Expresion

Objetivos:
Explicar como el patron de expresion genica de
un virus es determinado por la estructura del
genoma del virus y como se replica
Enteder el rol de eventos post-transcripcionales
controlando la expresion de genes de virus.
Elsevier, 2005.

Expresin de la informacin
gentica viral
El proceso de replicacin viral es determinado por un fuerte

control en la expresin gnica.

Existen diferencias fundamentales en el control de estos
procesos en clulas procariotas y eucariticas.

Las clulas tienen una variedad de mecanismos complejos

para controlar la expresin gnica.
Los virus han tenido que alcanzar un control de la expresin
viral con alta especificidad cuantitativa, temporal y espacial
con los recursos genticos limitados que poseen.
Elsevier, 2005.

Expresion de la informacion
genetica viral
Virus tienen seales poderosas, positivas y negativas que

promueven o reprimen la expresion genetica

Genomas altamente comprimidos en los cuales
sobreposicion de los marcos de lectura es comun.
Seales de control son frecuentemente anidadas dentro de
otros genes

Algunas estrategias designadas para crear polipeptidos

multiples a partir de un unico RNA de mensaje.
Elsevier, 2005.

Expresion genetica en Procariotes.

La iniciacion de transcripcion es negativamente regulada
por la sintesis de proteinas represoras que se ligan a las
secuencias del operador.
Grupos de genes metabolicamente relacionados estan
agrupados y son controlados coordinadamente como
operones, tipicamente producen un mRNA
policistronico.
Transcripcion es regulada por mecanismos como
antiterminadores y modificaciones de la RNA
polimerasa.
A nivel post-transcripcional, la expresion genica tambien
es controlada en traduccion.
Elsevier, 2005.

Operon de la Lactosa (LAC Operon)

Control de la expresion genica en

Eucariotes
Mas compleja que en procariotes, es un proceso de
capas multiples.
El DNA en eucariotes tiene una estructura
elaborada con numerosas proteinas formando
complejos complicados y dinamicos como lo son
los cromosomas.
El DNA transcripcionalmente activo es
hipometilado comparado con la frecuencia de
metilacion de las regiones inactivas.
Elsevier, 2005.

Control de la expresion genica en

Eucariotes
La iniciacion de transcripcion esta influenciada por
secuencias arriba del sitio de comienzo donde se pegan
proteinas directamente al DNA (factores de transcripcion).
Inmediatamente arriba del sitio de comienzo de
transcripcion existe una region relativamente pequea
conocida como el promotor.
Secuencias mas arriba del promotor influencias la
eficiencia con la cual se forman los complejos de
transcripcion.
El ritmo de iniciacion depende de la combinacion de
factores de transcripcion vinculados con estos
potenciadores de transcripcion.
Elsevier, 2005.

Control de la expresion genica en

Eucariotes
La estabilidad de mRNA eucarioticos varia, algunos tienen
larga vida en la celula (muchas horas), otros que codifican
proteinas reguladoras puede ser muy pequea (pocos
minutos).
La expresion genica es tambien regulada por empalme
diferencial de RNA nuclear.
En celulas eucarioticas, control se da tambien durante la
exportacion de RNA desde el nucleo hacia el citoplasma.
La efficiencia con las que diferentes mRNAs son traducidos,
varia considerablemente.

Elsevier, 2005.

Estrategias de codificacion en el genoma:

Clase I: dsDNA
Pueden ser divididas en dos grupos:
Replicacion exclusivamente nuclear (e.j. Adenoviridae,
Polyomaviridae, Herpesviridae)
replicacion ocurre en el citoplasma (Poxviridae)

Debido a que todos estos genomas se parecen al DNA

celular, estos se transcriben esencialmente por los
mismos mecanismos que los genes celulares.
Sin embargo, existen profundas diferencias entre ellos
en relacion al grado en que cada familia confia en la
maquinaria de la celula hospedera.
Elsevier, 2005.

Polyomaviruses y Papillomaviruses
Polyomaviruses son casi totalmente dependientes de la
maquinaria celular para replicacion y expresion genica.
Polyomaviruses codifican factores que actuan en trans
(Antigenos-T; T-antigens) los cuales estimulan transcripcion
(y replicacion del genoma)
Papillomaviruses en particular son dependientes de la
celula para su replicacion, la cual solo ocurre en
keratinocytos.

