Tema 13 Expresin y regulacin gentica

Papel biolgico del ARN: En la clula, el ADN se encarga de almacenar y

transmitir la informacin gentica, necesaria para llevar a cabo la sntesis de las
protenas que la clula utiliza en cada momento y para controlar todos los
procesos biolgicos. El ARN tiene un papel central en el proceso de plasmacin de
la informacin almacenada en el ADN, actuando en todos los procesos que permiten
construir una protena a partir de la informacin contenida en el ADN.
1. Sntesis de DNA o transcripcin: cualquier molcula de RNA que se
encuentra en una clula ha sido sintetizada a partir de un molde de DNA a
travs du un proceso llamado transcripcin, hay una diferencia con la
duplicacin del DNA. En el caso del DNA, cuando se inicia el proceso todas las
clulas contenidas en la clula se replican a la vez y lo hacen durante el ciclo
celular. En cambio en la sntesis de DNA se trata de un proceso selectivo, ya que
no todos los genes se transcriben a la vez sino que se van a expresar en
determinados momentos de la vida del organismo, incluso en determinados
tejidos. El proceso de transcripcin va a ser similar en organismos procariotas y
eucariotas.
a. Transcripcin en bacterias: partimos de la sntesis de RNA sigue las reglas
descritas para el DNA, es decir, que una hebra de DNA sirve de molde para que
la enzima aada los nucletidos complementarios en la direccin 5- 3. La
nica diferencia es que solo una hebra del DNA ser utilizada como molde. Las
enzimas que llevan a cabo el proceso son las RNA polimerasas: estas enzimas
reconocen esta seal en el cromosoma indica donde comenzar y terminar el
proceso. Por ello a la unidad de transcripcin de un gen se diferencian tres
regiones: promotor, secuencia codificante y seal de terminacin. En los
promotores es donde la RNA polimerasa se fija, esta secuencia se localiza
inmediatamente antes que la regin
Codificante.

Despus de estudiar varias secuencias de genes se ha visto que existe una

secuencia consenso en la posicin fija en la regin 5la cual no codifica al gen,
esta regin se llama 5UTR. Aqu es donde estara la seal para que la encima
RNA polimerasa comience a sintetizar el RNA.
b. Etapas de la transcripcin en bacterias: las procariotas solo tienen 1 RNA
polimerasa, la cual tiene varias subunidades proteicas. En la transcripcin se
diferencian 3 etapas:
i. Iniciacin: la RNA polimerasa se asocia al DNA, unindose al promotor,
cuando la subunidad (sigma) se integra en el complejo de la RNA
polimerasa se forma el holoenzima, este empieza la transcripcin. Una vez
que ha comenzado el proceso la subunidad (sigma) no es necesaria y se
suelta de la maquinaria de transcripcin
ii. Elongacin: no se necesita la actividad exonucleasa 3-5 (correccin de
errores), porque las molculas de RNA son efmeras, es decir no se perpetan
en el proceso de duplicacin. El primer nucletido de RNA va a tener 3

fosfatos en la posicin 5, y va a formar un enlace fosfodiester con el segundo

ribonucletido. En este caso la propia enzima va a ir desenrollando la doble
hlice de DNA segn va avanzando la maquinaria sinttica, la cual va
formando una burbuja de transcripcin de 18 nucletidos. La doble hlice de
DNA se va a cerrar a medida que se realiza la copia RNA. Es decir en este
proceso se forman tramos de hlice hbrida entre RNA y DNA molde. La RNA
polimerasa sigue transcribiendo hasta que encuentra una seal de
terminacin
durante este proceso en la molcula de DNA existe superenrollamientos, es
decir en la regin que se est transcribiendo, el DNA de doble hlice se
desenrolla un giro permitiendo que la hebra no codificante del DNA forme un
segmento corto que se corresponde con esa doble hlice hbrida, a medida
que la RNA polimerasa avanza, el DNA se desenrolla delante del extremo 3
creciente del RNA que se vuelve a enrollar detrs de l. Por eso se llama
superenrollamiento positivo a la zona de DNA a la zona del DNA que va
delante de la burbuja de transcripcin, y de superenrollamiento negativo a la
zona de DNA que se encuentra detrs de la burbuja de transcripcin
iii. Terminacin: Una vez que la RNA polimerasa ha copiado la secuencia del
gen, incluyendo la secuencia de terminacin, la enzima se descuelga del DNA.
En este proceso se necesita la colaboracin de ciertos factores proteicos en
alguna ocasin, como el factor rho:
Proceso no dependiente de factor rho: en este caso la molcula de
RNA sintetizada contiene secuencias nucleotdicas repetidas en inversas
orientaciones, seguidas de un segmento de 8 pares de bases A-T, que una
vez transcritas se van a aparear formando una estructura en horquilla que
promueve la disociacin del complejo enzimtico liberando la molcula de
DNA
Proceso dependiente de factor rho: se necesita la presencia de una
protena con forma de anillo formada por 6 subunidades proteicas, llamado
factor rho, la cual reconoce la secuencia de terminacin transcrita al salir
de la burbuja de transcripcin. Este proceso necesita la hidrlisis de 1 ATP.
c. Transcripcin en genes eucariotas: el proceso de transcripcin va a ser
similar al descrito en bacterias, existen unas pequeas diferencias:
i. Hay 4 tipos de RNA polimerasa, es decir hay una gran especializacin en el
proceso de transcripcin, de forma que cada RNA polimerasa sintetiza
especficamente un RNA.

