FACULTE DE MEDECINE D'ALGER –CBM DERGANA

MODULE DE GENETIQUE- SERIE DE TD N°3
Exercice 1
On se propose d’étudier la synthèse du facteur IX, un facteur plasmatique de la
coagulation. La séquence ci dessous est un fragment du brin transcrit du gène normal
codant ce facteur :
ACC GGG AAT TTC CTA AGC
1) Donner la polarité de ce fragment de gène (brin transcrit) et la séquence d’ADN
complémentaire.

Exercice 2
COMPLETER LES VIDES AVEC LES MOTS CLES CORRESPONDANTS
Fusion ou dénaturation
La température de fusion (ou dénaturation) Tm (melting temperature) des
.....................comme l'ADN est la température pour laquelle 50% des molécules d'ADN
sont désappariées (i.e. sous forme simple brin). Cette propriété est visible par lecture de
la ............................de la solution contenant l'ADN à ......... nm : la densité optique
augmente au cours du .............................(effet hyperchrome). L'énergie thermique
apportée devient alors suffisante pour rompre les liaisons ..................inter brins. Cette
température dépend donc de la quantité de liaisons hydrogènes présentes. Ce sont
d'abord les appariements ..........qui se séparent les premiers au cours de la montée de la
température car ils ne possèdent que deux liaisons hydrogènes contrairement aux
appariements ...........qui en possèdent trois. Ainsi, lors d'une élévation progressive de la
température, il se forme des yeux d'ouvertures dans l'ADN. Plusieurs formules
empiriques permettent de calculer la valeur de la température de fusion. Elles tiennent
compte du pourcentage de base (G+C), de la salinité du milieu ainsi que de divers
facteurs correctifs, tels que la présence de structures secondaires intra ou extra
moléculaires (repliement de l'ADN sur lui-même, formation d'appariements entre deux
brins. Plus il y a ...................................dans une molécule d'ADN, plus l'énergie de liaison
est élevée et plus sa température de fusion sera élevée.
Ainsi une molécule d'ADN double brin composée uniquement d'appariements de C (de
G) avec des G (des C) (3 liens H) nécessitera ..........d'énergie pour être dénaturée sous la
forme de molécules simple brins, qu'un ADN de même taille composé d'appariements de
A (de T) avec des T (des A) (2 liens H). Ceci explique pourquoi la température de fusion
de l'ADN varie en fonction de deux facteurs principaux :

sa taille (exprimée en nombre de bases, généralement en kilobase kb)
son rapport (A+T)/(C+G), appelé relation de..................., donnant un indice des
proportions de paires A-T versus C-G.

1

écrivez la séquence du polypeptide traduit à partir de cet ARNm. . Quelle sera la séquence de cet ARNm ? b. On suppose qu’un ARNm est transcrit à partir de cet ADN. en utilisant comme brin matrice le brin complémentaire. Quel peptide obtiendrait-on si la traduction commençait précisément à l’extrémité 5’ de cet ARNm. cette même base G a été remplacée par une cytosine. Comment s’exprime cette dégénérescence ? Exercice 6 Soit la séquence d’un brin d’un fragment d’ADN isolé à partir d’E. la même base G a été remplacée par une thymine. chez un quatrième mutant. mais vous ne savez pas quelle est la phase de lecture utilisée . Cette portion d’ADN est transcrite comme indiqué en (a).. la 10ème base (G) du brin 1 représenté ci-dessus. Combien de peptides différents cet ARNm code-t-il ? Obtiendrait-on les mêmes peptides si... c’était l’autre brin de l’ADN qui servait de matrice ? d. s’il y en a.. Recopiez cette séquence et écrivez la séquence du brin d’ADN complémentaire (brin 2) b.Exercice 3 Comment l’opéron lactose est-il activé ? Exercice 4 Soit une séquence de bases présente sur un brin d’ADN (brin 1) ..déterminez quel est le brin matrice (justifiez votre réponse) et écrivez la séquence de l’ARNm. lichenformis. Dans un autre mutant. Qu’advient-il de la protéine dans chaque cas ? Exercice 5 Le code génétique est dit redondant ou dégénéré. a été remplacée par une adénine. comme cela se présente in vitro dans certaines conditions expérimentales). ? (On admettra ici qu’aucun codon de départ n’est nécessaire. Chez un troisième mutant. cet ADN peut-il provenir du début d’un gène ? Exercice 6' : Après qu’elle a été synthétisée. ce même nucléotide G a été perdu. les liaisons rompues lorsque le groupement amine de l’alanine s’engage dans une liaison peptidique.Coli : 5’-GTAGCCTACCCATAGG-3’ a. c.-G-A-C-T-T-A-C-A-C-G-C-G-A-T-T-T-T-A-T-A-T-A-G-C-.. Enfin. Sachant que l’ARNm issu de la transcription de ce fragment d’ADN code le début d’une protéine : . pour la transcription. Quel ARNt se liera au ribosome après le départ de l’ARNtAla ? Quelles sont.orientez toutes les séquences des acides nucléiques . a. Ecrivez pour chaque cas les modifications introduites dans les séquences. A la suite d’une mutation. . On peut déduire la séquence Cterminale de cette enzyme en la comparant à celle d’un mutant pour lequel la 2 . et qu’arrive-t-il à l’ARNtAla ? c. on enlève quelques acides aminés à l’extrémité C terminale de la béta-lactamase de B.