Elsevier, 2005.

Adenoviruses
Adenoviruses tambien dependen mucho del
parato celular para transcripcion, pero poseen
varios mecanismos que regulan la expresion del
genoma.
Activadores que actuan en trans como proteina E1A
Y reguladores de la expresion post-transcripcional.

La infeccion de celulas por Adenovirus se divide en

dos estadios: temprano y tardio. El tardio cuando
el genoma comienza a replicarse.
Elsevier, 2005.

Herpesviruses
Son los menos dependientes en enzimas celulares
que la mayoria de los virus de esta clase.
Codifican muchas enzymas implicadas en el
metabolismo del DNA ( e.j. Timidin kinasa) y algunos
factores que actuan en trans que regulan la
expresion temporal de los genes virales.
La transcripcion del genoma largo y complejo, es
regulada secuencialmente en forma de cascada.
Elsevier, 2005.

Expresion genica en Herpesvirus

Elsevier, 2005.

Poxvirus
Replicacion genomica y expresion genica es
casi independiente del mecanismo celular
(excepto por los ribosomas celulares).
El genoma de Poxvirus codifican numerosas
enzymas que intervienen en el metabolismo
del DNA, transcripcion de genes virales y
modificacion post-transcripcional de mRNA.
Muchas de estas enzimas estan empacadas
dentro de la particula (la cual contiene > 100
proteinas), permitiendo que la transcripcion y
replicacion del genoma ocurra en el citoplasma
casi totalmente bajo el control del virus.
Elsevier, 2005.

Poxviruses
La expresion genica se lleva a cabo por enzimas
del virus asociadas con el centro de la particula y
se divide en dos fases un tanto distintas:
Genes tempranos: alrededor del 50% del genoma
es expresado antes de la replicacion, dentro de
una particula parcialmente abierta que resulta en
la produccion de un mRNA poliadenilado,
continuo pero sin empalmes.
Genes tardios: expresados despues de la
replicacion del genoma en el citoplasma, pero su
expresion es tambien dependiente de proteinas
codificadas por el virus en lugar de celulares.
Elsevier, 2005.

Estrategias de codificacion en el genoma :

Class II: ssDNA

Parvoviruses son altamente dependientes
de la asistencia externa para la expresion del
genoma y replicacion.
Dependovirus un genero de Parvoviridae
dependen completamente de Adenovirus o
Herpesvirus para la funciones esenciales.
Los genes de Adednovirus requeridos como
ayuda son los tempranos, reguladores
transcripcionales.
Elsevier, 2005.

Estrategias de codificacion en el genoma :

Clase II: ssDNA

Geminiviridae tambien caen en esta clase,
la expresion de su genoma diferente a
parvoviruses, pero todavia necesitan mucha
ayuda de las funcione celulares.
Existen marcos de lectura en las dos
orientaciones del DNA viral, quiere decir
que las dos cadenas: sentido (+) y (-) son
transcritas durante la infeccion.
Elsevier, 2005.

Estrategias de codificacion en el genoma :

Class III: dsRNA

Todos los virus con genomas de RNA difieren
fundamentalmente de sus celulas hospederas.
Reoviruses tienen genomas segmentados y se
replican en el citoplasma.

En infeccion temprana, la transcripcion de los

segmentos del genoma de dsRNA se da por la
actividad de una transcriptasa especifica del virus,
ocurre dentro de la particula parcialmente
descubierta.
Elsevier, 2005.

Estrategias de
codificacion en
el genoma :

Class III:
dsRNA

Elsevier, 2005.

Estrategias de codificacion en el genoma :

Class III: dsRNA

Los primeros transcripts son cubiertos y no son
poliadenilados.
Los segmentos del genoma son
transcritos/traducidos a diferentes frecuencias.
El RNA es transcrito conservativamente,
resultando en sintesis de la cadena + de mRNA,
la cual esta cubierta dentro del nucleo de la
particula.
Transcripcion secundaria ocurre tarde en el
proceso infeccioso dentro de la nueva particula
y son no transcript cubiertas sin poliadenilar.
El genoma es replicado en forma conservativa.
Elsevier, 2005.