ii. Las RNA polimerasas necesitan factores que promuevan la iniciacin: factores
de transcripcin generales
iii. La terminacin en eucariotas es un proceso menos preciso, no existe una
secuencia consenso de terminacin
iv. El control de la transcripcin est ms regulado, ya que los genes estn mas
distanciados y poseen muchos tramos de DNA con elementos reguladores.
v. La iniciacin de la transcripcin ocurre en la cromatina

Iniciacin del RNA en eucariotas: el proceso de unin de la enzima

comienza con la unin del factor TFIID a una secuencia pequea de DNA,
formada por T y A, que por su composicin se la llama secuencia TATA. Una vez
se a unido al DNA, el factor TFIID se libera una vez que ha provocado una
distorsin en el DNA, que favorece la unin de otras protenas a las secuencias
promotoras. La secuencia TATA se localiza a 25 nucletidos a la izquierda del
sitio de inicio de transcripcin. Una vez que la RNA polimerasa se ha fijado al
promotor tiene que ser liberada del complejo de los factores de transcripcin e
inicia su tarea de sintetizador. Una etapa clave en este proceso va a ser la
agregacin de grupos fosfato a la cola de la RNA polimerasa, esta accin la
realiza el factor de transcripcin TFIIH, el cual contiene una enzima
proteinquinasa en una de sus subunidades
Elongacin del RNA en eucariotas: se forma un dplex de DNA-RNa de 12
subunidades, muy inestable y la cadena de RNA se separa de la de DNA a
medida que la RNA polimerasa avanza. A medida que el dplex se deshace, las
dos cadenas de DNA vuelven a restablecer la doble hlice.
Terminacin del proceso de transcripcin: este proceso es menos preciso
que en bacterias, la RNA polimerasa va a seguir sintetizando el gen hasta la
posicin 3-UTR, luego el RNA se separa de la molcula de DNA, una vez que la
RNA polimerasa se ha separado, se eliminan los grupos fosfato mediante una
enzima fosfatasa.
-

En bacterias exista una secuencia repetida de A-T, y en eucariotas a dems

de esta, podemos observar regiones ricas en G-C, que preceden a bases de
A y T facilitando la formacin de esa horquilla.
Si la terminacin depende de factor rho: en este caso el RNA despus
de una secuencia palindrmica, no existen secuencias de A seguidas, sino
que hay una regin rica en C y A. en este caso es necesaria la intervencin
de la protena rho para deshacer ese hbrido de DNA-RNA

Maduracin del RNA eucariota: otra diferencia con los procariotas es que el
gen de estos puede codificar a mas de una protena, se dice que son genes
policistrnicos; mientras que los genes de los eucariotas son monocistrnicos.
En el caso de las bacterias la expresin de un gen se realiza en el mismo
espacio celular, mientras que en clulas eucariotas la transcripcin se realiza
en el ncleo de la clula, donde los RNA transcritos, pasan un control de calidad
para poder ser exportados al citoplasma donde van a ser traducidos
-

Procesamiento del pre- mRNA: el transcrito pre-mRNA antes de

convertirse en mRNA maduro va a sufrir modificaciones en sus extremos
con el fin de aumentar su estabilidad e impedir su degradacin
o Adicin de la caperuza en el extremo 5: se lleva a cabo
simultneamente al proceso de transcripcin. A medida que se va
descolgando la molcula de mRNA, al extremo 5 se le aade un
nucletido modificado: 7 metil guanosina, que realiza la funcin de
caperuza. Esta modificacin tiene gran importancia en la inicacin de la
sntesis de protenas.
o Adicin de la cadena de PoliA en el extremo 3: cuando termina la
transcripcin, una enzima degrada parte del transcrito en la regin 3UTR
para que posteriormente otra enzima aada poliadeninas (cola de PoliA).
o Eliminacin de los intrones de los pre-mRNA (RNA splicing): Una vez
que hemos modificado los extremos de la molcula del mRNA sigue su

