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Curso: QUIMICA ORGANICA III

Profesora: Luz Marina Jaramillo G.

ACIDOS NUCLEICOS

1. Introduccin

Los cidos nucleicos son polmeros sustituidos de las aldopentosas desoxi-ribo-


sa y ribosa y que transportan la informacin gentica de un organismo viviente.
Una pequea cantidad del cido desoxi-ribonucleico (DNA o ADN) en una c-
lula de huevo fertilizado determina las caractersticas fsicas del animal completa-
mente desarrollado. La diferencia entre una rana y un ser humano est codifi-
cada en una parte relativamente pequea de este DNA.

Cada clula lleva un conjunto de instrucciones genticas que determinan el tipo


de clula, cul ser su funcin, cuando crecer y se dividir y cmo sintetizar
todas las protenas, enzimas, carbohidratos y otras sustancias que la clula y el
organismo requieren para vivir.

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Las dos principales clases de cidos nucleicos son el cido ribonucleico (RNA)
y el cido desoxi-ribonucleico (DNA). Este ltimo se encuentra principalmente
en el ncleo de las clulas tpicas, transportando el cdigo gentico permanente.
Las molculas del DNA son inmensas, con pesos moleculares (PMs) hasta de
50 billones.
El DNA es relativamente estable, proporcionando un medio para la transmisin
de informacin gentica de una generacin a la prxima.
Las molculas de RNA por su parte, son tpicamente ms pequeas que las de
DNA, y se hidrolizan y rompen ms fcilmente.
2. Algo de historia
El primer aislamiento de lo que nos referimos como DNA ( ADN) fue comple-
tado por Johann Friedrich Miescher alrededor de 1870. El report que haba
encontrado una sustancia de funcin desconocida en los ncleos de los leuco-
citos humanos, y nombr tal material como nucleina.

Pocos aos ms tarde, Miescher separ la nucleina en protena y los componen-


tes de los cidos nucleicos (AN). Luego en los 20s se encontr que los AN eran
los constituyentes principales de los cromosomas, pequeos cuerpos transpor-
tadores de genes en los ncleos de las clulas complejas.

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Hasta 1944 se crey que los nuclesidos estaran presentes (en los organismos
vivientes) en cantidades iguales, resultando en una estructura uniforme, tal como
el almidn. Sin embargo, un compuesto de esta clase, presuntamente comn a
todos los organismos, fue considerado demasiado simple para mantener la infor-
macin hereditaria que se saba, resida en los cromosomas.
En ese ao el punto de vista cambi cuando Oswald Avery y colab. demostraron
que el DNA bacterial era probablemente el agente gentico que transportaba la
informacin de un organismo a otro en un proceso denominado transformacin

Oswald Avery concluy que los cidos nucleicos deberan visualizarse como los
que posean especificidad biolgica, la base qumica de lo que todava no est
determinado completamente. A pesar de este hallazgo muchos cientficos se-
guan creyendo que las protenas cromosomales, que difieren de especie en
especie, entre individuos y aun dentro de un organismo dado, eran el lugar de
la informacin gentica de un organismo.
Debe recordarse que un organismo unicelular como el de las bacterias no tiene
el ncleo bien definido. En vez, su cromosoma simple est asociado con protenas
especficas en una regin llamada nucleoide. No obstante, el DNA de las bacte-
rias tiene la misma composicin y estructura general como aquella de los organis-
mos multicelulares, incluyendo los seres humanos.
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Los puntos de vista del papel del DNA en la herencia cambiaron entre los aos
40 y 50s, al conducir un anlisis cuidadoso del DNA de muchas fuentes. As,
Erwin Chargaff encontr que su composicin era especfica de la especie

Se encontr que la cantidad de Adenina (A) siempre igualaba a la cantidad


de Timina (T), y que la cantidad de Guanina (G) a su vez, igualaba la cantidad
de Citosina (C) independiente de la fuente del DNA. De esta forma la proporcin
(A + T) / (C + G) variaba por ejemplo en las especies: humana (1.52), pollos
(1.38), levaduras (1.79) y bacterias: clostridium perfringens (2.79) y sarcina
lutea (0.35).

