TEMA 4.

ORGANIZACIN DEL GENOMA EN VIRUS

1. Introduccin Qu son los virus?

Los virus cruzan la frontera conceptual de la definicin usual de vida. Presentan los principios
qumicos de replicacin y evolucin, genuinos de los seres vivos, pero acostumbran hallarse en estado
inerte.

La autonoma metablica suele entrar en la mayora de las definiciones de la vida. Podramos afirmar
que son parsitos inertes de sistemas metablicos vivos.

Las clulas se suponen vivas mientras persistan funcionalmente interactivos sus componentes. De
manera idntica, los virus son entes vivos slo cuando forman parte de las clulas que les cobijan. Con
otras palabras, el estado vivo de los virus depende de un husped vivo.

Pero la vida puede considerarse tambin una capacidad para seguir vivo, no solo un metabolismo en
operacin continua. Una vacuola metablicamente activa y carente de potencial gentico para su
propagacin no se toma por viva. En cambio, una semilla en estado latente, aunque aparentemente sin
vida, mantiene su potencial para vivir. Esta capacidad proviene de una clula viva, sin sta la clula
morira.

Los organismos son seres compuestos por clulas capaces de automantenerse, con capacidad de
evolucionar y capacidad de reproducirse.

Los virus pueden ser definidos como elementos genticos parasitarios cuyas principales caractersticas
son:

Poseer una estructura no celular que sirve para almacenamiento y dispersin de informacin
gentica (virin)
Presentar un genoma que codifica para protenas implicadas en su propia replicacin y en la
formacin del virin
Poseer un ciclo de vida discontinuo que consiste en dos estados:

Intracelular.: donde el virus se comporta como un sistema metablicamente activo.

Extracelular (virin): donde el virus es metablicamente inerte.

Poseer un alto grado de condensacin gentica, sus genomas en general, son muy compactos,
necesitan meter numerosa informacin gentica dentro de una cpside de dimensiones
limitadas. Son parsitos intracelulares obligados.

Con excepcin de los virus gigantes (Mimivirus, Pandoravirus, Phitovirus y Mollivirus).

Su reproduccin es el resultado de la interaccin entre dos sistemas genticos: el del virus y de

la clula (pone en marcha el metabolismo del virus). Por tanto, el virus depende de la clula
funcionalmente, aunque es capaz de evolucionar independientemente.

2. Caractersticas bsicas del genoma de los virus.

2. 1. Comunes a todos los virus.

Alto grado de condensacin gentica. Deben empaquetar la informacin (genoma) en un

espacio limitado. El tamao del DNA est, por tanto, limitado por el tamao de la cpside.
Codifican nicamente funciones que no pueden adoptar de sus hospedadores.
Utilizar a la clula hospedadora en mayor o menor grado, (parsito intracelular) vara con la
especie del virus.

2. 2. Particulares a distintas clases de virus.

Permite clasificarlos taxonmicamente. La mayor diversidad que se encuentra en cualquier ente

biolgico estn en los virus. La diversidad se basa en

Estrategias especiales para compactar su genoma:

Genes imbricados, como en X174, MS2.

Control temporal de la expresin gnica (T7, SV40, Adenovirus).
Procesamiento diferencial del genoma (a partir de una sola pauta de lectura son capaces de
obtener protenas distintas).
Un caso extremo de especializacin son los retrovirus, en los que se utilzia la maquinaria de
la clula, trasnciribiendose camuflado como si fuera un gen de la ceula.

Diversas historias evolutivas de los virus. Se cree que no existe un ancestro comn de los virus.

3. Clasificacin segn su material hereditario.

El genoma de un virus puede ser tanto de DNA como de RNA:

1 o n: significa que el genoma puede componerse de una sola molcula, un cromosoma, o n molculas,
n cromosomas. Todas estas molculas se juntan en el mismo hospedador. Si dos virus coexisten en un
mismo hospedador pueden intercambiar material gentico.

El RNA puede ser de cadena + (igual que un mRNA, puede traducirse) o de cadena (complementaria
a un mRNA).

Los RNA de cadena simple pueden ser lineales o circulares y a veces pueden plegarse para formar
estructuras complejas. En ocasiones RNAs circulares tienen completa complementariedad de bases y se
asocian formando un bastoncillo.
Con lo cual, tenemos muchsima variacin en cuanto material gentico.

