FACULTE DE MEDECINE D'ALGER –CBM DERGANA

MODULE DE GENETIQUE- SERIE DE TD N°3
Exercice 1
On se propose d’étudier la synthèse du facteur IX, un facteur plasmatique de la
coagulation. La séquence ci dessous est un fragment du brin transcrit du gène normal
codant ce facteur :
ACC GGG AAT TTC CTA AGC
1) Donner la polarité de ce fragment de gène (brin transcrit) et la séquence d’ADN
complémentaire.

Exercice 2
COMPLETER LES VIDES AVEC LES MOTS CLES CORRESPONDANTS
Fusion ou dénaturation
La température de fusion (ou dénaturation) Tm (melting temperature) des
.....................comme l'ADN est la température pour laquelle 50% des molécules d'ADN
sont désappariées (i.e. sous forme simple brin). Cette propriété est visible par lecture de
la ............................de la solution contenant l'ADN à ......... nm : la densité optique
augmente au cours du .............................(effet hyperchrome). L'énergie thermique
apportée devient alors suffisante pour rompre les liaisons ..................inter brins. Cette
température dépend donc de la quantité de liaisons hydrogènes présentes. Ce sont
d'abord les appariements ..........qui se séparent les premiers au cours de la montée de la
température car ils ne possèdent que deux liaisons hydrogènes contrairement aux
appariements ...........qui en possèdent trois. Ainsi, lors d'une élévation progressive de la
température, il se forme des yeux d'ouvertures dans l'ADN. Plusieurs formules
empiriques permettent de calculer la valeur de la température de fusion. Elles tiennent
compte du pourcentage de base (G+C), de la salinité du milieu ainsi que de divers
facteurs correctifs, tels que la présence de structures secondaires intra ou extra
moléculaires (repliement de l'ADN sur lui-même, formation d'appariements entre deux
brins. Plus il y a ...................................dans une molécule d'ADN, plus l'énergie de liaison
est élevée et plus sa température de fusion sera élevée.
Ainsi une molécule d'ADN double brin composée uniquement d'appariements de C (de
G) avec des G (des C) (3 liens H) nécessitera ..........d'énergie pour être dénaturée sous la
forme de molécules simple brins, qu'un ADN de même taille composé d'appariements de
A (de T) avec des T (des A) (2 liens H). Ceci explique pourquoi la température de fusion
de l'ADN varie en fonction de deux facteurs principaux :

sa taille (exprimée en nombre de bases, généralement en kilobase kb)
son rapport (A+T)/(C+G), appelé relation de..................., donnant un indice des
proportions de paires A-T versus C-G.

1

Enfin. les liaisons rompues lorsque le groupement amine de l’alanine s’engage dans une liaison peptidique. a été remplacée par une adénine. lichenformis. c’était l’autre brin de l’ADN qui servait de matrice ? d. Quel ARNt se liera au ribosome après le départ de l’ARNtAla ? Quelles sont. On suppose qu’un ARNm est transcrit à partir de cet ADN.Coli : 5’-GTAGCCTACCCATAGG-3’ a. c. Comment s’exprime cette dégénérescence ? Exercice 6 Soit la séquence d’un brin d’un fragment d’ADN isolé à partir d’E. la même base G a été remplacée par une thymine. Chez un troisième mutant. mais vous ne savez pas quelle est la phase de lecture utilisée . la 10ème base (G) du brin 1 représenté ci-dessus..orientez toutes les séquences des acides nucléiques . Recopiez cette séquence et écrivez la séquence du brin d’ADN complémentaire (brin 2) b. Cette portion d’ADN est transcrite comme indiqué en (a). Dans un autre mutant.Exercice 3 Comment l’opéron lactose est-il activé ? Exercice 4 Soit une séquence de bases présente sur un brin d’ADN (brin 1) .-G-A-C-T-T-A-C-A-C-G-C-G-A-T-T-T-T-A-T-A-T-A-G-C-. Qu’advient-il de la protéine dans chaque cas ? Exercice 5 Le code génétique est dit redondant ou dégénéré.écrivez la séquence du polypeptide traduit à partir de cet ARNm. On peut déduire la séquence Cterminale de cette enzyme en la comparant à celle d’un mutant pour lequel la 2 .. comme cela se présente in vitro dans certaines conditions expérimentales). cet ADN peut-il provenir du début d’un gène ? Exercice 6' : Après qu’elle a été synthétisée. Quelle sera la séquence de cet ARNm ? b. ce même nucléotide G a été perdu. ? (On admettra ici qu’aucun codon de départ n’est nécessaire.. et qu’arrive-t-il à l’ARNtAla ? c. Quel peptide obtiendrait-on si la traduction commençait précisément à l’extrémité 5’ de cet ARNm.déterminez quel est le brin matrice (justifiez votre réponse) et écrivez la séquence de l’ARNm. Combien de peptides différents cet ARNm code-t-il ? Obtiendrait-on les mêmes peptides si.. en utilisant comme brin matrice le brin complémentaire. chez un quatrième mutant. s’il y en a. Sachant que l’ARNm issu de la transcription de ce fragment d’ADN code le début d’une protéine : . on enlève quelques acides aminés à l’extrémité C terminale de la béta-lactamase de B. a. A la suite d’une mutation.. . cette même base G a été remplacée par une cytosine. pour la transcription. Ecrivez pour chaque cas les modifications introduites dans les séquences.. .