El anlisis elemental de los AN mostr la presencia de fsforo adems de C, H,


N y O. Los AN no contienen S. La hidrlisis completa de los AN cromosomales dio
fosfato inorgnico, 2-desoxiribosa (un azcar previamente desconocido) y cuatro
bases heterocclicas diferentes. Para reflejar el azcar componente de estos AN
se les llam cidos desoxiribonucleicos abreviados DNA.

Otros cidos nucleicos anlogos, donde el azcar componente era ribosa se de-
nominaron cidos ribonucleicos, abreviados RNA. El carcter acido de los AN
se atribuy a la parte del cido fosfrico.

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3. Estructura qumica molecular de los cidos Nucelicos
El armazn de un cido nucleico es un polmero de anillos de desoxi-ribofuran-
sidos o ribofuransidos (anillos de cinco miembros de los azcares desoxi-ri-
bosa o ribosa respectivamente) conectados por grupos steres de fosfato. Ca-
da anillo furansido est enlazado a una base heterocclica en el C-1. La Fig. 1
muestra los azcares que integran los cidos nucleicos.

Figura 1. Azcares de los cidos nucleicos


Las cuatro bases comnmente encontradas en el RNA o DNA se dividen en dos
clases: A) los compuestos monocclicos Citosina y Uracilo (en RNA) o Timina
(en DNA) llamadas bases pirimidnicas debido a que son derivadas del anillo
de Pirimidina.
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B) Los compuestos bicclicos Adenina y Guanina que se denominan bases pu-
rnicas porque se derivan del anillo heterocclico patrn llamado Purina. En la
Fig. 2 se muestran las estructuras :
..
4 NH2 O O
.. 4 4 4
5 N3 .. .. H3C ..
5 N 5 3 NH 5 3 NH
6 1 3
2 6 6 6
N
.. .. .. ..
1 N 2 O 1 N 2 O 1N 2 O

Pirimidina H H H
Citosina (C) Uracilo (U) Timina (T)

Figura 2. Las bases pirimidnicas y purnicas del RNA y DNA.


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Los bloques de construccin del DNA RNA que estn conformados por los
anillos furansidos de desoxi-ribosa ribosa respectivamente enlazados, a
una de las bases pirimidnicas o purnicas se denominan nuclesidos. Si
adems, cada hidroxilo primario del C-5 del furansido es fosforilado se obtie-
nen los nucletidos, los cuales se enlazarn entre s a travs de los grupos
fosfato, conformado las macromolculas de los cidos nucleicos. Se muestran
estructuras genricas de los bloques de construccin para el DNA (Fig. 3).

Figura 3. Estructura general de un Nuclesido


y un Nucletido.

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Los grupos fosfato de los ribonucletidos podran existir en cualquiera de los
tres estados de ionizacin, dependiendo del pH de la solucin. A pH apro-
ximadamente neutro, de la mayor parte de los organismos (7.4), hay un protn
sobre el grupo fosfato. Por convencin estos grupos usualmente se escriben
completamente ionizados.
O O O
HO P O Nuclesido O P O Nuclesido O P O Nuclesido
OH OH O
solucin cida solucin neutra solucin bsica

3.1 La Naturaleza Qumica del DNA


La estructura polimrica del DNA puede describirse en trminos de unidades mo-
nomricas (que se mostraron en Fig. 3) incrementando la complejidad. La poli-
merizacin (por condensacin), de tales unidades monomricas denominadas
nucletidos (ester 5 de monofosfato en C-5 del anillo de desoxiribosa, Fig. 3).
Debido a que un ester de monofosfato de esta clase es un cido fuerte (pKa =
1.0), el ser ionizado completamente a pH fisiolgico ( 7.4). La Fig. 4 pre-
senta las estructuras completas de los 2desoxiribonuclesidos y 2desoxiribo-
nucletidos del DNA.
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Figura 4. (A) 2-Desoxiribonuclesidos. (B) 2Desoxiribonucletidos del DNA.

