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UNIVERSITE DE NOUAKCHOTT

FACULTE DES SCIENCES ET TECHNIQUES


DEPARTEMENT DE BIOLOGIE

TRAVAUX DIRIGS
DE BIOCHIMIE STRUCTURALE
BG-2

Elabor par,

Ahmedou O. Houmeida : Glucides, protines


Ali O. Med Salem O. El Boukhary : Acides nucliques
Med Vall O. Kbir : Lipides

Anne universitaire 2007-2008

1
Cette srie comprend 64 exercices de biochimie structurale, destins aux tudiants de la
deuxime anne Biologie-Gologie (BG-2). Elle couvre les quatre chapitres
suivants dispenss en cours :
Glucides
Acides amins, peptides et protines
Acides nucliques
Lipides
Tous les exercices seront corrigs pendant les sances de travaux diriges. Cependant, tant
donn le nombre lev dexercices, les tudiants sont tenus de prparer les exercices avant
chaque sance.

2
I. Les Glucides

3
Ex. 1 :
Dire si les couples suivants sont anomres, epimres, nantiomres, aldose-ctoses ou autre :
(D glucose, D-manose)
(D-glucose, D-fructose)
(-D glucopyranose,-D-glucopyranose)
(D-ribose, D-ribulose)
(D-xylose, L-xylulose)

Ex. 2 :
Dcrire brivement (7lignes maximum) la relation entre les termes suivants :
carbone asymtrique
stroisomres
chirale
pouvoir rotatoire

Ex.3 :
On donne les oses suivants selon Fisher:

D-Allose D-Sorbose
Reprsenter selon Haworth la structure de lanomre D furanose de laldose et de
lanomre -D-pyranose du ctose.
Donner la structure selon Haworth et le nom du diholoside non rducteur form par ces
deux oses.
Numrotez les carbones sur chacune de ces structures.
On place un miroir en dessous du diholoside. Donner la structure et le nom du produit
obtenu.
Prcisez la numrotation des carbones sur cette structure.

Ex. 4 :
Lutilisation de la reprsentation de Haworth peut conduire a une impression errone quant
la structure relle des cycles pyraniques et furaniques .
a) Discutez brivement ce point (8lignes maximum)
b) Donnez lquilibre les structures relles du -D-galactopyranose et leurs noms selon
Reeves sachant que la forme minoritaire cet quilibre possde tous ses hydroxyles en
position axiale.

Ex. 5 :
Dduire des informations suivantes la structure de D-talose :
le D-talose et le D-galactose donnent la mme ozasone.
Ces deux oses donnent aprs rduction deux polyalcools diffrents.

4
Ex. 6 :
On donne les deux diholosides suivants :

CH2OH O
HOH2C O HOH2C O O
O
HOH2C
CH2OH CH2OH
O

Montrez sils reprsentent le mme sucre ou non.

Ex. 7 :
On donne une molcule damylopectine contenant 1000 rsidus de glucose et possdant une
ramification chaque 25 rsidus de glucose. Combien dextrmits rductrices, cette
molcule contient-elle ? Justifiez.

Ex. 8 :
Donnez la structure selon Haworth des composs suivants :
3-doxy- -D-glucopyranose
2-N-actyl- -D-manofuranose
1,3,4 tri-O-methyl--D-fructofuranose.

Ex. 9 :
Un diholoside donne aprs permthylation suivie dhydrolyse acide les composs suivants :
3,4,,6 tri-O-methyl--D-glucose
1,3,4,6 tetra-O-methyl--D-fructose
laldose est sous sa forme pyranose alors que le ctose est sous sa forme furanose.
En dduire le nom et la structure selon Haworth de ce diholoside . Est-t-il rducteur ou non?
Justifiez.

Ex. 10 :
La permethylation du diholoside A-B suivie dhydrolyse acide douce a donn les composs
suivants :
2,3,4 tri-O-methyl alpha-D- pyranose
1,3,4 tri-O-methyl beta-D-psicofuranose.
Donnez selon Haworth la structure et le nom du diholoside A-B
Quelle serait le rsultat exprimental de la raction de ce diholoside avec le ractif de
Fehling? Quen dduisez vous ? Justifiez ?
Donnez de faon prcise les noms des enzymes qui peuvent couper ce diholoside.

