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COLE NATIONALE VETERINAIRE DALFORT

Anne 2009

LES BIOFILMS ET LA PEAU

THESE

Pour le

DOCTORAT VETERINAIRE
Prsente et soutenue publiquement devant

LA FACULTE DE MEDECINE DE CRETEIL


Le 8 Octobre 2009
par

Alice de CHALVET de ROCHEMONTEIX


Ne le 28 Mars 1985 Paris (Seine)

JURY
Prsident : M.
Professeur la Facult de Mdecine de CRETEIL

Membres
Directeur : Mme Genevive Marignac
Matre de confrences en Parasitologie et Maladies Parasitaires lENVA
Assesseur : Mr Henri-Jean Boulouis
Professeur dans lUnit de Pathologie Gnrale, Microbiologie et Immunologie
lENVA
Invit : Mr Blaise Hubert
REMERCIEMENTS

Au Professeur de la Facult de Mdecine de Crteil,


Pour nous avoir fait honneur daccepter la prsidence de notre jury de thse.
Hommage respectueux.

A Madame Genevive MARIGNAC,


Matre de Confrences en Dermatologie lEcole Nationale Vtrinaire dAlfort,
Qui nous a fait lhonneur daccepter lencadrement de ce travail.
Pour sa rigueur, ses conseils, sa comptence et sa disponibilit dans la ralisation de ce
travail.
Quelle trouve ici lexpression de ma sincre reconnaissance.
Trs sincres remerciements.

A Monsieur Henri-Jean BOULOUIS,


Professeur de Bactriologie et dImmunologie Gnrale lEcole Nationale Vtrinaire
dAlfort,
Pour avoir eu la gentillesse de corriger ce travail et de participer notre jury de thse.
Remerciements respectueux.

A Monsieur Blaise HUBERT,


Praticien hospitalier dans le service de Dermatologie de lEcole Nationale Vtrinaire
dAlfort,
Pour ses nombreux conseils, son soutien et son enthousiasme,
Quil trouve ici lexpression de ma reconnaissance.
Remerciements respectueux.

A Monsieur TOUTAIN,

Professeur de Physiologie l'Ecole Nationale Vtrinaire de Toulouse, sans qui ce


passionnant sujet de thse n'aurait pu voir le jour.

Sincres remerciements.
A mes parents, Graud et Franoise,

Pour avoir toujours su me montrer les valeurs essentielles,

Pour leur soutien sans faille.

A mon frre Matthieu,

Pour son humour et sa vivacit desprit,

Pour quil soit fier de sa grande sur !

(Et pour lui prouver quon trouve aussi des biofilms sur les percherons !!!)

A mes amis de Stanislas, dHenri IV, dAlfort et dailleurs,

Pour tous ces bons moments passs ensemble et ceux venir,

Pour tous ces fous rires,

Pour toutes ces discussions interminables o le monde est refaire,

Pour quils ralisent que les biofilms sont partout!

A mes professeurs de classe prparatoire du Lyce Henri IV,

Pour leur dynamisme et leur soutien pendant ces deux annes difficiles, mais tellement
enrichissantes.

A Oxford, le plus beau des cockers.


Il y a dans le regard des btes une lumire profonde et doucement triste qui minspire une
telle sympathie que mon me souvre comme un hospice toutes les douleurs animales.
Francis Jammes
TABLE DES MATIERES

INTRODUCTION.5

1. METHODES DETUDES DES BIOFILMS ...................................................................................... 7

1.1. DONNEES HISTORIQUES ............................................................................................................ 7


1.2. DIVERSITE DES BIOFILMS ET DIVERSITE DES METHODES DETUDES......................................................... 8
1.3. LES METHODES DETUDE DES BIOFILMS ......................................................................................... 9
1.3.1. CHOIX DES MICRO-ORGANISMES ........................................................................................................ 9
1.3.2. LA POLYCULTURE : MEILLEUR REFLET DE LA REALITE BIOLOGIQUE ............................................................. 9
1.3.3. LES DIFFERENTES METHODES DOBTENTION DES BIOFILMS .................................................................... 10
1.3.4. LES DIFFERENTES METHODES DOBSERVATION DES BIOFILMS................................................................. 11
1.4. ETUDES DE LABORATOIRE VERSUS ETUDES DE TERRAIN .................................................................... 14
1.5. LE MICRO-ORGANISME LE PLUS ETUDIE EN MONOCULTURE : PSEUDOMONAS AERUGINOSA ...................... 14
1.6. ETABLISSEMENT DE MODELES DINFECTIONS ASSOCIES A DES BIOFILMS ............................................... 15
1.6.1. MODELES IN VITRO........................................................................................................................ 15
1.6.2. MODELES ANIMAUX IN VIVO ........................................................................................................... 16

2. STRUCTURE DES BIOFILMS ................................................................................................... 17

2.1. UNE GRANDE DIVERSITE DE BIOFILMS ......................................................................................... 17


2.2. UNE ORGANISATION STRUCTURALE COMMUNE ............................................................................. 19
2.2.1. UNE ORGANISATION STRATIFIEE....................................................................................................... 19
2.2.2. LES PRINCIPAUX CONSTITUANTS DU BIOFILM : LES BACTERIES ET LA MATRICE DEXOPOLYSACCHARIDES ........ 20
2.3. OBSERVATION DE BIOFILMS ..................................................................................................... 20

3. FORMATION ET ECOLOGIE DES BIOFILMS ............................................................................. 22

3.1. LES ETAPES DE FORMATION DUN BIOFILM ................................................................................... 23


3.1.1. ATTACHEMENT PRIMAIRE REVERSIBLE ET NON SPECIFIQUE A UNE SURFACE (ADHERENCE) .......................... 24
3.1.2. ATTACHEMENT SECONDAIRE IRREVERSIBLE ET SPECIFIQUE A UNE SURFACE (ADHESION) ............................. 25
3.1.3. PHASES PRECOCES DE DEVELOPPEMENT DU BIOFILM. MATURATION DU BIOFILM. .................................... 27
3.1.4. ESSAIMAGE ET DISPERSION DU BIOFILM ............................................................................................ 27
3.2. FACTEURS FAVORISANT LA FORMATION DUN BIOFILM.................................................................... 28
3.2.1. CARACTERISTIQUES DE LA SURFACE .................................................................................................. 28
3.2.2. CARACTERISTIQUES DU MILIEU ........................................................................................................ 30
3.2.3. PROPRIETES DES CELLULES .............................................................................................................. 31
3.2.4. CONCLUSION : LES FACTEURS INFLUANT SUR LA FORMATION DE BIOFILMS .............................................. 32
3.3. FACTEURS FAVORISANT LA DISPERSION DUN BIOFILM .................................................................... 33
3.4. ECOLOGIE DUN BIOFILM ......................................................................................................... 34

1
4. REGULATION DE LA FORMATION DES BIOFILMS ................................................................... 35

4.1. LE QUORUM SENSING ............................................................................................................. 35


4.1.1. LE QUORUM SENSING. DEFINITION ET MECANISMES............................................................................ 35
4.1.2. LES MOLECULES DU QUORUM SENSING ............................................................................................. 35
4.1.3. ROLES DU QUORUM SENSING .......................................................................................................... 36
4.1.4. ALTERATION DU QUORUM SENSING. CONSEQUENCES ......................................................................... 36
4.1.5. INTERACTION DU QUORUM SENSING AVEC DAUTRES MOLECULES : EXEMPLE DE LA LACTOFERRINE ............. 37
4.2. REGULATION GENETIQUE PAR LES CELLULES FIXEES ......................................................................... 37
4.3. REGULATION DE LA FORMATION DES BIOFILMS PAR LE GMP-C ......................................................... 37
4.4. REGULATION DE LA FORMATION DES BIOFILMS PAR LACETYL PHOSPHATE ET LALARMONE : REGULATION DE
LEXPRESSION DE CERTAINS GENES EN FONCTION DES CONDITIONS NUTRITIONNELLES ...................................... 38
4.5. AUTRES MECANISMES REGULATEURS DE LA FORMATION DE BIOFILMS ................................................. 38

5. LES BIOFILMS DANS LEUR ENVIRONNEMENT ........................................................................ 40

5.1. AVANTAGES CONFERES PAR LE MODE DE VIE EN BIOFILM ................................................................. 40


5.1.1. AVANTAGES METABOLIQUES ........................................................................................................... 40
5.1.2. PROTECTION DES MICRO-ORGANISMES DU BIOFILM ............................................................................ 41
5.2. BIOFILMS ET ADAPTATIONS AUX CONDITIONS ENVIRONNEMENTALES.................................................. 42
5.2.1. BIOFILMS ET STRESS ENVIRONNEMENTAL : ACTIVATION DU FACTEUR RPOS ........................................... 42
5.2.2. RESISTANCE AUX STRESS ENVIRONNEMENTAUX : BIOFILMS HOMOGENES ET BIOFILMS HETEROGENES .......... 43

6. IMPORTANCE DES BIOFILMS ................................................................................................ 45

6.1. FLORE COMMENSALE ET PROTECTION DE LORGANISME .................................................................. 45


6.1.1. FLORE COMMENSALE CUTANEE........................................................................................................ 45
6.1.2. FLORE COMMENSALE DU TRACTUS DIGESTIF ...................................................................................... 46
6.2. IMPORTANCE MEDICALE DES BIOFILMS........................................................................................ 49
6.2.1. BIOFILMS ET INFECTIONS CHRONIQUES ............................................................................................. 49
6.2.1.1. Biofilms et sant publique..................................................................................................... 49
6.2.1.2. Infections lies la prsence de biofilms.............................................................................. 49
6.2.1.3. Epidmiologie. Facteurs favorisant le dveloppement dinfections des des biofilms ..... 50
6.2.1.4. Biofilms et infections chroniques : Mcanismes ................................................................... 51
6.2.1.5. Infections chroniques lies la prsence de biofilms. Etude de quelques exemples .......... 55
6.2.2. BIOFILMS ET IMPLANTS MEDICAUX ................................................................................................... 57
6.2.2.1. Biofilms et infections du tractus urinaire .............................................................................. 58
6.2.2.1.1. Pathognie et micro-organismes impliqus....................................................................... 58
6.2.2.1.2. Formation de biofilms cristallins. Complications ............................................................... 60
6.2.2.2. Biofilms et cathters veineux centraux ................................................................................. 62
6.2.2.3. Biofilms et valves cardiaques artificielles.............................................................................. 64
6.2.2.4. Biofilms et ostomylite ....................................................................................................... 65
6.2.2.5. Biofilms et prothses oculaires ............................................................................................. 65
6.2.2.6. Conclusion : biofilms et infections nosocomiales lies au port dimplant ............................ 66

2
6.2.3. BIOFILMS ET MEDECINE VETERINAIRE ................................................................................................ 68
6.2.3.1. Biofilms et transmission vectorielle dagent pathogne par un vecteur biologique ............ 68
6.2.3.2. Biofilms et infections nosocomiales chez les animaux ......................................................... 69
6.2.4. BIOFILMS ET ANTIBIORESISTANCES ................................................................................................... 70
6.2.4.1. Facteurs de rsistance inns ................................................................................................. 70
6.2.4.2. Facteurs de rsistance induits ............................................................................................... 75
6.2.4.3. Moyens de lutte contre les antibiorsistances des biofilms ................................................. 75
6.3. IMPORTANCE INDUSTRIELLE DES BIOFILMS ................................................................................... 76
6.3.1. EFFETS BENEFIQUES DE LA PRESENCE DE BIOFILMS .............................................................................. 76
6.3.2. EFFETS NEFASTES DE LA PRESENCE DE BIOFILMS .................................................................................. 78
6.3.2.1. Biofilms et sant publique..................................................................................................... 78
6.3.2.2. Biofilms, dgradations et impact conomique ..................................................................... 79
6.3.2.3. Moyens de lutte .................................................................................................................... 79

7. MOYENS DE LUTTE CONTRE LES BIOFILMS ............................................................................ 80

7.1. EMPECHER LA FORMATION DE BIOFILMS ..................................................................................... 80


7.1.1. TECHNIQUES COURAMMENT UTILISEES ............................................................................................. 80
7.1.2. LES NOUVELLES TECHNOLOGIES AU SERVICE DE LA LUTTE CONTRE LES BIOFILMS ....................................... 81
7.2. ELIMINER DES BIOFILMS DEJA FORMES ........................................................................................ 82
7.2.1. TECHNIQUES DELIMINATION DES BIOFILMS COURAMMENT UTILISEES .............................................. 82
7.2.1.1. Elimination mcanique du biofilm ........................................................................................ 82
7.2.1.2. Antibiothrapie ..................................................................................................................... 83
7.2.2. LES NOUVELLES TECHNOLOGIES AU SERVICE DE LA LUTTE CONTRE LES BIOFILMS .................................. 85

8. PROPOSITION DE VOIES DE RECHERCHE SUR LA PROBLEMATIQUE DES BIOFILMS EN


DERMATOLOGIE ......................................................................................................................... 88

8.1. LA PEAU, INTERFACE ENTRE LORGANISME ET LE MILIEU EXTERIEUR .................................................... 88


8.1.1. STRUCTURE DE LA PEAU ................................................................................................................. 89
8.1.1.1. LEPIDERME .............................................................................................................................. 90
8.1.1.1.1. Organisation structurale de lpiderme ............................................................................. 90
8.1.1.1.2. Importance du stratum corneum : l effet barrire ....................................................... 95
8.1.1.2. LE DERME ................................................................................................................................. 96
8.1.1.3. LHYPODERME ........................................................................................................................... 96
8.1.2. PROPRIETES ET CARACTERISTIQUES PHYSICO-CHIMIQUES DE LA PEAU ..................................................... 96
8.1.2.1. LE PH CUTANE ........................................................................................................................... 96
8.1.2.2. LE FILM HYDROLIPIDIQUE............................................................................................................. 98
8.1.2.2.1. Composition ....................................................................................................................... 98
8.1.2.2.2. Rles ................................................................................................................................. 100
8.1.2.3. LA FLORE CUTANEE ................................................................................................................... 101
8.1.2.3.1. Composition et physiologie de la flore cutane............................................................... 101
8.1.2.3.2. Rles de la microflore cutane......................................................................................... 102

3
8.2. BIOFILMS ET PEAU ................................................................................................................103
8.2.1. BIOFILMS ET CICATRISATION. EXEMPLE DES PLAIES CHRONIQUES. ..................................................105
8.2.1.1. PATHOGENIE .................................................................................................................105
8.2.1.2. COMMENT EXPLIQUER LA CHRONICITE DE CES PLAIES ?.............................................................106
8.2.2. DERMATITE ATOPIQUE ET BIOFILMS .......................................................................................108
8.2.2.1. LA DERMATITE ATOPIQUE SECHE : DEFINITION ET TRAITEMENTS ACTUELS ......................................108
8.2.2.1.1. Etiopathognie de la dermatite atopique ........................................................................ 108
8.2.2.1.2. Traitements actuels de la dermatite atopique................................................................. 110
8.2.2.1.2.1. Avantages et inconvnients des divers traitements ..................................................... 110
8.2.2.1.2.2. Dmarche thrapeutique frquemment mise en place ............................................... 110
8.2.2.2. DERMATITE ATOPIQUE SECHE ET BIOFILMS ............................................................................111
8.2.2.3. PROBLEMATIQUE POSEE PAR LA DERMATITE ATOPIQUE EN MATIERE DE STRATEGIE THERAPEUTIQUE ....114
8.2.2.4. PROPOSITION DUNE NOUVELLE STRATEGIE THERAPEUTIQUE POUR LA DERMATITE ATOPIQUE ............115
8.2.3. ACNE ET BIOFILMS .............................................................................................................116
8.3. APPLICATION A LA PRESCRIPTION DE TOPIQUES EN DERMATOLOGIE. PISTES DE REFLEXION. .....................117
8.3.1. PRESCRIPTION RAISONNEE DUN TOPIQUE EN DERMATOLOGIE ......................................................117
8.3.1.1. FACTEURS DEPENDANTS DE LA DERMATOSE ...........................................................................117
8.3.1.2. FACTEURS DEPENDANTS DE LINDIVIDU ................................................................................118
8.3.1.3. FACTEURS DEPENDANTS DE LA NATURE DE LA MOLECULE ..........................................................118
8.3.1.3.1. Capacit de pntration cutane ..................................................................................... 118
8.3.1.3.2. pH de la molcule ............................................................................................................. 119
8.3.1.3.3. Pouvoir irritant ................................................................................................................. 119
8.3.1.4. DUREE DU TRAITEMENT....................................................................................................120
8.3.1.5. CONCLUSION : PRESCRIRE UN TOPIQUE DE FAON RAISONNEE....................................................120
8.3.2. PROPOSITIONS DE VOIES DE RECHERCHE SUR LA PROBLEMATIQUE DES BIOFILMS EN DERMATOLOGIE ......121
CONCLUSION123
Liste des tableaux .125
Liste des figures..126
Liste des photographies.128
BIBLIOGRAPHIE ..129
Annexe : Article de synthse .141

4
INTRODUCTION

Un biofilm est une communaut de micro-organismes (bactries,


champignons, protozoaires ou algues) adhrant entre eux et fixs une surface, et enrobs
dans une matrice dexopolysaccharides protectrice et adhsive quils synthtisent.
Le mode de vie en biofilm est le mode de comportement prdominant des
organismes unicellulaires. L'autre alternative est la flottaison libre de type dit "planctonique",
dans un milieu liquide, fluide ou mme solide. Les biofilms sont observs dans les milieux
aqueux ou exposs l'humidit. Ils peuvent se dvelopper sur n'importe quel type de surface
naturelle ou artificielle, qu'elle soit minrale (roche, interfaces air-liquide...), organique (peau,
tube digestif des animaux, racines et feuilles des plantes), industrielle (canalisations, coques
des navires) ou mdicale (prothses, cathters, sondes urinaires.)
Lorganisation communautaire des biofilms permet aux cellules de cooprer et
dinteragir de manire diffrente qu'en environnement libre. Le passage dun mode de vie
lautre est un processus dynamique et complexe, rgul par de nombreux facteurs exognes et
endognes. Il est caractris par un changement radical de phnotype et par lacquisition de
proprits spcifiques aux biofilms, notamment lacquisition dune antibiorsistance et
lexpression de facteurs de rsistance de nombreux stress environnementaux. Ceci pose de
graves problmes de sant publique, y compris parce que les biofilms peuvent se former sur
des implants mdicaux et tre lorigine dinfections nosocomiales. On trouve aussi des
biofilms la surface de la peau. La plupart du temps, ils sont composs de micro-organismes
faisant partie de la flore commensale cutane. Au-del des problmes de rsistance, les
biofilms cutans sont impliqus dans de nombreux phnomnes comme lhomostasie
cutane, la cicatrisation et dans le dveloppement de dermatoses. Peu de donnes sont
disponibles ce sujet.
Le but de cette tude est de proposer des axes de recherche sur la problmatique des
biofilms en dermatologie et daboutir llaboration de principes fondamentaux permettant
une prescription cohrente et raisonne de topiques dans le cadre dune consultation de
dermatologie humaine ou vtrinaire.
Au pralable, on prsentera la physiologie des biofilms ainsi que les exemples de
biofilms les plus frquemment rencontrs dans le milieu mdical et industriel, puis on tudiera
les principaux moyens de lutte. Ensuite, nous tudierons la relation entre les biofilms et la
peau et leur impact dans les principales dermatoses de lHomme et de lanimal.

5
6
1. METHODES DETUDES DES BIOFILMS

1.1. Donnes historiques

On attribue la dcouverte des biofilms linventeur du microscope, Antoni Van


Leeuwenhoek (1632-1723), qui observa vers 1683 avec cet appareil des communauts de
micro-organismes la surface des dents (Donlan, 2002).

La mise en vidence des biofilms est longtemps reste anecdotique, en partie parce
que les mthodes d'observation n'taient pas suffisamment performantes.

En 1933, lors dexpriences visant observer la croissance dalgues sur des lames de
verre places dans un aquarium, Henrici observa, fixes sur ces lames, des communauts
bactriennes. Il mit alors lhypothse que la plupart des bactries vivant en milieux aqueux
sont organises sous forme de communauts sessiles fixes une surface, et non pas sous
forme planctonique (Henrici, 1933). Le concept de biofilm est n, mais le terme en lui-
mme nest pas encore utilis.

Claude E. Zobell (1904-1989), considr comme le pre de la microbiologie marine,


dmontra vers 1936 que les surfaces solides sont bnfiques au dveloppement des bactries
lors de leur conservation dans un milieu nutritif dilu. En 1943, il montra que de trs faibles
quantits de nutriments organiques s'adsorbent sur le verre et que cette concentration de
matire organique favorise la formation de communauts bactriennes fixes sur les surfaces
(Costerton, 2004).

Cest dans les annes 1970, sous l'impulsion de Characklis puis de Costerton, que
l'tude des biofilms a pris vritablement son essor. Les techniques utilises cette poque
taient essentiellement la microscopie lectronique balayage et les cultures
microbiologiques. Ces techniques ont permis de dfinir un certain nombre de caractristiques
inhrentes aux biofilms. Par exemple, lutilisation dun colorant spcifique des
polysaccharides, le rouge Ruthenium, couple un fixateur, le ttroxide dosmium, a permis
de visualiser une matrice dexopolymres englobant des aggrgats cellulaires.
En 1973, Characklis dmontre que les matrices dexopolymres des biofilms confrent
ces derniers une rsistance avre contre laction des dsinfectants, notamment ceux base
de chlore (Characklis, 1973). En 1978, Costerton et son quipe proposrent les premires

7
hypothses sur les mcanismes impliqus dans l'adhsion des micro-organismes. Ils
proposrent pour la premire fois le terme de biofilms , en suggrant que ce serait le mode
de vie naturel adopt par la plupart des micro-organismes (Costerton, 1978). Cette
proposition, qui sappuyait initialement sur la comparaison du nombre de bactries sous forme
planctonique et sous forme de biofilms dans une rivire, est dsormais gnralement admise
par les microbiologistes.
Depuis, un nombre croissant d'tudes ont t consacres aux biofilms, aussi bien dans
les domaines industriel et environnemental que dans le domaine mdical. En dix ans, le
nombre de publications scientifiques annuelles consacres aux biofilms est pass dune
dizaine (1996) plus de 1200 (2006).

Plus rcemment, la microscopie balayage (cf page 11) et les cultures ont t
supplantes par dautres techniques comme la microscopie confocale balayage laser (cf page
11) et les outils du gnie gntique. Ces derniers sont par exemple applicables ltude des
gnes impliqus dans ladhsion et la formation du biofilm (Donlan, 2002).

1.2. Diversit des biofilms et diversit des mthodes dtudes.

Les techniques dtudes des biofilms sont trs varies. Cela est mettre en relation
avec la multitude des environnements dans lesquels les biofilms peuvent se former : pipelines,
cathters, dents, peau, racines des plantes, poumons (par exemple en cas de mucoviscidose,
etc). Cependant, mme si les biofilms sont extrmement diversifis, il est utile de mettre en
place des mthodes dtude reproductibles dun laboratoire un autre, afin de pouvoir
comparer les donnes et les interprter correctement (MacLean, 2004).

8
1.3. Les mthodes dtude des biofilms

La standardisation des mthodes dtude des biofilms est ncessaire. Elle se fait selon
un certain nombre de critres (MacLean, 2004).

1.3.1. Choix des micro-organismes

Le choix des micro-organismes utiliss pour tudier la formation de biofilms repose


sur plusieurs critres (MacLean, 2004) :

 Capacit inhrente des micro-organismes former des biofilms,


 Conditions de culture des micro-organismes (pH, temprature, lumire, nutriments,
oxygne),
 Stabilit gntique,
 Stabilit physiologique,
 Cintique de formation du biofilm,
 Contamination.

Des tudes ont t ralises avec une grande varit de micro-organismes, on peut
citer entre autres : Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Listeria monocytogenes,
Proteus spp, Vibrio cholerae, Yersinia pestis, Bacillus subtilis, Clostridium spp.

1.3.2. La polyculture : meilleur reflet de la ralit biologique

La grande majorit des tudes sur les biofilms sont ralises en monoculture, c'est--
dire que lon tudie des biofilms forms dune seule espce de micro-organismes. Lavantage
de la monoculture est que lon peut plus facilement identifier des mutations survenues lors
du changement de laspect des colonies (MacLean, 2004).
Nanmoins, dans la nature, les micro-organismes sous forme de biofilms sont
rarement trouvs sous forme de culture pure ; les biofilms htrognes composs de plusieurs
espces de micro-organismes sont prdominantes. Do lexistence dune seconde mthode
dtude, plus complexe mettre en uvre mais plus proche de la ralit biologique : la
polyculture (Maclean, 2004). Certaines colonies de micro-organismes sont pigmentes, il est
donc facile de les identifier lors de polycultures. Sinon, on peut identifier les espces

9
microbiennes par les techniques du gnie gntique (on met une sonde dADN spcifique
dune bactrie et lhybridation in situ permettra didentifier la bactrie concerne par
fluorescence).

Les biofilms htrognes sont le sige dun grand nombre dintractions entre micro-
organismes (cf page 22) : actions synergiques, actions ngatives (comptition, parasitisme,
prdation).

Lorsque les populations bactriennes atteignent un certain quilibre au sein du biofilm,


seul un petit nombre despces bactriennes prdomine. Les organismes prdominants au sein
des biofilms ne sont pas ncessairement les mmes qui prdominent sous forme planctonique.

Ainsi, les tudes en laboratoire permettent dvaluer quelles sont les espces
bactriennes qui deviennent prdominantes lors du changement des conditions
environnementales (MacLean, 2004).

1.3.3. Les diffrentes mthodes dobtention des biofilms

Des chercheurs ont dvelopp diffrents modles de biofilms artificiels,


reproductibles dun laboratoire un autre (Lemon, 2008).

Les cuves flux continu sont de petites chambres parois transparentes dans
lesquelles des biofilms submergs peuvent se former et sont continuellement approvisionns
en nutriments. Comme lindique le nom de la technique, les biofilms sont dans un milieu
aqueux, caractris par un flux de liquide, dont la vitesse est constante. Les biofilms forms
dans ces cuves flux continu peuvent tre facilement observs avec les techniques de
microscopie confocale balayage laser (cf page 11) : on obtient ainsi des images de
biofilms tous leurs stades de dveloppement. On peut observer des images de biofilms
avec une structure bourgeonnante caractristique, en forme de champignons spars par
des canaux aqueux.
On peut aussi raliser des cultures en lots, en absence de flux. Cette technique
consiste mettre des bactries en culture dans des plaques de micro-titrage, sans flux. Avec ce
systme, on peut analyser rapidement de nombreux chantillons. Cette mthode dtude est
utilise en vue du squenage des gnomes des micro-organismes, de mme que la technique
danalyse de pellicules flottant linterface air-liquide. Elle consiste recueillir des

10
biofilms forms au niveau dune interface liquide-air et de les analyser. Enfin, on peut obtenir
des biofilms sous forme de colonies formes la surface de milieux gloss.

La plupart des souches bactriennes utilises en laboratoire produisent des biofilms


fragiles comparativement aux souches sauvages des mmes espces bactriennes. Les souches
auraient accumul des mutations au fil des annes lors des expriences de culture en
laboratoire et auraient subi en quelque sorte une domestication (Branda, 2001).

1.3.4. Les diffrentes mthodes dobservation des biofilms

Les principales mthodes dobservation des biofilms sont la microscopie lectronique


balayage et la microscopie confoncale balayage laser.

La microscopie lectronique balayage est une technique de microscopie


lectronique base sur le principe des interactions lectrons-matire. Elle permet dobtenir des
images tridimensionnelles en haute rsolution de la surface dun chantillon. Le principe est
denvoyer un faisceau dlectrons1 sur la surface de lchantillon analyser qui, en rponse,
rmet certaines particules. Ces particules sont analyses par diffrents dtecteurs qui
permettent de reconstruire une image en trois dimensions de la surface. Le premier
microscope lectronique fut commercialis en 1965.
La vision en relief du microscope lectronique balayage permet une bonne
observation des micro-organismes grce sa profondeur de champ, nettement plus leve que
celle des microscopes optiques. Mais progressivement, la microscopie lectronique balayage
a t supplante par la microscopie confocale balayage laser.

1
Un canon lectrons produit un faisceau dlectrons, appel sonde lectronique fine. Ce faisceau
dlectrons est projet sur lchantillon analyser. Cet chantillon, qui doit tre propre, sec et conducteur, est
plac sur une platine porte-objet. Linteraction entre la sonde lectronique et lchantillon produit des lectrons
secondaires, de basse nergie, qui sont acclrs vers un dtecteur dlectrons secondaires qui amplifie le signal.
chaque point dimpact correspond un signal lectrique. Lintensit de ce signal lectrique dpend la fois de
la nature de lchantillon au point dimpact, qui dtermine le rendement en lectrons secondaires, et de la
topographie de lchantillon au point considr. Il est ainsi possible, en balayant le faisceau sur lchantillon,
dobtenir une cartographie de la zone balaye. La cartographie dlectrons secondaires est enregistre sous forme
numrique. Avant les annes 1980, on utilisait un tube cathodique couple une pellicule photographique
(Colliex, 1998).

11
Le principe du microscope confocal fut dcrit en 1953 par Minsky. Il faut attendre la
fin des annes 1980 pour que les premiers modles commerciaux apparaissent, rendant cette
technique accessible de nombreux laboratoires. La microscopie confocale est trs utilise en
biologie ainsi quen sciences des matriaux. Elle s'est rcemment impose comme moyen
d'investigation volumique et temporelle de spcimens2.
Le principe de la microscopie confocale balayage laser est de pratiquer des coupes
optiques virtuelles de trs faibles profondeurs de champs (environ 600 nm) dans l'objet
observ et de n'enregistrer que l'image de fluorescence mise dans un plan donn, que lon
choisira. Une reprsentation tridimensionnelle du spcimen est obtenue par construction d'une
pile de coupes sries bidimensionnelles, se rfrant des sections optiques dans des plans
confocaux3. La figure 1 rsume le mode de fonctionnement dun microscope confocal
balayage laser. Le rayon laser excitateur pntre dans l'chantillon pralablement marqu
par des fluorochromes. Ces derniers sont auparavant rpertoris et choisis en fonction de
leurs proprits se fixer sur des molcules particulires d'une structure ou d'un objet
d'intrt. Lors de l'impact optique, il y a mission de rayons lumineux provenant de diffrents
plans de la prparation. Grce un diaphragme variable, appel pinhole4 , il est possible de
slectionner les rayons mis par un seul plan de prparation et d'liminer le signal
provenant des autres plans. Les rayons rflchis sont filtrs en fonction de leurs longueurs
d'onde puis dtects par des photo-multiplicateurs. Puis, le signal reu est converti en signal
numrique, contribuant la cration d'une image numrique virtuelle. Cette image est
typiquement code sur 8 bits, parfois sur 12 bits ou 16 bits. Chaque section optique est
gnre en dplaant le faisceau laser sur une partie du domaine admissible de l'chantillon.
La vitesse de balayage est limite par l'inertie du systme mcanique en mouvement. La
profondeur du plan focal est ensuite modifie finement grce un moteur contrl par
ordinateur pour produire la squence de sections5.

2
http://www.jouy.inra.fr, http://www.techno-science.net
3
http://www.jouy.inra.fr
4
pinhole signifie trou daiguille en anglais
5
http://www.jouy.inra.fr

12
Figure 1: Principe de la microscopie confocale balayage laser

Daprs http://www.jouy.inra.fr

Les lasers utiliss le plus frquemment sont les suivants6 :

 argon-ion (longueurs d'onde : 457 nm, 488 nm, 514 nm),

 hlium-non (543 nm),

 hlium-non (633 nm).

La vision en relief permise par la microscopie lectronique balayage se prte bien


lobservation des micro-organismes, grce sa profondeur de champ. Les chantillons
observs avec cette technique doivent nanmoins tre prpars de faon rigoureuse, ce qui ne
rend pas son utilisation trs simple : tout chantillon doit tre propre et sec avant dtre fix.
La microscopie confocale est plus facile dutilisation. Elle permet des tudes sur du matriel

6
http://www.techno-science.net

13
fix, mais permet galement d'tudier des phnomnes dynamiques, sur des cellules ou des
tissus vivants, en particulier grce lutilisation de molcules fluorescentes.

1.4. Etudes de laboratoire versus tudes de terrain

La plupart des tudes sur les biofilms sont menes en laboratoire. Elles sont
compltes par des tudes menes sur le terrain, plus difficiles dun point de vue logistique,
mais plus proches des conditions relles. Elles permettent de confirmer ou non les hypothses
mises par les laboratoires et de proposer des alternatives ou de nouvelles pistes de recherche.
La difficult des tudes menes sur le terrain est dordre logistique. Les chantillons
doivent tre prlevs et stocks de la faon la plus strile possible (MacLean, 2004).

1.5. Le micro-organisme le plus tudi en monoculture : Pseudomonas aeruginosa

Pseudomonas aeruginosa est lespce la plus utilise en laboratoire pour ltude des
biofilms et ce, pour plusieurs raisons.
Cette bactrie est rencontre dans de nombreuses situations mdicales (affections
pulmonaires, brlures, formation de biofilms sur des cathters veineux centraux). Les
biofilms de Pseudomonas aeruginosa se forment rapidement (moins de 24h), alors que des
biofilms dautres espces (Escherichia coli par exemple) mettent au moins 48 heures se
former. Une souche de Pseudomonas aeruginosa, PAO1, prsente lavantage davoir t
entirement squence, et sert donc de support des tudes du gnome (Maclean, 2004).
En plus de la standardisation des mthodes reproductibles dun laboratoire un autre,
des modles dinfections associes des biofilms permettent la comparaison des rsultats et
la recherche de traitements possibles de ces infections.

14
1.6. Etablissement de modles dinfections associs des biofilms

Les techniques dtude des biofilms permettent de mettre en place des modles
dinfections associes aux biofilms, afin de mieux comprendre et de mieux traiter ces
dernires. On distingue deux types de modles : in vitro et in vivo (MacLean, 2004).

1.6.1. Modles in vitro

Lavantage des modles in vitro est leur bas prix et le contrle des conditions
exprimentales de croissance des micro-organismes.
Voici quelques exemples de modles in vitro dinfections lies des biofilms,
regroups dans le tableau 1.

Tableau 1: Modles dinfection in vitro

Daprs (MacLean, 2004)

Technique Objet dtude


Cuve flux continu (bouche artificielle) Evaluation des techniques daction des
agents luttant contre la plaque dentaire
Sonde in vitro Incrustation de la sonde urinaire par des
cristaux
Fermenteur Formation de biofilms oraux in vitro

Pour modliser la formation du biofilm que constitue la plaque dentaire, on utilise un


fermenteur, qui joue le rle dune vritable bouche artificielle. A lintrieur de ce fermenteur
sont disposs des disques dhydroxyapatite pralablement recouverts de salive. Un systme de
lame rotative retire lexcdent de biomasse forme au niveau des disques dhydroxyapatite
(imite la mastication naturelle). Ceci permet de recrer in vitro les conditions
environnementales retrouves dans la cavit buccale et donc dtudier les biofilms qui
peuvent sy former.