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A continuacin se muestra la representacin estructural completa de un segmento del
biopolmero DNA formado a travs de la unin fosfato en C-5 de tres nucletidos:

Figura 5. Segmento del bio-


polmero DNA. Los grupos s-
teres de fosfato conectan los
OHs 3' y 5' de las unidades
de 2-desoxirribosa

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Se destacan varias caractersticas importantes en la frmula:
Primero, la funcin remanente P-OH es bastante acdica y est completamente
ionizada en sistemas biolgicos (pH = 7.4).

Segundo, la cadena del polmero est estructuralmente dirigida . Un extremo


(5) es diferente del otro (3).

Tercero, aunque este parece ser un polmero relativamente simple, las permuta-
ciones posibles de los cuatro nuclesidos en la cadena llegan a ser muy grandes
a medida que la cadena se alarga.

Cuarto, el polmero DNA es mucho mas grande de lo que originalmente se cre-


y y los pesos moleculares del DNA en organismos multicelulares son comn-
mente 109 mayores que este valor.

Se advierte que estas macromolculas que consisten de un nmero inmenso de


nucletidos enlazados covalentemente (Fig. 5 ), constituyen la estructura pri-
maria de cada ramal del DNA. Un extremo tendr un grupo 3 libre y el otro
un grupo 5 libre. Son los extremos 3 y 5. Se har referencia a las direcciones
de replicacin como 3 5 y 5 3.

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La informacin est almacenada o codificada en el polmero DNA por el patrn en
el cual cuatro nucletidos son ordenados arreglados. Para acceder a esta infor-
macin el patrn debera ser ledo en una forma lineal, como un cdigo de barra
se chequea en un supermercado.

Debido a que los organismos vivientes son sumamente complejos, una gran
cantidad de informacin, relacionada a esta complejidad debera almacenarse
en el DNA. En consecuencia, el DNA debera ser muy grande como se dijo arri-
ba. An la molcula simple de DNA de la bacteria E. coli tiene rudamente un
milln de nucletidos en una de las cadenas polimricas y alcanzara un mm de
longitud si se estirara completamente.

Los ncleos de los organismos multicelulares incorporan cromosomas, los cuales


estn compuestos de DNA combinado con protenas nucleares denominadas his-
tonas. La mosca de las frutas por ejemplo tiene 8 cromosomas, los humanos 46
y los perros 78 (observe que la cantidad de DNA en un ncleo celular no corre-
laciona con el No. de cromosomas).

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El DNA del cromosoma ms pequeo de los humanos es diez veces > que el
DNA de E. Coli, y se ha estimado que el DNA total en una clula humana podra
extenderse a 2 m en longitud una vez desenrollado. Debido a que el ncleo es
solamente 5 mm en dimetro, el DNA cromosomal debera empaquetarse
firmemente para ajustarse a tan pequeo volumen. Adems de su papel como
una biblioteca estable de informacin, el DNA cromosomal debera estructurar-
se u organizarse en tal forma, que la maquinaria qumica de la clula tendra acce-
so fcil a aquella informacin, con el objeto de hacer molculas importantes como
los polipptidos.

Por otro lado, copias exactas del DNA codificado deberan crearse a medida que
las clulas se dividen. Con las molculas de DNA replicadas se pasar a gene-
raciones posteriores de clulas como tambin a la progenie ( descendientes)
del organismo. La naturaleza de esta organizacin del DNA, es lo que se de-
nomina la estructura secundaria del DNA.

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3.2 RNA, un cido Nucleico diferente

El alto PM de los idos nucleicos DNA se encuentran principalmente en las com


plejas clulas eucariticas, o en las regiones nucleares de las clulas procari-
ticas, de las bacterias. A menudo es asociado con protenas que ayudan a empa-
quetarlo de un modo utilizable.

En contraste, un cido nucleico de PM mas bajo, pero mucho ms abundante, de-


nominado cido ribonucleico (RNA) se distribuye a travs de las clulas, en nu-
merosas organelas pequeas llamadas ribosomas.

Se han identificado tres clases de RNA, el subgrupo mas grande (85 a 90%) es
de la clase RNA ribosomal r RNA que es el principal componente de los ri-
bosomas, junto con las protenas. El tamao de las molculas r RNA vara, pero
es generalmente una milsima (1/1000) del tamao del DNA.

