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GeneXpert MTB/RIF

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5.

Principe
Installer
Le test
Rsultats
Maintenance

GeneXpert MTB/RIF
1. principe
Amplification en temps rel
Dtection ADN de complexe M. tuberculosis
Dtection rsistance la Rifampicine

GeneXpert MTB/RIF
81 pb du gne rpoB
rgion dterminant la rsistance la rifampicine

Ampifications semi-niches
5 sondes : squence sauvage
1 sonde tmoin de la raction

GeneXpert
Molecular Beacon = balise molculaire

Balise molculaire
1.

Balise molculaire
2.

Balise molculaire
3.

Balise molculaire
ADN cible

Hybridation

Signal lumineux

GeneXpert
6 fluorochromes dtects simultanment

Molecular
Beacon

Pas de fluorescence

Excitation
Cible

Sonde reconnaissant la cible

Fluorescence

GeneXpert : Fluorescence
Canal Excitation
optique (nm)
1
2
3
4
5
6

Emission
(nm)

Couleurs

Quantits de dpart
identiques
Dbuts de cycles identiques

Quantits de dpart
diffrentes
Dbuts de cycles dcals

GeneXpert MTB/RIF
Dbut de cycles Ct

Le premier cycle qui dpasse une augmentation significative


au dessus d un seuil de fluorescence spcifique.

GeneXpert MTB/RIF
Les mutants reconnus par l une des
sondes ont un delta Ct > 4,5

GeneXpert MTB/RIF
Rsultat semi-quantitatif
Rsultat
MTB
Elev
Moyen
Bas
Trs bas

Valeurs de
Ct
< 16
16 - 22
22 - 28
> 28

GeneXpert
La cartouche

11 chambres
ractionnelles
Sonication
Filtre de capture
Mlange
Amplification/dtection

Tube PCR

Corps de la valve

Cartouche GeneXpert
11 chambres ractionnelles

Ractifs

Progression
de
l chantillon

Les chambres ont une porte


pour le passage du liquide de l une l autre

GeneXpert
La cartouche

11 chambres
ractionnelles
Pas de
contact
physique
entre
l chantillon
et le GX

Tube PCR

Corps de la valve

Cartouche GeneXpert

Emplacement pour le piston


de seringue

I-CORE

Conducteur
de la valve

Pointe ultrasons

Intrieur conducteur de la valve


Bout en pointe au
centre de la valve
conductrice

Pointe
ultrasons

Cale conductrice
de la valve,
solidaire de la
cartouche
Bande
optique pour
mesurer la
position

Module GeneXpert
Moteur de la Seringue
Carte mre
Tube PCR
Porte du module
Moteur de la valve conductrice

Chambre du module
Tube PCR

Conducteur
de la valve

Chambre du module

Piston
conducteur
de la valve
I-CORE
insertion du
tube
Cale
conductrice de
la valve
Pointe ultrasons

Cartouche GeneXpert
Balles de
rtention
Bille de prparation de l chantillon
Bille d enzyme et ractifs :
Taq, dNTPs, Tampon, BSA, Mg Cl2, sels, excipients

Bille de ractifs spcifiques de la cible :


Amorces, sondes, Tampon, Mg Cl2, excipients

Corps de la valve
Rservoir
de la
seringue

Billes de verre

Filtre
Ultrasons

GeneXpert Module I-Core


Coupe transversale
Ventilateur

Appareil de chauffage

GeneXpert : Partie ractionnelle

Cartouche

Blocs
optiques

dans le I-core

Tube ractionnel

Contrle de qualit
Contrle du traitement de l chantillon SPC "

Spores non infectieuses dans chaque cartouche"


Vrifie la lyse et le traitement de l chantillon
Dtecte l'inhibition"
Doit tre positif dans un chantillon ngatif et
peut tre ngatif ou positif dans un chantillon
positif"
Rsultat du test sera Invalid si le SPC n'est
pas dtect dans un test ngatif"

Contrle de qualit
Contrle de la sonde"
Avant de dmarrer la raction PCR, !
le GeneXpert Dx System mesure :!
"
- Le signal de fluorescence partir des sondes pour
contrler la rhydratation des billes de ractifs "
- Le remplissage des tubes de raction "
- L'intgrit de la sonde et la stabilit du fluorochrome "
"
Le contrle de la sonde russit s'il rpond !
aux critres d'acceptation attribus.!