15
1.6.2. Modles animaux in vivo

Toute infection est le reflet dune interaction entre lhte et le micro-organisme


responsable : do lintrt des modles animaux pour tudier les maladies infectieuses lies
la prsence de biofilms.
Les modifications gntiques ralises chez les animaux de laboratoire (souris, rat,
lapin) permettent de contrler certains paramtres (systme immunitaire, physiologie)
et de regarder linfluence de linfection sur dautres paramtres, non fixs par
lexprimentateur.
Par exemple, ltude des facteurs de virulence dEscherichia coli chez le rat permet de
raliser un modle animal de la prostatite chronique (MacLean, 2004). Une tude chez le
lapin sur des biofilms dEscherichia coli permet dtablir un modle dinfection lie la
colonisation de sonde urinaire (MacLean, 2004). Linconvnient de la ralisation de modles
animaux rside dans les problmes dthique et de bien-tre animal. De plus, on ne peut pas
contrler parfaitement tous les paramtres entrant en jeu dans ltude. Enfin, les animaux de
laboratoire sont loin de la ralit des espces qui nous intrssent rellement.

Les mthodes dtude des biofilms ont beaucoup volu, en partie avec larrive de la
microscopie confocale et les outils du gnie gntique. Leur standardisation a permis de
raliser des modles dinfections associes des biofilms, reproductibles dun laboratoire un
autre. Elles connaissent un essor important depuis ces dix dernires annes. Pour mieux
comprendre ce que sont les biofilms et quelles sont les modalits de cette forme de vie, on va
maintenant prsenter de faon dtaille les particularits de leur architecture.

16
2. STRUCTURE DES BIOFILMS

Dans les conditions naturelles, les bactries existent sous deux formes (Clutterbuck,
2007) :
 libre : mode de flottaison libre appel forme planctonique,
 sessile : attach, sous forme de biofilm.

Le passage dun mode de vie lautre est un processus dynamique et complexe. La


forme planctonique permet aux bactries de prolifrer et de coloniser de nouvelles niches.
Cest la forme minoritaire. Brivement, des bactries sous forme libre sattachent une
surface de faon irrversible, puis croissent. Ces bactries produisent et accumulent des
polymres extracellulaires, formant une matrice extracellulaire forte teneur en eau. Les
bactries sont immobilises au sein de cette matrice. Leur proximit entre elles leur permet de
raliser des changes de signaux et de nutriments. Cest cet ensemble qui forme le biofilm
(Clutterbuck, 2007).

Ce mode de vie permet des colonies de bactries de persister un endroit donn,


sans prolifrer. Il confre la communaut bactrienne une vritable protection contre un
certain nombre de stress environnementaux comme la dessication ou encore laction
dagents antimicrobiens. Un biofilm a la capacit de devenir rsistant aux rponses
immunitaires inne et acquise de lhte. Les traitements antimicrobiens des concentrations
classiques dutilisation ne permettent pas lradication des biofilms. Ltude de la structure
des biofilms et des mcanismes de leur dynamique de formation a donc un intrt dans la
recherche concernant les moyens de lutte contre les biofilms.

2.1. Une grande diversit de biofilms

Le terme de biofilm pourrait laisser entendre quil sagit dune simple couche de
micro-organismes dpose sur une surface. Les biofilms sont trs htrognes, dans le temps
et dans lespace. Ils sont constamment remodels, suite linfluence permanente de facteurs
endognes et exognes (cf page 28) (Tolker-Nielsen, 2000). Ils prsentent une grande
diversit aussi bien au niveau structural (une ou plusieurs espces de micro-organismes au
sein du biofilm, paisseurs diverses) quau niveau des supports coloniss.
17
Un biofilm peut tre constitu dune ou de plusieurs espces de micro-organismes :
on parle respectivement de biofilms homognes ou de biofilms htrognes (Tolker-Nielsen,
2000). La plupart des biofilms rencontrs sont htrognes. La prsence dune espce de
micro-organisme ou dune autre au sein du biofilm dpend des conditions environnementales.
Par exemple, les biofilms clairs par la lumire du soleil sont composs majoritairement
dorganismes phototrophes, comme les algues ou les cyanobactries, ralisant la
photosynthse et produisant leur biomasse partir de carbone minral. Les biofilms forms
en absence de lumire sont constitus principalement de bactries htrotrophes
(dgradation de la matire organique) et chimiotrophes (transformation de substances
minrales) (Wanner, 2006).

Les biofilms peuvent se former sur des surfaces, biologiques ou inertes, dune grande
diversit : tissus vivants, appareillage mdical (sonde, cathter, broches), systme de
canalisation industriel ou deau potable, surfaces immerges Les proprits physiques et
chimiques de la surface jouent un rle dans les mcanismes de formation du biofilm.
Selon le type de support sur lequel se forme le biofilm, lorganisation structurale de ce
dernier sera diffrente. Un biofilm fix dans la lumire dune canalisation a une structure trs
complexe, et contient divers composants : produits issus de ractions de corrosion, boue,
algues unicellulaires et bactries filamenteuses. Un biofilm form la surface dun cathter a
une organisation plus simple : on distingue des micro-colonies de coques associes une
matrice dexopolymres (Donlan, 2002).
Tous les biofilms nont pas la mme paisseur. Les biofilms des eaux naturelles
oligotrophes sont plus fins que ceux des milieux aqueux riches comme la plaque dentaire ou
les cathters (Bury-Mon, 2007). Les biofilms rcemment forms sont souvent monocouches,
linverse des biofilms plus anciens qui sont stratifis (Bury-Mon, 2007).

Larchitecture du biofilm dpend des conditions nutritives, ce qui suggre une facilit
de remodelage des biofilms. De bonnes conditions nutritives sont ncessaires aux tapes de
formation du biofilm, alors que les phases de dveloppement tardif sont possibles dans des
conditions nutritives moins bonnes.

18
2.2. Une organisation structurale commune

Les biofilms sont htrognes dun point de vue structural. Ils se forment sur des
supports varis, ont des paisseurs diffrentes et sont forms par des espces varies de micro-
organismes. De cette diversit on peut nanmoins dgager certaines caractristiques
structurales communes tous les biofilms. Un biofilm est constitue dune fine
monocouche de cellules sa base (fixes la surface du substrat), surmonte de plusieurs
couches paisses de cellules enfermes dans une matrice et relies par des canaux aqueux. Il
sagit dune organisation spatiale stratifie, permettant des changes (informations,
nutriments) et une coopration entre micro-organismes (Stoodley, 1997 ; Tolker-Nielsen,
2000).

2.2.1. Une organisation stratifie

La couche la plus profonde du biofilm est constitue par les cellules qui se sont
fixes en premier. Ces cellules sont petites, leur mtabolisme est anarobie et leur croissance
est lente. La couche superficielle du biofilm est constitue de grandes cellules en arobiose
et croissance rapide. Entre ces deux couches de cellules, on trouve des cellules en micro-
arobiose. Lorganisation stratifie des biofilms sexplique par lexistence de gradients de
nutriments, dions... Les nutriments prsents dans le milieu extrieur diffusent en plus grande
quantit dans les couches superficielles du biofilm. Plus on avance vers les couches profondes
du biofilm, moins la diffusion est efficace et plus les concentrations en lments nutritifs sont
basses. Ces gradients permettent dexpliquer la prsence de zones de croissance diffrentes
des micro-organismes (Bury-Mon, 2007).

Des simulations tridimensionnelles ralises par informatique ont permis de montrer


que les zones de croissance rapide du biofilm sont caractrises par la prsence de larges
structures en colonnes contrairement aux zones de croissance rduite o lon trouve un rseau
troit de structures entranant ainsi une rduction des communications intercellulaires et de la
croissance du biofilm (Clutterbuck, 2007).

Au sein du biofilm, les micro-organismes morts ou lyss sont rutiliss comme


nutriments : on parle de cannibalisme . LADN libr lors de la mort programme de
certains micro-organismes du biofilm aurait un rle structural dans la stabilit des biofilms
(Bury-Mon, 2007).

19
2.2.2. Les principaux constituants du biofilm : les bactries et la matrice
dexopolysaccharides

Les constituants essentiels dun biofilm sont les micro-organismes agglomrs et la


matrice quils synthtisent. Leau est leur principal composant, ce qui explique leur
proprit hydrophile. La prsence de canaux et de pores permet des flux deau, dions et de
nutriments (Clutterbuck, 2007).
Les micro-organismes reprsentent 2 15 % du matriel du biofilm. La matrice
extracellulaire reprsente 50 90% de la masse organique carbone dun biofilm. Le rapport
C/N dun biofilm est cinq fois plus lev que pour une suspension de bactries planctoniques,
ceci tant d la prdominance de la matrice (Bury-Mon, 2007). La matrice
dexopolysaccharides joue un rle structural important, et explique certains avantages
permis par le mode de vie sessile, notamment la protection des micro-organismes contre les
facteurs environnementaux et dautres proprits comme la rsistance aux agents bactricides.
Les proprits physico-chimiques de la matrice dexopolysaccharides sont variables
dun biofilm lautre. Elle est toujours initialement compose de polysaccharides. Sa trs
forte teneur en eau, de sa capacit fixer un grand nombre de molcules deau par des
liaisons hydrogne, permet de lutter contre la dessiccation de certains biofilms dans le
milieu naturel. Parfois, la couche la plus externe de la matrice se dshydrate afin de former
une interface sche et dempcher une dessiccation plus marque (Sutherland, 2001). La
matrice dexopolysaccharides joue aussi un rle mineur dans les proprits
dantibiorsistance des biofilms en se liant directement aux agents anti-microbiens et en les
empchant de pntrer au sein du biofilm (Donlan, 2002).
Ainsi, la matrice dexopolysaccharides joue un rle structural et fonctionnel important
puisquelle sert de barrire protectrice contre la dessication, les substances bactricides mais
aussi contre les bactriophages (Donlan, 2002).

2.3. Observation de biofilms

Les mthodes dtudes actuelles des biofilms permettent den obtenir des images. Leur
visualisation permet de mieux se rendre compte de la ralit et de la complexit de la structure
des biofilms. Par exemple, par microscopie confocale balayage laser, associe des
techniques de mesure par des micro-lectrodes, on observe des conglomrats cellulaires
emprisonns dans une importante matrice extracellulaire forte teneur en eau, avec des

20
formes diverses : piliers cylindriques ou filaments voquant une structure en forme de tulipe,
de coraux ou de champignons (Photographie 1). Cette irrgularit structurale sexplique par la
prsence dune multitude de pores et de canaux. Cette organisation tridimensionnelle
particulire permet une protection optimale des individus formant le biofilm (Clutterbuck,
2007).

Photographie 1: Biofilm de Staphylococcus spp. la surface dun implant mdical.


Image obtenue par microscopie confocale.

Photographie de Janice Car, Public Health Image Library Centers for Disease Control and
Prevention, Atlanta, GA USA. Avec accord.

Sur la photographie, on observe des structures sphriques, ressemblant des champignons, unis par des
filaments. Cette organisation tridimensionnelle est caractristique des biofilms.

La structure des biofilms est relativement htrogne mais des proprits


architecturales communes existent. Il sagit de conglomrats cellulaires aggrgs dans une
matrice dexopolysaccharides. Les biofilms sont traverss dune multitude de pores et de
canaux permettant des changes dinformation, des flux deau, mais aussi des transports de
nutriments et de dchets. On peut parler dcologie du biofilm.

21
3. FORMATION ET ECOLOGIE DES BIOFILMS

La formation dun biofilm reprsente un changement radical de mode de vie des


micro-organismes qui le constituent. Le passage dun mode de vie planctonique, individuel,
un mode de vie communautaire et sessile, est un processus dynamique et complexe. Il est
caractris par une modification de lexpression gntique et par un changement de
phnotypes des micro-organismes concerns : les mmes individus ne possdent plus les
mmes proprits ni les mmes fonctions. L'environnement particulier du biofilm permet aux
cellules de cooprer et dintragir de manire diffrente que sous forme planctonique. Ainsi,
les bactries vivant en biofilm ont des proprits sensiblement diffrentes de celles des
bactries planctoniques de la mme espce. Lactivation de nombreux groupes de gnes (103)
en quelques minutes rgule cette permutation de mode de vie (Costerton, 1999). Les facteurs
gntiques et environnementaux permettant la transition entre ces deux modes de vie
commencent tout juste tre identifis et compris (Goller, 2008). Les micro-organismes dun
biofilm disposent de mcanismes originaux pour sattacher de faon rversible une surface,
y adhrer et former une communaut. Un vritable cosystme7 va se former, puis se dtacher
sous linfluence de divers facteurs environnementaux (Donlan, 2002).

Les moyens utiliss par les bactries pour former des biofilms diffrent selon les
espces considres, mais on peut dfinir trois proprits communes tous les biofilms
(Lemon, 2008), (Goller, 2008) :

 Les cellules constituant le biofilm sont relies entre elles par une matrice
extracellulaire compose de polysaccharides, de protines et dacides
nucliques,
 Le dveloppement dun biofilm est sous linfluence de signaux
extracellulaires (environnementaux) et cellulaires (notion de quorum
sensing : cf page 35),
 Le biofilm protge les bactries qui le constituent de laction des agents anti-
microbiens, des dfenses immunitaires de lhte et dventuels prdateurs.

On va tout dabord sintresser aux diffrentes tapes de formation dun biofilm.

7
Un cosystme est un ensemble dynamique d'organismes vivants (plantes, animaux et micro-organismes) qui
interagissent entre eux et avec le milieu dans lequel ils vivent (sol, climat, eau, lumire) avec une organisation
tri-dimensionnelle particulire

22
3.1. Les tapes de formation dun biofilm

On distingue cinq tapes dans le mcanisme de formation des biofilms (Figure 2).
Tout dabord, les bactries intragissent avec un substrat et sy fixent de faon rversible par
des intractions non spcifiques de type liaison hydrogne ou liaison de Van der Waals : on
parle dadhrence (Figure 2 (a)) (Golovlev, 2002 ; Van Houdt, 2005). Puis les bactries se
fixent de faon irrversible et spcifique au substrat grce des molcules dadhsion
comme par exemple les pili, et synthtisent une matrice dexopolysaccharides : il sagit de la
phase dadhsion (Figure 2 (b)). On distingue ensuite des phases de croissance (Figure 2 (c))
et de maturation du biofilm (Figure 2 (d)). Puis, sous leffet de facteurs environnementaux,
des bactries vont se dtacher du biofilm (Figure 2 (e)), et se disperser sous forme
planctonique dans le milieu environnant : on parle dessaimage du biofilm (Clutterbuck,
2007).

23
Figure 2: Cycle de dveloppement simplifi dun biofilm.

Daprs [http://www.biofilm.montana.edu], avec accord du Montana State University


Center for Biofilm Engineering.

Les batonnets rouges reprsentent les bactries ltat planctonique et celles figures en beige ltat
de biofilm. Ce dernier est reprsent en beige. Les cinq stades successifs du passage dun de ces tats lautre
sont schmatiss : (a), (b), (c), (d) et (e) (cf commentaires dans le texte).

3.1.1. Attachement primaire rversible et non spcifique une


surface (adhrence)

Linterface solide-liquide entre une surface et un milieu aqueux (eau, sang par
exemple), fournit un environnement idal pour la fixation de micro-organismes et la
formation dun biofilm. Dans un environnement liquide, les bactries sont soumises des
forces hydrodynamiques lorsquelles sapprochent dune surface. Les bactries ont
dvelopp des mcanismes de motilit active afin de contrer les forces rpulsives et
lectrostatiques rencontres au voisinage des surfaces sur lesquelles elles se fixent. Par
exemple, les bactries Gram-ngatives, comme Escherichia coli ou Salmonella, possdent des
flagelles. Ces derniers leur permettent dentrer en contact avec une surface puis de sy fixer

24
(Goller, 2008). Cependant, la motilit flagellaire nest pas essentielle pour lattachement
initial et la formation dun biofilm. Labsence de flagelle est compense par lexistence
dautres molcules adhsives, comme les curli, permettant lattachement de la bactrie la
surface (Beloin, 2008). Certaines bactries sont capables dtablir un contact avec une surface
par des mcanismes de signalisation et dexprimer par la suite des adhsines leur surface
(Wang, 2004). Ce mcanisme est appel surface sensing . Il existe chez Escherichia coli,
(systme de signalisation Cpx) mais les modes de fonctionnement ne sont pas encore connus
(Goller, 2008). Les gnes codant pour les caractres de motilit (synthse du flagelle,
motilit, chimiotactisme) sont inhibs une fois que les bactries se sont fixes la surface
(Prigent-Combaret, 1999).

Lattachement primaire une surface est sous linfluence de nombreux facteurs : pH,
osmolarit du milieu, temprature. (Beloin, 2008). Il est suivi par un attachement
secondaire spcifique et irrversible la surface.

3.1.2. Attachement secondaire irrversible et spcifique une surface (adhsion)

Mcanismes dadhsion.

Ladhsion correspond une fixation active et spcifique des micro-organismes sur


une surface. Les structures dadhsion varient selon les types de micro-organismes concerns.
Pour les bactries Gram-ngatives, il sagit des pili, des curli, des capsules et du glycocalix.
Pour les bactries Gram-positives, ce sont les acides teichoques, lacide mycolique, la
capsule et le glycocalix. Dautres bactries vivant presque uniquement fixes (comme par
exemple Caulobacter ou Hyphomicrobium) utilisent des structures spcifiques comme le
pdoncule ou la gaine (Van Houdt, 2005).

Ces molcules dadhsion permettent dtablir des contacts cellule- surface et des
contacts cellule-cellule (Lemon, 2008). Chez certaines souches de streptocoques, des
protines exprims la surface des bactries, entre autres la protine Bap, favorisent les
contacts entre cellules et contribuent la synthse de la matrice extracellulaire (Lasa, 2006).

25
Molcules impliques.

Les fimbriae de type I, ou pili, sont rencontres chez la plupart des bactries de la
famille des Enterobacteriaceae (Escherichia coli, Shigella, Citrobacter et Enterobacter par
exemple). Elles interviennent dans la colonisation de tissus vivants et dans la formation de
biofilms. La protine adhsive FimH exprime par les fimbriae de type I peut se lier des
glycoprotines, comme par exemple les uroplakines des cellules uropithliales vsicales, les
IgA ou encore les mucines pulmonaires et intestinales. La production de fimbriae de type I est
un processus complexe gouvern par les statuts nutritionnels des cellules et les conditions
environnementales (Goller, 2008). Les bactries exprimant ce type dorganelles en
expriment en moyenne 100 500 leur surface (Beloin, 2008).

Les curli sont des fibres protiques extracellulaires produites par des bactries de la
famille des Enterobacteriaceae. Les curli peuvent se fixer des protines de la matrice
extracellulaire des cellules de lhte : fibronectine, laminine, plasminogne. Leur synthse est
sous linfluence de nombreuses conditions environnementales comme la temprature,
losmolarit, le pH et les concentrations en oxygne (Beloin, 2008). Les curli ont un rle dans
ladhsion et la colonisation dune surface et la formation de biofilms (Vidal, 1998).
Laptitude de souches environnementales dEscherichia coli former des biofilms dpend de
leur capacit exprimer des curli leur surface (Castonguay, 2006 ; Goller, 2008).

Les pili de conjugaison interviennent lors du contact initial avec la surface et lors de
la phase de maturation du biofilm. Ils joueraient un rle de stabilisation dans la structure du
biofilm (Beloin, 2008). Lutilisation des pili de conjugaison met un terme une mobilit
dsorganise des bactries et permet des interactions stables. Ds lors, lattachement devient
irrversible (OToole, 1998).

Certaines bactries expriment leur surface des molcules spcifiques intervenant


lors de leur fixation un substrat, diffrentes des molcules dadhsion frquemment
rencontres et cites prcdemment. Prenons lexemple des souches dEscherichia coli
responsables dinfections du tractus urinaires suite la colonisation de sondes urinaires.
Soixante pour-cent des souches uropathognes dEscherichia coli8 expriment leur surface
une adhsine appele Ag43. Il sagit dun facteur protique intervenant dans les phnomnes

8
appelles aussi UPEC, pour UroPathogenic Escherichia coli

26
dauto-aggrgation cellulaire. Cet pitope confre aux bactries qui en sont porteuses la
capacit de sauto-aggrger . Ag43 intervient dans les contacts cellule-substrat et cellule-
cellule et est exprime de faon importante durant le mode de vie sous forme de biofilms
(Schembri, 2003).

3.1.3. Phases prcoces de dveloppement du biofilm. Maturation du biofilm.

Ds que lattachement au substrat devient irrversible, le biofilm entame des phases de


croissance et de maturation. La maturation du biofilm est divise en deux phases
(Clutterbuck, 2007). La premire phase est marque par des rgulations de gnes
importantes, engendrant un changement marqu de phnotype par rapport aux formes
planctoniques. Elles concernent essentiellement des gnes codant pour des protines
impliques dans des mtabolismes anarobies ; cela suggre la faible prsence doxygne,
surtout dans les zones les plus proches du support (Sauer, 2002). La seconde phase de
maturation du biofilm est marque par des synthses protiques importantes, trs diffrentes
de celles ayant lieu lors de la premire phase de maturation du biofilm. Lpaisseur maximale
du biofilm est atteinte durant la phase de maturation (Clutterbuck, 2007). Soixante-dix gnes
subiraient des modifications au cours de la maturation dun biofilm (Whiteley, 2001).

3.1.4. Essaimage et dispersion du biofilm

Lorsque lpaisseur maximale du biofilm est atteinte, le stade final de dveloppement


du biofilm peut avoir lieu. Il sagit du stade de dispersion : des formes planctoniques sont
relargues dans le milieu extrieur, partir du biofilm. Des remaniements gntiques sont
lorigine du dtachement des formes planctoniques. Ce dernier permet non seulement de
promouvoir une diversit gntique mais aussi de favoriser la colonisation de nouvelles
niches cologiques et par consquent la formation dautres biofilms (Clutterbuck, 2007).

La libration des formes planctoniques partir du biofilm peut se faire selon deux
modalits (Characklis, 1990 a). Les bactries peuvent se dtacher de faon continue, en
petites quantits : on parle d rosion du biofilm. Mais on peut assister un dtachement
massif et rapide, en lambeaux , de quantits importantes de bactries, appel

27
sloughing9 . Les formes planctoniques ainsi libres peuvent conserver des
caractristiques du biofilm, comme lantibiorsistance. En effet, les bactries planctoniques
essaimant dun biofilm sont capables de rsister aux dfenses immunes de lhte et tre
lorigine dune infection (Donlan, 2002). Par exemple, les bactries planctoniques qui
essaiment partir de prothses et dimplants mdicaux sont capables de survivre la
phagocytose ralise par les polynuclaires neutrophiles et dengendrer une infection
systmique (Clutterbuck, 2007).

3.2. Facteurs favorisant la formation dun biofilm

La formation dun biofilm est un phnomne complexe, sous linfluence de nombreux


facteurs : caractristiques du substrat sur lequel les bactries vont se fixer, forces sexerant
dans le milieu aqueux (hydrodynamique du fluide), caractristiques du milieu et proprits de
la surface des cellules (Donlan, 2002).

3.2.1. Caractristiques de la surface

Nimporte quel matriau en contact avec un fluide contenant des bactries est un
support potentiel pour la formation dun biofilm. La rugosit, les proprits chimiques dune
surface et la prsence pralable de films protiques 10 sur une surface jouent une influence sur
lattachement des bactries cette surface et la formation dun biofilm.

Rugosit de la surface.

Plus une surface est rugueuse, plus la colonisation de cette surface par des
microcolonies est importante (Characklis, 1990 b). Les surfaces rugueuses sont colonises de
faon prfrentielle car les forces rpulsives sont moindres et la surface de fixation est
augmente, grce la prsence dasprits (Donlan, 2002). Nanmoins, certaines souches
sauvages de bactries colonisent aussi des surfaces lisses (Donlan & Costerton, 2002). Les
biofilms auront ainsi tendance se former au niveau des asprits des matriaux, formant des
recoins propices aux prolifrations bactriennes et moins sensibles aux agents dsinfectants
ou antiseptiques.

9
sloughing signifie mue en franais.
10
Dans les sources bibliographiques anglo-saxonnes, on parle de conditioning films pour dsigner ces films
protiques favorisant la formation de biofilms.

28
Proprits physico-chimiques de la surface.

Les proprits physico-chimiques de la surface peuvent exercer une influence sur le


taux dattachement et sur son ampleur. Les micro-organismes se fixent plus facilement des
surfaces hydrophobes et non polarises comme le Teflon ou dautres matires plastiques,
que sur des matriaux hydrophiles comme le verre ou les mtaux. Les cellules sont capables
doutrepasser les forces rpulsives que peuvent exercer sur elles le substrat, via laction de
liaisons hydrophobes (Bendinger, 1993).

Prsence de films protiques sur la surface.

La prsence de polymres sur un matriau modifie les proprits physico-chimiques de


sa surface, et a une influence directe sur lattachement de bactries cette dernire. En effet,
la prsence pralable sur un biomatriau dun film protique comme le sang, les larmes,
lurine, la salive, le liquide intersitiel et les scrtions respiratoires influence lattachement de
bactries sa surface, et favorise la formation de biofilms (Mittelman, 1996).
La nature de ces films protiques est diffrente selon les milieux. Prenons lexemple
des bactries formant le biofilm de la plaque dentaire. Elles se fixent sur un film protique,
prsent la surface de lmail dentaire et compos dalbumine, de lysosymes, de
glycoprotines, de phosphoprotines et de lipides (Donlan, 2002). La prsence de films
protiques sur des implants mdicaux en contact direct avec un fluide favorisent la formation
de biofilms. Par exemple, les cathters veineux centraux, en contact direct avec le sang, sont
recouverts de plaquettes, de plasma et de protines: albumine, fibrinogne, fibronectine,
laminine (Goller, 2008).
Lattachement une matrice protique est la premire tape de formation dun
biofilm dans le corps humain (Otto, 2008). Par exemple, Staphylococcus aureus et
Staphylococcus epidermidis expriment leur surface des molcules, les MSCRAMM11,
capables de se lier aux molcules adhsives des matrices protiques, comme le fibrinogne ou
la fibronectine (Patti, 1994). Ces intractions spcifiques entre matrice protique de lhte et
MSCRAMM sont trs importantes pour ltablissement de la colonisation bactrienne.

11
MSCRAMM signifie Microbial Surface Components Recognizing Adhesive Matrix Molecule

29
3.2.2. Caractristiques du milieu

La formation et la dispersion dun biofilm ncessitent des quipements enzymatiques


prcis et des entits structurales particulires, dont lactivation dpend de facteurs
environnementaux clefs. On peut citer les facteurs suivants (Goller, 2008 ; OToole, 2000 ;
Donlan, 2002 ; Martinez, 2007 ; Fletcher, 1988):

 temprature,
 pH : conditions optimales de formation de biofilms en situation de neutralit
(Martinez, 2007),
 concentration en oxygne,
 concentration en fer,
 osmolarit,
 prsence dions spcifiques,
 sources de carbone disponibles : elles ont une influence sur la formation dun
biofilm et sur sa maturation (Martinez, 2007),
 concentrations en nutriments : dans un milieu statique, la concentration en
nutriments doit tre leve pour quil puisse y avoir formation dun biofilm ; ce
nest pas le cas pour un milieu hydrodynamique (Spormann, 2008),
 concentrations en certains cations : laugmentation de la concentration de
plusieurs cations (sodium Na+, Calcium Ca2+, ion ferrique Fe3+, ion
lanthanum) influence lattachement de Pseudomonas fluorescens sur des
surfaces en verre, en rduisant les forces rpulsives sexerant entre les
bactries charges ngativement et la surface de verre (Fletcher, 1988),
 hydrodynamique du fluide : selon la position du matriau dans un fluide, il
sera plus ou moins expos des turbulences. La zone de moindres turbulences,
lcart des flux laminaires, est appele zone de fixation. Cest prcisment
dans cette zone quil est plus facile pour les micro-organismes de se fixer sur
une surface, puisquils sont moins soumis aux forces exerces par le fluide
(Donlan, 2002),
 saison : il existerait un effet saisonnier sur la formation de biofilms (Donlan,
1994).

30
La formation dun biofilm dpend, selon les bactries, de conditions
environnementales diffrentes. Par exemple, Pseudomonas aeruginosa peut former des
biofilms dans nimporte quelles conditions alors que dautres bactries ncessitent des
conditions particulires de temprature, de pH ou encore de nutrition. Certaines bactries
peuvent sadapter des milieux par des modifications gntiques (Clutterbuck, 2007). Des
conditions environnementales stressantes (fortes concentrations de sels, de sucres,
dalcools, hautes tempratures, variations extrmes du pH) inhibent la biosynthse du
flagelle (Goller, 2008).

3.2.3. Proprits des cellules

Lhydrophobicit de la surface de la cellule, la prsence de fimbriae et de flagelles, et


la production dexopolysaccharides influencent lattachement des bactries sur une surface.
Lhydrophobicit dune surface est importante dans ladhsion des micro-organismes cette
dernire. Moins les matriaux sont polariss, plus les liaisons hydrophobes deviennent
importantes. La plupart des bactries sont charges ngativement et prsentent leur surface
des zones hydrophobes. Plusieurs lments structuraux des bactries interviennent dans leur
attachement une surface : flagelles, fimbriae, polysaccharides Il peut y voir des
comptitions ou des cooprations entre cellules lorsque plusieurs espces de bactries sont
concernes. Les polymres apolaires situs la surface des cellules comme les fimbriae,
certaines protines, et les acides mycoliques (composants de certaines bactries Gram
positives) semblent sattacher de faon prdominante des surfaces hydrophobes. Les
exoploysacchardies et les lipopolysaccharides sont plus importants dans les mcanismes
dattachement des surfaces hydrophiles (Donlan, 2002).

La synthse de fimbriae de type I par des bactries est un processus complexe gouvern
par les statuts nutritionnels des cellules (stimulation de la synthse si dficit carbon ou en
acides amins chez les souches uropathognes dEscherichia coli) et par les conditions
environnementales (pas de synthse si pH bas, temprature basse ou forte osmolarit)
(Goller, 2008). Lexpression des curli est sous le contrle de cascades de phosphorylation.
Les conditions environnementales rpriment ou stimulent lexpression de gnes codant pour
des caractres de motilit. La synthse de curli est stimule dans les conditions
environnementales suivantes : faible osmolarit, basse temprature, faible disponibilit du
milieu en azote, phosphate et fer ; microarophilie et croissance ralentie (Goller, 2008).

31
3.2.4. Conclusion : les facteurs influant sur la formation de biofilms

Lattachement des micro-organismes une surface est un processus complexe, prenant


en compte un grand nombre de variables (Tableau 2). De manire gnrale, lattachement a
lieu prfrentiellement sur des surfaces rugueuses (prsence dasprits), hydrophobes et
pralablement recouvertes dun film protique. Une augmentation de la vitesse du flux, de
la temprature du liquide ou de la concentration en nutriments peut aussi entraner une
augmentation de la fixation des bactries une surface, condition que ces facteurs
nexcdent pas une valeur critique (Donlan, 2002).
De bonnes conditions nutritives sont ncessaires aux tapes de formation du biofilm,
alors que les phases de dveloppement tardif sont possibles dans des conditions nutritives
moins bonnes. Ainsi, le type de biofilm dpend des conditions nutritives, ce qui suggre une
facilit de remodelage des biofilms (Clutterbuck, 2007).

Tableau 2: Facteurs influenant lattachement de cellules et la formation dun biofilm

Daprs (Donlan, 2002)

Proprits du substrat Proprits du milieu Proprits des cellules


aqueux environnant

Texture, rugosit, prsence Vitesse du flux, prsence Hydrophobicit de la surface


dasprits dun flux laminaire ou non des cellules

Hydrophobicit pH Prsence de fimbriae

Prsence pralable dun film Temprature Prsence de flagelles


protique recouvrant la
surface *Cations (Ca2+, Na2+, Rle des structures
Fe3+) polymriques extracellulaires
dexopolysaccharides
*[Fer], [nutriments]

*Sources de carbone
disponibles

*Disponibilit du milieu en
oxygne

Prsence dagents anti-


microbiens

32
3.3. Facteurs favorisant la dispersion dun biofilm

Les mcanismes dattachement et de dtachement dun biofilm sont troitement


lis puisque les facteurs molculaires intervenant dans lattachement doivent tre dtruits ou
inactivs pour quil y ait dtachement (Spormann, 2008). Plusieurs facteurs peuvent induire le
dtachement du biofilm et lessaimage de bactries sous forme planctonique, permettant ainsi
la colonisation dautres sites. Parmi ces facteurs, on peut citer :

laction mcanique exerce par un flux de liquide, par exemple au


sein dune vessie ;
larrt de la synthse de matriaux constitutifs du biofilm :
polysaccharides de la matrice par exemple,
la lyse de cellules du biofilm par laction dun phage, dEDTA, de
NaCl, de CaCl2, ou encore dagents chlateurs (Spormann, 2008),
laction de facteurs de dtachements : surfactants ou enzymes
dgradant la matrice (Otto, 2008).

La dispersion dun biofilm peut aussi tre initie par des changements
environnementaux : limitation en oxygne ou en nutriments (Spormann, 2008),
modification du pH ou prsence de certains composs spcifiques (Gjermansen, 2005). La
dispersion des biofilms de Pseudomonas aeruginosa est la plus tudie (Goller, 2008). Pour
ces derniers, une augmentation de la concentration en carbone, citrate, glutamate ou glucose,
entrane un dtachement massif de plus de 80% des cellules constituant le biofilm (Sauer,
2004).

Les conditions environnementales, notamment la privation en oxygne, jouent un rle


trs important dans le dclenchement de la dispersion des biofilms (Thormann, 2006). Des
biofilms de Shewanella oneidensis ont t crs in vitro puis soumis 14 heures aprs leur
formation une privation en oxygne. On a pu observer un dtachement massif et immdiat,
avec 50 80% des cellules qui se sont dtaches du biofilm durant les 15 premires minutes
dhypoxie. Ce type de dtachement diminue avec lge et lpaisseur du biofilm ; au bout de
48 heures le phnotype du biofilm est modifi, et il devient irrversiblement fix (Thormann,
2006).

Au sein dun biofilms, les bactries vivent en communaut, sont fixes un support, et
intragissent. On peut ainsi parler d cologie du biofilm .

33
3.4. Ecologie dun biofilm

On distingue diffrents types dintractions qui ont des effets positifs ou ngatifs pour
les membres de la communaut bactrienne. On peut citer comme exemple bnfique la
coopration dans les systmes de dgradation de certains nutriments complexes, ou
encore la production denzymes profitables lensemble de la communaut de micro-
organismes (Tomlin, 2005). A loppos, les diffrentes colonies de micro-organismes
occupant une mme niche cologique entrent en comptition pour lacquisition des
ressources se trouvant dans le milieu. Deux mcanismes de comptition entre bactries est la
production de bactriocines12 et la baisse du pH (Irie, 2008).

