Les entrobactries ou famille des ENTEROBACTERIACEAE
Fiches STM
Rappels nomenclature : -nom scientifique : famille ou genre : majuscule + italique ou soulign, pour une espce : minuscules + italique ou soulign -nom usuel : sans majuscule et pas en italique.
Introduction : Cest un des groupes les plus rencontrs en pathologie infectieuse. Ces bactries sont responsables de nombreuses maladies : - bnignes : infections urinaires, diarrhes, infections de plaies - graves : peste, fivres typhodes Le nom dentrobactries leur a t donn parce que ces bactries sont en gnral rencontres dans le tube digestif de lhomme ou des animaux (htes normaux ou pathologiques).
1/ GENERALITES 1-1 Dfinition La famille des Enterobacteriaceae regroupe les bactries correspondant la dfinition suivante :
Caractres de famille des ENTEROBACTERIACEAE
Dfinition
- Bacilles - Gram ngatif - Oxydase ngative - Non exigeant - Fermentatif du glucose (et oxydatif) - Nitrate rductase + stade NO2- Aro-anarobie facultatif
Galerie de famille
NE
Nit 1 Nit 2
ou
GO VF
HL + gl
BN
Remarque : on prendra garde quune dfinition aussi prcise puisse supporter quelques exceptions. En effet, de rares espces peuvent tre : immobiles (certains Escherichia coli), NR (certaines souches dErwinia) et mme oxydase + ! (il a t rcemment dmontr que le genre Pleisiomonas appartient la famille des Enterobactriaceae)
1-2 Classification La famille des ENTEROBACTERIACEAE comprend plus de 130 espces rpertories. Les espces les plus isoles en bactriologie clinique reprsentent une vingtaine despces et appartiennent aux genres suivants : - groupe PMP = Proteus, Morganella, Providencia - groupe KESH = Klebsiella, Enterobacter, Serratia, Hafnia - groupe SCE = Salmonella, Citrobacter, Edwarsiella - groupe SE = Shigella, Echerichia - groupe Yersinia. Les principales espces connatre sont incluses dans le tableau simplifi didentification.
2/ CARACTERES BACTERIOLOGIQUES 2-1 Morphologie : Gram : bacilles droits de taille moyenne avec polymorphisme possible et formes bipolaires Capsule : certaines Klebsiella peuvent tre capsules (colo de type M) (mais aussi chez certains E.coli, Salmonelle, Citrobacter). Etat-frais : ciliature pritriche pour beaucoup dentrobactries, quelques unes sont immobiles : Klebsiella, Shigella, Yersinia.
2-2 Caractres culturaux
2-2.1 Conditions de culture Les entrobactries se dveloppent rapidement en 24 heures (G= 20 40 mn) sur milieu ordinaire : elles sont non exigeantes. Temprature optimale de croissance : 37C, plage de culture allant de 20 40C
2-2.2 Aspect des cultures
Sur glose ordinaire : la plupart des entrobactries donnent des colonies de type S (rondes, lisses) Exception : les Klebsiella forment des colonies souvent trs muqueuses, larges, grasses, luisantes et filantes : M Remarque : les Proteus/Providencia ont tendance envahir la glose et y former un voile de culture (du une mobilit excessive des Proteus la surface de la glose et qui forme des vagues concentriques partir du point dinoculation). En bouillon : trouble uniforme
2-3 Caractres biochimiques
Il y a une grande diversit enzymatique chez les entrobactries, do une identification biochimique facile base sur ltude : - du mtabolisme protidique (urase, indole, dcarboxylases : LDC, ODC, ADH, dsaminases : TDA, GEL) - du mtabolisme glucidique : tude de la fermentation des sucres - production dH2S
2-4 Caractres antigniques
2-4-1
Les antignes des bacilles Gram : voir document
