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Simulacio
Reporte 6
Conferencista: Dr. Jose Daniel Mu
noz
19 de Septiembre, 2016
n
Seminario Fundamentos de Investigacio
Jorge Enrique Garca-Farieta
Biofsica
Canales ionicos
Maquinas moleculares
Varios
Redes neuronales
Trafico vehuicular
Relatividad numerica (en planes)
Luego el profesor describio cada una de las tecnicas en conjunto con algunos de los resultados mas inportante que ha obtenido
con sus estudiantes. El primer metodo que se mostro fue automatas celulares. Un automata celular es un metodo que simula
los estados de una celda. EL clasico ejemplo es el Conways life, en donde dada una cuadricula:
Si un cuadrado de la grilla est
a rodeado por tres celulas vecinas entonces se crea vida, agreg
andose una celula en ese sitio.
Si una celula tiene menos de 2 celulas vecinas, muere por aislamiento y la casilla de la grilla correspondiente queda vaca,
y si tiene m
as de 3 celulas vecinas, muere por sofocaci
on y tambien se libera el cuadrado de la grilla que le corresponda.
Una celula que tiene exactamente dos o tres vecinas sobrevive una instancia m
as en el juego.
Las condiones iniciales (estdo inicial del sistema), primero, mediante lanzamientos al azar se decide el estado inicial del automaat (cara-vivo, sello-muerto), y si una determinada celda cumple con las reglas antes mencionadas se decide si esta vivo o
muerto. Tras una serie finita de pasos el sistema llega a la muesrte termodinamica, esencialmente porque es finito aunque no
existe una demostracion formal de esto.Cuando aparecen patrones que se repiten, estos se denominan deslizadores, y representan
un situacion estable aunque no completamente lineal. Otro ejemplo de automata son las Glider Gun, o pistolas de XXX, The
R-pentomino, The eater, Gospers breader, entre otros. Dependiendo de la configuracoin de las Conways Life, es posible dise
nar
compuertas l
ogicas en las que el estado vivo represente un 1 y cero en el caso contrario. Tambien se pueden crear memorias con
base en la codificacion de la informacion en ceros y unos.Un ejemplo sencillo es la compuerta NOT que cambia el estado de una
entrada logica, si entra uno sale cero, y si entra cero sale uno. De manera similar se pueden dise
nar las compuertas AND, OR,
y cualquier otra como una combinacion de las anteriores. Esto se denomina computador universal.
En analoga a estos modelos y usando una idea heuristica en la que un sistema fsica satisfaga una ecuacion diferencial parcial,
se atac
o el problema del tr
afico. En particular en un trabajo de pregrado de Luis Eduardo Olmos se utilizo el modelo de STCA
(Nagel, Schrekenberg, 1992). Se utilizaro una peque
na muestra con carros de Bogota haciendo las mediciones necesarias, para
distancia de frenado, de acelracion, y reaccion a las luces. Esto se midio experimentalmente con una camara, y asi reconstruir
latabla de manejo de los Bogotanos, para luego hacer la simulacion. Este trabajo se publico en la Mod. Phys. C 15, (2004).
Olmos, Mu
noz. Este trabajo consistio en estudiar el comportaminto de conduccion en un carrill, y obervar si el trafico era estable
en algunas regiones, lo cual se logro atraves de las curas de flujo en funcion de densidad vehicular. En particular un resultado
fue que para altas velocidades (por encima d elos 88Km/h) el trafico disminuye, hecho que fue citado por un editor de la revista
Nature, lo que le da un buen impacto a este tipo de trabajos.
Este trabajo se extendio en una tesis de maestria aplicada, para dos carrilles invlucrando el caso en que los buses podian parar en
los paraderos. Cuando se leva esto a un analisis en terminos de red se puede modelar el comportamiento como una transicion de
fase, en donde hay un compotamiento de ley de potencia, esto tiene su origen en el modelo de trafico de BihamMiddletonLevine
de 1992 con base en automatas celulares. Este modelo se mejora, pues e pensaba que siempre se pasaba de un flujo libre a un
flujo congestionado, pero en 2006 Raissa DSouza mostro que este sistema (modelado como sistema dinamico) seguia un patron
de: trancon-descongestionado-trancon-etc. Esto induce una direccion preferencial y con ello una distribucion anisotropica para el
flujo de vehiculos. Los datos mas recientes muestran que en Bogota hay cerca de 2000.000 de carros, y se conocen las matrices
de origen-destino a partir de encuestas realizadas cada 4 a
nos (alternativamente se puede utilizar la informacion colectada por
la se
nal de los celulares como propuso la profesora Marta Gonzalez del MIT).
