BIOLOGA MOLECULAR

TEMA 1: Estructura de cidos nucleicos

1. Estructura B del DNA

La estructura B es la forma ms comn de presentarse en DNA en las clulas.
Consiste en 2 polinucletidos complementarios y antiparalelos, que se enrollan en torno a un
eje comn, formando una doble hlice.
Hacia el centro de la hlice se encuentran las bases nitrogenadas y
sus planos son casi perpendiculares a la hlice. Estas bases
interaccionan entre s por puentes de hidrgeno (unin no
covalente).
Hacia el exterior de la hlice se encuentran los fosfatos, que estn
unidos a la desoxirribosa o ribosa y por un oxgeno a la base.
El ADN es muy compacto, por lo que no hay huecos para que pueda
entrar alguna molcula en su interior.
La informacin contenida en las molculas de ADN se perpeta porque una cadena es
complementaria a la otra, de manera que a partir de una se puede generar la otra.

En frente de una donador (como NH) se coloca

siempre un aceptor (como O N).

En una molcula de ADN hay entre 10,2 o 10,4 pares de bases por
vuelta.
Los pares de bases hacen un ngulo de 88,8 con respecto al eje
de la hlice, por lo que presentan una pequea inclinacin.
Apenas hay espacio entre un par de bases y el siguiente (3,4).

Las bases se unen a la ribosa o desoxirribosa por el

carbono 1 de las pentosas. Estos carbonos de cada
par de bases estn siempre a una distancia de
10,85 con respeto al mismo carbono en la base
complementaria. Esta medida es uniforme para
todos los pares de base, de manera que el
dimetro de la doble hlice es homogneo.
Tiene que tener esta medida (para que sea
estable al apilarse unas pares de bases con
otros y) para que la enzima que lo sintetiza, y
que tiene una forma concreta, pueda encajar.
El ngulo que forma este carbono 1 con
respecto a la base a la que est unido es
siempre de 51,5.
La evolucin ha seleccionado estas 4 pares de
bases porque son las que presentan estas
medidas. (Se pueden formar otros pares pero
stos tendran en otra posicin el carbono 1, de
manera que no establecera la misma distancia
entre pares por lo que no encajaran en la cadena de ADN.)
Se han llegado a sintetizar molculas con otras bases nitrogenadas, que a pesar de no estar
unidas por puentes de hidrogeno permanecan estables en la cadena. Por lo que hay otras
interacciones que mantienen la estabilidad del ADN (no slo los puentes de H).

En los pares de bases tanto

Citosina
como
Timina
exponen hacia el surco menor
un grupo ceto (con el O (unido
al C) hacia el surco menor).

La forma del DNA tiene dos

surcos, uno mayor y otro
menor, uno por un lado del
par y el otro, por el contrario.
El fondo del surco mayor es convexo por lo que tiene una gran superficie por lo que tiene mayor
nmero de grupos qumicos que pueden interaccionar con otras molculas. El surco menor es
cncavo y tiene menos posibilidades de interaccin.
En los pares de bases tanto Citosina como Timina exponen hacia el surco menor un grupo ceto
(con el O (unido al C) hacia el surco menor).
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ESTABILIZACIN DE LA DOBLE HLICE

Las interacciones que estabilizan la doble hlice son los puentes de hidrogeno, pero no son las
nicas. Las llamadas interacciones de apilamiento (o de stacking), consisten en que las bases de
distintos pares estn apiladas tan cerca unas sobre otras que sus rayos de Van der Waals casi se
tocan y forman interacciones de Van der Waals y de los orbitales entre estas bases
nitrogenadas apiladas. Aunque estas interacciones son muy dbiles se producen tantas que es
estable.
Pero tambin hay interacciones desfavorables o negativas debido a los fosfatos, ya que al tener
ambas cadenas carga negativa se repelen. Pero a pesar de ello, el proceso espontneo es que se
forme doble hlice debido a que la suma de las interacciones positivas es ms fuertes que las
negativas. Adems debido a la alta concentracin salina de las clulas, estas interacciones
desfavorables son menores.
2. Desnaturalizacin y renaturalizacin del DNA
Como los polinucletidos estn interaccionando por interacciones no covalentes, es
relativamente sencillo separarlos (desnaturalizarlos).
Por ejemplo calentando el DNA, lo que produce un efecto hipercrmico, que consiste en que
segn calentamos el DNA hasta 100C, medimos la absorbancia a una longitud de onda de
260nm (no visible) y vemos que hay un aumento brusco de absorbancia (de 1 a 1,4),
producindose una hipercromicidad (que aumentara el color pero como est dentro del
espectro no visible, ultravioleta, no lo vemos). Esto se debe a que lo que absorbe la luz son las
bases nitrogenadas, de manera que con una molcula con los pares de bases ordenados y
apilados unos apantallan a otros, entonces no pueden absorber toda la luz que podran
(apantallamiento); pero cuando se separan los polinucletidos, absorben todo lo que pueden y
por ello aumenta la absorbancia.
La desnaturalizacin del ADN refleja una curva sigmoidea porque es un proceso cooperativo, de
manera que al principio separar la doble hlice es ms difcil, porque hay muchas interacciones,
pero segn se van rompiendo ms es ms fcil. El DNA de cadena sencilla no es cooperativo.