2-4-2 LAntigne O Comme les autres bactries gram - , la paroi des Entrobactries est recouverte d'une membrane externe. Le feuillet externe comporte une molcule appele LPS = Lipopolysaccharide. Localisation et structure du LPS dans la paroi bactrienne : voir document Lantigne O fait partie du LPS qui est compos : 1d'un lipide A : molcule retrouve chez toutes les bactries Gram et qui est trs toxique : cest une endotoxine responsable du choc anaphylactique 2du core : petite partie polyosidique (11 oses) antigne commun toutes les entrobactries
3-
de lAg O : il apporte la spcificit des entrobactries (formes S) . Cest une longue chane polyosidique
Intrt taxonomique des Ag O : La structure de l'Ag O est trs variable d'une espce l'autre et au sein d'une mme espce, ainsi, on pourra diffrencier les diffrents srovars (ou srotypes) lintrieur dune mme espce par un srotypage (pour certains E. coli et les Salmonella en particulier). Remarque : Certaines mutations peuvent affecter l'Ag O (et/ou le core) et on distingue : Mutant R (Rough) = colonies rugueuses : ont perdu une partie plus ou moins importante de lAg O : ils sont autoagglutinables en eau physiologique colonies S (Smooth)= colonies lisses ( bactries non mutes, possdant l'Ag O) sont srotypables 2-4-3 Ag capsulaires Certaines souches possdent en plus une enveloppe polyosidique constituant une vritable capsule et donnant un aspect muqueux (colonies M : ex Klebsiella pneumoniae, certains E.coli). Ces souches prsentent un Ag K qui masquent l'Ag O (on le dtruit par chauffage 1 heure 60 C avant de rechercher l'Ag O). Certaines Salmonella ( Typhi, Paratyphi C, rares Dublin ) et Citrobacter possdent des Ag de surface (Vi = Antigne de microcapsule) polyosidiques de mme nature que les Ag K. 2-4-4 Ag flagellaires H Il existe des souches de Salmonella et d'autres Entrobactries ( mobiles ! ) possdant un Ag H flagellaire qui est polypeptidique. Il est souvent diphasique (2 gnes diffrents codent pour deux types de flagellines mais leur contrle gntique fait que l'expression du gne est, pour un individu unique soit de phase 1, soit de phase 2, jamais les deux la fois, mais dans la culture les deux types peuvent cohabiter). 2-4-5 Ag dadhrence : Ce sont les pili communs appels adhsines (ou fimbriae) de nature protique
Microscopie des entrobactries
Polymorphisme des Entrobactries :
Parfois coccodes (x 1000)
Bacilles moyens (x 1000)
Coloration souvent bipolaire
Klebsiella , encre de chine (x1O00)
Certaines espces peuvent tre capsules : Klebsiella, certains E.coli et Salmonella)
Capsule ventuelle :
Coloration des cils aprs imprgnation argentique (x1200)
Beaucoup sont mobiles ciliature pritriche Genres immobiles : Klebsiella, Shigella, Yersinia
Mobilit :
Macroscopie des entrobactries
En gnral :
colonies de type S (rondes, lisses) Exceptions :
Exceptions : Colonies de type R (mutants chez Salmonella)
Colonies de type M (Klebsiella, certains E. coli et
Salmonella) Cas particuliers :
Cas particuliers : Envahissement de la glose (Proteus)
Colonies pigmentes en rose/rouge
pour les Yersinia
Les antignes des Bacilles Gram Ag H
Ag O Les principaux antignes des bacilles Gram -
Ag K ou Vi
LPS Organisationbiochimiqu e de la paroi des bactries Gram -
3/ HABITAT/POUVOIR PATHOGENE Les entrobactries sont trs rpandues : elles peuvent tre saprophytes, commensales ou pathognes.
3.1 Saprophytisme La plupart des entrobactries vivent et se multiplient aussi bien chez un hte que dans lenvironnement. Les entrobactries saprophytes sont prsentes dans le sol, les eaux et sur les vgtaux en particulier les milieux humides.
3.2 Commensalisme Certaines espces vivent aussi bien en saprophytes quen commensales dans lintestin (do leur nom), cest le cas par exemple de Proteus, Enterobacter, Echerichia coli. La prsence de ce dernier dans lenvironnement traduit une souillure par les matires fcales humaines ou animales (E. coli ne survit pas longtemps dans lenvironnement).
