1

TUGAS MAKALAH BIOKIMIA PANGAN

SINTESIS PROTEIN

Dosen:
Prof. Dr. Ir. Giyatmi, M.Si

Disusun oleh :
Ilham Akbar Dejesetya

2015349087

Jurusan Teknologi Pangan

Fakultas Teknologi Industri Pertanian
Universitas Sahid Jakarta
2016

BAB I
PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Sintesis protein terjadi di dalam sel, yaitu di dalam ribosom. Struktur dan
aktivitas protein ditentukan oleh urutan asam amino yang menyusunnya. Sintesis
protein merupakan proses sel dimana dapat mengubah asam amino menjadi
polimer rantai panjang yang disebut protein. Protein merupakan molekul yang
mempunyai berbagai fungsi di dalam sel seperti sebagai struktur sel atau jaringan,
cadangan energi, pergerakan, transportasi beberapa substansi, mengkatalisa reaksi
biokimia, dan melindungi terjangkitnya penyakit.
Protein merupakan polipeptida ( gabungan dari beberapa asam amino). Maka
untuk. membentuk suatu protein diperlukan bahan dasar berupa asam amino.
Polipeptida dikatakan protein jika paling tidak memiliki berat molekul kira-kira
10.000. Di dalam ribosom, asam amino-asam amino dirangkai menjadi
polipeptida dengan bantuan enzim tertentu. Polipeptida dapat terdiri atas 51 asam
amino (seperti pada insulin) sampai lebih dari 1000 asam amino (seperti pada
fibroin, protein sutera). Macam molekul polipeptida tergantung pada asam amino
penyusunnya dan panjang pendeknya rantai polipeptida. Seperti yang telah kita
pelajari sebelumnya bahwa ada 20 macam asam amino penting yang dapat
dirangkai membentuk jutaan macam kemungkinan polipeptida.
Sintesis protein melibatkan DNA sebagai pembuat rantai polipeptida.
Meskipun begitu, DNA tidak dapat secara langsung menyusun rantai polipeptida
karena harus melalui RNA. Seperti yang telah kita ketahui bahwa DNA
merupakan bahan informasi genetik yang dapat diwariskan dari generasi ke
generasi. Informasi yang dikode di dalam gen diterjemahkan menjadi urutan asam
amino selama sintesis protein. Informasi ditransfer secara akurat dari DNA
melalui RNA untuk menghasilkan polipeptida dari urutan asam aminoyang
spesifik. Protein yang dibentuk melalui sintesis protein akan mengalami banyak
modifikasi,

ada

yang

menjadi

protein

struktur,

proteksi,

dan

enzim

(biokatalisator). Kita tahu bahwa semua proses atau reaksi dalam tubuh kita
hampir tidak terjadi tanpa adanya enzim. Hal itu menunjukkan betapa pentingnya

enzim dalam tubuh kita, dan proses dasar atau awal pembuatan enzim yang
berasal dari proses sintesis protein.
B. Rumusan Masalah
Adapun rumusan masalah dalam makalah ini sebagai berikut :
1. Apa pengertian sintesis protein dan tahap-tahap sintesis protein
2. Apa maksud dari Replikasi DNA dan RNA serta proses replikasi DNA dan
3.
4.

RNA
Apa pengertian transkripsi, tahap-tahap transkripsi dan proses transkripsi
Apa pengertian Translasi, tahap-tahap translasi dan proses translasi

C. Tujuan Penulisan
1.
2.
3.
4.

Tujuan makalah ini adalah :

Mengethui pengertian sintesa protein dan tahap-tahap sintesa protein
Mengetahui maksud dari Replikasi DNA dan proses replikasi DNA
Mengetahui pengertian transkripsi, tahap transkripsi dan proses transkripsi.
Mengetahui pengertian Translasi, tahap-tahap translasi dan proses translasi.

BAB II
PEMBAHASAN

A. Pengertian dan tahap tahap sintesis protein

Sintesis protein merupakan proses pembentukan protein dari monomer
peptida yang diatur dan disusunan oleh kode genetik. Sintesis protein melibatkan
DNA sebagai pembuat rantai polipeptida. Meskipun begitu, DNA tidak dapat
secara langsung menyusun rantai polipeptida karena harus melalui RNA. Seperti
yang telah kita ketahui bahwa DNA merupakan bahan informasi genetik yang
dapat diwariskan dari generasi ke generasi. Informasi yang dikode di dalam gen
diterjemahkan menjadi urutan asam amino selama sintesis protein. Informasi
ditransfer secara akurat dari DNA melalui RNA untuk menghasilkan polipeptida
dari urutan asam amino yang spesifik. Sintesis protein ditunjukan pada Gambar 1