Estrategias de codificacion en el genoma :

Clase IV: ss (+)RNA

En estos virus el genoma actua como RNA de
mensaje y son traducidos inmediatamente a la
entrada de la celula.

Esta clase de genomas un rago diverso de

estrategias para controlar la expresion gennica y
replicacion del genoma.
Hay dos estrategias principales de expresion.
Elsevier, 2005.

Production of a polyprotein
encompassing the whole of the
virus, which is cleaved by proteases
to produce precursor and mature
polypeptides.

Elsevier, 2005.

 Production of
subgenomic mRNAs,
resulting from two
or more rounds of
translation of the
genome.

Elsevier, 2005.

Estrategias de codificacion en el genoma :

Class V: ss (-)RNA
El genoma de estos virus puede ser segmentado o
no segmentado.
El primer paso en la replicacion de genomas
segmentados (orthomixovirus) es la transcripcion de
la cadena negativa de RNA por la RNA polimerasa
asociada al virion (RNA dependent RNA polymerase)
para producir mRNAS monocistronic, los cuales
sirven como modelo para la replicacion del genoma.
Es esencial el empacamiento de la
transcriptasa/replicasa viral dentro de la particula.
Elsevier, 2005.

Estrategias de codificacion en el genoma :

Class V: ss(-)RNA

Elsevier, 2005.

Estrategias de codificacion en el genoma :

Class V: ss (-)RNA
Virus con genomas no segmentados tambien
producen mRNAs monocistronicos.
Estos son producidos individualmente por un
mecanismo de transcripcion de pare y comience,
regulado por las secuencias intergenicas presentes
entre cada gen del virus.
Mecanismos de empalmado no pueden ser usados
porque estos virus se replican en el citoplasma.
La cantidad de cada proteina es regulada durante la
transcripcion y despues.
Elsevier, 2005.

Paramyxovirus Gene Expression

Elsevier, 2005.

Estrategias de codificacion en el genoma :

Class VI: ss(+)RNA con intermediario de DNA

El RNA genomico de los retrovirus constituye el
modelo para transcripcion reversa a DNA, este
es el unico virus de RNA con cadena positiva
cuyo genoma no sirve como mRNA
inmediatamente a la entrada a la celula.
Ina vez integrado en el genoma de la celula, el
DNA provirus esta bajo el control de la celula
hospedera y es transcrito como genes celulares.
Algunos retrovirus han desarrollado un numero
de mecanismos transcripcionales y posttranscripcionales que le permiten controlar la
expresion de su informacion genetica.
Elsevier, 2005.

Estrategias de codificacion en el genoma :

Clase VII: dsDNA con intermediario de RNA

Expresion de genomas de Hepadnavirus es compleja y
relativamente poco conocida.
Los hepadnavirus contienen un numero de marcos de
lectura sobrepuestos claramente designados para apretar
tanta informacion como sea posible dentro del genoma
compacto.
El gen X codifica un trans-activador transcripcional que se
cree es analogo a la proteina HTLVtax .
Al menos dos mRNAs se producen desde promotores
independientes, cada uno codifica para algunas proteinas
y el mas largo es tambien el modelo para transcripcion
reversa durante la formacion de la particula viral.
Elsevier, 2005.

Control a nivel de Transcripcion

Muchos virus, incluso algunos de los mas
simples como el SV40 codifican proteinas
que regulan su transcripcion.
Codifican factores que actuan en trans para
modificar el aparato de transcripcion de la
celula.
Otros incluyen sitios especificos que son
reconocidos por los factores trans celulares
Elsevier, 2005.

Ejemplos
SV40

HTLV-HIV
Hepadnavirus
Parvovirus
Adenovirus
Herpesvirus

Antigeno T mayor y
Antigeno T menor
Proteinas Tax y Tat
Proteina X
Proteina Rep
Proteina EA1
Proteinas tempranas

 La expresion de genomas de virus de RNA es

tambien altamente controlada pero el proceso
se lleva a cabo por transcriptasas codificadas
por el propio virus.

