Modulo Bioquimica II-09 Final

UNIVERSIDAD NACIONAL ABIERTA Y A DISTANCIA UNAD
ESCUELA DE CIENCIAS BASICAS TECNOLOGA E INGENIERIA

CONTENIDO DIDCTICO DEL CURSO: 201103 BIOQUIMICA.
UNIVERSIDAD NACIONAL ABIERTA Y A

DISTANCIA
ESCUELA DE CIENCIAS BASICAS TECNOLOGA
E INGENIERIA
201103 BIOQUIMICA
GOLDA MEYER TORRES VARGAS

(Director Nacional)
ALBERTO GARCIA JEREZ

Acreditador
DUITAMA
Julio de 2009

ASPECTOS DE PROPIEDAD INTELECTUAL Y VERSIONAMIENTO

El presente mdulo fue diseado en el ao 1992 por los docentes Gerardo
Prez y Yolanda Navarro para la Universidad Nacional Abierta y a Distancia
publicado por la Divisin de Produccin de materiales de la UNISUR.
El presente mdulo ha tenido una actualizacin, desarrollada por el Ingeniero
Rubn Daro Munera en el 2007 quien ha sido tutor de la UNAD en el CEAD
PALMIRA, y que se desempeaba hasta el primer periodo de 2009 como el
director nacional del curso.
Para el segundo periodo de 2009, el modulo tiene su segunda actualizacin
por Golda Meyer Torres Vargas, quien se ha desempeado como tutora de la
ECBTI del cead de Duitama desde el 2006 y actualmente es la directora
nacional del curos en mencin.
En este mismo periodo, el Bilogo Alberto Garca Jerez, tutor del Cead de
Bucaramanga, apoy el proceso de revisin de estilo del mdulo y dio aportes
disciplinares, didcticos y pedaggicos en el proceso de acreditacin de
material didctico desarrollado en el mes de JULIO de 2009.

TABLA DE CONTENIDO
Pg.
8
Introduccin
Unidad 1: Biomolculas
introduccin
Justificacin
objetivos
Contenido de la unidad
Captulo 1. aminocidos
Leccin 1: Estructura general y clasificacin
Leccin 2: Aminocidos no polares o hidrofobicos y aminocidos polares no cargados
Leccin 3: Aminocidos cidos y bsicos
Leccin 4: Propiedades acido bsicas
Leccin 5: Pruebas cualitativas y cuantitativas para determinar aminocidos y
protenas en laboratorio.
Capitulo 2: pptidos y proteinas
Leccin 6: Pptidos
Leccin 7: Generalidades del enlace peptidico y niveles de estructuracin
Leccin 8: Estructura primaria y Secundaria
Leccin 9: Estructura terciaria y cuaternaria
Leccin 10: Clasificacin y Propiedades Fisicoqumicas
Capitulo 3: Enzimas
Leccin 11: Caractersticas de la accin enzimtica
Leccin 12: Cintica enzimtica
Leccin 13: Factores que influencian la actividad enzimtica
Leccin 14: Inhibicin Enzimtica
Leccin 15: Sitios activos de algunas enzimas
Autoevaluacin unidad 1
Lecturas recomendadas
Bibliografa usada en la actualizacin de la unidad 1
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91
92
Unidad didctica 2: cidos nuclicos y bioenergtica

introduccin
Justificacin
objetivos
Capitulo 4: estructura de bases, nucelsidos y nucletidos
Leccin 16: Componentes de los cidos nucleicos
Leccin 17: Estructura de bases
Leccin 18: Nucelsidos
Leccin 19: Nucletidos
Leccin 20: Otros nucletidos de inters bioqumico
Capitulo 5: cidos nucleicos
Leccin 21: Generalidades
3

Leccin 22: Estructura del ADN

Leccin 23: Complejidad y estructura supramacromolecular del DNA en el genoma
Leccin 24: RNA
Leccin 25: Estructura del RNA
Capitulo 6: introduccin al metabolismo y bioenergtica
Leccin 26: Aspectos generales del metabolismo
Leccin 27: Bioenergtica
Leccin 28: Energa libre de hidrlisis
Leccin 29: Potencial de transferencia de grupos fosfato
Leccin 30: Importancia del ATP
Bibliografia usada en la actualizacin de la unidad 2
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99
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117
Unidad didctica 3: metabolismo: catabolismo y biosntesis de biomolculas

introduccin
Justificacin
objetivos
Capitulo 7: metabolismo de glcidos
Leccin 31: Catabolismo de carbohidratos
Leccin 32: Fosforilacin oxidativa y la va del glicerol fosfato
Leccin 33: Balance global de la oxidacin de glucosa y va de las pentosas fosfato
Leccin 34: Generalidades de la biosntesis de carbohidratos
Leccin 35: Gluconeognesis
Leccin 36: Fotosntesis y biosntesis de polisacridos
Capitulo 8: metabolismo de lpidos
Leccin 37: Catabolismo de lpidos
Leccin 38: Balance de la degradacin de cidos grasos
Leccin 39: Catabolismo de fosfolpidos
Leccin 40: Catabolismo de colesterol
Leccin 41: Biosntesis de lpidos
Capitulo 9: metabolismo de aminocidos
Leccin 42: Catabolismo
Leccin 43: Catabolismo de los grupos -NH2 y -COOLeccin 44: Catabolismo del esqueleto carbonado
Leccin 45: Eliminacin del NH4
Leccin 46: Biosntesis
Bibliografia usada en la actualizacin de la unidad 3
Bibliografa usada en la elaboracin del modulo edicin 1
(Prez, g. navarro, y. (1992). bioqumica. santa fe de Bogot dc: Unisur.)
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LISTA DE TABLAS
Tabla 1: aminocidos esenciales y no esenciales
Tabla 2: Aminocidos hidrofobicos
Tabla 3: Aminocidos polares no cargados
Tabla 4: Aminocidos cidos
Tabla 5: Aminocidos bsicos
Tabla 6: Estructuras de la Ala en funcin del pH
Tabla 7: Relacin entre el pH y la estructura del Glu
Tabla 8 :Propiedades fsicas de los aminocidos
Tabla 9: Accin de algunas enzimas sobre la amilopectina.
Tabla 10: Clases principales de enzimas.
Tabla 11 : Subclases de hidrolasas
Tabla 12: Sub-subclases de las proteasas
Tabla 13: ribonuclesidos y desoxirribonulceosidos presentes en los cidos nucleicos
Tabla 14: nucletidos que se encuentran en los cidos nucleicos
Tabla 15: Diferencias entre DNA y RNA
Tabla 16: Valores de G0 de hidrlisis y de Potencial de Transferencia de Grupos
PTG para algunos metabolitos fosforados
Tabla 17: Potenciales de reduccin estndar de algunos metabolitos y transportadores
de la cadena de electrones
Tabla 18: Algunas propiedades fisicoqumicas de los citocromos de la fosforilacin
oxidativa
Tabla 19: Organismos fotosintticos
Tabla 20 : Precursores usados en la biosntesis de polisacridos
Tabla 21: Clasificacin de los AA esenciales o no, en humanos
15
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203

LISTA DE FIGURAS
Figura 1: aminocido en forma de in Zwitterion
Figura 2: estructuras segn el pH de los aminocidos
Figura 3: Curva de titulacin de un aminocido con grupo R no cargado
Figura 4: Curva de titulacin del Glu
Figura 5: Representacin coplanar del enlace peptdico
Figura 6: Formacin del enlace peptdico.
Figura 7. ngulos de torsin del enlace peptdico
Figura 8: Secuencia de AA de la insulina bovina
Figura 9: Esquema simplificado de la insulina
Figura 10 : Puentes de hidrgeno en un polipptido con estructura extendida
Figura11: Estructura en hoja plegada
Figura 12: Empaquetamiento de grupos R en la fibroina
Figura 13: Estructura de -hlice
Figura 14: Tipos de enlaces que mantienen la estructura terciaria de las protenas
Figura 15: Estructura del grupo hemo
Figura16: Estructura cuaternaria de la hemoglobina
Figura 17 : Solubilidad de las protenas en funcin de la fuerza inica
Figura 18: Velocidad de transformacin del sustrato en funcin de S
Figura 19: Efecto de la concentracin de sustrato sobre la velocidad de una reaccin
Enzimtica.
Figura 20: Representacin grfica segn Lineweaver-Burk de v vs [S]
Figura 21: Ejemplos de actividad de algunas enzimas en funcin del pH
Figura 22: Catlisis enzimtica inhibida competitivamente
Figura 23: Cintica de una enzima inhibida no competitivamente
Figura 24: Representacin segn Lineweaver-Burk de la inhibicin no competitiva
Figura 25: Representacin de la inhibicin Incompetitiva
Figura 26: Sistema relay Ser, His, Asp en quimotripsina
Figura 27: Sitio activo de la carboxipeptidasa A
Figura 28: Sitio activo de la lisozima
Figura 29: Formacin de monmeros de los cidos nucleicos
Figura 30: Pentosas presentes en los cidos nucleicos
Figura 31: Enlace N-glicosdico de los nucelsidos
Figura 32: estructura del AMP
Figura 33: estructuras de difosfatos de nuclesidos
Figura 34: Estructura fundamental de un segmento de una cadena de DNA
Figura 35: Asociacin de las bases complementarias en el DNA
Figura 36: Estructura en doble hlice del DNA
Figura 37: Estructura fundamental de un segmento de RNA
Figura 38: Estructura general en hoja de trbol de t-RNA
Figura 39: Estructura terciaria del t-RNA para Phe
Figura 40 : Ciclo global del C y O en la biosfera
Figura 41 : Ciclo global del N en la bisfera
Figura 42: Flujo de grupos
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22
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106
112
y situacin lntermedia del ATP

6

Figura 42: Carbohidratos proveedores de las hexosas que nutren la gliclisis

Figura 43: Esquema de la va glicoltica
Figura 44: Papel del NAD en las reacciones de xido-reduccin
Figura 45: Oxidacin del piruvato en acetato por accin del complejo de la piruvato
deshidrogenada
Figura 46: Esquema del ciclo de Krebs
Figura 47: Estructura y modo de accin de la Flavinadenin dinucletido (FAD)
Figura 48: Fosforilacin oxidativa en Mitocondrias
Figura 49: Fosforilacin oxidativa en procariotes
Figura 50: Esquema de la va del glicerol-fosfato
Figura 51: Va de las pentosas fosfato
Figura 52: Secuencias de las reacciones de la gluconeogenesis
Figura 53: Esquema del ciclo del glioxilato
Figura 54: Esquema de un cloroplasto
Figura 55: Estructura de clorofilas y carotenos
Figura 56: Etapa luminosa de la fotosntesis
Figura 57: Esquema de la etapa oscura de la fotosntesis
Figura 58: Esquema de la -oxidacin de cidos grasos saturados
Figura 59: Esquema de -oxidacin de cidos grasos ramificados
Figura 60: Productos resultantes de la degradacin de la Lecitina por fosfolipasas
Figura 61 : Estructura del colesterol
Figura 62 : Principales productos del catabolismo del colesterol
Figura 63: Transporte de Acetil-CoA mitocondrial al citoplasma
Figura 64: Esquema de las reacciones de biosntesis de cidos grasos
Figura 65: Esquema de la biosntesis de triglicridos y fosfoglicridos
Figura 66: Principales intermediarios en la biosntesis del colesterol
Figura 67: Convergencia de los esqueletos carbonados de los AA al ciclo de Krebs.
Figura 68 Ciclo de la Urea
Figura 69: Biosntesis de Thr y Met
125
127
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192
197
201
204

INTRODUCCIN
La bioqumica es una ciencia que comenz a emerger desde comienzos del
siglo pasado. Es frecuentemente descrita como el estudio de la qumica de la
vida e incluye el estudio de todas las formas de vida y utiliza los conceptos
bsicos derivados de la biologa, qumica, fsica y matemticas.
Con este mdulo se pretende que el estudiante se prepare en los
conocimientos bsicos acerca de las biomolculas y su metabolismo a travs
de la comprensin de las interacciones entre ellas, reconozca los aminocidos
como unidades estructurales de las protenas, identifique las bases
conceptuales bsicas a travs del estudio sistemtico de nociones, conceptos y
problemticas que configuran el campo general de la bioqumica y que
fortalezca los conocimientos adquiridos a travs de las diferentes prcticas de
laboratorio que se van a realizar.
Se espera que despus de estudiar este mdulo el estudiante analice
adecuadamente las vas metablicas ms importantes con referencia a su
importancia relativa en el conjunto del metabolismo y las correlaciona con otras
vas; distingue las transformaciones sufridas por los nutrientes como resultado
de la accin de agentes fsicos, qumicos o biolgicos.
En vista de la importancia de este curso acadmico y teniendo en cuenta que
algunos estudiantes que ingresan a la Universidad Nacional Abierta y a
Distancia, UNAD, son personas que generalmente han dejado pasar un tiempo
despus que terminaron sus estudios secundarios para luego ingresar a la
universidad, se ha diseado un texto con la didctica necesaria para que sus
contenidos sean aprendidos teniendo en cuenta los fundamentos bsicos del
aprendizaje autnomo.
Las unidades didcticas que conforman el curso son: 1) Biomolculas, 2)
cidos nucleicos y bioenergtica y 3) metabolismo: catabolismo y biosintesis
de biomolculas. El trabajo acadmico consta de dos componentes a saber: el
estudio Independiente, el cual puede ser realizado en trabajos a nivel personal
y el trabajo en pequeos grupos colaborativos que son los espacios donde se
inicia el verdadero autoaprendizaje; el segundo componente es el
acompaamiento tutorial, donde se desarrollan tutoras a nivel individual, en
pequeos grupos colaborativos o a nivel de grupo de curso.
La Bioqumica es, comparativamente con otras reas del conocimiento, una
disciplina cientfica joven, que integra mltiples conceptos de la Fsica, la
Qumica y la Biologa en un cuerpo coherente de generalizaciones que
permiten comprender cmo operan los organismos vivientes. Sus puntos de
contacto con otras reas son mltiples y no siempre es fcil establecer las
fronteras respectivas.
La comprensin de las propiedades estructurales y funcionales de las
principales molculas que intervienen como constituyentes de los alimentos y
8

del papel que ellas juegan en el metabolismo, nos proporciona criterios para
juzgar el valor nutritivo de un alimento de uso comn o de una fuente
nutricional potencialmente utilizable.
Desde el punto de vista tecnolgico, los conceptos bioqumicos son claves para
una correcta interpretacin y una prediccin acertada de las trasformaciones
sufridas por los nutrientes como resultado de agentes fsicos, qumicos y
biolgicos. Estos puntos justifican de por s la necesidad de disponer de un
bagaje bioqumico mnimo.
Para facilitar la comprensin e ir profundizando gradualmente, se ha adoptado
la estrategia de discutir en los captulos iniciales las caractersticas
estructurales y el comportamiento de las macromolculas biolgicas.
Para finalizar esta introduccin quisiera dirigir un comentario a los estudiantes
que usarn este mdulo. La complejidad aparente de la Bioqumica se reduce
considerablemente cuando en su estudio se comparan sistemticamente las
vas biosintticas con las degradativas, se aplican los principios generales del
metabolismo y se tienen en mente los puntos ya mencionados en el enfoque
global. Es mejor hacer nfasis en las transformaciones generales y no en la
secuencia detallada de reacciones; poco a poco sta se ir incorporando a sus
conocimientos. Buen trabajo y mucho nimo!

UNIDAD 1: BIOMOLCULAS
INTRODUCCION
En esta unidad, se encuentran los conceptos bsicos que un estudiante de
Bioqumica debe manejar, como son las generalidades, clasificacin y
estructura de aminocidos, protenas y enzimas.
En esta unidad no se consideran las biomolculas carbohidratos y lpidos, ya
que el espacio para estos conceptos es la unidad 3.
Es de vital importancia para los estudiantes de la formacin profesional y
tcnica de los programas de ingeniera de alimentos, agroforestal, agronmica,
zootecnia, produccin animal y regentes de farmacia, el manejo y comprensin
de los temas que en esta unidad se presentan; los nexos de la bioqumica con
estos campos disciplinares se derivan en que la bioqumica como parte de las
ciencias biolgicas maneja los conceptos tericos derivados de investigaciones
en donde se explican el funcionamiento y mecanismos qumicos a nivel celular
para el mantenimiento de los procesos vitales de organismo de origen vegetal y
animal. Conocer las generalidades, clasificacin y estructura de aminocidos,
protenas y enzimas, conlleva a los estudiantes de
los programas
mencionados, a comprender el cmo los organismos utilizan estas
biomolculas para sus procesos de desarrollo, nutricin y reproduccin, para
ello debe conocer que las protenas estn constituidas por aminocidos y que
las protenas intervienen en un nmero importante de las reacciones a nivel
celular y que este tipo de mecanismo qumico se realizan a grandes
velocidades gracias a los catalizadores que se encuentran en los sistemas
biolgicos como son las enzimas.
Los estudiantes deben relacionar los conceptos tericos con la aplicacin en
contexto real de sus profesiones. Para el rea de alimentos, ests
biomolculas marcan la pauta en trminos de alimentos funcionales con
calidad proteca y calidad tcnica. Para el rea de los zootecnistas y
tecnlogos en produccin animal, la nutricin y formulacin de dietas a base
de protenas
juega un papel importante en la produccin de carne y otros
subproductos. Para los profesionales de las reas de ciencias agrarias, el
saber los conceptos de biomolculas les facilita entender la fisiologa y
morfologa vegetal. Para los regentes de farmacia el saber sobre biomolculas
les puede facilitar el manejo de medicamento y el mecanismo de accin de los
principios activos que contiene.
El estudio detallado de la unidad puede conducir a los estudiantes a plantear
procesos y proyectos que conduzcan a fomentar la cultura investigativa.
10

JUSTIFICACION
El desarrollo de esta unidad se hace necesario en el curso de bioqumica
porque contiene las temticas bsicas para los estudiantes que toman cursos
de las ciencias bsicas referentes a la compresin de contextos de las ciencias
biolgicas.
Es preciso el diseo de esta unidad porque se presentan los conceptos sobre
aminocidos, protenas y enzimas; temticas que sern de gran importancia
en el perfil profesional de los estudiantes de ingeniera de alimentos,
agroforestal, agronmica, zootecnia y produccin animal.
Su estructuracin permite al estudiante comprender los conceptos sobre las
generalidades, clasificacin y estructura de aminocidos, protenas y enzimas;
temas que en primera instancia no son fciles de asimilar y se necesitan de la
activacin metacgnitiva de presaberes de cursos como qumica general,
qumica orgnica. Biologa y microbiologa.
11

OBEJTIVOS
CAPITULO 1: AMINOCIDOS
Diferenciar los tipos de aminocidos existentes, tomando como base la

naturaleza de sus cadenas laterales.
Establecer las relaciones existentes entre las curvas de titulacin de los
aminocidos y sus valores de pKa y pl.
CAPITULO 2: PPTIDOS Y PROTEINAS
Describir las caractersticas del enlace peptdico.

Reconocer los tipos de rupturas que pueden sufrir los pptidos.
Analizar el comportamiento anftero de los pptidos en trminos de su
composicin en aminocidos.
Identificar las principales actividades biolgicas de los pptidos.
Reconocer la correlacin entre la estructura y la funcin de los pptidos.
Explicar los diferentes niveles de organizacin estructural de las protenas.
Comparar las caractersticas de cada uno de los tipos de estructura
secundaria.
Identificar las interacciones que mantienen la estructura terciaria de una
protena.
Explicar las relaciones existentes entre la estructura y la funcin de las
protenas usadas como modelo.
CAPITULO 3: ENZIMAS
Identificar las caractersticas de la accin enzimtica.

Ilustrar la clasificacin de las enzimas basada en las clases de reacciones
catalizadas.
Analizar el comportamiento cintico de las enzimas.
Interpretar los cambios de actividad enzimtica debidas a la influencia del
pH, temperatura, efectores.
Establecer las diferencias entre los distintos tipos de inhibicin.
Identificar los sitios activos de algunas de las principales enzimas.
12

CONTENIDO DE LA UNIDAD
CAPITULO 1: AMINOCIDOS
CAPITULO 2: PPTIDOS Y PROTEINAS
CAPITULO 3: ENZIMAS
13

CAPITULO 1: Aminocidos
En este captulo el estudiante puede encontrar en forma clara y concreta la
estructura general de las unidades formadoras de las protenas, la clasificacin
de acuerdo a las caractersticas de su cadena lateral en relacin a su polaridad,
las pruebas que pueden aplicarse a nivel de laboratorio para su identificacin.
Los conceptos generales se refuerzan con la autoevaluacin, ejercicios de
prctica e informacin de inters que estn en recuadros donde se invita al
estudiante a generar conocimiento y consultar enlaces virtuales.
Leccin 1: Estructura general y clasificacin
1.1 estructura General
De acuerdo a Ramrez, Ruth (2009), los aminocidos son las unidades
estructurales bsicas de las protenas. Un aminocido consta de un grupo
amino, un grupo carboxlico, un tomo de hidrogeno y un grupo distinto R,
enlazado al tomo de carbono que se llama el carbono (alfa), el grupo R se
refiere a la cadena lateral que sern la identificacin del aminocido en la
cadena proteica. Veinte tipos de cadenas laterales de aminocidos que varan
en tamao, forma, carga, capacidad de enlace de hidrogeno y reactividad
qumica, se encuentran comnmente en las protenas1.
Los aminocidos se encuentran unidos en la molcula de la protena por
enlaces peptdico (- CO-NH-) que se forman por condensacin de - COOH de
un aminocido con el -NH2 de otro. Cuando varios aminocidos se unen para
dar un polmetro de bajo peso molecular ste se conoce como polipptido,
mientras que el trmino protena se usan generalmente para polmeros de
peso molecular grande.
Las propiedades de las protenas estn en funcin de su composicin y
conformacin de los aminocidos que las componen de ah que se deba tener
especial atencin en las propiedades qumicas y fsicas de tales compuestos.
Se debe recordar que los aminocidos en disolucin (propiedades cidobsicas), a pH neutro, son predominante iones dipolares (zwitteriones). En la
forma dipolar de un aminocido el grupo amino esta protonado y el grupo
carboxilo esta disociado:
Ramrez, R.- segunda edicin (2009). Qumica de alimentos. Bogot: Universidad Nacional Abierta y a
Distancia.
14

Figura 1: aminocido en forma de in Zwitterion.

Fuente: http://es.wikipedia.org/wiki/aminocido
CONSULTA EL SIGUIENTE ENLACE VIRTUAL PARA PROFUNDIZAR EN EL

TEMA: http://biomodel.uah.es/model1j/prot/inicio.htm
1.2: Clasificacin
Desde el punto de vista fisiolgico- alimentario, es importante saber si
determinados aminocidos so esenciales o no para el hombre y los animales.
Dentro del grupo de aminocidos comnmente encontrados en los alimentos
son clasificados en dos grupos:
TABLA 1: aminocidos esenciales y no esenciales
Esenciales
Treonina
Metionina
Leucina
Valina
Lisina
Arginina
fenilalanina
histidina
isoleucina
Triptfano
No esenciales
Serina
Alanina
Glicina
cido glutmico
cido asprtico
Prolina
Cistena
Tirosina
Fuente: Plumer,D (1981). Bioqumica prctica. Londres: McGraw Hill.
Gerardo Prez, Navarro Yolanda presenta la clasificacin de los aminocidos de

acuerdo a la relacin de grupos COO-/NH3+, o considerando criterios que tienen que
ver con su polaridad, presencia o no de cargas positivas y negativas; todo a lo cual
este comportamiento depende de la naturaleza de la cadena lateral o grupo (R)2
La clasificacin de los aminocidos protenicos se puede hacer teniendo en

cuenta la relacin de grupos COO-/NH3+, o considerando criterios que tienen
que ver con su polaridad, presencia o no de cargas positivas o negativas; todo
lo cual, en ltimo trmino, depende de la naturaleza de su cadena lateral (o
2
Perz, Gerardo. Navarro, Yolanda. (2005). Bioqumica. Bogot: Universidad Nacional Abierta y a
Distancia.
15

grupo R). Estos criterios sern continuamente utilizados en las siguientes

unidades y por ello es importante identificar los diferentes aminocidos de
acuerdo con la siguiente clasificacin (ver lecciones 2 y 3):
Leccin 2: Aminocidos no polares o hidrofobicos y aminocidos polares
no cargados
2.1 Aminocidos no polares o hidrofobicos
En estos aminocidos la cadena lateral, aliftica o aromtica, no tiene grupos
que interacten fcilmente con solventes acuosos y de ah el nombre de
hidrofobicos.
A este grupo pertenecen los siguientes aminocidos:
Tabla 2: Aminocidos hidrofobicos
Aminocido
Abreviatura
Aminocido
Abreviatura
Alanina
Valina
Leucina
Isoleucina
Ala
Val
Leu
Ile
Prolina
Fenilanina
Triptfano
Metionina
Pro
Phe
Trp
Met
Fuente: Prez, G. Navarro Y. (1992). Bioqumica. Santa f de Bogot.: Unisur.
Nombre
Estructura
Alanina
Valina
Leucina
16

Isoleucina
Cisteina
Prolina
Fenilalanina
Triptfano
Metionina
Fuente: Ramrez, R.- segunda edicin (2009). Qumica de alimentos. Bogot: Universidad Nacional
Abierta y a Distancia.
17

2.2 Aminocidos polares no cargados

A diferencia de los anteriores, estos AA se solubilizan con mayor facilidad en
solventes acuosos y su grupo R no posee cargas positivas o negativas a pH
fisiolgico, es decir, pH cercanos a 6,5 y 7,0. Aqu incluimos los siguientes AA:
Tabla 3: Aminocidos polares no cargados
Aminocido
Glicina
Serina
Treonina
Cisteina
Cistina
Abreviatura
Gly
Ser
Thr
CySH
CySSCy
Aminocido
Tirosina
Asparagina
Glutamina
Hidroxi prolina
Abreviatura
Tyr
Asn
Gln
OH - Pro
Nombre
Estructura
Glicina
Serina
Treonina
Tirosina
18

Asparagina
Glutamina
Leccin 3: Aminocidos cidos y bsicos

3.1 Aminocidos cidos
Se caracterizan porque su grupo R -(COOH) est cargado negativamente a pH
fisiolgico. Los aminocidos con sus respectivos pKa son:
Tabla 4: Aminocidos cidos
Aminocido Abreviatura
Asprtico
Asp
Glutmico
Glu
pKa
3,9
4,2
Fuente: Prez, G. Navarro Y. (1992). Bioqumica. Santa fe de Bogot.: Unisur.
19

En consecuencia, estos aminocidos pierden su carga nicamente a pH

bastante cido y en su forma libre o como constituyentes de las protenas estn
cargados negativamente.
3.2 Aminocidos bsicos
En ellos, el grupo R (generalmente NH) est cargado positivamente a pH
fisiolgico. A este grupo pertenece:
Tabla 5: Aminocidos bsicos
Aminocido
Histidina
Lisina
Arginina
Abreviatura
His
Lys
Arg
pKa
6,0
10,5
12,5
ESTUDIANTES DE NUTRICIN ANIMAL Y ZOOTECNIA: CONSULTA VIDEO VIRTUAL QUE

ESTA EN LA PGINA PRINCIPAL DEL CURSO SOBRE LA IMPORTANCIA DE LOS
AMINOACIDOS EN LA DIETA ANIMAL
20

ESTUDIANTES DE INGENIERIA DE ALIMENTOS, REGENCIA Y AGRARIAS:

DESDE EL PUNTO DE VISTA DEL PERFIL PROFESIONAL DE CADA UNO, CUL SERA LA
IMPORTANCIA Y EL PAPEL DE LOS AMINOACIDOS EN EL PROCESADO DE ALIMENTOS ,
NUTRICION VEGETAL Y EN EL DISEO DE MEDICAMENTOS?
ANIMATE A EMPEZAR LA REFLEXIN, PARA ELLO
CURSO VIRTUAL: WIKI, PORTAFOLIO DEL CURSO.
UTILIZA LA
HERRAMIENTA
Leccin 4: Propiedades acido bsicas

Biolgicamente la actitud de los aminocidos a la ionizacin es muy
importante y facilita el anlisis cuantitativo. Algunas de las propiedades de los
aminocidos ( punto de fusin, solubilidad en agua , momentos dipolares ) se
debe a la distribucin dispar de sus cargas elctricas en solucin acuosa. As
todos lso aminocidos en solucin acuosa a un pH prximo a la neutralidad
estn bajo la forma de iones Zwitteriones.
Fuente: http://es.wikipedia.org/wiki/aminocido
Cuando un aminocido esta disuelto en agua, se puede comportar segn el pH

en como cido o como base:
Los aminocidos a pH bajo (cido) se encuentran mayoritariamente en su
forma catinica (con carga positiva), y a pH alto (bsico) se encuentran en su
forma aninica (con carga negativa). Sin embargo, existe un pH especfico para
cada aminocido, donde la carga positiva y la carga negativa son de la misma
magnitud y el conjunto de la molcula es elctricamente neutro. En este estado
se dice que el aminocido se encuentra en su forma de ion dipolar o zwitterin.
En otros trminos, estas molculas son anfteras, Cuando el aminocido esta
en forma de Zwiteriones (el grupo carboxilo ionizado y el grupo amino
protonado), la carga elctrica global es igual a cero, se dice entonces que al
pH donde esta carga sea igual cero se designa como el punto isoelctrico (pI).
21
DEL

Figura 2: estructuras segn el pH de los aminocidos. Tomado de:

http://es.wikipedia.org/wiki/Amino%C3%A1cido
Para Gerardo Prez y Navarro Yolanda, el comportamiento anftero de cada

uno de los aminocidos y sus valores de punto isoelctrico (pl) son una
consecuencia de su estructura particular. Vamos a complementar estos
conceptos con el anlisis de las curvas de titulacin tpicas que se obtienen al
considerar la disociacin sucesiva de los grupos.
Las curvas de titulacin para aminocidos no polares o polares no cargados, se
pueden ver en la figura 3.
Figura 3: Curva de titulacin de un aminocido con grupo R no cargado

Prez, G. Navarro Y. (1992). Bioqumica. Santa fe de Bogot.: Unisur.
22

El AA usado como ejemplo es la Ala, donde los nicos grupos que en un

momento dado pueden tener carga, dependiendo del pH de la solucin, son el
-COOH y el -NH2. La siguiente tabla ilustra la situacin que se presenta en
cada punto identificado:
Punto Estructura
1
Corresponde a
pH << pK1
Pk1, (-COOH)
pl
pK2, (-NH2)
pH >> pK2
Tabla 6: Estructuras de la Ala en funcin del pH

Podemos observar que al pH que corresponde al pl, la carga neta del 100% de
molculas es cero (mxima concentracin del Zwitterion); a pH inferiores al pl,
un cierto porcentaje de molculas tiene carga neta positiva, siendo mayor a
medida que el pH es ms cido y a pH superiores al pl, ms y ms molculas
estn cargadas negativamente mientras ms bsico es el pH. Notamos
adems que las zonas en que estos AA tienen capacidad buffer, se sitan en
las cercanas de pK1 y pK2.
Para un aminocido cido (Glu en este caso), podemos representar la curva de
titulacin as:
23

Figura 4: Curva de titulacin del Glu

La tabla 7 muestra lo que ocurre en cada uno de los puntos indicados en la

figura 4.
Al calcular el pl vemos que es igual a 3.2 (que corresponde al pH del punto 3
en la grfica), valor que indica que el Glu es un aminocido cido pues el pl
est muy alejado del rango 6.0 a 7.0; su carga neta a pH superiores a su pl
ser negativa y a pH inferiores, ser positiva. Al comparar su curva de
disociacin con la de la Ala, vemos que en la regin cida las inflexiones son
menos fuertes.
Las curvas de titulacin obtenidas para los AA bsicos muestran tambin
inflexiones ms marcadas, pero estn desplazadas hacia pH ms altos y su
anlisis es similar.
Si se conocen los valores de pK de cada grupo y el pl (que se pueden
determinar experimentalmente) podemos proceder en forma inversa y
representar las curvas de disociacin.
24

Punto Estructura
1
Corresponde a
pH << pK1
Pk1, (-COOH)
pl
pK2 = 4.2 (grupo R)
pK3 = 9,7 (-NH2)

5
pH >> pK3
6
Tabla 7: Relacin entre el pH y la estructura del Glu

Las consideraciones anteriores adems de que permiten comprender mejor el

comportamiento cido-base de los aminocidos en solucin, estos sern muy
tiles para entender las propiedades de polmeros integrados por aminocidos
(pptidos y protenas).
25

Los aminocidos no presentan absorcin en la zona del espectro visible por no

poseer cromforos y los nicos que absorben en el ultravioleta son el Trp y la
Tyr a 280 nm y la Phe, en menor grado, a 260 nm debido a que sus grupos R
son aromticos. Esta propiedad se aprovecha para detectar aminocidos,
pptidos y protenas en soluciones en que no haya otras molculas que
absorben a estas longitudes de onda.
En sntesis: El estado de ionizacin de un aminocido vara con el pH y en
relacin su Pka. (Tabla 8). En disolucin cida por ejemplo a un pH 1.0 el
grupo carboxlico no est disociado pero el grupo amino si esta protonado (NH3 +). En disolucin alcalina por ejemplo a pH 11.0 el grupo carboxilo esta
ionizado (- COO- ) y el grupo amino esta desprotonado. En una forma ms
clara mencionemos el caso de la glicina donde posee un pKa de 2.3 para el
grupo carboxlico y un pka 9.6 para el grupo amino, esto quiere decir que el
punto medio de la primera ionizacin ocurre a pH = 2.3 y el de la segunda esta
a pH = 9.6.
Calculo del punto isoelctrico de una aminocido: Es el pH que este en medio
de los valores de pKa de ambos lados de la especie isoinica, se suman y se
dividen por dos:
Ejemplo, ver tabla 7: pI para el cido glutmico: a pH 2.0 presenta un pK1= 2.0
y a pH 4.2 presenta un pK2= 4.2
pI = 2.0 + 4.2/ 2 = 3.1
Cheftel, Jean presenta las siguientes propiedades de los aminocidos3:
Tabla 8: Propiedades fsicas de los aminocidos
AMINOCIDO
ABREVIATURA
LETRA
Pka1
(- COOH)
Pka2
-NH2
Pka R
R= cadena
lateral
Alanina
Ala
A
2.35
9.69
Arginina
Arg
R
2.17
9.04
12.48
Asparagina
Asg
N
2.02
8.80
cido Asprtico
Asp
D
2.09
9.82
3.86
Cisteina
Cys
C
1.96
10.28
8.18
Fenilalanina
Phe
F
1.83
9.24
Glutamina
Glu
Q
2.17
9.13
cido glutmico
Glu
E
2.19
9.67
4.25
Glicina
Gli
G
2.34
9.78
Histidina
His
H
1.82
9.17
6.00
Isoleucina
Ile
I
2.36
9.68
Leucina
Leu
L
2.36
9.64
Lisina
Lys
K
2.18
8.95
10.53
Metionina
Met
M
2.28
9.21
Prolina
Pro
P
1.99
10.6
Serina
Ser
S
2.21
9.15
Tirosina
Try
Y
2.20
9.11
10.07
Treonina
Tre
T
2.71
9.62
Triptfano
Trp
W
2.38
9.39
Valina
Val
V
2.32
9.62
Fuente: Cheftel Jean- Claude. Protenas alimentaras: bioqumica, Propiedades funcionales, valor nutritivo,
modificaciones qumicas. Valores de pka y pI de loa aminocidos a 25 C.
3
pI
6.02
10.76
5.41
2.97
5.07
5.53
5.65
3.22
6.06
7.58
6.02
6.00
9.74
5.75
6.30
5.68
5.65
6.16
5.89
5.97
Cheftel, Jean (1998). Protenas alimentaras. Espaa: Acribia.
26

EJERCICIO DE PRACTICA:
Utilizando los valores de la tabla eeee, determine las estructuras al cambio de pH de la
lisina: ubique las zonas de capacidad buffer y calcule el pI.
Los cambios de pH son: < 2.0, 2.16, 5.0, 9,2, 10.0, 10.8
Leccin 5: Pruebas cualitativas

y cuantitativas para determinar
aminocidos y protenas en laboratorio.
CONSULTA EL ENLACE EN VIRTUAL EN

SOBRE: CARCTERIZACION DE PROTEINAS.
LA PGINA PRINCIPAL DEL CURSO
5.1 Aminocidos.
Las pruebas cualitativas para la determinacin de las propiedades generales delos
aminocidos se relacionan a continuacin de acuerdo a Plummer, David (2000)4:
la
La ninhidrina (hidrato de triceohidrindeno), un agente oxidante poderoso,

reacciona con todos los aminocidos a un pH entre 4- 8 para dar un compuesto
de color prpura. Esta reaccin se efecta con aminas primarias y amoniaco pero
sin desprendimiento de CO2. La reaccin es muy sensible y es ideal para la
deteccin de aminocidos en cromatografas y su determinacin cuantitativa en
fracciones de columnas.
Reaccin Xantoproteica
Los aminocidos que contienen un ncleo aromtico (triptfano y Fenilalanina),

forman nitroderivados de color amarillo cuando se calientan con cido ntrico
concentrado. Las sales de estos derivados son de color naranja.
Reaccin de Milln
Los compuestos que contienen el radical hidroxibenceno (la tirosina) reaccionan

con el reactivo de milln formado compuestos rojos. Los nicos aminocidos
fenlicos son la tirosina y sus derivados y solamente ellos dan una reaccin
positiva.
Reaccin de cido
glioxlico para triptfano
El grupo indlico del triptfano reacciona con el cido glioxlico en presencia del
cido sulfrico concentrado dando un color prpura. El cido actico glacial que
ha sido expuesto a la luz contiene cido glioxlico.
Prueba de Pauly
El cido sulfanilico diazotizado se une con las aminas de la arginina y la lisina,

fenoles como el de la tirosina e imidazoles como la Histidina para dar
compuestos azo fuertemente coloreados.
Reaccin de Ehrlich
Este reactivo reacciona con un buen nmero de compuestos orgnicos tales

como ndoles, aminas aromticas y compuestos ureicos para dar compuestos
coloreados.
Reaccin
Ninhidrina
de
Plummer, David (2000). Bioqumica Prctica. Londres: mcGraw- Hill Latinoammericana S.A.
27

