
Le niveau de complmentarit entre un petit ARN rgulateur et sa cible est lun des facteurs
dterminants du mode daction de ce petit ARN : si la complmentarit est parfaite, le petit ARN
fonctionne en mode siARN (mode parfait), il induit une coupure endonuclolytique de sa cible par la
protine Ago, qui sera suivie dune dgradation rapide des fragments ; si la complmentarit nest
pas parfaite, le petit ARN fonctionne en mode miARN (mode imparfait) sans coupure
endonuclolytique de la cible, le niveau global de la traduction de lARNm cible est diminu par les
autres facteurs du complexe miRISC. Les siARN et les miARN fonctionnent tous sous forme simple
brin dans les complexes effecteurs, ils ont des caractristiques physico-chimiques quasiment
identiques et la mme molcule de petit ARN peut changer son mode daction si la complmentarit
petit ARN/cible est modifie.

Le rle des ribo-regulateurs (miRNA et siRNA)


Ils jouent des rles essentiels dans la stabilit des gnomes (via le contrle du mouvement des
lments mobiles du gnome : transposons).
La mise en place correcte du dveloppement (via linhibition de certains gnes lors des tapes de reprogrammation cellulaire).
La rponse des stress biotiques ou abiotiques (via linhibition de gnes cellulaires antagonistes la
rponse au stress et via la mise en place de dfenses cellulaires permettant de dgrader lARN des
pathognes, viraux en particulier).

Production des siRNA


Il existe plusieurs mthodes de conception des siRNA:

La synthse chimique: le plus souvent utilise pour les siRNA commercialiss, cependant elle
constitue aujourdhui la technique la plus coteuse.
La transcription in vitro: Synthse de squence dARN de 21 nuclotides complmentaires partir de
lADN par une ARN polymrase (ex: T7). Cette technique est beaucoup moins chre mais elle
demande de fabriquer soi mme les squences.
Mlange de siRNA partir dARNdb: Cette technique est ralise par une enzyme RNAse III ou DICER
qui clive lARNdb. Ce procd est avantageux car il vite de tester toutes les squences siRNA en
utilisant directement le mlange, par contre il peut entraner des effets non spcifiques. Mme si la
synthse chimique est la mthode la plus onreuse elle reste aujourdhui la plus approprie.

Application de lARN interfrence et utilisations


thrapeutiques
Les siRNA sont aussi largement utiliss pour dterminer de nouvelles cibles thrapeutiques dans les
systmes physiopathologiques sur des modles animaux ou cellulaires. Lobjectif de cette approche
tant dutiliser le siRNA comme agent thrapeutique direct. Le siRNA permet potentiellement
daborder un grand nombre de pathologies pour lesquelles les approches pharmacologiques
conventionnelles ne sont pas utilisables. Les principales pathologies sont: Le cancer (inhibition des
oncognes ras, cMyc, p53) (7) Les maladies mtaboliques : lhypercholestrolmie en ciblant
lapoproteineB (8) Les infections virales comme lhpatite C, lhpatite B et le VIH (pour ce dernier
les cibles potentielles correspondent au co-rcepteur CXCR5 combin un autre siRNA qui cible lARN
viral).
Pouvoir dvelopper des mdicaments bass sur lutilisation des siRNA est une nouvelle voie dans
lavenir du mdicament. Lune des stratgies le plus courantes est de trouver la cible thrapeutique
afin dinactiver le gne et dobserver le rsultat. Si la neutralisation dun gne particulier permet de
soigner un animal malade, la protine code par ce gne pourrait tre la cible dun mdicament bas
sur siRNA.
En utilisant des oligonuclotides antisens sur des lignes cellulaires de cancer dovaires, il a t
obtenue une sous- rgulation de la survinine, une molcules anti-apoptotique, sur-exprime dans des
nombreuses tumeurs humaines et qui induit la rsistance aux drogues chimiothrapeutiques.
Afin davoir un silencing des gnes beaucoup plus cibl un organe, une quipe a utilis des
nanoparticules qui portent le siRNA contre le gne dintrt et en mme temps un ligand tissus
spcifique. Ladministration par la voie intraveineuse chez la souris a montr une dlivrance tumeur
spcifique et une inhibition siRNA squence spcifique. Ces rsultats montrent la russite sur deux
niveaux de ciblage : le premier cest au niveau du tissu et le deuxime est au niveau du gne.

Conclusion
La dcouverte des petits ARNs a rvolutionn notre vision de la rgulation de lexpression gnique et
a permis dlucider de nombreux points obscurs de la gntique. On a ainsi pu attribuer au
dysfonctionnement de certains petits ARNs divers dfauts de dveloppement chez les vgtaux et
les animaux ainsi que certaines maladies gntiques chez lhomme. Ce domaine de recherche est
encore loin davoir livr tous ses mystres et de nombreux aspects restent encore explorer.
Nanmoins, la formidable capacit des petits ARNs rguler spcifiquement lexpression des gnes a
dores et dj t mise profit par la recherche biomdicale pour dvelopper de nouveaux outils
thrapeutiques.