Quelle hypothèse peut-on émettre quant au rôle de la méthylation dans la régulation de l'expression du gène de la globine Exercice 8 Séquençage d'un ADN par la technique de Sanger: a. un segment d'ADN monobrin. L'hybridation. MspI et HpaII. Quel évènement mutationnel a donné naissance au mutant frameshift ? b.ADN souche sanguine + MspI . du résidu 263 à l’extrémité Cterminale. révèle un fragment de 1. Quelles différences de méthylation sont ainsi mises en évidence ? b. • la séquence réelle du segment d'ADN monobrin correspondant. Expliquez en quelques lignes le principe de la technique. Lorsque la première base de cette séquence est méthylée. réalisée au moyen d'une sonde marquée d'ADNc du gène de la globine. En déduire le nombre d’acides aminés et si possible la séquence C-terminale de l’enzyme Exercice 7 On étudie l'expression du gène de la globine (constituant de l'hémoglobine) dans des cellules de souche sanguine et de cerveau. écrire : • la séquence nucléotidique lue directement sur ce schéma du film.45 kb dans 3 conditions : . Son séquençage est effectué par la technique de Sanger. dont le site de coupure est la séquence palindromique CCGG. a. On donne ci-dessous les séquences en acides aminés. seul MspI conserve sa capacité de reconnaissance. de l’enzyme sauvage purifiée et du mutant frameshift (décalage de la phase de lecture) : Sauvage : N M N G K Mutant: N M I W Q I C V M K D a. ' 3 .ADN cerveau + MspI L'action de HpaII sur l'ADN de cerveau met en évidence un fragment plus grand. avec une amorce XY. On utilise pour cela une analyse par Southern de fragments d'ADN génomique obtenues après coupures par 2 enzymes de restriction. En examinant le schéma représentant une partie de l'autoradiogramme du gel de migration. b.ADN souche sanguine + HpaII .phase de lecture a été décalée à la suite de l’insertion ou de la délétion d’un nucléotide . Soit représenté ci-dessous sur la ligne.

des mutations inactivatrices du récepteur sensible au calcium. De quel type est-elle ? c. Quel est le mode probable de transmission de cette maladie ? A C G Sujet normal T A C G sujet malade 4 T .A G C T Exercice 9 Diagnostic d'une maladie génétique Au cours de l’exploration d’une famille atteinte d’hypercalcémie hypocalciurique familiale. Où est située la mutation sur le gel de séquence ci-dessous ? b. (responsables d’une augmentation du niveau de calcémie à partir duquel la sécrétion de PTH et la réabsorption du calcium par le tubule rénal sont inhibées) ont été mises en évidence par la technique de séquençage de Sanger chez un sujet atteint de la maladie. a.