Prueba de nitroprusiato
Los grupos tioles reaccionan con nitroprusiato de sodio ( Na2Fe(CN)5NO) en

presencia de un exceso de amoniaco para dar un color rojo.
Reaccin de Sakaguchi
El nico aminocido que contiene grupos guanidinios es la arginina; esta

reacciona con alfa-naftol y un agente oxidante tal como el agua de bromo dando
un color rojo.
5.2 Mtodos cualitativos para la determinacin de las protenas.
prueba de biuret para enlaces peptdicos
El sulfato alcalino de cobre reacciona con compuestos que contienen dos o mas
enlaces peptdicos dando un complejo de coloracin violeta. La intensidad del color
obtenido es una medida del nmero de enlaces peptdicos presentes en la protenas.
5.3 Mtodos Cuantitativos de aminocidos y protenas
Determinacin cuantitativa de los aminocidos usando la reaccin de la

ninhidrina
El desarrollo del color no es el mismo en todos los aminocidos. Los aminocidos

como la prolina e hidroxiprolina dan un color amarillo, as que ellos se leen a 440 nm.
Mtodo de folin lowry para determinacin de protenas
Las protenas reaccionan con el reactivo de Folin para dar un complejo colorado. El
color que se forma es debido a la reaccin del cobre alcalino con la protena, tal como
sucede en el ensayo de biuret y la reduccin de fosfomolibdato por la tirosina y el
triptfano presentes en la protena. La intensidad del color depende del nmero de
aminocidos aromticos presentes y cambiaran segn la clase de protena.
CAPITULO 2: PEPTIDOS Y PROTEINAS

En este captulo el estudiante puede encontrar en forma clara y concreta
definicin y formacin del enlace peptdico, concepto fundamental para
entendimiento de los nveles de estructura de protenas, ya que
entendimiento de estos temas conducen al estudiante a entender
comportamiento y funcin biolgica de las protenas.
la
el
el
el
En este captulo, tambin se analizan las propiedades fisicoqumica que

condicionan junto con los niveles de estructuracin la funcin de la protenas
en los tejidos animal y vegetal.
28

Leccin 6: Pptidos
6.1 Aspectos estructurales
La unin de dos o ms AA entre s a travs de enlaces amida da origen a un
importante grupo de biomolculas llamadas pptidos.
El enlace resultante recibe el nombre de enlace peptdico, y debido a la
distribucin electrnica posee un carcter parcial de doble enlace (alrededor de
un 40%); por ello, aunque se represente convencionalmente como un enlace
sencillo, goza de dos caractersticas muy importantes que siempre deben
tenerse en cuenta:
Todos los tomos que intervienen en el enlace son coplanares, es decir,

estn situados en el mismo plano. Esta situacin la podemos ilustrar en la
figura 5.
Figura 5: Representacin coplanar del enlace peptdico

Observamos que los cuatro tomos (C, O, N, H) que participan en el enlace

estn localizados en el plano indicado, en cuyos bordes se encuentran los
carbonos portadores de las cadenas laterales R1 y R2. Como veremos ms
adelante, esta coplanaridad tiene consecuencias en la determinacin de
una estructura fundamental de las protenas.
Debido al carcter parcial de doble enlace, se establece una isomera

geomtrica del tipo trans, donde el O y el H (del enlace) estn en lados
opuestos.
Adicionalmente y como consecuencia de la configuracin L de los
aminocidos, los grupos R1 y R2 se alternan por encima y por debajo del
plano.
Los pptidos se representan convencionalmente en forma simplificada como

una estructura lineal, que cumple las caractersticas anotadas, as:
29

El extremo de la izquierda corresponde al llamado extremo N-terminal donde

est el nico aminocido que en el pptido tiene libre su grupo -NH2; el
extremo de la derecha es el extremo C-terminal en el cual el aminocido tiene
libre su grupo -COOH. Para representarla estructura de un pptido en muchos
casos es suficiente indicar los aminocidos constitutivos en su forma abreviada.
Por ejemplo, una de las encefalinas (pptidos que tienen accin analgsica) se
puede indicar como el pentapptido:
Tyr-Gly-Gly-Phe-Met
Lo cual significa que la Tirosina es el AA N-terminal, la Metionina es el AA-C
terminal y que la Fenilalanina (p.e) ocupa la cuarta posicin.
Este tipo de representacin, aunque conveniente en muchos casos, no dice por
s mismo mucho sobre las propiedades cidas o bsicas del pptido; para ello
es importante recordar con exactitud a qu grupo pertenece cada uno de los
aminocidos presentes. Tampoco se puede formar con ella una idea de la
estructura tridimensional (conformacin), que en pptidos de cierto tamao
puede ser una caracterstica importante.
Dado el altsimo nmero de posibles combinaciones en que pueden participar
los 20 AA para formar pptidos, hay una enorme variabilidad estructural. La
determinacin de la estructura de los pptidos puede hacerse combinando los
resultados obtenidos por hidrlisis total, hidrlisis parcial y/o identificacin de
aminocidos con reactivos especficos.
Las hidrlisis totales emplean cidos concentrados (HCI, H2SO4) que rompen
inespecficamente los enlaces peptdicos en condiciones drsticas de
temperatura; la mezcla de AA resultantes se separa por mtodos
cromatogrticos. Esto nos permite determinar cules AA hacen parte del
pptido pero no el orden (secuencia) en que estn colocados.
La secuencia se determina combinando rupturas selectivas de los enlaces
peptdicos, logrados en condiciones suaves, por medio de agentes especficos
que generalmente son enzimas con el establecimiento de los AA-N terminales,
C-terminales e intermedios, de los fragmentos resultantes ms pequeos.
Para identificar estos AA se puede usar el reactivo de Sanger o reactivos que
actan en forma similar como el reactivo de Edman o el Dansilo.
El conocimiento de la estructura de los pptidos permite, adems de su
caracterizacin, establecer cules AA son determinantes para la funcin
30

biolgica del pptido y, como veremos ms adelante, postular una estrecha

correlacin entre la estructura y la actividad biolgica.
6.2 Propiedades cido-base
El comportamiento cido-base de cada pptido est determinado por los
grupos -NH2 y -COOH (N- y C- terminales respectivamente) y por los grupos
R de los AA presentes.
Por ejemplo, en pptidos del grupo de las bradikininas, que poseen una fuerte
actividad depresora de la tensin arterial, es frecuente la presencia de
aminocidos bsicos lo cual le confiere pH fisiolgicos, cargas positivas y un pl
relativamente alto. El pptido Lys-Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Leu-Pro-Phe-Arg tendr
en estas condiciones cuatro cargas positivas (una por el grupo -NH3+ y tres
por los grupos R de Lys y Arg) y una carga negativa (a causa del -COOterminal); su pl ser cercano al pKa de la Arg y por consiguiente es un pptido
muy bsico.
En el caso de los pptidos donde predominan Glu y Asp tendremos la situacin
inversa (pptidos cidos, bajo pl).
En general los pptidos poseen simultneamente AA cidos y bsicos y su
comportamiento anftero depende de las proporciones relativas de estos
aminocidos; las curvas de titulacin presentan mltiples puntos de inflexin (a
diferencia de lo observado con los AA libres) y no es posible calcular el valor de
pl considerando los pKa de los AA y su disociacin sucesiva, pues
frecuentemente podemos tener a un pH dado ms de un grupo R que se est
disociando. La determinacin del pl podemos, en estos casos, realizarla por
electroforesis.
6.3 Actividad biolgica de algunos pptidos
Los pptidos que existen libres en una clula desempean en muchos casos
una funcin biolgica bien precisa. A continuacin examinaremos algunos
ejemplos:
6. 3.1 Actividad hormonal
En el lbulo posterior de la hipfisis se produce un cierto nmero de pptidos
con funcin hormonal. Se destacan: la oxitocina nonapptido cclico que
estimula la contraccin del msculo liso del tero durante el parto y la glndula
mamaria en la lactancia; y la vasopresina, otro nonapptido cclico que estimula
la reabsorcin renal del agua y aumenta la presin arterial (accin
hipertensora). Estos pptidos tienen las siguientes estructuras:
31

Oxitocina
Vasopresina
Aqu tenemos un buen ejemplo de la estrecha correlacin existente entre
estructura y accin biolgica ya que las dos hormonas difieren solamente en
las posiciones indicadas y a pesar de ello sus funciones biolgicas son
completamente diferentes.
Cuando en cualquiera de ellas se rompe el enlace -S-S- (disulfuro) entre las
dos Cisteinas por una reduccin suave, que no altera ningn otro enlace ni AA,
se pierde completamente la actividad hormonal. Esto se debe a que por la
ruptura ocurren cambios en la conformacin de estos pptidos; esto refuerza la
decisiva importancia que tiene la estructura sobre la accin biolgica.
La hipfisis produce en su lbulo anterior la hormona adrenocorticotropa
(ACTH), pptido constituido por 25 a 34 AA (dependiendo de la especie), que
acta sobre la corteza de las glndulas suprarrenales, quienes participan en la
regulacin del metabolismo de carbohidratos.
6.3.2 Actividad como antibiticos

Los pptidos que presentan esta actividad poseen generalmente AA con
configuracin D o enlaces poco comunes. Entre ellos tenemos:
32

6.3.3 Actividad hiper o hipotensora

Estos pptidos resultan de la accin de enzimas sobre protenas del plasma
sanguneo Las angiotensinas, derivadas del angiotensingeno, son un grupo
de agentes hipertensores estructuralmente relacionados con 8 a 10 AA:
Angiotensina I:
Asp-Arg-Val-Tyr-Val-His-Pro-Phe-His-Leu
Angiotensina II:
Asp-Arg-Val-Tyr-Val-His-Pro-Phe
Las bradikininas (ya mencionadas) son pptidos con 9 a 12 AA de fuerte

actividad hipotensora y pl elevados.
6.3.4 Actividad oxido reductora

El ms abundante es el Glutatin, presente en muchos tejidos, que presenta un
enlace no peptdico entre Glu y CySH como lo muestra la estructura:
(-Glu-Cys-Gly) = (GSH)
El grupo SH (tiol) de la Cistena puede oxidarse y dar lugar al glutatin oxidado
(GSSG):
33

Esta oxidacin est acompaada de la reduccin de un aceptor (metabolito)

que pasa de su forma oxidada a la reducida.
Al frente de cada pptido indique su actividad biolgica:
a) ACTH:
b) Gramicidina
c) Vasopresina:
d) Glutatin.
e) Oxitocina:
f) Angiotensina:
g) Penicilina:
h) Bradikinina:
Leccin 7: Generalidades del enlace peptidico y niveles de estructuracin

Se menciono en la leccin 1, algunos aspectos fundamentales de la formacin
de ste enlace. En este apartado se profundiza an ms la formacin y
caractersticas de este enlace.
El enlace peptdico se forma por la condensacin
aminocido con el -NH2 de otro aminocido:
del
-COOH de un
Figura 6: Formacin del enlace peptdico.

34

El enlace peptdico posee especiales caractersticas: Es polar, plano y esta

estabilizado por resonancia. Es un hbrido de resonancia; el enlace C-N del
enlace peptdico tiene un carcter parcial de doble enlace, por esta razn no
hay libertad de movimiento. El doble enlace entre el carbono y el oxigeno del
grupo carbonilo, busca la estabilidad electrnica de la molcula.
Se ha mencionado que el carcter parcial de doble enlace no hay libertad de

movimiento, Pero de quien? La presencia de un doble enlace parcial ocasiona
la presencia de ismeros geomtricos de la forma trans en el oxigeno del
grupo carbonilo y el hidrogeno del grupo amino participantes en el enlace
peptdico. La presencia del doble enlace parcial del enlace peptdico ocasiona
que no haya libertad de movimiento entre el enlace C N, sino que el
movimiento se de a nivel de N- C con un ngulo de torsin (phi) y entre CC con un ngulo de torsin (psi). En la grafica siguiente se evidencia lo
expuesto.
Figura 7. ngulos de torsin del enlace peptdico

35

CONSULTA LOS SIGUIENTE ENLACES VIRTUALES PARA PROFUNDIZAR EN EL

TEMA:
http://biomodel.uah.es/model1j/prot/inicio.htm
http://www.youtube.com/watch?v=Gn8NaEEEykk
7. 1 Niveles estructurales
Se considera que cuando un pptido sobrepasa los 40-50 aminocidos
tenemos una cadena polipeptdica que llamamos protena. Estos polmeros
poseen un considerable grado de complejidad que se expresa en todas las
protenas en por lo menos tres niveles de estructura y en algunas hasta cuatro.
Estructura primaria. Est definida por la composicin en AA y su secuencia
en la protena.
Estructura secundarla. Es el ordenamiento espacial de las cadenas
polipeptdicas resultante de interacciones por puentes de hidrgeno formados
nicamente entre los tomos que intervienen en el enlace peptdico.
Estructura terciaria. Consiste en la distribucin espacial de todos los grupos
de la protena, es decir, su conformacin tridimensional.
Estructura cuaternaria. Est dada por la asociacin reversible de varias
cadenas polipeptdicas (monmeros) iguales o diferentes. Este tipo de
estructura solo la poseen algunas protenas.
Debido a la importancia que revisten estos niveles de organizacin para la
comprensin del funcionamiento y propiedades de las protenas, las
discutiremos con algn detalle a continuacin.
Leccin 8: Estructura primaria y Secundaria
8.1 Estructura primaria
El alto nmero de AA que integran una protena nos da, en forma similar a lo
anotado en los pptidos, una enorme variabilidad estructural y para caracterizar
una protena debemos por tanto conocer su composicin en AA y el orden en
que se encuentran.
La determinacin de la composicin se logra sometiendo la protena a una
hidrlisis drstica con cidos o bases (generalmente HCI 6N y Ba(OH)2 4N) y
analizando cuantitativamente la mezcla de AA libres que resulta. Actualmente
esto se logra por medio de un analizador automtico de AA que se basa en la
separacin de los AA por cromatografa de intercambio inico, hacindole
36

reaccionar luego con Ninhidrina y determinando por colorimetra a 570 nm su

concentracin.
Establecer la secuencia es ms complejo; la estrategia que se utiliza consiste
en romper la protena por medios qumicos o enzimticos, en un nmero no
muy grande de pptidos, separar por diversos mtodos (cromatografa,
intercambio inico, solubilidad, etc). Los pptidos resultantes a cada uno
determinarles su secuencia en la forma ya discutida.
Utilizando las
combinaciones apropiadas de agentes de clivaje, se pueden ensamblar como
en un rompecabezas los pptidos, y obtener la secuencia de la protena.
La primera protena a la que se le determin su estructura primaria fue la
insulina, hormona originada en el pncreas como proinsulina, que tiene por
funcin disminuir el nivel de glucosa en la sangre y cuya carencia tiene
mltiples complicaciones incluyendo la diabetes. Esta protena tiene dos
cadenas polipeptdicas (A y B) unidas por dos puentes de hidrgeno disulfuro
intermoleculares formados por la oxidacin de cuatro cisteinas.
En la figura 4 representamos esquemticamente la insulina bovina, sin que lo
indicado en los puentes disulfuro intermoleculares e intramoleculares,
corresponda a las longitudes relativas y ngulos de unin de los enlaces.
Figura 8: Secuencia de AA de la insulina bovina

37

A pesar de ser una de las protenas ms pequeas es evidente lo incmodo

que resulta su representacin. Por esta razn se adoptan esquemas
simplificados como ste:
Figura 9: Esquema simplificado de la insulina

En la estructura primaria en detalle observamos que la hormona tiene todos los

AA con excepcin de Trp, Met, lo cual no es de extraar pues en total no hay
sino 51 AA y las Met y Trp cuando estn presentes, slo se encuentran unos
pocos residuos (2 a 3 por cadena de 200 a 300AA).
Una vez que el grupo de Sanger en Inglaterra estableci la metodologa para
determinar la estructura primaria de protenas, lo cual le vali el premio Nbel
en 1951, sta se ha aplicado no solo a insulina de distintos animales sino a un
nmero creciente de protenas, incluyendo la hemoglobina, citocromo c,
ribonucleasa y muchas enzimas.
Los estudios comparativos de secuencia realizados con estas protenas han
permitido:
Localizar los segmentos donde reside la actividad biolgica.
Realizar estudios sobre la evolucin de las protenas.
Utilizar en algunos casos protenas no humanas como sustitutos en el
tratamiento de ciertas enfermedades.
Predecir parcialmente la estructura terciaria de la protena.
Disear protenas sintticas con actividad biolgica.
Vemos por consiguiente las insospechadas consecuencias que ha tenido el
estudio, aparentemente poco complicado de la estructura primaria de las
protenas.
8 .2 Estructura secundaria
En una o varias cadenas polipeptdicas se presentan uniones por puentes de
hidrgeno en las que solo intervienen los grupos C=O y N-H que forman el
enlace peptdico. Todas las configuraciones existentes o propuestas deben
satisfacer las caractersticas estructurales que ya discutimos para este tipo de
enlaces; la configuracin ms sencilla es la de cadena extendida, figura 6.
38

Figura 10: Puentes de hidrgeno en un polipptido con estructura extendida

En esta configuracin la disposicin espacial de los grupos se repite cada 7.2

, lo que constituye su distancia en la unidad de repeticin e incluye un puente
de hidrgeno por cada par de cadenas.
Si se observa con detenimiento la estructura vemos que en una cadena dada
los grupos laterales R1 y R3 estn localizados del mismo lado (hacia atrs, en
este ejemplo) y puesto que con excepcin de Ala y Gly, estos grupos son
voluminosos, por lo que existe impedimento estrico y por ello la estructura
extendida es poco estable.
En las protenas fibrosas que tienen un papel estructural, este problema se
resuelve mediante la adopcin de uno de los siguientes tipos de estructura:
Grupo l: Estructura en hoja plegada.
Grupo II: Estructura en -hlice.
Grupo III: Estructura en triple hlice.
El grupo l se caracteriza por tener una unidad de repeticin de 6.5 a 7.0 , con
formacin de puentes de hidrgeno intermoleculares entre al menos dos
cadenas o segmentos de cadena que pueden ser, paralelas (van en el mismo
sentido):
H3N+
COO
H3N+
COO
o antiparalelas (van en sentido opuesto):

H3N+
COO
OOC
+ NH 3
39

Dado que cada enlace peptdico define un plano en el que tambin se localizan
los puentes de hidrgeno, se obtiene una estructura similar a la de una hoja
plegada, figura 7.
Figura 11: Estructura en hoja plegada

Esquemticamente se puede representar esta estructura de la siguiente

manera, donde cada lnea representa un plano, los grupos R impares
y los grupos R pares:
40

La protena ms importante de este grupo es la fibroina de la seda, constituida

bsicamente por Gly (45%), Ala (26%) y Ser (12%) con una secuencia
repetitiva:
Gly-Ala-Gly-Ser-Gly-Ala
Debido a esta estructura primaria, no hay impedimento estrico apreciable y es
posible lograr un empaquetamiento compacto entre distintas capas
originndose as la fibra con sus propiedades de flexibilidad y poca
extensibilidad. Esquemticamente, figura 8, tendramos:
Figura 12: Empaquetamiento de grupos R en la fibroina

El grupo II posee una unidad de repeticin de 5.1 a 5.4 , y los puentes de

hidrgeno son exclusivamente intermoleculares. 3. el ordenamiento espacial
de las cadenas polipeptdicas resultante de las interacciones por puentes de
hidrgeno formados nicamente entre los tomos de hidrgeno del nitrgeno
y el oxgeno del carbono carbonlico que conforman el enlace peptdico. Esto
genera una estructura helicoidal del tipo representado en la figura 13.
Podemos observar que los grupos R estn dirigidos hacia el exterior de la
hlice, lo cual implica que grupos R voluminosos tengan una misma carga, si
estn situados muy cerca desestabilizan la estructura; por otra parte la Prolina
rompe la hlice por no poder formar los puentes de hidrgeno necesarios.
A este grupo pertenece la -queratina que es el constituyente ms importante
de fibras como cabello y lana y de tejidos de proteccin como piel, plumas,
cuernos, uas, etc. Esta protena que posee muy poco Trp, His y Met, tiene una
alta proporcin de CySH que forma puentes disulfuro entre las distintas
cadenas helicoidales y mantiene as la estabilidad de la fibra:
41

Figura 13: Estructura de -hlice

Las fibras que tienen esta estructura son extensibles reversiblemente, luego de
un tratamiento por calor hmedo debido a que el agua provoca la ruptura de los
puentes de hidrgeno intramoleculares y la cadena puede adquirir una
configuracin extendida.
El grupo III posee una unidad de repeticin de 2.8 , y los puentes de
hidrgeno se forman entre tres cadenas polipeptdicas que se enrollan entre s,
de manera helicoidal. El mejor ejemplo de este tipo de estructura es el
colgeno, protena que constituye un 30% de las protenas del cuerpo humano
y est presente en tejido conjuntivo, piel, huesos, tendones. El colgeno tiene
un 33% de Gly, 25% de Pro o OH-Pro y 11% Ala, sin que haya Trp, CySH,
CySSCy y con menos del 2% de Phe, Tyr.
Cada cadena peptdica tiene aproximadamente 1000 AA y la unin de las tres
constituye el tropocolgeno que es la fibra bsica con 14 de dimetro y 2800
42

de larga. Estas fibras se unen a otras a travs de enlaces covalentes y

generan el colgeno De manera simplificada podemos representar el
tropocolgeno as:
Leccin 9: Estructura terciaria y cuaternaria

9.1 Estructura terciaria
En estas protenas y como consecuencia de sus estructuras primaria y
secundaria, se presentan simultneamente varias clases de interacciones que
determinan su conformacin. Estas interacciones (representadas en la figura
11) son:
43

Figura 14: Tipos de enlaces que mantienen la estructura terciaria de las protenas
Puentes de hidrgeno intramoleculares o intermoleculares, cuando la

protena tiene ms de una cadena polipeptdica, que se forman entre
cadenas laterales, o entre cadenas laterales y tomos del enlace
peptdico, (a. en la figura 11).
Enlaces salinos o inicos que resultan de la atraccin electrosttica
entre grupos R con cargas opuestas, (b. en la figura 14).
Uniones hidrofbicas provenientes de las interacciones entre cadenas
laterales de AA no polares, que tienden a asociarse entre s excluyendo
el agua, (c. en la figura 14).
Enlaces covalentes entre grupos R de CySH (enlaces disulfuro), Lys y
Glu o Asp (enlaces amida), (d. en la figura 14).
Estos enlaces en conjunto mantienen la estructura terciaria que

fundamentalmente est determinada por su composicin y secuencia de
aminocidos.
La conformacin de las protenas globulares es considerablemente ms
compleja que la de las protenas fibrosas y es caracterstica para cada una. Los
estudios realizados sobre diversas protenas (insulina, mioglobina, citocromo c,
hemoglobina, etc) usando difraccin de rayos X han permitido deducir algunas
caractersticas estructurales comunes:
44

La protena es una molcula compacta cuya forma se asemeja en

muchos casos a una esfera con cavidades y protuberancias. La cadena
polipeptdica sigue un trazo irregular con segmentos en hoja plegada, en
-hlice o desordenados.
Los aminocidos polares y los cargados estn generalmente situados en
el exterior, en ntimo contacto con el medio acuoso circundante.
Los aminocidos hidrofbicos se ubican preferencialmente en regiones
internas donde se encuentran pocas molculas de agua o iones.
Los segmentos de -hlice que se presentan estn interrumpidos por
Pro o por HO-Pro.
En una protena dada proveniente de diferentes especies, la
conformacin es similar.
Dada la enorme complejidad de la estructura terciaria es posible solo despus

de establecer la estructura primaria y a su vez es un requisito para tratar de
explicar la accin biolgica de una protena dada. Es importante resaltar la
estrecha dependencia que existe entre la conservacin de la estructura
terciaria natural u original (conformacin nativa) y la actividad de la protena.
9.2 Estructura cuaternaria
Algunas protenas y con mucha frecuencia aquellas con peso molecular (PM)
superiores a 100000 estn formadas por la asociacin reversible de dos o ms
cadenas polipeptdicas que no estn unidas entre s por enlaces covalentes y
pueden ser separadas y estudiadas individualmente.
Un buen ejemplo de este tipo de protenas es la hemoglobina (Hb) que se
encuentra presente en los glbulos rojos y tiene como funcin el transporte de
oxgeno a los tejidos. Esta protena est formada por dos cadenas
polipeptdicas y de dos cadenas que nos dan el tetrmetro 22 con un PM
de 65000. Cada una de ellas posee adems de la parte protenica (globina), un
grupo heme en el cual el Fe+2 est unido a cinco tomos de Nitrgeno en la
forma indicada en la figura 15.
Sobre este Fe+2 se fija una molcula de oxgeno (OxiHb), o de H2O (HCO3-)
(de-oxiHb) o de CO (carboxiHb) en casos de intoxicacin por este gas; en
conjunto tenemos:
Hb + 4O 2
Hb (O 2 ) 4
Un esquema de la estructura cuaternaria de la hemoglobina se representa en la

figura 16.
45

Figura 15: Estructura del grupo hemo

Figura16: Estructura cuaternaria de la hemoglobina

Podemos representar el transporte de oxgeno como una serie de interacciones

cooperativas donde la entrada de un oxgeno se facilita si hay otro fijado:
46

En los pulmones la Hb se satura con O2 y est oxigenada a casi un 100%; al

llegar a los tejidos la Hb suelta parte del O2 y queda saturada a un 65% y en
esta forma regresa a los pulmones. Para realizar este transporte se requiere la
forma tetramtrica (22) ya que los monmeros (, ), dmeros (2, 2, ) o
trmeros (2, , 2) no transportan el oxgeno y tampoco existen como tales en
los eritrocitos; el tomo de hierro de cada heme debe estar en forma ferrosa
(Fe+2), si se oxida a la forma frrica (Fe+3) tampoco hay transporte.
Estudios similares con enzimas que poseen estructura cuaternaria han
mostrado que la actividad biolgica se presenta con la forma asociada y no con
la forma disociada (monmeros).
Leccin 10: Clasificacin y Propiedades Fisicoqumicas
10.1 Clasificacin
Adems de la clasificacin en fibrosas y globulares o en simples y conjugadas.
Las protenas globulares se pueden subdividir, segn Osborn, de acuerdo con
su solubilidad en:
Albminas: Son protenas solubles en agua y en soluciones salinas;

precipitan a altas concentraciones de sales, 80%S (porcentaje de
solubilidad). Ejemplo: (NH4)2.SO4, Na2SO4 y estn ampliamente distribuidos
en tejidos animales y vegetales (albmina de huevo, albmina srica).
Globulinas: Son insolubles en agua y solubles en soluciones salinas

diluidas (NaCI 1%); precipitan a concentraciones medianas de sales (40 a
50%) y se encuentran prcticamente en todos los tipos de clulas y tejidos.
Prolaminas: Insolubles en agua y soluciones salinas; son solubles en
etanol 50-90% y se encuentran slo en vegetales (ej: zena de maz,
hordeina de la cebada, gliadina del trigo). Son ricas en Glu y en Pro (10%).
Glutelinas: Solo se solubilizan en cidos o bases diluidos; estn presentes

solo en tejidos vegetales (gluten del trigo) y tienen buenos contenidos de
CySH o CySSCy.
47

Para reflexionar : Porque se dice que de la composicin y conformacin de una protena

depender su funcin biolgica?
cmo se puede llegar a perder la actividad biolgica de una protena?
Qu entiende por estructura nativa de una protena?
que es el Pka de un cido?
Sera muy interesante que escribieras tu anlisis en la herramienta de curso Wiki ( portafolio
del curso)en el aula virtual.
10.2 Propiedades fisicoqumicas

10.2.1 Propiedades cido-base
Debido a la presencia simultnea de AA cidos y bsicos, las protenas se
comportan como polielectrolitos e interactan ampliamente con solventes
acuosos; una excepcin la constituyen aquellas protenas que por tener una
elevada proporcin de aminocidos hidrofbicos, son poco polares y por ello
poco solubles en soluciones salinas.
En forma similar a lo que ocurre con los pptidos, las protenas presentan
curvas de titulacin complejas a partir de las cuales no es posible obtener
informacin sobre el pl o sobre los pKa de los grupos cargados. Los valores de
pKa se pueden determinar por mtodos fsicos o qumicos ms sofisticados y
se ha encontrado que en algunos casos el pK de un grupo R difiere del
establecido para ese grupo en un aminocido libre; probablemente esto se
debe a interacciones (inicas, puentes de hidrgeno) con grupos vecinos y a la
cercana a residuos hidrofobicos que modifican la constante dielctrica del
medio.
El pl de las protenas se determina por electroforesis y en la mayora se
encuentra entre 4.5 y 5.5; en consecuencia su capacidad tampn es muy
pequea a pH fisiolgicos y slo las protenas con buen contenido de His,
como la hemoglobina, son capaces de actuar como buffers a estos pH.
El conocimiento del pI nos permite predecir la carga neta de una protena en un
pH dado y su comportamiento en un campo elctrico; si el pH es mayor que el
pl, la protena estar cargada negativamente y en un campo elctrico migrar
hacia el nodo. A pH menores que el pl tendr carga positiva y migrar al
ctodo.
48

10.2.2 Solubilidad
La solubilidad de las protenas depende de varios factores:
pH: A mayor interaccin con el solvente mayor ser la solubilidad, por

esto en el pl (donde la carga neta es cero) la solubilidad es mnima.
Fuerza Inica () de la solucin: La mayora de las protenas presenta
un comportamiento como el ilustrado en la figura 14, donde se grafica el
logaritmo de la solubilidad en funcin de la fuerza inica:
Figura 17: Solubilidad de las protenas en funcin de la fuerza inica

Podemos aprovechar esta curva para deducir la ecuacin que rige la

solubilidad:
log S = - Ks
donde (interseccin por extrapolacin al eje y) representa la
solubilidad (terica para protenas diferentes a las albminas) en agua
pura y Ks (pendiente de la recta) es un parmetro cuyo valor es
caracterstico para cada protena. Se observa que la solubilidad aumenta
rpidamente al incrementar la fuerza inica (salting out). Esto explica por
qu las albminas y las globulinas precipitan con (NH4)2.SO4 al 80% y al
50% de saturacin respectivamente.
Temperatura: En el intervalo 0-60C la solubilidad aumenta al aumentar

la temperatura pero a valores superiores las protenas precipitan debido
a que la energa trmica es suficiente para destruir los enlaces no
covalentes que estabilizan la estructura terciaria, exponiendo al solvente
los grupos R hidrofbicos del interior y puesto que estos no interactan
apreciablemente con el agua, precipitndose.
Solventes orgnicos miscibles con el agua: Estos solventes (etanol,

acetona, metanol) disminuyen la constante dielctrica del solvente
49

acuoso y por tanto causan la precipitacin. Para que la protena

permanezca en solucin se requiere, como en el caso de las
Prolaminas, que tenga una composicin en aminocidos muy particular.
En los procesos industriales y de laboratorio tendientes a obtener protenas, se
aprovechan los anteriores factores, combinndolos de tal manera que las
diferencias en solubilidad sean mximas y se puedan eliminar componentes
indeseables.
10.2.3 Interacciones con iones
Una consecuencia de la presencia de grupos R cidos y bsicos es la
capacidad que tienen las protenas para fijar, por interacciones electrostticas,
cationes y aniones. Esta interaccin es muy importante pues en algunos casos
la actividad biolgica de la protena depende de ella (ej. metaloenzimas) y en
otros es el mecanismo usado para transportar o almacenar un determinado in
(ej.: ceruloplasmina, ferritina).
El tipo de in fijado y su cantidad depende de:
La naturaleza de la protena: Esto se manifiesta en la clase de grupos

R presentes, sus cargas y el pl de la protena.
pH de la solucin: Este factor determina la carga neta, y el nmero de
grupos R cargados positiva o negativamente en un momento dado.
Carga y tamao del In: Los iones divalentes se fijan ms fuertemente
que los monovalentes y a igualdad de carga los de mayor radio de
hidratacin ms dbilmente que los que poseen radios menores.
Concentracin del In: A mayor concentracin del in mayor cantidad
se fija sobre la protena pudindose alcanzar valores para la albmina
srica de hasta 20 moles CI-/105 g protena.
10.2.4 Desnaturalizacin:
Como discutimos anteriormente, la actividad biolgica de las protenas
depende de la conservacin de su estructura en los diferentes niveles
(primaria, secundaria, terciaria y aun cuaternaria en las protenas que la
poseen). Es lgico pensar que condiciones ambientales (hidrlisis, oxidacin,
reduccin) que provoquen la destruccin de enlaces covalentes causarn una
prdida de la actividad; sin embargo esta prdida se puede presentar tambin
sin necesidad de romper enlaces covalentes y en estos casos es imputable a
modificaciones profundas de su estructura terciaria y/o cuaternaria.
Estos cambios se conocen como desnaturalizacin (o prdida de su estructura
nativa) que en algunos casos puede ser reversible al eliminar el agente causal.
Cambios extremados en los factores que afectan la solubilidad, presencia de
metales pesados (Hg+2, Ag+1, Pb+2, etc.) o de detergentes, son algunas de las
causas que pueden desnaturalizar una protena u ocasionar su precipitacin,
es prcticamente imposible recuperar posteriormente la conformacin nativa y
por ende la actividad biolgica.
50

CAPITULO 3: ENZIMAS
En este captulo el estudiante puede encontrar en forma clara y concreta los
mecanismos mediante los cuales las enzimas ejercen su actividad cataltica,
para ello se analiza la especificacin de accin y de sustrato. Se presenta la
clasificacin enzimtica.
Las enzimas son sustancias importantes y mediadoras de las reacciones que
suceden en la celular, por ellas las reacciones tienen mayores velocidades en
corto tiempo, por lo que es importante estudiar los factores que condicionan su
actividad al igual que su inhibicin.
estudiante a generar conocimiento y consultar enlaces virtuales
Leccin 11: Caractersticas de la accin enzimtica
En este capitulo vamos a considerar un grupo de protenas que cumplen con la
funcin esencial de catalizar las reacciones qumicas que en su conjunto
constituyen el metabolismo. Estas protenas, que antiguamente se
denominaron fermentos, reciben el nombre de enzimas y frecuentemente son
del tipo de las albminas o de las globulinas pudiendo segn el caso ser
protenas simples o conjugadas. Su distribucin es muy amplia ya que todos
51

los seres vivos las poseen y podemos asignarles el papel de catalizadores

biolgicos.
Adems de tener las propiedades generales de los catalizadores orgnicos o
inorgnicos, las enzimas ejercen su accin presentando las siguientes
caractersticas:
11.1 Especificidad de accin
Esto significa que una enzima en particular cataliza con un sustrato dado, un
solo tipo de reaccin qumica y ningn otro. Un buen ejemplo lo constituyen las
enzimas que intervienen en el metabolismo de los aminocidos, compuestos
que segn el tipo de enzima involucrada dar origen a diferentes productos; de
manera general podemos ilustrar este ejemplo as:
Tendremos entonces que la reaccin (1) ser catalizada solo por oxidasas y no
por decarboxilasas o transaminasas y as sucesivamente.
11.2 Especificidad por el sustrato
Cada enzima reconoce de una manera muy selectiva su sustrato basndose en
la estructura tridimensional que ste posee. La estreo especificidad es la que
determina que una oxidasa dada modifique por ejemplo la L-Phe sin que la
D-Phe sea alterada. Otro ejemplo son las proteasas que reconocen a nivel del
enlace peptdico cules son los AA adyacentes del lado amino o carboxilo; esto
se observa al comparar los enlaces hidrolizados en el siguiente pptido:
1. Tripsina rompe del lado COO- de Lys y Arg.