Los virus tambin tienen una gran variacin en cuanto a estructura y complejidad.

Longitud: desde unas pocas kb (3 kb) hasta mb (2 Mb). Los ms pequeos son los de RNA ya
que es ms inestable.
Deben ser reconocidos por su hospedador. Esto determina que los virus de organismos muy
sencillos tendrn genomas ms sencillos que otros virus que infectan organismos ms
complejos (se adaptan a la maquinaria de su hospedador).
El cdigo gentico ha de ser el mismo entre hospedador y virus.
Control de la expresin gnica (debe tener caractersticas en comn, como promotores...).
Caractersticas del genoma (si el organismo posee intrones, los virus tambin, por ejemplo).

3. 1. Virus compactos.

Los ms compactos son los virus de RNA de cadena +. Estos virus no tienen mucha informacin
gentica, con lo cual, dependen mucho de su hospedador. Algunos ejemplos son (no estudiar):

Calicivirus que tienen ORFs completamente solapadas.

Astrovirus. Aparecen solapamientos, mayores y tienen protenas de transcripcin y
estructurales.
Picornavirus, tienen una poliprotena que se procesa para dar lugar a todas las protenas del
virus.

En el caso del genoma de SV40, un poliomarivus (dsDNA circular), virus que infecta a simios, no es
muy grande. En todo su genoma tiene solamente dos promotores en sentido contrario desde el origen
de replicacin y que se juntan al final en la terminacin del virus. El genoma codifica distintas
protenas en la misma regin, debido a que tienen distintas pautas de lectura. Este virus adems incluso
cuando se encuentra dentro de su cpside presenta una serie de protenas similares a las histonas.

3. 2. Virus de gran tamao y complejidad.

Los herpesvirus (dsDNA) contienen secuencias repetitivas (hasta 200 kb). Estas secuencias repetitivas
pueden tener diferente nmero de repeticiones. Esto hace que su tamao del genoma vare.

Los adenovirus (dsDNA) con un genoma de 30 kb presentan unas estructuras (promotores) que pueden
dar lugar a una serie de exones alternativos, de modo que dan lugar a distintos polipptidos que
suplirn las funciones del virus. Posee una protena terminal (TP protein) que es utilizada como
cebador para iniciar la replicacin una protena. Ah empieza la sntesis del DNA y la protena se queda
unida al DNA.

Tambin sealar a los virus gigantes como son los mimivirus y pandoravirus (2.5 Mb) (dsDNA), en la
frontera entre los virus y los parsitos intracelulares.

Los genes encontrados en estos genomas tan grandes se clasifican en tres categoras principales:

Compartidos con virus de DNA nuclecitoplsmicos grandes.

Homlogos a genes de procariotas o eucariotas.
 Sin ortlogos conocidos (suficiente grado de homologa por divergir de un ancestro comn).

Para hacer una idea, la parte blanca es la de sin

ortlogos conocidos. La mayor parte del genoma
no se sabe para qu sirve. Luego tenemos otros
parecidos a otros genes. Con lo cual, se dieron
varias hiptesis.

Evolucionaron por degradacin genmica

de una entidad ms compleja que
codificara, entre otros sistemas, una casi
completa maquinaria de traduccin.
Evolucionaron por adquisicin de genes
de sus hospedadores habituales.
Definen una nueva rama distinta de los
tres dominios de la vida.

Necesario averiguar el programa de desarrollo que transforma la partcula inerte en una familia de
viriones.

Cuando se analiza el ciclo biolgico de los mimivirus, se ve que tienen una forma de reproduccin
distinta a la de cualquier tipo de virus o clula, siempre intracelularmente. El virus infecta a la clula
por endocitosis, entra en la clula por medio de una vacuola y dentro de esta se libera el DNA
genmico (se pierde la cpside). Despus, se rompe esa vacuola en una forma caracterstica, dando una
forma de estrella (stargate capsid opening). Alrededor del sitio se genera una estructura en el interior
de la clula que se organiza para formar una factora de viriones a partir de la cual surgirn nuevos
viriones metidos dentro de sus cpsidas.