Ex. 11 :
On donne les pouvoirs rotatoires suivants :
-D-glucopyranose : 112
Beta-D-glucopyranose : 18,7 .
Calculez langle de dviation de la lumire polarise dune solution de -D-glucopyranose
0,5 M dans un tube de longueur 100 mm.
Quand on dissout une quantit de -D-glucopyranose dans de leau distille on observe une
diminution progressive du pouvoir rotatoire de 112 vers 52,7. Expliquez la raison de cette
diminution.

5
Mesurez les pourcentages des deux anomres -D-glucopyranose et -D-glucopyranose
lquilibre.
N.B : PM du glucose est suppos connu.

Ex. 12 :
On ajoute 50 ml deau distille 25 ml dune solution A dun hexose (D-xylose) (pouvoir
rotatoire = +19) de concentration inconnue. 5 ml de ce mlange sont alors placs dans un
tube de polarimtre de longueur 10 cm. Langle de dviation de la lumire polarise mesure
dans ces conditions est de +3.
Calculez la concentration de la solution A avant le mlange en g/l et en molarit.
20 ml de cette solution A sont additionns 20 ml dune solution 2,5% de fructose
(pouvoir rotatoire = -92). Calculez langle de dviation de la lumire polarise par ce
mlange (on utilise les mmes conditions de mesure).

Ex. 13:
Donner la formule gnrale des oses.
Donner la formule qui permet de dterminer le nombre de steroisomres dun ose.
Dfinir les termes suivants (2 lignes maximum par terme) :
- Enantiomres
- Epimres
- Diasteroisomres
- Sucre rducteur
Ex. 14:
Aprs permthylation dun tra-holoside branch suivie dune hydrolyse acide, on obtient
les composs suivants :
2,3,4,6 tetra-o-methy alpha-D-glucopyranose
2,3,4,6 ttra-o-methyl alpha D-manopyranose
2,3 di-o-methyl- alpha-D galactopypranose
2,3,6 tri-o-methyl-alpha D- glucopyranose
Donner selon Haworth une structure de A qui satisfait le rsultat ci-dessus. Dire si A
est rducteur ou nom. Justifier (2 lignes max.).

Ex. 15:
Aprs mthylation exhaustive suivie dhydrolyse acide de 34 g damylopectine on a obtenu
les quantits ci-dessous des produits suivants :
A: 16,6 mmole 2,3,4,6 tetra-o-methyl alpha-D- glucopyranose
B : 16,6 mmoles
C : x mmoles 2,3,6 tri-o-methy alpha-D-glucopyranose
Donner lorigine (position) de A dans la chane damylopectine.
Donner le nom gnrique de B.
Calculer la quantit x (en mmoles) de C.
*Note : PM dun rsidu glycosyl =162.

Ex. 16:
Le D-arabinose est un epimre en C2 du D-ribose
On donne selon Fisher la structure du L-arabinose :
En dduire la structure selon Haworth du bta-D- ribofuranose.
Donner la structure spatiale relle de cet ose sachant que les OH sur
les carbones C1, C3 sont en position quatoriale alors les groupements sur les deux autres
carbones sont en position axiale. Numroter les carbones sur cette structure.

6
On dissout 18 mmoles de D-ribose (pouvoir rotatoire =12) dans 15 ml deau distille. On
place 5 ml de cette solution dans un tube de polarimtre de longueur 30 cm. Calculer langle
de dviation de la lumire polarise par cette solution.

Ex. 18:
Donner la structure selon Haworth du tri saccharide suivant :
-D-manofuranosyl-(1-1)- -D-glucopyranosyl-(2-2)- -D-psycopyrose
le psicose est lpimre en C3 du fructose.
On place un miroir en dessous de ce tri saccharide. Donner la structure et le nom du produit
obtenu.
Apres permthylation et hydrolyse acide, donner les noms et structures selon Haworth
Des produits obtenus.

