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Fig
Fig 7 :
7 : Approche
Approche coopérative
coopérative entre
entre méthodes
méthodes d’analyse
d’analyse et
et de
de traitement
traitement
d’images
d’images pour
pour l’aide
l’aide àà l’interprétation
l’interprétation d’images
d’images [Bar99]
[Bar99] 99].
99].
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Chapitre 2 Recalage d’images médicales
Le domaine applicatif par excellence est le domaine médical vu la diversité des sources ou des
modalités d’images d’une part et les multiples possibilités d’association d’images médicales
d’autre part.
En effet le problème de recalage d’images constitue le centre de gravite des systèmes d’aides
à l’interprétation d’images médicales, au regard du nombre de publications, qui lui sont
consacré.
La problématique du recalage étroitement liée à celle de la mise en correspondance d’objets
(typiquement image/modèle), puisqu’il est généralement question de trouver des
caractéristiques communes aux deux images, invariantes par rapport au type de
transformation recherchée et d’estimer les déformations ou changements qui sont présents..
Le recalage peut être placé dans le domaine plus général de la recherche de similarité entre
images, c'est-à-dire d’opérateurs qui permettent sous centaines conditions généralement assez
restrictives de définir une différence entre images.
Les méthodes de recalage traitent essentiellement :
La transformation au sens mathématique du terme, d’une image en une autre.
La mesure de similarité indiquant le degré de ressemblance d’une image par rapport à
une autre image de référence.
Un processus d’optimisation estimant les meilleurs paramètres de transformation.
L’évaluation des méthodes de recalage est cruciale et importante du faite de l’absence
de référence parfaite.
3. Concept de recalage :
Le recalage des images peut être vu comme étant le processus qui permet de superposer la
plus grande partie commune entre deux images.
De manière un peu plus précise, il consiste à établir la relation entre les objets représentés par
deux images.
Il s’agit, en fait de trouver la transformation optimale qui appliquée a une des images que
nous appellerons image source, permet de la rendre en correspondance avec l’autre image que
nous appellerons image référence.(Voir figure fig2).
On s’intéresse par la mise en correspondance spatiale où les transformations géométriques
sont mises en jeu dans le processus d’alignement.
Définition 1 : La notion de recalage est associée à la définition d’une correspondance point
à point entre les coordonnées d’un point dans un espace à celle d’un autre point dans un autre
espace [Bar99].
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Chapitre 2 Recalage d’images médicales
Définition 2 :
Soient deux images a recaler IR et IS qui dénotent respectivement l’image de référence et
l’image source. IR et IS sont considérées comme des applications d’une partie finie de R 2 ou
R3 a valeurs dans R :[Mesh04].
I R : I R Rd R Et IS : I S Rd ' R où ( d , d ' ) 2,3 2
Les éléments de ΩIS et ΩIR sont les vecteurs de dimension 2 ou 3 des coordonnées spatiales
associés aux points images (pixels ou voxels). Recaler IR et Is consiste à trouver la
transformation géométrique G et la transformation radio métrique F qui permettent d’apparier
des points physiquement homologues selon la relation :
I R ( P ) F ( I S (G ( P)), q ) B Où
p : est le vecteur des coordonnées spatiales d’un point d’une image.
q : est un vecteur qui représente tous les facteurs exogènes qui influent sur les valeurs des
pixels tel que la lumière par exemple.
B : est une mesure d’une variable aléatoire modélisant le bruit du processus d’imagerie.
Fig2 :
Fig2 : Image
Image Référence
Référence Fig3 :
Fig3 : Image
Image Source
Source
référence
référence
Fig8 :
Fig8 : Superposition
Superposition des
des parties
parties communes
communes
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Chapitre 2 Recalage d’images médicales
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Chapitre 2 Recalage d’images médicales
Fig9 :
Fig9 : exemples
exemples de
de transformations
transformations dede domaine
domaine et
et
d’élasticité variable [Els 93].
d’élasticité variable [Els 93].
Une description matricielle des transformations affines par exemple peut s’écrire sous
la forme [Thi 01] :
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Chapitre 2 Recalage d’images médicales
X S h Sc RX T
Ou en 2 D,
X=(x, y)t est le vecteur de coordonnées du point initial.
X’= (x’, y')t celui du point transformé.
Sh une matrice de cisaillement.
Sc une matrice de facteurs d’échelle.
R une matrice de rotation.
T une matrice de translation.
