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Gua para el Uso de EstimateS

Hugo Brenes, Diego Delgado, marzo 2007

Pasos para utilizar el programa EstimateS para el clculo de ndices de


diversidad.
1. Cmo crear un archivo para ser utilizado por el programa EstimateS?
Los datos a utilizar pueden provenir de cualquier programa (FoxPro, Dbase, Excell,
etc), lo importante es que deben tener un formato especfico porque as lo solicita el
programa. Para correr el programa EstimateS los datos deben venir en un archivo con
formato de texto (delimitado por tabulaciones) (*.txt). El archivo est establecido de
modo que cada fila representa una especie, y cada columna una unidad muestral
(llmese transectos, parcelas, horas de muestreo, etc). Los datos que aparecen son las
abundancias de las especies registradas en cada unidad muestral. El archivo no debe
presentar los nombres de las especies ni los nombres de las unidades muestrales.
La estructura del archivo es la siguiente (ver ejemplo en la Figura):
a) En la primera celda de la primera columna (A1) se escribe un ttulo del
archivo (puede ser cualquier nombre, lo que se recomienda es que este ttulo
identifique al archivo)
b) En la segunda celda de la primera columna (A2) se digita el nmero de
especies que contiene el archivo.
c) En la segunda celda de la segunda columna (B2) se digita el nmero de
unidades muestrales (o que es lo mismo, el nmero de columnas). EstimateS
se refiere a esta campo como Samples (y que pueden ser transectos, parcelas,
fincas, trampas, etc)
d) El resto de datos que aparecen son las abundancias de las especies
registradas en las unidades muestrales.
Ntese que no se necesitan colocar en el archivo las identidades de las
especies!!

Ttulo
del archivo

Nmero
de especies

Nmero de unidades
Abundancias
muestrales o columnas de las especies

Cuando se disponga a grabar el archivo debe escoger el formato Texto (delimitado por
tabulaciones) como se muestra en la siguiente Figura.

2. Cmo utilizar el programa EstimateS para el clculo de ndices de diversidad?


El programa EstimateS est disponible en Internet en la direccin electrnica
(http://viceroy.eeb.uconn.edu/estimates).
Una vez cargado el programa se procede a importar el archivo con la informacin (ver paso
1). Para ello debe dar clic a File y luego escoger Load Input File.

Luego debe buscar el archivo tipo texto (delimitado por tabulaciones) que hemos creado
dando clic al comando Abrir.

El programa muestra la siguiente pantalla indicando la lectura de los datos. Una forma de
saber si todo anda bien es corroborando que el nmero de especies (Species) y columnas
(Samples) que aparece en la pantalla coincida con el que existe en el archivo.

Al dar Ok a la pantalla anterior se despliega la siguiente pantalla que indica el tipo de


formato que presenta el archivo. En nuestro caso se debe escoger el formato 1, que indica
que el archivo est estructurado de modo que las especies se presentan en lneas (row) y las
unidades muestrales (Samples) en columnas. Al dar Ok el programa regresa al men
principal.

Una vez cargado el archivo, y desde el men principal se selecciona Diversity, y se da click
a la opcin Diversity Setting....

A continuacin se muestra una pantalla para definir el nmero de aleatorizaciones que


queremos se d en el clculo de los ndices de diversidad. En el ejemplo se muestra el
nmero 50, la recomendacin es que entre mayor sea el nmero de columnas del
archivo, mayor sea el nmero de aleatorizaciones. Tambin se debe dar clic a Other
Options y ah activar el campo Compute Fishers alpha, Shannon, & Simpson
indexes si se quiere que se calculen estos ndices.

Al dar aceptar el programa regresa al men principal, donde debe seleccionarse Diversity,
y dar un clic a Compute Diversity Stats. Esto genera un cuadro de salida con los clculos.

Para salir de esta pantalla e ir al men principal se debe dar un clic en Done .
Por ltimo, si se quieren grabar los clculos se debe seleccionar la opcin Export que
queda junto a la palabra Done (vea la pantalla anterior), y grabar el archivo con los datos de
clculos de EstimateS. Este archivo se puede abrir luego con el programa Excell.
Hasta aqu hemos logrado usar satisfactoriamente el programa EstimateS para calcular los
valores acumulados de especies y de ndices de diversidad de las muestras.