52

2. Quimotripsina rompe del lado del C00- de aminocidos aromticos (p.e. Trp).
3. Aminopeptidasa rompe en extremo N-Terminal
4. Caboxipeptidasa rompe en extremo C-Terminal
Debido a su especificidad estas enzimas producen a partir de un pptido o
protena dada, un mismo conjunto de fragmentos y son por tanto muy utilizadas
en los estudios de secuencia.
Un ejemplo de estas dos caractersticas de la reaccin enzimtica, est
constituido por las glicosidasas (hidrolasas que atacan los enlaces - y glicosdicos de los carbohidratos) que degradan el almidn y la celulosa. (para
tener claras las diferencias estructurales es conveniente revisar el Mdulo de
Qumica Orgnica1). La amilosa, polisacrido lineal con enlaces -1 ,4 entre las
unidades de glucosa, es hidrolizada por:
- amilasa presente en la saliva y el jugo pancretico, que es una glicosidasa
que acta al interior de la molcula produciendo una mezcla de maltosa y de
glucosa.
- amilasa, muy abundante en semillas en germinacin, que ataca desde el
extremo reductor de la cadena liberando unidades de maltosa.
Estas dos glicosidasas son entonces un buen ejemplo de la especificidad de
accin ya que el mismo sutrato (amilosa) es degradado de diferente manera.
La amilopectina, segundo constituyente del almidn, adems de ser hidrolizado
por - y - amilasa lo es por la amilo -1, 6 glicosidasa y la accin conjunta de
las tres enzimas resulta en la degradacin completa de este polisacrido.
En el caso de la celulosa, que es un constituyente importante de las paredes
celulares vegetales, estas glicosidasas no pueden actuar y se requiere la
presencia de la celulasa para romper los enlaces -1,4 de este polmero y
producir glucosa y oligosacridos.
Podemos resumir la accin de estas enzimas sobre la amilopectina, de la
siguiente manera:
Enzima
-amilasa
Ataque
Interno, enlaces -1,4; su accin
se detiene en las cercanas de
enlace -1,6.
Extremo no reductor, enlaces 1,4; su accin se detiene en las
cercanas de enlace -1,6.
Interno, enlaces -1,6.
-amilasa
Productos
Maltosa,
glucosa
oligosacridos ramificados.
Maltosa
y
dextrina
(polisacrido).
lmite
Amilo -1,6 glicosidasas
Polisacridos (y oligosacridos)
con enlaces -1,6.
Tabla 9: Accin de algunas enzimas sobre la amilopectina.
53

Aqu tenemos ilustrada la especificidad sobre el sustrato pues para hidrolizar

enlaces glicosdicos -1,4 se requieren enzimas diferentes a las necesarias
para degradar enlaces -1,4 y viceversa.
Estas caractersticas de las enzimas implican que exista un nmero muy
elevado de ellas pues cada sustrato ser modificado por su enzima especfica.
11.3 Condiciones ptimas de actividad
Cada enzima presenta su mxima actividad en ciertas condiciones
experimentales que generalmente tienen que ver con pH, temperatura y la
presencia o ausencia de activadores o inhibidores respectivamente.
Ms adelante examinaremos en detalle como se afecta la actividad enzimtica
con cada uno de estos factores.
11.4 Clasificacin y nomenclatura
Debido al nmero creciente de enzimas que da a da se purifican y
caracterizan, es imperativo emplear un sistema de clasificacin lgico. El
sistema adoptado internacionalmente asigna la terminacin asa al nombre de la
enzima y slo por razones de uso se han conservado nombres triviales como
tripsina, quimotripsina, pepsina, papana y algunos otros.
La clasificacin se establece segn el tipo de reaccin qumica catalizada y la
divisin en grupos segn el tipo de reaccin junto con el nombre del sustrato,
proporciona la base para el nombre individual de cada enzima.
En consecuencia resultan seis clases principales de enzimas:
Tabla 10 : Clases principales de enzimas.
Clase
1.
2.
3.
Nombre
xido reductasas
Transferasas
Hidrolasas
4.
Liasas
5.
6.
Isomerasas
Ligasas
Accin Cataltica
Catalizan reacciones de xido-reduccin.
Catalizan reacciones de transferencia de grupos.
Catalizan reacciones de hidrlisis de enlaces covalentes CO, C-N, C-C, etc.
Catalizan reacciones que implican formacin de un doble
enlace debido a la remocin de un grupo o desaparicin de
un doble enlace por adicin de un grupo.
Reacciones de isomeracin.
Reacciones en las que se forma un enlace entre dos
tomos, acompaada de un consumo de energa.
Cada una de estas clases se subdivide en varias subclases de acuerdo con el

tipo de enlace; por ejemplo la clase de las hidrolasas se divide en:
Tabla 11: Subclases de hidrolasas
54

Subclase
3.1
3.2
3.3
3.4
3.5
3.6
3.6
3.8
3.9
3.10
3.11
Hidrolasa
Esterasas
Glicosidasas
Hidrolasas de teres
Peptidasas
Otros grupos CN
Anhdridos de cido
Enlaces C-C
Enlaces C-haluro, P-haluro
Enlaces P-N
Enlaces S-N
Enlaces C-P
Ejemplo del sustrato

Lpidos
Carbohidratos
Nombre general
Lipasas
Amilasas Celulasas
Tripsina
Pptidos, protenas.
Amidas
Estas subclases a su vez se dividen en varias sub-subclases dependiendo de

sustrato en particular que se considere; en ltimo trmino cada enzima se
identifica con cuatro nmeros que le son propios. La siguiente tabla nos
muestra varios ejemplos:
Tabla 12: Sub-subclases de las proteasas
3.4.21
3.4.21.1
3.4.21.2
3.4.21.4
3.4.21.5
Sub-subclase: serin proteinasas

Quimotripsina
Quimotripsina C.
Tripsina
Trombina
Leccin 12: Cintica enzimtica

Las reacciones qumicas que se presentan en los organismos vivos ocurren por
una parte gracias a la capacidad de las enzimas de disminuir la energa de
activacin que acta como una barrera y por otra parte por la especificidad con
que se realiza esta catlisis.
Los estudios pioneros de Henry y Brown realizados con enzimas de la levadura
mostraron que la cintica enzimtica presenta el comportamiento ilustrado en la
figura 18 donde [S] es la concentracin de sustrato y dS/dt equivale a la
velocidad de transformacin del sustrato (v).
Figura 18: Velocidad de transformacin del sustrato en funcin de S
55

Podemos observar que la curva se divide en 3 zonas. En la zona I, la velocidad

(v) aumenta linealmente con la concentracin de sustrato [S]. Esta regin
corresponde a una cintica de primer orden en la cual a una concentracin
dada de enzima (que permanece constante) podemos obtener un rpido
incremento de v con cambios pequeos en [S].
En la zona II la velocidad permanece constante para un intervalo de [S] y se
considera que la enzima est saturada.
A concentraciones altas de S, se llega a la zona III donde se observa una
disminucin de la velocidad a medida que aumentamos ms y ms S.
Este comportamiento se interpreta como una inhibicin de la enzima por
exceso de sustrato.
El anlisis del comportamiento de la enzima en las zonas I y II condujo a
Michaelis y Menten a plantear que la enzima (E) se une reversiblemente con el
sustrato (S) formando un complejo inestable (ES) que da lugar,
irreversiblemente, al producto (P) y a la enzima libre (E), la formacin del
complejo ocurre por complementariedad estrica entre el sustrato y una regin
de la enzima, denominada el sitio activo, donde se realiza la catlisis. El Sitio
activo es entonces un grupo de aminocidos de la protena que son los
responsables de la actividad cataltica y que, como consecuencia de la
estructura terciaria, se disponen espacialmente de tal manera que la
conformacin del conjunto es complementaria de la conformacin del sustrato.
El planteamiento de Michaelis y Menten se puede resumir en la expresin:
k1
k2
E + S
ES
E+P
Ecuacin 1
k 1
donde
k1 = rata de formacin de ES.

k1 = rata de descomposicin reversible de ES.
k2 = rata de descomposicin irreversible de ES.
La constante k2 es considerablemente menor que k1 o k-1 y por tanto la

velocidad global del proceso estar dado por:
v = k 2 [ES]
Ecuacin 2
En otras palabras el paso limitante, ser la descomposicin de ES en producto

ms enzima.
Teniendo en cuenta las consideraciones anteriores es posible deducir a partir
de la ecuacin (1) la ecuacin de Michaelis-Menten1 que describe el
comportamiento de la enzima:
56

v=
V max[S]
KM + [S]
Ecuacin 3
Donde Vmax (velocidad mxima) y KM (constante de Michaelis) son dos

parmetros importantes de la enzima dado que en la zona I tenemos una
cintica de primer orden, podemos considerar que habr un momento en el
cual la velocidad es igual a la mitad de la velocidad mxima, es decir:
v = 1 V max
2
Reemplazando en la ecuacin 3:
V max[S]
v = 1 V max =
2
KM + [S]
Dividiendo por Vmax y despejando, tendremos:
KM = [S]
Ecuacin 4
Esta ecuacin nos proporciona el significado fsico de KM que ser entonces la

concentracin del sustrato (moles/litro) necesaria para alcanzar la velocidad
semimxima.
Por su parte Vmax es la velocidad obtenida cuando la enzima se encuentra
saturada con sustrato o sea la situacin que se presenta cuando los sitios
activos de todas las molculas de enzima se encuentran ocupados por
sustrato.
En condiciones experimentales definidas (sustrato, pH, temperatura), la
constante de Michaelis (KM) tiene un valor propio para cada enzima y es uno
de los parmetros que la caracterizan, al igual que el PM, Pl, composicin en
aminocidos, etc.
Los valores de KM y Vmax de una enzima se pueden determinar por mtodos
grficos realizando en el laboratorio la cintica con un sustrato dado en
condiciones experimentales bien definidas, de manera que al calcular las
velocidades (cantidad sustrato transformada/ mililitro/ minuto) alcanzadas con
diferentes concentraciones de S se obtiene la figura 19.
57

Figura 19: Efecto de la concentracin de sustrato sobre la velocidad de una reaccin enzimtica.
En esta grfica, el valor de Vmax se obtiene al extrapolar sobre el eje Y la

velocidad con la enzima saturada. Si tomamos 1/2 de Vmax e interpolamos en
la grfica, obtenemos KM.
Debido a que es posible cometer errores experimentales que no se detectan en
la grfica, esta determinacin de KM y Vmax no es muy apropiada y se prefiere
emplear mtodos como el de Lineweaver- Burk o el de Eadie-Hofstee2.
En el primero de ellos, se opta por transformar la ecuacin de Michaelis Menten
as:
v=
V max[S]
KM + [S]
Tomando los inversos tenemos:

1 KM + [S]
=
v V max[S]
1
KM 1
1
=
. +
v V max [S] V max
Ecuacin 5
La ecuacin 5 corresponde a una lnea recta: Y = mX + b. En donde: Y = 1/v y

X = 1/[S].
La pendiente m = KM/Vmax; y la intercepcin en el eje Y, b = 1/Vmax.
Graficando 1/v versus 1/ [S] tendremos (figura 17) que la interseccin en el eje
X corresponde a -1/KM y su valor absoluto expresa la afinidad de la enzima por
su sustrato. Dado que KM (si k2 < k-1) corresponde a la disociacin de ES
E+S.
58

Figura 10: Representacin grfica segn Lineweaver-Burk de v vs [S]

Esta representacin tiene la ventaja de poder detectar errores experimentales

en la determinacin de la cintica; cuando esto ocurre la dispersin de los
datos no permite trazar una recta por los puntos obtenidos.
El mtodo de Eadie- Hofstee transforma la ecuacin de Michaelis-Menten de la
siguiente manera:
V max[S]
v=
KM + [S]
Tomamos los inversos y obtenemos la ecuacin 5:
1
KM 1
1
=
. +
v V max [S] V max
Multiplicando los dos miembros por (Vmax.v):
(V max .v ) 1 = (V max .v )
KM 1
1
. + (V max .v )
v
V max [S]
V max
v
V max = KM. + v
[S]
v
v = V max KM.
Ecuacin 6
[S]
Graficando v versus v/[S] tendremos la figura 20:
59

Figura 20: Representacin grfica segn Eadie-Hofstee de v vs [S]

Si los datos obtenidos se ajustan a una recta, se descartan eventuales errores

experimentales y de la grfica se obtienen directamente los valores de KM y
Vmax.
Es conveniente resaltar que, sea cual fuere el mtodo que usemos para hallar
KM y Vmax, solo necesitamos determinar experimentalmente la velocidad de
transformacin del sustrato (a una [S] dada) la cual se hace generalmente por
colorimetra. Las referencias 4 y 5 son un buen ejemplo de cmo se determinan
cuidadosamente estos parmetros.
Aunque la ecuacin de Michaelis-Menten es muy til para describir el
comportamiento cintico de las enzimas, es conveniente que tengamos en
cuenta que en algunos casos se pueden presentar discrepancias debido a la
formacin de varios intermediarios inestables (ecuacin 7) o a la presencia de
ms de un sustrato susceptible de ser transformado (ecuacin 8) o la
combinacin de las dos situaciones.
k1
K2
k3
k 1
k 2
k 3
k4
E + S
ES
EZ
EP
E+P
Ecuacin 7
k1
k2
E + S1
ES1
E + P1
k 1
k3
k4
E + S 2
ES 2
E + P2
Ecuacin 8
k 3
Esto naturalmente complica considerablemente el anlisis cintico y las

ecuaciones son mucho ms complejas. Para fines prcticos la determinacin
de KM y Vmax, en condiciones de laboratorio bien definidas, se realiza como lo
hemos descrito.
60

12.1 Actividad enzimtica

La actividad de las enzimas se puede expresar como:
12.2 Actividad especfica
Se define como el nmero de unidades por mg de protena. Una unidad es la
cantidad de enzima que transforma 1 micromol (10-6 moles) de sustrato por
minuto, a 25C.
Esta forma de expresar la actividad es la ms corriente y nos da una medida de
la pureza de la enzima ya que los valores aumentan a medida que se avanza
en el aislamiento de la enzima.
12.3 Nmero de transformacin
Se define como el nmero de molculas de sustrato transformadas por una
molcula de enzima en la unidad de tiempo. Para calcular el nmero de
transformacin se requiere conocer el PM de la enzima lo cual implica su
purificacin previa. Los nmeros de transformacin para la mayora de las
enzimas son del orden de 104 - 105 y en algunos casos ste puede llegar hasta
106 - 107; esto nos da una idea del enorme poder cataltico de estas protenas.
Leccin 13: Factores que influencian la actividad enzimtica
Dado que el sitio activo es el responsable de la actividad cataltica de la
enzima, es esencial preservar su conformacin en la protena nativa. Aquellos
factores que modifican la conformacin de las protenas influirn por
consiguiente en la actividad enzimtica y nos referimos en particular al pH, la
temperatura y los efectores.
13.1 pH
La actividad enzimtica en funcin del pH puede cambiar en la forma indicada
en las siguientes grficas:
Figura 21: Ejemplos de actividad de algunas enzimas en funcin del pH

61

Observamos que cada enzima tiene un pH (o un rango de pH, para algunas) en

el que su actividad es mxima; este valor corresponde al pH ptimo el cual es
una consecuencia de la intervencin de:
Los pKa de los grupos laterales presentes en el sitio activo que efectan la
catlisis.
Los pKa de los grupos que en el sitio activo ayudan a fijar el sustrato
Los pKa de las cadenas laterales que contribuyen a estabilizar la
conformacin global de la enzima.
Los pKa de los grupos funcionales del sustrato, si ste tiene cargas
La mayora de las enzimas tienen pH ptimos cercanos a la neutralidad pero
que no necesariamente coinciden con el pH intracelular; esto sugiere que en
condiciones fisiolgicas algunas enzimas no actan al mximo de su
capacidad.
El pH ptimo puede variar por la influencia de los siguientes factores:
Origen de la enzima; las enzimas que modifican el mismo sustrato pero

que por provenir de diferentes fuentes difieren en su pH ptimo, pl, KM,
velocidad de inactivacin trmica, etc., reciben el nombre de isoenzimas;
en ellas las variaciones en pH ptimo pueden ser hasta de 2,5 a 3 unidades
de pH.
Origen del sustrato: en estos casos la variacin en pH generalmente es
menor de 0,5 unidades de pH.
Concentracin de sustrato: a bajas concentraciones de sustrato, KM vara
con el pH y el pH ptimo se desplaza hacia la zona donde KM aumenta al
aumentar el pH. Esta es la razn por la cual KM se determina a [S]
elevadas con el fin de evitar los cambios en funcin de pH.
Presencia de sustancias asociadas: Generalmente las impurezas
modifican el pH ptimo por razones que no son claras.
Las variaciones de actividad con cambios de pH indican la necesidad de usar

tampones cuando se est trabajando con enzimas, lo cual nos permite eliminar
estas variaciones.
13.2 Temperatura
Las enzimas presentan un comportamiento dual respecto a la temperatura. En
el rango 5C - 50C la actividad aumenta, ya que la velocidad de reaccin se
incrementa. A temperaturas superiores (60C a 80C) la gran mayora de las
enzimas se inactivan debido a la desnaturalizacin que sufren. Una excepcin
a este comportamiento la constituyen las enzimas de las bacterias termfilas
que se encuentran en hbitats muy clidos, como son las fuentes termales.
Para cada enzima existe una temperatura ptima en la cual su actividad es
mxima.
13.4 Efectores
62

Con este nombre designamos iones o molculas pequeas que activan o

inhiben las reacciones enzimticas.
Los activadores ms corrientes son iones como Ca+2, Mg+2, Mn+2, Zn+2 o
grupos reductores (por lo general -SH).
Los inhibidores son de una naturaleza ms variada y provocan segn el caso,
diferentes tipos de inactivacin.
Leccin 14: Inhibicin Enzimtica
La inhibicin especfica de la accin enzimtica puede ser de tipo reversible o
de tipo irreversible. El primer tipo incluye la inhibicin competitiva y la no
competitiva y el segundo se refiere a la inhibicin incompetitiva. A continuacin
examinaremos las caractersticas de cada una y cmo podemos identificarlas
por su representacin grfica segn Lineweaver-Burk.
14.1 Inhibicin competitiva
En este tipo de inactivacin, el inhibidor (I) posee una estructura qumica similar
a la del sustrato: esto le permite fijarse reversiblemente en el sitio activo de la
enzima excluyendo el sustrato que previamente se haya unido. La enzima no
modifica el inhibidor porque ste no posee enlaces susceptibles al ataque
cataltico, que si estn presentes en el sustrato. La situacin puede
representarse con las reacciones:
k1
k2
E + S
ES
E+P
k 1
k3
E + I
EI
Ecuacin 9
k 3
De acuerdo con esto podemos deducir que la magnitud de la inhibicin

depender de la [I] y que un exceso de S elimina la inhibicin pues se usar
toda la enzima libre y el equilibrio se desplazar hacia la formacin de ES, y de
all a la formacin de P.
A partir de las ecuaciones planteadas se puede obtener1 la ecuacin 10:
[I] 1 + 1
1
KM
1 +
=
*
*
v i V max K i [S] V max
Ecuacin 10
Donde
v = velocidad de reaccin en presencia del inhibidor.
*
V max = velocidad mxima en presencia del inhibidor

K constante de inhibicin,
Ki =
[E ][I]
EI
63

La cintica con y sin inhibidor competitivo se presentara grficamente as:
Figura 22: Catlisis enzimtica inhibida competitivamente

Observamos que con un exceso de sustrato alcanzamos la misma Vmax que

en su ausencia. No sucede lo mismo para los valores de KM pues en presencia
de inhibidor (KM (2)) la constante es ms alta, o lo que es lo mismo, disminuye
la afinidad por el sustrato.
Usando la ecuacin 10 y segn el mtodo de Lineweaver-Burk, tendremos la
figura 21 donde se visualiza fcilmente el cambio en KM y la igualdad en el
valor de Vmax.
Esta inhibicin ha sido estudiada a nivel molecular con la lisozima, glicosidasa
que degrada la pared celular de las bacterias y un trisacrido sinttico o de
manera ms elemental con la deshidrogenasa succnica.
Figura 22: Representacin segn Lineweaver-Burk de la inhibicin competitiva
Esta enzima cataliza la oxidacin del succinato o fumarato segn la reaccin.
64

El malonato o el oxalacetato, cuyas estructuras son:
Malonato
Oxalacetato
Actan como inhibidores competitivos pues al igual que el sustrato natural

poseen dos grupos COO- y un tamao adecuado para encajar en el sitio activo
de la enzima.
14.2 Inhibicin no competitiva
Se presenta por la unin reversible del inhibidor a un sitio de la enzima libre o
con sustrato, diferente del sitio activo. Esta unin provoca cambios en la
conformacin de la enzima alterando as el sitio activo e impidiendo por
consiguiente la transformacin del sustrato. Las reacciones que ocurren
simultneamente son:
E + S
ES
E + P
E + I
EI
Ecuacin 11
ES + I
EIS
Ecuacin 12
En la reaccin 12, la enzima no es capaz de modificar S por las razones

anotadas; en consecuencia con un exceso de sustrato no podemos recuperar
la totalidad de las molculas de enzima y por tanto no alcanzaremos la misma
Vmax obtenida en ausencia de inhibidor. La figura 23 ilustra lo anterior.
65

Figura 23: Cintica de una enzima inhibida no competitivamente

El tratamiento matemtico de esta situacin1 resulta en la ecuacin 13:
[I] 1 + 1 1 + [I]
1 KM
1 +
*
*
K
v i V max K i [S] V max
i
Ecuacin 13
La cual se representa en la figura 24 y comparada con la enzima en ausencia

de inhibidor muestra que decrece la Vmax pero que KM no cambia.
Este tipo de inhibicin se presenta con frecuencia con metabolitos intermedios
que se combinan con enzimas reguladoras disminuyendo la actividad de sus
sitios catalticos.
Figura 24: Representacin segn Lineweaver-Burk de la inhibicin no competitiva

14.3 Inhibicin Incompetitiva

La caracterstica ms importante de esta inhibicin es la unin irreversible (por
enlaces covalentes) del inhibidor con una de las cadenas laterales de los
66

aminocidos presentes en el sitio activo; en algunos casos la unin irreversible

se hace sobre el complejo ES. Esta inhibicin se presenta ms frecuentemente
con enzimas que tienen mecanismos complejos y la representacin grfica de
la ecuacin de Lineweaver-Burk es:
Figura 25: Representacin de la inhibicin Incompetitiva

Y su expresin matemtica es:

[I]
1
1
KM 1
. + * 1 +
=
*
v i V max [S] V max K i
De la figura 25 deducimos que en este tipo de inhibicin los valores de KM y
Vmax son menores que los obtenidos en ausencia de inhibidor.
El ejemplo clsico de inhibicin Incompetitiva es la reaccin de compuestos
organofosforados (clase a la cual pertenecen muchos insecticidas) con los
grupos OH de la serina presente en el sitio activo de muchas enzimas. El
diisopropil fluorofosfato.
(DPF) inactiva de esta forma a enzimas como la acetil colinesterasa (necesaria
para la transmisin de los impulsos nerviosos), la tripsina, quimotripsina,
elastasa (proteasa), etc.
Podemos representar de manera simplificada la accin del DPF as:
67

Si hacemos una revisin de lo tratado en esta seccin vemos que es posible

por comparacin de las grficas de Lineweaver- Burk, formarse una idea del
tipo de inhibicin y deducir con base en ello cules AA participan en el sitio
activo o cul es la estructura aproximada del sustrato natural o cules otros
compuestos podra actuar como inhibidores.
En la prxima seccin discutiremos algunos aspectos sobre la estructura de
sitios activos de enzimas, que en parte se han aclarado con el uso de
inhibidores.
Leccin 15: Sitios activos de algunas enzimas
Debido a la gran variedad de enzimas existentes y por ende de sitios activos
nos limitaremos a considerar los sitios catalticos de algunas de las enzimas
mejor conocidas. Es conveniente recordar que para establecer la estructura de
un sitio activo es necesario conocer en detalle la estructura terciaria de la
enzima y puede ser de gran ayuda aclarar para un inhibidor dado, cul es el
tipo de inhibicin que se presenta. A su vez el conocimiento del Sitio activo,
juntamente con los parmetros que inciden en la actividad enzimtica, permite
proponer el mecanismo molecular por el cual se efecta la catlisis.
Un grupo de enzimas particularmente bien estudiado lo constituyen las
proteasas de la familia de la tripsina que adems de esta enzima incluye la
quimotripsina, elastasa, trombina y la proteasa B de Streptomices griseus (una
bacteria). Usando inhibidores incompetitivos (DPF y otros) se ha establecido
que en estas protenas el sitio activo est formado por Ser, His y Asp que
segn Blow (lecturas recomendadas 3 y 4) dan lugar a un sistema relay de
transferencia de protones que le confiere al oxgeno del grupo OH de la serina,
un carcter nucleoflico que facilita el ataque del enlace peptdico y su posterior
hidrlisis.
68

La figura 26 muestra cmo opera este sistema relay en la quimotripsna con

su Ser 195, His 57 y Asp 102.
Esta clase de sitio activo lo tienen tambin las proteasas de la familia de la
subtilisina, enzima producida por la bacteria Bacillus subtilis. En todas ellas hay
una interesante similitud de secuencias en la regin donde se localiza la serina
del sitio activo; esto ha dado lugar a la idea de una convergencia evolutiva en
estas enzimas.
Figura 26: Sistema relay Ser, His, Asp en quimotripsina

Un segundo tipo de sitio activo podemos ilustrarlo con la Caboxipeptidasa A.

Esta exopeptidasa requiere para ser activa, de la presencia de un tomo de
Zn+2 que se ubica en una depresin en la cual est el sitio activo que se
extiende como un bolsillo al interior de la protena. Los aminocidos del sitio
activo son Tyr 248, Glu 270 y Arg 145; el Zn+2 forma enlaces coordinados con
el N(His 69), (Glu 72) y N (His 196); el cuarto ligando es el O del C = O del
enlace peptdico que se va a hidrolizar. El Zn+2 sirve entonces para orientar el
sustrato y polarizar el C=0. La figura 26 esquematiza la situacin (lectura
recomendada No. 4)
69

Figura 27: Sitio activo de la carboxipeptidasa A

El mecanismo de accin del Zn en la Caboxipeptidasa ha servido como modelo

para otras metaloenzimas que necesitan de Zn, Cu, Fe, Mo, Ni u otro metal
para realizar la catlisis; la complejacin del metal con EDTA suprime la
actividad y esto es un primer indicio de que se trata de una metaloenzimas.
El estudio del sitio activo de la lisozima es uno de los ejemplos clsicos que
integran los datos estructurales y cinticos obtenidos con esta enzima. La
lisozima es muy abundante en la clara de huevo y secreciones mucosas y su
papel fue descubierto por Fleming quien encontr que esta protena ataca las
paredes celulares bacteriales donde estn presentes como unidades alternas la
N-acetil glucosamina (NAG) y el cido N-acetilmurmico (NAM) formando la
mureina1.
El mecanismo de accin de la enzima ha sido establecido por el grupo de
Phillips (lectura recomendada No.2) gracias al uso de un anlogo del sustrato
natural (que es muy difcil de obtener en forma purificada), constituido por el
trisacrido NAG-NAG-NAG.
Este compuesto acta como un inhibidor competitivo que, segn los estudios
por difraccin de rayos X del complejo lisozima-trisacrido, ocupa la mitad del
sitio activo unindose a la enzima a travs de puentes de hidrgeno e
interacciones no polares; la fijacin del trisacrido provoca un cambio
conformacional en la vecindad del sitio activo.
Tomando como base, adems de lo anterior, la informacin disponible sobre la
estructura primaria y terciaria, el grupo de Phillips construy un modelo con el
hexasacrido natural:
70

-1,4
-1,4
-1,4
-1,4
-1,4
NAG NAM NAG NAM NAG NAM que ocupa todo el sitio activo y
teniendo en cuenta la conformacin del sustrato y del sitio activo propuso el
mecanismo representado en forma simple en la figura 28.
La catlisis cido-base se realiza con la intervencin de los grupos carboxilo
del Asp 52, que por estar situado en una regin polar de la protena, se
encuentra como -C00- aun en condiciones cidas, y del Glu 35 que est en
forma no disociada debido al ambiente hidrofbico que lo rodea. Observando la
figura 27, la cesin del H+ del Glu 35 sobre el O del enlace glicosidico (a), la
estabilizacin del in carbonio (C+ ) por el Asp 52 (b) y la intervencin de un 0H(que se fija sobre el C+ ) y de un H+ (que se fija sobre el carboxilo del Glu 35)
(c), son los pasos por los cuales se realiza la catlisis.
Actualmente se conocen los mecanismos catalticos de algunas enzimas ms
incluyendo las proteasas de tipo tiol como la papana, que poseen una CySH
en su sitio activo.
Los ejemplos anteriores adems de describir en detalle los mecanismos
moleculares por los cuales se realiza la catlisis enzimtica, nos sirven para
ilustrar la estrecha correlacin existente entre la estructura y la funcin de las
enzimas.
Es evidente que an pequeos cambios conformacionales, que resultan en
variaciones de las distancias y posiciones espaciales de los grupos activos de
la enzima con respecto al sustrato, pueden modificar apreciablemente la
funcin cataltica (o reguladora) de la enzima.
Figura 28: Sitio activo de la lisozima

71

1. Al frente de cada una de las siguientes enzimas coloque la clase y subclase a la que pertenecen.
Enzima
Tripsina
Quimotripsina
-amilasa
Lisozima
Carboxipeptidasa
Lipasas
Celulasa
Clase
Subclase
2. Muestre cules de los siguientes sustratos son atacados por las enzimas indicadas:
Sustrato
a. Hb
b. Amilosa
c. Triglicrido
d. Lisozima
e. Celulosa
f. Insulina
Enzima
1. Fosfatasa
2. Oxidorreductasa
3. Quimotripsina
4. Lipasa
5. 1,4-glicosidasa
6. Carboxipeptidasa
Cules son los productos resultantes en cada caso?

Cuales seran las posibles aplicaciones de estas enzimas en: alimentos, ciencias agrarias, medicina y
ciencias pecuarias?
72

AUTOEVALUACION DE LA UNIDAD 1
1. Ilustre la estructura general de los aminocidos que constituyen las
protenas e identifique sus caractersticas generales.
2. Establezca la correspondencia entre los trminos de la columna de la
izquierda y los de la derecha, que pueden ser vlidos para un aminocido.
Cada trmino puede ser usado una vez, varias veces o ninguna vez.
a.
b.
c.
d.
e.
f.
g.
Glutmico
Valina
Lisina
Asprtico
Triptfano
Metionina
Arginina
( ) 1. Aminocido bsico
( ) 2. Aminocido aromtico
( ) 3. Aminocido azufrado
( ) 4. Aminocido con grupo fenlicos
( ) 5. Aminocido cido
( ) 6. Aminocido neutro
( ) 7. Aminocido con grupo imidazol.
3. Explique en qu consiste el carcter anftero de los aminocidos.

4. Explique cmo se forma un enlace peptdico.
5. Relacione los trminos correspondientes:
a. Ala - Gly - Val - Asp
( ) 1. Dipptido
b. Trp - Lys
( ) 2. Tetrapptido
c. His - Met - Leu - Gly - Glu
( ) 3. Tripptido
d. Arg - Arg - Ser
( ) 4. Pentapptido
6. Construya una tabla con los cuatro tipos de aminocidos de la siguiente
manera:
Nombre
Abreviatura
Estructura
pKa del grupo R
Tipo
7. A partir de los valores dados en la tabla 1 represente las curvas de titulacin

para cada uno de los siguientes aminocidos. Ubique las zonas con capacidad
buffer y calcule el pl para cada uno:
73

Aminocido
R
-COOH
-NH2
His
1,8
9,2
6,0
Arg
2,2
9,0
12,5
Lys
2,2
8,9
10,5
Asp
2,1
9,8
3,9
Ser
2,2
9,1
Gly
1,9
9,2
Tabla 1: Valores de pKa de los grupos de algunos aminocidos
8. Usando los valores de PKa de la tabla 1, calcule los pl de los siguientes

pptidos:
a) Arg-Gly-Asp-Ser
b) Ser-Lys-His
9. Teniendo como criterio la naturaleza qumica de sus cadenas laterales,
cmo puede clasificar los aminocidos? Cite dos ejemplos en cada caso,
indicando en los casos pertinentes, los valores de pK de los grupos R.
10. Explique a partir de la curva de disociacin que puede dibujar a partir de los
siguientes datos, porqu la His es el nico AA con capacidad tampn a pH
fisiolgico.
Grupo
pKa
-COOH
1.8
-NH2
9.2
R-(imidazol) 6.0
Tabla 2: pK del grupo de la His
11. Describa las caractersticas del enlace peptdico.

12. Enuncie los tipos de degradacin a que puede ser sometido un pptido,
identificando los agentes que los provocan y los mtodos de anlisis usados en
cada caso.
13. Cite los diferentes factores que influyen en la solubilidad de las protenas.
Recuerde cules son los factores que afectan la interaccin de las protenas
con un solvente dado.
14. Explique cmo estn definidos los niveles de organizacin estructural de las
protenas.
15. Compare las caractersticas de cada una de las clases de estructura
secundaria que puede adoptar una protena. D un ejemplo en cada caso.
16. Explique la correlacin existente entre la estructura y la funcin de:
a. Hemoglobina
b. Fibroina
74

17. Explique las relaciones existentes entre la composicin en AA, el pl de la

protena y el pH de la solucin con:
c. La solubilidad de la protena
d. Las propiedades anfteras
e. Las interacciones con iones
18. Cite las diferentes formas como se puede desnaturalizar una protena.
19. Analice las consecuencias de la desnaturalizacin sobre la actividad
biolgica de las protenas.
20. Explique el significado del trmino grupo prosttico.
21. Establezca la diferencia entre estado en equilibrio y estado estacionario.
22. Si se tiene el pptido indicado. Cules sern los fragmentos resultantes del
ataque con:
a.
b.
c.
d.
e.
Quimotripsina
Carboxipeptidasa A (2 ataques sucesivos)
Tripsina
Aminopeptidasa (3 ataques sucesivos)
- amilo-1, 6-glicosidasa
GIu-Leu-Ala-Phe-Arg-Met-Val-Lys-His-Trp-Gly-Ala
23. En la hidrlisis de - Glicerotosfato con fosfatasa intestinal (pH 9,2 a 37C),
se determin el efecto de la concentracin de sustrato sobre la actividad
enzimtica. La determinacin del fsforo resultante a los 20 minutos de
hidrlisis se realiz colorimtricamente obtenindose los siguientes datos:
(-glicerofosfato)
moles/ml
2
3
8
12
16
20
40
(Fosfato)
nano moles/ml
(10-9 moles/ml)
186.7
311.2
470.1
646.6
706.5
742.9
1189.7
Calcule la velocidad para cada concentracin de sustrato, y con el mtodo de

Lineweaver-Burk determine los valores de KM y Vmax.
24. Teniendo en cuenta las caractersticas de los diferentes tipos de inhibicin,
deduzca de cada una de las siguientes grficas:
75

a. Tipo de inhibicin
b. Cmo cambian los valores de KM y Vmax respecto a los obtenidos sin
inhibidor. De qu otra manera podra representar grficamente estas
inhibiciones?
25. Escriba las caractersticas que sirven para identificar la accin de las
enzimas. D ejemplos en cada caso?
26. Teniendo en cuenta el tipo de reaccin que catalizan, cmo se pueden
clasificar las enzimas?
27. Analice las diferentes zonas que se pueden presentar en la catlisis
enzimtica.
28. Cmo se pueden caracterizar cinticamente las reacciones enzimticas?
Explique el significado fsico de los parmetros involucrados en este anlisis.
29. Explique cmo influyen el pH, la temperatura y los efectores en la actividad
de las enzimas.
30. Compare entre s los distintos tipos de inhibicin enzimtica
76

LECTURAS RECOMENDADAS
Usted puede profundizar algunos de los temas estudiados del capitulo 1y 2
consultando las siguientes referencias:
1. Protenas/P. Doty: En: La base molecular de la vida /Julio R Villanueva: Lecturas
del Scientific American.- - Madrid: Blume, 1971.- - p31.
2. La molcula de la insulina / E.O.P. Thompson. - - En: Ibid., p.24
3. La molcula de hemoglobina / M. F. Perutz. - - En: Ibid, p39.
Usted puede profundizar algunos de los temas estudiados del capitulo 3 consultando
las siguientes referencias:
1. Enzyme Kinetics /R.A. Alberty. - - Advances in Enzymology. - - Vol 17, 1956.- p1
2. La estructura tridimensional de una enzima / D.C. Phillips.- -En: Las bases
moleculares de la vida/ R.H. Haynes; P:L. Hanawalt.- - San Francisco: Freeman
Co, 1968.
3. Serine proteases. Structure an mechanism of catalysis /J.Kraut.- - Annual Review
Biochemistry. - - Vol 46, 1977.- - p331
4. Biochemistry / D. E. Metzler. - - New York: Academic press,
1977.- - p
374-379.
77

BIBLIOGRAFIA USADA EN LA ACTUALIZACION DE LA UNIDAD

Cheftel (1999). Protenas alimentaras: bioqumica, Propiedades funcionales,
valor nutritivo, modificaciones qumicas. Barcelona. Acribia.
Litwack, G. (1967). Bioqumica experimental. Barcelona: Omega.
Rogelio Hernndez M (1979). Bioqumica experimental. Mxico: Limusa.
Plumer,D (1981). Bioqumica prctica. Londres: McGraw Hill.
Ramrez, R.- segunda edicin (2009). Qumica de alimentos. Bogot:
Universidad Nacional Abierta y a Distancia.
78

UNIDAD DIDACTICA 2: CIDOS NUCLICOS Y

BIOENERGTICA
INTRODUCCION
Bioqumica debe manejar, como son las generalidades, clasificacin y
estructura de los cidos nuclicos.
animal. Conocer las generalidades, clasificacin y estructura de los cidos
nucleicos, conlleva a los estudiantes de los programas mencionados, a
comprender el papel fundamental de la transmisin de los caracteres genticos
para la conservacin, modificacin y creacin de nuevas caractersticas
genticas.
Esta unidad es la base para que los estudiantes en formacin profesional
relacione las tcnicas del ADN recombinante, la cual es muy aplicada en todos
los perfiles a quien va dirigido este curso.
contexto real de sus profesiones. Para el rea de alimentos, la relacin con
los cidos nucleicos est en la produccin de nuevas protenas y enzimas
utilizando la biotecnologa alimentaria. Para el rea de los zootecnistas y
tecnlogos en produccin animal, es importante porque es la base para otros
cursos como gentica y biotecnologa y para los profesionales de las reas de
ciencias agrarias, el saber los conceptos los cidos nucleicos conlleva a la
formulacin de nuevas tcnicas de cultivo y control de plagas, por ejemplo.
Para los regentes, comprender la obtencin de medicamentos a partir de la
manipulacin contenida en el ADN.
79

JUSTIFICACION
biolgicas.
cidos nucleicos; temticas que le pueden ser tiles en el perfil profesional de
los estudiantes de ingeniera de alimentos, agroforestal, agronmica, zootecnia
y produccin animal.
generalidades, clasificacin y estructura de nucelsidos, nucletidos, ADN y
ARN; temas de fcil comprensin pero que requieren de la activacin
metacgnitiva de presaberes de cursos como Biologa y microbiologa.
80

OBJETIVOS
CAPTULO 4: ESTRUCTURA DE BASES, NUCELSIDOS Y NUCLETIDOS
Diferencia los tipos de bases nitrogenadas que conforman los cidos

nucleicos
Analizar la formacin de nucelsidos y nucletidos.
Analizar la estructura qumica de nucelsidos y nucletidos.
CAPTULO 5: CIDOS NUCLEICOS
Diferenciar las clases de cidos nucleicos existentes con base en sus

propiedades estructurales y funcionales.
Identificar los nucletidos constitutivos de los cidos nucleicos.
Explicar las caractersticas de los diferentes niveles estructurales del DNA.
Reconocer las diferencias ms notorias en lo referente a la complejidad y
organizacin supramacromolecular del DNA en virus, procariotas y
eucariotes.
Describir las caractersticas ms notables de la estructura primaria,
secundaria y terciana del t-RNA.
CAPITULO 6: INTRODUCCION AL METABOLISMO Y BIOENERGETICA
Explicar las principales actividades que se desarrollan en el metabolismo.
Ilustrar los principios de compartamentalizacin y universalidad de las vas

metablicas.
Reconocer las diferencias existentes en la utilizacin de la energa y los

elementos en la bisfera.
Identificar los factores que controlan el metabolismo en una clula.
Utilizar conceptos termodinmicos para predecir la direccin de las

reacciones metablicas.
Analizar el papel del ATP en las reacciones de fosforilacin.
81