3.3 Pouvoir pathogne
Espces pathognes chez lanimal et les vgtaux : Certaines Entrobactries sont phytopathognes comme Pantoea (Enterobacter agglomerans). Dautres peuvent tre pathognes chez lanimal, par ex E.coli peut tre responsables dinfections intestinales chez les veaux et porcelets Espces pathognes chez lhomme : On distingue les entrobactries pathognes strictes ( BPS) et les pathognes opportunistes ( BPO), bien que la limite entre les deux dfinitions soit des fois un peu floue.
3.3.1 BPS et BPO
BPS : Dfinition : bactrie qui au contact de lhte normal va dclencher gnralement la maladie qui est spcifique du germe. - certaines entrobactries pathognes strictes sont responsables dinfections intestinales : o Shigella o Salmonella o Yersinia enterocolitica o Certains srovars dEcherichia coli -
dautres sont responsables de maladies plus spcifiques comme :
o Yersinia pestis = peste o Salmonella Typhi : fivre typhode (infection intestinale voluant vers une septicmie) o Salmonella Paratypi : fivre paratyphode (mme pathologie).
BPO : Dfinition : Ce sont des entrobactries commensales ou saprophytes qui ne dveloppent dinfection que chez les sujets fragiliss. Elles peuvent engendrer des infections diverses : urinaires, respiratoires, abdominales (pritonites), septicmies, mningites etc voire des chocs anaphylactiques (dus aux endotoxines = LPS).
3.3.2 Les pathologies
a) Syndromes digestifs Les principales entrobactries en cause sont : les Salmonella et particulirement les Salmonella Typhi et paratyphiques les E. coli et Shigella Yersinia enterocolitica Les divers modes d'action des bactries entropathognes sont : o o o
Production dune toxine cytotonique
Production de toxine cytotoxique Virulence de la bactrie
Bactries agissant par la production d'une toxine cytotonique (toxine scrtoire : Ex Cholra) Seule la toxine provoque des troubles, tandis que la bactrie reste localise dans la lumire intestinale. Les diffrentes tapes sont : 1- Fixation de la bactrie sur les entrocytes 2- scrtion de la toxine dans la lumire intestinale et fixation de la toxine sur les entrocytes
3- Pntration dune partie de la toxine dans le cytoplasme de lenterocyte, la bactrie reste lextrieur 4- Effet cytopathogne de la toxine : elle provoque une augmentation de la scrtion de NaCl puis deau et inhibe leur rabsorption Les signes cliniques sont donc une diarrhe aigu liquide, accompagne dune dshydratation importante avec perte dlectrolytes.
Schma daction dune toxine cytotonique :
Rsum : voir PPT
Bactries agissant par la production de toxine cytotoxique = cytotoxine
Ces toxines provoquent les lsions cellulaires. Il en existe videmment de divers types : - des toxines de type perforine (comme la Streptolysine O ) ou des phospholipases (lcithinases) agissant sur la membrane plasmique ou les membranes internes. - des toxines interfrant avec le mtabolisme (inihibition de la synthse des protines par ex.) comme les toxines Shigella-like ou vrotoxines - des toxines provoquant des modification du cytosquelette et pouvant provoquer ainsi un relchement des jonctions serres, puis le dtachement des entrocytes et la diarrhe.
la virulence de la bactrie : capacit envahir les cellules (invasion)
et sy multiplier
La bactrie dispose donc de moyens lui permettant de s'opposer la phagocytose, elle :
o empche l'union lysosome - phagosome o dtruit la membrane du phagosome o s'oppose aux enzymes lysosomiales, en particulier aux peroxydes
Tissu
Bactries pouvoir dissminant envahir pouvoir dissminant : capacit : capacit ... conjonctif au-del des tissus locaux
Pouvoir invasif
Pouvoir dissmin ant Vaisseaux sanguins
Quelques exemples : Bactries agissant par la scrtion de toxines cytotoniques : souches dites entrotoxiques ou toxinognes : Vibrio cholerae, ETEC = E. coli entrotoxinogne (=turista) Bactries agissant par la scrtion de cytotoxines : souches invasives en gnral : Shigella, EIEC = E. coli entroinvasif, Yersinia enterocolitica, EPEC (E.coli entreopathogne multiplication extracellulaire) Bactries fort pouvoir dissminant : Salmonella Typhi et Paratyphi
Les Shigella pntrent dans les entrocytes et sy
multiplient activement. Elles peuvent ensuite envahir les tissus voisins et engendrer un syndrome dysentrique.