Control transcripcional de la
expresion genica.
El SV40 codifica dos antigenos-T (antigenos tumorales):
Antigeno-T mayor y Antigeno-T menor
La replicacion de SV40 dsDNA ocurre en el nucleo
La transcripcion del genoma se lleva a cabo por la RNA
polymerasa II de la celula pero el Antigeno T mayor
regula la transcripcion del genoma.
El Antigeno T menor no es esencial para la replicacion,
pero permite que el DNA del virus se acumule en el
nucleo
Porque las dos proteinas tienen seales de locatizacion
nuclear.
Elsevier, 2005.

The SV40 Genome

Elsevier, 2005.

SV40 Gene Expression

Soon after infection early
mRNAs are expressed

Elsevier, 2005.

Retrovirus Gene Expression

Existen numerosos binding sites para factores de
transcripcin celulares en las terminaciones repetidas
largas (LTRs) del pro virus
Los elementos distales (NFkB y SP1 binding sites) y los
elementos proximales (caja TATA) hacen un promotor
de transcripcin en la regin U3 de la LTR.
La actividad basal de estos promotores es
relativamente dbil y produce una transcripcin
limitada del genoma del pro virus por la RNA
polimerasa II
Elsevier, 2005.

DNA Binding proteins and Retrovirus

LTRs
Factores de transcripcin celulares

Elsevier, 2005.

Expresin de retrovirus

Expresion gnica de retrovirus

HTLV y HIV codifican proteinas que actuan como
reguladores positivos en trans, la proteina tax de
HTLV y la proteina tat para HIV
Estas protenas actan para incrementar la
transcripcin de las LTR del virus al menos 50 a 100
veces mas que las tasas basales del promotor
Ni la proteina tax ni la tat se pegan directamente a su
respectivo LTR.

Elsevier, 2005.

Gene
Expression
in HTLV
and HIV

Elsevier, 2005.

Control de la expresion genica de HTLV

HTLV tax se pega a una secuencia de 21bp rica en CG, CRE
(cyclic AMP response element)en el LTR del virus.
tax tambien forma interacciones proteina-proteina con
factores de transcripcion celulares , ejm p105, un
precursor de NF-kB.
tax incrementa la dimerizacion de proteinas bZIP que se
pegan al DNA via una region basica del domain-leucine en
la cremallera.
Se requiere dimerizacion de estas proteinas para que se
peguen al DNA y activen transcripcion.
Elsevier, 2005.

Control de la expresin gnica de HIV

La proteina tat de HIV se pega a una estructura en forma
de horquilla en la terminacion 5 del genoma del virus,
conocida como elemento TAR ( trans activation response)
En ausencia de tat, el inicio desde el LTR es eficiente pero
se interrumpe porque el promotor forma un complejo
muy pobre para el proceso.
En la presencia de tat ligado a TAR, se forma un complejo
de iniciacion de transcripcion diferente el cual completa la
transcripcion del genoma de HIV.
Las proteinas Tax de HTLV y tat de HIV son reguladores
positivos en el LTR del provirus y estan bajo el control del
virus.
Elsevier, 2005.

Control of
HTLV/HIV
Gene
Expression

Elsevier, 2005.

Splicing
Muchos virus de DNA que se replican en el nucleo
codifican mRNAs que deben ser procesados por
mecanismos celulares
Cortes y empalmes requieren el procesamiento de
mRNAs por un aparato nuclear antes de ser
transportados al citoplasma para traduccion.
Algunas familias de virus han tomado ventaja de esta
capacidad de su hospedero para comprimir mas
informacion genetica en su genoma, ejm parvovirus y
polyomavirus
En contraste, la gran capacidad genetica de herpesvirus
hace posible que estos virus produzcan mayormente
mRNAs monocistronicos sin empalmes.
Elsevier, 2005.

Expresion genica de Adenovirus

Familias de genes de Adenovirus son expresados via
corte y empalme diferencial de un precursor hnRNA.
Las primeras proteinas en ser expresadas son E1A y
E1B, son codificadas por la unidad transcripcional
sobre el extremo izquierdo del strand r al final del
genoma.
Estas proteinas son primariamente proteinas
reguladoras transcripcionales en trans comparables a
las proteinas tax y tat.