Algorithm
Probe Check
Pass

Test
Stopped

Fail

3 probes Pos

Error

Yes

No

NB probes Pos
All
positives

No
Value

SPC
1 Neg or
more Neg

Pos
Negative

MTB Detected

MTB Detected

Rif resistance not


Detected

Rif resistance Detected

Non Value
Invalid

GeneXpert MTB/RIF
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Principe
Installer
Le test
Rsultats
Maintenance

Installer GeneXpert
Ordinateur

Systme GeneXpert

Lecteur de code barre

Installer GeneXpert
Temprature < 35C
Ventiler la pice
Pas coll la fentre (rideau)
Pas de flux direct dessus
Niveau horizontal
Pas de paillasse avec centrifugeuse

Installer GeneXpert
GeneXpert
de dos
Ordinateur
de dos

Cable eternet

Power

Surge protector

GeneXpert MTB/RIF

Avant de commencer
Charger le CD Xpert MTB/RIF

Installer GeneXpert
Dmarrer le logiciel
1. Ouvrir la session
Mot de passe cphd

2. Allumer le GeneXpert
Double-click sur bouton
GeneXpert DX software
Vrifier modules

Avant le premier test


Cliquer sur Define assays

Avant de commencer
Le nom du test apparat sur la liste active

Cliquer sur Import


et trouver ADF sur le CD.
Double-cliquer pour importer

Avant de commencer
Avez-vous la bonne dfinition de tests ?

Vrifier que la version du


CD inclus dans le kit et
celle de la liste des tests
disponibles est la mme

Si la version est la mme vous pouvez


commencer directement le test. Si la version
est diffrente alors cliquer sur Import et
localiser le fichier sur le CD. Double-cliquer
sur le fichier pour l importer.

Vrifier date et heure


En l absence d un test en cours

Double click sur la pendule


Ajuster date - heure puis Apply
Dsynchroniser avec internet

Nommer le systme
Remplacer GeneXpert system
par le nom du lieu d installation par ex
Yaound

Rapport d installation +++


Dtermine le dbut de la garantie (3 ans)
GX allum, connect
Report
Installation qualification

Envoyer le rapport Cepheid

Attribuer les accs


Create users access
set up
system configuration
User type configuration

Login - mot de passe (6 caractres)


pour chaque cartouche
Start test login time out :
mn sans mot de passe

GeneXpert MTB/RIF
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Principe
Installer
Le test
Rsultats
Maintenance

GeneXpert MTB/RIF

Ractif

Pipette et
cartouche

Module

GeneXpert MTB/RIF
Matriel non fourni

Flacons striles pour le recueil des chantillons

Gants jetables non poudrs

Etiquettes ou marqueurs indlbiles

Echantillon
> 1mL
Sans dbris alimentaire
Conservation < 10 j 4C, < 3 j 4-28C

GeneXpert MTB/RIF
Ractif = isopropanol / soude

Sous hotte
Verser 2 volumes pour
1 volume chantillon
(crachat direct)

GeneXpert MTB/RIF
Ractif = isopropanol / soude

Sous hotte
Verser 1,5 mL pour
500 L culot
dcontamin
(Kubica)

GeneXpert MTB/RIF
Agiter le mlange

Laisser reposer 10 mn

GeneXpert MTB/RIF
Agiter de nouveau

Laisser reposer 5 mn

GeneXpert MTB/RIF
Sur la paillasse, pendant les
5mn d attente, dballer la
cartouche en faisant attention
la partie PCR

Marquer le nom sur le ct


de la cartouche
Ouvrir son couvercle

GeneXpert MTB/RIF
Retirer de son emballage la pipette plastique fournie
Prlever 2mL d chantillon liqufi
ou 2mL de culot dcontamin - avec le ractif -