Si l’on considère une transformation rigide , les différentes matrices peuvent être exprimées
sous la forme :
1 a
- S h b 1 Pour
Pour une
une transformation
transformation rigide
rigide a=
a= b=0 ;
b=0 ;
Sx 0
- Sc Où
Où SSxx et
et SSyy sont
sont les
les facteurs
facteurs d’échelle,
d’échelle,
0 S y
pour
pour une
une transformation
transformation rigide
rigide
cos sin
- R sin
cos
Où
Où Φ
Φ est
est l’angle
l’angle de
de rotation.
rotation.
tx
- T Où
Où ttxxet
et ttyy sont
sont les
les composantes
composantes de
de translation ;
translation ;
ty
4.5 Interaction :
On peut avoir un recalage :
-Interactif : ou l’initialisation est supporté ou non.
-Semi-automatique (recalage supervisé par l’utilisateur).
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Chapitre 2 Recalage d’images médicales
L’initialisation est faite par l’utilisateur, ou la conduite /correction est faite par
l’utilisateur ou les deux à la fois et le traitement de recalage (transformations, …) par
programme.
-Automatique (recalage non supervisé): l’utilisateur fournit le programme et les images à
recaler et n’intervient pas dans le processus de recalage.
5. Modalités en recalage d’images médicales :
La diversité des modalités d’imagerie médicale, tant anatomiques que fonctionnelles est la
source d’un grand nombre de problématiques de recalage.
Trois grandes classes d’applications de recalage doivent être distinguées :
5.1 Le recalage mono modalité :( TDM - TDM, IRM-IRM, TEP - TEP, TEMP-TEMP,
R ay X- Ray X, CT-CT).
Le nombre d’applications mettant en jeu le recalage entre différentes images issues de
la même modalité est important.
En angiographie numérisée, la morphologie des vaisseaux est étudiée en réalisant deux
acquisitions successives avant et après l’injection d’un produit de contraste.
La soustraction des deux images acquises permet de visualiser les vaisseaux, un recalage
préalable à la soustraction des images est souvent nécessaire.
5.2 Le recalage multi modalité:
(TDM-IRM , TDM-TEP , TEP-IRM , TEMP-IRM , Ray X – IRM , CT-IRM , CT-TEP , Ray
X-CT ).
La comparaison d’images multimodalité permet l’exploitation d’informations
complémentaires comme celles acquises avec des modalités d’imageries morphologiques
(TDM -IRM) et fonctionnelles (médecine TEP ou TEMP).
Le recalage de ce type d’information avec des images morphologiques haute résolution
permet une localisation spatiale plus précise des phénomènes fonctionnels étudies .
Il peut également être intéressant de combiner des données haute résolution comme par
exemple l’IRM et la TDM pour leurs caractérisations tissulaires respectives : Tissus mous
(IRM), Structures osseuses (TDM).
Une comparaison des différentes techniques de recalage automatiques (TDM-IRM )et (TEP-
IRM) a été réalisée. La combinaison d’informations complémentaires doit permettre au
médecin d’étudier les différents aspects d’une même pathologie ou d’un même phénomène en
utilisant au mieux les capacités des différentes modalités d’imagerie disponibles.
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Chapitre 2 Recalage d’images médicales
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Chapitre 2 Recalage d’images médicales
Tab1 :
Tab1 : Exemple
Exemple d’applications
d’applications médicales
médicales utilisant
utilisant le
le recalage.
recalage. [Bari
[Bari 99].
99].
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Chapitre 2 Recalage d’images médicales
L’IRM est l’une des meilleure modalités utilisées grâce a sa grande résolution des algorithme
de traitement d’images en dépendent et a son champs d’investigation important (cerveau,
cœur, ligaments,…..).
Elle est utilisée par excellence en imagerie cérébrale et les applications sont potentielles ,
nombreuses et variées .
Une image cérébrale IRM peut être comparé et donc aligner à :
une autre image IRM anatomique.
une image IRM fonctionnelle
une image d’autre modalité à savoir CT, TEMP.
une image modèle issue d’une base de données médicale (Atlas).
Ce la suppose aussi la diversité d’association de chacune des deux images à un même sujet
ou deux sujets différents.
Dans chacun des cas précités a différentes transformation géométrique du recalage se
définissent toutes possibles à utiliser, et la multiplicité des méthodes de mesure de similarité
attestent de la difficulté de choix d’une méthode et son évaluation d’une par rapport a une
autre.
Dans le cadre de notre application on teste(pour commencer) le recalage rigide mettant en jeu
des images IRM mono_modalité.
