FACULTE DE MEDECINE D'ALGER –CBM DERGANA

MODULE DE GENETIQUE- SERIE DE TD N°3
Exercice 1
On se propose d’étudier la synthèse du facteur IX, un facteur plasmatique de la
coagulation. La séquence ci dessous est un fragment du brin transcrit du gène normal
codant ce facteur :
ACC GGG AAT TTC CTA AGC
1) Donner la polarité de ce fragment de gène (brin transcrit) et la séquence d’ADN
complémentaire.

Exercice 2
COMPLETER LES VIDES AVEC LES MOTS CLES CORRESPONDANTS
Fusion ou dénaturation
La température de fusion (ou dénaturation) Tm (melting temperature) des
.....................comme l'ADN est la température pour laquelle 50% des molécules d'ADN
sont désappariées (i.e. sous forme simple brin). Cette propriété est visible par lecture de
la ............................de la solution contenant l'ADN à ......... nm : la densité optique
augmente au cours du .............................(effet hyperchrome). L'énergie thermique
apportée devient alors suffisante pour rompre les liaisons ..................inter brins. Cette
température dépend donc de la quantité de liaisons hydrogènes présentes. Ce sont
d'abord les appariements ..........qui se séparent les premiers au cours de la montée de la
température car ils ne possèdent que deux liaisons hydrogènes contrairement aux
appariements ...........qui en possèdent trois. Ainsi, lors d'une élévation progressive de la
température, il se forme des yeux d'ouvertures dans l'ADN. Plusieurs formules
empiriques permettent de calculer la valeur de la température de fusion. Elles tiennent
compte du pourcentage de base (G+C), de la salinité du milieu ainsi que de divers
facteurs correctifs, tels que la présence de structures secondaires intra ou extra
moléculaires (repliement de l'ADN sur lui-même, formation d'appariements entre deux
brins. Plus il y a ...................................dans une molécule d'ADN, plus l'énergie de liaison
est élevée et plus sa température de fusion sera élevée.
Ainsi une molécule d'ADN double brin composée uniquement d'appariements de C (de
G) avec des G (des C) (3 liens H) nécessitera ..........d'énergie pour être dénaturée sous la
forme de molécules simple brins, qu'un ADN de même taille composé d'appariements de
A (de T) avec des T (des A) (2 liens H). Ceci explique pourquoi la température de fusion
de l'ADN varie en fonction de deux facteurs principaux :

sa taille (exprimée en nombre de bases, généralement en kilobase kb)
son rapport (A+T)/(C+G), appelé relation de..................., donnant un indice des
proportions de paires A-T versus C-G.

1

c. a été remplacée par une adénine. Quel peptide obtiendrait-on si la traduction commençait précisément à l’extrémité 5’ de cet ARNm. pour la transcription.. Enfin.déterminez quel est le brin matrice (justifiez votre réponse) et écrivez la séquence de l’ARNm. ce même nucléotide G a été perdu. Combien de peptides différents cet ARNm code-t-il ? Obtiendrait-on les mêmes peptides si. A la suite d’une mutation. . les liaisons rompues lorsque le groupement amine de l’alanine s’engage dans une liaison peptidique.. a..Exercice 3 Comment l’opéron lactose est-il activé ? Exercice 4 Soit une séquence de bases présente sur un brin d’ADN (brin 1) . Comment s’exprime cette dégénérescence ? Exercice 6 Soit la séquence d’un brin d’un fragment d’ADN isolé à partir d’E. cet ADN peut-il provenir du début d’un gène ? Exercice 6' : Après qu’elle a été synthétisée. et qu’arrive-t-il à l’ARNtAla ? c. On suppose qu’un ARNm est transcrit à partir de cet ADN. en utilisant comme brin matrice le brin complémentaire.orientez toutes les séquences des acides nucléiques . Cette portion d’ADN est transcrite comme indiqué en (a). la 10ème base (G) du brin 1 représenté ci-dessus. Quel ARNt se liera au ribosome après le départ de l’ARNtAla ? Quelles sont. On peut déduire la séquence Cterminale de cette enzyme en la comparant à celle d’un mutant pour lequel la 2 .écrivez la séquence du polypeptide traduit à partir de cet ARNm. la même base G a été remplacée par une thymine. c’était l’autre brin de l’ADN qui servait de matrice ? d... ? (On admettra ici qu’aucun codon de départ n’est nécessaire. Dans un autre mutant. s’il y en a. chez un quatrième mutant. cette même base G a été remplacée par une cytosine. Chez un troisième mutant.Coli : 5’-GTAGCCTACCCATAGG-3’ a. Sachant que l’ARNm issu de la transcription de ce fragment d’ADN code le début d’une protéine : .-G-A-C-T-T-A-C-A-C-G-C-G-A-T-T-T-T-A-T-A-T-A-G-C-. Ecrivez pour chaque cas les modifications introduites dans les séquences.. Recopiez cette séquence et écrivez la séquence du brin d’ADN complémentaire (brin 2) b. on enlève quelques acides aminés à l’extrémité C terminale de la béta-lactamase de B. Quelle sera la séquence de cet ARNm ? b. . comme cela se présente in vitro dans certaines conditions expérimentales). lichenformis. mais vous ne savez pas quelle est la phase de lecture utilisée . Qu’advient-il de la protéine dans chaque cas ? Exercice 5 Le code génétique est dit redondant ou dégénéré.