CAPITULO 4: ESTRUCTURA DE BASES, NUCLESIDOS Y NUCLETIDOS

CAPITULO 5: ACIDOS NUCLEICOS
CAPITULO 6: INTRODUCCION AL METABOLISMO
82

CAPITULO 4: ESTRUCTURA DE BASES, NUCELSIDOS Y NUCLETIDOS

En este captulo el estudiante puede encontrar en forma breve y clara los
conceptos de las estructuras bsicas que componen los cidos nucleicos; es
as que el estudiante comienza el estudio de este captulo con la estructura de
bases nitrogenadas para llegar a comprender la formacin de los nuclesidos y
nucletidos siendo estos ltimos las unidades monomricas de los cidos ADN
y ARN.
Tambin el estudiante analiza que aparte de los nucletidos que se pueden
encontrar en los cidos nucleicos hay otros de inters en los diferentes
campos de la medicina, medio ambiente, etc.
Leccin 16: Componentes de los cidos nucleicos5
Para Garrido, Armando. Teijon, Jos Mara (2008), la informacin gentica es
almacenada y transmitida por los cidos nucleicos ADN y ARN, que son
macromolculas resultantes de la polimerizacin de un nmero elevado de
nucletidos.
Los cidos nucleicos estn formados por tres unidades fundamentales: una
base nitrogenada, un azcar y una molcula de cido fosfrico.
La unin del azcar (ribosa o 2-desoxirribosa) y una base nitrogenada (purina o
pirimidina) por un enlace N-glucosdico se denomina nuclesido. El compuesto
formado por la esterificacin de un nuclesido por cido fosfrico es un
nucletido.
Figura 29: Formacin de monmeros de los cidos nucleicos
Fuente: Garrido, Armando. Teijon, Jos Mara (2008). Fundamentos de Bioqumica estructural. Madrid,
Espaa: Editorial Tebar.
5
Garrido, Armando. Teijon, Jos Mara (2008). Fundamentos de Bioqumica estructural. Madrid, Espaa:
Editorial Tebar.
83

Los nucletidos que constituyen los cidos son desoxirribonucletidos, estos

contiene D-2-desoxirribosa para el caso del ADN, con D-ribosa, en el caso de
ARN.
Leccin 17: Estructura de bases6
17.1 Bases
En lo referente las bases nitrogenadas tenemos dos estructuras fundamentales
de donde se derivan todas las bases constituyentes:
Bases purnicas, llamadas as por ser la purina la base original, que da

lugar a la Adenina (abreviada A) y Guanina (G) como bases comunes (o
muy frecuentes).
Purina
Adenina (A)
Guanina (G)
Estas bases se encuentran tanto en DNA como en RNA.
Bases pirimidnicas, originadas en la pirimidina que genera como bases

comunes la Citosina (C); Uracilo (U) que es caracterstico del RNA y
Timina (T) que se encuentra en el DNA.
Pirimidina
84

Citosina (C)
Uracilo (U)
Timina (T)
Adems de las bases anteriores, se encuentran con alguna frecuencia,

especialmente en algunas clases de RNA, las llamadas raras (o poco
frecuentes). Generalmente estas bases son derivadas metil, hidroximetil
o productos de oxidacin o reduccin de las bases comunes. Como
ejemplos podemos citar:
Inosina (l)
1-Metil-I (Me-I)
5 -Hidroximetil-G (5-OHMe-G)
Seudo uridina ()
5-metil-C (5-Me-C)
Dihidrouridina (DHU)
2 Metil-Guanina (2Me-G o G*)
Ms adelante veremos cul es la importancia de estas bases raras. Es

conveniente sealar que todas las molculas anteriores tienen carcter bsico
y corresponden al tipo de aminas aromticas.
Leccin 18: Nucelsidos
18.1 el azcar
El azcar que participa en la formacin de los nuclesidos es una aldosa de
cinco carbonos llamada ribosa.
85

Como ya se ha mencionado, en el ADN, esta ribosa ha perdido un oxgeno del

grupo hidroxilo en la posicin 2, por ello toma el nombre de desoxi:
Figura 30: Pentosas presentes en los cidos nucleicos

En general:
En el ADN: D-2- desoxirribosa
En el ARN: D-ribosa
18.2 Formacin de nuclesido
Se forman por la unin de una pentosa (ribosa o deoxirribosa) a una base
purnicas o pirimidnicas a travs de un enlace N-glicosdico en las posiciones 9
y 3 respectivamente. Por ejemplo con Adenina y Citosina tendramos:
Adenosina
2 -Deoadenosina
Citidina
Deoxicitidina
Figura 31: Enlace N-glicosdico de los nucelsidos

86

A continuacin se presentan los ribonuclesidos y desoxirribonulceosidos

presentes en los cidos nucleicos:
Tabla 13: ribonuclesidos y desoxirribonulceosidos presentes en los cidos nucleicos
Los nuclesidos con U, T y G son respectivamente: Uridina (o deoxi-Uridna),

Tmidina (o deox-Timidina) y Guanosina (o deoxi- Guanosina).
Cuando el azcar es ribosa, el nuclesido se denomina ribonucelsido, y estn
presentes en el ARN. Cuando se trata de una D-2-desoxirribosa, el nuclesido
se denomina Desoxirribonucleico, y estn presentes en el ADN.
Leccin 19: Nucletidos
Para Garrido, Armando. Teijon, Jos Mara (2008), la formacin de nucletido
se produce mediante un enlace fosfodiester en el que participan un grupo OH
del cido fosfrico y el H del OH del carbono 5 del azcar con prdida de una
molcula de agua, en la siguiente figura, se indica la formacin del AMP:
Figura 32: Formacin del AMP
En sntesis:
87

Resultan de la esterificacin de un nuclesido por uno o varios grupos

fosfato P . Los nucletidos biolgicamente ms importantes portan el fosfato
en el OH-5 de la ribosa o desoxirribosa y por convencin cuando no se
especifica la posicin del fosfato, se sobreentiende que est en 5.
Dependiendo del nmero de grupos que intervengan, se pueden obtener los
nucletidos AMP, ADP y ATP, a partir de la adenosina. En el caso del
trifosfonucleotido la posicin relativa de los grupos P se indica con , y ;
los deoxirribonucleotidos (formados con deoxirribosa) sern entonces d-AMP,
d-ADP y d-ATP.
Adenosin monofosfato AMP
Adenosin difostato ADP
Adenosin trifosfato ATP

De una manera anloga tendremos GMP, CMP, UMP, GDP, CDP, etc.
Los monofosfonucleotidos (AMP, GMP, CMP, UMP, TMI) son los bloques
constituyentes de los diferentes tipos de cidos nucleicos en forma similar a
como los AA son los bloques constituyentes de los pptidos y protenas; los
88

otros nucletidos (di, tri y an tetra) intervienen, como lo veremos en captulos

posteriores, activamente en innumerables reacciones del metabolismo y como
precursores en la sntesis de los cidos nucleicos.
Los nucletidos que se encuentran en los cidos nucleicos son:
Tabla 14: nucletidos que se encuentran en los cidos nucleicos
CONSULTA LOS SIGUIENTE ENLACES VIRTUALES PARA PROFUNDIZAR EN

EL TEMA: http://biomodel.uah.es/model1j/prot/inicio.htm
http://www.youtube.com/watch?v=Gn8NaEEEykk
Leccin 20: Otros nucletidos de inters bioqumico7
Segn Garrido, Armando. Teijon, Jos Mara (2008), Existen, nucletidos de
gran importancia biolgica que no forman parte de los cidos nucleicos. Tales
es el caso del adenosin 3-5-fosfato cclico (APMc):
Garrido, Armando. Teijon, Jos Mara (2008). Fundamentos de Bioqumica estructural. Madrid, Espaa:
Editorial Tebar.
89

Figura 32: estructura del AMPc
Este nucletido acta

metabolismo.
como mensajero en la regulacin hormonal del
Tambin existen difosfatos de nuclesidos que merecen un entrs especial, por

ejemplo el citidin-5-difosfato (CDP), que transporta molculas de colina para la
sntesis de lpidos; o l uridin-5-difosfato (UDP), que participa en la sntesis del
glucgeno.
Fuente: figura 33: estructuras de difosfatos de nuclesidos

En el tratamiento de enfermedades existen nuclesidos naturales y sintticos que hacen

parte de los principios activos de ciertos frmacos, conoces alguno de ellos?
Comienza a escribir un documento con relacin a este tema usando la herramienta vitual
de tu curso, el wiki (portafolio del curso).
90

Entre los trifosfatos de nuceltidos se destaca por sus funciones el adenosin5-trifosfato (ATP). Este compuesto es la reserva energtica de los procesos
endergnicos del metabolismo tales como la contraccin muscular, sntesis de
un gran nmero de compuestos o transporte activo a travs de ls membranas
celulares.
Seor estudiante:
Saba que.
La gota, es una alteracin en la que existe una formacin excesiva de cido rico y
una produccin excesiva de purinas?
El cido rico pasa a la sangre, y en la articulaciones y en otros tejidos se
depositan cristales de urato sdico. La hiperuricemia puede causar inflamacin
aguda (clsicamente en el dedo gordo del pie), artritis gotosa y clculos renales.
La gota puede ser primaria o secundaria; la primaria se debe a alteraciones en la
regulacin de la biosntesis de purinas . la Secundaria, produce una menos
excrecin de urato.
Interesante tema para continuarlo en la herramienta virtual de tu curso, el wiki
portafolio del curso!
CAPITULO 5: ACIDOS NUCLEICOS8
En este captulo el estudiante puede encontrar en forma breve y clara la
estructura general de los cidos nucleicos, sustancias importantes para la
conservacin de las especies. El estudiante analiza que el ADN es una
macromolcula que gracias a las investigaciones durante el siglo XXI, en el
cual se descubri que esta molcula tiene estructura primaria y secundaria y
que es la encargada de conservar la informacin gentica de generacin en
generacin y para su expresin, la clula recure a la sntesis de un segundo
cido nucleico como es el ARN y de acuerdo a su ubicacin celular, estos
pueden ser ARNm, ARNt y ARNr.
El captulo presenta figuras de las estructuras para mejor compresin de las
temticas.
Prez, G. Navarro Y. (1992). Bioqumica. Santa fe de Bogot.: Unisur
91

Leccin 21: Generalidades

Los cidos nucleicos tienen, en trminos generales, la funcin de conservar y
transmitir el mensaje gentico que caracteriza cada organismo vivo. La
expresin tangible de ese mensaje se realiza a travs de la sntesis de
protenas que actan como catalizadores, componentes estructurales,
funcionales o reguladores en el organismo.
Los conceptos anteriores son una sntesis que involucra mltiples procesos de
gran complejidad que iremos discutiendo a lo largo de varios captulos. Por lo
tanto, trataremos de exponer en sta las caractersticas y las propiedades
estructurales ms sobresalientes de los cidos nucleicos.
Estos biopolmeros se caracterizan por poseer (con excepcin de una clase de
RNA) pesos moleculares muy elevados que se sitan entre 106 y 109 daltons.
Esto ya los diferencia de las protenas (cuyos pesos moleculares rara vez
superan los 5 x 105 daltons) y de los polisacridos (con PM menores o iguales
a 106 daltons).
Debido a la presencia de un altsimo nmero de grupos fosfato, los cidos
nucleicos tienen una gran densidad de carga negativa y en consecuencia se
comportan como polianiones, esta carga se neutraliza, segn sea el tipo de
cido nucleico, con poliaminas, histonas o Mg+2.
La hidrlisis completa de los cidos nucleicos produce caractersticamente:
Bases purnicas y pirimidnicas.
Pentosas correspondientes a la ribosa o desoxirribosa.
Grupos fosfato.
Tomando como criterios su composicin qumica y funcin, adems de otras
propiedades, los cidos nucleicos se pueden diferenciar en dos grandes tipos:
El cido desoxirribonucleico o DNA (o ADN).
El cido ribonucleico o RNA (o ARN).
La tabla 13 nos muestra las diferencias existentes en trminos de los
parmetros indicados. Las diferencias sealadas son aplicables a las
molculas de DNA y RNA aisladas de la clula por los procesos
convencionales ya que existen excepciones como son los precursores de RNA
cuyo tamao y localizacin original, difieren de los RNA clsicos que
discutiremos ms adelante.
21.1 Estructura de bases, nuclesidos y nucletidos
Para comprender mejor la estructura y las propiedades de los cidos nucleicos
es conveniente discutir previamente las estructuras de sus constituyentes.
92

Tabla 15: Diferencias entre DNA y RNA
Parmetro
Composicin
- Pentosa
- Bases
DNA
RNA
Deoxirribosa
Timina
Ribosa
Uracilo
PM (daltons)
10 -10
Funcin
Conservacin
mensaje gentico.
Localizacin
98% en zona nuclear,

2% extracromosomal
108
del
Expresin
gentico
del
mensaje
Variada segn la clase de

RNA
Leccin 22: Estructura del ADN

En el DNA podemos identificar tres niveles de organizacin estructural
definidos en forma similar a la utilizada con las protenas. Dado que el DNA
proveniente de virus y bacterias es menos complejo que el DNA de clulas
eucariticas y se puede obtener ms fcilmente y en mayor cantidad, se ha
avanzado mucho ms en los estudios estructurales del DNA de procariotes.
22.1 Estructura Primaria
Tal como lo mencionamos antes, la hidrlisis total del DNA produce grupos
fosfato, bases purnicas (A, G) y pirimidnicas (C, T) y deoxirribosa; la hidrlisis
qumica proporciona poca informacin pues el DNA es resistente a los lcalis y
el tratamiento con cidos causa frecuentemente una depurinacin o sea la
prdida de las bases purnicas. Ver Figura 34: Estructura fundamental de un
segmento de una cadena de DNA
Por ello los datos disponibles sobre la composicin en bases han sido
obtenidos empleando diversas enzimas con diferente especificidad; se usan
endonucleasas (atacan al interior de la molcula) del tipo de las
fosfodiesterasas o de las deoxirnbonucleasas (DNAsa) 1 y II y exonucleasas
(atacan en las extremidades 3 y 5 de la molcula respectivamente) de tipo a o
b. El anlisis de los productos de hidrlisis resultantes en cada caso
(oligonucletidos, deoxirribonucletidos con
en 3, deoxirribonucletidos
con P en 5, etc) ha permitido deducir que la estructura bsica de una cadena

(o banda) de DNA consiste en la sucesin de mononucletidos unidos entre s
por enlaces fosfodiester. La figura 28 ilustra esta situacin para un fragmento
muy pequeo de una cadena de DNA, con una secuencia hipottica.
Al observar esta figura notamos varias cosas:
Cada deoxirribosa, con excepcin de las terminales, est formando enlaces
ster con P a travs de sus hidroxilos 3 y 5. Si imaginamos la accin de
una enzima capaz de romper en la posicin 3 indicada por las flechas
tendramos al final una mezcla de nucletidos 5
y un nuclesido.
93

Uno de los extremos corresponde a la deoxirribosa con su OH- 5 no

esterificado (extremo 5) y el otro a la pentosa con su OH- 3 libre (extremo
3). Por convencin se considera que la cadena comienza en su extremo 5
libre y termina en su extremo 3libre.
Por cada nucletido presente hay un grupo fosfato con una carga negativa,
lo que significa que en un DNA con 1.000 nucletidos (que sera un DNA
muy pequeo) tendremos una altsima densidad de cargas negativas.
Figura34: Estructura fundamental de un segmento de una cadena de DNA

94

La estructura de la figura 34 podemos representarla de varias maneras todas

simplificadas:
a.
b.
En (a) la deoxirribosa se indica por la lnea vertical con las posiciones 5 y 3 y

las bases unidas al azcar se indican con sus abreviaturas correspondientes.
En (b) slo se muestra el orden de las bases indicando con d que se trata de
una cadena formada con deoxirribosa y se sobreentiende que las bases no se
unen directamente sino que el esqueleto de la cadena es la
sucesin...deoxirribosa-fosfato-deoxirribosa-fosfato.
Los estudios comparativos realizados por el grupo de Chargaff con DNA de
diferentes especies permitieron establecer dos hechos muy interesantes que se
conocen como las reglas de Chargaff. El primero consiste en que la cantidad
de Adenina es igual a la de Timina y la de Guanina igual a la de Citosina; esto
se pudo explicar posteriormente cuando se determin la estructura secundaria
y terciaria del DNA. La segunda regla de Chargaff consiste en que la relacin
(A+T) / (G+C) posee un valor constante para cada especie y se usa como un
criterio para la determinacin de especies (bacteriales, animales o vegetales).
Seor estudiante:
Conoces algo sobre Edwin Chargaff?
El postulo las leyes de: primera y segunda ley de paridad, Ley de grupos, ley de
porcentajes.
Excelente tema para trabajarlo en el wiki del curso.
El establecimiento de la secuencia de nucletidos del DNA ha sido muy difcil

debido al gran tamao de la molcula (PM >106), a la complejidad de los
hidrolizados y a la ausencia de segmentos distintivos por no haber sino cuatro
bases diferentes. La estrategia es similar a la empleada con las protenas
empleando marcacin con radioistopos, rupturas qumicas y enzimticas
especficas y separacin y caracterizacin de los fragmentos.
Recientemente y gracias a nuevas tcnicas ha sido posible determinar la
secuencia compleja de un virus y la de varios genes de procariotes. En el caso
de los eucariotes la mayor complejidad del genoma ha dificultado
considerablemente La determinacin de secuencias del DNA.
95

22.2 Estructura secundaria y terciaria

La elucidacin de la estructura espacial del DNA fue posible gracias a la
informacin qumica disponible (1a y 2a reglas de Chargaff) y a la suministrada
por el anlisis por rayos X de las preparaciones para-cristalinas de DNA. Se
demostr la existencia de estructuras ordenadas con una unidad de repeticin
muy estable de 3,4 y otra ms dbil de 34 ; la cual se pareca a algunas queratina.
Integrando la informacin disponible y con la ayuda de modelos moleculares,
Watson y Crick en 1953, propusieron un modelo tridimensional que luego fue
comprobado experimentalmente. El modelo postula que el DNA est formado
por dos cadenas enrolladas helicoidalmente entre s, mantenidas y
estabilizadas por la formacin de puentes de H2 entre pares de bases llamadas
complementarias, situadas cada una en una banda.
Considerando el tamao de las bases, el dimetro de la fibra de DNA (20 ) y
la estructura de las bases, se propuso que los pares de bases son A: T (unidos
por dos puentes de H2) y G: C (unidos por tres puentes de H2); la figura 35
nos muestra cmo se establecen los puentes de H2 entre las bases
complementarias.
Los pares de bases se disponen perpendicularmente al eje de la molcula en
nmero de 10 por cada vuelta de la hlice, que corresponde a la distancia de la
unidad de repeticin ms dbil, encontrndose superpuestas con una
separacin entre cada par del orden de 3,4 .
Figura 35: Asociacin de las bases complementarias en el DNA

96

En la molcula las estructuras polares (deoxirribosa y grupos fosfato) se sitan

al exterior de la hlice estando en contacto con el solvente y otras molculas y
las bases que son poco polares (por ser de naturaleza aromtica) se localizan
al interior. Una representacin simplificada de esta doble hlice se indica en la
figura 36.
Observamos en la figura 36 que las dos bandas son antiparalelas, es decir
corren en direcciones opuestas ya que los extremos 5 no se encuentran del
mismo lado.
Esta estructura en doble hlice explica por qu en el DNA tenemos cantidades
iguales de T y A o de C y G (la regla de Chargaff), la estabilidad (proporcionada
por el alto nmero de puentes de H2 que se forman), muchas de las
propiedades del DNA en solucin (alta viscosidad, fragilidad al pasarlo por
capilares) y permite proponer como se efecta su copia en dos molculas
intactas, lo cual ocurre durante su biosntesis como veremos posteriormente.
Figura 36: Estructura en doble hlice del DNA

Leccin 23: Complejidad y estructura supramacromolecular del DNA en el

genoma
La complejidad y localizacin del DNA vara segn sea la entidad funcional
(virus, procariotes o eucariotes) que consideremos.
En los virus cuyo material gentico es DNA (generalmente virus animales o
bacteriales y algunos vegetales) tenemos una forma circular donde se han
unido los extremos 3 y 5 y en la mayora estn presentes las dos bandas de
DNA; en unos pocos por ejemplo: virus x 174 slo hay una banda y por ello
son una excepcin a la primera regla de Chargaff pues no existe el
apareamiento A : T y G : C. La circunferencia de estos DNA virales
97

(determinada por microscopia electrnica) es mayor que la partcula viral

completa; esto implica que el DNA en el virus est empacado en forma muy
compacta y recubierta por las proteinas virales de envoltura. El peso molecular
de los DNA oscila entre 3 y 120 X 106 lo que facilita el estudio de su secuencia.
En las clulas procanticas el DNA es circular, de doble banda y se encuentra
anclado en un punto a la membrana celular estando en contacto con el material
citoplasmtico; asociados a este nico cromosoma se hallan enzimas,
poliamidas o Mg+2 y el DNA existe en una forma superenrollada muy compacta.
Los pesos moleculares son considerables, ej. 2.600 x 106 para el DNA de E.
coIi, teniendo la molcula varios millones de bases apareados.
Adems de este DNA cromosomial puede haber DNA adicional, ms pequeo
y tambin circular, que son los llamados plsmidos; ellos son portadores de
unos pocos genes que confieren a la bacteria ciertas caractersticas como la
resistencia a los antibiticos.
En los eucariotes la gran mayora del DNA (aproximadamente 98%) forma
parte de la cromatina en el ncleo y el resto est en partculas como las
mitocondrias o cloroplastos; ste DNA extranuclear es diferente del nuclear
respecto a su composicin, propiedades fsicas como densidad, viscosidad, etc
y asociacin con protenas. En la cromatina el DNA lineal (35%) se asocia con
histonas (60% en total) y protenas cidas y RNA (5%) dando lugar a una
estructura muy compacta con una organizacin espacial no muy bien conocida.
Una ilustracin del grado de compactacin se deduce del hecho de que el DNA
de una clula eucariote con un dimetro de 10-20 m, si estuviera extendido
tendra una longitud de 2 metros. Cada cromosoma tiene un DNA 4 a 100
veces mayor que el DNA de E.coIl, lo que hace que las clulas humanas
tengan 600 veces ms DNA que la E.coIi.
Los datos anteriores nos muestran la enorme complejidad organizacional que
tiene el DNA eucaritico y por ello su estudio es uno de los grandes temas de
la biologa molecular actual.
CONSULTA LOS
EL TEMA:
SIGUIENTE ENLACES VIRTUALES PARA PROFUNDIZAR EN
http://recursos.cnice.mec.es/biosfera/alumno/2bachillerato/biomol/actividades/videoadn
/adn.htm
http://recursos.cnice.mec.es/biosfera/alumno/2bachillerato/biomol/actividades/videoadn
98

Leccin 24: RNA

24.1 Clasificacin
Tradicionalmente el RNA se ha clasificado tomando como criterio las especies
moleculares ms o menos estables, aisladas de la clula por procedimientos de
laboratorio bien establecidos.
Estos RNA se dividen en tres clases:
t-RNA o RNA de transferencia. Se encuentra en el citoplasma celular en
forma libre o asociado a un AA dado; en consecuencia existen unas 20
especies moleculares distintas; es el ms pequeo de los cidos nuclicos
ya que su peso molecular est en el rango 7.000 a 8.000 y se puede aislar
con cierta facilidad por ser estable.
m-RNA o RNA mensajero. Se encuentra tanto en el ncleo como en el

citoplasma como una mezcla muy compleja de molculas cuyos PM oscilan
entre 5 x 105 y 1 x 106; esta clase de RNA es bastante lbil y por tanto muy
dficil de aislar.
r-RNA o RNA ribosomal. Se localiza en los ribosomas de procariotes y de

eucariotes donde representa aproximadamente un 50% deI total de estas
partculas subcelulares. Hay tres tipos de r-RNA diferentes cuya
complejidad (en razn de su mayor tamao) es mayor en los eucariotes que
en los procariotes; algunos r-RNA pueden tener PM entre 5 x 105 y 2 x 106.
Adems de estos tres tipos de RNA que podramos considerar como los RNA
clsicos, se han identificado recientemente otros RNA presentes en el ncleo
cuyo perodo de vida es muy corto y que parece actan como precursores de
los RNA clsicos o durante la sntesis de DNA (Hn-RNA, c-RNA.
Por otra parte, hay una gran cantidad de virus cuyo material gentico es RNA,
tales como los bacterifagos F2, MS2, Rl7 y Q cuyo estudio ha permitido
entender mejor cmo actan estos virus y cules enzimas estn involucradas
en su biosntesis y regulacin.
Leccin 25: Estructura del RNA
De manera anloga a lo discutido con el DNA, el RNA posee estructura
primaria, secundaria y terciaria cuyas caractersticas son intensamente
estudiadas en la actualidad. Los trabajos iniciales se adelantaron
indistintamente con las tres clases de RNA y posteriormente para estudiar en
detalle la organizacin estructural se seleccion el t-RNA puesto que su menor
tamao, estabilidad y relativa facilidad de purificacin constituan ventajas
apreciables en comparacin con las otras clases de RNA.
Estructura primaria
Aun cuando el RNA es susceptible a la hidrlisis bsica, debido a la ribosa
presente, el ataque por enzimas como la ribonucleasa (RNAsa),
99

fosfodiesterasas y exonucleasas proporcionan la informacin que nos permite

representar la estructura fundamental del RNA, figura 37.
Como caractersticas sobresalientes de la estructura primaria del RNA
podramos citar las siguientes:
La formacin de enlaces fosfodiester se hace a travs de los hidroxilos 3 y
5 de la ribosa, quedando siempre libre el hidrxilo 2; lo cual implica una
estructura lineal sin que haya ramificaciones.
El sentido de la cadena se define igual a lo ya explicado con el DNA
(direccin 5 3).
La molcula es un polianin con muchas cargas negativas.
La composicin en bases no sigue las reglas de Chargaff y las bases raras
son especialmente abundantes en el t-RNA (aproximadamente un 20%).
La secuencia de nucletidos ha sido establecida en el RNA del virus R17 y en
numerosos t-RNA. En otros RNA se conocen fragmentos de su secuencia pero
su gran tamao y las dificultades encontradas en su purificacin no han
permitido avanzar en estos aspectos.
Figura 37: Estructura fundamental de un segmento de RNA

100

25.1 Estructura secundaria y terciaria

La comparacin de secuencias de muchos t-RNA ha sido posible gracias a los
trabajos de Holley y ha permitido establecer una estructura general llamada
hoja de trbol que se ilustra en la figura 38.
Esta representacin estructural es puramente bidimensional y no corresponde,
como veremos ms adelante, a la conformacin de la molcula. Sin embargo
su utilidad reside en que permite precisar las siguientes caractersticas que son
comunes a todos los t-RNA:
Aunque no hay sino una sla banda con 75-80 nucletidos (a diferencia del
DNA) hay tres segmentos o brazos en que las bases complementarias A : U
y G : C forman puentes de H2, contribuyendo as a estabilizar la estructura.
Las regiones donde se encuentran las bases raras (G* , DHU) no

muestran apareamiento de bases, debido a los sustituyentes de las bases
raras, y reciben el nombre de bucles. En uno de los tres bucles existentes
se encuentra el triplete de bases que constituye el anticodn que determina
cul AA se une al t-RNA.
El extremo 3 siempre tiene la secuencia A-C-C y all se fija el AA que es

transportado especficamente por un t-RNA dado.
Figura 38: Estructura general en hoja de trbol de t-RNA

101

Los estudios de difraccin de rayos X realizados por el grupo de Rich sobre tRNA para Phe han mostrado que la molcula tiene una estructura terciaria ms
parecida a una L invertida y retorcida, que a una hoja de trbol. La figura 39 es
una representacin simplificada de la estructura terciaria del t-RNA.
En esta representacin los brazos, con sus bases complementarias; se indican
por las zonas sombreadas y los bucles, por las zonas claras.
La comprensin del funcionamiento de estos t-RNA en la biosntesis de
protenas, que discutiremos posteriormente, ha sido considerablemente
facilitada por estos estudios estructurales. Sin embargo hoy en da se sabe
muy poco sobre la organizacin estructural de m-RNA y r-RNA, debido
probablemente a la carencia de tcnicas adecuadas para estudiarlas.
OBSERVA EN LA PAGINA PRINCIPAL DEL CURSO LA PRESENTACION EN

FLASH SOBRE SINTESIS DE PROTEINA
Figura 39: Estructura terciaria del t-RNA para Phe

102

1. Asocie cada una de las siguientes molculas con el (los) tipo(s) de estructura(s)
correspondiente(s). Puede usarlo una vez, varias veces o ninguna vez.
Molcula
Tipo de estructura
a. CDP
1) Nudesido
b. CMP
2) Base purnica
c. Timidina
3) Bloque constituyente de DNA
d. UMP
4) Deoxirribonucletido
e. d-CMP
5) Bloque constituyente de RNA
f. Guanina
6) Difosfonucletido
g. d-TMP
7) Base pirimidnica
2. Establezca la correspondencia entre las molculas y la(s) estructura(s) en que se
encuentran presentes:
Molcula
Estructura
a. Ribosa
a) Trifosforribonucletido
b. AMP
b) RNA
c. d-GMP
c) Trifosfodeoxirribonucletido
d. ATP
d) Nuclesido
e. Grupo fosfato
e) DNA
3. Porqu la estructura en doble hlice del DNA permite explicarla primera regla de
Chargaff y los valores obtenidos para las unidades de repeticin? Esquematice esta
estructura indicando los apareamientos que se presentan.
4. Mediante un grafico esquematice la participacin del ADN y ARN en la sntesis de
protenas.
CAPITULO 6: INTRODUCCION AL METABOLISMO Y BIOENERGETICA9

En este captulo el estudiante encuentra la relacin que existe entre la
termodinmica y el gasto energtico en los sistemas biolgicos, para ello, se
presentan conceptos bsicos sobre cmo la clula trabaja con el mnimo
gasto energtico, para mayor entendimiento,
estudiante debe activar
conocimientos de cursos anteriores como qumica general, termodinmica,
fsica general, en relacin a la primera y segunda ley de la termodinmica.
Explica en forma breve el clculo de la energa libre en sistemas biolgicos los
cuales operan bajo condiciones biolgicas estandarizadas y que a partir de
103

datos de experimentos invitro se calcula el consumo o la liberacin de energa

en procesos endergnicos y exergnicos.
El captulo finaliza con la importancia del adenosn trifosfato (ATP), el cual se
conoce como la moneda energtica de la clula.
Leccin 26: Aspectos generales del metabolismo
El metabolismo es un conjunto altamente integrado de sistemas
multienzimticos que en su forma ms sencilla se localizan en la clula y
realizan un intercambio permanente de energa y materia con el medio
ambiente. Para la discusin posterior vamos a considerar a la clula como el
modelo de un organismo viviente y, a menos que se especifique lo contrario,
los emplearemos como trminos equivalentes.
Podemos considerar que el metabolismo desarrolla cuatro actividades
fundamentales:
Obtiene energa bien a partir de la luz solar, a travs de procesos

fotosintticos, o bien a partir de compuestos qumicos gracias a reacciones
de xido-reduccin.
Transforma los nutrientes exgenos en substancias precursoras de las

biomolculas y/o de las macromolculas. Las diferencias en cuanto a la
fuente de donde toman estos nutrientes es lo que nos permite dividir los
organismos vivos en autotrficos y heterotrficos.
Sintetiza (reacciones anablicas) o degrada (reacciones catablicas) las

biomolculas por ejemplo: aminocidos, monosacridos, lpidos, etc., que
necesita para realizar las funciones especficas del organismo.
Degrada o sintetiza las macromolculas (protenas, polisacridos, cidos

nucleicos etc.) que le permiten construir, hacer funcionar o regular el
organismo ya sea unicelular o multicelular.
Un aspecto muy importante del metabolismo es lo que se conoce como la

universalidad de las vas del metabolismo. Esto significa que las vas
metablicas fundamentales comunes son muy similares en los diferentes
organismos vivos ya sean procariticos o eucariticos, unicelulares o
multicelulares, animales o vegetales. Es previsible que existan pequeas
diferencias entre unas y otras en cuanto a algunas reacciones en particular
pero esto no afecta de modo notable ni la transformacin global del
metabolismo en cuestin, ni la produccin o consumo (segn el tipo de va
involucrada) de energa.
104

Esta caracterstica de universalidad de las vas facilita muchsimo el estudio de

un organismo vivo en particular y permite localizar rpidamente aquellas
reacciones (o vas) que le son propias.
Otra caracterstica del metabolismo reside en el hecho de que la mayora de los
sistemas enzimticos estn localizados en una partcula subcelular dada (u
organelo), lo cual facilita la coordinacin espacial y temporal de las diferentes
vas.
Esta compartamentalizacin permite la ocurrencia simultnea de vas opuestas
(ejemplo: sntesis y degradacin de lpidos) dentro de la misma clula y el
control de las actividades intracelulares.
Existen varios factores que regulan el metabolismo de una clula:
Necesidades energticas. La clula parece operar bajo el principio de la
mxima economa y es as como no produce o consume sino el mnimo de
energa requerida; es decir desperdicia la menor cantidad posible de
energa.
Condiciones que regulan la actividad enzimtica, tales como pH,

temperatura y efectores.
Existencia de enzimas reguladoras. El papel de estas protenas es el de

controlar a travs de un mecanismo de retroinhibicin, o sea de inhibicin
por retroalimentacin, la actividad de otras enzimas o la ocurrencia de una
reaccin en particular.
Control a nivel de los genes, de la velocidad de sntesis de una (o varias)

enzima (s) que intervengan en una va. Este mecanismo regulador se
conoce bastante bien en clulas procariticas y fue descubierto hace
relativamente poco tiempo por Jacob y Monod.
Actividad de hormonas. Es tal vez el mecanismo ms complejo y

sofisticado, siendo especialmente importante en organismos multicelulares.
Leccin 27: Bioenergtica

27.1 Flujos de materia y energa
El estudio del metabolismo debe incluir no slo el anlisis de cmo se utilizan
los nutrientes, sino tambin una evaluacin de los costos o rendimientos en
energa que acompaan esta utilizacin.
Hay una diferencia fundamental entre la utilizacin de los diferentes elementos
que componen las molculas precursoras, biomolculas y polmeros y el
aprovechamiento de las diversas formas de energa. Los elementos qumicos
(exceptuando tal vez el P) circulan en la bisfera de manera cclica y los
organismos vivos son un eslabn de una cadena circular; esta situacin
105

podemos ilustrarla con las figuras 40 y 41 para el C, O y N que son algunos

de los elementos ms abundantes en un organismo.
Figura 40: Ciclo global del C y O en la biosfera
Figura 41: Ciclo global del N en la bisfera

Fuente: Prez, G. Navarro Y. (1992). Bioqumica. Santa fe de Bogot.: Unisur
En estas figuras observamos que una cantidad finita de estos elementos sera
suficiente para mantener el ciclo en operacin. Podemos imaginar entonces
que en un sistema muy reducido (ideal) la misma molcula de carbono,
oxgeno o nitrgeno es utilizada repetidas veces a lo largo de muchos ciclos.
En el caso de la energa la situacin es completamente diferente como
podemos ver en la figura 42:
106

Figura 41 : Flujo de la energa en el mundo biolgico

La energa generada en el sol proviene de la fusin termonuclear 4H+ He +

2e- que all ocurre y una pequesima parte de esta energa llega a la
superficie de la tierra en diferentes formas como calor, magnetismo y energa
lumnica; esta ltima se transforma parcialmente en energa qumica
(polisacridos, ATP) por medio de la fotosntesis.
La energa almacenada en los enlaces qumicos de los productos de la
fotosntesis es utilizada por los diferentes organismos (incluidas las plantas)
para realizar distintas clases de trabajo (mecnico: contraccin muscular;
osmtico: transporte activo en membranas; biosntesis: formacin de nuevos
enlaces; etc) y finaliza tarde o temprano como calor o sea como energa no
aprovechable.
El flujo de la energa es, pues, unidireccional y en cada etapa donde se pasa
de una forma a otra, la cantidad de energa utilizable es solo una fraccin del
total.
Este hecho nos sirve para entender por qu es tan importante para un
organismo transformar y utilizar la energa de la manera ms eficiente posible;
aqu opera el principio de la mxima economa que ya mencionamos.
En general podemos decir que los organismos autotrficos derivan su energa
de la fotosntesis o de procesos de reduccin mientras que los heterotrficos la
obtienen a travs de la oxidacin de los compuestos sintetizados por los
autotrficos.
27.2 Consideraciones termodinmicas
Podemos considerar que en el metabolismo hay tres tipos de reacciones a las
que podemos asociar cambios en la energa libre del sistema. Estos tipos son:
107

Transferencia de H+: reacciones cido-base.

Transferencia de e-: reacciones de xido -reduccin.
Transferencia de grupos fosfato: Reacciones de fosforilacin.
En estas reacciones el cambio de energa libre (G) nos sirve por una parte
para calcular las constantes de equilibrio que nos describen el estado de
equilibrio y por otra parte como medida de la fuerza impulsora de la reaccin; el
sentido en que se realice la reaccin depende tanto de la magnitud del G
como de su signo (como ya se vio en el mdulo de Termodinmica).
En los sistemas biolgicos es ms importante la prediccin del sentido de la
reaccin ya que las condiciones propias de estos sistemas no permiten
alcanzar el equilibrio.
En las reacciones cido-base que podemos representar por:
AH
A + H+
La constante de disociacin (Ka) se relaciona con el cambio en energa libre por

medio de la ecuacin:
G = H 0 + RT. ln( K a )
Ecuacin 14
En el equilibrio G = 0; entonces:
G 0 = RT. ln(K a )
Ecuacin 15
G 0 = 2.303RT. log(K a )
Ecuacin 16
Lo que es lo mismo:
Puesto que pKa se define como -log (Ka).

