FACULTE DE MEDECINE D'ALGER –CBM DERGANA

MODULE DE GENETIQUE- SERIE DE TD N°3
Exercice 1
On se propose d’étudier la synthèse du facteur IX, un facteur plasmatique de la
coagulation. La séquence ci dessous est un fragment du brin transcrit du gène normal
codant ce facteur :
ACC GGG AAT TTC CTA AGC
1) Donner la polarité de ce fragment de gène (brin transcrit) et la séquence d’ADN
complémentaire.

Exercice 2
COMPLETER LES VIDES AVEC LES MOTS CLES CORRESPONDANTS
Fusion ou dénaturation
La température de fusion (ou dénaturation) Tm (melting temperature) des
.....................comme l'ADN est la température pour laquelle 50% des molécules d'ADN
sont désappariées (i.e. sous forme simple brin). Cette propriété est visible par lecture de
la ............................de la solution contenant l'ADN à ......... nm : la densité optique
augmente au cours du .............................(effet hyperchrome). L'énergie thermique
apportée devient alors suffisante pour rompre les liaisons ..................inter brins. Cette
température dépend donc de la quantité de liaisons hydrogènes présentes. Ce sont
d'abord les appariements ..........qui se séparent les premiers au cours de la montée de la
température car ils ne possèdent que deux liaisons hydrogènes contrairement aux
appariements ...........qui en possèdent trois. Ainsi, lors d'une élévation progressive de la
température, il se forme des yeux d'ouvertures dans l'ADN. Plusieurs formules
empiriques permettent de calculer la valeur de la température de fusion. Elles tiennent
compte du pourcentage de base (G+C), de la salinité du milieu ainsi que de divers
facteurs correctifs, tels que la présence de structures secondaires intra ou extra
moléculaires (repliement de l'ADN sur lui-même, formation d'appariements entre deux
brins. Plus il y a ...................................dans une molécule d'ADN, plus l'énergie de liaison
est élevée et plus sa température de fusion sera élevée.
Ainsi une molécule d'ADN double brin composée uniquement d'appariements de C (de
G) avec des G (des C) (3 liens H) nécessitera ..........d'énergie pour être dénaturée sous la
forme de molécules simple brins, qu'un ADN de même taille composé d'appariements de
A (de T) avec des T (des A) (2 liens H). Ceci explique pourquoi la température de fusion
de l'ADN varie en fonction de deux facteurs principaux :

sa taille (exprimée en nombre de bases, généralement en kilobase kb)
son rapport (A+T)/(C+G), appelé relation de..................., donnant un indice des
proportions de paires A-T versus C-G.

1

-G-A-C-T-T-A-C-A-C-G-C-G-A-T-T-T-T-A-T-A-T-A-G-C-. ce même nucléotide G a été perdu. Sachant que l’ARNm issu de la transcription de ce fragment d’ADN code le début d’une protéine : . On peut déduire la séquence Cterminale de cette enzyme en la comparant à celle d’un mutant pour lequel la 2 . Dans un autre mutant. comme cela se présente in vitro dans certaines conditions expérimentales).Exercice 3 Comment l’opéron lactose est-il activé ? Exercice 4 Soit une séquence de bases présente sur un brin d’ADN (brin 1) .. Ecrivez pour chaque cas les modifications introduites dans les séquences. cet ADN peut-il provenir du début d’un gène ? Exercice 6' : Après qu’elle a été synthétisée.écrivez la séquence du polypeptide traduit à partir de cet ARNm. On suppose qu’un ARNm est transcrit à partir de cet ADN. Comment s’exprime cette dégénérescence ? Exercice 6 Soit la séquence d’un brin d’un fragment d’ADN isolé à partir d’E.. Cette portion d’ADN est transcrite comme indiqué en (a). . Qu’advient-il de la protéine dans chaque cas ? Exercice 5 Le code génétique est dit redondant ou dégénéré.orientez toutes les séquences des acides nucléiques .. Combien de peptides différents cet ARNm code-t-il ? Obtiendrait-on les mêmes peptides si. en utilisant comme brin matrice le brin complémentaire. lichenformis.déterminez quel est le brin matrice (justifiez votre réponse) et écrivez la séquence de l’ARNm. s’il y en a. Quelle sera la séquence de cet ARNm ? b. A la suite d’une mutation. Enfin. c’était l’autre brin de l’ADN qui servait de matrice ? d.Coli : 5’-GTAGCCTACCCATAGG-3’ a. et qu’arrive-t-il à l’ARNtAla ? c. c. la 10ème base (G) du brin 1 représenté ci-dessus. ? (On admettra ici qu’aucun codon de départ n’est nécessaire. Quel ARNt se liera au ribosome après le départ de l’ARNtAla ? Quelles sont. Quel peptide obtiendrait-on si la traduction commençait précisément à l’extrémité 5’ de cet ARNm. la même base G a été remplacée par une thymine. mais vous ne savez pas quelle est la phase de lecture utilisée . cette même base G a été remplacée par une cytosine. Recopiez cette séquence et écrivez la séquence du brin d’ADN complémentaire (brin 2) b. chez un quatrième mutant.. on enlève quelques acides aminés à l’extrémité C terminale de la béta-lactamase de B.. . pour la transcription. les liaisons rompues lorsque le groupement amine de l’alanine s’engage dans une liaison peptidique. a été remplacée par une adénine.. Chez un troisième mutant. a.