écrire : • la séquence nucléotidique lue directement sur ce schéma du film. Quel évènement mutationnel a donné naissance au mutant frameshift ? b. un segment d'ADN monobrin. On utilise pour cela une analyse par Southern de fragments d'ADN génomique obtenues après coupures par 2 enzymes de restriction. En examinant le schéma représentant une partie de l'autoradiogramme du gel de migration. du résidu 263 à l’extrémité Cterminale.ADN souche sanguine + HpaII .ADN cerveau + MspI L'action de HpaII sur l'ADN de cerveau met en évidence un fragment plus grand. ' 3 . MspI et HpaII. En déduire le nombre d’acides aminés et si possible la séquence C-terminale de l’enzyme Exercice 7 On étudie l'expression du gène de la globine (constituant de l'hémoglobine) dans des cellules de souche sanguine et de cerveau. L'hybridation.ADN souche sanguine + MspI . révèle un fragment de 1. Soit représenté ci-dessous sur la ligne. de l’enzyme sauvage purifiée et du mutant frameshift (décalage de la phase de lecture) : Sauvage : N M N G K Mutant: N M I W Q I C V M K D a.phase de lecture a été décalée à la suite de l’insertion ou de la délétion d’un nucléotide . Son séquençage est effectué par la technique de Sanger. avec une amorce XY. réalisée au moyen d'une sonde marquée d'ADNc du gène de la globine. Lorsque la première base de cette séquence est méthylée. seul MspI conserve sa capacité de reconnaissance. b. • la séquence réelle du segment d'ADN monobrin correspondant. Quelles différences de méthylation sont ainsi mises en évidence ? b.45 kb dans 3 conditions : . dont le site de coupure est la séquence palindromique CCGG. Expliquez en quelques lignes le principe de la technique. On donne ci-dessous les séquences en acides aminés. a. Quelle hypothèse peut-on émettre quant au rôle de la méthylation dans la régulation de l'expression du gène de la globine Exercice 8 Séquençage d'un ADN par la technique de Sanger: a.

Quel est le mode probable de transmission de cette maladie ? A C G Sujet normal T A C G sujet malade 4 T . (responsables d’une augmentation du niveau de calcémie à partir duquel la sécrétion de PTH et la réabsorption du calcium par le tubule rénal sont inhibées) ont été mises en évidence par la technique de séquençage de Sanger chez un sujet atteint de la maladie.A G C T Exercice 9 Diagnostic d'une maladie génétique Au cours de l’exploration d’une famille atteinte d’hypercalcémie hypocalciurique familiale. des mutations inactivatrices du récepteur sensible au calcium. De quel type est-elle ? c. a. Où est située la mutation sur le gel de séquence ci-dessous ? b.