Gambar 1 Bagan sintesis protein

Menurut Suryo (2008) DNA merupakan susunan kimia makromolekular
yang komplek, yang terdiri dari tiga macam molekul yaitu : Gula pentose yang
dikenal sebagai deoksiribosa, Asam pospat, dan Basa nitrogen, dibedakan atas dua
tipe dasar yaitu : pirimidin (sitosin (S) dan timin (T)) dan purin (adenine (A) dan
guanine (G)). Tujuan dari proses sintesis protein adalah untuk menghasilkan
protein yang akan digunakan

untuk proses pertumbuhan, perkembangan,

metabolisme, dan fungsi lain di tingkat sel maupun jaringan. Proses sintesis
protein perlu dilaksanakan dalam sel karena protein memiliki peranan penting
dalam sebuah sel, bagi sel protein digunakan dalam penyusunan membran sel,
proses sintesis protein biasanya karena adanya signal dari luar akan kebutuhan
sebuah protein. Protein yang dihasilkan dalam proses sintesis protein ini akan
digunakan sebagai penyusun hormon, enzim serta antibodi, selain itu protein juga
memiliki fungsi sebagai sumber energi dan merupakan kunci utama dalam

pembentukan dan perbaikan jaringan dan sel di dalam tubuh. Selain itu, protein
yang dihasilkan juga berguna untuk mengatur kadar asam basa di dalam sel-sel
yang terdapat di dalam tubuh makhluk hidup.
B. Proses replikasi DNA dan RNA
Proses replikasi DNA merupakan suatu masalah yang kompleks, dan
melibatkan rangkaian protein dan enzim yang secara kolektif merakit nukleotida
dalam urutan yang telah ditentukan. Dalam menanggapi isyarat molekul yang
diterima selama pembelahan sel, molekul-molekul ini melakukan replikasi DNA,
dan mensintesis dua untai baru menggunakan helai yang ada sebagai template atau
cetakan. Masing-masing menghasilkan dua, molekul DNA yang identik terdiri
dari satu untai baru dan salah satu DNA lama. Oleh karena itu proses replikasi
DNA disebut sebagai semi-konservatif. Menurut Sridianti (2016) rangkaian
peristiwa yang terjadi selama replikasi DNA prokariotik dijelaskan sebagai
berikut :
a. Inisiasi
Replikasi DNA dimulai pada lokasi spesifik disebut sebagai asal
replikasi, yang memiliki urutan tertentu yang bisa dikenali oleh protein yang
disebut inisiator DnaA. Mereka mengikat molekul DNA di tempat asal,
sehingga mengendur untuk perakitan protein lain dan enzim penting untuk
replikasi DNA. Sebuah enzim yang disebut helikase direkrut ke lokasi untuk
unwinding (proses penguraian/seperti membuka resleting) heliks dalam alur
tunggal. Helikase melepaskan ikatan hidrogen antara pasangan basa, dengan
cara yang tergantung energi. Titik ini atau wilayah DNA yang sekarang
dikenal sebagai garpu replikasi (Garpu replikasi atau cabang replikasi
adalah struktur yang terbentuk ketika DNA bereplikasi). Setelah heliks yang
terbuka, protein yang disebut untai tunggal mengikat protein (SSB)
mengikat daerah terbuka dan mencegah mereka untuk menempel kembali.
Proses replikasi sehingga dimulai, dan garpu replikasi dilanjutkan dalam
dua arah yang berlawanan sepanjang molekul DNA. Pelepasan untai DNA
ditunjukan pada Gambar 2

Gambar 2 Pelepasan untai DNA

Sumber : www.buzzle.com
b. Sintesis primer
Sintesis baru, untai komplementer DNA menggunakan untai yang ada
sebagai template yang dibawa oleh enzim yang dikenal sebagai DNA
polimerase. Selain replikasi mereka juga memainkan peran penting dalam
perbaikan DNA dan rekombinasi. Namun, DNA polimerase tidak dapat
memulai sintesis DNA secara independen, dan membutuhkan 3 gugus
hidroksil untuk memulai penambahan nukleotida komplementer. Ini
disediakan oleh enzim yang disebut DNA primase yang merupakan jenis
DNA dependent-RNA polimerase. Ini mensintesis bentangan pendek RNA
ke untai DNA yang ada. Ini segmen pendek disebut primer, dan terdiri dari
9-12 nukleotida. Hal ini memberikan DNA polimerase platform yang
diperlukan untuk mulai menyalin sebuah untai DNA. Setelah primer
terbentuk pada kedua untai, DNA polimerase dapat memperpanjang primer
ini menjadi untai DNA baru. Pembukaan resleting DNA dapat menyebabkan
supercoiling (bentukan seperti spiral yang mengganggu) di wilayah garpu
berikutnya. Ini superkoil DNA dibuka oleh enzim khusus yang disebut
topoisomerase yang mengikat ke bentangan DNA depan garpu replikasi. Ini
menciptakan memotong pada untai DNA dalam rangka untuk meringankan
supercoil tersebut. Gambar 3 menunjukan sintesis primer DNA