En déduire le nombre d’acides aminés et si possible la séquence C-terminale de l’enzyme Exercice 7 On étudie l'expression du gène de la globine (constituant de l'hémoglobine) dans des cellules de souche sanguine et de cerveau. avec une amorce XY.ADN cerveau + MspI L'action de HpaII sur l'ADN de cerveau met en évidence un fragment plus grand. un segment d'ADN monobrin. révèle un fragment de 1. de l’enzyme sauvage purifiée et du mutant frameshift (décalage de la phase de lecture) : Sauvage : N M N G K Mutant: N M I W Q I C V M K D a. Quelle hypothèse peut-on émettre quant au rôle de la méthylation dans la régulation de l'expression du gène de la globine Exercice 8 Séquençage d'un ADN par la technique de Sanger: a.phase de lecture a été décalée à la suite de l’insertion ou de la délétion d’un nucléotide . MspI et HpaII.ADN souche sanguine + MspI . dont le site de coupure est la séquence palindromique CCGG. Lorsque la première base de cette séquence est méthylée. seul MspI conserve sa capacité de reconnaissance. On utilise pour cela une analyse par Southern de fragments d'ADN génomique obtenues après coupures par 2 enzymes de restriction.ADN souche sanguine + HpaII . En examinant le schéma représentant une partie de l'autoradiogramme du gel de migration. Soit représenté ci-dessous sur la ligne. réalisée au moyen d'une sonde marquée d'ADNc du gène de la globine. Quel évènement mutationnel a donné naissance au mutant frameshift ? b. L'hybridation. • la séquence réelle du segment d'ADN monobrin correspondant. b. Quelles différences de méthylation sont ainsi mises en évidence ? b. écrire : • la séquence nucléotidique lue directement sur ce schéma du film.45 kb dans 3 conditions : . Son séquençage est effectué par la technique de Sanger. On donne ci-dessous les séquences en acides aminés. du résidu 263 à l’extrémité Cterminale. ' 3 . Expliquez en quelques lignes le principe de la technique. a.

des mutations inactivatrices du récepteur sensible au calcium. Où est située la mutation sur le gel de séquence ci-dessous ? b. De quel type est-elle ? c. Quel est le mode probable de transmission de cette maladie ? A C G Sujet normal T A C G sujet malade 4 T . (responsables d’une augmentation du niveau de calcémie à partir duquel la sécrétion de PTH et la réabsorption du calcium par le tubule rénal sont inhibées) ont été mises en évidence par la technique de séquençage de Sanger chez un sujet atteint de la maladie. a.A G C T Exercice 9 Diagnostic d'une maladie génétique Au cours de l’exploration d’une famille atteinte d’hypercalcémie hypocalciurique familiale.