4. Algunos ejemplos: bacterifagos de RNA y de DNA, virus animales de DNA y de RNA.

4.1. Bacterifagos de DNA y RNA.

X174: virus muy compacto. Fue el primer virus de DNA

completamente secuenciado en 1977 por Sanger y su grupo, con un
genoma de unas 5kbs. Este virus es un buen ejemplo de un mximo
aprovechamiento del genoma. Tiene hasta 3 genes solapados (en
distintas tres pautas de lectura) y otros genes (A: codifica para A y A*,
con distinta pauta de lectura, el E: reside dentro del gen D (+1), el B:
reside dentro del gen A, -1 y el gen K, imbricado con el A y con el C.
Estos genes les dan las diferentes funciones como son lisar, infectar

MS2. Tiene RNA + lineal de cadena sencilla. Tiene extensas

regiones de complementariedad entre sus bases de manera que
evita el ataque de RNAsas y lo hace ms estable y tambin le
permite su control de la trasduccin y replicacin.

Slo encontramos 4 genes: replicasa, lisis, envuelta y la

maduracin (adsorcin).
La ms importante es la que protege el
RNA, la cpside. Esta protena une al
RNA conforme se van sintetizando las nuevas molculas de RNA. Cuando los niveles de esta protena
son suficientes, en el extremo contrario (derecha) puede sintetizarse la replicasa, que dar nuevas
copias del virus. La replicasa dejar de actuar en el momento que tengamos muchas cantidades de la
protenas de la cpside, pues al unirse al RNA impide que se desestabilice la estructura secundaria.
Cuando esto ocurre al separarse las cadenas para permitir el paso de la replicasa se puede sintetizar
tambin la protena de lisis, y la A de adsorcin pues estas regiones quedan libres. Esto permite hacer
una sntesis en la orden que se interesa.

Fago T7. DNA lineal de doble cadena, con 38000 pares de bases. Puede circularizarse por sus extremos
y permite lisogenizarse por el por recombinacin especifica de sitio. Se regula por cascada: tiene 3
tipos de promotores que se activan en momento determinado.

Los primeros genes, clase I: tienen promotores que reconocen a las protenas de la bacteria.
Empiezan a transcribirse genes que interfieren con el metabolismo bacteriano y su replicacin
y tambin contiene la RNA polimerasa del fago.
Despus, los siguientes genes tienen promotores que reconocen la RNA polimerasa del fago
(unos ms eficientemente que otros, ya que al principio los promotores cortos son reconocidos
rpidamente por la polimerasa y sintetiza protenas que permiten aumentar la afinidad por otros
genes).
Cuando ya llega a los promotores complejos se obtienen las protenas para el ensamblaje del
virus y la lisis final de la bacteria.

4. 2. Virus animales de DNA y RNA.

A diferencia de los fagos, los virus animales nunca poseen las elaboradas colas necesarias para inyectar
genes a travs de la pared bacteriana. En su lugar, protenas de la cpside de los viriones desnudos o
glicoprotenas virales que sobresalen de la superficie de la envoltura del virin, interactan con
receptores de las membranas celulares provocando la entrada del virin. A la salida arrastran parte de la
membrana.

Actualmente los virus animales se clasifican por:

el mecanismo de replicacin
la relacin del genoma con las sntesis del mRNA

SV40: DNA circular de doble cadena. Muy compacto. Genes en

las tres pautas de lectura tambin con distinto procesamiento, con
distinto origen de replicacin. Conforme se replica se va abriendo
en los dos sentidos. En el origen de replicacin tiene un promotor
temprano (PE) y otro tardo (PL). El temprano fabrica los
productos los genes a los que se orienta y luego empieza el
promotor tardo a sintetizar protenas necesarias para la salida del
virus. Al final tiene seales de poliadenilacin como terminacin.
En la regin temprana tiene dos protenas que se sintetizan (protena t o antgeno t y protena T o
antgeno T). El antgeno t es ms pequeo, en su sntesis se elimina el intrn del principio (splicing
alternativo) e interfiere con la maquinaria celular y tambin favorece la formacin del segundo
antgeno. Entre las funciones de T, controla su propia sntesis, controla el inicio de la sntesis de DNA y
de los genes posteriores de la regin tarda.

En la regin tarda, a partir de un mismo RNA se van a producir tres genes distintos VP1, VP2 y VP3.
VP2 y VP3 aparecen en la misma pauta de lectura pero con diferente codn de inicio. VP1 tiene una
pauta de lectura distinta. Estos genes generan las protenas de la cpsida.

5. Viroides y RNAs satlites. Caractersticas generales.

6. Origen y evolucin de virus