Gambar 3 Sintesis Primer DNA

Sumber : www.buzzle.com
c. Sintesis leading strand
DNA polimerase dapat menambahkan nukleotida baru hanya untuk
ujung 3 dari untai yang ada, dan karenanya dapat mensintesis DNA dalam
arah 5 3 saja. Tapi untai DNA berjalan di arah yang berlawanan, dan
karenanya sintesis DNA pada satu untai dapat terjadi terus menerus. Hal ini
dikenal sebagai untaian pengawal (leading strand). DNA polimerase III
(DNA pol III) mengenali 3 OH ujung RNA primer, dan menambahkan
nukleotida komplementer baru. Saat garpu replikasi berlangsung, nukleotida
baru ditambahkan secara terus menerus, sehingga menghasilkan untai baru.
Replikasi untaian DNA untaian pengawal (leading strand) ditunjukan pada
Gambar 4

Gambar 4 Replikasi untaian DNA untaian pengawal (leading strand)

Sumber : www.buzzle.com
d. Sintesis lagging strand
Pada untai berlawanan, DNA disintesis secara terputus dengan
menghasilkan serangkaian fragmen kecil dari DNA baru dalam arah 5
3. Fragmen ini disebut fragmen Okazaki, yang kemudian bergabung untuk
membentuk sebuah rantai terus menerus nukleotida. Untai ini dikenal

sebagai lagging Strand (untai tertinggal) sejak proses sintesis DNA pada
untai ini hasil pada tingkat yang lebih rendah. Di sini, primase
menambahkan primer di beberapa tempat sepanjang untai terbuka. DNA pol
III memperpanjang primer dengan menambahkan nukleotida baru, dan jatuh
ketika bertemu fragmen yang terbentuk sebelumnya. Dengan demikian,
perlu untuk melepaskan untai DNA, lalu bergeser lebih lanjut kebagian atas
untuk memulai perluasan primer RNA lain. Sebuah penjepit geser
memegang DNA di tempatnya ketika bergerak melalui proses replikasi.
Gambar 5 menunjukan Sintesis lagging strand.

Gambar 5 Sintesis lagging strand

Sumber : www.buzzle.com
e. Penghapusan primer
Meskipun untai DNA baru telah disintesis primer RNA hadir pada
untai baru terbentuk harus digantikan oleh DNA. Kegiatan ini dilakukan
oleh enzim DNA polimerase I (DNA pol I). Ini khusus menghilangkan
primer RNA melalui 5 3 aktivitas eksonuklease nya, dan menggantikan
mereka dengan deoksiribonukleotida baru dengan 5 3 aktivitas
polimerase DNA. Gambar 6 menunjukan penghapusan primer.

Gambar 6 Penghapusan primer

Sumber : www.buzzle.com

f. Ligasi
Setelah penghapusan

primer

selesai

untai

tertinggal

masih

mengandung celah antara fragmen Okazaki berdekatan. Enzim ligase

mengidentifikasi dan menyumbat celah tersebut dengan menciptakan ikatan
fosfodiester antara 5 fosfat dan 3 gugus hidroksil fragmen yang
berdekatan. Ligasi ditunjukan pada Gambar 7.

Gambar 7 Ligasi
Sumber : www.buzzle.com
g. Terminasi
Replikasi ini terhenti di lokasi terminasi khusus yang terdiri dari
urutan nukleotida yang unik. Urutan ini diidentifikasi oleh protein khusus
yang disebut tus yang mengikat ke situs tersebut, sehingga secara fisik
menghalangi jalur helikase. Ketika helikase bertemu protein tus itu jatuh
bersama dengan untai tunggal protein pengikat terdekat.