7
II. Acides amins et peptides

8
Ex. 1 :
Donnez les noms et symboles de 10 acides amins dont 2 sont aromatiques, 3 apolaires et 3
polaires.
Donner la structure ionique prdominante du peptide Ala-Asp-Cys-Leu aux pH: 1; 3 et 12.
Calculer la charge nette de ce peptide ces pH.

Ex. 2:
On donne les acides amins suivants : Val, Tyr, Lys, Asp.
a) Remplir le tableau suivant :

Tyr Val Lys Asp


Formule ionique
majoritaire
pH2
Formule ionique
majoritaire
pH12
pHi
Lettre
correspondant
au nom

b) Dire partir de quel pH le groupement latral de lacide amin aromatique commence


tre majoritairement anionique.
c) Calculer la concentration de la forme ionise du groupement latral dans une solution de
lysine 0,1M aux pH 10,5 et 12.
d) Donner lordre dlution des quatre acides amins ci-dessus sur une chromatographie
changeuse danions. Justifier.
e) On synthtise un peptide P partir de ces quatre a.a. Combien de ttrapeptides diffrents
(sans rptition dacides amins) peut on former ?
f) Combien doit on peser (en g) de ce ttrapeptide pour prparer 450 ml dune solution
50nM.

Ex. 3 :
On donne loligopeptide suivant : Ala-Lys- Glu-Cys
Donner sa forme majoritaire et sa charge nette aux pH 1 et 12.
Calculer aux pH 9 et 3 les pourcentages des formes ionises et non ionises des groupements
latraux polaires de cet oligopeptide.

Ex. 4 :
On donne la constante de dissociation du groupement SH de Cys (pK=8,37).
Calculer les pourcentages des formes ionises et non ionises de ce groupement pH7.

Ex. 5:
Un protine P (80 000 g/mole) a une coefficient dabsorption molaire de 20 000 cm-1 M-1
280 nm. Calculer la densit optique dune solution de 1m/ml mure dans une cuve de
spectrophotomtre de trajet optique (l) gal 1 cm. En dduire le pourcentage de lumire
transmise (I) travers cette solution.
Quelle aurait t la D.O lue si la cuve de lecture avait un l =5 mm. ?

Ex. 6 :

9
a) 0.1 ml dune solution de valine (Mr = 99) est ajout 4.9 ml deau. La concentration de la
solution rsultante est 20 mM. Quelle tait la concentration (mM) de la solution initiale de
valine.
Combien de mg de valine sont prsents dans la solution finale.
b) Vous avez une solution stock (de dpart) de tyrosine 5 mg/ml. Vous voulez prparer 2.5
litres une concentration finale de 40 nM. Combien de la solution stock, vous utiliserez ?
Quelle est la concentration de la forme ionise du groupement latral pH 12 (pKr =10,46)
dans la solution finale.

Ex. 7:
On donne une protine P poids molculaire 2832 et contenant une seul acide amin basique.
Le traitement de P par le DNFB donne DNB-leu seulement. De plus, pour 0,7 g de P, on
obtient 0,12 g de Leu en position N-terminale.
Laction de la trypsine sur P suivie de la dgradation dEdman sur le produits dhydrolyse
obtenus donne seulement le deux tripeptides suivants : Leu-Ser- X charge nette 0 pH 12 et
Ala-Gly-Met.
Dduire de ces informations la structure quaternaire et primaire de P.
NB. Le PM moyen dun acide amin est ici 118.

Ex. 8:
Un oligopeptide P compos de 12 acides amins contient entre autre la lysine et laspartate
comme seuls acides amins polaires chargs. La composition en a.a. de P aprs hydrolyse
acide ne montre aucun acide amin aromatique.
Laction de la trypsine sur P donne dans lordre ( partir de lextrmit N-ter) les fragments :
T1 (3 a.a.) ; T2 (3 a.a.) ; T3 (5 a.a.).
La digestion de P par la chymotrypine donne aussi dans lordre : CT1 (4 a.a.) ; CT2 (5 a.a.) et
CT3 (3 a.a).
le traitement au CNBr de P donne dans lordre : CN1 (5 a.a.) ; CN2 (3 a.a.) et CN3 (4 a.a.).
La dgradation dEdman sur P donne un acide amin puis PTA-Ala.
Laction du chlorure de Dansyl sur donne dansyl-Gly. Son traitement par la
carboxypeptidase donne un acide amin non chiral.
On donne les informations suivantes :
T1 et CT1 ont la mme extrmit N-ter.
T3 et CT3 ont la mme extrmit N-ter.
Dduire de cette donne la squence de P.