SERIE DE TD N°3 Corrigé Exercice 1 On se propose d’étudier la synthèse du facteur IX. plus l'énergie de liaison est élevée et plus sa température de fusion sera élevée. tels que la présence de structures secondaires intra ou extra moléculaires (repliement de l'ADN sur lui-même. Plusieurs formules empiriques permettent de calculer la valeur de la température de fusion. (Effet hyperchrome). Cette température dépend donc de la quantité de liaisons hydrogènes présentes. Ainsi. il se forme des yeux d'ouvertures dans l'ADN. lors d'une élévation progressive de la température. sous forme simple brin). formation d'appariements entre deux brins. La séquence ci dessous est un fragment du brin transcrit du gène normal codant ce facteur : ACC GGG AAT TTC CTA AGC 1) Donner la polarité de ce fragment de gène (brin transcrit) et la séquence d’ADN complémentaire. un facteur plasmatique de la coagulation.séquence d’ADN complémentaire : 5’TGG CCC TTA AAG GAT TCC3’ Exercice 2 COMPLETER LES VIDES AVEC LES MOTS CLES CORRESPONDANTS Fusion ou dénaturation La température de fusion (ou dénaturation) Tm (melting temperature) des acides nucléiques comme l'ADN est la température pour laquelle 50% des molécules d'ADN sont désappariées (i. Elles tiennent compte du pourcentage de base (G+C). 5 . de la salinité du milieu ainsi que de divers facteurs correctifs.FACULTE DE MEDECINE D'ALGER –CBM DERGANA MODULE DE GENETIQUE. L'énergie thermique apportée devient alors suffisante pour rompre les liaisons hydrogènes inter brins. Cette propriété est visible par lecture de la densité optique de la solution contenant l'ADN à 260nm : la densité optique augmente au cours du phénomène de dénaturation. . Ce sont d'abord les appariements AT qui se séparent les premiers au cours de la montée de la température car ils ne possèdent que deux liaisons hydrogènes contrairement aux appariements . Plus il y a de liaisons hydrogènes dans une molécule d'ADN.e. -3’ACC GGG AAT TTC CTA AGC5’ Avec l’autre polarité 3’ATC5’ donnera 5’UAG3’ sur l’ARNm se qui correspondrai au codon stop en début de lecture.GC qui en possèdent trois.

Ainsi une molécule d'ADN double brin composée uniquement d'appariements de C (de G) avec des G (des C) (3 liens H) nécessitera plus d'énergie pour être dénaturée sous la forme de molécules simple brins. ARNm : 5’AUG UGC GCA AAA AUA UAU CG . appelé relation de .orientez toutes les séquences des acides nucléiques Brin (1) 3’-5’ et brin (2) 5’-3’ . Qu’advient-il de la protéine dans chaque cas ? 6 ... généralement en kilobase kb) son rapport (A+T)/(C+G)... Sachant que l’ARNm issu de la transcription de ce fragment d’ADN code le début d’une protéine : . Le brin matrice est le brin 1. Ecrivez pour chaque cas les modifications introduites dans les séquences. a.COOH c..écrivez la séquence du polypeptide traduit à partir de cet ARNm.-G-A-C-T-T-A-C-A-C-G-C-G-A-T-T-T-T-A-T-A-T-A-G-C-. Y et A.déterminez quel est le brin matrice (justifiez votre réponse) et écrivez la séquence de l’ARNm..chargaff donnant un indice des proportions de paires A-T versus C-G. Exercice 4 Soit une séquence de bases présente sur un brin d’ADN (brin 1) .. Recopiez cette séquence et écrivez la séquence du brin d’ADN complémentaire (brin 2) 1)... .... qu'un ADN de même taille composé d'appariements de A (de T) avec des T (des A) (2 liens H).Le répresseur se détache de l’opérateur permettant ainsi à l’ARN polymérase de reconnaître l’opérateur et de transcrire les cistrons Z.....-G-A-C-T-T-A-C-A-C-G-C-G-A-T-T-T-T-A-T-A-T-A-G-C-.. Ceci explique pourquoi la température de fusion de l'ADN varie en fonction de deux facteurs principaux : • • sa taille (exprimée en nombre de bases... Exercice 3 Comment l’opéron lactose est-il activé ? L’opéron lactose est activé par inactivation du répresseur grâce à l’allolactose (inducteur).. 2) C T G A A T G T G C G C A A A A A T A T A T C G b.. NH2-Met Cys Ala Lys Ile Tyr . car il possède la séquence 3’TAC5’ (en bleu) qui correspond sur l’ARNm au codon 5’AUG3’.