Quelle hypothèse peut-on émettre quant au rôle de la méthylation dans la régulation de l'expression du gène de la globine Exercice 8 Séquençage d'un ADN par la technique de Sanger: a. Quel évènement mutationnel a donné naissance au mutant frameshift ? b.45 kb dans 3 conditions : . Soit représenté ci-dessous sur la ligne. du résidu 263 à l’extrémité Cterminale. Quelles différences de méthylation sont ainsi mises en évidence ? b. un segment d'ADN monobrin. b. Expliquez en quelques lignes le principe de la technique. MspI et HpaII.ADN souche sanguine + HpaII . Son séquençage est effectué par la technique de Sanger. En examinant le schéma représentant une partie de l'autoradiogramme du gel de migration. On utilise pour cela une analyse par Southern de fragments d'ADN génomique obtenues après coupures par 2 enzymes de restriction. seul MspI conserve sa capacité de reconnaissance. On donne ci-dessous les séquences en acides aminés. révèle un fragment de 1. de l’enzyme sauvage purifiée et du mutant frameshift (décalage de la phase de lecture) : Sauvage : N M N G K Mutant: N M I W Q I C V M K D a. En déduire le nombre d’acides aminés et si possible la séquence C-terminale de l’enzyme Exercice 7 On étudie l'expression du gène de la globine (constituant de l'hémoglobine) dans des cellules de souche sanguine et de cerveau. L'hybridation. Lorsque la première base de cette séquence est méthylée.phase de lecture a été décalée à la suite de l’insertion ou de la délétion d’un nucléotide . ' 3 . écrire : • la séquence nucléotidique lue directement sur ce schéma du film.ADN souche sanguine + MspI .ADN cerveau + MspI L'action de HpaII sur l'ADN de cerveau met en évidence un fragment plus grand. réalisée au moyen d'une sonde marquée d'ADNc du gène de la globine. avec une amorce XY. • la séquence réelle du segment d'ADN monobrin correspondant. a. dont le site de coupure est la séquence palindromique CCGG.

(responsables d’une augmentation du niveau de calcémie à partir duquel la sécrétion de PTH et la réabsorption du calcium par le tubule rénal sont inhibées) ont été mises en évidence par la technique de séquençage de Sanger chez un sujet atteint de la maladie. De quel type est-elle ? c. des mutations inactivatrices du récepteur sensible au calcium. Où est située la mutation sur le gel de séquence ci-dessous ? b.A G C T Exercice 9 Diagnostic d'une maladie génétique Au cours de l’exploration d’une famille atteinte d’hypercalcémie hypocalciurique familiale. Quel est le mode probable de transmission de cette maladie ? A C G Sujet normal T A C G sujet malade 4 T . a.