Les biofilms ont une architecture complexe et irrgulire, en forme de coraux ou de


champignons. Cette architecture nest pas fige: les micro-organismes bougent partir du lieu
de leurs premires divisions cellulaires : il y a une vritable dynamique interne au sein des
biofilms (Clutterbuck, 2007). Les micro-colonies de bactries sont imbriques au sein dune
matrice dexopolymres contenant des canaux aqueux et des pores, permettant des changes
deau, de nutriments, de dchets, mais aussi dinformation et de caractres transmissibles
gntiquement (caractres de rsistance aux antibiotiques par exemple). Lchange de
plasmides au sein des biofilms se fait par des phnomnes de conjugaison. Ainsi,
lorganisation en biofilm permet de slectionner et de rpandre des caractres de rsistance
des agents anti-microbiens (Donlan, 2002). Dans les rgions inaccessibles ces canaux, par
exemple au sein des conglomrats de cellules, des mcanismes de diffusion passive assurent
les changes mtaboliques (Stewart, 2003 ; Wanner, 2006). La diffusion des nutriments se
fait de faon ingale au sein du biofilm, suite lexistence de gradients. Ceci explique que
toutes les cellules nont pas la mme activit mtabolique et donc pas la mme vitesse de
croissance (Spormann, 2008).

Au sein dun biofilm, les micro-organismes communiquent entre eux par des signaux
de cellules cellules. Ces derniers, appels quorum sensing , jouent un rle important dans
le dveloppement et la rgulation de la formation des biofilms.

12
Les bactriocines sont des polypeptides de 20 60 acides amins produits par certaines bactries. Ils ont des
proprits bactricides et bactriostatiques, et agissent au niveau de la membrane cellulaire des bactries Gram
positives.

34
4. REGULATION DE LA FORMATION DES BIOFILMS

4.1. Le quorum sensing

4.1.1. Le quorum sensing. Dfinition et mcanismes

La formation dun biofilm est contrle par des mcanismes de quorum sensing. Il
sagit de mcanismes de contrle des processus ayant lieu au sein des cellules, matrialiss
par des signaux de cellules cellules, et dpendant de la quantit de cellules prsentes :
on parle de mcanismes de perception du quota. Ces mcanismes sont bass sur le principe de
masse critique (Costerton, 1999 ; Tomlin, 2005). Une fois que les signaux atteignent une
valeur seuil (valeur critique), des rgulateurs transcriptionnels sont activs et exercent un
contrle sur des gnes spcifiques (Costerton, 1999 ; Clutterbuck, 2007 ; Irie, 2008). La
nature et la fonction des molcules signalant les changes de cellule--cellule changent
partir d'une concentration donne des bactries (Costerton, 1999). Des mutations de gnes
impliqus dans les mcanismes de quorum sensing entranent des rpercussions sur les
stades tardifs de formation des biofilms. Ces gnes exercent un contrle sur une grande
partie de lexpression du transcriptome13 et du protome14, avec en particulier un contrle
de lexpression de facteurs de virulence comme les protases par exemple (Tomlin, 2005).

Les molcules du quorum sensing sont varies, et diffrent dune espce bactrienne
une autre.

4.1.2. Les molcules du quorum sensing

Les molcules du quorum sensing sont diffrentes selon les types de bactries (Parsek,
2004 ; Irie, 2008). On trouve des acylhomosrines lactones (AHL) chez la plupart des
bactries Gram-ngatives. La majorit des bactries Gram-positives utilisent des peptides
auto-inducteurs, dont la taille est trs variable (de 5 87 acides amins). Les molcules du
quorum sensing sont dgrades par des enzymes : AHL-lactonases et AHL-acylases. On
obtient par consquent une sgrgation spatiale des molcules du quorum sensing au sein dun
biofilm (Irie, 2008).

13
Transcriptome : ensemble des ARNm au sein dune population de cellules
14
Protome : ensemble des protines traduites au sein dune population de cellules

35
4.1.3. Rles du quorum sensing

Le quorum sensing rgule la physiologie du biofilm en modulant la taille de la


population du biofilm, et en prenant en compte les conditions environnementales. Il initie les
phnomnes de dispersion et dessaimage de bactrie planctoniques partir du biofilm (Irie,
2008). Le quorum sensing aurait aussi un rle dans la dtermination de lpaisseur du biofilm
(Clutterbuck, 2007). Il peut rprimer ou stimuler lexpression de certains caractres,
comme par exemple la motilit ou certains facteurs de virulence extracellulaires, comme les
protases (Clutterbuck, 2007), (Irie, 2008). Le quorum sensing jouerait un rle dans
ltablissement dantibiorsistances, mais cette hypothse reste controverse. Les molcules
du quorum sensing jouent aussi un rle dans la lutte contre lattaque dautres organismes
vivants, comme les protozoaires (exemple de Serratia marcescens) (Queck, 2006).

Les synergies observes au sein des biofilms constitus de diffrentes espces de


micro-organismes sont permises grce aux molcules intervenant dans le quorum sensing
(Bjarnsholt, 2005). Les biofilms composs de plusieurs communauts de bactries despces
diffrentes ont de fortes concentrations en molcules du quorum sensing, compte-tenu de
la densit leve de cellules prsentes.

4.1.4. Altration du quorum sensing. Consquences

Laltration des mcanismes de quorum sensing peut aboutir dimportantes


modifications phnotypiques des micro-organismes du biofilm, par exemple une sensibilit
augmente des antibiotiques ou des antiseptiques, ou encore des anomalies dans le
cycle de dveloppement du biofilm, surtout lors des tapes de formation et de dispersion
(Irie, 2008). Les biofilms mutants pour les molcules du quorum sensing ont une structure
tridimensionnelle dficiente. Par exemple, les mutants de Burkholderia cenocepacia pour
les molcules du quorum sensing sont toujours capables de se fixer une surface mais
lorganisation spatiale des cellules est altre de faon drastique ; de plus, on constate une
augmentation de la sensibilit aux antibiotiques de ces bactries pendant la phase de
croissance du biofilm (Tomlin, 2005). Des biofilms de Pseudomonas aeruginosa mutantes
pour les molcules du quorum sensing sont moins rsistants laction de la tobramycine,
du peroxyde dhydrogne et des macrophages (Burmolle, 2006).

36
4.1.5. Intraction du quorum sensing avec dautres molcules : exemple de la
lactoferrine

Lorganisme possde un moyen dempcher la formation de biofilms. Le systme


immunitaire inn de lhte possde une protine chlatant des ions, la lactoferrine, capable
dinterfrer avec les molcules du quorum sensing. Elle confre aux bactries un type de
motilit particulier, appel twitching 15, qui les empche de former des agglomrats de
cellules et par consquent de former un biofilm (Singh, 2002).

La formation dun biofilm est contrle par des signaux de cellules cellules, mais pas
uniquement. Il existe une rgulation gntique de la formation de biofilms par les cellules
fixes, diffrentes des mcanismes du quorum sensing.

4.2. Rgulation gntique par les cellules fixes

Aprs fixation sur un substrat, lexpression dun certain nombre de gnes est rgule
par les cellules fixes. Cette rgulation peut tre de type inhibiteur ou stimulateur. Elle va
entraner une modification phnotypique des bactries et avoir pour consquence la formation
dun biofilm (Donlan, 2002). Au cours de la formation dun biofilm, 22% des gnes sont
stimuls et lexpression de 16% des gnes est inhibe (Prigent-Combaret, 1999). Lors de la
formation de biofilms de Staphyloccocus aureus, des gnes codant pour des enzymes
intervenant dans la fermentation et la glycolyse (phosphoglycrate mutase, triosephosphate
isomrase et alcool dshydrognase) sont stimuls. Ceci peut tre reli au fait que la
concentration doxygne dans le biofilm diminue au fur et mesure de son dveloppement
(Becker, 2001).

4.3. Rgulation de la formation des biofilms par le GMP-c

Le 3-5-guanosine-monophosphate cyclique, plus communment appel GMP-c, est


un rgulateur central du mode de vie sous forme de biofilms et de lexpression de
facteurs de virulence. Le GMP-c est un second messager, intervenant dans des cascades de
phosphorylations et modulant lexpression de certains gnes des bactries du biofilm,
impliqus dans les mcanismes de formation du biofilm et dans lexpression de la virulence.
La transformation du GTP en GMP-c par la diguanylate cyclase est active par des signaux

15
De langlais to twitch : sauter, tressaillir

37
extracellulaires, diffrents selon les bactries concernes. Lorsque la quantit de GMP-c
augmente au sein de la cellule, la quantit de protines jouant un rle de facteurs de virulence
augmente (Cotter, 2007). Beaucoup dinterrogations propos de ce mcanisme restent encore
en suspens.

4.4. Rgulation de la formation des biofilms par lactyl phosphate et lalarmone :


Rgulation de lexpression de certains gnes en fonction des conditions
nutritionnelles

Rcemment, de petites molcules intervenant dans la rgulation de la formation dun


biofilm selon les conditions nutritionnelles du milieu ont t identifies. Il sagit de lactyl
phosphate et de lalarmone. Lactyl phosphate saccumule dans le milieu intracellulaire
lorsque la concentration en source carbone augmente et/ou lorsque la concentration en
oxygne est basse (Wolfe, 2003). Lalarmone saccumule lorsque les concentrations en
nutriments sont trs basses : elle induit une cascade enzymatique aboutissant la rgulation
de lexpression de gnes, notamment de gnes codant pour des fimbriae de type I. Laction de
cette molcule va permettre daugmenter la probabilit de survie des bactries dans des
milieux stressants (Beloin, 2008).

4.5. Autres mcanismes rgulateurs de la formation de biofilms

Les polysaccharides prsents la surface des cellules jouent un rle important dans
les intractions entre bactries et leur environnement immdiat. Par exemple, on trouve la
surface dEscherichia coli lantigne du lipopolysaccharide 0 (LPS) et lantigne
polysaccharidique de capsule K. Les lipopolysaccharides, appels aussi endotoxines, font
partie de la paroi des bactries Gram-ngatives. Ils peuvent inhiber ou stimuler la formation
de biofilms selon les cas. Les polysaccharides des capsules sont des facteurs de virulence ; ils
protgent les bactries des dfenses immunitaires de lhte (phagocytose et activation du
complment) (Beloin, 2008).

Trois polymres synthtiss par les bactries du biofilm et faisant partie de la matrice
ont un rle important dans la formation dun biofilm et dans lexpression de facteurs de
virulence; il sagit de la cellulose, de lacide colanique (polymre charg compos de
glucose, galactose, fucose et acide glucuronique) et du PGA (-1,6-N-acetyl-D-glucosamine).

38
La synthse dacide colanique peut tre induite par des concentrations dantibiotiques de la
famille des -lactamines, proches des concentrations ltales ; lacide colanique forme une
capsule. Il en rsulte une exacerbation de la formation et de la persistance dun biofilm face
des agents anti- microbiens (Sailer, 2003).

Le mode de vie sous forme de biofilms protge les micro-organismes qui le


constituent et leur confre de nombreux avantages : coopration dans certains systmes
cataboliques, synergies entre micro-organismes, expressions phnotypiques de facteurs de
rsistance lors de situations de stress

39
5. LES BIOFILMS DANS LEUR ENVIRONNEMENT

5.1. Avantages confrs par le mode de vie en biofilm

Les tudes menes sur les biofilms ces dernires annes ont permis dtablir
lexistence de changements radicaux dans lexpression gntique et les phnotypes entre les
formes planctonique et sessile. Ces changements radicaux permettent dexpliquer
ladaptation des biofilms des conditions environnementales stressantes et lacquisition
davantages volutifs (Clutterbuck, 2007 ; Goller, 2008). Par exemple, les micro-organismes
au sein des biofilms sont plus rsistants la rponse immunitaire de lhte et aux agents
antibactriens que leurs congnres vivant sous forme planctonique (Clutterbuck, 2007).
Nanmoins, on commence tout juste comprendre et identifier les facteurs gntiques et
environnementaux permettant la transition entre ces deux modes de vie (Goller, 2008).
On va sintresser dans la partie qui va suivre aux diffrents avantages confrs par le
mode de vie sous forme de biofilms. On distingue tout dabord des avantages mtaboliques.

5.1.1. Avantages mtaboliques

Le mode de vie en biofilm permet aux bactries dacqurir des avantages dun point de
vue mtabolique. Lorganisation communautaire du biofilm permet doptimiser les
mcanismes de capture de substrats et de raliser de vritables conomies dnergie. Des
rserves nergtiques sont ainsi constitues (Bury-Mon, 2007). Dautre part, lorganisation
architecturale complexe du biofilm permet une coopration entre micro-organismes dans les
systmes de dgradation de certains nutriments complexes (Tomlin, 2005). Le mode de
vie en biofilm assure une promiscuit entre cellules et permet la ralisation dactions
synergiques. Prenons lexemple de la nitrification, phnomne important intervenant dans
lpuration des eaux. Nitrosomonas transforme lammonium prsent dans les eaux souilles
en nitrites ; ces nitrites sont alors transforms en nitrates par Nitrospira. La structure en
biofilm avec Nitrosomonas permet Nitrospira de disposer directement de son substrat afin
de raliser la raction de nitrification (Wanner, 2006).

Le mode de vie sous forme de biofilm apporte ainsi des avantages dun point de vue
mtabolique aux micro-organismes le constituant : conomie dnergie et constitution de
rserves. Il prserve aussi ces derniers de laction dun certain nombre de facteurs hostiles
prsents dans lenvironnement.

40
5.1.2. Protection des micro-organismes du biofilm

Lorganisation structurale en biofilm procure aux micro-organismes le constituant une


vritable gangue protectrice et les prserve dun certain nombre de facteurs dagression
comme par exemple la dessiccation ou encore laction dagents antibiotiques.

Protection mcanique : importance de la matrice.

La matrice dexopolysaccharides joue un rle de protection mcanique passive trs


important. Tout dabord, elle protge les micro-organismes du biofilm de la dessiccation
(Clutterbuck, 2007). Dans certaines conditions, la couche la plus externe de la matrice se
dshydrate afin de former une interface sche et dempcher une dessication plus marque
(Sutherland, 2001). Dautre part, la matrice protge les micro-organismes de la drive en les
empchant dtre emports par le courant. Elle permet ainsi la colonisation de niches
cologiques (Wanner, 2006).
La matrice assure aussi une protection mcanique des micro-organismes contre
lentre dans le biofilm dantiseptiques, de dtergents et dantibiotiques (cf page 70)
(Costerton, 1999).
La matrice cre un environnement protg et assure la protection gntique des micro-
organsimes du biofilm et lacquisition de caractres de rsistance. Lorganisation en
communaut de micro-organismes au sein du biofilm est propice lchange dinformations,
avec entre autres, la possibilit de transfert de caractres de rsistance (Costerton, 1999).

Protection contre la destruction des cellules.

Des mutations gntiques au niveau de squences codant pour les molcules du


quorum sensing dans certains micro-organismes entranent des changements de phnotypes et
lacquisition de caractres de rsistance la destruction physico-chimique des cellules
(Tomlin, 2005). Dautre part, les biofilms rsistent mieux aux stress thermiques et
lexposition aux rayons ultra-violets que les micro-organismes vivant sous forme
planctonique (Martinez, 2007).

Le mode de vie des micro-organismes sous forme de biofilm confre donc non
seulement des avantages dun point de vue mtabolique, une protection mcanique,
lacquisition de caractres de rsistance aux antibiotiques mais permet aussi lacquisition
dune meilleure rsistance aux rayons ultraviolets et aux hautes tempratures par rapport
leurs congnres planctoniques.

41
5.2. Biofilms et adaptations aux conditions environnementales

5.2.1. Biofilms et stress environnemental : activation du facteur RpoS

Des tudes menes sur des biofilms dEscherichia coli, de Vibrio cholerae et de
Pseudomonas aeruginosa ont permis de montrer limportance du rle dun facteur, le facteur
RpoS, dans la rponse des communauts microbiennes organises en biofilms dans des
situations de stress (Spormann, 2008).
Certaines conditions environnementales engendrant un stress pour les cellules
(stress oxydatif, irradiation UV, hautes tempratures, hyper-osmolarit, baisse importante du
pH, manque de source carbone) entranent des modifications de lexpression du gnome.
Lors dun stress, il y a activation du facteur RpoS, qui va stimuler la rponse au stress
par un ensemble de modifications du mtabolisme des cellules (Spormann, 2008).
Lintgration de lensemble des stress auxquels sont soumises les cellules par le facteur
RpoS va ainsi engendrer des modifications phnotypiques importantes du biofilm, dont
lacquisition dune antibiorsistance. On peut lister lensemble des modifications
mtaboliques au sein dun biofilm en situation de stress de la faon suivante (Spormann,
2008) :

Entre en mtabolisme ralenti,

Diminution de la croissance,

Expression de facteurs de virulence,

Augmentation de la rsistance des biofilms aux antibiotiques et autres agents


anti-microbiens,

Stimulation de la synthse dexopolysaccharides et de curli,

Stimulation de la synthse de transporteurs,

Inhibition de la biosynthse du flagelle : lors de fortes concentrations de sels,


de sucres, dalcools, hautes tempratures, variations extrmes du pH (Goller,
2008),
Dispersion du biofilm, dtachement et essaimage de bactries planctoniques,
influencs par la disponibilit du milieu en nutriments, la concentration en
oxygne, le pH, la prsence de certains composs spcifiques (Gjermansen,
2005), (Goller, 2008).

42
Lexemple du rle de RpoS au sein des biofilms de Vibrio cholerae est trs
intressant. Il joue un rle clef dans la dernire phase de linfection au niveau de lintestin et
dans la dispersion du biofilm de Vibrio cholerae. RpoS intervient dans lessaimage des
cellules partir de biofilms forms sur des muqueuses. Une des cibles de laction de RpoS est
la biosynthse des vibriopolysaccharides VPS (Muller, 2007 ; Nielsen, 2006). Ainsi, le
facteur RpoS occupe un rle central dans la rgulation de la physiologie des micro-
organismes.

5.2.2. Rsistance aux stress environnementaux : biofilms homognes et biofilms


htrognes

On rappelle que les biofilms sont composs dune ou de plusieurs espces de micro-
organismes, qualifis respectivement de biofilms homognes et htrognes. Ces deux
catgories de biofilms rpondent-elles de la mme faon une situation de stress ?
Lorganisation multispcifique dun biofilm permet-elle daugmenter le fitness16 du
biofilm ? Des expriences ont t ralises avec des biofilms composs respectivement dune
et de quatre espces diffrentes de micro-organismes, afin dvaluer la rsistance aux agents
anti-microbiens (Burmolle, 2006). Les agents anti-microbiens tests dans cette tude sont le
peroxyde dhydrogne (eau oxygne) et la ttracycline. Le peroxyde dhydrogne est
lorigine dun stress oxydatif de la bactrie. La ttracycline inhibe la synthse de protines
bactriennes. Les bactries suivantes ont t mises en prsence des agents anti-microbiens
cits, en biofilm homogne et en biofilm htrogne : Microbacterium phyllosphaerae,
Shewanella japonica, Dokdonia donghaensis et Acinetobacter lwoffii. Lactivit des biofilms
permettant dvaluer la rsistance aux agents antimicrobiens a t dtermine par le test de
rduction du 2, 3, 5-triphenyltetrazolium chloride (TTC). Le TTC est un compos soluble et
incolore qui, lorsquil est rduit par le complexe enzymatique oxydatif bactrien devient un
sel rouge insoluble. Les rsultats de ltude dmontrent que le peroxyde dhydrogne et la
ttracycline sont moins efficaces sur les biofilms composs despces diffrentes de
micro-organismes. Ainsi, les biofilms htrognes sont significativement plus rsistants
aux antibiotiques que les biofilms homognes (Burmolle, 2006).

16
Le fitness est la capacit dun organisme ou dun biofilm survivre ou crotre dans un environnement
donn ou sous linfluence dun stress environnemental (Burmolle, 2006).

43
La rsistance accrue des biofilms htrognes aux agents antimicrobiens peut tre
lie des modifications de la matrice extracellulaire des biofilms, qui serait alors moins
permable. Il y aurait des intractions entre les polymres scrts par les divers micro-
organismes du biofilm, qui aboutiraient une augmentation de viscosit de la matrice
(Skillman, 1999 ; Burmolle, 2006).

Les biofilms htrognes sont plus rsistants linvasion dautres micro-


organismes. Prenons lexemple de linvasion de biofilms par Pseudoalteromonas tunicata. Il
sagit dune bactrie marine qui a pour particularit de produire des substances bactricides de
haut poids molculaire. Une de ces protines est bactricide pour les bactries Gram-positives
et Gram-ngatives. Les biofilms homognes et htrognes ont t exposs ces protines,
visualisables par un immunomarqueur fluorescent. Les rsultats montrent que linvasion des
biofilms par Pseudoalteromonas tunicata est moindre dans les biofilms htrognes,
comparativement aux biofilms homognes (Burmolle, 2006).

Les espces bactriennes ont tout gagner en sorganisant en biofilms avec dautres
espces bactriennes car cela leur permet dacqurir des avantages et un fitness augment
et dtre plus rsistantes aux stress environnementaux que les biofilms homognes. Cette
capacit de rsistance exprime par les biofilms rend leur limination difficile. Ceci a un
impact considrable, compte-tenu de limportance mdicale et industrielle des biofilms.

44
6. IMPORTANCE DES BIOFILMS

6.1. Flore commensale et protection de lorganisme

Tous les organes internes creux en communication directe avec l'environnement


extrieur comme la bouche, lanus, les cavits nasales ou encore le vagin, sont des niches
cologiques abritant des micro-organismes qui existent majoritairement sous forme de
biofilms. Ces micro-organismes sont pour la plupart des bactries, mais on trouve aussi des
champignons et des levures (Martini, 2006). Ils co-voluent avec leur hte et son systme
immunitaire et jouent un rle fonctionnel important pour l'organisme, dans la digestion par
exemple, surtout chez les ruminants. Ces micro-organismes, prsents de faon physiologique
chez un individu sain, constituent la flore commensale de lorganisme.
Cette flore commensale se trouve la surface de la peau et des muqueuses (appareils
digestif, respiratoire, urinaire et gnital) dun individu sain (Martini, 2006). Elle joue un
vritable rle de protection de lorganisme face des infections. Elle nest, ltat normal
chez un individu sain, lorigine daucune infection. Ceci est d la prsence dune vritable
homostasie bactrienne. Tout dsordre de cette homostasie entrane des troubles
(digestifs, cutans). On rencontre ainsi des infections des des micro-organismes de la
flore commensale lors deffraction des barrires cutanes et muqueuses. Les micro-
organismes de la flore commensale ne peuvent donc devenir pathognes que lorsque des
conditions de dsquilibre leur permettent de prolifrer.

6.1.1. Flore commensale cutane

La flore commensale cutane sera prsente de faon plus dtaille dans la partie
consacre la peau (cf page 101). Brivement, les bactries les plus rencontres la surface
de la peau chez lHomme sont des bactries Gram-positives des genres Staphylococcus et
Streptococcus. La plupart de ces bactries sont des bactries opportunistes, comme
Staphylococcus epidermidis. Cette bactrie est lorigine dinfections cutanes chez les
individus immunodprims (individus HIV-positifs, toxicomanes, traitement
immunosuppresseur, nouveau-n), alors que chez les patients sains non immunodprims,
elle nest lorigine dune infection uniquement en cas de pntration de la barrire
cutane ou des muqueuses : traumatisme, inoculation, implantation de matriel mdical et
formation dun biofilm (Otto, 2008)...

45
6.1.2. Flore commensale du tractus digestif

On trouve tous les tages du tractus digestif des micro-organismes sous forme
planctonique dans la lumire du tube digestif, mais aussi des micro-organismes fixs la
muqueuse et organiss en biofilms. Lsophage et lestomac sont les rgions du tube
digestif les moins riches en termes de population bactrienne (MacFarlane, 2007).

La flore oesophagienne est majoritairement anarobie. Elle provient des bactries de


la flore buccale, qui sont essentiellement des streptocoques et des lactobacilles. Les patients
atteints du syndrme de Barrett ont une population bactrienne plus diversifie quun
individu sain. Le syndrme de Barrett se caractrise par une mtaplasie de la partie distale de
lsophage, donnant lieu des ulcres oesophagiens et favorisant lapparition
dadnocarcinome oesophagien. La plupart des espces bactriennes en prsence lors du
syndrme de Barrett sont rductrices du nitrate, et peuvent causer des dommages tissulaires
(MacFarlane, 2007). Lobservation de biofilms oesophagiens chez un individu sain et chez un
individu atteint du syndrme de Barrett montre une organisation diffrente des bactries
(Photographie 2). Chez lindividu sain, on trouve des micro-colonies parses et de petite
taille. Chez un individu malade, on observe de volumineux agrgats de bactries et une
croissance bactrienne massive.

46
Photographie 2: Biofilms oesophagiens chez un individu sain et un individu atteint du
syndrme de Barrett.

Daprs (MacFarlane, 2007), avec accord.

Sur les photographies (a) et (b), obtenues par microscopie confocale balayage laser, les bactries
colores en jaune sont vivantes et celles colores en rouge sont mortes. La photographie (a) montre la flore de la
muqueuse oesophagienne dun individu sain. Les bactries sont disperses sous forme de micro-colonies parses
et de petite taille. La photographie (b) montre la flore de la muqueuse oesophagienne dun individu atteint du
syndrme de Barrett. On observe de volumineux agrgats de bactries vivantes (en jaune), tmoins dune
croissance bactrienne massive.

Micro-colonies parses
et de petite taille
(individu sain)

Volumineux agrgat
bactrien (individu malade)

47
A lexception des priodes proches des repas, lestomac contient peu de bactries
chez un individu sain. Il sagit de bactries provenant de la cavit buccale (streptocoques,
lactobacilles). Lacidit gastrique empche de trop importantes prolifrations bactriennes.
Certains patients peuvent porter, de faon asymptomatique ou non, Helicobacter pylori,
bactries en gnral responsables dulcres duodnaux. Les sondes de gastrotomie fixes
chirurgicalement afin de raliser une alimentation parentrale peuvent tre recouvertes de
biofilms lorsquelles sont places dans le tube digestif. La plupart des bactries rencontres
sont anarobies facultatives. Elles sont potentiellement pathognes. On trouve, entre autres,
des bifidobactries, des staphylocoques, des streptocoques, des lactobacilles, des klebsielles et
des coliformes (MacFarlane, 2007).

La flore bactrienne de lintestin grle est lgrement plus importante que dans
lestomac. Les populations bactriennes deviennent de plus en plus nombreuses au fur et
mesure de la progression dans le tube digestif. Au niveau de la valvule ilo-caecale, on
trouve des populations de germes fcaux trs importantes: 108-109 germes par gramme de
contenu intestinal (MacFarlane, 2007).

Le gros intestin est la partie la plus abondamment colonise. Les biofilms


rencontrs sont majoritairement composs de plusieurs espces bactriennes. Leur
dveloppement est conditionn par les conditions environnementales et nutritionnelles. Les
biofilms forms sur la muqueuse colique jouent un rle dans les maladies inflammatoires
de lintestin (MacFarlane, 2007).

Les bactries sont prsentes ltat normal dans le tube digestif dun individu sain.
Toute rupture dans lhomostasie des populations bactriennes donne lieu des dsordres
digestifs, comme par exemple la colite ulcrative. Les biofilms peuvent tre lorigine
dinfections chroniques. Ils ont donc une importance mdicale considrable.

48
6.2. Importance mdicale des biofilms

6.2.1. Biofilms et infections chroniques

Les biofilms sont responsables dun large ventail dinfections chez lHomme. En
effet, 65% des infections recenses dans les pays dvelopps sont des des biofilms. Plus de
80% des infections bactriennes chroniques sont associes la prsence de biofilms (Hall-
Stoodley, 2004).

6.2.1.1. Biofilms et sant publique

Les biofilms sont lorigine dinfections chroniques et dinfections contractes en


milieu hospitalier, le plus souvent en rapport avec le port de prothses mdicales, on parle
donc dinfections nosocomiales. Les infections biofilms sont rsistantes aux traitements
antibiotiques, et posent de srieux problmes en matire de sant publique. Certaines
maladies peuvent mme favoriser la formation de biofilms, comme nous le verrons avec
lexemple de la mucoviscidose.

6.2.1.2. Infections lies la prsence de biofilms

La liste suivante, non exhaustive, regroupe les principales infections lies la prsence
de biofilms (Lewis, 2008) :

 Infections ou maladies :
Caries dentaires,
Gingivites,
Pritonite,
Mucoviscidose,
Otite moyenne (notamment chez lenfant),
Ostomylites,
Prostatites.

49
 Infections nosocomiales :
Sutures,
Lentilles de contact,
Port dun implant mdical :

 Sonde urinaire,
 Cathter veineux central,
 Sonde endotrachale,
 Sonde de gastrotomie,
 Valve cardiaque artificielle,
 Prothse orthopdique,
 Broches (ostomylite).

6.2.1.3. Epidmiologie. Facteurs favorisant le dveloppement dinfections


des des biofilms

Les catgories dindividus prsentant le plus de risques de dvelopper des infections


des la prsence de biofilms sont les individus immunodprims ou porteurs de
prothses mdicales. Les agents bactriens les plus frquemment rencontrs font partie de la
flore commensale de lorganisme et sont organiss en biofilms (Costerton, 1999). Certaines
maladies favorisent linvasion des bactries et la formation de biofilms. Cest le cas, entre
autres, de la mucoviscidose, qui est une affection hrditaire de lappareil respiratoire
profond caractrise par la prsence dans les poumons dun mucus trs visqueux (Clutterbuck,
2007). Lattachement des surfaces recouvertes de mucus visqueux est plus rapide et plus
massif et donne lieu des agrgats bactriens plus importants que sur du verre ou sur des
filaments dactine. Un dsquilibre de charges ioniques favorise lattachement de bactries
une surface nave. La plupart des composants extracellulaires des bactries sont des molcules
charges ngativement. Un excs de charges positives au niveau dune surface va donc
favoriser, par lattraction exerce, lattachement des bactries au niveau de cette surface. Dans
la mucoviscidose, un excs dions calcium Ca 2+ dans le surfactant permet Pseudomonas
aeruginosa de se fixer et dtre lorigine dune infection (Clutterbuck, 2007).

50
6.2.1.4. Biofilms et infections chroniques : Mcanismes

Des bactries sous forme planctonique sont capables de coloniser les cellules dun
organisme- hte. Ces bactries vont stimuler la rponse immune de lhte et vont pouvoir tre
limines par ses mcanismes de dfense naturels (anticorps, phagocytes). Elles sont
sensibles aux antibiotiques (Figure 3).

Figure 3 : Infection de lhte par des bactries planctoniques et stimulation de la


rponse immunitaire

Daprs (Costerton, 1999)

Des bactries planctoniques, reprsentes par des ovales blancs, pntrent dans lorganisme de lhte.
Elles vont stimuler la rponse immune de lhte : des phagocytes et des anticorps (reprsents par des symboles
en Y ) affluent au niveau du site de linfection. Les bactries planctoniques sont limines par les effecteurs
de la rponse immune et linfection est matrise. Les antibiotiques (reprsents par des croix) liminent aussi de
faon efficace les bactries sous forme planctoniques (ovales blancs).

Le mcanisme prsent ci-dessus est valable uniquement pour les bactries sous forme
planctonique. Or, dans les conditions naturelles, la majorit des micro-organismes existent
sous forme de biofilms. Les dfenses immunes de lhte ne sont pas assez efficaces pour
liminer les biofilms prsents dans lorganisme, qui sont donc lorigine dinfections
chroniques. Lors de linfection dun organisme par des biofilms, les bactries pntrent dans
lorganisme sous forme planctonique. Par leur introduction dans lorganisme, elles stimulent
la rponse immune de lhte. Puis, elles adhrent une surface et forment un biofilm au sein

51
de lorganisme. Suite la stimulation de la rponse immune de lhte, on assiste un afflux
massif danticorps spcifiques des antignes du biofilm et de phagocytes sur le lieu de
formation du biofilm (Figure 4).

Figure 4: Mcanismes des infections chroniques causes par des biofilms :


Formation dun biofilm et stimulation de la rponse immunitaire

Daprs (Costerton, 1999)

Les bactries sous forme planctonique sont reprsentes par des ovales blancs. Les bactries organises
en biofilm sont reprsentes par des ovales noirs, regroups en amas et englobs dans une matrice, figure en
beige. Des anticorps spcifiques dirigs contre les antignes du biofilm (reprsents par des symboles en Y )
affluent massivement au niveau du site de formation du biofilm. Ils reconnaissent de faon spcifique les
bactries contre lesquelles ils sont dirigs, mais uniquement celles sous forme planctonique (ovales blancs), car
la matrice protgent les bactries du biofilm de leur action.

Les bactries sessiles sont protges de laction des anticorps par la structure mme du
biofilm (rle de la matrice). Les anticorps synthtiss liminent alors uniquement les bactries
planctoniques qui se sont dtaches du biofilm. Ils ne peuvent pas dtruire les bactries du
biofilm et endommagent les tissus voisins (Costerton, 1999). Les mcanismes dadhsion des

52
biofilms leur permettent dviter dtre limins au sein de lorganisme par les flux
biologiques : escalator mucociliaire, scrtions vaginales et pristaltisme intestinal par
exemple. Ces communauts sessiles de micro-organismes exercent un chimiotactisme sur les
phagocytes, qui sont alors attirs localement. Mais les biofilms sont rsistants aux
anticorps, aux phagocytes et aux antibiotiques. Les phagocytes sont donc inefficaces sur
les biofilms : la phagocytose na donc pas lieu, mais on assiste une libration massive
locale denzymes phagocytaires (Figure 5).

Figure 5: Mcanismes des infections chroniques causes par des biofilms : Formation
dun biofilm et rsistance la rponse immunitaire de lhte.

Daprs (Costerton, 1999)

Les bactries du biofilms sont reprsentes par des ovales noirs, englobs dans une matrice
extracellulaire figure en beige. On observe de nombreux anticorps, reprsents par des symboles en Y ,
regroups autour du biofilm. Ces derniers sont inefficaces sur les bactries du biofilm. Par contre, ils sont
efficaces contre les bactries planctoniques (ovales blancs) qui se sont dtaches du biofilm, et forme des
complexes antigne-anticorps (ovale blanc accol un symbole en Y sur la figure).

Les enzymes phagocytaires libres localement vont endommager les tissus


avoisinants et roder la surface du biofilm, entranant la libration de bactries
planctoniques qui vont essaimer partir du biofilm. Ces dernires stimulent nouveau les
dfenses immunitaires de lhte (scrtion danticorps) et peuvent engendrer une infection de
voisinage ou une dissmination de linfection dautres territoires de lorganisme (Figure 6).

53
Les bactries planctoniques essaimant partir de biofilms sont capables dengendrer des
infections aiges, cliniquement qualifies de rechutes ou de crises . En effet, ces
dernires sont capables de passer outre les dfenses immunitaires de lhte en relarguant des
protases. Ces protases digrent les tissus de lhte et peuvent tre assimiles des facteurs
de virulence (Percival, 2004 a ; Percival, 2004 b).

Figure 6: Mcanismes des infections chroniques causes par des biofilms : Erosion du
biofilm et essaimage de bactries planctoniques.

Daprs (Costerton, 1999)

La surface du biofilm, reprsent par lamas de bactries (ovales noirs) englobs dans la matrice
dexopolysaccharides figure en beige, est rode par laction locale des enzymes phagocytaires : des bactries
planctoniques, reprsentes par des ovales blancs, essaiment partir du biofilm et vont pouvoir gagner dautres
territoires de lorganisme (trajet matrialis par la flche blanche en haut droite).