Las otras formas del RNA son el RNA mensajero (m RNA) y el RNA de trans-
ferencia (t RNA). Ambos tienen una existencia transitoria y son ms pequeos
que el r RNA.

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La Fig. 6 presenta los cuatro Ribonuclesidos y Ribonucletidos del RNA.

(A) NH2
O NH2 O
N H N
N N N
5' NH
5' 5'
HOCH2 O N O 5'
HOCH2 O N O HOCH2 O N N HOCH2 O N N NH2
4' 1'
H H 4' 1' 4' 1'
1'
H H H H 4'
H H
H H
3' 2' H H H H H H
3' 2' 3' 2'
OH OH 3' 2'
OH OH OH OH OH OH
9 (Citidina) 10 (Uridina) 11 (Adenosina) 12 (Guanosina)

Figura 6. (A) Ribonuclesidos. (B) Ribonucletidos del RNA.


Todos los RNA s tienen constituciones similares pero difieren del DNA en dos
aspectos importantes.Como se mostr en la Fig. 6, el azcar componente del
RNA es ribosa, y la base pirimdinica Uracilo remplaza a la base Timina del DNA.
Los RNAs juegan un papel vital en la transferencia de informacin (transcripcin)
de la biblioteca del DNA a las fbricas de las protenas denominadas ribosomas,
y en la interpretacin de aquella informacin (traduccin) para la sntesis de los
polipptidos especficos.
El RNA sirve comnmente como una copia de trabajo para la transcripcin del DNA
nuclear que debe descifrarse.

El DNA nuclear dirige la sntesis del RNA mensajero (mRNA), el cual permite que
el ncleo sirva como un molde para la sntesis de protenas en los ribosomas.

El mRNA se rompe enzimticamente en sus partes componentes, las cuales pue-


den ensamblarse en nuevas molculas de RNA para dirigir otras sntesis. Tales
funciones se ensean en los curso de Bioqumica.

Al igual que con el DNA la Fig. 7 muestra un segmento del armazn de una mo-
lcula hipottica de RNA.

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extremo 5' NH2

N
N
Adenina
5'
OCH2 O N N
4' 1'
H H O
H H
3' 2' H
O OH N Uracilo
5'
6
O P O CH2 O N O

4' 1'
O H H
O
H H
3' 2'
N
O OH NH
5'
Guanina
O P O CH2 O N N NH2
4' 1'
O H H NH2
H H
3' 2'
O OH N Citosina
5'
O P O CH2 O N O
Figura 7. Segmento hipottico de una
O
4'
H H
1' cadena simple del RNA. Los grupos ste-
H H res de fosfato conectan los OHs 3' y 5'
3' 2' de las unidades de ribosa.
O OH
O P extremo 3'

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4.La Estructura secundaria del DNA

Al inicio de la dcada de los 50s la estructura primaria del DNA estaba bien es-
tablecida pero se careca de la comprensin en firme de la estructura secundaria.
En realidad , la situacin era similar a la ocupada por las protenas una dcada
anterior antes que la alfa hlice (-hlice) y la estructuras en forma de hojas
aplanadas hubiesen sido propuestas por Linus Pauling para las protenas. Mu-
chos investigadores luchaban con este problema y en general se acept que las
equivalencias molares de los pares de bases ( A & T y C & G) descubiertas
por Chargaff estaran jugando un papel importante.

Afortunadamente Rosalind Franklin quien trabajaba en King's College de Londres


obtuvo una evidencia por difraccin de Rayos X que sugiri una estructura muy lar-
ga helicoidal de espesor uniforme. Por su parte, mas tarde Francis Crick y James
Watson, en Cambridge University, conociendo el trabajo de Franklin,consideraron
las interacciones de enlace de H del apareo de las bases y llegaron a proponer
el modelo helicoidal doblemente enlazado que ha satisfecho la mayor parte de los
hechos y ha sido conformado con hallazgos posteriores.