NH2 Val Ala Tyr Pro COOH 7 . a été remplacée par une adénine. en utilisant comme brin matrice le brin complémentaire. On suppose qu’un ARNm est transcrit à partir de cet ADN. dits codons synonymes. ? (On admettra ici qu’aucun codon de départ n’est nécessaire. Enfin. Dans ce cas on obtient un codon UGA qui est un codon STOP. Dans ce cas il y a un décalage du cadre de lecture à partir de la délétion. la protéine est raccourcie et perd son activité. il s’agit donc d’une mutation silencieuse. la même base G a été remplacée par une thymine. Dans ce cas on obtient un codon UGG du tryptophane. c’est une mutation faux sens. tout les acides aminés situés après la délétion seront différents de ceux de la protéine non mutée. c’est un autre acide aminé. la 10ème base (G) du brin 1 représenté ci-dessus. comme cela se présente in vitro dans certaines conditions expérimentales). dans ce cas c’st une mutation non sens. Chez un troisième mutant. cette même base G a été remplacée par une cytosine. Dans ce cas la protéine (si c’est une enzyme) peut être plus active. Dans un autre mutant. ce même nucléotide G a été perdu. l’ARNm sera : 5’ GUA GCC UAC CCA UAG3’ b.Coli : 5’-GTAGCCTACCCATAGG-3’ a. chez un quatrième mutant. Comment s’exprime cette dégénérescence ? Cette dégénérescence s’exprime par la non spécificité de la troisième base pour certains codons. Ceci permet à un ARNt transportant le même acide aminé de reconnaître plusieurs codons différents. Il n y a aucun effet sur la protéine.A la suite d’une mutation. Quelle sera la séquence de cet ARNm ? Le brin représenté est le brin sens. Exercice 6 Soit la séquence d’un brin d’un fragment d’ADN isolé à partir d’E. Quel peptide obtiendrait-on si la traduction commençait précisément à l’extrémité 5’ de cet ARNm. moins active ou inactive. de plus l’apparition d’un codon STOP(UGA) précocement au décalage raccourcie la protéine. Exercice 5 Le code génétique est dit redondant ou dégénéré. Le codon UGC est remplacé par UGU qui est un codon synonyme de la Cystéine.

de l’enzyme sauvage purifiée et du mutant frame shift (décalage de la phase de lecture) : Sauvage : N M N G K Mutant: N M I W Q I C V M K D a. Cette portion d’ADN est transcrite comme indiqué en (a). Combien de peptides différents cet ARNm code-t-il ? Obtiendrait-on les mêmes peptides si. si l’autre brin servait de matrice on obtiendrait un autre polypeptide. * 8 .c. Exercice 6' : Après qu’elle a été synthétisée. mais vous ne savez pas quelle est la phase de lecture utilisée . cet ADN peut-il provenir du début d’un gène ? Non.l’ADN mutant est : AAU AUG AUA UGG GAA AUA UGU GUA AUG AAA GAU N M I W Q I C V M K D -L’AND normal est obtenu en éliminant la base U qui a été additionnée lors de la mutation : AAU AUG AAU GGG AAA UAU GUG UAA N M N G K Y V STOP Dans le polypeptide coupé K est l’acide amine N°263(voir énoncé) sans la mutation on a 2 acides aminés en plus après K. b.. non identiques. ce sont les acides aminés Y et V c’est la séquence C-terminale de l’enzyme puisqu’elle vient juste avant le codon STOP.. Quel évènement mutationnel a donné naissance au mutant frame shift ? L’événement mutationnel qui a donné le mutant fra shift est une addition d’une base « U » au niveau du deuxième codon de l’acide aminé (N) qui est l’asparagine= AAU→AUA U. un gène ne peut pas commencer par un codon STOP.. pour la transcription. on enlève quelques acides aminés à l’extrémité C terminale de la béta-lactamase de B. c’était l’autre brin de l’ADN qui servait de matrice ? On obtient une seul protéine (un polypeptide de 4 acides aminés). En déduire le nombre d’acides aminés et si possible la séquence C-terminale de l’enzyme . lichenformis. Le nombre total d’acides aminés est de 263+2= 265 acides aminés. du résidu 263 à l’extrémité Cterminale. d. car les brins sont complémentaires et. car le 5 eme codon est un codon STOP. On peut déduire la séquence Cterminale de cette enzyme en la comparant à celle d’un mutant pour lequel la phase de lecture a été décalée à la suite de l’insertion ou de la délétion d’un nucléotide . On donne ci-dessous les séquences en acides aminés..