Ex. 9:
Tyr a un poids molculaire de 163.
a) Combien de gr sont prsents dans 45 micromoles de Tyr.
b) Combien de mg sont dans250 ml dune solution de tyrosine 10 M.
c) Combien de nanomoles de tyrosine sont dissoutes dan un litre de tyrosine 30 M.
d) Combien de g sont prsents dans 200 ml dune solution de Tyr 0,02%.
e) On prpare 500 ml dune solution de Tyr 10%. On enlve de cette solution 100 ml.
Calculer la concentration molaire de la solution restante.
f) Dterminer le coefficient dextinction molaire de la tyrosine sachant que labsorbance
de la solution en e) msuse dan un spectrophotomtre de trajet optique 1 cm est 0.5.

Ex. 10 :
On veut sparer les oligopeptides suivants :;
A: Ser-Phe-Met-Gly-Ile; B : Val-Trp-Glu-Ala-Cys-Leu; C: Gly-Pro-Glu-Asp-Ile-Val

10
Dcrire brivement la procdure de cette sparation par une chromatographie changeuse
danions pH7 et donner lordre de sortie de ces oligoppetides.

Ex. 11 :
On donne la composition en acides amins dun peptide P:
1 Ile; 1 val; 1 Tyr; 1 Met; 1 Ser; 1 Glu; 1 Arg; 1 Gly; 1 Asp.
Le traitement de P par le ractif dEdman a donn PTH-Ala et par la carboxypeptidase Glu.
La coupure par la trypsine a donn deux fragments A et B.
A contient un acide amin alcool. Son traitement par la chymotrypsine a donn dune part
un dipeptide qui donne aprs hydrolyse acide Ala seulement et dautre part un peptide I qui
ne ragit pas avec la trypsine. Le traitement de I par le chlorure de dansyl a donn dansyl-
Gly et par la carboxypeptidase successivement un acide amin puis Val.
La coupure de B par le CNBr a donn dune part un tripeptide qui absorbe la lumire 280
nm et dont le traitement par le DNFB a donn DNF-Ile et dautre part un peptide dont la
charge nette pH7 = -2.
Donner la squence de P en montrant les diffrents fragments et les sites de coupure.

Ex. 12 :
Aprs hydrolyse acide sur un peptide P on a obtenu les acides amins suivants:
1 Ala; 2 Asp; 2 Gln; 1 Ile; 1 Lys; 3 Met; 2 Phe.
Le traitement de P par la chymotrypsine suivie de la dgradation dEdman sur les fragments
librs a donn:
Phe
NH2-Asp-Met-Gln-Phe-COOH
NH2-Lys-Gln-Met-Asp-COOH
NH2-Ile-Ala-Met-Trp-COOH
La raction au CNBr suivie de la dgradation dEdman sur les fragments librs a donn:
Asp
Asp-HSL
NH2-Gln-Phe-Ile-Ala-HSL
NH2-Trp-Phe-Lys-Gln-HSL
En dduire la squence de P.
HSL = homosrine lactone (aprs la modification de Met par la raction au CNBr)

Ex. 13:
La myoglobine est une protine dans le muscle quivalente fonctionnellement
lhmoglobine du sang. Elle a un Mr = 18000 et E = 15000 cm-1 . M-1 280 nm.
Calculer la concentration en % dune solution de myoglobine qui a une absorbance A = 0,85
mesure 280 nm dans une cuve de trajet optique l = 1 cm.