plus l'énergie de liaison est élevée et plus sa température de fusion sera élevée. L'énergie thermique apportée devient alors suffisante pour rompre les liaisons hydrogènes inter brins. 5 . sous forme simple brin). il se forme des yeux d'ouvertures dans l'ADN. (Effet hyperchrome). Cette propriété est visible par lecture de la densité optique de la solution contenant l'ADN à 260nm : la densité optique augmente au cours du phénomène de dénaturation. Plusieurs formules empiriques permettent de calculer la valeur de la température de fusion. Ainsi. de la salinité du milieu ainsi que de divers facteurs correctifs. formation d'appariements entre deux brins.SERIE DE TD N°3 Corrigé Exercice 1 On se propose d’étudier la synthèse du facteur IX.e. lors d'une élévation progressive de la température. . Elles tiennent compte du pourcentage de base (G+C). tels que la présence de structures secondaires intra ou extra moléculaires (repliement de l'ADN sur lui-même. La séquence ci dessous est un fragment du brin transcrit du gène normal codant ce facteur : ACC GGG AAT TTC CTA AGC 1) Donner la polarité de ce fragment de gène (brin transcrit) et la séquence d’ADN complémentaire. -3’ACC GGG AAT TTC CTA AGC5’ Avec l’autre polarité 3’ATC5’ donnera 5’UAG3’ sur l’ARNm se qui correspondrai au codon stop en début de lecture. Plus il y a de liaisons hydrogènes dans une molécule d'ADN.séquence d’ADN complémentaire : 5’TGG CCC TTA AAG GAT TCC3’ Exercice 2 COMPLETER LES VIDES AVEC LES MOTS CLES CORRESPONDANTS Fusion ou dénaturation La température de fusion (ou dénaturation) Tm (melting temperature) des acides nucléiques comme l'ADN est la température pour laquelle 50% des molécules d'ADN sont désappariées (i.FACULTE DE MEDECINE D'ALGER –CBM DERGANA MODULE DE GENETIQUE. Cette température dépend donc de la quantité de liaisons hydrogènes présentes. un facteur plasmatique de la coagulation. Ce sont d'abord les appariements AT qui se séparent les premiers au cours de la montée de la température car ils ne possèdent que deux liaisons hydrogènes contrairement aux appariements .GC qui en possèdent trois.

. appelé relation de ..écrivez la séquence du polypeptide traduit à partir de cet ARNm. car il possède la séquence 3’TAC5’ (en bleu) qui correspond sur l’ARNm au codon 5’AUG3’. Y et A. Exercice 3 Comment l’opéron lactose est-il activé ? L’opéron lactose est activé par inactivation du répresseur grâce à l’allolactose (inducteur). Ceci explique pourquoi la température de fusion de l'ADN varie en fonction de deux facteurs principaux : • • sa taille (exprimée en nombre de bases. généralement en kilobase kb) son rapport (A+T)/(C+G)..COOH c.-G-A-C-T-T-A-C-A-C-G-C-G-A-T-T-T-T-A-T-A-T-A-G-C-... Le brin matrice est le brin 1......Ainsi une molécule d'ADN double brin composée uniquement d'appariements de C (de G) avec des G (des C) (3 liens H) nécessitera plus d'énergie pour être dénaturée sous la forme de molécules simple brins. Sachant que l’ARNm issu de la transcription de ce fragment d’ADN code le début d’une protéine : ..Le répresseur se détache de l’opérateur permettant ainsi à l’ARN polymérase de reconnaître l’opérateur et de transcrire les cistrons Z. Recopiez cette séquence et écrivez la séquence du brin d’ADN complémentaire (brin 2) 1)..-G-A-C-T-T-A-C-A-C-G-C-G-A-T-T-T-T-A-T-A-T-A-G-C-. qu'un ADN de même taille composé d'appariements de A (de T) avec des T (des A) (2 liens H). Ecrivez pour chaque cas les modifications introduites dans les séquences..déterminez quel est le brin matrice (justifiez votre réponse) et écrivez la séquence de l’ARNm..... Qu’advient-il de la protéine dans chaque cas ? 6 .orientez toutes les séquences des acides nucléiques Brin (1) 3’-5’ et brin (2) 5’-3’ . a.chargaff donnant un indice des proportions de paires A-T versus C-G. NH2-Met Cys Ala Lys Ile Tyr ... Exercice 4 Soit une séquence de bases présente sur un brin d’ADN (brin 1) . . 2) C T G A A T G T G C G C A A A A A T A T A T C G b... ARNm : 5’AUG UGC GCA AAA AUA UAU CG .