El segundo metodo que utiliza el prfesor Jose Daniel es el Laticce Gas que es una generalizacion del anterior, esto es un
automata celular usado para lasimulacion del flujo de fluidos a traves de la solucion numerica de las ecuaciones de Navier-Stokes,
y es el precursor de los metodos de lattice Boltzmann. Al respecto se trabajo, con el estudiante Jorge Avella, en la simulacion
de la sinapsis bajo la accion del neurotransmisor inhibidor GABA, que afecta principalmente el sistema nervioso. Tambien Camilo Aponte, trabajo en la simulacion de motores moleculares con F1-ATP-ase, esto con bas en un trabajo de japoneses que
descubrieron que se podia producir un movimiento variando el flujo de proteinas de entrada y salida de las celulas y con ello la
organizacion de las moleculas, generando una rotacion. Estos motores se pueden observar facilmente con microscopios opticos
(de contraste) ya que son del orden de los m. La frecuencia tipica de un toro de estos es de 2 vueltas/segundo y tienen tres
caracteristias basicas: son muy eficiente, tienen aplicaciones para motores y nanobots, y en se pueden manipular el torque con
la accion de campos electricos y agneticos. Esto se puede simular con la dinamica Browniana y la velcidad dependera de la
concentracion de iones de entrada y salida (entre mayor la concentracion mayor velocidad).
El tercer metodo de la charla fue lattice Boltzmann y Din
amica molecular. La dinamica molecular se simplifica a utilizar
las leyes del movimiento de la mecanica clasica, pero resulta poco util para grandes sistemas. As que se utiliza lattice Boltzmann,
en el que divide el espacio en celdas y se solucionan las ecuaciones de movimiento dada unaP
funcion de P
distribucion para las
particulas en dicho espacio. Luego se pueden calcular las variables macroscopicas, como =
fi , ~v =
~vi fi , y la ecuacion
de equilibrio fieq = fieq (, ~v ). La ventaja de este metodo es que todo ocurre en una celda y no depende de la interaccion de
los demas, lo cual es bueno para la tarjeta grafica ya que permite hacer la programacion en paralelo mas sencilla. Con este
metodo se han simulado ondas (lentes, espejos, etc), fluidos, ecuaciones de Navier-Stokes y gases, calculo de numero de Reynolds.
Electrodinamica, como el trabajo de Miller Mendoza con la magnetohidrodinamica solar. (Ecuaciones de Maxwell en vacio con
latticce Boltzmann). Desventaja es que solo simula leyes de conservacion, pero se puede reconstruir el operador de Levi-Civita y
construir los campos y funciones de equilirio (trabajo publicado Mendoza, Munoz, (2010). Three-dimensional lattice Boltzmann
model for electrodynamics. Physical Review E, 82(5)). Otras simulaciones incluyen el efecto skin, cavidad resonante y todas con
erores por debajo del 3 %.
Un rabajo que llama la atencion es la simulacion de la cienga grande de Sta Marta, que es una combinacion entre agua dulce y
agua salada con una profundidad no mayor a los 60cm (max 2m) (pese a que por obras ajenas las carreteras taparon la cienaga).
Para modelar esto se usan las ecuaciones de Navier-Stokes para aguas someras que son una simplificacion de las ecuaciones
bajo la hip
otesis de uniformidad vertical del perfil de velocidades y una distribucion de presiones hidrostaticas por debajo de la
ola. Tambien se simularon embalses (con profundidad de 5m) en donde ocurre una estratificacion por temperaturas, por lo que
adicionalmente se debe usar un flujo de convecci
on estableciendo las adecuadas condiciones de frontera tano de Neumann como
de Dirichlet. Otros problemas que se han atacado son: como cambia el fondo de un ro?, simulando las curvas del ro. lattice
Boltzmann en coordenadas generalizadas, simbolos de Smbolos de Christoffel y celdas irregulares.