54
On voit donc que les biofilms, en restant fixs leur support, sont une cause
importante de chronicit des infections. Lantibiothrapie est inefficace pour radiquer les
biofilms. On observe souvent dans ce cas la rapparition des symptmes, signant une rechute.
Ainsi, des infections peuvent persister des annes au sein dun organisme (Costerton, 1999).
Trois exemples dinfections chroniques causes par des biofilms sont prsents ci-dessous
pour leur diversit et leur importance : infections staphylocoques, biofilms formant la
plaque dentaire et lorigine de la formation de caries dentaires, et biofilms responsables de
certaines infections oculaires chroniques.

6.2.1.5. Infections chroniques lies la prsence de biofilms. Etude de


quelques exemples

Exemple n1 : Biofilms et infections Staphylocoques.

Les staphylocoques sont responsables de la grande majorit des infections causes par
des biofilms. Ils sont prsents en grand nombre dans la flore commensale de la peau et des
muqueuses chez lHomme et lanimal (Otto, 2008). Les infections associes la prsence de
biofilms de Staphylococcus aureus sont plus difficiles traiter et ncessitent un remplacement
plus frquent des implants mdicaux que celles associes aux biofilms de Staphylococcus
epidermidis (Jones, 2001). Les staphylocoques ne forment pas de biofilms avec dautres
espces bactriennes. Il est rare de trouver plus dune souche bactrienne au sein dun mme
biofilm. Ceci pourrait sexpliquer par des mcanismes de quorum sensing spcifiques des
staphylocoques qui inhiberaient lexpression des facteurs de virulence dautres bactries
(Arciola, 2005). Une voie de recherche pourrait tre dabaisser la virulence de ces biofilms de
staphylocoques. Par exemple, plutt que de les dtruire, les rendre htrognes permettrait de
rebasculer vers un cosystme plus proche de la normale.

55
Exemple n2 : Biofilms de la plaque dentaire et caries dentaires.

Le biofilm formant la plaque dentaire linterface avec les gencives est frquemment
associ la prsence de gingivites et de priodontites chroniques. Lattaque permanente de
polynuclaires neutrophiles dirigs contre les micro-organismes du biofilm formant la plaque
dentaire entrane une raction inflammatoire chronique. Les mdiateurs de linflammation,
dont des cytokines, sont surexprims et stimulent la rsorption de lalvole dentaire ainsi que
la destruction du collagne, qui sont lorigine dune gingivite et dune priodontite (Teng,
2003).

Les bactries prsentes dans le biofilm formant la plaque dentaire interviennent dans
des ractions de fermentation de sucres ingrs par lindividu. La fermentation de ces sucres
produit des composs acides qui vont attaquer lmail et la dentine. La dent va se
dminraliser, et une cavit va se creuser dans la dent. Une carie dentaire correspond une
destruction localise de lmail dentaire par des composs acides issus de la fermentation
bactrienne de composs organiques (sucres). La formation dune carie dentaire rsulte du
dsquilibre cologique entre la matire minrale dentaire et les biofilms prsents dans la
cavit buccale. Les micro-organismes rencontrs dans la plaque dentaire sont en grande
majorit Streptococcus mutans, Streptococcus sobrinus et Lactobacillus spp (Selwitz, 2007).

Les produits de la dgradation bactrienne de composs organiques fermentescibles


dorigine alimentaire prsents dans la cavit buccale de lindividu, entranent une baisse
importante du pH au niveau du micro-environnement de la dent. Si la valeur du pH diminue
trop et atteint une valeur critique, un processus de dminralisation de la dent samorce.
On peut contrer cette dminralisation dentaire prcocment en administrant du calcium, du
fluor et du phosphate. La baisse du pH suite lactivit du biofilm peut tre restaure par
laction de la salive. On assiste ainsi un perptuel mouvement de balancier entre
minralisation et dminralisation. Enfin on prcise que les caries dentaires se dveloppent
sur des dents sur lesquelles la plaque dentaire est prsente depuis longtemps (Selwitz, 2007).

56
Exemple n3 : Biofilms et infections oculaires chroniques.
Certains biofilms bactriens sont responsables dinfections oculaires chroniques,
comme la kratopathie infectieuse cristalline, appelle aussi IDK17. LIDK est une forme
rare de kratite microbienne caractrise par la prsence de structures cornennes en
forme de cristaux, associe la prsence dun dme cornen. Des biofilms bactriens ont
t mis en vidence dans des biopsies de cornes ralises chez des patients atteints dIDK : la
matrice dexopolysaccharides est colore par le rouge Ruthnium. Lantibiothrapie est peu
efficace dans le traitement de cette infection (Zegans, 2002).

6.2.2. Biofilms et implants mdicaux

Des biofilms peuvent se former la surface ou lintrieur de dispositifs mdicaux


implants dans lorganisme : lentilles de contact, cathter veineux central, sonde
endotrachale, dispositifs intra-utrins, valves cardiaques artificielles, pace-makers, cathters
de dialyse pritonale, sondes de tympanostomie, sondes urinaires, prothses vocales82%
des infections nosocomiales sont dues la prsence dimplants mdicaux contamins ;
principalement par Pseudomonas spp., des staphylocoques et des entrocoques (Archibald,
1997). Ceci pose un vritable problme de sant publique pour les personnes ncessitant ces
implants. Le traitement par antibiothrapie est difficile voire inefficace, lessaimage de
bactries planctoniques partir du biofilm pouvant engendrer des infections. Les micro-
organismes responsables proviennent de la flore cutane du patient, de lenvironnement ou de
la micro-flore exogne transitoire vhicule par le personnel hospitalier. Les biofilms peuvent
tre composs dune ou plusieurs espces de micro-organismes, selon le type de dispositif
implant et la dure dimplantation dans lorganisme du patient. La formation de biofilms
dpend de plusieurs facteurs : nombre de cellules prsentes, vitesse du flux du liquide dans
lequel se trouve le dispositif, proprits physico-chimiques de la surface (Donlan, 2001).

On va traiter diffrents exemples dimplants mdicaux sur lesquels se forment des


biofilms, et envisager les consquences mdicales encourues par le patient. On va tout
dabord sintrsser aux biofilms se formant sur les sondes urinaires.

17
IDK signifie Infectious Crystalline Keratopathy .

57
6.2.2.1. Biofilms et infections du tractus urinaire

6.2.2.1.1. Pathognie et micro-organismes impliqus

Les infections bactriennes du tractus urinaire sont les infections nosocomiales


les plus frquentes. Le risque de dvelopper une infection urinaire augmente avec
limplantation de matriel mdical comme les sondes urinaires et les stents urtraux. La pose
dune sonde urinaire est le premier facteur responsable du dveloppement dune infection
urinaire (Hatt, 2008). Les agents pathognes les plus frquemment rencontrs font partie de la
flore du colon et du gros intestin et peuvent tre introduits dans le tractus urinaire suite des
contaminations (Tableau 3). Ces agents pathognes vont former un biofilm sur la sonde
urinaire et tre lorigine dune infection.

Tableau 3 : Frquence des infections urinaires selon le type dagent pathogne rencontr

Daprs (Emori, 1993)

Micro-organismes rencontrs Pourcentage dinfections (%)

Escherichia coli 25

Enterococcus spp 16

Pseudomonas aeruginosa 11

Klebsiellia pneumoniae 8

Candida albicans 8

Enterobacter spp 5

Proteus mirabilis 5

Staphylocoques coagulase- ngatifs 4

Les complications les plus frquentes aprs la pose dune sonde urinaire sont les
infections nosocomiales du tractus urinaires, ou CAUTIs18. Dix 50% des patients porteurs
dune sonde urinaire pendant une courte dure (7 jours) ont une infection urinaire de au
dveloppement de biofilms sur la sonde, et 100% des patients sont infects lorsquils gardent

18
CAUTIs signifie Catheter-Associated Urinary Tract Infections .

58
la sonde pendant une dure suprieure 28 jours (Stickler, 1996). Les CAUTIs sont
asymptomatiques dans 90% des cas : une simple bactriurie sera alors observe. Les
CAUTIs peuvent devenir symptomatiques (bactriurie, pyurie). Le patient va dvelopper
dans ce cas une cystite, une urtrite, une hyperthermie mais il peut aussi prsenter des signes
cliniques plus svres : pylonphrite aigu, calculs, bactrimie et lsions rnales (Jacobsen,
2008).
La majorit des micro-organismes responsables proviennent de la flore cutane ou de
la rgion anale (contamination fcale) du patient, mais aussi des micro-flores transitoires
portes par le personnel hospitalier. Ce sont surtout ces dernires qui peuvent tre
antibiorsistantes, ce qui complique le traitement de ces infections. Lors de linsertion de la
sonde, la muqueuse urtrale peut tre endommage et son effet protecteur vis--vis des micro-
organismes est alors altr. Les zones altres de la muqueuse uro-pithliale suite la
pose de la sonde sont de nouveaux sites de fixation potentiels pour les bactries. La pose
dune sonde dans de mauvaises conditions dhygine peut favoriser la pntration de
germes dans le tractus urinaire. La prsence dun corps tranger dans le tractus urinaire
perturbe les mcanismes normaux de dfense de lhte. La prsence durine rsiduelle dans la
vessie favorise le dveloppement bactrien (Hatt, 2008).
Le mcanisme de formation de biofilm sur une sonde urinaire est simple (Figure 7).
Une fois la sonde pose, un film protique va se dposer sa surface et favoriser la fixation de
micro-organismes (Tableau 3), et par consquent entraner la formation dun biofilm. Une fois
que les bactries ont colonis la sonde et luro-pithlium, elles doivent sadapter
lenvironnement form par le tractus urinaire et se procurer des nutriments. La production
bactrienne de toxines et denzymes dans lenvironnement entrane une dgradation des tissus
avoisinants et une libration de nutriments (Jacobsen, 2008).

59
Figure 7: Mcanismes de formation de biofilms sur une sonde urinaire lors dune
infection du tractus urinaire lie au port de la sonde

Daprs (Jacobsen, 2008), avec accord

La structure ovale grise au centre de la figure matrialise une sonde urinaire. Un film protique,
reprsent par un alignement de disques noirs, se forme la surface de la sonde (1). Puis, des micro-organismes
(lments figurs en noirs) pntrent dans lorganisme (2), se fixent la surface de la sonde et forment un
biofilm monocouche (3). Puis, les phases de croissance et de maturation du biofilm ont lieu (4) & (5), et enfin les
bactries se dtachent et essaiment partir du biofilm (6).

6.2.2.1.2. Formation de biofilms cristallins. Complications

Certains micro-organismes prsents dans les biofilms forms sur les sondes urinaires
produisent des urases, entre autres : Proteus mirabilis, Providencia stuartii, Morganella
morganii et Klebsiella pneumoniae (Clutterbuck, 2007 ; Hatt, 2008). Lure contenue dans
lurine du patient est hydrolyse par les urases bactriennes et conduit la formation
dhydroxyde dammonium. La libration dammoniaque sous forme libre dans lurine
entrane une augmentation du pH au niveau de linterface biofilm-urine et conduit la
prcipitation de cristaux dhydroxyapatite (cristaux de phosphate de calcium) et de struvite

60
(phosphate ammoniaco-magnsien), qui vont venir obstruer la lumire de la sonde (Tunney,
1999). Les cristaux forms sentrappent dans le biofilm : il y a formation dun biofilm
cristallin. La prsence de cristaux va crer des troubles urinaires : dysurie, strangurie,
hmaturie, distension vsicale, oligo-anurie On peut aussi avoir des consquences plus
svres comme des infections ascendantes par exemple des pylonphrites (Hatt, 2008).
Proteus mirabilis est lagent le plus frquemment lorigine de la formation de biofilms
cristallins (Photographie 3), puisque cette bactrie produit une urase 6 10 fois plus efficace
que les autres urases bactriennes (Tenke, 2006).

Photographie 3 : Biofilms de Proteus mirabilis (ATCC 29906) sur du polycarbonate,


obtenu par des racteurs du Centers for Disease Control and Prevention. (Microscopie
confocale balayage)

Photographie de Janice Car, Centers for Disease Control and Prevention, Public Health Image
Library, Atlanta, GA USA. Avec accord.

La photographie a t obtenue par microscopie confocale balayage. Les structures allonges et incurves
reprsentent des biofilms de Proteus mirabilis.

61
La persistance des infections au sein du tractus urinaire sexplique par le fait que
les bactries rsistent aux mcanismes de dfense immunitaire de lhte, via la production de
capsules, de protases diriges contre le complment et les peptides anti-microbiens et de
lipopolysaccharides (Jacobsen, 2008).
La pose aseptique dune sonde urinaire par du personnel mdical qualifi et des
mthodes de cathterisation alternative permettant de diminuer les traumatismes de la
muqueuse urtrale sont aussi des moyens efficaces pour empcher la formation de biofilms
(Jacobsen, 2008).

Des biofilms se forment donc au niveau de dispositifs mdicaux comme les sondes
urinaires, et sont lorigine dinfections nosocomiales, le plus souvent difficiles traiter. Des
biofilms peuvent aussi se former sur dautres types de prothses mdicales, comme par
exemple les cathters veineux centraux.

6.2.2.2. Biofilms et cathters veineux centraux

Les cathters veineux centraux sont les implants mdicaux les plus risque par
rapport au dveloppement dune infection nosocomiale (Klevins, 2005). Ceci pose de graves
problmes de sant publique puisque les traitements systmiques de routine des patients
atteints dinfections de ce type se rvlent le plus souvent inefficaces (Donlan, 2008).
Les micro-organismes en cause proviennent de la flore cutane du patient, de la
micro-flore exogne du personnel hospitalier, ou encore denvironnements contamins.
Les micro-organismes atteignent le cathter par migration partir de la peau le long de la
partie externe du cathter. Les micro-organismes les plus frquemment isols sont (Tableau
4): Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Candida albicans, Pseudomonas
aeruginosa, Enterococcus faecalis et Klebsiella pneumoniae (Donlan, 2001 ; Donlan, 2008).

62
Tableau 4: Liste de micro-organismes isols partir de biofilms forms sur des cathters
veineux centraux

Daprs (Donlan, 2008)

Bactries Gram- positives Bactries Gram- ngatives Autres micro- organismes

Corynebacterium spp Acinetobacter spp Candida spp

Enterococcus spp Acinetobacter calcoaceticus Candida albicans

Enterococcus faecalis Acinetobacter anitratus Candida tropicalis

Enterococcus faecium Enterobacter cloacae Mycobacterium chelonei

Staphylococcus spp Enterobacter aerogenes

Staphylococcus aureus Eschrichia coli

Staphylococcus aureus Klebsiella pneumoniae


rsistant la mthicilline

Staphylocoques coagulase Klebsiella oxytoca


ngatifs

Streptococcus spp - Pseudomonas aeruginosa


hmolytiques

Streptococcus spp (viridans Proteus spp


streptococci)

Streptococcus pneumoniae Providencia spp

Serratia marcescens

La colonisation bactrienne a lieu dans les 24 heures suivant la pose du cathter


(Donlan, 2008). Au contact du flux sanguin, la surface du cathter se recouvre dun film
protique (plaquettes, plasma, fibronectine, laminine, ou fibrine). La prsence de ce dernier
va modifier les proprits physico-chimiques de la surface du cathter et favoriser la
formation de biofilms, et ce ds 3 jours aprs la pose du cathter (Donlan, 2008). La
localisation et lextension du biofilm sur le cathter dpend de la dure de la
cathterisation. Les cathters de courte dure (infrieure 10 jours) ont des biofilms au

63
niveau de la partie externe du cathter et que les cathters de longue dure (30 jours) ont
des biofilms plutt au niveau de la lumire du cathter (Raad, 1993).

Une tude a valu lefficacit dantibiotiques (vancomycine et gentamicine) dans le


traitement de la bactrimie lie la prsence dun cathter chez des patients hmodyaliss.
Le traitement antibiotique a t efficace dans seulement 32% des cas, ce qui suggre que les
traitements systmiques anti-microbiens ne sont pas un moyen efficace de juguler la
formation de biofilms sur les cathters (Marr, 1997). Mais lradication des biofilms reste
possible. Celle-ci dpend de la nature des micro-organismes composants le biofilm, de lge
du biofilm, de lagent anti-microbien utilis et de la dure du traitement. Des stratgies autres
que les traitements systmiques de routine ont t mises en place. On peut citer parmi elles la
thrapie anti-microbienne de verrouillage (cf page 85). Brivement, cette thrapie consiste
en linstillation de fortes concentrations dagents anti-microbiens directement dans le cathter
colonis par les biofilms, pendant une dure suffisante, afin dradiquer le biofilm (Donlan,
2008). Il faut cependant faire trs attention lapparition dventuelles rsistances. Pour
linstant, le meilleur moyen de lutter contre les biofilms rside dans la rigueur des conditions
dhygine dans le milieu hospitalier (cf page 80) (Maki, 1994).

6.2.2.3. Biofilms et valves cardiaques artificielles

Des biofilms peuvent se former sur des prothses de valves cardiaques. Les principaux
micro-organismes responsables sont : Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis,
Streptococcus spp. et Candida albicans. Ces micro-organismes proviennent de la peau,
dimplants mdicaux comme les cathters veineux centraux ou ont une origine dentaire
(Donlan, 2001).
Le geste chirurgical permettant limplantation dune valve cardiaque artificielle induit
des lsions tissulaires. Des plaquettes et de la fibrine ont tendance saccumuler au niveau de
la zone dimplantation de la valve. Les biofilms rencontrs se forment plutt au niveau des
tissus avoisinants la prothse ou des sutures que sur la valve en elle-mme (Karchmer, 1994).
Des biofilms peuvent aussi se former sur des broches et tre lorigine dostomylite.

64
6.2.2.4. Biofilms et ostomylite

Lostomylite est une infection de los, retrouve majoritairement au niveau des os


longs. Staphylococcus aureus est le germe le plus frquemment mis en cause. Les agents
pathognes responsables des ostomylites se dveloppent sous forme de biofilms. La
prsence dimplants dans los est un facteur prdisposant la formation de biofilms,
puisquils sont recouverts de protines de lhte juste aprs leur implantation. Cette couche
protique forme sur limplant forme un substrat qui favorise lattachement des bactries et le
dveloppement de biofilms (Brady, 2008).

Lradication des biofilms est problmatique, compte tenu de leur rsistance laction
des agents anti-microbiens. De nouvelles stratgies thrapeutiques sont envisages, comme
lutilisation danticorps anti-polysaccharides de la matrice ou encore des modifications de la
surface des implants, permettant dviter la fixation des bactries (Brady, 2008). Le
traitement le plus efficace des ostomylites associes la prsence de biofilms reste le
traitement chirurgical, consistant en un dbridement large des tissus infects (Brady, 2008).

6.2.2.5. Biofilms et prothses oculaires

Les tudes concernant le rle des biofilms dans les infections oculaires sont rcentes et
incompltes, et beaucoup sont uniquement descriptives. Un grand nombre dhypothses sont
proposes mais elles nont pas encore t vrifies. Les biofilms bactriens joueraient un rle
non ngligeable dans les infections bactriennes oculaires (Zegans, 2002). Ils peuvent tre
prsents sur des matriaux placs sur lil ou dans lil, comme les lentilles de contact, les
lentilles intraoculaires et les fils de suture. Comprendre le rle des biofilms bactriens dans les
infections oculaires pourrait guider les recherches et le dveloppement de nouvelles stratgies
antimicrobiennes spcifiques lophtalmologie.

Aux Etats-Unis, 56% des ulcres cornens diagnostiqus sont associs au port de
lentilles de contact (Zegans, 2002). Lincidence des kratites bactriennes est plus leve chez
les porteurs de lentille de contact que dans la population gnrale. La contamination
bactrienne ne dpend pas du type de lentilles utilises (dures ou souples) ou du type de
produit de dcontamination utilis. Le port de lentilles de contact favorise le
dveloppement dinfections cornennes en induisant une hypoxie cornenne, une

65
hypercapnie et des lsions de lpithlium cornen. Les lentilles de contact offrent aussi
une surface sur laquelle les bactries peuvent se fixer et former des biofilms (Zegans, 2002).

Lune des complications les plus srieuses faisant suite la pose dune lentille
intraoculaire lors de chirurgie correctrice de cataracte est lendophtalmie. Cette complication
post-opratoire est trs rarement rencontre : entre 0,1 et 0,3% (Garcia-Saenz, 2000). Aux
Etats-Unis, Staphylococcus epidermidis est retrouv dans 70% des cas dendophtalmie aige
en complication post-opratoire de chirurgie de cataracte. La formation de biofilms sur la
lentille intraoculaire place lors de la chirurgie pourrait jouer un rle dans la pathognse de
lendophtalmie. Elle constitue en effet une surface abiotique sur laquelle des biofilms peuvent
se fixer. Par le biais de cette fixation, les bactries chappent aux mcanismes dlimination
des bactries ayant lieu dans la chambre antrieure de lil.
Les bactries responsables de lendophtalmie proviennent de la peau pri-oculaire et des cils
(Zegans, 2002).

6.2.2.6. Conclusion : biofilms et infections nosocomiales lies au port


dimplant

La prsence dimplants mdicaux favorise la formation de biofilms et est lorigine


dinfections nosocomiales, souvent difficiles traiter du fait de leurs proprits
dantibiorsistance (Figure 8).

66
Figure 8 : Biofilms et infections nosocomiales : pourquoi le traitement mdical est
souvent inefficace ?

Daprs (Utili, 2007), avec accord.

La prsence de biofilms sur des implants mdicaux est lorigine dinfections nosocomiales, souvent
difficiles traiter. Les biofilms sont plus rsistants la rponse immune de lhte que leurs congnres sous
forme planctonique : lefficacit de la phagocytose est donc diminue en prsence de biofilms. De plus, les
bactries sous forme de biofilms sont 10 1000 fois plus rsistantes laction des agents anti-microbiens que
celles sous forme planctonique. Ainsi, les proprits pharmacodynamiques des agents microbiens sont altres
en prsence de biofilms : ils sont donc peu efficaces. Ainsi, la prsence de biofilms engendre simultanment une
diminution de lefficacit de la rponse immune de lhte et des agents anti-microbiens, ce qui rend linfection
difficile traiter. Sur la photographie de gauche, on observe des biofilms de Staphylococcus aureus, avec une
structure caractristique en champignon. Sur la photographie de droite, on observe des structures filamenteuses
fixes sur des surfaces cylindriques (implant mdical) : il sagit de biofilms de Pseudomonas spp.

Les biofilms sont rencontrs aussi bien chez lHomme que chez lanimal. Les donnes
issues de la mdecine humaine peuvent souvent tre appliques la mdecine vtrinaire, ce
qui nous donne une base de travail ainsi que des outils conceptuels que nous pouvons tendre
lensemble des mammifres.

67
6.2.3. Biofilms et mdecine vtrinaire

6.2.3.1. Biofilms et transmission vectorielle dagent pathogne par un


vecteur biologique

Des biofilms forms de micro-organismes pathognes peuvent tre transmis dun


individu un autre par des vecteurs biologiques. Nous traiterons ici essentiellement de
lexemple de la transmission vectorielle par la puce de biofilms de Yersinia pestis, agent
responsable de la peste bubonique.

Yersinia pestis, agent de la peste bubonique, se transmet par des piqres de puces,
partir danimaux infects, le plus souvent des rongeurs. Rcemment, des tudes ont dmontr
que la puce jouait aussi le rle de vecteur biologique dans la transmission de la peste, et
ntait pas uniquement un hte passif permettant une contamination purement mcanique
(Jarrett, 2004 ; Hinnebusch, 2008).

La peste est une maladie qui rapparait de faon priodique, partir du rservoir
des animaux sauvages, en particulier les rongeurs. Les rongeurs se contaminent en creusant
la terre, on parle de peste de fouissement . Aprs infection des premiers rongeurs par
fouissement, la maladie se propage entre animaux par piqres de puces. La puce du rat,
Xenopsylla cheopis, transmet la bactrie de rat rat (Toma, 2007). Yersinia pestis, agent de la
peste, est une bactrie Gram-ngative, membre de la famille des Enterobacteriaceae. Il sagit
dun agent pathogne important chez lHomme et les autres mammifres ; cest lun des
micro-organismes les plus virulents que lon connaisse.

On distingue plusieurs types de transmissions de Yersinia pestis (Hinnebusch, 2008).


Le premier mode de transmission est la transmission mcanique dans laquelle la puce est un
hte passif. Une puce provenant dun animal infect pique un animal sain et dpose dans le
derme de lanimal sain, lors dun repas sanguin, des bactries contenues dans les rsidus du
repas sanguin prcdent. La puce joue donc un rle purement mcanique ; ce nest pas un
vecteur biologique dans ce cas (Hinnebusch, 2008).
Le second mode de transmission est la transmission vectorielle, dans laquelle la puce
est un hte biologique. Dans ce cas, la puce joue le rle de vecteur biologique. On rappelle
quun vecteur actif ou biologique est un arthropode qui transmet un agent pathogne aprs en
avoir assur la multiplication. La peste peut alors tre classe parmi les arboviroses. En effet,
lagent pathogne est ingr par la puce, puis il va se multiplier et former un biofilm au

68
niveau de son intestin. Les bactries sont localises au niveau de lintestin ou du pro-
ventricule (valve connectant lsophage la portion antrieure de lintestin) et sont
dverses de faon squentielle lors du repas sanguin. Lors dune piqre, la puce va rejeter
dans le derme de lindividu parasit de la salive contenant des bactries (Hinnebusch,
2008).
Immdiatement aprs avoir t ingres par la puce, les bactries Yersinia pestis
forment un agrgat, flottant librement dans la lumire de la partie antrieure de son intestin.
Les bactries nadhrent pas lpithlium et sont donc, dans la plupart des cas, rejetes dans
les fces, puisque les puces se nourrissent et dfquent trs frquemment. On observe ainsi
que de nombreuses puces infectes, aprs uvre du transit digestif, ne contiennent plus de
bactries. Par contre, la prsence dagrgats bactriens importants ne pouvant pas tre
limins dans les fces cause de leur taille importante, peuvent causer durablement une
infection. Puis, il peut y avoir fixation de ces agrgats bactriens aux parois du pro-
ventricule de la puce et formation dun biofilm. La synthse pralable dune matrice
extracellulaire est ncessaire la constitution de ce biofilm. Cette matrice extracellulaire est
visqueuse et trs htrogne : elle incorpore des molcules prsentes dans lenvironnement
proche du lieu de formation du biofilm, autrement dit le tube digestif de la puce, par exemple
des lipides issus du repas sanguin. La matrice extracellulaire pourrait jouer un rle de
protection des bactries lors du contact initial avec les dfenses immunitaires de lhte, au
niveau cutan (lieu de la piqre) (Hinnebusch, 2008).

Le mme mode de transmission vectorielle par un arthropode dun agent


pathogne sous forme de biofilms est retrouv pour les protozoaires du genre Leishmania
(agent de la leishmaniose) et pour Xylella fastidiosa, agent de maladies chez les vgtaux,
comme la maladie X du citrus (Hinnebusch, 2008).

6.2.3.2. Biofilms et infections nosocomiales chez les animaux

Les infections bactriennes chez les animaux sont frquentes mais leur rapport avec la
prsence ou non de biofilms est rarement voqu. Les biofilms sont impliqus dans diverses
maladies animales : pneumonie, abcs hpatiques, entrites, plaies infectes, mammitesCes
affections sont causes par des micro-organismes prsents dans lenvironnement, comme
Pseudomonas aeruginosa, ou des micro-organismes de la flore commensale des animaux
(Clutterbuck, 2007).

69
Les donnes concernant les infections nosocomiales lies la prsence de biofilms sur
des implants mdicaux peuvent aussi stendre la mdecine vtrinaire, puisquon retrouve
tous les lments propices leur formation.
Prenons lexemple de biofilms de Staphylococcus aureus. Il sagit de lune des causes
les plus importantes de mammites subcliniques, cliniques et chroniques chez les animaux de
rente. Cette bactrie fait partie de la flore cutane du cheval et est rencontre aussi au niveau
des sabots. Lorsquelle est sous forme de biofilms, elle est responsable dinfections de plaies
post-opratoires et de mammites chez le cheval (Clutterbuck, 2007).
Acinetobacter baumanii est une bactrie commune rencontre dans lenvironnement et
dans la flore cutane et des muqueuses chez les animaux. Cette bactrie, lorsquelle est sous
forme de biofilms, est implique dans des infections nosocomiales chez des chiens et des
chats (Francey, 2000). Elle a t isole dans des cathters utiliss chez des chevaux
(Vaneechoutte, 2000).

6.2.4. Biofilms et antibiorsistances

Lantibiorsistance dveloppe par les biofilms bactriens pose de srieux problmes


en matire de sant publique, puisquelle rend difficile le traitement des infections des des
biofilms. Lantibiorsistance dune bactrie vivant sous forme de biofilm est 10 1000 fois
plus leve quune bactrie de la mme espce vivant sous forme planctonique (Mah, 2001).
Cependant, tous les biofilms ne manifestent pas une insensibilit aux traitements
antibiotiques (Conley, 2003).
Les mcanismes dantibiorsistance mis en uvre par les bactries au sein des
biofilms sont nombreux et varis. Anderson et OToole font une dichotomie nette entre
facteurs de rsistance inns et facteurs de rsistance induits par le contact avec les
antibiotiques (Anderson, 2008).

6.2.4.1. Facteurs de rsistance inns

Le passage de la vie planctonique la vie sous forme de biofilm saccompagne de


lacquisition dune rsistance des bactries aux antibiotiques. Les facteurs inns de rsistance
aux antibiotiques font partie intgrante de la structure du biofilm et de sa physiologie.

70
Role de la matrice.
Les antibiotiques doivent traverser une paisse couche constitue
dexopolysaccharides, dADN et de protines afin de pouvoir atteindre leurs cellules-cibles.
Mme si la matrice stoppe certaines molcules dantibiotiques, dautres molcules vont
franchir cette barrire et pntrer au sein du biofilm. Certaines concentrations faibles en
antibiotiques stimulent la production dexopolysaccharides de la matrice et contribuent
accrotre son paisseur (Donlan, 2002 ; Anderson, 2008 ; Conley, 2003 ; Clutterbuck, 2007).
Lefficacit du rle de la matrice dans les mcanismes dantibiorsistance peut tre
tudie en termes de dure du traitement antibiotique. La matrice peut squestrer des
antibiotiques hydrophobes et chargs positivement, comme les aminoglycosides. Ce
mcanisme de limitation de la pntration des agents anti-microbiens au sein dun biofilm
explique les antibiorsistances observes lors dadministration unique dantibiotiques mais
nest pas valable pour les antibiothrapies de longue dure (Gilbert, 2001).
Nanmoins, la pntration limite des antibiotiques au sein des biofilms nest pas
considre comme le mcanisme dantibiorsistance le plus important (Anderson, 2008). Il
existe des mcanismes de protection active contre les antibiotiques, par opposition la
protection passive quoffre la matrice dexopolysaccharides : cest le cas des biofilms de
Pseudomonas aeruginosa, qui expulsent activement des composs anti-microbiens grce la
prsence de pompes defflux (Costerton, 1999).

Insuffisance des conditions nutritives. Entre en mtabolisme ralenti.

Lorsque les conditions nutritives sont insuffisantes (privation ou concentrations


faibles en oxygne et en nutriments) les bactries du biofilm entrent dans une phase de
croissance ralentie voire en hypobiose (Costerton, 1999). En effet, la privation en oxygne
et en nutriments entrane une forte diminution de lactivit mtabolique bactrienne. Cette
diminution de leur activit mtabolique rend les bactries des biofilms, en particulier celles
situes dans les couches profondes du biofilm, moins sensibles laction des agents anti-
microbiens (Costerton, 1999 ; Donlan & Costerton, 2002). Par contre, les cellules
superficielles haut mtabolisme et divisions rapides seront dtruites par les antibiotiques
qui auront russi franchir la matrice.

La baisse de loxymtrie entrane non seulement une baisse du mtabolisme des


cellules du biofilm mais est aussi lorigine dautres modifications. La rsistance des

71
bactries des biofilms dans des conditions de basses concentrations en oxygne peut
sexpliquer par le fait que certains antibiotiques ne sont pas actifs en absence doxygne,
comme par exemple la ciprofloxacine ou la tobramycine (Zabinski, 1995). Dautre part,
certains groupes de gnes sont activs par de basses concentrations en oxygne, et sont
lorigine de modifications phnotypiques permettant une rsistance accrue aux agents
antimicrobiens. Des concentrations rduites en oxygne engendrent des modifications
phnotypiques lorigine dune diminution de sensibilit aux agents anti-microbiens
(Drenkard, 2003).

Ainsi, lentre dans un mtabolisme ralenti protge les bactries de laction des
antibiotiques. En diminuant leur croissance et leur mtabolisme et en activant des facteurs de
rponse aux stress environnementaux (anarobiose, pauvret en lments nutritifs), les
bactries des biofilms augmentent leurs chances de survivre des traitements
antibiotiques.

Prsence de variants phnotypiques.

Un autre mcanisme propos pour lexplication de lantibiorsistance au sein des


biofilms est la prsence de variants phnotypiques dits persistants , parfois appels
cellules persistantes (Drenkard, 2002). Les biofilms de Pseudomonas aeruginosa
possdent des variants phnotypiques capables de crotre normalement en prsence de fortes
concentrations en antibiotiques. Une protine rgulatrice dtermine quelles cellules seront
rsistantes au sein du biofilm. Il sagit dun mcanisme de contrle en tout ou rien , qui
permet des bactries de sadapter un grand nombre de conditions environnementales. Ces
variations phnotypiques sont rversibles et apparaissent de faon trs frquente et
alatoire, conduisant lobtention de populations extrmement htrognes dun point de
vue phnotypique (Lewis, 2008). Lhtrognit de phnotypes au sein de populations
augmente la probabilit de constater une rsistance bactrienne lors de changements
environnementaux soudains (Drenkard, 2002).

La persistance de ces cellules est de une altration des mcanismes de mort


programme. Selon cette thorie, les agents antimicrobiens tueraient indirectement les
bactries en causant des dommages intracellulaires qui dclencheraient alors les processus de
mort programme. Sur des cellules possdant une altration de leur mcanisme de mort

72
programme, laction des antibiotiques na aucun effet et ces cellules persistent (Lewis,
2001).