lors d'une élévation progressive de la température. -3’ACC GGG AAT TTC CTA AGC5’ Avec l’autre polarité 3’ATC5’ donnera 5’UAG3’ sur l’ARNm se qui correspondrai au codon stop en début de lecture. . de la salinité du milieu ainsi que de divers facteurs correctifs. Cette propriété est visible par lecture de la densité optique de la solution contenant l'ADN à 260nm : la densité optique augmente au cours du phénomène de dénaturation. (Effet hyperchrome). Ainsi. un facteur plasmatique de la coagulation. Plus il y a de liaisons hydrogènes dans une molécule d'ADN. formation d'appariements entre deux brins. Elles tiennent compte du pourcentage de base (G+C). La séquence ci dessous est un fragment du brin transcrit du gène normal codant ce facteur : ACC GGG AAT TTC CTA AGC 1) Donner la polarité de ce fragment de gène (brin transcrit) et la séquence d’ADN complémentaire. sous forme simple brin). 5 .FACULTE DE MEDECINE D'ALGER –CBM DERGANA MODULE DE GENETIQUE. il se forme des yeux d'ouvertures dans l'ADN. Ce sont d'abord les appariements AT qui se séparent les premiers au cours de la montée de la température car ils ne possèdent que deux liaisons hydrogènes contrairement aux appariements . Cette température dépend donc de la quantité de liaisons hydrogènes présentes.e.séquence d’ADN complémentaire : 5’TGG CCC TTA AAG GAT TCC3’ Exercice 2 COMPLETER LES VIDES AVEC LES MOTS CLES CORRESPONDANTS Fusion ou dénaturation La température de fusion (ou dénaturation) Tm (melting temperature) des acides nucléiques comme l'ADN est la température pour laquelle 50% des molécules d'ADN sont désappariées (i.SERIE DE TD N°3 Corrigé Exercice 1 On se propose d’étudier la synthèse du facteur IX. plus l'énergie de liaison est élevée et plus sa température de fusion sera élevée. L'énergie thermique apportée devient alors suffisante pour rompre les liaisons hydrogènes inter brins.GC qui en possèdent trois. tels que la présence de structures secondaires intra ou extra moléculaires (repliement de l'ADN sur lui-même. Plusieurs formules empiriques permettent de calculer la valeur de la température de fusion.

orientez toutes les séquences des acides nucléiques Brin (1) 3’-5’ et brin (2) 5’-3’ .. Y et A...-G-A-C-T-T-A-C-A-C-G-C-G-A-T-T-T-T-A-T-A-T-A-G-C-. ARNm : 5’AUG UGC GCA AAA AUA UAU CG .COOH c. Exercice 4 Soit une séquence de bases présente sur un brin d’ADN (brin 1) .. appelé relation de .-G-A-C-T-T-A-C-A-C-G-C-G-A-T-T-T-T-A-T-A-T-A-G-C-... Ecrivez pour chaque cas les modifications introduites dans les séquences.. qu'un ADN de même taille composé d'appariements de A (de T) avec des T (des A) (2 liens H).écrivez la séquence du polypeptide traduit à partir de cet ARNm.. Le brin matrice est le brin 1. 2) C T G A A T G T G C G C A A A A A T A T A T C G b. généralement en kilobase kb) son rapport (A+T)/(C+G).. Qu’advient-il de la protéine dans chaque cas ? 6 . Recopiez cette séquence et écrivez la séquence du brin d’ADN complémentaire (brin 2) 1)...chargaff donnant un indice des proportions de paires A-T versus C-G... car il possède la séquence 3’TAC5’ (en bleu) qui correspond sur l’ARNm au codon 5’AUG3’.... NH2-Met Cys Ala Lys Ile Tyr . .....Ainsi une molécule d'ADN double brin composée uniquement d'appariements de C (de G) avec des G (des C) (3 liens H) nécessitera plus d'énergie pour être dénaturée sous la forme de molécules simple brins. Sachant que l’ARNm issu de la transcription de ce fragment d’ADN code le début d’une protéine : . Exercice 3 Comment l’opéron lactose est-il activé ? L’opéron lactose est activé par inactivation du répresseur grâce à l’allolactose (inducteur).Le répresseur se détache de l’opérateur permettant ainsi à l’ARN polymérase de reconnaître l’opérateur et de transcrire les cistrons Z.déterminez quel est le brin matrice (justifiez votre réponse) et écrivez la séquence de l’ARNm. Ceci explique pourquoi la température de fusion de l'ADN varie en fonction de deux facteurs principaux : • • sa taille (exprimée en nombre de bases. a..

