INSTITUTO POLITECNICO

NACIONAL
Unidad Profesional Interdisciplinaria de
Biotecnologa

TECNOLOGAS DE RECOMBINACIN GENTICA

PROYECTO BIOINFORMTICA
Eritropoyetina
Grupo: 5BV1

Castillo Garca Sama Tamara

Profesor:
Rodrguez Muoz Gerardo

2 de Junio de 2016

Introduccin

La eritropoyetina (EPO)
La eritropoyetina es una hormona glicoprotica de gran
importancia para la formacin de glbulos rojos durante la
generacin de sangre (hematopoyesis). La palabra deriva del
griego erythros rojo y poiein hacer, y tambin se la suele
llamar EPO, epoetina y antiguamente hematopoyetina.
Indicaciones para la terapia
De los factores de crecimiento empleados clnicamente en la
actualidad, es la EPO la que posee el mayor espectro de
indicacin. La terapia clsica con EPO est diseada para poner
en marcha la formacin de glbulos rojos sanguneos en
pacientes con anemia de tipo renal, cancerosa o como
consecuencia de quimioterapias.
Cualidades estructurales
El gen de la EPO (5,4 kb, 5 exones y 4 intrones) codifica una
protena
pro-EPO
con
193
aminocidos. Mediante
una
modificacin posterior, el terminal N se convierte en un pptido
con 27 aminocidos residuales as como el residuo de asparagina
del terminal C restante mediante la accin de la
carboxipeptidasa intracelular.
Biosntesis y funcin biolgica
La eritropoyetina pertenece filogenticamente a la familia de las
citoquinas, entre las que se encuentran tambin la
somatotropina, la prolactina, las interleuquinas 2-7, y los
llamados Factores Estimulantes de la Colonia (G-CSF, M-CSF y
GM-CSF).
Historia de su investigacin
La historia de la investigacin sobre la eritropoyetina est
estrechamente ligada con el aumento de conocimientos sobre el
origen y funcin de la sangre. Ya desde principios de la historia,
se le daba gran importancia a la sangre por proporcionar
vitalidad al ser humano. En muchos crculos culturales, la sangre

era el centro de las ceremonias rituales. A menudo, la sangre de

un animal fuerte o un enemigo muerto se administraba para
transmitir su fuerza y nimo al receptor.

Pasos del Proyecto

1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.

Informacin del gen en NCBI

Buscar primers en Primer3
Checar primers y secuencias parecidas usando BLAST
Escoger un grupo externo
Alinear usando MEGA (alinear nucletidos y protenas)
Obtener los diferentes tipos de rboles filogenticos.
Escoger un vector y enzimas de restriccin usando VECTOR NTI
Obtener la estructura tridimensional usando PROTEINDATABANK

Bsqueda del Gen

Diseo de Primers

No mispriminglibraryspecified
Using 1-based sequence positions
OLIGO
startlentmgc%any 3'seq
LEFT PRIMER
2024
20
60.37
55.00
GGCCAGCAGAGGTGCTAATA
RIGHT PRIMER
2210
19
60.51
52.63
CATCGCAGAATGCCTCTTG
SEQUENCE SIZE: 41867
INCLUDED REGION SIZE: 41867

4.00

3.00

3.00

2.00

PRODUCT SIZE: 187, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 2056,118

1 AATTCCAATGAAAAGAACATCAGGAAAATTCACATTAGTAAAAGTTATGTTTTCAAAACT
1981 CTCAGGAATAAGGGCATGGATTACCCATCATGTAAGTAACCTAGGCCAGCAGAGGTGCTA
>>>>>>>>>>>>>>>>>
2041 ATAGAGAAGAGAATTTCCCACAGCCATAGCACCCTGAACACACCAAATCTCATTTGATCT
>>>
*********************************************
2101 CAGAAGCTAAGCAGGGATGGGCCTAGTTAGTACTTGCATGGGAGAAGAGTATCTTGACTG
************************************************************
2161 GGCAGAAGAGAGATGATGAACATGTAAGGTGCAAGAGGCATTCTGCGATGGATGCTGTGG
*************
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<