cette même base G a été remplacée par une cytosine. il s’agit donc d’une mutation silencieuse. dits codons synonymes. Exercice 5 Le code génétique est dit redondant ou dégénéré. comme cela se présente in vitro dans certaines conditions expérimentales). Il n y a aucun effet sur la protéine. Dans ce cas on obtient un codon UGA qui est un codon STOP. NH2 Val Ala Tyr Pro COOH 7 . en utilisant comme brin matrice le brin complémentaire. ce même nucléotide G a été perdu. c’est un autre acide aminé. Dans un autre mutant. a été remplacée par une adénine. chez un quatrième mutant. c’est une mutation faux sens. l’ARNm sera : 5’ GUA GCC UAC CCA UAG3’ b. Chez un troisième mutant. la protéine est raccourcie et perd son activité. Le codon UGC est remplacé par UGU qui est un codon synonyme de la Cystéine. Dans ce cas il y a un décalage du cadre de lecture à partir de la délétion. Dans ce cas on obtient un codon UGG du tryptophane. Comment s’exprime cette dégénérescence ? Cette dégénérescence s’exprime par la non spécificité de la troisième base pour certains codons.A la suite d’une mutation. Dans ce cas la protéine (si c’est une enzyme) peut être plus active. Enfin. dans ce cas c’st une mutation non sens. Quel peptide obtiendrait-on si la traduction commençait précisément à l’extrémité 5’ de cet ARNm. moins active ou inactive. Ceci permet à un ARNt transportant le même acide aminé de reconnaître plusieurs codons différents. la 10ème base (G) du brin 1 représenté ci-dessus. de plus l’apparition d’un codon STOP(UGA) précocement au décalage raccourcie la protéine. Exercice 6 Soit la séquence d’un brin d’un fragment d’ADN isolé à partir d’E. ? (On admettra ici qu’aucun codon de départ n’est nécessaire. tout les acides aminés situés après la délétion seront différents de ceux de la protéine non mutée. la même base G a été remplacée par une thymine. On suppose qu’un ARNm est transcrit à partir de cet ADN. Quelle sera la séquence de cet ARNm ? Le brin représenté est le brin sens.Coli : 5’-GTAGCCTACCCATAGG-3’ a.

. Cette portion d’ADN est transcrite comme indiqué en (a). lichenformis. cet ADN peut-il provenir du début d’un gène ? Non. de l’enzyme sauvage purifiée et du mutant frame shift (décalage de la phase de lecture) : Sauvage : N M N G K Mutant: N M I W Q I C V M K D a. un gène ne peut pas commencer par un codon STOP. car les brins sont complémentaires et.l’ADN mutant est : AAU AUG AUA UGG GAA AUA UGU GUA AUG AAA GAU N M I W Q I C V M K D -L’AND normal est obtenu en éliminant la base U qui a été additionnée lors de la mutation : AAU AUG AAU GGG AAA UAU GUG UAA N M N G K Y V STOP Dans le polypeptide coupé K est l’acide amine N°263(voir énoncé) sans la mutation on a 2 acides aminés en plus après K. c’était l’autre brin de l’ADN qui servait de matrice ? On obtient une seul protéine (un polypeptide de 4 acides aminés). Le nombre total d’acides aminés est de 263+2= 265 acides aminés. Combien de peptides différents cet ARNm code-t-il ? Obtiendrait-on les mêmes peptides si. non identiques. on enlève quelques acides aminés à l’extrémité C terminale de la béta-lactamase de B. b. ce sont les acides aminés Y et V c’est la séquence C-terminale de l’enzyme puisqu’elle vient juste avant le codon STOP. si l’autre brin servait de matrice on obtiendrait un autre polypeptide. Quel évènement mutationnel a donné naissance au mutant frame shift ? L’événement mutationnel qui a donné le mutant fra shift est une addition d’une base « U » au niveau du deuxième codon de l’acide aminé (N) qui est l’asparagine= AAU→AUA U. Exercice 6' : Après qu’elle a été synthétisée. En déduire le nombre d’acides aminés et si possible la séquence C-terminale de l’enzyme . du résidu 263 à l’extrémité Cterminale. * 8 . On peut déduire la séquence Cterminale de cette enzyme en la comparant à celle d’un mutant pour lequel la phase de lecture a été décalée à la suite de l’insertion ou de la délétion d’un nucléotide . pour la transcription.c.. On donne ci-dessous les séquences en acides aminés... mais vous ne savez pas quelle est la phase de lecture utilisée . d. car le 5 eme codon est un codon STOP.

