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Hierarquia estrutural na organizao

molecular de uma clula

Principais Biomolculas:
Lipdeos

Carboidratos

Protenas
cidos Nuclicos

DNA e RNA

Enzimas

Enzimas

Enzimas so protenas com atividade cataltica

Uma enzima geralmente


catalisa uma s reao
qumica ou um conjunto
de reaes
intimamente relacionadas

Substratos: reagentes

Porque estudar Enzimas e Cintica Enzimtica?

Reatores biolgicos
- Presena de clulas vivas

- Cintica de fermentaes
- Metabolismo microrganismos
Reaes enzimticas

Reatores enzimticos
Enzima + substrato

Ao final da aula sobre protenas,


o aluno ter conhecimento:

Principais caractersticas cinticas das enzimas

Caractersticas do stio ativo


Cofatores enzimticos
Inibio enzimtica

Atividade enzimtica

Cintica enzimtica

Mercado mundial de enzimas

Mercado mundial de enzimas: alimentar


Vendas de enzimas em 2014: US$ 899.19 milhes

Previso de vendas globais em 2020:


US$ 1,371.03 milhes

Mercado mundial de enzimas:


biocombustveis
Vendas de enzimas em 2012: US$ 617.2 milhes

Source: BCC Research


Global Markets and
Technologies for
Biofuel
Enzymes( EGY099A )
Publish Date: January
2013

Previso de vendas globais em 2017:


US$ 915 milhes

Principais caractersticas
cinticas das enzimas

Principais caractersticas cinticas das enzimas

Potncia Cataltica

Especificidade

Controle da Potncia Cataltica

Potncia cataltica

Principais Caractersticas Cinticas das Enzimas

Potncia Cataltica
Aumento da velocidade de reao
sem recorrer a aumentos de
temperatura

Potncia Cataltica
Sem catalisador

Eao

Com catalisador
Ea
Substrato 2 H2O2

Produtos
2 H2O + O2

Dados quantitativos para a reao do


Perxido de Hidrognio
H2O2

H2O

1/2 O2

tetrmero de 240 kDa

Catalisador Energia de ativao Velocidade


(kJ/mol)
relativa
Sem Catalisador
Platina
Catalase*

75,4
50,2
8,4

1
2 x 104
3 x 1011

* Catalase ou hidroperoxidase (EC 1.11.1.6) uma oxidorredutase: enzima intracelular


encontrada na maioria dos organismos vivos, que catalisa a decomposio do perxido
de hidrognio segundo a reao:

H2O2 + Fe(III)-E H2O + O=Fe(IV)-E


H2O2 + O=Fe(IV)-E H2O + Fe(III)-E + O2

Especificidade

Principais Caractersticas Cinticas das Enzimas

Especificidade
Interao da enzima com um nmero limitado de
compostos devido :
configurao complexa da protena
localizao do stio ativo
configurao estrutural do substrato

Reao no catalisada

complexo de
coliso 1

reagentes
+

A
B

estado de
transio

+
produtos

C
D

complexo de
coliso 2

Reao catalisada por uma enzima


1) enzima livre E
X

stio ativo

2) complexo E - A

A
Z

3) complexo E - A - B

Reao catalisada por uma enzima


continuao

3) complexo E - A - B
X

A
Z

4) estado de transio E*
X

Y
Z
X

C
D

5) complexo E - C - D

Reao catalisada por uma enzima


continuao

5) complexo E - C - D
X

C
D
Z

6) complexo E - D
X

Y
Z

C
X

Y
Z

1) enzima livre E

O Stio Ativo das Enzimas

substrato

Resduos no essenciais sobre a superfcie da enzima


Resduos estabilizadores da estrutura terciria
Resduos de reconhecimento e ligao do substrato
Centros catalticos atuando no substrato: grupos catalticos

Algumas caractersticas dos stios ativos


O stio ativo ocupa uma parte relativamente pequena do
volume total da molcula da enzima.
O stio tem conformao tridimensional.

O substrato ligado enzima atravs de


mltiplas foras fracas.
Enzima + substrato

Complexo
enzima-substrato

Enzimas + produtos

O stio ativo uma fenda ou fissura na


estrutura da molcula da enzima.

A especificidade da ligao depende do arranjo


precisamente definido dos tomos do stio ativo.

Interaes Enzima - Substrato


Arranjo dos tomos no Stio Ativo
Modelo chave fechadura:

o stio da enzima sempre


Complementar ao substrato em tamanho, forma e natureza qumica
Proposto em 1894 por Emil Fisher

Substrato
Centro
ativo

+
a

b
Enzima

b
Enzima

Interaes Enzima - Substrato


Arranjo dos tomos no Stio Ativo
Modelo ajuste induzido
O stio ativo tem a forma complementar ao
substrato somente aps a ligao.