Tm es la temperatura de fusin, a la cual la mitad de la cadena es de doble hlice y la otra mitad

est desnaturalizada. Segn aumenta el nmero de pares G-C, aumenta la temperatura de
fusin, porque estos pares son ms estables ya que estn unido por ms puentes de hidrgeno.
El DNA se puede desnaturalizar tambin subiendo el pH (aumentando los OH-) porque
disminuimos la cantidad de protones, lo que hace que a las bases tiendan a perder los protones
(desprotonarse), lo que cambia sus interacciones.
Tras enfriar las hebras desnaturalizadas tienden a hibridarse de nuevo con su cadena
complementaria (renaturalizar).

3. Estructura de cidos nucleicos de cadena sencilla

Los mRNA pueden tener estructura secundaria, pero sobretodo la tienen los tRNA, que tiene
una estructura muy compleja por autohibridacin formando una horquilla.
Una nica cadena puede tener una regin parcial de doble hlice (de cualquier tipo) porque hay
complementariedad de bases, aunque no sea completamente autocomplementario, pues
puede que haya alguna base que no complemente, siempre y cuando la energa libre sea
favorable para permitir que el proceso sea espontaneo.

Sabiendo la energa libre, sabremos si hibridar

Gi= variacin de la energa libre necesaria para que

dos secuencias complementarias se encuentren
entre s en el espacio
Gx= Variacin de la energa libre asociada a la
interaccin entre dos bases complementarias
(agrupacin de interacciones favorables) dan
energa libre negativa
Gu= Variacin de la energa libre necesaria para
acomodar en la doble hlice un par de bases no
complementarias (agrupacin de interacciones
desfavorables) dan energa libre positiva

Si el total de variacin de energa libre es negativo, el producir la autohibridacin.

La energa negativa vara dependiendo de dobletes de pares de bases, ya que influyen los
puentes de hidrogeno pero tambin el apilamiento.
Es ms probable la hibridacin de una cadena sencilla consigo misma que con otra cadena, ya
que si hay poca concentracin puede que no lleguen a producirse interacciones.
4. El DNA puede adoptar otras estructuras helicoidales alternativas a la forma B