Exercice 8 Séquençage d'un ADN par la technique de Sanger: a.45 kb) cela veux dire que le palindrome est méthylé dans l’ADN du cerveau.ADN souche sanguine + HpaII . On utilise pour cela une analyse par Southern de fragments d'ADN génomique obtenues après coupures par 2 enzymes de restriction. réalisée au moyen d'une sonde marquée d'ADNc du gène de la globine. puisque il est reconnu par l’enzyme HpaII qui donne un fragment de1. Le principe de la technique est basé sur la réplication du brin réel en présence de didésoxynucléotides (qui bloquent la réplication).ADN cerveau + MspI L'action de HpaII sur l'ADN de cerveau met en évidence un fragment plus grand. Expliquez en quelques lignes le principe de la technique. 1 tube pour chaque type de nucléotide. L’utilisation de MspI qui est capable de couper un palindrome méthylé. tous les brins se terminent par une adénine. 9 . dont le site de coupure est la séquence palindromique CCGG. Lorsque la première base de cette séquence est méthylée. La migration de l’ADN après réplication nous donne la position du nucléotide dans le brin en fonction de la taille de ce dernier. Quelle hypothèse peut-on émettre quant au rôle de la méthylation dans la régulation de l'expression du gène de la globine La méthylation permet de fermer certains gènes dans des cellules différenciées.Exercice 7 On étudie l'expression du gène de la globine (constituant de l'hémoglobine) dans des cellules de souche sanguine et de cerveau. La lecture du gel pour les 4 tubes nous donne la séquence du brin lu. nous permst de confirmer que l’incapacité de HpaII est due à une méthylation de la cytosine et non pas à une mutation. a. alors qu’il ne l’est pas au niveau de l’ADN des cellules souches sanguines. Ainsi dans un tube de didésoxynucléotides est l’Adénine.45 kb dans 3 conditions : . révèle un fragment de 1. seul MspI conserve sa capacité de reconnaissance. b. car si le palindrome était muté même MspI n’aurai pas coupé le fragment d’ADN. dans 4 tubes différents. 45kb.ADN souche sanguine + MspI . L'hybridation. Quelles différences de méthylation sont ainsi mises en évidence ? L’action de MspI met en évidence un fragment plus grand (plus que 1. MspI et HpaII. Pour trouver le brin réel il faut écrire le brin complémentaire. pour leur permettre d’assurer leur activité en ne laissant actifs que les gènes dont elles ont besoin.

Son séquençage est effectué par la technique de Sanger. Soit représenté ci-dessous sur la ligne. un segment d'ADN monobrin. a.b. En examinant le schéma représentant une partie de l'autoradiogramme du gel de migration. ' A G C T Séquence du brin lu : 5’AAGATTTCT3’ Séquence du brin réel : 3’TTCTAAAGA5’ Exercice 9 Diagnostic d'une maladie génétique Au cours de l’exploration d’une famille atteinte d’hypercalcémie hypocalciurique familiale. • la séquence réelle du segment d'ADN monobrin correspondant. des mutations inactivatrices du récepteur sensible au calcium. écrire : • la séquence nucléotidique lue directement sur ce schéma du film. avec une amorce XY. (responsables d’une augmentation du niveau de calcémie à partir duquel la sécrétion de PTH et la réabsorption du calcium par le tubule rénal sont inhibées) ont été mises en évidence par la technique de séquençage de Sanger chez un sujet atteint de la maladie. Où est située la mutation sur le gel de séquence ci-dessous ? Il y a perte d’une base C 10 .

l’effet sur l’homozygote sera plus sévère.A C G T Sujet normal A C G T sujet malade b. Il y a donc perte de 50% des récepteurs et cela se retraduit oar une mauvaise absorption du calcium. c. Quel est le mode probable de transmission de cette maladie ? Le mode de transmission probable et dominant. De quel type est-elle ? Il s’agit d’une délétion. Cependant. 11 . provoquant un décalage du cadre de lecture. car il y a production de récepteurs inactifs par l’allèle muté et des récepteurs normaux (actifs) par l’allèle sauvage.