Gambar 8 Terminasi
Sumber : www.buzzle.com
DNA bersifat heterokatalitik. DNA bersifat heterokatalitik karena mampu
membentuk RNA melalui sintesis protein. DNA bersifat autokatalitik karena dapat
melakukan replikasi mengasilkan DNA baru. Beberapa enzim yang berperan
dalam replikasi DNA yaitu Helikase berfungsi untuk menghidrolisis rantai ganda
polinukleotida menjadi dua rantai tunggal mononukleotida, polimerase berfungsi

untuk merangkai rantai rantai mononukleotida untuk membentuk DNA baru.

Ligase berfungsi untuk menymbung ulir tunggal DNA yang terbentuk.
RNA merupakan rantai tunggal yang terdiri dari molekul gula D-ribosa
(pentosa), gugus fosfat, dan basa nitrogen.Basa nitrogen dalam RNA terdiri atas
basa purin yang meliputi adenin (A) dan guanin (G) serta basa primidin yang
meliputi urasil (U) dan sintosin (C). Ada tiga tipe RNA yaitu pertama rRNA
(Ribosoma RNA) atau RNA Ribosom, rRNA terdapat dalam sitoplasma dan
berfungsi dalam sintesin protein. rRNA dapat mencapai 80% dari jumlh RNA sel.
rRNA berfungsi untuk mempermudah perkataan yang spesifik antara antikodon
trna dengan kodom Mrna selama sitesis protein. Kedua mRNA (Messenger RNA)
atau RNA Duta mRNA berupa rantai tunggal yang reatif panjang. mRNA dibentuk
dalam nukleus dan berfugsi membawa kode genetik (kodon) dari DNA ke
ribosom. Ketiga tRNA (Transfer RNA ) atau Rantai Terpendek tRNA terdapat
dalam sitoplasma dan berfungsi menerjemahkan kodon dari mRNA menjadi asam
amino. Asam amino dibawa oleh tRNA ke ribosom.Pada salah satu ujung tRNA
terdpat tiga rangkaian basa pendek disebut antikodon. Salah satu asam amino
tertentu akan melekat pada ujung tRNA yang berseberangan dengan ujung
antikkodon. Pelekatan ini merupakan cara agar tRNA berfungsi. Pengurutan asam
amino sesuai dengan urutan kodon pada mRNA.
Kode Genetik adalah cara pengkodean urutan nukleotida pada DNA atau
RNA untuk menentukan urutan asam amino pada saat sintesis protein. Informasi
pada kode genetik ditentukan oleh basa nitrogen pada rantai DNA yang akan
menentukan sususan asam amino. Namun, para ahli Genetika memandang bahwa
komponen komponen kode genetiks berupa molekul molekul mRNA. Kode
genetika bersifat degeneratif karena 18 dari 20 macam asam amino ditentukan
oleh lebih dari satu kodon yang disebut kodon sinonimus.Hanya metionin dan
triptofan saja yang memiliki kodon tunggal.
Ekspresi gen merupakan proses penerjemahan menjadi urutan asam
amino. Peristiwa ini terjadi pada saat sintesis protein. Ada dua tahap dalam
sintesis protein.Tahap pertama, kode genetika dalam DNA disalin dan
menghasilkan satu rantai molekul RNA. Proses ini disebut transkripsi. Transkripsi
berlangsung di dalam inti sel. Tahap kedua merupakan sintesis polipeptida dengan

10

urutan spesifik berdasarkan rantai RNA yang dibuat pada tahap pertama, proses
ini disebut translasi.
C. Pengertian transkripsi, tahap transkripsi dan proses transkripsi
Transkripsi adalah proses menyalin data yang terdapat pada rantai
sense (3>5) DNA. Proses ini terjadi di dalam inti sel dimulai dengan
pembukaan rantai DNA oleh enzim helikase. Setelah itu penempelan
enzim polimerase pada daerah promotor sekuen gen dan barulah enzim
polimerase mulai aktif menyalin kode genetik pada rantai sense DNA
hingga bagian triplet basa nitrogen yang mengandung informasi untuk
mengehentikan proses menyalin. Transkipsi merupakan sintesis RNA di
bawah arahan DNA. Kedua asam nukleat menggunakan bahasa yang
sama, dan informasi hanya ditranskipsi, atau disalin, dari satu molekul
menjadi molekul lain. Selain menjadi cetakan untuk sintesis untai
komplementer baru saat replikasi DNA, untai DNA juga dapat berperan
sebagai cetakan untuk merakit sekuens nukleotida RNA komplementer.
Untuk gen pengode protein, molekul RNA yang dihasilkan merupakan
transkip akurat dari intruksi pembangun protein yang dikandung oleh gen.
Molekul RNA transkrip bisa dikirimkan dalam banyak salinan. Tipe
molekul RNA ini disebut RNA duta (mesengger RNA, mRNA) karena
mengandung pesan genetik dari DNA ke mekanisme penyintesis protein
sel. Transkripsi terdiri atas tiga tahap yaitu inisiasi, elongasi, dan
terminasi.
a) Inisiasi (Permulaan)
Inisiasi dimulai dari prometer yaitu daerah DNA yang merupakan
tempat melekatnya RNA polimerase. Promoter mencakup titik awal (start
point) transkripsi yaitu adanya nukleotida yang menunjukkan dimulainya
sintesis protein (kodon start). Promoter berfungsi untuk menentukan tempat
dimulainya transkripsi dan menentukan satu rantai DNA yang akan
digunakan sebagai cetakan. Gambar 9 menunjukan tahap inisiasi pada
proses transkipsi.