Selon les auteurs, on trouve des thories diffrentes concernant la notion de cellules
persistantes. Certains considrent que ces cellules sont rsistantes laction des antibiotiques,
dautres, comme Lewis, soutiennent que ces dernires sont en fait tolrantes laction des
antibiotiques. Pour cet auteur, les biofilms ne croissent pas en prsence de concentrations
leves dantibiotiques, c'est--dire quil ny aurait pas de phnomnes de rsistance comme
cest le cas pour les bactries planctoniques (Lewis, 2001). Il propose que la plupart des
cellules dun biofilm, quelques soient leur vitesse de croissance et la rapidit de leurs
divisions cellulaires, sont trs sensibles laction dagents bactricides comme les
fluoroquinolones par exemple. Il existe une petite population de cellules qui survivent quelque
soit la concentration dantibiotiques dans le milieu. Ces cellules sont appeles cellules
persistantes, Ceci permet de dfinir un modle de fonctionnement dun biofilm. Ce modle
est le suivant : un traitement antibiotique va liminer les bactries planctoniques et la majorit
des cellules du biofilm. Le systme immunitaire de lhte va dtruire les cellules persistantes
sous forme planctoniques. Les cellules persistantes du biofilm sont protges par la matrice
dexopolysaccharides ; elles restent intactes et vont permettre de rgnrer par la suite le
pool de cellules constituant le biofilm, assurant ainsi le maintien du biofilm. Ces cellules
persistantes dveloppent selon Lewis une tolrance19 aux antibiotiques.
On a pu isoler des cellules persistantes, squencer leur transcriptome20 et trouver des
candidats au statut de gnes codant pour des caractres de tolrance. Ltude du profil
gntique dexpression des cellules persistantes rvle une diminution de la synthse des
protines impliques dans la production dnergie et dans les fonctions non vitales comme la

19
Pour mieux comprendre ce phnomne, rappelons brivement quelques dfinitions. Un antibiotique
est une substance bactricide ou bactriostatique, dirig contre une cellule-cible. Lorsque lantibiotique se fixe
une cellule-cible, il dtourne son mtabolisme: la cellule-cible synthtise contre son gr une molcule toxique,
qui va entraner sa destruction. Les mcanismes de rsistance (mutation, modification de la cellule cible,
permabilit rduite aux antibiotiques) empchent un antibiotique de se fixer ses cellules-cibles. Les
phnomnes de rsistance aux antibiotiques ont pour consquence une augmentation de la concentration
minimale inhibitrice (CMI). La tolrance dune bactrie un antibiotique se dfinit de la faon suivante :
lantibiotique se fixe la cellule-cible mais il ny a pas de production de molcule toxique. La cellule-cible
nest donc pas dtruite, malgr la prsence de lantibiotique. Lantibiotique va donc se lier aux rcepteurs de la
cellule-cible mais il ne va pas pouvoir la corrompre. Le changement de phnotype se fait de faon alatoire.

20
Ensemble des ARN messagers dune cellule

73
synthse des flagelles. Ceci suggre que les cellules persistantes sont des cellules dormantes.
On a aussi pu mettre en vidence lexistence de gnes codant pour des protines induisant
une vie ralentie : inhibition de la traduction et/ou de la rplication du matriel gntique. La
PlsB est une protine bactrienne, dont le gne contient des squences trs conserves, joue
aussi un rle dans la tolrance aux antibiotiques. La persistance des cellules dpend de leur
aptitude conserver lintgrit de leur membrane, par des mcanismes dpendants de la PlsB
dans le cadre de la synthse de phospholipides (Lewis, 2008). Les caractres de rsistance aux
antibiotiques sont transmissibles. On dispose de peu de donnes, mais on peut penser que la
tolrance un antibiotique se transmet gntiquement. La tolrance un antibiotique peut
entraner des slctions de mutants rsistants. On rencontre aussi des populations de cellules
persistantes au sein de biofilms de levures, notamment dans les biofilms de Candida albicans
tolrants aux antibiotiques (Lewis, 2008).

Synthse de molcules spcifiques.


Certains polysaccharides peuvent se lier aux antibiotiques et les empcher de pntrer
au sein du biofilm. Cest le cas de lalginate, un exopolysaccharide produit par Pseudomonas
aeruginosa. Il sagit dun polymre anionique : il capte facilement les molcules cationiques,
comme par exemple les aminoglycosides ou aminosides, et les inhibe. Les alginates produits
par Pseudomonas aeruginosa durant les tapes de formation du biofilm rduisent la
phagocytose leucocytaire (Leid, 2005).
Il existe dautres facteurs spcifiques de biofilms intervenant dans la rsistance aux
antibiotiques, comme par exemple lenzyme code par le gne ndvB chez Pseudomonas
aeruginosa. Elle est implique dans la synthse de glycanes cycliques, qui se lient
lantibiotique (principalement la tobramycine), le squestrent et empchent la destruction de
la bactrie (Mah, 2003).
Laltration de lexpression de certains gnes expliquerait lapparition de
phnotypes prsentant une susceptibilit rduite aux agents anti- bactriens (Cochran, 2000).
Des transferts de caractres de rsistance de cellule cellule permettent dexpliquer
lapparition dantibiorsistances au sein de biofilms (Andrel, 2000).

74
6.2.4.2. Facteurs de rsistance induits

Les mcanismes lorigine de lexpression de facteurs de rsistance induits sont mal


connus car peu dtudes ont t menes afin de dterminer et didentifier les facteurs de
rsistance induits par les antibiotiques au sein de biofilms. On sait quun grand nombre de
gnes est impliqu (Lewis, 2008).
Lexpression de facteurs induits de rsistance un antibiotique est stimule par
lexposition dune population de bactries cet antibiotique, qui constitue un stress
important pour ces dernires. Au sein dun biofilm expos un antibiotique se cre un
gradient dantibiotique, qui dcrot quand on approche des couches profondes du biofilm. Ce
gradient entrane lexpression diffrentielle de facteurs de rsistance induits, selon lendroit
o lon se trouve dans le biofilm. Ces facteurs induits viennent complter laction des facteurs
de rsistance inns (Lewis, 2008). Enfin, le quorum sensing jouerait un rle dans
ltablissement dantibiorsistance au sein de biofilms, mais cette hypothse reste assez
controverse. Les molcules du quorum sensing contrlent lexpression de facteurs de
virulence extracellulaire mais leur rle dans ltablissement dune antibiorsistance est mal
connu (Clutterbuck, 2007).

6.2.4.3. Moyens de lutte contre les antibiorsistances des biofilms

Quelques soient les mcanismes de rsistance, lorsquon traite une infection


bactrienne chez lHomme ou chez lanimal, il est important de slectionner lantibiotique
adquat, non seulement au dbut du traitement mais de faon continue, afin dviter la
slection de mutants rsistants lantibiotique utilis.
Le challenge est de dvelopper de nouveaux traitements et de nouveaux moyens de
lutte contre la tolrance des bactries aux antibiotiques. Les nouvelles stratgies de lutte
contre les antibiorsistance des biofilms sont les suivantes : thrapies combines, ingestion
dantibiotiques sous forme inactive, utilisation de matriel mdical strile ou recouvert
dagents anti-microbiens (cf page 82). Les antiseptiques liminent de faon satisfaisante les
cellules persistantes mais sont toxiques et ne peuvent tre utiliss par voie systmique. On
peut imprgner la surface dimplants mdicaux dagents anti-microbiens. Lorsquune
molcule antimicrobienne est fixe une surface, elle perd sa mobilit et nest donc plus
capable de sattaquer un agent pathogne. Une solution ce problme serait de fixer
lantibiotique une longue chane de polymres qui serait directement lie au substrat (Lewis,
2008).

75
6.3. Importance industrielle des biofilms

Les biofilms ont une importance mdicale considrable, mais ils jouent aussi un rle
dans le monde de lindustrie. On va tout dabord sintresser aux effets bnfiques offerts par
les biofilms, et voir comment ces derniers sont exploits industriellement.

6.3.1. Effets bnfiques de la prsence de biofilms

Si la prsence de biofilms a des effets nfastes dans les secteurs agro-alimentaire ou


mdical, ces derniers peuvent galement tre mis profit, par exemple dans les procds de
traitement des eaux uses (auto-puration des lacs, systme des boues actives dans certaines
stations dpuration), ou encore dans le domaine industriel par leurs proprits de synthse de
certaines substances chimiques (thanol, poly-3-hydroxybutyrate, benzaldhyde) ou leurs
proprits anti-corrosion. En effet, la formation de biofilms hautement rsistants confre aux
matriaux quils recouvrent des proprits anti- corrosives (Wanner, 2006). Enfin, les
biofilms peuvent jouer le rle de vritables bio-indicateurs de pollution (Wanner, 2006).

Les micro-organismes sont capables de dgrader les polluants prsents dans les
effluents : ils jouent un rle important dans lpuration des eaux. Certaines bactries, comme
les cyanobactries, prsentes dans des cours deau ou des lacs jouent un rle non ngligeable
dans le cycle des mtaux, dont elles sont en mesure de rduire les concentrations dans leau.
Elles participent donc activement lactivit dauto-puration des lacs (Wanner, 2006).
Les biofilms peuvent tre utiliss de faon cible afin dpurer des nappes phratiques
souterraines contamines, la suite par exemple de pollutions chimiques accidentelles. Si
les polluants sont biodgradables, on peut injecter dans laquifre concern des micro-
organismes spcifiques dans lespoir quils forment des biofilms et utilisent les polluants
comme source dnergie pour leur mtabolisme, dfaut dautres substrats (Wanner,
2006). Leau potable que nous buvons provient 70% de rserves souterraines deau. Les
biofilms prsents dans le sous-sol ralisant une puration naturelle de leau lors de son
passage sous terre, avant dtre capte.
Dans le procd des boues actives, les bactries forment des biofilms (jusqu une
taille de 2 mm !), contenant des millions de bactries, maintenus en suspension dans des
bassins daration. Les micro-organismes des biofilms vont intragir avec les polluants, les
utiliser comme substrats mtaboliques et ainsi purer les eaux. Des bioracteurs sont aussi
utiliss pour lpuration des eaux. Dans ces racteurs, les micro-organismes se fixent des

76
supports mis leur disposition et forment des biofilms. Lpuration des eaux se fait suivant le
mme mcanisme que dans les boues actives. Le bioracteur est beaucoup moins encombrant
que les dispositifs de boues actives (Wanner, 2006).

Lcotoxicologie fait souvent appel aux micro-organismes pour la dtermination du


degr de pollution des eaux ou le risque reprsent par les substances toxiques. Les biofilms
intragissent avec les toxiques ; ils peuvent fixer et accumuler les polluants ventuels sur des
longues priodes. Les biofilms sont alors de vritables marqueurs du degr de pollution
chronique de leur habitat (Wanner, 2006).
Les biofilms peuvent aussi servir dindicateurs de stress mtallique. De fortes
prcipitations peuvent amplifier lcoulement au sein dun cours deau et provoquer des
remaniements au niveau des sdiments, qui vont relarguer des mtaux dans leau. Les
biofilms fluviaux ragissent trs rapidement ces nouvelles conditions environnementales ;
peu de temps aprs les prcipitations, la concentration en mtaux lintrieur des biofilms
augmente de faon significative. Le stress mtallique se manifeste par la formation de
polypeptides (phytochlatines) neutralisant les mtaux en se liant ces derniers dans des
biofilms composs dalgues (Wanner, 2006).

Les biofilms prsentent donc de grands avantages, notamment en matire dpuration


des eaux. Mais ces derniers peuvent aussi tre dltres, y compris dans les installations
industrielles.

77
6.3.2. Effets nfastes de la prsence de biofilms

6.3.2.1. Biofilms et sant publique

Des biofilms peuvent se dvelopper dans les rseaux dalimentation en eau potable
(Photographie 4) et dans les systmes de climatisation ; ils peuvent abriter des lgionelles et
reprsentent donc un risque pour la sant humaine (Wanner, 2006).

Photographie 4: Biofilms forms dans des canalisations deau potables, reproduits en


laboratoire. Image obtenue par microscopie confocale.

Photographie de Janice Car, Centers for Disease Control and Prevention, Public Health Image
Library, Atlanta, GA USA. Avec accord.

Sur la photographie, on observe des bactries en forme de filaments, et regroupes en amas. Il sagit de
biofilms forms dans des canalisations deau potables.

78
Comme nous lavons dj vu, des biofilms peuvent se former sur les implants
mdicaux, comme les cathters veineux centraux ou encore les sondes urinaires, et tre
lorigine dinfections nosocomiales souvent difficiles radiquer et reprsentant un
problme majeur de sant publique. Enfin, les biofilms sont la source de nombreux problmes
dans lindustrie agro-alimentaire, en termes dhygine alimentaire et daltration des
qualits organoleptiques des produits alimentaires.

6.3.2.2. Biofilms, dgradations et impact conomique

Les biofilms sont lorigine dun certain nombre de dgradations (btiments,


corrosion et perforation de la coque des bteaux, altration de machines) et ont par
consquent un impact conomique important. Les faades de nombreux btiments sont
attaques par des algues et des champignons organiss en biofilms et entranent dimportantes
dgradations. Les rparations ncessaires reprsentent un cot important. Des biofilms se
forment sur la surface de la coque des bteaux, crant une rsistance lavancement du
navire, ce qui entrane donc une augmentation de la consommation de carburant. Les
matriaux mtalliques peuvent subir des ractions de corrosion, des lactivit de bactries
sulfo-rductrices organises en biofilms, aboutissant des perforations. Les biofilms qui se
dveloppent sur les changeurs de chaleur installs dans les gots, afin de rcuprer la
chaleur des eaux uses, altrent fortement lefficacit de ces appareils (Wanner, 2006).

6.3.2.3. Moyens de lutte

Les biofilms peuvent tre en grande partie limins grce laugmentation de la


vitesse dcoulement des effluents qui permet damplifier le cisaillement et donc de dtacher
le biofilm. Le nettoyage mcanique reste donc lun des moyens les plus efficaces pour lutter
contre les biofilms indsirables (Wanner, 2006).

Par les dommages quils causent dans les milieux mdical et industriel, les biofilms
ont un impact conomique important. Il est ncessaire de dvelopper des moyens de lutte
efficaces et prennes contre la formation de biofilms. De manire croissante ces dix dernires
annes, les recherches concernant les moyens de lutte contre les biofilms se multiplient.

79
7. MOYENS DE LUTTE CONTRE LES BIOFILMS

Les biofilms posent de graves problmes en matire de sant publique. Ils sont aussi
lorigine de la dgradation de btiments. Par tous ces aspects, la prsence des biofilms a un
impact conomique considrable. Il est absolument ncessaire dradiquer les biofilms
nuisibles. La lutte contre les biofilms peut se dfinir selon deux axes principaux : empcher la
formation de biofilms, et lorsquils sont dj prsents, les dtruire.

7.1. Empcher la formation de biofilms

Il existe plusieurs moyens de lutter contre la formation de biofilms indsirables. On


prendra lexemple du milieu hospitalier, dans lequel les biofilms, lorigine dinfections
nosocomiales, posent de srieux problmes de sant publique.

7.1.1. Techniques couramment utilises

Le meilleur moyen dempcher la formation de biofilms sur des implants en milieu


hospitalier repose sur le respect de quelques principes fondamentaux. La formation de
biofilms sur des implants mdicaux est lie la dure de prsence de limplant dans
lorganisme. Plus limplant est l depuis longtemps, et plus il y a un risque de formation de
biofilms. La pose de limplant doit se faire dans des conditions dhygine strictes, afin
dviter au maximum toute contamination bactrienne. Prenons lexemple de la formation de
biofilms bactriens sur des cathters veineux centraux. Il existe plusieurs moyens de
contrler la formation de biofilms sur les cathters veineux centraux (Maki, 1994) :

 prparation aseptique du site,


 pose aseptique du cathter,
 dure de cathterisation minimale,
 utilisation topique dantibiotiques,
 cration dune barrire mcanique en fixant le cathter sur un implant fix
chirurgicalement,
 recouvrement des parois de la lumire du cathter par un agent antimicrobien,
 retrait des implants contamins.
Compte-tenu de limportance mdicale considrable des biofilms et des problmes
quils posent, de nombreuses pistes de recherche sont consacres la lutte contre la formation
des biofilms. Ce sont souvent les nouvelles technologies qui sont utilises.

80
7.1.2. Les nouvelles technologies au service de la lutte contre les biofilms

Il existe des revtements destins aux biomatriaux implantables, comme les sondes
urinaires ou les cathters veineux centraux, qui empchent ladhrence des micro-organismes.
Des molcules charges retardent la fixation de ces derniers par le jeu de forces de
rpulsion. Les antibiotiques ou le systme immunitaire auraient alors le temps dagir contre
les micro-organismes non fixs (Donlan, 2008). Cette technique de lutte contre les biofilms
reste nnamoins peu efficace car la matrice extracellulaire qui se forme autour des prothses
peut elle-mme tre initiatrice de la formation de biofilms (Bury-Mon, 2007).

Pour inhiber ladhsion des micro-organismes, on peut utiliser la vaccinologie. Des


vaccins sont actuellement en cours de dveloppement, comme par exemple les vaccins contre
les caries, dirigs contre Streptococcus mutans (Bury-Mon, 2007). Le but de la vaccinologie
est de former des IgA qui vont inhiber les phnomnes responsables de ladhsion des
micro-organismes (Donlan, 2008). Certains vaccins ont t efficaces sur des modles
animaux, mais beaucoup reste encore prouver (Otto, 2008).

On peut aussi essayer dagir au niveau des molcules de signalisation du quorum


sensing, afin de perturber larchitecture du biofilm et ses proprits dantibiorsistance
(Donlan, 2008 ; Tomlin, 2005). Cette mthode semble trs prometteuse. Elle est, entre autre,
utilise en aquaculture et dans les revtements des bteaux. Des tudes sur les mcanismes
dinhibition de la formation de biofilms ont t ralises sur une algue rouge, Delisea pulchra,
car elle ne porte aucun biofilm sa surface. Elle scrte des furanones, qui sont des
homologues des homosrinelactones, substances exerant un contrle inhibiteur sur la
communication bactrienne (Bury-Mon, 2007).
On peut lutter contre la formation de biofilms en inhibant la synthse des
exopolysaccharides de la matrice. Certaines souches de phages dEnterobacter agglomerans
produisent une enzyme capable de dtruire la matrice extracellulaire puis dinfecter et de lyser
les bactries du biofilm (Bury-Mon, 2007).
Lutilisation dultrasons combine celle des antibiotiques permet dliminer des
bactries Gram-ngative planctoniques ou sous forme de biofilms (Donlan, 2008) (cf page
85).
Enfin, les recherches en gnie gntique consistent rechercher des gnes
spcifiquement exprims au sein des biofilms afin de crer de nouvelles cibles (Donlan,
2008).
81
7.2. Eliminer des biofilms dj forms

Lorsquon na pas pu agir suffisamment tt pour empcher la formation de biofilms, le


meilleur moyen de lutter contre ces derniers est de les dtruire. De nombreuses techniques se
font concurrence. Comme on a pu lvoquer prcdemment, lantibiothrapie donne peu de
rsultats satisfaisants. Do lintrt de dvelopper dautres mthodes de lutte contre les
biofilms. On traitera surtout des techniques dradication employes dans le milieu
hospitalier, compte-tenu des importants problmes de sant publique lis la prsence de
biofilms.

7.2.1. Techniques dlimination des biofilms couramment utilises

7.2.1.1. Elimination mcanique du biofilm

Le nettoyage mcanique reste lun des moyens les plus efficaces pour lutter contre
les biofilms (Wanner, 2006). Il permet de les liminer en dtachant les micro-organismes de
leur support, grce aux forces de cisaillement importantes cres. Ceci est applicable pour les
biofilms prsents sur des supports varis : btiments, coques de bteaux, peau, implants
mdicaux En mdecine quine, le premier traitement mettre en place en cas de plaie
cutane importante est darroser la plaie au jet deau sous pression pendant au moins trente
minutes afin de nettoyer cette dernire. Un autre exemple concret de lefficacit du nettoyage
mcanique pour liminer des biofilms est lutilisation de shampooings vtrinaires. Il est plus
efficace de masser le chien pendant 10 minutes avec le shampooing que de le laisser poser
pendant cette mme dure (Smith, 2001). Lors de lapplication du shampooing, des ractions
de saponification ont lieu. Ces dernires vont entraner la solubilisation de la matrice du
biofilm prsent sur la couche corne. Le massage complte laction du shaampoing et va
permettre lexfoliation cutane et llimination des cornocytes sur lesquels stait form le
biofilm.

Le nettoyage prcde la dsinfection. Le but de cette dernire est de dtruire les


bactries du biofilm, qui nauraient pas t limines pralablement par le nettoyage. Toutes
les molcules nont pas la mme efficacit. Lusage de chlorexhidine comme antiseptique
nest pas efficace pour rduire le nombre dinfections des des bactries Gram-ngatives et
slectionne des individus rsistants de nombreux agents anti- microbiens. Lutilisation de
triclosan peut se rvler efficace (Stickler, 2002). La plupart des antiseptiques et dsinfectants

82
ont du mal pntrer au sein des biofilms, et les bactries des biofilms sont rsistantes leur
action. Cette mthode se rvle peu efficace.
Face la frquente inefficacit de lantibiothrapie et de lemploi dantiseptiques et de
dsinfectants, le seul traitement efficace est le retrait du substrat contamin, quil sagisse
dun implant mdical, de tissus infects ou de crotes (Anderson, 2008 ; Brady, 2008). Ce
principe est directement applicable en dermatologie : par exemple, le retrait dun corps
tranger endogne entrane la gurison des lsions cutanes. Dun point de vue
histologique, un corps tranger endogne se caractrise par la prsence dans le derme dun
lment habituellement confin dans lpiderme (comme la kratine du poil par exemple) et
de ce fait jamais au contact du systme immunitaire. Ce corps tranger endogne va donc
dclencher une raction immunitaire semblable celle observe lors de la prsence de corps
tranger. Les ractions inflammatoires rencontres lors de furonculoses ou de poils incarns
sexpliquent par la prsence inhabituelle de kratine (poil) dans le derme. Le retrait de la
kratine entrane la gurison du patient. De ce fait, on pourrait penser que la kratine du poil
est un substrat idal pour la fixation de bactries et la formation de biofilms. On peut tendre
le principe de corps tranger endogne au bouchon de crumen pntrant dans le derme lors
dacn, et servant de support la formation de biofilms.

7.2.1.2. Antibiothrapie

Les biofilms sont caractriss par des proprits dantibiorsistance leve. De


nombreuses recherches sont donc actuellement en cours afin de trouver le moyen de contrer
cette antibiorsistance dveloppe par les biofilms. Une hypothse tant que lon nadministre
pas les antibiotiques une dose suffisante pour liminer le biofilm, certains chercheurs
cherchent dterminer les concentrations dantibiotiques quil faudrait pour radiquer un
biofilm.

La sensibilit aux antibiotiques nest pas la mme pour une bactrie donne, selon
son mode de vie, planctonique ou en biofilm. La sensibilit dune bactrie un antibiotique
est mesure selon des techniques standardises dfinies par le National Committee for
Clinical Laboratory Standards (NCCLS). La sensibilit des bactries planctoniques
relargues par le biofilm, est value par la Concentration Minimale Inhibitrice du Biofilm
ou CMIB21, de la mme manire que la sensibilit aux antibiotiques de bactries

21
En anglais: BMIC pour Biofilm Minimal Inhibitory Concentration

83
planctoniques est value par la Concentration Minimale Inhibitrice ou CMI. La sensibilit
aux antibiotiques des bactries du biofilm est value par la Concentration Minimale
dEradication du Biofilm ou CMEB22. La valeur de la CMEB renseigne sur la sensibilit
des bactries du biofilm un antibiotique donn (Conley, 2003). Le but des recherches est
de trouver des moyens pour lutter contre lantibiorsistance des biofilms en dterminant leur
CMEB.

Compte-tenu de la pharmacodynamie de lantibiotique et des profils


dantibiorsistance diffrents selon le type de biofilms rencontrs, lefficacit dun traitement
nest donc jamais vritablement prvisible. Lantibiothrapie est souvent inefficace et se
solde la plupart du temps par un chec. Mais parfois, il ny a pas dautre solution
envisageable

Une antibiothrapie long terme peut tre efficace chez des patients atteints
dinfections associes la prsence dune prothse intravasculaire (Utili, 2007). Ce traitement
ne prsente en aucun cas une alternative au traitement chirugical (retrait de la prothse) si
ce dernier est possible ; mais cest la meilleure solution pour les patients ne pouvant subir
nouveau une intervention chirugicale (snilit, maladies intercurrentes, risques per opratoires
et post-opratoires, ou refus de la part du patient de subir lintervention). Les agents anti-
microbiens doivent tre administrs par voie intraveineuse la dose maximale tolre par le
patient, pendant une dure minimum initiale de 4 6 semaines. Lorsque la phase aigu de
linfection est jugule, on continue lantibiothrapie par voie orale. On ne connat pas la dure
totale conseille du traitement (Utili, 2007).

Lutilisation de nouveaux agents antibactriens permettrait de lutter contre


linfection chez les patients inoprables pendant une longue dure et de lradiquer. Ces
nouveaux agents antibactriens et antifongiques ont une activit bactricide rapide, et/ou un
large spectre. On peut citer : la daptomycine, la caspofungine (activit bactricide rapide) ou
encore la tigecycline (large spectre). Cependant, les donnes concernant lefficacit et
linnocuit de ces mdicaments sont loin dtre compltes (Utili, 2007).

22
En anglais: MBEC pour Minimal Biofilm Eradication Concentration

84
7.2.2. Les nouvelles technologies au service de la lutte contre les biofilms

Utilisation de bactriophages.

Des bactriophages peuvent tre instills localement au niveau des cathters afin
dradiquer les biofilms prsents (Donlan, 2008). Lactivit de phages T4 rduit de faon
notable les biofilms dEscherichia coli dans des modlisations in vitro (Doolittle, 1995). On
nobserve pas de diminution de la sensibilit aux phages avec lge du biofilm (Donlan,
2008).

Elimination cible dune espce microbienne au sein du biofilm.

Cette mthode dradication des biofilms consiste dstabiliser lcosystme du


biofilm en dsorganisant totalement sa structure intime, par llimination cible dune espce
bactrienne, que lon aura choisi au pralable (Bury-Mon, 2007).

Ultrasons et potentialisation de laction des antibiotiques.

Il existe une synergie entre antibiotiques (comme par exemple la gentamicine) et


ultrasons qui permet par exemple dliminer des bactries Gram-ngatives planctoniques ou
sous forme de biofilms. On parle deffet bio-accoustique ou deffet bio-lectrique. Le
mcanisme de cette synergie est mal connu, on peut penser quil rsulte dune perturbation de
lorganisation membranaire de bactries permettant ainsi une meilleure diffusion de
lantibiotique au sein du biofilm (Donlan, 2008).
Laction synergique des ultrasons et de la gentamicine dans la rduction de
biofilms dEscherichia coli a t mise en vidence sur des modles animaux (Carmen, 2005).
Les rsultats de ltude montrent de faon trs significative que lassociation dultrasons et de
gentamicine est plus efficace que ladministration de gentamicine seule dans le traitement
contre les biofilms.

Utilisation denzymes dgradant les exopolysaccharides de la matrice.

Lutilisation denzymes dgradant des polysaccharides de la matrice et dsorganisant


totalement larchitecture du biofilm, pour enfin aboutir sa destruction, peut fournir des pistes
de recherche pour lradication des biofilms (Donlan, 2008). Prenons lexemple des biofilms

85
de Pseudomonas aeruginosa. Ces derniers produisent un exopolysaccharide, lalginate, aux
proprits intressantes : il retarde la diffusion des aminosides au sein du biofilm et inhibe
leur activit anti-microbienne. Si on ajoute au milieu une enzyme dgradant lalginate,
lalginate lyase, on augmente le pouvoir de pntration et lactivit anti-microbienne de
lantibiotique (gentamicine, tobramicine) dans le biofilm (Donlan, 2008).

Recherche de nouvelles thrapies anti-microbiennes.

Le challenge est de dvelopper de nouveaux traitements et de nouveaux moyens lutte


contre la tolrance des bactries aux antibiotiques (Lewis, 2008).
La thrapie combine consiste utiliser diffrents composs afin de potentialiser
leurs effets. Certains composs comme les macrolides peuvent dtruire la matrice
dexopolysaccharides du biofilm et favoriser la diffusion dautres agents anti-microbiens
associs au sein du biofilm (Donlan, 2008). Lutilisation dantibiotiques sous forme retard,
ingrs sous forme inactive puis activs au sein de la cellule bactrienne, est une stratgie en
cours dtude (Lewis, 2008). Lidal pour limiter la formation de biofilm serait dutiliser du
matriel mdical et des implants mdicaux avec une surface strile ou recouverte dagents
anti-microbiens (Lewis, 2008).

Les biofilms de bactries Gram-positives et Gram-ngatives peuvent tre radiqus


lorsquils sont exposs pendant une longue dure de fortes concentrations dagents anti-
microbiens. Cest le principe de la thrapie anti-microbienne de verrouillage.
Le principe de la thrapie anti-microbienne de verrouillage (ALT pour Anti-microbial
Lock Technique) est dinstiller in situ le cathter colonis par les micro-organismes avec de
trs fortes doses dagents anti-microbiens pendant une dure suffisante, afin dradiquer
le biofilm, c'est--dire denlever toutes les cellules microbiennes fixes la surface (Donlan,
2008). Le volume dagent anti-microbien doit remplir la lumire du cathter mais ne doit pas
se disperser dans la circulation sanguine gnrale (Donlan, 2008).
Lutilisation dune antibiothrapie systmique en plus de lALT na aucun effet sur
lALT. En revanche, la combinaison de diffrents agents anti-microbiens pour la technique
dALT se rvle plus efficace (Messing, 1988). On rejoint ici le principe de la thrapie
combine, expose prcdemment. Les agents utiliss sont actifs contre le type de bactries
que lon cherche dtruire. Les agents efficaces contre les bactries Gram-positives sont : la
nafcilline (rsistant aux -lactamases), la rifampine, la ciprofloxacine, la vancomycine, la

86
teicoplanine, le linezolid (Donlan, 2008). Les agents efficaces contre les bactries Gram-
ngatives sont la plupart des antibiotiques de la famille des aminosides, dont la gentamicine
(Donlan, 2008).
La sensibilit dun biofilm des agents anti-microbiens est fortement influence par
lge du biofilm. La sensibilit certains antibiotiques (cephalothine, clindamycine,
rythromycine, vancomycine et teicoplanine) diminue de faon significative avec lge du
biofilm (Monzon, 2002). Par contre, lactivit de certains antibiotiques comme la rifampine
ou la ttracycline est trs peu ou pas affecte. Les quantits croissantes dexopolysaccharides
produites par le biofilm vieillissant crent des gradients de nutriments et doxygne : la
consquence principale est le ralentissement de la croissance des cellules et de leur
mtabolisme, les rendant moins sensibles lattaque des agents anti-microbiens.
La plupart des tudes ralises sur lefficacit de la thrapie anti-microbienne de
verrouillage sur les infections systmiques lies la prsence dun cathter montre que
linfection peut tre jugule au bout de 14 jours de traitement. Mais les tudes de cas ne
fournissent pas dlments suffisants pour affirmer que lALT permet dradiquer les biofilms
responsables (Donlan, 2008).
Lutilisation dagents anti-microbiens fortes concentrations peut tre toxique pour le
patient si la dose est administre accidentellement dans le flux sanguin systmique. Les
principaux risques de lALT, surtout dans les structures mdicalises et les hpitaux, sont le
dveloppement de souches rsistantes et la slection de mutants rsistants.
Dautres molcules peuvent tre administres au patient, suivant le mme principe que
lALT. On peut citer lEDTA (acide thylne diamine ttra- actique) qui a des proprits
antibactriennes et antifongiques. LEDTA est capable de dstabiliser la structure dun
biofilm (Donlan, 2008).

87
8. PROPOSITION DE VOIES DE RECHERCHE SUR LA
PROBLEMATIQUE DES BIOFILMS EN DERMATOLOGIE

Les biofilms prsents la surface de la peau de lHomme et de lanimal jouent un rle


important dans de nombreux phnomnes : cicatrisation, homostasie, apparition et
perptuation de diverses dermatoses
Trs peu dtudes ont t ralises ce sujet. Ne disposant donc que de peu de
donnes, nous nous proposons principalement dans ce travail didentifier certains axes de
recherche possibles, visant identifier les caractristiques des biofilms cutans. A terme, les
applications envisageables incluent la prescription raisonne et cohrente de topiques, la
modification des biofilms prsents afin que leurs caractristiques redeviennent favorables
lcosystme cutan.
Dans un premier temps, nous verrons dans quelle mesure la peau joue le rle dune
vritable interface entre lorganisme et le milieu extrieur, par sa structure originale et par les
fonctions quelle remplit. Puis nous traiterons de la problmatique des biofilms prsents la
surface de la peau et de leur implication dans certaines dermatoses. Enfin, nous proposerons
des suggestions applicables lors dune dmarche de prescription raisonne de topiques
dermatologiques dans le cadre du traitement de dermatoses humaines et animales.

8.1. La peau, interface entre lorganisme et le milieu extrieur

La peau est linterface entre le milieu intrieur et lenvironnement. Elle reprsente


chez lHomme et lanimal lorgane le plus important en poids (12% du poids dun animal
adulte) mais aussi, aprs la surface totale des alvoles pulmonaires, lorgane le plus tal en
contact avec le milieu extrieur (Scott, 2001). Elle reprsente la surface dun court de tennis.
Il sagit la fois dun organe de protection mcanique, biologique et physique vis--vis des
agressions extrieures, mais galement dun organe rcepteur et producteur de divers
mtabolites. La sueur et le sbum produits par la peau, ainsi que la dsquamation, protgent
lorganisme de linvasion de micro-organismes en rgulant lcosystme cutan. Finalement,
la peau est un vritable organe dchanges et de communication. Nous allons tout dabord
prsenter de faon dtaille lorganisation structurale de la peau.

88
8.1.1. Structure de la peau

La peau est une structure htrogne, compose de trois couches superposes :


lhypoderme, le derme et lpiderme (Figure 9).

Figure 9 : Structure gnrale de la peau chez lHomme.

Daprs (Martini, 2006)

Chez le chien, la peau est plus paisse sur le chanfrein, la partie suprieure du cou, le
dos, la croupe et la base de la queue. La peau est particulirement fine sur le scrotum, les
oreilles, au niveau des creux axillaire et inguinaux ainsi quen priphrie de lanus.
Lpaisseur moyenne de la peau chez le chien oscille entre 0,5 et 5 mm (Mialot, 1993).

89
8.1.1.1. Lpiderme

Lpiderme constitue la partie la plus superficielle de la peau, et a une paisseur


moyenne de 100 m chez lHomme. Il est constitu de trois populations cellulaires
principales : les kratinocytes, les mlanocytes et les cellules de Langerhans (cellules
prsentatrices dantignes, responsables de limmunit cutane).
Lpiderme est trs mince chez le chien : 0,1 0,5 mm dpaisseur (Llyod, 1982). Son
paisseur reste sensiblement identique dun territoire cutan un autre, sauf dans des zones
trs spcialises comme la truffe ou les coussinets, o il est particulirement pais, jusqu 1,5
mm (Scott, 2001).

8.1.1.1.1. Organisation structurale de lpiderme

Lpiderme est constitu 95% de kratinocytes, disposs en diffrentes couches


superposes. Ces kratinocytes sont produits en permanence partir de la couche basale et
migrent verticalement de la couche basale vers la couche corne. Cette migration
kratinocytaire est accompagne dune diffrenciation cellulaire : lassociation simultane
de ces deux phnomnes est appelle kratinisation. On identifie quatre couches cellulaires
superposes (Figure 10).

90
Figure 10 : Organisation structurale de lpiderme

Daprs (Martini, 2006)

 La couche basale ou couche germinative : stratum germinativum

La couche basale est constitue par une assise simple de cellules dont 10% sont des
cellules souches, 50% sont en mitose et 40% sont en voie de diffrenciation kratinocytaire et
migreront dans la couche suprieure. Cest donc le lieu du renouvellement des kratinocytes.