G 0 = 2.303RT.pK a
Ecuacin 17
Despejando:
pK a =
G 0
2.303RT
Ecuacin 18
Esta ecuacin es vlida para sistemas en que las concentraciones molares son
1, es decir [H+] = 1 M lo que equivale a pH = 0. Es claro que este pH no se da
en sistemas biolgicos y si el pH tomara el valor de 7.0, entonces [H+] = 10-7 M.
Por ello se prefiere usar el trmino G que representa el cambio en energa
libre del sistema a pH 7,0. Entonces la ecuacin 14 quedara:
G ' = G 0' + RT. ln(K a )
Ecuacin 19
La ecuacin 16 sera:
G 0' = +2.303RT. log(K a )
Ecuacin 20
108

En las reacciones de xido-reduccin usamos la ecuacin de Nernst:

E = E 0 +
RT
ln K
nF
Ecuacin 21
En el equilibrio E = 0; entonces:
E 0 =
RT
ln K
nF
Ecuacin 22
Que a pH 7,0 sera:

E 0 = 2.303
RT
ln K
nF
Ecuacin 23
Despejando log K de las ecuaciones 20 y 23, igualando y despejando G

tendramos:
G = nFE 0'
Ecuacin 24
Ecuacin que nos muestra cmo es posible convertir una diferencia de

potenciales de reduccin (por convencin) en un cambio de energa libre y
predecir el curso de la reaccin.
El tercer tipo de reacciones lo examinaremos en detalle a continuacin.
Leccin 28: Energa libre de hidrlisis 10

En la discusin que sigue es fundamental tener en claro cundo las reacciones
se realizan en tubo de ensayo (In vitro) y cundo suceden en la clula (In vivo).
Los trifosfonucletidos como el ATP pueden sufrir in vitro una hidrlisis que
representamos por:
ATP 4 + H 2 O
ADP3 + HPO 42 + H +
Es decir la prdida del grupo fosfato

en posicin , producindose ADP y
fsforo inorgnico (Pi). En condiciones estndar a pH 7,0 el clculo de G
arroja un valor de -7.300 caloras/mol o sea que es una reaccin muy
exergnica desplazada hacia la derecha; esta energa se conoce como energa
libre de hidrlisis. Si se calcula el G in vitro empleando las concentraciones
intracelulares de ATP, ADP y Pi y se tiene en cuenta la formacin de complejos
con el Mg+2 (que es lo que ocurre dentro de la clula) el G de hidrlisis
'
( G 0hidr
) del ATP puede subir hasta unas -12000 caloras/mol.
Otros compuestos con grupos fosfato estn tambin presentes en la clula y
'
. Los valores que se obtienen se
con ellos se puede calcular in vitro su G 0hidr
muestran en la tabla 16.
10
109

Observamos que hay un amplio rango de valores de G, siendo el PEP y el

1,3-DP glicerato los que liberan la mayor cantidad de enega cuando se
hidroliza in vitro el enlace del grupo P . Por convencin, y para distinguirlo de
los enlaces con mayor estabilidad, se representa por ~ el enlace que al
hidrolizarse libera la energa; este enlace se ha llamado inapropiadamente
enlace rico en energa y cuando se usa este trmino (en lenguaje bioqumico)
significa un enlace muy lbil que libera buena cantidad de energa al romperse.
Seor estudiante:
Para mayor entendimiento del tema, le sugiero revisar los apuntes de fsica,
qumica genera, fisicoqumica en su lugar termodinmica en relacin a las
Primera ley , segunda ley de la termodinmica.
En el siguiente enlace hay una revisin bibliogrfica al respecto:
http://books.google.com.co/books?id=HRr4MNH2YssC&pg=PA11&dq=leyes+de+la+ter
modinamica&ei=83lYSt70LY-UzASB0KQL&client=firefox-a
http://books.google.com.co/books?id=43qKhqwAoLgC&pg=PA755&dq=energia+libre+
de+gibs&ei=rnpYSvmpJoiGygT8m4mnBw&client=firefox-a
Leccin 29: Potencial de transferencia de grupos fosfato11
11
Compuesto
Abreviatura
Fosfoenol Piruvato
Estructura
'
, caloras/mol
G 0hidr
PTG
PEP
-14800
14.6
3-Fosfogliceroil-fosfato
1, 3 DP Glicerado
-11800
11.8
Fosfocreatina
p-Creatina
-10300
10.3
110

Acetil fosfato
-10100
10.1
-7300
7.3
-5000
5.0
-3300
3.3
ATP
Adenosin trifosfato
G-1-P
Glucosa-1-fosfato
G-6-P
Glucosa-6-fosfato
Tabla 16: Valores de G0 de hidrlisis y de Potencial de Transferencia de Grupos PTG para

algunos metabolitos fosforados
'
obtenemos el valor
Si expresamos en kcal.mol-1 el valor absoluto del G 0hidr
correspondiente al potencial de transferencia de grupos (PTG), que nos indica
la tendencia que tiene un compuesto fosforilado, a transferir su grupo fosfato
lbil. Entre mayor sea el PTG ms fcilmente se transferir el
En la clula (o sea in vivo) NO ocurre la hidrlisis directamente sino que se

realiza una transferencia de P entre dos compuestos, que en forma general
podemos representar por:
B~P + A
A~P + B
La direccin en que se desplace el equilibrio depender de los valores de PTG

de A~P y B~P; debemos notar adems que se requiere que el aceptor de P
est en forma no-fosforilada. Estas reacciones son catalizadas por una
subclase de transferasas denominadas kinasas. Consideremos como ejemplo
la formacin de ATP en la clula a partir de ADP; aunque en teora cualquiera
de los primeros cuatro compuestos de la tabla 14 podra emplearse, utilicemos
el PEP. La reaccin sera:
PEP
Piruvato
111

Puesto que el PTG para PEP piruvato es de 14.8 y el PTG de ATP ADP
es de 7.3, la transferencia del se hace del PEP al ADP para formar ATP y
piruvato; la fosforilacin no se hace en sentido inverso porque se transferir el
P
de un compuesto con PTG menor a un compuesto con PTG mayor. Note
que in vivo realmente no hay hidrlisis del PEP sino transferencia del
Las determinaciones del G in vitro nos sirven entonces para conocer el PTG
de un compuesto y predecir la direccin en que la kinasas cataliza la
fosforilacin.
Leccin 30: Importancia del ATP
El sistema ATP-ADP es el ms empleado por la clula para estas reacciones
de fosforilacin por varias razones:
El ATP est situado en una posicin intermedia y sirve entonces como

puente o Intermediario comn para la transferencia de P de compuestos
ricos en energa (con G muy bajos) a compuestos pobres en energa
(con G bajos). Esto tiene la ventaja que se conserva mejor la energa
pues los G de cada reaccin son menores, ver figura 42.
En todas las reacciones de fosforilacin intervienen kinasas que tienen

sitios activos que unen el ATP o el ADP segn sea el caso.
El ADP sirve como aceptor de

PTG.
provenientes de compuestos con alto
P
Figura 42: Flujo de grupos
y situacin lntermedia del ATP
112

Lo anterior ha conducido a algunos bioqumicos a considerar el ATP como la

moneda usada por la clula para transportar la energa. En las unidades
siguientes veremos muchos ejemplos de estas fosforilaciones y de aplicaciones
del formulismo termodinmico discutido ms arriba. La aplicacin de estos
conceptos a sistemas biolgicos est sujeta a varias limitaciones dado que:
Los valores de G y E estn influenciados por cambios en pH,
temperatura fisiolgica y concentraciones celulares de Mg+2.
La clula es un sistema abierto, que intercambia materia y energa con su

medio ambiente y estos conceptos de termodinmica se definen a partir de
un sistema cerrado.
Las reacciones in vivo estn en un estado estacionario y no en equilibrio;

por tanto las concentraciones son siempre algo menores que en el
equilibrio.
Lo anterior ha conducido al desarrollo de una termodinmica especial o de

procesos irreversibles bastante ms compleja que la termodinmica clsica.
Sin embargo para los fines prcticos de prediccin del sentido de la reaccin y
de la comprensin de por qu ocurren las transferencias de grupos
en este captulo es aplicable y utilizable.
, lo visto
1. De las tres reacciones siguientes, cul tiene lugar realmente?
a. PEP + Glc-6-
b. PEP + Glucosa
c. Piruvato + Glc-6-
Piruvato + Glucosa
Piruvato + Glc -6 -
PEP+ Glucosa
Recuerde como se usa el concepto del potencial de transferencia de grupos.

Consulte la tabla 16.
2. De las reacciones siguientes seleccione aquella que qumica y termodinmicamente
es factible. De sus razones:
a. 1,3-DiP Glicerato + ADP
b. 3-P-Glicerato + ADP
c. 3-P-Glicerato + ATP
3-PG-Glicerato + ATP
1 ,3-DiP- Glicerato + ATP
1 ,3-DiP- Glicerato + ADP
113

AUTOEVALUACION UNIDAD 2
1. Cul es el significado de los trminos:
a.
b.
c.
d.
e.
f.
Bases purnicas
Desoxirribosa
DNA
Bases pirimidnicas
Nucletido
RNA
2. Cul es la importancia del DNA?

3. Explique cul es la relacin existente entre genes, DNA y herencia.
4. En cules partculas subcelulares se localizan el DNA y el RNA en:
a. Bacterias
b. Hongos
c. Clulas animales y vegetales (clulas eucariticas)
5. Elabore una lista de los productos resultantes de la hidrlisis completa del
DNA y del RNA.
6. Compare las estructuras de los siguientes compuestos en el orden indicado:
Adenina
Uracilo
Limina
Guanina
Adenosina
Uridina
Timidita
Guanosina
AMP
UDP
TDP
3 GMP
a. Base vs nuclesido vs nucletido

b. Nucletidos entre s
Recuerde como se originan los nuclesidos y como se forman los monofosfo y
ditosfonucletidos.
7. Elabore una lista de los nucletidos que se encuentran en el DNA y en el
RNA. Explique las diferencias existentes entre unos y otros. Tenga en cuenta
que hay nucletidos comunes y nucletidos que son propios de cada clase de
cido nucleico.
8. Cmo se localizan en la clula los diferentes tipos de RNA? Seale las
diferencias existentes entre ellos en relacin con su tamao, estabilidad y
heterogeneidad.
114

9. Compare el DNA y el RNA respecto a su composicin global, tamao,

funcin general y distribucin subcelular.
10. Compare la estructura primaria fundamental del DNA con la del RNA.
11. Explique cmo se organiza el DNA en virus, procariotes y eucariotes.
12. Ilustre las caractersticas ms sobresalientes de las estructuras secundaria
y terciaria del t-RNA.
115

Para ampliar sus conocimientos en algunos de los aspectos especficos
tratados en este captulo, consulte las siguientes referencias:
1. La estructura del material hereditario /F.H.C., Crick.- - En: Las bases
moleculares de la vida: Lecturas del Scientific American / Julio R
Villanueva.- - Madrid: Blume, 1971.- - p.86.
2. La estructura de los virus / R. W. Horne. - - En: las bases moleculares de la
vida.- - Ibid., p155.
3. The genetic activity of mitochondria and chloroplasts / U. W. Goodenough,
R.P. Levine.- - Scientific American.- - Vol.223, 1970.- - p22.
1. The oxygen cycle/Preston Claud, Aharon Gibor. - - Scientlfic American.- Vol. 223, 1970.- -p.110.
2. The carbon cycle / Brt Bolin.- - Scientlflc American.- - Vol 223, 1970.- - p124.
3. The nitrogencycle/C.C. Delwiche.- - Scienflilc American.- - vo1223, 1970.- p.136.
4. The energy cycle of the biosphere / George M WoodwelL- - Scientlflc
American. Vol 223, 1970.- - p64.
116

BIBLIOGRAFIA USADA EN LA ACTUALIZACION DE LA UNIDAD 2

Garrido, Armando. Teijon, Jos Mara (2008). Fundamentos de Bioqumica
estructural. Madrid, Espaa: Editorial Tebar.
Plumer, D (1981). Bioqumica prctica. Londres: McGraw Hill.
117

UNIDAD DIDACTICA 3: METABOLISMO: CATABOLISMO Y

BIOSINTESIS DE BIOMOLECULAS
INTRODUCCION
Bioqumica debe manejar, como son las generalidades y mecanismos
bioqumicos de las rutas catablicas y biosintticas de las biomolculas que
se consumen en la dieta.
animal. Conocer
el funcionamiento de las vas catablicas y biosintticas
conlleva a los estudiantes de los programas mencionados, a comprender la
importancia en la produccin de ATP para el diseo de balances energticos,
procesos tecnolgicos y el surgimiento de nuevas tecnologas como el diseo
de frmacos.
Esta unidad es la base para que los estudiantes en formacin profesional
relacionen el destino de los nutrientes suministrados en la dieta animal y
vegetal en la formacin de nuevos bloques de protenas, carbohidratos y
lpidos, as como tambin las alteraciones que sufren conllevando a la
alteracin del metabolismo y enfermedad del organismo.
contexto real de sus profesiones. Para el rea de alimentos, la relacin con
las rutas catablicas est en la produccin de nuevas lneas e innovacin de
productos fermentados. Para el rea de los zootecnistas y tecnlogos en
produccin animal, es importante que analicen e destino que sufren los
nutrientes que les suministran a los animales con propsitos de aumentar la
produccin de carne y derivado. Para los profesionales de las reas de ciencias
agrarias, el saber los conceptos del metabolismo conlleva a comprender an
ms la fisiologa vegetal. Los regentes de farmacia podrn comprender el
mecanismo y espectro de accin de los medicamentos y como pueden aliviar
el malestar activando o inhibiendo la ruta involucrada.
118

JUSTIFICACION
biolgicas.
metabolismo; temticas de mucho inters e importancia en el perfil profesional
de los estudiantes de ingeniera de alimentos, agroforestal, agronmica,
zootecnia, produccin animal y regentes de farmacia.
reacciones qumicas catablicas y el aporte energtico provenientes de la
oxidacin de la biomolculas, la biosntesis y el consumo de energa, temas
de alta complejidad que requieren de dedicacin, empeo y estudio por parte
del estudiante.
119

OBJETIVOS
CAPITULO 7: METABOLISMO DE GLUCIDOS
-
Describir la secuencia de transformaciones que sufren los carbohidratos

en cada una de las vas degradativas, identificando las clases de
enzimas que intervienen.
Ilustrar en las diferentes vas los principios generales que las rigen.
Identificar en cada va su localizacin celular, los metabolitos iniciales y
finales, los compuestos intermediarios ms importantes, el tipo de
transformacin sucedida y las enzimas que participan.
Establecer para cada va los balances de sustrato carbonado, coenzimas
y energa en forma de ATP.
Explicar las diferentes vas por las cuales se realiza la biosntesis de
carbohidratos.
Ilustrar los principios organizativos de la biosntesis.
Identificar en cada va su localizacin celular, metabolitos iniciales y
finales, metabolitos intermedios ms importantes y las coenzimas que
participan.
Realizar para cada va los balances de compuestos carbonados,
coenzimas y energa (como ATP).
Aplicar los conceptos de bioenergtica para explicar la ocurrencia o no
de algunas reacciones metablicas.
Establecer las analogas y diferencias entre las vas degradativas y
biosinteticas de monosacridos.
CAPITULO 8: METABOLISMO DE LIPIDOS

-
Ilustrar cmo se realiza la degradacin de los triglicridos, fosfoglicridos

y esteroides.
Explicar las vas biosinteticas generales de las diferentes clases de
lpidos.
Identificar en cada una de las vas metablicas su localizacin celular,
metabolitos iniciales, metabolitos intermedios comunes a otras vas,
metabolitos finales y las coenzimas que intervienen.
Establecer los balances de compuestos carbonados, coenzimas y ATP,
cuando sea el caso, producidos en el catabolismo y anabolismo de los
diferentes tipos de lpidos estudiados.
Comparar la biosntesis con la degradacin de los cidos grasos.
120

CAPITULO 9: METABOLISMO DE AMINOACIDOS

-
Analizar las principales vas generales del catabolismo de los esqueletos

carbonados, grupos -NH2 y -COOH de los aminocidos.
Describir las diferentes formas como se elimina el NH4, enfatizando el
mecanismo empleado por los vertebrados terrestres.
Ilustrar las diferencias de capacidad biosinteticas de aminocidos que
presentan los diversos organismos.
Ilustrar cmo se realiza la biosntesis de algunos aminocidos.
Demostrar la forma como opera en la biosntesis de aminocidos el
mecanismo de control de retroinhibicin.
121

CAPITULO 7: METABOLISMO DE GLUCIDOS

CAPITULO 8: METABOLISMO DE LIPIDOS
CAPITULO 9: METABOLISMO DE AMINOACIDOS
122

CAPITULO 7: METABOLISMO DE CARBOHIDRATOS12

Estimado Estudiante: antes de comenzar con el tema. Se recomienda que repase
los conceptos generales de carbohidratos visto en sus cursos de: qumica general
y qumica orgnica.
Para ello consulta el material visual que est en la pgina principal del curso
Generalidades sobre carbohidratos
O consulta el siguiente link:
http://biomodel.uah.es/model3j/redir.htm?monosac.htm
Leccin 31: Catabolismo de carbohidratos
Para el inicio del estudio del catabolismo de carbohidratos, el estudiante debe
activar sus conocimientos metacognitivos previos de sus cursos anteriores
como la qumica general y la qumica orgnica en cuanto a los conceptos
generales de los carbohidratos (estructura, propiedades qumica y clasificacin)
ya que estos conceptos como tales no hacen parte del curso de bioqumica.
Para ayudar al estudiante en esta parte, el curso cuenta con una herramienta
virtual donde se ilustra los conceptos previos, titulado Generalidades de
carbohidratos
El captulo comienza con la el estudio de una de las rutas catablicas ms
importantes en la degradacin de los azcares que se consumen en la dieta, la
gluclisis o gliclisis. El estudiante encuentra las reacciones y la ubicacin
celular de esta ruta y el destino de sus metabolitos finales segn el organismo
(aerobio y anaerobio). Si el organismo es aerobio, el captulo analiza la
siguiente ruta catablica para continuar con esa degradacin, se habla de la
ruta que ocurre en organismo eucariotes aerobios, especficamente en las
mitocondrias, llamada ciclo de krebs o ciclo de los cidos tricarboxlicos. Este
ciclo es de vital importancia para comprender y calcular la produccin de ATP
y mantener el equilibrio del metabolismo basal.
Tanto la glicolisis como el ciclo de krebs se caracterizan por ayudar a la
produccin del ATP y para ello, el estudiante entra a comprender que de
acuerdo a la reaccin, coenzimas y enzimas de los mecanismo qumicos de
estas rutas, la clula puede formar ATP a partir de dos mecanismos: a travs
de sustratos, empleando kinasas especficas y a travs de una cadena
transportadora de electrones ubicada en la parte externa, media e interna de la
mitocondria; siendo este ltimo mecanismo el mayor generador de ATP, este
proceso se conoce como fosforilizacin oxidativa (FO), el cual utiliza
coenzimas especificas como NAD, FAD y Coenzima.
12
123

En este capitulo tambin se analiza las reacciones de biosntesis de

carbohidratos, su ubicacin celular e importancia en la construccin de tejidos
y rganos y la reacciones de Fotosintsis para organismos vegetales.
31.1 Gluclisis
Este tema se iniciar con la llamada va glicoltlca porque a ms de ser la
primera va degradativa por la que pasan los carbohidratos es una de las ms
adecuadas para ser usada como un ejemplo de va metablica ya que se
conocen con bastante detalle las diversas reacciones que en ella ocurren, as
como las enzimas que la catalizan, las transformaciones de energa
involucradas y, por si fuera poco, es una de las vas metablicas que ms
aplicaciones industriales tiene. De hecho las investigaciones pioneras sobre la
gliclisis realizadas por Pasteur, Tauber y otros, se hicieron por su inters en
comprender como se realizaba la fermentacin alcohlica.
La gliclisis se realiza en el citoplasma celular y las enzimas que intervienen se
pueden aislar con relativa facilidad por no estar asociadas a ninguna partcula
subcelular; esto ha facilitado muchsimo el anlisis individual de las diferentes
reacciones como veremos ms adelante. En esta va se realiza una oxidacin
anaerobia de carbohidratos (almidn, glicgeno, glucosa, fructosa, etc)
apareciendo como productos finales alguno de los siguientes compuestos:
cido lctico: tejidos animales (msculo especialmente).

Etanol y CO2: levaduras.
Etanol o cido pirvico: plantas y animales dependiendo de las
condiciones.
El confinamiento de esta va en el citoplasma es posible porque todos los

metabolitos intermedios son del tipo ester-fosfato, lo cual impide su paso a
travs de la membrana celular y por tanto no pueden difundirse al exterior de la
clula.
En la gliclisis, como veremos luego, se ilustra muy bien un principio general
del metabolismo que consiste en que las oxidaciones (aerobias o anaerobias)
estn acopladas a la formacin de ATP; esto sucede porque generalmente el
compuesto oxidado que se forma tiene un grupo fosfato
con un potencial
de transferencia de grupo elevado y cede este

sobre el ADP para dar lugar
al ATP.
La gliclisis es una de las vas ms universales que existen pues tiene lugar en
organismos aerobios, anaerobios y facultativos; de hecho, por razones que
sern claras ms adelante, es la va que permite a los organismos anaerobios
obtener la energa que requieren para sus procesos metablicos. En los otros
tipos de organismos es la primera etapa obligada de una secuencia de vas
para la degradacin de los carbohidratos y de all su importancia.
124

Los carbohidratos que alimentan la va pueden ser:
Polisacridos como el almidn, que por accin de las - y - amilasas

produce maltosa o glucosa, o el glicgeno que en el msculo es degradado
por accin de la fostorilasa a (que es una glicosiltransferasa) a Glc-1-P.
Disacridos que frecuentemente son:
- Sacarosa, que por una hidrolasa (invertasa) produce GIc y Frc.
- Maltosa, que con la maltasa se hidroliza a Glc.
- Lactosa, que por la lactasa (una hidrolasa) produce Gal y Glc.
Hexosas que generalmente son Glc, Gal, Frc.
La figura 42 ilustra las reacciones que desembocan en la produccin de los

monosacridos.
La va glicoltica se esquematiza en la figura 43 donde se indican las clases de
enzimas que catalizan cada reaccin usando la nomenclatura ms general; es
conveniente tener presente que cada enzima es caracterstica de una reaccin
dada y as, por ejemplo, la isomerasa de la reaccin 3 es diferente de la
isomerasa de la reaccin 4 y de la isomerasa de la reaccin 6 y as
sucesivamente. Hemos adoptado este enfoque general para evitar el uso de los
nombres de cada enzima que consideramos innecesario para los propsitos de
este curso.
Analizaremos en primer lugar las transformaciones qumicas que sufren los
monosacridos que nutren la va, haciendo nfasis en los metabolitos
intermedios que sirven como puntos de conexin con otras vas. Luego
analizaremos la va desde el punto de vista energtico y por ltimo
resaltaremos la importancia que tiene en diversos organismos.
Figura 42: Carbohidratos proveedores de las hexosas que nutren la gliclisis

125

Vemos en la figura 39 que la Gal, GIc y Frc (ver la lista de abreviaturas) sufren
cada una fosforilacin por distintas kinasas (reacciones 2, 5 y 7) que resultan
en los respectivos derivados esterfosfato; la Gal-1-P es transformada a Glc-1P (que a su vez puede provenir de la degradacin del glicgeno por fosforilasa
a) y por reacciones de isomeracin (4 y 6) estos monosacridos convergen a
Frc -6- P.
Esta molcula sufre una segunda fosforilacin (reaccin 8) para dar el diesterfosfato Frc-1, 6-DiP; de todas las reacciones de la va, sta es la que se realiza
ms lentamente y por ello es el paso limitante en la gliclisis, es decir de la
velocidad con que se suceda, depende la velocidad global de la va.
La prxima reaccin (9) es muy interesante pues a partir de una molcula de
hexosa se obtienen dos triosas que adems de ser fcilmente interconvertibles
(10) sirven como puntos de enlace de la gliclisis con otras vas.
Dependiendo de las necesidades metablicas de la clula la 3-P-DHA puede
ser usada para la sntesis de lpidos o puede ser isomerizada (10) a 3-P-Gal si
la clula requiere la produccin de energa, en este caso prosigue la gliclisis
con 2 molculas de 3-P-Gal y tendremos que hasta aqu se han producido 2
triosas a partir de una hexosa.
126

Figura 43: Esquema de la va glicoltica

127

La reaccin de ruptura podemos tambin representarla as:
En la siguiente reaccin (11) se tiene que, paralelamente con la oxidacin del

aldehdo al cido, se produce un compuesto con alto PTG ilustrando as uno de
los principios generales a que ya nos referimos; la oxidacin se cataliza por una
deshidrogenasa que emplea como coenzima la nicotinamidaadenindinucletldo
(NAD).
Esta molcula incluye en su estructura la nicotinamida que es una vitamina del
grupo B cuya deficiencia tiene mltiples efectos incluyendo la pelagra; el NAD
es una de las coenzimas de las deshidrogenasas y participa reversiblemente
en muchas reacciones de xido-reduccin de acuerdo con lo indicado en la
figura 44.
En la reaccin (11) Ared corresponde a 3-P-Gal y Aox a 1,3 -DiP-Gato. En la
figura 44 se aprecia que en su forma oxidada el NAD tiene una carga positiva y
cuando se reduce acepta slo un hidrgeno, liberndose al medio el otro
hidrgeno como H+; la parte de la molcula que acepta el H+ es la nicotinamida
y el resto queda inalterado.
El compuesto rico en energa (1,3-DiP-Gato) cede, gracias a una kinasa, un
grupo fosfato (el ms lbil) sobre el ADP formando ATP y 3-P-Gato (reaccin
12), ste se isomeriza a 2-P-Gato (13) quien por accin de la enolasa sufre una
xido reduccin interna al perder H20 y dar PEP; nuevamente ac se puede
demostrar cmo una oxidacin se acompaa de la produccin de un metabolito
con PTG elevado. El PEP cede su P al ADP por accin de una kinasa y se
transforma en enolpiruvato (15) que se isomeriza (16) a piruvato.
128

Figura 44: Papel del NAD en las reacciones de xido-reduccin

Hasta aqu la va glicoltica sucede en igual forma para todos los organismos y
dependiendo de si tenemos condiciones anaerobias o aerobias el piruvato se
transforma de diferente manera. Por ejemplo, si la gliclisis se est realizando
en el msculo, donde predominan condiciones de O2 bajas el piruvato se
reduce (por una deshidrogenasa) a lactato (17) o si se est realizando en
levaduras, hay una decarboxilacin (19) y posterior reduccin a Etanol (20);
tenemos entonces una fermentacin alcohlica. En los microorganismos
anaerobios el piruvato es transformado en diversos productos de fermentacin
que terminan en metano y otros gases.
En organismos aerobios el piruvato se usa como producto inicial en otra va
degradativa que se conoce como el ciclo de Krebs o de los cidos
tricarboxlicos, que estudiaremos posteriormente.
Si hacemos un balance de compuestos carbonados tenemos entonces que a
partir de una hexosa (Glc, Gal, Frc) se producen dos molculas de piruvato,
habiendo ocurrido una oxidacin (sin intervencin del O2, o sea anaerobia).
Desde el punto de vista de un balance de coenzimas se han producido 2 NADH
+ 2H+ por dos piruvato (o sea por hexosa) que luego son consumidas en la
transformacin del piruvato a lactato o a etanol.
El balance energtico de la gliclisis nos muestra que si una hexosa es la
materia prima se consumen 2 ATP (reacciones 2 y 8 reacciones 5 y 8
reacciones 7 y 8) y se producen 4 ATP (12 y 15) por 2 piruvatos producidos; la
ganancia neta es de 2 ATP por hexosa oxidada.
Si consideramos la reaccin: Glucosa 2 lactatos
Lo que no permite un balance cero de NAD+ y no altera el balance neto de
ATP, tenemos que su G = -47 kcal/mol.
La reaccin en la clula sera (para condiciones estndar):
129

Glucosa + 2 ADP + 2 Pi 2 lactatos + 2 ATP + 2H2O,

con un G = -32,4 kcal /mol
La diferencia de G es entonces de -14,6 kcal/mol que corresponde a la
energa acumulada en los 2ATP (7,3 kcal/mol x 2) y en consecuencia la
eficiencia energtica de la gliclisis es de un 31% (14,6 x 100/47); vale la pena
anotar cmo esta eficiencia es muy superior a la del rendimiento energtico de
cualquier motor mecnico.
En algunas clulas, como el eritrocito, debido a las concentraciones
intracelulares de los diversos metabolitos de la gliclisis la eficiencia puede
subir hasta un 53% y por eso estas clulas pueden derivar nicamente de la
gliclisis toda la energa que requieren para su metabolismo.
Si la materia prima es el glicgeno (caso del msculo y del hgado) un examen
de la figura 39 nos muestra que el balance neto es de +3ATP lo que significa
una eficiencia superior al 31%.
De lo anterior podemos deducir la enorme importancia que reviste la gliclisis
como proceso que permite obtener energa en forma anaerobia para todos
aquellos microorganismos anaerobios y como proceso inicial de oxidacin en
los organismos aerobios; una discusin detallada del papel de la gliclisis en la
contraccin muscular la encuentra en la lectura recomendada No. 1.
Las reacciones de la gliclisis adems de estar en la base de procesos
industriales como las fermentaciones alcohlica, lctica, actica, de produccin
de glicerol, etc., proveen tambin la explicacin de algunos mtodos usados
para el control de la proliferacin de microorganismos como son la clorinacin
del H2O (ya que el Cl2 inhibe las enzimas que catalizan los pasos iniciales de la
gliclisis), la adicin de ion F- (que inhibe la enolasa, reaccin 14) o la adicin
de agentes acomplejantes de metales (ya que las enzimas que catalizan las
reacciones 14,15, 9 requieren metales para ser activas).
Seor estudiante: acabamos de analizar una de las rutas ms importantes para los
organismo aerobio y anaerobios.
De seguro muchos de Ustedes se estarn preguntando la aplicacin de esta ruta en
si vida profesional.
Sera muy interesante empezar un anlisis en el Wiki del curso sobre:
Obtencin de productos alimentarios a partir de la: fermentacin.
Importancia de la ruta glicoltica en la nutricin animal en monogastricos y
poligstricos
Empleo de esta ruta en la agricultura y medio ambiente.
Empleo de esta ruta en el rea de farmacia
130

EN LA PAGINA PRINCIPAL DEL CURSO HAY UN VIDEO QUE REALIZARON

ESTUDIANTES DE BIOQUIMICA EN EL 2008 DE INGENIERIA DE ALIMENTOS, ALLI SE
OBSERVA LA IMPORTNCIA DE COMPRENDER EL DESARROLLO DE ESTA RUTA
METABOLICA.
31.2 Ciclo de Krebs
Esta va tambin recibe el nombre ciclo de los cidos tricarboxlicos porque en
ella aparecen algunos cidos de este tipo; la secuencia de reacciones que la
integran fue propuesta por el bioqumico austriaco Hans Krebs quien recibi el
premio Nobel en 1953. Su propuesta original coincide bsicamente con el ciclo
tal como lo conocemos hoy y estaba fundamentada en una gran cantidad de
evidencia experimental.
La va se realiza en la cara interna de las membranas mitocondriales de los
eucariotes y en la membrana celular de los procariotes donde se encuentran
las enzimas y coenzimas participantes; esto tiene varias consecuencias
importantes derivadas de la permeabilidad selectiva que poseen las
membranas.
El ciclo de Krebs tiene como funcin primordial oxidar completamente hasta
CO2 y H2O, el acetato (que se encuentra bajo una forma activada) que proviene
directa o indirectamente del catabolismo de carbohidratos, lpidos o protenas;
esto, aunado al hecho que muchos de los metabolitos intermedios del ciclo se
usan como precursores en varias rutas biosinteticas, pone de relieve la gran
importancia del ciclo de Krebs y su posicin central en el metabolismo celular.
Este punto se ir haciendo evidente a medida que estudiemos las vas
metablicas.
En todos los organismos aerobios se ha demostrado la existencia de este ciclo
lo cual demuestra su universalidad y la importancia de conservar esta va a lo
largo de la evolucin. Comnmente se inicia la discusin del ciclo de Krebs a
partir del metabolito que conecta esta va con la gliclisis.
Veamos entonces que sucede con el piruvato obtenido como producto final de
la gliclisis en las clulas aerobias. Este piruvato, que se encuentra en el
citoplasma, es oxidado hasta una forma especial del acetato llamado acetilcoenzlma A o acetilCoA por medio de un sistema multienzimtico conocido
como el complejo de la piruvato deshidrogenasa. Esta reaccin de oxidacin es
un requisito para la entrada del esqueleto carbonado de los carbohidratos (a
travs del piruvato) en el ciclo de Krebs. El complejo de la piruvato
deshidrogenasa est constituido por varias deshidrogenasas y transferasas
acompaadas de sus respectivas coenzimas; nosotros nos limitaremos a
mencionar la secuencia en que actan estas coenzimas, lo cual se muestra en
la figura 45 donde se indican solo las partes funcionales de las enzimas.
Tenemos entonces:
131

Pirofosfato de tiamina (PTT) que corresponde a la vitamina B que asociada

a una deshidrogenasa provoca la decarboxilacin del piruvato en
(radical acetilo) que se une temporalmente al PTT.
Figura 45: Oxidacin del piruvato en acetato por accin del complejo de la piruvato
deshidrogenada
El cido lipoico, vitamina del complejo B asociada a una transferasa que

recibe el
del PTT, regenerado este ltimo.
132

La coenzima A, unida a una transferasa; la parte funcional de esta

coenzima es un grupo tiol (-SH) capaz de entrar a formar un enlace tioester
(rico en energa) con el acetilo ligado al lipoico dando lugar al acetil-CoA y
liberando el cido lipoico en su forma reducida. De aqu en adelante las
siguientes reacciones tienen por objeto reoxidar las coenzimas reducidas.
La flavinadenin-di nucletido (FAD) de cuya estructura hace parte la

riboflavina (vitamina B2). Esta es una coenzima de deshidrogenasas y
recibe los dos hidrgenos del lipoico regenerando la forma oxidada de ste
y quedando como FADH2.
El NAD+ que por intermedio de una deshidrogenasa reoxida al FADH2,

quedando como aceptor final de los electrones en forma de NADH + H+
La accin de este sistema multienzimtico la podemos resumir en la reaccin 1

de la figura 46. De esta manera se oxida el piruvato y el acetil-CoA queda
situado en la membrana interna mitocondrial donde est disponible para entrar
en el ciclo de Krebs.
La va se inicia (figura 46) con la condensacin de una molcula de oxalacetato
y una molcula de acetil-CoA (reaccin 2) catalizada por una sintetasa
formndose el citrato; este cido se isomeriza (3 y 4) hasta Isocitrato y luego se
oxida con una NAD+ deshidrogenasa (5) hasta oxalsuccinato siendo esta
reaccin el paso limitante. Si observamos la estructura del oxalsuccinato
apreciamos que es una -ceto cido con un carboxilo vecinal y por eso sufre
fcilmente una decarboxilacin (6); la -ceto glutarato resultante es
decarboxilado a su vez por un complejo multienzimtico muy similar al que
actu en la reaccin 1 y se produce la succinil-CoA (7).
Este compuesto tiene un enlace rico en energa (enlace tioester) y aqu
nuevamente podemos demostrar el principio de que una oxidacin est
acoplada a la formacin de un compuesto con alto PTG. Esta energa se
aprovecha para fosforilar el ADP a travs del par GDP-GTP (reaccin 8); esta
produccin de ATP es lo que se conoce como fosforilacin a nivel de sustrato y
en la gliclisis se presenta tambin cuando se pasa del 1,3-DiP-Gato a 3-PGato (reaccin 12, figura 39) o del PEP a piruvato (reaccin 15, figura 43).
El succinato producido se oxida a fumarato (9) por medio de una
deshidrogenasa que tiene como coenzima FAD; la estructura y la reaccin de
xido-reduccin en que participa se muestra en la figura 47.
Note que el FAD puede aceptar dos hidrgenos y no se liberan H+ al medio, a
diferencia de lo que ocurre con el NAD+.
El fumarato se hidrata para formar malato (reaccin 10) que se oxida a
oxalacetato con una NAD-deshidrogenasa. De esta manera se cierra el ciclo
regenerndose el oxalacetato consumido en la condensacin con el Acetil-CoA
(reaccin 2)
133

Figura 46: Esquema del ciclo de Krebs

En esta va encontramos un gran nmero de metabolitos que sirven como sitios

de enlace con otras vas y es ms breve enumerar aquellos que no cumplen
tan frecuentemente esta funcin; estos metabolitos son fundamentalmente los
cidos tricarboxlicos citrato y cis-aconitato cuyas conexiones directas con otras
rutas metablicas son escasas.
Tiene especial importancia el acetil-CoA pues all convergen productos del
catabolismo de carbohidratos (como hemos visto), de lpidos (en lo que
respecta al metabolismo, los cidos grasos) y de algunos aminocidos; el 134

cetoglutarato, fumarato, malato y oxalacetato son tambin compuestos que

conectan con vas degradativas o biosintticas de aminocidos y carbohidratos.
Figura 47: Estructura y modo de accin de la Flavinadenin dinucletido (FAD)

Al intentar hacer un balance de los compuestos que intervienen en esta va,

observamos que por su naturaleza cclica slo se requiere un aporte extremo
de acetil-CoA, de coenzimas de deshidrogenasas y de ADP, puesto que los
intermediarios del ciclo se regeneran continuamente.
En lo referente al carbono un examen de la figura 46 muestra que por cada
acetil-CoA que entra se producen 2CO2 o sea que podemos considerar que el
acetilo se ha oxidado hasta CO2 y H2O; esta oxidacin lleva aparejada la
produccin de 3 NADH + 3H+ y de 1 FADH2 que por existir en pequeas
cantidades al interior de la mitocondria y no poder difundir a travs de la
membrana (por la permeabilidad selectiva de sta), deben ser reoxidadas para
que el ciclo siga operando. Esta reoxidacin se efecta por medio de la
fosforilacin oxidativa que es una va ntimamente asociada, tanto temporal
como espacialmente, al ciclo de Krebs.
Con excepcin del NADH + H+ las coenzimas que participan en los sistemas
multienzimticos de las reacciones (1) y (7) se regeneran por las reacciones
indicadas en la figura 45.
135