Modelo ajuste induzido

Complementaridade do estado de transio

Lehninger
Principios de Bioqumica
Nelson e Cox, 2008

Reao catalisada por uma enzima


continuao

3) complexo E - A - B
X

A
Z

4) estado de transio E*
X

Y
Z
X

C
D

5) complexo E - C - D

Especificidade:
Ponto de clivagem da cadeia polipeptdica

Quimotripsina

Tripsina

Mecanismo Proposto para a Ao da


Quimotripsina sobre um Dipeptdeo

O grupo hidroxlico da Ser 195


est

ligado

ao

nitrognio

do

imidazol da His 57 por ponte de


hidrognio.

O prton transferido muio rapidamente da Ser


195 para o nitrognio do anel imidazol da His 57
Uma ligao de hidrognio formada entre o
imidazol e o substrato
O dipeptdeo se torna disponvel para o ataque
nucleoflico do oxignio da Ser sobre o carbono
da carboxila do substrato

H20

O grupo aminoacil deslocado


do dipeptdeo: o grupo que deixa

O grupo acila deslocado da

o complexo o aminocido C-

Ser

terminal do substrato

regenerando, assim, a enzima


livre

195

pela

gua,

Anticorpos

papaina
Enzyme Commission (EC) Number 3.4.22.2

Clivagem de IgG com


papaina e pepsina

Enzyme Commission (EC) Number 3.4.23.1

Controle da potncia
cataltica

Principais Caractersticas Cinticas das Enzimas

Para atingir a mxima eficincia e economia, as clulas


regulam suas reaes metablicas e a sntese de suas
enzimas.
Controladores: pH, concentrao do substrato,
concentrao de inibidores, cofatores, enzimas.
Controle da Potncia Cataltica

Cofatores Enzimticos
Cofatores so componentes no proticos

O cofator pode ser um on metlico ou


uma molcula orgnica chamada coenzima

Enzima + substrato

Complexo
enzima-substrato

Enzimas + produtos

Complexo cataliticamente ativo


enzima - cofator: holoenzima
Espcie cataliticamente inativa: apoenzima

Mecanismo para a catlise enzimtica


requerendo uma coenzima ou cofator
S

Coenzima
ou metal

Enzima

Apoenzima
Complexo
Enzima-substrato

Substrato

S
A

Produtos +
enzima livre

http://b-log-ia20.blogspot.com.br/2011_11_01_archive.html

Exemplo de Coenzima: NADH


NAD: nicotinamida-adenina-dinucleotdeo

Exemplo: lactato desidrogenase (EC 1.1.1.27)


Lactato + NAD+

OH
H3C C COO- + NAD+

piruvato + NADH

H+

O
H3C C COO- + NADH + H+

H
Lactato

Piruvato

Inibio Enzimtica - Inibies Reversveis


Enzimas podem ser inibidas por molculas especficas

Inibidor competitivo

continuao

Etanol usado terapeuticamente como


um inibidor competitivo para tratar
envenenamento com etilenoglicol

CH2OH

CH2OH

lcool desidrogenase
inibida por etanol

H2COH

COOH

HC=O

COOH
cido oxlico

Inibio Enzimtica
Enzimas podem ser inibidas por molculas especficas

Principais Caractersticas Cinticas das Enzimas

Para atingir a mxima eficincia e economia, as clulas


regulam suas reaes metablicas e a sntese de
suas enzimas.
Controladores: pH, concentrao do substrato,
concentrao de inibidores, cofatores, enzimas.
Controle da Potncia Cataltica

Efeito do meio sobre a atividade enzimtica


Efeito do pH

Por que o pH timo da


Quimotripsina em
torno de 8,0?

Efeito do meio sobre a atividade enzimtica


Efeito da Temperatura

O que
atividade
enzimtica?

Atividade Enzimtica
Atividade

Avaliada pela velocidade da reao que a


enzima catalisa. Dada a especificidade das
enzimas, essa medida possvel, mesmo
em presena de outras protenas.

Uma Unidade Internacional (1U) a


quantidade de enzima que catalisa a
formao de 1 mmol de produto por
minuto sob condies definidas.

Unidades de Enzimas e Atividades Especficas


Atividade Especfica
Nmero de Unidades de enzima por
miligrama de protena

A concentrao de enzima de uma


preparao impura expressa em
termos de unidades/mL

A atividade especfica da preparao

dada em unidades/mg de protena

Exemplo: Efeito da purificao de uma


enzima em sua atividade
Macerado de clulas extrato celular

Atividade enzimtica do extrato: 2,5 U/mL

Volume de extrato: 200 mL

Atividade enzimtica total na amostra: 500 U

medida em que se elimina protenas contaminantes, mantendose a enzima em soluo, a atividade especfica aumenta.
Por qu?