Elsevier, 2005.

Adenovirus Gene Expression

Elsevier, 2005.

Adenovirus E1A
Cinco polipeptidos relacionados aE1A se producen
desde el mismo marco de lectura.
Los peptidos 289 y 243 son activadores
transcripcionales
Aunque estas proteinas activan la transcripcion de los
promotores tempranos de adenovirus, son tambien
promiscuas activando la mayoria de promotores que
responden a la RNA polimerasa II que contiene una
caja TATA.
No hay secuencias comunes obvias en todos estos
promotores y no hay evidencia de que la proteina E1A
se pegue directamente al DNA.
Elsevier, 2005.

Expression of Adenovirus E1A

Elsevier, 2005.

Adenovirus E1A
La proteina E1A de diferentes serotipos de adenovirus
contienen tres dominios conservados e interactuan con
muchas proteinas celulares.
E1A puede activar y deprimir la transcripcion.

Con la sintesis de E1A comienza una cascada de

activacion transcripcional iniciando la transcripcion de
otros genes tempranos de adenovirus: E1B, E2, E3 Y E4.
Despues de que el genoma del virus ha sido replicado,
esta cascada termina en transcripcion de genes tardios
que codifican para proteinas estructurales-.
Elsevier, 2005.

Adenovirus E1A
La transcripcion de E1A es un sistema balanceado y
autoregulado.
Los genes inmediatamente tempranos de virus de DNA
tipicamente tienen elementos fuertes arriba de sus
promotores.
Las proteinas inmediatamente tempranas son activadores
transcripcionales que inician la expresion de otros genes
virales.
Aunque E1A trans-activa su propio promotor, a altas
concentraciones reprime la funcion de los elementos
inductores arriba por lo tanto deprime su propia expresion

Elsevier, 2005.

Adenovirus E1A

Elsevier, 2005.

Control post-transcripcional dela Expresion

por Adenovirus
Los genes de Adenovirus VA (virus-asociado) codifican dos
RNAS pequeos (160 nt) transcritos desde la cadena r del
genoma por la RNA polimerasa III durante la fase de
replicacion tardia del virus.
Los dos VA RNAI y VA RNA II tienen un alto grado de
estructuras secundarias , ninguna molecula codifica para
polipeptidos y se acumulan en el citoplasma de celulas
infectadas con adenovirus.

La forma en que estos dos RNAs actuan no es completamente

entendida, pero sus efectos netos son reforzar la sintesis de
proteinas tardias de adenovirus.
Elsevier, 2005.

Control Post-Transcriptional de la expresion de

Adenovirus
Los interferones activan una proteina kinasa celular
conocida como PKR que inhibe la iniciacion de
traduccion.
VA RNA I se pega a PKR, previniendo su actividad
Los efectos de interferones en celulas son
generalizados y dan como resultado inhibicion de la
traduccion de mRNAs celulares y virales.
Los RNAs VA pueden promover selectivamente la
traduccion de mRNAs de adenovirus a expensas de m
RNAs celulares cuya traduccion permanece inhibida.
Elsevier, 2005.

Eficiencia de Traduccion
La eficiencia con la cual diferentes mRNAs son
traducidos es determinada por la secuencia de
nucleotidos que le rodea al codon de iniciacion de
traduccion AUG.
La secuencia mas favorable para iniciar es:
GCC(A/G)CCAUGGG.
Algunos virus utilizan variaciones de esta secuencia para
regular la cantidad de proteina sintetizada de cada
mRNA.
Ejemplos de esto son las proteinas tax y rex de HTLV, las
cuales son codificadas por marcos de lecturas
sobrepuestos en el mismo mRNA de 2.1 kb doblemente
cortado mecanismo escaneo goteante.
Elsevier, 2005.

Iniciacion de traduccion
La traduccion de la mayoria de mRNA es iniciada cuando
los ribosomas reconocen la terminacion 5 del mRNA y
escanean la secuencia hasta que llegan al codon de
iniciacion AUG
Los genomas de Picornavirus tienen una region larga no
codificante en su terminacion 5
Estas secuencias intervienen en la replicacion y
posiblemente en el empacamiento del genoma del virus
La terminacion 5del genoma de los Picorna virus no tiene
cap, pero es modificada por la adicion de la proteina VPg
Existen multiples codones AUG en la terminacion 5 de la
region no codificante que no son reconocidas por los
ribosomas.