11

Gambar 9 Tahap inisiasi (permulaan)

b) Elongasi (Pemanjangan)
Elongasi terjadi saat RNA bergerak di sepanjang DNA ,pilinan ganda
Dnterbuka secara berurutan. Enzim RNA polimerase menambahkan
nukleotida dari molekul RNA yang seddang tumbuh disepanjang rantai
DNA, Setelah sintesis RNA selesai, rantai DNA terbentuk kembali dan
molekul RNA bru terlepas dari cetakkannya. Gambar 10 menunjukan tahap
elongasi pada proses transkipsi.

Gambar 10 Tahap elongasi

c) Terminasi (Pengakhiran)
Proses transkripsi akan berhenti setelah sampai pada terminator.
Terminator adalah urutan DNA yang berfungsi menghentikan transkripsi
(kodom terminasi). Gambar 11 menunjukan tahap terminasi pada proses
transkipsi.

Gambar 11 Tahap terminasi

12

D. Pengertian Translasi, tahap-tahap translasi dan proses translasi

Dalam translasi, terjadi pamelekatan antara Trna dengan asam amino. Tiap
asam amino digbungnkan dengan trna yang sesuai oleh enzim aminoasl-Trna
sintetase. Ribosom memudahkan pelekatan yang spesifik antara anti kodon trna
dengan kodon mrna selama sintesi protein .ada tiga tahap dalam translasi sebagai
berikut :
1) Inisiasi
Ribosom kecil mengikatkan diri pada mrna dan trna inisiator.
Ribosom melekat pada salah satu ujung mrna. Di dekat pelekatan tersebut
terdapat kodon start AUG (yang membawa kode untuk membentuk asam
amino metionin). Kodon ini memberikan sinyal dimulainya proses tanslasi.
Tahap inisiasi pada translasi ditunjukan pada Gambar 12

Gambar 12 Tahap inisiasi

2) Elongasi
Selanjutnya terbentuk asam asam amino yang berikatan dengan
metionin. Molekul rrna dari ribosom subunit besar berfungsi sebagai ezim.
Enzim itu mengkatalis pembentukkan ikatan pepida yang menghubungkan
polipeptida ke asam amino yang dibawa trna. Setelah itu, trna keluar dari
ribosom. Ribosom dan mrna bergerak dengan arah yang sama, kodon demi
kodon. Peristiwa ini belangsung sampai terbentuk polipeptida. Gambar 13
menunjukan tahap elongasi translansi.

Gambar 13 Tahap elongasi translasi

3) Terminasi

13

Elongasi akan berhenti setelah ribosom mencapai kodon stop. Triplet

basa kodon stop yaitu UAA, UAG, atau UGA. Kodon stop bertindak
sebagai sinyal untuk menghentikan translasi. Selanjutnya , polipeptida yang
terbentuk lepas ribosom. Tahap terminasi ditunjukan pada Gambar 14.

Gambar 14 Tahap terminasi

BAB III
PENUTUP

Kesimpulan
Berdasarkan penjelasan diatas dapat disimpulkan bahwa sintesis protein
adalah proses pembentukan protein dari monomer peptida yang diatur susunannya
oleh kode genetik. Sintesis protein dimulai dari anak inti sel, sitoplasma dan
ribosom. Sintesis protein bertujuan untuk membentuk protein yang akan
dimanfaatkan dalam sel maupun tubuh makhluk hidup. Proses sintesis protein
yaitu transkripsi dan trasnlasi.

14

DAFTAR PUSTAKA

Suryo. 2008. Genetika Manusia.Gajah Mada University Press.Yogyakarta

Sridianti.2016 http://www.sridianti.com/tahap-proses-replikasi-dna-7langkah.html (9 November 2016)