cette même base G a été remplacée par une cytosine. Comment s’exprime cette dégénérescence ? Cette dégénérescence s’exprime par la non spécificité de la troisième base pour certains codons. tout les acides aminés situés après la délétion seront différents de ceux de la protéine non mutée. Chez un troisième mutant. NH2 Val Ala Tyr Pro COOH 7 . la 10ème base (G) du brin 1 représenté ci-dessus. moins active ou inactive. comme cela se présente in vitro dans certaines conditions expérimentales). c’est une mutation faux sens. Dans ce cas on obtient un codon UGA qui est un codon STOP. Enfin. Exercice 6 Soit la séquence d’un brin d’un fragment d’ADN isolé à partir d’E.Coli : 5’-GTAGCCTACCCATAGG-3’ a. ? (On admettra ici qu’aucun codon de départ n’est nécessaire. Ceci permet à un ARNt transportant le même acide aminé de reconnaître plusieurs codons différents. Dans ce cas on obtient un codon UGG du tryptophane. dans ce cas c’st une mutation non sens. chez un quatrième mutant. de plus l’apparition d’un codon STOP(UGA) précocement au décalage raccourcie la protéine. il s’agit donc d’une mutation silencieuse. dits codons synonymes. l’ARNm sera : 5’ GUA GCC UAC CCA UAG3’ b. Dans un autre mutant. Dans ce cas la protéine (si c’est une enzyme) peut être plus active. Il n y a aucun effet sur la protéine.A la suite d’une mutation. a été remplacée par une adénine. On suppose qu’un ARNm est transcrit à partir de cet ADN. c’est un autre acide aminé. la même base G a été remplacée par une thymine. la protéine est raccourcie et perd son activité. Exercice 5 Le code génétique est dit redondant ou dégénéré. Quelle sera la séquence de cet ARNm ? Le brin représenté est le brin sens. ce même nucléotide G a été perdu. en utilisant comme brin matrice le brin complémentaire. Quel peptide obtiendrait-on si la traduction commençait précisément à l’extrémité 5’ de cet ARNm. Le codon UGC est remplacé par UGU qui est un codon synonyme de la Cystéine. Dans ce cas il y a un décalage du cadre de lecture à partir de la délétion.

. mais vous ne savez pas quelle est la phase de lecture utilisée . On peut déduire la séquence Cterminale de cette enzyme en la comparant à celle d’un mutant pour lequel la phase de lecture a été décalée à la suite de l’insertion ou de la délétion d’un nucléotide . pour la transcription. un gène ne peut pas commencer par un codon STOP. si l’autre brin servait de matrice on obtiendrait un autre polypeptide. car le 5 eme codon est un codon STOP.l’ADN mutant est : AAU AUG AUA UGG GAA AUA UGU GUA AUG AAA GAU N M I W Q I C V M K D -L’AND normal est obtenu en éliminant la base U qui a été additionnée lors de la mutation : AAU AUG AAU GGG AAA UAU GUG UAA N M N G K Y V STOP Dans le polypeptide coupé K est l’acide amine N°263(voir énoncé) sans la mutation on a 2 acides aminés en plus après K.. cet ADN peut-il provenir du début d’un gène ? Non. b. Quel évènement mutationnel a donné naissance au mutant frame shift ? L’événement mutationnel qui a donné le mutant fra shift est une addition d’une base « U » au niveau du deuxième codon de l’acide aminé (N) qui est l’asparagine= AAU→AUA U. de l’enzyme sauvage purifiée et du mutant frame shift (décalage de la phase de lecture) : Sauvage : N M N G K Mutant: N M I W Q I C V M K D a.. En déduire le nombre d’acides aminés et si possible la séquence C-terminale de l’enzyme . Combien de peptides différents cet ARNm code-t-il ? Obtiendrait-on les mêmes peptides si.c. d. non identiques. * 8 . car les brins sont complémentaires et. Le nombre total d’acides aminés est de 263+2= 265 acides aminés. c’était l’autre brin de l’ADN qui servait de matrice ? On obtient une seul protéine (un polypeptide de 4 acides aminés).. Exercice 6' : Après qu’elle a été synthétisée. ce sont les acides aminés Y et V c’est la séquence C-terminale de l’enzyme puisqu’elle vient juste avant le codon STOP. du résidu 263 à l’extrémité Cterminale. Cette portion d’ADN est transcrite comme indiqué en (a). lichenformis. On donne ci-dessous les séquences en acides aminés. on enlève quelques acides aminés à l’extrémité C terminale de la béta-lactamase de B.