proceso de maduracin en una etapa llamada splicing, donde se van a

eliminar las secuencias no codificantes que son los intrones dejando
nicamente las secuencias codificantes o exones. Los enzimas que se
encargan de eliminar los intrones son ribozimas es decir molculas
formadas por RNA catalticos y protenas llamadas partculas
ribonucleoproteicas nucleares (snRNP), estas se van a unir a
determinadas secuencias del RNA promoviendo un corte en el extremo 5
del intrn, dejando un extremo 3OH libre del exn 1. El intrn liberado
en un extremo forma una estructura en forma de lazo por medio de una
unin de un nucletido de adenina que posee el 2OH libre en el extremo
5fsforo de la guanina liberada del extremo 5del intrn. Posteriormente
se da un corte en el extremo 3del intrn liberndose, y ser degradado
por nucleasas que se encuentran en el ncleo. El extremo libre del 3OH
del exn 1 se va a unir al extremo 5del exn 2. Este mecanismo de corte
y empalme que se realiza por las partculas snRNP forman un gran
complejo llamado spliceosoma formado por 5 snRNP diferentes.
o Procesamiento del pre-tRNA: estos RNA proceden de precursores muy
largos, ocasionalmente podemos encontrar en ellos intrones que sern
eliminados en el proceso similar al RNAm. En el caso de que 2 o mas
tRNA se encuentren en el mismo RNA transcrito van a ser separados
mediante un corte enzimtico, esa enzima es una endonucleasa RNAsa
P.Esta enzima elimina el RNA del extremo 5.Los precursores de los RNAt
pueden ser sometidos a otra modificacin donde el trinucletido del
extremo 3,donde se va a unir el aminocido en la etapa de sntesis de
protenas, si no se encuentra en la molcula se le aadir en esta
modificacin. La enzima que lo lleva a cabo es una RNAt nucleotidiltransferasa. No va a depender de la presencia de la molcula DNA.
o El procesamiento del pre-RNAribosmico: Los RNA ribosmicos
proceden de un nico precursor. En su proceso de maduracin se
eliminan los RNA de los extremos. Posteriormente, los RNAribosmicos
son modificados para asegurar su maduracin en los procesos de
metilacin. Para cortar los diferentes RNAribosmicos se utilizan enzimas
RNAsas.
2. Biosntesis de protenas: el t RNA es el que se encarga de llevar los aa para
la sntesis de protena. LA unin de los aa con el tRNA produce la activacin de
los aminocidos.
a. Activacin de los aa: Esta es la primera etapa en la sntesis de protenas, las
enzimas que se encargan de unir especficamente a cada tRNA su aa son las
aminoaciltRNA sintetasas. Es decir existe una encima diferente para cada aa.
Estas enzimas catalizan la unin covalente entre el extremo 3OH del tRNA con
el grupo carboxilo (COOH) del aa. Esta reaccin tiene que acoplarse a la
hidrlisis de 1 ATP, por lo tanto este proceso se lleva a cabo en dos pasos
sucesivos: 1 se activa el aa como aminoacil AMP. 2 se une el aa al 3OH del
tRNA liberndose una molcula de AMP
b. Sntesis de protenas: los ribosomas estn formados por RNA y protenas.
Cada ribosoma a su vez est formado por dos subunidades, cada una tiene
diferentes RNAr y ambas se asocian en el citoplasma, dentro del ribososma.
Dentro del ribosoma existen tres sitios que pueden ser ocupados por tRNA.
c. La concentracin de una protena en la clula viene determinada en la clula
por un equilibrio en el que al menos intervienen 7 procesos, el primero es la
transcripcin del RNA, el segundo la modificacin del RNAm, el tercero
degradacin del RNAm, el cuarto proceso de traduccin proteica, el quinto
modificacin postraduccional de la protena, sexto destino y transporte de las