Ex.14 :
La composition en acides amins dun peptide P a donn:
Gly 1; Cys 1; Lys 2; Ala 1; Met 2; Arg 1; Asx 1; Ser 1.
Le traitement de P par la chymotrypsine a donn dans lordre (de lextrmit N-ter vers
lextrmit C-ter) CT1 (4 a.a); CT2 (5 a.a); CT3 (3 a.a).
Laction de la trypsine sur P a donn dans lordre T1(2 a.a); T2 (4 a.a); T3 (3 a.a); et T4(4 a.a)
Laction du CNBr sur P a donn dans lordre CN1(4 a.a) ; CN2 (4 a.a) et CN3 (5 a.a)
Laction de la carboxypeptidase sur P a libr un a.a non chiral puis un a.a. portant un
groupement thiol.
Le fragment T1 absorbe en UV.
La charge nette de CT3 pH7 = 0.

11
T1 et T3 ont la mme extrmit carboxylique
Laction du chrlorure de dansyl sur T3 a libr radical alcool
Dduire de ces informations la squence de P.

Ex. 15:
a) 0,1 ml dune solution de valine (Mr =99) est ajout 4,9 ml deau. La concentration de la
solution rsultante est 20 M. Quelle tait la concentration (M) de la solution initiale de
valine.
Combien de mg de valine sont prsents dans la solution finale.
b) Vous avez une solution stock (de dpart) de tyrosine 5 mg/ml. Vous voulez prparer
2,5litres une concentration finale de 40 nM. Combien de la solution stock, vous utiliserez.
Quelle est la concentration de la forme ionise du groupement latral pH 12 (pKr =10.46)
dans la soultion finale.

12
III. Lipides

13
Ex.1
Ecrire la formule semi-dveloppe dun acide gras polyinsatur possdant 20 atomes de C et
quatre doubles liaisons dont la premire est situe entre les carbones 5 et 6. Donner sa
nomenclature chimique et son symbole. A quelle srie appartient-il

Ex.2
Cocher parmi les proprits suivantes attribues lacide starique les deux qui sont
incompatibles : - Il possde 18 atomes de C, il est insoluble dans leau, il fixe de liode, il peut
former des esters avec les alcools, il est satur, il donne avec la soude des sels (savons)
soluble dans leau.

Ex.3
Ecrire la raction destrification conduisant au 1-palmityl 2-staryl 3-lauryl glycrol.
Donnes : acide palmitique C16 :0 ; acide starique C18 :0 ; acide laurique C12 :0.
crire sous forme semi-dveloppe la raction conduisant au triester du glycrol et de l'acide
n-Dodcanoque (C12:0).

Ex.4
Prciser en justifiant la rponse, le caractre hydrophile, lipophile (hydrophobe) ou
amphiphile des composs suivants : un triglycride (triacylglycrol), une lcithine
(phospholipide), le cholestrol, un ester d'acide gras et de cholestrol.

Ex.5
Quelle est la formule dveloppe dun triglycride homogne du glycrol avec un acide gras
satur dont lindice de saponification = 208,4 ? (KOH = 56).

Ex.6
Un triglycride de poids molculaire 800 prsente un indice diode gal 100. Sachant que le
poids atomique de liode est gal 127, que peut-on dduire sur la structure de ce
triglycride ?

Ex.7
Loxydation permanganatique dun acide gras polyinsatur a conduit la formation (par
mole dacides gras) : dune mole dacide caproque (monoacide en C6), trois moles dacides
malonique (diacides carboxylique en C3) et une mole dun diacide carboxylique en C5. Quel
est la formule et le nom de cet acide gras ?.

Ex.8
Un acide gras possdant une double liaison est oxyd par le permanganate de potassium
chaud. L'analyse des produits obtenus montre qu'il y a 2 composs : un acide : C9H18O2 et un
diacide : C9H16O4. Retrouver la formule dveloppe de l'acide gras initial. Donner son nom ?
(nom usuel ou nom systmatique)

Ex.9
Quelle est la formule dveloppe dun acide gras chane linaire si on obtient les indices
exprimentaux suivants :
Indice de saponification (IS) = 198,9 ; Indice diode (II) = 89,93
Par oxydation permanganatique, on obtient un monoacide A et un diacide B saturs et
linaires.
0,79 g de A sont neutraliss par 5 ml de soude 1N.
0.94 g de B sont neutraliss par 10 ml de soude 1N.