GeneXpert MTB/RIF
Dposer 2 mL dans la cartouche

Dmarrer le test dans les 30 mn

GeneXpert MTB/RIF
Create test

GeneXpert MTB/RIF
Scan cartridge bar code

GeneXpert MTB/RIF
Scanner le code barres de la cartouche

GeneXpert MTB/RIF
Entrer le nom du patient

Module slectionn

Cliquer ici pour dmarrer

GeneXpert MTB/RIF
Poser la cartouche dans le module
dont le voyant vert clignote
et pousser la porte.
Le test dmarre
et le voyant vert cesse de clignoter.
Dure : 1h52
Le voyant s teint
quand le test est termin.

GeneXpert MTB/RIF
Aprs 1h52, le test est termin

Sortir la cartouche usage


liminer comme les
substances dangereuses.

Dmarrer un test GeneXpert


En bref
1

Prcautions
Ne pas ouvrir la cartouche l avance
N'ouvrir le couvercle de la cartouche que pour
ajouter un chantillon
Ne pas utiliser une cartouche qui est tombe
ou qui a t agite aprs avoir ajout
l chantillon
Ne pas utiliser une cartouche humide ou
casse ( tube ractionnel )
Ne pas rutiliser les cartouches

Limites GeneXpert
Performances non dmontres
Echantillons non respiratoires ex. sang, LCR, selles ou urine
Echantillons traits par des mthodes autres que la mthode de
Kubica

GeneXpert MTB/RIF
1.
2.
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Principe
Installer
Le test
Rsultats
Maintenance

Fentre de rsultats
Dtection
ADN
complexe
M. tuberculosis
Pas de
mutation
associe la
rsistance
la rifampicine

Fentre de rsultats
Dtection
ADN
complexe
M. tuberculosis,
en faible
quantit,
et mutation
associe la
rsistance
la rifampicine

Fentre de rsultats
Ngatif
pour la
tuberculose

Rsultats invalides
Probe Check Failure 5006,5007,5008 :
Echec du contrle de la sonde
(volume incorrect, viscosit)
Syringue Pressure too high 2008 :
(Echantillon trop visqueux)

SPC NO RESULT :
Echec du contrle damplification
(inhibiteur : sang, aliments)

Pas de rsultat
MTB-NO RESULT :
Echec du rsultat MTB (coupure courant)
Heater Failure 3074, 3075 :
Vrifier ventilation l arrire du GX

Voir un rsultat

View Results

Editer un rsultat

View results
Report

Data Archiver
management

un rsultat

Archive test
Slectionner les runs

Puis OK

Max 4000
.gxx

GeneXpert MTB/RIF
Dtection de M. tuberculosis
Prlvements pulmonaires
Sensibilit : ED+ 98% ED- 75%
Spcificit : 98,3%

GeneXpert MTB/RIF
Dtection de la rsistance la Rifampicine
Sensibilit 96,7%
Spcificit 98,6%

GeneXpert MTB/RIF
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Principe
Installer
Le test
Rsultats
Maintenance

Maintenance
Quotidienne
Enlever les cartouches utilises
Nettoyer le plan de travail autour du GX

Hebdomadaire
Redmarrer l ordinateur et le GX
Dsinfecter l intrieur de la chambre de la cartouche
(Javel 10% puis Ethanol 70%)

Maintenance
Mensuelle
Dsinfecter les surfaces du GX
Dsinfecter le piston
Archiver les rsultats et les sauvegarder sur un CD

Calibration
Calibrer tous les ans ou tous les 2000 tests
Soit changes de modules;
Soit cartouche remote calibration

Tlphone
hotline
Inscrit sur le bord de lappareil
+33.5.63.82.53.19
Lundi - Vendredi 8h-18h
email : support@cepheideurope.fr

Tlphone
hotline
Nom du systme
N srie
Message derreur
Ractif - N lot
Runs impliqus
Descrition de lincident