 La couche pineuse : stratum spinosum

La couche pineuse est constitue de plusieurs assises de kratinocytes. Relies entre


elles par des desmosomes en nombre important, la dshydratation qui est effectue lors de la
fixation en vue de lexamen histologique provoque une rtraction cellulaire qui pargne les

91
sites de jonction interkratinocytaire. Laspect toil qui en rsulte a donn le nom de couche
pineuse . On trouve des granules lamellaires contenant des lipides (cramides, cholestrol,
acides gras) et des enzymes (protases, lipases, glycosidases..) dans le cytoplasme des
kratinocytes.

Chez le chien, la couche granuleuse est dpaisseur variable selon les rgions. De une
deux couches cellulaires dans les zones pileuses, elle peut tre constitue de plus de 20
couches au niveau de la truffe, des coussinets plantaires et des jonctions cutano-muqueuses
(Olivry, 1993).

 La couche granuleuse : stratum granulosum

La couche granuleuse est constitue de plusieurs assises cellulaires, qui sont le sige
dune kratinisation abondante. On trouve au sein des cellules de cette couche des organites
particuliers notamment des grains de kratohyaline (contenant de la profilaggrine) et des
corps dOdland (organites lipidiques librant les lipides du ciment intercellulaire du stratum
corneum lors du stade terminal de kratinisation).

Chez le chien, la couche granuleuse est plus dveloppe au niveau des coussinets
plantaires (quinze assises de cellules) et de la truffe (trois quatre assises cellulaires). En
revanche, on nobserve en gnral pas de couche granuleuse dans les rgions mandibulaire,
maxillaire, temporale, crniale ou en face externe des pavillons auriculaires (Mialot, 1993).

 La couche corne : stratum corneum

Il sagit de la couche la plus superficielle de lpiderme. Son paisseur totale est de 10


m chez lHomme. Chez le chien, son paisseur est comprise entre 5 et 1500 m (Scott,
2001). La couche corne est plus fine dans les territoires cutans glabres ou faiblement
pileux ; elle est plus paisse au niveau de la truffe et des coussinets plantaires (Tizon, 2006).
La couche corne est constitue de trois couches diffrentes, de la plus profonde la
plus superficielle :
Stratum lucidum : couche prsente uniquement au niveau de la paume
des mains et de la plante des pieds chez lHomme, et au niveau de la
truffe et des coussinets chez le chien,

92
Stratum compactum : couche corne proprement parler,

Stratum disjonctum : couche la plus externe, qui se dsquame.

Les kratinocytes retrouvs dans la couche corne ont achev leur processus de
kratinisation et atteint le stade ultime de diffrenciation cellulaire : ils sont devenus des
cornocytes. Il sagit de cellules mortes, aplaties, anucles et composes presque
exclusivement de kratine. On trouve dans leur cytoplasme de nombreuses enzymes
intervenant dans des phnomnes de mtabolisation, et des substances permettant la fixation
de leau et donc le maintien de lhydratation cutane. Ces cornocytes sont relis entre eux
par des cornodesmosomes.
Lagencement des cornocytes au sein du stratum corneum est trs schmatique : on
peut en effet le comparer un mur de briques (Figure 12) (Baumann, 2002 a ; Martini, 2006).
Les cornocytes reprsentent les briques. Le ciment qui les unit est constitu en partie par
des lipides, notamment des acides gras poly-insaturs (25%), du cholestrol (20%) et des
cramides (plus de 40%), daprs (Baumann, 2002 b). Ces lipides proviennent soit des
granules lamellaires des kratinocytes soit des glandes sbaces. La plupart de ces lipides sont
amphiphiles. On trouve aussi dans le liant unissant les cornocytes du stratum corneum des
acides amins et des mtabolites, issus de la dgradation de la filaggrine, qui forment le
Facteur Naturel dHydratation (FNH)23. Cette association en mur de briques empche
la pntration de substances exognes et limite les pertes en eau : on parle d effet barrire
du stratum corneum. La comparaison sarrte l puisque la cohsion nest pas lie cette
organisation mais la prsence de nombreux cornodesmosomes.

23
En anglais : NMF pour Natural Moisturizing Factor.

93
Figure 11: Organisation structurale du stratum corneum : le modle
mur de briques

Daprs (Baumann L, 2002 a)

Dans la structure en murs de brique de lpiderme, les cornocytes reprsentent les briques. Les
lipides (cramides, cholestrol et acides gras poly-insaturs) et le Facteur Naturel dHydratation (NMF pour
Natural Moisturizing Factor) reprsentent le ciment intercellulaire et assure, avec les cornodesmosomes, la
cohsion entre les cornocytes.

Les cornocytes superficiels se dtachent rgulirement de la surface cutane au cours


du processus physiologique de dsquamation, phase ultime du renouvellement
permanent de lpiderme ou turn-over pidermique . Sa dure moyenne est de 26 42
jours chez lHomme, soit environ un mois (Arnold, 1990). Le temps de renouvellement
cellulaire de lpiderme chez le chien est de 22 jours en moyenne. Il est peut tre de 15 jours
si le chien a t tondu (Baker, 1973).

94
8.1.1.1.2. Importance du stratum corneum : l effet barrire

Le stratum corneum est linterface entre lorganisme et lenvironnement extrieur. Il


joue un rle important vis--vis des agressions extrieures et est responsable du maintien de
lhydratation de la peau : on parle d effet barrire (Haftek, 2001) :

 Impermabilit relative leau, par la contention des liquides physiologiques et


linhibition de la pntration transcutane de substances hydrophiles,

 Rsistance linvasion de bactries pathognes, grce lacidit cutane


rgule par les scrtions sbaces et les produits de dgradation de la filaggrine
chez lHomme et, dans une moindre mesure chez le chien (cf page 96),

 Rsistance aux agressions physiques et chimiques,

 Filtration efficace des rayons ultra-violets,

 Maintien du pH cutan.

Leffet barrire ncessite lintgrit du stratum corneum pour se manifester. Ce sont le


FNH et le film hydro-lipidique de la couche corne qui sont les acteurs principaux de cet effet
barrire. Le FNH permet de fixer leau au sein de lpiderme et prserver lenvironnement
aqueux adquat pour le fonctionnement enzymatique. Les lipides du stratum corneum
empchent la perte deau transcutane et linvasion de la peau par des bactries pathognes.
Une altration du ratio des lipides prsents au niveau du stratum corneum et/ou une dficience
en FNH entranent une altration svre de la fonction barrire, ayant pour consquences des
troubles cutans graves (ichtyose par exemple, dans le cas de la dermatite atopique)
(Humbert, 2003).

Le marqueur de laltration de la fonction barrire de lpiderme est laugmentation


de la perte insensible en eau transcutane, appelle aussi TEWL24 (Baumann, 2006 a ;
Humbert, 2003).

24
TEWL signifie TransEpidermal Water Loss.

95
8.1.1.2. Le derme

Le derme a une paisseur de 500 m 1 mm chez lHomme et de 0,77 mm en


moyenne chez le chien (Martini, 2006 ; Mialot, 1993). Il est compos de fibroblastes, qui
synthtisent du collagne, de llastine et des protoglycanes. Ces derniers ont un fort
pouvoir de rtention deau, et constituent un vritable gel. On retrouve aussi dans le derme
des cellules migratrices, des macrophages, des lymphocytes et des granulocytes osinophiles.

Le derme est lorigine des proprits mcaniques de la peau et sert de rservoir


deau par lintermdiaire du gel de protoglycanes (Martini, 2006).

8.1.1.3. Lhypoderme

Lhypoderme est la couche cutane la plus profonde. Il ny a pas de solution de


continuit derme-hypoderme : on observe seulement un changement progressif dans la nature
du tissu conjonctif. Il sagit dun tissu conjonctif lche, contenant du collagne, un gel de
protoglycanes et surtout des adipocytes (Martini, 2006). Dans certains endroits du corps, la
peau est immdiatement accole au muscle ou au cartilage et lhypoderme est peu pais voire
virtuel.

8.1.2. Proprits et caractristiques physico-chimiques de la peau

Le pH physiologique de la peau est acide. Lacidit cutane ne fournit pas un milieu


propice la colonisation bactrienne et fongique. Cependant, la peau saine est le sige dune
colonisation permanente de micro-organismes sous forme de biofilms : il sagit de la flore
cutane rsidente. Cette dernire a un rle bnfique et protecteur vis--vis des
contaminations par des micro-organismes pathognes.

8.1.2.1. Le pH cutan

Alors que le pH du derme est voisin de 7, il devient acide au niveau du stratum


corneum. Les valeurs du pH cutan se situent gnralement entre 4 et 7, avec une valeur
moyenne de 5.5 chez lHomme. Le pH cutan de lhomme est plus acide que celui des autres
mammifres (Matousek, 2002). Chez le chien, le pH cutan est lgrement plus alcalin que
chez lHomme : il varie entre 5.5 et 7.5 (Sers, 1984 ; Tizon, 2006 ; Matousek, 2002).

96
Lacidit cutane provient des produits de la dgradation de la filaggrine, contenue
dans les kratinocytes : acide urocanique, acide pyrrolidone carboxylique et acide lactique.
Lacidit cutane est une caractristique primordiale dune peau saine : elle empche la
colonisation par des micro-organismes pathognes, ainsi que loxydation de la couche corne.
(Masako, 2005). Une altration de la couche corne entrane une lvation du pH: en effet,
presque toutes les dermatoses sont accompagnes dune alcalinisation de la peau (Matousek,
2002 ; Tizon, 2006 ; Martini, 2006).
Les valeurs du pH cutan varient en fonction des individus, de lge, du sexe et de la
rgion anatomique concerne. Chez lHomme, la peau est plus alcaline chez les femmes et
chez les personnes ges (Martini, 2006). Chez le chien, les rgions du dos et du cou ont des
pH avec des valeurs moyennes de 6 alors que le pH de la rgion auriculaire a une valeur
moyenne de 5 (Tizon, 2006). Chez le chien, le pH cutan varie avec la race, lge et le stress
(Matousek, 2002 ; Tizon, 2006). Par exemple, le Labrador a un pH cutan de 7,13 alors que le
Schnauzer nain, le Springer spaniel et le Yorkshire terrier ont respectivement un pH cutan de
7,25, 6, 65 et 7,71 (Matousek, 2002). Les mles ont un pH cutan plus lev que les femelles ;
et les femelles strilises ont un pH cutan plus lev que les femelles non strilises
(Matousek, 2002). Le pH cutan dun mme animal dcroit avec le temps, linverse de
lhomme (Meyer, 1991). Enfin, le stress pourrait gnrer une augmentation du pH cutan
denviron une unit en moins dune minute (Meyer, 1991 ; Matousek, 2002). Les valeurs
relativement alcalines du pH cutan du chien peuvent expliquer le fait que lon rencontre plus
frquemment des dermatoses chez le chien que chez les autres mammifres, et lhomme en
particulier, puisque cest en partie lacidit cutane qui protge de linvasion de micro-
organismes (Matousek, 2002).

Chez lHomme, le pH cutan est rgul par lexcrtion sudorale de composs


chimiques acides comme lacide lactique, lacide undcylnique et lacide urocanique. La
peau possde un pouvoir tampon efficace. Les scrtions sbaces protgent la peau vis--
vis des micro-organismes pathognes grce leur acidit (Matousek, 2002 ; Martini, 2006).

Les biofilms bactriens se forment de faon optimale dans un milieu dont le pH est
proche de la neutralit (Martinez, 2007). Or, lacidit cutane ne fournit pas un milieu propice
une prolifration bactrienne. Cependant, certaines bactries peuvent former des biofilms
dans des conditions de pH plus acides. En effet, on trouve de faon physiologique des
communauts bactriennes la surface de la peau : il sagit de la flore commensale cutane.
Lalcalinisation de la peau frquemment rencontre lors de dermatoses favorise la

97
colonisation bactrienne, la formation de nouveaux biofilms et par consquent le
dveloppement de surinfections bactriennes, ce qui aggrave la dermatose dj existante
(Matousek, 2002).

8.1.2.2. Le film hydrolipidique

8.1.2.2.1. Composition

La surface cutane est hydrophobe (Humbert, 2003). Elle est recouverte dun film
hydrolipidique, qui est le rsultat dune mulsion sbum-sueur. La phase lipidique est
compose de sbum excrt par les glandes sbaces et de lipides produits par les
kratinocytes. La phase aqueuse a pour origines la sueur et leau provenant de la perte
insensible en eau transcutane (TEWL). Le sbum stale sur la phase aqueuse, formant un
film, comparable au film oculaire (Humbert, 2003).

Le film lipidique se trouve au niveau du stratum corneum et participe l effet


barrire en maintenant une valeur constante le pH acide cutan et en empchant la
contamination cutane par des bactries pathognes. Il est compos dacides gras poly-
insaturs (25%), de cholestrol (20%) et de plus de 40% de cramides (Figure 12) (Baumann,
2002 a). Les lipides de la couche corne sont des lments primordiaux, permettant la
cohsion entre les cornocytes, dans le modle en mur de briques (Haftek, 2003).

98
Figure 12: Formules chimiques de quelques cramides prsents au
niveau du stratum corneum.

Daprs (Baumann, 2002 a)

Cette figure prsente les formules chimiques de quelques cramides retrouvs au niveau du stratum
corneum.

Le film hydrolipidique cutan est limin facilement par des solvants organiques et
dtergents (Martini, 2006).

99
La composition du film hydro-lipidique varie sous linfluence de nombreux
facteurs. Chez le chien, elle est influence par la race (Tizon, 2006). En effet, le nombre de
glandes sbaces nest pas constant dun animal un autre. Certaines races de chiens, comme
les races poils courts et durs possdent un nombre de glandes sbaces beaucoup plus
leves que les autres (Mialot, 1993). Lge de lindividu a aussi une influence sur la
composition en lipides du stratum corneum. Le stress oxydant est le principal responsable des
processus de dgradation cellulaire lis lge : les radicaux libres produits vont initier des
ractions en chane, aboutissant la rupture de liaisons carbone-carbone ou carbone-
hydrogne des biomolcules constituants le film lipidique. On parle de vieillissement cutan
(Popa, 2007). Certaines dermatoses, comme la dermatite atopique, sont caractrises par la
modification de la composition du film lipidique de la couche corne. Dans le cas de la
dermatite atopique, on constate un dficit en acide arachidonique, en cramides et en acides
gras omga-6 longue chane (Humbert, 2003).

Toute anomalie quantitative ou qualitative des lipides de la couche corne de


lpiderme entrane une augmentation de la perte insensible en eau, marqueur fidle de
laltration de la fonction barrire (Humbert, 2003).

8.1.2.2.2. Rles

Les lipides cutans jouent un rle dans les inflammations cutanes. Les
phospholipides cutans sont hydrolyss par la phospholipase A2 prsente dans lpiderme et
gnrent de lacide arachidonique, prcurseur de molcules pro-inflammatoires comme les
prostaglandines et les leucotrines. Les phospholipases A2 jouent un rle central dans la
physiopathologie cutane ; une drgulation de leur taux dexpression conduit des
pathologies inflammatoires cutanes comme le psoriasis, lacn, la dermatite atopique,
lrythme d aux rayons ultra-violets, leczma (Maury, 2003)

Les lipides cutans ont une action bactriostatique. Le dgraissage cutan dune zone
prcise de la peau entrane une croissance bactrienne augmente par rapport une peau
normale, intacte (Aly, 1972). Les lipides cutans ont la capacit dinhiber la croissance, in
vitro et in vivo, de certaines bactries Gram-positives comme Staphylococcus aureus,
Staphylococcus epidermidis, Propionibacterium acnes, Corynebacterium spp et de levures
comme Candida albicans. Ces proprits bactriostatiques sont qualitativement diffrentes

100
selon le sbum de lindividu considr, et selon son ge. Elles sexercent lorsque la
population microbienne cutane rsidente est faible (Basta, 1980).

8.1.2.3. La flore cutane

8.1.2.3.1. Composition et physiologie de la flore cutane

La peau dun individu sain possde une flore bactrienne rsidente bnfique, dont les
micro-organismes sont organiss sous forme de biofilms. Elle permet dempcher la
colonisation de la peau par des bactries pathognes.
La peau est colonise ds la naissance par des micro-organismes, dont le nombre et la
nature varient en fonction de lge de lindividu et de la rgion anatomique concerne
(Martini, 2006). Aucune zone de la peau na une flore reprsentative de la totalit de la flore
cutane (Marples, 1969). Chez lHomme les zones les plus riches en micro-organismes sont,
respectivement, par ordre dcroissant : la main, le cuir chevelu, lars, le front, les membres et
le dos (Martini, 2006). On distingue une flore cutane bactrienne et fongique. On
sintressera dans la suite de lexpos uniquement la flore cutane bactrienne.
La flore cutane bactrienne du jeune enfant est constitue des micro-organismes
suivants : Streptococcus albus, Streptococcus aureus, Escherichia coli, streptocoques et
corynebactries. A ladolescence, la flore senrichit en coques (Martini, 2006).
La flore cutane bactrienne de ladulte est, quant elle, compose essentiellement
de bactries Gram positives, appartenant trois genres principaux (Martini, 2006), (Chiller,
2001) :
 Genre Staphylococcus : Staphyloccocus epidermis, Staphylococcus aureus
(portage asymptomatique dans les cavits nasales chez lHomme, dans 20% des
cas, (Iwatsuki, 2006)), Staphyloccocus hominis. Staphyloccocus epidermidis est le
micro-organisme le plus abondamment reprsent au sein de la flore commensale
cutane (Masako, 2005),

 Genre Corynebacterium,

 Genre Propionibacterium : Propionibacterium acnes, Propionibacterium


granulosum, Propionibacterium avidum.

On trouve aussi des bactries du genre Lactobacillus (Nielsen, 1975).

101
La flore cutane fongique est moindre par rapport la flore cutane bactrienne. Une
augmentation du nombre de champignons saprophytes peut tre lorigine de mycoses, lors
de la modification de certains paramtres cutans comme lhumidit ou le pH. Les principaux
micro-organismes fongiques rencontrs sont Malassezia furfur et Candida albicans (Martini,
2006).
La microflore cutane utilise le sbum prsent la surface de la peau comme nutriment.
Il y a une vritable symbiose entre microflore cutane et peau (Masako, 2005).
La microflore cutane peut tre limine par diffrents procds. Lutilisation de
chlorhexidine entrane une rduction significative de la croissance de la flore cutane arobie
et anarobie superficielle et profonde (Nielsen, 1975).

8.1.2.3.2. Rles de la microflore cutane

Les micro-organismes de la flore cutane protgent la peau de lhte de linvasion de


bactries pathognes, de faon directe et indirecte (Chiller, 2001).

On peut citer comme mcanismes de protection directe :

 la production de bactriocines25 ou de mtabolites toxiques,

 des mcanismes de comptition pour les phnomnes dadhrence et dadhsion la


surface de la peau dans le cadre de la formation de biofilms.
Par exemple, Staphylococcus epidermidis, qui fait partie de la flore cutane rsidente
de lHomme, peut empcher Staphyloccocus aureus de se fixer la surface de la peau
et de former un biofilm, en se liant de faon comptitive aux rcepteurs des
kratinocytes. Staphylococcus epidermidis inhibe donc de faon comptitive lune des
premires phases de formation de biofilm de Staphyloccocus aureus : ladhrence au
support, ici, la peau (Bibel, 1983).

 Des mcanismes dinhibition de la croissance des micro-organismes pathognes. Par


exemple, la production dacides gras issus de la lipolyse ralise par
Propionibacterium acnes acidifie le milieu cutan et inhibe de ce fait la croissance de
Streptococcus pyogenes (Hentges, 1993).

25
Les bactriocines sont des polypeptides dorigine bactrienne, dots de proprits bactricides et
bactriostatiques, actifs sur la membrane des bactries Gram- positives

102
Les mcanismes de protection indirecte de linvasion de bactries pathognes par les
micro-organismes de la flore cutane sont la stimulation de la phagocytose et de la
production danticorps et de cytokines (Chiller, 2001).

La flore cutane participe la dfense de la peau. Seule une prolifration excessive


des micro-organismes saprophytes peut engendrer des troubles cutans. Des mesures
dhygine sont donc indispensables mais ne doivent pas, par leur frquence et leur qualit,
rompre lquilibre du milieu cutan.
La flore cutane rsidente participe au maintien de la fonction barrire de
lpiderme, par la production denzymes, des cramidases par exemple, intervenant dans des
ractions mtaboliques impliquant les lipides de la couche corne (Humbert, 2003).
La flore cutane rsidente, organise sous forme de biofilms, a une prsence bnfique
pour lhte, puisquelle le prserve de linvasion et de la colonisation de bactries
pathognes. Toute modification de lquilibre de la flore bactrienne, autrement dit toute
rupture de lhomostasie bactrienne, entrane des troubles cutans et est lorigine de
dermatoses.

8.2. Biofilms et peau

Comme nous lavons dj vu, la formation de biofilms est influence par le type de
support. De faon gnrale, la rugosit, lhydrophobicit dune surface et la prsence
pralable de films protiques influencent lattachement des micro-organismes cette surface
et favorisent la formation dun biofilm. Les biofilms se fixent plus facilement sur des surfaces
recouvertes de protines ou de glucides que sur des surfaces recouvertes de lipides. En
dermatologie, la couche corne constitue un mauvais support pour la formation de biofilms,
par la prsence de lipides et le renouvellement permanent des cornocytes (dsquamation).
Lors dhyperkratose, la couche corne devient plus paisse et plus rugueuse, ce qui favorise
davantage la formation de biofilms. Le collagne prsent dans le derme et les rosions et
ulcres prsents la surface de la peau offrent un substrat protique aux micro-organismes et
constituent donc un bon support pour la formation de biofilms. De mme, la kratine du poil
offre un support idal pour la formation de biofilms, ce qui peut expliquer les ractions
inflammatoires dclenches par la prsence de corps trangers endognes dans le derme, en
particulier lors de poil incarn.

103
Ainsi, la peau constitue un environnement peu propice la colonisation
bactrienne. La prsence dune colonisation bactrienne permanente la surface de la peau
sexplique par la capacit des bactries adhrer la couche corne de lpiderme et crotre
dans un milieu sec et relativement acide. Ces bactries sont aussi capables de se fixer
nouveau la peau, lors du phnomne physiologique de la dsquamation (Feingold, 1986).
Les biofilms prsents la surface dune peau saine sont constitus de micro-
organismes faisant partie de la flore commensale cutane. Lhomostasie bactrienne la
surface de la peau est garante dune peau saine, sans dsordres cutans. Toute rupture
de lhomostasie bactrienne cutane est lorigine de troubles cutans et de lapparition
de dermatoses. Ces dermatoses sont gnralement trs difficiles traiter. Si les micro-
organismes responsables de la dermatose font normalement partie de la flore commensale
cutane, cest un drglement aboutissant leur multiplication qui explique les troubles
cutans (Burkhart, 2003).

Les rsultats de mise en culture de prlvements de flore cutane chez lHomme ou


chez lanimal sains mettent en vidence diffrents micro-organismes. Inversement, lors de
dermatose, les rsultats de mise en culture des prlvements mettent en gnral en vidence la
prsence dun seul micro-organisme responsable des troubles cutans observs. Le mode de
comportement prdominant des micro-organismes tant le mode de vie en biofilm, et la
plupart tant htrognes, on peut penser que la flore cutane est compose de biofilms
htrognes et que les dermatoses sont causes par des biofilms homognes. En effet,
chaque dermatose est caractrise par un micro-organisme donn. Par exemple, des biofilms
de Staphylococcus aureus sont responsables de dermatite atopique sche, alors que des
biofilms de Propionibacterium acnes entraneront le dveloppement dacn.

Les biofilms prsents la surface de la peau jouent aussi un rle dans le processus de
cicatrisation.

104
8.2.1. Biofilms et cicatrisation. Exemple des plaies chroniques.

Les plaies chroniques sont dues la prsence de biofilms bactriens pathognes .


La charge bactrienne leve au niveau de la plaie rompt lhomostasie cutane et bloque le
processus de cicatrisation en phase inflammatoire. Les ulcres de dcubitus (escarres), les
ulcres veineux des jambes, et les ulcres du pied diabtique sont des exemples de
plaies chroniques. Les individus prdisposs au dveloppement de plaies chroniques sont les
personnes souffrant de diabte et de maladies cardio-vasculaires, comme les individus obses
par exemple (Bjarnsholt, 2008).

8.2.1.1. Pathognie

Les ulcres veineux des jambes sont dus un mauvais fonctionnement des clapets
anti- retour prsents dans les veines. Il en rsulte une hypertension veineuse dans la veine
saphne interne crurale, et par consquent une augmentation de la pression hydrostatique
dans les capillaires aboutissant la formation dun dme. Une pression veineuse suprieure
45 mm Hg conduit invitablement au dveloppement dun ulcre veineux. Le traitement de
lulcre veineux est la compression, qui permet souvent la cicatrisation de lulcre
(Bjarnsholt, 2008). De nombreuses bactries sont rencontres lors dulcres veineux des
jambes (Tableau 5).

Tableau 5: Bactries responsables dulcres veineux de jambes :

Daprs (Gjdsbl, 2006)

Bactries mises en cause Incidence (%)

Staphylococcus aureus 93,5

Enterococcus faecalis 71,7

Pseudomonas aeruginosa 52,2

Staphylocoque coagulase ngatif 45,7

Proteus spp 41,3

Bactries anarobies 39,1

105
Les ulcres du pied diabtique rsultent de troubles neuropathiques (perte de
sensibilit) et ischmiques (ncrose). Au moindre choc, une plaie peut se former. Les
escarres de dcubitus sont des lsions cutanes dorigine ischmique lies une
compression des tissus mous entre un plan dur et les saillies osseuses (paules, chevilles).
Le traitement des escarres passe par la pose de pansements, de matelas rembourrs et le
dplacement du patient.

8.2.1.2. Comment expliquer la chronicit de ces plaies ?

La cicatrisation dune plaie est un processus qui se droule en plusieurs phases :

 phase inflammatoire (phase essentiellement vasculaire),

 phase de dtersion (phagocytose intense, apparition de pus),

 phase de rparation (granulation, pithlialisation),

 phase de maturation (orientation des fibres de collagne).

Certains facteurs peuvent ralentir la cicatrisation : immunodpression (lie un cancer


par exemple), malnutrition, toxicomanie, alcoolisme, tabagisme
Les plaies chroniques sont figes dans la phase inflammatoire de la cicatrisation
(Bjarnsholt, 2008). Cette phase est caractrise par un afflux permanent de polynuclaires
neutrophiles, qui relarguent des enzymes cytotoxiques dans le milieu environnant et
conduisent des dommages des tissus avoisinants. Le membre infect est tumfi,
douloureux, oedmati et accompagn dune perte de fonction.
Cest la charge bactrienne importante qui est responsable du maintien de la plaie
dans la phase inflammatoire du processus de cicatrisation. La persistance bactrienne et
les moyens de dfense vis--vis des polynuclaires neutrophiles de lhte sont permis par le
mode de vie des bactries sous forme de biofilms (Bjarnsholt, 2008). Les mcanismes
lorigine de la formation de plaies chroniques sont rsums dans la figure 13.

106
Figure 13 : Mcanismes du maintien dune infection chronique au niveau dune plaie

Daprs (Bjarnsholt, 2008)

En (a), des bactries planctoniques et des polynuclaires neutrophiles affluent au niveau du site de la
plaie : il sagit de la phase inflammatoire de la cicatrisation. En (b), les bactries continuent daffluer et
colonisent la plaie. On est toujours en phase inflammatoire de la cicatrisation. Puis, en (c), les bactries
sorganisent en biofilms, synthtisent des facteurs de virulence et deviennent rsistantes aux composs anti-
microbiens et laction des polynuclaires neutrophiles. Les bactries persistent donc sur le site de la plaie sous
forme de biofilms et bloquent la cicatrisation dans sa phase inflammatoire.

Ainsi, la prsence de biofilms au niveau de certaines plaies engendre un maintien de


linflammation (afflux massif deffecteurs de la rponse immune, inefficace sur les biofilms)
et de linfection (charge bactrienne importante). Lapplication topique dions argent au
niveau de la plaie pourrait initier un processus de cicatrisation (Bjarnsholt, 2008).

Lhomostasie bactrienne cutane est aussi rompue lors de dermatoses, comme la


dermatite atopique ou lacn vulgaire par exemple.

107
8.2.2. Dermatite atopique et biofilms

8.2.2.1. La dermatite atopique sche : dfinition et traitements actuels

8.2.2.1.1. Etiopathognie de la dermatite atopique

La dermatite atopique sche est une maladie inflammatoire chronique spcifique


dantigne. Il sagit dune raction dhypersensibilit de type I, mdie par les IgE, et
caractrise par une infiltration cutane de cellules mononucles : les lymphocytes T (Bosset,
2000 ; Wolff, 2005).

La dermatite atopique dbute rarement lge adulte. Chez lHomme, elle se dclare
habituellement au cours de lenfance, 60% des cas tant des patients gs de moins dun an
(Wolff, 2005). Chez le chien, elle se dclare gnralement entre 1 et 3 ans. La dermatite
atopique est souvent associe des antcdents familiaux datopie, mme si le mode de
transmission de la maladie na pas encore t mis en vidence. Les critres pidmiologiques
pour la dermatite atopique chez le chien sont recenss en critres majeurs et mineurs, appels
critres de Willemse (Tableau 6) (Bensignor, 2005).

Les facteurs favorisant le dclenchement dune pousse de dermatite atopique sont les
aro-allergnes, les agents microbiens et certains aliments (poisson, uf, lait, cacahutes).

La dermatite atopique se caractrise chez lHomme par une xrose (scheresse


cutane), avec anomalies de la barrire cutane et par des troubles inflammatoires
polymorphes associant troubles vasomoteurs, lsions urticariennes et lsions deczema
aigu, subaigu ou chronique. Ces troubles inflammatoires sont lorigine dun prurit (Bosset,
2000 ; Wolff, 2005). Chez le chien, les signes cliniques de dermatite atopique peuvent tre
nombreux : prurit chronique rcidivant, dermatite chronique rcidivante, otites externes
chroniques, lichnification des plis de lars et de laine, hyperhydrose. On distingue de faon
caractristique une atteinte de la face (cheilite), des oreilles (otites externes), des pattes
(atteinte interdigite et lichnification du carpe) et de lars (Tableau 6).

108
Tableau 6 : Critres de diagnostic de la dermatite atopique chez le chien :
Critres de Willemse

Daprs (Bensignor, 2005 ; Reedy, 1997)

Critres majeurs (au moins trois) Critres mineurs (au moins trois)
Prurit Apparition avant lge de 3 ans
Atteinte de la face et/ou des membres Ractions positives aux IDR26 ou aux tests
srologiques spcifiques
Lichnification de la face dorsale du tarse ou Pyodermite superficielle staphylocoque
du carpe rcidivante
Dermite chronique ou chroniquement Dermatite Malassezia rcidivante
rcidivante

Prdisposition raciale (Shar Pei, West Otite externe rcidivante


Highland White Terrier, Boxer, Dalmatien, Conjonctivite bilatrale rcidivante
Berger Allemand) ou antcdents Erythme facial et cheilite
individuals ou familiaux datopie
Xrose et/ou hyperhydrose

Un chien est considr comme atopique si au moins trois critres majeurs et trois
critres mineurs sont prsents.

Une altration de la barrire cutane, entranant une dshydratation cutane


importante, aggraverait les lsions de dermatite atopique (Wolff, 2005).

26
IDR signifie Intra- Dermo Raction.

109
8.2.2.1.2. Traitements actuels de la dermatite atopique

8.2.2.1.2.1. Avantages et inconvnients des divers traitements

Les dermocorticodes sont le meilleur traitement actuel, condition de les utiliser


correctement et sous surveillance dun mdecin, afin de limiter au maximum les effets
secondaires indsirables. En cas dutilisation prolonge, ils peuvent tre lorigine dune
atrophie cutane (Wolff, 2005).

Des nouveaux topiques anti-inflammatoires non strodiens sont de bons candidats au


remplacement des dermocorticodes : il sagit du pimcrolimus et du tacrolimus. Ils ont une
action anti-prurigineuse et anti-inflammatoire, et contrairement aux dermocorticodes, ils
nentranent pas datrophie cutane (Wolff, 2005).

Les antihistaminiques nont pas defficacit dmontre contre la dermatite atopique.


Lemploi danti- IgE reste controvers (Bosset, 2000).

Enfin, la dsensibilisation spcifique par injection sous-cutane dallergnes purifis


en trs faibles quantits ne donne pas de rsultats satisfaisants pour le traitement de la
dermatite atopique. Limmunothrapie peptidique (blocage de la rponse des lymphocytes
T par des petits fragments peptidiques dallergnes) est, quant elle, une stratgie
thrapeutique envisageable (Bosset, 2000).

Des tudes suggrent que des vaccinations pourraient tre utiles dans le traitement de
latopie. Ces vaccinations induiraient une raction lymphocytaire de type TH1, qui
prviendrait le dveloppement ultrieur de latopie (Bosset, 2000).

8.2.2.1.2.2. Dmarche thrapeutique frquemment mise en place

Lalgorythme de traitement de la dermatite atopique est le suivant (Wolff, 2005) :

 Traitement de la xrose par application topique dmollients

 Traitement des pousses lgres modres par du pimcrolimus topique,


ventuellement associ des mollients

 Traitements des pousses svres par application locale de dermocorticodes, puis


relais avec pimcrolimus ou tacrolimus et mollients.

110
 Eradication de Staphylococcus aureus par antibiothrapie systmique ou topique.
On verra par la suite quelles sont les limites du traitement antibiotique de la
dermatite atopique.

8.2.2.2. Dermatite atopique sche et biofilms

Staphylococcus aureus est trs rarement isol sur une peau saine, mais est retrouv
sous forme de biofilms homognes en grande quantit chez les patients atteints de dermatite
atopique sche, et pas seulement localis au niveau des zones fortement atteintes. Il existe
une corrlation positive entre le nombre de biofilms de Staphylococcus aureus et les lsions
cutanes chez les patients atteints de dermatite atopique (Masako, 2005). Staphylococcus
aureus libre in situ de nombreuses enzymes et toxines (Masako, 2005 ; Iwatsuki, 2006). La
peau est lse, et mme des soins hydratants ne suffisent pas rtablir lquilibre de la flore
cutane chez les sujets atopiques (Masako, 2005).
On peut aussi prciser que, lors de dermatite atopique, certains lipides ayant des
proprits bactricides et prsents la surface de la peau ont une composition modifie,
notamment les sphingosines.
Lutilisation de techniques comme la microscopie lectronique balayage permet de
visualiser des biofilms de Staphylococcus aureus la surface de la peau dun patient atteint de
dermatite atopique sche (Photographie 5).

111
Photographie 5 : Observation la microscopie lectronique balayage de biofilms de
Staphylococcus aureus provenant de la peau de sujets atteints de dermatite atopique
sche.

Daprs (Masako, 2005), avec accord

Les photographies (a), (b), (c), (d), (e) et (f) ont t obtenues par des techniques de microscopie
lectronique balayage. Elles montrent des biofilms de Staphylococcus aureus prsents la surface de la peau
de patients atteints de dermatite atopique sche.