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Sin embargo el trabajo pionero de Rosalind Franklin fue decisivo para llegar a
la estructura que hoy conocemos. No obstante, el reconocimiento de tal descubri-
miento no fue justo para esta gran mujer cientfica quin falleci a la edad
temprana de 37 aos (1958) y cuyo trabajo siempre aparece opacado y poco
mencionado. Todos los crditos se le asignaron a Watson y Crick! quienes
obtuvieron el Premio Nobel en Medicina (1962) por sus descubrimientos concer-
nientes a la estructura molecular de los cidos nucleicos y su significado para
transferencia de informacin en los organismos vivientes.

Apareamiento de las Bases

Un examen cuidadoso de las bases purinas y pirimidinas componentes de los


nucletidos revela que las tres podran existir como tautmeros hidroxi de pirimidi-
na o purina. A pesar de la estabilizacin de un anillo aromtico estos compues-
tos prefieren adoptar las estructuras tipo amida (como se han dibujado en las
estructuras de los nuclesidos y nucletidos. En la Fig. 8 se muestran las
opciones de la tautomera con el tautmero ms estable en azul.

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Figura 8. Tautomera de las bases pirimidinas y purinas de loas cidos nucleicos

Cada base pirimidnica forma un par estable a travs de enlaces de H, con sola-
mente una de las bases purnicas. La Citosina (C) forma un par-base, unido por
tres enlaces de H con la Guanina (G). Por su parte, la Timina (T) (o Uracilo (U)
en el RNA) forma otro par- base unido por dos enlaces de H con la Adenina (A)
(Fig. 9).

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Figura 9. Apareo de bases en el DNA. En el RNA se cambiara Timina por
Uracilo.

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Este apareamiento de bases fue primero sospechado en 1950 (como se mencion
antes) , cuando Edwin Chargaff de University of Columbia notific que varias
muestras de DNAs tomadas en una amplia variedad de especies, exhiban
alrededor de cantidades iguales de Adenina y Timina, como tambin de Guanina
y Citosina. Uno de los ramales est ordenado de izquierda a derecha 3 5,
mientras que el otro corre en la direccin opuesta 5 3 de izquierda a derecha
(Fig. 10).

Figura 10. Los dos ramales complementarios del DNA corriendo en direcciones
opuestas.
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Watson y Crick tambin descubrieron que los dos ramales complementarios del
DNA se enrollan en una conformacin helicoidal con cerca de 20 en dimetro,
con ambas cadenas enrolladas alrededor del mismo eje. La hlice hace una vuel-
ta completa por cada diez residuos (nucletidos), o alrededor de una vuelta ca-
da 34 de longitud (Fig.11). Ellos usaron los patrones de difraccin de Rayos X
de fibras del DNA obtenidos por Rosalind Franklin para determinar la estructura
y conformacin molecular del DNA, encontrando que contiene dos cadenas de poli-
nucletidos complementarias que se mantienen unidas a travs de enlaces de H,
formando la doble hlice del DNA (1953).

Replicacin del DNA


Es la capacidad que tiene el DNA de hacer copias o rplicas de su molcula. Este
proceso es fundamental para la transferencia de la informacin gentica de ge-
neracin en generacin. Las molculas se replican de un modo semi-conservativo.
La doble hlice se separa y cada una de las cadenas sirve de molde para la snte-
sis de una nueva cadena complementaria. El resultado final son dos molculas
idnticas a la original.

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Figura 11. Representacin Bi-helicoidal
del DNA.

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Cuando el DNA sufre replicacin (en preparacin para la divisin celular), una enzima
catalizadora ayuda a desenrollar parte de la doble hlice. Entonces, los nucletidos
individuales se enlazan en forma natural por enlaces de H a sus complementos sobre el
ramal original desenrollado, y una enzima llamada la DNA polimeraza acopla tales
nucletidos. El proceso se describe esquemticamente en la Fig.12.

Figura 12. Una representacin


simplificada de la molcula de
DNA separndose para formar
dos nuevas molculas.

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Un proceso similar transcribe el DNA en una molcula complementaria de m RNA
para ser usado por los ribosomas como un molde para la sntesis protenas. Se
sabe bastante en la actualidad, acerca de la replicacin del DNA y la trascripcin
de la secuencia de bases DNA/RNA en protenas. Tales aspectos se cubren en
detalle en los cursos de Bioqumica.

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