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USTHB/FSB / 2016-2017

2me anne SNV

BIOCHIMIE
Acides amins / Peptides - Protines

Rappels
1- A quelle srie appartiennent les acides amins trouvs dans les protines naturelles
des organismes suprieurs? Trouve-t-on la mme srie chez les organismes
infrieurs (bactries)? 2- Quappelle t- on acides amins indispensables (ou essentiels).
Citez-les. Quelle proprit physique dcoule de la prsence dun carbone asymtrique.
Connaissez-vous une (des) exception(s) ?
3- Parmi ces acides amins figurent deux qui portent 2 carbones asymtriques. Quels
sont-ils ? Ecrire leurs formules selon la reprsentation de Ficher, puis prciser les
diffrents stro isomres de lacide amine polaire.
Exercice 1. On veut tudier lionisation de la tyrosine naturelle.
1- A quelle classe dacides amins appartient-elle ? Quel est le groupement qui compose
son radical (chane latrale). Quelles est le comportement de ce groupement en
milieu acide ? basique ?
2- On procde son ionisation dans le sens croissant de lchelle du pH (milieu acide
vers milieu basique). Ecrire les ractions et calculez son pH isolectrique (Phi) (pKa=
2,2 ; pKb= 9,1 ; pKr=10,1).
Exercice 2
Un acide amin de la mme classe de la tyrosine a un groupement fonctionnel qui peut
tre dtruit dans certaines conditions.
1- Quelles sont ces conditions. De quel groupement et de quel acide amin et sagit il ?
2- Ecrire sa formule lorsquil est sous la forme zwitterion. Dduire son pHi si pKa = 2.4
et pKb= 9.4.
3- Quelles sont les proprits spectrales de cette classe dacides amins ?
Exercice 3: On veut tudier un mlange compos de 5 acides amins.
Acide amin
Ser
Lys
Glu
Cys
Pro

pK1
2.2
2.2
2.2
1.7
2.0

pK2
9.2
9
9.7
10.8
10.6

pK3
10.5
4.3
8.3
-

pHi
Formule + calcul
Formule + calcul
Formule + calcul
calcul
calcul

1- En utilisant les formules adquates, calculer les pHi (sans ionisation).


2- Ce mlange est soumis une lectrophorse sur une membrane dactate de
cellulose pH6.5. ww<<<<<
Prcisez le principe de cette mthode.
3- Aprs ltape de rvlation la ninhydrine, localisez les diffrentes taches sur
llectrophorgramme (on admettra que la charge sera modifie si la diffrence
pHmilieu -pHi ou pHmilieu-pK est 0,5).
Quelle sera la particularit de la tache de la proline. Justifiez votre rponse

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Acides amins / Peptides - Protines

Exercice 4 : Un mlange darginine, dhistidine daspartate, Alanine et Tyr osine est


tudi par chromatographie sur une rsine changeuse de cations.
1- Prcisez par un schma la forme ionique de la rsine et son nom.
2- Quel pH est indiqu pour fixer ces acides amins sur la rsine. Prcisez le principe
afin de sparer ces acides amins en les luant de la rsine
3-Indiquez lordre dlution des acides amins en laissant lArg fixe.
(On donne les pHi : Arg:10.74; His ; 7.56 : Asp: 3.15 ; Ala: 6.01; Tyr : 5.65 ).
4- Connaissez- vous une autre mthode de sparation sur rsine ? Citez la et expliquez
brivement son principe et lordre dlution .
Exercice5:
Soit un mlange de deux acides amins Glu et Trp. On soumet le mlange une
chromatographie sur couche mince avec une phase mobile apolaire.
Sur quel principe est base la sparation des acides amins par C.C.M.?
a) Quel procd utilise-t-on pour visualiser les taches d'acides amins par C.C.M. ?
Dcrire la raction de base mise en jeu.
b) Obtient-on le mme aspect avec tous les acides amins? Si non, donnez la raison.
c) Quel rsultat obtient-on aprs sparation du mlange par C.C.M.?
Exercice6:
Soit les dipeptides suivants :
1) Gly-Ala ; 2) Leu-Asp ; 3) Val-Lys ; 4) Asp-Glu ; 5) Asp-Arg ; 6) His-Lys ; 7) Pro-Phe ;
8) Tyr-Thr.
a) Ecrire leurs structures chimiques lorsquils sont placs dans un milieu pH=6 et
dterminer la charge globale de chaque peptide.
b) On procde une lectrophorse sur papier dun mlange de ces peptides au mme pH.
Indiquer la position des peptides sur l lectrophorgramme.
On donne : Pk COOH2,81 ; Pk NH28,01 ; pkr COOH4.45 ; pkr NH210,58 ;
pkr OHPhenol8
Exercice 7:
On considre les oligopeptides suivants : Gly-Arg ; Gly-Glu et Gly-Glu-Arg. On procde
une lectrophorse sur papier dun mlange de ces 3 peptides PH=1 et pH=13.
Aprs llectrophorse, On rvle les peptides avec la ninhydrine. On obtient 2 taches
pour chaque lectrophorse. Ces taches sont localises comme le montrent les figures 1
et 2 :