ADDITIONAL OLIGOS
startlentmgc%any 3'seq
1 LEFT PRIMER
2024
20
60.37
55.00 4.00 3.00
GGCCAGCAGAGGTGCTAATA
RIGHT PRIMER
2218
19
59.21
47.37 2.00 2.00
ACAGCATCCATCGCAGAAT
PRODUCT SIZE: 195, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
2 LEFT PRIMER
2021
20
60.69
60.00 4.00 2.00
CTAGGCCAGCAGAGGTGCTA
RIGHT PRIMER
2210
19
60.51
52.63 3.00 2.00
CATCGCAGAATGCCTCTTG
PRODUCT SIZE: 190, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
3 LEFT PRIMER
2024
20
60.37
55.00 4.00 3.00
GGCCAGCAGAGGTGCTAATA
RIGHT PRIMER
2213
20
62.07
50.00 3.00 2.00
ATCCATCGCAGAATGCCTCT
PRODUCT SIZE: 190, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
4 LEFT PRIMER
2024
20
60.37
55.00 4.00 3.00
GGCCAGCAGAGGTGCTAATA
RIGHT PRIMER
2211
18
59.90
55.56 3.00 2.00
CCATCGCAGAATGCCTCT
PRODUCT SIZE: 188, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00

BLAST
Primer Izquierdo

Primer Derecho

Primer de la secuencia completa

En el caso de los primers para Eritropoyetina, slo es especfica con un

primer el izquierdo, en cambio el otro primer no tiene especificidad. En
el caso de la secuencia completa no tiene un parecido del 100% con
otra secuencia.
PCR
La reaccin en cadena de la polimerasa o PCR (siglas de su nombre en
ingls Polymerase Chain Reaction) permite generar una gran cantidad
de copias de un fragmento de DNA (cido desoxirribonulceico). El
requisito fundamental para poder llevar a cabo la reaccin es disponer
de fragmentos cortos de DNA de cadena sencilla complementarios a
los extremos del fragmento a amplificar. Estos fragmentos servirn
como cebadores para que una enzima polimerasa sea capaz de
incorporar nucletidos complementarios a la cadena molde. Una vez
completada la reaccin la cantidad fragmento amplificado se puede
visualizar mediante tcnicas sencillas de separacin de fragmentos de
DNA.
Debido a que la secuencia a emplear de eritropoyetina es muy
pequea es posible emplear la PCR normal para la amplificacin de la
misma o como otra alternativa sera la PCR de extensin solapada,
pero directamente para la clonacin de la protena.
rbol Filogentico

Ambos alineamientos, tanto en DNA como en protenas est

incompleto, debido a que mis organismos anexos al original, tenan
secuencias parciales de CDS. Para el caso de los rboles de mxima
parsimonia se tiene un error originado desde el alineamiento que se
muestra relacionando la especie de Saguinus oedipus con la Mus
musculus strain siendo que uno es un simio, mientras que el otro es un
ratn. En el caso de DNA se puede llegar a la conclusin que est
resuelto pues son muy parecidos, pero si lo comparamos con los de
protenas decimos que no estn resueltos pues se tiene una relacin
estrecha entre Homo sapiens, Pongo pygmaeus y Pan troglodytes.
Vector

Para el caso de mi vector, nicamente tengo un sitio de restriccin

NcoI, el cual fue buscado en la base de datos de Vector NTI,
encontrando el vector pYES2.1-V5-His-TOPO lo eleg debido a que las
levaduras s pueden clonar protenas con intrones, la eritropoyetina
tiene varios intrones, siendo las bacterias una opcin no tomada en
cuenta pues no tienen el mecanismo para eliminar intrones como las
levaduras.

Estructura Tridimensional

Bibliografa
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bound
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