il se forme des yeux d'ouvertures dans l'ADN. tels que la présence de structures secondaires intra ou extra moléculaires (repliement de l'ADN sur lui-même. 5 . formation d'appariements entre deux brins. -3’ACC GGG AAT TTC CTA AGC5’ Avec l’autre polarité 3’ATC5’ donnera 5’UAG3’ sur l’ARNm se qui correspondrai au codon stop en début de lecture. un facteur plasmatique de la coagulation. . Ainsi. (Effet hyperchrome).e. Cette température dépend donc de la quantité de liaisons hydrogènes présentes. La séquence ci dessous est un fragment du brin transcrit du gène normal codant ce facteur : ACC GGG AAT TTC CTA AGC 1) Donner la polarité de ce fragment de gène (brin transcrit) et la séquence d’ADN complémentaire. sous forme simple brin).séquence d’ADN complémentaire : 5’TGG CCC TTA AAG GAT TCC3’ Exercice 2 COMPLETER LES VIDES AVEC LES MOTS CLES CORRESPONDANTS Fusion ou dénaturation La température de fusion (ou dénaturation) Tm (melting temperature) des acides nucléiques comme l'ADN est la température pour laquelle 50% des molécules d'ADN sont désappariées (i.GC qui en possèdent trois.SERIE DE TD N°3 Corrigé Exercice 1 On se propose d’étudier la synthèse du facteur IX. Elles tiennent compte du pourcentage de base (G+C). Cette propriété est visible par lecture de la densité optique de la solution contenant l'ADN à 260nm : la densité optique augmente au cours du phénomène de dénaturation. lors d'une élévation progressive de la température. Plusieurs formules empiriques permettent de calculer la valeur de la température de fusion. Plus il y a de liaisons hydrogènes dans une molécule d'ADN. Ce sont d'abord les appariements AT qui se séparent les premiers au cours de la montée de la température car ils ne possèdent que deux liaisons hydrogènes contrairement aux appariements . de la salinité du milieu ainsi que de divers facteurs correctifs. L'énergie thermique apportée devient alors suffisante pour rompre les liaisons hydrogènes inter brins. plus l'énergie de liaison est élevée et plus sa température de fusion sera élevée.FACULTE DE MEDECINE D'ALGER –CBM DERGANA MODULE DE GENETIQUE.

COOH c. Recopiez cette séquence et écrivez la séquence du brin d’ADN complémentaire (brin 2) 1)... Y et A.. Qu’advient-il de la protéine dans chaque cas ? 6 ... Exercice 3 Comment l’opéron lactose est-il activé ? L’opéron lactose est activé par inactivation du répresseur grâce à l’allolactose (inducteur).. qu'un ADN de même taille composé d'appariements de A (de T) avec des T (des A) (2 liens H).orientez toutes les séquences des acides nucléiques Brin (1) 3’-5’ et brin (2) 5’-3’ ... ARNm : 5’AUG UGC GCA AAA AUA UAU CG . .. Ecrivez pour chaque cas les modifications introduites dans les séquences. Le brin matrice est le brin 1..écrivez la séquence du polypeptide traduit à partir de cet ARNm. NH2-Met Cys Ala Lys Ile Tyr .chargaff donnant un indice des proportions de paires A-T versus C-G.-G-A-C-T-T-A-C-A-C-G-C-G-A-T-T-T-T-A-T-A-T-A-G-C-....Ainsi une molécule d'ADN double brin composée uniquement d'appariements de C (de G) avec des G (des C) (3 liens H) nécessitera plus d'énergie pour être dénaturée sous la forme de molécules simple brins.. Sachant que l’ARNm issu de la transcription de ce fragment d’ADN code le début d’une protéine : .déterminez quel est le brin matrice (justifiez votre réponse) et écrivez la séquence de l’ARNm. car il possède la séquence 3’TAC5’ (en bleu) qui correspond sur l’ARNm au codon 5’AUG3’. a.. généralement en kilobase kb) son rapport (A+T)/(C+G). 2) C T G A A T G T G C G C A A A A A T A T A T C G b. Exercice 4 Soit une séquence de bases présente sur un brin d’ADN (brin 1) . appelé relation de ....-G-A-C-T-T-A-C-A-C-G-C-G-A-T-T-T-T-A-T-A-T-A-G-C-...Le répresseur se détache de l’opérateur permettant ainsi à l’ARN polymérase de reconnaître l’opérateur et de transcrire les cistrons Z. Ceci explique pourquoi la température de fusion de l'ADN varie en fonction de deux facteurs principaux : • • sa taille (exprimée en nombre de bases..