ADN cerveau + MspI L'action de HpaII sur l'ADN de cerveau met en évidence un fragment plus grand. Quelles différences de méthylation sont ainsi mises en évidence ? L’action de MspI met en évidence un fragment plus grand (plus que 1. dont le site de coupure est la séquence palindromique CCGG. tous les brins se terminent par une adénine. seul MspI conserve sa capacité de reconnaissance. 1 tube pour chaque type de nucléotide. nous permst de confirmer que l’incapacité de HpaII est due à une méthylation de la cytosine et non pas à une mutation.ADN souche sanguine + HpaII . Exercice 8 Séquençage d'un ADN par la technique de Sanger: a. Pour trouver le brin réel il faut écrire le brin complémentaire. Quelle hypothèse peut-on émettre quant au rôle de la méthylation dans la régulation de l'expression du gène de la globine La méthylation permet de fermer certains gènes dans des cellules différenciées. alors qu’il ne l’est pas au niveau de l’ADN des cellules souches sanguines. 9 . puisque il est reconnu par l’enzyme HpaII qui donne un fragment de1.45 kb) cela veux dire que le palindrome est méthylé dans l’ADN du cerveau. réalisée au moyen d'une sonde marquée d'ADNc du gène de la globine. 45kb. MspI et HpaII. L'hybridation. L’utilisation de MspI qui est capable de couper un palindrome méthylé.Exercice 7 On étudie l'expression du gène de la globine (constituant de l'hémoglobine) dans des cellules de souche sanguine et de cerveau. pour leur permettre d’assurer leur activité en ne laissant actifs que les gènes dont elles ont besoin. Lorsque la première base de cette séquence est méthylée. a. Expliquez en quelques lignes le principe de la technique. Le principe de la technique est basé sur la réplication du brin réel en présence de didésoxynucléotides (qui bloquent la réplication). La migration de l’ADN après réplication nous donne la position du nucléotide dans le brin en fonction de la taille de ce dernier. On utilise pour cela une analyse par Southern de fragments d'ADN génomique obtenues après coupures par 2 enzymes de restriction.ADN souche sanguine + MspI . Ainsi dans un tube de didésoxynucléotides est l’Adénine.45 kb dans 3 conditions : . car si le palindrome était muté même MspI n’aurai pas coupé le fragment d’ADN. b. La lecture du gel pour les 4 tubes nous donne la séquence du brin lu. révèle un fragment de 1. dans 4 tubes différents.

écrire : • la séquence nucléotidique lue directement sur ce schéma du film.b. a. ' A G C T Séquence du brin lu : 5’AAGATTTCT3’ Séquence du brin réel : 3’TTCTAAAGA5’ Exercice 9 Diagnostic d'une maladie génétique Au cours de l’exploration d’une famille atteinte d’hypercalcémie hypocalciurique familiale. (responsables d’une augmentation du niveau de calcémie à partir duquel la sécrétion de PTH et la réabsorption du calcium par le tubule rénal sont inhibées) ont été mises en évidence par la technique de séquençage de Sanger chez un sujet atteint de la maladie. des mutations inactivatrices du récepteur sensible au calcium. • la séquence réelle du segment d'ADN monobrin correspondant. En examinant le schéma représentant une partie de l'autoradiogramme du gel de migration. Son séquençage est effectué par la technique de Sanger. Où est située la mutation sur le gel de séquence ci-dessous ? Il y a perte d’une base C 10 . un segment d'ADN monobrin. avec une amorce XY. Soit représenté ci-dessous sur la ligne.

11 . Quel est le mode probable de transmission de cette maladie ? Le mode de transmission probable et dominant.A C G T Sujet normal A C G T sujet malade b. provoquant un décalage du cadre de lecture. l’effet sur l’homozygote sera plus sévère. De quel type est-elle ? Il s’agit d’une délétion. car il y a production de récepteurs inactifs par l’allèle muté et des récepteurs normaux (actifs) par l’allèle sauvage. Cependant. c. Il y a donc perte de 50% des récepteurs et cela se retraduit oar une mauvaise absorption du calcium.