Modle Shigella et EIEC :
Syndrome dysentrique (souches invasives)
Les EPEC (Escherichia coli entero-pathognes) restent
localiss lextrieur des entrocytes. Ils saccrochent fortement aux microvillosits et scrtent des toxines qui induisent leur destruction, engendrant alors une gastroentrite . Les Salmonella sont capables de dissminer dans la circulation sanguine, engendrant une fivre septicmique.
Modle Salmonella : Modle invasif souches fort pouvoir dissminant
Modle EPEC (et EHEC)
Modle cytotoxique non invasif
b) Syndromes urinaires Fixation des UPEC sur les cellules pithliales de larbre urinaire :
E. coli est le pathogne le plus important au niveau du tractus urinaire. Il s'agit de
certains srovars O trs particuliers qui sont en cause, les UPEC = E. coli uropathogne. Ils gagnent le rein par la voie ascendante en remontant l'urtre. Ce sont probablement des htes normaux de la flore commensale de l'individu qui sont en cause. Il existe trs certainement une sensibilit individuelle particulire. D'autres bactries sont mises en cause dans ces infections du tractus urinaire, souvent la suite de manipulations de type sondage chez des patients malades (on parle dinfection nosocomiale).
c) La peste C'est Yersinia pestis qui est la cause de la peste, maladie redoutable et toujours possible car de nombreux foyers persistent dans le Monde, en particulier
Madagascar ou aux USA. Yersin isola la bactrie de cadavres de pesteux en 1894 et Simond mis en vidence le rle de la puce comme vecteur. Le rle de rservoir des rats paraissait vident par la mortalit affectant ces animaux avant l'pidmie humaine. Trois grandes pandmies durant l'histoire :
peste de Justinien au 6 sicle
peste noire de 1347 1352 (et persistance en Europe jusqu'en 1845) qui a dcim les populations europenne de faon massive (entre 33 et 50 % des habitants).
Honk Kong 1894 o Yersin isola la bactrie et l'tudia.
Bubons l'aine d'une personne atteinte de la peste bubonique
La maladie prsente deux aspects possibles :
la peste bubonique : les bacilles sont injects ou dposs par une puce vectrice. Ils se multiplient sans bruit durant un sept jours puis la maladie se dclare de faon foudroyante, avec une forte fivre, des vomissements. On observe un bubon, gros ganglion lymphatique de la zone de la piqre. L'infection se gnralise par septicmie trs rapidement. Mortalit 70 % en absence de traitement.
la peste pulmonaire, cause par une contamination par voie arienne dclenchant une pneumonie mortelle en absence de traitement en moins de 4 jours et qui est trs contagieuse.
La puce (Xenopsylla cheopis) s'infecte en aspirant le sang d'un rat ou d'un homme atteint de peste. Le bacille (Yersinia pestis) se multiplie dans son estomac au point de bloquer le tube digestif. Il est alors soit rgurgit lors d'une piqure, soit pass dans les djections qui peuvent contaminer ensuite une lsion de grattage.
Le cycle gnral de la peste fait intervenir trois acteurs
principaux : le bacille, le rongeur et la puce, lhomme ntant quun acteur accidentel. La peste, infection bactrienne due Yersinia pestis, est essentiellement une zoonose des rongeurs, transmissible danimal animal, mais parfois aussi lhomme par piqre de puces de ces rongeurs. A partir des premiers cas de peste humaine, la contamination inter-humaine peut se faire soit par piqre de puces dhomme homme (peste bubonique), soit par voie arogne (peste pulmonaire).
4/ IDENTIFICATION 4.1 Isolement
Non slectif : Les Entrobactries cultivent sur tous les milieux ordinaires en arobiose et anarobiose : - milieux usuels : GO, GTS - avec indicateur dorientation : CLED, BCP - ainsi que sur milieux enrichis : Glose au sang, Glose chocolat enrichie...
Slectif polyvalent : L'isolement polyvalent slectif utilise les milieux :
- Drigalski (dsoxycholate et CV + BBT) - EMB (eosine, BM) - Mac Conkey (dsoxycholate et CV + RN). Les agents slectifs utiliss sont le dsoxycholate (pratiquement dans tous les milieux slectifs des Entrobactries), le cristal violet, le vert brillant. Leur proprit est dinhiber les bactries Gram + .