comme cela se présente in vitro dans certaines conditions expérimentales). Quelle sera la séquence de cet ARNm ? Le brin représenté est le brin sens. de plus l’apparition d’un codon STOP(UGA) précocement au décalage raccourcie la protéine. NH2 Val Ala Tyr Pro COOH 7 . Dans ce cas la protéine (si c’est une enzyme) peut être plus active. Exercice 5 Le code génétique est dit redondant ou dégénéré.Coli : 5’-GTAGCCTACCCATAGG-3’ a. en utilisant comme brin matrice le brin complémentaire. c’est un autre acide aminé. l’ARNm sera : 5’ GUA GCC UAC CCA UAG3’ b. c’est une mutation faux sens. dits codons synonymes. la protéine est raccourcie et perd son activité. Dans ce cas il y a un décalage du cadre de lecture à partir de la délétion. Enfin. On suppose qu’un ARNm est transcrit à partir de cet ADN. Comment s’exprime cette dégénérescence ? Cette dégénérescence s’exprime par la non spécificité de la troisième base pour certains codons. ce même nucléotide G a été perdu. chez un quatrième mutant. Chez un troisième mutant. il s’agit donc d’une mutation silencieuse. Le codon UGC est remplacé par UGU qui est un codon synonyme de la Cystéine. a été remplacée par une adénine. moins active ou inactive. Ceci permet à un ARNt transportant le même acide aminé de reconnaître plusieurs codons différents. ? (On admettra ici qu’aucun codon de départ n’est nécessaire.A la suite d’une mutation. dans ce cas c’st une mutation non sens. Quel peptide obtiendrait-on si la traduction commençait précisément à l’extrémité 5’ de cet ARNm. tout les acides aminés situés après la délétion seront différents de ceux de la protéine non mutée. Dans ce cas on obtient un codon UGG du tryptophane. Exercice 6 Soit la séquence d’un brin d’un fragment d’ADN isolé à partir d’E. Dans un autre mutant. cette même base G a été remplacée par une cytosine. Il n y a aucun effet sur la protéine. Dans ce cas on obtient un codon UGA qui est un codon STOP. la même base G a été remplacée par une thymine. la 10ème base (G) du brin 1 représenté ci-dessus.

si l’autre brin servait de matrice on obtiendrait un autre polypeptide. de l’enzyme sauvage purifiée et du mutant frame shift (décalage de la phase de lecture) : Sauvage : N M N G K Mutant: N M I W Q I C V M K D a. on enlève quelques acides aminés à l’extrémité C terminale de la béta-lactamase de B. b. c’était l’autre brin de l’ADN qui servait de matrice ? On obtient une seul protéine (un polypeptide de 4 acides aminés). En déduire le nombre d’acides aminés et si possible la séquence C-terminale de l’enzyme . non identiques.. lichenformis.. Combien de peptides différents cet ARNm code-t-il ? Obtiendrait-on les mêmes peptides si.c.. On peut déduire la séquence Cterminale de cette enzyme en la comparant à celle d’un mutant pour lequel la phase de lecture a été décalée à la suite de l’insertion ou de la délétion d’un nucléotide . pour la transcription. un gène ne peut pas commencer par un codon STOP. ce sont les acides aminés Y et V c’est la séquence C-terminale de l’enzyme puisqu’elle vient juste avant le codon STOP. On donne ci-dessous les séquences en acides aminés.. Le nombre total d’acides aminés est de 263+2= 265 acides aminés. Quel évènement mutationnel a donné naissance au mutant frame shift ? L’événement mutationnel qui a donné le mutant fra shift est une addition d’une base « U » au niveau du deuxième codon de l’acide aminé (N) qui est l’asparagine= AAU→AUA U. car les brins sont complémentaires et. du résidu 263 à l’extrémité Cterminale. d. mais vous ne savez pas quelle est la phase de lecture utilisée . cet ADN peut-il provenir du début d’un gène ? Non. Exercice 6' : Après qu’elle a été synthétisée. * 8 . car le 5 eme codon est un codon STOP. Cette portion d’ADN est transcrite comme indiqué en (a).l’ADN mutant est : AAU AUG AUA UGG GAA AUA UGU GUA AUG AAA GAU N M I W Q I C V M K D -L’AND normal est obtenu en éliminant la base U qui a été additionnée lors de la mutation : AAU AUG AAU GGG AAA UAU GUG UAA N M N G K Y V STOP Dans le polypeptide coupé K est l’acide amine N°263(voir énoncé) sans la mutation on a 2 acides aminés en plus après K.