Dpt

Dpt

Figure 1

Figure 2

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Acides amins / Peptides - Protines

Laquelle des figures correspond llectrophorse pH=1, laquelle llectrophorse


pH=13 ? Quel lectrophorgramme obtiendrait-on pH=7
Exercice 8: a) La squence dun tripeptide acide de PM=367, dont la carboxypeptidase dtache
un acide amin sans activit optique et laminopeptidase dtache un acide amin groupement
phnol. Ecrire la structure dveloppe du tripeptide(N=14 ; C=12 ; O=16 ; H=1).

b) Quelle(s) endopeptidase(s) serai(ent) active(s) sur ce peptide et quels sont les


produits obtenus ?
Exercice 9:
A) Un peptide P1 soufr a fait lobjet de lanalyse suivante:
a) Lhydrolyse acide a libr 6 acides amins diffrents.
b) Laction de BrCN est ngative sur P1. Conclusion:
c) La carboxypeptidase dtache de P1 l'acide amin n 6 puis la Val. Conclusion:
d) L'action de la trypsine sur P1 libre un ttrapeptide A et un dipeptide B.
Conclusion:
e) Le ttrapeptide A se termine par un acide amin groupement guanidique.
Conclusion:
f) Le dipeptide B prsente son extrmit C terminale un acide amin qui ne
possde pas de carbone asymtrique. Conclusion:
g) Soumis l'action du DNFB le peptide P1 libre aprs hydrolyse DNP-acide amin
fonction thiol, cet acide amin joue un rle important dans la stabilit de la
structure tertiaire des protines. Conclusion:
h) En prsence de chymotrypsine, P1 donne un dipeptide C et un ttrapeptide D.
Conclusion:
La rduction de C par NaBH4, suivie d'hydrolyse libre ce produit

Le ttrapeptide D libre en prsence de l'aminopeptidase le Glu. Conclusion:


Donner la squence de P1. Ecrire sa formule dveloppe (pH milieu=7).

Exercice 10:
Lanalyse dun peptide P2 a donn les rsultats suivants :
a) La mthode rcurrente d'Edmann n'a pas permis d'obtenir la
phnylhydantoine d'un acide amin (PTH aa). Conclusion:
b) La mthode de Sanger au dinitrofluorobenzne n'a pas permis d'isoler un
DNP-aa. Conclusion:
c) L'hydrolyse trypsique a permis de fragmenter ce peptide en 2 peptides E et F.
Conclusion:
d) L'analyse des peptides E et F aprs hydrolyse acide prolonge (HCl 6 N,
pendant 48 h) a donn les rsultats suivants: PeptideE: 1Ala, 1Arg, 1Gly,
1Leu ; PeptideF: 1Asp, 1Lys, 1 Ser. Conclusion:
e) La mthode d'Edmann applique aux peptides E et F a permis d'identifier les
2 premiers acides amins : Peptide E : Ala-Leu et Peptide F : Asp-Ser.
Conclusion:
f) Seuls les peptides P2 et F absorbent la lumire 280 nm. Conclusion:
Donner la squence de P2. Ecrire sa formule dveloppe pH7.
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