Slectif dun groupe particulier (en fait, assurant une meilleure discrimination) :
- Salmonella et Shigella : des milieux facilitent leur recherche : on utilisera par exemple le milieu SS (Salmonella Shigella) ou Hektoen Les caractres utiliss sont : - la non-utilisation du Lactose (SS) ou de trois sucres Lactose, Saccharose et salicine (Hektoen) - la production ventuelle d'H2S (Salmonella seulement car Shigella toujours H2S-).
On ne peut en aucun cas affirmer que les milieux utiliss "favorisent" les Salmonella : tous les bacilles gram - risquent d'y cultiver (sauf cas particuliers) mais peuvent donner des aspects diffrents de celui des Salmonella ou Shigella. Le cas du milieu Hektoen est particulirement intressant : il a t invent pour liminer les Proteus vulgaris saccharose + de l'analyse ultrieure mais les Pseudomonas y cultivent trs bien (donnant des colonies vertes ou bleues) comme les E. coli (donnant des colonies limines puisque saumon). Remarque : de nouveaux milieux dorientation rapide ont fait leur apparition, ce sont les milieux aux substrats chromognes: ASAP pour Salmonella, SALSA pour Salmonella/Shigella. CPSID pour les E.Coli - Yersinia : on utilise le milieu CIN = Cefsulodine, Irgasan, Novobiocine qui doit tre incub 30C.
4.2 Galerie didentification
Les entrobactries sont identifies essentiellement par des micromthodes, inventes avec la galerie API20 dans les annes 1970 pour identifier de nombreuses Entrobactries pathognes opportunistes. Ce sont : la galerie API20E, Rapid20E et ID 32 E l'Enterotube II des micromthodes automatises (Vitek, Microscan...) Galerie conseille : - GO pour le risolement (ATTENTION : condition que le milieu d'origine soit ordinaire) - VF pour le type respiratoire - HL + glu pour la voie dattaque du glucose - Kligler qui peut remplacer les deux milieux prcdants (interessant aussi pour le srotypage et pour le lactose) - API20E ou quivalent (MMN, UI, CL, ADH, ODC, LDC, CS, GEL, ONPG, HK) Le srogroupage est applicable aux entrobactries suivantes : - Salmonella - EPEC - Shigella - Yersinia enterocolitica
5/ TRAITEMENT ET ANTIBIOGRAMME Le traitement des diarrhes est souvent symptomatique : la diarrhe est avant tout un moyen de dfense de l'individu qui limine ainsi le pathogne. Le grand danger est la dshydratation qui doit tre compense par eau et lectrolytes. En cas de fivre et d'invasion, l'antibiothrapie sera trs srement ncessaire. Les Gram - sont constamment rsistants la pnicilline G qui ne peut pas pntrer (ne franchie pas les porines) Mais ils sont le plus souvent sensibles l'ampicilline, molcule rsultant d'une modification simple de la pnicilline G. Quelques particularits peuvent tre notes chez les Entrobactries : Proteus-Providencia-Morganella : rsistent la colistine (=colimycine) et aux polymyxines Klebsiella rsiste la carbnicilline Serratia prsente un aspect particulier avec la Colistine (cocarde) C'est chez les Entrobactries que les transferts de plasmides porteurs de la rsistance de multiples antibiotiques ont t mis en vidence. La dcouverte au Japon de Shigella multirsistantes chez un malade a conduit les chercheurs trouver des E. coli commensaux qui avaient les mmes rsistances : ils ont pu ainsi montrer que la bactrie commensale avait transmis la pathogne les gnes de rsistance par l'intermdiaire d'un plasmide.
6/ PROPHYLAXIE - La lutte contre les maladies d'origine digestive met en jeu la lutte contre le pril fcal (lire article) - Un vaccin, constitu de l'antigne polyosidique Vi purifi, est utilisable pour Salmonella Typhi.. Un vaccin vivant est parfois utilis dans les pays tropicaux pour la mme bactrie. - La lutte contre la peste c'est d'abord la lutte contre le rat donc une amlioration des conditions d'hygine.