8. Mesure de similarité : [Mes 04] :
Plusieurs mesures de similarité ont été proposées dans la littérature. Elles reposent toutes sur
un principe commun qui est régi par I’idée que les intensités des deux images manifestent une
cohérence d’autant plus forte que les images sont bien recalées. La mesure de similarité est de
ce fait le moyen qui permet de quantifier cette notion de cohérence. En d’autres termes, elle
permet une évaluation quantitative du degré de ressemblance entre deux images. En utilisant
une formulation en termes du maximum de vraisemblance.
Une autre description unifiée de certaines de ces mesures en termes d’histogrammes
conjoints a fait l’objet de d’autres travaux.De manière générale, l’utilisation d’une mesure de
similarité repose sur un certain nombre d’hypothèses qui sont de mois en moins restrictives
allant de l’hypothèse de conservation d’intensités passant par I’hypothèse de dépendance
linéaire jusqu’aux hypothèses de dépendance fonctionnelle et de dépendance statistique. Les
deux premières hypothèses sont bien suffisantes pour rendre compte de la relation entre des
images mono-source. Cependant, elles s’accommodent mal de la relation complexe
manifestée par des images multi sources à la différence de l’hypothèse de dépendance
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Chapitre 2 Recalage d’images médicales
statistique. Nous résumons dans le tableau suivant les mesures de similarité en fonction de
leur procédé d’acquisition et des hypothèses sur lesquelles elles reposent.
Hypothèses Mesures de similarité Procédé d’acquisition
Conservation Critère quadratique
d’intensité Somme des écarts absolus
Dépendance Corrélation croisée normalisée
Mono-source
linéaire Coefficient de corrélation
Dépendance Critère de Woods Rapport de
fonctionnelle corrélation
Dépendance Entropie conjointe Information
Multi-sources
statistique mutuelle Information mutuelle
normalisée
De manière formelle, une mesure de similarité est en fait une fonction notée C à valeurs
réelles dont les arguments sont les images à comparer et la transformation considérée.
C : (I s , I R , G) R
Les valeurs retournées par la fonction de similarité donnent une indication sur la ressemblance
entre IR et la transformée par G de Is
8.1 Critère de similarité quadratique :
C’est un critère utilisé dans le cas des images Mono-source. TI se calcule sur des primitives
de type point ou pixels. La fonction quadratique peut s’exprimer comme :
Tab
Tab 2.
2.CClassification des Imesures
des
(I R , I S , G)
Classification R ( P ) I S (G ( P ))
mesures de
de similarité.[Mes04]
similarité.[Mes04]
2
p
Où p est le vecteur des coordonnées spatiales d’une primitive point et l’ensemble des
primitives. Ce critère décroît avec le degré de similarité entre I R et la transformée par G de
IS .
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Chapitre 2 Recalage d’images médicales
Ce type de critère permet de définir des mesures de similarité en intensités. Ce sont des
critères iconiques qui sont efficaces, en présence de bruit Gaussien. On distingue notamment
la corrélation croisée normalisée et le coefficient de corrélation.
La corrélation croisée normalisée à été définie à l’origine pour reconnaître et localiser tine
certaine forme (dite template) dans une image. Il s’agit d’identifier la partie de celle-ci qui
coïncide le plus avec la forme.
En généralisant cette mesure au cas de deux images de même taille I R et IS, la corrélation
croisée normalisée s’exprime comme suit :
[ I R ( P)][ I S (G ( P))]
p
C ( I R , I S , G)
2
[ I R ( P)]
P
Comme la mesure est iconique, dénote toutes les positions de pixels constituant l’image et
p est un point de cet ensemble. En fait, cette mesure est directement liée au critère quadratique
qui calcule la somme des carres des différences à savoir :
[I
P
R ( P ) I S (G ( P ))] 2
énergie de I S ( [ I S (G ( P ))] ) et le terme produit ( I R ( P ))( I S (G ( P ))) .Il est alors aisé
2
p pq
de constater que la corrélation croisée normalisée est le rapport du terme produit par I’énergie
de I R Plus les images sont similaires, plus grande est leur corrélation croisée normalisée.
Une autre mesure iconique qui est basée sur l’hypothèse de dépendance linéaire entre les
images est le coefficient de corrélation linéaire. II fournit une mesure absolue et se définit
comme le rapport :
cov( I R (.), I S (G (.)))
CN ( I R , I S , G)
I R IS
[I
p
R ( P ) I R ][ I S (G ( p )) I S ]
C N ( I R , I S , G)
( I R ( p) I R ) 2 ( I S (G ( p)) I S ) 2
Les valeurs de cette mesure sont normalisées à l’intervalle [-1,1]. Elles donnent une indication
sur la relation linéaire liant les deux images.