Desde el punto de vista energtico, el ciclo de Krebs no es un gran productor

directo de ATP pues por acetato oxidado solo se obtiene un ATP (reaccin 8);
es en la fosforilacin oxidativa donde la reoxidacin del NADH + H+ y FADH2
producir buenas cantidades de ATP tal como veremos ms adelante.
Al igual que en la gliclisis es posible estudiar in vitro las diversas reacciones y
calcular sus G empleando las concentraciones determinadas in vitro; se
encuentra as que varias reacciones del ciclo (1,2,7,11) tienen G del orden
de -8 kcal/mol, es decir son muy exergnicas y su equilibrio est fuertemente
desplazado en la direccin que en la figura 46 corresponde al sentido del giro
de las manecillas del reloj; estos valores explican por qu las reacciones que
en principio son fcilmente reversibles (3, 4, 5), en la clula no ocurren en
direccin opuesta.
Es importante recordar que el ciclo de Krebs no es nicamente una va
degradativa sino que a partir de algunos de sus metabolitos, se pueden
sintetizar otras biomolculas. Si por alguna razn alguno de sus metabolitos
intermedios es consumido, es posible restaurar su concentracin inicial por
medio de las llamadas reacciones anaplerticas. Por ejemplo, si hay deficiencia
en oxalacetato la reaccin:
permite su sntesis a expensas del consumo de ATP y CO2 utilizando el

piruvato que es un metabolito fcilmente disponible. Puesto que el oxalacetato
se usa cclicamente se puede renovar con esta reaccin cualquiera de los
intermediarios que participan en el ciclo. El bloqueo de estas reacciones
anaplerticas puede conducir a la paralizacin del ciclo y por ende del
metabolismo.
La actividad del ciclo se puede controlar a travs de varios factores:
Niveles enzimticos. Las enzimas estn presentes en proporciones

constantes y muy seguramente hay un mecanismo de control gentico que
regula su biosntesis.
Niveles de substrato. Las concentraciones de los substratos son del orden
de 10-4M en hgado o en rin y de 10-5M en clulas procariticas (ej. E.
coli).
Niveles de coenzimas. Generalmente son cercanos a 10-4M -10-5M y su
disponibilidad es crtica para el funcionamiento de la va.
136

Accesibilidad o permeabilidad de la membrana. Es un resultado de las

propiedades de la membrana y tiene como efecto el que el NADH, FADH2
citoplasmticos no puedan penetrar a la mitocondria para ser reoxidadas. A
su vez el acetil - CoA intramitocondrial no difunde al exterior (o sea al
citoplasma).
Control respiratorio. Este factor resulta del acoplamiento respiracin
fosforilacin. El control se origina en el valor de la relacin ADP/ATP. Si el
ADP >> ATP, aumenta la respiracin (o sea el catabolismo de acetl-CoA y
la fosforilacin); si hay exceso de ATP se tiene el efecto inverso debido a la
inhibicin de la deshidrogenasa que acta en el paso limitante del ciclo, es
decir la oxidacin de isocitrato o oxalsuccinato (reaccin (5) en la figura 46).
Este mecanismo de control es una demostracin ms del principio de
mxima economa que se discuti previamente.
Leccin 32: Fosforilacin oxidativa y la va del glicerol fosfato

32.1 Fosforilacin oxidativa
Dada la asociacin entre esta va y el ciclo de Krebs, su localizacin es a nivel
de las crestas mitocondriales de los eucariotes y de las membranas celulares
de los procariotes; es obvio que tiene lugar slo en organismos aerobios
obligados o facultativos.
La funcin de la fosforilacin oxidativa es doble: por una parte reoxida las
coenzimas reducidas (NADH + H+, FADH2) producidas en el ciclo de Krebs,
transfiriendo los electrones por una serie de transportadores hasta que
finalmente son aceptados por el O2; por otra parte, sintetiza ATP aprovechando
las diferencias en potenciales de reduccin (E) que existen entre los
transportadores y la convertibilidad de estas diferencias de potencial en
energa.
Para facilitar la discusin consideremos primero el transporte de electrones y
luego la formacin del ATP que le est asociada, sin que por ello se quiera
significar que son procesos independientes o consecutivos.
32.1.1 Transporte de electrones
Las reacciones que tienen lugar en este transporte, son de xido-reduccin y
en consecuencia se puede determinar sus potenciales de reduccin estndar y
aplicarles la ley de Nernst. En la tabla 17 se muestran los principales
compuestos que intervienen en el transporte con sus valores de E.
Tabla 17: Potenciales de reduccin estndar de algunos metabolitos y transportadores de la
cadena de electrones
Forma Reducida
Piruvato + HSCoA
H2
Isocitrato
+
NADH + H
Malato
Forma Oxidada
Acetl-CoA
+
2H
-cetoglutarato
+
NAD
Oxalacetato
E (Volts)
-0,48
-0,41
-0,38
-0,32
-0,18
137

FADH2
Succinato
+2
Citocromo b (Fe )
+2
Citrocromo c1 (Fe )
+2
Citocromo c (Fe )
+2
Citocromo a (Fe )
+2
Citocromo a3 (Fe )
H 2O
FAD
Fumarato
+3
Citrocromo b (Fe )
+3
Citocromo c1 (Fe )
+3
Citocromo c (Fe )
+3
Citocromo a (Fe )
+3
Citocromo a3 (Fe )
O2
-0,05
+0.03
+0,07
+0,23
+0,25
+0,29
+0,55
+0,82
Los transportadores de e- ms estudiados son de tres tipos:
NAD+ - Deshidrogenasas y NADP+ - Deshidrogenasas

Flavin -deshidrogenasas
Citocromos
Las deshidrogenasas del primer tipo poseen NAD+ (cuya estructura y modo de
accin ya fue discutido) o NADP+ como coenzimas. Esta ltima es muy similar
estructural y funcionalmente al NAD+ ya que solo difiere en que posee un grupo
fosfato adicional que esterifica el OH -2 en la ribosa de la adenosina. La
diferencia ms importante reside en que las NAD+ - deshidrogenasas actan
preferencialmente en reacciones degradativas y las NADP+ - deshidrogenasas
catalizan reacciones redox biosintticas.
Las deshidrogenasas del segundo tipo emplean FAD y FMN (flavinmononucletido) como enzimas. El FMN es un nucletido en que interviene la flavina
como base nitrogenada, con el mismo mecanismo aceptor de H+ que el FAD. Si
est interesado en la estructura del FMN consulte alguna de las referencias
generales.
El tercer tipo de transportadores est constituido por la familia de los
citocromos. Estas protenas globulares adems de su cadena polipeptdica
poseen un grupo heme cuya estructura es muy similar al heme de la
hemoglobina ya que solo cambian algunos de los sustituyentes sobre el ncleo
porfirnico; la diferencia fundamental estriba en la funcin de este grupo en los
citocromos ya que en ellos el tomo de hierro interviene en el transporte de
electrones (e-) pasando de Fe+3 (forma oxidada) a Fe+2 (-forma reducida) y
viceversa. En los citocromos los sitios de coordinacin 5 y 6 del Fe estn
ocupados por residuos de AA y por tanto no estn disponibles para unirse con
O2, CN- o CO. La tabla 18 muestra las principales caractersticas de los
citocromos que participan en el transporte de electrones en la fosforilacin
oxidativa.
138

Tabla 18: Algunas propiedades fisicoqumicas de los citocromos de la fosforilacin oxidativa
Protena
Citocromo b
Citocromo c
Citocromo c
Citocromo a
Citocromo a3
Peso
Molecular
(Daltons)
30.000
370.000
12.500
240.000**
E (Volts)
+ 0,07
+0,23
+0,25
+0,29
+0,55
563
554
550
600
603
Bandas de Absorcin (nm)
532
429
524
418
521
415
439 (Cu presente)
443 (Cu presente)
* Bandas de absorcin de la forma reducida

** Complejo a +a3
Estas protenas, con excepcin del citocromo c, estn fuertemente asociadas a

la membrana mitocondrial lo cual ha dificultado su purificacin y caracterizacin
detallada. Sin embargo se conoce su composicin en AA y los estudios
comparativos de secuencia hechos con el citocromo c han permitido establecer
cmo ha evolucionado esta protena en los diversos organismos aerobios.
La estrategia seguida para establecer los componentes y su orden, en la
cadena de transporte de electrones es un buen ejemplo de cmo la evidencia
experimental de diferente naturaleza puede integrarse para construir un modelo
de una va metablica. En el caso presente se tuvieron en cuenta los siguientes
hechos:
Es factible aislar de las mitocondrias complejos de algunos de los

transportadores ej: NAD - deshidrogenasa asociada con citocromo b,
coenzima Q y protenas Fe-S o citocromo c asociado a citocromo c1. Esto
significa que hay una organizacin de estos componentes en la membrana.
El orden en que se coloquen los transportadores debe considerar los
valores de E y se ir del ms negativo hasta el ms positivo o sea hasta el
O2 como aceptor final de los e-.
El transporte de e- puede ser bloqueado selectivamente en varios puntos
gracias a la existencia de inhibidores de este transporte; los ms estudiados
son la rotenona, el amital, la antimicina A y el in CN-. Estos inhibidores
provocan la acumulacin de las formas reducidas de los transportadores
que estn localizados antes del sitio de accin del inhibidor; los
transportadores posteriores estn en su forma oxidada y estas dos formas
se pueden distinguir espectroscpicamente. Los estudios con inhibidores
del transporte de e- han sido particularmente tiles para establecer el orden
de aquellos transportadores para los cuales no se conoce su valor de E.
Adems de los transportadores ya discutidos, se han aislado:

Coenzima Q (o ubiquinona). Es una benzoquinona con 8-10 radicales
isopreno (n = 8, n = 10) que acta en reacciones redox de la siguiente
forma:
139

Protenas Fe-S. Estas protenas se caracterizan por poseer tomos de Fe

unidos a S lbil, que no corresponde al S del Meto o CySH. Intervienen en
reacciones redox a travs del Fe que pasa de Fe+2 a Fe+3 o viceversa.
Considerando el conjunto de la evidencia experimental se ha propuesto que la
cadena de transporte de electrones se realiza segn el esquema de la figura
44.
En este esquema observamos que el donador inicial de 2e- y 2H+, es un
sustrato (metabolito) que al oxidarse cede sus e- sobre el NAD+ (caso del
piruvato Acetil-CoA + CO2, del isocitrato oxalsuccinato, del cetoglutarato succinil-CoA + CO2 o del malato oxalacetato; reacciones
del ciclo de Krebs, ver figura 46, que pasa a NADH + H+ que al cederlos 2e- y
2H+ sobre el FMN se reoxida, formndose FMNH2. Esta coenzima cede los 2esobre las protenas Fe-S que se reducen y los 2H+ salen de la mitocondria; esta
reaccin redox permite regenerar el FMN (o FAD segn el caso) y constituye
un segundo sitio de entrada de e- a la cadena en el caso en que el metabolito
al oxidarse produzca FADH2 (o FMNH2) como sucede en el paso de succinato
a fumarato en el ciclo de Krebs. Vemos que as son reoxidados el NADH + H+ y
el FADH2 producidos en Krebs; las reacciones siguientes en la cadena de
transporte de electrones tienen como objeto canalizar los electrones a travs
de una serie de transportadores (coenzima Q, citocromo b, citocromo c1, etc)
hasta llevarlas finalmente sobre el O2 y producir H2O.
En la figura 48 se indican tambin los sitios donde actan los inhibidores del
transporte de electrones; por ejemplo el CN- impide la transferencia de e- del
complejo citocromo a + a3 al oxgeno molecular, provocando un bloqueo de la
cadena respiratoria y en consecuencia impidiendo la reoxidacin del NADH +
H+ y FADH2 con lo cual se paralizan las vas metablicas (comenzando por el
ciclo de Krebs).
140

En los procariotes (donde no existen las mitocondrias) el transporte de

electrones se realiza en la membrana celular por un mecanismo similar y algo
ms sencillo como se indica en la figura 49. Aqu la coenzima Q pasa
directamente de la forma Q a QH2 y la salida de los H+ es hacia el medio
circundante de la clula.
Una discusin detallada de los esquemas de transporte de electrones se
encuentra en la lectura recomendada No.3.
32.1.2 Fosforilacin - Sntesis de ATP
Como ya dijimos la fosforilacin del ADP esta ntimamente asociada al
transporte de electrones. Empleando la ecuacin: G = - nFE
Donde n = 2 electrones, F (expresado en faradays) cuyo equivalente energtico
es igual a 23062 caloras podemos calcular la energa tericamente disponible
que tenemos en la cadena cuyos E van de -0.32 a +0.82 volts.
Entonces: G = -2 x 23062 x (0.82 - (-0.32)) = -52.7 kcal, lo que significa que
se tiene, en principio, energa suficiente para sintetizar varios ATP ya que la
formacin de un ATP cuesta 7300 cal /mol.
Usando la misma frmula podemos calcular cual sera la E mnima para
sintetizar un ATP:
-7300 = -2 x 23062 E
E = 0.22 volts
O sea que en aquellos sitios donde la diferencia en los potenciales de
reduccin estndar de dos transportadores sea igual o mayor que este valor
podemos tener energa suficiente para formar un ATP.
141

Figura 48: Fosforilacin oxidativa en mitocondrias

142

Figura 49: Fosforilacin oxidativa en procariotes

El estudio experimental de la fosforilacin oxidativa in vivo ha permitido

establecer como puntos fundamentales:
La relacin P : O (incorporacin de Pi como fsforo orgnico, o sea ATP/mol

O2 consumido) es de 3 si se parte de la oxidacin piruvato Acetil-CoA +
CO2 o de Isocitrato -ceto glutarato + CO2; cuando se oxida succinato
fumarato, P : O = 2.
Existen sustancias como el 2,4-dinitrofenol o la valinomicina que permiten el

transporte de electrones hasta el oxgeno pero sin que se forme ATP, es
decir desacoplan la oxidacin de la fosforilacin. Estas sustancias no tienen
143

ningn efecto sobre las fosforilaciones a nivel de sustrato que ocurren por
ejemplo en la gliclisis o en el ciclo de Krebs, porque all la produccin de
ATP no est ligada al transporte de electrones en una cadena.
Hay una salida de H+ (6H+ en mitocondrias y 4H+ en clulas procariticas)

como consecuencia del transporte de e- (ver figuras 48 y 49). Esto genera
un gradiente de potencial a travs de la membrana, que es impermeable a
la difusin simple de H+. La entrada de estos H+ est asociada a la
formacin de ATP.
En la membrana existe una ATP asa (o sistema F1 - F0) que dadas las
condiciones apropiadas, es capaz de sintetizar ATP a partir de ADP y Pi.
Reuniendo toda la evidencia experimental disponible y con las consideraciones

termodinmicas iniciales, Mitchell ha propuesto la llamada teora quimioosmtica para explicar la sntesis del ATP en la fosforilacin oxidativa y
tambin en la fotosntesis1. (Una discusin detallada la encuentra en la lectura
recomendada No. 3) En las figuras 48 y 49 se indican los sitios de la cadena
que cumplen las condiciones para la sntesis del ATP.
Si hacemos un balance global de materiales de la fosforilacin oxidativa vemos
que:
Se reoxidan las coenzimas NADH + H+ y FADH2 producidas en el ciclo de

Krebs.
Se consume media molcula de 02 por par de electrones transportados.
Por cada par de electrones transportados desde el NADH + H+, se producen

3 ATP.
Por cada par de electrones transferido a partir de FADH2 se sintetizan 2

ATP.
El rendimiento energtico de la va es de un 40% calculado as:

-
Componente exergnico dado por la reaccin:

NADH + H+ + O2 NAD+ + H2O,
G = -52.7 kcal/mol
Componente endergnico dado por la reaccin:

3ADP + 3Pi 3ATP +3H2O,
Rendimiento =
G = +21.9 kcal/mol
21.9 x 100
= 40%
52.7
Este rendimiento es mayor que los obtenidos en las vas ya discutidas.
144

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de_Krebs.swf
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RESPIRACION/animaciones/Krebs.swf
32.2 Va del glicerol fosfato
La segregacin existente entre el NAD+ / NADH + H+ citoplasmticos y
mitocondriales, debida a la impermeabilidad de la membrana mitocondrial para
la entrada de estas coenzimas, plantea la pregunta de cmo se efecta la
reoxidacin de las coenzimas presentes en el citoplasma.
La respuesta la constituye la va del glicerol-fosfato que mostramos en la figura
50 y que adems es una excelente ilustracin de la permeabilidad selectiva de
la membrana mitocondrial.
Figura 50: Esquema de la va del glicerol-fosfato

En la figura observamos que el NADH + H+ producido citoplasmticamente (por

ejemplo en la gliclisis) es reoxidado (por una deshidrogenasa, reaccin 1) al
reducir la 3-P-DHA (que es un metabolito fcilmente disponible en el
citoplasma) para dar glicerol 3- P ; este compuesto s puede atravesar la
membrana mitocondrial y al interior sufre una reoxidacin por accin de una
deshidrogenasa que emplea el FAD como coenzima (reaccin 2).
145

El resultado es la produccin de FADH2 que es reoxidado en la fosforilacin

oxidativa y de 3-P-DHA que difunde al exterior de la mitocondria donde es
reutilizado en la reoxidacin de una nueva molcula de NADH + H+. Vemos
entonces que la triosa es utilizada cclicamente y que la produccin de un
NADH + H+ citoplasmtico resulta en la aparicin de un FADH2 mitocondrial
que al ser reoxidado produce 2 ATP/mol FADH2.
Leccin 33: Balance global de la oxidacin de glucosa y va de las
pentosas fosfato
33.1 Balance global de la oxidacin de glucosa
Comparemos ahora los balances de sustrato carbonado y de ATP cuando la
glucosa es oxidada anaerbicamente o aerbicamente.
En la oxidacin anaerobia (gliclisis) la reaccin global ser:
Glucosa + 2NAD+ + 2ADP + 2Pi 2 piruvatos + 2ATP + 2NADH + 2H+
(citoplasmticos) (1)
Por tanto se producen 2 moles de piruvato y 2 ATP/mol glucosa oxidada.
En la oxidacin aerobia (gliclisis + ciclo de Krebs + fosforilacin oxidativa)
tendremos:
Citoplasma
(Gliclisis)
M
I
T
O
C
O
N
D
R
I
A
Glucosa + 2NAD+ + 2ADP + 2Pi 2 Piruvatos + 2ATP + 2NADH +

2H+ (1)
2 Piruvatos + 2NAD + 2HSCoA 2Acetil-CoA+2C02+ 2NADH +2H
(2)
2 Acetil-CoA + 2ADP + 2Pi + 6NAD + 2FAD 4CO2 + 2ATP +
6NADH
+
6H+
+
2FADH2
(3)
8NADH + 8H + 4FADH2 + 6O2 + 32ADP + 32Pi 8NAD + 4FAD +
6H2O
+
32ATP
(4)
En la oxidacin aerobia los 2 piruvatos son oxidados por el complejo

multienzimtico de la piruvato decarboxilasa (reaccin (2) y por su parte los 2
Acetil-CoA son completamente oxidados en Krebs (reaccin 3) hasta 4CO2 y
que con los 2CO2 de (2) nos dan los 6 carbonos de la glucosa.
Las coenzimas: 8NADH + 8H+ = 2 (de la reaccin 2) + 6 (de la reaccin 3); y
4FADH2 = 2 (de la reaccin 3) + 2 (que se producen por la va del glicerol 3-P
a partir de los 2NADH + 2H+ citoplasmticos) producen en la fosforilacin
oxidativa (F.O) (reaccin 4) 32 ATP porque:
En la fosforilacin oxidativa 1NAD + H+ 3 ATP
146

8 x 3 24 ATP
1FADH2 2ATP
4 x 2 8 ATP
La cantidad total de ATP producido en esta oxidacin aerobia de la glucosa
ser:
2ATP (reaccin 1) + 2ATP (reaccin 3) + 32ATP (reaccin 4) = 36 ATP
Es decir la energa recuperada ser: 36 x 7300/686.000 = 40%
El calor de combustin de la glucosa es 686.000 cal/mol y corresponde al
100% de la energa acumulada en un mol de glucosa; se observa que por mol
de glucosa la oxidacin aerobia produce 18 veces ms energa que la
anaerobia (36ATP vs 2ATP) lo que significa que, para obtener una cantidad
dada de energa, una clula facultativa consume 18 veces ms glucosa en
condiciones anaerobias que en condiciones aerobias y adems acumula lactato
en condiciones anaerobias.
Si se pasa a condiciones aerobias (es decir admite O2) baja el consumo de
glucosa y desaparece el lactato; esto es lo que se conoce como el efecto
Pasteur.
33.2 Va de las pentosas fosfatos
Esta va degradativa que ocurre en el citoplasma de todos los organismos,
constituye una alternativa muy interesante en el catabolismo de los
carbohidratos. Gracias a esta va la clula puede:
Producir NADPH + H+ en el citoplasma, lo cual es especialmente importante
en aquellos tejidos que realizan biosntesis que requieren esta coenzima por
ejemplo el hgado, tejido adiposo o corteza de glndulas suprarrenales
donde se sintetizan cidos grasos y esteroides. En este aspecto es la nica
va por la cual muchas clulas (excluyendo aquellas que realizan
fotosntesis) obtienen su NADPH + H+.
Obtener pentosas, en especial D-ribosa, que se requiere para biosintetizar
los nucletidos.
En la etapa oscura de la fotosntesis, generar metabolitos que sirven como
precursores de la glucosa.
Obtener una serie de monosacridos C4, C5 y C7 que emplea como
intermediarios para otras vas.
En forma global podemos considerar tres etapas en la va de las pentosas
fosfato:
Oxidacin de la glucosa -6-P (hexosa) hasta ribulosa -5- P (pentosa).

Interconversin reversible de las pentosas fosfato.
Transformacin de las pentosas fosfato en hexosas fosfato.
147

Las reacciones que suceden en esta va se muestran en la figura 51 donde

para una mejor comprensin del balance de C y de cmo ocurren las
reacciones, consideramos inicialmente 6 molculas de glucosa-6-P (Glc-6-P).
En esta figura empleamos la representacin grfica de los monosacridos
donde slo se indica la posicin de los grupos OH, sin tener en cuenta los
tomos de H unidos al carbono tetravalente. Esta hexosa proviene de una
fosforilacin de la glucosa o de la fosforilacin e isomerizacin de otras
hexosas como fructosa o galactosa (reacciones 2-7 de la figura 43).
Figura 51: Va de las pentosas fosfato

148

En la primera etapa de la va la Glc-6-P es oxidada en dos pasos por

deshidrogenasas que utilizan el NADP+ como coenzima (reacciones 1, 2, 3)
produciendo NADPH + H+ y 3-ceto-6-fosfogluconato que por ser un -ceto
cido se decarboxila por medio de una decarboxilasa, reaccin 4, produciendo
6 molculas de CO2 y 6 de una pentosa fosfato que corresponde a la ribulosa 5-P (una cetosa).
En esta primera etapa tiene lugar entonces la degradacin de las hexosas y las
reacciones de las etapas siguientes, adems de producir los monosacridos
intermediarios que alimentarn otras vas, servirn para regenerar parte de las
6 molculas de hexosa degradadas.
En la segunda etapa (reacciones 5 y 6) se interconvierten reversiblemente las
pentosas fosfato entre s; esta interconversin se realiza gracias a isomerasas
que permiten la fcil conversin de unas pentosas en otras.
Dependiendo de las necesidades globales de la clula se puede entonces
canalizar la produccin hacia una pentosa determinada; si por ejemplo la clula
va a iniciar una mitosis, se requerir una buena cantidad de nucletidos
disponibles para la sntesis de cidos nucleicos; a su vez ello implica que la
ribosa (o deoxirribosa), segn el caso, est disponible para la formacin de los
precursores (ATP, GTP, CTP, etc). En nuestro diagrama, para facilitar el
balance de C, consideramos que las seis molculas de ribulosa-5-P generan
dos de ribosa-5-P (reaccin 6) y cuatro de xilulosa-5-P. De estas 4 xilulosa-5-P,
dos molculas se combinarn con dos de ribosa-5-P (reaccin 7) y dejamos en
reserva las otras dos molculas de xilulosa-5-P.
La ltima etapa, que se inicia con la reaccin 7, posibilita la obtencin de una
serie de monosacridos (tetrosas y heptosas) que no hemos encontrado hasta
ahora ni como intermediarios ni como productos de las vas ya estudiadas.
Adems las reacciones que ocurren en esta etapa son las reacciones que en
sentido contrario constituyen parte de la etapa oscura de la fotosntesis; por ello
su conocimiento y comprensin en este momento nos facilitar el estudio de las
reacciones de la fotosntesis.
Esta etapa comienza con la transferencia de un fragmento de la xil -5-P
(indicado en el recuadro) sobre el carbono 1 de la Rib-5-P; esta reaccin est
catalizada por una transferasa (transcetolasa) que tiene como coenzima el
pirofosfato de tiamina (PTT) y es reversible; el paso del fragmento (2) sobre la
pentosa (C5) nos genera la seudoheptulosa (C7) y el fragmento residual (C3 =
C5 - C2) corresponde al 3-P- Gliceraldehdo (3-P-Gal).
En la prxima reaccin (8) tiene lugar una segunda transferencia que ahora es
un fragmento C3 (mostrado en el recuadro y se refiere a que el residuo tiene
tres carbonos unidos entre s) de la seudoheptulosa, sobre el C1 (carbono
149

nmero uno de la molcula) del 3-P-Gal; la transferasa que interviene aqu

(trans aldolasa) es diferente de la anterior.
Como resultado nos aparece una hexosa (C6 = C3 + C3) que corresponde a
Frc-6-P y una tetrosa (C4 = C7 - C3) que es la Eritrosa-4-P; ya que
consideramos anteriormente que esta etapa se inici con dos molculas de xil5-P y 2 de Rib-5-P, tendremos hasta aqu, 2 molculas de Frc-6-P y 2
molculas de Eritrosa-4-P.
Las dos Eritrosa-4-P se combinan ahora con las dos molculas de xil-5-P que
tenamos en reserva, gracias a una transcetolasa (similar a la de la reaccin 7)
y el fragmento C2 de la Xil-5-P (en el recuadro) va sobre el C1 de la tetrosa
formando una hexosa (C6 = C2 + C4); el resto es la triosa 3-P-Gal.
Como balance del sustrato carbonado en esta va tenemos entonces que a
partir de 6 hexosas se produjeron 6CO2 (reaccin 4) y se formaron 2 mol de 3P-Gal y 4 de Frc-6-P (reaccin 8 y 9). Dado que a partir de 2 molculas de 3-PGal se puede formar una molcula de Frc-6-P (reaccin inversa a la reaccin 9
b de gliclisis), tendremos 5 molculas de Frc-6-P que se pueden isomerizar a
5 molculas de Glc-6-P. En resumen, usando 6 mol de hexosa obtenemos por
oxidacin 6CO2 y recuperamos 5 mol de hexosa.
Una discusin detallada de las reacciones de esta va la encuentra en el
artculo de B. Axelrod1.
En lo referente al balance de coenzimas vemos que por 6 Glc-6-P que entran
en la va, se obtienen 12NADPH + 12H+ (reaccin 1 + 3) que podrn usarse en
biosntesis que impliquen reducciones y as regenerar el NADP+. En esta va no
hay produccin o consumo de ATP y por tanto no es un sistema por el cual la
clula puede obtener energa al degradar los monosacridos; su importancia
como ya vimos es otra.
No sobra anotar que en la clula tanto esta va como la gliclisis ocurren
simultneamente y la magnitud relativa de una de ellas respecto a la otra,
depende de las necesidades metablicas en un momento dado.
Leccin 34: Generalidades de la biosntesis de carbohidratos
En esta leccin se estudiar las dos vas biosintticas ms importantes de
carbohidratos que son la gluconeognesls (o biosntesis de glucosa) y la
fotosntesis.
En general todos los procesos biosintticos requieren del aporte de energa ya
que ella es necesaria para formar los enlaces qumicos del precursor o de la
biomolcula que se est formando; si adicionalmente el proceso incluye
reacciones de reduccin, la coenzima de la deshidrogenasa es casi siempre
NADPH + H+ que proviene o de la va de pentosas fosfato o de la fotosntesis
(en el caso de las plantas).
150

34.1 Principios organizativos

Las vas biosintticas o anablicas transcurren en la clula gracias a varios
principios organizativos entre las cuales podramos enumerar:
La secuencia de reacciones que constituyen la va biosinttca de una

biomolcula generalmente difiere en varios pasos de la va usada para su
degradacin. A pesar de que muchas enzimas pueden actuar en la una o en
la otra, siempre intervienen algunas enzimas propias de la va anablica
que no aparecen en la contra parte degradativa. Esta diferencia preserva la
integridad del metabolismo global pues as ste no depende de las
concentraciones relativas de los metabolitos que podran, si las vas fueran
completamente reversibles, influir en el sentido de las mismas.
Las vas anablicas estn controladas por enzimas reguladoras diferentes

de aquellas que actan en la va catablica correspondiente. Se establece
entonces una regulacin dinmica que opera de manera recproca, es decir
si se estimula el proceso biosinttico de una biomolcula se inhibe su
proceso degradativo o a la inversa.
Adems las enzimas reguladoras de biosntesis generalmente actan en las
etapas iniciales de la va, de manera que se evitan reacciones innecesarias
que conduzcan a intermediarios no utilizables o no requeridos por la clula
en ese momento. Tenemos aqu una nueva aplicacin del principio de la
mxima economa celular.
Las reacciones biosintticas son consumidoras de energa y estn

acopladas a la degradacin del ATP. Esta degradacin tiene lugar de tal
manera que el G de hidrlisis es mayor que el G requerido para la
biosntesis y por tanto la reaccin es esencialmente irreversible.
Generalmente elPATP se degrada a AMP y P
compuesto este
ltimo que se hidroliza, por accin de una pirofosfatasa en 2 Pi.
Dicho de otra manera por cada nuevo enlace que se forma, se rompen 2
enlaces ricos en energa.
Leccin 35: Gluconeognesis

Dada la importancia de la glucosa como sustancia que al ser oxidada produce
energa, la clula (o el organismo) tendr una enorme ventaja si puede
sintetizarla a partir de metabolitos que no sean carbohidratos. Esta va tiene
lugar parcialmente en el citoplasma y la mitocondria y en los animales es
especialmente importante en tejidos como el hgado y la corteza renal.
La figura 52 muestra las reacciones por las cuales sucede la gluconeognesis.
Observamos en ella que muchas reacciones ya las hemos encontrado en
sentido contrario en la gliclisis; especficamente nos referimos a las
reacciones 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12 y 14. (Ver figura 43).
La reaccin 5 se inicia con el PEP y la reaccin 11 y siguientes arranca con la
Frc -1,6-Di-P.
151

Veamos en primer trmino cmo es posible obtener PEP a partir de piruvato en

forma indirecta. La reaccin directa sera:
Tiene un G = +7,5 kcal por la cual es muy costosa energticamente y

termodinmicamente est prohibida; es por ello que en la gliclisis se realiza en
direccin contraria (reacciones 15 y 16. fig. 46).
La clula utiliza un rodeo para obtener este PEP. En la figura 48 vemos que el
piruvato (que proviene de distintas fuentes) entra a la mitocondria y all por
accin de una carboxilasa (reaccin 1) y ATP se genera oxalacetato. Este es
un ejemplo de una reaccin anaplertica estando regulada la enzima por acetilCoA que requiere para la reaccin. El paso posterior (2) permite obtener
malato que puede salir de la mitocondria y en el citoplasma es reoxidado a
oxalacetato (3); ahora acta una carboxikinasa que con GTP como donador de
P
nos da PEP (reaccin 4).
152

Figura 52: Secuencias de las reacciones de la Gluconeognesis

Si consideramos los cambios en energa libre tendramos lo siguiente:
153

Paso No.
1
Reaccin
Piruvato + CO2 + ATP carboxilas
Oxalacetato + ADP + Pi
a
Oxalacetato + NADH + H Deshidroge

Malato + NAD
nasa
Malato + NAD Deshidroge

Oxalacetato + NADH + H
nasa
Oxalacetato + GTP
PEP + GDP + CO2
Liasa
+
+
G kcal
-0.5
-6.7
+6.7
+0.7
Globalmente tendremos un G = +0.2 kcal = (-0.5 6.7 + 6.7 + 0.7) lo que

significa que la reaccin global (sumando 1 a 4):
Piruvato + ATP + GTP PEP + ADP + GDP + Pi
Esta reaccin es termodinmicamente posible; hay que anotar que aqu
tambin se ilustra el principio del gasto de dos enlaces ricos en energa por la
formacin de uno.
Esta formacin de PEP a partir de piruvato es un ejemplo del primer principio
enunciado al comienzo del captulo.
Las reacciones 5 a 10 son inversas a las de la gliclisis y por ellas se llega
hasta Frc1,6-Di P.
El paso de Frc-1,6-DiP a Frc-6-P (reaccin 1) constituye la segunda diferencia
con la gliclisis; si la reaccin fuese inversa a la de gliclisis se tendra:
Frc-1,6-DiP + ADP Frc-6-P + ATP, con un G = +3,4 kcal lo que la hace
irrealizable.
En la glucognesis acta una fosfatasa que hidroliza la fructosa-difosfato
produciendo Frc- 6-P y libera fsforo inorgnico (Pi) con un G = 4,0 kcal.
La actividad de esta enzima reguladora est controlada por la relacin
ATP/AMP siendo el ATP un modulador positivo (estimula la actividad) y el AMP
un modulador negativo.
La tercera reaccin diferente a la que ocurre en la gliclisis es la defosforilacin
de Glc-6-P a Glc (reaccin 13); aqu tambin acta una fosfatasa que cataliza
la reaccin:
Glc-6-P + H2O GIc + Pi,
que tiene un G = -3,3 kcal.
De esta manera se puede sintetizar GIc a partir de 2 piruvatos. La reaccin

global sera:
2 Piruvatos + 4ATP + 2GTP + 2NADH + 2H+ + 4H2O
Glucosa + 4ADP + 2GDP + 6 Pi +
+
2NAD
154

Luego por cada molcula de Glc formada se gastan 6 enlaces ricos en energa;
este alto costo implica que la gluconeognesis es irreversible y por tanto la
biosntesis de glucosa (gluconeognesis) y la degradacin de glucosa
(gliclisis) ocurren paralelamente y en forma coordinada. Esta va es, tal como
lo hemos sealado, una de las mejores ilustraciones de los principios
organizativos de la biosntesis y con la glucosa obtenida se puede sintetizar
glicgeno o almidn (reacciones 14 y 15) en condiciones controladas por
hormonas (insulina en el caso del glicgeno).
La va est alimentada por:
Intermediarios del ciclo Krebs puesto que cualquiera de ellas puede dar
lugar al malato (ver figura 46) quien al salir de la mitocondria se oxida a
oxalacetato (reaccin 3) y genera PEP.
Productos del catabolismo de cidos grasos. Como veremos ms adelante,

los cidos grasos son oxidados hasta acetil-CoA y en las plantas ste es
transformado en PEP por medio del ciclo del glioxilato ilustrado en la figura
53.
Acabamos de analizar la ruta biosinttica de la gluconeognesis, en la cual se

sintetiza glucosa y est es almacenada en forma de glucgeno en el hgado en el
msculo.
Una vez ms los invito a usar e l Wiki del curso virtual para profundizar en este
tema, ya que la importancia del glucgeno debe ser analizado desde:
- Importancia Biomdica del Glucgeno
-
Efectos de los ayunos prolongados sobre la reserva del glucgeno
Efectos del estrs y el ayuno prolongado sobre las reservas del glucgeno en
animales de sacrificio ( produccin de carnes DFD (oscuras, duras y secas).
155

Figura 53: Esquema del ciclo del glioxilato

Este ciclo que ocurre en los glioxisomas en las plantas se realiza por
algunas de las reacciones que ocurren en el ciclo de Krebs (1, 2, 3, 6, 7, 8 y
9) y adicionalmente con la intervencin de una liasa (reaccin 4) y una
sintetasa (reaccin 5). Como resultado neto dos molculas de acetil-CoA
sirven para sintetizar una de succinato que por las reacciones 7, 8 y 9
(iguales a las del ciclo de Krebs) forma oxalacetato que sirve como punto de
partida para la gluconeognesis (reaccin 10).
Esqueletos carbonados de aminocidos. Los aminocidos en su

catabolismo producen intermediarios del ciclo Krebs y pueden as servir
para sintetizar glucosa.
Gracias a esta diversidad de fuentes carbonadas que pueden proporcionar

precursores. la clula puede sintetizar glucosa fcilmente aunque a un alto
costo. Veremos ms adelante en este captulo como puede utilizarse esta
glucosa en la sntesis de diversos polisacridos.
Leccin 36: Fotosntesis y biosntesis de polisacridos

36.1 Fotosintsis
Esta va metablica posee una singular importancia no slo para aquellos
organismos que son capaces de llevarla a cabo sino tambin para la
156

realizacin de los ciclos del carbono y del oxgeno pues es el eslabn que
permite en la biosfera la conservacin de una atmsfera oxidante donde el 02
est en amplia disponibilidad.
La fotosntesis ocurre en una amplia gama de organismos tanto procariotes
como eucariotes, tal como lo muestra la tabla 19. En ella indicamos adems la
fuente de electrones que usa cada organismo de estos para efectuar la
reduccin del C02 y sintetizar as la glucosa.
Esta tabla nos muestra que un buen nmero de procariotes realiza fotosntesis
usando como donadores de electrones compuestos diferentes al H2O, por tal
razn la fotosntesis en estos organismos no libera O2 sino S, compuestos
orgnicos oxidados, etc.
Por esta razn la ecuacin general de la fotosntesis sera:
2H2D + CO2
CH2O + H2O + 2D
Luz
donde H2D es el donor de e- y D es su forma oxidada (O2, S, piruvato, acetona,
etc); esta situacin implica adems que en las plantas el O2 liberado proviene
del H2O y no del CO2, lo cual ha sido demostrado experimentalmente.
Tabla 19: Organismos fotosintticos
Organismo
Genero
P
R
O
C
A
R
I
O
T
E
E
U
C
A
R
I
O
T
E
Cianobacteriaceae
Chlorobiaceae
Chloroflexaceae
Chromatiaceae
Rhodospirillaceae
Algas verde azules

Sulfobacterias verdes
Bacterias
verdes
filamentosas
Sulfobacterias prpura
Bacterias prpura
Plantas superiores
Algas verdes, pardas, rojas
Plankton
Flagelados
Diatomceas
Dinoflagelados
Utilizacin
del O2
Aerobios
Anaerobios
estrictos
Aerobios
Anaerobios
estrictos
Aerobios
Fuente de electrones
Aerobios
Aerobios
Aerobios
Aerobios
Aerobios
H2O
H2O
H2O
H2O
H2O
H2O
2H2S, S2O3 , H2, S
H2S, compuestos orgnicos
2H2S, S2O3 , H2, S
Compuestos orgnicos
(ej: isopropanol, lactato)
La fotosntesis se sucede en los cloroplastos, partculas subcelulares, ms

grandes que las mitocondrias (1 - 10 m) que poseen una compleja estructura
con varias clases de membranas. La membrana externa, muy frgil, rodea un
sistema de membranas internas y de vesculas (o sacos) llamada tilacoides o
discos tilacoides. Estos tilacoides se apilan unos sobre otros formando los
grana y all se encuentran los pigmentos fotosintticos. Los discos tilacoides
157

estn conectadas entre s por filamentos membranosos llamados lamelas y

todo est suspendido en un lquido denominado estroma (para una discusin
ms detallada de la estructura del cloroplasto consulte la lectura recomendada
No. 1). La figura 54 muestra esquemticamente la estructura de un cloroplasto.
Figura 54: Esquema de un cloroplasto

En los cloroplastos se encuentran todas las substancias necesarias para la

fotosntesis, que podemos clasificar en dos grupos:
Componentes fotorreactivos.
Componentes no fotorreactivos.
Los primeros son pigmentos que por su estructura qumica son capaces de
absorber parte de la energa luminosa y pasar a un estado excitado o sea a un
nivel superior de energa. Los ms abundantes son las clorofilas, los
carotenoides y las ficobilinas; estos ltimos estn presentes slo en las algas
rojas y verde-azules; los otros dos son de ocurrencia general. La estructura
general de las clorofilas y de los carotenos se muestra en la figura 55.
158

Figura 55: Estructura de clorofilas y carotenos

La mxima eficiencia conjunta en la absorcin de la energa luminosa se

presenta en las regiones 400 - 500 nm y 600 - 700 nm (o sea en el espectro
visible) observndose que los carotenos actan como receptores
complementarios en la regin del espectro no cubierta por las clorofilas. En los
cloroplastos hay tambin pequeas cantidades de pigmentos llamados
fitocromos cuya absorcin es mxima a 680 nm (P 680) o a 700 nm (P700).
(Una discusin detallada del papel de las clorofilas la encuentra en el artculo
de Rabinowitch).
Dentro de los componentes fotorreactivos encontramos una gran variedad de
compuestos:
Lpidos: Glicolpidos y fosftidos.