14
Ex.10
On soumet un extrait d'acides gras de triglycrides sriques une estrification par le
mthanol en prsence de catalyseurs appropris. Les esters mthyliques obtenus sont soumis
une chromatographie en phase gazeuse (CPG) sur une colonne imprgne de graisses
silicones (phase stationnaire apolaire). On obtient le chromatogramme suivant :

La rfrence par rapport des acides gras talons nous indique la prsence d'acide
laurylique (C12:0), d'acide myristique (C14:0), d'acide palmitique (C16:0), d'acide
palmitolique (C16:1), d'acide starique (C18:0), d'acide olique (C18:1) et d'acide linolique
(C18:2).
1. crire la raction de mthylation entre le mthanol et un des acides gras cits.
2. Reproduire le chromatogramme et situer les diffrents acides gras du mlange en justifiant
votre
rponse.
3. En utilisant les donnes du chromatogramme, indiquer en pourcentage la composition du
triglycride
analys en acides. Les pics tant trs troits on considrera que la concentration est
proportionnelle la hauteur.

Ex. 11
Les acides gras d'un mlange analyser sont transforms en esters mthyliques et soumis
une chromatographie en phase gazeuse (CPG). On compare l'enregistrement obtenu (fig. 1)
avec celui obtenu dans les mmes conditions avec un mlange d'ester mthyliques d'acides
gras tmoins (fig. 2).

Fig.1

15
Fig.2

1. Quel est le rle de la mthylation pralable des acides gras ?


2. Analyser l'enregistrement de la figure 2 et montrer l'influence de facteurs structuraux sur
le temps de rtention des produits spars.
3. Que peut-on dduire de la comparaison des chromatogrammes, quant la structure des
acides gras X1 et X2 ?
4. Les rsultats suivants permettent de prciser la structure des 2 acides gras :
L'acide gras X1 a un indice d'iode nul ; l'acide X2 a un indice d'iode non nul.
L'oxydation de l'acide gras X2 par l'acide nitrique donne un monoacide
A1 et un diacide A2, tous deux chane linaire sature.
2,37 g de A1 sont "neutraliss" par 15 mL de solution de soude 1
mol.L-1
0,94 g de A2 sont "neutraliss" par 10 mL de la mme soude.
Dduire de ces donnes la structure des acides gras du mlange.

Ex. 12
L'hydrolyse d'un triglycride par la phospholipase A1 donne un diglycride et l'acide
palmitique. Si l'on fait agir la phospholipase A2, on obtient un diglycride et l'acide olique.
La saponification suivie d'une chromatographie nous permet d'identifier le glycrol et 3
acides gras diffrents : acides palmitique, olique et starique. crire la formule semi-
dveloppe du triglycride
Donnes : A. palmitique C16H32O2 ; A. olique C18H34O2 ; A. starique C18H36O2

Ex.13
Schmatiser l'architecture d'une lipoprotine, en supposant qu'elle a une forme sphrique.
Prciser pour chaque constituant, s'il se trouve en position centrale ou priphrique ainsi que
son orientation ventuelle. Indiquer la nature des liaisons unissant les diffrents substituants
des lipoprotines.
Citer les 4 classes de lipoprotines, prciser la signification des acronymes utiliss.

Ex. 14
On considre un lipide L de structure inconnue et de masse molaire ML. Des analyses
montrent qu'une molcule de lipide L contient une molcule d'acide gras A1 et une molcule
d'acide gras A2 de masses molaires respectivement MA1 et MA2. On a isol ces deux acides