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Chapitre 2 Recalage d’images médicales
Cette méthode est dite stochastique car elle s’applique sur des images bruitées. Elle s’est
révélée particulièrement performante pour Ie recalage d’images scintigraphiques poilues par
un bruit poissonnien .
En l’absence de bruit, la technique du changement de signe déterministe est appliquée a
I’image de différence modifiée :
I D ( p) I R ( p ) I S (G ( p)) q(1) n
Où q est Un paramètre suffisamment faible dont le rôle est de rajouter â I’image a recaler une
structure périodique qui compense I’absence de bruit.
8.4 Le Critère de Woods :
Le critère de Woods représente une des premières tentatives dans la définition de mesures de
similarité adaptées au cas des images multi-source. Il se base sur le principe qu’une zone
homogène de l’image de référence correspond forcément à une zone homogène de l’image
source même si les modalités d’acquisition des deux images sont différentes. Ce principe
traduit en fait l’hypothèse dite d’uniformité inter images. L’évaluation du critère suggère un
partitionnement de l’image de référence par une simple classification au sens niveau de gris.
La partition ainsi obtenue est projetée sur l’image source a recaler. Le critère de Woods
consiste à minimiser les variances normalisées des régions de la partition.
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Chapitre 2 Recalage d’images médicales
G Ng g
C (I R , I S , G)
g 1 N g
1
I [I
2
Avec g N S ( g ( p )) et g S (G ( P )) g ]
p / I R ( p ) g P / I R ( P ) g
g
L’entropie est définie en termes du logarithme a base 2. De façon intuitive, l’entropie mesure
l’information moyenne fournie par une certaine distribution
b- Entropie conjointe :
Quand on considère deux variables aléatoires X et Y, on s’interroge souvent sur la dépendance
fonctionnelle de ces variable. Dans le cas d'une dépendance total, la connaissance d'une
mesure d’une des deux distributions permet de déterminer complètement l’autre et donc
élimine toute notion aléatoire a son propos. Dans le cas contraire de totale indépendance, la
connaissance de l’une ne permet pas de prédire l’autre. Par vole de conséquence, quantifier
une dépendance revient a quantifier tin certain aspect aléatoire. L’entropie s’avère donc
comme l’outil idéal pour décider de cette dépendance ou non. On considère alors la
distribution conjointe, représentée par l’ensemble des paires ((x i, yi), p (xi, yi), qui définit les
probabilités des co-occurrences des événements X et 1.
Ceci petit être évalué par l’entropie coigointe H(X, Y) définie par :
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Chapitre 2 Recalage d’images médicales
H ( X ,Y ) P( x, y ) log P( x, y )
x y
Et on calcule son entropie H(D). Plus les images sont bien alignées, plus petite sera l‘entropie
de l’image différence
Entropie conjointe de deux images :
En minimisant l’entropie conjointe entre deux images [Macs, 97], un recalage correct peut
être trouvé.
L'entropie conjointe est définie par :
H ( I R (.) I S (T (.))) E ( I R (.), I S (T (.))) H ( g , k ) P ( g , k ) log(P ( g , k ))
g k
d. Information mutuelle :
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Chapitre 2 Recalage d’images médicales
L’entropie conjointe représente uniquement l’information partagée par deux images sans tenir
compte de la zone d’intersection. Pour définir une meilleure mesure de la correspondance
entre deux images et de la quantité d’information fournie par chacune des images là où elles
se superposent, d’autres chercheurs [Viola, 95][WeIls, 96] ont défini l’information mutuelle
définie par:
P( g , k )
IM ( I R (.), I S (T (.))) P( g , k ) log
g k P( g ).P( k )
En d’autres termes, l’information mutuelle est liée a l’entropie conjointe par la relation :
IM ( g , k ) H ( g ) H ( k ) H (b, k )
L’information mutuelle comme mesure tend vers 0 clans le cas d’une indépendance et donc
dis similarité entre les images ci die est maximale clans le cas d’une parfaite superposition.
Étant donnée l'image de référence, il s'agit alors de chercher la transformation G qui appliquée
à Is tend à réduire son entropie et donc à maximiser l'information mutuelle. D'autres variantes
de mesures entropiques ont été proposées dans [Stu 99].
9. Conclusion
Nous avons définit le long de ce chapitre le recalage d’images en présentant sa problématique,
son contexte, et sa formulation mathématique à travers la notion de transformation
mathématique mise en jeu pour aligner les images.
Les éléments de classification des méthodes de recalage montrent a la fois leurs multiplicité et
leurs diversité d’applications possibles.
Le recalage d’images IRM cérébrale est présenté comme exemple.
Le chapitre suivant détaillera l’étude des transformations possibles en recalage spatial
d’images.
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