Atividade especfica
Nmero de Unidades de enzima por miligrama de protena,
considerando a perda entre etapas nula.

Ex: atividade especfica da


enzima purificada:
500 U/5 mg 100 U/mg

Pureza

atividade especfica na etapa


intermediria de purificao:
500 U/100 mg 5 U/mg

atividade especfica no extrato celular:


500 U/200 mg 2,5 U/mg

Classificao e Nomenclatura
Classificao e nomenclatura produzida pela
International Commission on Enzymes (EC) e adotada
pela International Union of Biochemistry (IUB)

Especificidade a qual distingue uma enzima


da outra na reao qumica catalisada.

O sistema divide as enzimas em seis classes


principais
e conjuntos de subclasses, de
acordo com o tipo de reao catalisada.

Classes de Enzimas

Classes

Tipo de Reao

Principais sub-classes

= equivalentes redutores

1. Oxidorredutases

Ared

2. Transferases

Box

Aox

+
A-B

A-B

4. Liases

B-C

C1-transferases
glicosil- transferases
aminotransferases
fosfo- transferases

B-OH

esterases
glicosidases
peptidases
amidases

+
A

3. Hidrolases

Bred

+
H2O

A-H

C-C-liases
C-O-liases
C-N-liases
C-S-liases

+
B

A-B

epimerases
cis-trans-isomerases
transferases intramoleculares

5. Isomerases
Iso-A

A
B

6. Ligases

X=A,G,U,C
x
ppp
+

XTP

XDP
x
pp
+
p
A-B

Desidrogenases
oxidases, peroxidases,
dioxigenases

C-C-ligases
C-O-ligases
C-N-ligases
C-S-ligases

Base Sistemtica para Classificao


O nome sistemtico da enzima deve identificar:
substrato (s) envolvidos

tipo de reao catalisada


mais o sufixo ase

1 s substrato + tipo de reao + ase


2 s substrato A + substrato B + tipo de reao + ase
Nmero de Classificao 4 algarismos separados por pontos:
1. dgito - classe
2. dgito - subclasse
3. dgito - sub-subclasse
4. dgito - indica o substrato

Exemplo: Lactato desidrogenase (EC 1.1.1.27)

1. Classe: Oxirredutase
1. Subclasse: presena de um
grupo C-OH como doador de eltron
1. Sub-subclasse: o aceptor de
eletrons o NAD+
27. Substrato: lactato

Exemplo: lactato desidrogenase (EC 1.1.1.27)


1. Classe: Oxirredutase
1. Subclasse: presena de um grupo C-OH como doador de
1. Sub-subclasse: o aceptor de eletrons o NAD+
27. Substrato: lactato

Lactato + NAD+

OH
H3C C COO- + NAD+

piruvato + NADH

H+

H3C C COO- + NADH + H+

H
Lactato

Piruvato

Cintica Enzimtica
Ramo da enzimologia que lida com
os fatores que afetam a velocidade
das reaes catalisadas.

Concentrao da Enzima
pH

Fatores
importantes

Concentrao de ligantes
(

(substrato, inibidores e ativadores)

Fora inica
Temperatura

Cintica Enzimtica
Propor mecanismo cintico da reao
Conhecer o modo pela qual a enzima
regulada in vivo

Enzima + substrato

Complexo
enzima-substrato

Enzimas + produtos

Conhecer a identidade dos grupamentos


R dos aminocidos do stio ativo

Propor modelo para a reao enzimtica

Escrever o modelo proposto e test-lo experimentalmente

Cintica Enzimtica

Aspecto caracterstico das reaes enzimticas:

Saturao com o substrato

Resumo das ligaes que mantm o enovelamento das protenas


Leitura recomendada
NELSON, D.L.; COX, M.M. Lehninger Principles of Biochemistry,
Fifth edition, W.H. FREEMAN AND COMPANY, NY, 2008
BAILEY, J. E. E OLLIS, D. F. - Biochemical Engineering Fundamentals,
2a edio, Editora McGraw-Hill, New York, 1986 captulo 3 (3.2)
SHULER, M. L. E KARGI, F. - Bioprocess Engineering Basic Concepts,
Editora Prentice- Hall International Inc., Englewood Cliffs, 1992 captulo 3
SEGEL, I. H. - Biochemical calculations : how to solve mathematical problems
in general biochemistry - J. Wiley, New York, 1976 captulo 4