Hlice A (RNA-A)
El DNA tiende a formar la forma B, mientras que el RNA tiende a tener estructura A
(intracatenaria).
La hlice A es dextrgira como la estructura B (desciende en el sentido de las agujas del reloj).
Su dimetro es mayor, es ms ancha. Es ms compacta (tiene menos subida vertical, pares de
bases por vuelta). Tiene ms nmero de bases por vuelta (11 en lugar de 10,4). El ngulo de
inclinacin es mayor. Lo que es el surco mayor en la hlice B en la A es muy profundo (por lo que
es ms difcil que interacciones), y lo que es el surco menor de la hlice B en la A es ms grande.
Hlice Z (Z-DNA)
La forma Z del DNA es levgira. Es ms estrecha. La subida vertical es mayor, porque las bases
estn ms separadas (por lo que tiende a ser menos estable). El giro es de 30 en sentido
contrario al de la hlice B. Tiene ms pares de bases por vuelta. Recibe ese nombre porque los
fosfatos se colocan en forma de zigzag.
Tiene un nico tipo de surco que correspondera con el surco menor (muy profundo) de la forma
B. Las bases nitrogenadas cambian de orientacin con respecto a la anterior. Es mucho menos
estable que la forma B porque las bases estn ms separadas y los fosfatos estn mucho ms
cerca (por lo que se repelen). Es muy poco comn, aunque sobre todo se encuentra en
laboratorio.
Las secuencias que forman esta estructura Z son las que alternan bases de pirimidinas y purinas,
en ciertas soluciones (con muchos cationes). Sobre todo la secuencia C-G, C-G, C-G porque
alterna la disposiciones anti y sin. Se forma porque al girar en sentido contrario, genera una
tensin, llamada superenrrollamiento negativo, que da lugar a que se forme esta estructura.
5. Otras estructuras:
Cruciformes
El DNA tiene forma de cruz, porque a pesar de emparejar con una
cadena
complementaria
tiene
una
regin
de
autocomplementariedad. Por lo que estas hebras podran aparear
consigo mismas en esas regiones, formando una doble hlice
intracatenaria.
Para que se produzca esta estructura se tiene que producir un lazo,
por lo que va a suponer la formacin de menos apareamientos y apilamientos (en el centro y en
el lazo). Por tanto, esta estructura es menos estable que la forma B. Pero se puede formar debido
a la tensin del DNA y si tiene secuencias de autocomplementariedad.
Triples hlices y H-DNA
Una doble hlice que en ciertas condiciones puede formar una zona
parcial de triple hlice. Una hebra deja de aparear con su
complementaria y pasa a aparear con una regin de doble hlice.
Es muy poco estable (porque perdemos apareamientos), pero aparece
cuando el DNA tiene tensin de superenrollamiento positivo. Y requiere
que sean secuencias en las que en una cadena slo haya purinas y en la
otra slo pirimidinas.
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Estas triples hlices se forman porque un nucletido aparea simultneamente por puentes de
hidrgeno con dos de su complementario, ya que las bases nitrogenadas tienen ms sitios por
los que interaccionar. Por tanto, forma un enlace clsico de Watson-Crick y otro enlace nuevo,
que se denominan enlaces de Hoogsteen.
Esta estructura de triple hlice se denomina tambin por el nombre de H-DNA.
Las guaninas que interaccionan con dos
citosinas. Con una lo hace por tres enlaces de
hidrgeno clsicos de Watson y Crick. Pero la
otra citosina, para formar el enlace de
Hoogsteen, necesita protonarse: el N3 de la
base se protona, de manera que es capaz de formar 4 enlaces.
El pKa de una citosina normal no estara protonado, pero (puesto
que los pKa cambian dependiendo del entorno molecular) el
hecho de tener la guanina tan prxima hace que el pKa de este
nitrgeno se protone.
La tercera hebra de esta estructura se coloca en el surco mayor (ya que hay ms espacio).
G-Cuadruplexos (G-ttradas o G4-DNA)
La estructura de cuadruplexos G es la ms importante y rara, y se puede presentar tanto en DNA
como en RNA. Est compuesto por la interaccin de 4 guaninas entre s por enlaces de
Hoogsteen a un mismo nivel, lo que se conoce como ttrada de guanina.
Cuando dos o ms ttradas se apilan, se forma el cuadruplexo G.
Para su formacin es fundamental la interaccin con un catin, preferentemente
de potasio, que se coloca en el centro entre dos ttradas, para estabilizarlo.
Adems se estabiliza por puentes de hidrgeno paralelos al eje del
cuadruplexo entre las niveles de ttradas apiladas, a travs de las
desoxirribosas o ribosas.

Los nucletidos que componen el polipptido (una hebra) pero que no son
guaninas no forman parte de la ttrada, por lo que queda hacia el exterior de la
estructura.
Los cuadruplexos pueden ser de distintos tipos, en funcin del nmero de molculas (hebras)
que lo compongan:

Unimolecular (compuesto por un solo

polinucletido)

Bimolecular (compuesto por las

guaninas de dos polinucletidos)

Tetramolecular (compuesto por cuatro

polinucletidos, de manera que cada una de las 4
molculas proviene de una molcula distinta)