Protenas: Citocromos (t, b3, b6); plastocianina (Cu+2), ferredoxinas,
flavoprotenas.
Enzimas.
Quinonas Benzoquinonas (plastoquinona) y Naftoquinonas.
Coenzimas NADP+, NAD+.
159

Los dos tipos de componentes poseen probablemente una organizacin

espacial en los grana de tal manera que hay una considerable complejidad
estructural y funcional que permite la ocurrencia de la fotosntesis que podemos
considerar que sucede en dos etapas: la etapa luminosa y la etapa oscura. Por
razones de conveniencia discutiremos cada una de ellas por separado, sin
olvidar que estn ntimamente relacionadas y son interdependientes.
6.1.1 Etapa Iuminosa
Esta etapa ha sido estudiada por mtodos espectroscpicos ya que ocurre muy
rpidamente (10-15 a 10-13 segundos); en ella se captura un cuanto de luz
propia por parle de los pigmentos fotorreactivos que pasan a un estado
excitado; de esta forma la energa luminosa se transforma en energa qumica.
Al excitarse, aumentan los potenciales de reduccin de las molculas y esto
ocasiona una transferencia de electrones por varios transportadores hasta que
finalmente los electrones son aceptados por el NADP+; asociadas a este
transporte de electrones ocurren varias fosforilaciones (fotofosforilacin) de
manera anloga a lo que sucede en la fosforilacin oxidativa.
En los organismos aerobios hay una fotlisis del H2O, liberndose O2 y
electrones que son quienes van a ser transferidos por la cadena de
transportadores.
En los anaerobios se oxida el donor de e- producindose frecuentemente S
(molecular) o H2.
Con base en la evidencia experimental disponible, esta etapa luminosa en los
aerobios se ha esquematizado como se indica en la figura 56.
Se considera que en los cloroplastos de estos organismos hay dos centros
fotorreactivos: fotosistemas l y II (FSI y FSII) constituidos por clorofila a,
carotenos y P700 y por clorofilas a y b, ficobilinas y P680 respectivamente. Tal
como lo indica la figura 52 en el FSII ocurre la fotlisis del H2O y al recibir el
cuanto de luz (hv ) su valor de E se hace ms negativo (estado Z) y los
electrones provenientes del H2O son transferidos por reacciones de xidoreduccin a travs de la plastoquinona, cito-cromo b, citocromo f y
plastocianina hasta el FSI en su estado fundamental; al ceder los electrones el
FS II retorna a su estado fundamental y queda listo para una nueva excitacin.
160

Figura 56: Etapa luminosa de la fotosntesis

Si observamos con cuidado el esquema vemos que la transferencia de

electrones desde Z hasta el FSI se hace de un E ms negativo (0,0) a uno
ms positivo (+0,6); la diferencia de potencial resultante (aproximadamente 0,5
volts) se aprovecha para sintetizar ATP por un mecanismo similar al ya
discutido en la fosforilacin oxidativa (para una discusin en detalle consulte la
lectura recomendada No.2) que requiere un mnimo de 0,22 volts para
sintetizar un ATP.
El fotosistema I que ha recibido los electrones, captura la energa luminosa y
pasa a su estado excitado (P430) con un salto en su E; los electrones son
transportados ahora a travs de una ferredoxina y una reductasa para ser
finalmente aceptados por el NADP+ que se reduce a NADPH + H+. La cesin de
los electrones hace que P430 retorne a su estado fundamental.
Como resultado global de esta etapa luminosa podemos decir que a partir del
H2O se produce O2 y que por cada par de electrones transferidos se fosforila el
ADP (dos molculas posiblemente) hasta ATP y se reduce el NADP+ hasta
NADPH + H+. La lectura recomendada No. 3 le dar un panorama de esta
etapa luminosa.
Es interesante anotar cmo en esta etapa se pueden ilustrar varios de los
principios que rigen el metabolismo ya que la oxidacin de una sustancia (el
H2O) est aparejada con la produccin de ATP y la transferencia de electrones
se hace en el sentido creciente de los potenciales de reduccin (de ms
negativo a ms positivo) tal y como ocurre en la fosforilacin oxidativa.
Adems de proveer el ATP y el NADPH + H+ necesarios para la siguiente
etapa, la etapa luminosa es una excelente ilustracin de un mecanismo
biolgico que permite transformar energa luminosa en energa qumica; es por
161

ello y por las potenciales aplicaciones que de aqu se puedan derivar, que ha
sido objeto de numerosos estudios que continan hoy en da.
36.1.2 Etapa oscura
La elucidacin de esta etapa fue posible, en buena parte gracias a los trabajos
del grupo de Calvin quien recibi por ello el Nbel en 1961. Usando 14C y
mtodos cromatogrficos se estableci que la reduccin del CO2 hasta glucosa
ocurre en un breve periodo (10-4 - 1s) utilizando el ATP y el NADPH + H+
generados en la etapa luminosa. Una descripcin muy interesante de estos
trabajos la encuentra en la lectura recomendada No. 4. Dado que esta etapa de
la fotosntesis es cclica, se conoce tambin con el nombre de ciclo de Calvin.
La figura 57 nos muestra las reacciones que se suceden.
Para facilitar la comprensin de esta etapa y su balance de C, se considera la
intervencin de 6CO2 que por accin de una carboxilasa (liasa), bastante
abundante en los cloroplastos, efecta la carboxilacin de la ribulosa-1,5-Di-P
(una pentosa) para dar 3-P-Glicerato (3-P-Gato) como producto final de esta
reaccin (1); es probable que la pentosa (C5) al recibir el CO2 origine un C6 que
es inestable y se rompe en 2 molculas (por pentosa + CO2) de 3-P-Glicerato.
Ya que consideramos 6CO2 iniciales, se obtienen 12 de 3-P-Gato; este cido
es reducido (reaccin 2) por una deshidrogenasa que usa NADPH + H+ como
coenzimas hasta 12 molculas de 3-P-Gliceraldehdo; la reduccin requiere
energa que en este caso es provista por el ATP. De las doce molculas de 3P-Gal dejemos seis en reserva y consideremos las seis restantes.
Las prximas reacciones (3, 4, 5, 6 y 7) se encaminan a la sntesis de la
glucosa y son iguales a algunas de la que ocurren en la gluconeognesis (ver
figura 52 reacciones 9, 10, 11, 12 y 13).
De las seis molculas de 3-P-Gal, tres son convertidas a 3-P-DHA y por
condensacin de estas triosas se producen tres molculas de Frc-1, 6-Di P
(reaccin 4) que por medio de una fosfatasa se transforman en tres de Frc-6-P
(reaccin 5); isomerizndose luego una de ellas hasta Glc-6-P (reaccin 6);
esta hexosa pierde su grupo fosfato por accin de una fosfatasa,
convirtindose en Glucosa (reaccin 7), que ahora sirve como punto de partida
para la biosntesis de varios polisacridos.
162

Figura 57: esquema de la etapa oscura de la fotosntesis

Fuente: Prez, g. navarro y. (1992). Bioqumica. Santa fe de Bogot.: Unisur.
Las reacciones restantes tienen como objetivo final regenerar las seis
molculas de Ribulosa 1, 5-Di P gastadas en la reaccin 1 y para ello se
utilizan las dos molculas de Frc-6-P restante y las seis de 3-P-Gal dejadas en
reserva; las reacciones que ocurren en esta porcin del ciclo son inversas a las
de la parte de la va de las pentosas fosfato (figura 47 reacciones 5 a 9).
Las dos molculas de Frc-6-P se combinan con dos de 3-P-Gal (quedando
cuatro en reserva) para dar en la reaccin (9), dos molculas Xilulosa-5-P y dos
de Eritrosa-4-P (2C6 + 2C3 2C5 + 2C4); las dos Xilulosas-5-P las dejamos en
reserva y las dos Eritrosa-4-P se unen con dos de PDHA (que son equivalentes
a dos de 3-P-Gal de las cuatro que haba en reserva) para dar en la reaccin
(11), dos molculas de Seudoheptulosa -1,7-DiP (2C4 + 2C3 2C7 ). Estas
reacciones son catalizadas por distintas transferasas.
163

La heptosadifosfato pierde un grupo fosfato por medio de una fosfatasa

(reaccin 12) y se obtienen dos molculas de Seudoheptulosa-7-P que se
condensan con las dos ltimas molculas de 3-P-Gal de la reserva para dar
(reaccin 13), dos de Ribulosa-5-P y 2 de Xilulosa-5-P (2C7 + 2C3 4C5 );
estas ltimas, sumadas con las dos de Xil-5-P que tenamos en reserva, se
isomerizan (reaccin 15) a 4 de Ribulosa-5-P y en consecuencia tendremos
seis de Ribulosa-5-P. Esta pentosa sufre una fosforilacin catalizada por una
Kinasa (reaccin 16) y se producen seis molculas de Ribulosa -1,5 -Di P.
De esta manera se regenera la pentosa gastada en la fijacin del CO2 y se
cierra el ciclo. El funcionamiento del ciclo, o sea de la etapa oscura, slo
requiere del aporte externo de CO2, NADPH + H+ y ATP y cantidades
relativamente pequeas de los intermediarios (triosas, tetrosas, pentosas,
hexosas y heptosas) son suficientes para mantenerlo en operacin, a condicin
de que no se utilicen en otras vas. Dado que el primer metabolito que aparece
en la fijacin del CO2 es un compuesto con 3C, esta fotosntesis se conoce
actualmente como de tipo C3.
Si realizamos un balance de esta etapa observamos que la reaccin neta,
descontando los intermediarios cclicos, ser:
6CO2 + 18 ATP + 12 NADPH + 12H+ Glucosa + 18 ADP + 18 Pi + 12
NADP+
es decir hay un apreciable consumo de ATP y de NADPH + H+ para poder
reducir el CO2, estas molculas provienen de la etapa luminosa que las
producen por la fotlisis del H2O (con el transporte asociado de los electrones
resultantes) y la fotofosforlacin.
Aunque esta etapa parece muy complicada desde el punto de vista de las
reacciones que ocurren, su comprensin se facilita considerablemente si se
conocen bien las reacciones de la gluconeognesis y de las pentosas fosfato.
Recientemente se ha descubierto que existe un grupo de plantas gramneas
como maz, caa de azcar, sorgo etc., y otras en las cuales el primer producto
de la fijacin del CO2 (reaccin 1) son cidos dicarboxlicos con 4 carbonos
(malato, oxalacetato); en ellas hay algunas reacciones cclicas previas a las del
ciclo de Calvin y el resultado neto es que el balance de la etapa oscura ser:
6CO2 + 30ATP + 12NADPH + 12H+ Glucosa + 30ADP + 30Pi + 12NADP+
En consecuencia este tipo de fotosntesis, llamado C4, consume ms energa
pero est compensado porque presenta menor fotorrespiracin y por tanto es
ms eficiente fotosintticamente. El artculo de Hatch1 le dar detalles sobre
este tipo de fotosntesis
164

36.2 Biosntesis de polisacridos

El grupo de Leloir en Argentina ha establecido que los polisacridos animales y
vegetales se sintetizan empleando como precursores compuestos del tipo
monosacrido-nucletido que actan como donadores del monmero.
Dependiendo del polisacrido que se vaya a sintetizar se usan los compuestos
indicados en la tabla 20:
Tabla 20: Precursores usados en la biosntesis de polisacridos
Carbohidrato
Glicgeno
Almidn
Celulosa
Nucletido - Azcar
UDP-glucosa
ADP-glucosa
ADP-glucosa, CDP-glucosa, GDP-glucosa
Estos precursores provienen de la Glucosa-6-P producida en la fotosntesis que

es transformada en UDP-Glc por la secuencia de reacciones:
Glucosa-6-
Glucosa-1-
Isomerasa
Glucosa-1-
UDP-Glucosa +
+ UTP Transferas
a
Pirofosfat
asa
2Pi
En la sntesis del glicgeno (hgado, msculos), la UDP-glucosa es el donador

de Glc que es transferido sobre un extremo no reductor de una molcula de
glicgeno ((Glc) n) y ste se alarga en una unidad de glucosa:
UDP + (Glc)n+1
UDP-Glc + (Glc)n Sint
etasa
Esta reaccin forma los enlaces -1,4 del glicgeno pero la sintetasa del
glicgeno no puede formar los enlaces -1 ,6; para ello interviene una enzima
ramificante que cataliza la transferencia de un fragmento (6-7 glucosas) del
extremo no reductor, sobre el OH - 6 de una glucosa interna, creando as el
enlace -1 ,6.
Cuando se requiere un nucletido como ADP-glucosa la sntesis es anloga a

la de UDP-glucosa por la reaccin:
Glucosa-1-
UDP-Glucosa +
+ ATP Transferas
a
Pirofosfat
asa
2Pi
La celulosa y el almidn se sintetizan de manera anloga haciendo uso de una

sintetasa o del conjunto sintetasa + enzima ramificante segn se trate de
formar amilosa o amilopectina en el caso del almidn.
165

1. De acuerdo a las reacciones bioqumicas que se llevan a cabo en la glucolisis, analizar:
Ubicacin celular
Metabolito inicial
Metabolito final
Nombre general de la enzima que
produce la conversin de la Frc-6-P a
Frc-1,6-DiP
Aceptor de electrones en la oxidacin
de del 3-P-Gal al 1,3-di-P-Gato
# de molculas de ATP formadas a
partir del paso anterior.
Nombre general de la enzima que
produce la conversin de 2-P-Gato a
PEP.
2. De acuerdo a las reacciones bioqumicas que se llevan a cabo en el ciclo de krebs analizar:
Ubicacin celular
Metabolito inicial
Metabolitos finales
Coenzimas participantes en la
oxidacin del piruvato en acetato por
accin del complejo piruvato
deshidrogenasa.
Producto final de la oxidacin del
piruvato en acetato por accin del
complejo piruvato deshidrogenasa.
Tipos de coenzimas presentes en las
reacciones del ciclo de krebs.
Defina: NAD, FAD, Coenzima A
Nombre los sustratos sobre los
cuales donde participan.
Producto de la condensacin entre el
AcetilCoenzima A y el oxalacetato
# de molcula de ATP formada a
partir del NADH+H reducido y FADH2
Metabolitos intermedios donde
actan FADH2 a FAD.
# De molcula ATP formada a partir
del de la accin de las kinasas.
Metabolitos intermedios donde actan
las kinasas.
166

3. Explique cul es la diferencia entre fosforilacin a nivel de sustrato y fosforilaciones oxidativas. D un

ejemplo de cada una, sealando la va en la que tiene lugar.
fosforilacin a nivel de sustrato
fosforilaciones oxidativas
4. Investigue cuanto ATP se forma cuando:

El NADH+H es citoplasmtico
El NADH+H es mitocondrial
Investigue cuanto ATP se forma a partir de FADH2 (independiente si es citoplasmtico o mitocondrial).
De acuerdo a lo anterior explique detalladamente:
La formacin de las 36 molculas de ATP formadas a partir de la oxidacin aerobia de una mol de
glucosa, para ello tenga en cuenta lo que es expone en la leccin 3 del captulo 1, punto 3.1 Balance
global de la oxidacin de glucosa
5. De acuerdo a las reacciones bioqumicas que se llevan a cabo en la gluconegenesis , analizar:
Ubicacin celular
Metabolito inicial
Metabolito final
Metabolitos que intervienen en la
conversin del Piruvato en PEP.
Menciones los metabolitos de las
reacciones que suceden en sentido
inverso en la glicolisis
Definicin de Gluconegenesis
CAPITULO 8: METABOLISMO DE LIPIDOS13

Para el inicio del estudio del catabolismo de lpidos, el estudiante debe activar
sus conocimientos metacognitivos previos de sus cursos anteriores como la
qumica general y la qumica orgnica en cuanto a los conceptos generales de
los lpidos (estructura, propiedades qumica y clasificacin) ya que estos
conceptos como tales no hacen parte del curso de bioqumica.
El captulo analiza el catabolismo de triglicridos, fosfolpidos y colesterol. Hay
que destacar la beta-oxidacin, ruta catablica de los triglicridos, ya que este
grupo de sustancias son las que constituyen en un 95% de las grasas
consumidas en la dieta del hombre y animales. La beta-oxidacin es una de las
rutas ms complejas de este captulo ya que se debe analizar detalladamente
la clase de cido proveniente del triglicridos que se estn oxidando. El
captulo detalla la ubicacin celular, las reacciones qumicas y el balance
energtico para la produccin de ATP.
13
167

En este captulo tambin se analiza las reacciones de biosntesis de lpidos, su

ubicacin celular e importancia en la construccin de tejidos y rganos.
Leccin 37: Catabolismo de lpidos
Seores estudiantes: antes de comenzar la leccin 1, los invito a que repasen los conceptos
relacionados con:
- lpidos
- clasificacin
- cidos grasos saturados e insaturados
- formacin e hidrlisis de triglicridos
La revisin bibliogrfica de estas temticas le ayudarn a comprender mejor la vida
metablica que estamos a punto de estudiar.
El estudio del metabolismo de los lpidos ha recibido mayor atencin en los
organismos animales y es por ello que la informacin disponible en este campo
para procariotes y para vegetales es considerablemente menor. En la clula en
general los triglicridos son considerados como material de reserva energtica
mientras que los fosfolpidos y los esfingolpidos son constituyentes
importantes de las membranas.
En los animales superiores los triglicridos son los componentes lipdicos ms
abundantes, alrededor de un 65% es tejido adiposo donde se realiza un activo
metabolismo tanto de tipo degradativo (gliclisis, ciclo de Krebs y fosforilacin
oxidativa), como de tipo biosinttico. En este tejido, se almacenan en forma de
triglicridos, los cidos grasos transportados en su forma libre por la albmina
srica (protena muy abundante en la sangre) o por los quilomicrones como
triglicridos.
Debido a su alto contenido en energa (del orden de 9 kcal /g), a la ausencia de
agua, al menor volumen ocupado y a su disponibilidad, los triglicridos son la
forma ms eficiente en que la clula acumula reservas de energa. En un
triglicrido, alrededor del 95% de la energa biolgicamente aprovechable,
proviene de las cadenas carbonadas del cido graso y slo un 5% corresponde
al glicerol.
En rganos tales como el corazn, hgado y en el msculo esqueltico, los
triglicridos proveen cerca de la mitad de las necesidades energticas. En
ciertos animales, particularmente aves migratorias y animales con periodos de
hibernacin, estos lpidos son la fuente casi nica de energa. Dependiendo del
tejido donde se encuentren los lpidos, su vida media es diferente. En el tejido
adiposo por ejemplo, su vida media es de 15-20 das, en el cerebro es de 10-15
das y en el hgado es de 1-2 das. Algunos lpidos como los fosfoglcridos
perduran en promedio desde 200 das (en el cerebro) hasta solo 1 o 2 das (en
el hgado).
168

En general los lpidos son hidrolizados biolgicamente gracias a una gran

variedad de lipasas que se encuentran en el intestino delgado, en la superficie
de los adipocitos y en los lisosomas. Para cada tipo de lpido (ver la
clasificacin de los lpidos en el mdulo de Qumica Orgnica1), tenemos un
grupo de lipasas muy especficas respecto al enlace que atacan. La carencia
de alguna de estas enzimas, (en ocasiones debido a defectos genticos),
ocasiona enfermedades mortales cuyas causas han sido bien establecidas
especialmente en la degradacin de los esfingolpidos.
37.1 Catabolismo de triglicridos
Por las razones expuestas anteriormente, se centrar este estudio en la
degradacin de los triglicridos. Se examinar su hidrlisis por las lipasas, la
entrada de los cidos grasos a la mitocondria y su oxidacin completa hasta
CO2 y H2O. As mismo, los rendimientos en ATP y las variantes existentes
para los cidos grasos insaturados servirn para comparar las rutas catablicas
ms importantes y generales.
Desde comienzos de siglo XX y gracias a los trabajos pioneros de Knoop, se
ha ido acumulando una enorme cantidad de evidencia qumica (lectura
recomendada #1), que aunada a los trabajos posteriores con los sistemas
enzimticos, han permitido disponer de una visin detallada del proceso, que
se describe enseguida.
37.1.1 Hidrlisis y entrada de cidos grasos a la mitocondria
Los triglicridos (grasas y aceites) ingeridos en la alimentacin, son
hidrolizados por las lipasas intestinales hasta glicerol y cidos grasos libres
segn la siguiente reaccin:
El glicerol es absorbido como tal y rpidamente sufre las siguientes

transformaciones:
169

La 3-fosfo dihidroxiacetona (3 P DHA) formada, entra a la va glicoltica y se

oxida finalmente hasta piruvato que luego pasa a Acetil -CoA.
Los cidos grasos por su parte, se unen a los cidos biliares y pueden ser
transportados como tales por la albmina srica, absorbidos, o nuevamente
esterificados para formar triacil glicridos en los quilomicrones. En este caso, al
llegar a la clula las lipasas los hidrolizan hasta cidos grasos y de esta forma
llegan al citoplasma.
Debido a que los cidos grasos no pueden atravesar la membrana
mitocondrial, sufren una activacin y transferencias sobre diversos
compuestos, para finalizar como complejos acil-carnitina.
Esta activacin se realiza por medio de una tiokinasa y ATP segn esta
reaccin:
Esta transferasa est situada en la membrana externa de las mitocondrias y la

reaccin es fcilmente reversible pues su G = -0,2 kcal/mol y solo la accin
de la pirofosfatasa hace que el equilibrio se desplace hacia la activacin del
cido graso. El G global es = -7,1 kcal/mol.
Los aciladenilatos as formados son transferidos sobre HSCoA por medio de
transferasas que varan de acuerdo con la longitud de la cadena del cido
graso (grupo R, ver referencia especfica # 1).
Esta reaccin general es:
170

Estos acil-CoA tampoco pueden atravesar la membrana mitocondrial y para ello

deben ser transformados en un derivado acilcarnitina por medio de una
transferasa localizada en la membrana externa.
El proceso de entrada est regulado por la accin de esta transferasa.

Posiblemente la naturaleza anfiftica de la acilcamitina permite su paso a
171

travs de la membrana de la mitocondria y una vez en su interior, el cido

graso forma nuevamente acil -CoA por medio de otra transferasa situada en la
membrana interna.
Gracias a esta secuencia de reacciones, los diferentes cidos grasos llegan al
interior de la mitocondria donde sufrirn un proceso degradativo conocido como
-oxidacin.
37.1. 2 -oxidacin de cidos grasos pares y saturados.

La oxidacin de los cidos grasos se realiza en dos etapas.
En la primera, el carbono 3 (carbono beta) es oxidado y se eliminan 2 tomos
de carbono de la cadena hidrocarbonada del cido, formndose Acetil-CoA.
En la segunda etapa, el Acetil-CoA es oxidado hasta CO2 y H20 a travs del
ciclo de Krebs y la fosforilacin oxidativa.
Considere en primer trmino, cmo ocurre la -oxidacin de los cidos grasos
saturados y con un nmero par de tomos de carbono. Como ejemplo se
emplear el cido palmtico (C16) que al haber sido transportado al interior de la
mitocondria est en forma de palmitoil-CoA. La figura 58 esquematiza la
primera vuelta en la -oxidacin.
El acil-CoA (en este caso palmitoil-CoA), es oxidado en una primera reaccin
por una FAD-deshidrogenasa que remueve especficamente hidrgeno de los
carbonos 2 y 3 ( y ), dando lugar a un doble enlace trans ( 2,3).
Dependiendo de la longitud de la cadena, actan diferentes deshidrogenasas
en forma especfica. En la segunda reaccin, una hidratasa adiciona una
molcula de H20 sobre el doble enlace. Dado que este enlace es trans, se
produce un -hidroxiacil-CoA de configuracin L (note que el carbono 3 es
172

asimtrico), lo cual es fundamental para que contine el proceso. Si el doble

enlace fuese de tipo cis, la hidratacin producira un D--hidroxialcil-CoA.
Figura 58: Esquema de la -oxidacin de cidos grasos saturados

La deshidrogenasa que acta a continuacin (reaccin 3), es estreo

especfica y requiere que el -hidroxiacil-CoA tenga la configuracin L.
La accin de esta enzima, origina que el grupo OH se oxide hasta quedar un
grupo C=O, apareciendo un -cetoacil-CoA (-cetopalmitoil-C0A en este
ejemplo) y NADH + H+.
173

En la cuarta y ltima reaccin de esta primera etapa, acta una transferasa

(Tiolasa), la cual al introducir una nueva molcula de HSCoA libre sobre el
compuesto -cetoacil-CoA, ocasiona una ruptura del enlace entre los carbonos
y , producindose un acil-CoA con 2 tomos menos de carbono y otra
molcula de Acetil-CoA; este ltimo entra al ciclo de Krebs directamente (ya
que se encuentra al interior de la mitocondria) y se oxida completamente hasta
2 CO2 y H2O.
El nuevo acil-CoA tendr ahora 14 carbonos y entra en una segunda vuelta de
-oxidacin (lnea punteada) y luego de sufrir las 4 reacciones enzimticas, se
transforma en una nueva molcula de Acetil-CoA y un acil-CoA con 12
carbonos (C12). Cada acil-CoA entra a una vuelta adicional de -oxidacin y
despus de un nmero de vueltas (n) que depende de la longitud inicial del
cido graso se obtiene luego de la reaccin 3 (repetida n veces) el compuesto
aceto-acetil-CoA (C4 ), que por la reaccin 4 se transforma en 2 molculas de
Acetil-CoA, de la siguiente manera:
En el caso del cido palmtico (C16) se requieren 7 vueltas para llegar a esta
situacin, dado que en general se requieren (n/z )-1 vueltas, si n es el nmero
de carbonos iniciales. La ecuacin global para la -oxidacin del cido
palmtico ser:
Palmitoil - CoA + 7FAD + 7 NAD + + 7 HSCoA + 7H 2 O 8acetil - CoA + 7 FADH 2 7 NADH + 7H +
Las 8 molculas de acetil-CoA son oxidadas totalmente hasta CO2 y H20

produciendo una cantidad considerable de ATP en la fosforilacin oxidativa
(considerar conjuntamente las figuras 46 y 48).
Por su parte, las coenzimas reducidas (FADH2 y NADH+ H+) cuando son
reoxidadas en la fosforilacin oxidativa, generan tambin ATP. El balance de C
y energa se mostrar ms adelante.
37.1. 3 -oxidacin de cidos grasos pares Insaturados
En la -oxidacin de los cidos grasos de este tipo intervienen algunas
enzimas adicionales que permiten resolver los problemas planteados por la
pre-existencia de los dobles enlaces que por razones de biosntesis son de tipo
cis. Se considerarn los dos casos a los cuales se puede reducir el problema.
En el primer caso, se toma por ejemplo el cido oleico (C18), en el cual existe
un doble enlace cis entre C9-C10 y luego de 3 vueltas de -oxidacin, con
produccin de 3 Acetil-CoA, 3 FADH2 y 3 NADH + 3H+, se llega al acil-CoA
siguiente:
174

Donde existe un 3, 4-cis-enoil-CoA que corresponde al 9, 1 0-cis original del

cido oleico.
Dado que ya existe la insaturacin, no acta la FAD-deshidrogenasa (reaccin
1 figura 58) y no se produce FADH2, interviene una isomerasa que pasa el
doble enlace de 3,4 cis- a 2,3 trans- y la va contina sin ningn cambio
adicional. La diferencia en el balance global ser un FADH2 menos que en la oxidacin del cido esterico (C18 saturado).
En el segundo caso, estn los cidos grasos poliinsaturados. Se analizar lo
que sucede con el linoleico (9, 10, 12, 1 3-cis). Luego de 3 vueltas hay una
situacin anloga a la del oleico ya que el acil-CoA resultante sera:
Al iniciar la cuarta vuelta, acta una isomerasa que pasa el doble enlace de
3,4-cis- a 2,3-trans- para luego realizar las reacciones posteriores de la vuelta
sin produccin de FADH2. Al terminar la quinta vuelta tenemos el siguiente acilCoA:
175

En el cual existe un 2,3-cis- por lo cual no acta la FAD-deshidrogenasa y al

ser hidratado (reaccin 2 figura 58), produce el D--hidroxiacil-CoA; puesto que
la NAD-deshidrogenasa es absolutamente especifica para L- - hidroxiacil-CoA.
Esta enzima no actuara, paralizndose la -oxidacin.
El problema se resuelve con la intervencin de una enzima ismera
(epimerasa) que transforma el D-- hidroxiacil-CoA en L--hidroxiacil-CoA y la
degradacin contina.
Los cidos grasos poliinsaturados restantes (linolnico y araquidnico, entre
otros) son degradados de manera similar recurriendo a estas isomerasas.
37.1.4 -oxidacin de cidos grasos de cadena impar o ramificada
Los cidos grasos de cadena impar o ramificada son poco frecuentes en la
naturaleza y ms bien aparecen como productos de la degradacin de algunos
compuestos (ejemplo: Val, Ile). Estos cidos son degradados de la manera
usual hasta que se llega a la ramificacin o al radical propionil.
La secuencia de las reacciones que suceden de ah en adelante se muestra en
la figura 59.
176

Figura 59: Esquema de -oxidacin de cidos grasos ramificados

En primer lugar acta una transferasa (reaccin 1) que al incorporar HSCoA

produce propionil-CoA este compuesto sufre una carboxilacin (reaccin 2) que
requiere ATP y biotina (vitamina del grupo B) como coenzima; se produce
inicialmente D-metilmalonil-CoA que es isomerizado a L- metilmalonil-CoA que
a su vez se isomeriza (reaccin 3) a succinil-CoA que por ser uno de los
intermediarios del ciclo de Krebs contina por esa va. Se tiene aqu un nuevo
ejemplo de una reaccin anaplertica y la posibilidad de degradar cidos
grasos poco comunes.
177

Leccin 38: Balance de la degradacin de cidos grasos14

Con el objeto de ilustrar como se efectan los balances de carbono y energa al
considerar el catabolismo de los cidos grasos, se presentan 2 casos:
Catabolismo del cido esterico.
Catabolismo del cido linoleico.
En el primer caso tenemos un cido graso con 18 carbonos, saturado. En su
activacin se consume 1 ATP y su -oxidacin requiere 8 vueltas, es decir
(18/2) -1. Por tal motivo, se tomar como ecuacin global:
Estearil-CoA + 8FAD + 8NAD+ + 8HSCoA + 8 H2O 9 acetil-CoA + 8FADH2
+ 8NaDH + 8H+
Los 9 acetil-CoA al ser oxidados en Krebs producen:
9Acetil-CoA + 9ADP + 27NAD+ + 9FAD 18C02 + 9ATP + 27NADH + 27H+
+ 9 FADH2
(ver figura 46)
La reoxidacin de las coenzimas reducidas en la fosforilacin oxidativa
producen 3 ATP por cada NADH + H y 2 ATP por cada FADH2 en
consecuencia tendremos:
8 NADH + 8 H + 27 NADH + 27 H +
+
= 35 NADH + 35 H +
- oxidacin
Krebs
8 FADH 2
- oxidacin
35 x 3
17 x 2
=
=
105 ATP
34 ATP
9 ATP
Total ATP producidos:
148
Menos ATP gastados:
Produccin neta:
9 FADH 2
= 17 FADH 2
Krebs
Reoxidacin NADH + H+
Reoxidacin FADH2
Krebs (fosforilacin a nivel sustrato)
147 ATP
En resumen 1 mol de cido esterico (PM=284,5) al ser oxidado hasta CO2 y

H2O nos produce 147 ATP o sea 1073100 cal (147X7300). Dado que el calor
de combustin de 1 mol de esterico es de 2.698 kcal, la recuperacin de
energa es del 39,8%.
14
Munera, R. (2008). Bioqumica. Palmira: Universidad Nacional Abierta y a distancia.
178

En el segundo caso, un cido graso de 18 carbonos con 3 insaturaciones,

gasta para su activacin 1 ATP y con las 8 vueltas necesarias su ecuacin
global es:
Linolenil-CoA + 5FAD + 8NAD+ + 8HSCoA + 8 H2O 9 acetil-CoA + 5FADH2
+ 8NaDH + 8H+
En este caso, se producen 5 FADH2 (comparados con los 8 FADH2 producidos
en la -oxidacin del esterico) debido a las 3 insaturaciones preexistentes.
Los clculos son similares a los efectuados para el esterico y luego de la
oxidacin por el ciclo de Krebs se obtiene:
8 NADH + 8 H + 27 NADH + 27 H +
+
= 35 NADH + 35 H +
- oxidacin
Krebs
5 FADH 2
9 FADH 2
+
= 14 FADH 2
Krebs
- oxidacin
35 x 3
14 x 2
=
=
105 ATP
28 ATP
9 ATP
Total ATP producidos:
142
Menos ATP gastados:
Produccin neta:
Reoxidacin NADH + H+
Reoxidacin FADH2
Krebs (fosforilacin a nivel sustrato)
141 ATP
Comparando con el esterico, el catabolismo del linolnico, y en general de los

insaturados, tiene un rendimiento en ATP algo ms bajo. Si el calor de
combustin de 1 mol de linoleico fuese de 2.625 kcal, la energa recuperada
sera:
265
141 x 7.3
100%
X
39.2%
Entonces, la cantidad de energa (en trminos de ATP) obtenida por la

oxidacin de los cidos grasos es muy superior a la obtenida de los
carbohidratos. Esta es la razn por la cual el organismo acumula triglicridos
como material de reserva energtica.
La cantidad de ATP proveniente de la oxidacin completa de un triglicrido es
considerable obteniendo 3 molculas de cidos grasos adems del glicerol que
a travs de la gliclisis, ciclo de Krebs y fosforilacin oxidativa, tambin
contribuyen a la produccin de ATP.
179

De acuerdo al tema que acabas de ver, podramos afirmar que esta es la razn por la
cual las grasa aportan ms caloras que los azcares.
Es interesante saber que las grasas saturadas como las de origen animal aportan ms
caloras (mayor produccin de ATP) que los insaturados de origen vegetal.
Qu opina al respecto?
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Leccin 39: Catabolismo de fosfolpidos
Los fosfolpidos son constituyentes muy importantes de las membranas
celulares cuyas propiedades biolgicas dependen en buena medida de la
presencia y composicin de esta clase de lpidos. Algunos de ellos como la
esfingomielina son especialmente abundantes en el tejido nervioso y en el
cerebro.
Cuando se considera la estructura global de los fosfoglicridos y de los
esfingolpidos, es evidente la enorme diversidad estructural que poseen estos
lpidos. Por ello se presentarn solamente los mecanismos ms generales para
su degradacin.
En el catabolismo de los fosfolpidos intervienen hidrolasas que pueden ser

fosfolipasas, fosfodiesterasas y fosfomonoesterasas; cada una con un alto
grado de especificidad. Por ejemplo, cuatro tipos de enzimas fosfolipasas
presentes en los tejidos, producen especficamente los compuestos sealados
en la figura 60, donde el sustrato es una lecitina.
180

Figura 60: Productos resultantes de la degradacin de la Lecitina por fosfolipasas

Adicionalmente, una fosfodiesterasa puede liberar colina a partir de

glicerolfosforil colina (GPC) segn la reaccin:
A su vez, una fosfomonoesterasa hidroliza el glicerol-fosfato (GP) a fosfato

inorgnico (Pi) y glicerol que puede ser catabolizado por la va glicoltica:
181

Otros fosfolpidos como fosfatidiletanolamina, fosfatidilserina, entre otros, son

catabolizados de manera semejante y en conjunto los diferentes productos
participan en un ciclo metablico por medio del cual se efecta tambin la
biosntesis de estos compuestos.
Leccin 40: Catabolismo de colesterol
El colesterol presente en los organismos superiores (peces, aves, mamferos)
es excretado en forma de esteroles neutros (con 27 tomos de carbono, C27) o
como cidos biliares (C24).
La figura 61, muestra las caractersticas estructurales del colesterol.
Figura 61: Estructura del colesterol

Los esteroides neutros presentes en las heces son una mezcla bastante
compleja y en el hombre constituyen un 30 - 80% de los esteroides excretados.
Se ha calculado que alrededor de 500 - 700 mg/da de esteroides neutros son
excretados a travs de la bilis; clulas de la mucosa intestinal y secreciones
intestinales; la cantidad vara con cada especie y con la dieta, siendo mayor
para dietas ricas en grasas insaturadas. El componente mayoritario de la
mezcla es el coprostanol (cuya estructura se muestra en la figura 58)
acompaado de otros esteroides saturados en las posiciones 5,6 y de
esteroides de origen vegetal como sitosterol y estigmaesterol.
Los cidos biliares ms abundantes son el cido clico, el deoxiclico y el
quenodeoxiclico cuya similitud estructural se aprecia en la figura 62.
182

Figura 62: Principales productos del catabolismo del colesterol

El catabolismo de los cidos biliares incluye como transformaciones ms

importantes, la saturacin del doble enlace presente en los carbonos 5,6 del
colesterol, la isomerizacin del hidroxilo 3 -a 3 - la hidroxilacin (oxidacin)
de los carbonos 7 y/o 12 y la degradacin de la cadena lateral hasta obtener un
carboxilo en el carbono 24.
Las estructuras de los cidos biliares reflejan esta secuencia de reacciones,
que son discutidas en detalle en el artculo de Danielsson15.
Los cidos biliares se conjugan con glicina o taurina para formar las sales
biliares, las cuales juegan un papel muy importante en la digestin y absorcin
de los lpidos por sus propiedades emulsificantes. La formacin de estas sales
est influenciada por la dieta, por el estado de salud del individuo y por los
niveles de algunas hormonas.
15
Steroid metabolism/ H. Danielsson, T.T Tchen. In: Metabolics Patways / David M.