On utilise pour cela une analyse par Southern de fragments d'ADN génomique obtenues après coupures par 2 enzymes de restriction.ADN souche sanguine + MspI . Exercice 8 Séquençage d'un ADN par la technique de Sanger: a. dont le site de coupure est la séquence palindromique CCGG. 1 tube pour chaque type de nucléotide. Le principe de la technique est basé sur la réplication du brin réel en présence de didésoxynucléotides (qui bloquent la réplication).ADN cerveau + MspI L'action de HpaII sur l'ADN de cerveau met en évidence un fragment plus grand.45 kb) cela veux dire que le palindrome est méthylé dans l’ADN du cerveau. car si le palindrome était muté même MspI n’aurai pas coupé le fragment d’ADN. dans 4 tubes différents. tous les brins se terminent par une adénine. puisque il est reconnu par l’enzyme HpaII qui donne un fragment de1. Expliquez en quelques lignes le principe de la technique.Exercice 7 On étudie l'expression du gène de la globine (constituant de l'hémoglobine) dans des cellules de souche sanguine et de cerveau. 9 .ADN souche sanguine + HpaII . a. pour leur permettre d’assurer leur activité en ne laissant actifs que les gènes dont elles ont besoin. Quelles différences de méthylation sont ainsi mises en évidence ? L’action de MspI met en évidence un fragment plus grand (plus que 1. nous permst de confirmer que l’incapacité de HpaII est due à une méthylation de la cytosine et non pas à une mutation. Ainsi dans un tube de didésoxynucléotides est l’Adénine. La lecture du gel pour les 4 tubes nous donne la séquence du brin lu. b.45 kb dans 3 conditions : . MspI et HpaII. Quelle hypothèse peut-on émettre quant au rôle de la méthylation dans la régulation de l'expression du gène de la globine La méthylation permet de fermer certains gènes dans des cellules différenciées. L'hybridation. La migration de l’ADN après réplication nous donne la position du nucléotide dans le brin en fonction de la taille de ce dernier. Pour trouver le brin réel il faut écrire le brin complémentaire. 45kb. Lorsque la première base de cette séquence est méthylée. alors qu’il ne l’est pas au niveau de l’ADN des cellules souches sanguines. révèle un fragment de 1. L’utilisation de MspI qui est capable de couper un palindrome méthylé. seul MspI conserve sa capacité de reconnaissance. réalisée au moyen d'une sonde marquée d'ADNc du gène de la globine.

Soit représenté ci-dessous sur la ligne. En examinant le schéma représentant une partie de l'autoradiogramme du gel de migration. Où est située la mutation sur le gel de séquence ci-dessous ? Il y a perte d’une base C 10 . ' A G C T Séquence du brin lu : 5’AAGATTTCT3’ Séquence du brin réel : 3’TTCTAAAGA5’ Exercice 9 Diagnostic d'une maladie génétique Au cours de l’exploration d’une famille atteinte d’hypercalcémie hypocalciurique familiale. a.b. • la séquence réelle du segment d'ADN monobrin correspondant. des mutations inactivatrices du récepteur sensible au calcium. Son séquençage est effectué par la technique de Sanger. écrire : • la séquence nucléotidique lue directement sur ce schéma du film. avec une amorce XY. un segment d'ADN monobrin. (responsables d’une augmentation du niveau de calcémie à partir duquel la sécrétion de PTH et la réabsorption du calcium par le tubule rénal sont inhibées) ont été mises en évidence par la technique de séquençage de Sanger chez un sujet atteint de la maladie.

De quel type est-elle ? Il s’agit d’une délétion. Il y a donc perte de 50% des récepteurs et cela se retraduit oar une mauvaise absorption du calcium.A C G T Sujet normal A C G T sujet malade b. 11 . l’effet sur l’homozygote sera plus sévère. Quel est le mode probable de transmission de cette maladie ? Le mode de transmission probable et dominant. c. provoquant un décalage du cadre de lecture. car il y a production de récepteurs inactifs par l’allèle muté et des récepteurs normaux (actifs) par l’allèle sauvage. Cependant.