Esta estructura requiere de secuencias de tres guaninas (o ms) seguidas con un espacio
adecuado entre las repeticiones. Est presente en los telmeros de los cromosomas (que tienen
repeticiones telomricas GGTTAG, de manera que estas guaninas forman los cuadruplexos),
donde pueden ser incluso bimoleculares al asociarse dos cromosomas ente s por sus estemos.
Relevancia funcional de estructuras distintas a la B-DNA
La forma A del RNA es una forma normal de RNA.
En cambio, el Z-DNA, el cruciforme, las triples hlices y los cuadruplexos son formas alternativas
del DNA.
(El Z-DNA puede que exista en las clulas ya que hay protenas que reconocen forma Z)
En el genoma mitocondrial es probable que se forme estructura cruciforme. Este genoma se
rompe con facilidad (en zonas que se ha mapeado y se conoce su secuencia), por los sitios donde
se predice por ordenador que se encontrarn los loops (horquillas).
La regulacin de la expresin del protooncogen Myc en parte
est basada en la formacin de un cuadruplexo G. Una de las
hebras del DNA que da este protooncogen puede formar un
cuadruplexo G, de manera que se bloquea el promotor. Pero
cuando est presente la protena NM23-H2 no se forma el
cuadruplexo, por lo que se transcribe.
Hay molculas que se han creado para estabilizar cuadruplexos
G, como TMPyP4.
Los cuadruplexos G tienen un papel muy importante regulando la traduccin de RNAm. Si hay
un cuadruplexo G al principio del RNA bloquea, la traduccin cap dependiente. Pero otras
traducciones menos frecuentes, en las que el ribosoma no entra por el cap sino por un sitio
interno porque hay una secuencia interna IRES para que la traduccin empiece ah; en ese caso
la formacin de cuadruplexos en la base del IRES facilita la traduccin IRES dependiente.

6. Superenrollamiento de la doble hlice

El superenrollamiento no es la tensin, es una manifestacin de la tensin (ocurre
cuando aparece tensin). El DNA de los seres vivos est sometido a una tensin,
sobre todo el de virus y bacterias, por ser genomas circulares
covalentemente
cerrados,
donde
es
fcil
observar
el
superenrollamiento. Si el DNA es lineal no hay tensin.
El superenrollamiento puede ser de dos tipos:
Positivo: cuando resulta de retorcer an ms la hlice.
Negativo: cuando resulta de desenrollar la hlice.
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Para entender el superenrollamiento hay que conocer unos parmetros:

L (linking number) (nmero de ligamiento): es el nmero de veces que una hebra pasa sobre la
otra. En un DNA sin tensin, cada 10,4 pares de bases debe girar una hebra sobre la otra (en 104
pares de bases, L debera valer 10). El motivo de que se produzca tensin es que este valor
cambie de 10,4. La nica manera de recuperar el valor correcto de L es corta al menos una de
las hebras.

(cada vez que pasa por arriba y por abajo es 1)

T (Twisting number) (nmero de giro): es el nmero de vueltas completas que da un

polinucletido en torno al eje de la hlice. En condiciones normales, sin tensin (lineal), se da
una vuelta cada 10,4 pares de bases (si una molcula tiene 10,4 pares de bases, T debera ser
10).
En las molculas de DNA relajadas los valores de L y de T coinciden, pero no siempre que L y T
coinciden la molcula est relajada. La condicin para que no haya tensin es que haya 10,4
pares de bases por vuelta, es decir, que L sea distinto del nmero de pares de bases dividido
entre 10,4 [L=T=(npb)/10,4].
W (writhing number) (nmero de retorcimiento): es el nmero de veces que la doble hlice
gira sobre s misma. Hay superenrollamiento cuando W es distinto de 0.
La relacin entre los 3 parmetros es L=T+W.
A una molcula sin tensin, le desenrollamos
una vuelta (por lo que L pasa a valer 9), con
lo que se crea tensin negativa. Si se cierra el
DNA, podemos seguir teniendo los mismos
parmetros, pero al haber una vuelta menos,
se ha desnaturalizado parcialmente. La
burbuja es mayor cuanto ms vueltas se han
quitado. Esto es fundamental porque
permite abrir la doble hlice.
Pero una forma mejor de las interacciones correctas en la molcula de DNA es el
superenrollamiento, girando el eje. De manera que L sigue valiendo 9 (porque no se ha desgirado
la molcula), T vale 10 (porque se ha girado el eje). Por tanto un DNA con superenrollamiento
negativo puede estar en equilibrio entre dos formas, pues la tensin se puede manifestar con
una burbuja de desnaturalizacin o con un giro del eje teniendo superenrollamiento.
Si en vez de quitar una vuelta, se pone (superenrollamiento positivo), se dificulta an ms la
apertura de la doble hlice. Y cuando se cierre, W sera positivo. (L=11, T=11, W=+1) En caso de
aadir una vuelta no se desnaturaliza, la nica opcin es superenrollar.