Greenberg. 3 ed. London: Academic Press, 1968. Vol 2, p 132 168.
183

En el tracto intestinal las sales de los cidos biliares se hidrolizan a su forma

libre y luego de sufrir oxidacin de los hidroxilos a grupos ceto, son
reabsorbidas en la parte inferior del leon y pasan al hgado donde luego de
conjugarse con glicina o taurina son reexcretados a la bilis y de all pueden
pasar a las heces; este procesamiento est controlado homeostticamente por
la concentracin de cidos biliares en la sangre que va al hgado por la vena
porta.
Leccin 41: Biosntesis de lpidos
En los organismos vivos la capacidad de almacenamiento de polisacridos es
bastante limitada mientras que los lpidos y especialmente los triglicridos
representan una fraccin considerable del peso. Un adulto de 70 kg puede
almacenar hasta 12 kg de triglicridos, lo cual es suficiente para mantener su
energa basal durante 8 semanas.
Los procesos de biosntesis de lpidos son particularmente activos en el hgado
y en el tejido adiposo de los animales, mientras que en las plantas se localizan
principalmente en el fruto y semillas.
La mayora de la discusin subsiguiente estar dedicada a la biosntesis de
triglicridos, dada su importancia como material de reserva y luego se
discutirn los fosfoglicridos, por ser constituyentes de la membrana celular y
los esteroides por el papel hormonal que tienen algunos de ellos.
41.1 Biosntesis de triglicridos
41.5.1.2 Biosntesis de cidos grasos
Se estudiar en primer lugar como se sintetizan los cidos grasos. Los trabajos
en este campo han demostrado que el primer cido graso sintetizado es el
palmtico (C16) y que a partir de l se derivan por alargamiento y formacin de
dobles enlaces, si es el caso, los otros cidos grasos.
Las reacciones tienen lugar en el citoplasma a donde es transportado el grupo
acetilo presente en las mitocondrias como AcetilCoA; ste metabolito proviene
del catabolismo de carbohidratos, de cidos grasos o de algunos aminocidos
y cuando se encuentra en exceso (como resultado de este catabolismo) es
exportado al citoplasma empleando la secuencia de reacciones ilustrada en la
figura 63.
184

Figura 63: Transporte de Acetil-CoA mitocondrial al citoplasma

La reaccin (1) corresponde a la primera reaccin del ciclo de Krebs y el citrato

es llevado al citoplasma por medio de un sistema transportador presente en la
membrana mitocondrial. En el citoplasma es degradado por una liasa para dar
oxalacetato y acetil CoA (reaccin 2); la energa necesaria para formar el
enlace ster proviene del ATP que se degrada. El Acetil-CoA citoplasmtico va
a la biosntesis de cidos grasos y el oxalacetato a travs de la formacin de
malato, su entrada a la mitocondria y posterior reoxidacin (reacciones 3 y 4),
regeneran el oxalacetato gastado en la primera reaccin y el resultado neto es
que el grupo acetato inicialmente presente en la mitocondria est ahora en el
185

citoplasma donde sufre una carboxilacin por medio de una sintetasa que
requiere biotina (vitamina del grupo B) y ATP.
La reaccin es la siguiente:
Esta sintetasa es una enzima reguladora cuya actividad aumenta con citrato;
por consiguiente la velocidad global de la va depende de la velocidad con que
se efecte esta carboxilacin.
Una vez que se ha formado el malonil-CoA, interviene en los pasos restantes
un complejo de siete enzimas (en clulas animales), conocido como la
sintetasa de cidos grasos que se abreviar como E (de enzima) y que en
forma esquemtica se considera constituido por las enzimas asociadas que se
indican en el siguiente esquema:
El componente PTA (Protena Transportadora de Acilos) es una enzima

pequea (PM 9000) que tiene la 4-fosfopantetena como grupo prosttico; esta
molcula tiene en uno de sus extremos un grupo -SH que forma enlaces tio
ster de manera similar a como lo hace la HSCoA y sirve as como un
186

transportador de grupos R-(CO)- (acilo); la enzima est tambin presente en

procariotes16 donde el complejo multienzimtico ha sido parcialmente
estudiado.
La participacin de la sintetasa de cidos grasos en la biosntesis se lleva a
cabo a travs de una serie de pasos esquematizados en la figura 64.
La primera enzima que acta es la acetil transferasa que lleva el grupo
CH3(CO)- sobre una cisteina de la sintetasa de cidos grasos (E) (reaccin 1)
y luego el grupo malonil (-OOC CH2 (CO) ) es colocado por la malonil
transferasa sobre el HS de la PTA (reaccin 2).
Como resultado, los 2 grupos acilo estn muy cerca en la sintetasa (E) y en el
siguiente paso (reaccin 3) son condensados recibiendo el C+ el grupo acetil y
saliendo como CO2 el COO- marcado con **. Este mecanismo se estableci
gracias al empleo de 14C como marcador.
La protena PTA, es quien ahora tiene el grupo 3-ceto acil.
Este es reducido por una enzima que usa NADPH+H+ como coenzima
(reaccin 4); este dinucletido proviene de la va de pentosas fosfato y esta
reaccin regenera la forma reducida necesaria para la operacin de la va (ver
captulo 6, Catabolismo de Carbohidratos de este mdulo). El D-3- hidroxiacil
PTA producido pierde una molcula de H20 por medio de una deshidratasa
formndose un doble enlace 2,3-trans- (reaccin 5) que es reducido por otra
NADP- deshidrogenasa (reaccin 6).
El butiril SPTA unido a la sintetasa (E), es transferido enzimticamente sobre la
CySH (reaccin 7)
En esta primera vuelta de la biosntesis, la reaccin global sera:

Acetil-SCoA+Malonil SCoA+2 NADPH+2H++HSPTA
2 NADP+Butiril- SPTA
+2 HSCoA+CO2
16
Lipid metabolism / W. J Lennarz, - Anual review in Biochemestry. Vol 39, 1970. p359.
187

Figura 64: Esquema de las reacciones de biosntesis de cidos grasos

188

En la segunda vuelta, un nuevo malonil- CoA se transfiere al HS de la PTA

(reaccin 2) y luego se repiten las reacciones 3, 4, 5, 6 y 7 terminando el
complejo como:
En cada vuelta se aaden 2 carbones sobre el acilo ya formado, actuando el

malonil CoA como el donante de C.
El palmtico requiere 7 vueltas en total y la ecuacin global sera
7C02+8AcetilCoA+14NADPH+14H+7ATP+7H2Palmtico(C16)+7CO2+14NAD
P++7ADP+7 Pi
El proceso de alargamiento de los cidos grasos se efecta por medio de
sistemas enzimticos localizados en la mitocondria donde el Acetil-CoA es el
donante del par de carbonos recibidos por el acil-CoA; o tambin en el retculo
endoplasmtico, donde en forma muy activa se adiciona malonil-C0A sobre el
Para la biosntesis de los cidos grasos monoinsaturados, el palmtico y el
esterico sirven como precursores ya que por accin de una oxigenasa mixta
(emplea NADPH + H+ y O2) se crea el doble enlace cis en la posicin 9,10.
Los cidos grasos poliinsaturados (linoleico, linolnico) no pueden ser
sintetizados por mamferos, quienes no disponen de las enzimas necesarias;
por esta razn se consideran como esenciales y deben ser ingeridos en la
dieta.
Los procariotes y las plantas s pueden sintetizar los cidos grasos
poliinsaturados por medio de oxigenasas propias de cada tipo de organismo.
41.1.3 Biosntesis de triglicridos y fosfoglicridos
Estos tipos de compuestos comparten en su biosntesis, varios intermediarios y
algunas reacciones. Los intermediarios comunes son acil-CoA y glicerol-3fosfato; este ltimo puede provenir o de gliclisis (ver figura 43) o de la
fosforilacin del glicerol as:
189

Los acil-CoA se forman por la reaccin:
Un esquema general de la biosntesis de triglicridos y fosfoglicridos se ilustra

en la figura 65, donde los triglicridos y los fosfoglicridos se biosintetizan
gracias a una secuencia de reacciones que incluyen la formacin de un cido
fosfatdico a partir de 2 molculas de acil-CoA y glicerol-3- P (10), una
eliminacin del 0 por una hidrolasa (2) lo cual produce diacil-glicerol; hasta
este punto la ruta biosinttica es comn para los dos tipos de lpidos.
Si la clula necesita triglicridos, se lleva a cabo la reaccin (3); si se requieren
los fosfoglicridos el diacil-glicerol recibe un grupo fosfoetanolamina
proveniente de citidin-difosfatoetanolamina (CDPOCH2CH2NH2) por
accin de una transferasa (reaccin 4), apareciendo un primer tipo de
fosfoglicrido.
Cuando se requiere sintetizar lecitinas, la fostatidiletanolamina sufre una
metilacin en la que un derivado de la metionina (S-adenosilmetionina) acta
como donante de los grupos CH3 (reaccin 5).
Tambin, las lecitinas se pueden sintetizar por una va directa (reaccin 6) en la
que el diacil-glicerol recibe fosfocolina de un donante que es la CDP- colina.
Los otros fosfolpidos que estn en las membranas son sintetizadas en forma
similar empleando diacil glicerol y derivados del CDP1.
En los animales el catabolismo y anabolismo de los triglicridos ocurre
simultneamente y ellos se encuentran en un estado estacionario en
cantidades ms o menos constantes. Si los carbohidratos, protenas o grasas
son ingeridos en exceso respecto a los requerimientos energticos y
biosintticos, las caloras en exceso se almacenan como triglicridos. Su
biosntesis est controlada por hormonas como la insulina que la promueve, el
glucagon y hormonas adrenocorticales (cortisol) que la disminuyen.
190

Figura 65: Esquema de la biosntesis de triglicridos y fosfoglicridos

41.1.4 Biosntesis de colesterol

Dada la importancia de este esteroide como precursor de otros esteroides
biolgicamente importantes como son los cidos biliares y las hormonas
esteroidales, su biosntesis ha sido objeto de un gran nmero de trabajos y su
esclarecimiento por Bloch17, Lynen y Conforth les vali el Nbel en 1961.
Empleando 14C se ha establecido que la va biosinttica se inicia con la
condensacin de 3 molculas de acetil-CoA, producindose mevalonato que a
su vez es fosforilado y por prdida de CO2 e H genera isopentenilpirofosfato
que es una forma activa de una unidad isopreno. Luego 6 unidades isopreno se
17
The biological sntesis of colesterol K. Bloch.-Science.-Vol 150, 1965.-p.19
191

ensamblan para producir el escualeno que por ciclizacin produce el lanosterol,

que es un esteroide y a partir de l se obtiene el colesterol.
Las transformaciones anteriores son grupos de reacciones y la va en detalle es
una de las ms complejas que existen, por eso solo se indican los
intermediarios ya citados, en la figura 66.
Figura 66: Principales intermediarios en la biosntesis del colesterol

192

1. De acuerdo a las reacciones bioqumicas que se llevan a cabo en el catabolismo de triglicridos ,
analizar:
Ubicacin celular
Metabolito inicial
Metabolito final
Destino del glicerol procedente de la
hidrlisis de los triglicridos.
Intermediarios de la activacin de los
cidos grasos antes de la entrada a la
mitocondria.
Nombre del compuesto como entran
los cidos grasos a la mitocondria
Nombre del compuesto como quedan
los cidos grasos a la mitocondria
2. Esquematice en el recuadro ( se acepta en forma escaneada) la reacciones que sufrir el cido larico
, el cual es saturado de 12 carbonos. De igual forma calcule el balance de la degradacin, es decir el # de
molculas de ATP.
3. Esquematice en el recuadro (se acepta en forma escaneada) la reacciones que sufrir el cido oleico,
el cual es monoinsaturado de 18 carbonos. De igual forma calcule el balance de la degradacin, es decir
el # de molculas.
4. Dentro de lo cidos grasos saturados e insaturados, quien aporta mayor molculas de ATP?
5. Esquematice en el recuadro (se acepta en forma escaneada) la reacciones de biosntesis par la
formacin de un acido graso de 6 carbonos.
CAPITULO 9: METABOLISMO DE AMINOACIDOS 18

El captulo analiza el catabolismo de los aminocidos consumidos en la dieta y
los sintetizados en el organismo. El estudiante puede comprender que para
cada aminocido hay una ruta diferente, pero que hay rutas en las cuales
participan ms de un aminocido.
Se analiza que la degradacin de los aminocidos en relacin a su estructura
general tiene cuatro mecanismos, los cuales sirven de base para la formacin
eliminacin de otros aminocidos.
El capitulo presenta la degradacin de los aminocidos y cuando estos son
integrantes o vas de alimentacin de otras rutas como el ciclo de Krebs.
La biosntesis de aminocidos son conceptos que tambin se consideran en
este captulo.
18
193


Leccin 42: Catabolismo

Los aminocidos realizan una serie de funciones muy vanadas en el organismo
ya que son usados como bloques constituyentes de protenas, como
precursores de coenzimas, hormonas, ncleos porfirnicos, neurotransmisores,
antibiticos, etc. En condiciones especiales, cuando hay carencia de reservas
energticas, pueden incluso ser utilizados como fuente de energa.
La rata de conversin metablica de los aminocidos es considerable y se
calcula que un hombre de 70 kg, metaboliza alrededor de 400 g, diarios de
protenas, de los cuales cerca de un 25% entran en degradaciones oxidativas
que confluyen en el ciclo de Krebs y en consecuencia, son catabolizados hasta
CO2 y NH3.
Los aminocidos pueden ser catabolizados en diferentes circunstancias
metablicas:
Durante el proceso de renovacin normal de los tejidos, las protenas son
degradadas hasta aminocidos y si estos no se utilizan para sintetizar otras
protenas, son degradados oxidativamente.
Si la dieta provee ms de los aminocidos necesarios para satisfacer los

requerimientos de la sntesis de protenas corporales, el exceso se
cataboliza pues el organismo no puede acumularlos.
En ciertas condiciones metablicas, en las cuales no se permite la

utilizacin adecuada de los carbohidratos (por ejemplo, diabetes mellitus) o
en las cuales no hay suficientes reservas de polisacridos (ayuno), las
protenas son utilizadas como fuentes de energa y los aminocidos son
oxidados degradativamente.
Generalmente, el catabolismo de los aminocidos est precedido por la

hidrlisis de las protenas que en forma exgena a los tejidos se realiza en el
tracto digestivo por la accin combinada de proteasas como la pepsina (jugo
gstrico), tripsina, quimotripsina, exopeptidasas (jugo pancretico y glndulas
del intestino delgado); los aminocidos libres resultantes son absorbidos en el
intestino delgado y transportados por la sangre hasta los diferentes tejidos.
La degradacin de las protenas al interior de la clula (protelisis endgena)
no se conoce en detalle pero muy seguramente involucra las variadas
proteasas presentes en los lisosomas.
En contraste con lo ya discutido para la degradacin de carbohidratos y lpidos,
no es posible incluir todos los aminocidos en esquemas generales de
degradacin y por el contrario existen cerca de 20 sistemas multienzimticos,
194

uno para cada aminocido, que entran en juego en el catabolismo de la cadena

carbonada.
Leccin 43: Catabolismo de los grupos -NH2 y -COOExisten cuatro caminos por los cuales se modifican degradativamente los
aminocidos a nivel de los grupos -NH2 o -COO-.
43.1 Decarboxilacln
Un cierto nmero de decarboxilasas (clase liasas), catabolizan la siguiente
reaccin:
Estas enzimas, que utilizan el fosfato de piridoxal como coenzima, producen a

partir de ciertos aminocidos aminas con una actividad biolgica muy fuerte
(histamina a partir de His, DOPA-amina a partir de dihidrofenilalanina) y cuya
existencia es muy breve en la clula ya que son destruidas por aminooxidasas.
43.2 Deaminacin no oxidativa
Algunas enzimas presentes en ciertos microorganismos y en vegetales
superiores, catalizan la reaccin:
La enzima de este tipo mejor conocida es la aspartasa (clase liasa) que

transforma el cido asprtico en fumarato.
43.3 Transaminacin
La reaccin general catalizada por las transaminasas (transferasas) tiene como
objeto remover el grupo -NH2 de un aminocido dado y transferirlo finalmente
sobre un aceptor comn (el -cetoglutarato) y el producto posteriormente es
catabolizado. Podemos representar la reaccin as:
195

La mayora de las transaminasas son ms especficas para el -cetoglutarato

que para el aminocido donador del -NH2 y la reaccin es fcilmente
reversible pues el G es cercano a cero. Con varios aminocidos la reaccin
produce -cetocidos que son metabolitos del ciclo de Krebs o fcilmente
llegan a serlo, tal como se observa en las siguientes transaminaciones:
Uno de los aspectos ms importantes de este tipo de reaccin es la

canalizacin de los grupos -NH2 de todos los aminocidos hacia el cetoglutarato que acta como un transportador comn en la forma de Glu.
43.4 Deamlnacin oxidativa

En este camino el grupo -NH2 del Glu es liberado como NH3 por la
deshidrogenasa glutmica (oxido-reductasa) segn la reaccin:
196

La enzima presente solo en la mitocondria usa el NAD como coenzima

produciendo NH4 libre que es txico y por lo tanto debe ser eliminado (lo cual
se ver ms adelante), y regenerando el -cetoglutarato gastado en las
reacciones de transaminacin.
Esta reaccin junto con la transaminacin, ocupa un lugar clave en el
catabolismo de los aminocidos y la actividad de la enzima est modulada
positivamente por ADP e inhibida por GTP; en consecuencia, el funcionamiento
del ciclo de Krebs regula su actividad.
Leccin 44: Catabolismo del esqueleto carbonado
El esqueleto carbonado resultante de la prdida del -NH2 o del -COO-, es
degradado en cada caso (o sea para cada aminocido) por un sistema
enzimtico diferente que al fin de cuentas produce uno o dos intermediarios del
ciclo de Krebs. La figura 67 ilustra en forma general los puntos de entrada y los
metabolitos finales producidos en el catabolismo de estos esqueletos
carbonados:
Figura 67: Convergencia de los esqueletos carbonados de los AA al ciclo de Krebs.

197

En el caso de aminocidos con dos sitios de entrada (por ejemplo Phe, Tyr) ello
se debe a que durante el catabolismo se producen dos fragmentos que
finalizan como dos metabolitos diferentes del ciclo de Krebs.
Es interesante sealar como slo son cinco los metabolitos que finalmente
aparecen y son frecuentemente aquellos que en otros procesos catablicos
sirven como puntos de conexin con otras vas. Por otra parte esta
convergencia refuerza el papel central del ciclo de Krebs en el metabolismo
general de la clula.
Tomando como criterio los sitios de entrada a Krebs, los aminocidos que
producen Acetoacetil-CoA se llaman cetognicos (por producir cuerpos
cetnicos en el hgado) y el resto (unos 15 aminocidos) son llamados
glucognicos ya que por degradarse a piruvato, -cetoglutarato, succinato u
oxalacetato pueden dar lugar a glucosa y a glicgeno por la va de la
gluconeognesis.
Leccin 45: Eliminacin del NH4
El NH4+ liberado en la deaminacin oxidativa de Glu debe ser eliminado pues
su toxicidad es muy elevada; ello parece deberse a que la pequea fraccin
(1%) existente como NH3 penetra fcilmente a la clula y en la mitocondria
desplaza hacia la izquierda la reaccin catalizada por la hidrogenasa glutmica.
Cuando esto ocurre, se sintetiza Glu a expensas de -cetoglutarato y, por ser
este un intermediario del ciclo de Krebs, se disminuye la actividad de esta va y
por ende la oxidacin de la glucosa, que en el caso del cerebro, es
prcticamente la nica fuente de energa.
Para evitar estos problemas, el organismo posee mecanismos para transportar

el NH4 en una forma no txica y luego deshacerse de l en la orina.
El transporte de NH4+ se efecta usando diferentes mecanismos segn sea el
tejido donde se produce la deaminacin oxidativa.
En muchos tejidos perifricos incluyendo el cerebro, el NH4+ producido se
combina con Glu para formar Gln que es transportada por la sangre hasta el
198

hgado o los riones; la reaccin es catalizada por la glutamin-sintetasa (clase

ligasa) y podemos representarla as:
En el tejido muscular, donde la actividad metablica es considerable, tienen

lugar dos reacciones consecutivas. En la primera, que ilustramos como:
Una NADP-deshidrogenasa reduce el NH4+ hasta el -NH2 de Glu y en la

segunda reaccin se realiza una transaminacin usando como -cetocido el
piruvato:
199

Es interesante anotar que en esta secuencia:
Se incorpora el NH4+ como el grupo -NH2 de la Ala.
Se utiliza como aceptor de -NH2 al Piruvato que es un metabolito

abundante en el msculo.
Se regenera el -cetoglutarato, lo cual es importante pues existe una

cantidad limitada del mismo.
La Ala as formada transporta al nitrgeno (proveniente del NH4+) por el

torrente sanguneo hasta el hgado.
La excrecin del nitrgeno proveniente de los grupos -NH2 de los aminocidos
se realiza de tres maneras diferentes, segn la especie animal de que se trate:
En el caso de los peces, la glutamina circulante en la sangre llega a las

branquias y all se efecta la reaccin:
El NH4 se solubiliza rpidamente en el agua que llega a las branquias y

as es eliminado; los animales que usan este sistema de excrecin se
llaman amonotlicos (excretores de amonaco).
Las aves, los Insectos y los reptiles convierten el nitrgeno de los
aminocidos y de las bases purnicas en cido rico por un proceso
multienzimtico relativamente complejo. Por tal razn se conocen como
uricotlicos.
Los vertebrados terrestres, excretan el nitrgeno de los aminocidos
sintetizando urea en el hgado por un proceso descubierto por Krebs y
Henselit que recibe el nombre de Ciclo de la Urea. Las reacciones que
se suceden, se ilustran en la figura 68.
El glutmico y/o la glutamina que vienen por la sangre, liberan NH4 (reacciones
1 y 2) al interior de la mitocondria heptica por medio de la glutaminasa o de la
deshidrogenasa; este NH4 (que proviene, como ya vimos de los grupos -NH2
200

de los aminocidos) reacciona con ATP y HCO3 gracias a una sintetasa

(reaccin 3) para formar un compuesto de alta energa que es el Carbamilfosfato.
Este se une con la ornitina (aminocido no proteico) que proviene del
citoplasma (4) para formar citrulina, que es otro aminocido no proteico, el cual
sale del citoplasma. All la citrulina se combina con una molcula de asprtico,
generado por las reacciones de transaminaciones que se vieron antes, para
formar argininosuccinato, estando catalizada la reaccin por una sintetasa que
emplea ATP como coenzima (reaccin 5).
Figura 68 Ciclo de la Urea

201

Este compuesto se rompe (en el enlace marcado con la lnea punteada) por
accin de una liasa (6) y produce Fumarato que va al ciclo de Krebs y Arginina;
sta se degrada a su vez (7) produciendo urea y ornitina.
La ornitina regenerada penetra a la mitocondria y el ciclo est listo para
recomenzar; la urea es transportada por la sangre hasta el rin para ser
excretada en la orina.
En este ciclo se ve como hay una cooperacin de enzimas mitocondriales y cito
plasmticas para eliminar dos productos de desecho como son el NH4 y el
HCO3.
El costo energtico es alto pues el balance de ATP muestra que por molcula
de urea producida se consumen dos ATP en la reaccin 3 y que en la reaccin
5 se produce una de AMP ms pirofosfato a partir de un ATP, lo cual significa
que en ltimo trmino el consumo total es de cuatro ATP por molcula de urea
sintetizada.
Se ha calculado que alrededor de un 15% de la energa obtenida por el
catabolismo del esqueleto carbonado de los aminocidos, se invierte en la
produccin de la urea como forma de excrecin del grupo -NH2.
Leccin 46: Biosntesis
De manera anloga a lo que ocurre en la degradacin de los aminocidos, su
biosntesis se lleva a cabo por medio de variadas rutas metablicas cada una
de las cuales es propia de un determinado aminocido; en algunos casos
(lisina, isoleucina) hay hasta unas dos o tres rutas diferentes para cada uno.
Los organismos vivientes difieren ampliamente respecto a su capacidad y
respecto a la fuente de nitrgeno que emplean.
El hombre posee los sistemas enzimticos que le permiten la biosntesis a
partir de NH3 de slo diez aminocidos, que corresponden a los aminocidos
no esenciales, los aminocidos restantes (esenciales) deben ser ingeridos en la
dieta; los nitritos o nitratos no pueden ser utilizados como fuente de nitrgeno
protenico.
Los rumiantes aunque no sintetizan por s mismos sino los aminocidos no
esenciales, pueden emplear el NO2- o el NO3- como fuente, gracias a la accin
de los microorganismos presentes en el rumen que reducen estos compuestos
a NH3.
Las plantas superiores sintetizan todos los aminocidos y emplean NH3, NO2- o
NO3- como fuente de nitrgeno protenico; algunas de ellas (las leguminosas)
pueden inclusive fijar el nitrgeno atmosfrico a travs de un proceso
simbitico con bacterias del gnero Rhlzobium.
Los microorganismos por su parte difieren muchsimo en su capacidad
biosinttica de aminocidos y es as como la Escherlchia coli puede elaborar
202

todos sus aminocidos, mientras que ciertos Lactobacillus slo fabrican de

cuatro a cinco aminocidos.
La tabla 21 indica cuales aminocidos son esenciales o no para el hombre:
Tabla 21: Clasificacin de los AA esenciales o no, en humanos
Aminocidos No Esenciales
Glutmico
Glutamina
Alanina
Asprtico
Asparagina
Prolina
Glicina
Serina
TiroSina*
Cisteina*
Aminocidos Esenciales
Leucina
Isoleucina
Lisina
Metionina
Fenilalanina
Treonina
Triptfano
Valina
Arginina
Histidina
*Requieren de Phe y Met respectivamente para su biosntesis, por lo cual se consideran como
semiesenciales
Dada la particularidad de rutas existentes para la biosntesis de cada

aminocido, es muy difcil generalizar. En principio las rutas son ms sencillas
para los aminocidos no esenciales que para los esenciales; adems, la
biosntesis de estos ltimos est regulada casi siempre por mecanismos de
retroinhibicin bastante eficientes.
Para ilustrar lo anterior consideramos la sntesis de algunos aminocidos no
esenciales y la de dos esenciales.
El Glu, Asp y Ala se sintetizan a partir de los -cetocidos correspondientes,
que se encuentran en a clula como intermediarios del ciclo de Krebs por
reacciones de transaminacin o de aminacin inversas a las que ocurren en su
catabolismo.
En el caso de la Ala, la reaccin es la siguiente:
203

Figura 69: Biosntesis de Thr y Met

El cido glutmico se sintetiza por una reaccin que transfiere el NH4 sobre el
-cetoglutarato y es catalizada por una deshidrogenasa que emplea como
coenzima el NADPH.
204

La Asn y Gln se forman por accin de sintetasa que incorporan NH4+ a los
aminocidos respectivos (Asp, Glu) consumiendo energa; en el caso de Asn,
la reaccin es:
En contraste con las biosntesis anteriores, que slo involucran una a dos
reacciones, la formacin de Met o de Thr ocurre a travs de una va compleja
(figura 69) que ilustra muy bien algunas de las caractersticas de la biosntesis
de los aminocidos esenciales.
Se puede apreciar que en la biosntesis de Thr y Met se realiza a partir de Asp
por medio de varias reacciones comunes, lo cual no es frecuente en la
biosntesis de aminocidos, (1 a 3) que producen homoserina, punto en el cual
cada va transcurre por caminos diferentes.
La biosntesis de Thr es algo ms sencilla (reacciones 4 a 7) y el producto final
(Thr) acta como un inhibidor reversible de la primera reaccin de la va,
cuando se sintetiza ms Thr de la necesaria; este tipo de inhibicin se conoce
como retroinhibicln y es un excelente ejemplo que ilustra el principio
metablico de una mxima economa ya que al bloquearse la primera reaccin
no se sintetizan metabolitos intermediarios innecesarios.
La biosntesis de Metionina requiere la presencia de cisteina (reaccin 9) para
formar el cistation que se rompe (en los sitios indicados por las lneas curvas)
por accin de una liasa (10) y nos da homocistena, piruvato y NH4+.
La homocistena sufre una metilacin, catalizada por una transferasa (11) que
emplea como coenzima el metiltetrahidrofolato, formndose la metionina; este
205

aminocido regula su propia biosntesis por un mecanismo de retroinhibicin

que bloquea la reaccin de la homoserina con Succinil-CoA (reaccin 8).
La biosntesis de aminocidos con anillos en su cadena lateral (His, Phe, Trp)
es an ms compleja y produce, en el caso del Trp, metabolitos que sirven
como intermediarios en la sntesis de productos secundarios (ligninas) en
plantas.
Hay cuatro reacciones que ocurren a nivel del catabolismo de Catabolismo de los grupos -NH2 y -COO-.
1. realice la reaccin qumica con el uso de las estructura qumicas, de deaminacin oxidativa para
producir fumarato a partir del cido asprtico.
2. realice la reaccin qumica con el uso de las estructura qumicas, transaminacin partiendo de la
serina para producir el alfa-cetocido correspondiente y cido glutmico.
206

AUTOEVALUACIN UNIDAD 3
1. Cul es la diferencia entre organismos autotrficos y heterotrficos?
2. Cul es el significado en trminos descriptivos (no matemticos) de
entalpa, entropa y energa libre?
3. Cmo se puede calcular el cambio en energa libre a partir de la constante
de equilibrio de una reaccin?
4. Cmo se relaciona el cambio en energa libre con la diferencia de
potenciales de reduccin estndar de una reaccin de xido-reduccin?
5. Cul es la transformacin global que ocurre en la fotosntesis?
6. De las siguientes actividades metablicas cules podra sealar usted
como las ms bsicas? Indique aquellas que poseen las caractersticas ms
generales en todos los organismos.
a.
b.
c.
d.
e.
f.
g.
Utilizacin de C.
Sntesis de triptfano.
Transformacin de nutrientes exgenos.
Catabolismo y anabolismo de macromolculas.
Absorcin de energa luminosa.
Transformacin de energa.
Sntesis y degradacin de biomolculas.
7. Explique brevemente cules son las actividades fundamentales que tienen

lugar en el curso del metabolismo.
8. Cite los factores que permiten controlar el metabolismo.
9. En qu consiste:
La compartamentalizacin.
La universalidad de las vas metablicas.
10. Explique en trminos generales como se puede prever el sentido de
reacciones cido-base y redox.
11. Explique qu significa el potencial de transferencia de grupos y cmo se
usa para predecir el curso de las reacciones de fosforilacin.
12. Plantee las razones que sealan la importancia del ATP en el metabolismo.
13. Explique el significado del concepto potencial de transferencia de grupo.
Cules son sus aplicaciones?
207

14. Efecte el balance de carbono, ATP y coenzimas, cuando una molcula de

sacarosa es oxidada anaerbicamente. Compare los valores con los obtenidos
cuando la sacarosa es oxidada completamente. Recuerde que la oxidacin
completa incluye gliclisis, ciclo de Krebs y fosforilacin oxidativa.
15. Calcule el nmero de ATP producido por la oxidacin anaerobia de 1.5 m
moles de Glucosa y comprelos con los obtenidos en la oxidacin aerobia de
0,75 m moles de Glucosa. Explique la razn de la diferencia.
16. Analice en forma comparativa la gliclisis con la va de las pentosas fosfato.
Proceda por etapas considerando adems de los aspectos mencionados en el
primer punto, las reacciones que se suceden.
17. Elabore un cuadro de las vas catablicas de los carbohidratos
comparndolas respecto a su localizacin celular, compuestos iniciales y
terminales, metabolitos intermedios que sirven como puntos de conexin con
otras vas y su balance energtico en trminos de ATP...
18. Explique en qu consisten las reacciones anaplerticas Cul es su
importancia? Cite un ejemplo.
19. Describa como sucede la fosforilacin oxidativa en eucariotes. Indique los
principales transportadores de e-, los sitios de fosforilacin y la accin de los
agentes desacoplantes.
20. Deduzca a partir de las reacciones que ocurren en la va del glicerol-3fosfato, cul es la utilidad de esta va.
21. Plantee las finalidades de la va de las pentosas fosfato.
22. Escriba las reacciones para el paso de piruvato a PEP en la
gluconeognesis; compare su costo energtico con el de la reaccin inversa.
23. Indique la secuencia de reacciones (incluyendo o no las frmulas) por las
cuales se realiza la gluconeognesis.
24. Identifique en los compuestos siguientes, cules son donadores de
electrones en la etapa luminosa de la fotosntesis.
25. Especifique en cada caso el tipo de organismo (anaerobio o aerobio) que lo
utiliza:
S.
HCO-3
O2.
H2O.
Isopropanol.
CO2
208

Lactato
H2S.
26. Seleccione entre los siguientes compuestos, aquellos que actan en la

etapa luminosa de la fotosntesis; explique brevemente el papel de cada uno.
NADP+.
FAD.
O2.
Clorofilas
Ribulosa-1,5-di P.
Citocromos.
Carotenoides.
Fitocromos.
Cmo se clasifican los lpidos? Ilustre con un ejemplo cada uno de los
tipos.
27. Mencione dos ejemplos de:
a. cidos grasos saturados.
b. cidos grasos mono insaturados.
28. cidos grasos poli insaturados. Compare, haciendo una tabla, la oxidacin con la biosntesis de los cidos grasos. Qu principio del
metabolismo se demuestra con esta comparacin?
29. Ilustre cmo actan las diferentes fosfolipasas. Considere una lecitina como
sustrato inicial.
30. Explique cmo acta la sintetasa de cidos grasos en la biosntesis de los
mismos.
31. Describa las principales reacciones del catabolismo de los fosfoglicridos.
32. Compare el catabolismo de los triglicridos con el de los fosfoglicridos en
cuanto a:
Produccin de energa.
Empleo de metabolitos intermedios en las vas biosintticas respectivas.
33. Explique cmo se realiza el catabolismo del colesterol.
34. Ilustre cmo se realiza la biosntesis de cidos grasos poliinsaturados en
las plantas, tomando el cido linolnico como ejemplo.
35. Compare la degradacin con la biosntesis del cido oleico.
209

36. Indique la correspondencia entre los compuestos de la columna A y el tipo

de compuesto sealado en la columna B. Los trminos de la columna B se
pueden utilizar dos veces o ninguna vez.
A
B
1) Pepsina
a) Lipasa
b) Intermediario en el ciclo de Krebs
2) -cetoglutarato
3) Deshidrogenasa glutmica c) Intermediarios de fosfatos de pentosa
4) NADP+
d) Proteasa
5) Quimotripsina
e) Aminocido protico
f) -cetocido
6) NAD+
7) Piruvato
g)Coenzima de la deshidrogenasa biosinttca
8) Arginina
h) Coenzima de la deshidrogenasa catablica
37. En cules vas metablicas se produce NADPH + H+? Cul es el papel
de este compuesto?
38. Esquematice el camino recorrido por el grupo -NH2 de los aminocidos
durante su metabolismo. No es necesario escribir la secuencia de reacciones
que tienen lugar durante el proceso.
39. Analizando el ciclo de la urea, seale los principios generales del
metabolismo que usted pueda reconocer.
40. Ilustre sobre el ciclo de Krebs cules son los puntos de entrada de los
productos del catabolismo de los esqueletos carbonados de los aminocidos.
Esquematice el ciclo de Krebs empleando los nombres (no las estructuras) de
sus intermediarios.
41. Explique por qu el organismo debe eliminar el NH4 producido durante el
catabolismo de los aminocidos. Cules diferencias existen entre los distintos
organismos respecto al mecanismo de excrecin?
4.2 Ilustre las reacciones por las cuales se biosintetizan el Asp y el Glu.
Recuerde cmo se sintetiza la Ala y establezca las analogas correspondientes.
4.3 Ilustre cmo se sintetiza GIn. Recuerde la biosntesis de Asn y deduzca las
reacciones que tienen lugar.
4.4 Ilustre por medio de reacciones generales, las principales vas degradativas
de los grupos -NH2 y -COOH de los aminocidos.
4.5 Demuestre con las reacciones apropiadas, cmo se sintetizan Glu, Asn y
Ala.
210

Para ampliar algunos conceptos tratados sobre catabolismo de carbohidratos
consulte:
1. The source of muscular energy/ Rodolfo Margaria.- - Scientific American.- Vol 226, 1972.- - p84.
2. Cytochrome C and the evolution of energy metabolism/ Richard E. Dikerson.- Scientific American.- - vol 242, 1980.- - p137
3. How ceil make A TP/ Peter C. Hinkle, Richard. E. McCaity.- - Sclentlflc
American. vol 238, 1978.- - p104.
Para ampliar algunos conceptos tratados sobre metabolismo de carbohidratos
consulte:
1. The photosyntetic membrane / Kenneth R. Miller.- - Scientific American. - Vol 241.1979.- p100.
2. How cells make ATP / Peter C. Hinkie, Richard, E. McCarty.- - Scientific
American-Vol 238, 1978.- - p104.
3. The absortion of light in photosyntesis/ Rajni Govindjee Govindjee. - Scientific American.- Vol 231, 1974.- - p68.
4. The path of carbon in photosyntesis / James A Bassham. - - Scientific
American. - Vol 206, 1962.- - p88.
Para ampliar algunos conceptos tratados sobre metabolismo de aminocidos
consulte:
1.
Aminoacid biosynthesis and its regulation / H.E. Unbarger.- - Annual
Revlew In Biochemlstry.- - Vol 47, 1978.- - p533-606.
2.
Regulation of aminoacid metabollsm / HE. Umbarger. - - Annual Revlew
In Biochemlstry. - - Vol 38, 1969.- - p323-370.
211

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