La formation des biofilms de Staphylococcus aureus se fait en 24 heures, leur maturit


est atteinte en 3 jours. Des clichs raliss sous microscopie lectronique balayage ont
permis de suivre les diffrentes tapes de formation de biofilms de Staphylococcus aureus
chez des sujets atteints de dermatite atopique sche (Figure 14) (Masako, 2005).

112
Figure 14: Processus de formation dun biofilm de souches de Staphylococcus
aureus provenant de la peau dun patient atteint de dermatite atopique sche. Images
obtenues par microscopie lectronique balayage.

Daprs (Masako, 2005), avec accord

Aprs 5 minutes dincubation, des fibres de fibrine entourent les bactries [(a), (b), (c)]. Au bout de 45
minutes, les bactries sont enfermes dans un vritable rseau de fibres de fibrine (d). Au bout de 7 heures, les
bactries utilisent le maillage de fibrine comme support et croissent [(e), (f)]. Les bactries synthtisent du
glycocalix, qui va former une vritable gangue autour des micro-organismes. Le biofilm termine sa formation au
bout de 24h, et devient compltement mature en 3 jours (h).

113
8.2.2.3. Problmatique pose par la dermatite atopique en matire de
stratgie thrapeutique

La plupart des traitements hydratants de qualit nont pas vraiment defficacit


sur les peaux sches atopiques, et auraient plutt tendance fragiliser la barrire cutane. En
effet, certains traitements hydratants de longue dure chez des patients peau saine ou
peau sche peuvent aboutir terme une fragilisation de la barrire cutane, une
scheresse cutane, mesure de faon exprimentale par la perte insensible en eau
transcutane (TEWL) et une augmentation de la sensibilit aux substances irritantes
(Buraczewska, 2007). Cette altration de l effet barrire de lpiderme augmente le risque
de colonisation bactrienne cutane et de formation de biofilms. Ceci a pour consquence
lapparition dune dermatose ou laggravation dune dermatose dj existante.

Des antibiotiques et des agents antimicrobiens sont souvent utiliss pour liminer
les bactries pathognes sur la peau, mais ils sont irritants, et majorent les lsions cutanes.
Linconvnient dans lutilisation dantibiotiques pour traiter la dermatite atopique provient de
la valeur de sa concentration minimale inhibitrice. La concentration minimale inhibitrice de
lampicilline est la mme pour Staphylococcus aureus et Staphylococcus epidermidis, do
linconvnient dutiliser cet antibiotique dans le traitement de la dermatite atopique sche,
puisque lon va liminer aussi Staphylococcus epidermidis et par consquent dsquilibrer la
flore cutane et fragiliser dautant plus la peau. Les agents antimicrobiens utiliss des
concentrations inadquates enlvent la totalit des bactries prsentes la surface de la peau,
y compris les bactries rsidentes. La peau est ainsi prive de ses moyens de dfenses locaux
et est donc fragilise. Les bactries pathognes peuvent nouveau envahir la peau. Le
traitement est dautant plus compliqu que Staphylococcus aureus crot rapidement et est
antibiorsistant. Il serait intressant de dvelopper des stratgies thrapeutiques qui
limineraient Staphylococcus aureus de faon slective, tout en prservant Staphylococcus
epidermidis. Une tude ralise au Japon en 2002 montre que lutilisation de crme ayant un
pH bas et compose de gluco-oligosaccharides inhibe lattachement de Staphylococcus aureus
aux cellules pithliales cutanes, et prserve la flore cutane (Akiyama, 2002).
Les traitements antibiotiques sont la plupart du temps inefficaces (Masako, 2005). Il
est intressant de rechercher des moyens de lutte, autres que lantibiothrapie, contre les
biofilms de Staphylococcus aureus responsables des lsions rencontres dans la dermatite
atopique sche.

114
8.2.2.4. Proposition dune nouvelle stratgie thrapeutique pour la
dermatite atopique

Compte-tenu de la relative inefficacit du traitement antibiotique contre la dermatite


atopique sche, il est ncessaire de chercher et de mettre au point de nouvelles mthodes qui
permettraient dliminer les biofilms de Staphylococcus aureus, tout en prservant lquilibre
de la flore cutane. Ce fut le sujet dune tude ralise en 2005 par Masako et son quipe
(Masako, 2005). Des prlvements de flore cutane ont t raliss sur 22 patients atteints de
dermatite atopique (prlvements avec une ponge) ont t raliss. Lobservation de ces
chantillons de flore cutane avec un microscope lectronique balayage a permis de mettre
en vidence des souches de Staphylococcus aureus chez ces individus. Il a t dmontr quil
existe une corrlation positive entre les lsions cutanes de dermatite atopique et le nombre
de Staphylococcus aureus sur la peau (Masako, 2005).

Les rsultats de cette mme tude montrent que deux molcules, le xylitol et le
farnesol, ont des effets slectifs sur la flore microbienne cutane et inhibent de faon
synergique la formation de biofilms de Staphylococcus aureus (Masako, 2005).
Le farnesol est un compos organique naturel. Il sagit dun alcool acyclique,
insoluble dans leau et soluble dans lhuile, retrouv dans de nombreuses huiles essentielles
(citronelle, rose, musc ) et mme dans les phromones de certains insectes. Le farnesol
empche la formation de fibrine par les biofilms de Staphylococcus aureus et dtruit les fibres
de fibrine dj formes, mme trs basses concentrations (0,02%). La concentration
minimale inhibitrice du farnesol pour Staphylococcus aureus est plus basse que pour
Staphylococcus epidermidis donc le farnesol inhibe de faon slective la croissance de
Staphylococcus aureus (Masako, 2005).
Le xylitol, ou (2, 3, 4, 5)- ttrahydroxypentanol (C5H12O5), est un polyol extrait de
lcorce naturelle de bouleau. Le xylitol est un substitut du sucre classique, souvent utilis
dans des chewing- gum compte-tenu des ses proprits utiles dans la lutte contre la formation
de la plaque dentaire, et caractris par ses proprits rafraichissantes pour lhaleine. Le
xylitol empche la formation du glycocalix, caractristique des biofilms de Staphylococcus
aureus (Masako, 2005).

Un essai clinique en simple aveugle a t men sur 6 patients atteints de dermatite


atopique sche. Deux lots sont crs en fonction du traitement administr : une crme
compose de 0,2% de farnesol et de 5% de xylitol, et une crme placebo. Puis la microflore
cutane des patients des deux lots a t prleve et analyse. Les rsultats de cet essai

115
clinique montrent que lapplication de crme compose de 0,2% de farnesol et de 5% de
xylitol sur des peaux sches atopiques rduit de faon significative le nombre de
Staphylococcus aureus par rapport lutilisation dune crme placebo et par rapport ltat
initial du patient (Masako, 2005).

Ainsi, lutilisation dune crme base de xylitol et de farnesol peut se rvler utile
dans le traitement de la dermatite atopique sche. Les effets synergiques du xylitol et du
farnesol permettent dempcher la formation de biofilms de Staphylococcus aureus, ou de les
liminer, tout en prservant lquilibre de la microflore cutane.

8.2.3. Acn et biofilms

Lacn est une pyodermite profonde. Chez lHomme, lorigine de la dermatose serait
une anomalie du mtabolisme de certains acides gras, des rtinodes et/ ou des andrognes.
Chez le chien et le chat, il sagit dun trouble primaire de la kratinisation et/ou du
fonctionnement pilo-sbac, rapidement compliqu dinfections bactriennes (Bensignor,
2005). Chez le chien et le chat, on peut parler dtat krato-sborrhique. Les lsions cutanes
observables rsultent de linflammation de lunit pilo-sbace. Les lsions dacn chez le
chien sont caractrises par des comdons, des papulo-pustules folliculaires et des furoncles
localiss au menton et aux lvres (Bensignor, 2005).
Des biofilms prsents en profondeur dans lunit pilo-sbace sont responsables des
lsions cutanes dacn. Ils sont composs par des micro-organismes de la flore cutane
rsidente de lHomme : Propionibacterium acnes. Il nexiste a priori pas de relation entre le
nombre de bactries et lapparition des lsions (Burkhart, 2003).
Les peaux jeunes sont les principales concernes par lacn, mais ce ne sont pas les
seules. Lapparition des lsions ne dpend pas uniquement de la flore bactrienne du patient :
le germe nest rien, le terrain est tout . Aussi, une personne dune quarantaine dannes
pourra dvelopper des lsions dacn si la flore de son follicule pileux compte parmi ses
membres des bactries du genre Propionibacterieum acnes formant des biofilms responsables
de lsions dacn (Burkhart, 2003).

Le traitement de lacne vulgaris est difficile, puisque les rcidives sont nombreuses,
comme dans toutes les infections o les biofilms sont impliqus.

116
8.3. Application la prescription de topiques en dermatologie. Pistes de rflexion.

8.3.1. Prescription raisonne dun topique en dermatologie

Les facteurs prendre en compte pour en mettre en place une prescription raisonne
dun topique dermatologique pour le traitement dune dermatose donne sont nombreux. Le
but du traitement topique est dliminer les biofilms des micro-organismes responsables de la
dermatose, tout en prservant la microflore cutane rsidente et en vitant toute altration
de la fonction barrire de lpiderme.

8.3.1.1. Facteurs dpendants de la dermatose

Il faut tout dabord identifier le ou les micro-organismes responsables de la


dermatose. Si le praticien choisit de mettre en place une antibiothrapie locale, il faut
dterminer la Concentration Minimale Inhibitrice (CMI) des micro-organismes responsables
de la dermatose et la comparer aux CMI des bactries de la flore rsidente cutane. Lintrt
est dutiliser une molcule dont la CMI pour le micro-organisme responsable est infrieure
la CMI pour les bactries de la flore cutane rsidente. Ceci permet de raliser une
limination slective du ou des micro-organismes pathognes en cause, tout en prservant la
flore cutane bnfique. Ceci ncessite de crer une banque de donnes de CMI pour les
micro-organismes de chaque dermatose !

Si le praticien souhaite utiliser une substance bactricide autre que les


antibiotiques, comme leau oxygne, la chlorehexidine, la povidone iodine ou certains
alcools, il doit tre certain de lefficacit de la substance sur le ou les micro-organismes quil
souhaite liminer. Par exemple, leau oxygne une concentration de 3 et 5%, et certains
alcools, comme le N-propanol ou des prparations commerciales base de propanol,
dthanol et de chlorhexidine, permettent une radication rapide de biofilms de
Staphylococcus epidermidis alors que la povidone iodine, pourtant largement utilise en
milieu hospitalier est beaucoup moins efficace. Il faut toutefois faire attention leffet irritant
de leau oxygne sur la peau lors dutilisations trop rptes ou des concentrations trop
leves (Presterl, 2007).

117
Il est ncessaire dvaluer le degr de daltration de la barrire cutane avant de
mettre en place un traitement, afin de ne pas aggraver les lsions. En effet, toute dermatose va
entraner une alcalinisation du pH cutan et une altration de la barrire cutane (Martini,
2006). Dans le cas de la dermatite atopique sche, la xrose est un signe daltration de leffet
barrire.

8.3.1.2. Facteurs dpendants de lindividu

Le choix du topique dermatologique dpend de la qualit de la barrire de


lpiderme de lindividu. Cette dernire est sous linfluence de plusieurs facteurs notamment
du type de peau (sche, grasse, sensible) et de lge de lindividu. La composition en lipides
pidermiques se modifie avec lge, par consquent la fonction barrire de lpiderme
diminue avec lge. On parle de vieillissement cutan.
Le choix du topique dermatologique dpend de la nature de la flore cutane
rsidente, mais pas seulement. Selon lge de lindividu et la rgion anatomique concerne,
les micro-organismes ne sont pas les mmes : la flore cutane rsidente est diffrente chez le
jeune enfant et chez les personnes ges, et diffre aussi selon les localisations: oreille, bras,
pli du genou

8.3.1.3. Facteurs dpendants de la nature de la molcule

8.3.1.3.1. Capacit de pntration cutane

La prescription raisonne dun topique en dermatologie doit prendre en compte sa


capacit de pntration cutane, qui doit tre adapte au type de dermatose traiter :
dermatose superficielle ou profonde.
Labsorption transcutane est un phnomne de diffusion passive sexerant au
niveau de chacune des couches de la peau. On distingue diffrents mcanismes de passage
transcutan des topiques dermatologiques (Martini, 2006) :
 Passage transcellulaire (molcules hydrophiles de petite taille),

 Passage intercellulaire via le ciment lipidique (molcules lipophiles et


amphiphiles),

 Passage par le follicule pileux ou par le canal sudoripare des glandes eccrines
(rare).

118
La capacit de pntration cutane dun topique dpend de plusieurs facteurs (Martini,
2006) :

 Taille de la molcule : la pntration cutane est dautant plus facilite que la masse
molculaire est peu leve (<500 Da),

 Forme de la molcule : les molcules peu ramifies passent plus facilement entre les
cornocytes que les molcules trs ramifies,

 Nature chimique de la molcule : les molcules lipophiles ont tendance


saccumuler dans le film lipidique entre les cornocytes, alors que les molcules
hydrophiles traversent la peau plus facilement, dans le cas o son degr dhydratation
est suffisant. Les molcules traversant le plus facilement la peau sont les molcules
amphiphiles.

 Excipient adapt : Il faut choisir un topique avec lexcipient adquat en fonction de


son degr de pntration cutane, selon la localisation de la dermatose
(superficielle/profonde). Pour traiter une dermatose superficielle, on choisira une
formulation de topique avec une faible pntration cutane.

8.3.1.3.2. pH de la molcule

Le pH de la molcule est un critre prendre en compte. Les dermatoses


saccompagnent le plus souvent dune alcalinisation de la peau. On vitera donc dutiliser des
prparations alcalines (Martini, 2006).

8.3.1.3.3. Pouvoir irritant

Certaines molcules contenues dans des topiques dermatologiques peuvent engendrer


un prurit. Il faut donc faire attention leffet irritant de certaines substances sur les peaux
sensibles.

119
8.3.1.4. Dure du traitement

La prescription raisonne dun topique dermatologique repose sur deux choix


fondamentaux : le choix de la molcule mais aussi de la dure du traitement.

Il faut veiller prserver leffet barrire de la couche corne pour ne pas aggraver les
troubles dermatologiques dj prsents. Par exemple, les traitements hydratants de trop
longue dure altrent leffet barrire du stratum corneum et peuvent affecter sa capacit de
rcupration. Laltration de leffet barrire du stratum corneum est mesure par la perte en
eau transcutane (Buraczewska, 2007).

8.3.1.5. Conclusion : prescrire un topique de faon raisonne

La prescription dun topique dermatologique doit comporter les tapes suivantes,


rsumes dans le tableau 7 :

Tableau 7 : Dmarche adopter pour la prescription raisonne dun topique dermatologique:

 Identification rigoureuse des micro-organismes impliqus dans la dermatose traiter

 Bonne connaissance des proprits physico-chimiques de la molcule utiliser (bien lire le


RCP : Rsum des Caractristiques du Produit)

 Prendre en compte les caractristiques de lindividu dont on veut traiter la dermatose : ge


de lindividu, localisation de la dermatose, altration ou non de la barrire cutane

 Bien se souvenir que tout traitement topique dermatologique doit prserver lquilibre
physiologique de la microflore bactrienne cutane. Il ne doit pas y avoir de rupture de
lhomostasie bactrienne.

120
8.3.2. Propositions de voies de recherche sur la problmatique des biofilms en
dermatologie

Pour tablir un protocole de recherche dont le but est de dterminer quel agent topique
est le plus adapt pour le traitement dune dermatose donne, il faut tout dabord procder au
recensement des principales dermatoses rencontres chez lHomme et lanimal, avec dans
chaque cas les micro-organismes le plus frquemment impliqus. Les principales tapes de
ltude raliser sont :

 Choix dune dermatose frquemment rencontre chez lHomme, et dont lexpression


clinique est invalidante.

 Prlever des chantillons de flore sur des patients choisis selon des critres prcis,
dfinir au pralable. On pourra choisir comme critre une ou deux lsions cutanes
caractristiques de la dermatose tudier.

 Raliser des cultures en laboratoire. Observer les biofilms obtenus avec des
techniques modernes comme la microscopie confocale balayage laser.

 Tester lefficacit de molcules, dont la nature est dterminer, sur les biofilms
liminer, responsables de la dermatose. Au cours de ces tudes, il faudra veiller
comparer les concentrations minimales inhibitrices pour les micro-organismes
liminer de celles pour les bactries de la flore cutane rsidente, afin de ne pas
dtruire ces dernires.

 Mettre en place un essai clinique, afin dtablir si lutilisation de telle ou telle


molcule a une efficacit significative dans lradication des biofilms responsables de
la dermatose choisie. Les facteurs prendre en compte dans lefficacit de la molcule
teste sont la prservation de la flore cutane spcifique, le maintien de la barrire
pidermique.

Le but est donc de raliser une banque de donnes runissant les informations
concernant les molcules utilisables en application topique, et dont la principale proprit est
de respecter lhomostasie cutane, pour les dermatoses les plus frquentes et les plus
invalidantes chez lHomme et chez lanimal. Lintrt de ce type dtude est de mettre en
place un cahier des charges propre chaque dermatose, et permettant de choisir parmi les

121
molcules tudies lors dessais cliniques pralables celle qui est la plus adapte en fonction
des caractristiques inhrentes au patient concern : ge, type de dermatose
(superficielle/profonde), micro-organisme (s) responsable (s), localisation anatomique des
lsions cutanes, altration de la barrire cutane, type de peau (sche, grasse)

Dautre part, limplication suppose de biofilms homognes dans la formation de


dermatoses ouvrent la voie de nombreuses pistes de recherches en dermatologie. Plutt que
de dtruire par des moyens mcaniques (nettoyage) ou chimiques (antibiotiques) les biofilms
homognes responsables dune dermatose, tout en risquant daltrer la fonction barrire de
lpiderme ; on peut se demander sil ne serait pas prfrable de traiter la dermatose en
modifiant les biofilms homognes responsables et favoriser leur transformation en biofilms
htrognes, proches de ceux de la flore cutane.

122
CONCLUSION

Le mode de vie en biofilm est prdominant chez les organismes unicellulaires. L'autre
alternative est la flottaison libre qualifie de "planctonique". Cette dernire a longtemps t
considre comme leur unique forme de vie. Ce nest que rcemment que les concepts
lorigine des problmatiques de recherche en biologie ont t revus, comme le montre par
exemple la prise en considration des biofilms dans la transmission vectorielle de certaines
maladies, comme la peste.
Comme nous lavons repris divers niveaux du prsent travail, limportance des
biofilms tient, entre autres, la formation de rsistances (rle de la matrice
dexopolysaccharides) et la difficult dimprgnation par les antibiotiques. La prsence de
biofilms a un impact considrable, que ce soit dans lagro-alimentaire (altrations de qualits
organoleptiques), lindustrie ou le milieu mdical (biofilms et infections nosocomiales). En
dermatologie en particulier, ils participent lhomostasie cutane, la cicatrisation mais aussi
la plupart des dermatoses.

La formation de biofilms est influence par le type de support. De faon gnrale, la


rugosit, lhydrophobicit dune surface et la prsence pralable de films protiques
influencent lattachement des micro-organismes cette surface et favorisent la formation dun
biofilm. Les biofilms se fixent plus facilement sur des surfaces recouvertes de protines ou de
glucides que sur des surfaces recouvertes de lipides. En dermatologie, la couche corne
constitue un mauvais support pour la formation de biofilms, par la prsence de lipides et le
renouvellement permanent des cornocytes par desquamation. Lors dhyperkratose, la
couche corne devient plus paisse et plus rugueuse, ce qui favorise davantage la formation de
biofilms. Le collagne prsent dans le derme et les rosions et ulcres prsents la surface de
la peau offrent un substrat protique aux micro-organismes et constituent donc un bon support
pour la formation de biofilms. De mme, la kratine du poil offre un support idal pour la
formation de biofilms, ce qui peut expliquer les ractions inflammatoires dclenches par la
prsence de corps trangers endognes, en particulier lors de poil incarn.

La prsence de biofilms peut avoir des effets bnfiques. Comme nous lavons vu, les
biofilms prsents la surface de la couche corne et constituant la flore commensale cutane
dun individu sont responsables de lhomostasie cutane et permettent de limiter la
123
contamination cutane par des micro-organismes pathognes. Dautre part, les biofilms font
lobjet de nombreuses applications industrielles. Ils sont par exemple utiliss dans des
procds de traitements des eaux uses, au sein de bioracteurs. Nanmoins, beaucoup de
biofilms sont indsirables, car leur prsence occasionne de nombreux dgts : dgradation de
btiments, corrosion mtallique de la coque des bteaux, infections nosocomiales des au port
dimplants, dermatoses...

La faible efficacit des antibiotiques vis--vis des biofilms, sur laquelle nous sommes
revenus de nombreuses reprises, explique la ncessit de rechercher dautres moyens de
lutte. Ils sont varis et font parfois appel aux nouvelles technologies (bactriophages, effet
bio-accoustique). Le meilleur moyen de lutte reste le nettoyage mcanique. La supriorit de
lefficacit du nettoyage par rapport lutilisation de molcules antiseptiques ou antibiotiques
sillustre de faon concrte par lexemple de lutilisation de shampooings vtrinaires. Il est
en effet plus efficace de masser le chien pendant 10 minutes avec le shampooing que de le
laisser poser pendant cette mme dure. Lors de lapplication du shampooing, des ractions de
saponification ont lieu. Ces dernires vont entraner la solubilisation de la matrice du biofilm
prsent sur la couche corne. Le massage complte laction du shampoing et va permettre
lexfoliation cutane et llimination des cornocytes sur lesquels stait form le biofilm.

Comme nous lavons vu, peu de donnes existent sur les biofilms cutans et sur
limpact que peut avoir sur eux lapplication dun topique dermatologique prescrit lors du
traitement de dermatoses. Pourtant, une prescription cohrente et raisonne de topiques dans
le cadre de la consultation de dermatologie humaine ou vtrinaire est ncessaire pour
prserver lquilibre physiologique de la micro-flore bactrienne cutane et viter toute
rupture de lhomostasie bactrienne. Enfin, limplication suppose de biofilms homognes
dans la formation de dermatoses ouvrent la voie de nombreuses pistes de recherches en
dermatologie. Plutt que de dtruire par des moyens mcaniques (nettoyage) ou chimiques
(antibiotiques) les biofilms homognes responsables dune dermatose, tout en risquant
daltrer la fonction barrire de lpiderme ; on peut se demander sil ne serait pas prfrable
de traiter la dermatose en modifiant les biofilms homognes responsables et favoriser leur
transformation en biofilms htrognes, proches de ceux de la flore cutane.

124
LISTE DES TABLEAUX

Tableau 1: Modles dinfection in vitro

(MacLean, 2004)

Tableau 2: Facteurs influenant lattachement de cellules et la formation dun biofilm

(Donlan, 2002)

Tableau 3 : Frquence des infections urinaires selon le type dagent pathogne rencontr

(Emori, 1993)

Tableau 4: Liste de micro-organismes isols partir de biofilms forms sur des cathters
veineux centraux

(Donlan, 2008)

Tableau 5: Bactries responsables dulcres veineux de jambes

(Gjdsbl, 2006)

Tableau 6 : Critres de diagnostic de la dermatite atopique chez le chien : Critres de


Willemse

(Bensignor, 2005)

Tableau 7 : Dmarche adopter pour la prescription raisonne dun topique


dermatologique

125
LISTE DES FIGURES

Figure 1: Principe de la microscopie confocale balayage laser

(http://www.jouy.inra.fr)

Figure 2: Cycle de dveloppement simplifi dun biofilm.


(http://www.biofilm.montana.edu)

Figure 3 : Infection de lhte par des bactries planctoniques et stimulation de la


rponse immunitaire

(Costerton, 1999)

Figure 4 : Mcanismes des infections chroniques causes par des biofilms : Formation
dun biofilm et stimulation de la rponse immunitaire

(Costerton, 1999)

Figure 5: Mcanismes des infections chroniques causes par des biofilms : Formation
dun biofilm et rsistance la rponse immunitaire de lhte.

(Costerton, 1999)

Figure 6: Mcanismes des infections chroniques causes par des biofilms : (d) Erosion
du biofilm et essaimage de bactries planctoniques.

(Costerton, 1999)

Figure 7: Mcanismes de formation de biofilms sur une sonde urinaire lors dune
infection du tractus urinaire lie au port de la sonde

(Jacobsen, 2008)

Figure 8 : Biofilms et infections nosocomiales : pourquoi le traitement mdical est


souvent inefficace ?

(Utili, 2007)

126
Figure 9 : Structure gnrale de la peau chez lHomme

(Martini, 2006)

Figure 10 : Organisation structurale de lpiderme

(Martini, 2006)

Figure 11: Organisation structurale du stratum corneum : le modle mur de briques

(Baumann, 2002 a)

Figure 12: Formules chimiques de quelques cramides prsents au niveau du stratum


corneum.

(Baumann, 2002 a)

Figure 13: Mcanismes du maintien dune infection chronique au niveau dune plaie

(Bjarnsholt, 2008)

Figure 14: Processus de formation dun biofilm de souches de Staphylococcus aureus


provenant de la peau dun patient atteint de dermatite atopique sche.

(Masako, 2005)

127
LISTE DES PHOTOGRAPHIES

Photographie 1: Biofilm de Staphylococcus spp. la surface dun implant mdical.


Image obtenue par microscopie confocale.

(Centers for Disease Control and Prevention, Public Health Image Library)

Photographie 2: Biofilms oesophagiens chez un individu sain et un individu atteint du


syndrme de Barrett.

(Macfarlane, 2007)

Photographie 3 : Biofilm de Proteus mirabilis (ATCC 29906) sur du polycarbonate,


obtenu par des racteurs du Centers for Disease Control and Prevention.

(Centers for Disease Control and Prevention, Public Health Image Library)

Photographie 4: Biofilms forms dans des canalisations deau potables, reproduits en


laboratoire.

(Centers for Disease Control and Prevention, Public Health Image Library)

Photographie 5 : Observation la microscopie lectronique balayage de biofilms de


Staphylococcus aureus provenant de la peau de sujets atteints de dermatite atopique
sche.

(Masako, 2005)

128
BIBLIOGRAPHIE

[Akiyama H, Oono T, Huh WK et al. (2002) Actions of gluco-oligosaccharide against


Staphylococcus aureus. J. Dermatol. 29: 580-586]

[Aly R, Maibach HI, Shinefield HR, Strauss WG (1972) Survival of pathogenic micro-
organisms on human skin. J. Investig. Dermatol. 58: 205-210]

[Anderson GG, OToole GA (2008) Innate and induced resistance mechanisms of bacterial
biofilms. Curr. Top. Microbiol. Immunol. 322: 85-105]

[Andrel et al. (2000) Role of antibiotic penetration limitation in Klebsiellia pneumoniae


biofilm resistance to ampicilline and ciprofloxacine. Antimicrob.Agents Chemother. 44: 1818-
1824]

[Archibald LK, Gaynes RP (1997) Hospital acquired infections in the United States: The
importance of interhospital comparisons. Nosocomial Inf. 11: 245-255]

[Arciola CR, An YH, Campoccia D et al. (2005) Etiology of implant orthopedic infections: a
survey on 1027 clinical isolates. Int. J.Artif. Organs. 28: 1091- 1100]

[Arnold H, Odom R, James W (1990) The skin : basic strucutre and function. Andrews
Diseases of the Skin, 8th edition. Arnold, Odom and James editors. Philadelphia, WB
Saunders. 4]

[Baker BB et al. (1973) Epidermal cell renewal in the dog. Am. J. Vet. Res. 34-93]

[Baumann L (2002 a) Basic Science of the epidermis. Cosmetic dermatology. Principles and
Practice. Mc Graw-Hill. Medical Division Publishing. 3-8]

[Baumann L (2002 b) Dry Skin. Cosmetic dermatology. Principles and Practice. Mc Graw-
Hill. Medical Division Publishing. 29-32]

[Becker P, Hufnagle W, Peters G et al. (2001) Detection of different gene expression in


biofilm-forming versus planktonik populations of Staphyloccocus aureus using micro-
representational-difference analysis. Appl.Environ. Microbiol., 6: 2958-2965]

[Beloin C, Roux A, Ghigo JM (2008) Escherichia coli biofilms. Curr Top Microbiol
Immunol, 322: 249- 289]

129
[Bendinger B, Rijnaarts HHM, Altendorrf K et al. (1993) Physicochemical cell surface and
adhesive properties of coryneform bacteria related to the presence and chain lenght of mycolic
acids. Appl. Environ. Microbiol., 59: 3973-3977]

[Bensignor E, Germain PA (2005) Dermatologie du chien et du chat. Collection Guide


Pratique. Editions Medcom. 56-60]

[Bibel DJ, Aly R, Shinefield HR, Maibach HI (1983) The Staphylococcus aureus receptor for
fibronectin. J. Invest. Dermatol. 80: 494-496]

[Bjarnsholt T, Jensen P, Burmolle M et al. (2005) Pseudomonas aeruginosa tolerance to


tobramycin, hydrogen peroxyde and polymorphonuclear leukocytes is quorum sensing
dependent. Microbiology, 151(2): 373 -383]

[Bjarnsholt T, Kirketerp-Mller K, Jensen P et al. (2008) Why chronic wounds will not
heal: a novel hypothesis. Wound Rep. Reg. 16 (1): 2- 10]

[Bosset S, Sauret V, Cousin F, Vincent L, Pacheco Y, Nicolas JF (2000) Perspectives


thrapeutiques dans la dermatite atopique. La dermatite atopique. Crickx, Lamirand et
Nicolas Editeurs. Paris. 141-151]

[Brady RA, Leid JG, Calhoun JH et al. (2008) Osteomyelitis and the role of biofilms in
chronic infection. FEMS Immunol. Med. Microbiol. 52: 13- 22]

[Branda SS, Gonzalez- Pastor JE, Ben- Yehuda S et al. (2001) Fruiting body formation by
Bacillus subtilis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98: 11621- 11626]

[Buraczewska I, Berne B, Lindberg M, Trm H, Loden M (2007) Changes in skin barrier


function following long-term treatment with moisturizers, a randomized controlled trial.
British Journal of Dermatology. 156: 492-498]

[Burkhart (2003) Microbiologys principle of biofilms as a major factor in the pathogenesis of


acne vulgaris. International Journal of Dermatology. 42: 925-927]

[Burmolle M, Webb JS et al. (2006) Enhanced biofilm formation and increased resistance to
antimicrobial agents and bacterial invasion are caused by synergistic interactions in
multispecies biofilms. Appl. Environ. Microbiol. 3916-3923]

[Bury- Mon S. (2007) Les biofilms. Polycopi. Ecole Normale Suprieure de Cachan. 17 p.]

130
[Carmen JC, Roeder BL, Nelson JL et al. (2005) Treatment of biofilm infections on implants
with low frequency ultrasounds and antibiotics. Am. J. Infect. Control. 33: 78- 82]

[Castonguay MH, Van der Schaaf S, Koester W et al. (2006) Biofilm formation by
Escherichia coli is stimulated by synergistic interactions and co- adhesion mechanisms with
adherence- proficient bacteria. Res. Microbiol., 157: 471- 478]

[Characklis WG (1973) Attached microbioal growths-II. Frictional resistance due to microbial


slimes. Water Res. 7, 1249-1258]

[Characklis WG, Marshall KC (1990 a) Biofilms, 195-231]

[Characklis WG, Marshall KC (1990 b) Biofilms, 341-394]

[Chiller K, Selkin BA, Murakawa GJ (2001) Skin microflora and bacterial infections of the
skin. J. Investig. Dermatol. Symp. Proc. 6(3): 170-174]

[Clutterbuck AL,Woods EJ, et al. (2007) Biofilms and their relevance to veterinary medicine.
Vet Microbiol., Mar 31; 121 (1-2): 1-17]

[Cochran WL, Suh SJ, McFeters GA et al. (2000) Role of RpoS and AlgT in Pseudomonas
aeruginosa biofilm resistance to hydrogen peroxide and monochloramine. J. Appl. Microbiol.
88: 546-553]

[Conley J, Olson ME et al. (2003) Biofilm formation by group A Streptococci: is there a


relationship with traitment failure? J. Clin. Microbiol. 4043-4048]

[Costerton JW, Geesey GG, Cheng KJ (1978) How bacteria stick. Sci. Am.. 238: 86-95]

[Costerton JW, Stewart PS et al. (1999) Bacterial biofilms: a common cause of persistent
infections. Science, 284: 1318-1322]

[Costerton JW (2004) A short history of the development of the biofilm concept. Methods of
studying biofilms. Ghannoum M & OToole GA Editors. Microbial biofilms, ASM Press, 4-
19]

[Cotter PA, Stibitz S (2007) c- di- GMP- mediated regulation of virulence and biofilm
formation. Curr. Opin. Microbiol. 10: 17-23]

131
[Donlan RM (2001) Biofilms and device-associated infections. Emerg. Infect. Dis. 7: 277-
281]

[Donlan RM (2002) Biofilms: Microbial life on surfaces. Emerg. Infect. Dis. 8 (9), 881-890]

[Donlan RM (2008) Biofilms on central venous catheters: is eradication possible? Curr. Top.
Microbiol. Immunol. 322: 133-161]

[Donlan RM, Costerton JW (2002) Biofilms: survival mechanisms of clinically relevant


microorganisms. Clin. Microbiol. Rev., 15: 167- 193]

[Donlan RM, Pipes WO, Yohe TL (1994) Biofilm formation on cast iron substrata in water
distribution systems. Water. Res., 28 : 1497-1503].

[Doolittle MM, Cooney JJ, Caldwell DE (1995) Lytic infection of Escherichia coli biofilms
by bacteriophage T4. Can. J. Microbiol. 41: 12-18]

[Drenkard E (2003) Antimicrobial resistance of Pseudomoas aeruginosa biofilms. Microbes


Infect. 5: 1213-1219]

[Drenkard E, Ausubel FM (2002) Pseudomonas biofilm formation and antibiotic resistance


are linked to phenotypic variation. Nature. 416: 740-743]

[Emori TG, Gaynes RP (1993) An overview of nosocomial infections, includiing the role of
the microbiology laboratory. Clin. Microbiol. Rev. 6 : 428-442]

[Feingold DS (1986) Bacterial adherence, colonization, and pathogenicity. Arch. Dermatol.