Elsevier, 2005.

The Internal Ribosome

Entry Site (IRES)
En celulas infectadas con picorna virus, una proteasa
viral corta el cap-binding complex (CBC) donde se
pega la cap en el extremo 5de los mRNAs durante
iniciacion de traduccion.
En lugar de escanear el RNA de picorna virus desde la
terminacion 5 los ribosomas se pegan en un sitio
interno de entrada (IRES) y comienza la traduccion
internamente.
Pocos mRNAs celulares usan este mecanismo pero se
ha demostrado que lo utilizan una variedad de virus
incluyendo picorna, hepatitis C, corona y flaviviruses.
Elsevier, 2005.

Desplazamiento del marco de lectura

Desplazamiento del marco de lectura fue primero
descubierto en virus, pero tambien ocurre en
procariotes y eucariotes
Los genomas de retrovirus producen al menos
dos RNAs con 5cap, 3 poliA
Un transcrito largo codifica los genes gag, pro y
pol y tambien forma el RNA genomico empacado
dentro del virion
El problema es como expresar tres proteinas
diferentes desde un transcrito largo
Elsevier, 2005.

Desplazamiento del marco de lectura

En algunos casos
(Ejem.HTLV) los genes
gag, pro y pol ocupan
tres marcos diferentes,
mientras en otros (Ejm.
HIV), la proteasa (pro)
forma una extension en
la terminacion 5 del
gen.
En HIV, la proteasa y
polimerasa son
expresadas como una
poliproteina que es
cortada en proteinas
maduras.
Elsevier, 2005.

Desplazamiento del marco de lectura

En los limites entre genes hay una secuencia de
nucleotidos repetidos como UUUAAAC.
Los ribosomas que encuentran esta secuencia traducen
y continuan a traves del transcrito hasta que
encuentran un codon de pare
Una proporcion de los ribosoma se resbalan de
regreso un nucleotido antes de continuar traduciendo
el mensaje en un marco de lectura diferente
Debido a que solo una proporcion de ribosomas
cambia de marco de lectura en cada secuencia, hay un
gradiente de traduccion desde los marcos de lectura
en la terminal 5 del mRNA hacia las 3
Elsevier, 2005.

Desplazamiento del marco de lectura

La secuencia resbalosa da una baja frecuencia de cambio
de marco de lectura.
Adelante de la secuencia resbalosa hay una repeticion
invertida que permite la formacion de una horquilla.
Una secuencia adicional complementaria a la horquilla
permite el apareamiento entre estas dos regiones,
formandose un pseudonudo de RNA.
Esta estructructura secundaria en el mRNA hace que los
ribosomas paren en la posicion de la secuencia resbalosa,
incrementando la frecuencia a la cual ocurre el cambio
de marco de lectura.
Elsevier, 2005.

Desplazami
ento del
marco de
lectura

Elsevier, 2005.

Supresion de terminacion
En algunos retrovirus el gen pro esta separado del gen gag
por un codon de terminacion UAG en lugar de una
secuencia resbalosa y pseudonudo.
En la mayoria de casos, traduccion del mRNA termina en
esta secuencia, dando lugar al incremento de la proteina
gag.
En pocas instancia, el codon de parada UAG es supimido y
la traduccion continua, produciendo una poliprotenina gagpro-pol la cual a continuacion se autodigiere para producir la
proteinas maduras.
Elsevier, 2005.

Resumen
El control de la expresion genica es una parte vital
de la replicacion de los virus
La coordinacion de la expresion de grupos de genes
virales da fases sucesivas de expresion genica.
Tipicamente, genes inmediatamente tempranos
codifican proteinas activadoras, genes tempranos
codifican las siguientes proteinas reguladoras y los
genes tardios codifican proteinas estructurales.
Los virus confian en mecanismos especificos cis y
trans para manipular la biologia de sus celulas
hospederas para incrementar y coordinar la
expresion de su propia informacion.
Elsevier, 2005.