16
gras et leurs indices de saponification (respectivement IS1 et IS2) et d'iode (respectivement
II1 et II2) ont t dtermins:
pour A1 : IS1 = 197,2 et II1 = 0
pour A2 : IS2 = 184,2 et II2 = 334,2
1. Dterminez la nature des deux acides gras constitutifs.
D'autres analyses plus pousses du lipide L montre qu'il contient du carbone de
l'hydrogne, de l'azote et du phosphore. Sa formule brute est CxHyOzNP. Les dosages de
l'azote et du phosphore contenus dans le lipide L donnent les rsultats suivants:
- 17,28 mg d'azote pour 1 g de lipide L.
- 38,27 mg de phosphore pour 1 g de lipide.
2. Dterminez la masse molaire ML du lipide .
Enfin une molcule de lipide L contient une molcule de glycrol.
3. Dterminez la nature probable du compos azot entrant dans la composition du
lipide et dduisez en une structure probable du lipide. A quelle classe de lipide appartient-t-
il?
Rappels : Masses molaires usuelles: H=1g.mol-1/ O=16 g.mol-1 / C=12 g.mol-1 / P=31
g.mol-1/ I=127 g.mol-1 / KOH=56 g.mol-1.

17
IV. Acides nucliques

18
Ex. 1-
Donner la formule dveloppe et le nom du trinuclotide suivant : ApUpGp

Ex. 2-
crire la formule dveloppe de lATP en solution pH 7. En dduire sa charge globale ce
pH.

Ex. 3-
Calculer le poids molculaire moyen dun rsidu nuclotidique dans lADN. On supposera
que les quatre rsidus nuclotidiques existent en quantits quimolaires.
Donnes : Guanine : 151 g/mol; Cytosine : 111 g/mol; Thymine : 126 g/mol; Adnine : 135
g/mol; Dsoxyribose : 134 g/mol; Acide phosphorique : 98 g/mol

Ex. 4-
soit un ADN double brin de masse molculaire 4,5. 106 daltons. Calculer le nombre de paires
de bases, la longueur, le nombre de tours dhlice de cette molcule dADN. On donne : pas
de lhlice dADN = 3,4 nm ; nombre de pb par tours dhlice = 10 ; masse molculaire
moyenne dun nuclotide = 308 Da

Ex. 5-
la composition, en bases, dADN dorigines diffrentes a t mesure 2% prs.

ADN %A %C %G %T
A 21 28 29 22
B 23 24 28 35
C 18 31 32 19
D 33 17 18 32

a.calculer les rapports A/T et G/C pour chacun de ces ADN. Quelle remarque vous
suggre les rsultats obtenus ? Que peut-on en conclure quant la structure des
diffrents ADN ?
b.calculer le rapport (A+T)/(G+C) de chacun des ADN ci-dessous. Ce rapport est-il
utilisable pour caractriser une espce dADN parmi dautres ?
c.Dans les mmes conditions exprimentales, on prpare, pour chacun des ces ADN une
solution dont la densit optique est de 1, Une dnaturation de ces diffrents ADN est
ralise par chauffage progressif et, en mme temps la densit optique de chaque
solution est mesure, Les rsultats obtenus sont consigns dans les courbes ci-dessous:
DO260

1,9

1 2 3

1 4

A quels ADN correspondent les courbes 1, 2, 3 et 4. Justifier votre rponse.

19
Ex. 6. Deux ADN extraits dorganismes suprieurs prsentent les caractristiques suivantes :
ADNI ADNII
A/G 1,5
A/T
A+T/G+C 0,8
A+G/T+C
Poids molculaire 91011 121010
1. complter le tableau
2. quel est le rapport qui dfinit la spcificit de lADN ?
3. Quel est le rapport qui dfinit la structure de lADN ?
4. Sachant que le poids molculaire moyen dun nuclotide est de 309, quelle est la taille
de chacun de ces ADN en nuclotides ?
5. Si Tm de lADNI est de 60C, la Tm de lADNII sera-t-elle plus leve ou plus faible ?
justifier votre rponse.

Ex. 7.
a. Dans lADN dune espce donne, la fraction molaire (G+C) est gale 0,36. Calculer la
fraction molaire de A.
b. Si le rapport (A+G)/(T+C) est gal 0,7 sur un brin dADN, quelle est la valeur de ce
mme rapport sur le brin complmentaire ?.