En una molcula de B-DNA relajada L= T= (n pb)/10,4. Una hebra gira sobre la otra cada
10,4 pares de bases y un polinucletido da una vuelta completa en torno al eje cada 10,4
pb.
Si el valor de 10,4 pares de bases por vuelta se altera, la molcula de B-DNA se encuentra
sometida a una tensin. Aun as, la estructura se puede forzar para que T sea igual a
[(npb)/10,4] mediante una variacin de W: La doble hlice se retuerce
(superenrollamiento). En este caso T ser distinto de L. (T=L-W)

Procesos que conducen a que T sea distinto de [(n pb)/10,4], es decir, procesos que crean
tensin en la doble hlice:
El superenrollamiento puede ser positivo, girando en una direccin, o negativo, girando en la
otra. El superenrollamiento positivo resulta de un sobre enrollamiento. El superenrollamiento
negativo resulta de desenrollar.
En la replicacin del DNA, la helicasa, consumiendo ATP, abre la hlice enviando vueltas
hacia adelante, por tanto, genera una tensin que se traduce en un superenrollamiento
positivo hacia adelante.
En la transcripcin, a diferencia de la replicacin (como no hay unas polimerasas que
hagan una nueva hebra que forme una doble hlice sin restricciones de tensin), la
tensin que se manda hacia adelante se quita de detrs. Por lo que, por adelante hay
un superenrollamiento positivo, mientras que por detrs hay un superenrollamiento
negativo. Es lo que se llama modelo de superenrollamiento gemelo, porque el nmero
de vueltas no cambia pero hay un tipo de superenrollamiento por un lado y otro tipo
por el otro extremo.
Pero llega un punto en que la helicasa no puede seguir abriendo ms y se para, por lo
que la replicacin se detiene. Por tanto, es esencial que la clula tenga sistemas para
eliminar la tensin del DNA.
En funcin de la secuencia de nucletidos se puede optar por otras alternativas al
superenrollamiento para forzar que T sea igual a [(n pb)/10,4]:
En un DNA con burbuja de desnaturalizacin por eliminacin de una vuelta, en el que las
secuencias sean palindrmicas, se autohibridarn y formarn un cruciforme, por lo que donde
no haba vueltas ahora las hay, con lo que es ms estable que la burbuja. Por tanto, la tensin
por un desenrollamiento de vueltas puede causar superenrollamiento negativo, causar una
burbuja de desnaturalizacin o, si la secuencia es adecuada, formar un cruciforme (que ser ms
estable que en las otras opciones).
En estas condiciones tambin podra formarse una triple hlice (en caso de secuencias de
polipirimidinas).
Adems se podra formar Z-DNA (en secuencias con alternancia de purinas y pirimidinas): En la
burbuja de desnaturalizacin por deshacer las vueltas (que tiene un valor de L=0) se puede
aparear la mitad con estructura B (donde W=2) y la otra mitad en estructura Z (donde W=-2).

7. Topoisomerasas: enzimas que regulan la tensin de la molcula de DNA en los seres

vivos. Por lo que cambian el valor de L.
Es fundamental un sistema para eliminar la tensin, que slo se puede eliminar rompiendo la
hebra, que es lo que hacen las topoisomerasas de tipo I: Rompen una hebra,
la topoisomerasa se queda unida a la molcula, deja que pase la otra hebra
y cierra. La topoisomerasa queda unida a la hebra de ADN que ha cortado
durante todo el proceso, por un enlace fosfodister (igual que los del DNA),
por el OH de su tirosina. Por eso, esta topoisomerasa I no
necesita ATP para romper y volver a formar el enlace
fosfodister, porque lo mantiene con ella misma mediante
una unin covalente. La topoisomerasa I quita una vuelta
cada vez que corta y cierra.
Las topoisomerasas de tipo II cortan las dos hebras y as eliminan la tensin. Por tanto estas
quitan ms vueltas de una vez.
Nuestras topoisomerasas quitan vueltas (relajan el DNA). En procariotas hay topoisomerasas
tipo II, llamadas girasas, que con consumo de ATP ponen vueltas (introducen
superenrollamiento negativo).

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