Exercice 8 Séquençage d'un ADN par la technique de Sanger: a. révèle un fragment de 1. puisque il est reconnu par l’enzyme HpaII qui donne un fragment de1. L’utilisation de MspI qui est capable de couper un palindrome méthylé. dans 4 tubes différents.Exercice 7 On étudie l'expression du gène de la globine (constituant de l'hémoglobine) dans des cellules de souche sanguine et de cerveau. dont le site de coupure est la séquence palindromique CCGG.ADN souche sanguine + HpaII . Le principe de la technique est basé sur la réplication du brin réel en présence de didésoxynucléotides (qui bloquent la réplication). a.ADN souche sanguine + MspI . pour leur permettre d’assurer leur activité en ne laissant actifs que les gènes dont elles ont besoin. Expliquez en quelques lignes le principe de la technique.45 kb dans 3 conditions : . Quelles différences de méthylation sont ainsi mises en évidence ? L’action de MspI met en évidence un fragment plus grand (plus que 1. MspI et HpaII. car si le palindrome était muté même MspI n’aurai pas coupé le fragment d’ADN. L'hybridation.ADN cerveau + MspI L'action de HpaII sur l'ADN de cerveau met en évidence un fragment plus grand. 45kb. On utilise pour cela une analyse par Southern de fragments d'ADN génomique obtenues après coupures par 2 enzymes de restriction. Pour trouver le brin réel il faut écrire le brin complémentaire. 1 tube pour chaque type de nucléotide. b. La lecture du gel pour les 4 tubes nous donne la séquence du brin lu. La migration de l’ADN après réplication nous donne la position du nucléotide dans le brin en fonction de la taille de ce dernier.45 kb) cela veux dire que le palindrome est méthylé dans l’ADN du cerveau. nous permst de confirmer que l’incapacité de HpaII est due à une méthylation de la cytosine et non pas à une mutation. 9 . alors qu’il ne l’est pas au niveau de l’ADN des cellules souches sanguines. Lorsque la première base de cette séquence est méthylée. réalisée au moyen d'une sonde marquée d'ADNc du gène de la globine. seul MspI conserve sa capacité de reconnaissance. Quelle hypothèse peut-on émettre quant au rôle de la méthylation dans la régulation de l'expression du gène de la globine La méthylation permet de fermer certains gènes dans des cellules différenciées. Ainsi dans un tube de didésoxynucléotides est l’Adénine. tous les brins se terminent par une adénine.

Son séquençage est effectué par la technique de Sanger. avec une amorce XY. écrire : • la séquence nucléotidique lue directement sur ce schéma du film. un segment d'ADN monobrin. Soit représenté ci-dessous sur la ligne. (responsables d’une augmentation du niveau de calcémie à partir duquel la sécrétion de PTH et la réabsorption du calcium par le tubule rénal sont inhibées) ont été mises en évidence par la technique de séquençage de Sanger chez un sujet atteint de la maladie. En examinant le schéma représentant une partie de l'autoradiogramme du gel de migration. des mutations inactivatrices du récepteur sensible au calcium. • la séquence réelle du segment d'ADN monobrin correspondant. Où est située la mutation sur le gel de séquence ci-dessous ? Il y a perte d’une base C 10 . ' A G C T Séquence du brin lu : 5’AAGATTTCT3’ Séquence du brin réel : 3’TTCTAAAGA5’ Exercice 9 Diagnostic d'une maladie génétique Au cours de l’exploration d’une famille atteinte d’hypercalcémie hypocalciurique familiale. a.b.

11 .A C G T Sujet normal A C G T sujet malade b. Il y a donc perte de 50% des récepteurs et cela se retraduit oar une mauvaise absorption du calcium. Cependant. Quel est le mode probable de transmission de cette maladie ? Le mode de transmission probable et dominant. c. provoquant un décalage du cadre de lecture. De quel type est-elle ? Il s’agit d’une délétion. l’effet sur l’homozygote sera plus sévère. car il y a production de récepteurs inactifs par l’allèle muté et des récepteurs normaux (actifs) par l’allèle sauvage.

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