Ex. 8
a. Soit la squence du brin d'ADN suivant :
5' CCTATGACTTGTCACATCTAGACTCACGTAGTTG 3'
Ecrire la squence du brin d'ADN complmentaire.
b. Parmi les trois brins ci-dessous, lequel est complmentaire de 5AGCT 3. En dduire deux
caractristiques principales des chanes dADN.
1) 5 AGCT 3 2) 5 TCGA 3 3) 5 GACT 3

Ex. 9-
La densit optique (absorbance) dune solution dATP pH 7 mesure dans une cuve de 1
cm est de 0,154 260 nm (maximum dabsorption de lATP). En dduire la concentration de
la solution dATP sachant que le coefficient dextinction molaire est 260 = 15,4.103 mol-1.L.cm-1

Ex. 10
On dispose de 500 l dune solution d'ADN. Quatre l de cette solution sont dilus avec 796
l d'eau. On mesure l'absorbance de cette nouvelle solution 260 nm, dans une cuve en
quartz. La DO est de 0,1.
Calculer la concentration de la solution initiale et la quantit d'ADN total sachant que 1 unit
de DO 260 correspond 50 g/ml d'ADN.

Ex.11-
on donne la courbe qui montre la relation entre la temprature de fusion Tm de diffrentes
espces dADN en fonction de leurs pourcentages respectifs en GC.
a. utiliser cette courbe pour estimer la Temprature de fusion dun ADN contenant 15%
dAdnine.
b. Quel est le % en Thymine dun
ADN ayant une Tm = 90C

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Ex.12-
On dispose de quatre tubes contenant chacun un fragment d'ADN double brin de taille
identique. Grce la mesure de la DO 260 nm, on dtermine la temprature de fusion (Tm)
de chaque chantillon.
Echantillon N 1 : Tm = 50 C

Echantillon N 2 : Tm = 57 C
Echantillon N 3 : Tm = 48 C
Echantillon N 4 : Tm = 60 C
Classez ces quatre molcules en fonction de leur contenu croissant en paire de base GC.

Ex. 13-
Soit un oligonuclotide dont la squence est :
5CpGpApUpApG3
1) Quels seront les produits forms lorsque lhydrolyse de loligonuclotide est ralise en
prsence de :
a) NaOH dilue
b) RNase pancratique
c) RNase T1
d) RNase T2
e) Phosphodiestrase de venin de serpent
f) Phosphodiestrase de rate de buf

Ex.14-
Dans le but de dterminer la structure primaire dun oligoribonuclotide (court fragment
dARN), on ralise les expriences suivantes :
a.lhydrolyse dun chantillon de cet ARN par la ribonuclase pancratique aboutit
lobtention de deux dinuclotides renfermant de ladnine et de la guanine pour lun
dentre eux, de la guanine de luracile pour lautre et dun mononuclotide contenant de
la cytosine.
b.Lhydrolyse dun autre chantillon de cet ARN par lARNase T1 permet dobtenir un
dinuclotide contenant de la cytosine et de la guanine et un trinuclotide contenant (A,
G, U)
NB : spcificit dhydrolyse des RNases
ARNase pancratique : Xp lorsque X = nuclotide pyrimidique
RNase T1 : Xp lorsque X = G

Ex.15.
La squence suivante : GAATTC reprsente le site de restriction dEco RI

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Donner les rsultats de la digestion (coupure) du fragment d'ADN ci-dessus par l'enzyme
Eco RI?
5'CTCGAATTCTACCCGGGAACTTTATGAGAATTCTCCAT 3'
3'GAGCTTAAGATGGGCCCTTGAAATACTCTTAAGAGGTA 5'

Ex.16
Soit un ADN de 3.106 kb. On le digre par EcoRI qui reconnat et coupe la squence
GAATTC. Calculer la frquence de coupure par cette enzyme, en dduire le nombre de
fragments obtenus?

Ex.17. On soumet un mlange de deux acides nucliques, lADN du phage T4 (250


Kpb et lARN du phage QB (120 nuclotides) une centrifugation en gradient de
densit de CsCl pH 7 dune part, pH 13 dautre part. Les rsultats obtenus sont
reprsents sur le schma suivant :
pH 7 pH 13

1. Attribuer chaque bande lacide nuclique convenable ; justifier votre rponse


2. pourquoi ny a-t-il quune seule bande pH 12 ?

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