protenas, sptimo degradacin de las protenas. En ese control el inici de la

transcripcin va a permitir la regulacin sincronizada de muchos genes, que
codifican productos con actividades interdependientes.
d. Aquellos genes que se necesitan en todo momento como los enzimas de las
rutas metblicas, se van a expresar a un nivel constante. A estos genes se les
denomina genes constitutivos y su expresin se denomina expresin gnica
constitutiva. Cuando el nivel celular de los productos gnicos aumentan o
disminuyen en respuesta a seales moleculares, se habla de expresin gnica
regulada y aquellos productos que aumentan de concentracin en ciertas
condiciones moleculares, se les llama inducibles. Aquellos productos gnicos
que disminuyen su concentracin en respuesta a seales moleculares se les
llama reprimibles
3. Regulacin de la expresin genca en bacterias: el mecanismo general de
las bacterias que utilizan para regular los genes que codifican los productos
respectivos que estn agrupados en el cromosoma y se transcriben juntos,
aparecen el promotor y el gen se le llama opern. Es habitual que estos en
bacterias incluyan de dos a seis genes transcritos como nica unidad. Este
opern incluye los genes de 3 enzimas: la B-Galactosidasa, la
galactsidopermeasa y la tiogalactsidotransacetilasa
a. En el caso de que no haya lactosa en el medio: los genes del operon Lac
estn inhibidos
b. En el caso de que haya lactosa en el medio: para que esta lactosa sea
captada y metabolizada por la clula, necesita la presencia de las tres
enzimas. En este caso, existe un inductor que se une a un sitio especfico del
represor, provocando un cambio conformacional, de esta manera favorece la
transcripcin de los tres genes enzimticos
4. El control de la expresin gnica en eucariotas: existen diferentes puntos
de control.
a. Modificacin de la estructura del gen: la modificacin de la cromatina
puede producirse a varios niveles: modificacin qumica del DNA por
metilacin, por ejemplo si metilamos las citosinas se provoca una inhibicin en
la transcripcin del gen indicado. Las segunda es una acetilacin, esta
acetilacin favorece una mejor unin de los factores de transcripcin,
promoviendo la transcripcin del gen. La tercera modificacin qumica se lleva
a cabo sobre los factores de remodelacin de la cromatina, estos factores van
a permitir un mejor ajuste entre el DNA y el octmero de histonas.
b. Regulacin de la transcripcn: este punto de control es muy importante
desde el punto de vista energtico de la clula. En este paso los factores
generales de transcripcin se van a unir a la secuencia del promotor, y son
necesarios para que la RNApol se acople e inicie la transcripcin. En general se
necesita la colaboracin de protenas reguladoras, que se van a unir a las
secuencias reguladoras-incrementadores, que pueden encontarse a gran
distancia del promotor. Adems tambin existen inhibidores que compiten con
los activadores impidiendo la activacin del gen.
c. Maduracin del RNA: ya hemos visto que los RNA correctamente procesado
son los nicos exportados fuera del ncleo (eliminacin de intrones, adiciones
de cap,).
d. Estabilidad de los RNA es decir vamos a regular la degradacin de los RNAm
a travs de siRNA, que colaboran con protenas provocando una pequea
rotura en el mRNA, favoreciendo su degradacin, esto va a estar regulado por
protenas, factores y secuencias de RNA como los microRNA impidiendo su
traduccin

e. Nivel de modificacin postraducional de la protena: muchas protenas

tras ser sintetizadas, pueden sufrir modificaciones que provocan que esa
protenas sea activa o inactiva
5. Las protenas reguladoras: si nos centramos en ellas
Poseen dominios de unin al DNA caractersticos: helicegirohelice, dedo de zinc
homeodominio. Poseen dominios de unin a protenas: cremallera de leucina,
hlicelazohlice bsica.
6. Conceptos
Una clula eucarionte expresa parte de sus genes y los distintos tipos celulares en
los zorganismos multicelulares se originan porque, a medida que una clula se
diferencia, se expresan distintos grupos de genes
Aunque todas las etapas involucradas en la expresin gnica pueden ser
reguladas ara la mayora de los genes, el inicio de la transcripcin es el punto de
control mas importante
La transcripcin de genes individuales se activa y se inhibe en las clulas por
reguladores de la transcripcin, que actan mediante la unin a tramos cortos de
DNA denominados secuencias de DNA reguladoras
En las bacterias, los reguladores de la transcripcin suelen unirse a secuencias de
DNA prximas al lugar donde la RNA polimerasa se une. Ellos pueden activar o
reprimir la transcripcin del gen. En eucariontes, estas secuencias de DNA
reguladoras, estn separadas del promotor por miles de pares de nucletidos.
Los reguladores de la transcripcin eucariontes actan de dos modos
fundamentales: 1)pueden afectar en forma directa el proceso de ensamble de la
RNA polimerasa y los factores de transcripcin generales en el promotor, 2) pueden
modificar en el nivel local la estructura de la cromatina de las regiones promotoras
En los eucariontes la expresin de un gen suele ser controlada por una
combinacin de reguladores de la transcripcin
Las clulas tambin pueden regular la expresin gnica al controlar procesos que
ocurren despus de quela transcripcin ha comenzado. Muchos de estos
mecanismos se basan en las molculas de RNA que pueden influir en su propia
transcripcin o
traduccin
Los microRNA (miRNA) controlan la expresin gnica mediante apareamiento de
bases con mRNA especficos y regulan su estabilidad y transduccin