122: 161-163]

[Fletcher M (1988) Attachment of Pseudomonas fluorescens to glass and influence of


electrolytes on bacterium- substratum separation distance. J. Bacteriol., 170: 2027-2030]

[Francey T, Gaschen F, Nicolet J et al. (2000) The role of Acinetobacter baumanii as a


nosocomial pathogen for dogs and cats in an intensive care unit. J. Vet. Intern. Med. 14: 177-
183]

132
[Garcia- Saenz MC, Arias-Puente A, Fresnadillo- Martinez MJ & Matilla- Rodriguez A
(2000) In vitro adhesion of Staphylococcus epidermidis to intraocular lenses. J. Cataract
Refract. Surg. 26: 1673- 1679]
[Gilbert P, McBain AJ (2001) Biocide usage in the domestic setting and concern about
antibacterial and antibiotic resistance. J. Infect. 43: 85-91]

[Gjermansen M, Ragas P, Sternberg C et al. (2005) Characterization of starvation- induced


dispersion in Pseudomonas putida biofilms. Environ. Microbiol., 7: 894- 906]

[Gjdsbl K, Christensen JJ, Karlsmark T et al. (2006) Multiple bacterial species reside in
chronic wounds: a longitudinal study. Int. Wound. J. 1: 1-2]

[Goller CC, Romeo T (2008) Environmental influences on biofilm development. Curr. Top.
Microbiol. Immunol. 322: 37- 66]

[Golovlev EL (2002) The mechanism of formation of Pseudomonas aeruginosa biofilm, a


type of structured population. Mikrobiologiia 71: 293-300]

[Haftek M (2001) Couche corne et dsquamation. Biologie cutane. 5 cours spcialis du


GEDAC]

[Haftek M (2003) Donnes structurales et ultrastructurales sur les lipides cutans humains.
Colloque sur les lipides de la peau. Pathologie Biologie. 51 : 264-266]

[Hall-Stoodley L, Costerton JW, Stoodley P (2004) Bacterial biofilms: from the natural
environment to infectious diseases. Nat. Rev. Microbiol. 2(2): 95-108]

[Hatt JK, Rather PN (2008) Role of bacterial biofilms in urinary tract infections. Curr Top
Microbiol Immunol, 322: 163- 192]

[Henrici AT (1933) Studies of Freshwater Bacteria: A Direct Microscopic Technique. J.


Bacteriol. 25: 277-286]

[Hentges DJ (1993) The anareobic microflora of the human body. Clin. Infect. Dis. 16 : 175-
180]

[Hinnebusch BJ, Erickson DL (2008) Yersinia pestis in the flea vector and its role in the
transmission of the plague. Curr Top Microbiol Immunol, 322: 229- 248]

133
[Humbert P (2003) Consquences fonctionnelles des perturbations des lipides cutans.
Colloque sur les lipides de la peau. Pathologie Biologie. 51 : 271-274]

[Irie Y, Parsek MR (2008) Quorum sensing and microbial biofilms. Curr. Top. Microbiol.
Immunol., 322: 67- 84]

[Iwatsuki K, Yamasaki O, Morizane S, Oono T (2006) Staphylococcal cutaneous infections :


Invasion, evasion and aggression. J. Dermatol. Sci. 42: 203-214]

[Jacobsen SM, Stickler DJ, Mobley HLT et al. (2008) Complicated catheter- associated
urinary tract infections due to Escherichia coli and Proteus mirabilis. Clin. Microbiol. Rev.,
(21) 1:26-59]

[Jarrett CO, Deak E, Isherwood KE et al. (2004) Transmission of Yersinia pestis from an
infectious biofilm in the flea vector. J. Infect. Dis. 190: 783- 792]

[Jones SM, Morgan M, Humphrey TJ et al. (2001) Effect of vancomycin and rifampicin on
methicillin- resistant Staphylococcus aureus biofilms. Lancet, 357: 40- 41]

[Karchmer AW, Gibbons GW (1994) Infections of prosthetic heart valves and vascular grafts.
In. Bisno AL, Waldovogel FA, Editors. Infections associated with indwelling medical devices.
2nd ed. Washington: American Society for Microbiology; 213-249]

[Klevins RM, Tokars JI, Andrus M (2005) Nephrol. News Issues 19: 37- 38, 43]

[Lemon KP, Earl AM, Vlamakis HC et al. (2008) Biofilm development with an emphasis on
Bacillus subtilis. Curr Top Microbiol Immunol, 322: 1- 16]

[Lasa I, Penades JR (2006) Bap: a family of surface proteins involved in biofilm formation.
Res. Microbiol. 157: 99- 107]

[Leid JG, Willson CJ, Shirtliff ME et al. (2005) The exopolysaccharide alginate protects
Pseudomonas aeruginosa biofilm bacteria from IFN-gamma- mediated macrophage killing.
J.Immunol. 175: 7512-7518]

[Lewis K (2001) Riddle of biofilm resistance. Antimicrob.Agents Chemother. 45: 999-1007]

[Lewis K (2008) Multidrug tolerance of biofilms and persister cells. Curr. Top. Microbiol.
Immunol. 322: 107- 131]

134
[Llyod DH, Garthwaite G (1982) Epidermal structure and surface topography of canine skin.
Res. Vet. Sci. 33-99]

[Macfarlane S, Dillon JF (2007) Microbial biofilms in the human gastrointestinal tract. J.


Appl. Microbiol, 2007, 102 (5): 1187- 1196]

[MacLean RJC, Bates CL, Barnes MB et al. (2004) Methods of studying biofilms. Ghannoum
M & OToole GA Editors. Microbial biofilms, ASM Press, 379-413]

[Mah TL, OToole GA (2001) Mechanisms of biofilm resistance to antimicrobial agents.


Trends Microbiol. 9: 34- 39]

[Mah TF, Pellock B, Walker GC (2003) A genetic basis for Pseudomonas aeruginosa biofilm
antibiotic resistance. Nature, 426: 306- 310]

[Maki DG (1994) Infections caused by intravascular devices used for infusion therapy:
pathogenesis, prevention and management. In. Bisno AL, Waldovogel FA, Editors. Infections
associated with indwelling medical devices. 2nd ed. Washington: American Society for
Microbiology; 155-212]

[Marples MJ (1969) The normal flora of the human skin. Brit. J. Derm. 81 (suppl 1): 2-13]

[Marr KA, Sexton DJ, Conlon PJ et al. (1997) Catheter- related bacteremia and outcome of
attempted catheter salvage in patients undergoing hemodialysis. Ann. Inter. Med. 127: 275-
280]

[Martinez LR, Casadevall A (2007) Cryptococcus neoformans biofilm formation depends on


surface support and carbone source and reduces fungal cells susceptibility to heat, cold and
UV light. Appl. Environ. Microbiol., 4592- 4601]

[Martini MC (2006) Introduction la dermopharmacie et la cosmtologie. Deuxime


Edition. Editions Tec et Doc Lavoisier]

[Masako K, Hideyuki I, Shigeyuki O, Zenro I (2005) A novel method to control the balance
of skin microflora. Part 1. Attack on biofilm of Staphylococcus aureus without antibiotics.
Journal of Dermatological Science, 38: 197- 205]

135
[Matousek JL, Campbell KL (2002) A comparative review of cutaneous pH. Vet. Dermatol.
13 (6): 293-300]

[Maury E, Juli S, Charvron M, Gall Y, Chap H (2003) Lipides et inflammation cutane:


place des phospholipases A2. Colloque sur les lipides de la peau. Pathologie Biologie. 51 :
248-252]

[Messing B, Peitra- Cohen S, Debure A et al. (1988) Antibiotic-lock technique: a new


approach to optimal therapy for catheter- related sepsis in home-parenteral nutrition patients.
JPEN J. Paren. Enteral. Nutrit. 12: 185- 189]

[Meyer W, Neurand K (1991) Comparison of skin pH in domesticated and laboratory animals.


Archives of Dermatological Research. 283 : 16-18]

[Mialot M (1993) Histologie de la peau normale. Encyclopdie vtrinaire. Dermatologie


0100. 8 p.]

[Mittelman MW (1996) Adhesion to biomaterials. Bacterial Adhesion : molecular and


ecological diversity, 89- 127]

[Monzon M, Oteiza C, Leiva J (2002) Biofilm testing of Staphylococcus epidermidis clinical


isolates: low performance of vancomycin in relation to other antibiotics. Diag. Microbiol.
Infect. Dis 44: 319- 324]

[Muller J, Miller MC, Nielsen AT et al. (2007) vpsA- and luxO- independent biofilms of
Vibrio cholerae. FEMS Microbiol. Lett. 275: 199- 206]

[Nielsen AT, Dolganov NA, Otto G et al. (2006) RpoS controls the Vibrio cholerae mucosal
escape response. PLoS Pathog. 2 (10): e109]

[Nielsen ML, Raahave D, Stage JG, Justesen T (1975) Anaerobic and aerobic skin bacteria
before and after skin-disinfection with chlorhexidine: An experimental study in volunteers. J.
Clin. Path. 28 : 793-797]

[Olivry T, Mller RS, Walder EJ, Atlee BA (1993) Anatomie et physiologie microscopiques
de la peau. Encyclopdie Vtrinaire. Dermatologie 200. 13 p]

[OToole G, Kaplan HB, Kolter R (2000) Biofilm formation as microbial development. Annu.
Rev. Microbiol., 54: 49- 79]

136
[OToole GA, Kolter R (1998) Flagellar and twitching motility are necessary for
Pseudomonas aeruginosa biofilm development. Mol. Microbiol. 30: 295-304]:

[Otto M (2008) Staphylococcal biofilms. Curr. Top. Microbiol. Immunol., 322: 207- 228]

[Parsek MR, Fuqua C (2004) Biofilms 2003: emerging themes and challenges in studies of
surface- associated microbial life. J. Bacteriol., 186: 4427-4440]

[Patel R (2005) Biofilms and antimicrobial resistance. Clin. Orthop. Relat. Res. 41-47]

[Patti JM, Allen BL, McGavin MJ et al. (1994) MSCRAMM- mediated adherence of
microorganisms to host tissues. Annu. Rev. Microbiol., 48: 585-617]

[Percival SL, Bowler PG (2004 a) Biofilms and their potential role in wound healing. Wounds
16, 234-240]

[Percival SL, Bowler PG (2004 b) Understanding the effects of bacterial communities and
biofilms on wound healing. World Wide Wounds]

[Popa I, Schmitt D, Portoukalian J (2007) Lipides pidermiques et vieillissement cutan.


Actualits en Biologie Cutane. 1 : 158-162]

[Presterl E, Suchomel M, Eder M, Reichman S, Lassnigg A, Graninger W & Rotter M (2007)


Effects of alcohols, povidone-iodine and hydrogen peroxide on biofilms of Staphylococcus
epidermidis. J. Antimicrob. Chemother. 60: 417-420]

[Prigent- Combaret C, Vidal O, Dorel C et al. (1999) Abiotic surface sensing and biofilm-
dependent regulation of gene expression in Escherichia coli. J. Bacteriol.181: 5993-6002]

[Queck S-Y, Weitere M, Moreno AM et al. (2006) The role of quorum sensing mediated
developmental traits in the resistance of Serratia marcescens biofilms against protozoan
grazing. Environ. Microbiol., 8: 1017- 1025]

[Raad I, Costerton W, Sabharwal U et al. (1993) Ultrastructural analysis of indwelling


vascular catheters: a quantitative relationship between luminal colonization and duration of
placement. J.Infect.Dis 168: 400-407]

[Reedy LM, Miller WH, Willemse T (1997) Allergic skin diseases of dogs and cats. 2nd
edition. Sauders, Philadelphia, USA. p.41]

137
[Sailer FC, Meberg BM, Young KD (2003) Beta-lactam induction of colanic acid gene
expression in Escherichia coli. FEMS Microbiol. Lett., 226: 245- 249]

[Sauer K, Camper et al. (2002) Pseudomonas aeruginosa displays multiple phenotypes during
developing a biofilm. J. Bacteriol. 184: 1140-1154].

[Sauer K, Culen MC, Rickard AH et al. (2004) Characterization of nutrient- induced


dispersion in Pseudomonas aeruginosa PAO1 biofilm. J. Bacteriol., 186 (21): 7312- 7326]

[Schembri MA, Kjaergaard K, Klemm P (2003) Global gene expression in Escherichia coli
biofilms. Mol. Microbiol. 48: 253- 267]

[Scott, Miller, Griffin (2001) Structure and function of the skin. Mller & Kirks Small
Animal Dermatology. Sixth Edition. WB Saunder Company. 1: 1-70]

[Selwitz RH, Ismail AI, Pitts NB (2007) Dental caries. The lancet, 369: 51-59]

[Sers EL (1984) Contribution ltude du pH cutan du chien. Thse Med. Vet.]

[Singh PK, Parsek MR, Greenberg EP et al. (2002) A component of innate immunity prevents
bacterial biofilm development. Nature, 417:552-555]

[Skillman LC, Sutherland IW, Jones MV (1999) The role of exopolysaccharides in dual
species biofilm development. J.Appl.Microbiol. Symp. Suppl. 85:13S-18S]

[Smith E, 2001, Com. Pers. Marignac G]

[Spormann AM (2008) Physiology of microbes in biofilms. Curr. Top. Microbiol. Immunol.,


322: 17- 36]

[Stewart PS (2003) Diffusion in biofilms. J. Bacteriol., 185:1485-1491]

[Stickler DJ (1996) Bacterial biofilms and the encrustation of urethral catheters. Biofouling
94: 293-305]

[Stickler DJ (2002) Susceptibility of antibiotic resistant Gram-negative bacteria to


bacteriocides: a perspective from the study of catheter biofilms. Symp. Ser. Appl. Microbiol.
31: 163S- 170S]

138
[Stoodley P, Boyle JD, Dodds I et al. (1997) Biofilms : community interactions and control,
1-9]

[Sutherland I (2001) Biofilm exopolysaccharide: a strong and sticky framework.


Microbiology, 147: 3-9]

[Teng YT (2003) The role of acquired immunity and periodontal disease progression. Crit.
Rev. Oral. Biol. Med. 14: 237-252]

[Tenke P, Kovacs B, Jackel M et al. (2006) The role of biofilm infection in urology. World J.
Urol. 24: 13-20]

[Thormann KM, Duttler SA, Saville R et al. (2006) Control of formation and cellular
detachment from Shewanella oneidensis MR- 1 biofilms by cyclic- di- GMP. J. Bacteriol.,
188(7): 2681- 2691]

[Tizon C (2006) Etude dans lespce canine, des principaux paramtres physiologiques de la
surface cutane : sbomtrie, cornomtrie, TEWL et pH. Thse Med.Vet. Nantes. 58. 88p.]

[Tolker- Nielsen T., Molin S (2000) Spatial organization of microbial biofilm communities.
Microb. Ecol., 40: 75-84]

[Toma B, Andr- Fontaine G, Artois M et al. (2007) Les zoonoses infectieuses, 170- 173]

[Tomlin KL, Malott RJ et al. (2005) Quorum-sensing mutations affect attachment and
stability of Burkholderia cenocepacia biofilms. Appl. Environ. Microbiol., 5208- 5218]

[Tunney MM, Jones DS, Gorman SP et al. (1999) Biofilm and biofilm-related encrustation of
urinary tract devices. Doyle editor, Methods Enzymol., 310: 558-566]

[Utili R, Durante-Mangoni E, Tripodi MF (2007) Infection of intravascular prostheses: how to


treat other than surgery. Int. J. Antimicrob. Agents 30 S: S42- S50]

[Van Houdt R, Michiels C (2005) Role of bacterial cell surface structures in Escherichia coli
biofilm formation. Res. Microbiol., 156: 626-633]

[Vaneechoutte M, Devriese LA et al. (2000) Acinetobacter baumanii infected vascular


catheters collected from horses in an equine clinic. J. Clin. Microbiol. 38: 4280-4281]

139
[Vidal O, Longin R, Prigent-Combaret C et al. (1998) Isolation of an Escherichia coli K-12
mutant strain able to form biofilms on inert surfaces : involvement of a new ompR allele that
increases curli expression. J. Bacteriol. 180: 2442- 2449].

[Wang X, Preston JF 3rd, Romeo T (2004) The pgaABCD locus of Escherichia coli
promotes the synthesis of a polysaccharide adhesin required for biofilm formation. J.
Bacteriol. 186: 2724- 2734]

[Wanner O, Bauchrowitz M (2006) Les biofilms sont omniprsents. EAWAG News 60 f: 4-7]

[Whiteley M, Bangera & al. (2001) Gene expression in Pseudomonas aeruginosa biofilms.
Nature, 413 :860-864]

[Wolfe AJ, Chang DE, Walker JD et al. (2003) Evidence that acetyl phosphate functions as a
global signal during biofilm development. Mol. Microbiol., 48: 977- 988]

[Wolff K, Johnson RA, Suurmond D (2005) Dermatite atopique. Fitzpatrick. Atlas en


couleurs de dermatologie clinique. Editions Mdecine- Sciences Flammarion. 33-38]

[Zabinski RA, Walker KJ, Larsson AJ et al. (1995) Effects of aerobic and anaerobic
environments on antistaphylococcal activities of five fluoroquinolones. Antimicrob. Agents
Chemother. 39: 507-512]

[Zegans ME, Becker HI, Budzik J & OToole G (2002) The role of bacterial biofilms in
ocular infections. DNA and Cell Biology, 21: 415-420].

SITES INTERNET :

*Universit de lEtat de Montana. Site de lUniversit de lEtat de Montana, Center for


Biofilm engineering. [http://www.biofilm.montana.edu]. Consult le 22 Mars 2009

*http://www.techno-science.net , site consult le 29 Avril 2009, dernire mise jour le 30


Avril 2009

*http://www.jouy.inra.fr, site consult le 29 Avril 2009, dernire mise jour le 28 Juillet 1998

140
Annexe : Article de synthse
Auteurs : A d R, HJ B et G M
Most of the micro-organisms do not exist in natural environment as plankton nor as free-
floating micro-organisms in suspension, but as biofilms (Costerton 1995), (Donlan &
Costerton, 2002). Biofilms are sessile communities of micro-organims associated with a
surface, and encased in a self-produced extracellular matrix (Costerton, 1999), (Beloin, 2008).
This lifestyle is associated with numerous changes such as an inherent resistance to
antimicrobial agents that makes them responsible for many persistent and chronic bacterial
infections. Biofilms may form on a wide variety of surfaces, ranging from living tissues,
indwelling medical devices, river rocks to industrial water system piping, ship hulls
(Spormann, 2008) The interface between a solid surface and an aqueous medium, such as
water or blood for example, provides an ideal environment for the attachment of micro-
organisms and biofilm formation (Donlan, 2002).
Biofilms are a threat for public health because of their role in chronic infectious diseases
and many nosocomial and device-related infections (Donlan, 2001), (Clutterbuck, 2007). As
much as 65% of all infections in developed countries are caused by biofilms, such as cystic
fibrosis, otitis media, dermatoses, periodontitis, native valve endocarditis , nosocomial
infections and device-related infections (Costerton, 1999), (Hall- Stoodley, 2004)...

Since the 1990s, the study of biofilm has been greatly improved by the development of
new technics such as scanning laser microscopy coupled with fluorescent markers (Donlan,
2002). This has lead to a large number of publication mainly focusing in finding ways of
controlling biofilms during infections or using them in various applications.

The aim of this article is to review the main features of biofilm physiology and
medical involvement, and to see how this knowledge could be relevant in dermatology.

Although every microbial biofilm community is unique, some structural characteristics


can be considered descriptive of biofilms in general (Stoodley, 1997), (Tolker-Nielsen, 2000).
The conceptual model of a biofilm includes a thin base film, ranging from a monolayer of
cells to a film several layers thick. These layers are organized in a concentric manner and
connected by water channels. This layered organization explains the gradients of nutrients and
oxygen concentrations and in growth rates within the biofilm.

Biofilm formation is a complex process regulated by numerous factors, further


complicated by the different needs that each micro-organisms community displays (Donlan,
2002), (Martinez & Casadevall, 2007). Physical properties of the surface (roughness,
hydrophobicity, hydrophilicity) have a major effect on the binding of micro-organisms.
Therefore, it is not surprising that solid surfaces and, to a lesser extent, presence of an
interface, facilitate the initiation of biofilm. Another facilitator is the presence of a
conditioning film. It forms and coats a substratum when proteins are adsorbed by it; this coat
modifies the surfaces properties and influence bacterial attachment (Goller & Romeo, 2008).
Corneocytes, which are found in the stratum corneum of the skin, are a support for biofilm
141
formation, as the skin is an intricate habitat for many bacteria and fungi. The persistent
bacterial colonization of the skin results from the ability of bacteria to adhere to skin
epithelium, to grow in an acidic and dry milieu and to quickly re-adhere during the normal
process of desquamation (Feingold, 1986). Biofilms formed on the skin are most of the time
part of the healthy skin commensal microflora, but may be also responsible for dermatoses,
such as acne, atopic dermatitis or suppurative bacterial otitis media. Some characteristics of
cutaneous cells, such as adhesion molecules (e.g fimbriae or flagella) or cell hydrophobicity
influence the binding of micro-organisms (Beloin, 2008), (Goller & Romeo, 2008), (Donlan,
2002).

Growth medium characteristics such as hydrodynamic properties, nutrient and oxygen


concentrations, pH and temperature, have major impacts on biofilm development (Goller &
Romeo, 2008), (Clutterbuck, 2007). Once established, biofilm growth is also regulated by a
cell-to-cell signaling mechanism called quorum sensing. It regulates cellular processes in a
cell density-dependent manner (Irie & Parsek, 2008), (Tomlin & al, 2005).
The life-cycle of a biofilm involves the transition from individual free-swimming cells
to bacterial sessile communities, followed by a subsequent return to a planktonic existence. It
is divided in five stages : (1) reversible (adherence) and (2) irreversible (adhesion) attachment
to the surface to detachment, (3) biofilm growth, (4) biofilm maturation (Clutterbuck, 2007).
Then, sessile biofilm communities can give rise to (5) planktonik bacteria that can rapidly
multiply and disperse. For example, a Staphylococcus aureus biofilm can form on the skin
within 24 hours. Actually, Staphylococcus aureus is rarely found on healthy skin, but it can be
isolated from the skin microflora of patients with dry atopic dermatitis. There is a positive
correlation between the skin lesions of atopic dermatitis patients and the number of biofilms
of Staphylococcus aureus (Masako, 2005). Biofilms of Staphylococcus aureus are composed
of fibrin fiber and of glycocalyx. Fibrin fibers appear at the earlier stage of the biofilm
formation (Figure 1). Then, the bacteria are surrounded by a scaffold made of fibrin fibers
within 7 hours. Finally, bacteria secrete glycocalyx; the biofilm matures within 3 days.

142
Figure 1: Time course of Staphylococcus aureus biofilm formation.

(Masako, 2005), with permission

After 5 minutes of incubation, fibrin fibers appear around the bacteria (a), (b) & (c). After 45 minutes,
the surroundings of bacteria are covered with a fibrin net (d). After 7 hours, the number of bacteria increases,
using the net of fibrin as a scaffold (e) & (f). Then, the bacteria release glycocalyx around their bodies. The
biofilm forms within 24 hours (h) and is completely mature 3 days later.

Biofilm architecture is heterogeneous both in space and time (Donlan, 2002). In


natural conditions, most biofilms, especially those found on the skin, are composed of mixture
of micro-organisms and monospecific biofilms are quite rare (Sutherland, 2001), (Burmolle &
al, 2006). Matrix components vary from one biofilm to another. The biofilm structure also
depends on the nutritive characteristics of the environment and of the type of support (Donlan,
2002). Then, the thickness of a biofilm grows as the biofilm ages. Actually, the exact structure
of any biofilm is strongly related to the unique features of the environment in which it
develops, as it is remodeled constantly under the influence of external and internal processes
(Clutterbuck, 2007).

Biofilm architecture could be defined as heterogeneous mosaics, with a mushroom or


coralian appearance (Figure 2), and penetrated by water channels (Costerton, 1999). This
architecture allows communication and cooperation between microorganisms within the
biofilm, consistent with a true ecosystem (Burmolle & al, 2006), (Donlan, 2002).

143
Figure 2: Scanning electron micrograph of a Staphylococcus biofilm on the inner surface
of an indwelling medical device (needleless connector).
Photograph by Janice Car, Public Health Image Library Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta, GA
USA, with permission.

Growth within a biofilm is associated with numerous genetic and phenotypic changes.
Biofilms constitute a protected mode of growth, allowing survival in adverse environmental
conditions. The transition between these planktonik and biofilm ways of life involves
important genes regulation and major phenotypic changes. Biofilms associated micro-
organisms produce an extracellular matrix made of exopolysaccharides, extracellular DNA,
excreted cellular products and water, which is the major component : up to 97% (Sutherland,
2001). This matrix acts as a protective exoskeleton, serving as a physical barrier against
dessication, antimicrobial agents and antibiotic treatment (Clutterbuck, 2007), (Burmolle &
al, 2006). Nevertheless, matrix role is not fully understood yet (Beloin 2008). Biofilm-
associated cells are characterized by reduced growth rates and up and down- regulation of
specific genes. The most significant change remains increased resistance to antibiotic therapy
(Anderson & OToole, 2008). Actually, micro-organisms within a biofilm are 10 to 1000-fold
more resistant to antibiotic therapy than their planktonic counterparts (Mah & OToole,
2001). That could explain, at least partly, the difficulty to treat many dermatoses caused or
aggravated by biofilms, such as atopic dermatitis (biofilms of Staphyloccocus aureus), acne
(biofilms of Propionibacterium acnes) or suppurative bacterial otitis media.

Antibiotic therapy is the most commonly used way to treat micro-organisms


multiplication in Dermatology. Relapses or chronic evolution are common and are usually
imputed to the presence of an underlying cause such as allergy, endocrine disorder or genetic
predisposition, and/or microbial resistance. It is most of the time inefficient, regarding the
inherent resistance of bacterial biofilms and the increasing number of antibiotic-resistant
strains. Moreover, antibiotics and germicides are not the best choice to remove pathogenic
bacteria from the skin, because of their irritating properties (Masako, 2005). They also
remove bacteria from the normal skin microflora: the skin micro-flora balance is broken. The
benefic micro-organisms, that should have protected the skin from a pathogenic bacterial

144
contamination, have been removed. Thus, the skin has no physical barrier against pathogenic
micro-organisms anymore and pathogenic bacteria can invade. Actually, commensal bacteria
protect the host from pathogenic bacteria both directly and indirectly. Direct effects include
for example bacteriocin production, production of toxic metabolites or prevention of
adherence of competing bacteria Indirectly, bacteria can induce the host to stimulate
phagocytose or to enhance antibody production (Chiller, 2001). For example, Staphylococcus
epidermidis, which is an normal inhabitant of the skin micro-flora, can prevent
Staphyloccocus aureus from adherence and biofilm formation on the skin by competitive
binding of keratinocyte receptors (Bibel, 1983).

Another way of eradicate biofilms on the skin is topical treatment. On the one hand,
the interest of topical treatment compared to systemic treatment is that, at least in some
dermatological cases, the administered molecule directly access the vascularity of the dermis
and can be effective. On the other hand, topical treatment directly acts on the biofilm structure
and is more effective than systemic antibiotic therapy. Thus, the best way to fight against
biofilms formed on the skin, and responsible for dermatoses, is to eradicate them by
mechanical removal and by using local bactericide agents. For example, hydrogen peroxide at
a concentration of 3% and 5%, and alcohols quickly eradicate Staphylococcus epidermidis
biofilms, whereas povidone-iodine is less effective (Presterl, 2007). But the application of
these results has limitations, considering that those molecules remain toxic and irritative for
skin and tissues, if used for longer contact times. Many studies are lead, in order to find and
implement novel therapeutic strategies and effective control measures.

To conclude, it is quite difficult to treat dermatoses caused by biofilms, as it is not


easy to differentially attack micro-organisms of the skin micro-flora and micro-organisms
responsible for dermatoses, since their sensitivity to many drugs are similar (Masako, 2005).
For example, biofilms of Staphylococcus aureus from atopic dermatitis patients could be
removed with the synergistical use of xylitol and farnesol, associated within a cream.
Actually, the minimum inhibitory concentration of farnesol for Staphylococcus aureus is
lower than that for Staphylococcus epidermidis; so, farnesol inhibits the growth of
Staphylococcus aureus only (Masako, 2005).
The involvement of biofilms in human and animal dermatoses is very significant. The
main consequences for topical prescription in everyday dermatological practice is to try to
respect the physiological balance of the skin microflora, in order to prevent from any
disruption of the skin bacterial homeostasis. It is a difficult challenge, regarding the limited
data available. Actually, much remains to be done.

145
References

[Anderson GG, OToole GA (2008) Innate and induced resistance mechanisms of bacterial
biofilms. Curr. Top. Microbiol. Immunol. 322: 85-105]

[Beloin C, Roux A, Ghigo JM (2008) Escherichia coli biofilms. Curr Top Microbiol
Immunol, 322: 249- 289]

[Bibel DJ, Aly R, Shinefield HR, Maibach HI (1983) The Staphylococcus aureus receptor for
fibronectin. J. Invest. Dermatol. 80: 494-496]

[Burkhart (2003) Microbiologys principle of biofilms as a major factor in the pathogenesis of


acne vulgaris. International Journal of Dermatology. 42: 925-927]

[Burmolle M, Webb JS & al (2006) Enhanced biofilm formation and increased resistance to
antimicrobial agents and bacterial invasion are caused by synergistic interactions in
multispecies biofilms. Applied and environmental Microbiology, 3916-3923]

[Chiller K, Selkin BA, Murakawa GJ (2001) Skin microflora and bacterial infections of the
skin. J. Investig. Dermatol. Symp. Proc. 6(3): 170-174]

[Clutterbuck AL,Woods E J, & al (2007) Biofilms and their relevance to veterinary medicine.
Vet Microbiol., Mar 31; 121 (1-2): 1-17]

[Costerton JW, Lewandowski Z, Caldwell DE, Korber DR, Lappin-Scott HM (1995)


Microbial biofilms. Annu. Rev. Microbiol. 49: 711-745]

[Costerton JW, Stewart PS & al. (1999) Bacterial biofilms: a common cause of persistent
infections. Science, 284: 1318-1322]

[Donlan RM (2001) Biofilms and device-associated infections. Emerg. Infect. Dis. 7: 277-
281]

[Donlan RM (2002) Biofilms : Microbial life on surfaces. Emerg. Infect. Dis. 8 (9), 881-890]

[Donlan RM, Costerton JW (2002) Biofilms : survival mechanisms of clinically relevant


microorganisms. Clin. Microbiol. Rev., 15 : 167- 193]

[Feingold DS (1986) Bacterial adherence, colonization, and pathogenicity. Arch. Dermatol.


122: 161-163]

[Goller CC, Romeo T (2008) Environmental influences on biofilm development. Curr. Top.
Microbiol. Immunol. 322: 37- 66]

[Hall-Stoodley L, Costerton JW, Stoodley P (2004) Bacterial biofilms: from the natural
environment to infectious diseases. Nat. Rev. Microbiol. 2(2): 95-108]

146
[Irie Y, Parsek MR (2008) Quorum sensing and microbial biofilms. Curr. Top. Microbiol.
Immunol., 322: 67- 84]

[Mah TL, OToole GA (2001) Mechanisms of biofilm resistance to antimicrobial agents.


Trends Microbiol. 9: 34- 39]
[Martinez LR, Casadevall A (2007) Cryptococcus neoformans biofilm formation depends on
surface support and carbone source and reduces fungal cells susceptibility to heat, cold and
UV light. Applied and Environmental Microbiology, 4592- 4601]

[Masako K, Hideyuki I, Shigeyuki O, Zenro I (2005) A novel method to control the balance
of skin microflora. Part 1. Attack on biofilm of Staphylococcus aureus without antibiotics.
Journal of Dermatological Science, 38: 197- 205]

[OGara J, Humphreys H (2001) Staphylococcus epidermidis biofilms: importance and


implications. J. Med. Microbiol. 50: 582-587]

[Presterl E, Suchomel M, Eder M, Reichman S, Lassnigg A, Graninger W & Rotter M (2007)


Effects of alcohols, povidone-iodine and hydrogen peroxide on biofilms of Staphylococcus
epidermidis. Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 60: 417-420]

[Spormann AM (2008) Physiology of microbes in biofilms. Curr. Top. Microbiol. Immunol.,


322: 17- 36]

[Stoodley P, Boyle JD, Dodds I & al.(1997) Biofilms : community interactions and control,
1-9]

[Sutherland I (2001) Biofilm exopolysaccharide : a strong and sticky framework.


Microbiology, 147: 3-9]

[Tolker- Nielsen T, Molin S (2000) Spatial organization of microbial biofilm communities.


Microb. Ecol., 40: 75-84]

[Tomlin KL, Malott RJ et al. (2005) Quorum-sensing mutations affect attachment and
stability of Burkholderia cenocepacia biofilms. Applied and Environmental Microbiology,
5208- 5218]

147
LES BIOFILMS ET LA PEAU
De CHALVET de ROCHEMONTEIX Alice
Rsum :

Un biofilm est une communaut de micro-organismes (bactries, champignons,


protozoaires ou algues) adhrant entre eux et fixs une surface. Ils sont enrobs dans une
matrice dexopolysaccharides protectrice et adhsive quils synthtisent. Le mode de vie en
biofilm est le mode de comportement prdominant des organismes unicellulaires, et non la
flottaison libre de type dit "planctonique". Le passage dun mode de vie lautre est un
processus dynamique et complexe, caractris par un changement radical de phnotype et
par lacquisition de proprits spcifiques aux biofilms, notamment lacquisition dune
antibiorsistance. Ceci pose de graves problmes de sant publique: les biofilms peuvent se
former sur des implants mdicaux et tre lorigine dinfections nosocomiales. On trouve
aussi des biofilms la surface de la peau : ces derniers sont impliqus dans les phnomnes de
cicatrisation, dhomostasie cutane et dans le dveloppement de dermatoses. Le but de cette
tude bibliographique est de proposer des axes de recherche sur la problmatique des biofilms
en dermatologie et daboutir llaboration de principes fondamentaux permettant une
prescription cohrente et raisonne de topiques dans le cadre dune consultation de
dermatologie humaine ou vtrinaire.

Mots-clefs :

BIOFILMS/

INFECTIONS
NOSOCOMIALES/DERMATOLOGIE/PEAU/BACTERIES/ANTIBIORESISTANCE/
HOMME/CARNIVORES/CHIEN.

Jury :
Prsident : Pr.
Directeur : Dr Marignac Genevive
Assesseur : Pr Boulouis Henri- Jean
Invit : Dr Hubert Blaise

Adresse de lauteur :

Mademoiselle de Chalvet de Rochemonteix Alice, 14 avenue de la Sur Rosalie, 75013 Paris.


LES BIOFILMS ET LA PEAU

De CHALVET de ROCHEMONTEIX Alice


Summary:

Biofilms are sessile communities of micro-organisms (bacteria, fungi, protozoa or


algae) associated with a surface, and encased in a self-produced extracellular matrix of
exoppolysaccharides. It is the predominant way of life of unicellular organisms. The other
alternative is the free-floating type, known as planktonik. The change from one lifestyle to
another is a dynamic and complex process, characterized by phenotypic changes and
acquisition of properties specific to biofilms, such as antibiotic resistance. This can lead to
serious public health problems because biofilms can form on medical devices and cause
nosocomial infections. There are also biofilms on the skin: they are involved in numerous
phenomena such as healing, skin homeostasis and dermatoses. The aim of this bibliographic
review is to consider the involvement of biofilms in human and animal dermatoses and the
consequences for topical prescription in everyday dermatological practice.

Keywords:

BIOFILMS/

NOSOCOMIAL INFECTIONS/DERMATOLOGY/SKIN/BACTERIA/ANTIBIOTIC

RESISTANCE/HUMAN/DOG/CARNIVORES.

Jury:

President: Pr.

Director: Dr Marignac Genevive


Assessor: Pr. Boulouis Henri- Jean
Guest: Dr. Hubert Blaise

Authors address:

Ms. De Chalvet de Rochemonteix Alice, 14 avenue de la Sur Rosalie, 75013 Paris.

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